Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398312.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1613.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15416
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 2134 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1622 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1022--2109 Score: 745
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 341
1012 CATGCCTTCA
* *
1022 AAAGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
1 AAAGTCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
* * ** *
1087 ACCTTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAACATATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAAAAAATAATTGAATGCTAACCTTAGGAAACATAAACAAAAACATATT
**
1152 CATTAGAAGGAACAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAGGGCTTAGTACTCGCTTTAAAT
131 CATTAGAAGGAACAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAAGCTTAGTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
1217 GGTTTTATAATTCCTTAATTGATTTTGAGTAAAATTCTTTTGCATTTTGCATTAAAATATATTGT
196 AGTTTTATAA-TCCTTAATTGATTTTAAGTAAAATTCTGTTACATTTTGCATTAAAACATATTGT
* **
1282 AATTT-TATGTCTACCTCGTGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTTCATTTA
260 -ATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTTCATTTA
1346 TAGTCACTGACTCCTTTG
324 TAGTCACTGACTCCTTTG
** * * * *
1364 AAAGTCTTATTACTCATTTTAACTGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGTCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
* * ** * *
1429 ATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT-ATTGAATG-TCAACTTTAGGAAACATGAACACAAAAC-TG
66 ACATTTTTAGTTAAAACAAAAAATAATTGAATGCT-AACCTTAGGAAACATAAACA-AAAACAT-
* * * * * * * *
1491 ATT-ATTGGTTA-GAA-AAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAATCTTATTACTCGTTT
128 ATTCATTAG-AAGGAACAA-TCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAAGCTTAGTACTCGCTT
* * * *
1553 TAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGCT-GAATTGTGTTACATTTTTG-GTTCAAA
191 TAAATAGTTTTATAATCCT--TAATTGATTTTAAG-TAAAATTCTGTTACA-TTTTGCATTAAAA
* * * *** * * * *
1615 CATATTGTATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAACAATAAAT-CACTAGCAAGAAAAG
252 CATATTGTATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAA-AAGCCATCCATTGGTATGAAAAG
* ** * *
1679 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
316 TTCATTTATAGTCACTGACTCCTTTG
* ** ** * **
1705 AAAG-CGTCATTTTTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG-ATTCCTT
1 AAAGTC-TTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT--TT
* * * ** * *
1768 TT-TCATTTTTCA-TTAAAATATACTATAATTGAATGTCT-GCC-TAGAGAAACGTAAAGCAAAA
63 TTCACATTTTT-AGTTAAAACAAAAAATAATTGAATG-CTAACCTTAG-GAAACATAAA-CAAAA
* * * * * * * * *
1829 AC-TATCCATT-GACATGAA-AAGTCCAGTTATACTCACTCAAGCTTTCG-AAAGCTGTACTACG
124 ACATATTCATTAGA-AGGAACAA-TCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAAGCT-TAGTACT
* * * ** * * *
1890 CGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-AAGTTA
186 CGCTTTAAATAGTTTTATAATC-CTTAATTGATTTTAAGTAAAATTCTGTTACATTTTGCA-TTA
* * * * * * * ** *
1954 AAACACATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACGTGAAG-AAAAACTATTCATTTATAAGAA
249 AAACATATTGTATTTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAA
* * * * *
2017 AAGTCCATTTACAATCAC--CCGTGCC-TTC
313 AAGTTCATTTATAGTCACTGAC-T-CCTTTG
* * * * * * *
2045 AAATGCCGTATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAA-GTCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTT
2110 TTATATTTTT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 129, Indels: 74
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 24 0.04
341 312 0.54
342 236 0.41
343 4 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAAGTCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
ACATTTTTAGTTAAAACAAAAAATAATTGAATGCTAACCTTAGGAAACATAAACAAAAACATATT
CATTAGAAGGAACAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAAGCTTAGTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCCTTAATTGATTTTAAGTAAAATTCTGTTACATTTTGCATTAAAACATATTGTA
TTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTTCATTTATA
GTCACTGACTCCTTTG
Found at i:1729 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 509--2144 Score: 1412
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 503
499 NATACCTTTG
* *
509 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * *
574 ATACTTTTGGTTAAAATATATCGTAATTAAATGTCTATCCTAAGAAATGTAATGGAAAAGAT-AA
65 ACATTTTTGGTTAAAACATATAGTAATTGAATGTTTA-CCTAAGAAACGTAA-GGAAAA-ATAAA
* * * * * * *
638 CCATTGAAGAGAAAACTCTATTTATAGTCACTCGTGCTTTCGAAAGCATTATTCTCGCTCTAAAT
127 TCATAG-A-AGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTCTCGCT-TAAAT
** * * ** * * *
703 CATTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAGTAGATTG
188 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTG
* * * * * * *
768 TAATTTAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCAATTGACACGAAAAGTTGATTTA
251 TAATTTAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTA
* * * * *
833 TAGTCTCTCACGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
316 TAGTCACTCACACCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ***
898 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGA-AAATAATAATTGAACGTTTGCCTTAGGAA
380 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA-ACAAATAATAATTGAATGTCAACCTTAGGAA
*** * **
962 GTGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGAAAGAAAAGTCTAATTATAGTTGCCCATGCCTTCA
444 ACATGAACAAAAAGATATTCATTAGAAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * *
1022 AAAGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
1 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
* * * * * * * * * * *
1087 ACCTTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAACATATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACATATAGTAATTGAATGTTTACC-TAAGAAACGTAAGGAAAAATA-AAT
* * *
1152 CATTAGAAGGAACAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTCG-AAGGGCTTAGTACTCGCTTTAAA
128 CA-TAGAA-GAA-AATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCG-TTA-TTCTCGC-TTAAA
* * * *
1216 TGGTTTTATAAT-TCCTTAATTGATTTTGAGTAAAATTCTTTTGCATTTTGCATTAAAATATATT
187 TGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGT-AAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAATATATT
* * * **
1280 GTAATTTTATGTCTACCTCGTGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTTCATTT
250 GTAATTTAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTT
* * ** * * *
1345 ATAGTCACTGACTCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAACTGGTTTTATAGTCTTATAATTGA
315 ATAGTCACTCACACCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
1410 TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT-ATTGAATGTCAACTTTAGGAA
379 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCAACCTTAGGAA
* * ** * *
1474 ACATGAACACAAAA-CTGATT-ATTGGTTAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGA
444 ACATGAACA-AAAAGAT-ATTCATTAGAAAGAAAAGT-CTAATTATAGTCACCCATGCCTTC-A
* * *
1535 AAA-TCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTT
1 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * *
1599 ACATTTTTGGTTCAAACATATTGTATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAACAATAAAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACATATAGTAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACGTAAGGAAA-AATAAAT
* * * *
1664 CACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCGTCATTTTTTGCGTTAAAT
128 CA-TAG-AAGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTA-TTCTCGC-TTAAAT
* ** * * *
1729 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGATTCCTTTTTCATTTTTCATTAAAATATACTAT
188 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATT-CTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTGT
* * * * * * *
1794 AATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACGTAAAGCAAAAACTATCCATTGACATGAAAAGTCCAGTTAT
252 AATTTAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTAT
* * * * *
1859 ACTCACTCA-AGCTTTCGAAAGCTGTACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
317 AGTCACTCACACCTTT-GAAAGCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
1923 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAA
380 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCAACCTTAG-GAA
* * * * * * * * *
1987 ACGTGAAGAAAAA-CTATTCATTTA-TAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCGTGCCTTCA
444 ACATGAACAAAAAGATATTCA-TTAGAAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *** * * * *
2046 AATGCCGTATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT
* * *
2111 TATATTTTT-CTTAAAATATACTA-TAATTGAATGT
64 TACATTTTTGGTTAAAACATA-TAGTAATTGAATGT
2145 CTGCCTAGGG
Statistics
Matches: 894, Mismatches: 194, Indels: 71
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 20 0.02
512 487 0.54
513 348 0.39
514 38 0.04
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACATATAGTAATTGAATGTTTACCTAAGAAACGTAAGGAAAAATAAATCAT
AGAAGAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTCTCGCTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTGTAATTTAATG
TCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
CACCTTTGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCAACCTTAGGAAACATGAACAAAA
AGATATTCATTAGAAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:2145 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 856--2126 Score: 1422
Period size: 683 Copynumber: 1.9 Consensus size: 681
846 CTTTAAAAGC
* * * * * *
856 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATT
* * * ** * *
921 TTTGGTTAAAGAAAATAATAATTGAACGTTTGCCTTAGGAAGTGTGAAGAAAAAGATATTCATTA
