Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397359.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_125.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 40393
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 10800 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:355 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 326--365 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
316 GTATGGGTGA
326 CAATAAATGAAATTTTCTTGC
1 CAATAAATGAAATTTTCTTGC
* **
347 CAATGAATGACGTTTTCTT
1 CAATAAATGAAATTTTCTT
366 CACGTTTCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGAAATTTTCTTGC
Found at i:1189 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1164--1211 Score: 53
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
1154 AGATTCAACA
* *
1164 ATAATATATTTTAACTAAAAAT
1 ATAATAAAATTTAACTAAAAAT
* *
1186 ATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 ATAATAAAATTTAACTAAAAAT
1208 -TAAT
1 ATAAT
1212 CATGAGATTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 1
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.14
22 18 0.86
ACGTcount: A:0.58, C:0.04, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
ATAATAAAATTTAACTAAAAAT
Found at i:8115 original size:344 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7602--8545 Score: 1031
Period size: 344 Copynumber: 2.8 Consensus size: 338
7592 NNNNNNNNNN
* * * * *
7602 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAGTTGAATGT
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* *
7667 CTGATTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
66 CTGATTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
7732 GCCTTCGAAAGCGTTATTAGATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTTAGTTGAA
131 GCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGAT-TTTAGTTGAA
* **
7797 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAACAAA
194 TTTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAA
* * * **
7862 AAGGCACTCATTGGTAGA-AAAAGTCC-ATTT-GTAGTCACCCA-AGCTTGCTCAAGCCTTATTA
257 AAGCCACTCATTGGCA-ACAAAA-TCCAATTTAAT-GTCA-CCATAGCTT-CGAAAGCCTTATTA
**
7923 CTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
317 CTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
7945 TCTCATAATCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * *
8010 TTTGTTTTAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATTCACTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCA
65 TCTGATTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
8075 AGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTG-
130 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT-AGTTGA
* * * * * * * ** * *
8139 ATTTTTTTCACATTTTAGGTCAAACATGTTATATTTTAATGTCTACTTTGAGACACATGAAGAAA
193 ATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAA
* * * ** * *
8204 AGCCATTCGTTTGCAACAAAATCCAATTTAATGTCATTATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTTACT
258 AGCCACTCATTGGCAACAAAATCCAATTTAATGTCACCATAGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
8269 TTAAATAGTTTTATAA
323 TTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
8285 TCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTATA-TATTT-TTAAAATATATTATAATTAAATGT
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
8348 CTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAACCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
66 CTGATTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
** * * * * *
8413 GCCTTCCGAAGCCTTATTGCTTGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTGAA
131 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATT-TTAGTTGAA
* *
8478 -TTTTTTTACATTTTAGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGATGAAA
194 TTTTTTTTACATTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AAAA
8542 AAGC
257 AAGC
8546 TATTGATTAG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 94, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 139 0.28
338 39 0.08
339 18 0.04
340 53 0.11
341 29 0.06
342 38 0.08
343 33 0.07
344 146 0.29
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
CTGATTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGTTGAATT
TTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGC
CACTCATTGGCAACAAAATCCAATTTAATGTCACCATAGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAA
Found at i:8566 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7602--8614 Score: 935
Period size: 172 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
7592 NNNNNNNNNN
* * *
7602 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAGTTGAATGT
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
7667 CTGA-TTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
66 CT-ACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* **
7731 AGCCTT-CGAAAGCGTTATTAGATGCTTTAAATAGTTTTATAA
130 AGCCTTCCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
*
7773 TCTCATAATTGATGTTT-AGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
1 TCTCATAATTAAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** * * * * *
7837 GTCTACCTCAAGAAATGTGAACAAAAAGGCACTCATTGG-TAGAAAAAGTCCATTTGTAGTCACC
64 GTCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
7901 CAAG-CTTGCTC-AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
128 CAAGCCTT-C-CGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
7945 TCTCATAATCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * * * *
8010 TTTGTTTTAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATTCACTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCA
65 TCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * * * *
8075 AGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAA
130 AGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * *
8117 TCTCATAAATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTCACA-TTTTAGGTCAAACATGTTATATTTTAATG
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * *
8180 TCTACTTTGAGACACATGAAG-AAAAGCCATTCGTTTGCAACAAAA-TCCAATTTA-ATGTCA-T
65 TCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATA-GTCACC
* * * *
8241 TATGGCTT-CGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA
128 CAAGCCTTCCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
8285 TCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTATATATTT--TTAAAATATATTATAATTAAATGT
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* ** **
8348 CTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAA-CCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
66 CTACTTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
8412 TGCCTTCCGAAGCCTTATTGCTTGTTTTAAATGGCTTTATAA
130 AGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
8454 TCTCATAACTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGCTTAAAACATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
8518 TTTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCTATTGATTAGCAGGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCA
65 TCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
8583 TGTCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
130 AGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
8615 GCTTTGNNNN
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 143, Indels: 54
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 35 0.05
168 83 0.12
169 107 0.16
170 50 0.07
171 124 0.18
172 267 0.40
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
CTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
Found at i:23985 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23311--29195 Score: 2762
Period size: 171 Copynumber: 34.5 Consensus size: 170
23301 AAAGGAATGT
* * * * * * * * *
23311 GTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTCTTCAGGTTTCCTAAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* ********** * *
23376 TTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAAAGTAANNNNNNNNNNCTTGAAATCAATTATTAGATT
64 TTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
23440 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTGAAGACTTTA
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * ** ***
