Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397360.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_58.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 4557 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:323 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3828 Score: 2805
Period size: 171 Copynumber: 22.4 Consensus size: 171
* * * * * * *
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCACTAAGGCTTTTGAAAGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCA
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* ** * * * * *
66 TGAT-AATGAATATC-TCTT-TTCATGTTTTTTAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
65 TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
** * *
128 TAAAAATACAAAAAACATTTCAACTAAAAATCAATTTTGAGATT
130 TAAAAATGTAAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
172 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
237 TATGAATGATTGCCTTTTTCTTCAAGTTTTTCGAGATAGACATTCAATTAT-ACCTTATTTTAAC
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAAC
* * * *
301 TAAACATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
343 ATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGAGTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * *
408 TCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATGTTTTTCAAGGCAAACA-TCAATTATAATGTATTTTAAG
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* * * *
471 C-AAAAATATAAAAATAATCTCAACTTAAAATCAATTTTAAGACT
129 CTAAAAATGTAAAAA-AAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * * * * * *
515 ACAAAATCGTTTAAAGTGAGTAGTTAGGCTTTTAAACGAAAGGAG-AACTATAAATAGATTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
579 TTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACAATCAACTATAATCTGTTTTAAC
65 TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * *
644 TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTACGAAATT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * *
686 ATTAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** *
751 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-ATAGGTAGACATTTAATTATAATCCGTTTTAGC
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
815 CAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * ***
857 AGAAAACTTTTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGACTATAAATGGA-TATTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTC
* * * * * * * *
921 TTA-CTAATGAATGGCTTATTCTACATGTTTCTT-GAGGCAGACAATT-AATAACAGTCTATTTT
65 TTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
983 -AGTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCGATTATGAGATT
127 AACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
1028 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATATGAGACTATAAATGGAC--TTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * *
1091 TCCCAATGAATGGCTTTTTC-T-ATAGGTTTTCTAAGGCA-AAAATCAATTATAATCTGTTTTAA
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * *
1153 CTAAAGATATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACT
129 CTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
1197 ATAAAACCTTTTCAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAACTGTAAATGGA-TTTT-T
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
1260 TTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
66 TAT-C-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * *
1325 CCAAAAATGCAAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTACGAGATT
129 CTAAAAATG----TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
1372 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAGTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * * *
1437 TACCAATAAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AGT
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * *
1501 CAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTATCAGGTT
131 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
1543 ATAAAA-CATTTTAAAATGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGAAT-GATAGACTATAAATGGACTTT
1 ATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ** * *
1605 TCGTTAT-AATGAATGACTTTTTCTACACGTTTATCAAGACAGGTATTCAATTATAGTCGATTTT
63 TC-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* ** * *
1669 -AGTGAAAAAAATAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
127 AACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
1714 ATAAAAGCATTTAAAACGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCT-ACTATAAAAAGACTTCTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
1778 TTCCCAATGAATGCCATTTTCTTCATATTTTGCAAGGTAGATATCCAATTATAATATATTTTAAC
65 TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * *
1843 -AAAAATTGTAAAAGAGATTTAACTTAAAATCAATTTTAAAATT
130 TAAAAA-TGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
1886 GTAAAATCC-TTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTGATGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * * *
1950 TTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACCTTTCTCGAA-GTAAACATTCAATTATAGTCTA-TTTAA
65 TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * * *
2013 TCCAAAAATGTAATACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGTTT
129 -CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * ** * **********
2057 ACAAAACTTTTTTAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGAGNNNNNNNNNNTGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * ** * * * **
2121 ATGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACT-TTTACCTAGGCATACATTCAATTATAGCCTATTTTA
65 TTATCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* *************
2184 A-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNNNN
128 ACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
2228 NTGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGATTGGGAGACTATAAATAGACCTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** ** * ** * * *
2293 TTTTAAT-AA-ACAATATTTTCTACACATTTCCCCAGCCAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAA
66 TATCAATGAATGC-CT-TTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * *
2356 CTAAAAATGTGAAAATATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * **** * *
2399 ATTAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-AATGGAATGACAAACAATAAATAGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** * *
2463 TTCTGAATAAATAG-CTTTCTT-TACATGTTTAGT-GAGACA-AGCATTC-ATTAATAGTCTTTT
65 TTATCAATGAAT-GCCTTT-TTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGA-CATTCAATT-ATAATCTATT
** *
2523 TTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATT
125 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
2570 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
2635 TGCCAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* *
2700 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATT
131 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * **
2741 ATAAAACTATTTAAAGTGGGTGATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
2806 TA-CTAATGAATGCCTTTCTCTTTATGTTTCTT-AATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
66 TATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
*
2869 CTAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATT
129 CTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
2913 ATAAAATTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAATGAATAGGAGATTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
2978 TCAT-AATGAATG-GTTTTT-TTTATACGTTTCTT--AGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTT
66 T-ATCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT--GTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
3038 AACTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTGAAATCAATTTTGAGATT
127 AACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
3084 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGAGACTATAAATGGACTCTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * *
3149 T-TCCAATGAATGGCTTTTTCGACATGTTTTTCACGGCAAACATTCAATTGTAGTCTATTTTAAC
66 TAT-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* *
3213 TAAAAATGT--GAAAATTCACAC-TAAAATCAATTAGGAGATT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
3253 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTATGAAGGAATGAGTGGCTATAAATTGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * *
3318 TA-CTAGTGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAACTATAATATGTTTTAAT
66 TATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
3382 TAAAAATATAAAAAAATTTAA-TATAAAATCAATTTTGAGATT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
3424 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * * *
3489 TATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGATATAGACATTCAATTTTGATCTGTTTAAAC-
66 TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * *
3553 AAAGAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTT
131 AAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** **
3595 ACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** * *
3659 TTAACAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCTCCAAGACAGACATTCAATTAT-AGCTTTTTTAAC
65 TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
3723 -AAGAAAT-AAAAAACAATCTCTACTTAAAATCAATTATGAGGTT
130 TAA-AAATGTAAAAA-AAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3766 ATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGAACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
3829 TTTTATNNNN
Statistics
Matches: 2880, Mismatches: 660, Indels: 234
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 29 0.01
169 234 0.08
170 100 0.03
171 1831 0.64
172 444 0.15
173 97 0.03
174 1 0.00
175 131 0.05
176 5 0.00
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:3157 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1--3828 Score: 2843
Period size: 514 Copynumber: 7.5 Consensus size: 508
* * * * * * * * *
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCACTAAGGCTTTTGAAAGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCA
1 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * ** * *
66 TGATAATGAATATC-TCTT-TTCATGTTTTTTAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACT
66 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * *
129 AAAAATACAAAAAACATTTCAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
131 AAAAATATAAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
194 ATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTA-TGAATGATTGCCTTTTTCT
194 ATAAGGCTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * * * *
258 TCAAGTTTTTCGAGATAGACATTCAATTAT-ACCTTATTTTAACTAAACATATAAAACAATTCAA
257 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
322 CTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAG
321 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAAT-GG
* * * ** * * * * *
387 TGACTATAAATAGAGTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTT-TTCAAGGCAAACA-
385 AGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAAT-GTTTTTTTTACATGTTTCTT--AGGTAGACAT
* * * * *
450 TCAATTATAATGTATTTTAAGC-AAAAATATAAAAATAATCTCAACTTAAAATCAATTTTAAGAC
446 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAA-AAT-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
514 T
508 T
* * * * * * * * * * * *
515 ACAAAATCGTTTAAAGTGAGTAGTTAGGCTTTTAAACGAAAG-GAGAACTATAAATAGATTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG-ACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
579 TTGTCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACAATCAACTATAATCTGTTTTAA
65 TTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * * *
643 CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTACGAAATTATTAAA-TAATTTAAAGTGAGT
129 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGT
* * * * *
707 AATAAGGCTATCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
193 AATAAGGCT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * *
772 TCATGTTTCT-ATAGGTAGACATTTAATTATAATCCGTTTTAGCCAAAAATGTGAAAAAATTCAA
257 TCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
836 CTTAAAATCATTTATGAGATTAGAAAACTTTTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAA
321 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATG-G
* * * *
901 AGACTATAAATGGA-TATTTCTTACTAATGAATGGCTTATTCTACATGTTTCTTGAGGCAGACAA
385 AGACTATAAATGGACT-TTTCTTA-TAATGAAT-GTTTTTTTTACATGTTTCTT-AGGTAGAC-A
* * * * * * * *
965 TT-AATAACAGTCTATTTT-AGTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCGATTATGAGATT
445 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
1028 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAAT-ATGAGACTATAAATGGAC--TTC
1 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
1090 TTCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-AGGTTT-TCTAAGGCA-AAAATCAATTATAATCTGTTTTA
65 TTGCCAATGAATAGCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * *
1152 ACTAAAGATATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCT-TTTCAAGTGA
128 ACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGA
* * * * * * * * * *
1216 GCAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAACTGTAAATGGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTT
191 GTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTT
* * *
1281 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAAAAA
255 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG----TAAAAAAA
* * * * *
1346 TTTAACTTAAAATCAACTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
316 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGA
* * * * * * * *
1411 ATGGGTGATTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTT-TATGTTTCTCTAGGTA
381 AT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TAATGAATGT-TTTTT-TTACATGTTTCT-TAGGTA
* * * * * *
1475 GACATTCAATTATAATATGTTTT-AGTCAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTATCA
441 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
*
1539 GGTT
505 GATT
* *
1543 ATAAAA-CATTTTAAA-ATGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGAATGATAGACTATAAATGGACTTT
1 ATAAAACCA-TTTAAAGA-GAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT
** * * * * ** * *
1605 TCGTT-ATAATGAAT-GACTTTTTCTACACGTTTATCAAGACAGGTATTCAATTATAGTCGATTT
63 TC-TTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * **
1668 T-AGTGAAAAAAATAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAAC
126 TAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGT
* * * * * * *
1731 GAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGAGCT-ACTATAAAAAGACTTCTCTTCCCAATGAATGCCAT
189 GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTT
* * * * *
1795 TTTCTTCATATTT-TGCAAGGTAGATATCCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATTGTAAAAGA
252 TTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAA-A
* * * * * * * * *
1858 GATTTAACTTAAAATCAATTTTAAAATTGTAAAA-TCCTTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTG-A
314 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** *
1921 TGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTT-CACCTTTCTCGA
378 T-GAATGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAATGT-TTTTT-TTACATGTTTCT-TA
* * * * * * * *
1985 AGTAAACATTCAATTATAGTCT-ATTTAATCCAAAAATGTAATACAATTCAACTTAAAATTAATT
437 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
2049 ATT-AGTTT
501 -TTGAGATT
* ** * * ** **********
2057 ACAAAACTTTTTTAAGCA-AGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGAGNNNNNNNNNNTGGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
2120 CATGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACT-TTTAC-CTAGGCATACATTCAATTATAGCCTATTTT
64 CTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
************** * * *
2183 AA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNNNNNTGAAACCATTTAAAGCGA
127 AACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
* * * ** * *
2247 GTAATAAGGCCTTTGAAGGATTGGGAGACTATAAATAGACCTTTCTTTTTAAT-AA-ACAATATT
191 GTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGC-CT-TT
* ** * * ** * * * * * *
2310 TTCTACACATTTCCCCAGCCAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTGAAAATATT
253 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
2375 CAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATTAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-AATGGA
318 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAT-GA
* * * * * * * * * * **
2438 ATGACAAACAATAAATAGACTTTTCTTCTGAATAAATAGCTTTCTTTACATGTTTAGTGAGACA-
381 ATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGAAT-GTTTTTTTTACATGTTT-CTTAGGTAG
* * ** *
2502 AGCATTC-ATTAATAGTCTTTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
442 A-CATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
*
2566 AATT
505 GATT
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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388 CTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGAAT-GTTTTTTTTACATGTTTCTTAGGTAGACATTCAAT
* *
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451 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
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1 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * *
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66 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * *
3214 AAAAATGT--GAAAATTCACAC-TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
131 AAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * *
3276 TAACGCTTATGAAGGAATGAGTGGCTATAAATTGACTTTTCTTACTAGTGAATGCCTTTTTCTTT
195 TAAGGCTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * * *
3341 ATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAACTATAATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAA-TA
259 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-
* * * * * * * *
3405 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGTTTTTAAAGGAATGGGTG
323 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAAT-GGAG
* * * **
3470 ACTAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTT-CACGTTTCTCGATATAGACATTC
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* * * * *
3534 AATTTTGATCTGTTTAAAC-AAAGAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTT
448 AATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATT
* ** * *
3595 ACAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * * *
3658 CTTAACAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCTCCAAGACAGACATTCAATTAT-AGCTTTTTTA
64 CTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * **
3721 AC-AAGAAATA-AAAAACAATCTCTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAATGCA
128 ACTAA-AAATATAAAAA-AAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
*
3784 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAAT-GAACTTTT
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3829 TTTTATNNNN
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GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGAGACTA
TAAATGGACTTTTCTTATAATGAATGTTTTTTTTACATGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
Found at i:6243 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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* *
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*** * * * * *
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* * *
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* * ** * **
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* * * * **