66 TTTGGTTAAAGAAAATAATAATTGAACGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAATCACTA
* ** * *
986 GAAAGAAAAGTCTAATTATAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTT
131 GAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTCATTACTCGCCTTAAATGGTTT
**
1051 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTCACCTTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTG
196 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTCA-CTTTTTCATTAAAACAAAAAATAATTG
* *
1116 AATGCTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAACATATTCATTAGAAGGAACAATCCATTTATAATCA
260 AATGCTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAACATATCCATTAGAAGGAACAATCCAGTTATAATCA
* * * * * * *
1181 CCCATGCCTTCGAAGGGCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTCCTTAATTGATTTTGAG
325 CCCAAGCCTTCGAAGAGCTTACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAATTCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * ** *
1246 TAAAATTCTTTTGCATTTTGCATTAAAATATATTGTAATTTTATGTCTACCTCGTGAAACGTGAA
390 TAAAATTCTTTTACATTTTGAATTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA
* * * * * * * * * * *
1311 GCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTGACTCCTTTGAAAGTCTTATTA
455 GCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCGA-TCCTTTCAAAGCCGTATCA
** * * * * * * *
1376 CTCATTTTAACTGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
519 CTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTACTT
1441 AAAACAGATGATATTGAATGTCAACTTTAGGAAACATGAACACAAAACTGATTATTGGTTAGAAA
584 AAAACAGATGATATTGAATGTCAACTTTAGGAAACATGAACACAAAACTGATTATTGGTTAGAAA
1506 AGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAT
649 AGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAT
*
1539 CTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATT
* * ** * * * *
1604 TTTGGTTCAAA-CATATTGTATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAACA-ATAAATCAC
66 TTTGGTT-AAAGAAAATAATAATTGAACGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-AATCAC
* * * * ** * *
1667 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCGTCATTTTTTGCGTTAAATGGT
129 TAGAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTCATTACTCGCCTTAAATGGT
** * * * **
1732 TTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGATTCCTTTTTCA-TTTTTCATTAAAATATACTATAA
194 TTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAT--TTTTTCACTTTTTCATTAAAACAAAAAATAA
* *
1796 TTGAATG-TCTGCC-TAGAGAAACGTAAAGCAAAAAC-TATCCATT-GACATGAA-AAGTCCAGT
257 TTGAATGCT-TGCCTTAG-GAAACATAAAG-AAAAACATATCCATTAGA-AGGAACAA-TCCAGT
* * *
1856 TATACTCACTCAAGCTTTCGAA-AGCTGTACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAT
317 TATAATCACCCAAGCCTTCGAAGAGCT-TACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAATTC-CATAAT
** *
1919 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-AAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCAT-
380 TGATTTTAAGTAAAATTCTTTTACATTTTGAA-TTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACC-TC
* * *
1982 GAGAAACGTGAAG-AAAAACTATTCATTTATAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCG-TGCC-TT
443 GAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAATCA-CCGAT-CCTTT
*
2044 CAAATGCCGTATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
506 CAAA-GCCGTATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTAAAGTTAAA-TTTT
2109 TTTATATTTTT-CTTAAAA
569 TTTATATTTTTACTTAAAA
2127 TATACTATAA
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 93, Indels: 35
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 6 0.01
682 97 0.20
683 358 0.75
684 10 0.02
685 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (681 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATT
TTTGGTTAAAGAAAATAATAATTGAACGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAATCACTA
GAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTCATTACTCGCCTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTCATTAAAACAAAAAATAATTGA
ATGCTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAACATATCCATTAGAAGGAACAATCCAGTTATAATCAC
CCAAGCCTTCGAAGAGCTTACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAATTCCATAATTGATTTTAAGT
AAAATTCTTTTACATTTTGAATTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
CAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCGATCCTTTCAAAGCCGTATCACT
CACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTACTTAA
AACAGATGATATTGAATGTCAACTTTAGGAAACATGAACACAAAACTGATTATTGGTTAGAAAAG
TGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAT
Found at i:2168 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1554--2200 Score: 781
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
1544 TACTCGTTTT
** * *
1554 AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATTTTTGGTTCAAACATA
1 AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATTTTAAGTTAAAACACA
* * * *
1619 TTGTATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAACAATAAATCACTAGCAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAATAAATCACTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *** ** * * *
1684 TTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCGTCATTTTTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
131 TTACAATCACCCATGCCTTCGAAAGCGTCATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATT
* *
1749 GATTTTTAGTTGATTCCTTTTTCATTTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAG
196 GATTTTAAGTTAATTCCTTTTTCATTTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAG
* * *
1814 AAACGTAAAGCAAAAACTATCCATTGA-CATGAAAAGTCCAGTTATACTCACTCAAGCTTTCGAA
261 AAACATAAAGCAAAAACCATCC-TTGACCATGAAAAGTACAGTTATACTCACTCAAGCTTTCGAA
1878 AGCTGTACTACGCGCTTG
325 AGCTGTACTACGCGCTTG
* * * * *
1896 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACACA
1 AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATTTTAAGTTAAAACACA
* * * *
1961 TTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACGTGAAGAAA-AACT-ATTCATTTA-TAAGAAAAGTC
66 TTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAACAA-TAAATCA-CTAGCAAGAAAAGTC
*
2022 CATTTACAATCACCCGTGCCTTC-AAATGCCGT-ATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCA
128 CATTTACAATCACCCATGCCTTCGAAA-G-CGTCATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCA
* *
2085 TAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTTATATTTTTC-TTAAAATATACTATAATTGAATGTCTG
191 TAATTGATTTTAAGTT-AATTCCTTTTT-CATTTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTG
* * * * * *
2148 CCTAGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCTTTACCATGAAAAGTACATTTATA
254 CCTAGAGAAACATAAAGCAAAAACCATCCTTGACCATGAAAAGTACAGTTATA
2201 GCCATTCAAG
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 42, Indels: 17
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.02
341 146 0.57
342 102 0.40
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTTACATTTTAAGTTAAAACACA
TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAATAAATCACTAGCAAGAAAAGTCCAT
TTACAATCACCCATGCCTTCGAAAGCGTCATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATT
GATTTTAAGTTAATTCCTTTTTCATTTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAG
AAACATAAAGCAAAAACCATCCTTGACCATGAAAAGTACAGTTATACTCACTCAAGCTTTCGAAA
GCTGTACTACGCGCTTG
Found at i:2431 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 509--2479 Score: 1056
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 169
499 NATACCTTTG
* * *
509 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
574 ATACTTTTGGTTAAAATATATCGTAATTAAATGTCTATCCTAAG-AA-ATGTAATGGAAAAG-AT
66 ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATG-AA-GCAAAAGCAT
* * * * * *
636 AACCATT-GAAGAGAAAACTCTATTTATAGTCACTCGTGCTTTCG
128 --CCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * ** * * *
680 AAAGCATTATT-CTCGCTCTAAATCATTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
** * * * * * *
744 TACATTTTTCATTAAAGTAGATTGTAATTTAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAG
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAG-CAT
* * * ** * * *
809 CAATTGACACGAAAAGTTGATTTATAGTCTCTCACGCCTTTA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* *
851 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * * * * *** * *
916 ATATTTTTGGTTAAAGA-AAATAATAATTGAACGTTTGCCTTAGGAAGTGTGAAGAAAAAGATAT
66 ACATTTTTGGTTAAA-ATATATTGTAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGAAGCAAAAG-CAT
* * * * * ** *
980 TCATTAGAAAGAAAAGTCTAATTATAGTTGCCCATGCCTTCA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
** * * *
1022 AAAGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *** * * * *
1087 ACCTTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAACATAAAG-AAAAACATA
66 ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTC-T-ACTTAAGAAACATGAAGCAAAAGC--A
* * * * *
1150 TTCATTAG-AAGGAACAA-TCCATTTATAATCACCCATGCCTTCG
127 TCCATTGGCAA-GAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * * * ** *
1193 AAGGGCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCCTTAATTGATTTTGAGTAAAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *** *
1257 TGCA-TTTTGCATTAAAATATATTGTAATTTTATGTCTACCTCGTGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
65 TACATTTTTG-GTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAG-CA
* * * * **
1321 TCCATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTGACT-CCTTTG
127 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCA
* ** * * * *
1364 AAAGTCTTATTACTCATTTTAACTGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
1429 ATATTTTTAGTTAAAACAGA-TG-ATATTGAATGTCAACTTTAGGAAACATGAA-CACAAAACTG
66 ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTA-ATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACATGAAGCA-AAAGC--
