Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398318.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1619.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4650
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.32
Warning! 710 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1421 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 947--1687 Score: 778
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
937 NNNNNNNNNN
* * * *
947 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAA--ATTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATT
1 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATT
* * * *
1010 ATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGCAAAG-CTCATT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATT
* * * * **
1074 TATAGTCACCCGTTTCTTAAAAAGCCTTATTACTGAGATTAA
129 TATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
1116 ATGGCTTCACAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAAATT
1 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATT
* * * * *
1181 ATAATTGAACGTCTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
66 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
1246 ATAGCCACCCATTTTTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
130 ATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
1287 ATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGAT
1 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGAT
* *
1352 TATAATTGAATGT-TGACCTCGAGAAACGTGAAGAAGAAAGCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTG-CCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
1416 TTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
128 TTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * *
1459 ATTGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGATTG-ATTTTTTTCACATTTTTGGTTACAACATAT
1 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAGAACAGAT
* * * * * *
1523 TATAATTGAGTGTTTGTCTTGAGAAACAT-AA-AAAAACGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
********** * * *
1586 TNNNNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAA
128 TTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* *
1629 TTGAG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAA
1 ATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAA
1688 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 83, Indels: 25
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 34 0.07
170 102 0.21
171 193 0.41
172 140 0.29
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATT
ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
Found at i:2122 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1709--3661 Score: 583
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 171
1699 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1709 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *
1774 ATAATCTCAAAATTTATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACTTTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
1839 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGA
131 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGA
*
1880 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *** * *
1945 ATAATCTTAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTATGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
* * *
2010 AATGTCTACCTCGAGAAACCTGGAGAAAAAGGCATTCATTGG
131 AATGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAAAAAAGGCATTCATTGA
* * * ** * * ** *
2052 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATTTTTTTAAAAGCCTTATTACCCGGTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * ** ********************
2117 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-T-T-T-T---TTTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
*************************** * * * *
2175 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCCATCCATTGG
131 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGA
* * ** * * * ** * *
2216 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTTAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * ** * * * * * * *
2281 ATAACCT-AATAATTGATTTTAGGTTAAATT-T-TTTCACATTTTTGATTACAACATATTATAAT
66 ATAATCTCAA-AATTCATTTTAATTTGAATTCTATGT-ACATTTTTAAATAAAACAGATAATAAT
* * ** * * ** *
2343 TGAATATTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGG
129 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* ********** * * * *
2387 CAAGAAAAGCCNNNNNNNNNNCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *** * *
2452 ACAGTCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAAATT-T-TTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAAT
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTA-ATTTG-AATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAAT
* * ** * *
2514 TGAATGTCTGCCATAG-GCGACATGAAAAAAAAAGGTATTCATTGG
129 TGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG--AAAAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * ********** * *
2559 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAATCCTTATTANNNNNNNNNNATGGATTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * ** *
2624 ATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
* * * * * *
2689 AATGTCT-TCTCAACAAACGTGAAGAAAAATGCATTAATT-A
131 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * * * *
2729 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCATATCT-CTCATTTTGAAT-GAT
1 -CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATAG-T
* * * * * * * * *
2792 TTTATAATCTAAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAG
63 TTTATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAA
* * ** *
2857 TTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGA
128 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* *** * * ***********
2902 CAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNTTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * ** * *
2967 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATCTTTTTACATTTCTTAGTTAAAAAAAGGT-ATAAT
66 ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTT-TTAAAT-AAAACAGATAATAAT
* * * * * *
3030 TGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGCAAAA-GC-TAACAACT-A
129 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCAT-TC-ATTGA
* * ** ** * * ** *
3073 GCATGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTT
1 -CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
** * * * * * * * *
3138 TATAAAAT-AATAATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAA
65 TATAATCTCAA-AATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGA-TAATAA
* ** * * * * * *
3200 TTGAATGTTTATAT-GAAGAAACGTGAACAAAAAAGTACTCATCGG
128 TTGAATGTCTACCTCG-AGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * * *
3245 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCA-TTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
** * * * * * * * *
3309 TATAAAGTCATAAA-TCATTTTAAGTTAAATTGTTTG-ACATTTTTTATTAAAACATACAATAAT
65 TATAATCTCA-AAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAAT
* * *
3372 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT--
129 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * * *
3414 CGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTACAT-GAT
1 C-AAG-AAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * * * * *
3478 TTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT-AGTCAAAACATATTATA
63 TTTATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAAT-AAAACAGATAATA
* * * *
3542 ATTGAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGA
127 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGA
* * * ** * *
3588 CAA-AAGAAATCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 CAAGAA-AAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
3652 TATAATCTCA
65 TATAATCTCA
3662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1319, Mismatches: 407, Indels: 111
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 83 0.06
165 6 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
170 24 0.02
171 629 0.48
172 522 0.40
173 50 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCAAAATTCATTTTAATTTGAATTCTATGTACATTTTTAAATAAAACAGATAATAATTG
AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGA
Found at i:2757 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2210--3661 Score: 1045
Period size: 343 Copynumber: 4.2 Consensus size: 339
2200 NNACGCCATC
* * * ** * * * ** *
2210 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTTAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
* * * * * * *
2275 GGTTTTATAACCT-AATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTCACATTTTT-GATTACAACATATT
66 GGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTT-AATTCTTTGACATTTTTAG-TTAAAACAAACT
* * ** * * * ***
2338 ATAATTGAATATTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCNNNN
128 ATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGAAAAAG-CATTAATTAGCAAGAAAAGTCC-ATT
****** * * * * * *
2402 NNNNNNCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTG
190 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-TTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTG
* * * *
2467 ATTTT-AGATTGAAATT-TTT-TATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-
254 ATTTTAAG-TTG-AATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TC
**
2528 AGGCGACATGAAAAAAAAAGGTATT
316 AGGAAACATGAAAAAAAAA-GTATT
** * **********
2553 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAATCCTTATTANNNNNNNNNNAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
* * * * *
2618 GGATTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTCTTTG-ACATTTTTAGTTAAAACAAACTA
*
2683 TAATTGAATGTCT-TCTCAACAAACGTGAAGAAAAATGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
129 TAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGAAAAA-GCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** *
2747 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCATATCTCTCATTTTGAATGATTTTATAATCTAAAAATTGAT
192 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TTTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGAT
* * * **
2812 TTT-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAAA
256 TTTAAG-TTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGA
** * * *
2876 AATGTGAAGAAAAATGCATT
320 AACATGAAAAAAAAAGTATT
* * * ********
2896 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNN
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
*** * * *
2960 NNTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTCTTAGTTAAAA-AAAGG
65 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTC-TTTGACATTT-TTAGTTAAAACAAA-C
* * * * ** * * *
3024 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCTAACAACTAGCATGAAAAGTCTATT
127 TATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGAAGAAAAAGC-ATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATT
** ** * ** *
3089 TATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTT-GCTTTAAATGGTTTTATAAAATAATAATT
190 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT--TTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATT
* * * * * ** * *
3153 GATTTCAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATATGAA
253 GATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * *
3217 GAAACGTGAACAAAAAAGTACT
318 GAAACATGAAAAAAAAAGTATT
* ** *
3239 CATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
** * * *
3303 TGGTTTTATAAAGTCATAAA-TCATTTTAAGTTAAATTGTTTGACATTTTTTA-TTAAAACATAC
65 TGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTT-AATTCTTTGACA-TTTTTAGTTAAAACAAAC
* * * * *
3366 AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTCG-TAGAAAAAGTCCAT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGAAGAAAAA-GCATTAATTAGCAAG-AAAAGTCCAT
* * *
3430 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTACATGATTTTATAATCTCAAAATT
189 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTT-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATT
* * * *
3495 TATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT-AGTCAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-A
253 GATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
*
3558 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
317 G-GAAACATGAAAAAAAAAGTATT
* * * *
3582 CATTGACAA-AAGAAATCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
*
3646 TAGTTTTATAATCTCA
65 TGGTTTTATAATCTCA
3662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 207, Indels: 70
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 6 0.01
342 134 0.15
343 535 0.62
344 184 0.21
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTCTTTGACATTTTTAGTTAAAACAAACTATA
ATTGAATGTCTACCTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAA
GTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATG
AAAAAAAAAGTATT
Found at i:2798 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2210--3994 Score: 1025
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
2200 NNACGCCATC
* * ** ** * * *
2210 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTTAAT
1 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
2275 GGTTTTATAACCT-AATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTT-TCACATTTTT-GATTACAACATA
65 GATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGT-ACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * ** *
2336 TTATAATTGAATATTTGTCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGATATT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATT
********* * * *
2381 CATTGGCAAGAAAAG-CCNNNNNNNNNNCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAA
1 CATT-GCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
2445 TGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAAATT-TTT-TATATTTTTGGTTAGAACAGA
64 TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTG-AATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** * * *
2507 TTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGGCGACATGAAAAAAAAAGGTATT
127 TTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAA-GCATT
* * **********
2553 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAATCCTTATTANNNNNNNNNNA
1 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
2617 TGGA-TTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTAGTTAAAACAGAT
64 T-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
2681 TATAATTGAATGTCT-TCTCAACAAACGTGAAGAAAAATGCATT