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*** * * * *** * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * *
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**
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* * * * * *
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1 AAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *** *
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* ** *
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* * * * ** * *
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1 A-AGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
7017 ATTAAAATAGACTGTTATT-AATTGTCTGCC-TCAGGAAACATG
130 GTTAAAACATATTATAATTGGA-TGTCTACCTTGA-GAAACATG
* * * ** * * * * *
7059 TAGAATAAGCCATTCATTGGTAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAGGTCTTA
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** * ** * * * *
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65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACAATTTTG
** ** *
7188 GTTAAAACGGATTATAATTAAATGTCTACCTAT-AAAAACATG
130 GTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCT-TGAGAAACATG
* * *
7230 AAG----A-A-A---A---A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTAA
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * * * *
7282 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTCGTAGTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACAATTTTGG
* * *
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131 TTAAAACATATTATAATTGGA-TGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * * * * *
7388 AAGAAGAAGGCATTCATTGACAA-AAATACTCTATTTATAGTGATCCTTTCGTTTAAAAGCC-TA
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * * * *
7451 GCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGGCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTTTATATT
65 -TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA---ATTTTTTCACAAT
* * * ** *
7516 TTTGCTTAAAATAGATTATAATT-GATGTCTGTCTTG-GAAAAGAT-
126 TTTGGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAG-AAACATG
* * * * * ** * *
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** * * *
7625 TTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ATATTTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTCACAATTTT
* * * * * * ** * **
7689 AGTTAAAATAAAGTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAATGTG
129 GGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
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1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *** *
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* * * * *
7862 AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATC-TAAGAAAACATG
129 GGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAG-AAACATG
* ** * *
7905 AAG--AGAGGTATTCATT-ATCAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
8030 TGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGTACATG
129 GGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * * *** * *
8073 AAGCACAAG-CTATCCATTGACACA-AAAAATCCATTTACAGTCACTCAAAGCATCAAAAGACTT
1 AAGAAAAAGAC-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
** * * * * * * *
8136 ATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACACTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACAATTTT
** * ** * * *
8201 TATT-AAA-AT-TTTTTTTTGAATGTCTACCTCGAGATACATG
129 GGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
8241 AAAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * * *
8306 TACTCTCGCTAAATGATTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAG-TAGAATTATTTTTACATTTTT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATT-TTTTCACAATTTT
** * * * * * *
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129 GGTT-AAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * ** *
8413 AAGAAAAAG-CTATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTT
1 AAGAAAAAGAC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * *** * * * * * * *
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** * ** * * * ** * * ** **
8535 GCCTT-ATT-ACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTCAACATTGATTTTAAGTTG
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******* ** * * * * * * * ** *
8588 AATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAAATGCGAAGTGAAAGGCATTCATTGCCA
1 AA--GAAAAAGACATTCATTG-----ACA-A-GA-AAAGT-C-CATTTATAGTCACCCATT-CCT
** * * * * * * ** * *
8653 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAA-AGTCTTATTACTCGTTTTAATAAGTTTTT
53 TCAAAAG--C-CTTAT--T-ACTCA---CTTTAAATGGTTTTA-TAATC-TCATAAT-TGATTTT
* * * * ** *
8717 AATCTTATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATGCTTTTTATTAAA-ACTGATTATTTTTGAA
106 AA-GTTA-AATT--TTTTCA---CAA----TTT-TG---GTTA--AAACA-T-ATTATAATTGGA
** ** * *
8781 TG-CTTGTCTCAATAAACGTG
152 TGTC-TACCTTGAGAAACATG
* * * * * * *
8801 TAGAAAAA-ATAATTCATT-AGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTC-AAAGTCTT
1 AAGAAAAAGA-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
8863 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACAATTTT
* * * * *
8927 GATTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTTTACGTCGAGAAACATG
129 GGTTAAAACA-TATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * ** *
8970 AAGAAAAAGACATTCCTTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
9035 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTTAGTTAAATTGTTTTTTAC-ATTTG
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* * * * * * *
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* * * * * *
9142 AAGAGAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACTTTA
1 AAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
9206 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* ** *
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* * * **
9485 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTTTTAT
1 AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * * **
9550 TACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA
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* *
9615 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
131 TTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * ** * * **
9656 AA-ATAAAAGGCATTCATGGGTAAGAAACGTTCATTTATAGTCAATCATTCCTTCAAAAGCCTTA
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* * * * * *
9720 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTCTATATTTTT
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* * ** * * **
9785 GGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAATGTG
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* * * * * * *
9828 AAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAACCTTAT
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** * * *
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* * * ** *
9956 AGTTAAAACATACTAGAATTAAATCT-TGACCTTG-GAAAACAT-
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** * **
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10037 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
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TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACAATTTTGG
TTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATG
Found at i:6660 original size:342 final size:344
Alignment explanation
Indices: 5911--10036 Score: 2400
Period size: 343 Copynumber: 12.0 Consensus size: 344
5901 NNNCTCAAGC
* * * * * * * * *
5911 CTTTGAAAA-CCTTATTACTTGCTTAAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * * *
5975 TGTATTACATTTTTTGATT-AAATAGACTATAATTGAATGTTTACTTCGAGAAAGGTAAAGAAAA
66 TTTTTTATA-TTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* ** *
6039 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCATCAAAAGCCGTATTACTCA
130 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * * * * * *
6103 CTTTAAAAAATTTTACAATTTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTCACAATTTTGGTTAAA
195 CTTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * * * * * *
6168 ATATATTATAATTGGATATCTACCTTGCG-AAACATGAAGAAAATGGCATTCATTGGGAAGAGAA
259 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAA
*
6232 GTCTTTTTATAGT-ACCTCATT
324 GTCTATTTATAGTCACCT-ATT
* * *
6253 CCTTCAAAAG-CTTGATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
1 CTTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *** * * *
6317 TTTTTTTAT-TATTTTCACTAAAATCGACTATAATTGAACACCTGCCTCAATAAACGTGTAGAAA
65 TTTTTTTATAT-TTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
6381 AAGTCATTCATT-ATAACGAAAAGTCCATTTATAGTCTA-TCATTCTTTCGAAACCCTTATTACT
129 AAGACATTCATTGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
6444 CATTTTAAAATGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTGACTAA
193 CACTTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* **
6509 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG-AAACATAAAGAAAAAGACATTTATTGTTAAGAAA
258 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAA
* *
6573 AGTCTACTTATAATCACCTATT
323 AGTCTATTTATAGTCACCTATT
* **
6595 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTGTTGATTTTAAGTTAAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-
* * ** * * * ** *
6660 TTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAA-CATATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAA
65 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAATC-GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
6724 AAGACATTCATT-AGCAAAAAAAATCTATTTACAGT-TACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTGCT
129 AAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * *** * * *
6787 CACTTTAAACGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAATTGCGTTTTTTCATATATTT-AGTTA
193 CACTTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TTA
** * * * * *
6851 AAACATATTATAATTG-ATGTCTGTCTTG-GAAAACCTATAGAAAAAGCCATTCTTTGAGAAGAA
257 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAA
* * *
6914 AAGTCCATTTATAGTCTCATATT
322 AAGTCTATTTATAGTCACCTATT
* * * * *
6937 GCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATATTCAGTTGAA
1 -CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * * *
7001 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTGTTATT-AATTGTCTGCCTCAGGAAACATGTAGAAT
65 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* ** * *
7065 AAGCCATTCATTGGTAAGAAATA-TCCATTTATAGTCT-CTCATTCTTTCAAAGGTCTTATTACT
129 AAGACATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
7128 CGCCTTAAAAAGTTTTCTAATCTCATAAA-CGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
193 CACTTTAAAATGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTA
** * * *
7192 AAACGGATTATAATTAAATGTCTACCTATA-AAAACAT---G---AAGA-A---A---AAAAGAA
257 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAA
* *
7243 AAGTCCATTTATAGTCACCCATT
322 AAGTCTATTTATAGTCACCTATT
* * ** * * * *
7266 CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTCGTAGTTGATTTTGAGTTAAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* ** * * * * ** * *
7331 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAGTTGATTGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAAGA
66 TTTTTTATATTTTTCATTAAAATC-GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
7395 AGGCATTCATTGACAA-AAATACTCTATTTATAGT-GA-TCCTTTCGTTT-AAAAGCC-TAGCTA
130 AGACATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTACT-CATTC-TTTCAAAAGCCTTA-TTA
** * * *
7455 CTCACTTT-AAATGGTTTTATAGGCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTTTATATTTTT
191 CTCACTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAA---ATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * * *
7519 GCTTAAAATAGATTATAATTG-ATGTCTGTCTTG-GAAAAGATATAGAAAAAGCCATTCATTGAG
252 GATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAG
* * *
7582 AAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATT
317 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATT
* * * * *
7610 CCTTCAAAAGTCTAATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* ** * * * *
7675 TGTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAAAGTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAATGTGAAGAAAA
66 TTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
7739 AGACATTCATTCATAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTT-AGAAGCCTTATTACTC
130 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * **
7802 ACTTT-AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTGTATTTTT-AGT
194 ACTTTAAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * ** *
7865 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTA-AGAAAACATGAAG--AGAGGTATTCATT-ATCAA
255 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGA-GAA
*
7926 GAAAAGTCTCTTTATAGTCACGC-ATT
319 GAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATT
* * * * * * * * *
7952 CTTTCAAAAGCCTTAGTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTGAAAATTAATTTTAAATTGAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * * *** ** * * *
8017 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGTACATGAAGCACAA
66 TTTTTTATATTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * ** * *
8081 G-CTATCCATTGACACA-AAAAATCCATTTACAGTC-ACTCAAAGC-ATCAAAAGACTTATTACT
131 GAC-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * *
8142 TGCTTT-AAATGTTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACACTTTTT-AT
193 CACTTTAAAATG-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGAT
* ** * * * *
8204 T-AAA-AT-TTTTTTTTGAATGTCTACCTCGAG-ATACATGAAA-AAAAAGGCATTCATTG-GCT
255 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGAG-A
* *
8263 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
318 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATT
* * ** * * *
8290 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCGCTAAATGATTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAG-TAGAA
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA
* * * ***
8354 TTATTTTTACATTTTTCATTGAAAA-AGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAA
65 TT-TTTTTATATTTTTCATT-AAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
* * * * ** * *
8418 AAAG-CTATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCAAACCTTCAAAAGCCTTTTTAC
128 AAAGAC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
8481 TTGCTACATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-ACATT-CTTTCGAAAGCCTTATTA
192 -T-C-AC--T--TT-----AAAATG-T--TTTATAATCTCAAAATTGATTT--TAAG--TTA--A
* * * * * * *
8544 CTCTTTTTAAATGATTTT-A-TAATCTCAACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTT
236 ATTTTTTTACAT--TTTTGATTAA----AACA-T-ATTATAA-TTGAA----TGTCTAC----CT
* * * * **
8607 TGTTAAAACAGATTATAAAATGCGAAGTGAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGT-TCATTTATAG
284 AG--AGAA-A-A-CAT-AAA---GAA---AAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
*
8671 TCACCCATT
336 TCACCTATT
* * * * *
8680 -TCTTCAAAAGTCTTATTACTCG-TTTTAATAAGTTTT-TAATCTTATAATTGATTTTAATTTAA
1 CT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * ** ** * *
8742 ATTTTTTTATGCTTTTT-ATTAAAA-CTGATTATTTTTGAATG-CTTGTCTCAATAAACGTGTAG
64 ATTTTTTTAT-ATTTTTCATTAAAATC-GACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAG
* * * * *
8804 AAAAA-ATAATTCATT-AGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCT-CCCATT-TCTTC-AAAGTCTTA
126 AAAAAGA-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCT-TTCAAAAGCCTTA
** * *
8864 TTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
188 TTACTCACTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
8927 GATTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTTTACGTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCCTTGA
252 GATTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * * * *
8990 CAAAAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATT
316 GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATT
* * * * *
9019 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTTAGTTAAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* *** * * * * * ** *
9084 TGTTTTT-TACATTTGGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACGTGAAGAGA
66 T-TTTTTATA-TTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
9148 AAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-A-TCCATTCCTTCAAAAACTTTATTAC
129 AAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACT-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
9210 TCTCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTATT
192 TCACTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * ** * *
9274 AAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-AAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAA
256 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAG
* * * *
9338 AAAAATCCATTTACAGTC-TCTCATT
320 AAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATT
* ** * * * * *
9363 CCTTCAAAAGCCTTATTGGTCGCTTGAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
** * * * *
9428 TTTTTTATATTTTTCATTAAAA-CAGTTTATAATTGAGTATTTACCTCCAA-AAACATGAAGAAA
66 TTTTTTATATTTTTCATTAAAATC-GACTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAA
* **
9491 AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTC-ACTCATTCTTTCAAAAGTTTTATTACTC
129 AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
9555 GCTTTAAAA-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAA
194 ACTTTAAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * *
9619 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAA-TAAAAGGCATTCA-TGGGTAAGA
258 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAGA
* *
9681 AACGT-TCATTTATAGTCA-ATCATT
321 AAAGTCT-ATTTATAGTCACCT-ATT
* * * * * *
9705 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTCAAAT
1 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
** * * * * * *
9770 TTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAA-AAATGTGAAGAAA
66 TTTTT-TATATTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
9834 AAAACATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTC-AC-CTATCCCTTCAAAAACCTTATTACT
129 AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
9897 CA-TTGT-AAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTAAATTTTTTTACATTTAT-AGT
193 CACTT-TAAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * * * ** * *
9959 TAAAACATACTAGAATTAAATCT-TGACCTTG-GAAAACATATAGAGGAAGCCATTCATTGGGAA
255 TAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAA
*
10022 GAAAAGTCCATTTAT
319 GAAAAGTCTATTTAT
10037 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2914, Mismatches: 668, Indels: 403
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 18 0.01
329 183 0.06
330 4 0.00
331 14 0.00
332 32 0.01
334 1 0.00
335 1 0.00
336 24 0.01
337 10 0.00
338 87 0.03
339 86 0.03
340 132 0.05
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345 11 0.00
346 2 0.00
347 3 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
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353 9 0.00
354 3 0.00
355 11 0.00
356 6 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
359 10 0.00
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361 5 0.00
363 5 0.00
364 2 0.00
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370 2 0.00
372 12 0.00
373 8 0.00
374 7 0.00
375 1 0.00
377 2 0.00
379 1 0.00
380 3 0.00
382 2 0.00
383 5 0.00
384 2 0.00
385 1 0.00
386 1 0.00
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390 63 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (344 bp):
CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTTATATTTTTCATTAAAATCGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
GACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
ATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGT
CTATTTATAGTCACCTATT
Found at i:6865 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5911--9946 Score: 1351
Period size: 514 Copynumber: 7.8 Consensus size: 511
5901 NNNCTCAAGC
** * *
5911 CTTTGAAAA-CCTTATTACTTGC-TTAAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAA
1 CTTT-AAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
5974 TTGTATTACATTTTTTGATTAAATAGACTATAATTGAATGTTTACTTCGAGAAAGGTAAAGAAAA
65 TT-TTTTACA-TTTTTGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAA
* * ** * *
6039 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCGTATTACTCAC
128 AGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
6104 TTTAAAAAATTTTACAATTTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTCACAATTTTGGTTAAAA
193 TTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * *
6169 TATATTATAATTGGATATCTACCTTGCGAAACATGAAGAAAATGGCATTCATTGGGAAGAGAAGT
258 CATATTATAATT-GATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAAT
* * * * * *
6234 CTTTTTATAGTACCTCATTCCTTCAAAAGCTTGATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAT
322 CTATTTACAGTACCTCATTCCTTCAAAAGCTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAATCTCAA
* *
6299 AATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATTATTTTCACTAAAATCGACTATAATTGAACACCTG-CC
387 AATTGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTATTTTCACTAAAATCGACTATAATTG-ACACCTGTCC
* * * *
6363 TCAATAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATT-ATAACGAAAAGTCCATTTATAGTCT-ATCATT-
451 TCAA-AAACCTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCAT-ATTG
* * * * *
6424 CTTTCGAAACCCTTATTACTCATTTTAAAAT-GTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 CTTT-AAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
6488 TCTTTTTACATTTTTGACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAA
65 T-TTTTTACATTTTTGA-TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAA
* * * * *
6553 AGACATTTATTGTTAAGAAAAGTCTACTTATAATCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
128 AGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * ** * *
6618 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAA
193 TTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAA
**
6683 CATATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAAT
258 CATATTATAATTGA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAAT
* * *
6748 CTATTTACAGTTA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ACTGCTCACTTTAAACGGTTTTATAGTCTC
322 CTATTTACAG-TACCTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAATCTC
*** * * * ***
6811 AAAATTGATTTTAAATTGCGTTTTTTCA-TATATTT-AGTTAAAA-CATATTATAATTGATGTCT
385 AAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTAT-TTTCA-CTAAAATC-GACTATAATTGACACCT
* ** *
6873 GTCTTGGAAAACCTATAGAAAAAGCCATTCTTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTG
447 GTCCTCAAAAACCTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTG
* * * * * * *
6938 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATATTCAGTTGAAT
1 CTTTAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * ** *
7002 TTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTGTTATT-AATTGTCTGCCTCAG-GAAACATGTAGAAT
65 TTTTTTACATTTTTGA-TAAAATAGACTATAATTGAA-TGTCTACCT-AGAGAAACATAAAGAAA
* * * * *
7065 AAGCCATTCATTGGTAAGAAATA-TCCATTTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAAGGTCTTATTACT
127 AAGACATTCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ** * *
7128 CGCCTTAAAAAGTTTTCTAATCTCATAAACGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTA
190 CGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTA
** * *
7192 AAACGGATTATAATTAAATGTCTACCTAT-AAAAACATGAAG--AAA-A-A---A--AG----AA
255 AAACATATTATAATT-GATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAA
* * * * * * * ***
7243 AAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCTTTCGAAAGCCTT-AATACTCGCTTTAAATTATTTTATAA
318 AAATCTATTTACAGT-ACCTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAA
* ** * * * *** * *
7306 TTTCGTAGTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACA-T-TTTTGGTTAAAA-CAGATTATAGTTG--
381 TCTCAAAATTGATTTTAAATTAAA-TTTTTT-CATTATTTTCACTAAAATC-GACTATAATTGAC
* * * * * * * * *
7366 A-TTGTCTACTTTGAGAAACATGA-AGAAGAAGGCATTCATTGACAA-AAATACTCTATTTATAG
443 ACCTGTC--C--TCAAAAACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAA-AGTCCATTTATAG
* *
7428 TGATCCT-TT-
502 T-CTCATATTG
* * * **
7437 CGTTTAAAAGCC-TAGCTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAGGCTTAA-AATTGATTTTAAGTT-
1 C-TTTAAAACCCTTA-TTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAAC-TAATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** * *
7498 AAGTTTTTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATAGATTATAATTG-ATGTCTGTCTTG-GAAAAGATA
63 AA-----TTTTTTACATTTTTG-ATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAG-AAACATA
* * * * * * * * * *
7561 TAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGTCTAAT
121 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * *
7626 TACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTATATTTTTA
186 TACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTG
* * * * ** * **
7690 GTTAAAATAAAGTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATT--CAT
251 GTTAAAACATATTATAATTG-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCA-
* * * * * * *
7753 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTTAGAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGATTT
314 AAAAAAA-TCTATTTACAGT-ACCTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTT
* * * * * * * *
7816 TATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTT-TTGTATTTTTAGTTAAAA-CAAATTATA
376 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTCAT-TATTTTCA-CTAAAATC-GACTATA
* * * ** *
7879 ATTGA-A--TGTCTATCTAAGAAAAC-AT-GAAGAGAGGTATTCATT-ATCAAGAAAAGTCTC-T
437 ATTGACACCTGTC-CTC-AA-AAACCTATAGAA-AAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTC-CAT
* **
7937 TTATAGTCACGCATT-
496 TTATAGTCTCATATTG
* * * * * *
7952 CTTTCAAAAGCCTTAGTGCTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTGAA-AATTAATTTTAAATTGA
1 CTTT-AAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** * * *
8015 ATTTTTTTACATTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGTACATGAAGCACA
64 A-TTTTTTACATTTTTGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAA
* * * * * ** * *
8080 AG-CTATCCATTGACACA-AAAAATCCATTTACAGTCACTCAAAGC-ATCAAAAGACTTATTACT
128 AGAC-ATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * **
8142 TGCTTT-AAATGTTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGATGAA-TTTTTTTACACTTTTTATT
190 CGCTTTAAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTT
* ** * * * * * * *
8205 -AAA-AT-TTTTTTTTGAATGTCTACCTCGAGATACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAA
254 AAAACATATTATAATTG-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAA
* * * * * ** * * *
8267 AAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCTCGCTAAATGATTTTGTAA
318 AAATCTATTTACAGT-ACCTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAA
* * * * *
8330 TCACATAATTGATTTT-AAGTAGAATTATTTTTACA-T-TTTTCATTGAAAA-AGACTATAATTG
381 TCTCAAAATTGATTTTAAATTA-AA-T-TTTTT-CATTATTTTCACT-AAAATCGACTATAATTG
** * *** * * * * *
8391 A-ATGTTTACCTTGGGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATCCATTG-GCATGAAAAGTCTATTTATAG
441 ACACCTGT-CC-TCAAAAACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAG
**
8453 TCACTCA-A-AC
502 T--CTCATATTG
* * * * * * * *
8463 CTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTACATTCATTGACAAAAAAAGTTCATT-TATAGTCACACATT-
1 CTTTAAAACCCTTATTAC-T-C-AC--T--TT----AAAATAGTT--TTATAAACTAATA-ATTG
* * * * * *
8526 CTTTCGAAAGCCTT-ATTACTCTTTTTAAATGATTTT-ATAATCTCAACATTGATTTTAAGTTGA
52 ATTT--TAAG--TTGA--A-T-TTTTTACAT--TTTTGAT-A----AA-ATAGACTATAA-TTGA
* * * * * **
8589 ATTTTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAACAGATTATAAAATGCGAAGTGAAAGGCATTCATTGCCA
100 A----TGTCTAC----CTAG--AGAAAC-----AT-AAA---GAA---AAAGACATTCATTGATA
* * * * *
8653 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAATAAGTTTT-
143 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTA
* * * * ** **
8716 TAATCTTATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATGC--TTTTTATTAAAAC-TGATTATTTTT
207 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACAATTTTGGTTAAAACAT-ATTATAATT
** ** * * * * * * * *
8778 GAATG-CTTGTCTCAATAAACGTGTAGAAAAA-ATAATTCATTAGGAAGAAAAATCCATTTATAG
270 G-ATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTAGCAAAAAAAATCTATTTACAG
* * * * * **
8841 T-CTCCCATTTCTTC-AAAGTCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATT
332 TAC-CTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * ** ** * * *
8903 TTAAGTTGAATTTTTT-A-TATTTTTGATTAAAA-CAGTTTATAATTGA-ATGTTTACGTCGAGA
395 TTAAATTAAATTTTTTCATTA-TTTTCACTAAAATC-GACTATAATTGACACCTGT-CCTC-AAA
* * * * * ** ** *
8964 AACATGA-AGAAAAAGACATTCCTTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGT-TACCCATTC
456 AACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CATATTG
* * * * * * *
9020 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * * * * *
9083 TTGTTTTTTACATTTGGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACGTGAAGAGA
65 ---TTTTTTACATTTTTGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAA
* * * *
9148 AAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAACTTTATTACT
127 AAGACATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * * * **
9211 CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AAATTTTTTTACATTTTTTATTA
190 CGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTA
* * * * * * * * *
9275 AAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAA
255 AAACATATTATAATTG-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAAAA
* * ** * * * * *
9340 AAATCCATTTACAGT-CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTGGTCGCTTGAAATGGTTTTAGAA
318 AAATCTATTTACAGTAC-CTCATTCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAA
* * * * * ** *
9403 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTA-TATTTTTCATTAAAA-CAGTTTATAATTGAGT
381 TCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTCATTA-TTTTCACTAAAATC-GACTATAATTGA-C
* * * * * *
9466 A--TTTACCTCCAAAAACATGA-AGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA
443 ACCTGT-CCT-CAAAAACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
9528 C-TCATT-
505 CAT-ATTG
*** * * * *
9534 CTTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAAAGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CTTT-AAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
9598 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAA-TAA
65 -TTTTTTACATTTTTGA-TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACAT-AAAGAAA
* * * * * * *
9662 AAGGCATTCATGGGTAAGAAACGTTCATTTATAGTCA-ATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
127 AAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * ** * * *
9726 ACTTTAAATAGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTCTATATTTTTGGTTAA
191 GCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTAA
* * * * * ** * * * *
9791 AATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAT
256 AACATATTATAATT-GATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAA
* * * * * ***
9856 GTCTATTTATAGTCACCT-ATCCCTTCAAAAACCTT-ATTACTCA-TTGTAAATAATTTTATAAT
320 ATCTATTTACAGT-ACCTCATTCCTTC-AAAAGCTTGACTACTCACTT-TAAACGCTTTTATAAT
* * **
9918 CTCATAATTAATTTTAAGGTAAATTTTTT
382 CTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTT
9947 TACATTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTTAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGA
CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAT
ATTATAATTGATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAATCTAT
TTACAGTACCTCATTCCTTCAAAAGCTTGACTACTCACTTTAAACGCTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAATTAAATTTTTTCATTATTTTCACTAAAATCGACTATAATTGACACCTGTCCTCAAA
AACCTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTG
Found at i:7372 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 7080--7392 Score: 373
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7070 ATTCATTGGT
* * * * *
7080 AAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAGGTCTTATTACTCGCCTTAAAAAGTTTTC
1 AAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTAATACTCGCCTTAAAAAGTTTTA
* * *
7145 TAATCTCATAAACGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAAACGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
7210 TGTCTACCTAT-AAAAACATGAAGAAAAA
131 TGTCTA-CTATGAAAAACATGAAGAAAAA
* *
7238 AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAA-GCCTTAATACTCGCTTTAAATTA-TT
1 AAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGGCCTTAATACTCGCCTTAAA-AAGTT
* * *** * *
7300 TTATAATTTCGTAGTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTT
63 TTATAATCTCATAAACGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
7365 GATTGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAA
128 AAATGTCTACTATGAAAAACATGAAGAA
7393 GAAGGCATTC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 8
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AAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTAATACTCGCCTTAAAAAGTTTTA
TAATCTCATAAACGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
TGTCTACTATGAAAAACATGAAGAAAAA
Found at i:8783 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 8487--8773 Score: 377
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
8477 TTACTTGCTA
* *
8487 CATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTTTTT
1 CATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* * * *
8552 AAATGATTTTATAATCTCAACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
66 AAAAGATTTTATAATCTCAACATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACA-TTTTTATTAAAACA
8617 GATTATAAAATGCGAAGTGAAAGG
130 GATTATAAAATGCGAAGTGAAAGG
* * * *
8641 CATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTT
1 CATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
* * *
8705 TAATAAG-TTTT-TAATCTTATA-ATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATGC-TTTTTATTAAAA
65 TAA-AAGATTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACATTTTTATTAAAA
*
8766 CTGATTAT
128 CAGATTAT
8774 TTTTGAATGC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
151 18 0.16
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (153 bp):
CATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
AAAAGATTTTATAATCTCAACATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACATTTTTATTAAAACAG
ATTATAAAATGCGAAGTGAAAGG
Found at i:12129 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11663--13690 Score: 1608
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
11653 NNNNNNNNNN
* * * ** *
11663 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCCTTG-
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGC
* * * * * * *
11727 ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTTAGAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTT
66 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * *
11792 TATAATCTCAAAATT-ATTTTTAACTTGAATTTCTTTTATATTT
130 TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
* * * * * * * **
11835 TTTGTTAAAACATATTTTAATTGGATGTCCACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT--
* * * * *
11900 GGGAAA-AAAAGTCCATTTATAGCCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGT
64 -GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* *
11964 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * ** * * *
12008 TTCATTAAAACAAACTATAATTCAATACCTACCTCGATAAATGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGC
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGC
* * * * * * *
12073 AAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAACCGTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTT
66 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * *
12137 TATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACGTTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * *
12179 TCAATTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCATTG-
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGC
* * *
12243 AAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
66 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
12307 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * ** *
12349 TTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAACAT-ATAGAAAAA-GCTATTTATT
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA-AGAAAAAGGC-ATTCATT
* * * *
12412 G-AGAAAAAAAGTTCATTTATAGTC-CCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G
64 GCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*
12474 ATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
127 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** *
12519 TTTAGTTAAAACA-AGTCATAATTGAGTGTCTACCTCGACAAACCATGAAGAGAAAGGCATTCAT
1 TTTA-TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
* ** * * * *
12583 TGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGTTTTTAATTA
63 T-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATA
* * *
12647 -TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA-TT
126 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
12691 TTTAGTTAAAATAGACTATGATTGAATGTTTACCCCAACG-AATGTGTACAAAAAGGCACTCATT
1 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * **
12755 GGC-AAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAACGGT
64 -GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * ** *
12819 TTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAAATGAATTTTTTTCAGATTT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTT
** * * * * * * ** * *
12864 TTTATTACGATAAATTATAATTGAATATTTACCTCTAGATACATGAAAAAAAAGGCATTCTTTGA
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-
* * * * * *
12929 TAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTT
65 CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
12994 TATAATCTCATAATTCATTTTCAGTTAAATGTTTTTATATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * ** * *
13036 TTTATGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-G
* * * ** *
13101 C-AAGAAATGTCCATTTATAGTCA-CCATCCCTTCAAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTT
65 CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
13164 TAAAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTCACATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** * * *
13206 TTAATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC-ATTG
* * * **********
13271 TAAA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATNNNNNNNNNN
65 CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
*
13335 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTTACATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
** * * * * * * * *
13378 TGCATTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTGCCCTGGGGAACA--TGAAGGAAAA-TCTATCCAT
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAA-ATGTGAAGAAAAAGGC-ATTCAT
* * *** *** * * * * *
13439 TGGC-ATGAGAAGTGGGTTTATAGTCAATTATTTCATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