* ** * * *
1491 AT-TATTGGTTAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGA
126 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-A
* * * * * * *
1535 AAA-TCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * **
1599 ACATTTTTGGTTCAAACATATTGTATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAACAATAAAT
66 ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGCAA-AA-GCAT
* * * * *
1664 -CACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * ** * * *
1705 AAAGCGTCATTTTTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG-ATTCCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTT
** * * * * * * *
1769 TT-CATTTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACGTAAAGCAAAAACTA
64 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGC-A
* * * * * * *
1833 TCCATTGACATGAAAAGTCCAGTTATACTCACTCAAGCTTTCG
127 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * *
1876 AAAG-CTGTACTACGCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * * *
1940 TACATTTTAAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAG-AAAAACTAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGC-AT
* *** * * * *
2004 TCATTTATAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCGTGCCTTCA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * * * * * *
2046 AATGCCGTATCACTCACCTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * * *
2111 TATATTTTT-CTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGGGAAATATGAAGCAAAAGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTA-AGAAACATGAAGCAAAAG-CAT
* ** * * * * * **
2175 CCTTTACCATGAAAAGTACATTTATAGCCATTCAAGCCTTNN
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
*************************** * *
2217 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
2282 ATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGCAAAATGCATC
66 ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTT-AAGAAACATGAAGCAAAA-GCATC
* * * *
2347 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* ** * * *
2388 AAACCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* **
2453 TACATTTTTAGTTAAAATGGATTGTAA
65 TACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAA
2480 CTAAATGTTG
Statistics
Matches: 1345, Mismatches: 397, Indels: 115
0.72 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 325 0.24
171 902 0.67
172 103 0.08
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCATCCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
Found at i:3136 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2653--4387 Score: 1175
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
2643 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
2653 TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATACTTTT-GGTTAAAATATATCGTAATTAAATGTCTATCC-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CCTT
* * * * *
2716 AAGAAACATCACAG-AAAAGAC-AATCATT-G-AAGTGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCGTGCT
64 AAGAAACATGA-AGAAAAAG-CTATTCATTAGTAA--GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCC
* * *
2777 TTCGAAAGTATTATTACTCGCTCTAAATCA-TTTTATAATCTCATCAT
125 TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAAT
* ** *
2824 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * ** * * * *
2888 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTAACACGAAAAGT-TGATTTCTAGTCTCTCAAGCCTT
64 AAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC-ATTAGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTT
** * **
2951 TAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
127 CGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
2996 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAGCAAATAATAATTGAACGTTTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * * *
3061 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTAGTTATAGTCGCCCGTGCCTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * *
3126 AGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * ** * * * *
3167 TGATTTAAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTAAATGGTTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * *
3232 GAAACATGAAGAAAAA-CATATTCATT-GGAAGGAACAGTCCATTTATAATCACTTATGCCTTCG
66 GAAACATGAAGAAAAAGC-TATTCATTAGTAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
* * * * ** * *
3295 AAAGCCTTAGTACTCGTTTTCAACGGTTTTATAATCCCTTAAT
129 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * ** * *
3338 TGATTTTGAG-TGAAATTCTTTTGCAT-TTTTCA-TTAAAATGTATTGTAATTTTATGTCTGCC-
1 TGATTTTAAGTTG-AATT-TTTT-TATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * * *
3399 TAGTGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTATGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTGACGCCT
63 TA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * * *
3463 TCGAAAGTCTTATTACTCACTTTTACTAGTTTCATAGTCTCATAAT
126 TCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * **
3509 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT-ATTGAATATCTATCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * *
3573 GAAACATGAACACAAAA-CTGATT-ATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCG
66 GAAACATGAAGA-AAAAGCT-ATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
* *
3636 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
129 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
3679 TTATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTCAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * * * * * * *
3744 GAAACGTGAGGAAAAA-ATAAATCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGA
66 GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * *
3808 AAG-CGTCATTGCTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
3850 TGATTTTTAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTCA-TTAAAATATATTATAAGTGAATG-TCA-GTCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-T
* * * * * ** * * * *
3911 AGGGAAACGT-AATGGAAAAGCCATCCATTAACATGAAAAGTCTATTTATACTCACTCAAGCTTT
64 A-AGAAACATGAA-GAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT
* ** * *
3975 TGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 CGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4020 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTAAGTTATAACATATTATAATTGAAT-TTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT-TACCTTA
* * * * * * *
4084 AGAAACATGAAGAGAAAATC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCGTGCCTTCA
65 AGAAACATGAAGA-AAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
* * * * * * *
4148 AAAGCCATATCACTCACTTTAAA-AGGCTCTATAATATCATAAT
129 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4191 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTA-TT-AAATATACTATAATTGAATGTCTGCC-TAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTA-
* * * * * * * * * *
4253 GGAAACATGAAGCAAAAGC-ATCCCTT-GCCATGAAAAGTAC-ATTTATAGCCATTAAAGCCTTC
65 AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-TAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * *
4315 GAAAGCCTTATTATTTGCTGTAAATGGTTTTAAAATCTCATAAT
128 GAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
4359 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
4388 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 300, Indels: 105
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 94 0.08
169 38 0.03
170 284 0.23
171 643 0.53
172 149 0.12
173 3 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:3621 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3426--3732 Score: 420
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
3416 AAAGCTATCC
* ** *
3426 ATTGGTATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTGACGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTT-ACT
1 ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGTCTTATTACTC-CTTTTAAAT
** * *
3490 AGTTTCATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT
65 AGTTTCATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT
3555 A-TTGAATATCTATCTTGGGAAACATGAACACAAAACTGATT
130 ATTTGAATATCTATCTTGGGAAACATGAACACAAAACTGATT
* ** *
3596 ATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCCTTTTAAATA
* * * * * * *
3661 GTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTCAAACATATTATA
66 GTTTCATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGATA
3726 TTTGAAT
131 TTTGAAT
3733 GTTTACCTTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 19, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 106 0.91
171 6 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (171 bp):
ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCCTTTTAAATA
GTTTCATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGATA
TTTGAATATCTATCTTGGGAAACATGAACACAAAACTGATT
Found at i:3809 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2749--4381 Score: 774
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
2739 TCATTGAAGT
** * * * * * *
2749 GAAAAGTTTATTTATAGTCACTCGTGCTTTCGAAAGTATTATTACTCGCTCTAAATCA-TTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCACT-TTAAT-AGTTTCAT
* * ** * *
2813 AATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTCATTAAAGTAGATTATAATTGAA
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATGATAAGTGAA
* * * * * * * * * *
2878 TGTTTA-CCTTGAGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCAATTAACACGAAAAGT-TGATTTCTAGTC
126 T-ATCAGTCTAGGGAAACAT-AACACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATACTC
* * ** * **** * *
2940 TCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
188 ACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
