Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397362.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2260.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39683
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.10, T:0.29
Warning! 8842 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:976 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1200 Score: 947
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
* * * *
1 GGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAA-AGCAAGCATTCAATTATAGT
1 GGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGA-CAGGAATTCAATTATAGT
* * * *
65 CTAG-TTTAACAAAAAAT-TCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTAT-AAATAATT
65 CT-GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
* *
127 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAAT-GGTGACTACAAAT
128 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAAT
* * * *********** *
171 GGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGNNNNNNNNNNTA-GACATTCGATTATAG
1 GGACTTTTCTT-CTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGACAGGA-ATTCAATTATAG
* * * * *
233 TCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAATATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
64 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
********** *
298 AANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
129 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
341 GGACTTTTCATGC-CAACAAATATG-TTTTTCTT-CATGTTTCTCCAAG-TAGAAATTCAATTAT
1 GGACTTTTC-TTCTCAATAAATA-GCTTTTT-TTGCACGTTTCT-CAAGACAGGAATTCAATTAT
* * * *
402 AGTCTGTTTGAA-AAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAACATGAATTATGAGATTATAAAATAA
62 AGTCTGTTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
*********** *
466 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCANNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAAT
126 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
512 AGACTTTT-TTCTAAATAAGT-GACTTTTTGTGCACGTTTCTTAAGACAAGAATTCAATTATAG-
1 GGACTTTTCTTCTCAATAAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGACAGGAATTCAATTATAGT
* * * * * *
574 CTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATCAGTTTATAAAACTATTT
65 C-TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
* *
639 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GGTGACTATAAAA
129 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * ** * *
681 GGACTTTTGTGC-CAACGAAT-GCATTTTTCTT-CATGTTTCTCCAAGTA-A-AAATTCAATTAT
1 GGACTTTTCTTCTCAATAAATAGC-TTTTT-TTGCACGTTTCT-CAAG-ACAGGAATTCAATTAT
** * * **********
741 -GATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTANNNNNNNNNNAAACAA
62 AG-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* *
805 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGGATGGGTGACTATAAAT
126 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
851 GGACTTTTCTTCTTAATAAATAGCTTTTTTTGCACGATTT-TTAAGACAGGTATTCAATTATAGT
1 GGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACG-TTTCTCAAGACAGGAATTCAATTATAGT
* * * * *
915 CTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACAATTTA
65 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * *
980 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAACCATAAAT
130 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
1022 AGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTT
1 GGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGACAGGAATTCAATTATAGTC
* * * * *
1087 TGGTTTAACAAAAAAT-TCAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTA
66 TGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * *
1151 CAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
130 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
1193 GGACTTTT
1 GGACTTTT
1201 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 197, Indels: 75
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 197 0.25
170 213 0.27
171 370 0.47
172 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGACAGGAATTCAATTATAGTC
TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
Found at i:2291 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1930--2245 Score: 413
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
1920 NNNNNNNNNN
* * *
1930 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCTAACAAATGTGTTTTTATTCATATTTCTCCAAGTAGAA
1 TGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTGCAAACAAATGTGTTTTTATTCACATTTCTCCAAGTAGAA
** * *
1995 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCAATAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATT
66 ATCCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
2060 ATAAAACAATTAAAAGCGAGTANNNNNNNNNNTGAAGGAA
131 ATAAAACAATTAAAAGCGAGTA----------TGAAGGAA
* *
2100 TGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAACGAATGTGTTTTTCTTCACATTTCTCCAAGT-GA
1 TGGGTGACAATAAATGGACTTTT-TTGCAAACAAATGTGTTTTTATTCACATTTCTCCAAGTAG-
2164 AAATCCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAGTGT-AAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGA
64 AAATCCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