63 T-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
13503 TTTTGTAAACTAATAATTGGTTTTAAGTTGAATTATTTTACA-CT
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** ** *
13547 TTTAGTTTAAACAGACTGTAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTG
1 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
** ***** * *
13612 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGTTTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
65 CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
13677 TATAATCTCATAAT
130 TATAATCTCATAAT
13691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1463, Mismatches: 344, Indels: 99
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 316 0.22
171 602 0.41
172 298 0.20
173 159 0.11
174 75 0.05
175 4 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGC
AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
Found at i:13135 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 11666--13320 Score: 1783
Period size: 514 Copynumber: 3.2 Consensus size: 509
11656 NNNNNNNTTT
* * * ** * *
11666 ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCCTTGATA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA
* * * * * * *
11730 AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTTAGAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
65 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
11795 AATCTCAAAATTATTTTTAACTTGAATTTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTTTAATTGGA
130 AATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* ** * * *
11860 TGTCCACCT-TGAGAA-ATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGGGGAAAAAAAGTCCATTTATAG-
194 TGTCTACCTCT-AGAACATG-AAA-AAAAAGGCATTC-TT-TGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGT
*
11922 CCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
254 CC-C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * **
11987 GAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTCAATACCTACCTCGATAAATGT
316 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC-AACTATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACAT
* * * * *
12052 GTAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAACCGT
380 GTAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTT
* * * * * *
12116 ATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTC
444 ATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
12181 A
509 A
* * * *
12182 ATTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTA-CCTAGAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCATT-GAA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTA-AGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA
*
12245 AAAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATT-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 AAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
12308 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA
128 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGA
* ** *
12373 ATGTCTGCCTCGGGAAACAT-ATAGAAAAA-GCTATT-TATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGT
193 ATGTCTACCTCTAG-AACATGA-AAAAAAAGGC-ATTCT-TTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGT
* * * *
12435 CCCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
254 CCCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
12500 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAGTCATAATTGAGTGTCTACCTCGACAAACCA
317 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAACT-ATAATTAAATGTCTACCTCGA-AAAACA
* * * * * **
12564 TGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGTCTT
379 TGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTT
* ** * *
12629 ATTACTTGTTTTTAATTATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT
444 ATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
12694 A
509 A
* * * * * * * * *
12695 GTTAAAATAGACTATGATTGAATGTTTACCCCAACG-AATGTGTACAAAAAGGCACTCATTGGCA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTAA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA
* * * *
12759 AGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAACGGTTTTAT
65 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** *
12824 AATCTCAAAATTAATTTTAAAATGAATTTTTTTCAGATTTTTTATTACGATAAATTATAATTGAA
130 AATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * *
12889 TATTTACCTCTAGATACATGAAAAAAAAGGCATTCTTTGATAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC
194 TGTCTACCTCTAGA-ACATGAAAAAAAAGGCATTCTTTGA-GAAAAAAAGTTCATTTATAGTC-C
* * * *
12954 CCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTCAGT
256 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
13019 TAAATGTTTTTATATTTTTTATGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAAAAACATGTAG
320 TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-ACTATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGTAG
* *
13084 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCAC-CATCCCTTCAAAAACCTTATTAC
384 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
** * * *
13148 TCATTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTCACATTTTTA
449 TTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA
* * * * *
13209 ATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGGTAA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
* *
13274 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
66 AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
13321 GCATNNNNNN
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 168, Indels: 68
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 10 0.01
512 114 0.12
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515 182 0.19
516 162 0.17
517 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
TCTACCTCTAGAACATGAAAAAAAAGGCATTCTTTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCCCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
TTTTTACATTTTTTATTAAAACAACTATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGTAGAAAAAGT
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGTTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA
Found at i:13442 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 11666--13690 Score: 1712
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 341
11656 NNNNNNNTTT
* * * * * * * * * * **
11666 ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCCTTGATAA
1 ATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
11731 GAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTTAGAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * * *
11796 ATCTCAAAATT-ATTTTTAACTTGAATTTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTTTAATTGGA
130 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * ** * * * *
11860 TGTCCACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCG
193 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT--GGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCA
* * *
11925 CTCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG
256 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
11990 TTAAATTTTTTTACATTTTTC
321 TTAAATTTTTTTACATTTTGC
* ** * * **
12011 ATTAAAACAA-ACTATAATTCAATACCT-ACCTCGATAAATGTGTAGAAAAAGTCATTCATT-GC
1 ATTAAAA-AAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGA-AAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGC
* * * * * ** *
12073 AAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAACCGTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTT
64 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
12138 ATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTCAATTAAAACAGATTATAATAGA
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * *
12203 ATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGGAAAAGGCATTCATT-G-AAAAAAAAGTTCATTTATAGTCA
192 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAA-TCCATTTATAGTCA
*
12266 CCCATT-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
256 CCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
*
12330 GTTGAATTTTTTTACATTTTTG-
320 GTTAAATTTTTTTACA-TTTTGC
* * * * * *
12352 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTG-CCTCGGGAAACATATAGAAAAAG-CTATTTATTGAG
1 ATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCT-GGAAAACATGTAGAAAAAGTC-ATTCATTG-G
* * * * *
12415 -AAAAAAAGTTCATTTATAGTCCCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
63 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
12479 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AGTCATAATTG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACT-ATAATTG
* * * * * * *
12543 AGTGTCTACCTCGACAAACCATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
191 AATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTC
** * * * * *
12608 ACATATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGTTTTTAATTA-TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTA
255 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
12672 AGTTAAATTGTTTTACATTTT-T
319 AGTTAAATTTTTTTACATTTTGC
* * * * * * ** * * *
12694 AGTTAAAATAGACTATGATTGAATGTTTACCC--CAACGAATGTGTACAAAAAGGCACTCATTGG
1 A-TTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGAA--AACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGG
* * * *
12757 CAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAACGGTTTT
63 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * ** * * * ** * * *
12822 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAAATGAATTTTTTTCAGATTTTTTATTACGATAAATTATAATTG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * * *
12887 AATATTTACCTCTAGATACATGAAAAAAAAGGCATTCTTTGATAAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
191 AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAA-TCCATTTATAGTC
* * * * *
12952 ACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTCA
255 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * **
13017 GTTAAATGTTTTTATATTTTTT
320 GTTAAATTTTTTTACATTTTGC
* * * *
13039 ATGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
1 ATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* * * * *
13104 GAAATGTCCATTTATAGTCACCATCCCTTCAAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAAAA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
13169 TCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTCACATTTTTAATTAAAACAGACAATAATTAAATGT
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** *
13234 CTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
196 CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
* **********
13299 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGA
261 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-A
13363 ATTTTTTTTACATTTTGC
325 A-TTTTTTTACATTTTGC
* ** * * *
13381 ATTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTGCCCTGGGGAACATGAAGGAAAA-TCTATCCATTGGCA
1 ATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGAAAACATGTAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCA
* * *** ** * * * ** *
13444 TGAGAAGTGGGTTTATAGTCAATTATTTCATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
13509 AAACTAATAATTGGTTTTAAGTTGAATTATTTTACACTTTTAGTTTAAACAGACTGTAATTGAAT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ** * * * *****
13574 GTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGTTT
194 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCC
* *
13639 ATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
259 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
13691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1330, Mismatches: 310, Indels: 83
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.01
341 364 0.27
342 281 0.21
343 290 0.22
344 256 0.19
345 117 0.09
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTGCCCTGGAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTACATTTTGC
Found at i:14164 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13870--14398 Score: 597
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
13860 NNNNNNNNNN
* * ** * *
13870 TGGTTTTATAATC-CTGTAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCCACATTTTTAGTTAAAACAGACT
1 TGGTTTTATAATCTC-ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT
** * *
13934 ATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACATGTAGA-ATAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
65 ATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAGA-AAGGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCTAT
* * *
13997 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCGCTCTAAA
127 TTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
14041 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * *
14106 TAATTCAATGTTTATCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTA
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTA
* * *
14171 TAATCGT-CCGTTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAA
130 TAATC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
14212 TGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT--ATTTTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAAAGA-
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT--ATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * *
14274 TCATAATTGAATGTCTACCTCAATAAAACATGAAGAGAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGT-TA
64 T-ATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCT-
* * *
14338 ATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
125 ATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
*
14384 AGGTTTTATAATCTC
1 TGGTTTTATAATCTC
14399 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 43, Indels: 23
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.03
170 5 0.02
171 200 0.66
172 89 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCTATTTAT
AATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
Found at i:16051 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15780--16710 Score: 524
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
15770 GTCACCCCTT
* * * * * ** *
15780 CCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTCAAGTTGAA
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAAT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
15844 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGGAACATGAAGCAAA
65 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAA
* * *
15909 AGCCATCCTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAG
130 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-AAG
* * * * * * *
15951 CTTTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATTATTTTGTAAAATAATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
16016 TTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCGAGTAACATGAAGCAAAA
66 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAAA
* * **
16081 GGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATT
131 GCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
* * * ** * * *
16122 CCTTTAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * ** * ** *
16187 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-ACATGTCTTGATAAACGTTTAGAAAA
66 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGGAACATGAAGCAAA
* * * * * **
16251 AGCCATTCATT-ACAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
130 AGCCATCCATTGGC-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
* * * * ** * ** ** *
16293 TCTTCAAAAGGCTCATTACTCGTTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATAATTGA--TT---TT--A-
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * **
16350 -TTTTT-C------G-TTAAAACAGAATAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAAA
** * * ***********
16405 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNN
131 GCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
** * * * * ** *
16446 NNTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAA
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTT-AAGTTGAA
* * * ** * * *
16510 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAACCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAA
* * * * * * **
16575 AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATT
130 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
* *** * * ** * * *
16617 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAAG-GTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAAC
1 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
16681 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
66 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTAT
16711 TATTACAAGT
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 136, Indels: 51
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
153 93 0.16
154 15 0.03
155 2 0.00
158 2 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
162 10 0.02
163 1 0.00
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166 2 0.00
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171 394 0.66
172 2 0.00
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CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAATAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAAA
GCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
Found at i:16805 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16448--16806 Score: 430
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 168
16438 NNNNNNNNNN
* *
16448 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTCAATTGAACTT
*
16513 TTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAACCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAACCGAATGTCTACCTT--GAAACATG-AGAAAAAGC
* *
16578 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCC
128 CAATCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCC
* *
16619 TTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAAGG-TTTATAATCTCATAATTGATTGT-AAGTTGAACT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTCAA-TTGAACT
*
16682 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATTATTA-C-AAGTTGTCT-CAC-T-AAACGATTG-GA
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAAC--A-TATTATAACCGAA--TGTCTAC-CTTGAAAC-A-TGAGA
* ** *
16741 AAATGCCAATCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-GTCATTCT
122 AAAAGCCAATCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCC
16788 TTCAAAAGCCTTATTACTC
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC
16807 ACTTNNNNNN
Statistics
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TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTCAATTGAACTT
TTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAACCGAATGTCTACCTTGAAACATGAGAAAAAGCCAA
TCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCC
Found at i:17465 original size:171 final size:171
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16997 NNNNNNNNNN
* * * * * **
17007 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATT-GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTT
1 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAG-TTTTAAGTTAAATT-TAATTACATTT
** * ** * * * * * * * * *
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* * * ** **
17136 CATGAAAAGTCCT-TTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
129 CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * * *
17179 ATTGCTTACTTTAAATGGTTTTGTAAACT-AGTAATTTA-TTTTAAGTTGAAGTTT-TTTACATT
1 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA-TAA-TTAGTTTTAAGTT-AAATTTAATTACATT