3005 GTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTA-AAGCAAATAATAATTGAACGTT-TACCTCAAGAAACAT
253 GCTGAATTGTTTTACAGTTTAAGTTATAA-CATATTATAATTGAA-TTTCTACCTTAAGAAACAT
* * * *
3068 GAAGAAAAAGGT-ATTCATTAGTAA
316 GAAGAAAAA-ATAAATCACTAGCAA
* * * * * * * * * * *
3092 GAAAAGTCTAGTTATAGTCGCCCGTGCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTC-ACTTTAATAGTTTCATA
* * * * * ** * *
3157 ATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTAAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATGATAAGTGAAT-
* * * * * * * * * * *
3222 GT-TGCCTTA-GGAAACATGAAGA-AAAA-CATATTCATTGGA-AGGAACAGTCCATTTATAATC
127 ATCAGTC-TAGGGAAACAT-AACACAAAAGC-CATCCATT-AACAAGAAAAGTCTATTTATACTC
** * * * ** * ** ** * *
3282 ACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGTTTTCAACGGTTTTATAATCC-CTTAATTGATTTTG
188 ACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTA
* * * * * ** * ** * * *
3346 AG-TGAAATTCTTTTGCATTTTTCA-TTAAAATGTATTGTAATTTTATGTCTGCC-TAGTGAAAC
252 AGCTG-AATTGTTTTACA-GTTTAAGTTATAACATATTATAATTGAATTTCTACCTTA-AGAAAC
* ** * * * *
3408 GTGAAGCAAAAGCT--ATCCATTGGTAT
314 ATGAAG-AAAAAATAAAT-CACTAGCAA
* * * *
3434 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTGACGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTTACTAGTTTCATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCAC-TTTAATAGTTTCATA
* * *
3499 GTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATGAT-ATTGAATA
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGATGATAAGTGAATA
* * * *** * *
3563 TCTA-TCTTGGGAAACATGAACACAAAA-CTGAT-TATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAC
128 TC-AGTCTAGGGAAACAT-AACACAAAAGC-CATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATACTCAC
** ** * * *
3625 CCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGC
190 CCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGC
* * ** * *
3690 TGAATTGTTTTATATTTTTGGTTCA-AACATATTATATTTGAATGTT-TACCTTAAGAAACGTGA
255 TGAATTGTTTTACAGTTTAAGTT-ATAACATATTATAATTGAAT-TTCTACCTTAAGAAACATGA
*
3753 GGAAAAAATAAATCACTAGCAA
318 AGAAAAAATAAATCACTAGCAA
* * * * * ** * * *
3775 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCGTCATTGCTTGCGTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC-TTATTACTCAC-TTTAATAGTTTCATA
* * * * *
3840 ATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTCATTAAAATATATTATAAGTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATGATAAGTGAATA
* *** * *
3904 TCAGTCTAGGGAAACGTAATGGAAAAGCCATCCATTAACATGAAAAGTCTATTTATACTCACTCA
128 TCAGTCTAGGGAAACATAACACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCA
* * * * *
3969 AGCTTTTGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 AGCCTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
* *
4034 ATTGTTTTACAGTTTAAGTTATAACATATTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACATGAAGAGA
258 ATTGTTTTACAGTTTAAGTTATAACATATTATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
4099 AAATCATTCATTGGTAA
323 AAATAAATCACTAGCAA
* * * * * * * **
4116 GAAAAGTCCATTTACAATCACTCGTGCCTTCAAAAGCCATATCACTCACTTTAAAAGGCTCTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCACTTTAATAGTTTC-ATA
* * * * * *
4181 ATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTATTAAATATA-CT-ATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAA-ACAGATGATAAGTGAATA
* * * * ** * *
4244 TCTGCCTAGGGAAACATGAA-GCAAAAG-CATCCCTTGCCATGAAAAGTAC-ATTTATAGC-CAT
128 TCAGTCTAGGGAAACAT-AACACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATA-CTCAC
** * *** * * *
4305 TAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGC-TGTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAG
190 CCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTG-AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
* *
4369 TTGAATTTTTTTA
254 CTGAATTGTTTTA
4382 TATTTTTNNN
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 245, Indels: 98
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 91 0.09
340 83 0.08
341 453 0.45
342 277 0.28
343 90 0.09
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTATTACTCACTTTAATAGTTTCATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATGATAAGTGAATATCA
GTCTAGGGAAACATAACACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCAAGC
CTTCGAAAGTCTTATTAAGCGCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT
GTTTTACAGTTTAAGTTATAACATATTATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAA
TAAATCACTAGCAA
Found at i:4811 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4603--6909 Score: 1586
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 170
4593 TTATTTTCTG
** * * * *
4603 TTTTAATCAAAAATGTGAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAGG
1 TTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
4668 CAAATAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTT
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTT
* * * * *
4733 TTGCTTCATGTTTCCCTAGGTAAAAATTCACTTACAATATA
130 TTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * *
4774 TTTTAATGAAAAACAAAAAAGAATTCCAA-TCAAAATCAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATAAAAAA-AATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * **
4838 GTGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGG-TACGGGTGACTATAAATGAACTTTTTATGCCAATGAATAC
64 GCAAGTAATAAGA-CTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGG
* * * * ** * ** * *
4901 CTTTTCCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGGCATTGAATTATTTTTTG
127 CTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * *** * *
4945 TTTTAACCAACAATGTGAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAGG
1 TTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
5009 TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGG--TTTGTCTTGACAATGGATGGC
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTT-TCATGTCAATGGATGGC
* * * *
5072 TTTTACTTCACGTTT-CCTACAGCAAGCATTCAATTGTAATATA
128 TTTTGCTTCACGTTTCCCTA-GGCAAACATTCAATTATAATATA
* * *
5115 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAG
1 TTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
5180 CCAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGTACTTTTCATGGCAA-GAGATGGC
65 -CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATG-GATGGC
* * * *
5243 TTTTGCTTCATGTTTCCCTAGGCACATATTCAATTATAGTATA
128 TTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
5286 TTTTAAT-AAAAATACAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * * * * * * * **
5350 TGAGTGATACGGCTTTTGAAAGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTT
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTT
* * * * * * *
5415 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATT
130 TTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * *
5456 TTTTAA-CTTAAAATGCAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACTATTTC
1 TTTTAATC-AAAAAT---AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * *
5519 AAGCGCGTAATATGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGG
62 AAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGG
* * *
5584 CTTTTGCTTTACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAGTATA
127 CTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * *
5628 TTTTAATAAAAAATGAAAAAATTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGC
1 TTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * **
5693 AAGCAATGACG-CTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATTAGT-AATTTAT-
66 AAGTAAT-AAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--A-T-GTCAATGGATG
* * * * * * *
5755 --TTTTTCCTCATGTTT--CTAATGGTAAACATTCAAATACAATATG
126 GCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-A-GGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
5798 TTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA
1 TTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * ** * * * *
5863 CGAGTAATACGACTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAAT-AATCAG-T
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGAT-GGCT
* * * * * * *
5926 TTTGTGTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TATCATCTG
129 TTTG-CTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
5968 TTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGATACTATAAAACTAGTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * *
6032 GTGAGTAATAAG-GTTTCCGAAGGCGTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAG-CAATGGATGG
64 GCAAGTAATAAGACTTT-CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-GTCAATGGATGG
* * ** *
6095 CTTTTGCTTCACGTTTCACTAGGCAATCATAAAAGTATAATATA
127 CTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
6139 TTTTAATAAAAAATGCAAAAACATTTC-ACTCAAAATCAATTAATG-GATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAATCAAAAAT--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
6202 AGCAAGTACTAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGATTATAAATAGACTGTTC-TTTCCAATGAATA
63 AGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT-CAATGGAT-
* * * * ** * *
6265 TG-TTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGGCAAGCATTCAAATATTTTTTG
125 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATATA
* ** * * *
6310 TTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGG
1 TTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * ** **
6375 CAAGTAATAACACTTTTGAAGGC-ACAGGCGACTATAATTAGACTTTTC-T-TACTAATTAATAC
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCATGT-C-AATGGATGG
* * * * *
6437 CTTTTTCTTCACGTTT-CCTGAGGCAAACGTTCAATTATTATTTG
127 CTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
6481 CTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * ** *
6545 CAAGTAATAAGACTTTAAAAAGCTTGAGAGACTATAAATCAACTTTTCATGTCAATTGATGGCTT