2227 TTATAAAACAATTTAAAGC
129 TTATAAAACAATTAAAAGC
2246 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 10, Indels: 5
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.30
170 29 0.22
171 65 0.49
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
TGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTGCAAACAAATGTGTTTTTATTCACATTTCTCCAAGTAGAA
ATCCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACAATTAAAAGCGAGTATGAAGGAA
Found at i:11231 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10768--11365 Score: 523
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
10758 TTAATTACAG
* * * * *
10768 TCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACTATTT
1 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA-TTATAAAACAATTT
* * * * *** *
10832 AAAGCGAGTCATAAGGCTTTTGAATA-AAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGGGAACGAAT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AA-AGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAAT
* *** *
10895 GCATTTTTCTT-CACGTTTCTCTAAG-TAAAAATTCAATTA-AGG
128 G-ATTTTT-TTACACATTTCTC-AAGATAGGCATTCAATTATA-A
** * *
10937 TCTGTTTTAGTAAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGATTATAAAACAATTT
1 TCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAATTT
********* *
11002 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAATA
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAAT-
* * * *
11067 GCTTTTTTTGCACATTTTTCAAGATAGGCATTCGATTATAA
128 GATTTTTTTACACATTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAA
* * *
11108 TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAA-AATTT
1 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAATTT
* *
11171 AATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTCCTTAATGAAT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAAT
* * * **
11235 GATTTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGTCATTCAATTATTG
128 GATTTTTTTACACATTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAA
* * * *
11276 TCTGTTTTAACCATAAATGTAGAAAAATTCAACTGAAAATAAATT-TTAGAATTATAAAACAATT
1 TCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG-ATTATAAAACAATT
* *
11340 TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAG
64 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
11366 GAATTAGTGG
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 71, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 78 0.23
169 74 0.22
170 92 0.27
171 95 0.28
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAATTTA
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGAT
TTTTTTACACATTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAA
Found at i:14629 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13981--16077 Score: 1053
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 169
13971 CAGGAATTTA
* ** * * ** * *
13981 ATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
14046 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAT-GGTGACCATAAAT-AGACTTTTTCTGCC
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTT-TTCC
* * * * * *
14109 AACGAATGCATTTTTCT-TCATGTTTCTTCAAGTAAAAATTCA
129 AATGAATGC-TTTTTTTATCATGTTTC-TCAGGTAGACATTCG
* * * * * **
14151 ATTATGGTCCGTTTTAG-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATNN
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
******** * * *
14215 NNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTC
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAG-GTGACTATAAATGAAC-TTTTTTTC
** * * * * * *
14279 TTGATGAATAGCTTTTTTTGT-ACGTTTTTCAAG-ACAATCATTCA
128 -CAATGAAT-GCTTTTTTTATCATGTTTCTCAGGTA-GA-CATTCG
* ** * * * * * *
14323 ATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGACTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * **********
14388 CCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGCCA
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATG-AACTTTTTTTCCA
* * *
14453 ATGAATGCTTTTTTTATCAAGTTTCTCAAGGTAGACTTTTG
130 ATGAATGCTTTTTTTATCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCG
* **********
14494 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
14559 ACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTTAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTTA
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTC-CA
* * *
14624 ATGAATAGATTTTTTTA-CATGTTTTTCAGG-ACAAGCATT-G
130 ATGAAT-GCTTTTTTTATCATGTTTCTCAGGTA-GA-CATTCG
* * * *
14664 AATTATAGTCTATTTTAG-CAAAAAAATTTAAAACAATTCT-TCTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 -ATTATAGTCTGTTTTAGTC--AAAAATATAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ********** * *
14727 TAAAATAATTAAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTT
62 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
* * * * *
14791 CTCAATGAATGGTTTTTTGTAT-ACGTTTTTCAGAGCATG-CATTCA
127 C-CAATGAATGCTTTTTT-TATCATGTTTCTCAG-GTA-GACATTCG
* * * * * *
14836 ATTATAATCTTTTTTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTTAACTTACAATCAGTTTTGAGATTATAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
