Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397358.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_576.1, whole genome shotgun sequence
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Warning! 2241 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--3880 Score: 2143
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 169
* * * * * * *
1 TTTGCTTTATATTTCCTGAAGCAAACATTTAATTATAGTATATTTTAATTAAAAATTTTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-TAT-AAAAA
* ** * * *
66 ATTTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGTAAGTAATAAGACTTTTC-AAG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAG
* * * * **
130 CCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGGTTACT
127 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* *
173 TTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCGATTATAATATATTTTAACAAAAACTATAAAATAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA-TATAAAA-AA
* * * *
238 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCACTTAAAGCAAGTAATAATGATTTCAAAGGC
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
*
303 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATT-CCAATAGATGGCT
129 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCT
* ** ** * * *
344 TTTGCTTGACATTTCCTAAAATAGATATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATAT---AAAA
* * * * * **
409 AATTTAACATAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAACGCTTTTTAAG
62 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * *
474 TCATGGGTTACTATAAATAGAGTTTTCTTGCGAATGAAAT-GCT
127 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GATGGCT
* * * * * * *
517 TTTTCTTCACGTTT-CTCGATGTAAACATTCAAATATAATCTA-TTTAACTAAAAATATAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATAT-AAAAA
* ** ** *
580 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCAAAGG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
645 CTTGAGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGGATGGCT
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCT
* * * * *
687 TTTACTTCATGTTTCCCT-AAGCAAACAATAAATTATAATATATTTTAATAAAAA-AGGTAAGCA
1 TTTGCTTCATGTTT-CCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATA--TAA-AA
* * * * *
750 AATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
62 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * *
815 GCATGAATGACTGTAGAA-GGACTTCTCTTACCAATGAATGG-T
127 GCATGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
** * * * * **
857 ATTTTTTTCACGTTT-TTCAAGACAAACATTCAA--ATAATATTTGTTTTAACCAAAAATGCAAA
1 -TTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATA--TATTTTAA-CAAAAATATAAA
* * * * * * ** * *
919 ATAATT---TTTATCAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGC-TTTAAA--AAGGT--TGAGTGA
61 A-AATTCAACTTA--AAATCAATT-ATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCAA-GTAATAAG-GC
* * * * *** * * * * *** *
975 ATACAAGTAGACTTTTTTTATCAATAGATGG-CTTTTGCTT-CACAGTTTCTAAG--
119 TTTCAA--AGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTT-CTTGC-CAATGGAT-GGCT
* * * ** *** * * * * *
1028 ATAGACATTCAAT-TATAATATATTTTAACCA-ACAATGTA-AA-AAAATTCAACAAAAACTATA
1 TTTG-C-TTC-ATGTTTCCTA-A-AGCAAACATTCAAT-TATAATATATTTTAACAAAAA-TATA
* * * ** * *
1089 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAATGCCTTC
59 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* *** * *
1154 AAAGGTATGAGTGACTATAAATATCCTTTTCTCT-CCAATAGATGGAT
123 AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCT
** * * * * * *
1201 TTTATTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAA
* * ** *
1266 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGA
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * ** * * *
1331 ATGGGTGAATATGAATATATTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
129 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * *
1372 TTT-CTTTA-CTTTCTTCAATGCAAACATTCAACTATAATTTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAATAT---AAA
* *
1435 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAA
61 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AA
* * * * * *
1499 A-GCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGGAAGGCT
125 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * *
1543 TTTACTTCACGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATC-AAAATATAAAAACA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAA-A
* * * * * **
1607 TT-AAATATAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTGAAGCAGGTAATAAGGCTTTTGAAGG
64 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** *
1671 TAGGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTGAATGAATGGCT
128 CATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * ** *
1713 TTAT-CTTTATATTTTCTGAAGTAGACATTTAAAGATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACA
1 TT-TGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAA-A
* * * * *
1777 TTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTCTT-AAAG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCAAAG
* * * * * *
1841 GCTTGAGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGGTGACT
127 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * *
1884 TTTACTTCATGTTTCCCAAAGCAAGCATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAACTATAAATAAT
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA-TATAAAAAAT
* ********** * **
1949 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCA
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* * *
2014 TGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCT
130 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * *
2054 TTTACTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATAAAAAAAAT
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAT
* * * * ********** * *
2119 TTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNCGAAGGCT
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* *
2184 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGACT
130 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * *
2224 TTTACTTCATGTTT-CTCAAAGAAAACATTCAAATATATTATATTTTAACAAAAACTATAAAAGA
1 TTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA-TATAAAA-A
********** * * *
2288 ATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCATTT-AAAG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAG
*** * * *
2352 TTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCT
127 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * *
2395 TTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATGTTAACCGACAATATAAAAAGT
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAA-A
* * * * *
2460 TTTAACTTAAGATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCCAAGG
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGG
* * * * * *
2525 CATGGGTCAGTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGG-T
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
** * * * * * * * * * * *
2566 TTTTTTTTATGTTTTCTTAGGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAACATA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAA-AAA
* *********** ** * *
2631 TTCAACTTAAAATTAATTATGANNNNNNNNNNTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGC
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * **
2696 TTGAGTAATTATAAGTGGGCTTTTCTTGTTAAT-GAGTGGCT
129 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCT
* * * * * * *
2737 CTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTCAACCAAAAATATGAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAA
* * ** * *
2802 TTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAACGCAAGTAATAAGGCTTTCAATGGC
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * * *
2867 ATGGGTGACCATATATGGGCTTTT-TTTCTCAATGAATGACAT
129 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGC-T
* * * * * * ********
2909 TTT-CTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTTAAATATAATCTATTTTAANNNNNNNNNNTAAAAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA--CAAAAATATAAAAAA
* * * *
2973 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-AAGAGCAATAAGGGTTTCAAAGG
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * *
3037 CTTGTGTAACTATAAATAGCCTTTTTTTACCAATGGATGGC-
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* ** * *
3078 TTTGATTCACT-TTT-CTCAAATTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
1 TTTGCTTCA-TGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAA
** * **
3141 CATTTC-ACTTAAAATTGATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TGA
63 -A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * ** * *
3204 GGCATGTGTGACTATATATGGAGC-TTTCTTGCCAATAAATAGTT
126 GGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
** ** * * * * *
3248 TTTTTTTCATGTTTCCTAGGGTAAACATACAACTATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAACA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAA-A
** * * *
3313 TTCAACCGAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTCGAAGG
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCAAAGG
* * * ***** *
3377 CTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATTGGTGGATAGCT
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
** * * * *******
3419 TTTGCTTCACATTTCCCATAGTAGAA-ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGNNNNNNN
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCA-AACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAT-ATAAAAA
*** * * * * ** *
3483 NNNCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGGTTTTGAATG
63 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * *
3548 TATGAATGACTATAAATGAACTTTTCATT-CCAATGGATGGCT
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * *
3590 TTTGCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAACAAA
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAA-AAA
** * *
3655 TTTTACTTAAAA-CTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAGG
64 TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * **
3718 CATGGGTGAATATAAATGGAGTTTTCTTGCTAATGAATGATT
128 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * *
3760 TTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAACAT
1 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAA-AT
* * * *
3825 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
3881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2787, Mismatches: 779, Indels: 286
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 16 0.01
169 152 0.05
170 868 0.31
171 1347 0.48
172 224 0.08
173 149 0.05
174 14 0.01
175 11 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
Found at i:1802 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1076--3880 Score: 1293
Period size: 341 Copynumber: 8.2 Consensus size: 335
1066 AAAAAAATTC
* * * * * ** **
1076 AACAAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAACCCTTTAAAGTGAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* * * * *** * * *
1141 TAATAATGCCTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATATCCTTTTCTCTCCAATAGATGGATTTTAT
66 TAATAAAGCTTTCAAAGCT-TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTAC
* * * * *
1206 TTCATGTTTCTTGAGGCAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAA
129 TTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAA-AATAT-AAAAAATT-AA
* *
1271 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATGGG
190 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGGGG
* * * *
1336 TGAATATGAATATATTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTTACTTTCTTCAATGCAAACATTC
255 TGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTTACTTTCTTCAATGCAAACATTC
** * *
1401 AACTATAATTTGTTTT
320 AAAGATAATCTATTTT
* * *
1417 GACCAAAAATATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
1 AACAAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
* * * *
1482 GTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGGAAGGCTTTTA
65 GTAATAAAGCTTTC-AAAGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTA
* * *
1547 CTTCACGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAATATAAAAACATTAAA
128 CTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAATATAAAAA-ATTAAC
* * * * *
1612 TATAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTGAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAGGG
191 T-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGGG
* * ** * *
1676 GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTGAATGAATGGCTTTATCTTTA-TATT-TTCTGAA-GTAGA
254 GTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTTACT-TTCTTC--AATGCAAA
*
1738 CATTTAAAGATAATCTATTTT
315 CATTCAAAGATAATCTATTTT
* * *
1759 AACAAAAAATATAAAACATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAA
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAA
* * * * *
1823 GAAATAAGGCTCTT-AAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGGTGACTTTT
65 GTAATAAAGCT-TTCAAA-GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTT
* * *
1887 ACTTCATGTTTCCCAAAGCAAGCATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAACTATAAATAATTTA
127 ACTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAA-TATAAA-AAATTA
********* ** * *
1952 ACTTAAAATCAATTATGAG-ATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAATA-CTTTCAAAGGCAT
189 ACTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTGGAAGGAAG
* * * * * * * * * *
2015 GAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCT-AAGGTAAA
252 GGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTTAC-TTTCTTCAATGCAAA
**
2079 CATTCAATTATAATCTATTTT
315 CATTCAAAGATAATCTATTTT
* * * ** *
2100 AACCAACAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGCGAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
********** * * * *
2164 TANNNNNNNNNNCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGACTTTTAC
66 TAATAAAGCTTTC-AAAGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTAC
* * *
2229 TTCATGTTT-CTCAAAGAAAACATTCAAATATATTATATTTTAACAAAAACTATAAAAGAATTCA
129 TTCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAA-TATAAAA-AATT-A
********** * * * ****
2293 ACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCATTT-AAAGTTTTG
189 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTGGAAGGAAGG
* * * * * * * * *
2357 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGAT
253 GGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTTAC-TTTCTTCAATGCAAAC
** *
2421 ATTCAATTATAATCTATGTT
316 ATTCAAAGATAATCTATTTT
** * ** * *
2441 AACCGACAATATAAAAAGTTTTAACTTAAGATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* * * * * * * * * *
2506 TAATAAGGCTTTTCCAAGGCATGGGTCAGTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGG-TTTTT
66 TAATAAAGC-TTT-CAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTA
* * * * * * * * * * * *
2570 TTTTATGTTTTCTTAGGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAACATATTCA
128 CTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-A-ACAAAATATAAA-AAATT-A
* *********** * * * * *** *
2635 ACTTAAAATTAATTATGANNNNNNNNNNTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTGA
189 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGGG
* * * ** * * * * * *
2700 GT-AATTATAAGTGGGCTTTTCTTGTTAATGAGTGGCTCTTGCTTCATGTTTCTT-AAAGCAGAC
254 GTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTCTTTA-CTTTCTTCAATGCAAAC
** * * *
2763 ATTCAATTATATTCTGTTTC
316 ATTCAAAGATAATCTATTTT
* * * * * *
2783 AACCAAAAATATGAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAACGCAAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* * * * * * * * * * *
2848 TAATAAGGCTTTCAATGGCATGGGTGACCATATATGGGCTTTTTTTCTCAATGAATGACATTTT-
66 TAATAAAGCTTTCAA-AGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGGATGGC-TTTTA
* * * * * * *******
2912 CTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTTAAATATAATCTATTTTAANNNNNNNNNNTAAAAAATTCA
