Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398306.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1608.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 8139 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1039 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 736--4790 Score: 3544
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726 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * *
865 AGTCACCCATTCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTCAAATAG
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* * ** *
908 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCACTTGCAGTTAAAACAGACAATAAT
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* * * ** * *
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* ** ** * *
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* *
1079 TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTT-AGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
1143 ATTGAATGCCT-GCTT-TGAAATATG-GGTAAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
* ** *
1204 ATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGG
126 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
1249 TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* * * * * * * * *
1314 TAATTGAATATATACCGTAAAAAACATGAA-AAAATAGGCATTCACTGGTAAAAAAAGTCCATTT
62 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
1378 ATAGTCACTCATTCCTTCAAACA-CCTTATTACTCACTATAAATGG
126 ATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
1423 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * ** * * *
1488 TTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTGAAGAAAACAGCATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
1553 TCTCTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
1594 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG-GTAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATA
** *
1658 ATTGAATGTCTGGCTT-AGGAACCAT--AGAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATT
64 ATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATT
** * * * *
1718 TATAGTCACCCATTGATTCAAAAGCCTTATTTCTCACTCTCAATGG
125 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
1764 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTGTGCATTATTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * * *
1829 AGTGAATGTCTACC-TCAGAAAACATAAAGGAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCGTTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTA
** * * * *
1893 TAGTCACTTATTTCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
1937 TTTTACAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAACTTTTAGTTAAAACA-AGTTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATA
* * * * *
2001 ATTAAAT-TTTAGCTTGGGAAACATGGAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
2063 TAATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
2107 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTCTCTATTTTT-GCTTAAAATAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTC-ATTTTTAG-TTAAAACAGACTATA
* * * * *
2171 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
2236 GTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
2278 TTTTACAATC-CAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * ** * *
2342 ATTGAATGTTTGCGTCAAG-AA-ATGTAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * **
2405 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAA
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
2448 TTTTAGAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTCCA-TTAACACAGACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTTT--AGTTAAAACAGACTAT
** * * * *
2511 AATTGAATACCTACC-TCAGAAAACGTG--TAAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATT
63 AATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
2572 TATTGTCTCCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAG
125 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *** *
2618 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATCGACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
2683 TTCAATGTCTACCTCT-TGAAACGTGATG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
65 TTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2746 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTATATGG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGG
* * * * * **
2789 TTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTGA-
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* ** * * * *
2853 AATTGAATGTTTGTCTAGGGAAACAT--AGAGAAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAGAAGCCCATT
63 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATT
* * *
2915 TATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
125 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
2961 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTCTAT-ATTTTTAGTTAAAATA-AGCTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T-TCATTTTTAGTTAAAACAGA-CTAT
*
3024 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
3089 AGTCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTCCTTGCTTTCAATGG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
3132 TTTTACAATCCCATAATTAATTTTAAGTT-AACTTTTTTAT-ACTTTTGGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * ** * *
3195 ATTAAATGTTTACCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
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** * * * * *
3260 GTTTCCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTAGTCACTTTAAATAG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * ** *
3301 TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTCTTGGTTAAATTAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
3366 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3431 CTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAACGG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * ** * *
3473 TTTTACATTTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACCCTTTTGGTTAAAACAGAATATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * ** *
3538 TTGAATGTATACC-TCACGAAACATGAAGACAAAGGTATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3602 GTCACTCATTTCTTCAAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATGG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
3644 TTTTATAATCTCA-AAAT--TTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTT-AGTTAAAACAGACTATA
* * * *
3705 ATTAAATGCCTACCTTGGGAAAC--GTAGAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
* ** ** * *
3767 ATAGTAACTTATTATTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
126 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
3812 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * *
3877 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTAGAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** ** *
3942 TCTTCCATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGG
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