14900 AATAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAAT-AGACGTTTCTTTC
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGA-AC-TTTTTTTC
*
14964 CAATGAATGC-TTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGTATACATTCG
128 CAATGAATGCTTTTTTTA-TCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCG
* * *
15007 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
15072 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCCA
*
15137 ATGAATGCCTTTTTATT-T-ATGTTTCTCAAGGTGGACATTCG
130 ATGAATG-CTTTTT-TTATCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCG
* * *
15178 ATTATAGTCTGTTTTAGTTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
15243 ACAATTTAAACCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GAGTAACTAGAAATGGA-TTTTTCTTGC
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAG-GTGACTATAAATGAACTTTTT-TT-C
* * * * * *
15306 CAACGAATG-TGTTTTTCT-TCACGTTTCTTCAAGTAAAAATTCA
128 CAATGAATGCT-TTTTT-TATCATGTTTC-TCAGGTAGACATTCG
* * * *
15349 ATTATAGTTTGTTTTAG-CAAAAAGTGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
************ * * * * *
15413 AACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCC
* * * * * * *
15478 AACGAATG-TGTTTTTTTTCACGTTTCTCTAAGTAAAAATTCA
129 AATGAATGCT-TTTTTTATCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCG
* * * * ****
15520 ATTATGGTCTGTTTTAG--AAAAAGTATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNN
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
****** * * * * * * * *
15583 NNNNNNTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCC
* * * * * *
15648 AACGAATGCATTTTTCT-TCATGTTTCTTGAAGTTA-AAATTCA
129 AATGAATGC-TTTTTTTATCATGTTTC-T-CAGGTAGACATTCG
* * * * * * * * *
15690 ATTATAGACTGTTTAAGCCAACAATGTACAAAAACTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
15755 ATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAA-AGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTC
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTC-C
* * * * * *
15819 AATGAGTAGCTTTTTTT-GCACGTTTCTCAAGGCAGGCATTCA
129 AATGAAT-GCTTTTTTTATCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCG
* * * ***************
15861 ATTATAGACTCTTTTA-ACAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
15925 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTAATAGAAA-GGGTGACTATAAATAAATTTTTTTTCT
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTC-
* * * * * * *
15989 AAATGAATGATTTTTTTAT-ACGTTTCTTAAG-ACAAGCATTCA
128 CAATGAATGCTTTTTTTATCATGTTTCTCAGGTA-GA-CATTCG
* * ** * * *
16031 ATTATTGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
16078 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 368, Indels: 150
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 11 0.01
170 382 0.26
171 845 0.57
172 229 0.15
173 14 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCCAA
TGAATGCTTTTTTTATCATGTTTCTCAGGTAGACATTCG
Found at i:14791 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 13981--15883 Score: 1248
Period size: 513 Copynumber: 3.7 Consensus size: 503
13971 CAGGAATTTA
* * * * * * * *
13981 ATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
14046 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAT-GGTGACCATAAAT-AGACTTTT-TCTGC
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGC
* * * * * * ** *
14108 CAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTCAAGTA-AAAATTCAATTATGGTCCGTTTTAGCAAA
129 CAATGAATGCATTTTTATTCATGTTTC-TCAAGGACAACATTCGATTATAGTCTATTTTAGAAAA
* * * *
14172 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT----------AAAACAATTAA-AA
* ** *
14237 -GGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCTTGATGAATAGCTTTTTT-TGT
247 GGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTGTAT
* * *
14300 ACGTTTTTCA-AGACAAT-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGT-AAAAGAATTTAA
310 ACGTTTTTCAGAG-C-ATGCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TCAAAAAAATTTAA
* * *
14362 CTCAAAATCAATTTTGAGACTATAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGG
372 CTCAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGG
********* *
14427 TGACTATAAAT-GNNNNNNNNNNGCCAATGAATGCTTTTTT-TATCAAGTTTCTCAAGGTAGACT
437 TGACTATAAATAG-ACGTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTAT-TCAAGTTTCTCAAGGTAGACA
*
14490 TTTG
500 TTCG
* **********
14494 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
14559 ACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTTAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCTT
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-C
*
14623 AATGAATAG-ATTTTT-TTACATGTTTTTC-AGGACAAGCATT-GAATTATAGTCTATTTTAGCA
130 AATGAAT-GCATTTTTATT-CATGTTTCTCAAGGACAA-CATTCG-ATTATAGTCTATTTTAG-A
* * ** *
14684 AAAAAATTTAAAACAATTCTTCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGNNNNNNN
190 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAG-------
*
14749 NNNGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTCTCAATGAATGGTTTTTTGTA
248 ---GGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGCTTTTTTGTA
* *
