Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398311.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1612.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5429
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.08, T:0.24
Warning! 1927 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1417 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1146--2626 Score: 1286
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
1136 TGTTTACCTC
* ** * * * * * *
1146 GAGAAACATGAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTACGTTTATATTCACCCATACATTCGA
1 GAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
1211 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATCATTGATTTT-AGCTTGAATTCTTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTT
*
1275 ACATTTTTAATTTAAAA-TGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
130 ACATTTTT-A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
* * * * * * * * **
1316 AAGATATATGAATAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTG
1 GAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * ** * *
1381 AAGGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACATT-TTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTT
* *
1445 TACATTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCCACCTT
129 TACATTTTT--ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTC-TCTT
* * *
1487 GAGACACATGAAGAAAACA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
1 GAGAAACATGAA-AAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
1551 AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTGTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
* * * ***
1616 TATATTTTTAGTTAAATCAGAGTATAATTGAATGTTTGGATT
129 TACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
* * * * * * ** * *
1658 CA-AAACATGTGAAGGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACTTATACTTT
1 GAGAAACA--TGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * *
1722 CAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * * *
1787 TTTCATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCCAT
128 TTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
* * * ** * * *
1830 GATAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCGATTCCTAGAT-GCCCAAGCCTTT
1 GAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTC
* ** * *
1894 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTACGATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
** * *
1959 TACACTTTTGGTAAAAACAGATTATAATTGAA--TTCCTACTTT
129 TACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCT-C-TT
* ** * * * *
2001 GAGAAACGTGAAGAACAAAAG--ATTCATTGGTATGAAAAATCCATTTACAGTCTCCCATTTG-C
1 GAGAAACATG-A-AA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA--TGCC
* * * *
2063 -TCGAAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT
61 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* *
2126 TTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT-TCCTT
125 CTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCT-CTT
* * * *** * * * *
2172 GAAAAACATGTAAAAAAAGACATACATTGGTGAGAAAAGTCGATTTGTAGTCACCCATTCCTTTA
1 GAGAAACATG-AAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * **
2237 AAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTAAAATTCTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
*** * **
2302 ACATGTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGCTAGTCTT
130 ACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
* * *
2343 -AGAAAACATGCAAAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
1 GAG-AAACATG-AAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
2407 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
* * * * *
2472 GACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGTCTT
129 TACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
* * * * * *
2514 GGGAAACATGAGAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCA
1 GAGAAACATGA-AAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
2579 AAAACCTTCTTACTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
2627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1057, Mismatches: 214, Indels: 79
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 36 0.03
171 842 0.80
172 149 0.14
173 20 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
CATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTCTT
Found at i:1961 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1149--2626 Score: 1519
Period size: 514 Copynumber: 2.9 Consensus size: 508
1139 TTACCTCGAG
* * ** * ** * *
1149 AAACATG-AAAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTACG-TTTATATTCACCCATACATTCGAA
1 AAACATGTAAAAAAAGACATACATTGACAAGAAAAGT-CGATTAATAGCCACCCATACTTTCAAA
** * * *
1212 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATCATTGATTTTAGCTTGAATTCTTTTAC
65 AGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTAC
* * *
1277 ATTTTTAATTTAAAAT-GATTATAATTGAATGTTTCTC-TTAAGATATATGAATAAAAAGCCATT
130 ATTTTTAA-CTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTCATGAA-A-ACATGAA-AAAAAGCCATT
* * * * * *
1340 TATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTGAAGGCTTTATTACTTGCTTTAAAT
191 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--CCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