23483 ATGACAATAAATGGACTTTCCTTACTAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTGCCAAGTTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTAAAG-TAGACAT
* * * *
23548 TGAATT-GAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATAGTGA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGA
* ** * *
23610 GATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTGGAAAGCATTG-
124 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGA
* * * * * * * * * *
23657 GTGACTATAAATGGACTTCTGTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTTCTGAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTT-TAAAGTAGACA
* * * **
23721 TTCAATTATAATTTGTTTAAC-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
23785 TAAAACCGTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * *
23827 GTGACTATAAATGGACCTTTT-TTACCAATGGATGACTTTTGCATTATGTTTTGTAAAGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTT-TAAAGTAGACA
* * * *
23891 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTT
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** *
23956 TAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-TATGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* * ** * * ** * ** * * *
23998 GTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCATGGCAAAAAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * *********** * * * *
24063 TCAAATGTAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAACNNNNNNNNNNAAATCAATAATGACACTG
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
24127 TAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * *** * * * *
24169 GTGA-TAATAAATGAACGTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCATTGCATTTCTGAGGTAGAGAT
1 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTAAAGTAGACAT
* * * *
24233 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAACATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGCTTA
65 TCAATTATAATATATTTTACTCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*********** * * *
24298 TAAAACCATNNNNNNNNNNAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * *
24340 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGAATGGCTTATT-CTTCATCTTACTTGAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTT-TTGCTTTATGTT-TTTAAAGTAGAC
* * * ********* * * * *
24403 ACTCAA--ATATTATCTNNNNNNNNNNAAATCT-AAAAAACTCTAACTTCAAAGCAATTATGAGA
63 ATTCAATTATAATATAT-TTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
** * *
24465 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGCTTGA
126 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * *
24510 GGGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTACCTCATGTTTCTCAAAGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * ** * * *
24575 TCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATGTCAAAAACGTCAACTCAAAATCAATTATTAGATGAT
65 TCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
24640 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAG-TATAA
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* * * *** * * *
24681 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAATTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
*********** * * * * *
24746 TTNNNNNNNNNNTATTTAAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTAT
65 TCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
24811 AAAACTA-TTAGCAGCGAGTAATTAAGG-TTACAAAGGCTTAA
130 AAAACCATTTA-AAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * *
24852 GTTACTACAAATGGACTATTT-TTGCCAATTGATGGCTTTTGCCTTATGTTGTCTGAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTT-TTTAAAGTAGACA
* * * *
24916 TTTAATTATAATATATTTTA-GCAAAAACTGT-AAAACATAT-AACTTAAAATCGATTATGAGAT
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAA-TGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
24978 TATAAACCCATTTAAGGTGAGTGATAATGCTTTTGAAGGCATGA
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * *
25022 GTGACTATCAATGGACTTTTTTCTT-CAAATGGAT-GCTTTTG-TTTCATGTTTCTAGAGACAAA
1 GTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTTTAAAG-TAGA
** * * *
25084 CATTCAATTATAATCCATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
62 CATTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** *
25148 TNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TAT-A
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* ** * * * * ** * *
25191 GGTGACTACAAATAAACTTTTCTTGCAAATGGGTGGCTTTTGTTTTACGTTTCCCAAAGCAAACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * *
25256 TTCAATTATAATATGTTTTAACT-AGAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*************** *
25320 ATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCAT-A
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
** * ** * * * * *
25362 GGTGACTATAAATGGGTTTTTGTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCGACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * * * * *
25427 TTTAAATATAATCTATCTTGCTCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** * * *
25492 TNNNNNNNNNNAAAGC-ATGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTCA
129 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * ** *
25534 ATGACTATAAATTGATTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTG-TTTCACATTTCTTAAAATAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * **
25598 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAGAATTCAACTTGAAATTGATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**********
25662 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCTT-A
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * *
25704 GGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAAT-GAGTGCCTTTT-CATTTATGTTTCTAGAGGCAAA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGC-TTTATGTTTTTA-AAGTAGA
**********
25767 CATTCAATTATAATATATTTTAACT--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGA
62 CATTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
25830 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTATTAACGCTTTCGAAAGCTTGA
126 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * *
25875 GTGACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATGGC-TTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
** * * *
25939 TTGATTATAATATATTTTTAC-CACAAATGTAAAAAAATTCAAC-T-GAATGAATTATGAGATT-
65 TCAATTATAATATA-TTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
26000 TATAAA--ATTTAAAGC-AGGTAATAATG-TTTCGAAGGCTTGA
129 TA-AAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
** * * * * * *
26040 GTGA-T-TAAATAAACTTTTTCTT---AATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCATAGCATACA
1 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * * * * *
26100 TTCAACTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAACAATTTAACAATAAAATCAATT-TCAAGA
64 TTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTAT-GAGA
** ** * * * *
26163 TTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTTCCAAAGGCATGA
126 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * * * ** *
26208 CTAACAAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTAG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * * * * * *
26271 TCAATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTCT
65 TCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * ** *
26336 CAAAGCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAAGT
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * ** * * * * * * *
26377 GTGACCAGAAATAGACTTTTCCTGCTAATAAATGACTTTTTCATCATATTTCTT-GAGATAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAG-TAGACA
* ** * *
26441 TTCAATTATAATATGTTTTAAGCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * *
26506 TAAAGCTATTCAAAGAAAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGCATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGA
* * ** * * * * *
26548 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGATTTTTACTTCATATTTCCTGAAGCT-GACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAG-TAGACA
* * * *
26612 TTCAATTATAATATATTTTA---AAAATATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
26674 ATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCAT-A
128 ATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * *
26716 ATGACAATAAATGGGA-TTTTGTTGCAAACT-AATAGCTTTT-CTTTATGTTTCTAGAGGTAGAC
1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTA-AAGTAGAC
* * * * * * *
26778 ATTTAAATATAACT-TGTTTGAC-CCAAAATGTGAAAAAATT-AACTTAAAATCATTTATGAGAT
63 ATTCAATTATAA-TATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
26840 TATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGA
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * *
26884 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAGTGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAAATAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* **
26949 TCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
27013 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTAAGAAAGCTTGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * ** * *
27055 GTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAAT-GAGTGGCTTTTTG-TTCACATTTCTTGAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGC-TTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGAC
* * *
27118 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTATGAGAT
63 ATTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
27182 TATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAACGCTTTCGAAGGCTTGA
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * *
27226 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCCTGAAGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * *
27291 TCAACTATAATATATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAACTCAACTTACAATTAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
27354 TAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
** * * * * * *
27396 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * * * *
27461 TGAATTTTAATTTATTTTA-ACAAAAA-ATACAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
65 TCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ********** * *
27524 ATTAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* * * ** ** * * ** *
27567 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCGATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * * **********
27632 TC-ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
27695 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAAGC-TTAGAAAGG-TGTG-
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCT-TGA
* * * * * * * **** * *
27736 GATGATTATAAATGGA-ATTTCTTACTAATGGGTGACTTTTGCTTTACGATTCCCCAAGCAAACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTTTTAAAGTAGACA
* ** * *
27800 TTCAATTATAATAAATTTTAAGCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*********** * * *
27865 TNNNNNNNNNNGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-A
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * * * ** ** *
27906 GGTAACTATAAATGGGCTTTTCTCGCTAAT-AAGTAGCTTCTACTTCAAATTTCTCGAGGTAGAC
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGAC
* * * * * * * *
27970 GTTTAAATATAATTTGTTTTGACTC-AAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
63 ATTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
28034 TATACAACCATTGAAAGTGAGTGATAAAGG-TTTTGAAGGCTTGA
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * * *
28078 GTCACTCTAAATCGACTTTTCTTACCAGTAGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTAAAATAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * * * *
28143 TCAATAATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCGATTATAAGATTA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
28207 CAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-ATAGG-TATGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCT-TGA
* * * * * * * * * **
28249 ATGAATATAAATAGACTCTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTATGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACAT
* * * * * * * * * *
28314 TGAGTTTTAATCTGTTTTAAC-CCAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATAATGTGATGA
65 TCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
28377 TTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGGAAGG-TATGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* * * * ** * * * *
28419 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-GAGTAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAAAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * * * * *
28483 TTCAATTATAATCTGTTTAAAC-CAAAAGTGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATATATTT-TACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
28547 ATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGAC-TTCTGAAGGCATGA
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGA
* * * * * ** * *
28590 GTCACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTACACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * * * * * *
28654 TTGAATTTTAATCTGTTTGAACT-AAAAATGT-ACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
64 TTCAATTATAATATATTT-TACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
28717 ATTAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGG-TTTTGTAAGACATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGA
* * * * ** ** * * * *
28760 GTGACTATAATTGGACTTTTCTTACTAATGAATAGATTTTTG-TGCATGTTTCCTAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GGCTTTTGCTTTATGTTT-TTAAAGTAGACA
* * *** * *
28824 TTCAATTATAATCTATTTGAGGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGACTA
64 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
28889 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTGGAAGG-TATAA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* * * * * * * * * *
28930 GTGACTATAATTGGACTTTTCTGGCCAATGAATGACTTTT--TTTGCATATTTCCTGAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTT--ATGTTT-TTAAAGTAGAC
* * * * * * * * *
28993 ATTCAAGTATAATATGTTTAAACT-AAAAGTGTAAAAATATTTAATTTAAAATTAATTATAAGAT
63 ATTCAATTATAATATATTT-TACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
29057 TATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TATCG-
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GA
** * * *
29101 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TGACCAATAAATGGCTTTTGTTTTCATGTTTCTTTAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTT-TTAAAGTAGAC
* * * *
29165 ATTGAATTTTAATCTGTTTTAACT-AAAAATG
63 ATTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATG
29196 AAATTATTAA
Statistics
Matches: 4304, Mismatches: 1224, Indels: 370
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 14 0.00
162 56 0.01
163 7 0.00
164 9 0.00
165 33 0.01
166 21 0.00
167 102 0.02
168 107 0.02
169 278 0.06
170 1382 0.32
171 2031 0.47
172 144 0.03
173 8 0.00
174 101 0.02
175 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTAAAGTAGACATT
CAATTATAATATATTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
Found at i:26245 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 26212--26249 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
26202 GCATGACTAA
26212 CAATAATGGACTTTTCTTAC
1 CAATAATGGACTTTTCTTAC
26232 CAATGAATGG-CTTTTCTT
1 CAAT-AATGGACTTTTCTT
26250 CATGTTTCCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
CAATAATGGACTTTTCTTAC
Found at i:27510 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 23302--32987 Score: 4269
Period size: 341 Copynumber: 28.5 Consensus size: 336
23292 AATGCAACAA
* * * * *
23302 AAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTCTTCAGGTTTCCTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTA
********** *
23367 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAANNNNNNNNNNCTTGAAATCAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * * * * *
23432 ATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTGAAGACTTTAATGACAATAAATGG
127 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * ** ** * * * *
23497 ACTTTCCTTACTAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTGC-CAAGTTAGACATTGAATT-GAATCT
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
* *
23560 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATAGTGAGATTATTAAACCAT
254 ATTTTAACTAAAAATGT-----AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCAT
* **
