Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398317.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1618.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4346
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.12, T:0.32
Warning! 630 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1873 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1243--4346 Score: 2732
Period size: 171 Copynumber: 18.2 Consensus size: 170
1233 TTTTCTATAC
* * * ** * * * *
1243 GTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATAGGCTTTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAACTCAACTTAA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * * * *
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* * * * *
1372 ATAAATAGATTTTTCTT-CTTAATTAATGACTTTTTCTGCAC
131 ATAAATAGAATTTTCTTGC-TAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
** * *** * * * *
1413 GTTTCCCAATACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTGAACTTAA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
1477 AATCAATTTTG-GCATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
66 AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * *** * *
1541 TATAAATAGACTTTTGTTGCCAATAAATGAAATATTTTAAT
130 TATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAT
* * * * * ** * *
1582 ATTTATAGGGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTT-
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
1645 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAGAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* *
1710 TATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGTATACCTTTTTTTCCAT
130 TATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTT-CAT
* * * * * **
1752 GTTTTTCAAGGTAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAGGAATTCAACTTAA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
1817 AATCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTTACT
66 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
1882 ATAAATAG-ATATTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTAC
131 ATAAATAGAAT-TTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
** * * ** *
1923 GTTTCTT-GAGCCAAACAATCAACAATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * **
1987 AAATGAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAATGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * ***
2052 TGTAAATGGACTTTGCTTG-TCAATAAATTTATTTTTCTTC-T
130 TATAAATAGAATTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTT-TTCAT
* ** *
2093 CGTTTCTCGAGGTAGACATGAAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 -GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
2158 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGCTGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
2223 TATAAATGGACA-TTTCTTGTTAATGAATGCCTTCTTCTTCAC
130 TATAAATAGA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTT-TTTTTCAT
* * * * * * * * *
2265 ATTTCTCAAGGTACACAATCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATTTTAAAAAAACT-ATATTT
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCA-ACTT
* * *
2328 AAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTGTGAAGGAATTGGAG
64 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * ***
2392 GCTATAAATAGACTTTTCCTCCAAATGATTGGCTTTTTCAAAAT
128 ACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
** * * ** * *
2436 GTTTCTT-GAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTA
1 GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
2500 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
2565 TATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTTTCAC
130 TATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAT
* * * * * *
2606 ATTTCTCGAGGTAGACAATAAATTAT-AGCGTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
2670 AAATTAATTATGAAATTAAAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * *
2735 TATAAATGGAGA-TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTAC
130 TATAAATAGA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
** * * ** * *
2777 GTTTCTT-GAGCCAAACAATCAACAATAATCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * **
2841 ACATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAATGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * *
2906 TGTAAATGGACTTTGCATG-TCAATAAATGCATTTTTCTTC-T
130 TATAAATAGAATTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTT-TTCAT
* * *
2947 CGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTAACTT
1 -GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
3011 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA
64 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* **
3076 CTATAAATGGACATTTT-TTG-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCGC
129 CTATAAATAGA-ATTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTT-TTCAT
* * * * * * * *
3119 ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAACT-ATACTT
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCA-ACTT
* * * * * *
3183 AAAATCAACTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAGCAATGGGAGG
64 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
** * *
3248 CTATAAATAGTCTTTTCTT-CGAAATGAATGGC--TTTTTCAAT
129 CTATAAATAGAATTTTCTTGC-TAATGAATGCCTTTTTTTC-AT
* * * * *
3289 ACGTTTCTT-GAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
1 --GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
3353 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
63 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
3418 ACTATAAAT-GAAATTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTTTCAT
128 ACTATAAATAG-AATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAT
* * ** * *
3461 GTTTCTT-GAGGTAGACAATCAATTGTAGCCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
3525 AAATCAATTATGAAATTAGAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* *
3590 TATAAATGGACA-TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
130 TATAAATAGA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
* *
3632 GTTTTTCGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
*** * * *
3697 AAATCAATTTTGAGATTATAAAGTAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTCAC
65 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * *
3762 TATAAAT-GAAATTTTGTTACTATTGATTGCCTTTTTTTCCT
130 TATAAATAG-AATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAT
** * *
3803 -TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTCTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 GT-TTT-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
3867 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACC-TTTTAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAACGAATGGGTTA
64 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
3931 CTATAAAT-GGATATTTCTTTCTAATGAATACCTTTTTCTTTAT
129 CTATAAATAGAAT-TTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
* * ** * *
3974 GTTTCTT-GAGGCAAACAGTT-AACAATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTT
1 GTTT-TTCGAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * **
4037 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTTTGAGGTG
64 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTG
* * *
4102 ACTGTAAATA-AACTTTTCTTG-TCACT-AACTG-CTATTTTCTTCTT
128 ACTATAAATAGAA-TTTTCTTGCT-AATGAA-TGCCT-TTTT-TTCAT
* * * * * *
4146 ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
4211 AATGAAATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT
66 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
4276 ATAAATGGCTATTTT-ATG-TCAATGAATGTCTTCTTCTTCAT
131 ATAAATAG-AATTTTCTTGCT-AATGAATGCCTT-TTTTTCAT
*
4317 ATTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 GTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
Statistics
Matches: 2368, Mismatches: 482, Indels: 167
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 170 0.07
170 566 0.24
171 1192 0.50
172 430 0.18
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAT
Done.