Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397361.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1318.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39849
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Warning! 1994 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1217 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1200--1229 Score: 51
Period size: 4 Copynumber: 7.5 Consensus size: 4
1190 CTTCTTCCCC
*
1200 CTTT CTTC CTTT CTTT CTTT CTTT CTTT CT
1 CTTT CTTT CTTT CTTT CTTT CTTT CTTT CT
1230 CCCCTTCTCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 24 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (4 bp):
CTTT
Found at i:4034 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3643--6256 Score: 2476
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 170
3633 GAGGTCGTTA
* *
3643 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCATTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * * *
3708 GAAAGCCTTATTACTC-TTGTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTTTC
65 GAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ***
3772 TTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCGGTC-
129 TTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * ** *
3813 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTT
1 TAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* ** * * * * *
3878 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAGTGGTTTGATAACCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAATTTT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * *
3942 TTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTT
129 TTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* *
3984 TAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
4049 GCAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTT-AGTTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
4113 TACA-TTTGGAGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTGCCT
130 TACATTTTTG-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
4154 TTGGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * ** * * *
4219 AAAATCTTTATTACTTACTTTAAAAGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* ** * **
4283 TTACATTTTTGTTTAAAATAAATTATAATTGAACATTTGTCT
129 TTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
4325 TGGGAAACATGAAGC-AGAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGCCATTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * * *
4389 GATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAAATTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
4454 TATATTTCTT-ATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCT
130 TACATTT-TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
4495 TAGGAAACGTGAAACAAAAGCTATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTCATATTCACTCAAACCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
4560 AAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
4624 TTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAATGT-TCACCT
129 TTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-ACCT
* * * * ** * * **
4666 CATGAAACGTGAAGC-AAAGTCATCTGTTGGCAAGAAAAGACCATTTCTAGTCGTTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
** * * * *
4730 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTCTATTATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
4795 TACATTTTTGTTTAAGATAAATTATAACTGAATGTCTACCT
130 TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
4836 AAAGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * ** * *
4901 GATAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAATTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * *
4966 TATGTTTTTTGTTAAAAAAAATCATAACTAAATGTCTGCCT
130 TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** *
5007 CA-AAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * *
5071 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA-ATATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
5134 TTAGCATTTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATATCTACCT
129 TTA-CATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
5177 CAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAA-AAATTA-TCCATTTTTATTCGCTCAAGCCT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAA--AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * ** *
5240 TTGAAAGCCTTATGACTCGTTTTAAATGATTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
63 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
5305 TTTATATTTTTGTTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCC
128 TTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * * *
5348 CAGGAAACGTGAAGCAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCGTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTT
* * ** *
5413 -GAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
5477 TTATATTTTTGGTTAAAAATAAATTATATTTGAATGTTTGCCT
129 TTACATTTTTGGTT-AAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
5520 CAAGAAACATGTAA-CAAAAGCCATCCATTAGTAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCA
1 TAGGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-
* * * ** * *
5583 TT-AAAAACCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTCAATTA
62 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
5647 TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCT
127 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** *
5691 T-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCTAA-CCT
1 TAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCT
* * * * * * *
5754 TCAAAAGACTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTTTT
63 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
5819 TTTACATTTTTGGTCAAAACATACTATAACTAAATGTCGACC-
128 TTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * *
5861 TCGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
5926 GAAAGCCCTATTACTCGCTTT-AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* **
5990 TACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGGC-
130 TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
6030 TCGAGAAACATGAGGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCACA-CC
1 TAG-GAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCC
* * * * * * *
6094 TTTGAAAGTCTTATGACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTT
62 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * **
6159 TTTTACATTTTTTG-CAAAA-ACAGTTATATTTGAATGTCTGCAA
127 TTTTACATTTTTGGTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
6202 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
6257 CCANNNNNNN
Statistics
Matches: 2006, Mismatches: 383, Indels: 110
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 92 0.05
170 797 0.40
171 896 0.45
172 218 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
Found at i:4285 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3643--6256 Score: 2528
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 341
3633 GAGGTCGTTA
*
3643 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCATTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
* * * *
3708 GAAAGCCTTATTACTC-TTGTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTTTC
66 GAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
3772 TTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCGGTC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
130 TTACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * ** * **
3836 ATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
193 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * ** *
3901 AGTGGTTTGATAACCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAATTAAAATATAT
258 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAAT
*
3965 TATAATTAAATGTCTACTT
323 TATAATTAAATGTCTACCT
* *
3984 TAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTT
* * *
4048 TGCAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTT-AGTTGAATTTTT
65 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * *
4112 TTACATTTGGAGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTGCCTTTGGAAACATGAACCAAAAGCCA
130 TTACATTTTG-GTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * **
4177 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAAAATCTTTATTACTTACTTTAA
194 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
4242 AAGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATAAAT
259 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAAT
**
4306 TATAATTGAACAT-T-TGTCT
323 TATAATT-AA-ATGTCTACCT
* * * *
4325 TGGGAAACATGAAGC-AGAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGCCATTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
* * * * * *
4389 GATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAAATTTTT
66 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * *
4454 TATATTTCTTATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAACAAAAGCTAT
131 TACATTT-TGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
4519 CCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTCATATTCACTCAAACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAA
195 CCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
4583 ATAGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAT
259 AT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAAT
*
4647 TATAACTAAATGT-TCACCT
323 TATAATTAAATGTCT-ACCT
* * * * ** * * * *
4666 CATGAAACGTGAAGC-AAAGTCATCTGTTGGCAAGAAAAGACCATTTCTAGTCGTTCAAGCCTTC
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
** * * * *
4730 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-GATTCTATTATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
66 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * * * *
4794 TTACATTTTTGTTTAAGATAAATTATAACTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGCAAAAACCA
130 TTACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * *
4859 TCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTTCTCGCTTTAA
194 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * * * * * *
4924 ATCATTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAAAAAATC
259 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATT
* *
4989 ATAACTAAATGTCTGCCT
324 ATAATTAAATGTCTACCT
* * ** * *
5007 CA-AAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
* * * * *
5071 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAATATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
66 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
5135 TAGCATTTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
131 TA-CA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * ** * *
5200 TCCATT-AGCAA-AAATTA-TCCATTTTTATTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATGACTCGTTT
194 TCCATTGA-CAAGAAA--AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * * *
5262 TAAATGATTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGTTTAAAATAA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAA
* * * * *
5327 ATTATAACTGAATGTTTGCCC
321 ATTATAATTAAATGTCTACCT
* * ** * * * *
5348 CAGGAAACGTGAAGCAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCGTT
1 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAG-CCTT
* * * *
5413 -GAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTT
65 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
5476 TTTATATTTTTGGTTAAAAATAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGTAA-CAAAAG
129 TTTACA-TTTTGGTT-AAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG-AAGCAAAAG
* * *
5540 CCATCCATTAGTA-AA-AAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAACCTTATTTCTCG
191 CCATCCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCG
** *
5602 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTCAATTATTTTATATTTTTGGTTAAAA
253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * *
5667 TAGATTATATTTGAATGTCTACCT
318 TAAATTATAATTAAATGTCTACCT
* * * **
5691 T-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCTAA-CCT
1 TAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTC-AAGCCT
* * * * * *
5754 TCAAAAGACTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTTTT
64 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * ** * * * **
5819 TTTACATTTTTGGTCAAAACATACTATAACTAAATGTC-GACC-TCGAAAATGTGAAGCAAAAGC
129 TTTACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * *
5882 CATCCATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTT
192 CATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
5946 T-AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAA
* **
6010 ATTATAATTGAATGTCTGGC-
321 ATTATAATTAAATGTCTACCT
* * *
6030 TCGAGAAACATGAGGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCACA-CC
1 TAG-GAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCA-AGCC
* * * * * * *
6094 TTTGAAAGTCTTATGACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTT
63 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * *
6159 TTTTACATTTT--TTGCAAAA-ACAGTTATATTTGAATGTCTGCAATAAGAAACGTGAAGAAAAA
128 TTTTACATTTTGGTT--AAAATA-AATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
* * *
6221 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
190 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
6257 CCANNNNNNN
Statistics
Matches: 1882, Mismatches: 335, Indels: 112
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 7 0.00
340 370 0.20
341 1062 0.56
342 151 0.08
343 279 0.15
344 11 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTC
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTAT
AATTAAATGTCTACCT
Found at i:5674 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5631--5678 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
5621 CTCATAATTG
* * **
5631 ATTTTTGGTTCAATTATTTTAT
1 ATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
5653 ATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
1 ATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
5675 ATTT
1 ATTT
5679 GAATGTCTAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.10, T:0.58
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
Found at i:7046 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6863--7229 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
6853 NNNNNNNNNT
* **
6863 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACCAAATGTCTACCTT-GTGAAAC-
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAAATTATAACCAAATGTCT-CCTTCAAGAAACG
* * * * * * ** *
6926 ATAAAGTAAAAGCCAT-TCATT-GAAATGTAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGC
64 A-AAAGCAAAAACCATCT-ATTGGAAA-GAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCATAAAAAGC
*
6989 CTTATTACTCGCTCT-AAAT-GATTTTATAATCTCATTATTGATTTG
126 CTTATTACTCGCTCTAAAATGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * **** *
7034 AAGTTAAATTTTTTTATATTATTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTCAAGAAACGA
1 AAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAATAAATTATAACCAAATGTCTCCTTCAAGAAACGA
* * *
7099 GAAGCAAAAACCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGTCATAAAAAGCCTTA
65 AAAGCAAAAACCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCATAAAAAGCCTTA
* * *
7164 TTACTCGCTTTAAAATGGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCGCTCTAAAATGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
*
7207 AAGTTGAATTATTTTATATTTTT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
7230 TATTANNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 28, Indels: 13
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 102 0.63
172 15 0.09
173 41 0.25
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAAATTATAACCAAATGTCTCCTTCAAGAAACGAA
AAGCAAAAACCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCATAAAAAGCCTTAT
TACTCGCTCTAAAATGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
Found at i:9896 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9183--20460 Score: 8664
Period size: 171 Copynumber: 66.1 Consensus size: 171
9173 AAACAACTAT
* * * * ** *
9183 AAGAAAACTCCATTTATAGGCACTAAAGCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * *
9248 TAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAATTAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
9313 TGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAGGCCATTCATTGGT
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * *
9354 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATAAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * *
9419 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * * *
9483 TGTCTGCCTCGAGAAACATGAACCAAAAGATATCCACTAGT
131 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * * * **
9524 GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTTGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
9589 TAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * *
9653 AATGTCTGCC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCAATTGGT
129 AATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
9696 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTGT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
9760 ATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTCTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
9825 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCTTCCATTGGC
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * ** *
9867 AAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAAACTTATTGCTC-CTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
9931 TAATCTCATGATTGATTTTAAGTAGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** *
9996 ATGTCTACCTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
10037 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTCA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
10102 TAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGTA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
10167 TATCTACCTTGGGACACATGAAGAAAAAAGTCATCCATTGAC
131 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
10209 AAGAAAAGTCAATTTATAATTATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
10274 TAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** ** * **
10338 TGTCTGCGTCT-AGCAATGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGAT
131 TGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * ** * * *
10379 AAGAAAAGTCTATTTCTAGTCAC-CATTCTTTTTAAAGCCTTATTACTTG-TTATAAGTGGTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTT
* * * * ** *
10442 ATAACCTCATAATTCATTCTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* *
10506 ATGTCTG-TTTCGATG-AGCA-GAAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
130 ATGTCTGCCTT-GA-GAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
10548 AAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
10613 TAATCTCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAATAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
10678 TGTCTGTCAC-AG-GAAACATAAAGAAAAAACCTTTCATTGGC
131 TGTCTG-C-CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * * * * * ** *
10719 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTGAAAGCCGTATTACTTGCTTGAGGTGGTTTGA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** * *
10784 TAACCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
10849 TCTCTG-CTTCAGGAATCATGCAGCAAAAGCTATCCATGGGC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * **
10890 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
10955 TAATTTTATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCT-ATTAAAATAGATTATATTTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * **
11019 AATGTCTGCCATG-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
129 AATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
11062 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
11126 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAACTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** * * ***
11190 ATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGGCATCCATTTAT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
11232 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCATT-AAAACCCTTATTTCTCGCTTTAATTGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
11296 ATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * *
11361 ATGTCTACCTCT-AGAAATGTGGAGTACAAG-CATTCCATTTGC
130 ATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGC
* ** * * * * * * *
11403 AAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAACCTTCAAAAGACTTATTTCTCCCTTTACATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
11468 TAATCTCA-AGATTTA-TTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTG
66 TAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTG
* ** * *
11530 AATATCTGCCTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTTGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* *
11572 AAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
11636 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * * **
11701 TGACTGTCTAGAAAAACGTGAAGCAAAAACCATCTATTGAT
131 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
11742 AAGAAAAGTCTATTTTTAGTCAATCAAGCTTTTC-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * ** * * *
11806 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAACGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAGTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** *