23624 TTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTGG
313 TTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * * * *
23648 AAAGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTCTGTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTTCTG
1 AAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
*
23712 AGGCAAACATTCAATTATAAT-T-TGTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAA-C-AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
23775 TATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
126 TATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * *
23840 GACCTTTT-TTACCAATGGATGACTTTTGCATT-ATGTTT-TGTAAAGTAGACATTCAATTATAA
190 GA-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTAC-TTCATGTTTCTG--AAGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
23902 TATATTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTTTAAAACTATT
251 TATATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
23966 TAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCG
314 TAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * **
23989 AATGTATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTT-CTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * * *********** *
24053 TGGCAAAAATTCAAATGTAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACNNNNNNNNNNAAATCAATA
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
24118 ATGACACTGTAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGA-TAATAAATG
127 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATG
* * * * * * *
24182 AACGTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCATTGCA--TTTCTGAGGTAGAGATTCAATTATAATA
190 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTAC-TT-CATGTTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * **
24245 TATTTTAA-TCAAAACATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATNN
253 TATTTTAACT-AAAA-ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*********
24309 NNNNNNNNAAATAAGGCTTTGG
315 AAAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* ** * * * * *
24331 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTATTCTTCATCTTACTTGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * * ********* * * * *
24396 GGCAAACACTCAA--ATATTATCTNNNNNNNNNNAAATCTAAAAAACTCTAACTTCAAAGCAATT
65 GGTAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATT
** * * * *
24459 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGCTTGAGGGATTATAAATGG
127 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * *
24524 ACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTACCTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAACTATAATATA
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAATATA
** * * *
24589 TTTTAA-TCAAAAATGTCAAAAACGTCAACTCAAAATCAATTATTAGATGATAAAACCATTTAAA
255 TTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* **
24653 GCAAGTAATAAGGCTTTCA
318 GCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * *** *
24672 AAAGTATAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAATTTTTTCTTTATGTTT-CTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* *********** * ** *
24736 AGGTAGACATTTNNNNNNNNNNTATTTAAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA--CAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
24801 ATAAGATTATAAAAC-TATTAGCAGCGAGTAATTAAGG-TTACAAAGGCTTAAGTTACTACAAAT
127 ATGAGATTATAAAACAT-TTA-AAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * *
24864 GGACTATTT-TTGCCAATTGATGGCTTTTGCCTT-ATGTTGTCTGAGGCAGACATTTAATTATAA
189 GGACT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT-ACTTCATGTT-TCTGAAGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
24927 TATATTTTAGC-AAAAACTGTAAAACATAT-AACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAACCCATT
251 TATATTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
24990 T-AAGGTGAGTGATAATGCTTTTG
314 TAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* *
25013 AAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTTTTTCTTCA-AATGGAT-GCTTTTGT-TTCATGTTT-C
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCC
** ** *
25074 TAGAGACAAACATTCAATTATAATCCATTTTAATC-AAAAATATAAAAAATTCAACTTCAAATCA
62 TA-AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
********* * *
25138 ATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TAT-AGGTGACTACA
124 ATTATGAGATT-ATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-GTGACTATA
** * * ** * * ** * *
25201 AATAAACTTTTCTTGCAAATGGGTGGCTTTTGTTTTACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATA
186 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATA
* * *
25266 ATATGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
250 ATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*************** *
25331 TANNNNNNNNNNNNNNNCTTTCG
314 TAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
** * ** *
25354 AAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGGTTTTTGTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTC
1 AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-
** * * * *** **
25417 AAGGTCGACATTTAAATATAATCTATCTTGCTCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGTAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAAC-AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********* * * * *
25482 TATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGC-ATGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTCAATGACTATAAAT
126 TATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * ** ** * *
25546 TGATTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTGTTTCACATTTCTTAAAATAGACATTCAATTATAATA
189 GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-TGAAGTAGACATTCAATTATAATA
* **
25611 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTGAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
253 TATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ******
25676 AGCGAGTAATAAGGNNNNNN
317 AGCTAGTAATAAGGCTTTGG
**** * * *** * * *
25696 NNNNC-TTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAGT-GCCTTTTCATTTATGTTT-CT
1 AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-CTTATAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCT
* ** ******
25758 AGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNN
63 A-AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
**** * * *
25823 NNNNAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTATTAACGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATG
126 TATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * **
25888 GACTTTCCTTACCAATGGATGGC-TTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTTGATTATAATAT
190 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * *
25952 ATTTTTACCACAAATGTAAAAAAATTCAAC-T-GAATGAATTATGAGATT-TATAAA--ATTTAA
254 ATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAA
* *
26012 AGC-AGGTAATAATG-TTTCG
317 AGCTA-GTAATAAGGCTTTGG
* ** * *
26031 AAGGCTTGAGTGA-T-TAAATAAACTTTT-TCT-TAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTCA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * *
26091 TA-GCATACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTAACAATAAAATCAA
64 -AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAA
* * ** * * * * * * *
26155 TT-TCAAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTTCCAAAGGCATGACTAACAAT-AA
125 TTAT-GAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * ** * *
26218 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTAGTCAATTTTAAT
188 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
26282 CTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTCTCAAAGCATTT
252 ATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
26346 AAAG-TAAGTAATAAGGCTTTGG
315 AAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * ** * * * * * *
26368 AAGGCAAGTGTGACCAGAAATAGACTTTTCCTGCTAATAAATGACTTTTTCATCATATTTCTTGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * ** *
26433 GATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAGCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-C-AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * *
26498 TGAGATTATAAAGCTATTCAAAGAAAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