14812 TACGTTTTTCAGAGCATGCATTCAATTATAATCTTTTTTAATCAAAAATTCAAAAAAATTTAACT
309 TACGTTTTTCAGAGCATGCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTCAAAAAAATTTAACT
* * * * * ** *
14877 TACAATCAGTTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTG
374 CAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTG
* * * *
14942 ACTATAAATAGACGTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGTATACATTCG
439 ACTATAAATAGACGTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCG
* *
15007 ATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
15072 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * *** * **
15137 ATGAATGCCTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTGGACATTCGATTATAGTCTGTTTTAGTTAAAAA
131 ATGAATGCATTTTTATTCATGTTTCTCAAGGACAACATTCGATTATAGTCTATTTTAGAAAAAAA
*
15202 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAGTAATAAGAC
196 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTAAA---AG------GGC
* * * *
15267 TTTTGAAGGAATGAGTAACTAGAAATGGA-TTTTTCTTGC-CAACGAATG-TGTTTTTCT-TCAC
251 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TT-CTCAATGAATGCT-TTTTTGTAT-AC
* *** * * * * * *
15328 GTTTCTTCA-AGTAAAAATTCAATTATAGTTTGTTTT-AGCAAAAAGTGT-ATAAAAATTCAACT
312 GTTT-TTCAGAGCATGCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-T-TCAAAAAAATTTAACT
* * * ************* * *
15390 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTG
374 CAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTG
* * * * * * * *
15455 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACGAATG-TGTTTTTTTTCACGTTTCTCTAA-GTAAAAATT
439 ACTATAAATAGACGTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTATTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACATT
*
15518 CA
502 CG
* * * * ****
15520 ATTATGGTCTGTTTTAG--AAAAAGTATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNN
1 ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAA
****** * * * * * * *
15583 NNNNNNTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * **
15648 AACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTTA-AA-ATTCAATTATAGACTGTTTAAGCCAA
130 AATGAATGCATTTTTATTCATGTTTC-TCAAG-GACAACATTCGATTATAGTCTATTTTAGAAAA
* * * * * *
15711 CAATGTACAAAAACTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTAAA---AG------
* * * * * * **
15776 GGCATTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAGTAGCTTTTTT-TGCAC
248 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTGTATAC
* * *
15840 GTTTCTCA-AGGCAGGCATTCAATTATAGA-CTCTTTTAA-CAAAAA
312 GTTTTTCAGA-GCATGCATTCAATTATA-ATCTATTTTAACCAAAAA
15884 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 220, Indels: 117
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
504 2 0.00
505 7 0.01
511 10 0.01
512 352 0.32
513 590 0.53
514 78 0.07
515 71 0.06
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (503 bp):
ATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCATTTTTATTCATGTTTCTCAAGGACAACATTCGATTATAGTCTATTTTAGAAAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGGGCTTTTGAAGGA
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGCTTTTTTGTATACGTTTTTCAGAGCAT
GCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTCAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGA
CTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTT
CTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCG
Found at i:15835 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13975--15850 Score: 1234
Period size: 342 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
13965 TCATGACAGG
* * * * * * *
13975 AATTTAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGGTT
1 AATTCAATTATAGTCTGTTTT-AGCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
14040 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAT-GGTGACCATAAATAGACTTTT-
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
14103 TCTGC-CAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTCAA-GTAAAAATTCAATTATGGTCCGTTTT
129 T-TGCTCAATGAGTGC-TTTTTTTTCACGTTTC-TCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * ********** *
14166 AGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAG
191 AG-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAG
* * * * * ** *
14231 TAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCTTGATGAATAGC-TTTT
255 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTT
* * * **
14295 T-TTGTACGTTT-TTCAAGACAA
318 TCTT-CATGTTTCTTGAAGTTAA
* * * * * * *
14316 TCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGA
1 -AATTCAATTATAGTCTGTTTT-AGCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *******
14381 CTATAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGNNNNNNN
63 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*** * * * ** **
14446 NNNGC-CAATGAATGCTTTTTTTATCAAGTTTCTCAAGGTAGACTTTTGATTATAGTCTGTTTTA
128 CTTGCTCAATGAGTGCTTTTTTT-TCACGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * ********** *
14510 GCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
192 G-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGT
* * * * * * * * *
14575 AATATGGCTTTTTAAGAAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCTTAATGAATAG-ATTTTT
256 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTTT
* * **
14638 -TTACATGTTT-TTCAGGACAA
319 CTT-CATGTTTCTTGAAGTTAA
* * * * **
14658 GCATTGAATTATAGTCTATTTTAGCAAAAAAATTTAAAACAATTCTTCTTAAAATCAATTATGAG
1 -AATTCAATTATAGTCTGTTTTAGC--AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ********** * * *
14723 ATTATAAAATAATTAAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
62 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *** * *
14788 T-TT-CTCAATGAATGGTTTTTTGTAT-ACGTTTTTC-AGAGCATGCATTCAATTATAATCTTTT
127 TCTTGCTCAATGAGTGCTTTTTT-T-TCACGTTTCTCAAG-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * * **
14849 TTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTTAACTTACAATCAGTTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
189 TTAGT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAC
* * * * * * * *
14913 GAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTTCCAATGAATGCTTTT
252 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTT
* * *
14978 TTATTCATGTTTCTCG-AGGTATA
317 TTCTTCATGTTTCTTGAAGTTA-A
* * * *
15001 CATTCGATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
1 AATTCAATTATAGTCTGTTTTAG-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
15066 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATAGGTGAGTATAAATGGACTTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
15130 CTTGC-CAATGAATGCCTTTTTATTT-ATGTTTCTCAAGGTGGACATTCGATTATAGTCTGTTTT
128 CTTGCTCAATGAGTG-CTTTTT-TTTCACGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTT
*
15193 AGTTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAG
191 AG-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAG
* * * * * **
15258 TAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGT-AACTAGAAATGGATTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTTTT
255 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTT
* * *
15322 CTTCACGTTTCTTCAAGTAAA
319 CTTCATGTTTCTTGAAGTTAA
*
15343 AATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCAAAAAGTGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 AATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAA-TGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
************ *
15408 TATAAAACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
15473 TTGCT-AACGAATGTG-TTTTTTTTCACGTTTCTCTAA-GTAAAAATTCAATTATGGTCTGTTTT
129 TTGCTCAATG-A-GTGCTTTTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTT
* ********** *
15535 AG-AAAAA-GTATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAACTA
191 AGTAAAAATGTA-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGA
15598 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTT
254 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTT
15663 CTTCATGTTTCTTGAAGTTAA
319 CTTCATGTTTCTTGAAGTTAA
* * * * * *
15684 AATTCAATTATAGACTGTTTAAGCCAACAATGTACAAAAACTGAACTTAAAATCCATTATGAGAT
1 AATTCAATTATAGTCTGTTTTAG-CAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
15749 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
15813 TTTCTCAATGAGTAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGG
129 TTGCTCAATGAGT-GCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGG
15851 CAGGCATTCA
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 283, Indels: 91
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 20 0.02
341 329 0.27
342 612 0.51
343 237 0.20
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCTCAATGAGTGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAA
GGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCATG
TTTCTTGAAGTTAA
Found at i:15910 original size:512 final size:500
Alignment explanation
Indices: 14930--15883 Score: 1042
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 500
14920 AAGGCTTTTA
* * *
14930 AAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTATTCATGTTTCTCGA
1 AAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTATTCACGTTTCTCGA
* * * * *
14995 GGTATACATTCGATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTA
66 AGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAG-CAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
15060 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGAGTATAAATGGA
130 TGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGAATATAAATGGA
* * * * * * *
15125 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTGGACATTCGATTATAGTCTGT
195 CTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTGAAAATTCAATTATAGACTGT
* ** *
15190 TTTAGTTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACC
260 TTAAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACC
* * *
15255 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTAACTAGAAATGGATTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTT
325 GAGTAATAAGACATTCGAAAGAATGAGTAACTAGAAATGGATTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTT
* ** * *
15320 TTCTTCACGTTTCTTCAAGTAAAAATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCAAAAAGTGTATAAAAATT
390 TTCTTCACGTTTCTTCAAGCAAAAATTCAATTATAGACTCTTTTAACAAAAAGTGTATAAAAATT
15385 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNNNTTTG
455 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG------------TTTG
* * * * * *
15443 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACGAATG-TGTTTTTTTTCACGTTTCTCT
1 AAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGCCAACGAATGCT-TTTTTATTCACGTTTCTCG
* *
15507 AAGTAAAAATTCAATTATGGTCTGTTTTAG-AAAAAGTATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
65 AAGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAA-TATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
********** * * *
15571 ATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGG
129 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGAATATAAATGG
* * *
15636 ACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTTAAAATTCAATTATAGACT
194 ACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTATTCATGTTTC-TCAAGGTGAAAATTCAATTATAGACT
* * * * *
15700 GTTTAAGCCAACAATGTACAAAAACTGAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAATAATTTAAA
258 GTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
* * * * * * *
15765 GCGAGTAATAAGGCATTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT-TTTCTCAATG-A-GTA
323 CCGAGTAATAAGACATTCGAAAGAATGAGTAACTAGAAATGGATTTTTCTTGC-CAACGAATGT-
***
15827 GCTTTTT-TTGCACGTTTC-TCAAGGCAGGCATTCAATTATAGACTCTTTTAACAAAAA
386 G-TTTTTCTT-CACGTTTCTTCAA-GCAAAAATTCAATTATAGACTCTTTTAACAAAAA
15884 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 69, Indels: 17
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.01
511 16 0.04
512 265 0.73
513 81 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (500 bp):
AAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTATTCACGTTTCTCGA
AGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGAATATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTGAAAATTCAATTATAGACTGTT
TAAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCG
AGTAATAAGACATTCGAAAGAATGAGTAACTAGAAATGGATTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTTT
TCTTCACGTTTCTTCAAGCAAAAATTCAATTATAGACTCTTTTAACAAAAAGTGTATAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTTTG
Found at i:18899 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 18607--19052 Score: 412
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 161
18597 NNNNNNNNNN
* ** *
18607 TGAATTTTCACTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGT
1 TGAATTTTTACTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
18672 CACCCATTCCTTCAAAA-TCCTTATTACTCGCTTTAAAATGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTT
65 CACCCATTCCTTCAAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATTG---------TTCATAATTGATTTT
* * *
18736 AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTT-CTAAAATAGACTATAAT
120 AAGTTAAATTGTTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAAT
* * *
18777 TGAATTTTTACTTAGAAAAACGTGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAA-TCCCATTTATAG
1 TGAATTTTTACTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAG
* *
18841 TCACCCATTGCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTT
64 TCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGT---------TCATAATTGATTTT
*
18906 AAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAAT
120 AAGTTAAATTGTTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAAT
** * * ** *
18948 CAAATATTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
1 TGAATTTTTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAA-CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
19013 TCACCCATTCCTTTAAATGCCTTATTACTTGCTCTAAATT
64 TCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATT
19053 ATTTTANNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 31, Indels: 28
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 126 0.55
171 41 0.18
172 61 0.27
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TGAATTTTTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG
TTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAAT
Found at i:20203 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20027--21102 Score: 845
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
20017 NNNNNNNNAT
* *
20027 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATAGAATGTTTACTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTT
* * * *
20092 TGAGAAACATG-AAAAAAAAGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTT
66 TAAGAAACATGTAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
**********
20156 AAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
131 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
* * * ** *
20197 AATTGATTTTAAGCT-AATTTTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAACCAGACTATGATTGAATGCATGC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * *
20260 CTTGAGAAATATGTAAAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCTTTTAT-GATCACCCATTC
64 TTTAAGAAACATGTAAAAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTC
** ** * * *
20324 CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAAACTCAT
127 CTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
* * * * * * ** *
20369 AATTGAATTTGAGATGATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAAAATAATTGAATATTTA-TC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACT-
* * *
20433 TCAAGAAACGT-TAAAAAAAGGCACTT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
65 TTAAGAAACATGTAAAAAAAAGCA-TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
**********
20496 TTAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATTATTTTATAATCT-AA
129 TTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
* * * * * *
20538 TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACT
1 -AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACT
*
20603 TTAAGAAACATGATAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
65 TTAAGAAACATG-TAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
** * *
20668 TTAAAAGCTTTATTA-TACGCTTTAAATTGGTTTGTAATCCCAA
129 TTAAAAGCTTTATTACT-CGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
* * * * *
20711 AATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTT-GTC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACT-
* ** * ** * *
20775 TT--GAAAAATGTGCAAAAAA-CTATTTATCAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCT
65 TTAAGAAACATGTAAAAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * ******
20837 TAAAAAG-TCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAANNNNNN
129 TTAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
**** * * *** * * *
20880 NNNNGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTCACTAAAACAGACTGTAATTGAATTTTTA-AT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTT
* * * * * * * *
20944 TAGATAAACGTG-AAGAAAAATGCATTCGTTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATTTCT
66 TA-AGAAACATGTAA-AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * ** *
21007 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATATTTTATAAAATCAT
129 TTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
** * *
21050 AATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGAATATAATT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
21103 AAATTCCTGT
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 188, Indels: 56
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 121 0.18
170 261 0.38
171 63 0.09
172 238 0.34
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTT
TAAGAAACATGTAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
Found at i:20373 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 20025--20845 Score: 750
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 333
20015 NNNNNNNNNN
* *
20025 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATAGAATGTTTA-
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAT
** * *
20089 CTTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCA-TTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCC
66 C-TCAAGAAACATGAAAAAAAAGCACTT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCC
*
20153 TTTAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGCT-AATT
129 TTTAAAAG---------TCGCTTTAAATTATTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGCTGAA-T
* * * * * * * * *
20216 TTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAACCAGACTATGATTGAATG-CATGCCTTGAGAAATATG-TAAAA
183 GTTTTT-ACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTC-TACCTTAAGAAACATGATAAAA
* * *
20278 AAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCTTTTAT-GATCACCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTAC
246 AAAAAC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTA-
*
20342 T-CGCTTTAAA-TGGTTGTATAAACTC
308 TACGCTTTAAATTGGTT-TATAAACCC
* * * * * * ** *
20367 ATAATTGAATTTGAGATGATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAAAATAATTGAATATTTAT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAT
* * * *
20432 CTCAAGAAACGTTAAAAAAAGGCACTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 CTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCACTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTT
* *
20497 TAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
131 TAAAA---------GTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTT
* * *
20562 TTACTTTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACTTTAAGAAACATGATAAAAAAAAGC
187 TTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACCTTAAGAAACATGATAAAAAAAAAC
* *
20627 ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTATACGCTTTA
252 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTATACGCTTTA
* *
20692 AATTGGTTTGTAATCCC
317 AATTGGTTTATAAACCC
* * * * * *
20709 AAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAT
* * ** * ** * * *
20774 CT--TGAAAAATGTGCAAAAAA-CTATTTATCAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCC
66 CTCAAGAAACATG-AAAAAAAAGC-ACTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCC
*
20836 TTAAAAAGTC
129 TTTAAAAGTC
20846 TTATTACTCG
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 71, Indels: 52
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.01