11871 ATGTTTACC-TCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTAGC
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
11913 AAGAAAAGTTCATTTTTAGAT-ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
11977 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACA-TTTTGATTAAAATAAATTATAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** * * * * *
12041 ATGTCT-ATTTCAAGAAACATGGAGGAAAAGACATCCATTGAC
130 ATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
12083 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAATAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
12147 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
12212 CTGTCTGCC-TCACAAAACGTGAAACTAAAA-CTATTCATTGGT
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGC
* *
12254 AAGAAAAGTCCATTTATCGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
12318 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** * *
12383 ATAT-TCGCC-TCATGAAACACAAAGCAAAAGCCATCTATGGGC
130 ATGTCT-GCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * *
12425 AAGAAAAGTCCATTTCTAGAT-GTTCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * *
12489 ATAGTCTTATAATTGAATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAATAAATTATAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * **
12554 ATGTTTAG-CTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGAGATCCATTGG-
130 ATGTCT-GCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
12595 AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTCACTTTAAATTGTTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
12660 ATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAGTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
12725 ATGTTTGCC-TAAGGAAGCGTGAAGCAAAAGCCATACATTGGT
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * * *
12767 AAGAAAAG-CTCATTTGTAGTCACTCAAACCATT-AAAAACCCTATTTCTCACTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
12830 TATAACCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTGAAAACAGATTATATTTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * *** * **
12894 AATGTTTGCATCGA-ATTTATTG--GCGAGAAA--AATTTATTGGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACA-TGAAGC-A-AAAGCCATCCATTGGC
* * ** * * * * * * *
12935 GAGAAAAATTTATTCATAATCATTCAAGCCTTCAGAAA-ACTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
12999 ATAATCTCATGACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** *
13064 ATGTCTACCAAGCCTTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC
130 ATGTCT-----GCC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
13111 AAAACAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * *
13176 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * **
13241 ATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
13283 AAGAAAAATCTATTTTTAGTCACTCAACCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * *
13348 TAATCTCAT-ATATGATTTTAAGGTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAACTAA
66 TAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** * * *
13412 ATGTTTGCC-TCATGAAACGCGAACCAAAAGCCATCTATTGGG
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * ** * ** **
13454 AATAAAAGTCCATTTCTAGAT-GCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCTTTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** *
13518 ATAGTCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTAT-ATTCG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-G
* ** * *
13582 AATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGT
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
13625 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCATTATTTCTTGTTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** *
13689 ATACTCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATTATGTTTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** ** * * *
13754 ATTTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCCTTCATTGCC
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * *
13796 AAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGACTTATTGCTC-CATTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTT
* * * * *
13860 ATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** * * **
13925 CTGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGCATAAGCCATCCATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
13967 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
14032 TAGTCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGTTTAAATAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * ** * * *
14097 TATCT-CCCTCAGGAAACATGAAGTGAAAGGCATCCTTTGAC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
14138 AACAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** *
14203 TAATCTCAGT-ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTCTCATTAAAATAGATTATATTTGA
66 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * * *
14267 ATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGACATCCATTAGT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
********** * * * *
14309 AAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACTCAAGCTTTCGATAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
14374 TAATCAT-ATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAACACATTATAACTAA
66 TAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * ** **
14438 ATGTTTGGCTT-ATGAAACGTGTAA-CAAAAGTCATTTATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
14480 AAAAAAAGTCCATTTATAGTGACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * * * * *
14545 GAATCCCATAATTGATTTTAAATAAAATATTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
14610 TGTCTACCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGAC
131 TGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
14651 AAAAAAAATTCAATTTATGGCCACTCAA-CC-ACTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
14714 TATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTATATTTTTGGATAAAACAGATTATATTTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * *
14778 AATGTCTGCCATAAGAAACGTAAAGCAAAATCCCTCCATTGTC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * *
14821 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCCCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** *
14886 CAATCCCATAATAGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT-ATTAG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-G
* * ** * *
14949 AATATCCAG-CTCCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGC
129 AATGT-CTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * * *
14992 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCGTTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACACGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ********** * * * *
15057 TAATCTCATATTTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATATATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** ** *
15122 TGTCCACC-CAAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * *
15163 AACAAAAGTTTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTCA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
15228 TAGTCACGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** * * * **
15293 TGT-TTACTATGAGAAACATTAAGCAAAAGTCATCTATTGAA
131 TGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
15334 AATAAGAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * * *
15399 TAATCTCATTATTAATTTGAAGATGAATTTTTTAAAATTCTTGTTTAAAACAGATTATATTTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * *
15464 TGTCTGCCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATCGGC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * * * * * **
15505 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCTCATTACTTG-TTTGAACGGTTCG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
15568 ATAACCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTGA-ATTTTTATTTAAAATATA-TCTAATTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * *
15631 AATAT-TTTCTTAGGGAAACATCAATCAAAAGCTATCCATTGGC
129 AATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * *
15674 AAGAAAAGTCCAATTGTAATCACTCAAGCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
15738 ATAATCTCATTACTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAATTTTCGATAAAAATAGATTA-CATTGG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-G
** * * *
15802 AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCTATTGGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
15845 AAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCTAA-CCTTCAAAAGCCTTATTGCTC-CATTT-AA-GGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTT
* * * *
15906 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA----ATT-C---TTT-ATTAAAATATATTACAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * * *
15961 AATGTCTGTC-AGCAGAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTAGA
129 AATGTCTGCCTTG-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * ** * * *
16004 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAA-TCTCTCAAAAAACTTATTGCTAGCTTTAATTGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
16068 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-CTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * ** *
16132 CTCTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACCGGT
130 ATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * ** *
16174 AAGAAAAGTACATATATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
16239 TAGTCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATGTTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
16303 TGTC-ACTCTCGAGAAACATGGAGC-AAAGCCATCCATTGAC
131 TGTCTGC-CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * *
16343 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAGGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
16408 TAATCTTATTATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
16473 TGTCTG-CTTCAGGAAATATGAAGCAAAGGCCATCCATT-GC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * *
16513 TAAAAAAAGTTCGTTTATAGTTACTTAA-CCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * * * * ** * * *
16576 TATAATCTCATAATCCATTCTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTGACTAAAATAAATTATAACTA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * **
16641 AATGTCTGTCTCGGGAAACATAAAGCAAAAGACATCTGTTGGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * *
16684 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
16749 TAATATCATAATTGAATTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAATAAATTATATTTGG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * **
16812 ATGTCTGCC-TCAGGAAGCGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * *
16854 AAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTCAAG-CTATTAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
16918 ATAAACTCATAATTGAATTTT-AGTTGAATTATTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATATTTG
65 ATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * *
16982 AATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * * * *
17025 AATAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTC-AGAAGACTTATTGCTAC-CTTTAAAAGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
17088 TATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * *
17153 AATGTTTGCCTTGA-AAATGTAAAGCAAAAGTCATCTATTTGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * *
17195 AAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTGCGAAAG-CTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
17259 TAATCTCAGAATTAATTTTAAGTTGAGTTTCTTTATATTTTTAGCTAAAATACATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
17324 TGTTTACCTCG-GAAAATATGAAGCAAAA-CCTATTCATTAGC
131 TGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAGCC-ATCCATTGGC
* * *
17365 AAGAAATA-TTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCCCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
17429 ATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTGTGGCTAAAATAAATTATAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
17494 ATGTTTGCCTT-AGGAAACATTAAGCAAAAGCCATCTATTGAC
130 ATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
** * * ** **
17536 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGCCTTCAAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
17601 TAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT--TTAAAAATAAATTATAACTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAATAGATTATAATTGA
** * * *
17664 ATGTCTATCTCT-AGAGACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAC
130 ATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** * *
17706 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
17771 TGATCTCATTACTAATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** * * * * * * *
17836 TGTCAACCTAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGT
131 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * ** ** * * * *** *
17877 AAAAAAATTTTATTTATAGTCACTCATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTTTGTGGTTTGA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** *
17942 TAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
18007 TGTCTG-CTTTAGGAAGCATGAAGCAAAAGCTATCCATTGAC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * *
18048 AAGAAAAGTCAATTTATAGTTGCTAAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
18113 TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * **
18177 ATATCTACCGTG-GAAAACATGAAGCAAAAAGCTATCTATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
18220 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCAATCCTTTGAAAGCCTGACTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * *
18285 TAATCTCATTACAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
18350 TGTTTGCC-TCAGGCAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTTGC
131 TGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *** * * * * * * * *
18391 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTATAAGTAGATTGA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * *
18456 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAATTAAAATATAATATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
18520 TGTTTG-CTTCGAGAAGCATAAAACAGATA-TCATCCATTGGT
131 TGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGC
* * * **
18561 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
18626 TACTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTCT-ATTAAAATAGATTATATTTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * *
18690 AATGTCTACC-TCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAGTGGT
129 AATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * *
18733 AAGAAAAGTTCAGTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCGTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
18797 ATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAACTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * *
18862 ATGTCTGCCCTTG-GAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGT
130 ATGTCTG-CCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
18904 AATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
18968 CTAATCTCATAATTGATATTT-AGTTTAATTTTTTAATAGTTTTGGTGAAAATAGATTATATTTG
65 ATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * *
19032 AATGTATGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTTGC
129 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* ** * * * * *
19075 -AGAAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTT-TAAAACACTTATTCCTCCCTTTAAATGGTTT
1 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
19138 TATAATCTCATGATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACATATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * * *
19202 GAATGTCTGTC-TCAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC
128 GAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* *
19245 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** * *
19310 TAATCTTATAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * **
19375 TGTTTACCTTTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGAT
131 TGTCTGCC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
19416 AAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********* * * ** * * *
19481 NNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * *
19546 TGT-TCACCTCATGA-AATGA-GAAGCAAAAGCCATCAATTGAC
131 TGTCT-GCCT--TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * *
19587 AAGAAAAGTCTATTTCTAGAT-GCTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
19651 ATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *** *
19715 ATGTCT-ACTTCGGGAAACGTGAAGCAAAAAATATCCATTGAC
130 ATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * *
19757 AAGAAAAGTTC--TTATAGTCAGTCACA-CCTT-GAAATAGCCTTATTA-TCAGCGTT-AA-GGT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG-AA-AGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGT
* * *
19815 ATTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATGGATTATA
62 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA
* * * ** *
19879 TTTGAATGTCTGCC-TCAGAAA-ATGTGAAACAAAAATCATCCATTGGT
125 ATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * **********
19926 AAGAAAAGTCCATATATTGTCACTAAAGCCATT-AAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
19990 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AACTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * *
20054 AATGTTTGCCTT-ATGAAACGTCAAGCGAAAGTCATCTATTAGC
129 AATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * **********
20097 AAGAAAAGTCCATTTCTAGGT-GCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * *
20161 ATAGTCTCATAATTGAATTTATGTTGAATTTTTTCACATTTTTATTTAAAATAAATTATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * **
20226 ATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTGAT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * ** ** * *
20268 TAGAAAAGTCTATTTGTAGTTACTCAAGCTTTTGAAATTCACATTGCTCG-TATTAAATTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTT
* * * * * *
20332 ATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAATAAATAATATTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** *** * *
20397 ACGTCTGCCTCAAGAATTGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGT
130 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
*
20439 AAAAAAAG-CTCATTTATAGTCA
1 AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA
20461 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 8796, Mismatches: 2031, Indels: 560
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
159 86 0.01
160 7 0.00
161 29 0.00
162 2 0.00
164 2 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 10 0.00
168 195 0.02
169 633 0.07
170 2118 0.24
171 4783 0.54
172 772 0.09
173 17 0.00
174 7 0.00
175 6 0.00
176 15 0.00
177 107 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
Found at i:10120 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8716--27159 Score: 10878
Period size: 342 Copynumber: 54.0 Consensus size: 341
8706 GGTGTTACAA
* * **
8716 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * **
8781 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAATCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * ** * *
8846 CATTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTAACCCCTC-AAAAACTTATTACTAGCTTTAATT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
8910 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTAT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
* * * * * * * **
8975 -ATTCGACTATTTGCCTCATG-AAAGGTGAAGTAAAAACCATCCATTGGGTAGAAAAGTCCATTT
261 AATT-GAATGTCTGCCT--TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
9038 ATAGTCACTCAAGACTTTG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * * * *
9057 AAAGCTTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATACTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
9122 ACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTCCCTCGAGAAACAT-AA--AACAA--C-T
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAA-AAGCCAT
* * * * ** *
9181 --A-T---AAGAAAACTCCATTTATAGGCACTAAAGCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** *
9240 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAATTAGATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * *
9305 TATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
260 TAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
* **
9370 TAGTCACTCAAGCCATAA
324 TAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
9388 AAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * **
9452 ATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAACCAAAAGATATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * ** * * * * * * *
9517 CACTAGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTTGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * *
9582 TATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * ** * * *
9646 ATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
259 ATAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
*
9711 ATAGTCACTCAAGCCATT-A
323 ATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * *
9730 AAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
9795 ACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCTTC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* ** * * ** *
9860 CATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAAACTTATTGCTC-CTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