1405 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACA-TTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTA
254 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTA
* *
1469 TAATTGAATGTCCACCTTGAGACACATGAAGAAAACACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
318 TAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
1534 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGAT
382 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1599 TTTCAGTTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAATCAGAGTATAATTGAATGTTTGGATT-CA
447 TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGAGTATAATTAAATGTTTGCATTGAA
* * * **
1660 AAACATGTGAAGGAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACTTATACTTTCA
1 AAACATGT-AA-AAAAAGAC-ATACATTGACAAGAAAAGTCGATTAATAGCCACCCATACTTTCA
* * * * *
1724 AAAGCCTTATTATTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT
63 AAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTT
* * * *
1789 TCATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCCATGATAAACATGAAGAAAAAGTCATT
128 ACATTTTTAACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTCATGA-AAACATGAA-AAAAAGCCATT
* ** * **
1854 CATTGACAAGAAAAGTCGATTCCTAGATGCCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
191 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CCCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
** * *
1919 GGTTTTACGATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGG-TAAAAACAGATTA
254 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGAT-AAAACAGATTA
* * * * * *
1983 TAATTGAAT-TCCTACTTTGAGAAACGTGAAGAACAAAAGATTCATTGGTATGAAAAATCCATTT
318 TAATTGAATGTCC-ACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
2047 ACAGTCTCCCATTTGC-TCGAAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
381 ATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
2111 ATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTGAA
445 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGAGTATAATTAAATGTTTGCATTGAA
*** ** * *
2175 AAACATGTAAAAAAAGACATACATTGGTGAGAAAAGTCGATTTGTAGTCACCCATTCCTTT-AAA
1 AAACATGTAAAAAAAGACATACATTGACAAGAAAAGTCGATTAATAGCCACCCA-TACTTTCAAA
* **
2239 AGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTAAAATTCTTTTAC
65 AGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTAC
* ** * * * *
2304 ATGTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGCTAGTCTTA-GAAAACATGCAAAAAAAGGCATTC
130 ATTTTTAACTAAAATAGATTATAATTGAATG-T-TTCTCATGAAAACATG-AAAAAAAGCCATTC
* ** *
2368 ATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
192 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CCCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
2433 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTGACATTTTT-TATTAAAATATATTAT
255 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGATTAT
*** * *
2497 AATTGAATG-CTTGTCTTGGGAAACATG-AGAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
319 AATTGAATGTC-CACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA--CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * * * *
2560 ATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAACCTTCTTACTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGA
381 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
2625 TT
446 TT
2627 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 151, Indels: 56
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 11 0.01
512 6 0.01
513 343 0.44
514 404 0.51
515 21 0.03
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AAACATGTAAAAAAAGACATACATTGACAAGAAAAGTCGATTAATAGCCACCCATACTTTCAAAA
GCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACA
TTTTTAACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTCATGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGAGTATAATTAAATGTTTGCATTGAA
Found at i:4161 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3901--4933 Score: 769
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 168
3891 AAATGGGTGA
* * * * **
3901 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATTTGTTCTTCATGTTTCTCAA-GGCAGGCATT
1 CTATAAATAG-CTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTT-TTTTTCATGTTTCT-AAGGGTAAACATT
* * *
3963 CAATTATAATCCGTTT-TTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGT
62 CAATTATAATCTGTTTATTA--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
4027 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGGGCAT
125 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGGGTAG
** * * *
4072 CTAGGAATCAGCTTTCCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTATAAGGGGAAACATTCAA
1 CTATAAAT-AGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTAAGGGTAAACATTCAA
* * **
4137 TTATAATCTGGTTTAGTAAAAAATG-AAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATTTGATTATAAA
65 TTATAATCT-GTTTATTAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
4201 ACCATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGG
128 ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-TGGGTAG
* ** * * ***
4243 CTATTAATAGACTTTTCTCATCAATGAATAGCTTTTTCTTCAGATGTTT-TGAA-TCCAAACATT
1 CTATAAATAG-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTC--ATGTTTCT-AAGGGTAAACATT
* * * * *
4306 CAATTATACTCTAGTTTAACT-ACAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
62 CAATTATAATCT-GTTT-ATTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