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTT
* * * *
6610 TTGCTTCACATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTA
130 TTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * ** *
6651 TTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAATGATTTAGA
1 TTTTAATCAAAAA--TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** ** * * * **
6716 GCAAGTAATAATG-CTTTCGAAAGCACGAGCAACTATAAATGAACTTTTC-TCTTCAATGGTTAT
64 GCAAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-GTCAATGGATGG
* * * *
6779 CTTTTCCATT-ACGTTTCTC-ATG-ATAGACATTTAATTACT-ATATA
127 CTTTTGC-TTCACGTTTCCCTAGGCA-A-ACATTCAATTA-TAATATA
* * * * *
6823 TTTTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
6888 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
65 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGG
6910 TATGGGTGAC
Statistics
Matches: 1681, Mismatches: 374, Indels: 162
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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168 6 0.00
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTT
TGCTTCACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAATATA
Found at i:5569 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 4620--6908 Score: 1532
Period size: 341 Copynumber: 6.7 Consensus size: 336
4610 CAAAAATGTG
* * * * * *
4620 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAGGCAAATAATAAGACTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACG-CTTTC
* * * * * * ** * * * *
4685 GAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCT
65 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * * *
4750 AGGTAAAAATTCACTTACAATATATTTTAA-TGAAAAACAAAAAAGAATTCCAA-TCAAAATCAA
129 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATT--AACTTAAAATCAA
* * * * * *
4813 TTATGGGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCG-AAGGTACGGGTGACTATAA
191 TTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGACTATAA
* * * ** * * * * * *
4876 ATGAACTTTTTATGCCAATGA-ATACCTTTTCCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGGCATTGAATTAT
254 ATAAACTTTTCATGTCAA-GAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTAT
** * * * * *
4939 TTTTTGTTTTAACCAACAATGT
317 AGTATATTTTAA-TAAAAAT-A
* * * * *
4961 GAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAGGTAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-ACGCTTT
* * * * * * ** *
5025 CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGG--TTTGTCTTGACAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC
64 CGAAAGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTT-TCTT-TCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTC
* * * *
5088 -CTACA-GCAAGCATTCAATTGTAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
126 TC-A-AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAA
* * * * * * *
5150 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTAT
187 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTAT
** * * * *
5215 AAATGTACTTTTCATGGCAAGAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTAGGCACATATTCAATTAT
252 AAATAAACTTTTCATGTCAAGAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTAT
5280 AGTATATTTTAATAAAAATA
317 AGTATATTTTAATAAAAATA
* * * ** *
5300 CAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATACGGCTT
1 -AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAC-GCTT
* * *
5365 TTGAAAGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCT
63 TCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
5430 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAACTTAAAATGCAAAAAAAAATTAACTTAAAATCA
127 CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT--AAAAAAAAATTAACTTAAAATCA
* * * * * *
5495 GTTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGCGCGTAATATGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAA
190 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAA
** *
5560 TGGACTTTTCATGTCAATG-GATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAG
255 TAAACTTTTCATGTCAA-GAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAG
5624 TATATTTTAATAAAAAATGA
319 TATATTTTAAT-AAAAAT-A
* * * *
5644 AAAAATTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGCAATGACGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-ACGCTTTC
* * * * * * *
5709 GAAAGAATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATTAGT-AATTTATTTTTTCCTCATGTTTCT-
65 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAA-TGATTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * *
5772 AATGGTAAACATTCAAATACAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAAATCAA
128 AA-GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAA
* * * * ** *
5837 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATACGACTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
5902 AAACTTTTCTTATCAATA-ATCAG-TTTTGTGTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TATCA
256 AAACTTTTCATGTCAAGAGAT-GGCTTTTG-CTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTAT-A
* *
5964 -TCTGTTTTAACTAAAAATATA
318 GTATATTTTAA-T-AAAA-ATA
* * * * * * ** * *
5985 AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGATACTATAAAACTAGTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTCC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACGCTTT-C
* * ** ** * ** * * *
6050 GAAGGCGTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCACT
65 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * ** * * * * * *
6115 AGGCAATCATAAAAGTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGCAAAAACATTTCACTCAAAATCAAT
129 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
6179 TAATG-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTCG-AAGGTATGAGTGATTATAAA
192 T-ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGACTATAAA
* * * * * *
6242 TAGACTGTTC-TTTCCAATGA-ATATG-TTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGGCA-AGCATTCAAAT
255 TAAACTTTTCATGT-CAA-GAGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGA-CATTCAATT
** * * * *
6302 ATTTTTTGTTTTAACCAAAAATGTG
315 ATAGTATATTTTAA-TAAAAA--TA
* * * * *
6327 AAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAACACTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-ACGCTTTC
* ** * * * * * *
6392 GAAGGCACAGGCGACTATAATTAGACTTTTCTTACTAATTAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTC-C
65 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGA-TTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * ** * * *
6455 TGAGGCAAACGTTCAATTATTATTTGCTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
128 -AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
* * ** *
6520 TTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTAAAAAGCTTGAGAGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAAT
* ** * * * * * *
6584 CAACTTTTCATGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATC
256 AAACTTTTCATGTCAAGAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAGTA
6649 TATTTTAATGAAAAATGTAA
321 TATTTTAAT-AAAAA--T-A
* ** * *
6669 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAATGATTTAGAGCAAGTAATAATGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-ACGCTTTC
* * ** * * * *
6734 GAAAGCACGAGCAACTATAAATGAACTTTTCTCTTCAATG-GTTATCTTTTCCATT-ACGTTTCT
65 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCAATGAATGAT-TTTTTC-TTCACGTTTCT
* * * * * * * *
6797 CATGATAGACATTTAATTACT-ATATATTTTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
127 CAAGGTAAACATTCAATTA-TAATATATTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCA
*
6861 ATTATGCGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAG
190 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
6909 GTATGGGTGA
Statistics
Matches: 1537, Mismatches: 336, Indels: 149
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 53 0.03
341 803 0.52
342 630 0.41
343 50 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACGCTTTCG
AAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACT
TTTCATGTCAAGAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAGTATATTT
TAATAAAAATA
Found at i:9933 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9471--11749 Score: 1456
Period size: 171 Copynumber: 13.4 Consensus size: 171
9461 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9471 ATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTAGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCT
* * * * * * * * * * * * *
9535 TTACGTTTTTTA-TGATAGTCATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAACAATGTAAAAACATCCAA
65 TCACGTTTCTCACTGGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
9599 TTTAAAATCAATTATGACATTATAATACCATTTAAAACTAGTG
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
9642 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTACAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGGC-TTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAAT-AGCTTTTGCT
* * * ** * ********** *
9705 TTATGTTTCCCA-AAGCAGACATTCNNNNNNNNNNTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAA
65 TCACGTTTCTCACTGGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
9769 CTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAATCATTTGAAGTGAGTA
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
9812 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGGCAATTAATAGCTTTCT-CT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTT-TGCT
* ** * * *
9876 TCATGTTTCTCACTGCCAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
65 TCACGTTTCTCACTGGTAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
9941 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
130 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