9924 GGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTAGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * *
9989 TAACTAAATGTCTACCTTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAATGTCCATTTAT
260 TAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
10054 AGTCACTCAAACCTTCA
325 AGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * *
10071 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTCATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
10136 ATATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGTATATCTACCTTGGGACACATGAAGAAAAAAGTCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-CAAAAGCCAT
* * * * * *
10201 CCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAATTATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
10266 TAGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * ** * * *
10330 TATTTGAATGTCTGCGTCT-AGCAATGTGAAAAAAAAGCCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCTATT
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATT
* ** * **
10393 TCTAGTCAC-CATTCTTTTT
322 TATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * * *
10412 AAAGCCTTATTACTTG-TTATAAGTGGTTTGATAACCTCATAATTCATTCTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * ** *
10476 TA-ATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GTTTCGATG-AGCA-GAAAGCAAAAGC
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GA-GAAACATG-AAGCAAAAGC
* * *
10537 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCACTTT
127 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
10602 AAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAATAGA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * * * * * *
10667 TTATATTTGAATGTCTGTCAC-AGGAAACATAAAGAAAAAACCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
257 TTATAATTGAATGTCTG-C-CTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCA
* ** * *
10731 TTTATAGTCACCCATTCTTTTG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * ** * * * *
10753 AAAGCCGTATTACTTGCTTGAGGTGGTTTGATAACCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * * * *
10818 ATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTTAATCTCT-GCTTCAGGAATCATGCAGCAAAAGCTAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
10882 CCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * * *
10947 TTATTTTATAATTTTATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCT-ATTAAAATAGAT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGAT
* * *
11011 TATATTTGAATGTCTGCCATGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCAT
258 TATAATTGAATGTCTGCC-TTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
*
11075 TTATAGCCACTCAAGCCATT-G
321 TTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* *
11096 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** * *
11160 ACATTTTTGATTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGGCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
*** * * * * * *
11225 CATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCATT-AAAACCCTTATTTCTCGCTTTAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
11289 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * **
11354 TATTTGAATGTCTACCTCT-AGAAATGTGGAGTACAAG-CATTCCATTTGCAAGAAAAATTTATT
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCCATTTGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
11417 TATAGTCATTCAAACCTTCA
322 TATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * *
11437 AAAGACTTATTTCTCCCTTTACATGGTTTTATAATCTCA-AGATTTA-TTTAAGTTGCATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * **
11500 TACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATATCTGCCTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
11564 TCATTTGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
11628 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * *
11693 TAACTGAATGACTGTCTAGAAAAACGTGAAGCAAAAACCATCTA-TTGATAAGAAAAGTCTATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCTTG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTT
* * *
11757 TTAGTCAATCAAGCTTTTC-
323 ATAGTCACTCAAGC-CTTCG
* * * **
11776 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAACGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
11841 ATATTTTTTATTAAAATATATTATAAGTAAATGTTTACC-TCATGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** * * * * *
11905 TTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTTTAGAT-ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
11969 ATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACA-TTTTGATTAAAATAAATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* ** * * * * * *
12033 ATAACTGAATGTCT-ATTTCAAGAAACATGGAGGAAAAGACATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTAT
259 ATAATTGAATGTCTGCCTT-GA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
*
12096 TTATAGTCACTCAAGCCTT-T
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
12116 AATAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * * * * *
12181 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGACTGTCTGCC-TCACAAAACGTGAAACTAAAA-CT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGC-AAAAGCC
* * * *
12244 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
12308 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * **
12373 TTATAACTAAATAT-TCGCCTCATGAAACAC--AAAGCAAAAGCCATCTATGGGCAAGAAAAGTC
257 TTATAATTGAATGTCT-GCCT--TGAAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTC
* ** * *
12435 CATTTCTAGAT-GTTCAACCCTTCA
318 CATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCG
* * * * * * *
12459 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGAATTTAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * **
12524 ACATTTTTATTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTAGCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGAGATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
12589 CATTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTCACTTTAAA
131 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
12653 TTGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAATAAATAA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * *
12718 TAGTTGAATGTTTGCCTAAGGAAGCGTGAAGCAAAAGCCATACATTGGTAAGAAAAG-CTCATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTC-CATTT
* * *
12782 GTAGTCACTCAAACCATT-A
323 ATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * * * * *
12801 AAAACCCTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *** *
12866 ACA-TTTTGGTGAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCATCGA-ATTTATTG--GCGAGAAA--A
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGC-A-AAAGCC
** * * ** * * * * * *
12925 ATTTATTGGCGAGAAAAATTTATTCATAATCATTCAAGCCTTCAGAAA-ACTTATTTCTCACTTT
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
12989 AAATGGTTTAATAATCTCATGACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * *
13054 TTATAACTGAATGTCTACCAAGCCTTTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAAACAAA
257 TTATAATTGAATGTCT-----GCC-TTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGA-AAA
*
13119 GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
315 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
13146 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * *
13211 ATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
** * * * * * *
13276 CATTGATAAGAAAAATCTATTTTTAGTCACTCAACCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** *
13341 GGTTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTAAGGTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTA
196 GGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * *
13405 TAACTAAATGTTTGCCTCATG-AAACGCGAACCAAAAGCCATCTATTGGGAATAAAAGTCCATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCT--TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
* * **
13469 CTAGAT-GCTCAAGCCTTTA
323 ATAG-TCACTCAAGCCTTCG
* ** ** * *
13488 AAAGCCTTATCACTCTTTTTAAATAATTTTATAGTCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** ** **
13553 ACATTTTTTATTAAAATAAATTAT-ATTCGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * * *
13617 CCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCATTATTTCTTGTTTTAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
13681 ATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
** * * * ** * * * * **
13746 ATGTTTAAATTTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCCTTCA-TTGCCAAGAAAAATTTATT
259 ATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATT
* *
13810 TATAGTCATTCAAGCCTTCA
322 TATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
13830 AAAGACTTATTGCTC-CATTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
13894 TATATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTGACTGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGCATAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** * * *
13959 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
14024 TAGTTTTATAGTCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGTTTAAATAAATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * ** * *
14089 TAATTGAATATCTCCCTCAGGAAACATGAAGTGAAAGGCATCC-TTTGACAACAAAAGTCCATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTT
* * *
14153 ATGGTCACTCAAACTTTCG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
14172 AAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAGT-ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * ** * * *
14236 TATATTTCTCATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGACAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * ********** * * * *
14301 CCATTAGTAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACTCAAGCTTTCGATAGCCTTATTACTCACTTCAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
14366 TGGTTTTATAATCAT-ATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAACACATT
195 TGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * ** * *
14430 ATAACTAAATGTTTGGCTT-ATGAAACGTGTAA-CAAAAGTCATTTA-TTGATAAAAAAAGTCCA
259 ATAATTGAATGTCTGCCTTGA--AAACGTG-AAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCA
*
14492 TTTATAGTGACTCAAGCCTTCG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * ** *
14514 ATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCCCATAATTGATTTTAAATAAAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
14579 AAATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * *
14643 CCATTGACAAAAAAAATTCAATTTATGGCCACTCAA-CC-ACTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 CCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
14706 AATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTATATTTTTGGATAAAACAGAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * *
14770 TATATTTGAATGTCTGCCATAAGAAACGTAAAGCAAAATCCCTCCA-TTGTCAAGAAAAATCCAT
258 TATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
* *
14834 TTATAGTCACCCAAGCCTTTG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
14855 AAAGCCTTATTTCTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATAGATTTTAAGTT-AGATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
** * * * * * **
14919 TATATTTTTTATTAAAACAGATTAT-ATTAGAATATCCAGCTCCAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * ** * * * * *
14983 TCCACTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGTTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACACGTTTTAA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ********** * *
15048 ATGGTTTTATAATCTCATATTTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATATATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * ** ** * * * * **
15113 ATAACTAAATGTCCACCCAAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAAGTTTATTT
259 ATAATTGAATGT-CTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
*
15178 ATAGTCGCTCAAGCCTTCG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * *
15197 AAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTCATAGTCACGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
15262 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTA-CTATGAGAAACATTAAGCAAAAGTCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* ** * * * *
15326 CTATTGAAAATAAGAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * * *
15391 TGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTGAAGATGAATTTTTTAAAATTCTTGTTTAAAACAGATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * ** * *
15456 TATTTAAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTA
260 TAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
** *
15521 TAGTCAC-CTATTCTTTCG
324 TAGTCACTC-AAGCCTTCG
* * * * ** * * *
15539 AAAGCCTCATTACTTG-TTTGAACGGTTCGATAACCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * ** * * * *
15603 GA-ATTTTTATTTAAAATATA-TCTAATTAAATAT-TTTCTTAGGGAAACATCAATCAAAAGCTA
66 -ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * *
15665 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTGTAATCACTCAAGCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
15729 AATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAATTTTCGATAAAAATAGAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* ** * * *
15794 TA-CATTGGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
258 TATAATT-GAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
15858 TTATGGTCACTCTAA-CCTTCA
321 TTATAGTCACTC-AAGCCTTCG
*
15879 AAAGCCTTATTGCTC-CATTT-AA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA------
1 AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * ** *
15934 -AT-TCTTT-ATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGTC-AGCAGAAATGTGAAACAAAAGCCA
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * * ** * *
15995 TCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAA-TCTCTCAAAAAACTTATTGCTAGCTTTA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
16059 ATTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-CTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * *** * *
16123 TATATTTGACTCTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACCGGTAAGAAAAGTACAT
258 TATAATTGAATGTCTGCCT-TGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
16187 ATATAGTCACCCAAGCCTTCG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
** * * * *
16208 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTGTAGTCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
16272 ATGTTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTC-ACTCTCGAGAAACATGGAGC-AAAGCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * *
16335 CCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAGGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
16400 TGGTTTTATAATCTTATTATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * ** * * * *
16465 TATTTGAATGTCTG-CTTCAGGAAATATGAAGCAAAGGCCATCCA-TTGCTAAAAAAAGTTCGTT
260 TAATTGAATGTCTGCCTT--GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-AAGAAAAGTCCATT
* *
16528 TATAGTTACTTAA-CCATT-G
322 TATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* ** * * * *
16547 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCCATTCTAAATTAAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * ** * * * *
16612 ACATTTTTGACTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTGTCTCGGGAAACATAAAGCAAAAGACATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
** * * * *
16677 TGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
16742 TGTTTTATAATATCATAATTGAATTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTT-AAATAAATTA
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * *
16805 TATTTGGATGTCTGCCTCAGGAAGCGTAAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTT
* **
16869 ATAGTGACTCAAG-CTATTA
323 ATAGTCACTCAAGCCT-TCG
* * * *
16888 AAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTT-AGTTGAATTATTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * *
16952 TACATTTTTGGCTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCTT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * ** * * *
17017 CCATTGGCAATAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTC-AGAAGACTTATTGCTAC-CTTTA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACT-CGCTTTA
* * * * *
17080 AAAGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * *
17145 TATAACTGAATGTTTGCCTTGAAAATGTAAAGCAAAAGTCATCTATTTGCAAGAAAAGTCTATTT
258 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
17210 ATATTCACTCAAGCCTGCG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * *
17229 AAAG-CTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTAATTTTAAGTTGAGTTTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
17293 ATATTTTTAGCTAAAATACATTATAATTGAATGTTTACCTCG-GAAAATATGAAGCAAAA-CCTA
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAGCC-A
* * * * *
17356 TTCATTAGCAAGAAATA-TTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCCCTTTA
129 TCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
17420 AATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTGTGGCTAAAATAAAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * *
17485 TATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATTAAGCAAAAGCCATCTA-TTGACAAGAAAAGTCCAT
258 TATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
** * *
17549 TTATAGTTGCTTAAGCCTTCA
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
** ** * * *
17570 AAATTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
17635 ATATTTTT--TTAAAAATAAATTATAACTGAATGTCTATCTCT-AGAGACATGAAGTAAAAGCCA
66 ATATTTTTGGTT-AAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * ** * *
17697 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
17762 ATGGTTTTATGATCTCATTACTAATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* ** * * * * * * * * * **
17827 ATATTTGAATGTCAACCTAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAATTTTATTT
259 ATAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
** * *
17892 ATAGTCACTCATTCTTTTG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* *** * * * *
17911 AAAGCCTTATTACTTGCTTTTTGTGGTTTGATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
17976 ATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGAAGCATGAAGCAAAAGCTAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * ** * * * *
18040 CCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTTGCTAAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
18105 TGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * * * *
18169 ATAACTGAATATCTACCGTGGAAAACATGAAGCAAAAAGCTATCTA-TTGATAAGAAAAGTCCAT
259 ATAATTGAATGTCTGCC-TTGAAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
* * * *
18233 TTATAGTTATTCAATCCTTTG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * **
18254 AAAGCCTGACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACAGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * *
18319 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGATTTGAATGTTTGCC-TCAGGCAACATGAAGAAAAAGCTAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *** * * * * *
18383 TCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTATAAG
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * ** * *
18448 TAGATTGATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAATTAAAATATAATA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * * *
18512 TAATTGAATGTTTG-CTTCGAGAAGCATAAAACAGATA-TCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
260 TAATTGAATGTCTGCCTT-GA-AAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATT
*
18575 TATAGTCACGCAAGCCTTCG
322 TATAGTCACTCAAGCCTTCG
* ** * *
18595 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATACTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * **
18660 TACATTTTCT-ATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACC-TCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCC
65 TATATTTT-TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * * *
18723 ATCCAGTGGTAAGAAAAGTTCAGTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCGTT
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
18787 AAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * * *
18852 TTATAACTAAATGTCTGCCCTTGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAATAAAAGTCTAT
257 TTATAATTGAATGTCTG-CCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
18917 TTATAGTCACCCAAGCCATT-A
321 TTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * *
18938 AAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATATTT-AGTTTAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * ** *
19002 AATAGTTTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTATGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCTT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * ** * * * * *
19067 CCATTTGC-AGAAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTT-TAAAACACTTATTCCTCCCTTTA
130 CCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTA
* * * *
19130 AATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACATA
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* *
19194 TTATAATTGAATGTCTGTCTCAGAAATA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCA
257 TTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCA
*
19257 TTTATAGTCACTAAAGCCTTCG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
19279 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * *
19344 ATATTTTTTATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTACCTTTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* ** * *