128 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * ** *
26562 ACTTTTCTTGTCAATGGGTGATTTTTACTTCATATTTCCTGAAGCT-GACATTCAATTATAATAT
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
26626 ATTTTAA--AAATATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
254 ATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** *
26689 GGAAGTAATAAGGCTTTCG
318 GCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * *
26708 AAGCCAT-AATGACAATAAATGGGA-TTTTGTTGCA-AACT-AATAGC-TTTTCTTTATGTTT-C
1 AAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT--ATAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * ** *
26767 TAGAGGTAGACATTTAAATATAACT-TGTTTGACCCAAAATGTGAAAAAATT-AACTTAAAATCA
62 TA-AGGTAAACATTCAATTATAA-TATATTTTA-ACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
26830 TTTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
124 ATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
26895 TGAACTTTTCTTACCAGTGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAAATAGACATTCAATTATAAT
188 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAAT
* **
26960 ATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTA
252 ATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* **
27025 AAGCGAGTAATAAGGCTTAAG
316 AAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * * * ** * *
27046 AAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAGTGGCTTTTTGTTCACATTTCTTGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * *
27111 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
27176 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAACGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
128 TGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
27241 CTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAACTATAATATAT
192 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
27306 TTTAACTAAAAATGTAAAAAACTCAACTTACAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT
256 TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
***
27371 AGTAATAAGGCTTCCA
321 AGTAATAAGGCTTTGG
27387 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * *
27452 GGTAGACAATGAATTTTAATTTATTTTAACAAAAAATACAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATAA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
********** * *
27517 TGAGATTATTAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGG
128 TGAGATTA-TAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGG
* * * ** ** * ** * * *
27581 GCTTTTCTTGTCGATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTC-ATTATAATCTG
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATA
* * ********** *
27645 TTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTATTTAAAG
255 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
27710 CAAGTAACAAAGCTTAGA
319 CTAGTAATAAGGCTTTGG
** * * ** * * * * * *
27728 AAGGTGTG-GATGATTATAAATGGA-ATTTCTTACTAATGGGTGACTTTTGCTTTACGATTCCCC
1 AAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCT
* * *
27791 AA-GCAAACATTCAATTATAATAAATTTTAAGCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********** * * * *
27855 TATGAGATTATNNNNNNNNNNGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTAACTATAAAT
126 TATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAAT
* * * * * * ** * * * *
27919 GGGCTTTTCTCGCTAAT-AAGTAGCTTCTACTTCAAATTTCTCGAGGTAGACGTTTAAATATAAT
189 GGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTACTTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
27983 TTGTTTTGACTCAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATACAACCATTGA
252 ATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
28048 AAG-TGAGTGATAAAGG-TTTTG
316 AAGCT-AGTAAT-AAGGCTTTGG
* * * * ** * * *
28069 AAGGCTTGAGTCACTCTAAATCGACTTTTCTTACCA-GTAGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATAATG-A-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
** * * * * *
28133 AAATAGACATTCAATAATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCGATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
28198 ATAAGATTACAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-ATAGG-TATGAATGAATATAAAT
127 ATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCT-TGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
28261 AGACTCTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-ATGGTAGACATTGAGTTTTAAT
189 GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTGA-AGTAGACATTCAATTATAAT
* * ** * * * * *
28325 CTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATAATGTGATGATTAAACCATTTA
252 ATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
28389 AAG-TGAGTAATAAAGCTTTGG
316 AAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * **
28410 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * *
28475 GGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAGTGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
28540 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGAC-TTCTGAAGGCATGAGTCACTATAAATGG
128 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * ** * * * * *
28604 ACTTTT-TTGGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTACACATTGAATTTTAATCT
191 ACTTTTCTT-GCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * *
28668 GTTTGAACTAAAAATGTACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
254 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
28733 CGAATAATAAGGTTTTGT
319 CTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * * *
28751 AAGACATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTACTAATGAATAGATTTTTGTGCATGTTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * ** *
28816 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAGGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ACAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
28881 TGTGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTGGAAGG-TATAAGTGACTATAATTGG
128 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
28944 ACTTTTCTGGCCAATGAATGACTTTT-TTTGCATATTTCCTGAGGCAAACATTCAAGTATAATAT
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTT-CATGTTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * * * * *
29008 GTTTAAACTAAAAGTGTAAAAATATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAA
254 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
29073 GCGAGTAATAAGGCTTTTG
318 GCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * * *
29092 AAAGTATCG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATAAATGGCTTTTGTTTTCATGTTTCTT
1 AAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCT
* * * * * * * * ** * * * *
29156 TAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAATTATTAAACTATCTAAAGCGAG
63 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACT-T-AAAATC-AA
* * * ** ** * * * * * *
29221 TAATAGGGCTT-TGCAAGGTAT-AGGTGACT-ATAATTGGACTTT-----TCTTG-CT-A--ATA
125 TTAT-GAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA--GG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
* ** ** ** * ** ***
29274 AATAG-CTTTTTCTATAAACTTTCCTAAGGC--AAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTA-AC---
186 AATGGAC-TTTTCT-T-GCCAAT-GGATGGCTTTTAC-TTC-ATGT-T--TCTGAAGTAGACATT
** * * * * * * * * *
29331 CAAAAATAGAAAAAATTTAACTTAAAA--T---CAATTTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-
242 CAATTATA-ATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA-ACT-TAAAATCAATT--A-TGAGA
* ** * **
29390 TAAT-AAGGC-TCTCAAACGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
301 TTATAAAACCAT-TTAAA-GC-TA-GT-A--AT-AA-GG-CTTTGG
* ** * * * * * * **
29434 AA-GCTAATG-GATG-GT-T-TTTGCATCATATTTCTTGA-AGCTAACAT-TCAATTATAAT-AT
1 AAGGC--ATGAG-TGACTATAAATGGA-C-T-TTTCTT-ATA-ATGA-ATGGC-TTTTTCTTCAT
* ** * * ** * ** *
29491 -ATT-CTAA-CCAAAAATAT-AGA--A-AA-AGTGAATTTAA-AATTAATTATGAGATT--A--T
56 GTTTCCTAAGGTAAACAT-TCA-ATTATAATA-T-ATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * ** * * * * * *
29543 AAAACCATTTAAAACGAGTATTAAGGCTTTTGAAG-GCA-TGGAT--GACTAT-AAATGGACTTT
117 AAAATCAATTATGA-GATTA-TAAAACATTTAAAGCG-AGT-AATAAGGCTTTCGAA-GG-C-TT
*** * * * *
29603 TTTTGTCAATGAAT-GA-TTTT-TT-----T---T---TTTT--TTACA--TTTCTTGAGGTAGA