128 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * ** *
2724 AATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCATATCT-CTCATTTTGAA
1 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAA
* *
2788 TGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTT-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTA-TTAAAATAGA
64 TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
2851 TTATAGTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATGCATT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * *********
2896 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNN
1 CATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * *
2961 NTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATCTTTTTACATTTCTTAGTTAAAA-AAAGG
65 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTT-TTAGTTAAAACAGA-T
* * * * *
3024 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACATGAAG-CAAAAGC-TAA
128 TATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT-T
* * * ** ** * * *
3067 CAACTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAA
1 C-A-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** * * *
3132 TGGTTTTATAAAAT-AATAATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGA
64 TGATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * ** * * * *
3194 CTATAATTGAATGTTTATATGAAGAAACGTGAACAAAAAAGTACT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
3239 CATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
1 CAT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ** * * * * *
3304 GGTTTTATAAAGTCATAAA-TCATTTTAAGTTAAATTGTTTG-ACATTTTTTA-TTAAAACATAC
65 GATTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
3366 AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATT
128 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * *
3410 CATT-CGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAC
1 CATTGC-AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
3473 ATGATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTCAAAACATAT
63 ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
3538 TATAATTGAATGTTTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
128 TATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * *
3582 CATTGACAA-AAGAAATCCATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CATTG-CAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
********** * * * * *
3645 AT-AGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAGGTCGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGA
63 ATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *** * * * *
3708 TTATAATTAAATTTCTACCTTGCGAAACGTAAAGAAACAGGTATT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* ** * ********** *
3753 CATTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAAT
1 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
3818 GGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTATATATTTTT-GATTAAAACAGAAT
65 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TTAAAACAGATT
* ** * *
3882 ATAATT-AATTGTGTACCTTGAGAAACTTG-AGAAGAAATGCATT
129 ATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA-AAAAGCATT
* * * *** ** *
3925 CATTGGAAAAAAAATTTGTTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 CATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
*
3990 GTTTT
66 ATTTT
3995 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 311, Indels: 128
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 23 0.02
171 660 0.53
172 505 0.41
173 50 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
Found at i:3694 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3078--3793 Score: 758
Period size: 343 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
3068 AACTAGCATG
** ** * *
3078 AAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
3143 AATAATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
66 AATAATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** *
3208 TTATATGAAGAAACGTGAACAAAAAAGTACTCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
131 TTATATGAAGAAACATGAACAAAAAAGTACTCATCGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAAT
* * * *
3273 TTCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCATAAATCATTTTAAGTTAAA
196 TTCTTCAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAAATCATTTTAAGTCAAA
* * * *
3338 TTGTTTGACATTTTTTATTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
261 TTGTTTGACATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAA
* *
3403 AGGTATTCATTCGTAGA
326 AGGTATTCATTCGCAAA
* * * *
3420 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTACATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAA
** * * * *
3485 TCTCAA-AATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT-AGTCAAAACATATTATAATTGAA
66 AAT-AATAATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGA-TCAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
3548 TGTTTACCTA-G-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA-AAGAAATCCATTTATAGTC
128 TGTTTA--TATGAAGAAACATGAACAAAAAAGTACTCATCGACAAGAA-AAATCCATTTATAGTC
* * * * ********** *
3610 ACCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAG
190 ACCAATTTCTTCAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAAATCATTTTAA
* * * * * ** * ***
3675 GTCGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTAAATTTCTACCTTGCGAAACGTAA
255 GTCAAATTGTTTGACATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAA
* *
3740 AGAAACAGGTATTCATTGGCAAA
320 AGAAAAAGGTATTCATTCGCAAA
*
3763 AAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
3794 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 67, Indels: 11
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 77 0.26
343 221 0.73
344 1 0.00
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAA
AATAATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGT
TTATATGAAGAAACATGAACAAAAAAGTACTCATCGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAAT
TTCTTCAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAAATCATTTTAAGTCAAA
TTGTTTGACATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAA
AGGTATTCATTCGCAAA
Found at i:4640 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 4412--4650 Score: 295
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 121
4402 AATGTCTACC
* * *
4412 TTGGGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCACTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCCCGTTCCT
1 TTGGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGACCCATTCCT
4477 TCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAGA
66 TCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAGA
* * * * *
4533 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGCGTTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTT-TAAGTC-ACCCATTC
1 TTGGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTTG-CAAGAAAAGCCCATTTAT-AGTCGACCCATTC
* * * * * * * *
4595 GTTTAAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
64 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 16, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
120 58 0.58
121 42 0.42
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (121 bp):
TTGGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAGA
Done.