19408 CTATTGATAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
********** * * ** *
19473 TGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * *
19538 TAACTAAATGT-TCACCTCATG-AAATGAGAAGCAAAAGCCAT-CAATTGACAAGAAAAGTCTAT
260 TAATTGAATGTCT-GCCT--TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
* * *
19600 TTCTAGAT-GCTCAAGCCTTTG
321 TTATAG-TCACTCAAGCCTTCG
* * * * * *
19621 AAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ***
19686 ACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTA-CTTCGGGAAACGTGAAGCAAAAAATAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
19749 CCATTGACAAGAAAAGTTC--TTATAGTCAGTCACA-CCTT-GAAATAGCCTTATTA-TCAGCGT
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG-AA-AGCCTTATTACTC-GCTT
* *
19809 T-AA-GGTATTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
191 TAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** * *
19871 GGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGAAAATGTGAAACAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
254 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTC
* * * *
19936 CATATATTGTCACTAAAGCCATT-A
318 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
********** *
19960 AAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AACTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * *
20024 TATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTT-ATGAAACGTCAAGCGAAAGTCA
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * *******
20088 TCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGGT-GCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNN
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*** * * * * ** *
20152 NNNGGTTTTATAGTCTCATAATTGAATTTATGTTGAATTTTTTCACATTTTTATTTAAAATAAAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * *
20217 TATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGACATCCA-TTG-ATTAGAAAAGTCTA
258 TATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCA--AGAAAAGTCCA
* * * *
20280 TTTGTAGTTACTCAAGCTTTTG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
** ** * * * *
20302 AAATTCACATTGCTCG-TATTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * ** ***
20366 TACATTTTTGGTTCAAATAAATAATATTTGAACGTCTGCCTCAAGAATTGTGAAGCAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * ****************************
20431 TCATTGGTAAAAAAAG-CTCATTTATAG----TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
20491 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTGAAAAAAGATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * ** * * **
20556 ATATTTGAATGTTTGTGC-AGAGAGATATGAAGCAAAAGCCCTCCATTAGCAAGCAAAA-TTTAT
259 ATAATTGAATGTCTG-CCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAG-AAAAGTCCAT
* * *
20619 TCATAATCATTCAAGCCTTCAG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTC-G
* * * * ** *
20641 AAA-ACTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATGTTTGATTTTACGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
20705 ATATTTTTGATTAAAACATATTATAACTGAATATCTACCTTG-GAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
** *****************************************************
20768 CATTTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 CA-TTGGC----AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*****************************************************************
20833 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
*************************************************************** *
20898 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA
256 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
20963 TTATA---ACTGAATGTTTACCTTGGG
321 TTATAGTCACTCAA-G----CCTT-CG
* * ** * * * * * *
20987 AAA-CATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGAAAAGAAAAGTCTATTTTTA-GTCACTCAA--GCTTT
1 AAAGCCT----TATTA--C-TCGC-TTTAAATG----GT-T-TTATAATCTCA-T-AATTGATTT
* * ** * * * * *
21047 CGAAAGCCTT--ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATATATGATTTTAACATGAACT-
50 --TAAG--TTGAATT--T---TTT-TATA-TTTT-TGGT-TAAAATA-AATTATAA-TTGAA-TG
* * **** ** * ** * * * * * **
21109 T-T---TTTACATTTTTG-ATTAAAA--TAT--ATT-ATAACTAAATGTTCACCTCATGAAACGA
99 TCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCA-TTTAT-AGTC-A
* * * * **
21164 GATGCAAAAGCCATCTATTGGGAAGAAAAGTCCATT-TCTAGATGCTCAAGCCTTTGAA-AGCCT
160 -CT-C--AAG-C--C--TT----CG-AAAG-CC-TTAT-T--A--CTC--G-CTTTAAATGGTTT
* * * * ** **
21227 TATTA-CTCACT--TTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTC
201 TATAATCTCA-TAATT-GAT--TTTA--AGT-T--GAATT---TTT---TT-ACATTTTTGGTT-
*** * * * * * ** * * * * * ** **
21289 ATTTTTGGTTA-AAATAAAT-TAT-ATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
249 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA----AACGT---GAAGCA-AAAGC-CATCCATT
* * *
21351 CCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-A
305 ----T-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * *
21393 AAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * ** * *
21457 TACATTTTTGATGAAAACAGATTATGTTTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTTAAGCAAAAGCTC-
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGC-CA
* * * ** * * * ** * * *
21521 TTCATTGCCGAA-AAAAATTTATTTATAGTCATTGAATCCTTCGATGGACTTATTGCTTC-ATTT
129 TCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTT
* * * * * * *
21584 TAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * *
21649 TTATATTTGACTGTTTGCCTCGAGAAACGTAAAGCATAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTA
257 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCA
* * *
21713 TTTATAGTCATTAAAGTCTTCG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * ** * *
21735 AAAGTCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATTGTCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * ** * **
21800 ACATTTGCGGTTTAAATAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGATACATGAAGCAAAAGGTATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * *
21865 CGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCCTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * **
21930 GATTTTAAAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTAT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
* * * * * ** *** *
21995 ATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGTAAAAGATATCCATTAATAAGAAAAAG-CCATCTA
261 AATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAG-AAAAGTCCATTTA
*
22059 TAGTCACTCAAGCTTTCG
324 TAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
22077 ATAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * * * * * *
22141 TACATTTTTAATAAAAATATATTATAACTAAATGTCCGA-C-TCATGAAACGTGTAGCAAATGCC
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGT-CTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCC
** ** * * *
22204 ATTTATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACTCAAGCCTTCGGTAA-CCTTATTACTCGCTTT
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
22268 AAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* ** * * * * *
22333 TTATAACTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCA-GTGACAAAAAAATTCCA
257 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCA
*
22397 TTTATGGTCACTCAA-CCATT-G
320 TTTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * *
22418 AAAGCCTTATTTCTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * * *
22483 ATATTTCTGGCTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAATCCCTT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * *
22548 CATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGACAGTCTTATTTCTCCCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
22613 GGTTTTACAATCTCATAATAGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATGTTTT-GTT-AAACAGATT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATT
* * ** ** * * * * * *
22675 GT-ATTGGAATATCTGAATCCAGAAACATGAAGCAAAAGCAATCCACTAGCAAGAAAAGTTCACT
259 ATAATT-GAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
22739 TATAGTCGCTTAAGCTTTCG
322 TATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
22759 AAAGCCTTATTACACGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
22824 ATATTTTTCATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCC-----CAAGA-GAA--AAAA-CCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* *** *
22880 CATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTTGTTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * *
22945 GGTATTATAGTCACATAATTGATTTTATGTTGAGTTTTTTAACATTTTTGGGTAAAATAAATTAT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
* * * * * *
23010 AACTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAATAAGAGTCCATTTA
261 AATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTA
*
23074 TAGTCACTTAAGCCTTCG
324 TAGTCACTCAAGCCTTCG
** * * * *** * * *
23092 AAAGTTTTATTTCTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTCCTGATTTGAAATTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * * **
23157 AAATTCTTGTTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTATCTT-AGGAAATATAAAGAAAAAGTTAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* ** * * ** * * *
23221 TCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
23286 CGGTTTGATAA-C-C-----TCA---TAA-TTG-A--TTTTT--A----T--TTAAAATATA-TC
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* ** ** ** * *
23328 TAATTGAATATCTGTTTTGAGAAACACGAATAAAAAGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCAATT
260 TAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTT
*
23392 GTAGTCACTCAAGCCCTT-G
323 ATAGTCACTCAAG-CCTTCG
* * *
23411 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** ** * * *
23476 GA-ATTTTTGATTAAAACAGATTAT-ATTGGAATATCTGGCTCAAGAAACGTAAAGCGAAAGCCA
66 -ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * *
23539 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAA-CCTTTGAAAGCCTTATTGCTC-CATTT
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * *
23602 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAA-TTTTTT--A-------TTAAAATATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * *
23657 TTACAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCTATCCA-TTACTAAGAAAAGTCCA
257 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-AAGAAAAGTCCA
* * *
23721 TTTATAGTTACTTAAGGCC-TCA
320 TTTATAGTCACTCAA-GCCTTCG
** * * * * * * * *
23743 AAAAACTTATTGCTAGCTTTAATTGGCTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGCTGTA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** ** * * *
23807 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATGTTTGGCTGTTTACCTATG-GAAACATCAAGCAAAATCCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
23871 CCATTGGCAAGAAAAGTACATATATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTCAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
23936 TAGTTTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTGTGGTTAAAATA-ACTT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TT
* * * *
23999 ATAACTGAATGTCTTG-CTCGAGAAA-GATGAAGC-AAA---AT-C-GTTGATAAGAAAAGTCCA
259 ATAATTGAATGTC-TGCCTTGA-AAACG-TGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCA
*
24056 TTTATAGTTACTCAAGCCTTCG
320 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
24078 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * ** * *
24143 ATATTTTTCATTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TTGCTTTAGAAA-ATGTGAAGCAAAGGCCA
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCA
* ** *
24206 TCCATT-GCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTACTCT
129 TCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
24269 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * ** * * * *
24334 TTATAACTAAATGTCTGTCTTAGGAAATGCAAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
257 TTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* *
24399 TTATATTCACTCAAGCCTTTG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
24420 AAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
24484 TTCATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
66 AT-ATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCA
* ** * *
24548 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTATTAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
24612 AATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTCAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAA
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * * * * * ** *
24676 TTATATTTGAATGTCTACCTCGAGGAACATGAAGCAAAAGCCTTCTATTGGCAATAAAAATTTAA
257 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
* * * **
24741 TTATAATCATTCAAGCTTTTA
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * * *
24762 AAAGACTTATTGCTCCCTTTAAAAGGTTTCATAATCTCATGATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * * * * * ** *
24827 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTTTGCCCTGA-AAATGTGAACCAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
24891 CTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAACCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * **
24955 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATCTTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * *
25019 TAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAATGTCCATTTA
260 TAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
25084 TAGTCATTAAAGCCTTCG
324 TAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
25102 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * * *
25167 ACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAGCTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* ** * * **
25232 TATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAGGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
25297 GGTTTTATAGTCTTATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTTAAATAAATTAT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
* ** * * * * * * *
25361 AACTGAATGTCTATCTTCAGAGACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAATGTCCATTTAT
261 AATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
25426 AGTCACTCAAGCCTTTG
325 AGTCACTCAAGCCTTCG
* *
25443 AAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ATATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
25507 TATATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* ** * * * *
25572 ACATTGATAAGAAAACTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *** *
25637 TAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTACA-TTAAATTTTTATATATTTATAACTAAAATAAATT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
** * * * * * *
25701 ATAGCTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAAGCCATCTA-TTGACAAGAAAAGTCTAT
259 ATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCAT
* *
25765 TTATAGTCATTGAAGCCTTCG
321 TTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* ** * * *
25786 AAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGATTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * * * * * ** * *
25851 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGGCTACCTCGGGCAATGTGAAGAAAAAGCTAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** * ** * ** * * * *
25916 TGATTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAG
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * ** * *
25981 TGGTTTGATAACCTCATAATTGAATTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTG
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* ** * * * *
26045 TAATTGAATGTCTGCTTTGGGAA-GTATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTT
260 TAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACG--TGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
26109 ATTGTCACTTAAGCCATCG
323 ATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
26128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATTTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TT
* * * * * ** * *
26192 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTCAATGTCTGTCTT-AGAAA-ATGTAAAGAAAAAAC
64 TTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGCAAAAGC
* * * * ** * * * *
26255 CTTTCATTGG-TAGAAAACGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTTGAAA-TCTTATTACTTGCTT
127 CATCCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * ** *
26318 TAAGTGGTTTGATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * **
26383 ATTATAATTAAATCTCTG-CTTCGGGAATCATGAAGCAAAAGCTATCCATGGGCAAGAAAAGTCC
256 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCC
*
26447 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCG
319 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
26470 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTAATCATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
26535 A-ACTTTTTTGTGAAAATAGATTATATTTGAATATCT-GCTTCAGAAACATGAAGCACAAGCCAT
66 ATA-TTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
26598 CCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
26662 ATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATA-AAT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * * * *
26726 ATTAACTAAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
259 A-TAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATT
*
26791 TATAGTCACTCAAGCCATT-A
322 TATAGTCACTCAAGCC-TTCG
* * * * ** *
26811 AAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTTTGTTGAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * ** * * *
26876 ACATTTGT-GTGAAAACAGATTATGTTTGAATGTTTGTCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCTTC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* ** * * * * * *
26940 CATTTGCAAGAATAA-TTTATTTATAGTCATTCAAGTCTTCAAAAGACTTATTCCTCACTTTAAA
131 CATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * ** * *
27004 TGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAATTGTATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* *
27069 TAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAAAAAAGTCCATTTAT
260 TAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
27134 AGTCACTTAAGCCTTCG
325 AGTCACTCAAGCCTTCG
27151 AAAGCCTTA
1 AAAGCCTTA
27160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 14000, Mismatches: 3486, Indels: 1235
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
318 3 0.00
319 222 0.02
320 16 0.00
321 1 0.00
322 1 0.00
326 3 0.00
328 8 0.00
329 114 0.01
330 194 0.01
331 372 0.03
332 226 0.02
333 157 0.01
334 8 0.00
335 93 0.01
336 134 0.01
337 73 0.01
338 218 0.02
339 784 0.06
340 1460 0.10
341 3589 0.26
342 4645 0.33
343 933 0.07
344 189 0.01
345 112 0.01
346 44 0.00
347 10 0.00
348 120 0.01
349 4 0.00
350 1 0.00
352 9 0.00
353 20 0.00
354 4 0.00
355 3 0.00
356 1 0.00
357 5 0.00
358 8 0.00
359 4 0.00
360 9 0.00
362 4 0.00
363 5 0.00
364 1 0.00
365 13 0.00
366 11 0.00
367 17 0.00
368 10 0.00
369 6 0.00
370 7 0.00
371 5 0.00
372 4 0.00
373 2 0.00
374 2 0.00
375 1 0.00
379 2 0.00
381 2 0.00
382 5 0.00
383 7 0.00
384 5 0.00
385 3 0.00
386 8 0.00
387 8 0.00
388 4 0.00
389 3 0.00
390 3 0.00
391 11 0.00
393 9 0.00
394 4 0.00
395 5 0.00
396 5 0.00
400 7 0.00
401 2 0.00
403 1 0.00
406 3 0.00
407 4 0.00
408 2 0.00
409 6 0.00
411 1 0.00
412 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
AATTGAATGTCTGCCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCAAGCCTTCG
Found at i:12929 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12907--12948 Score: 84
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
12897 GTTTGCATCG
12907 AATTTATTGGCGAGAAA
1 AATTTATTGGCGAGAAA
12924 AATTTATTGGCGAGAAA
1 AATTTATTGGCGAGAAA
12941 AATTTATT
1 AATTTATT
12949 CATAATCATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 25 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AATTTATTGGCGAGAAA
Found at i:21252 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20962--23312 Score: 1598
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 171
20952 NNNNNNNNAA
* ** *
20962 ATTATAACTGAATGTT-TACCTTGGGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACC-TCAGAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
21025 TATTTTTAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTA
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
** * *
21088 T-ATATGATTTTAACATGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT
127 TAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * **
21133 ATTATAACTAAATGTTC-ACCTCATGAAACGAGATGCAAAAGCCATCTATTGGGAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTCA-GAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
21197 ATTTCTAGAT-GCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATA
65 ATTTATAG-TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * *
21261 ATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAA
129 ATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* *
21306 ATTATATTTGAATG-TCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGT
* * * * *
21368 TCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAAT-AGTTTTATACTCTCA
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* * *
21432 TAATTGAGTTTT-AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATGAAAACAG
127 TAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
** * ** * * *
21477 ATTATGTTTGAATG-TCTTCCTCAAGAAACGTTAAGCAAAAGCTC-TTCATTGCCGAA-AAAAAT
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACGAGAAGCAAAAGC-CATCCATTGAC-AAGAAAAGT