* * *********** *
17241 TTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTG
63 TTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* * *
17306 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACGTTCCTTTAAAAGCCTT
128 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
* ********** **
17350 ATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTTATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTAATTACATTTT
** ** * * * *
17414 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATACT-TGTCTCAATAAATGT-ATAGAAAAAGCCACTCATTG
65 TCATTAAAACAGATTATAATTGAAT-CTCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG
* * ** *
17477 GAAAGAAAAGTTTATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
128 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
17521 ATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTAATTGCATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTAATTACATTTTT
* * * * *
17586 CATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGACA
66 CATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
* * *
17651 AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCATTCAAAAGCCTT
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17692 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
1 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
17715 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTAATTACATTTTT
CATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
Found at i:19211 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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18774 NNNNNNNTCT
* * * * *
18784 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTATAAAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
18848 CTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
18913 AGGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAATCT
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* * * * *
18955 A-TT-TAGTCTCCCATAT-CTTTAGAAGCCTTATTATTCGCTCTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
19017 ATTGATTTTAAGTCAGATTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTATCT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * * ** * * *
19082 TTAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGATAATAAAAATCT
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
19125 ATTTATATTCGCCCCTTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
19190 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGA-TTTTAGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * ** * *
19254 GACAAAAGATGAAGAGAAAGATATTCATTAGCAAGTAAAGTCC
130 AAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
19297 ATTTATAGTCACTCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
*
19362 TTGATTTTAAGTTTAATTTTATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTCT
66 TTGATTTTAAG-TTAA----ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCT
* * * **
19425 ACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTTCCAAGAAAAGTCC
125 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
19472 ATATATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCGTGTCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
19537 TTGATTTTCAGTTGAATTTCTTTTGCATTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGGATGTCTACTTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
19602 AAGAGACTTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGGAA-AAACAGTCC
130 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCC
* ** ** * * * * * *
19644 ATTTATAATTGCTTATTCATTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATGA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
19709 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAGAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
19773 GATAAATGTAAAGAAAAA-GCAATTCATTGCCAAGAAAAGTCC
130 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
19815 ATTTATAGGCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTGTAAAT-TAATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATA
* * ** * * * * *
19879 ATTAATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTTAGTTTAACACAGACTATGATTGAATGTATATCT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * ** * *
19944 CAA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTTACAAAAAAAAGTCT
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCC
*** * * * * * *
19987 ATTTATAGTCGTTCATTCCTTCAAACGCCTTGTTAGTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
20052 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTT-GATTAAAA-AAAGTTATAATTGAATGTTTTCCT
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCT
*** * * * * *
20115 TGGGAAACGTGAA-ACAAA-GC-TATCAATTGCCATGAAAGGTTC
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT-TC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * *
20157 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * **
20222 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATGAATACCTCA
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
20287 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCC
131 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * *
20328 ATTTATAGTCGTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * **
20393 TTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * ***
20457 GATAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAAAAGAAAAGTCC
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* * * * *
20499 ATTTATAGTCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCGTA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATA
* * * * *
20563 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
20627 CAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCT
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
20670 ATTTATTGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACACGCTCTAAAT-GATTTTATGATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
20734 ATTGATTTTAAGTTCAGTTATTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTC
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
20799 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCC
130 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
20841 ATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * ** *
20905 ATTGGTTTTAAGTTAAA-TTTTTTAAATTTCTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
20968 CGATAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATTGGGAAGAAAAGTCC
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * **********
21011 ATTTATAGAT-TCTTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTNNNNNNNNNNT
1 ATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAT
* * *
21074 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTGTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
64 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* *
21138 TTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGAGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCC
128 -TCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
21183 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTGTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
21248 TTAATTTTAAGTT-AATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
21312 GATA-AAACAT-ACA-AAGAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
130 -A-AGAAACGTGA-AGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
21355 AATTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAACCTAATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * *
21419 ATTGATATTAAATTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCT
65 ATTGAT-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
21484 TAAGAAACGTGAAGAAAGAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
21527 ATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* *
21592 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
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*
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* * * ** * * *
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1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
** * * *
21764 TTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTTGTATTTTTTGTTAAAGC-GTATTATAATTGGATGTCTACCT
66 TTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
21828 CGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
21871 ATTTGTGGTCGTCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC-C-CATTCTAAATAGTTTTATGATCTCAT
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TT-TAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
21934 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
64 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * *
21998 CAAG-AACTGTAAAGAAAAAAACATTGATTGGCAAGAAAAGTTC
129 CAAGAAAC-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
22041 AATTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATTTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * **
22106 TTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTACATTTTT-GTCACGACAAATTACAATAAAATGTCTACCT
66 TTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * *
22170 TGAGATATGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGGAAAGTCC
129 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
22212 ATTTATAGTCATCGATTATTTTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-A
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATA
* * ** * *
22276 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATTGATTATAATTGAATGTTTACCTT
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*
22341 GAGAAACGTGAAGAAAAAG
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Statistics
Matches: 2745, Mismatches: 573, Indels: 174
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
Found at i:24557 original size:171 final size:169
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Indices: 23989--31486 Score: 4547
Period size: 171 Copynumber: 44.2 Consensus size: 169
23979 CTTAGGCAAT
* * * ** *
23989 GTGAAGAAAAAGGTATTGATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCGAAAGCC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
24053 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGA-AAACTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACACT
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* * ** * *
24117 TTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAAT
127 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * **
24161 ATGAAGGAAAAGGCATTCATTG-GCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTA
1 GTGAA-GAAAAAGCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
24225 GTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACA-T
* * * *
24290 TTTTGTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTA-CCTCGAGAAAC
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* * *
24333 GTGAAGAAAAAGATATTCATTAG-GAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTCATTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* *
24397 TAATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
** * *
24462 TTCATTAAAACAGATTATAATTGAATACCTGCCCTAATAAAC
129 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * ** * **
24504 GTGTAGAAAAAGCAATTTATTGTGAAGAAAAGTCTATTTATAGGCTTTCATTCCTTCAGAATTCT
1 GTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
24569 TATTCCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* *
24633 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTA-CCT--G-AA-
130 TA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * * **
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1 GTGAAGAAAAAGCATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCC
* * *
24728 TTATTACTCGCATTAAATGATTTTATAA-CGTCATAATTGATTTT-AGGTAGAA-TTTTTTACAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACAT
* *
24790 TTTTGATTAAAA-A-ATGCTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGAGAAC
127 TTTT-ATTAAAACAGAT--TATAATTGAATGTCTACCCTAAGA-AAC
* * * * ** * * * ** *
24834 ATGAAGCGAAAACCATCCATTGACATGCAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCT
1 GTGAAG-AAAAAGCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * ** * * * * * *
24899 TATTACTTGTTTTAAATGGTTTTGCAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACCTTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CATTT
* * * * * * *
24964 TTGTTTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGCA-AAAT
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * *
25005 GTGAAGAAAAAAGGCATTCATTAAT-AAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTTCTTTAAAAGC
1 GTGAAG-AAAAA-GCATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
25069 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-T
* * * *** *
25134 TTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTATATTGTGAGAAAC
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * *
25177 ATGAAAAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CT
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
25241 GTATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATT
65 -TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATT
** * * *
25306 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTACCTTGAGAAAC
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * * *
25348 ATGACA-AAAAAGACATTTATTGAT-AAGAAAATTCTATTTATAATCACTCTTTCCTTCAAAAGC
1 GTGA-AGAAAAAG-CATTCATTG-TGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
25411 CTGATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTTTAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA--TTTTTTTAC
*
25475 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
125 ATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * *
25521 GTGAAGAAAAAGGTATTCATT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
25585 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAG-CATAATTTTTTTACAA
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTA-AATTTTTTTAC-A
* * * * * *
25648 TTTTTATCAAAGCAGACTATAATTAAATGTCTA-CCTCAAGGAAT
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * * **
25692 GTTAAGAAAAAGGTATTCATT-TACAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC-CAATTTTTTCAAAAGC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGT-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
25755 CTTATCATTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA-
* ** * * * *
25820 TTTTTGTTACGATAGATTATAATTAAATGTCCA-CCTCAAGATAC
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * * *
25864 GTGAA-AAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
25927 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTCAGTTGAATTCTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * *
25992 TTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CCTCAGAAAAC
129 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAG-AAAC
* * * * * * * **
26034 GTGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAA-TAATGCCCATTTATAGTCA-GCATCCCTCCAAAAAAC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
26096 TTATTATTC-ATTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AATTATTTTACAT
64 TTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAAATTTTTTTACAT
* * * * *
26159 TCTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTAAGAAAC
127 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* *
26203 GTGAAGGAAAAGGCATTCAATG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGC
1 GTGAA-GAAAAAGCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
26266 CTTATTACT--C-AT-AATTGATTT-TAA-GT-AGAATTTG-TTTT--G-T--A--TTTTT-CA-
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* ** * ***** *
26314 --TTA--AAAA-AGCTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGGGGAACGTGAA-
127 TTTTATTAAAACAG--ATTA-T-AATTGAATGTCTACCCTAA-G-AAAC
* ** * ** * * **
26356 --G--CAAAAGCCATCCATTGCCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGT-CTTTGAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
26416 TATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATCAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTGCATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** *
26480 TTGGTTTAAACAGACTAGAATCGAATGTCTACATTGAGACAA-
129 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGA-AAC
* * *
26522 GTGAAG-AAAAGACATTCATTAG-CAAAAAAAATCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC
* ** *** * *
26584 CTTACTACTCATTTTAAACAATATTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACAG
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACA-
** * * *
26649 TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAAC
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * * * ** *
26693 AT-ATAGAAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTGCATATATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGTC
1 GTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
*
26757 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
26822 TTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA-CCTCATGAAAC
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
** * * * *
26863 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAACCG
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * *
26928 TATTATTCACTATAAATGGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAGATTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTT
********** * * *
26993 TTATTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTATCTTGAGAAAC
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * * * * *
27034 TTGAAGAAAAAGAGATTCATTAG-CAA-AAAATATTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCCAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GTGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* ** * * * * * * * *
27097 CTTCTTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGGTGAATTCTTTCATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
* * **
27162 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTTAA-AAAC
128 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCCTAAGAAAC
* * * * * * * * * *
27205 ATGAAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAGGAAAGTCCGTTTCTAGGCTCTCATTCTTTTAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ********** ** *
27270 TATTACTCGCTCTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTT
* * ** * * ** *
27335 TTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTATCTTGGGGAAC
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * * *
27376 GTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGAT-ATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTC-ATTG-TGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
27439 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
* * * * * * *
27504 TTTGGTTTAAACTGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC
128 TTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
** * * *
27547 GTGAAGAAAAAAAATTCATTAG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * **
27611 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTGTATTA
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATT-
** * *
27676 TTGGTTAAAACATATTATAATT-AGATGTCTACCTTAAGAAAC
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * * * *
27718 ATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
27783 AATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
27848 TCATTAAAATAGATTATAATTGAAT-ACTTGCCTCT-ATAAGC
130 T-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-CTAAGAAAC