175 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTT-CATGTTTC-TGAAGTAGA
* * * * * * * *
29650 CATTGAATTTTAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGCAAAAAATTTAACATAAAATCAATAATGAGAT
238 CATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
29714 TATTAAACCATTTAAAGCTAGTGATAAGGCTTTGA
302 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * *
29749 AAGGCATGAGTGACTATAGATTGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * *
29814 GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * **
29879 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGG-TATAAGTGACTATAAATCA
128 TGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
29943 ACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCT-AGAGATAGACATTGAATGT-TAATC
191 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGA-AG-TAGACATTCAAT-TATAATA
* * * * *
30006 TGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTGTTAAACCATTTA
253 TATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
30070 AAGCAAATAATAAGGCTTTAG
316 AAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * *** * * **
30091 AAGGAAT-AGGTGACTACAACTGGACTTTTCTGGCCAATGAATGACTTTTTCATCACATTTCCTA
1 AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* * * *
30155 AAGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTTAAATCAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * *
30219 ATGTGGTTATGAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGACTTTTC-AAGCCTTGGGTGACTAAAAATA
127 ATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * ** * * * *
30283 GACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATTT
190 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAATAT
* ** * *
30348 GTTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACAATAAGATTGTAAAACCATTTAA
254 ATTTTAA-CTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * **
30412 AGCAAGTAATAATGTTTTCA
317 AGCTAGTAATAAGGCTTTGG
** * * *
30432 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGGTTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
** * * * * * * * *
30497 GACAGACATTCAAATATAATTTTTTTTAATTAGAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATAA
65 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CA-AAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
30562 TGAGATTGTAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATAGA
128 TGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * * *
30627 CTTTT-TTCGTCAATGAATGCCTTCTT-TTTCATGTTTCTTAAGGTAAATACTCAAATATTATCT
192 CTTTTCTT-GCCAATGGATGGCTT-TTACTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * * *
30690 ATTTTAACT-AAAATCTAAAAAGCTCCAACTTTAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
254 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
30754 G-TGAGTAATAAGGCTTTTG
318 GCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * *
30773 AAGGCTTGAGGGACTATAAATGGACTTTT-TTAATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTCTTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-AT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* * * * * * * * * *
30836 AAGCAGACATTCAATTATAATAAATTTTAGCCAAAAATGTCAAAAACTTCGACTTAAAATTAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ACAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
30901 ATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTATT-GAAGGCATAAGTGACTATAAATG
127 ATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * **
30965 GGCTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCCTTACA--TTTCTCAAGGTAGATATTTAAAAATAAC
190 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT-ACTT-CATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAA-
* * *
31028 T-TGTTTTGA-TCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATNNNNNNNNNNTCCAAAATGA
251 TATATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT----------T-----ATGA
* * **
31090 GATTATAAAACCATTGAAAG-TGAGTAATAAGGATTTCA
299 GATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * ** * * * **
31128 AAGGC-TGGAGTGACTACAAATGGACTTGTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCTTGACATTT-CT
1 AAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * * *
31190 AAAGCAAACATTCGATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGT
63 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
31255 TATGAAATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATAAGTGACTATAGAT
126 TATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
31319 GGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTCTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAGATATTCAAATATTAT
189 GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTACTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
31383 CTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAACATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTC
252 ATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* **
31447 AAAG-TGATTAATAAGGCTTTCA
315 AAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * *
31469 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTACT-AAGTGG-TTTTTATTTCATGTTT-CT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAA-TGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCT
**** ** * *
31531 CAAGACGGACACGCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTT-AACTTAAAATCAA
63 -AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
31595 TTTTGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAATAATAACGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTACAAAT
125 TTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * *
31660 GGAC-TTTCTATGCCAATGGATGTCTTTTGCTTACA--TTTCCGAAAGTAGACATTCAATTATAA
189 GGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTACTT-CATGTTTCTG-AAGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * * **********
31722 TACATTTTAACCACAAATGTAAAAGAACTCAACTTAGAATCAATTATGATATTATNNNNNNNNNN
251 TATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** *
31787 GAAG-TGAGTAATAATACTTTCG
315 AAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
** ** * * *
31809 AAGGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* ** * *
31874 A-GCAAACATTCACCTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * *
31938 TGAGATTATAAAACTATTTACAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGAATGAGTGACTAGAAATTGA
128 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * *
32003 CTTTTCTTACCAACGAAAGGCTTTGT-CCTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATGAATTTTAATATG
192 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TACTTCATGTTTC-TGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
* * *
32067 TTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAA
255 TTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
32130 AACAAGTAATAAAGCTTTGA
317 AGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* ** *
32150 AAGGCAATG-GTGGA-TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTT
1 AAGGC-ATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * *
32213 AAGG-AAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAACAAGATTTAACTTAAAATCA
63 AAGGTAAA-CATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
32277 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAACGC-TTCGGAAGGCATGAGAGACTATAA
124 ATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * *
32341 ATGAACTTTTCTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCATGTTTCTAAAG-CGAACATTCAATTATAA
187 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGAAGTAG-ACATTCAATTATAA
* * * * *
32405 AATATTTTAA-TAAAAAATGTATAAAACTTCAACTTAAAATCAATAATGACATTCTAAAACCATT
251 TATATTTTAACT-AAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
32469 CAAAG-TGAGTAATAAGACTTTAG
314 TAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * * * ** * * * *
32492 AATGTATGGGTGACAACAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTCTTCACGTTT-CTCG
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * ***
32556 AGGTAGATATTTAAATATAATCT-TGTTTAACCCCAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAACAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** *