** * * * * ** * * *
21539 TTATTTATAGTCATTGAATCCTTCGATGGACTTATTGCTTCA-TTTTAAT-AGTTTTATAATCTC
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* * * * * *
21602 ATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAT
126 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * *
21648 ATTATATTTGACTGTT-TGCCTCGAGAAACGTA-AAGCATAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACG-AGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * * ** *
21711 TATTTATAGTCATTAAAGTCTTCGAAAGTCTTATTAGTCGCTTTAAAT-AGTTTTATTGTCTGAT
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT
* ** * * *
21775 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGCGGTTTAAATAA
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * ** *
21819 ATTATAATTGAATG-TCTTCCTCAAGATAC-ATGAAGCAAAAGGTATCCGTTGACAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * ** * * *
21882 CATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCCTTAAATGATTTTAAAATCTCATT
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* *
21947 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * ** * *
21990 ATTATATTTGAATG-TCTACCTTAAGAAACGTA-AAGTAAAAGATATCCATTAATAAGAAAAAG-
1 ATTATAATTGAATGTTCTACC-TCAGAAACG-AGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGT
* * * *
22052 CCATCTATAGTCACTCAAG-CTTTCGATAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TC
* * * * *
22115 ATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATAAAAATAT
126 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * * ** * *
22161 ATTATAACTAAATGTCCGA-CTCATGAAACGTGTAGCAAATGCCATTTATTAACAAGAAAAGTTC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTCA-GAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
22225 ATTTATAGTGACTCAAGCCTTCGGTAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCCCAT
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT
*
22288 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAA
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * *
22332 ATTATAACTGAATG-TCTAACTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCAGTGACAAAAAAATTCC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
22396 ATTTATGGTCACTCAA-CCATTGAAAGCCTTATTTCTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * ** *
22460 TCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTCTGGCTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * *
22502 ATTATATTTGAATGTT-TACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAATCCCTTCATTGACAAGAAAAATCC
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTC-AGAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
22566 ATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGACAGTCTTATTTCTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* *
22631 TAGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATGTTTTG-TT-AAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAATAG
* * * * *
22672 ATTGT-ATTGGAAT-ATCTGA-ATCCAGAAAC-ATGAAGCAAAAGCAATCCACT-AGCAAGAAAA
1 ATTATAATT-GAATGTTCT-ACCT-CAGAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAA
* * * * * * * *
22732 GTTCACTTATAGTCGCTTAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTCAAATGGTTTTATAATCT
61 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * * *
22796 TATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAT
125 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * *
22843 ATTATAACTGAATG-TCTGCC-C---AA-GAGAA--AAAA-CCATCCATTGGCAACAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTCAGAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
*** * * * * * * *
22899 TTTATAGTTGTTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAGTCACATAAT
66 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
22964 TGATTTTATGTTGAGTTTTTTAACATTTTTGGGTAAAATAA
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * *
23005 ATTATAACTGAATG-TCTACTTTGAGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAGAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTCTAC-CTCAGAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * **
23068 CATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTTTTATTTCTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAT
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT
*** * * * * * * *
23132 TCCTGATTTGAAATTGAATTTTTTAAAATTCTTGTTTAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * * ** * *
23176 ATTATATTTAAATG-TCTATCTTAGGAAA-TATAAAGAAAAAGTTATTCA-TCAGCAAGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTTCTACCTCA-GAAACGA-GAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGT
* * ** ** * * * * *
23238 CTATTTATAGTCACAC-ATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAACGGTTTGATAACCTCA
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
23302 TAATTGATTTT
127 TAATTGATTTT
23313 TATTTAAAAT
Statistics
Matches: 1726, Mismatches: 367, Indels: 174
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 116 0.07
163 7 0.00
165 3 0.00
166 3 0.00
167 3 0.00
168 3 0.00
169 21 0.01
170 284 0.16
171 1098 0.64
172 48 0.03
173 136 0.08
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATTGAATGTTCTACCTCAGAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG
Found at i:26097 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23328--27159 Score: 3160
Period size: 171 Copynumber: 22.5 Consensus size: 170
23318 AAAATATATC
* ** * * ** * * * *
23328 TAATTGAATATCTGTTTTGAGAAACACGAATAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCAATTG
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
23393 TAGTCACTCAAGCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGA
66 TAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
23457 TTTTAAGTTGAATTTTTT-TGAATTTTTGATTAAAACAGATTA
130 TTTTAAGTTAAATTTTTTAT--ATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * *** * * * *
23499 T-ATTGGAATATCTGGCTCAAGAAACGTAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATT-GAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
23563 ATAGTCACTCTAACCTTT-GAAAGCCTTATTGCTC-CATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
65 ATAGTCACTC-AAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
23626 GATTTCAAGTTTAA-TTTTT-TA-------TTAAAATATATTA
128 GATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * *
23660 CAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATT-ACTAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * ** * * * * * *
23724 ATAGTTACTTAAGGC-CTCAAAAAACTTATTGCTAGCTTTAATTGGCTTTATAATCTTATAACTG
65 ATAGTCACTCAA-GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
23788 ATTTTAAGCTGTATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTA
129 ATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
** ** * * * * * *
23830 TGTTTGGCTGTTTACCTAT-GGAAACATCAAGCAAAATCCATCCATTGGCAAGAAAAGTACATAT
1 TAATTGAATGTCTGCCT-TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
23894 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTCAATAGTTTTGTAGTCTCATAATTGA
65 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
23959 TTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAACTTA
130 TTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * **
24000 TAACTGAATGTCTTG-CTCGAGAAAGATGAAGC-AAA---AT-CGTTGATAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTC-TGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
24059 ATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA
65 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
** *
24124 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTA
130 TTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * ** * *
24166 TATTTGAATGTTTGCTTTAGAAAATGTGAAGCAAAGGCCATCCATT-GCTAAGAAAAGTCTATTT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTT
* ** *
24230 ATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
65 ATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
24294 ATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTA
129 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * * *
24337 TAACTAAATGTCTGTCTTAGG-AA-ATGCAAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
24400 TATATTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
64 TATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
24464 GAATTTAAGTTAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAAATTA
128 GATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * *
24508 TATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
24573 TAGTCACTCAAGCTATT-AAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
66 TAGTCACTCAAGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-
* * * *
24637 ATTTT-AGTTCAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTA
129 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * * * ** *
24679 TATTTGAATGTCTACCTCGAGG-AACATGAAGCAAAAGCCTTCTATTGGCAATAAAAATTTAATT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTG-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * * * * * *
24743 ATAATCATTCAAGCTTTTAAAAGACTTATTGCTCCCTTTAAAAGGTTTCATAATCTCATGATCGA
65 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
24808 TTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
130 TTTTAAGTT-AA-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * ** * * * *
24851 TAACTGAATGTTTGCCCT-GAAAATGTGAACCAAAAGCCATCTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
24915 TATTCACTCAACCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * **
24979 TTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATCTTA
131 TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * *
25019 TAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAATGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
25084 TAGTCATTAAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATTATTGAT
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
25149 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTA
131 TTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
** * * ** * * **
25190 TAGCTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** * * *
25255 TAGTCGCTCAGGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAACTGAT
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
25320 TTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTTAAATAAATTA
131 TTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* ** ** * * * * *
25360 TAACTGAATGTCTATCTTCAGAGACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAATGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
25425 TAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ATATTG
66 TAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTG
*
25488 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTA
129 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * ** *
25531 TAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAACTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
25596 TAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ***
25661 TTTACA-TTAAATTTTTATATATTTATAACTAAAATAAATTA
131 TTTA-AGTTAAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
** * * * * * *
25702 TAGCTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * ** * *
25767 ATAGTCATTGAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGA
65 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
25832 TTTTAAGATTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
130 TTTTAAG-TTAAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * ** * * ** * **
25875 TATTTGAATGGCTACCTCGGGCAATGTGAAGAAAAAGCTATTGATTGGCAAAAAAAGTTTATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * * * * *
25940 TAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAGTGGTTTGATAACCTCATAATTGAA
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * *
26005 TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTG
131 TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* ** * * *
26045 TAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAGTATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * * * *
26110 TTGTCACTTAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATTTCATTACTGAT
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
26174 TTTAAGTTGAATTTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
131 TTTAAGTT-AA-ATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * * * * * * *
26217 TATTTCAATGTCTGTCTT-AGAAA-ATGTAAAGAAAAAACCTTTCATTGG-TAGAAAACGTCTAT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA-GTCCAT
** * * * * * *
26279 TTATAGTCACTCATTCTTTTGAAA-TCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTGATAACCTCATAATT
63 TTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** *
26343 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTA
128 GATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * * * *
26387 TAATTAAATCTCTG-CTTCGGGAATCATGAAGCAAAAGCTATCCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
26451 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTAATCATTGA
65 ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
26516 TTTTGAGTTGAATTTTTT-TAACTTTTTTGTGAAAATAGATTA
130 TTTTAAGTTAAATTTTTTAT-A-TTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * ** * * *
26558 TATTTGAATATCTG-CTTCAGAAACATGAAGCACAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
26622 TAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGA
66 TAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
26686 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAA-TA
130 TTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* * ** * * * *
26727 TTAACTAAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
1 -TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
26792 ATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTG
65 ATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * * *
26856 ATTTTTTGTTGAATTATTTTACATTTGT-GTGAAAACAGATTA
129 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
** * * * * * * * **
26898 TGTTTGAATGTTTGTCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCTTCCATTTGCAAGAATAA-TTTATTT
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTT
* * * * * * *
26962 ATAGTCATTCAAG-TCTTCAAAAGACTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTA
65 ATAGTCACTCAAGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * *
27026 ATTTTAAATTGTATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTA
129 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
* ** * *
27069 TAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAAAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
27133 TAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTA
66 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTA
27160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2939, Mismatches: 632, Indels: 181
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 113 0.04
162 9 0.00
163 2 0.00
165 87 0.03
166 45 0.02
167 2 0.00
168 41 0.01
169 98 0.03
170 911 0.31
171 1245 0.42
172 330 0.11
173 48 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTA
Found at i:28723 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 28706--28731 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
28696 TCATTTATAG
28706 TCGCTTAAGCAT
1 TCGCTTAAGCAT
28718 TCGCTTAAGCAT
1 TCGCTTAAGCAT
28730 TC
1 TC
28732 AAAAGCCTTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.27, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (12 bp):
TCGCTTAAGCAT
Found at i:29085 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 28724--29087 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
28714 GCATTCGCTT
* * * ** * *
28724 AAGCATTCAAAAGCCTTATT-CTACGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATATTTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACGCTTTAAATAGTTTCATAGTCGAATAATTGAATTTAAGTT
* ** * * *
28788 GATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAATGTATTATAACTAAATGTCTACCTTAGGAAACTTGAAGC
66 GAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAACTAAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
* * *
28853 AAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTC
131 AAAAGTCATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTC
* * *
28895 AAGCCTTTAAAAAG-CTTATTAC-CCGCTTTAAATAGTTTCATAGTCGAATAATTGAATTTAGGT
1 AAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTACGCTTTAAATAGTTTCATAGTCGAATAATTGAATTTAAGT
** * * *
28958 TGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACATAAA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAACTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATAAA
*
29021 GCAAAAGTCATCCATT-G-ACAAAAAGAGTTCATTTATAATCACTC
129 GCAAAAGTCATCCATTAGTA-AAAAA-AGTCCATTTATAATCACTC
*
29065 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
29088 CACTGTCAGT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 27, Indels: 14
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 12 0.08
170 85 0.53
171 53 0.33
172 8 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACGCTTTAAATAGTTTCATAGTCGAATAATTGAATTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAACTAAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
AAAAGTCATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTC
Found at i:30860 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 30825--30868 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
30815 CTCTTAAAGT
30825 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
1 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
* *
30847 AATTT-AACTAAAATAACTTAA
1 AATTTAAAATAAAATAACCTAA
30868 A
1 A
30869 TTAATCACTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.75
22 5 0.25
ACGTcount: A:0.61, C:0.09, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
AATTTAAAATAAAATAACCTAA
Found at i:31411 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31108--32733 Score: 1467
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 169
31098 AGCCTCATTG
* * * * * *
31108 CTCACTTTAAATTGTTTGATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTCTTTCATTTTTGGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTACATTTTTTGT
* * * * * *
31173 TAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTCTG-GAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAG
64 TAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-GGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* *
31237 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAACCTTATTTA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAACCTTA-TTA
* * *
31281 -TTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTCAATTATTTCT-CATTTTTTG
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTTG
* * * * * *
31343 CTAAAAGAGATTATATTTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTAGCAAG
63 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* ** * * * *
31408 AAAAATTTATTAATAGTCATTCAAGCCTTC-AAAAGACTTATTT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTA
* * * * *
31451 CTCCCTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATACTTTTTGCATTTTTTGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTTGT
* * * * * ** *
31516 TAAAACATATTATAACTGAATGTTTGCCTTG-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTTGCAAGA
64 TAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAGA
* *
31580 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCG-AAAGCTTATTA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * * * * *
31621 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * *
31686 AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGG-GAAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTACCAAG
65 AAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TGGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* *
31750 AAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCTATATTA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCT-TATTA
** * * * *
31793 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTGTGGTT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * * ** *
31858 CAAATAAATTATGACTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAA
65 AAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAA
* * * * *
31923 AAGTCCATTTAAAGTCGCTCAAGCTTTCAAAAATCTTATTA
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * * *
31964 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATGTTTTTGTT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTGTT
* * * * * *
32028 CAAAATAATTTATAACTGAATGTTTGTCTTCGGAG--TCATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
65 -AAAATAAATTATAATTGAATGTCTG-CCT-GGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAA
* * *
32091 GAAAAGTCCATTTATAATCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * * *
32135 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTTGAT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTG-T
* * * * * * ** * *
32199 TCAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAGGA-AAGCGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAT
64 TAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-GGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* ** * * *
32263 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTTGAAAGCCTTATTA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAACCTTATTA
** * * * * * *
32306 CTTGCTTTAAGTGGTTTGATAACCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTAT-T
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTTGT
* * ** * *
32370 TAAAATATATTAAAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAG
64 TAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* * *
32434 AAAAGTCCATTTATAGGT-ACTCAAGCCTTCGAAAGCCATAGTA
127 AAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * * * *
32477 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGTT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTT
* * *
32542 AAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT-TAGAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA
65 AAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGA
* * *
32606 AAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAACTTTATTA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * *
32648 CTCATTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTG-
*
32712 TTAAAATAAATTATAACTGAAT
63 TTAAAATAAATTATAATTGAAT
32734 CTATGTTTCG
Statistics
Matches: 1194, Mismatches: 211, Indels: 97
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 41 0.03
170 92 0.08
171 837 0.70
172 210 0.18
173 13 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
AAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA
Found at i:31744 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 31096--32733 Score: 1666
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 338
31086 TAGACTTTTG
* * * * * * * * *
31096 AAAGCCTCATTGCTCACTTTAAATTGTTTGATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTT-T
* ** * *
31161 TTCATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAGTAAAAGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT-TGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * ** * **
31226 CCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAACCTTATTTA-TTACTTTAA
129 CTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-TTCGAAAGCTTA-TTACTCGCTTTAA
* * * * *
31290 ATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTCAATTATTTCTCAT-TTTTTGCTAAAAGAGA
192 ATGATTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTATATTTTTGTTAAAATATA
* * * * **
31353 TTATATTTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTAGCAAGAAAAATTTAT
254 TTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* *
31418 TAATAGTCATTCAAGCCTTCA
318 TTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* * * * * *
31439 AAAGACTTATTTCTCCCTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATACTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATA-TTTT
* * * * * *
31504 TGCATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
65 TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
31569 TATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATG
130 TATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
31634 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATA
195 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATATATTATA
* * * *
31699 ATTGAATGTTTACCTTGGGAAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTACCAAGAAATGTCCATTTAT
259 ATTGAATGTCTACCTT-GG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
31764 AGTCACTCAAGCCTTCA
322 AGTCACTCAAGCCTTCA
* *
31781 AAAG-CTATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAACT-TTT
1 AAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TATTT
* * * ** *
31844 TTACATTTGTGGTTCAAATAAATTATGACTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
64 TTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT-TGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
31909 TCTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCGCTCAAGCTTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTA
128 TCTATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTC-GAAAGCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
31973 AATGGTTTTATAGTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGTTCAAAATA-AT
191 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTT-AAAATATA-
* * ** ** *
32037 TTATAACTGAATGTTTGTCTTCGGAGTCATGAAGCGAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCA
254 TTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCA
* * *
32101 TTTATAATCATTCAAGCCTTCG
317 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* * * *
32123 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
* * * * ** * * **
32188 ATATTTTTGATTCAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAGGAAAGCGTGAAGAAAAAATCAT-
66 ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGAAA-CGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** * * *
32252 TCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
130 T-ATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
32316 GTGGTTTGATAACCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTAT-TTAAAATATAT
192 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTT-TGTTAAAATATAT
* * * *
32380 TAAAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCAT
255 TATAATTGAATGTCTACCTT--GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
*
32444 TTATAGGT-ACTCAAGCCTTCG
318 TTATA-GTCACTCAAGCCTTCA
* * *
32465 AAAGCCATAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
* * **
32530 ACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGAAAATATGAAGCAAAAGCCATC
66 ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTT-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * **
32595 CA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAACTTTATTACTCATTTTAAA
130 TATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAA
* * *
32659 TGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATAAATT
193 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATATATT
*
32724 ATAACTGAAT
256 ATAATTGAAT
32734 CTATGTTTCG
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 184, Indels: 72
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 16 0.01
341 133 0.12
342 698 0.65
343 221 0.21
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCT
ATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATTATAAT
TGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTCAAGCCTTCA
Found at i:32079 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 31108--32733 Score: 1723
Period size: 513 Copynumber: 3.2 Consensus size: 502
31098 AGCCTCATTG
* *
31108 CTCACTTTAAATTG-TTTGATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTCTT-TCATTTTTG
1 CTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTAT-ATTTTTG
* * *
31171 GTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTCTGG-AAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTA
63 GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * *
31235 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAACCTTATTTATTAC-TTTAAATGATTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTAAAAAGCTTA-TTACT-CGTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
31299 TAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTCAATTATTTCT-CATTTTTTGCTAAAAGAGATTATATTTG
189 TAATCTCATTATTG-ATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACA-TTTTAGTTAAAATAAATTATA-TTG
* ** * * **
31362 AATGTCTACCTGGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATT-AGCAAGAAAAATTTA-TTAATAGT
249 AATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAA-AGT
* * * * *
31425 CATTCAAGCCTTCAAAAGACTTATTTCTCCCTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATGATTGATTTTA
312 CACTCAAGCCTTCAAAA-ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTA
* * *
31490 AGTTGAATACTTTTTGCATTTTTTGTTAAAA-CATATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGAAATGT
376 AGTTGAAT--TTTTT-TATTTTTTGTTAAAATAAT-TTATAACTGAATGTTTGCCTTGG-AATAT
*
31554 GAAGCAAAAGCCATCTATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTA
436 GAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTA
31618 TTA
500 TTA
* * * *
31621 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * ** * **
31686 AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTACCAAGA
66 AAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* *
31751 AATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAAGCT-TATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
31816 CTTATTATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTGTGGTTCAAATAAATTATGACTGAATGTC
193 CTCATTATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTT-TAGTTAAAATAAATTAT-ATTGAATGTC
* *
31881 TGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCGCTCAAG
255 TGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAG
* *
31946 CTTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAT
320 CCTTCAAAAA-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
32011 TTTTTTATGTTTTTGTTCAAAATAATTTATAACTGAATGTTTGTCTTCGGAGTCATGAAGCGAAA
384 TTTTTTAT-TTTTTGTT-AAAATAATTTATAACTGAATGTTTGCCTT-GGAAT-ATGAAGCAAAA
* * *
32076 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
445 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAG-CTTATTA
* * * *
32135 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * * * ** * *
32200 CAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAGGAAAGCGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAATAA
66 AAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* ** * ** * * * *
32265 AAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTGATAAC
131 AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTAAAAAG-CTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
32329 CTCA-TATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTATTTAAAATATATTAAAATTGAATGT
193 CTCATTA-TTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAAATT-ATATTGAATGT
* * * *
32393 CTGCTTCAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGGT-ACTC
254 CTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA-AAGTCACTC
** * * * *
32456 AAGCCTTCGAAAGCCATAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTG
317 AAGCCTTC-AAAAACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
32521 AATATTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGAAAATATGAAGCA
381 AAT-TTTTT-TATTTTTTGTTAAAATAATTTATAACTGAATGTTTGCCTT-G-GAATATGAAGCA
* *
32586 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAACTTTATTA
442 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC-TTATTA
* * * * *
32648 CTCATTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGT
*
32713 TAAAATAAATTATAACTGAAT
65 TAAAATAAATTATAATTGAAT
32734 CTATGTTTCG
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 142, Indels: 71
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 15 0.02
512 98 0.10
513 660 0.71
514 158 0.17
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (502 bp):
CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
AAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAAGCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTAGTTAAAATAAATTATATTGAATGTCTGCCTC
AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTCA
AAAACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TTTTTTGTTAAAATAATTTATAACTGAATGTTTGCCTTGGAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCTTATTA
Found at i:33789 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33375--34333 Score: 492
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
33365 CATTGGTAAG
* * * * * * * *
33375 AAAAGTCTATTTATAATTACTCAAGCTATTGAAAGCCTTATTAT-TCGCTTTAAATAGTTTTAAA
1 AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATT-TCT-ACTTCAAATAGTTTTATA
* *
33439 ATCTCATAATTGA-TTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAAAAATTATATTTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTCTGGTGAAAAAAATTATATTTGAATG
* ** *
33503 TATGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCAATTGGTAAG
129 TATGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCTATCAATTGCAAAA
* * *
33545 AAAAGTCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCT-ACTTCAAATAGTTTTATAA
*** * *
33610 TCTCATAATTGATTTTTTTCTTGAATTGTTTTAC-TCTTTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAAT
65 TCTCATAATTGATTTTTAAATTGAATTGTTTTACAT-TTCTGGTGAAAA-AAATTATATTTGAAT
* * * * *
33674 GTTTGTCTT-GAGAAACGTAAAGTAAAAGCTCTCCATTAGCAAAA
128 GTATGCCTTAG-GAAACATAAAGTAAAAGCTATCAATT-GCAAAA
* * * *
33718 AAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCC-TTCAAAAGGCTTATCGTTCT-CTTCAAATAGTTTTAT
1 AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTAT--TTCTACTTCAAATAGTTTTAT
* * * * * * *
33781 AGTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-ATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTAGAATTGA
63 AATCTCATAATTGATTTTTAAATTGAATT-GTTTTACATTTCTGGTGAAAA-AAATTATATTTGA
* * * ** * * * * *
33844 ATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAG-CAAAGCCCATCCATTG-ACAAG
126 ATGTATGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAG-CTATCAATTGCA-AAA
* * * ** * * * * *
33889 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTTATA
1 AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCT-ACTTCAAATAG-TTTTATA
* * * * * * * *
33954 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTTGACTTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATA-CTGA
64 ATCTCATAATTGATTTTTAA-ATTGA-ATTGTTTTACATTTCTGGTGAAAA-AAATTATATTTGA
* * * * * * *
34017 ATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC--AA
126 ATGTATGCCTTAGG-AAACATAAAGTAAAAGCTATCAATT-GCAAAA
* * * * ** * * * *
34061 AAAAGTCTATTTATATTCCCTCAATCTTTTGAAAGCCTCATTGGTC-GCTTTAAATTA-TTTTAT
1 AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATT--TCTACTTCAAA-TAGTTTTAT
* * * **
34124 AATCTCATAATT-AATTTTAAATTGAA--GCTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTG
63 AATCTCATAATTGATTTTTAAATTGAATTG-TTT-TACATTTCTGGTGAAAA-AAATTATATTTG
* * * ** * *
34186 AATATTTACCTCGGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT--AACAA
125 AATGTATGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCTATCAATTGCAA-AA
* ** * * * * * *
34231 GAAAAGTCTATTTATTGTCACTCCAGCCTTTAATAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTCAT
1 -AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCT-ACTTCAAATAG-TTTTAT
* * *
34295 AATCTAATAATTGA-TTTTAAGTTTAAGTT-TTTTACATTT
63 AATCTCATAATTGATTTTTAAATTGAA-TTGTTTTACATTT
34334 TTGATTAATT
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 104, Indels: 89
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 29 0.05
170 112 0.17
171 176 0.28
172 183 0.29
173 98 0.15
174 33 0.05
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTACTTCAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTCTGGTGAAAAAAATTATATTTGAATGTA
TGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCTATCAATTGCAAAA
Found at i:34243 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33241--39837 Score: 4531
Period size: 171 Copynumber: 38.7 Consensus size: 171
33231 NNNNNNNNNN
* * * *
33241 TATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTAAAAAA
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT---ACA
* ** * ** * * *** * **
33303 ATTTTCATTAAAATCAATTATGTTTAAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATCATCCAT
62 TTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
** * *
33368 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATTACTCAAG-CTATTGAAAGCCT
127 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCT
* * * *
33413 TATTATTCGCTTTAAAT-AGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
* * * ** * * * *
33477 CTGGTTAAAA-AAATTATATTTGAATGTATGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCAATTGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * *
33541 TAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCAAGCCATTAAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * ***
33583 TATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTTCTTGAA-TTGTTTTAC-TC
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACAT-
* * * * * * * * *
33646 TTTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTAAAGTAAAAGCTC-TCCAT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC-CATCCAT
* * * * ** *
33710 T-AGCAAAAAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGGCT
127 TGA-C-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
*** * * * *
33756 TATCGTTCTCTTCAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATTTTTACATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTACATT
* ** **
33819 TTTGGTTAAAATAAATTAGAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGC-AAAGCCCATCCATT
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAG-CCATCCATT
* *
33883 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * ** *
33927 TATTACTCGCTTTAATTAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGACTTTTTTTTATAT
1 TATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-AGTTTTTTACAT
* * * * * * *
33992 TTTTGATTAAAATAAATTAT-ACTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * *
34056 GGCAA-AAAAGTCTATTTATATTCCCTCAATCTTTTGAAAGCCT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * * * * *
34099 CATTGGTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAAGCTTTCTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * *
34164 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATATTTACCTCGGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTAAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* *
34229 AAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCCAGCCTTT-AATAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCT
* * * *
34270 TATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
34335 T-G---------ATTA-ATTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATTAAT
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * ** **
34389 AAGAAAAGT-TCATTTATTGTCACTCAAGCCATCAAAAAACT
131 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
34430 TATTATTAGCTTTAAACG--------GTCTGATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTGTTTAACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTT
* * * * * * *
34486 TTGGTTAAAATAAATTACATTTTACTGTTTGGCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * **
34551 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* *
34593 TATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTTACTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG-TTTTTTACAT
* * * * ** ** *
34656 TTTTGGCTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCA-CTTAT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CAT
* *
34720 TAGTAC--GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCCATTGAAAGCCT
127 T-G-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
34765 TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTACGTTGAA-TTTGTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTTACATTT
** * * ** * * * *
34829 TTAATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTCGCCTC-AAAAATATGAAGGAAAAGACATCCATTGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * *
34893 TAAGAAAGGT-TCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGATAGCCT
130 CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
34935 TATTACTCACTTTAAATGGTTTCATCATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
** * * * * * * * *
34998 TGGTTAAAATATCTTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAGGCAAAAGTCATCCATT-AG
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-
* * * * ** **
35062 TAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCCTCAAAAAACT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * ** *
35104 TATTACTAGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
* * * * * * * ** * **
35168 TTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGCCTCAGAAAACGCGAAGCAAAGGTAATCCATTGA
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* *
35233 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-TCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
35274 TACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
** * * * *
35339 TGGTTAAAATAAATTATACCTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* *
35404 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
35445 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-ATTAATTTTAAGTTG-AGTTTTTTCTATTC
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAG-TTTTT-TA--C
** * * * * ** * * *
35508 ATTTTTGGTTAAAATAAATTGCATTTAAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCA
61 ATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * * * * *
35573 TTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGTCTTCGATAGCTT
126 -TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * **
35619 TATTACTCTCTTTAAATG-GTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTGTAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---GTTTTTTACAT
** * * * * ** * *
35683 TTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCTTGGGGATATGTGAAGCAAAAGACATCCGTT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * *
35748 -AGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTT
128 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
** * * *
35792 TATTACTCGCTTTAGGT-AGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
** * * * * * *
35856 TTTATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGGCT-GATGAAATGCA-GAA-CAAAAGCCATCTAT
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCG-GGAAA--CATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * ** *
35918 TGGCAAGAAGAGTCCATTTCTAGTTGCTCAAGCATTTGAAAGCCT
127 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
35963 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * *
36028 TGGTTAACATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAGTAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * *
36092 AGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCAT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * ** *
36133 TATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATT
** *** * * * * * *
36197 TTTCATTAAAATTGGTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGG-AACGTTAAGCAAAAGCCATCCATT
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
** * ** ** *
36261 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCAAAAACCT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
36305 TAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTT
** * * ** ** **
36369 TTTATTAAAATAAATTATTACTGAATG-TCACCTCTAGAAACATGAAGCAAAAGTGATCCATTGA
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* *
36433 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTATTCAAGCCTTTGAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
36475 TATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATTACTGACTTTAAGTTTAA-TTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT-ACATTT
** * ** * * ** * * * *
36539 TTTATTAAAATAGATTATTGTTTAATGTTTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * **
36604 CAACAAAACTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCT
* * * * * * * *
36646 TATTACTTGCTTTGAATGGTTTGATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
** * * * * * * * * * *
36711 TAATTATAGTATATTATAATTGTATGTTTGCTTTC-GAAAACATGAATCAAATGTCATCCATTGG
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGC-CTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * *
36775 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCAC-TTAAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC-CTTTGAAAGCCT
* * * *
36817 TATTACTTGCTATAAAT-AGTTTCATAATCTCATTA-TGTATTTTAAGTT-AA-TATGTTTTGA-
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAGT-T-TTTT-AC
* * * * * ** * * * *
36877 ATTTTTGATTAAAACAGATTCT-ATTGGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAATAGTCATCT
61 ATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * * ** *
36941 ATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTTAGCCTTCGAAAGCCT
125 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
36988 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTG
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
37053 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTCCCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCACTGAT
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * *
37118 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
37159 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACAT-TT
* * * * ** * *
37224 TT-GTTCAAATAAATTATATTTAAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCC-TCTATTG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAG-CCATCCATTG
** * * * * *
37287 GTAAGAAAAATCGATTTATAGTCACTTAAG-CTCTCGAAAGGCT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCT
* * * * * * *
37330 TATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * * ** *
37395 TTGTTAAAA-ATGATTACATTTGAATG--TGCACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATT
66 TGGTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTTTGC-C-TCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * **
37457 GGCAATTAAAAGTCCATTTATATTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCT
128 GACAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
37502 TATTATTCCCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * ** * * * *
37566 TAGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTGCCTAAGGATACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTTG-
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGA
* * ** * * **
37630 CAAAAAAAGTCCATTTACGGTCACTCAAGCCCTTAAAAAACT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
37672 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTCTATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT-TACATTT
* * * * * * ** * * *
37736 TTGGTTAAAACAAATTATATTTGACTATCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * *
37801 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGATAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
** * * *
37843 TATTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATT
* * * * * ** *
37906 ATTGGTCAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTCTAGAAACGTGAAGCAAATA-CCATCCATT
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAA-AGCCATCCA-T
* * * *
37970 TG-TAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATTTAAGTCTTTGAAAG---
127 TGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * ** *
38011 ----A-----TTTAAATTATTTTACGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* ** * * * * * ** *
38067 TGATTAAAATATTTTATCACTGAATATCTGACTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AG
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-
* * * * * *** **
38131 TAAGGAAAGTCCATTTATGGTCACTTAAGCAC-ACAAAAAACT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC-CTTTGAAAGCCT
* * * ********** * *
38173 TTTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * * * **
38238 TCGTTAAAATAGATTATATTTGACTATTTGGCTTGAGTAACTTGAAGCGCAAGCCATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* *
38303 AAGAACAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
38344 TATTACTTGCTTTAAAT-AGGTTTATAGTCTCATCATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTCCATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATT
* ** * *
38407 TTTGGTT-AAATCAAATTATAACTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT
64 TTTGGTTAAAAT-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * **
38471 GACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * * *
38515 TATTACTCGTTTTAAATGATTTAAAAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTAAAAATGT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT-TACATTT
* * * * * ** * ** * * *
38579 TTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGTATCAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATCGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * ** *
38644 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATTCTTTCAAAAGCCT
130 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCT
* * * * * * * * * *
38686 TATTGCTTGCTTTGAATGGTTTGATAAACTCATAATTGATTTCAATTTG-ATTTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT-ACATTT
* * * * *
38750 TTGATTAAAA-AAGATTAT-ATTGGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGC-AAAGTCATCCATT
65 TTGGTTAAAATAA-ATTATAATT-GAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
38812 GAAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCT
128 GACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* *
38856 TATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTTACATT
* * * * * *** *
38919 CTAGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * *
38984 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
39027 TATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT-ACATTT
* * * * * * * ** * * ** * *
39091 TTAGTTAAAACATATTATATTTGAAAGTTTGTCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGG
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
**
39156 CAA-AAAATGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCGACAA-CCT
130 CAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GA-AAGCCT
* * * * * *
39198 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTGACAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGA-ATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT-ACATT
* * * * ** * *
39261 TTTGATTAAAACAGATTAT-ATTGGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
39325 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAG-CTTCCGAAAGCCT
128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCT
* * * * *
39369 TATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAACTTTTTTACGTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
* * * * * * * ** *
39434 TTGTTCAAATATATTATAACTAAATATCTGCCTCATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-C
66 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * *
39498 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAATAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCT
* * **
39539 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTTACATTT
* * * * * * *
39604 TTGGTTAAAACATATTCTATTTGAATGCTCTT--ATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCGC-TCCAT
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATG-T-TTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC-CATCCAT
* * * *
39666 TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACTTAAGCCTTTGAAAGCCT
127 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
39711 TATTACTCGTTTTAAATTG-TTTTATGATCTGATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
* * * * *** * *
39775 TTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCTTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
65 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
39838 AGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 5120, Mismatches: 1090, Indels: 431
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
151 2 0.00
152 32 0.01
153 1 0.00
158 4 0.00
159 119 0.02
160 86 0.02
161 6 0.00
162 4 0.00
163 86 0.02
164 1 0.00
166 1 0.00
168 35 0.01
169 142 0.03
170 938 0.18
171 2594 0.51
172 632 0.12
173 249 0.05
174 177 0.03
175 6 0.00
176 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:36278 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 33241--39837 Score: 5397
Period size: 342 Copynumber: 19.4 Consensus size: 341
33231 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
33241 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTAAAAAAAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATT
** * *** * * * **
33305 TTTCATTAAAATCAATTATGTTTAAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTG
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
** * * * *
33370 GTAAGAAAAGTCTATTTATAATTACTCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTT
128 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * *
33434 TTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAA-AAATTATATTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTT
* * * * * * * *
33498 GAATGTATGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTC
257 GAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
33563 ACTCAAGCCATTAAAAGCCT
322 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *** *
33583 TATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTTCTTGAATTGTTTTAC-TCT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T
* * ** * * * * * *
33647 TTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTAAAGTAAAAGCTC-TCCATT
64 TTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTG-CCTCAGAAACATGAAGCAAAAGC-CATCCATT
* * * * * * *** * *
33711 -AGCAAAAAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGGCTTATCGTTCTCTTCAAATAG
127 GA-C-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
33775 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTAGA
190 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATA
* * * * * *
33839 ATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGC-AAAGCCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
254 TTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
33903 AGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCT
318 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
33927 TATTACTCGCTTTAATTAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGACTTTTTTTTATAT
1 TATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTTACAT
* * ** *
33992 TTTTGATTAAAATAAATTAT-ACTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * **
34056 GGCAA-AAAAGTCTATTTATATTCCCTCAATCTTTTGAAAGCCTCATTGGTCGCTTTAAATTA-T
127 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGT
* * ** * **
34119 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAAGCTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAAC
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * ** * * * ** * *
34184 TGAATATTTACCTCGGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATTGT
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
34249 CACTCCAGCCTTT-AATAGCCT
321 CACTCAAGCCTTTGAA-AGCCT
* * * * * *
34270 TATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
34335 T-G-----ATTAA-T-T---TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATTAAT
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * ** * * *
34389 AAGAAAAGT-TCATTTATTGTCACTCAAGCCATCAAAAAACTTATTATTAGCTTTAAA-CG----
130 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
34448 ---GTCTGATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGGTTAAAATAAATTACATTTTA
194 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGA
* * * * **
34510 CTGTTTGGCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
259 ATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
**
34575 TCAAGCCTTCCAAAGCCT
324 TCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
34593 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * ** *
34658 TTGGCTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCA-CTTATTA
65 TTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATT-
* *
34722 GTAC--GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-G
127 G-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * **
34783 ATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTACGTTGAATTTGTTTACATTTTTAATTAAAATAAATTATA
190 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATA
** * * * ** * * * * *
34848 ACTGAATGTTCGCCTCA-AAAATATGAAGGAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAGGTTCATTTATA
254 TTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
34912 GTCACTTAAGCCTTCGATAGCCT
319 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
34935 TATTACTCACTTTAAATGGTTTCATCATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * *
34998 TGGTTAAAATATCTTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAGGCAAAAGTCATCCATT-AG
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-
* * * * * ** * *
35062 TAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTT
129 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* ** * *
35127 ATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGA
194 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGA
* * * * * * ** *
35192 CTATTTGCCTCAGAAAACGCGAAGCAAAGGTAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
259 ATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
35257 TCAAGCCTTTGAAA-TCT
324 TCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
35274 TACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
35339 TGGTTAAAATAAATTATACCTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * * *
35404 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * **
35469 TAATCTCACT-ATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTCTATTCATTTTTGGTTAAAATAAATTGCATT
195 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TA--CATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * * * * * * *
35533 TAAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAAT
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
35598 CACTCAAGTCTTCGATAGCTT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * **
35619 TATTACTCTCTTTAAATGG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTGTAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACAT
** * * ** * ** * *
35683 TTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCTTGGGGATATGTGAAGCAAAAGACATCCGTT
63 TTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT-CAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * **
35748 -AGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAGGTAGT
127 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * ** * **
35812 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAC
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * * * * * * * *
35877 TAAATGTTTGGCTGATGAAATGCAGAA-CAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAGAGTCCATTTCTAG
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACG-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** *
35941 TTGCTCAAGCATTTGAAAGCCT
320 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
35963 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* *
36028 TGGTTAACATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAGTAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * *
36092 AGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * ** ***
36157 TATTCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACTTTTTTCATTAAAATTGGTTATATTTGA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGA
* * * * * **
36222 ATGTCTACCTTAGGGAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGC
259 ATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** *
36287 TCAAGCCTTCAAAAACCT
324 TCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
36305 TAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * **
36370 TTATTAAAATAAATTATTACTGAATGTC-ACCTCTAGAAACATGAAGCAAAAGTGATCCATTGAC
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * *
36434 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTT
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * * ** * *
36498 ACAATCTCATTACTGACTTTAAGTTTAATTTTTTAAAATTTTTTATTAAAATAGATTAT-TGTTT
194 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAT-TTG
* * * * * * * * * *
36562 AATGTTTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAACTCTATTTATAGTCA
258 AATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* **
36627 C-CTATTCTTTCGAAAGCCT
323 CTCAAGCCTTT-GAAAGCCT
* * * * * *
36646 TATTACTTGCTTTGAATGGTTTGATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * * * * * * * *
36711 TAATTATAGTATATTATAATTGTATGTTTGCTTTC-GAAAACATGAATCAAATGTCATCCATTGG
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGC-CTCAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * * *
36775 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCACTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTT
129 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
36839 CATAATCTCATTA-TGTATTTTAAGTT-AATATGTTTTGA-ATTTTTGATTAAAACAGATTCTAT
193 TATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAT-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAT
* * * * * ** *
36901 TGGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAATAGTCATCTATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAG
255 TTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** *
36966 TCACTTTAGCCTTCGAAAGCCT
320 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
36988 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTG
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** * * * *
37053 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTCCCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCACTGAT
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCC-TCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * *
37118 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
37183 TAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTT-GTTCAAATAAATTATATTTAA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGA
* * * * *
37247 ATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCC-TCTATTGGTAAGAAAAATCGATTTATAGTCA
259 ATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
37311 CTTAAG-CTCTCGAAAGGCT
323 CTCAAGCCT-TTGAAAGCCT
* * * * * *
37330 TATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * ** * ** *
37395 TTGTTAAAA-ATGATTACATTTGAATG--TGCACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATT
66 TGGTTAAAATA-AATTATAACTGAATGTCTGC-C--TCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * * *
37457 GGCAATTAAAAGTCCATTTATATTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCCCTTT-AATGGT
127 GACAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * **
37521 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAC
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * * * * * * * **
37586 TGAATATCTGCCTAAGGATACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTTGCAAAAAAAGTCCATTTACGGT
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **
37651 CACTCAAGCCCTTAAAAAACT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
37672 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTCTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** * * * * * *
37737 TGGTTAAAACAAATTATATTTGACTATCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * **
37802 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTA
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
37867 TAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTCAAAATAGATTATATTTAA
195 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGA
* * *
37931 ATGTTTGCCTCTA-GAAACGTGAAGCAAATA-CCATCCATTTGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
259 ATGTTTGCCT-TAGGAAACGTGAAGCAAA-AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
37994 ATTTAAGTCTTTGAAAG---
322 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
** ** * * *
38011 ----A-----TTTAAATTATTTTACGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** * * * *
38067 TGATTAAAATATTTTATCACTGAATATCTGACTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AG
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-
* * * * * * * ** * * *
38131 TAAGGAAAGTCCATTTATGGTCACTTAAGCAC-ACAAAAAACTTTTTACTAGCTTTAAATGGTTT