9983 ATAATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAGATAAACTTTTCATGCCAATGGAGT-CCTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAAT-GAATAGCTTTTGCT
* * * * *
10047 TCACGTTTC-C-CTAGATAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAACATTC
65 TCACGTTTCTCACT-GGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTC
* *
10109 AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *** * *
10154 ATAAGACTTTCGAATGCATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATA-CATTTTTCC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGC-TTTTGCT
* * * ** * * * * *
10218 TCACGTTTCTTGA--GGTAGGCATTGAATTATTTTCTGTTTTAACCAAAAGA-GTGAAAAAATTC
65 TCACGTTTC-TCACTGGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATATAAAAAAATTC
* *
10280 AACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTT-AAGACGAGTA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTA
* * * ** * * *
10325 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACCATAAATGTGCTTCTCTTGGCAATGGATGGCTTTTGCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCTT
** ** * * * *
10390 CACGTTTC-CTAAAGCAAATC-TTCAATTGTAATATATGTTACCCAAAAATATAAAAAAAATT-A
66 CACGTTTCTC-ACTGGTAA-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCA
* * * *
10452 ATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * * *
10496 ATAAGGCTTTCGAATGTTTGAATGGTTATAAAT-AGACTTTT-TATAGCAATGGATGGCTTTTGC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGGCAATGAATAGCTTTTGC
* * * * * *
10559 TTCATGTTTC-C-CTAGGCAAATATTCAATTACAGTATATTTTAA-TAAAAAATATATAAAAATT
64 TTCACGTTTCTCACT-GG-TAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATT
** * * *
10621 CAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTACAGCAAATA
126 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
10667 ATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGTACTTTTCATGGCAAAGGATGGCTTTCGCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCTT
* * * * * * *
10732 TATGTTTC-C-CTAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATACAAAAAAAATCAA
66 CACGTTTCTCACT-GGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
10795 CTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGCA-TA
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTA
* * * * *
10838 ATAAGGC-TTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCT
* * * * *
10901 TCACATTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAA-TGAAAAATGA-AAAAAAATTT
65 TCACGTTTCTCACTGG-TAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAAT-ATAAAAAAATTC
* * * *
10963 GAC-TAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCA
127 AACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
11008 TTAAGGCTTTCGAAGGAATTG-GTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGTAGTGATTTA-TTTTTTC
1 ATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGA-ATAGCTTTTGC
** * * * * *
11071 CCCACGTTTC-CTA-AGGTGAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATT
64 TTCACGTTTCTC-ACTGGT-AACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATT
* * * * **
11134 -AGCTTATAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
126 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * **
11179 ATAAGGCTTTCGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAAT-AATCAG-TTTTGCG
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAAT-AGCTTTTGC-
** * * * * *
11242 TTCATATTTCCCA-AGGTAGACATTCAA-TATCATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
64 TTCACGTTTCTCACTGGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
11305 ACTTAAAATAAATTATGAGACTATAAAACTAGTTAAAGTGAGTA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** ** * * * *
11349 ATAAGGCTTTCGAAGGCGCGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTGATGTCAATGGATGGCTTTTACT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCT
** * * * ** *
11413 TCACGTTTCT--CTAGGTAGACATAAAATTACAATATATTTT-ATTGAGAAATGCAAAAGAATTC
65 TCACGTTTCTCACT-GGTA-ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
11475 CACTCAAAATCAAATAAGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
11520 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAGTGAATA-CTTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGC-TTTTGCT
* * * * * *
11584 TCACGTTTCT--CTAGGCAATCATTCAATTAT--TTTTTTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT
65 TCACGTTTCTCACT-GGTAA-CATTCAATTATAATATATTT-TAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
11645 AACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAGACCATTTAAGGCGAGTA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** * * * * * * *
11690 ATAACACTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTT
11750 TTTTTTTCAC
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 390, Indels: 156
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.02
170 508 0.31
171 1063 0.65
172 43 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTGCTT
CACGTTTCTCACTGGTAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:10197 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9471--11749 Score: 1697
Period size: 341 Copynumber: 6.7 Consensus size: 342
9461 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
9471 ATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTAGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTGCTT
* * * * * * * * * * *
9536 TACGTTTTTTA-TG-ATAGTCATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAACAATGTAAAAACATCCAA
66 CACGTTTCTCACTGCA-A-ACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
9599 TTTAAAATCAATTATGACATTATAATACCATTTAAAACTAGTGATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAG
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * * *
9664 TGACTACAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGGC-TTTGCTTTATGTTTCCCAAAGCAGACAT
194 TGACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACAT
*********** * * *
9727 TCNNNNNNNNNNTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAA
258 TTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
9792 AAAATCATTTGAAGTGAGTA
323 AAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * * ** *
9812 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGGCAATTAATAGCTTTCT-CT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTT-TGCT
* *
9876 TCATGTTTCTCACTGCCAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
65 TCACGTTTCTCACTGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
9941 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAGT
130 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* ** * * * *
10006 GACTATAGATAAACTTTTCATGCCAATGGA-GTCCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGATAGATATT
195 GACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATT
* * * *
10070 TAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
259 TAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
10135 AAACCATTTAAAGAGAGTA
324 AAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * ** * *
10154 ATAAGACTTTCGAATGCATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATA-CATTTTTCC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGC-TTTTGCT
* * * ** * *** * * *
10218 TCACGTTTCTTGA-GGTAGGCATTGAATTATTTTCTGTTTTAACCAAAAGA-GTGAAAAAATTCA
65 TCACGTTTC-TCACTGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCA
* * * *
10281 ACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * *
10345 AGTGACCATAAATGTG-CTTCTCTTGGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCTA--AAGCA
192 AGTGACTATAAATG-GACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAG-A
* * * ** * *
10406 AATCTTCAATTGTAATATATGTTACCCAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATTAATTATGA
255 CAT-TT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* **
10470 GATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTA
317 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* ** * ** * * *
10496 ATAAGGCTTTCGAATGTTTGAATGGTTATAAAT-AGACTTTT-TATAGCAATGGATGGCTTTTGC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TACCAATGAATAGCTTTTGC
* * * * * *
10559 TTCATGTTTC-C-CTAGGCAAATATTCAATTACAGTATATTTTAA-TAAAAAATATATAAAAATT
64 TTCACGTTTCTCACT--GCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATT
** * * * * *
10621 CAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTACAGCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCTT
126 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
10686 GAGTGGCTATAAATGTACTTTTCATGGCAAAGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCCCTAGGTAGAC
191 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAGAC
* * * * *
10751 ATTTAATTATAATCTTTTTTAA-CTAAAAATACAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTATGAGAT
256 ATTTAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
10815 TATAAAACCATTTAAAGAGCA-TA
320 TATAAAACCATTTAAAGAG-AGTA
** * ** * *
10838 ATAAGGC-TTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTGCT
* ** * * * * **
10901 TCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAA-TGAAAAATGAAAAAAAATTTGA
65 TCACGTTTCTCACTGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
10965 C-TAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCATTAAGGCTTTCGAAGGAATTG
129 CTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTG
* * * * *** * **
11029 -GTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGTAGT-GATTTATTTTTTCCCCACGTTT-CCTAAGGT-GA
192 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGTAG-
* * * * * * *
11090 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATT-AGCTTATAATCAATTATGAG
254 ACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
11154 GTTATAAAACTATTTAAA-ATGAGTA