32620 ATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCCAGTGATAAAAG-TTTTAAAGGCTTGAGAGACTATAAGA-
127 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA-AT
* ** * * * ** * * * *
32683 GGACTTTTTTTATCAGTGAATGGCTATTACATT-ATGTTTTCTGAAACAAATATTTAATTAAAAT
189 GGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTAC-TTCATG-TTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* *
32747 ATA-TTTAACTAGAAAGGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
252 ATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
32811 AAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
316 AAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
* * * * * *
32832 AAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAGTGGCTTTTTCTTGATGTTTTCC-A
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTA
* * * * * * * * *
32896 AGGCAATCA-CCACTTGTAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATTAATT
64 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
32960 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
127 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAG
32988 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7066, Mismatches: 1788, Indels: 978
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
313 6 0.00
314 15 0.00
315 12 0.00
316 12 0.00
317 11 0.00
318 10 0.00
319 7 0.00
320 7 0.00
321 9 0.00
322 19 0.00
323 16 0.00
324 30 0.00
325 22 0.00
326 12 0.00
327 9 0.00
329 3 0.00
330 12 0.00
331 61 0.01
332 103 0.01
333 75 0.01
334 28 0.00
335 35 0.00
336 171 0.02
337 55 0.01
338 146 0.02
339 153 0.02
340 1335 0.19
341 2484 0.35
342 1497 0.21
343 192 0.03
344 130 0.02
345 69 0.01
346 35 0.00
347 2 0.00
350 1 0.00
353 2 0.00
354 17 0.00
355 254 0.04
356 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
CTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
TAAGGCTTTGG
Found at i:29321 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 29055--29342 Score: 341
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
29045 TAATTATAAG
* *
29055 ATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATCGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATCAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * * * * *
29120 TCTGACCAATAAATGGCTTTTGTTTTCATGTTTCTTTAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTT
66 TCTGACCAATAAATAGCTTTTGTTATAAACTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
*
29185 AACTAAAAAT-GAA
131 AACCAAAAATAGAA
* * * * *
29198 ATTATTAAACTATCTAAAGCGAGTAATAGGGC-TTTGCAAGGTATAGGTGACTATAATTGGACTT
1 ATTATCAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAAGTATAGGTGACTATAAATGGACTT
*
29262 TTCTTG-CTAATAAATAGCTTTT-TCTATAAACTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
65 TTC-TGACCAATAAATAGCTTTTGT-TATAAACTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
29325 TTTAACCAAAAATAGAA
128 TTTAACCAAAAATAGAA
29342 A
1 A
29343 AAATTTAACT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 5 0.04
143 110 0.91
144 6 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (144 bp):
ATTATCAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTGACCAATAAATAGCTTTTGTTATAAACTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACCAAAAATAGAA
Found at i:29591 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29193--32984 Score: 2154
Period size: 170 Copynumber: 22.1 Consensus size: 170
29183 TTAACTAAAA
* * * * * * * * *
29193 ATGAAATTATTAAACTATCTAAAGCGAGTAATAGGGC-TTTGCAAGGTATAG-GTGACTATAATT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGAGTGACTATAAAT
* * * * *
29256 GGACTTTTCTTGCTAATAAATAGCTTTTTCTAT-AAACTTTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATA
65 GGACTTTTCTAGCTAATGAAT-GCTTTTTCT-TCACA-TTTCTTAA-GCTAGACATTCAATTATA
*
29319 ATCTGTTTTAACCAAAAATAG-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
126 ATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** * ** * * *
29364 -T-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTCAAACGCTTAG-GTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
29426 GACTTTTCAAGCTAATGGATGGTTTTTGCATCATATTTCTTGAAGCTA-ACATTCAATTATAATA
66 GACTTTTCTAGCTAATGAATGCTTTTT-CTTCACATTTCTT-AAGCTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
29490 TATTCTAACCAAAAATATAGAAAAAGTGAATTTAAAATTAATT
129 TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
29533 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
29597 GACTTTTTTTG-TCAATGAATGATTTTTTTTTTTTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTT
66 GACTTTTCTAGCT-AATGAATG-----CTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTAT
** * * * *
29661 AATCTGTTTTAATAAAAAATGCAAAAAATTTAACATAAAATCAATA
125 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
29707 ATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCTAGTGATAAGGC-TTTGAAAGGCAT-GAGTGACTATAGAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGAGTGACTATAAAT
* * * * * *
29770 TGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATAA
65 GGACTTTTC-TAGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTTAA-GCTAGACATTCAATTATAA
* *
29833 TATGTTTTAAGCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATT
127 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
29878 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGTAT-AAGTGACTATAAATC
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * ** * *
29942 AACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTC-TAGAGATAGACATTGAATGT-TAAT
66 GACTTTTCTAGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTTA-AGCTAGACATTCAAT-TATAAT
* * *
30005 CTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATA
128 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
30049 ATGAGATTGTTAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTAGAAGGAATAG-GTGACTACAACTG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
30113 GACTTTTCTGGCCAATGAATGACTTTTTCATCACATTTCCTAAAG-AAAACATTCAATTATAATC
66 GACTTTTCTAGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTT-CTTAAGCTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
30177 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAACTTTAAATCAATT
129 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * * *
30219 ATGTGGTTATGAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGACTTTTCAAGCCTTGG-GTGACTAAAAATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
30283 GACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTTAAGGTAGACATTTAAATATAATTT
66 GACTTTTCTAGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
* **
30348 GTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACA
130 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
30390 ATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG-TTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGAGTGACTATAAAT
** * * * *
30453 GGGTTTTTTTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAC-AGACATTCAAATATAA
65 -GGACTTTTCTAGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTTAAG-CTAGACATTCAATTATAA
* * ** * * *
30516 TTTTTTTTAATTAGAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATA
127 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * *
30561 ATGAGATTGTAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGG-GTGACTATAAATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * ** * * * * * *
30625 GACTTTTTTCG-TCAATGAATGCCTTCTTT-TTCATGTTTCTTAAGGTAAATACTCAAATATTAT
66 GACTTTTCTAGCT-AATGAATG-CTT-TTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
30688 CTATTTTAA-CTAAAATCTAAAAAGCTCCAACTTTAAAGCAATT
128 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
30731 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGGGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * *
30795 GACTTTTTTA-ATCAATGGATGGCTTTTGCTT--TATGTTCTTAAAGC-AGACATTCAATTATAA
66 GACTTTTCTAGCT-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACAT-TTCTT-AAGCTAGACATTCAATTATAA
*** * * * *
30856 TAAATTTTAGCCAAAAATGTCAAAAACTTCGACTTAAAATTAATT
127 TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
30901 ATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTATTGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* ** * * * * * * **