3983 TTTTGTAATCTCATAATTGATTCT-AGCTTCAATTTGATTTAT-ATTATTA-TGTAAAACAAATT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT--TTT-TCATTTTTAGT-TAAAACAGACT
* * *
4045 ATAATTGAATGTCTACC-TGAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAACG-ATAGTCCAT
61 ATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCAT
* * *
4108 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTGAATGG
124 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
4155 TTTTATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAGTTTTCA-TTGAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * ** ** ** *
4219 TTGAATGCCTTCCATGGGAAATGTGTGGAAAAATA-TTTTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
4282 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTATAAATGA
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
4325 CTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* ** * * *
4390 TTGAATG-CATGCCTCAAGAAACATGGAG-AAAAAGCTATTCATT-GAAAGGAAAAGTACATTTA
65 TTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTA
* * * * *
4452 TAGTCACCCATACCTTGAAACGCCTTATTACTCGCTTTCAATGA
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
4496 TTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTAGCACTTTTAGTTAAGATAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
** ** * * *
4561 ATTGAATGTCTATATCT-AGAAATGTGAAGAAAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
4625 AGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * **
4668 TTTTATAATCTCA-ACA-TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGGTT
1 TTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACT
* * *
4731 ATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGGAG-AAAAAGCCACTCATTGAG-AAGAAAAGTC
61 ATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
4791 AATTNNNNNN
Statistics
Matches: 3152, Mismatches: 593, Indels: 275
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 4 0.00
168 125 0.04
169 75 0.02
170 803 0.25
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172 577 0.18
173 202 0.06
174 96 0.03
175 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
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TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:2325 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 736--4790 Score: 3580
Period size: 341 Copynumber: 11.9 Consensus size: 341
726 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * * *
799 AATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAAAAATAATCTATTTA
63 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAA-AGTCCATTTA
* * * * * *
864 TAGTCACCCATTCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGAT
127 TAGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** ** * *
929 TTTAAGTTGAATTTTTTT-CACTTGCAGTTAAAAC-AGACAATAATTGAATGT-TTGCCTCGAGA
191 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTTGAGA
** * * * * ** **
991 AATGTGAAAAAAAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTTTTCAAA
255 AACATG--GAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
1055 AGCTTTATTACTCACTTTAAATGG
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
1079 TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CATTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
1143 ATTGAATGCCT-GCTT-TGAAATATG-GGTAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG--AAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
1205 TAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAT
127 TAGTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1270 TTTAAGTTCAAGTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATATATACCGTAA
191 TTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGA
* * * * * * *
1334 AAAACAT-GAAAAAATAGGCATTCACTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
253 GAAACATGGAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
1398 ACA-CCTTATTACTCACTATAAATGG
317 A-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
1423 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAA
* * * ** * *
1488 TTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTGAAGAAAACA-GCATTCATTG-GCAAGAAAAGACTATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
1551 AGTCTCTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGAT
128 AGTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
1615 TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-TAGGTAATAATTGAATGTCTGGCTT-AGGA
191 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGA-GA
* * **
1678 ACCATAGAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGATTCAAAA
255 AACATGGAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
1741 GCCTTATTTCTCACTCTCAATGG
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * *
1764 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTGTGCATTATTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGCTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
1829 AGTGAATGTCTACC-TCAGAAAACATAAAGGAAAAGGCATTCATTG-GTAAAAAAAAGTCCGTTT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAG--AAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
1892 ATAGTCACTTATTTCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATCGA
126 ATAGTCTC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
1957 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAACTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTAAAT-TTTAGCTTGGGA
190 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGA
* * *
2020 AACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCTTTCAAAA
255 AACATGGAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
2084 GCCTTATTAGTCACTTTAAATGG
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
2107 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTCT-CTATTTTTGCTTAAAATAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAC-ATTTTTGCTTAAAACAGACTATA
* ** *
2171 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
*
2236 GTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATC-CAATAATTGATT
129 GTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATT
* * * **
2300 TTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGT-TTGCGTCAAGAA
192 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGC-TTGAGAA
** ** * * * * *
2363 ATGTAAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGT
256 ACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
**
2427 CTTATTACTCACTTTAAATAA
321 CTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
2448 TTTTAGAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTCCATTAACACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGC-TTAAAACAGACTATA
** * * * * *
2512 ATTGAATACCTACC-TCAGAAAACGTGTA-AAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
2575 TGTCTCCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATT
128 AGTCT-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * *
2640 TTAAGTTGAATTTATCGACATTTTTAGTTAAAA-TAGACTATAATTCAATGTCTACCTCT-TGAA