128 CTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA---CAAAATATAAAAAATT-A
* * ** * * * ** *** *
2977 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGCAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGT
189 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGGG
* * * * ** * * *
3042 GT-AACTATAAATAGCCTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTGATTCACTTT-TCTCAAAT-TAGAC
254 GTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTTACTTTCT-TC-AATGCAAAC
** *
3104 ATTCAATTATAATATATTTT
316 ATTCAAAGATAATCTATTTT
* * * * ** * *
3124 AACTAAAAATGTAAAAACATTTCACTTAAAATTGATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* ** * * * * * ** * * **
3189 TAATAAGGCTTTTGAGGCATGTGTGACTATATATGGAGC-TTTCTTGCCAATAAATAGTTTTTTT
66 TAATAAAGCTTTCAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGA-CTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTAC
** * * * *
3253 TTCATGTTTCCTAGGGTAAACATACAACTATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAACATTCAA
129 TTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA--CAAAATATAAAAA-ATT-AA
** * ***
3318 CCGAAAATCAATTATGAG-ATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTCGAAGGCTTG
190 CTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTGGAAGGAAGG
* ***** * * * * *
3381 AGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTATTGGTGGATAGCTTTTGCTTCACATTTC--CCATAGTAG
253 GGTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTTAC-TTTCTTCAAT-GCA-
** *
3443 AA-ATTCAATTATAATATATTTT
313 AACATTCAAAGATAATCTATTTT
* ************ * * * *
3465 AACTAAAAATGNNNNNNNNNNCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAG
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* * * * * * * *
3530 TAATAAGGGTTTTGAATG-TATGAATGACTATAAATGAACTTTTCATTCCAATGGATGGCTTTTG
66 TAATAA-AGCTTTCAAAGCT-TGAGTAACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTA
* * * * * * * * *
3594 CTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTTT
128 CTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-A-ACAAAATATAAA-AAA-TTA
* * * * * * *
3659 ACTTAAAA-CTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAGGCATG
189 ACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGG
* * * ** * * * *
3722 GGTGAATATAAATGGAGTTTTCTTGCTAATGAATGATTTTTTCTTCACGTT-TTCTAAGGTAAAC
253 GGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTTACTTTCTTC-AATGCAAAC
* *
3786 ATTCAAATATAATCTGTTTT
316 ATTCAAAGATAATCTATTTT
* * * * * * *
3806 AAC-CAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCACTTAAAGCGA
1 AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAA
*
3869 GTAATAAGGCTT
65 GTAATAAAGCTT
3881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1921, Mismatches: 459, Indels: 170
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 20 0.01
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343 72 0.04
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
AACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
TAATAAAGCTTTCAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTACTT
CATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATATAAAAAATTAACTTAAA
ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAAGGGGTGAATA
TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTTACTTTCTTCAATGCAAACATTCAAAGAT
AATCTATTTT
Found at i:4962 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4754--5974 Score: 931
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
4744 NNNNNNNNNN
* *
4754 TAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAA
* * * * * *
4819 TGTCGGCTTTAGAAAACGTGAAGTAAAAGCCA-TCTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCAT
66 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
4883 TCAAACCATCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTAG-TTTA
130 TCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TAGTTTTA
* * * * *
4925 TAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTTTA-TAAAAATAAATTAG-AATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATT-GTAATTG
* ** * *
4988 AATGTCTGCCTTGGAAAGTATGAAGCAAAAGCCATTCATTGG-ATAGAAAAGT-TCATTTTTAGT
64 AATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGT
* * *
5051 CACTCACACCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATGTTA
127 CACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * * * * *
5096 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATCTTTGGTTAAAATAGAATATATTTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAA
* * * * * *
5161 TGTCTACCTTGGAAAACATG-AGGAAAACACCATTCATTGGT-CGAAAAAGTCTATTTACAGTCA
66 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAA-GCCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * * *
5224 CCCATGA-CTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTG
129 CTCA-AACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
5267 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTTGTAAAAATATATTTTAATTAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGA
* * * * * * * * *
5331 AAGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATACTCCC
65 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
5396 TC-AAGCTTCCAAAAG-CTCT-TTACTCGATTTAAATAGTTTTA
130 TCAAACCTT-CAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
5437 TAATCTCACAATTGATTTTAACTTAGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGA
* * * * * * *
5502 AAGTTTTCCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTACAGCC
65 ATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
* * * **
5565 ACTCATATCTTCGATGGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
128 ACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
5609 TAATCTAATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GATCAAAATATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTGTAATTGA
* * * * * * * *** *
5673 ATGTATAG--TTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATGCACTACCAAGAAAAGTGC-ATTTAAAGT
65 ATGTCT-GCCTT-AGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGT
* * ** * * ** *
5735 CATTCAAGCCTTTGAAAG-ATATCTTACTCACTTTAAATGGTTTTA
127 CACTCAAACCTTCAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
5780 TCATCTCACAATTGATTTTAAGTTG-ATTTCTTTGACATTTTTGGTTAGAATATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGA
* * * * * * *
5844 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC
65 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ** **
5909 CCATGCCTTCGACTA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
130 TCAAACCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
*
5951 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
5975 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 183, Indels: 84
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 68 0.08
171 685 0.83
172 70 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAA
TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
CAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
Found at i:5411 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 4894--5977 Score: 1032
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 336
4884 CAAACCATCA
* * * * *
4894 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTAG-TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * *
4958 TA-TATTTTTTATAAAAATAAATTAGAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAAGTATGAAGCAAAAGCC
65 TACT-TTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCC
* * * * * *
5021 ATTCATT-GGATAGAAAAGTTC-ATTTTTAGTCACTCACACCATCAAAAGCCT-TATTACTTGCT
128 ATCCATTAGCA-AGAAAAG-TCGATTTATAGTCACTCA-AGCTTCAAAAG-CTAT-TTACTCGCT
* * * *
5083 TTAAATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATCTTTGGTTAAAATA
188 TTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-GATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATA
5148 GAATATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAGGAAAACACCATTCATTGGTCGAAAAAGTCT
251 GAATATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAGGAAAA-ACCATTCATTGGTC-AAAAAGTCT
5213 ATTTACAGTCACCCATGACTTCG
314 ATTTACAGTCACCCATGACTTCG
* * * *
5236 AAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
5301 ACTTTTTTTGTAAAAATATATTTTAATTAAAAGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATC
66 ACTTTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * *
5366 CATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATACTCCCTCAAGCTTCCAAAAGCTCTTTACTCGATTTAAAT-
131 CATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCTT-CAAAAGCTATTTACTCGCTTTAAATG
* *
5430 AGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAACTTAGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATA
195 A-TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-GA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATA
* * * * * * *
5494 GTATTTGAAAGTTTTCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCAT
256 -TATTTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAGGAAAAA-CCATTCATTGGTCA-AAAAGTCT-AT
* *
5557 TTACAGCCACTCAT-ATCTTCG
316 TTACAGTCACCCATGA-CTTCG
** * *
5578 ATGGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
5643 AC-ATTTTTGATCAAAATATATTATAATTGAATGTATAG-TTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCA
66 ACTTTTTTTG-TAAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * ** * *
5706 TGCACTACCAAGAAAAGT-GCATTTAAAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGATATCTTACTCACTTTA
129 TCCATTAGCAAGAAAAGTCG-ATTTATAGTCACTCAAG-CTTCAAAAGCTAT-TTACTCGCTTTA
* * * * *
5770 AATGGTTTTATCATCTCACAATTGATTTTAAGTTGATTTCTTTGACATTTTTGGTTAGAATATAT
191 AATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGATTT-TTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGAA
* * * * * * *
5835 TATAATTGAATGTCTGCCTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATTCTTTGG-CAAGAGAAGTCCA
254 TATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAAACATG-AGGAAAAACCATTCATTGGTCAA-A-AAGTCTA
* *
5898 TTTATAGTCACCCATGCCTTCG
315 TTTACAGTCACCCATGACTTCG
* *
5920 ACTA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
1 A-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
5978 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 101, Indels: 66
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 70 0.12
342 468 0.77
343 65 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ACTTTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCTTCAAAAGCTATTTACTCGCTTTAAATGA
TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATATTT
GAATGTCTACCTTGGAAAACATGAGGAAAAACCATTCATTGGTCAAAAAGTCTATTTACAGTCAC
CCATGACTTCG
Found at i:5771 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 4754--5971 Score: 1176
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 512
4744 NNNNNNNNNN
* * *
4754 TAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * * **
4818 ATGTCGGCTTTAGAAAACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCAT
65 ATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCC
* * *
4883 TCAAACCAT-CAAAAGC-CTTATCACTCGCTTTAAATTAG-TTTATAATCCCATAATTGATTTTA
130 TC-AAGCTTCCAAAAGCTCTT-T-ACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
4945 AGTTCAATTTCTTTATATTTTTTATAAAAATAAATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAGTATG
191 ACTTCAATTTCTTTACATTTTTGATAAAAACAAATTAGAATTGAAAGTCTGCCTTAGAAAGCATG
* ** *
5010 AAGCAAAAGCCATTCATTGGATAGAAAAGTTCATTTTTAGTCACTCACACCATCAAAAGCCTTAT
256 AAGAAAAAGCCATTCATTGGATAGAAAAGTTCATTTACAGCCACTCACACCATCAAAAGCCTTAT
* ** * *
5075 TACTTGCTTTAAATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATCTTTGG
321 TACTTGCTTTAAATGATGTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATCTTTGA
* * * * * * * ** *
5140 TTAAAATAGAATATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAGGAAAACACCATTCATTGGTCGA
386 TCAAAATAGAATATAATTGAATGTATACCTTGGAAAACATAAGCAAAACACCATGCACTGACCAA
* * * ** *
5205 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGACTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTG
451 AAAAGTCTATTTAAAGTCACCCAAGACTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5267 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTAAAAATATATTTTAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * *
5332 AGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATACTCCCT
66 TGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT
* *
5397 CAAGCTTCCAAAAGCTCTTTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAACTT-
131 CAAGCTTCCAAAAGCTCTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTC
* * * * * * *
5461 AGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAAAGTTTTCCTTAAGAAA-CATGA
196 A-A-TTTCTTTACATTTTTGATAAAAACAAATTAG-AATTGAAAGTCTGCCTT-AGAAAGCATGA
* * * * * **
5524 AGAAAAAGTCATTCATTGG-TAAGAAAAGTTCATTTACAGCCACTCATATCTTCGATGGCCTTAT
257 AGAAAAAGCCATTCATTGGAT-AGAAAAGTTCATTTACAGCCACTCACACCATCAAAAGCCTTAT
* * * *
5588 TACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
321 TACTTGCTTTAAATGA-TGTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATCTTTG
* * * * *
5652 ATCAAAATATATTATAATTGAATGTATA-GTTCAGG-AAACGTAAAGCAAAA-GCCATGCACT-A
385 ATCAAAATAGAATATAATTGAATGTATACCTT--GGAAAACAT-AAGCAAAACACCATGCACTGA
** * * *
5713 CCAAGAAAAGTGC-ATTTAAAGTCATTCAAGCCTTTGAAAG-ATATCTTACTCACTTTAAATGGT
447 CCAA-AAAAGT-CTATTTAAAGTCACCCAAGACTTCGAAAGCAT-TATTACTCACTTTAAATGGT
5776 TTTA
509 TTTA
* * * * * *
5780 TCATCTCACAATTGATTTTAAGTTG-ATTTCTTTGACATTTTTGGTTAGAATATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * *
5844 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC
65 ATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-C
* * ** * * *
5909 C-CATGCCTTCGACTACCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
129 CTCAAG-CTTCCAAAAGCTCT-TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5972 GTTAAANNNN
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 111, Indels: 39
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
512 55 0.10
513 449 0.78
514 66 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
TGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT
CAAGCTTCCAAAAGCTCTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTC
AATTTCTTTACATTTTTGATAAAAACAAATTAGAATTGAAAGTCTGCCTTAGAAAGCATGAAGAA
AAAGCCATTCATTGGATAGAAAAGTTCATTTACAGCCACTCACACCATCAAAAGCCTTATTACTT
GCTTTAAATGATGTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATCTTTGATCAAA
ATAGAATATAATTGAATGTATACCTTGGAAAACATAAGCAAAACACCATGCACTGACCAAAAAAG
TCTATTTAAAGTCACCCAAGACTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:14295 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14037--15152 Score: 1124
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
14027 TTACTAATAA
* * * * * * * * * *
14037 ATGGGTTTTTCTTCTCGTTTCCTAAAGCAAACATTCAAATATAAT-TTTCTTTAACCAAAACTAT
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACTAAAAATAT
* *
14101 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGACTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * *
14166 CCAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGAATTTTCATGCCAAT-G
130 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * *
14207 ATGGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
*
14272 AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC-AACTAATAAGGCTT
66 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAACTAAGTAATAAGGCTT
* * *
14336 TCGAAGACAT-AG-GCTACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGG
129 TCAAAGGCATGAGTG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * ** * *
14379 ATGACTTTTTCTTTATATTTCCTGAGGTCA-ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAACAATAT
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT
*
14443 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTT
* * *
14506 TCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
129 TCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * * *
14549 ATTGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGCCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