318 ATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTA
* * * *
11179 ATAAGGCTTTCGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAAT-AATCAG-TTTTGCG
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-AGCTTTTGC-
** * ** * * * *
11242 TTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TATC-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
64 TTCACGTTTCTCACTGCAAACATTCAATTA-CAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * **
11305 ACTTAAAATAAATTATGAGACTATAAAACTAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGCGA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * *
11370 GTGACTATAAATAGACTTTTGATGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCTAGGTAGACAT
193 GTGACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACAT
** * * * * ** * * * * * *
11435 AAAATTACAATATATTTTATTGAGAAATGCAAAAGAATTCCACTCAAAATCAAATAAGGGATTAT
258 TTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
11500 AAAACCATTTAAAGCGAGTA
323 AAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * * *
11520 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAGTGAATA-CTTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGC-TTTTGCT
* * * * * * *
11584 TCACGTTTCTCTA-GGCAATCATTCAATT--ATTTTTTTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTA
65 TCACGTTTCTC-ACTGCAAACATTCAATTACAATATGTTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * ** * * * *
11646 ACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAGACCATTTAAGGCGAGTAATAACACTTTTGAAGACATGG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * *
11711 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTT
193 GTGACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTT
11750 TTTTTTTCAC
Statistics
Matches: 1520, Mismatches: 353, Indels: 131
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 37 0.02
341 765 0.50
342 689 0.45
343 22 0.01
344 3 0.00
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTGCTT
CACGTTTCTCACTGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTTA
ATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGAGAGTA
Found at i:11161 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 9741--11726 Score: 1571
Period size: 512 Copynumber: 3.9 Consensus size: 506
9731 NNNNNNNNTA
* * * * * *
9741 TTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAATCATTTGAAG
1 TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * ** *
9806 TG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAAT-GAACTTTTCTTGGCAATTAATAGC
66 AGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCGTGTCAATGGATGGC
* ** * * * *
9869 TTTCT-CTTCATGTTTCTCACTGCCAACATTCAATTACAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA
130 TTT-TGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TGAAAAATGAAAAA
* * ** *
9932 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAA
193 AAATTTAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** * * * * ** *
9997 GGCTTGAGTGACTATAGATAAACTTTTCATGCCAATGGAGTCCTTTTGCTTCACGTTTCCCTA-G
256 GGATTG-GTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGCAGT-GATTATTTTTTCTTCACGTTT-CCTAGG
* * * ** * * * *
10061 ATAGATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAACATTCAACTCAAAATCAATTA
318 A-A-ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTATAATCAATTA
* * * * * *
10125 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGAATGCATGCGTGACTATAAATGAA
380 CGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *** * * **
10190 CTTTTCTTATTAATGAATACATTTTTC-C--TCACGTTTCTTGAGGTAGGCATTGAATTATTTTC
444 CTTTTATGA-CAAAGAAT-CA-GTTTCGCGTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TATAATC
10252 TG
505 TG
* * * *
10254 TTTTAACCAAAAGAGT--GAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTT-A
1 TTTTAACTAAAA-A-TACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
10316 AGA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACCATAAAT-GTGCTTCTCTTGGCAATGGAT
64 AGAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCGTGTCAATGGAT
* * * ***
10379 GGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAAGCAAATC-TTCAATTGTAATATATGTTACCCAAAAAT-AT
127 GGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAA-CATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGA-
* * * *
10441 AAAAAAAATTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
189 AAAAAAATTTAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *** * *
10506 CGAATGTTTGAATGGTTATAAATAGACTTTT-TATAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
252 CGAAGGATTG-GTGATTATAAATGGACTTTTCT-TGGCAGT-GATTATTTTTTCTTCACGTTT-C
* * * * ** * *
10570 CTAGGCAAATATTCAATTACAGTATATTTTAATAAAAAATAT-ATAAAAATTCAACTTAAAATCA
313 CTAGG-AAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTATAATCA
* * * * *
10634 ATTACAAGATTATAAAACCATTTACAGCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAA
376 ATTACGAGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
10699 TGTACTTTTCATGGCAAAGGAT-GGCTTTCGC-TTTATGTTTCCCTAGGTAGACATTTAATTATA
440 TGGACTTTT-ATGACAAAGAATCAG-TTTCGCGTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAA-TATA
*
10762 ATCTT
502 ATCTG
* *
10767 TTTTAACTAAAAATACAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
10832 AGCA-TAATAAGGC-TTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCT
66 AGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCT
* *
10895 TTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAATGAAAAAAAA
131 TTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGAAAAAAAA
* * *
10960 TTTGACTAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCATTAAGGCTTTCGAAGGA
196 TTTAACTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-
* ** *
11025 ATTGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGTAGTGATTTATTTTTTCCCCACGTTTCCTAAGGTGA
258 ATTGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGCAGTGA-TTATTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGG-AA
* * * * *
11090 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTAGCTTATAATCAATTATGAGG
320 ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTATAATCAATTACGAGA
* ** * * * *
11155 TTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
385 TTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
11220 ATTACCAATAATCAGTTTTGCGTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATATCATCTG
449 ATGACAAAGAATCAGTTTCGCGTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATATAATCTG
* * * * *
11278 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGACTATAAAACTAGTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* **
11343 TG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGCGAGTGACTATAAATAGACTTTT-GATGTCAATGGATGGC
66 AGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCG-TGTCAATGGATGGC
* * * * ** * * * * *
11406 TTTTACTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATAAAATTACAATATATTTTATTGAGAAATGCAAAAGA
130 TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGAAAAAAA
** * * * *
11471 ATTCCACTCAAAATCAAATAAGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
195 ATTTAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
11536 CATGGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAGTGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGCA
258 -ATTGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGCAGTGATTA-TTTTTTCTTCACGTTTC-CTAGG-A
* * * * * *
11601 ATCATTC-AAT-TATTTTTTTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-TAAATCAATTACG
319 AACATTCAAATATAATATATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAT-AATCAATTACG
* * * *
11663 AGATTATAAGACCATTTAAGGCGAGTAATAACACTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
382 AGATTATAAAACCATTTAA-GCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
11727 CTTTCTTGCC
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 236, Indels: 94
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 11 0.01
511 192 0.16
512 502 0.42
513 473 0.40
514 10 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
AGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCT
TTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGAAAAAAAA
TTTAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATT
GGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGCAGTGATTATTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGAAACATTC
AAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTATAATCAATTACGAGATTATAA
AACCATTTAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATGACAA
AGAATCAGTTTCGCGTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATATAATCTG
Found at i:13828 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 13200--13833 Score: 812
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 338
13190 AAAAATATAA
* *
13200 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGA
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
* * * **
13265 AGGCTTGAGTGATAAACAAACTTTTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGCCA
66 AGGCTTGACTGATAAACAAACTTCTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAACA
* *
13330 ACATTCAATTATAATGTATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTTACTCAAAATCAATTATGAGA
131 ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * * **
13395 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
*
13460 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTATAGAATTATTTTCGATTTTAA
261 CTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTATAGAATTATTTTCGATTTTAA
13525 CCAAAGAGGTGAC
326 CCAAAGAGGTGAC
* * * ** *
13538 AAAATTCAACTTAGAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTTAGGGCGAGTAATAAGGCTTTC-A
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
