Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398319.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_162.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47102
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 11930 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3741 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3266--3896 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 172
3256 NNNNNNNNTG
* * * * * * * * *
3266 CCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAA
1 CCAATGAATGCTCTTTTCTTTATGCTTCTCAAGCTAGACATTCAATCAAAGTCTCTTTTAACCAA
* ** * *
3331 AAATGTGAAAA-AATTCGACTTAAAATCAGCTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTA
66 AAATGTGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA
* * *
3395 AGGCTTTTAAAGGGATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTC
131 AGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
* * * * *
3437 CCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTCAAAGTCTGTTTTAACCAA
1 CCAATGAATGCTCTTTTCTTTATGCTTCTCAAGCTAGACATTCAATCAAAGTCTCTTTTAACCAA
* * ******************
3502 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNAT
66 AAATGTGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
* *
3566 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
130 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
* * * * * *
3609 CTAATGAGTGC-CTTTTCTTTATGCTTCTCAAGCTAGATATTTAATTACAA-TCTCTTTTAACAA
1 CCAATGAATGCTCTTTTCTTTATGCTTCTCAAGCTAGACATTCAATCA-AAGTCTCTTTTAACCA
* *
3672 AAAATGTGAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTACTT-GTTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAA
65 AAAATGTGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-TTAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA
** * * * * *
3736 TAAGGCTTTCCAATGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
129 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
* ** * * * * * * * *
3780 CAAACCAATGGCT-TTTGCTTTATG-TTACCCAAGAC-AAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAT
1 CCAATGAAT-GCTCTTTTCTTTATGCTT-CTCAAG-CTAGACATTCAATCAAAGTCTCTTTTAAC
* * * * *
3842 CAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTCAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAATCATTTA
63 CAAAAATGTGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTA
3897 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 92, Indels: 24
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
171 232 0.65
172 119 0.33
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CCAATGAATGCTCTTTTCTTTATGCTTCTCAAGCTAGACATTCAATCAAAGTCTCTTTTAACCAA
AAATGTGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA
AGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
Found at i:5667 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4567--6064 Score: 831
Period size: 172 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
4557 NNNNNNNNNN
* ***
4567 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTGTGAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
** * * * * * * * * * **
4630 TTCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAGGTCAA
65 GCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AA
* * *
4695 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
129 AAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
********** * * * *
4737 ANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* *** * * * * * *
4801 G-ATCTTTTCTTCTTGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAC
65 GCCT-TTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-
**********
4865 AAAGANNNNNNNNNNAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
128 AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
* * *
4909 AAAGTGAGTATTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAGA-AAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA-ATGAAT
** * * * * * *
4973 ATCTTTTTCTCCACATTTCTCTAGCTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
65 GCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAA
*
5038 TAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACTATTT
130 -AAATTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
* * * * ********** * *
5081 AAAATGAGCAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCTAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * ** *
5146 CCTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATTTAAAA
66 CCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
*
5211 TAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCT-TTT
131 -AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTT
* * * * *
5252 ACAA-CGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GACTTTTCCTACCAATGAAA
1 A-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AA
* * * * * * * * ** * *
5315 TACC-ATTTCTTAATATTTCTAGAGATAGACTTTCAATTATAGTCTCCTTTAACAAAACAGTACA
64 TGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAA-AATATA
* * * * * *
5379 AAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTCATATTATAAAATTATTT
128 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
* * * * ** * * **
5422 AAACTAAGTAATGAGGCTTTGAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTACCAACCAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * *
5487 CTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAT
66 CCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAA-
* * *
5552 AAATTTGACCTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTT
130 AAATTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * *
5594 AAAGTGAGCAATAAAGCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCTAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * ********
5659 CCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-------ANNNNNNNN
66 CCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
**********************
5717 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATTATAAAAGCT-TTT
131 AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTT
* * * * * * *
5757 ATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAAAG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * ** ** * * *
5822 ACC-TTTTCTTGACATTTCTTGAGGTAGATTTTCAATTATAAGATCTTTTAACCAAAAATGTAGA
66 -CCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-A
* * * * * * *
5886 AACAATTCAAATTTAAATAAATCTTGAGCTTATAAAACCATTT
129 AA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
* ** **
5929 AAAGTGAGTAATGAA-GCTTTTAAAGAAATGACTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAACCAA
1 AAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAA
** * *
5992 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAA
64 TGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAA
6057 ATAAATTT
129 A-AAATTT
6065 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 308, Indels: 73
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 106 0.11
164 3 0.00
165 1 0.00
169 3 0.00
170 160 0.16
171 217 0.22
172 487 0.50
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
CCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
Found at i:6781 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6168--7675 Score: 1237
Period size: 172 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
6158 NNNNNNNNNN
* ** * * *
6168 TAACCCAAAATGTAAACTAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAGCT-TTTATAGTG
1 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTG
* * * * * *
6232 AGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGACCTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATA-TCTTTT
* * * ** *
6297 TCCTGACATTTCTCAAGGTAGATTTTCAATTATAATATGTTT
129 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
6339 TAACAAAAAATGTACAAAGACTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTGAAGTG
1 TAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * **
6404 AGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATAAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAACCA-ATGCCTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATAT--CTTT
* *
6468 TTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
128 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
6511 GAACCAAAAATATAGATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTGTAAAACTATTTAAAGTG
1 TAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * * * *
6576 AGCAATAAAGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAATTTGACTTTTTTTGCCAATGACTATCTTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-TATCTTTT
* *
6641 TCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
129 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * **
6683 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAA
1 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
* * * * * *
6748 GTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGA-ATGCGTTTT
66 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATAT-C-TTTT
* * * * *
6812 TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAGTCTATTT
129 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
6854 TAAACAAAAATG-AAAAAATATTCAACTTAAAAAT-AATTATT-AGTTTATGAAA-TCATTTAAA
1 TAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTT-AAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACT-ATTTAAA
*** * *
6915 CCAAGTAATAAGGC---T-------TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TACACCAATGGT-TGG
62 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGATAT--
* * * * * * **
6968 CTTTTGCTTCATG-TTCCCTAAGGCAAACATTTAATTATAGCCT-TTCT
124 CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-T
* * *
7015 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
1 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
* * * * * *
7080 GTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGCGTGACTACAAATAGACTTTTTTTACTAATGAATATCTTTTT
66 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATATCTTTTT
* * * *
7145 CTTCAAGTTTC-CTAAGGCAGATATTCAATTATAATATGTTT
130 CTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * *
7186 TAACTAAAAACGTCAAAATATTCAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAATG
1 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTG
* * * * * * *
7250 AGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAAAGGCTTGT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATA-TCTTTT
* * * *
7315 TCTTTACATTTCAT-AAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTT
129 TCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * * *
7357 TATCAAAAAATGTATAATAAATTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATT
1 TAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * *
7422 TGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAACGAATGTCTTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATATCTTTT
* *
7487 TCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
129 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
7529 TAACTAAAAATGTGAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTA--T----T-
1 TAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * **
7587 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATAAATCTTTT-TTACCAATGA-ATGCTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGATAT-CTTT
* * * *
7650 TTCTTGACATTTCTCGAGGTAAACAT
128 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
7676 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 214, Indels: 101
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 13 0.01
161 109 0.10
162 8 0.01
163 1 0.00
164 28 0.03
165 40 0.04
166 6 0.01
168 1 0.00
169 2 0.00
170 11 0.01
171 399 0.37
172 453 0.42
173 3 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATATCTTTTTC
TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
Found at i:7466 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6174--7675 Score: 1364
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 341
6164 NNNNTAACCC
* * * * *
6174 AAAATGT-AAACTAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAAGCTTTTATAGTGAGTAAT
1 AAAATGTGAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
6238 AGGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGACCTTTTCCTGA
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAG-GCTTTTCTTTA
** * * * *
6303 CATTTCTCAAGGTAGATTTTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGACTTCAAATT
129 CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAAATT
* * * * * *
6368 TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATAAGTAA
193 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA
* * * * *
6433 CTATAAATGGGCTTTTCTTACCAACCAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAA
258 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGCTAGACATTCAA
* *
6498 TTATAATCTGTTTGAACCA
323 TTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * * *
6517 AAAATATAGATAAAT-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTGTAAAA-CTATTTAAAGTGAGCA
1 AAAATGT-GA-AAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * *
6580 ATAAAGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAATTTGACTTTTTTTGCCAATGACTA-TCTTTTTCT
63 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AAGGC-TTTTCT
** * *
6644 TTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
126 TTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAA
* * * * * * * **
6709 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGT
191 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGT
* * *
6774 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATG-CGTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACAT
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGCTAGACAT
* * *
6837 TCAATTTTAGTCTATTTTAAAC-A
319 TCAATTATAATCTGTTTT-AACTA
** * * * ***
6860 AAAATGAAAAAATATTCAACTTAAAAAT-AATTATTAGTTTATGAAATCATTTAAACCAAGTAAT
1 AAAATGTGAAAATATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
** ***
6924 AAGGC---T-------TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TACACCAATGGTTGGCTTTTGC-TT
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAAGGCTTTT-CTTT
* * * * ** *
6977 -CATGTTCCCTAAGGCAAACATTTAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
128 ACAT-TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * **
7040 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGCG
190 ATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAG
* * * * * * *
7105 TGACTACAAATAGACTTTTTTTACTAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCTA-AGGC-AGATA
255 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-CTAGA-GCTAGACA
*
7168 TTCAATTATAATATGTTTTAACTA
318 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * *
7192 AAAACGTCAAAATATTCAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATA
1 AAAATGTGAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
7257 AGGCTTGTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAAAGGCTTGTTCTTTAC
66 AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT-TTCTTTAC
* * * * * *
7322 ATTTCAT-AAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTATCAAAAAATGTATAATAAATTTAAATT
130 ATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAAATT
* * **
7386 TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA
193 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA
* * *
7451 CTATAAATGGACTTTTTTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAA
258 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGCTAGACATTCAA
7516 TTATAATCTGTTTTAACTA
323 TTATAATCTGTTTTAACTA
* * *
7535 AAAATGTGAATAA-ATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-C---T--A-TTAGTAA
1 AAAATGTGAA-AATA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
* * * ** * *
7592 TAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATAAATCTTTT-TTACCAATG-AATGCTTTTTCTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAAAGGC-TTTTCTT
* * *
7655 GACATTTCTCGAGGTAAACAT
127 TACATTTCTCAAGGTAGACAT
7676 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 171, Indels: 101
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 21 0.02
332 247 0.26
333 3 0.00
335 2 0.00
336 24 0.03
337 45 0.05
338 6 0.01
339 1 0.00
340 1 0.00
341 4 0.00
342 106 0.11
343 304 0.32
344 171 0.18
345 2 0.00
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AAAATGTGAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTCTTTACA
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAA
ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGCTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACTA
Found at i:8072 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7776--8186 Score: 491
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7766 NNNNNNNNNN
* * *
7776 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGAC
1 AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * * * *
7841 TATAAATGGGCCTTTCTTACCAACCAAATCCTTTTTCTTCGCGTTTCTCGAGCTAGACATTCAAT
66 TATAAATAGACCTTTCTTACCAACCAAATCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAAC
*
7906 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAATTAATTTGAACTTA
131 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAATAATTT-AACTTA
* * * * * *
7948 AAATTAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGAC
1 AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * * ** * * *
8013 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGACTATCC-TTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAA
66 TATAAATAGACCTTTCTTACCAACCA-AATCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAA
* * * *
8077 CTATAATCTGTTTTAACCCAACATATAAAATAATTTCACTTA
130 CTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAATAATTTAACTTA
* * * * ** *
8119 AAATTAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAC
1 AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
8184 TAT
66 TAT
8187 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
TATAAATAGACCTTTCTTACCAACCAAATCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGCTAGACATTCAAC
TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAATAATTTAACTTA
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11523 TCTGAGACAA
** ** *
11533 ACATTCAATTAAGCCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATCAGATT
1 ACATTCAATTAAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATT
** * * * *
11597 ATAAAACCATTTAGAATGTGTAATAAGGCTTTTGTAGGAATGAATGACTATAAACGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAGAATAAGTAATAAAGCTTTTGTAAGAAAGAATGACTATAAACGAACTTTTCT
* *
11662 TACTAATGAATGCCTTTTTTCTCATATTTCTCAAGGTAG
131 TACCAATGAATGCCTTTTTTCTAATATTTCTCAAGGTAG
* * ********* *
11701 AAATTCAATTATAATCTATTTTAACCAANNNNNNNNNNAT-TTTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACCAA-AAATGAAAAATATTT-AACTTAAAATCAATTATCAG
* * * ** ** **
11765 ATTATAAAACCATTTATAGTAAGTAGTAAAGCTTTTG-AAGACAAGGGTTTCTATAATTGAACTT
63 ATTATAAAACCATTTAGAATAAGTAATAAAGCTTTTGTAAGA-AAGAATGACTATAAACGAACTT
* *
11829 TTCTTACCAATGAATGCC-TTTTTCTTAATGTTTGTCAAGGTAG
127 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTC-TAATATTTCTCAAGGTAG
*
11872 ACATTCAATTACATTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATC
1 ACATTCAATTA-AATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAATATTTAACTTAAAATC
11927 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACATTCAATTAAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATT
ATAAAACCATTTAGAATAAGTAATAAAGCTTTTGTAAGAAAGAATGACTATAAACGAACTTTTCT
TACCAATGAATGCCTTTTTTCTAATATTTCTCAAGGTAG
Found at i:13130 original size:171 final size:170
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12760 NNNNNNNNNT
* *
12770 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT-TTCAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC-ATGTTTCTT-AAGGTAGACAT
* * * * * *
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* * * * * *
12896 TAAAA-TCATTTAAAATAAGTAGTAAGGCCTTTAAAGGGATGAGT
127 TAAAACT-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* *
12940 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
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66 AATT-ATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATA-GATTAT
13068 AAAACCT-TTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
128 AAAA-CTATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * * * * **
13111 GACTATACATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATAG-CTTCTTCTACATGTTTCCTAAGACAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * *
13174 TCAATTATTGCCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA--AAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT
64 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTAT
*
13237 AAAAGTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GA
128 AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * * *
13279 TGACTATAAACGGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTGCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 -GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * * *
13343 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATGATGGGATTAT
64 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTAT
* * * * *
13408 AAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTCAA-GAGATAAGT
128 AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGA
*
13451 GACTATAAATAGACTTTTCTTG
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13473 TCAAAAAANN
Statistics
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GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGATTATAAA
ACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
Found at i:13310 original size:340 final size:341
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12760 NNNNNNNNNT
* * * **
12770 GACTATAAATAGACTTTTCTT-TCCAATGAAT-GCCTTTTTCT-CTATGTTT-TTCAAGGTAGAC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCT-CAATAAATAG-CTTCTTCTAC-ATGTTTCCT-AAGACAGAC