192 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCT-TGAGAA
* * * *
2703 ACGT-GATGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
256 ACATGGA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
2767 CCTTATTACTCAGTTTATATGG
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* * ** * **
2789 TTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTGA-
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--GAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACT-AT
* ** * * *
2853 AATTGAATGTTTGTC-TAGGGAAACAT-AGAGAAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAGAAGCCCATT
63 AATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATT
* * * *
2915 TATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
125 TATAGTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
2980 ATTTCAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAATAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
189 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAG
* * * *
3044 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAA
254 AAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* ** *
3109 GCCTTATTCCTTGCTTTCAATGG
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * *
3132 TTTTACAATCCCATAATTAATTTTAAGTT-AACTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAA
* * * ** * *
3196 TTAAATGTTTACCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAAGTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
3260 GTTTCCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTT
129 GTCT-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ** * *
3324 TAAGTTTAATTTTTTTTACATTCTTGGTT-AAATTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAG
193 TAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAA
* * * * * * * * *
3388 CATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATACTCTCCCATTCCTTCAAAAGTC
257 CATGGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
3453 TTATTACTCGCTTTAAACGG
322 TTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * ** * *
3473 TTTTACATTTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACCCTTTTGGTTAAAACAGAATATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
3538 TTGAATGTATACCTCACGAAACATGAAGACAAAGGTATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
3603 TCACTCATTTCTTCAAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAAT--TTTT
130 TCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
3665 AAGTAGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAC-AGACTATAATTAAATGCCTACCTTGGGAAAC
194 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAC
* * * * ** ** *
3728 GTAGAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTTATTATTTTAAAAGCC
258 ATGGAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
3792 TTATTACTCACTTTAAATGG
322 TTATTACTCACTTTAAATGG
3812 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGC-TAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACA-TTTTTGCTTAAAACAGACTATA
* * *
3876 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGCAAAGTCCATTTAG
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * *
3940 AGTCTTCCATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATT
128 AGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
4005 CT-AGCTTCAATTTGATTTATATTATTA-TGTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTA-CCTGAA
192 TTAAG-TTGAATTT-TTTTACATTTTTAGT-TAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTG-A
* * * *
4066 GAAACATGAAGAAAAA-CGCATTCATTAGCAACG-ATAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
253 GAAACATGGAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
4129 AAAGCCTTATTACTCGCTCTGAATGG
316 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
4155 TTTTATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAGTTTT-CATTGAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAA
* * * ** ** ** **** *
4219 TTGAATGCCTTCCATGGGAAATGTGTGGAAAAATATTTTTATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
4283 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTATAAAT-GACTTTATAATTTCATAATTAATT
129 GTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * **
4347 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGAATATAATTGAATG-C-ATGCCTCAAGA
192 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTA-G-CTTGAGA
* * * * * *
4409 AACATGGAGAAAAAGCTATTCATT-GAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAC
255 AACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
4473 GCCTTATTACTCGCTTTCAATGA
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
4496 TTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTAGCACTTTTAG-TTAAGATAGACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTA-CA-TTTTTGCTTAAAACAGACTAT
** ** * * *
4560 AATTGAATGTCTATATCT-AGAAATGTGAAGAAAAAAGCTTTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTT
63 AATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
* * * *
4623 ATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCA-ACA-TG
126 ATAGTCTC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTG
* ** * *
4686 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAA-TAGGTTATAATTGAATGTCT-GCCT
189 ATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAG-CT
*
4749 T-AGGAAACATGGAGAAAAAGCCACTCATTGAG-AAGAAAAGTC
250 TGA-GAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
4791 AATTNNNNNN
Statistics
Matches: 3042, Mismatches: 540, Indels: 258
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 253 0.08
340 247 0.08
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347 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATG
GAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGG
Found at i:8924 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8585--8976 Score: 480
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
8575 NNNNNNNNNN
* * *
8585 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTATGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTATGAAGGAATG
* * * * * * * * *
8650 GGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTGCGAATGAATGTCTTTTTCCTCGTGTTTCTTGAGGTAGACG
66 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCGTAAGCTAGACA
* *
8715 TTCAATTATTGACTGCTTTAACAAAAAATGCCAAAAAATTC
131 TTCAATTATAGACTGCTTTAACAAAAAATACCAAAAAATTC
* * * *
8756 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGA-TCAGTAAGCCTTTTGATGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AATAAGCCTTATGAAGGAAT
* * **
8820 GTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCGTAAGCTAGAC
65 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCGTAAGCTAGAC
** * * * **
8885 ATTTGATTATAGATTGTTTTAACCAAAAATATTAAAAAATTC
130 ATTCAATTATAGACTGCTTTAACAAAAAATACCAAAAAATTC
* * *
8927 AACTTAAAAGCAATTACGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
8977 GCTTTTAAAG
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 34, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 183 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTATGAAGGAATG
GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCGTAAGCTAGACA
TTCAATTATAGACTGCTTTAACAAAAAATACCAAAAAATTC
Found at i:11724 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 11506--11831 Score: 307
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
11496 AAATCAATTA
* * * * *
11506 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGATTTTTAAAAGAATGGGCGACTATAGATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGAGCGACTATAAATGGA
* * * * * *
11571 CTTTTCTTCTT-AATGAA-TGGTTTTTTTAC-TCATTTCTTAAGGCAGGCATTTAATTATAATCT
66 CTTTTCTT-TTCAATGAATTGCTGTTTCTACAT-ATTTCTTAAGGAAAGCATTCAATTATAATCT
** *
11633 CTTTTAATGAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTC
129 CTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTC
* * * * *
11666 NNNNNNNNNNTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGAT
1 ----------TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGAGCGAC
* * *
11731 TGTAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATTGCTGTTTCTACATGTTTCTTGAGGAAAGCATTCAAT
56 TATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATTGCTGTTTCTACATATTTCTTAAGGAAAGCATTCAAT
* *
11796 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
121 TATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
11832 GCTTAAANNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 24, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 68 0.53
171 58 0.45
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAATGAGCGACTATAAATGGA
CTTTTCTTTTCAATGAATTGCTGTTTCTACATATTTCTTAAGGAAAGCATTCAATTATAATCTCT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTC
Found at i:16569 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15985--16598 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
15975 NNNNNNNATC
* * * * * * *
15985 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTAAAGGAA-AGAGTGACTAT
1 AATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAG-CAATGAT-AAGCCTTGTAAAAGAATAG-GTAACTAT
* * * * * * **
16048 AAA-GG-ATCTTTCTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTCTGGTAGATGTTCAATT
63 AAATGGAAT-TTTC-TTACCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCCAGCTAGACATTCAATT
* * * * * *
16111 ATTGTCTACTTT-AGCTAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAA-T
126 ATAGACTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT
* * * * ** *
16155 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGCAAT--TAAGACCCTTTTGATGGAAATGGGTGA
1 -AATTATAAGATTATAAAACAATTTAA---AGCAATGATAAG--CCTTGTAAAAG-AATAGGT-A
16218 CCAC-ATAAATGGACCATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCCAGCTAGACA
58 --ACTATAAATGGA--ATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCCAGCTAGACA
* * * *
16282 TTTAATTATAGACTATTTTATTCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGT
119 TTCAATTATAGACTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT
* * * * * *
16334 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAATGATAAGGCTTGTCAAGGAATAGTTGACTATAA
1 AATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGC-AATGATAAGCCTTGTAAAAGAATAGGTAACTATAA
* * * * * *
16399 AT-GAATTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTTTCCAGGTAGGCATTCAATTAT
65 ATGGAATTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTGTT-CATGTTTCTCCAGCTAGACATTCAATTAT
* * * *
16462 AGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACAA-TCAATTTAAAA-T
128 AGACTATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAAGT
* * * *
16504 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATC-ATGTAATAAGCCTTTTAAAAGAATGGGTAACTAT
1 -AATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCAATG--ATAAGCCTTGTAAAAGAATAGGTAACTAT
*
16568 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
63 AAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
16599 CTCTTCACAT
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 59, Indels: 56
0.76 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 14 0.04
171 162 0.46
172 15 0.04
173 16 0.04
174 6 0.02
175 9 0.03
176 15 0.04
177 4 0.01
178 104 0.29
179 6 0.02
180 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCAATGATAAGCCTTGTAAAAGAATAGGTAACTATAAA
TGGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCCAGCTAGACATTCAATTATAGA
CTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT
Found at i:20405 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19827--21405 Score: 1573
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
19817 NNNNNNNNNN
* * * ** *
19827 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
19892 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTC-AGAAAACATGCAGACAAAGCC
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTCAAG-AAACATGTAGAAAAAGCC
19955 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
129 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
19998 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTG-TTTTATAATCCCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * **
20062 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAG-CA
65 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCA
** * *
20126 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTTCTTC
130 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * * *
20168 AAAAGGATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * *
20233 TACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTTTCTCGGGAAACATGTAGAAACAGCAAT
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCAT
* * * *
20298 GCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTT
131 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * *
20339 AAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTTGAAGTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** *
20404 TACATTTTTCA-TTAAAAGAGATTATAATTGAATG-CATACCTTAGGAAATGTGTAAAAAAAAGC
66 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TTCCTCAAGAAACATGT-AGAAAAAGC
* * *
20467 CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCTCCCATTCCTTC
128 CATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * *
20511 AAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
** * * * * * *
20575 TTACATTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAACGTATAAAAAAAGCC
65 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCC
* * *
20639 ATTCATTGAGAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAATCCTTC
129 ATTCATTGAAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
20683 GAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
20747 CTACTTTTTTTTA-TTAAAACAGAGTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGT
65 TTAC--ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGC
* * * **
20811 CATTCATTAGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCGGC
128 CATTCATT-GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
20855 AAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** *
20919 TAACATTTTTCGTTATAACAAACTATAATT-AAAGTCTTGCCTTGACAAACATGTAGAAAAAGCC