*** * *
13602 TAGGCTTGACTGACTATAAGTGGACTTCTCTTG-GCATTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA
66 -AGGCTTGACTGA-TA-AA-CAAACTTCTCTTGCCCA-TAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA
* * * *
13666 AAACAGACATTTAATTGTAATATATTTTAAT-AAAAACTGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAT
126 AAACA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAA-TGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAAT
* * * *
13729 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGATTATAAATA
189 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATA
* * *
13794 AACTTTT-TGTGGCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCC
254 AACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCATGTTTCC
13834 CTAGGCAGAC
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 37, Indels: 15
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 66 0.26
339 2 0.01
340 5 0.02
341 146 0.58
342 30 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
AGGCTTGACTGATAAACAAACTTCTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAACA
ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
CTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTATAGAATTATTTTCGATTTTAA
CCAAAGAGGTGAC
Found at i:13865 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 13200--14286 Score: 785
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 338
13190 AAAAATATAA
* *
13200 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGA
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
* * * **
13265 AGGCTTGAGTGATAAACAAACTTTTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGCCA
66 AGGCTTGACTGATAAACAAACTTCTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAACA
* *
13330 ACATTCAATTATAATGTATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTTACTCAAAATCAATTATGAGA
131 ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * * **
13395 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
* * ** * *** *
13460 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTATAGAATTATTTTCGATTTTAA
261 CTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATACAATTACAATAGATTTTAA
13525 CCAAAGAGGTGAC
326 CCAAAGAGGTGAC
* * * ** *
13538 AAAATTCAACTTAGAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTTAGGGCGAGTAATAAGGCTTTC-A
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
*** * *
13602 TAGGCTTGACTGACTATAAGTGGACTTCTCTTG-GCATTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA
66 -AGGCTTGACTGA-TA-AA-CAAACTTCTCTTGCCCA-TAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA
* * * *
13666 AAACAGACATTTAATTGTAATATATTTTAAT-AAAAACTGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAT
126 AAACA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAA-TGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAAT
* * * *
13729 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGATTATAAATA
189 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATA
* * * *
13794 AACTTTT-TGTGGCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTACAA
254 AACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCATGTTT-CCTGAGGCAGACATACAATTACAA
* **
13856 TATATTTTAATTGAAA-A--TGCAC
316 TAGATTTTAA-CCAAAGAGGTG-AC
** * *** * *
13878 AAAAATTCAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAATAAGTAATAATGC-TTC
1 AAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTC
* *** * ** * * *
13941 TGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCGATAAATGG-TTTTGTCTTCACGTTTC
64 -GAAGG-CT---TGACTGATAAACAAACTTCTCTTGCCCATAGATGGCTTTTG-CTTCACATTTC
* *** * * * * ** * * * *
14004 CCAAGGTAGACA-T--A-TATAATCTGTTTAAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATAA
123 CTAAAACA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTAACTCAAAAT-C
** * ** * ** * * *
14065 AAAAATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAA
186 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAA
* * * * ** *
14130 ATAAACTTTTCTTACCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTGAAACAGACACT-CAATTAT
251 ATAAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACA-TACAATTAC
* ** * * *
14193 AATATATTTTAATAAAAAATGT-AA
314 AATAGATTTTAACCAAAGAGGTGAC
* * * ** * * *
14217 AAAAATTCAAGTCAAAATCAATTATGAGATTATAAACGCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCGTTCG
1 AAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCG
14282 AAGGC
65 AAGGC
14287 ATGGGTTGTT
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 109, Indels: 66
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 20 0.03
338 90 0.15
339 177 0.29
340 27 0.04
341 244 0.40
342 41 0.07
343 2 0.00
344 1 0.00
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGA
AGGCTTGACTGATAAACAAACTTCTCTTGCCCATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAACA
ACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATGCAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
CTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATACAATTACAATAGATTTTAA
CCAAAGAGGTGAC
Found at i:13963 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13135--14767 Score: 1223
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
13125 TTATCACTAA
* * * * * *
13135 ATGG-TTTTGTCTTCACGTTT-CCTAAGGTAAACATTCAA-TATAATCTTTTTTAACTAAAAATA
1 ATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATG
* * * *
13197 TAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTT
64 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
13261 TCGAAGGCTTGAGTG---ATAAACAAACTTTTCTTGCCCATAG
128 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * *
13301 ATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCTAAGCCA-ACATTCAATTATAATGTATTTTAATGAAAAATGC
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGC
** * * * *
13364 AAAAACATTTTACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTT
65 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * ** * *
13429 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
129 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * * * ** ** ** ** ** *
13471 AT-ACTTTTTTCTTCATGTTT-CCTGAGGTAGGTATAGAATTATTTTCGATTTTAACCAAAGAGG
1 ATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAA-A-A
* * * * **
13534 TG-ACAAAATTCAACTTAGAATCAATTTTGAAATTATAAAA-TCATTTAGGGCGAGTAATAAGGC
62 TGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * *
13597 -TTTCATAGGCTTGACTGACTATAAGTGGACTTCTCTTGGCATTGG
126 TTTTGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* ** * *
13642 ATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCTAAAACAGACATTTAATTGTAATATATTTTAA-TAAAAACTG
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAA-TG
* *
13705 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
64 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * *
13770 CAAAAGCTTGAGTGATTATAAATAAACTTTT-TGTGGCAATGG
129 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCT-TGGCAATGG
* * *
13812 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATTGAAAATGCA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGCA
** *** * *
13877 CAAAAATTCAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAATGCTTCT
66 -AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * ** ** * **
13942 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCGATAA
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * * * * * *
13983 ATGG-TTTTGTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACA-T--A-TATAATCTGTTTAAATCAAAAATAT
1 ATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAT-G
* * * ** * * * *
14043 AAAAAAATTCAACTGAAAATAAAAAAATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGGTT
64 CAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* **
14108 TTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGG
128 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * ** * *
14151 ATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTGAAACAGACACTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATG-
* * * * * *
14215 AAAAAAATTCAAGTCAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACGCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCGT
64 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * *
14279 TCGAAGGCATGGGTTG-TTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGA
128 TTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * * * * * ** ** * *** *
14322 ATGCCTTTT-TTTCACGTTTCTCGAGGTAGGCATTCTGTTATTTTCTATTTTAACCCAAAATGTG
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATG-C
* * * ** * * *
14386 ACAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGGGTGAATAATAAGACTTTT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
14451 GAAGGCTTGAGTGACTATAAACAAACTTCTCTTGGCATTGG
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * * * * * * * *
14492 ATGACTTTTACTTCACATCT-CTTAAAGCAGACATTCAATTGTCATATATTTTAATTTAAAATGC
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGC
*
14556 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
14621 TGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGGCAATGG
129 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
* * * * *
14663 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTGGGCAAACATTCAATTACAGTATATTTTAATGAAAAATGCT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGC-
* * * *
14728 AAAATATTCAACTTTAAATCAATTATGACATTAGAAAACT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
14768 GATAACTCTA
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 294, Indels: 79
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.01
166 45 0.04
167 98 0.09
168 88 0.08
169 13 0.01
170 302 0.27
171 527 0.47
172 48 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGCA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGG
Done.