** * ** ** * * **
12831 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCTAAAATGTGAAAAAATTAAGTTAAAATCAACTATTAGTTTA
62 ATTCAATTATAGCCTATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAAAAAACTTAAAATCAACTATAAAATTA
* * * *
12896 TAAAATCATTTAAAATAAGTAGTAAGGCCTTTAAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
127 TAAAATCATTTAAAATAAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAACGGAATTTTCTT
* * * *
12961 GCAAATGAATGTCTTTTTCTT-CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGA-AGTCTATTTTAA-
192 ACAAATGAATGCCTTTTT-TTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-ATAATCTATTTTAAC
* * *
13023 TAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATACGATTATAAAACCT-TTTAAAGCT-AG
255 CAAAAATCTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATGATACGATTATAAAA-CTATTTAAAG-TGAG
* *
13086 TAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGAGA
317 TAATAAGGCTTTTCAAGAG-ATAAGA
* *
13111 GACTATACATGGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTCTTCTACATGTTTCCTAAGACAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTCTTCTACATGTTTCCTAAGACAGACATTC
* *
13176 AATTATTGCCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAA
66 AATTATAGCCTATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAAAAAACTTAAAATCAACTATAAAATTATAAA
* * *
13240 AGT-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAACGGAATTTTCTTAC
131 A-TCATTTAAAATAAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGAG-TGACTATAAACGGAATTTTCTTAC
*
13303 CAATGAATGCCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
194 AAATGAATGCCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* ** *
13368 AATCTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATGATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAG
259 AATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATACGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
*
13433 GCTTTTCAAGAGATAAGT
324 GCTTTTCAAGAGATAAGA
*
13451 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAA
13477 AAAANNNNNN
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 45, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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GACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTCTTCTACATGTTTCCTAAGACAGACATTC
AATTATAGCCTATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAAAAAACTTAAAATCAACTATAAAATTATAAA
ATCATTTAAAATAAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAACGGAATTTTCTTACAA
ATGAATGCCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
TCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATACGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTCAAGAGATAAGA
Found at i:18070 original size:171 final size:169
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17743 TTTTTACTTG
* * * * *
17753 CTTTAAATTA-TTTTATAAACTAATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTTAGTTAA
1 CTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-GTTAA
* * * ** ** * *
17817 AACAGACTT-TAATCGAATGCCTACCTTGACG-AATGTGAAAAAAAAAACATTTATTGGCAAGAA
63 AAAAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATG-AAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA
* *
17880 AAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTAAAAAGCCTTACTACTCA
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
17925 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAA
* *
17990 AAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAGAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGT
65 AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* *
18055 CCGTTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTA
129 CCATTTATAGTCACCCA-TCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** *
18096 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA
* * * * ** * * * *
18161 CATG-TGATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATCTAGCAAAAA-CCATTCATTAGGAAGAAAA
65 -AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GA-AAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAA
* * * * *
18224 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
18267 CTTTAAA-AGGTTCTATATTCAT-ATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTGTT
1 CTTTAAATA-GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT--ATATTTTTGTT
* * * * * *
18330 AAAACAGACTT-CAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGA
61 AAAAAAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGA
* ** * * *
18394 AAAGTCTATTTATAGTCACTTATCCCTTT-AAAGGTCTTACTACTCA
124 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
18440 CTTTAAATAATTTTATAAACTAATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTAGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGTTAAAA
* * * *
18505 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGT
65 AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * *
18570 CTATTTATAGTCAACTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCT
129 CCATTTATAGTCACCCA-TCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
18611 TTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAA
* * * * * *
18675 ACAGAATGTAATTGAACGTCGACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG
64 AAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * *
18740 TTCATTTACAATGACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
18782 CTTTAAATTGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTATATTTTT-TACTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGT--TAAA
* ** * * ** * * *
18846 ACAA-ACTATAATTGAACATATGCCTCAAAAAACCTATG-GAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAA
64 A-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-C-ATGAAAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAA
* *** ** *
18908 ATGTCCATTTATAGTCTTTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
18953 CTTTAAA-AGTATTTATAATCTCATTATTGATTTTTCAA-TTGAATTTTTTTATAATTTTTGTTA
1 CTTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGA-TTTT-AAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGTTA
** * * * * *
19016 AAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGGAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCACA-A
62 AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCA-AGA
* ** * ** **
19079 AAAGTTCATTTATAGTCACTAAAGCC-TTGGAAAGCCTTATTACTTG
124 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
19125 CTTTAAATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA
* * * * *
19190 CAGATAATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACGT-AAAGACAAAGGCATTCATT-GACAAAAAAA
65 AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAA-A-AAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAA
* * * * * *
19253 GTCTATTTATGGTTACCAAT--TTTCTAAAAACCCTTATTACTCC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTC--AAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
19296 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTGGATAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAA
* * * * *
19360 ATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGTGAAACAT-AAAGAACAAGCCTTTCATT-GACAAGAAA
64 AAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAA-AA-AAGGCATTCATTAG-CAAGAAA
*
19423 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
126 AGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTT
19449 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1229, Mismatches: 229, Indels: 130
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 46 0.04
171 849 0.69
172 198 0.16
173 123 0.10
174 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAAA
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:18768 original size:515 final size:514
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Indices: 17775--19191 Score: 1324
Period size: 515 Copynumber: 2.8 Consensus size: 514
17765 TTATAAACTA
* * *
17775 ATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTT-ATTTTTTTAGTTAAAACAGACTTTAATCGAATGCCT
1 ATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTTTAGTTAAAACAGACTTCAATCAAATGCCT
*
17839 ACCTTGACGAATGTGAAAAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCC
65 ACCTTGACGAACGTGAAAAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCC
* * * *
17904 TTTAAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATA
130 TTTAAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTAATCATTGATTTTAAGTTAAATA
* * * *
17969 TTTTAATATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAGAAAAAAG
195 TTTTAATATTTTAGATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAG
* *
18034 GCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTT
260 GCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTT
** * * *
18099 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAT
325 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTCAAAACAT
* * * ** *
18164 GTGATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATCTAGCAAAAACCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCA
390 GTGATAATTGAACGCCGACATCAAGAAACATCGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
18229 TTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTCTAT-A-TTC
455 TTTACAATCACCCATCCATTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGGTTCTATAATTTC
*
18287 ATATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTT-GTTAAAACAGACTTCAATTAAATG
1 --ATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTTTAGTTAAAACAGACTTCAATCAAATG
* * ** * * **
18351 TCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTT
62 CCTACCTTGACG-AACGTGAAAAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
18415 ATCCCTTT-AAAGGTCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTAAT-AGTTGATTTTAAGT
126 AT-CCTTTAAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTAATCA-TTGATTTTAAGT
* * * *
18478 TAAATTTTTTCATATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA-A
189 TAAATATTTTAATATTTTAGATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGA
* *
18542 GAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
254 -AAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
18607 CTCT-TTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGG
318 CT-TACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGG
* * * * *
18670 TTAAAACA-GAATG-TAATTGAACGTCGACCTTAAGAAACAT-GAAAAAAAAGGCATTCATTAGC
381 TCAAAACATG--TGATAATTGAACGCCGACATCAAGAAACATCGAAAAAAAA-CCATTCATTAGC
* * * ** *
18732 AAGAAAAGTTCATTTACAATGACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATTGTTTTA
443 AAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATCCATTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGGTTCTA
18797 TAATTTC
508 TAATTTC
* * * * *
18804 ATAATTGATTTTAAGCTGAA-TATTTTT-ATATTTTTTA-CTAAAACAAACTAT-AATTGAACAT
1 ATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTAAT-TTTTTTAGTTAAAACAGACT-TCAA-TCAA-AT
