Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398329.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1629.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2559
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.31
Warning! 342 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:487 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16--1180 Score: 934
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 172
6 TGAACTTTTT
* * * ** * * * * *
16 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTTTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAAGCA
1 TACATTTTTTA-TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACGGAAAGAAAAAGGTA
* * * *
79 TTCGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATA-CTTATTACACACTTTA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-ACCTTATTACTCACTTTA
* *
143 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
129 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
* ** * * * * * *
187 TACATTTTTTAATATGACAGATTATAATTGAATGGCAGCCTTAAGAAACGGGAAGAAAAAGGCAT
1 TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACGGAAAGAAAAAGGTAT
* * * * * * **
252 ACATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAGACCCTCATTACTTGCTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
* * * ** * * *
317 TGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTTAGTTGAAGTAGTT-
131 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
* * ** *
358 TACATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCAATCTTGAGAAACACAAAGAAAAAGATAT
1 TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACGGAAAGAAAAAGGTAT
** * * *
423 TTGTTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTAATACTCACTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
488 TAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTG
131 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
** * * * * * ** *
530 TACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCATCC-TCAAAAATTGTG-AAGGTAAAGGC
1 TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAA-CG-GAAAGAAAAAGGT
* * *
593 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCACTTT
* * * * *
658 ACATGATTTTATAATGC-CATAATGGATGTT-AAGTTGAACTT-TTT-
128 AAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGAT-TTAAATTTGAA-TTATTTG
* * * * * * * * * *
702 TATA-TTTTTAGTTAAAAAACACTAGAATTG-ATGTCTACCTTGATAAATGTAATGAACAAGGTA
1 TACATTTTTTA-TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACGGAAAGAAAAAGGTA
* * * * * *
765 TTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATATTAACCCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACATTA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTA
*
829 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAGATTTGAATTCA-TTG
129 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-ATTTG
* * * *
873 TACATCATTCTA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCT-AGAAACATTGAAA-AAAAA-
1 TACAT-TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCT-TGAGAAAC--GGAAAGAAAAAG
* * * *
934 G--TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTT
62 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTT
* * *
997 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTG
127 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
* ** * * ** *** *
1043 TACATTGTTGGTTAAAAAGGATTATAA-TGCAATGTTAACCTCCAGAAACGTG-AAGGTCAAGGA
1 TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTG-AATGTCAACCTTGAGAAACG-GAAAGAAAAAGGT
* * * * * **
1106 ATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTAATAATCACCCATTCCTTCAAAAAGTCTTATTACTTGCTTT
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCACTTT
*
1171 ACATGGTTTT
128 AAATGGTTTT
1181 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 187, Indels: 70
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 14 0.02
170 169 0.22
171 228 0.30
172 278 0.36
173 74 0.10
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACGGAAAGAAAAAGGTAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTG
Found at i:778 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1012 Score: 1153
Period size: 343 Copynumber: 3.0 Consensus size: 340
* * *
1 TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGATGTTTACCTCGAGAAACGT
1 TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTGATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * *
66 AATGAAAAAAGCATTCGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATA-CTT
66 AATGAAAAAGGTATTCGTTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-ACCTT
*
130 ATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT
130 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTT
* ** * * * * * *
195 TTAATATGACAGATTATAATTGAATGGCAGCCTTAAGAAACGGGAAGAAAAAGGCATACATTGGC
194 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAA-AAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * * *
260 AAGAAAAATCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAGACCCTCATTACT-TGCTTTAAATGGTTTT
258 AAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT
* * *
324 ATAATGTCATAATTAATTT
322 ATAATGCCATAATGAATGT
* * ** * * *
343 TTAGTTGAAGTAGTTTACATTTTTTA-TTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCAATCTTGAGAAAC
1 TAAGTTGAACTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTG-ATGTCTACCTTGAGAAAC
** * * * * *
407 ACAAAGAAAAAGATATTTGTTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCT
64 GTAATGAAAAAGGTATTCGTTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCT
* * *
472 TAATACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
129 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
* * * * **
537 TTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCATCCTCAAAAATTGTGAAGGTAAAGGCATTCATTGG
194 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAAAA-TGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * *
602 CAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTACATGATTT
257 CAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
*
667 TATAATGCCATAATGGATGT
321 TATAATGCCATAATGAATGT
* * * *
687 TAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAACACTAGAATTGATGTCTACCTTGATAAATGT
1 TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTGATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * *
752 AATGAACAAGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATATTAACCCATTCCCTT-AAAAGCCTT
66 AATGAAAAAGGTATTCGTTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAACCTT
* * * *
816 ATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAGATTTGAATTCATTGTACATCAT
130 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT--T
* *
881 TCTA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACAT-TGAA-AAAAAAG--TTCATT
193 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTC-A-AAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * *
941 GGTAAGAAAAGTCCA-TATATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
255 GGCAAGAAAAGTCCATTA-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
*
1005 TTTGTAAT
319 TTTATAAT
1013 CTCAAAATTG
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 98, Indels: 32
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 35 0.06
341 35 0.06
342 41 0.07
343 356 0.64
344 81 0.15
345 8 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTGATGTCTACCTTGAGAAACGT
AATGAAAAAGGTATTCGTTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTA
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
TGCCATAATGAATGT
Found at i:1180 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--1152 Score: 1058
Period size: 343 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
* * * *
1 TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTTTACCTCGAGAAACG
1 TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTAACCTTGAGAAACG
* * * * * * * * * * *
65 TAATGAAAAAAGCATTCGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATACTT
65 TAA-GGACAAGGAATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAA-CCTT
*
130 ATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT
128 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT
* ** * * ** *
195 TTAATATGACAGATTATAATTGAATGGCAGCCT-TAAGAAAC-GGGAAGAAAAAGGCATACATTG
193 CT-ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCT-AGAAACATTGAAGAAAAAGG-ATTCATTG
* * * * * **
258 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAGACCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTT
255 GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
323 TATAATGTCATAATTAATTT
319 TATAATCTCATAATTGATTG
* ** * *
343 TTAGTTGAAGTAGTTTACATTTTTTA-TTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCAATCTTGAGAAAC
1 TAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTAACCTTGAGAAAC
** * * * ** *
407 ACAAAGAAAAAGATATTTGTTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCT
64 GTAAGGACAAGGA-ATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTC-AAAACCT
* * *
472 TAATACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
127 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
* * * * **
537 T-TGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCATCCTC-A-AAA-ATTGTGAAGGTAAAGGCATTCA
192 TCT--ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACA-T-TGAAGAAAAAGG-ATTCA
* * *
598 TTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTACATG
252 TTGGCAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
663 ATTTTATAATGC-CATAATGGA-TG
315 GTTTTATAAT-CTCATAATTGATTG
* * * *
686 TTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAACACTAGAATTG-ATGTCT-ACCTTGATAAA
1 -TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGT-TAACCTTGAGAAA
* * * * * * * *
749 TGTAATGAACAAGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATATTAACCCATTCCCTT-AAAAGC
63 CGTAA-GGACAAGGAATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATT-CCTTCAAAA-C
* * * *
813 CTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAGATTTGAATTCATTGTACAT
125 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
* *
878 CATTCTATAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATTGAA-AAAAAAG-TTCATT
190 -TTTCTATAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATTGAAGAAAAAGGATTCATT
* *
941 GGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
254 GGCAAGAAAAGTCCAT-TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
1006 TTGTAATCTCAAAATTGATTG
318 TTATAATCTCATAATTGATTG
* * * * * * **
1027 AAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTTAAAAAGGATTATAA-TGCAATGTTAACCTCCAGAAA
1 TAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTG-AATGTTAACCTTGAGAAA
* * * *
1091 CGTGAAGGTCAAGGAATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTAATAATCACCCATTCCTTCAAAA
63 CGT-AAGGACAAGGAATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAA
1153 AGTCTTATTA
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 124, Indels: 66
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 52 0.08
341 66 0.10
342 102 0.16
343 336 0.51
344 88 0.13
345 5 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTTAACCTTGAGAAACGT
AAGGACAAGGAATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAACCTTATT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTCTA
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATTGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTG
Found at i:2387 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2205--2545 Score: 317
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 160
2195 GTAATAAGGC
* **********
2205 TTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-NNNNNNNNNNCTTCATATTTC
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAATATCTTTTCCTTCATATTTC
2269 TAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGCAC-AGAATTCAAATTTAAAT
66 TAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TGCACAAGAATTCAAATTTAAAT
*
2333 CAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNA
129 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG----------A
* * * *
2375 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AATATCTTTTCCTTCATATTT
* * * ** * *
2440 CTTGATGTTGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAAAAATGCACTAAGAATTGAAATTTTAAT
65 CTAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAC-AAGAATTCAAATTTAAAT
2505 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
129 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* *
2537 GTATGAAGG
1 TTTTGAAGG
2546 CTTTTGACAG
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 25, Indels: 16
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 8 0.06
170 44 0.31
172 90 0.63
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAATATCTTTTCCTTCATATTTC
TAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCACAAGAATTCAAATTTAAATCA
ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
Done.