Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1607.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4348
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.08, T:0.23
Warning! 1597 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2485 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2019--3069 Score: 849
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 169
2009 CATTGGCACA
* ** ** *
2019 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * * *
2084 ACTAAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTAGTTAAAA-AGACTAGAATTGAATGT
66 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * ** * **
2148 CTACATCGAGAAACGTGTAGAGGAAA-ACAAACATTGACAAG
129 CAACCTCTAGAAACATAAAGA-AAAAGACATTCATTGACAAG
* * * ** * *
2189 AAAAGTCCATTTATGGTCACCAATACCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
2254 ATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATCTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
65 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
2319 TCAATCTCTAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTTATTGACAAG
128 TCAACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * *
2361 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * *
2426 TCCCAAAATTGATTCAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGAATG
66 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * ** * *
2491 TCAAAATCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAGG
128 TCAACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * ** *
2533 AAAAGTTCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAAACACTTTAAATGGTCTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
2598 TCTCATAATTGGTTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATG
66 TCCCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
2663 TCTAGCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGAAAGTCATTTG-CAAG
128 TCAACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCA-TTGACAAG
* ** * * * **
2705 AAAAGTCACA-TTACAGTCACCTGTTCCTTTAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAATTTTATA
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * * *
2769 ATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACCCTTTTGGTTAAAACAAACT-GAATTGAAT
65 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TA-CATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
2833 GTCTACCT-TAAGAAACATGAAATAAAAA-ACATTCATTCGA-AAG
127 GTCAACCTCT-AGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATT-GACAAG
** * * * * *
2876 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
2941 CCCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTAGTTAAAACGGACTATAATTGGATGTC
66 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * **
3006 CACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAG
130 AACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * *
3046 GAAAGTTCATTTCTCGTCACCCAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
3070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 155, Indels: 50
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.04
170 85 0.12
171 231 0.33
172 342 0.49
173 17 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCA
ACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
Found at i:2687 original size:344 final size:335
Alignment explanation
Indices: 2019--3069 Score: 1005
Period size: 344 Copynumber: 3.1 Consensus size: 335
2009 CATTGGCACA
* ** * ** *
2019 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * *
2084 ACTAAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTAGTT-AAAAAGACTAGAATTGAATGT
66 TCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACTTTTTGA-TTAAAAAAGACTAGAATTGAATGT
* * ** * *
2148 CTACATCGAGAAACGTGTAGAGGAAAACAAACATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCAAT
130 CTACATCAAGAAACATG-A-AGGAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
* * *
2213 ACCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATGATTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 ACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
2278 AGTTTTTTATATCTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAATCTCTAGAAACGTAAAGAAA
255 AATTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATAAAGAAA
*
2343 AAGATATTTATTGACAAG
319 AAGAAATTTATTG-CAAG
* * *
2361 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
** * * *
2426 TCCCAAAATTGATTCAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGAATG
66 TCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTAC-TTTTTGATTAAAAAAGACTAGAATTGAATG
* * * * * * *
2491 TCAAAATCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAGGAAAAGTTCATTAATAGTCACCCA
129 TCTACATCAAGAAACATGAAGGAAAA--CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA
* * ** * * *
2556 TTCCTTCAAAAGTCTTATTAAACACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTCA
192 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
2621 AATATTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTTAGAAACATGAAGAA
255 AAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATAAAGAA
* *
2686 AAAGAAAGTCATTTGCAAG
318 AAAGAAATTTA-TTGCAAG
* ** * * *
2705 AAAAGTCACA-TTACAGTCACCTGTTCCTTTAAAAACCTT-GTTACTCACTTTAAATAATTTTAT
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAG-TACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* *
2768 AATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACCCTTTTGGTTAAAACAA-ACT-GAATTGA
64 AATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTA-CTTTTTGATTAAAA-AAGACTAGAATTGA
* * ** * *
2831 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAATAAAAAACATTCATTCGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
126 ATGTCTACATCAAGAAACATG-AA-GGAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * *
2896 TTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAACCCCATAATTGATTTTAAGT
189 CAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TATAA-TCCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
2961 TGAACTTTTTTACATTTTAGTTAAAACGGACTATAATTGGATGTCCACCTCAAGAAACATAAAGA
252 TGAAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATAAAGA
** *
3026 AAAAGGCATTTATTGGTAAG
317 AAAAGAAATTTATT-GCAAG
* * * *
3046 GAAAGTTCATTTCTCGTCACCCAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
3070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 121, Indels: 41
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 62 0.11
342 97 0.17
343 165 0.29
344 228 0.40
345 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACTTTTTGATTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTC
TACATCAAGAAACATGAAGGAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTT
TTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGAAAT
TTATTGCAAG
Done.