* * ** ** * ** ** * * **
18865 --ATGCCTCAAAAAACCT-ATGGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTT
61 GCCTACCTTGACGAACGTGA-AAAAAAAAACATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * * * * *
18926 TCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTATTTATAATCTCATTATTGATTTTTCA
124 CCATCCTTTAAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAAT-TTTATAAACTAATCATTGA-TTTT-A
* * * * * * *
18990 A-TTGAATTTTTTTATAATTTTTG-TTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGGAACA
186 AGTTAAATATTTTAAT-ATTTTAGATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACA
* * * * * * ** **
19052 TGAAG-TAAAAGCCATCCATTAGCACA-AAAAGTTCATTTATAGTC-ACTAAAGCCTTGGAAAGC
249 T-AAGAAAAAAGGCATTCATTAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
19114 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATT
311 CTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGT
* *
19179 TTTTGTTAAAACA
376 TTTGGTCAAAACA
19192 GATAATAATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (514 bp):
ATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTTTAGTTAAAACAGACTTCAATCAAATGCCTA
CCTTGACGAACGTGAAAAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCT
TTAAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTAATCATTGATTTTAAGTTAAATAT
TTTAATATTTTAGATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGG
CATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTCAAAACATG
TGATAATTGAACGCCGACATCAAGAAACATCGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
TTACAATCACCCATCCATTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGGTTCTATAATTTC
Found at i:25341 original size:172 final size:166
Alignment explanation
Indices: 25146--25647 Score: 514
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 166
25136 TTTTGAAGGA
* *
25146 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAAAGAGCTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAAAGAACTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTA
* *
25210 CACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTACAAGAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGT
66 CACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTACAAGAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA
* ***
25275 GATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNN
131 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-------TTT
* * * *
25318 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AAT-AAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGT
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAAAGAAC-TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
** * * * * * *
25381 AGGCATTCAATTATAATCTATTGTAACCAAAAATATACAA-AGAATTCAGATTTAAATCAATTTT
65 ACACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTACAAGA-AATTCAAATTTAAATCAATTTT
*
25445 GAGTTTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
129 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** ** *
25483 NNNNNNNNNNG-GTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGC-CAATGAAAGAACTTTTCTTCACGTTTC
1 --------ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAAAGAACTTTTCTTCACGTTTC
* * * *
25546 TCGAGGTGCACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAAAGTACAAGGATTTCAAATTTAAATC
58 TCGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTACAAGAAATTCAAATTTAAATC
*
25611 AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAATA
123 AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
25648 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAAAGAACTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTA
CACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTACAAGAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA
GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
Found at i:27276 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
26968 NNNNNNCTTG
* * * **
26978 CTTTAAATGATTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
27042 ACAGACTTTAATCGAATGCCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAG
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * *
27107 TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
27149 CTTTAAATAGTTTTATAATC-CAATCATTGATTTTCAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
27213 ACATAATGTAATTGAATGTCGACCTTGACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
* ** *
27278 TTCATTTATAGAAACTCA-TCTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
27320 CTGTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * **
27384 ATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGATATATG-AGAAAAAGGCATTCA-T--T--------
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
*
27437 T--A--TAT--TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * **
27473 CTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTGCATTTTTCATTAACA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTGGTTAA-A
* * * * * ** * *
27537 CT-GGCT-TAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTGTAGAAAAAACCATCCATTAAG-AAGAAAA
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGTAAGAAAA
* * * *
27599 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACA
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * **
27642 CTTTAAAAAGTTTTATAATCTC-ATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGA---AATTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** *
27706 AAATACACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGATATTCATTGATAAGAAA
63 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAA
* ** * * *
27771 AG-CCTATTTAAAGTCATTCATTACTTCAAAAACCTTATTGCTCA
128 AGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
27815 CTTTAAATGATTTTACAATCTC-AGAATTGATTTTAACTTCAAATTTATATACATTTTTGATTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-T-TACATTTTTGGTTAA
* * * **
27879 AATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTGGTTGGTAAGAAAA
64 AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAA
** * * *
27944 ACCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGACTTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
27987 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAT-ATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTTGTGCATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAAA-T-TTT-TACATTTTTGGTTA
* * * * *
28050 AAGTAGACTTTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
63 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
28107 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTGGTTAAAA
TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:27579 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 27299--27578 Score: 368
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
27289 AAACTCATCT
27299 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAAT
** * ** * * * *
27364 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGATATATGAGAAAAAGG
66 TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAGAAAAAGG
27429 CATTCATTTATATTCACCCATTC
131 CATTCATTTATATTCACCCATTC
* * * *
27452 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAA-
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAAT
* * * *
27516 TTTTTGCATTTTTCATTAACACT-GGCT-TAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTGTAGAAAAA
66 TTTTTACATTTTTCATTAA-AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATG-AGAAAAA
27579 ACCATCCATT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 17, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAAT
TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAGAAAAAGG
CATTCATTTATATTCACCCATTC
Found at i:27696 original size:324 final size:324
Alignment explanation
Indices: 27107--27728 Score: 772
Period size: 324 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324
27097 GCAAGAAAAG
27107 TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCAA
1 TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCAA
* * * * **
27172 TCATTGATTTTCAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACATAATGTAATTGAATGTCGACC
66 TAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACATAATGTAATTGAATGTCGACC
* * * * * *
27237 TTGACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGAAACTCATCTCTT
131 TTAAAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACTCATCTCTT
* ** * *
27302 CAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTT
196 CAAAAGCCTTATTACACACTGTAAAAAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATTAAAATTTT
* *
27367 TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGATATATGAGAAAAAGGCA
261 TTACATTTTTGGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGATATATGAGAAAAAGGCA
* * * * *
27431 TTCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-
1 TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-CA
* * ** *
27495 ATAATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTTTGCATTTTTCATTAACAC-TGGCT-TAATTGAATGTCTA
65 ATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAT-AATGTAATTGAATGTCGA
* * ***
27557 CCTTAAAAAACGTGTAGAAAAAA-CCATCCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT-
129 CCTTAAAAAACATG-AAAAAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACTCATC
* * *
27619 TCCTTTAAAAGCCTTATTACACACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAT
192 T-CTTCAAAAGCCTTATTACACACTGTAAAAAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATT-A-
***
27684 TTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCT
254 AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCT
27729 ACCTCGAGAA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 40, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (324 bp):
TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCAA
TAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACATAATGTAATTGAATGTCGACC
TTAAAAAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACTCATCTCTT
CAAAAGCCTTATTACACACTGTAAAAAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATTAAAATTTT
TTACATTTTTGGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGATATATGAGAAAAAGGCA
Found at i:27942 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 27433--28106 Score: 610
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
27423 AAAAGGCATT
* ** * * *
27433 CATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * *
27498 ATTGATTTTAAGTTCAAA-TTTTTGCATTTTTCATTAACACT-GGCTTAATTGAATGTCTACCTT
66 ATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTACATTTTTGATTAA-AATAGACTTAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
27561 AAAAAACGTGTAGAAAAA-ACCATCCATTAAG-AAGAAAAGTC
130 AAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATT-GGTAAGAAAAG-C
* * * *
27602 CATTTATAGTC-TCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACACTTTAAA-AAGTTTTATAATCTCA
1 CATTTATAGTCAT-TCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* * * ** * *