* * * * *
14614 AAAATATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GAGAGTAATTAGGCTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTA-AGTAATAAGGCTTT
* * * *
14678 TAAATGCATGGAAG-G-CTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGA
130 CAAAGGCAT-G-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * *
14720 ATGGCTTGTCCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACT-AAAATGTA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
* * * * *
14784 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACCTTTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTCT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTT
* * *
14848 CAAAGGCTTGAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATAG
130 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *
14890 ATGGCTTTTACTTTACGTTTCCTAAGGCAGACATTTAAATATGATCTATATTAACTAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
* * * * ** *
14955 AAACCAATTCAACATAAAATGAATTATGAGATTGTATGACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT
66 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
15020 CCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGG
130 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *
15062 ATGGCTTTCACTTCACCTTTCTTGAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATACA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
* * *
15127 AAAACATTTAACTTAAAATTAATTAT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
15153 AAGGCTTTCG
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 134, Indels: 47
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 8 0.01
170 328 0.42
171 247 0.31
172 200 0.25
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTC
AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
Found at i:14743 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14067--15152 Score: 1188
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 338
14057 CCTAAAGCAA
* *
14067 ACATTCAAATATAATTT-TCTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATTTAT-TTTAACTAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
14131 ATTATAAAACCATTTAAACTGACTAATAAGGCTTTCCAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGAATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
14196 TCATGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCACCTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTA
129 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTA
* * *
14260 ACTAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAC
194 ACTAAAAATGTAAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGAAG
* *** * * * *
14325 TAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGCTACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGACTTTTTC
257 TAATAAGGCTTTCAAAG-CAT-GGAGGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTCC
* *
14390 TTTATATTTCCTGAGGTCA-
319 TTCACATTTCCTGAGGTCAG
14409 ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
14474 TTAT-AAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
14538 CTTGTCAATGAATTGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAG
130 CTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * *
14603 CCAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
195 CTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AGTA
* * *
14668 ATTAGGCTTTTAAATGCATGGAAGGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTGTCCTT
259 ATAAGGCTTTCAAA-GCATGG-AGGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT-TCCTT
*
14733 CACGTTTCCTGAGGT-AG
321 CACATTTCCTGAGGTCAG
* * * * * *
14750 ACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTAAGAT
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
14815 TATAAAACCTTTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTCTCAAAGGCTTGAGTGACTATGAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
14879 CTTGTCAAT-AGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCTAAGGCAGACATTTAAATATGATCTATATTA
130 CTTGTCAATGA-ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTA
* * * **
14943 ACTAAAAATGTAAAACCA-ATTCAACATAAAATGAATTATGAGATTGTATGACCATTTAAAGTAA
194 ACTAAAAATGTAAAA--ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AA
* * * *
15007 GTAATAAGGCTTTCCAAGGC-TTGAGTGACTATAAA-TGAAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
256 GTAATAAGGCTTT-CAAAGCATGGAG-G-CTATAAATTG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * *
15070 CACTTCACCTTTCTTGAAG-CAG
317 C-CTTCACATTTCCTGAGGTCAG
* * * *
15092 ATATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATACAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTAT
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAATATA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
15153 AAGGCTTTCG
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 91, Indels: 43
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 50 0.08
341 307 0.49
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
ACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
TAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGCATGGAGGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCCTTCACAT
TTCCTGAGGTCAG
Found at i:15656 original size:170 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
15372 TGCTTCCCGT
* * *
15382 TTTCC-AAAGTAGACA-TTAAATTATAATATATTTTAA-CCAAAAAAGTAAAAAAGATTTAACTT
1 TTTCCTAAAGTAGACATTTAAA-TATAATCTATTTTAACCCAAAATA-TAAAAAA-ATTCAACTT
* ** * *
15444 AAAATCAATTATACAATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAGGTATAGGTGAC
63 AAAATCAATTATA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAGGT-TAAGTAAC
* ** * ***
15509 CATAAATGGGCTTTTCT-TTTCAATTAATGGCTTTTTTTTCAAG
126 CATAAATAGGCTTTTCTCGCT-AATGAATGGCTTTCGATTCAAG
**
15552 TTT-CTTGAGATAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCCTAAAG-TAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
15616 AATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGGTTTCAAAAGCTTAAGTAACT
65 AATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC--AAGGTTAAGTAACC
* * *
15681 ATAAATAGGCTTTTCTCGCTAGTGGATGGCTTTCGATTCACG
127 ATAAATAGGCTTTTCTCGCTAATGAATGGCTTTCGATTCAAG
* * * ** *
15723 TTTCCTAAAGTAGATATTCAAATATAATCTATATTAACAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCCTAAAGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
15788 ATCAATTATAAGATTACAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGTT
66 ATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-CAAGGTT
15843 TGAGTGACTA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 44, Indels: 20
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TTTCCTAAAGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAGGTTAAGTAACCATAA
ATAGGCTTTTCTCGCTAATGAATGGCTTTCGATTCAAG
Found at i:16785 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16356--21646 Score: 3428
Period size: 171 Copynumber: 31.2 Consensus size: 170
16346 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
16356 ATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCCA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * * ** *
16421 AATCCATCCACTGGA-TAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTAAAGCCTTATAAAGCATTATTACTC
65 AAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
16485 ATTTTAAATAGTTTTATAATATTATAATGGATTTTAAGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *** *
16527 ATTTGTTTAACATTTTTGGTTTAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCA
1 ATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCA
* * * * ** *
16592 AAAGCCGTCTATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAATCCTTTAAAAGCCTTATTATT
64 AAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
16656 CACTTTAAATAGTTTTAGAATCTGATAATTGATTTTAAGTTTA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
16699 ATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTGGAAAACATAAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGG-AAACGTGAAGCAA
* * ** * * *
16764 AATCCATCCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATACTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
*
16829 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * * * *
16870 ATTTCTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAACTGAATGTTTTCCTTAGGAAACGTAAAGCGA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * *
16935 AATCCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
16999 ACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGATGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * *
17041 ATTTTTTTA-TTTTTTATTTTACAATACATTATGATTGAATGTCTATTTTGGAAACCTGAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * ** * * *
17105 TAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAATAAATTTATAGTCCCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATT-CTC
65 AAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
17168 GCTTTAAATGGTGTTATAATGTCATAATTGAATTTACGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** ** * * * * * * * * **
17210 ATTCGTGAACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTAGGAAACATAAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * * *
17275 AAGTCATACATTTACAAAAAAATTCCATTTATAGTCAC-CCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTT
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
17339 GCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGATTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
* ** * * *
17381 ATGTTTTTAC-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTGCTTTGAGAAACGTGAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAACGTGAAGCAA
* * * *
17445 AAGTCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTC-
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
17509 CTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *** *
17550 ATTCTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAACAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * * *
17615 AAGCCA-CTCATTGACAGGAAAAGTCAATTTATAATCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
65 AAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
17679 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** ** ** * * * *
17721 ATTGTTTTAGTTTTTTACTTAAACCAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTTGAGAAACATGAAG-A
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTACTTTG-GAAACGTGAAGCA
* * * * * * *
17784 AAACACCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTAC
64 AAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
17848 TCACTTCAAATAGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTTA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** ** *
17892 ATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACA-AATAGT-GTTAGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGACGC
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA-TAATT-GAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGC
* * *
17955 AAAAGTCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTA
63 AAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * *
18018 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
126 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * *
18063 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATAGAATAATTG-ATCGTCTGCTTCAT-GAAAGGTGAAG-
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GTCTACTT--TGGAAACGTGAAGC
* * * * * *
18125 TAAAGCCATCCATTGGCAAGAGAATTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATT
63 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** *
18190 TGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * *
18233 ATGTTTTTTATATTTTTGGTTAATATAGATAATATTTGATTGTTTGCCTTGTGAAAGGTGAAGCA
1 AT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAACGTGAAGCA
* * * * * *
18298 AAAGCTATCCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACT
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCC-TTATTACT
* *
18362 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** * *
18405 ATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * ** * * * * ** *
18470 AAACTATTTATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCAC-CCATACCTTCGAAAGAATTATTACTT
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
18534 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
18576 ATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATT-AGATCTCTACTTTGAGAAACATGAAGCA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTACTTTG-GAAACGTGAAGCA
* ** *
18640 AAAGCCACCCATTG-GTAGAAAACGTCCATTTATAG----TC-A--CTT---AAG-CTATATAAC
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCT-TATTAC
** * * * * *
18693 TTGCTTCACATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAATTGA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * * *
18737 ATTATTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTTAATGTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CT-TTGGAAACGTGAAGCA
* * *
18801 AAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
64 AAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * **
18864 TCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATTTTGA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** *
18908 ATTTTTTCATATTGTTGGCTAAAGTAAATTATAATTGAATGT-TAGCTTTAGGAAATATGAAGTA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTT-GGAAACGTGAAGCA
* * * ** * * * *
18972 AAAGCCTTCCATTGAAAAGAAAAGCCCATTTATAGGAAC-CCATGCCTTCTAAATCCTTATTAGT
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
*** * * *
19036 TGTTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*** * * * * * * *
19079 ACAATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTTAGAAACATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * *
19144 AAGCCATTCATTTG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCAATC-ATGCCTTCGAAAACCTTATTACT
65 AAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
19207 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATT-A
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
19249 AATTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTAGGAAACTTCAAGCA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TA-CTTTGGAAACGTGAAGCA
*
19313 AAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATAT-CTTTGAAAGCCTTATTA
64 AAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-ATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
19375 CTTACTTTAAATTGTTTCATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAA
126 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
19420 ACTTTCTTATATTTTCGATTAAAATATATTATAATT-AATTGTCTACTTGAGGAAAGGTGAAGCA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACTT-TGGAAACGTGAAGCA
* * * * * * * * *
19484 AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAATTTCATTTAGAGTCGCTCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
19549 GA-TGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
129 -ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * ** * * *** **
19591 ATTTTTTT-CTTTTTTGATTAAAACAGAATATGTTTGAATGTTTGCCTTAATAAACGTGAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTG-AAGCA
* * * * * * * *
19655 AAAACTATTCATTGACACAG-AAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTA-T--T
64 AAAGCCATCCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * ** *
19716 -AC--T---TGTTTTTA-AATATCATAATCAATTTTAAGTAGA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
19752 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTTTGCTTCTAGAAACGTGAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-TGGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * * *
19817 AAGCCATCTACT-AGCAAGAAAAATCTATTTATAGTTATTAAATCATTCGAAA-CCATTATTACT
65 AAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCC-TTATTACT
* * *
19880 -AGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGA
128 CA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * * * * * * *
19923 ATTGTTTTTACATTTTAGGCTAAAGCAGATTATATTTAAATGTCTGCCTTGGAAAACATAAAGAA
1 ATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGG-AAACGTGAAGCA
* * * * * * *
19988 AAAGTCATTCATTGAGAAGAACAA-CCCATTTATGGTCAC-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
*** *
20051 TTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG-TGAA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * *
20095 ACTTTTTTACATGTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTGGGAAACGTGAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTT-GGAAACGTGAAGCAA
* * * * * *
20160 AAGCCATCTGC-TAG-CAAGAAAAATCTATTTATAGTTA-TCCAAGT-CTTC-AAAACGATTATT
65 AAGCCATC--CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAA-TCCTTCGAAAGC-CTTATT
* *
20220 ACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGG
125 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * * * * **
20266 ATTTTTTTACATTTTAGGCTAACACAGATTATATTTAAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * * ** * * * *
20331 AAGCCATTCATTCAGAAGAAAA-CCCATTTACGGTTAGC-C-ATGCCTTTTG-AAGTCTTATTTC
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAT-CC-TTCGAAAGCCTTATTAC
* *
20392 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAG-TGAA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * *
20436 ATTTTTTT--ATTGCTT-CTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-AGCTTTAGAATATGTGAAGC
1 ATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAA-ACGTGAAGC
* * ** * * * * *
20497 AAAGGCCATCCACTGGTAAGAGAAA-TCTATTTATAGTTACTCAAGCCTAC-AATACCCTTATTA
63 AAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAA-AGCCTTATTA
* * *
20560 CT-AGCTTGAAAGGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
126 CTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * * * **** * * *
20605 A-TTTGTTACATTTGAGGTTAAAAAAAATTATATTTAAATGCCTGCCTCAAAAAACATAAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCAA
** * * * *
20669 AAGCCATTTATTGAGAAGAACAG-CCTATTTATAGTCACTC-ATGCTTTAGAAAGCCTTATTACT
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
*** * * * * *
20732 TGTTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAA-TCAATTTAAGTGGA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*** * * *
20774 ATTTTTTTTACATTTTCATTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAACGTGAAGTA
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* * * * * * *
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*
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* ** * * * * * * * *
20946 ATTTTTTTACATTTTAGGCGAAAACAGATTATATTTAAATGTCTGCCTTAGGAAACGTCAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * * * *
21011 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTA
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* * * * *
21117 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATTTACTTCGAGAAACGTGAAGTAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAACGTGAAGCAA
* * ** ** *
21181 AATCCTTCCATT-AGTAGAAAAAGTTTATTTATA---A-TC-A--C-TC--AGGCCTTATTACTC
65 AAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
21235 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * * * * *** *
21277 ATTCTTTTATATGGTTAGATAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTTCCACAGGAAACATGAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TACTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * ** * * *
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65 AAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
21405 GCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAGTT-ATTTTTTAGTTGA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
** * * * * ** * * * *
21447 GGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTCTATTTGAATGT-TTGTCTCGAGAAACATAAAGGA
1 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT-TTG-GAAACGTGAAGCA
** * * * *
21511 AAAATCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA--CATGTGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
64 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AT-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * ** *
21574 TTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATCAATTTTAAG-TAA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
21617 AATATTTTACATTTTT-GTCTATAATATATT
1 ATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAATATATT
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* **
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* * * * *
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** **
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** *
17168 GCTTTAAATGGTGTTATAATGTCATAATTGAATTTACGTTGAATTCGTGAACATTTTTTGTTAAA
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* * * * ** * * *
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* * *
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* * * *
17381 ATGTTTTTACTTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATTTGCTTTGAGAAACGTGAAGCAA
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* * * *
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* * * * *
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130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
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* * ** *
17636 AGTCAATTTATAATCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
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*
17701 CATAATTGATTTCAAGTTGA
320 CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** * * * *
17721 ATTGTTTTAGTTTTTTACTTAAACCAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTTGAGAAACATGAAG-A
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
17976 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* *
18040 TCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
317 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * *
18063 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATAGAATAATTG-ATCGTCTGCTTCAT-GAAAGGTGAAG-
1 ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GTCTACTT--TGGAAACGTGAAGC
* * * * * *
18125 TAAAGCCATCCATTGGCAAGAGAATTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATT
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* * *
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* * * * ** * * * **
18255 ATATAGATAATATTTGATTGTTTGCCTT-GTGAAAGGTGAAGCAAAAGCTATCCACTGGCAAGAA
191 AAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
* * * *
18319 AAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
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*
18383 CTCATAACTGATTTTAAGTTGA
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* * ** * * * * ** * *
18405 ATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAAACGTGAAGCAA
* * ** * * * * * ** *
18470 AAACTATTTATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCATA-CCTTCGAAAGAATTATTACTT
65 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
18534 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * **
18599 ATAAATTATAATT-AGATCTCT-ACTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTG-GTAGAAA
193 ATAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTAG-GAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAA
* * *
18661 ACGTCCATTTATAGT----C-A--CTT---AAG-CTATATAACTTGCTTCACATGATTTTATAAT
256 A-GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAAT
* *
18715 CTCATAATTGATATTAAATTGA
318 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * *
18737 A-TTATTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTTAATGTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGA
1 ATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CT-TTGGAAACGTGAAGC
* * *
18800 AAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
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* * ** *
18864 TCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATTTTGAATTTTTT-CATATTGTTGGCT
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTGGTT
* * * * * * * *
18928 AAAGTAAATTATAATTGAATGTTAGCTTTAGGAAATATGAAGTAAAAGCCTTCCATTGAAAAGAA
190 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
* ** * * * * * *
18993 AAGCCCATTTATAGGAACCCATGCCTTCTAAATCCTTATTAGTTGTTTTAAATAGTTTTATAATT
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
*
19058 TCATAACTGATTTTAAGTTGA
319 TCATAATTGATTTTAAGTTGA
*** * * * * * *
19079 ACAATTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTTAGAAACATGAAGAA
1 ATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAACGTGAAGCA
* * * * * *
19143 AAAGCCATTCATTTG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTCGAAAACCTTATTACT
64 AAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
19207 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTATATTGTTGGTTAAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
19272 ATAGATTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAACTTCAAGCAAAAGCCATCCATT-AGAAAGAAAA
193 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAAGAAAA
* * * * *
19336 GTCCATTTATAGTCACCTATA-TCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTCATAATCT
257 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TGTTTTATAATCT
* * *
19400 CACAATTAATTTTAAGTTAA
320 CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
19420 ACTTTCTTA-TATTTTCGATTAAAATATATTATAATT-AATTGTCTACTTGAGGAAAGGTGAAGC
1 ATTTTTTTACTTTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACTT-TGGAAACGTGAAGC
* * * * * * *
19483 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA-TTTCATTTAGAGTCGCTCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
19547 TCGATGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTTTTTTGATTAA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * ** ** * ** * * * *
19612 AACAGAATATGTTTGAATGTTTGCCTTAATAAACGTGAAAAAAAAAACTATTCATTGACACAG-A
192 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT-AAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAAGAA
* ** * * *
19676 AACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTG-------T-TTTTA-AATAT
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTATAATCT
** *
19732 CATAATCAATTTTAAGTAGA
320 CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
19752 ATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTTTGCTTCTAGAAACGTGAAGCA
1 ATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-TGGAAACGTGAAGCA
* * * * * * * *
19816 AAAGCCATCTACT-AGCAAGAAAAATCTATTTATAGTTATTAAATCATTCGAAA-CCATTATTAC
64 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTAC
* * * * * *
19879 TAGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTTACATTTTAGGCT
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTT
** * * * * * * *
19944 AAAGCAGATTATATTTAAATGTCTGCCTT-GGAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGA
190 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGA
* * * * *
20008 ACAA-CCCATTTATGGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAA
254 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAA
*
20072 TCTCATAATTGATTCTAAG-TGAA
317 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * *
20095 ACTTTTTTACATGTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTGGGAAACGTGAAGCAA
1 ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTT-GGAAACGTGAAGCAA
* * * * * *
20160 AAGCCATCTGC-TAG-CAAGAAAAATCTATTTATAGTTA-TCCAAGTCTTC-AAAACGATTATTA
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* * * * *
20221 CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTAGGCT
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * ** * * *
20286 AACACAGATTATATTTAAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTCAGAAGAA
190 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
* ** * * * * * * *
20351 AA-CCCATTTACGGTTAGCCATGCCTTTTG-AAGTCTTATTTCTTACTTTAAATGGTTTTATAAT
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAAT
*
20414 CTCATAATCGATTTTAAG-TGAA
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** * * *
20436 ATTTTTTTA-TTGCTT-CTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-AGCTTTAGAATATGTGAAGCA
1 ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGAA-ACGTGAAGCA
* * ** * * *
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* * * * * **
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127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * ** * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * *
20755 CATAA-TCAATTTAAGTGGA
320 CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
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* * * * *
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** * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
21031 AAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATC
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
21096 TCATAATTGATTTTAAGTTGA
319 TCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
21117 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATTTACTTCGAGAAACGTGAAGTAA
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* * ** * *
21181 AATCCTTCCATT-AGTAGAAAAAGTTTATTTATA---A-TC-A--C-TC--AGGCCTTATTACTC
65 AAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ** * *
21235 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATGGTTAGATAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * *
21300 ATAGATTGTAATTGAATGTCTT-CCACAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-AGAAAGAAA
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* ** * * * * * *
21363 AGTCCATTTATATTTGCTCATG-CTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCT
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* *
21427 CATAGTT-ATTTTTTAGTTGA
320 CATAATTGA-TTTTAAGTTGA
** * * * * * * ** * * * *
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** * * * * **
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Statistics
Matches: 3973, Mismatches: 784, Indels: 359
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 60 0.02
331 207 0.05
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336 3 0.00
337 3 0.00
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343 431 0.11
344 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAACGTGAAGCAAA
AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
GATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGA
Found at i:18806 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 18530--18839 Score: 369
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
18520 AAGAATTATT
* * * *
18530 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGT
1 ACTTGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGAATTATTTAATATTTTTAGT
* * * * * **
18595 TAAAATAAATTATAATTAGATCTCTACTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCA-TTGGTAGA
66 TAAAACAAATAATAATTAGATCTCTACTCTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCACCCATTTGCAAGA
18659 AAACGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTATATA
131 AAA-GTCCATTTATAGTCACTTAAGCTATATA
*
18691 ACTTGCTTCACATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTA-AA-TTGAATTATTTAATATTTTTA
1 ACTTGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATT-A-ATTATAAGTTGAATTATTTAATATTTTTA
* * ** **
18754 GTTAAAACAAATAATATTTTA-ATGTCTAC-CTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGC
64 GTTAAAACAAATAATA-ATTAGATCTCTACTCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGCCACCCATTTGC
*
18817 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
18840 CCATGCCTTC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.02
161 104 0.83
162 15 0.12
163 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
ACTTGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGAATTATTTAATATTTTTAGT
TAAAACAAATAATAATTAGATCTCTACTCTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCACCCATTTGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTATATA
Found at i:22387 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 21819--23144 Score: 1156
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 337
21809 ATCCATTGGC
* * * *
21819 AAGACAAGTTTATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTATATTTATAGTTC-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * **
21882 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTCTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAAC
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATATT
* ** * * * * * *
21945 TAAATGT-TTGC-AGCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCACTGGA-AAGAAAAGTCCAGTTA-
128 TGAATGTCTACCTAG-AAAATA--TGAAGAAAAAAC-ATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
22006 GGTC-CCTTAA-GCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGA
188 AGTCACC--AATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGA
** * * *
22069 TTTTAAAAT-AATTTTTTTATATTTTTTG-TTATAATATATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGA
250 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TCTTAGGA
*
22132 AATGTTAGGCAATAGCCATTCCTTGACCT
312 AATG-TAAGCAA-AGCCATTCCTTGA-CT
* * *
22161 AA-AAAA-TAAATTTATAGTTCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT-TTCTCTTTAAATGGTGTTA
1 AAGAAAAGTATATTTATAGTTCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
22223 TAATGTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTG
*
22288 AATGTCTACCTAGGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
130 AATGTCTACCTA-GAAAATATGAAGAAAAAA-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** *
22352 ACCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
192 ACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
22417 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATGTATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGGAAACATG-
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CTTA-GG-AA-ATGT
*
22481 AAGCGAAAGCCA-TCCACTGA-T
317 AAGC-AAAGCCATTCC-TTGACT
* ** * * * *
22502 AAGAAAAGTTTATTTATAGTAACTCAAGTCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGTATATTTATAGTTCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * **
22567 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTGT-ATTTTTAATTAAAATATATTATAACTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
* * * ** * * **
22631 ATGTTTACCTTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGCCACTCATTGTCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCA
131 ATGTCTACC-T-AGAAAATATGAAG-AAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
22696 CTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
193 C-CAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
22760 GTTGAATTCTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTCCCTGAGAAACATGAA
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-TT-TCTTAGGAA-ATGTA
** * **
22825 AAAAAAGTCATTTATTGAC-
318 AGCAAAGCCATTCCTTGACT
* * * * *
22844 AAGAAAAGTCTATTTATAG-TCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTATATTTATAGTTCCT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTTT
** * * *
22907 TATGCTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTT
* * * * * * *
22971 GAATGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGTAAAAACTATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
129 GAATGTCTACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAAC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
23036 ACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
192 ACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
23100 GTTAAATTTTTTCATATTTTTGTTTAAAATATATTATAATTGAAT
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
23145 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 141, Indels: 84
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 38 0.05
340 128 0.16
341 110 0.14
342 237 0.30
343 220 0.27
344 64 0.08
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
AAGAAAAGTATATTTATAGTTCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
ATGTCTACCTAGAAAATATGAAGAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCTTAGGAAATGTAAGCAAAGC
CATTCCTTGACT
Found at i:22508 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21830--23144 Score: 1156
Period size: 170 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
21820 AGACAAGTTT
*
21830 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
21895 TTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGC--A
66 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTA
* * * *
21957 GCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCACTGGA-AAGAAAAGTCC
129 G--AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCC
* * * * * *
22001 AGTTA-GGTCCCTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
** * * *
22064 ATTGATTTTAAAAT-AATTTTTTTATATTTTTTG-TTATAATATATTATAATTAAATGTCTAT-C
65 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TGC
** * * * **
22126 TTAG-GAAATGTTAGGCAATAGCCATTCC-TTGACCTAA-AAAA-TAA
126 TTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGA--TAAGAAAAGTCC
* * * *
22170 ATTTATAGTTC-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT--TTCTCTTTAAATGGTGTTATAATGTCAT
1 ATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
22232 AACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTA
64 AATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG
* * ** * *
22296 CCTAG-GAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCC
125 CTTAGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCC
* * * *
22342 ATTTATAGTCAC-CAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 ATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
*
22406 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATGTATTATAATTGAATGTTTGCTTA
65 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTA
* * * **
22471 GGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGTTT
129 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * *
22513 ATTTATAGTAACTCAAGTCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
22577 ATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTGTATTTTTAATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-GCTT
* ** **
22642 CA-AAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-CTCATTG-TCAAGAAAAGTTA
128 -AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGAT-AAGAAAAGTCC
* *** * *
22685 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
22750 TTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTCCCT-G
66 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAG
** * ** * *
22814 AGAAACATGAAAAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCT
130 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
* * **
22855 ATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATGCTCTCATA
1 ATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
22919 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTT
* * * * * *
22984 -GAGAAATATAAAGTAAAAACTATCCATTGAAAAGAAAAGTCC
128 AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
* * *
23026 ATTTATTGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
23090 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTGTTTAAAATATATTATAATTGAAT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
23145 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 167, Indels: 97
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 93 0.10
170 329 0.35
171 246 0.26
172 212 0.23
173 43 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAGA
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
Found at i:23763 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23245--31096 Score: 5486
Period size: 171 Copynumber: 46.4 Consensus size: 171
23235 NNNNNNNNNN
* * * *
23245 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTC
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
** ** ** * * * **
23309 AGTGACTATAAATAAAAGTTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTTGAA-GCAGAC
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGAC
** *
23373 ATTCAATTATAATAAATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
23416 ACTTAAAAAT-AATTATTG-GATTATAAAACCATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCGAAGGTAT
1 ACTT-AAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * *
23479 -AGGTGATTATAGAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTT-TATGAGGCA
64 GA-GTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCA
* * *
23542 GACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTA
126 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
23588 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CACTTTAAAACAAATAGTAACGCTTTCGAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** *
23652 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTTTTCATG-TTCCCAAGGCAAACA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA
* *
23716 TTCAAGTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ** * * * *
23758 ACTTAAAATCAATCT-TAAGATTATAAAACTATGTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCAAAAGCTTA
1 ACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * ** * * ** * *
23822 AATGATTATAAATATACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTCGT-TTCGCGTTTCCTAAGGTAGAC
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGAC
* * *
23886 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTTGAAAAAATTTC-
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-AT-AAAAAAATTCA
* * * ** *
23930 ACGTAAAATTAATTATGAGATAATAAAATTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * *** * * *
23994 GGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGGC-TTTTCTTCCCATTTCCTAAGGTAGAGA
66 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA
* * ** * * *
24058 TT-TATAGATAATCTATTTTAACCCAAAATGTATAAAAGTTCA
130 TTCAAT-TATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * ** ** *
24100 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATACTGCTTTTAAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
24165 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCTAAT-AGATGACTTTTACTTGATGTTTCCTGAA-GCAGAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGCAGAC
* * * *
24228 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATGAAAGAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
24271 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTGAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * *
24335 GGTGACTATAACTGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTT-AAGGCAGA
* * * * *
24399 CATTCAAATA-ATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
128 CATTCAATTATA-ATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * ** ** *
24443 ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * * * *
24508 GTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAT
* * * *
24572 TCAATTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCA
131 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ***
24613 ACTTGAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATTAGTAATAAGGC-TT--------T-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * *
24668 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATTG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-TCAAA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGA
* *
24730 CATTCAATTATAATATATTTTAACCT-AAAATGTAAAAAAATTCA
128 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
24774 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGACAAGGCTTTCAAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * *
24839 GTGACCATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGTAGAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGAC
* * * * * * *
24902 ATTTAAATATAATCTGTTTTAGCTCAAAATGTAAAAAAAAATCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCA
* * ** * * *
24946 ACTTAAAATGAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGGTTTCGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * ** * * * ** *
25011 GTAACTAGAAATATACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAA-GTAGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACA
* * * * *
25075 TTCAATTGTAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCC
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
25117 ACTTAAAATCGATTATGGGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
25181 GGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGACAAACA
66 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA
** * * * * * *
25246 TTCAAAGATAACCTGTTTTAGCAAAAAATGTATAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
25288 GCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAATGCATG-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * *
25352 GATGACTATAAATGGACTTCTT-TTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAGAC
66 G-TGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGAC
* * * * *
25416 ATTAAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAATTTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
*** * *
25459 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTGTGTAAACCAAGTAATAAGGC--T--------TGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * ** * * * * * *
25514 GTGACTCTAAATGGATTATTTC-TACCAATGCGT-GATTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTA-AA
66 GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGAC
* * *
25576 AGTTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATTAAAAAATTTA
129 A-TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * ** *
25620 ACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCAAATCCATTA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* ** * * * *
25685 GTGACAATAAATAGG-CTTTTCTTTTTAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTC-TACAAGCAAAC
66 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGCAGAC
* * * * ** * * *
25748 ATTTAAATATAATATGTTTTAACCCAAAATGTATAACAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
** * * *
25791 ACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * *
25855 GGTCACTATAAATAGATTTTTCTT-ATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGAC
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* * * * * * *
25919 ATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCAATAATGTCAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* ** *
25962 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAA-------G-A--CTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * ** * * * ** *
26017 GTGACTATAAATGAACATTTT-TTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCATGTTACCCAAAGCAGATC
66 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGA-C
*
26081 -TTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
26123 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGGATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
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* ** **
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130 -TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATA-TAAAAA-AATTCA
* * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
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* * * * *
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128 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCA
* ** * * *
26464 ACTTAAAATCGATTATGAGACAAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * ** * * * *
26528 GGTGACTATAAATGAAGTTTTTTTGCCAATGAATGATTTTTTCTCCATGTTTCTCAA-ACAAACA
66 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA
* * * * * *
26592 TTCAAATATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * ** * *
26634 ACTTAGAATCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTAAAGGGACG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
26698 AGTGACCATAAATGG-CCTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTGTTTATGTTTCTTGA-GCTAGA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC-AGA