66 T-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCC
* *
20983 ATTCATTGAGAAACAAATA-TCCATTTATAGCCACCCATTCCTTC
129 ATTCATTGA-AAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * * *
21027 AAAAGCCTTATTATTTGCCTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * **
21092 TACTTTTTTTA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAT-CTCAAGAAATATG-AAAAAAAGGG
66 TAC-ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-TCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCC
* ** * *
21154 GTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTC
129 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
21197 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
21261 TTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTCAATGTCTACATCAAGAAA-A-GTAAAGGAGAAAG
65 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGT--A-GAAAAAG
* * * * * * **
21324 -CATTTAAT-AGCAATAAAAGTCCATTTAGAATCACTTATTCCTTC
127 CCATTCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
21368 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
21406 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 203, Indels: 78
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 272 0.23
171 404 0.35
172 392 0.34
173 76 0.07
174 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCAT
TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
Found at i:20878 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 19827--21405 Score: 1677
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
19817 NNNNNNNNNN
* * ** ** *
19827 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
19892 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCAGAAAACATGCAGACAAAGCCA
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCA
* *
19956 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
131 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
20021 ATTGTTTTATAATCCCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGAC
196 ATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAGAC
* * *
20085 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
259 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAA-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
20150 AGAGTCACCCATTTCTTC
323 ATAGTCAACCATTCCTTC
** * * * *
20168 AAAAGGATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
20233 TACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTT-TCTCGGGAAACATGTAGAAACAGCAA
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCA
* * * *
20297 TGCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAATC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCGCTTTA
131 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
20361 AA-TGATTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGA
195 AATTG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGA
* * * *
20425 TTATAATTGAATG-CATACCTTAGGAAATGTGTAAAAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
258 CTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAATATG--AAAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTC
* **
20488 CATCTATAGTCTCCCATTCCTTC
318 CATTTATAGTCAACCATTCCTTC
** *
20511 AAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
** * * * * *
20575 TTACATTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAACGTATAAAAAAAGCC
65 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCC
* * * *
20639 ATTCATTGAGAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTGT
130 ATTCATTGAAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
20704 AAATTGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTACTTTTTTTTATTAAAACAG
194 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT-TAC-TTTTTTTATTAAAACAG
* * * * *
20769 AGTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
257 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAA-AAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* **
20834 TTTATAGTCAACTATTCCGGC
320 TTTATAGTCAACCATTCCTTC
* *
20855 AAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
20919 TAACATTTTTCGTTATAACAAACTATAATT-AAAGTCTTGCCT-TGACAAACATGTAGAAAAAGC
66 T-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAGC
* * * * * *
20982 CATTCATTGAGAAACAAATA-TCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCC
129 CATTCATTGA-AAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
21046 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACTTTTTTTATTAAAACA
192 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACTTTTTTTATTAAAACA
* * ** *
21111 GACAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAAAAAAGGGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
256 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
*
21176 TTTATAGT-TACTCATTCCTTC
320 TTTATAGTCAAC-CATTCCTTC
* * * *
21197 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
21262 TATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTCAATGTC-TACATCAAGAAA-A-GTAAAGGAGAAAG
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAGGAAACATGT--A-GAAAAAG
* * * * * * *
21324 -CATTTAAT-AGCAATAAAAGTCCATTTAGAATC-ACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
128 CCATTCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
21386 TTTAAATGGTTTTATAATCT
191 TTTAAATTGTTTTATAATCT
21406 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 170, Indels: 72
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 295 0.29
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346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCA
TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGACTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCAACCATTCCTTC
Found at i:22344 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22048--22365 Score: 400
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
22038 NNNNNNNNNN
*
22048 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTCCATTTTTAGTTAAACAAACTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAACAAACTATAAT
* * * *
22113 TGAATGTCTAACTTGAGAAAACGTAATGAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAATCCATTTATAGT
66 TGAAAGTCTAACTTGAGAAAACATAATCAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGT
*
22178 CACCTATT-CTTGCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAG
131 CACCCATTCCTT-CAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
22218 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AACTTT-TTTAATATTTTTCA-TTAAAACAGACTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTGTTT-ACATTTTT-AGTT-AAACAAACTA
* *
22280 TAATT-AAAGTCTTACCTTGAG-AAACAT-ATACAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAATATCCA
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22366 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 11, Indels: 17
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.05
170 58 0.45
171 60 0.47
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAACAAACTATAAT
TGAAAGTCTAACTTGAGAAAACATAATCAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAG
Done.