Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398324.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1624.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9218
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 2628 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:417 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2564 Score: 2051
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
* * * * **
1 TGAAGAAACAAG-CATTCATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CT
1 TGAAGAAA-AAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
64 TAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGACATT
65 T-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * * * * *
129 ATTGGTTAAAAGAGATTATACTTGAATGTCTTCGTCT-AGAAACA
128 TTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* *
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* * * *
236 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
301 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CATGCCTT-AGGAAACG
129 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACA
* * * * * *
344 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
409 ACTACTCACTTTAAATTGTCTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
474 GTTTAAAATAAATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAATA
131 GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* *
515 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
** *
580 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* *
644 T-AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACA
130 TGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * ** ** *
686 TAAAGAAAAAAACAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCTTATTTCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * * *
751 ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTCAGTTTAGGTTCAATGTTTTTTGCATTAT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTT
* * ** *
816 T-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATTTTGAGAAACT
130 TGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * * *
858 TGAA-AAAAATGACATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAACCT
1 TGAAGAAAAA-GACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
922 TATTACTCGTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * **
987 TGGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-CTTGTCTTGAGAAACA
130 TGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACA
* * * *
1029 TGTA-AAAAACACCATTCATT-GAGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
1092 TTACTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * **
1156 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTCCCTCAAGAAACA
129 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
1199 TGAAGAAAAAGTCATTTTC-TAGTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAAGCC
1 TGAAGAAAAAGACA--TTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
1262 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* **
1327 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATG
129 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * ** * * ** * *
1370 TAAAGAAACAAG-CATTCATTGGTAAGGCAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTCTTCAAAAGCTT
1 TGAAGAAA-AAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
1434 TATTACTCACTTTAAATTGATTTTA-AGT-T--GAA-T--TTTT---TT-ACATTTTGGTTA-A-
65 TATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT-TTTACAT
**** * * ** * * ** * * * *
1486 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-G--AAACGTGA-AGAA-A
127 TTTTGATTAAAACAG-A-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AACA
* ** ** *** ** * ** **
1529 --AAG-ACATTA-ATT-ATGAAGAACAGTCCA-TTTATAGT-TACCCATTCA----TTCAAAAGC
1 TGAAGAAAAAGACATTCAT-TGGAA-AGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
1583 CTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAT-TGCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTAACA
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * * * *
1647 TTATT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGTAACA
126 TTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * *
1693 TGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATTTATCA-TCACCTATTCCATCAAAAGCCA
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
1757 TATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATATT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *** *
1822 TGGTTAAAATAGACAATAATTGAA-GGCTTACCGCAAGAAACG
130 TGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACA
* * * * * * *
1864 TGAAGAAAAAGACATTTACTGGCAAAG-AAAGTCTATTTATGGTCACTCATTTCTTCAAAATCCT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
** * * * *
1928 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1993 T-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACA
130 TGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* ** * * ** * *
2035 TGAAGAAACAAG-CATTCATTAGTGAGACAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCTT
1 TGAAGAAA-AAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
2099 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTA
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * * * * **
2164 TTGGTTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTAGCTTGAGAAATG
129 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * *
2207 TGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * *
2272 ATTACTCGCTTAAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACAGTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
2337 -AGTTAAAACATACTACAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
131 GA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
2378 TGTAGAAAAAGCCATTCATT-GAGAAG-AAAGTCCGTTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
2441 TACTACACGCTTTAAATTGTTTTATAGTCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT
* * * ** * *
2506 TT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAACGTCTCCCTCAAAAAACG
129 TTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
2549 TGAAGAAAAAGACATT
1 TGAAGAAAAAGACATT
2565 TTCTANNNNN
Statistics
Matches: 1887, Mismatches: 418, Indels: 175
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
150 6 0.00
151 28 0.01
154 4 0.00
155 16 0.01
156 6 0.00
157 7 0.00
159 1 0.00
160 20 0.01
161 14 0.01
162 16 0.01
163 15 0.01
164 1 0.00
165 4 0.00
166 3 0.00
167 8 0.00
168 14 0.01
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170 307 0.16
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172 518 0.27
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
Found at i:876 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--2564 Score: 2517
Period size: 343 Copynumber: 7.5 Consensus size: 341
* * * * *
1 TGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
65 AATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGACATTA
66 -ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTA
* * * * * * *
130 TTGGTTAAAAGAGATTATACTTGAATGTCTTCGTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA
129 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTG-
* * * **
195 G-AAAAAAAGTCTATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
193 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATT
* * *
258 TTATAATCTTATTATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAAT
* *
322 TGAATG-CATGCCTT-AGGAAACG
320 TGAATGTC-TACCTTGA-GAAACA
* * * * * * *
344 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
409 A-CTACTCACTTTAAATTGTCTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTT
66 ATC-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTAT
* * * * * *