* * * * **
26760 CATTTAAATATAATCCATTTTATCCCAAAATATAAAAAAATTCA
128 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
*** * * *
26804 ACTTAAAATTGGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * ** * * * * *
26869 GT-AGCTATAACTGGACTTTTTTTAATAGTGGATGGCTTTTGCTTGACGTTTCTTTAA-GCAGAC
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* * * * * *
26932 ATTTAATTATAATATGTTTTAA--ACAAAATATGAAGAAATTCC
129 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTA-AAAATATAAAAAAATTCA
* * *** * * * * * *
26974 ACTTAAAATCGAGTATGAGGCAAAAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCCT-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
** * * * * * * * * *
27038 GATGACTATAAATACAGTTTTTTTCCCAGTGAATAG-TTTTATCCTCATGTTTCTCAAAGCCAG-
66 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGA
* * * *
27101 CATTCAAATATAAGCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCA
128 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
27145 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGGATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
** * ** * * ** *
27210 ACGACAATAAATGG-CCATTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGCCAGACA
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* * *** * *
27273 TTTAAATATAATCCGCTTTAA-TCCAAAATGTAGAAAAAA-TCA
130 TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATA-AAAAAATTCA
** * * * *
27315 ACTGGAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * ** * *
27380 GT-AGCTATAACTAGACTTTTCTTGCTAGTGGATTACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGAC
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* * * * * *
27443 ATTCAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAATCTAAGAAAATTCC
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* * * *
27485 ACTTAAAAAT-GATTATGAGATAAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AGAGGTAT
1 ACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCAT
* * *** *
27548 -AGGTG-CTTATAAATGGAGTTTT-TATGCCAATGAATGG-TCTTTTCTTCACAATTCTTGAGGC
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* * * * * * * *
27609 ATACATTCAAATATAACCTGTTTTAACCACAAATATATAAAAATTTA
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* * *
27656 ACTTAAAGTCAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATG
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* * * * * * * * * **
27720 GGTGATTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTCTTTCTTTATGTTTCCTAAGATAGACA
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* * * * *
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* * * ** *
27827 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCGTGTAAAGTGAGTAATAA------C----GCTTGA
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
27987 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAGGGGTTTCGAAGGCTTGA
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * *** ** * *
28224 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATCAATCATTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACA
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* * * * * * *
28288 TTTAAATATAATCTGTTTTAACTCAAAATGTAAAAATAGTCA
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* * * * *
28330 ACTTAAAAACAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTCCAAAGCTTC
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* ** * * * * * *
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**
28456 CATTCAATTATAATAAATTTTAAC-AAAAACTATAAAAAAATTCA
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1 ACTT-AAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* * * * ** * * ** **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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**
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* * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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** *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** ** *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * ** *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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31934 CAATTAAGCTCAATAACTTAATT
66 CAATTAAGCTCAATAACTTAATT
31957 AAACAATTTA
Statistics
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107 3 0.04
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GGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGAGTAAACAAATTTAAT
CAATTAAGCTCAATAACTTAATTGTTTAATTTAATCAATGA
Found at i:31948 original size:36 final size:35
Alignment explanation
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Period size: 36 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35
31886 NNNNNNNTTG
* *
31896 ATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACAAATTTA
1 ATCAATTAAGCCCAATAACTTAATTAAAC-AATTTA
*
31932 ATCAATTAAGCTCAATAACTTAATTAAACAATTTA
1 ATCAATTAAGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTA
* * *
31967 ATGAA-TAAG-GC-ACAACTTAATTAAACAATTT
1 ATCAATTAAGCCCAATAACTTAATTAAACAATTT
31998 TAANNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
32 19 0.32
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Consensus pattern (35 bp):
ATCAATTAAGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTA
Found at i:33882 original size:171 final size:168
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Indices: 33414--35223 Score: 1093
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 168
33404 GGCCTGAATG
* ** *
33414 ACTATAAATGGACTTTTTCTGT-CAATGGGTGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTTGAAGAAGACATT
1 ACTATAAATGGA--TTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAAGTAGACATT
*
33477 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
62 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-ATAAAAAATTTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
33541 AAAACCGTTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTAAAG-GTATGGGTG
125 AAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTAAAGACT-TGGATA
** * * * * * * * *
33585 ACCGTAAATGGATTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCTAACGCAGACATTTAA
1 ACTATAAATGGATTTTCTTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTCAA
* * * * * ** * * *
33650 ATATAATCTGTGTTAGCCTAAAATGTAAAAAGTTCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAG
65 TTATAATATATTTTAACC-AAAAAATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
33715 CCATTTAAAGCTAGTAATAATGG-TTTTGAAGACTTGGATA
129 CCATTTAAAGCTAGTAATAA-GGCTTTTAAAGACTTGGATA
* * * * *
33755 ACTGTAAATAGATATTTCTTGCCAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCCAAAGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGAT-TTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTCA
* * * *
33820 ATTATAATATACTTTAACTAAAAAAGTGAAACAATTTC-ACTTAGAATCAATTATGAGATTATAA
64 ATTATAATATATTTTAACCAAAAAA-T-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * **
33884 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCA
127 AACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGATA
* * * * * * *
33926 A-TCATAAATGGGTTGTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGGCAGACATTT
1 ACT-ATAAATGGATT-TTCTTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTC
* * ** * ** * *
33990 AAATATAATTTGCTTTAGCCTAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
63 AATTATAATATATTTTAACC-AAAAAATAAAAA-ATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ***
34055 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGGTTTCAAATTGTT-GAGTA
126 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGA-TA
* * * * *
34098 ACTATAAA-GAGATTTTTCTTACCAGTGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTCTAGAAGCAAACATT
1 ACTATAAATG-GA-TTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCA-AAGTAGACATT
* * * **
34161 CAATAATAA-ATATTTTAACCAAAAATATGAAAATATTTC-ATTTAAAATTGATTATGAGATTCA
62 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-A
* * *
34224 -AAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTGAACGA-AT-GAGTG
124 TAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTT-AAAGACTTGGA-TA
* * * * * * *
34268 ATTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGT-GAAAATT
1 ACTATAAATGGA-TTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAAGTAG-ACATT
* * * * *
34331 CAAATATAGTCTATTTTAA-TAAAAGATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
62 CAATTATAATATATTTTAACCAAAA-A-ATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
34394 AGAACTATTTACAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTG
125 AAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGA-TA
* * * * * * * * *
34438 ACCATAAATGAAATTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTTAC-CTTTCCTCAAGTATATATTT
1 ACTATAAATG-GATTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAAGTAGACATTC
* * *
34502 AATTATAATA-ATTTTTAACCAAAAATATAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATG
63 AATTATAATATA-TTTTAACCAAAAA-ATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
34566 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTT
126 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGATA
* * ** * *
34609 ACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTGATATTTTCTAAGGTA-AGCATTC
1 ACTATAAATGGA-TTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGA-CATTC
* * *
34673 AATTACAATCTATTTTAACCAATAATATAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 AATTATAATATATTTTAACCAA-AAAATAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
34737 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCAT-GAGTG
126 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGA-TA
* * ** * * * * * *
34780 ACTATAAATGGACTTTTCATGCATATTAAAGGCTTTTTCTTAACG-TTTCTAGAGACAGACATTC
1 ACTATAAATGGA-TTTTCTTCCA-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAG-TAGACATTC
* * *
34844 ACTTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAACCA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
63 AATTATAATATATTTTAACCAAAAAATA-AAAA--ATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
34907 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATG-CATTGG-TG
125 AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAC-TTGGATA
* * * * * *
34951 AGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-ATTT-CATGAGGTAGAGATT
1 ACTATAAATGGA-TTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCA--AAGTAGACATT
* * * * * * *
35014 CAAATATTATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
62 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-ATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
35079 AAACTATGTGAAGCAAGTTATATGG--ATT---GA----G-TG
126 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGATA
* * * * *
35112 ACTATAAATGGACTTTTTCTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAAGTAGAGATCCA
1 ACTATAAATGGA--TTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTCA
**
35177 ATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAAT
64 ATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AT-AAAAAATTTCAACTTAAAAT
35224 ATAAAACCAT
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 263, Indels: 162
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 75 0.06
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165 1 0.00
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ACTATAAATGGATTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACATTCAAT
TATAATATATTTTAACCAAAAAATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGATA
Found at i:34217 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 33137--35351 Score: 1578
Period size: 342 Copynumber: 6.6 Consensus size: 339
33127 TTTCTTGAGA
* * * * * ** * * *
33137 CAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAACTCAACTAAAAAACAACTAT
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT--AAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTAT
* * * * * **
33202 -AGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAAGTATGAGCAAAT-ATAAATGGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GGTAATCATAAATGG-
* * * * * *
33265 CTTTTC-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTT-CATGTGGCAGACATTCAATTACAATC
126 CTTTTCTTCTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCA--AGGCAGACATTCAAATATAATC
* * * * **
33327 TATTTTAACC-AACCATCTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTA
188 TGTTTTAACCTAA-AATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
33391 AAGCGAGTAATAAGG----C-----C-TGAATGACTATAAATG-GACTTTTTCTGT--CAATGGG
251 AAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGA-TTTTTCT-TACCAATGGA
* *
33443 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG
314 TGACTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAG
* *
33469 -AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
1 CAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT--AAAAATTTCACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
33533 GAGATTATAAAACCGTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACCGTAAATGGAT
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATCATAAATGGCT
* * * * * *
33598 TTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCTAACGCAGACATTTAAATATAATCTGTGT
128 TTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTT
* * *
33663 TAGCCTAAAATGTAAAAAGTTCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCTA
193 TAACCTAAAATGTAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
** * * * * * *
33728 GTAATAATGG-TTTTGAAGACTTG-GATAACTGTAAAT-AGATATTTCTTGCCAGTGGATGGCTT
257 GTAATAA-GGCTTTCAAAGGCTTGAG-TAACTATAAATGAGATTTTTCTTACCAATGGATGACTT
* * *
33790 TTACTTCATGTTTTCCA-AAG
320 TTGCTTCACG-TTTCTAGAAG
* * * * *
33810 TAGACATTCAATTATAATATACTTTAACTAAAAA-AGTGAAACAATTTCACTTAGAATCAATTAT
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-T-AAA-AATTTCACTTAAAATCAATTAT
* * *
33874 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAATCATAAATGGGT
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATCATAAATGGCT
* * * *
33939 TGTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGGCAGACATTTAAATATAATTTGCT
128 T-TTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT
* *
34004 TTAGCCTAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
192 TTAACCTAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
34069 TAGTAATAAGGGTTTCAAATTG-TTGAGTAACTATAAA-GAGATTTTTCTTACCAGTGGATGACT
255 TAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTGAGTAACTATAAATGAGATTTTTCTTACCAATGGATGACT
34132 TTTGCTTCACGTTTCTAGAAG
319 TTTGCTTCACGTTTCTAGAAG
* * **
34153 CAAACATTCAATAATAA-ATATTTTAACCAAAAATATGAAAATATTTCATTTAAAATTGATTATG
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAA-ATTTCACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * * *
34217 AGATTCA-AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGATTATAAATGGAG
64 AGATT-ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATCATAAATGG-C
* * * * *
34281 TTTTCTTGC-CAATGAATAGTTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGG-TGAAAATTCAAATATAGTCT
127 TTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG-ACATTCAAATATAATCT
* * * *
34343 ATTTTAA--TAAAAGATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAC
189 GTTTTAACCT-AAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
34406 AG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATGA-AATTTTCTTACCAATGGAT-
252 AGCT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGATTTTTCTTACCAATGGATG
* * *
34468 AGCTTTTGCTTTACCTTTCCT-CAAG
316 A-CTTTTGCTTCACGTTT-CTAGAAG
* * * * *
34493 TATATATTTAATTATAATA-ATTTTTAACCAAAAATATAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
1 CAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACCAAAAATATAA-AAATTTC-ACTTAAAATCAATTAT
* * * *
34557 GAGATTATGAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTTA-CTATAAATGAA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATC-ATAAATG-G