129 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
********** * * *
38195 TATAATCTNNNNNNNNNNTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGATTATATTTG
193 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTG
* * * * * ** * * *
38260 ACTATTTGGCTT-GAGTAACTTGAAGCGCAAGCCATCCATTGACAAGAACAGTCTATTTATAGTC
258 AATGTTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
38324 ACTCAAGTCTTTGAAAGCCT
322 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
38344 TATTACTTGCTTTAAATAGG-TTTATAGTCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTT
1 TATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
38408 TTGGTT-AAATCAAATTATAACTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG
65 TTGGTTAAAAT-AAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * *
38472 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATT
128 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TT
* * * * * ** * * * * *
38536 TAAAAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAATTTTTAAAAATGTTTAGTTAAAACAGATTATATTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTT
* ** * * ** * * * *
38601 GAATGTCTGTATCAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
257 GAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** *
38666 AC-CCATTCTTTCAAAAGCCT
322 ACTCAAGCCTTT-GAAAGCCT
* * * * * * * *
38686 TATTGCTTGCTTTGAATGGTTTGATAAACTCATAATTGATTTCAATTTG-ATTTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTT
* * * *
38750 TTGATTAAAA-AAGATTAT-ATTGGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGC-AAAGTCATCCATT
65 TTGGTTAAAATAA-ATTATAACT-GAATGTCTGCCTCA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * *
38812 GAAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
127 GACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * *
38876 TTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTCTAGATTAAAATAAATTATAAT
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * * *
38941 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
39006 CACCCAAGCTTTTAAAAGCCT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * *
39027 TATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * ** * * * * * * * ** * *
39092 TAGTTAAAACATATTATATTTGAAAGTTTGTCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGGC
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTG-CCTCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
** * * *
39157 AA-AAAATGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGACAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
130 AAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
39220 GACAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGA-ATTTTTGATTAAAACAGATTATATT
193 TATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATT
* * * * * *
39283 GGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
256 TGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
39348 CACTCTAG-CTTCCGAAAGCCT
321 CACTCAAGCCTT-TGAAAGCCT
* * * *
39369 TATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAACTTTTTTACGTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
39434 TTGTTCAAATATATTATAACTAAATATCTGCCTCATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-C
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* *
39498 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AATAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * * * *
39561 TATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTCTATTT
193 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTT
* * *
39626 GAATG-CT--CTTATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCGC-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAC
257 GAATGTTTGCCTTA--G-GAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
39687 AGTAACTTAAGCCTTTGAAAGCCT
318 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
39711 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATGATCTGATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
39776 TGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCTTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
66 TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT-CAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
39838 AGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 4986, Mismatches: 1087, Indels: 364
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 134 0.03
324 39 0.01
325 1 0.00
329 2 0.00
330 297 0.06
331 41 0.01
332 2 0.00
333 1 0.00
334 6 0.00
335 77 0.02
336 3 0.00
337 2 0.00
338 1 0.00
339 216 0.04
340 80 0.02
341 862 0.17
342 2191 0.44
343 427 0.09
344 324 0.06
345 105 0.02
346 28 0.01
347 147 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAAT
GTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:36371 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 33241--39849 Score: 5404
Period size: 513 Copynumber: 12.9 Consensus size: 512
33231 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
33241 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTAAAAAAAT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--TACATT
* * *** * * * **
33305 TTTCATTAAAATCAATTATGTTTAAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTG
64 TTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
** * * * * *
33370 GTAAGAAAAGTCTATTTATAATTACTCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTT
128 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
33434 TTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAA-AAATTATATTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
* * * * * ** *
33498 GAATGTATGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTC
257 GAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * *
33563 ACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT
322 ACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT
*** * * * * *
33627 TTCTTGAATTGTTTTACTCTTTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGTCTT-GAGAAACG
385 AAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACG
* * * * * ** * * *
33691 TAAAGTAAAAGCTC-TCCATTAGCAAAAAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGGC
449 TGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
33755 T
512 T
*** * * * * *
33756 TATCGTTCTCTTCAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTATTTTTACATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTT
* * * *
33820 TTGGTTAAAATAAATTAGAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGC-AAAGCCCATCCATTG
65 TTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTG
* * * * *
33884 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTT
128 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTT
* * *
33949 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGACTTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTAT-A
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAA
* * * * *
34013 CTGAATGTCTACCT-TGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-AAAAGTCTATTTATA
255 TTGAATGTCTGCCTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * ** ** *
34076 TTCCCTCAATCTTTTGAAAGCCTCATTGGTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTT
319 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * ** * * * ** *
34141 TAAATTGAAGCTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATATTTACCTCGGGAAACA
384 TAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACG
* * ** * * * *
34206 TGAAGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCCAGCCTT-TAATAGCCT
449 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCT
* * * * *
34270 TATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
34335 TGA-T----T-AA-T-T---TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATTAAT
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * ** ** * * *
34389 AAGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAGCCATCAAAAAACTTATTATTAGCTTTAAACGG-----
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
34449 ---TCTGATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGGTTAAAATAAATTACATTTTAC
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * ** * * *
34511 TGTTTGGCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
260 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * *
34576 CAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGATAGTCTCATAATTGATTTTAAGT
325 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
34641 TGAGTTTTTTTACTTTTTTGGCTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAA
389 TGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAG
* * * * * * *
34706 AAAAAGCCA-CTTATTAGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCCATT-GAAAGCCT
454 CAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCT
** * * * * *
34765 TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTACGTTGAATTTGTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * ** * * **
34830 TAATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTCGCCTCAAAAATATGAAGGAAAAGACATCCATTGGTA
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
* * * * * * *
34895 AGAAAGGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCAT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * *
34960 CATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATCTTATAACTAAAT
196 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAAT
* * * * * *
35023 GTCTACCTC-GAGAAATATGAGGCAAAAGTCATCCATT-AGTAAGTAAAGTCTATTTATAGTCAC
261 GTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * ** * * * **
35086 TTAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGT
324 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
35151 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGCCTCAGAAAACGCGAAG
389 TGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAG
* ** * * *
35216 CAAAGGTAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-TCT
454 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * *
35274 TACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * *
35339 TGGTTAAAATAAATTATACCTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGAC
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* *
35404 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** *
35469 TAATCTCACT-ATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTCTATTCATTTTTGGTTAAAATAAATTGCATT
195 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TA--CATTTTTGGTTAAAATAAATTATAAT
* * * * * * * * *
35533 TAAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAA
256 TGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *
35597 TCACTCAAGTCTTCGATAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTT
320 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** ** * * * *
35661 AAGTTAAATTTTTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTG-CTTGGGGAT
385 AAGTTGAA--TTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTT-AGGAA
* * * * * *
35725 ATGTGAAGCAAAAGACATCCGTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
446 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
*
35790 TT
511 CT
* ** * * * *
35792 TATTACTCGCTTTAGGTAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
35857 TTATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGGCTGATGAAATGCAGAA-CAAAAGCCATCTATTGG
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCA-GAAACG-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * ** * *
35921 CAAGAAGAGTCCATTTCTAGTTGCTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
35986 ATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAACATAAATTATAACTGA
194 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGA
* * *
36051 ATGTCTGCCTCAGTAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAGGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
259 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * *
36115 TCAAGCCTTCGATAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGT
324 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * *
36180 TGATTTTGTTTTACTTTTTTCATTAAAATTGGTTATATTTGAATGTCTACCTTAGGGAACGTTAA
389 TGAATTT-TTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
* ** * *
36245 GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCAAAAACCT
453 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * *
36305 TAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * ** * **
36370 TTATTAAAATAAATTATTACTGAATG-TCACCTCTAGAAACATGAAGCAAAAGTGATCCATTGAC
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * * *
36434 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * ** * ** *
36499 CAATCTCATTACTGACTTTAAGTTTAATTTTTTAAAATTTTTTATTAAAATAGATTATTGTTTAA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
36564 TGTTTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAACTCTATTTATAGTCAC-
260 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
** * * * * * *
36628 CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTGATAACCTCATAATTGATTTGAAGT
325 C-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * * * * *
36693 TGAATTTTTTTA-TATTTTTAATTATAGTATATTATAATTGTATGTTTGCTTTCGAAAACATGAA
389 TGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
* * * * * * *
36757 TCAAATGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCACTT-AAAAGCCT
453 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGCCT
** * * * * * *
36817 TATTACTTGCTATAAATAGTTTCATAATCTCATTA-TGTATTTTAAGTTAATATGTTTTGA-ATT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATT
* * * * * * * * *
36880 TTTGATTAAAACAGATTCT-ATTGGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAATAGTCATCTATT
64 TTTGATTAAAATAAATTATAACT-GAATGTTTGCCTCA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * ** * *
36944 GATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
127 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
37009 TTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAACT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
* ** * * * * * *
37074 GAATGTCTCCCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATC
257 GAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* *
37139 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAA
322 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
37204 GTTGAATTTTTTTACATATTTT-GTTCAAATAAATTATATTTAAATGTTTACCTTAGGAAACGTG
387 GTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
37268 AAGCAAAAGTCC-TCTATTGGTAAGAAAAATCGATTTATAGTCACTTAAG-CTCTCGAAAGGCT
451 AAGCAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCT
* * * *
37330 TATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTT
* * ** * * *
37395 TTG-TTAAAA-ATGATTACATTTGAATG--TGCACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGACATCCAT
65 TTGATTAAAATA-AATTATAACTGAATGTTTGC-C--TCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * ** * *
37456 TGGCAATTAAAAGTCCATTTATATTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCCCTTT-AATGG
126 TGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
37520 TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
190 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAA
* * * * * * * * * **
37585 CTGAATATCTGCCTAAGGATACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTTG-CAAAAAAAGTCCATTTACG
255 TTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
* ** * *
37649 GTCACTCAAGCCCTT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATT
319 GTCACTCAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
37713 TGAAGTTGAATTTTTCTA-TATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGACTATCTACCTCAAGAAA
383 TTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * *
37777 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGATAGCC
447 CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
37842 T
512 T
* * * *
37843 TATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTA
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * ** *
37907 TTGGTCAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTCTAGAAACGTGAAGCAAATA-CCATCCATTT
65 TTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-AGAAACGTGAAGCAAA-AGCCATCCA-TT
* * * * * **
37971 G-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTTAAGTCTTTGAAAG-------A-----TTTAAATTATT
127 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
** * * * * ** * *
38023 TTACGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATTTTATCACT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
* * * * * * * *
38088 GAATATCTGACTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGGAAAGTCCATTTATGGT
257 GAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * ** * * ********** *
38152 CACTTAAGCAC-ACAAAAAACTTTTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTG
321 CACTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
38216 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGATTATATTTGACTATTTGGCTT-GAGTAACT
385 AAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACG
** * * * * *
38280 TGAAGCGCAAGCCATCCATTGACAAGAACAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCT
449 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
** * * * * *
38344 TATTACTTGCTTTAAATAGG-TTTATAGTCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTT
1 TATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * *
38408 TTGGTT-AAATCAAATTATAACTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG
65 TTGATTAAAAT-AAATTATAACTGAATGTTTGCCTCAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * ** * *
38472 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTT
128 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * ** * * * * * *
38537 AAAAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAATTTTTAAAAATGTTTAGTTAAAACAGATTATATTTG
193 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
** ** * * **
38602 AATGTCTGTATCAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
258 AATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* ** * * * * * * * * *
38667 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTGAATGGTTTGATAAACTCATAATTGATTTCAAT
323 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * *
38732 TTG-ATTTTTTTAAAATTTTTGATTAAAAAAGATTATATTGGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGA
388 TTGAATTTTTTT-ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGA
* ** * *
38796 AGC-AAAGTCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCT
452 AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
38856 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTCT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
38921 AGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
66 TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCC-TCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
* * * * *
38986 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * *
39051 CAATCTCATTACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTGAA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * * * * * ** * *
39116 AGTTTGTCT-TGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGGCAA-AAAATGTCTATTTATAGTCA
260 TGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCA
** * * * *
39179 CTCATTCTTTCGACAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGACAA-CTTCATAATTGATTTTA
323 CTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
39242 AGTTAAATTTTTTTGA-ATTTTTGATTAAAACAGATTATATTGGAATGTCTGCCTTAGAAAACAT
386 AGTTGAATTTTTTT-ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGT
* * *
39306 GAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAG-CTTCCGAAAGCCT
450 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGCCT
* ** * *
39369 TATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAACTTTTTTACGTTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTT
* * * * *
39434 TTG-TTCAAATATATTATAACTAAATATCTGCCTCATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-
65 TTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * *
39497 CAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
39561 TATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTCTATTT
193 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
** * * *
39626 GAATGCTCT-TATC-GAGAAACGTGAAGCAAAAGCGC-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACA
257 GAATG-TCTGCCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGC-CATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * *
39688 GTAACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATGATCTGATAATTGATTT
319 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
39753 TAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTG-CTTAAAGAAA
384 TAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTT-AGGAAA
* * *
39816 CGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGT
447 CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
Statistics
Matches: 4905, Mismatches: 1034, Indels: 312
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
492 26 0.01
493 39 0.01
494 69 0.01
495 173 0.04
496 5 0.00
500 18 0.00
501 387 0.08
502 3 0.00
503 77 0.02
504 4 0.00
505 72 0.01
506 11 0.00
507 1 0.00
508 3 0.00
509 92 0.02
510 215 0.04
511 137 0.03
512 865 0.18
513 1604 0.33
514 370 0.08
515 311 0.06
516 85 0.02
517 139 0.03
518 196 0.04
519 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
TGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAAT
GTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCA
AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
Done.