* * ** * * * * *
27889 -TGTAGAAAAAGTAATTCATTGCAAAAAAAAGGCCGTTTATAGGCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
** *
27953 TATTACTCGCTTTGAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTATTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
*
28017 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTA-CCTAGAGAAAC
129 TTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTA-AGAAAC
* * * ** * * *
28059 ATGAAGAAAAAG-ATGTTCATTAG-CAAAAAAAGTCCATCAATAGTTA-TCTGTTCTTTCAAAAG
1 GTGAAGAAAAAGCA--TTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAG
** * * * *
28121 CCTTATTACTTACGTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATAGAATTTTTTTTTC
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TTTTTTTAC
* ** ** * * * * *
28185 ATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATCAAATTTTTGCCTTAAGAAAT
125 ATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
** * * * **
28231 GTGAA-ACAAAAGCCACCCATTG-GCATGAACAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGC
1 GTGAAGA-AAAAG-CATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
28294 CTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACAT
63 CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-
* * * ** *
28357 TTTTTATTTAAACAGACTATAA-TGAAATGTCTACCTTGGGAAAT
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * *
28401 GTGAAGAAATATGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAA-AAGCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
28465 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * *
28530 TTGTTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
129 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* ** * ** * * *
28572 ATGGAA-ACAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTATAACCACCCATTCCTTGAAAAAC
1 GT-GAAGA-AAAA-GCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* ** * * *
28635 GTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
** * ** ** *
28700 CTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTA-CCTTGGAGGAC
128 -TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGA-AAC
* * * * *
28743 ATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTG-TGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTCTCAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGC
* * * * * * * *
28806 CTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACAAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-AT
* * * *
28871 TTTTATTTAAACATACTATAATTGAATGTATA-CCTCAAGAAAC
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* ** *
28914 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCA-TCCATTCCTTCAAAAGT
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
28977 CGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATA
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTTACA
* * * * *
29041 ATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTA-TCTCAAGAAAT
126 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * ** * *
29086 GTGAA-AAAAATGACATTCATTAAT-AAGAAAAGTCTATTTATGGTTGCTTATTCCTTTAAAAGC
1 GTGAAGAAAAA-G-CATTCATT-GTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
29149 CTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTAATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-T
* * * * *
29214 TTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAACAAAC
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCCTAAGAAAC
* * * * * *
29257 AT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGGCC
1 GTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * ********** * *
29321 TTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TT
*** * *
29386 TTTATTAAAACTTCTTGTAATTGAATGTCT-TCCTATAGAAAC
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTA-AGAAAC
* ********** * * * * *
29428 ATGAAGAAAAAGACATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCGTTCCATAAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
** * * * * * * * ***** * * *
29493 TATTACTCATTTTAAAT--ATTTA-AGT-T--GAATT-TTTTTACATTTTACTTAAAACAGACTA
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * ** **** *
29551 TAATTGAATATCTA-CTT-TAA-GGAATGTGAAGAAAAAGACATTC
129 TTATT-AA-AAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGA-A-AC
* * ** * ** * **
29594 ATTGGTAAG-AAAAG--TCCATT-T-ACAG-TTA-CCCATTCCT--TCA--AAAGCCTT----A-
1 -GT-G-AAGAAAAAGCATTCATTGTGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * * ** *
29643 --TTAC---TCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTGAATTTTTTTTACA
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA
* ** * * * *
29703 TTTTTGGTTACGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATAC
126 TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* ** * * * * *
29748 GTGAA-AAACA-CATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATT-CTCTCAAAAACTT
1 GTGAAGAAAAAGCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCT
* * * * *
29810 TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * **
29875 TCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTGGAAA-
130 T-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * *
29914 ATGTATAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAAGAAATGTCTATTTATAGTCACT-ATCCCTTTAAAA-
1 GTG-A-AGAAAAAG-CATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
** * * * **
29976 CCTTTATTACTCATTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTAAATTGATTTACA
62 CC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
30041 TTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTCAATGTCTTCCTTGAGGAAC
126 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * * * *
30086 ATGAAGATAAAGGCATTCAATG-GTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGA-AAAAGCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
*
30150 TTATTACTCG-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTTA-T
64 TTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TTTTTTTACA
* * * * * * *
30212 TTTTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGGAAC
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* ** * ** *
30255 GTGAA-ACAAAAGCTATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
1 GTGAAGA-AAAAGC-ATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
30319 TTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
30384 TTGGTTTAAACAG-TCTAGAGTGGAATGTTTACCTTGAGAAAC
129 TT-ATTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
* * *
30426 GTGAAGAAAAAGGAATTCATTG-GTAAGAAAAGT-C--TTCTAGTCA-TCCATTCTTTCAAAAGC
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC
* ** * * * * **
30486 CTCATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTGCTTTGTAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACAT
* * * *
30551 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATC
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAA-C
* * * *
30595 -TGAAGAAAAAAGCATCCATTG-GCAAGAAAAGTCAATTTATAATCGCTCATTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAG-AAAAAGCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
30658 TGATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-AAAATTTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATT
* * * ** * * *
30722 TCTCATTAAAATAGACTATAATTGAACATCT-GCCTCGATAAAC
128 T-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * * * * *
30765 AT-ACA-AAAAAGCCATTTATT-AGAA-AAAATATCCATTTCTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGC
1 GTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGTGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * *
30826 CTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-T
* *
30891 TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-TCTCAAGAAAC
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * *
30934 ATTAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATT-CTCTCAAAAG
1 GTGAAGAAAAA-GCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCT-TCAAAAG
* * * *
30996 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTGCAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* *
31060 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGATA-AAAC
127 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-CTA-AGAAAC
* * ** * * * * *
31105 ATGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAACGACT
1 GTGAAGA-AAAAGCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
*
31170 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTACATT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTTACATT
* *
31235 TTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAAC
128 TTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
* * * *
31278 GTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
31342 TTATTATTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
31407 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CGTCGAGGAAT
129 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAC
***
31449 GTGAAGAAAACA-CATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTT
1 GTGAAGAAAA-AGCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTT
31487 TGCTAGGTGA
Statistics
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* * * * *
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24503 C
511 C
* * * * *** * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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1 GTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
25456 AAGTAGAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
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* * *
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** * *
25586 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGCAT-AATTTTTTTACAAT
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* * * * * * * ** * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
25966 AATTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCA-CTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC-TCAG
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26029 AAAAC
508 -AAAC
* * * * * * * * **
26034 GTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-TAATGCCCATTTATAGTCA-GCATCCCTCCAAAAAACT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
26097 TATTATTCA-TTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AATTATTTTACATT
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* * * * * * * *
26160 CTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCAATG
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193 AG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* ** * *
26270 --T-T-A-CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTGTTTTGTATTTTTCATTAAAA-AAGCTATAA
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* ** * * *
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385 TCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTAATAATTGATT
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448 TTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AA
26522 -
511 C
* * * * *
26522 GTGAAG-AAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
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26586 TACTACTCATTTTAAACAATATTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACAGTT
66 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
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26651 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATCCATTG
130 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** *
26715 GGAAGAAAAGTGCATATATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
193 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
26780 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACA-GACTATAATT
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATG-CTATAATT
* * * * *
26843 AAATGTCTACCTCATGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGCAAAGTCCATTTATAGT
322 GAATGTCTACCTTA-GAGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * * *
26907 CACTCATTCTTTCAAAAACCGTATTATTCACTATAAATGGTTTTAGAATCTCAA-AATTGATTTT
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26971 AAGTCAGATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTATCTTGAGAAAC
450 AAGT-TGAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * * *
27034 TTGAAGAAAAAGAG-ATTCATTAGCAA-AAAATATTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCCAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * * *
27097 CTTCTTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGGTGAATTCTTTCATATT
64 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
27162 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTTAA-AAACATGAAGAAGAAGCCATTCATT
129 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-AC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * * * *******
27226 GGGAAGGAAAGTCCGTTTCTAGGCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTANNNNNNN
192 GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*** * * * *
27291 NNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTTTTG-TTAAAAAAGGCTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAACATGCTATAAT
* * * * * * * *
27355 TGAATGTCTATCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCTATTTATAG
321 TGAATGTCTACCTTAGAGAACATGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * * *
27419 TCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTT
385 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
* * * * * *
27484 ATGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTTAAACTGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC
450 AAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
** * * **
27547 GTGAAGAAAAA-AAATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * ** *
27611 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTGTATTA
66 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
* *
27676 TTGGTTAAAACATATTATAATT-AGATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
130 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * *
27740 AGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
193 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
27805 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATA-GATTATAATT
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATG-CTATAATT
* * * * * ** * * **
27869 GAAT-ACTTGCCTCTATA-AGC-TGTAGAAAAAGTAATTCATTG-CAAAAAAAAGGCCGTTTATA
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* * *
27930 GGCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATT
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* * *
27994 TTAAGTGGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAAC
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* *** * * ** * * ** *
28059 ATGAAGAAAAAGATGTTCATTAGCAAAAAAAGTCCATCAATAGTTATCTGTTCTTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
28124 TATTACTTACGTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATAGAATTTTTTTTTCATTT
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* * ** ** * * * ** **
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28253 -GCATGAACAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGT
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
28635 GTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT
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* * ** * * * *
28700 CTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAGGACATGAAGTAAAAGCCATCCATT
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** * * *
28764 G-GTGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTCTCAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGG
192 GAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
28827 TTTTGTAAACTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACAATTTTT-ATTTAAACATACTATA
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* * *
28891 ATTGAATGTATACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
319 ATTGAATGTCTACCTTAGAG-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
28955 CA-TCA-TCCATTCCTTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTAA-AATTG
383 -AGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTG
* * * * * * **
29017 ATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTATCTCAA
445 ATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
*
29081 GAAAT
507 GAAAC
* *** * * ** ** *
29086 GTGAA-AAAAATGACATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATGGTTGCTTATTCCTTTAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * * * *
29150 TAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTAATATTT
65 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * *
29215 TTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAACAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATT
130 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-T-ACTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
29278 GAGAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTT
192 GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
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29343 TTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAAC-TTCTTGTAAT
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* * **********
29407 TGAATGTCTTCCTATAGA-AACATGAAGAAAAAGACATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCT-TTTATA
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* * * *
29470 GTCACCCGTTCCATAAAAAGCCTTATTACT--C-----A------T-T--T-T-A-AA-T-A-TT
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* * * * * * *
29513 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACTTTAAGGAAT
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* * * *
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1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * **
29641 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTGAATTTTTTTTACATTT
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29706 TTGGTTACGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAA-AAACA--CATTCATTGA
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194 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
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* * * * *
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* * *
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66 TATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
30214 TTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGGAACGTGAA-ACAAAAGCTATCCATTG
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* * ** * * *
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193 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
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258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATG-CTATAATT
* * * ** *
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* * **
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* ** *
30530 TAAATTGAATTTGCTTTGTATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAAT
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30594 C
511 C
* * * * * *
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1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * **
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66 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* ** * * ** * ** * *
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130 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
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193 AGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * **
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257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATGCTATAATT
* * * ** *
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* * * *
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385 TCACTC-ATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
* * * * *
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448 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAA
31104 C
511 C
* * * * * * *
31105 ATGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAACGACT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
*
31170 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTACATT
66 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATT
* * * *
31235 TTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG
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* * * * * ** *
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193 AG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
31364 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GACTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATG-CTATAAT
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Statistics
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AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
Found at i:26008 original size:342 final size:341
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* * *
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*
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* * * *
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** ** * * * * *
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* * *** * ** * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
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65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * *
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* * * * * ** * ***
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** * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * **
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* * * *
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* * * *
25669 ATTAAATGTCTACCTCAAGGAAT
319 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
25822 TTTGTTACGATAGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGATACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGG
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* * * *
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* * * * *
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*
26016 ATGTTTACCTC-AGAAAAC
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* * ** * * * * * * * **
26034 GTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-TAATGCCCATTTATAGTCAGCATCCCTCCAAAAAACTT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * *
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* * * * * *
26161 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCAATGG
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* * * *
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194 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
26287 -TAA-GT-AGAATTTG-TTTT--G-T--A--TTTTT-CA---TT-A--AAAA-AG-CTATAATTG
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* * * *
26332 AATGTCTGCCTTGGGGAAC
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* * * ** * * *
26351 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT-GAAAGCC
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* * * * * * **
26415 TTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATCAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTGCATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * *
26479 TTTGGTTTAAACAGACTAGAATCGAATGTCTACATTGAGACAA-GTGAAG-AAAAGACATTCATT
128 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * * * *** *
26542 AGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAACAATA
192 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
26607 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
*
26672 TGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
321 TGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * ** * * ** * *
26693 AT-ATAGAAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTGCATATATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGTC
1 GTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCC
*
26757 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
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129 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * * * *
26886 CAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAACCGTATTATTCACTATAAATGGTTTT
194 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * **********
26951 AGAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAGATTTTTTTATATTTTTTATTAAANNNNNNNNNNATTG
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* *
27015 AATGTCTATCTTGAGAAAC
323 AATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * *
27034 TTGAAGAAAAAGAG-ATTCATTAGCA-AA-AAATA-TTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCCAAA
1 GTGAAGAAAAAG-GCATTCATT-G-ATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAA
* ** * * * * * *
27095 GCCTTCTTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGGTGAATTCTTTCATA
61 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * *
27160 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTTAA-AAACATGAAGAAGAAGCCATTCA
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* * * * * * * * * * * *****
27224 TTGGGAAGGAAAGTCCGTTTCTAGGCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTANNNNN
190 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
***** * * * *
27289 NNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTTTTG-TTAAAAAAGGCTATA
255 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * *
27353 ATTGAATGTCTATCTTGGGGAAC
319 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * *
27376 GTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCC
* * * * * * * *
27440 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * ** *
27505 TTGGTTTAAACTGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AAATTCATTAG
129 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* **
27569 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
194 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * ** * * * *
27634 ATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTGTATTATTGGTTAAAACATATTATAATT-
259 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
**
27698 AGATGTCTACCTTAAGAAAC
323 A-ATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * * * * *
27718 ATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTATTCCTTCAAAAGCCT
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* * * *
27783 AATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTT
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** * * * * * * **
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130 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* * * * * * *
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* * *
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* *
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* *** ** * **
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** * * * * *
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* * ** ** * * * * * **
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* * ** ** *
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* * * * *
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* * * * *
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64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * *
28529 TTTGTTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGGAA-ACAAAAGGCATTCAT
129 TTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT-GAAGA-AAAAGGCATTCAT
* * ** * * * *
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191 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
28657 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTCTTGGTTAAAAAAGGCTATAAT
256 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* *
28722 TGAATGTCTACCTTG-GAGGAC
321 TGAATGTCTACCTCGAGA-AAC
* * * * * **
28743 ATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTCTC-AAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCTT-TCAAAAGCC
* * * * * * * * *
28807 TTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACAATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * *
28872 TTTATTTAAACATACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA
129 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * *
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194 CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
29001 TATAATCTTAAAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATAATTTT-AGTTAAAACAGATTATAA
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAA
* * * * *
29064 TTGGATGTTTATCTCAAGAAAT
320 TTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * ** *
29086 GTGAA-AAAAATGACATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATGGTTGCTTATTCCTTT-AAAAGC
1 GTGAAGAAAAA-GGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-CTTTCAAAAGC
* * * * * * * *
29149 CTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTAATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * *
29214 TTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAACAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCAT
128 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCAT
* * * * * *
29277 TGAG-AAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAAAGG
191 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
********** * * ** *
29341 TTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAAC-TTCTTGTA
255 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAC-TATA
* **
29405 ATTGAATGTCTTCCTATAGAAAC
319 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * ********** * * ** *
29428 ATGAAGAAAAAGACATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCGTTCCATAAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCT
*
29493 TATTACT--C-----A------T-T--T-T-A-AA-T-A-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
** * * * * * * *
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130 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * *
29600 AAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
195 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * ** * *
29665 TAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTACGACAAATTATAATTGA
260 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGA
* *
29730 ATGTCTACCTTGAGATAC
324 ATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * * *
29748 GTGAA-AAACA--CATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATTCTCTCAAAAACTT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCT
* * *
29810 TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
** * * * * *
29875 TCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAA-ATGTATAGAAAAAGCCATTCATTG
130 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG-A-AGAAAAAGGCATTCATTG
* * * * * * * *
29938 GAAAGAAATGTCTATTTATAGTCA-CTATCCCTTTAAAA-CCTTTATTACTCATTTTAGATGGTT
193 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * ** * *
30001 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTAAATTGATTTACATTTTT-AGTTAAAATAAACTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAAT
* * * *
30065 TCAATGTCTTCCTTGAGGAAC
321 TGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * *
30086 ATGAAGATAAAGGCATTCAATGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCT
*
30151 TATTACTCG-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTT-TATTT
65 TATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
30214 TTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGGAACGTGAA-ACAAAA-GCTATCCATT
129 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGGC-ATTCATT
* * * ** * ** *
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192 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * * * * *
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257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* *
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322 GAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * *
30426 GTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTAAGAAAAGT-C--TTCTAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCT
* ** * * * *
30488 CATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTGCTTTGTA-TT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTT
* * * *
30552 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATC-TGAAGAAAAAAGCATCCATTG
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* * * * * *
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193 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* ** * * *
30681 TATAATCTCATAATTTATTTTAAG-AAAATTTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATT
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
** * *
30745 GAACATCTGCCTCGATAAAC
322 GAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * *
30765 AT-ACA-AAAAAGCCATTTATTAGA-AA-AAATA-TCCATTTCTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAG
1 GTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAG
*
30825 CCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * *
30890 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGGCATTCATT
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* * * * **
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192 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
31019 TTTGTAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAA
256 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAA
*
31082 TTGAATGTCTACCTCGATAAAAC
320 TTGAATGTCTACCTCGA-GAAAC
* * * * * *
31105 ATGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTAC-TTCAAACGAC
1 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT-CTTTCAAAAGCC
*
31169 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTACAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTATAT
* * * *
31234 TTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT
127 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * * *
31299 GGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGATT
192 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
31364 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* * *
31429 GAATGTCTACGTCGAGGAAT
322 GAATGTCTACCTCGAGAAAC
*
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31487 TGCTAGGTGA
Statistics
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Consensus pattern (341 bp):
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ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTCGAGAAAC
Found at i:30902 original size:340 final size:338
Alignment explanation
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* * * *
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1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * *
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* * ** *
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129 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACAT
* ** * * * *
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* * * *
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*
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319 TTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
29850 TTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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192 TTTTTGA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-
* * *
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255 ATTG-AA-AAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATG
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317 GTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
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1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * ** *
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66 CGTGAAGA-AAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
** * * * * * *
30317 CCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * ** * * * * * *
30382 TTTTGGTTTAAACAGTCTAGAGTGGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATT
193 TTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * **
30447 GGTAAGAAAAGT-C--TTCTAGTCAT-CCATTCTTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGGT
258 -G-AA-AAAAATCCATTTATAGTC-TCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
30508 TTTATAATCTCAAAATTGAT
319 TTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
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1 TTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * *
30592 ATC-TGAAGAAAAA-AGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCGCTCATTCCTTCAAAA
65 A-CGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* * * *
30655 GCCTGATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-AAAATTTTTTTTAC
127 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTAC
* * * * ** * * * * *
30719 ATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAACATCTGCCTCGATAAACAT-ACA-AAAAAGCCATTT
191 ATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTC
* * *
30782 ATTAGAAAAAATATCCATTTCTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
255 ATT-GAAAAAA-ATCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
30847 TTTTATAATCTCATAATTGAT
318 TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
30868 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * *
30933 CATTAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATT-CTCTCAAAAG
66 CGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTC-ATTCCT-TCAAAAG
** * * *
30996 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTGCAT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * * *
31060 TTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAAACATGAAGAGAAAGGCATTCA
193 TTTTGA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
31124 TTGACAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTAC-TTCAAACGACTTATTACTCGCTTTAAATG
256 TTGA-AA-A-AAATCCATTTATAGTCTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
31188 GTTTTATAATCTCATAATTGAT
317 GTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * *
31210 TTTAAGTTGAATTTATTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
1 TTTAAGTTGAA-TT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * *
31275 AACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAG
64 AACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
31340 CCTTATTATTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* *
31405 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
193 TTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
31439 GTCGAGGAAT
Statistics
Matches: 1303, Mismatches: 225, Indels: 116
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
CGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
TGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAA
AAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGAT
Found at i:32658 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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32624 CCCGGAGTCT
32634 CAAGTCTAAGGAGTATTCACA
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32655 CAAGTCTAAGGAGTATTCACA