* * * ** * * * *
34621 CTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTGATATTTTCTAAGGTA-AGCATTCAATTACAATCT
126 CTTTTCTTCT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA-CATTCAAATATAATCT
* *
34684 ATTTTAACC-AATAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
189 GTTTTAACCTAA-AATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * ** *
34748 AGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCAT-GCATATTAAAG
252 AGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGATTTTTCTTACCA-ATGGATG
* * *
34811 GCTTTTTCTTAACGTTTCTAG-AG
316 ACTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAG
* * * * *
34834 ACAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACCA-TTCAACTTAAAATCAATTA
1 -CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA--ATTTC-ACTTAAAATCAATTA
* * * * *
34898 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATTGGTGAGT-ATAAATGG
62 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT-AATCATAAATGG
* * * *
34962 ACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-ATTT-CATGAGGTAGAGATTCAAATATTAT
126 -CTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCA--AGGCAGACATTCAAATATAAT
* * * * * *
35024 TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATGTG
187 CTGTTTTAACCTAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
35089 AAGCAAGT--T-A-----T--ATGGATTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTTC-TACCAATGGTT
251 AAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGA-TTTTTCTTACCAATGGAT
*
35142 GGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-AAG
315 GACTTTTGCTTCACG-TTTCTAGAAG
* * * * ** * *
35167 TAGAGATCCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAA----AATT-TAA-C--TTA--A-
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * *
35221 AATATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAATGGGATTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATCATAAAT-GGCTTT
* ** * ** * * * *
35286 TATT-TCAATGAATGG-TTTTTCCTTCTTGTCTTCTGAGGTAAACATTTAAATATAATCTATTTT
130 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
35349 AAC
194 AAC
35352 TCAAAATATT
Statistics
Matches: 1521, Mismatches: 269, Indels: 200
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
317 5 0.00
318 39 0.03
319 54 0.04
320 3 0.00
322 3 0.00
324 1 0.00
325 2 0.00
326 3 0.00
330 4 0.00
331 117 0.08
332 167 0.11
333 16 0.01
334 1 0.00
339 5 0.00
340 138 0.09
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344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAATCATAAATGGCTTTT
CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
CCTAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAGATTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTT
CACGTTTCTAGAAG
Found at i:34391 original size:683 final size:676
Alignment explanation
Indices: 33159--35080 Score: 1761
Period size: 683 Copynumber: 2.8 Consensus size: 676
33149 TATAATCTGT
* * ** * * * * *
33159 TTTAACTAAAAATATAAAAAAAACTCAACTAAAAAACAACTAT-AGATTAGAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATAT-AAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * * * * * * *
33223 CGAGTAATAATGCTTTCAAAAGTATGAGCAAATATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTT
65 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTT
* * * ** *
33288 TTGCTT--CATGTTT-CATGTGGC-AGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAACCATCTAAAA
130 TTGCTTGACAT-TTTCCA--AGGCAAG-CATTCAAATACAATCTACTTTAACCAATAATATAAAA
* * **
33349 GAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGG----C---
191 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * *** * *
33407 --C-TGAATGACTATAAATGGACTTTTTC-TGTCA-ATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA
256 GGCATGAGTAACTATAAATGGAC-TTTTCAT-CCATATGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTAGA
* *
33467 AG-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
319 AGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTCACTTAAAATCAATT
* * * **
33531 ATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACCGTAAATGG
382 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAACGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * * * * *
33596 ATTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TCTAACGCAGACATTTAAATATAATCTG
446 ATTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGAAATTCAAATAT-ATCTG
* * *
33660 TGTTAGCCT-AAAATGTAAAAAGTTCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAA
508 TTTTA--ATAAAAATGTAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAA
* ** * * *
33724 GCT-AGTAATAATGG-TTTTGAAGACTTG-GATAACTGTAAAT-AGATATTTCTTGCCAGTGGAT
569 G-TGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGACTTGAG-TAACCATAAATGAAAT-TTTCTTACCAATGGAT
* **
33785 GGCTTTTACTTCATGTTTTCC-AAAGTAGACATTCAATTATAAT-ATAC
630 AGCTTTTACTTCA-CCTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAAT-C
* * *
33832 TTTAACTAAAAA-AGTGAA-ACAATTTC-ACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTAACCAAAAATA-T-AAGA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
**
33894 AACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAA-TCATAAATG-GGTTGTTC-TTCTCAATGAAT
63 AACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAACT-ATAAATGAACTT-TTCTTTC-CAATGAAT
* * * * * * * * *
33956 GGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGGC-AGACATTTAAATATAATTTGCTTTAGCCTAA-AATGTA
125 GGCTTTTGCTTGACATTTTCCAAGGCAAG-CATTCAAATACAATCTACTTTAACC-AATAATAT-
* * *
34019 AAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGGTTT
187 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
34084 CAAATTG-TTGAGTAACTATAAA-GAGATTTTTCTTACCA-GTGGATGACTTTTGCTTCACGTTT
252 CAAA-GGCATGAGTAACTATAAATG-GACTTTTCAT-CCATATGAAAGACTTTTGCTTCACGTTT
* * * *
34146 CTAGAAGCAAACATTCAATAATAA-ATATTTTAACCAAAAATATGAAAATATTTCATTTAAAATT
314 CTAGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTCACTTAAAATC
* * *
34210 GATTATGAGATTCA-AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGATTATA
378 AATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATG-GTGACTATA
* *
34274 AATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-GAAAATTCAAATAT
441 AATGGA-TTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG-AAATTCAAATAT
* *
34338 AGTCTATTTTAATAAAAGATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATT
503 A-TCTGTTTTAATAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATT
* * *
34403 TACAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATGAAATTTTCTTACCAATGGAT
565 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTAACCATAAATGAAATTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * * *
34468 AGCTTTTGCTTTACCTTTCCTCAAGTATATATTTAATTATAATAATT
630 AGCTTTTACTTCACCTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAATC
* * *
34515 TTTAACCAAAAATATAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAATCATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATATAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC
** *
34580 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTT
66 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTT
* * * * *
34645 TGCTTGATATTTTCTAAGGTAAGCATTCAATTACAATCTATTTTAACCAATAATATAAAACAATT
131 TGCTTGACATTTTCCAAGGCAAGCATTCAAATACAATCTACTTTAACCAATAATATAAAACAATT
*
34710 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCAT
196 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * * * * * *
34775 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCATATTAAAGGCTTTTTCTTAACGTTTCTAG-AGACAGA
261 GAGTAACTATAAATGGACTTTTCATCCATATGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAG-CAAA
* * * * *
34839 CATTCACTTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACCA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
325 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTTC-ACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * *
34903 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATTGGTGAGTATAAATGGACTTTT
388 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAACG-AATGGTGACTATAAATGGA-TTTT
* * * *
34968 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCAT-GAGGTAGAGATTCAAATATTATTTGTTTTA
451 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGAAATTCAAATA-TATCTGTTTTA
* *
35032 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
513 A-TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
35081 ACTATGTGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
TTTAACCAAAAATATAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC
AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCAACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTT
TGCTTGACATTTTCCAAGGCAAGCATTCAAATACAATCTACTTTAACCAATAATATAAAACAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
GAGTAACTATAAATGGACTTTTCATCCATATGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAGCAAAC
ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATGGTGACTATAAATGGATTTTCTTCC
AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAAATTCAAATATATCTGTTTTAATAAAAAT
GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGACTTGAGTAACCATAAATGAAATTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCACCTTTCCT
AAAGTAGACATTCAATTATAATAATC
Found at i:37191 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 35689--40432 Score: 3372
Period size: 342 Copynumber: 13.8 Consensus size: 342
35679 TTCACTAGCG
* * * * * *
35689 AGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCAATCCTT-GAAAGCCCTATTACTTACTTTAAATGATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
35753 AATCTCATAATCGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATGATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
** * * ** * *
35818 GT-TTGCTTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTATCAAGAAAAAGTCAATTTATTGTCAC
131 GTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
35882 TCAAGCC-TTCAAA-CTCTTAATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
195 TCAAGCCTTTAAAAGC-CTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * *
35945 GTTGAATTTTTCTATATTTATT-GACAGAACAAATAATAATTCAATGTTTGCCTT-GAGAAATGT
258 GTTGAATTTTT-TACATTT-TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-AAACGT
* *
36008 GAAGA-AAAAGCCATTCATTAGCA
320 GAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * * *
36031 AGAAAGGTCCATATATACTCAC-CTATGTCATCGAACA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
36094 ATAATCTCATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
36158 ATGTCTA-CTTTAGGAAACATGAAGCAATAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
36222 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTCAAG
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * **
36287 TTAAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATGAA
259 TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA
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323 ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * *
36372 AAAAAAGTCTATTTATATTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * **
36437 AATCTCATAATT-ATTTTTTAA-TTGAATTTTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATAATCAA
66 AATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * * *
36499 ATGTCGA-CTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTTGCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * *
36563 CTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCCTTATAGTCTCATAATTGATTTTGAG
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * * * *
36628 TTCAGTTTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAAAACGT-
259 TT--G-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTG
* * * *
36692 AATGCAAAAGTCATCTATTCGCA
321 AA-ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * ** * * * ** *
36715 AGAAAAGTCTCATTTACATTCACTTAAGCTTTTAAAAACTTTGTTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
36780 TAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * *
36845 TGTCTACCTT-AGAAAATGTGAAG-AAAACACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
130 TGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * * *
36908 CTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAA
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
36973 TTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCTTTAGAAAACGTGAA
259 TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA
* ***
37038 ACAAAAGCCACCCATTAATA
323 ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
37058 AGAAAAATCAATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
37123 AGTCTTATAATTG-TTTTCAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTGAAAACATATTGTAACTAAA
66 AATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
37187 TGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAACAAAAGCTATCCATTGGCAAAAAAAAATCAATTTATATTCA
130 TGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
37251 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTA
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
** * * *
37314 TA-TTGAATTTTTTCACA-TTTTACTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACA
257 -AGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACG
* * *
37376 TGAAGCAAAAGCCA-CCAATTTGCT
319 TGAAACAAAAGCCATCC-ATTGGCA
* * * * * *
37400 AGAAAAGTCCATATGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTCTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
37465 AGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTCTAACTAAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * * *** *
37530 GTCTACC-TCAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTCATAAGAAAAGTCTCATTTATATTCAC
131 GTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCAC
* * * * *
37594 TTAAGCTTTTGAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATCGATTTTAAG
195 TCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
37658 TTGACTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACATTTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTG-A
259 TTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA
* * *
37722 A-GAAA-CCATTCATTGACA
323 ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * ** * *
37740 ACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
37805 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
*** * * * * * * * *
37869 GT-TTTTTTAAAAAAACATAAAGTAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 GTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
37933 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT
196 CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *** * * *
37998 GAATGTTTATACATTTTTAGTTAAAATATG-TTATAACTGAATGTCAACCTTGGGAAACGTGAAG
261 GAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAA
*
38062 CAAAAGCCATCAATTGGCA
324 CAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * *
38081 AGAAAATTCTATTTAGAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * ** *
38146 AATCTCATAATT-CTTCTTTGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGACTAAAACATATAATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * *
38209 TGTCT-GCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAG
130 TGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * *
38273 TTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAATT
195 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
38338 TGAATGTTTTTCACATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTGAATGCTTG-CTTCA-AGAAACG-C
260 TGAAT-TTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-AGA-AAACGTG
* * * * **
38400 AAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTG
321 AAA-CAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * * *
38423 AGAGAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCATCGAACGCCTTATTACTAACTTTGAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