27665 TAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTA
64 TAATTGATTTTAAGTTCA--AATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACT-TAATTGAATGTCTA
** * * * *
27730 CCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGC
126 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGC
* * * * *
27774 CTATTTAAAGTCATTCATTACTTCAAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCAG
1 C-ATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
27839 AATTGATTTTAACTTCAAATTTATATACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGC
65 AATTGATTTTAAGTTCAAATTT-TTTACATTTTTGATTAAAATAGACT-TAATTGAATGTCTACC
* ** *
27904 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTGGTTGGTAAGAAAAACC
128 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG-AAAAGC
** * * * *
27947 CATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGA-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCA-
1 CATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAA-ACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
28010 ATATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTTGTGCATTTTTGGTTAAAGTAGACTTTAATTGAATGTTTA
65 A-ATTGATTTTAAGTTCAAATT-TTT-TACATTTTTGATTAAAATAGAC-TTAATTGAATGTCTA
* * *
28074 CCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
126 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG
28107 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 81, Indels: 35
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACTTAATTGAATGTCTACCTTA
AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGC
Found at i:31040 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30605--32322 Score: 1309
Period size: 172 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
30595 CTTAAAATCA
* * * *
30605 ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* ** * * * * *
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65 GAATGCCTTTTTCTTCATATTTC-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
30733 GTAAAAACATTTAAC-T----T-AA-TA--AGATTATAAAACT
129 ATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
30767 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
30832 AAAGACC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTATCCAAAAGTG
66 AATG-CCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* * *
30896 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
130 TA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * **
30939 ATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATACTAACC
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
31004 AATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTATCCAAAAATAT
66 AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * *
31069 ACAAAAATTTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
131 A-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
31111 ATTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATGACTGTAAATGGGCTTTTTTTACCAAC
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * *
31175 AAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA
65 GAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * *
31240 TAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACT
130 TAAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * ***
31283 ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTGATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
31348 AATGCCTTTTTCTTAACATTT-TTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATA
66 AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* *
31412 TAAAAAATGCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
130 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
31453 -TTCTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
1 ATT-TA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
*** * ** *
31516 TGAATTATTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAAT
64 TGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
31580 GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACC
129 ATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
31623 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT-
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
31687 ATATACTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
66 A-ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-
* * * * * **
31752 TTAAAATATTGAACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAATT
129 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * *
31794 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
31859 AATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAACATGT
66 AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * * **
31924 AAAAATATTCAATTTAAAAACAGTTATTAGTTTATGAGATG
131 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ** * * * *
31965 ATTCAAA-TCAAGTAATAAGACTTTCGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAA
1 ATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
********** * * * * ** * ** *
32028 NNNNNNNNNNTTGCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAGGTCTAGCCTCTTTTAACCAAAAAT
64 TGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
32093 GTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
129 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ********** * * **
32136 ATCTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAANNNNNNNNNNGACTATATATGGACTTATCTTG-TGATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * * * * * ** * **
32200 AATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAGTTTATTCTAATTAATAACGT
66 AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * *
32265 CAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCC
131 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
32306 ATTTAAAGTGAGTAATA
1 ATTTAAAGTGAGTAATA
32323 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.17 0.04
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.36
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ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:32151 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 30754--32162 Score: 969
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 339
30744 TAACTTAATA
* * * * *
30754 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGA-GACTATAAATGGAC
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* * ** * * * * *
30818 TTTTCTTGCCAATGAAAGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATACACATTCAATTATAATCTCTT
64 TTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GT
* * * * * * * * * * *
30883 TTATCCAAAAGTGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATT
128 TTAACCAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAAACAATTATGACACTATAAAACCATTCAAAGT
* * ** * ** * * * *
30948 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATACTAACCA-ATGCCT
192 AAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCATGCCAA-TATAT-ACT
* * * * * * ** * *
31011 TTTT-CTTCACATTTCTCAAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTATCCAAAAATATACAAAA
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** * * *
31075 ATTTTAAATTTAAATCAATTTTG
318 A-TTCGACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
31098 AGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTGTAAATGGGCT
1 AGATTATAAAACCATCTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGACGACTATAAATAGACT
* ** ** **
31163 TTTTTTACCAACAAATG-TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
65 TTTCTTACCAATGAATGAT-TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-T
* * * * * * * * * *
31227 TTAATCAAAAATATAAATA-AATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
128 TTAACCAAAAATGTAAA-ACAA-TTCAACTTAAAAACAATTATGACACTATAAAACCATTCAAAG
* * * ** * * *** *
31291 TGAGCAATAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTTGATGA-ATGCC
191 TAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCATGCCAAT-ATAT-AC
* * ** * * * * * *
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253 TTTTTGCTTCATATTCCTCAAGGTAGACATTCAAGT-CTAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
31417 AATGCAACTTGAAATCAATTATG
317 AATTCGACTTAAAATCAATTATG
* *
31440 AGATTATAAAACCTTCTACAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACCATCTA-AACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGACGACTATAAATAGACT
* * * * *
31505 TTTCTTGCCAATGAATTATTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTT
65 TTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
31570 AACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGTGAG
130 AACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAACAATTATGACACTATAAAACCATTCAAAGTAAG
* * * *
31635 TAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATATATACTTTTTTC
195 TAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGCCAATATATACTTTTTGC
* ** * * * * *
31700 TTCATATTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAATATT-GA
260 TTCATATTCCTCAAGGTAGACATTCAAGTCTAGCCTCTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCG-
*
31764 ACTTAAAATTAATTATG
323 ACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * *
31781 ACATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGCGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATCT-AAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGACGACTATAAATAGACT
* * * * *
31846 TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTT
65 TTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTT
* * * * * *** * * **
31911 TAACTAAACATGTAAAA-ATATTCAATTTAAAAACAGTTATTAGTTTATGAGATGATTCAAA-TC
129 TAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAAACAATTATGACACTATAAAACCATTCAAAGT-
********
31974 AAGTAAT-AAGACTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCATGCCAANNNNNNNN
192 AAGTAATAAAG-CTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCATGCCAATATATACT
** * *
32036 NNTTGCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAGGTCTAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
254 TTTTGCTTCATATTCCTCAAGGTAGACATTCAAGTCTAGCCTCTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
*
32101 ATTCGACTTAAAATCAATTTTG
318 ATTCGACTTAAAATCAATTATG
* *
32123 AGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAA
1 AGATTATAAAACCATCTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTAA
32163 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AGATTATAAAACCATCTAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGACGACTATAAATAGACTT
TTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA
ACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAACAATTATGACACTATAAAACCATTCAAAGTAAGT
AATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGCCAATATATACTTTTTGCT
TCATATTCCTCAAGGTAGACATTCAAGTCTAGCCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCGACT
TAAAATCAATTATG
Found at i:35878 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35372--37418 Score: 1746