473 TGTTTAAAATAAATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAA-TATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
130 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGG
537 CAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTT
194 C-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTT
* *
602 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAA
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
*
667 ATGTTTACCTTGAGAAACA
323 ATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * ** *
686 TAAAGAAAAAAACAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCTTATTTCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
751 ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTCAGTTTAGGTTCAATGTTTTTTGCATTAT
66 ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTAT
* * * ** *
816 TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATTTTGAGAAACTTGAA-AAAAATGACATTCATTGG
130 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAA-GACATTCATTGG
* * * * * * **
880 CCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGTTTTT
194 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
* *
945 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAA
259 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
**
1010 ATG-CTTGTCTTGAGAAACA
323 ATGTC-TACCTTGAGAAACA
* * ** *
1029 TGTAA-AAAACACCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCC
1 TG-AAGAAAAAACCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
1092 TTA-CTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
64 TTATC-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * *
1155 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTCCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT-TTCT
128 ATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCAT-T
* * * * *
1219 AGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
192 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATT
*
1284 TTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAAT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAAT
**
1348 TGAATGTCTACCTTGAGAAATG
320 TGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * ** * * * *
1370 TAAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGGCAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
1435 ATTACT--C-----A-------CT--T-T-A-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TT
66 ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATT
* * * *
1480 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTAATTATG-
131 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATT-GGC
* * * * *
1544 AAGAACAGTCCATTTATAGTTACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTT
195 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-ATTTT
* * * * *
1608 ATAAT-TGCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTAACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATT
259 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
1672 AAATGTCTAGCTCGAGTAACA
321 GAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
1693 TGAAGAAAAAGA-CATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATTTATCA-TCACCTATTCCATCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
1756 ATATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TA
64 TTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTA
* * * * * * * *
1820 TTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAA-GGCTTACCGCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTACT
129 -TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATT
* * * * * * *
1884 GGCAAAGAAAGTCTATTTATGGTCACTCATTTCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT
192 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATT
* * *
1949 TTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
257 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
2014 GAATGTCTACCTCT-AGAAACA
321 GAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* * * ** * * * *
2035 TGAAGAAACAAGCATTCATTAGTGAGACAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
2100 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTAT
66 ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTAT
* * * * * *
2165 TGGTTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTAGCTTGAGAAA-TGTGAAGAAAAATACATTCATTGG
130 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * *
2229 CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAAAAAGTTT
194 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA-TTT
* * *
2293 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACATACTACAATTG
258 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
2358 AATGTTTGCCTTAAGAAACA
322 AATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * **
2378 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAAGTCCGTTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2441 TA-CTACACGCTTTAAATTGTTTTATAGTCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATT
65 TATC-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATT
* * * * * * * *
2505 TTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAACGTCTCCCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATT
128 ATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATT
2565 TTCTANNNNN
Statistics
Matches: 1820, Mismatches: 325, Indels: 153
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 3 0.00
322 156 0.09
323 104 0.06
324 3 0.00
325 2 0.00
327 1 0.00
330 1 0.00
334 1 0.00
337 1 0.00
339 2 0.00
340 7 0.00
341 237 0.13
342 589 0.32
343 696 0.38
344 17 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTT
ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATT
GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTTGAGAAACA
Found at i:1241 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1204--1241 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1194 AAACATGAAG
*
1204 AAAAAGTCATTTTCTAGTAA
1 AAAAAGTCATTTTATAGTAA
1224 AAAAAGTCCA-TTTATAGT
1 AAAAAGT-CATTTTATAGT
1242 CACCCATTCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.88
21 2 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAGTCATTTTATAGTAA
Found at i:1578 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 1296--1600 Score: 397
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
1286 ATAGTCTCAT
1296 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * * **
1361 TGAGAAATGTAAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGGCAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTCTTC
66 CAAGAAACGTAAAGAAACAAGCATTAATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTC
*
1426 AAAAGCTTTATTACTCACTTTA
131 AAAAGCCTTATTACTCACTTTA
**
1448 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* *
1512 CAAGAAACGTGAAGAAA-AAGACATTAATT-ATGAAGA-ACAGTCCATTTATAGT-TACCCA-TT
66 CAAGAAACGTAAAGAAACAAG-CATTAATTGGT-AAGACA-AGTCCATTTATAGTCT-CCCATTT
*
1572 CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
127 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1599 AA
1 AA
1601 AGGTTTTATA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 14, Indels: 11
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
150 9 0.07
151 97 0.72
152 28 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (152 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACGTAAAGAAACAAGCATTAATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:4545 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4227--4679 Score: 390
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
4217 NNNNNNNNNN
* * * *
4227 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGACAAGTGAAGAA
1 AATTTTTTAACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGACAAGTGAAGAA
* *
4292 AAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC
66 AAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTACTC
** *
4357 GCCTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTAC
131 GCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGTTAC
* * *
4398 AATTGTTTTAACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGTA-ACGTGAAG
1 AATT-TTTTAACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAG-ACAAGTGAAG
* * ********** * * * *
4462 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCTATTCCTTCAAGAGCCATATTAT
64 AAAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTAC
* * *
4527 TCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-G
129 TCGCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AGTTAC
* ** * * * * * * * * *
4570 ATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAAGGCCTACTTGGAGA-AACATGAAGA
1 AATTTTTTAACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGACAA-GTGAAGA
* * * * * * * *
4634 AAAAGACATTTACTAGCAAAAAAAGTCTATTTATGGTCACTCATTC
65 AAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
4680 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 64, Indels: 8
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 75 0.35
172 132 0.62
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTAACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGACAAGTGAAGAA
AAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTACTC
GCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGTTAC
Found at i:5909 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5588--6563 Score: 1015
Period size: 172 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
5578 NNNATGGGTG
* ** * * * * * *
5588 ACTATAACTGGACTTTTCTGACCAATGAATGTCTTTTTT-TTCAAATTTTTGAAGCTAGACATTA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-CTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
5652 AATTATAATATATTTTAAGC-AATAATGTAAAAACAATTGAACCTAAAATGAATTTTTAGATTAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
*
5716 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAA
*
5760 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * *
5825 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
** * * * * **
5890 ATTATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
131 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAA
* * * * *
5931 ACTATAAATAGACTTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACTTTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* *
5996 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* *
6061 AATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATA
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA-A
* * * *
6103 ATTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGC-TTTTTCTATATATTT-TCCAAGGTAGGA-AT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACATTTCT-CAAGGTA-GACAT
* * **
6165 TCAATTATAGCCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
6229 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTA
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAA
* * **
6274 ACTATAAATGAACTTTT-TTTCTCAATGAATG-TCTTTTTCTTTACGTTTCT-AGACCTAGACAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTC-CAATGAATGCT-TTTTTCTTTACATTTCTCA-AGGTAGACAT
* * * * * * *
6336 TCAAGTATAATCTGTTTTAACCAATAATTGAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTA
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
6401 TAAAACCATTTAAAGCGATTAATTCA-GCTTTTGAAGGAATAAGAG
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAA
** * * * * *
6446 ACTATAAATAAACTTGTC-TTGCATATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCA-ATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
6510 AATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATGT-AACTTAAAATTAATTT
65 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTT
6564 AAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 108, Indels: 47
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.01
171 296 0.44
172 364 0.54
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAA
Found at i:6207 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5581--6557 Score: 1085
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
5571 NNNNNNNNNN
* * * ** *
5581 ATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTGACCAATGAATGTCTTTTT-TTTCAAATTTTTGAAGCTA
1 ATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTT-ACGTTTCT-AAGCTA
* * * * * *
5645 GACATTAAATTATAATATATTTTAAGCAATAATGTAAAAACAATTGAACCTAAAATGAATTTTTA
63 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAACAATTGAACCTAAAATCAATTTTGA
5710 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAAACTATAAATGGACTT
126 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAAACTATAAATGGACTT
* * *
5775 TTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
191 TTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTATACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTATTTT
* ** **
5840 AACTAAAAATCCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAATTATTTAAAATAAG
256 AACTAAAAATCCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAG
*
5905 TAATAAGGCTTTTGAAAGA
321 TAATAAGGCATTTGAAAGA
* *
5924 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTA
1 ATGGGTGACTATAAAT-GAC-TTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCT-AAGCTA
* * * * *
5989 GACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAG
63 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAACAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
6054 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATAATTATAAATGGACTT
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGA-AACTATAAATGGACTT
* * *
6118 TTCTTTTCAATGAATGGC-TTTTTCTATATATTT-TCCAAGGTAGGA-ATTCAATTATAGCCTAT
191 TTCTTTCCAATGAAT-GCTTTTTTCTATACATTTCT-CAAGGTA-AACATTCAATTATAGCCTAT
** *
6180 TTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
253 TTTAACT-AAAAATCCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* *
6244 TGAGTAATAAGGCATTTGAAGGA
317 TAAGTAATAAGGCATTTGAAAGA
* *
6267 ATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTTT-CTCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTAGACCTA
1 ATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTTTTAC-CAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTA-AGCTA
* * * *
6331 GACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAATAATTGAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGA
63 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAA-AAATGTAAAACAATTGAACCTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * **
6396 GATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATTCA-GCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAAACT
126 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAAACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
6460 TGTC-TTGCATATGAATGCTTGTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGT
190 TTTCTTTCCA-ATGAATGCTTTTTTCTAT-ACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTAT
* **
6523 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATGT-AACTTAAAAT
253 TTTAACTAAAAATCCAAAAAAAT-TCAACTTAAAAT
6558 TAATTTAAAG
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 74, Indels: 44
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 76 0.14
343 389 0.72
344 68 0.13
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATGGGTGACTATAAATGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTAAGCTAGAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAACAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAAACTATAAATGGACTTTTCTT
TCCAATGAATGCTTTTTTCTATACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTATTTTAACTA
AAAATCCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATA
AGGCATTTGAAAGA
Done.