38488 ACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTACGTTTTCGGTTACAATATATTATAACTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
38553 TGTCTGCC-TCA-AGAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAACATTCTATTTATATTCA
130 TGTCTACCTTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * **********
38616 CTCAAGCCTTTGGAA-CTCTTATTACTCTCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATT-ATTTTTA
194 CTCAAGCCTTTAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * ** * *
38679 AGTTGAATTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAGA-AGATAATAATTAAATGTTT-ATTTTGAGAAATG
257 AGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA-ATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-AAACG
* * * *
38742 TGAAGCAAAAGCTACCCATTGGCG
319 TGAAACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * *
38766 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCCTATTAGC-CACTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
38830 TATTCCCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATGA-TTTTGGTTCAAATATATTATAACTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
38894 ATGTCTGCCTTCAG-AAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATATTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ******************
38958 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
39023 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCTTTGGACAACATGAA
259 TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA
* *
39088 GCAAAAGCCACCCATTGGCA
323 ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * **
39108 AGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAACCCCTATTAGC-CGTTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
39172 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATGA-TTTTGATTAAAATATATTATAATTAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * ** *
39236 ATGTCTACCTTAAG-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATATTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*** ** * **
39300 CTCAAG-CAGCAAAAGTCACCAATTGGTAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTATAAC
194 CTCAAGCCTTTAAAAG---CC---T--T--ATTACTCGC-TTTA-A---A-T--AGTTTTATAA-
* * *
39363 TCTCTTCACCTGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATGTTTTACATTTTTGTTTA
240 --TC-TCA--T-A---------------ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * * * * *
39428 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCTATTCATTAGCA
283 AAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * *
39488 ATG-AAAGTCCATTTATAGTGACCCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
1 A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
39552 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTATAGTATTAGTTAAAATAGATTATTATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * ** * * ** * *
39616 GTGTCTTCC-TCAAAAAAAATAAAGCAAAAGCCATCCACTGAAAAGAAAAATTCATTTATAGTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
39680 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAG
194 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
39745 TTGAATTATTTTACATTTTTAG-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGCAAA-GCTG
259 TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACG-TG
**
39807 AAGGAAAAGCCATCCATTGGCA
321 AAACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
39829 AGAAAATTTCATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * * *
39893 TGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGCTTACATGTTTGGTTGAAACAAATTAT-ATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG-A
* * * ** * * * *
39957 ATGTATACCTT-AGAAAGCATGAAGCAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATATACAGTCA
129 ATGTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * **
40021 CCCATGTCTTTCAAAA-CCTTATTAATTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAA
194 CTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
40085 G-TGAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATATTTG-CTTCAGGAAACAT
258 GTTG-AATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACGT
** * * *
40148 GAGGCAAAAGCTATCCACTAGCA
320 GAAACAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * * *
40171 AGAAAAATCTATATATAGTTACTCAAACCTTC-AAAACGCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
40235 TAATCACATAATTTATTTTACA-TTGAATTCTTTTACATTTTGGGTTCAAACAAATTAT-ATTCA
65 TAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-G
* ** * * ** * * *
40298 AATGTCTACC-TCA-AAAATTGTGAATAAAAAGTCATTCATTGATAATAAAAGCCCATTTATGGT
128 AATGTCTACCTTCAGAAAA-CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
40361 CACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTCAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTT
192 CACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
40424 TAAGTTGAA
255 TAAGTTGAA
40433 AGCCTTATTC
Statistics
Matches: 3494, Mismatches: 752, Indels: 312
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
GTCTACCTTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAACA
AAAGCCATCCATTGGCA
Found at i:39303 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35689--39306 Score: 2696
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35679 TTCACTAGCG
* * * * * ** *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
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66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-CA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
** * * **
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* * * *
35859 AGAAAAAGTCAATTTATTGTCACTCAAGCC-TTCAAA-CTCTTAATTACTCGTTTTAAATGGTTT
1 AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGC-CTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * *
35922 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAT-ATTTATTGACAGAACAAATAATAATT
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAG-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
36094 ATAATCTCATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * *
36158 ATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAATAGCCACCCATTGGCA
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* * * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
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* * * * ** *
36330 TGTTTGCCTCAGGAAATATGAAACAAAAGCCATCCATTGGCA
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* * * * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * **
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* * * * *
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128 ATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * **
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * * * *
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66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT--GAATTTTTTATCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * *
36672 ATGTCTACCTT-AGAAAACGT-AATGCAAAAGTCATCTATTCGCA
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* * * * * * * * *
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1 AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
36780 TAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * *
36844 ATGTCTACCTT-AGAAAATGTGAAG-AAAACACCATTCATTGGCA
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* ** * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
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66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
** * * * ***
37016 TGT-TTGCTTTAGAAAACGTGAAACAAAAGCCACCCATTAATA
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* * * ** * * *
37058 AGAAAAATCAATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
37123 AGTCTTATAATTG-TTTTCAAGTTGAATTGTTTTAT-ATTTTTGGTGAAAACATATTGTAACTAA
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* * * *
37186 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATTGGCAA
128 ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-A
* * * * *
37230 AAAAAAATCAATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * *
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** * * * *
37357 ATGT-TTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-CCAATTTGCT
128 ATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGGCA
* * * * *
37400 AGAAAAGTCCATATGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTCTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
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* * * * * ***
37529 TGTCTACCTCAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTCATA
129 TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
37571 AGAAAAGTCTCATTTATATTCACTTAAGCTTTTGAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
37635 ATAATCTCACAATCGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTACATTTG
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* * *
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* * * * ** * **
37740 ACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
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* *
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66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
*** * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* ** ** * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * **
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** ** * * * * **
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* * * * * ** * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *********
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ******************
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* * *
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** ** * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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** *
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TCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
Found at i:39349 original size:48 final size:49
Alignment explanation
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* * ** *
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*
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39355 CTTATAACTC
Statistics
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Found at i:39677 original size:171 final size:169
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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1 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTATTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATT
* * * ** * ** *
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* *
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* * * * * * * *
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1 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTAT-TTTACAT-TTTAGTTAAAATAGAT
* * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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** * * *
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1 TGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTATTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATT
* * * * * * * * * * * *
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64 ATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATCCATTGA-AAAGAAAAATTC-AT
* * * ** *
40183 ATATAGTTACTCAAACCTTCAAAACGCTTATTACTCGCTTTCAA
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* * * * * * * * *
40227 TGGTTTTATAATCACATAATTTATTTTACATTG-AATTCTTTTACATTTTGGGTTCAAACAAATT
1 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTGAAATTATTTTACATTTT-AGTTAAAATAGATT
* ** * * * * * ***
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* * ** * * *
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40434 GCCTTATTCT
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AATTGAATGTCTACCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAATTCATTTAT
AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAA
Found at i:40470 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 40372--40487 Score: 182
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40362 ACCCATACCT
*
40372 TTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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* *
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40488 CTTTTTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:40610 original size:226 final size:227
Alignment explanation
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Period size: 226 Copynumber: 2.0 Consensus size: 227
40199 CTTCAAAACG
* *
40209 CTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCACATAATTTATTTTACATTGAATTCTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTACATTGAATTCTTTTACATT
* *
40274 TTGGGTTCAAACAAATTATATTCAAATGTCTACCTCAAAAATTGTGAATAAAAAGTCATTCATTG
66 TTGGGTTAAAACAAATTATATTCAAATGTCTACCTCAAAAATCGTGAATAAAAAGTCATTCATTG
* * * * * *
40339 ATAATAAAAGCCCATTTATGGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTCAAAT-GATT
131 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAAGCCTTATTACTTACTTCAAATAG-TT
*
40403 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGC
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** *
40436 CTTATT-CTCGCTTTAAAT-GTTATTATAATGTCATAATTGATTTTA-AGTTGAACTTTTTTTAC
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TTATAATCACATAATTGATTTTACA-TTGAA-TTCTTTTAC
** * ** ** * *
40498 ATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGAATGTCTACCTTCGGAAA-CGTTAA-CAAAAGTCATTC
63 ATTTTGGGTTAAAACAAATTATATTCAAATGTCTACC-TCAAAAATCGTGAATAAAAAGTCATTC
* *
40561 ATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
127 A-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAAGCCTTATTACTTACTTCAAAT
*
40625 AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAA
191 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
40659 TGTTTTTATA
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 26, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTACATTGAATTCTTTTACATT
TTGGGTTAAAACAAATTATATTCAAATGTCTACCTCAAAAATCGTGAATAAAAAGTCATTCATTG
ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAAGCCTTATTACTTACTTCAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAAGC
Found at i:40743 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40430--40964 Score: 605
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
40420 ATTTTAAGTT
* *
40430 GAAAGCCTTATT-CTCGCTTTAAAT-GTTATTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTT
* * * * * *
40493 TTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGAATGTCTACCTTCGGAAACGTTAA-CAAAAGTC
63 TTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * *
40557 ATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATT-
127 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC-TTC
* * *
40600 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * *
40665 TATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATTTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
65 TACATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
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40730 CCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTC
129 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTC
* * * *
40771 GAAAGACTTATTACTCACTTTAAATCA-TTTTATCATCTCACAATTGATTTTGAGTTGAATTCTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * * *
40835 TTGCATTTTTTTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGCAAACATGAAGCAAAAGCCAC
64 TTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
40900 CCATTGGTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACTCA-AGCCTTC
129 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC
*
40941 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 49, Indels: 18
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 158 0.51
171 138 0.45
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTC
Done.