4370 AAAACTATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-G
125 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGGGTAG
* * * * * * * *
4414 ACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTGTCAA-GGTAGACATTC
1 -CTATAAATAG-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCT-AAGGGTAAACATTC
* ** *
4478 ACTTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
63 AATTATAATCTG-TTTATTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * ** * *
4543 AACTATTTAAAACAAGTAAGAAGGCCCTCAAAGGCTTGGGTGG
127 AACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGGGTAG
* * *
4586 CTATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTGTTT-ATATTTCT-TGAGGTAAACATTC
1 CTATAAAT-AGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TTTCATGTTTCTAAG-GGTAAACATTC
* * * * *
4649 AATTATAATCAT-TTTAAATAAAAAATATAAAAGAATTTAAGC-TAAAATCAATGATGAGATTAT
63 AATTATAATC-TGTTT-ATTAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
4712 AAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATAGGT-G
125 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-TGGGTAG
* * * *
4756 AATATAAACATA-CTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTTTCACGTTTCT-TGAGGTAAACATT
1 -CTAT-AA-ATAGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTAAG-GGTAAACATT
* * * * * *
4818 CAATTATAATATATTT-TTACCAAAAATGTTAAAAAATTCAA-TCAAAAATCAATTATGAAATTG
62 CAATTATAATCTGTTTATTA--AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4881 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGT-G
124 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGGGTAG
4925 ACTATAAAT
1 -CTATAAAT
4934 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 131, Indels: 80
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 4 0.01
169 21 0.03
170 114 0.16
171 391 0.56
172 141 0.20
173 20 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CTATAAATAGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTAAGGGTAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTATTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTGGGTAG
Found at i:4504 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3959--4907 Score: 927
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 338
3949 TCAAGGCAGG
* ** ** * * *
3959 CATTCAATTATAATCCGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATAT
1 CATTCAATTATAATCAGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * **
4024 TGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGGG-CATCTAGGAATCAGCTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGA-CTATAAATCA-CTTT
* * * *
4087 CCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTATAAGGGGAAACATTCAATTATAATCTGGTTTA
128 TCTTGTCAATGAAT-GC-TTTTTTTCACGTTTATAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* **
4152 GT-AAAAAATG-AAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATTTGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
190 -TCCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
* ** * *
4215 ATAATAAGGCTTTCGAAA-G-TATGAGTGGCTATTAAT-AGACTTTTCTCATCAATGAATAGCTT
253 GTAATAAGGCCCTC-AAAGGCT-TGAGTGGCTATAAATGAG-CTTTTCTCATCAATAAATAGCTT
4277 TTTCTTCAGATGTT-TTGA-ATCCAAA
315 TTTCTTCAGAT-TTCTTGAGAT--AAA
* * *
4302 CATTCAATTATACTCTAGTTTAACT-ACAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATC-AGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4366 TTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-CACTTTT
* * * *
4431 CTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTGTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAT
129 CTTGTCAATGAAT-GCTTTTT-TTCACGTTTAT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAT
* * * **
4496 CCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTA
191 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
* * ** * *
4561 AGAAGGCCCTCAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTGTT
256 ATAAGGCCCTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGAGCTTTTCTCATCAATAAATAGCTTTTTCTT
* * *
4626 TATATTTCTTGAGGTAAA
321 CAGATTTCTTGAGATAAA
* * *
4644 CATTCAATTATAATCATTTTAAATAAAAAATATAAAAGAATTTAAGC-TAAAATCAATGATGAGA
1 CATTCAATTATAATCAGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * *
4708 TTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGAATATAAA-CATACTT
65 TTATAAAACT-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATC--ACTT
* * * *
4771 TTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTT-
127 TTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTTTCACGTTT-ATAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
4835 TACCAAAAATGTTAAAAAATTCAATCAAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGTGAG
190 T-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG
4900 TAATAAGG
254 TAATAAGG
4908 TTTTGAAGGA
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 86, Indels: 44
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 101 0.20
342 132 0.26
343 244 0.49
344 21 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
CATTCAATTATAATCAGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATCACTTTTCT
TGTCAATGAATGCTTTTTTTCACGTTTATAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAA
AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG
GCCCTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGAGCTTTTCTCATCAATAAATAGCTTTTTCTTCAGAT
TTCTTGAGATAAA
Done.