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 169
35362 NNNNNNNNNN
* * *
35372 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATT
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * *
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65 GAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **********
35501 TATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTT
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* * * *
35543 TTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGCT-AAAC-GAGGTATAAC
1 TTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAAT
* ** * ** * ** *
35605 TGAATGTCTGCCTTGGGGAATGTGAAGCAAAAGCTAACCATTGGCACGAAAAGTCCATTTA-ATG
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* ** * * ***
35669 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGGTTTAAATAGTT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
35712 TCAAAAACTAATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGACTAGAAT
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAAT
* * * *
35776 TGACTGTCTACCATAAGAAAGATGAAGTAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
35841 CACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTT
128 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * *********
35883 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGNNNNNNNNN
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * ** * * *
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65 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
36013 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTT
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
36054 TTATAATCTTAA-AATT-AATTTACATTTAAATTTATTATACATTTTTGGATAAAATAGATTATA
1 TTATAATC-TAATAATTGATTTTA-AGTTGAATTT-TT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
36117 ATTGAATG-CTTACCTTGTA-AAACATAAAGAACAAACCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
62 ATTGAATGTC-TACCTT-AAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
36180 TAGTCACCCATTCCTTCACAAGTCTTATTACTCATTTTAAAT-GATT
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* * * * *
36226 TTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTGACGTTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * *
36291 GAATATCTGCCTT-AGAAAACCTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGT
65 GAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
36355 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATT
128 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* **
36397 TTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAA-AGGCTATAA
1 TTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGATTATAA
* * * * * **
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63 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * *
36524 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAAT-GATT
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* * * * **
36568 TCATAAACTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTATTTAAAACAGACTGGAAT
1 TTATAATCTAATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * ** *
36632 TGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAACGCATTTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
36697 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATAGTT
128 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * ** *
36739 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTACAATTG
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
36804 AATGTCTACCTTAAGAAATATGAAG-AAAAGGATAGTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTC
66 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCAT--TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
36868 ACCCATTGCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTT
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
** * *
36909 TTACCATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * ** * *
36973 TTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTGAAGAAAATTGCATTGGTTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAG
63 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
37038 TCATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * *
37081 TTATAATCTCAA-AATTGA-TTTAAATTTAATTCTTTGTACATTTTTTGATAAAAGAGATTATAA
1 TTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
37144 TTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATGG
63 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
37209 TCTCCTACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* **
37252 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAAT
1 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
37316 TAAATGTCTTCCTTATAG-AACATGAAGAAAAGCGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG
64 TGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * *
37380 TCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
37419 TGATTTTAAG
Statistics
Matches: 1499, Mismatches: 316, Indels: 122
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
Found at i:37418 original size:855 final size:852
Alignment explanation
Indices: 35372--37384 Score: 2405
Period size: 855 Copynumber: 2.4 Consensus size: 852
35362 NNNNNNNNNN
* *
35372 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACG-GATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAA-GAGATTATAA
* * * * *
35435 TTGAATTTTTACCTCTAGAAACATTAAGAAAAGGTTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATATCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAGGTT-TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT-G
* * **********
35500 TTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
126 GTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * **
35565 AAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGCT-AAACGAGG-TATAACTGAATGTCTGCCTTGGGGAATG
191 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACA
* *
35627 TGAAGCAAAAGCTAACCATTGGCACGAAAAGTCCATTTA-ATGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
255 TGAAG-AAAAGCCAACCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * *
35691 TTTTACTTGGTTTAAAT-AGTTTCAAAAACTAATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
318 TATTACTTAGTTTAAATGA-TTTCAAAAACTAATAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTT
* *
35755 TTGATTAAAACAGACTAGAATTGACTGTCTACCATAAGAAAGATGAAGTAAAAAGCATTCATTGG
382 TTGATTAAAACAGACTAGAATTGACTGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* * *
35820 CAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTT
447 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCCCTTAAAATAGTTTT
* * * * **********
35885 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGNNNNNNNNNNA
512 ATAATGTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTACAATTGA
* * * * *
35950 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGCCAC
577 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTACAGCCAC
* * *
36015 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTAATTTACATT
642 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTACATT
* * * *
36080 TAAATTTATTATACATTTTTGGATAAAATAGATTATAATTGAATGCTTACCTTGTAAAACATAAA
707 CAAATTTATTATACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGTAAAACATAAA
* * * * *
36145 GAACAAACCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCACAAGTCTTATTA
772 GAACAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
36210 CTCATTTTAAATGATT
837 CTCAATTTAAATGATT
* * * *
36226 TTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTT-TGACGTTTTTAGTTAAAACATATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGT-ACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAAT
* * * * * *
36290 TGAATATCTGCCTTAGAAAACCTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTGTAG
65 TGAATATCTACCTTAG-AAACATGAAG-AAAAGGTTTTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATGG
* *
36354 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
127 TC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
36419 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAA-AGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACA
191 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACA
36483 TGAAGGAAAAGCCAACCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
255 TGAA-GAAAAGCCAACCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
*
36548 ATTACTTAGTTTAAATGATTTCATAAACTAATAA-TTATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
319 ATTACTTAGTTTAAATGATTTCAAAAACTAATAATTTA-TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
* * **
36612 T-ATTTAAAACAGACTGGAATTGAGTGTCTACC-TCAAGAAACATGAA-AAAAAACGCATTTGTT
383 TGA-TTAAAACAGACTAGAATTGACTGTCTACCAT-AAGAAACATGAAGAAAAAA-GCATTCATT
* * **
36674 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATAGTT
445 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCCCTTAAAATAGTT
* *
36739 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTACAATT
510 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTACAATT
* * * * *
36803 GAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAGGATAGTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTC
575 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTACAGCC
* * * * *
36868 ACCCATTGCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACCATCTCAAAATTGATTTTA-
640 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATT-AATTTAC
* * *
36932 AGTTCAAATTTATT-TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTAGCTCG-AGAAA
704 A-TTCAAATTTATTATACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCTCGTA-AAA
* * ** ** * ** *
36994 CGTGAAGAA-AATTGCATTGGTTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGC
766 CATAAAGAACAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
37058 CTTATTACTCAATTTAAATGGTT
830 CTTATTACTCAATTTAAATGATT
* * * * *
37081 TTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTAATTCTTTGTACATTTTTTGATAAAAGAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAAT
* *
37145 TGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATGGT
65 TGAATATCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAGGT-TTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATGGT
* * *
37210 CTCCTACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
128 CTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * **
37275 AGTT-AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTCTTCCTTATAGAACAT
192 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACAT
** * *
37339 GAAGAAAAGCGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT
256 GAAGAAAAGC-CAACCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
37385 TATTCCTTTA
Statistics
Matches: 984, Mismatches: 144, Indels: 61
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 13 0.01
854 178 0.18
855 496 0.50
856 292 0.30
857 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (852 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATT
GAATATCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAGGTTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATGGTCTC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACATGAAGA
AAAGCCAACCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
AGTTTAAATGATTTCAAAAACTAATAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAA
ACAGACTAGAATTGACTGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCCCTTAAAATAGTTTTATAATGTCA
TAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTACAGCCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTACATTCAAATTTAT
TATACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGTAAAACATAAAGAACAAACC
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTA
AATGATT
Found at i:38863 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38577--39172 Score: 610
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
38567 NNTGAATATC
* * * *
38577 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAACA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-A
* *
38641 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 TATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
38705 GTATGGGTGACAATAAAT-GAACTTTGCTTACCAACGAATACT
130 GTATGGGTGACAATAAATGGAACTTT-CTTACCAACGAATACT
* * *
38747 TTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAT
* * * *
38812 ATTGAACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * *
38877 TATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCT
131 TATGGGTGACAATAAATGGAACTTTCTTACCAACGAATACT
* * * * *
38918 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCATTTCTAGTCTATTTTAGCTAAACATGTAAAAAT
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAT
* * * * *** * * * * * **
38983 ATTCAATTTAAAAACAGTTATTAGTTTATGAGACTATTTAAATCAAGTAATAAGACTTTCGAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * * * * ** *
39048 CT-TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCGTGCCAATGGTTGGC-
131 -TATGGGTGACAATAAATGGAAC-TTTCTTACCAACGAAT-ACT
* * * * ** * * * *
39089 CTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGTAGACATTCAGGTCTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAT
39154 ATTCAACTTAAAATCAATT
66 ATTCAACTTAAAATCAATT
39173 TTGAGANNNN
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 62, Indels: 11
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 39 0.11
171 310 0.87
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAT
ATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
TATGGGTGACAATAAATGGAACTTTCTTACCAACGAATACT
Found at i:41352 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 40669--43569 Score: 1528
Period size: 341 Copynumber: 8.4 Consensus size: 340
40659 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
40669 GACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATC-ATTTATGA
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATTT-TGA
* * * *
40733 CG-TTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
64 -GATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
40796 TTTTCTTACCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCCA-ACATTCAATTCTAGTCTGT
127 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAGTTTGT
* * * * * * *
40860 TTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATTAGTTTATGAGACCATTTAAA-T
191 TTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** * * * * ***
40924 AAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTGGAGCGACTATAAATATACTTTTCATGCCAATGGTTGG-CT
255 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCCT
* *
40988 TTTGCTTCATGTTCCTTAAGGTA
319 TTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * ** ** * *
41011 GACATTTAGGTATAGCCTCATTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGA
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
41076 TTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGACTTAT
66 TTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*** * * * *
41141 CTTGTGAATGAATTCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATAGTTTATTTTAA
131 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
* ** * *
41206 TTAATAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTA
196 TTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * **
41271 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAAAGGCCAGTTCT
260 ATAAGGCTTTTG-AAGAATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCCTTTTCT
*
41335 TCACGTTTCTCAAGGTA
324 TCATGTTTCTCAAGGTA
* *
41352 GGCACTCAATTATAATCT-ATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTT-AAATCAATTTT
1 GACACTCAATTATAATCTGA-TTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTC-AATTTAAAATCAATTTT
* * * *
41414 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGC
62 GAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * *
41479 TTTTATTACCAACAAATGCCTTTGTCTTTACATTT-CTCGAGCTAGACATTCAATTATAATTTGT
127 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT
* * * * * * *
41543 TTTAATCAAAAATGTAAATAAATTTGAAGTTAAAATCAATTTTGAAATTGTAAAACCATTTAAAG
191 TTTAATTAAAAATATAAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ***
41608 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTACT-GAGTGACTATAAATAGATTTTTGTTACCAATGAATTCCC
254 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCC
*
41672 TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTA
318 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * * * *
41696 GAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGA
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * **
41761 GATTATGATACCTATTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
41826 TTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCAAATATCCAATTATAGTCTGTTT
129 TTCTTACC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTT
* * * * * *
41890 TAATGAAAAACATAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCCGA
193 TAATTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGA
* ** * *
41955 -TAATAATGCTTTTGAAGGAATGG-GTGACTATAAACGGACTTTTCCTACCAAT-AAATGCCTTT
257 GTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCCTTT
*
42017 TTTCTCATGTTTCTCAA-GTCA
321 TCT-TCATGTTTCTCAAGGT-A
* * * * * * * *
42038 GACGCGCAATTATAATATGTTTTTACCAGAAATGTAAAAATTTTCAATTTAAAATCAATTATGAG
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * ** *
42103 TTTATAAAA-TTATTTACAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAA-GAGATGGGTTTCTAT-AATGGATT
65 ATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
42165 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-GTCAAGGTAGACATTCAATTACA-TTCTAT
128 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTT-TGT
* * *
42228 TTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGT
191 TTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * ** * * ** * *
42293 CAACTTAA-AA-TCAATTATG-AGATTATAAACCCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
255 -GA-GTAATAAGGC--TTTTGAAGA--AT----GGAGTGACTA-TA--AAT-AGACTTTT-----
*** ** * * *
42355 AACAGATAAATGGACTTTTTTGGCCAATAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGATA
301 --C---T---T--AC--CAAT-G-----AAAGGCC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * *
42414 GACATTCAATTATCATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATT-A
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATT-TTGA
* * * ** ** **
42478 GCTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * * * * *
42543 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTCCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGCCTT-TTT
129 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAG-TTTGTTT
* ** * * * * * * *
42607 AAACCAAAATTGTAAAAAATTTAATTTAAAATTAATAATGAGATTATAAATA-CTTTTAAAGTGA
193 TAATTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAAGTGA
** * * * * *
42671 GTAATAAGATTTTTAAAGGAATGG-GAGACTATAAATGGA-TATTTCTTCCCAATGAATGG-C-T
257 GTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGAAAGGCCTT
*
42732 TTCTCCATATGTTTC-CTAAGGTA
320 TTCTTC--ATGTTTCTC-AAGGTA
*** * * ** * ** *
42755 GATGTTTAATTATAGTCT-ATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAGCTTAAAATCAATTATGA
1 GACACTCAATTATAATCTGA-TTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATTTTGA
* * * *
42819 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGG-ATGGGTCACTATAAATGAAC-
64 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * ** * ** * *
42882 TTTCTTGCTAAAGAATGTTTTTTTCTACACGTTT-CTCAAGGTTGATGTTTAATTACA-TTATGT
128 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTT-TGT
** * * * *
42945 TTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGA
191 TTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
43010 GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AATGCCT
255 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCCT
* * *
43073 ATTTCTTTAAGTTTCTTAAGGTA
319 -TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * ********** *
43096 CACATTCAATTA-AAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGA
1 GACACTCAATTATAA-TCTGATTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGA
** * * * * * * *
43160 GATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTGGAATGAATGAGAGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * *****
43225 TTCTT-CCTAATGAATAG--TTTTT-TTACACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGNNNNN
129 TTCTTACC-AATGAAT-GCCTTTTTCTT-CATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT
******* ** * * *
43286 NNNNNCAAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGC
191 TTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * ** *
43351 GAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAAT-GAGTGACTATAAAT-GAACTTTTTTTTACTGATG-AATG-
255 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGAGTGACTATAAATAG-AC-TTTTCTTACCAATGAAAGGC
* *
43412 C-TTTCTTTCTAATATTTCTCGAGGTA
317 CTTTTC-TTC--ATGTTTCTCAAGGTA
* ********** * * **
43438 GACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATGATGAG
1 GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATTTTGAG
* ** * *
43503 ATTACAAAACCAATTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
43568 TC
130 TC
43570 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1937, Mismatches: 494, Indels: 256
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 14 0.01
340 153 0.08
341 755 0.39
342 375 0.19
343 181 0.09
344 51 0.03
345 131 0.07
346 5 0.00
347 2 0.00
348 4 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 2 0.00
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358 1 0.00
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364 1 0.00
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367 2 0.00
368 1 0.00
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375 4 0.00
376 141 0.07
377 80 0.04
378 2 0.00
379 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGA
TTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
TTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGAATGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCCTTTTCTTC
ATGTTTCTCAAGGTA
Found at i:42050 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40669--43740 Score: 1636
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 170
40659 NNNNNNNNNN
* * * *
40669 GACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCATTTATGAC
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-
* * * * *
40734 G-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** *
40798 TTCTTACCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCCA
129 TTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TA
* * * *
40841 -ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATTA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * **
40904 GTTTATGAGACCATTTAAA-TAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTGGAGCGACTATAAATATAC
64 GATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-GTGACTATAAATGGAC
* * *** * * * *
40967 TTTTCATGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGTA
127 TTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* ** * ** * * *
41011 GACATTTAGGTATAGCCTCATTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
41076 TTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGACTTAT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*** * * *
41141 CTTGTGAATGAATTCCTTTTTCTTCATATTTC-CTAAGGTA
131 CTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTA
* * * * * * ** *
41181 GATATTTAATTATAGTTTATTTTAATTAATAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
41246 ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
41311 TCTTGCCAGTGAAAGGCC-AGTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
130 TCTTACCAAT-AAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * * * *
41352 GGCACTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
41416 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * *
41481 TTATTACCAACAAATGCCTTTGTCTTTACATTTCTCGAGCTA
129 TTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * *
41523 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAATAAATTTGAAGTTAAAATCAATTTTGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
41588 AATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTACTGAGTGACTATAAATAGATTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
41653 TTGTTACCAATGAATTCCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTA
129 TTCTTACCAAT-AAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
41696 GAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * **
41761 GATTATGATACC-TATTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACT
64 GATTATAAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
41825 TTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGCA
128 TTTCTTACC-AATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTA
* * * * * * *
41868 AATATCCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAACATAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
41933 TTACAAAACCATTTAAAGCCGA-TAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
*
41997 TCCTACCAATAAATGCCTTTTT-TCTCATGTTTCTCAA-GTCA
130 TCTTACCAATAAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGT-A
*** * * * * * * * *
42038 GACGCGCAATTATAATATGTTTTTACCAGAAATGTAAAAATTTTCAATTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * ** *
42103 TTTATAAAATTATTTACAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAA-GAGATGGGTTTCTAT-AATGGATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** *
42166 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGTA
129 TTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
42208 GACATTCAATTACATTCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *** ***** **
42272 GATTATAAACCCATTTAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAAGGAG
64 GATTATAAAACCATTTAAAGT-GA-GT--AAT--A--A-G-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-
* *** * * * * * *
42337 TAATAAGG-CTTTTGAAGGAACAGATAAATGGACTTTTTTGGCCAATAAATACCTTTTTCTTTAC
118 TAA-ATGGACTTTT--CTTACCA-ATAAAT-G-CCTTTTT---C--T---T-CATGTTTC-TCAA
*
42401 GTTTCTCA
167 G---GT-A
* ** * * * * * *
42409 -AGATAGACATTCAATTA-TCATCTGTT--TTAACTAAAAATGTGAAAACATTTAACTTAAAATC
1 GACATTCA-ATT--A-TAGTC-TGTTTTAATCAA--AAATA--T-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * ** ** **
42470 AATTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAA
56 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** ** * * ** * *
42535 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACAT-TCCCT-GAGGCA
121 ATGGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * * *
42585 GACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAATTGTAAAAAATTTAATTTAAAATTAATAATGAG
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
42649 ATTATAAATA-CTTTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-TA
65 ATTATAAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-
* * * * *
42712 TTTCTTCCCAATGAATGGCTTTCTCCAT-ATGTTTC-CTAAGGTA
128 TTTCTTACCAATAAATGCCTTT-TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTA
** * * * *
42755 GATGTTTAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAGCTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
42820 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGG-ATGGGTCACTATAAATGAAC-T
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * *
42883 TTCTTGCTAA-AGAATGTTTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTT
129 TTCTTACCAATA-AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
** * * * * * * * *
42925 GATGTTTAATTACATTATGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
42990 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
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130 TCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * **********
43096 CACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * * * *
43160 GATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTGGAATGAATGAGAGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
43225 TTCTT-CCTAATGAATAG--TTTTT-TTACACGTTTC-CTGAGGTA
129 TTCTTACC-AATAAAT-GCCTTTTTCTT-CATGTTTCTC-AAGGTA
* ********** **
43266 GGCATTCAATTATAG-NNNNNNNNNNCAAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
43330 GATTATAAAACTATATAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-T
* ** * * * * *
43395 TTTTTTACTGATGAATGCTTTCTTTC-TAATATTTCTCGAGGTA
128 TTTCTTACCAATAAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* ********** *
43438 GACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATGATGAG
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
43503 ATTACAAAACCAATTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
************** ** *
43568 TCNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGTA
130 TCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * * *
43609 GGCATTCGATTAAAGCCTATTTTAA-CTAAAAAAATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATTA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * ** ** *
43673 GTTTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTCTGTGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
43738 TTC
129 TTC
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TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
Found at i:42296 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 42251--42331 Score: 153
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42241 ATAAAAATAT
*
42251 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAG
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1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAA
42332 AGGAGTAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (41 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAG
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Alignment explanation
Indices: 44019--44408 Score: 388
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44009 AAAAATTTTT
* ** * * * *
44019 AACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATTATTTACAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGAGATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG
** * * * ********** *
44084 AGTTTCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTNNNNNNNNNNCAAGGTAGACA
66 AGTAACCATAAATAGACTTTTCTGACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACA
*
44149 TTCAATTACATAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNN
131 TTCAATTACATAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA--------
44214 NNAACCCATTTAAAGTC
188 --AACCCATTTAAAGTC
44231 AACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACCCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
* *
44295 GGGTAACCATAAATAGACTTTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGAC
65 GAGTAACCATAAATAGACTTTTCTGACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGAC
* * * *
44360 ATTCAATTATCAT-CTGTTTTCACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAA
130 ATTCAATTA-CATAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAA
44409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 30, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
211 4 0.03
212 139 0.95
213 3 0.02
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Consensus pattern (202 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG
AGTAACCATAAATAGACTTTTCTGACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACA
TTCAATTACATAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAAACCCATT
TAAAGTC
Found at i:44975 original size:173 final size:161
Alignment explanation
Indices: 44795--45110 Score: 328
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44785 GAGTCGTAAG
* * * *
44795 GCTTTTGAAGGGATGGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAGAATGCCTTTTTCTACAC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAT--GAATGCCTATTTCTACAC
* * * * * * * *
44860 GTTTCTCAAGGTAGA-GATTTAATTACATTCTGTTTTAACTAAAACTGTAAACAAATTCAGCTTA
64 GTTTCTCAAGGTAGACGA-TCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
44924 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
44958 GNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTAT
1 G----------CTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTAT
** * *
45023 TTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACGATCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
56 TTCTACACGTTTCTCAAGGTAGACGATCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
*
45088 CAACTTAAAATTAATTATGAGAT
121 CAACTTAAAATCAATTATGAGAT
45111 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 14
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
171 81 0.66
172 2 0.02
173 38 0.31
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GCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTATTTCTACACGT
TTCTCAAGGTAGACGATCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
Done.