30965 GGCTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCCTT-ACATTTCTCAAGGTAGATATTTAAAAATAA-C
66 GACTTTTCTAGCTAATGAAT-GCTTTT-TCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATC
*
31028 TTGTTTTGATCC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATNNNNNNNNNNT
129 -TGTTTT-AACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT----------T
* ** * ** *
31081 CCAAAATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGC-TGGAGTGACTAC
1 -----ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTAT
* * * * * * * *
31145 AAATGGACTTGTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCTTGACATTTCTAAAGC-AAACATTCGATTA
61 AAATGGACTTTTCTAGCTAATGA-AT-GCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTA
* * ** * *
31208 TAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTT
124 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * * * *
31256 ATGAAATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AAGTGACTATAGATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* ** * * * *
31320 GACTTTTCTTA-CTAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AGATATTCAAATATTAT
66 GACTTTTC-TAGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTTAA-GCTAGACATTCAATTATAAT
* *
31383 CTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACGTAAAATCAATT
128 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * ** *
31427 ATGAGATTATAAAACCACTCAAAGTGATTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * ** * * ** *
31491 GACTTTTCCTA-CTACT-AAGTGGTTTTTATTTCATGTTTCTCAAGAC-GGACACGCAATTCTAA
66 GACTTTT-CTAGCTAATGAA-TGCTTTTT-CTTCACATTTCTTAAG-CTAGACATTCAATTATAA
* * *
31553 TATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATT
127 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** *
31597 TTGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAA-TAATAACGCTTTTGAAGGC-TTAAGTGACTACAAAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAAT
* * * **
31660 GGAC-TTTCTATGCCAATGGATGTCTTTTGCTT-ACATTTCCGAAAG-TAGACATTCAATTATAA
65 GGACTTTTCTA-GCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTT-CTTAAGCTAGACATTCAATTATAA
* * * *
31722 TAC-ATTTTAACCACAAATGTAAAAGAACTCAACTTAGAATCAATT
127 T-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
* *********** ** ** * * *
31767 ATGATATTATNNNNNNNNNNGAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGG-GTTGAGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * ** * * ** *
31831 GACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGC-AAACATTCACCTATAATA
66 GACTTTTCTAGCTAAT-GAATGCTTTTTCTTCACATTT-CTTAAGCTAGACATTCAATTATAATC
*
31895 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** * * * *
31937 ATGAGATTATAAAACTATTTACAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGAAT-GAGTGACTAGAAATT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * ** * * * * * *
32001 GACTTTTCTTA-CCAACGAAAGGCTTTGTCCTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATGAATTTTAATA
66 GACTTTTC-TAGCTAATG-AATGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATC
* * *
32065 TGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATA
129 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
32108 ATGAGATTATTAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGC-TTTGAAAGGCAATGGTG-GA-TATAAA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGC-ATGGAGTGACTATAAA
* * *
32170 TGGACTTTTCTTATC-AATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAG-GAAAGCATTCAATTATA
64 TGGACTTTTC-TAGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGA-CATTCAATTATA
* * *
32233 ATCTGTTTTAATCAAAAATATAAACAAGATTTAACTTAAAATCAATT
126 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** *
32280 ATGAGATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTCGGAAGGCAT-GAGAGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * ** * ** * * **
32344 AACTTTTCTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCATGTTTCTAAAGCGA-ACATTCAATTATAAAAT
66 GACTTTTCTAGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
* ** * *
32408 ATTTTAATAAAAAATGTATAAAACTTCAACTTAAAATCAATA
130 GTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * * * * *
32450 ATGACATTCTAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGACTTTAGAATGTATGG-GTGACAACAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
* * * * * * ** * * * *
32514 AAATTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTTAAATATAATCT
66 GACTTTTCTAGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
** *
32579 -TGTTTAACCCCAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
130 GT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
32620 ATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCCAGTGATAAAAG-TTTTAAAGGC-TTGAGAGACTATAAGA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAA-A
* * * * * ** * * * * * *
32683 -GGACTTTTTTTATC-AGTGAATGGCTATTACATT-ATGTTTTCTGAAAC-AAATATTTAATTAA
64 TGGAC-TTTTCTAGCTAATGAAT-GCTTTTTC-TTCA-CATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTAT
* * * * *
32744 AATAT-ATTTAACTAGAAAGGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
125 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* *
32790 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGTATGG-GTGACTATAAAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGAGTGACTATAAAT
* ** * * ** * * * *
32853 GAACTTTTCT-TTTCAATGAGTGGCTTTTTCTTGATGTTT-TCCAAGGC-A-ATCA-CCACTTGT
65 GGACTTTTCTAGCT-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCT-TAA-GCTAGA-CATTCAATTAT
* * * * * *
32913 AATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATTAATT
125 AATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
32960 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
32985 GAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 2811, Mismatches: 651, Indels: 319
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 51 0.02
169 212 0.08
170 1099 0.39
171 1041 0.37
172 134 0.05
173 13 0.00
174 84 0.03
175 38 0.01
176 5 0.00
180 1 0.00
183 1 0.00
184 47 0.02
185 85 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTAGCTAATGAATGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
Found at i:36210 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35909--36268 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
35899 NNNNNNNNNN
* *
35909 TCTCATAATTGATTTTAAGTTATATGTTTTTACACTTTTGATTTAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTATATGTTTTAACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * **
35974 TTGCCATCGGAAATATGCAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAT
66 TTGCCA-CGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACAGTTATAGTCCCTCAT
* * **
36039 GCTTTTCAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATAGCTTT-ATAA
130 GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTAATAA
* * * * *
36080 TTTCATAATTGATTTTTAGTTGA-AT-TTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATGTTTTAACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* *
36143 TTTGCTC-CGGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTACAGTTATTGTCCCTC
65 TTTGC-CAC-GGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACAGTTATAGTCCCTC
* *
36207 ATGCCTTTCAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTAATAA
128 ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAA
*
36250 TCTCATTATTGATTTTAAG
1 TCTCATAATTGATTTTAAG
36269 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 24, Indels: 9
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 134 0.83
171 22 0.14
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTATATGTTTTAACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
TTGCCACGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACAGTTATAGTCCCTCATG
CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAA
Found at i:40362 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 40342--40376 Score: 63
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
40332 GCTATTATGT
40342 TTAAATTTAAATA-AA
1 TTAAATTTAAATATAA
40357 TTAAATTTAAATATAA
1 TTAAATTTAAATATAA
40373 TTAA
1 TTAA
40377 TCTTTATTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.68
16 6 0.32
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TTAAATTTAAATATAA
Done.