1 CAAGTCTAAGGAGTATTCACA
32676 CAA
1 CAA
32679 CTGACACATN
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
CAAGTCTAAGGAGTATTCACA
Found at i:34084 original size:172 final size:156
Alignment explanation
Indices: 33852--34173 Score: 340
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
33842 NNNNNNNNNN
* * * * *
33852 ATGAGATTATAAAATCGTTTAAAATGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATGG
1 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATAG
* * * * *
33917 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTGT-CTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTGAATTATAATCT
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TCCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCT
33981 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNCAATT
130 -TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA---------------CAATT
* * *
34024 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGATTATAAATAG
1 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATAG
* * *
34089 ACTTTTCTTTCGAATGAATGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTT
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTT
34154 TTTAACCAAAAATGTAAAAA
131 TTTAACCAAAAATGTAAAAA
34174 TATTCAATGT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 3
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 22 0.17
172 111 0.83
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (156 bp):
ATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATAG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAACAATT
Found at i:34749 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33689--34919 Score: 737
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
33679 NNNNNNNNNN
* *
33689 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAATTGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
33754 TT-CCTAATGAATGGCTTGTTCTATACGTTTC-CTAAGGTAGACATTAAATTATAATATGTTTTA
66 TTACC-AATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTA
* **********
33817 A-TAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TNNNNNNNNNNATGAGAT
128 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * * *
33859 TATAAAATCGTTTAAAATGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** * * * * *
33924 TTGCCAATGAATGCCTTTGTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTGAATTATAATCTATTTTAAC
66 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAAC
* **************
33989 CAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNCAATTATGAGAT
130 TAAAAATGTAAAAAA-ATTCAATGTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
34031 TACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGATTATAAATAGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
34096 TTTCGAATGAATGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACC
66 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACT
* *
34161 AAAAATGTAAAAATATTCAATGTAAAATCAATTATGAGAC
131 AAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
34201 TATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
34266 TT-CTTAGTGAACGAT-ATTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAATATTTAATTATAGTTTTTTTTA
66 TTAC-CAATGAATG-TCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAG-TCTTTTTA
* * * **********
34329 ACTAAAAATATAAAAGAAGTCAACT-TAAAATCANNNNNNNNNN
128 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
34372 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTTAAAGGAATGACAAACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * ** * *
34437 TTTA-GAATAAACGGT-TGTTTT-TACATGTTTAACGAGACAAG-CATTCAATAATAGTCTGCTT
66 -TTACCAATGAA-TGTCT-TTTTCTACACGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTT
* *
34498 TAA-TGAAAAACGTAAAAAAATTCAACT-AAAAATCAATTATGAGAT
126 TAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGAT
* ** ********** * * * *
34543 TATAAAATCATTTAAAATGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTAC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
34608 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACA
66 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACT
* ** *
34673 AAAAATGTATAAACGTTCAATGTAAAATCAATTATGAGAC
131 AAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
34713 TATGAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * * * *
34778 TTCCCAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTC-CTGAGCTAAATATTCATTTATAGTTTGTTTTAA
66 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAA
** * *
34842 CTAAAAACATAAAACAATTTAA-GTTAAAATCAATTATGAGAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAATG-TAAAATCAATTATGAGAT
** *
34884 TATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
34920 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 233, Indels: 49
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
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TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACT
AAAAATGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:35587 original size:171 final size:171
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35222 AAAGGCTTGA
* * * * * * * *
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* * * * *
35296 TTCAATTATAGCA-TT-TTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTCTGAGA
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********** * * **
35359 TTATANNNNNNNNNNAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATAT
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* * *
35404 GTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * *
35469 TCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATGT-TGAGATTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTA
* *
35533 TAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGG
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
35575 GTAACTATAAATGGACATATGTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * *
35640 TCAATTAT-ATTCTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTAT-A-ATTT
66 TCAATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TT
* * * * * *
35702 ACAAAACCATTTAAAG-CAGGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTGA
129 ATAAAACTATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGG
* * * * ** * * *
35745 GTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * ** *** * *
35810 TCGATCATAGCCTTG-TTTAGTGAAAAATGGAAAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
66 TCAATTATA-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
35874 ATAAAA-TCATTTAACGTGAGTAACAAGG-TTTTCGAAAGAATGG
129 ATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGG
* * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * ** * * * *
35981 TTAATTAT-ATCTGTCGTAGCGAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
36045 AAAA-TCGTTT-AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
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* * * * * * * *
36085 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTATCTCAATGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * ** *
36150 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
36215 AAAACTATTTGCAA-TGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
131 AAAACTATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * ** * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
** *
36321 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAACTACATTTAAAATCAATTATGAGATT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-A-ACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
36386 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
129 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * **
36429 GTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCATTTCTCTTCAGGTTTCTCAACTATAAATG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGT--A--
* * * *** **** * * * *
36494 GACTTTTC--TTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATACAA-TTATAA
61 GAC-ATTCAATTA-TAAT--TTG--TTT-TAACCAAAAAT-GTAA---AAAAATTCAACTTA-AA
* * * ** * * * ** * **
36556 TTTATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTTT
114 ATCA-ATT-A-TGAGATTAT-AA----AA-CT-A-TT----T-AA-AGTGAG-TAATAAGGCTTT
36621 TGAAGGAATGG
161 TGAAGGAATGG
* * * * * * * * * *
36632 GTGACAATAAATGAAATTTTCTTACTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTATACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * *
36697 TCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
36762 GAAA-TCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
131 AAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
36803 GAGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCTAATGAATGGCTTTTT-TGACATGTTTATCAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGAC
* * * * *
36866 ATTCAATTATAATTTTTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * **
36931 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGGTTGG
129 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * ** *
36974 GTGACTATAAATAGA-TATTTCCTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * * * * * *
37038 TTCATTTATAATCTATTTTAACGAAAAATATAAAAATAAATCGACTTAAAATTAATTTTAAGATT
65 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
37103 ATAAAA-TAATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAAGTAATGA
129 ATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
37146 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCCTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * *
37211 TTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAA-T-T-A-ATTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
37272 AAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGA
131 AAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
*** * * *
37313 CAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTAC-CGAGTTAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGAC
* * * * *
37376 ATTCAATTATAGTCTGTTTTTAA-TAAAAAT-TATAAAAAAGTTTAACCTAAAATCAATTATGAG
64 ATTCAATTATAATTTG-TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *****************
37439 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAG---T-ANNNNNNNNNNNNNNNNN
126 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
*****************************************************************
37481 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
******************************************** *
37546 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATCAATTTTGAGATTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
37611 AAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTG
131 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * *
37652 GTGGCTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTAGAGGTAAACTT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
** * * * * * * *
37717 TCAAGAATAATCTGTTTAAACCAAGAATATAAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
37782 AAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
131 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * ** **
37823 GAGACTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCCTGACAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * * *
37888 TCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TCACCTCAAAATCAATTATGAGATTAG
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
37951 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
131 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
37992 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGTTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * * * * * *
38056 TTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAA-TATAAAATTAATTATGAGTTTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
38120 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGAATGA
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * ** * *
38162 GTGACTATAAATGGA-----CTT-----T---T-CCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAAATAAAAAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * *
38213 TCAATTATAATATGTTTTAACCAGAAATGTTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
38277 TAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAAT-A
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * *
38317 ATAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAAT-AATTTTT-TTGACACGTTTC-CTAAGATA
1 GT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTT--CATGTTTCTC-GAGGTA
* * * * ** * *
38378 GAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGTAAAAATTTACCTTAAAATCAATTATGAG
61 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** **
38443 ATTATATCACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGG
126 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* *
38489 GTGGCTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC----TTCTCGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* ** * * * *
38550 TCAATTATAATCTACTTTATCAAAAAATGT-AAAAAATTCAA-TCTAAAATAAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
38613 TAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATAG
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
38655 GTGAGTAGAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTGCATGTTTCAT-GAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAGACA
* * * * * *
38719 TTTAGTTCT--TGTTATTTTAAACAATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAT
65 TTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
38782 TATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
128 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * *
38826 GAGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTCTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * ** * *
38891 TCAATTATAGTCTATTTTAAGAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
38956 AAAAGC-ATTTAAAGTGAGTAAGAACGCTTTCGAAGGAATGG
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* * * * *
38997 GTGGC-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * * * *
39061 TCAATTATAATCTATTTTTACAAAAAATGTAAAATAAATTCAATTTAAAATCAGTTTTGAGATTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
39126 TAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAACTAATGA
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** * *
39168 GTGACTAAAAATGGACTTTTCTTACCAATGGTTGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* ** * * * * * * *
39233 TCAATTCTTGTATGTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATGT-AATTTAAAATTAATTATTAGTTTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * ** *
39297 CAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * * * ** *
39339 GTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGAGGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGACAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * ** ** ** *
39404 TCAATTATAGTTT-TTATAATAAAAAATACAAAACAAATTCTGCTTAAAATCAATTATGACATTA
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
39468 TAAAATTATTTAACGCGAATAATGAGGTTTTTAAAAGAATGG
130 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * ** * *
39510 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTATTGATTGTCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * ** * * * *
39575 TCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTGAAACAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTAC
66 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*** ** *
39640 AAAA-TCATTTAAAACAAGTAATAAGATTTTTGAAGGGAT-G
131 AAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * *
39680 CTGACTATAAATGGGC-ATTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTCCCAAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * ** * *
39743 TTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAACTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATT
* * * **
39807 ATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAA
129 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
39850 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
Statistics
Matches: 3332, Mismatches: 986, Indels: 305
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
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187 7 0.00
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189 13 0.00
190 3 0.00
192 3 0.00
193 6 0.00
194 3 0.00
195 1 0.00
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198 4 0.00
199 3 0.00
200 2 0.00
201 2 0.00
202 4 0.00
203 62 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:36514 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 36432--36533 Score: 159
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
36422 GGAATGGGTG
* *
36432 ACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCATTTCTCTTCAGGTTTCTCA
1 ACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCATTTCTCTTCACGTTTCTCA
* * *
36484 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCT
1 ACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCATTTCTCTTCACGTTTCT
36534 TAAGGCAGAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 45 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (52 bp):
ACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCATTTCTCTTCACGTTTCTCA
Found at i:37259 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 36662--37304 Score: 847
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 338
36652 CTTACTAATG
* * * * * * *
36662 AATACCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTATACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAATAT
1 AATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * *
36727 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAATCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAATAATAAGACTTT
* * * * * **
36792 CGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCCTAATGAATGGCTTTTTTGACATGTTTATC
131 CGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCCACATGTTTATC
* * * *
36857 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATTCACCTTAAAATCAAT
196 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-
*
36922 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGGTTGGGTGACTATAAATA
260 T-T-A-ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGGTTGGGTGACTATAAATA
36987 GATATTTCCTGCCAATA
322 GATATTTCCTGCCAATA
* * *
37004 AATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCATTTATAATCTATTTTAACGAAAAATAT
1 AATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
* * *
37069 AAAAATAAATCGACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAATAATAAGACTT
66 AAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAATAATAAGACTT
* * * * *
37134 TTGAAGTAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCCTCATGTTTCT
130 TCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCCACATGTTTAT
* *
37199 CGAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCA
195 CAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
* * *
37263 ATTAATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
259 ATTAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGA
37305 AGAAATGACA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 42, Indels: 7
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 34 0.13
340 1 0.00
341 1 0.00
342 66 0.26
343 155 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
AATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAATAATAAGACTTT
CGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCCACATGTTTATC
AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGGTTGGGTGACTATAAATAGATA
TTTCCTGCCAATA
Done.