340 6 0.02
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342 307 0.79
343 22 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAT
CTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCACTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTT
TAAAAGTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTTT
TGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACCTTAAGAAACATGATAAAAAAAAACATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTATACGCTTTAAATTGGTTT
ATAAACCC
Found at i:21706 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21409--22052 Score: 528
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
21399 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
21409 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACAA
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT
* * * * * ** *
21474 GAAAAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTAATTCCTTT-AAAAGCCA
66 GTAAAAAAA-ACATTCATTGAGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCT
* *
21537 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTT
129 TATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * *
21580 AAGTTGAATTGTTTTATATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT
* *
21645 GTAAAAAAATCATTCATTGAGGAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
66 GTAAAAAAAACATTCATTGAGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
**********
21710 TTACTCCCTTTAAATTGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTT
131 TTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * *
21751 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAGAG-CTTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAC-AATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA
* * * *
21815 TGTAAAAATAGCTACTCATTGA-GAAAAAAAATCCATTTATAGTGACCCATTCTTTCAAAAGCCT
65 TGTAAAAAAAAC-ATTCATTGAGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
* ********** *
21879 TATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 TATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * ** * * ** * *
21922 AAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGCAAAAACAGACTATAATTGAAT-TTTTACTTGGAGGAACG
1 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACA
* * * * * * * *
21986 TG-AACAAAAATGCATTCGTTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTCCAAAAGCC
65 TGTAA-AAAAA-ACATTCATTGAGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
22049 TTAT
128 TTAT
22053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 86, Indels: 18
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.05
171 347 0.92
172 11 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT
GTAAAAAAAACATTCATTGAGGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
TTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
Found at i:23213 original size:170 final size:158
Alignment explanation
Indices: 22981--25080 Score: 476
Period size: 170 Copynumber: 12.3 Consensus size: 158
22971 CATTAAGAAG
* *
22981 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-C-------TGTTTTATAA
* * * *
23046 TCTTATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGACCATAATTGAATTT
56 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAATTT
* *
23111 TAACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCGTTGGTAGA
120 TAACTT-GAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATT-GTAGA
* * *
23152 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC---------TGTTTTATAAT
* * * * *
23217 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAGAAATACTATAATTAAATTCC
57 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAA-AAAGACTATAATTAAATT-T
*
23282 TATCTTGAGAAACATGCAA-AAAAAGCTAC--TCATT-TAGAA
120 TAACTTGAGAAACATG-AAGAAAAA--TACATTCATTGTAG-A
* *
23321 AAAAGGTCGATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTGTTTTATA
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT---------CTGTTTTATA
* * *
23386 ATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTGCACTTTTTGCTAAACCAGACTATAATTAAAA
55 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTTGCTAAA-AAGACTATAATT-AAA
*
23450 TTTT-ACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTCGTA-A
117 TTTTAACTT-GAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATT-GTAGA
* * *
23492 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC---------TGTTTTATA
* *
23557 ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGACTAAAACAGACTATAA-TAGAA
55 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-CTAAAA-AGACTATAATTA-AA
** * *
23620 TGCCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAA-AGCATTCATTGGCA-A
117 T-TTTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAATA-CATTCATT-GTAGA
********** *
23662 GAAAAGTCCNNNNNNNNNNACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATTATTTTAT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTG--TT---TTA---TA-
* * * * *
23726 ATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGA-A-TTTTTGATTAAACCAGACTATGATTGA
55 A-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTTG-CTAAA-AAGACTATAATTAA
** ** ** * * *
23789 ATGCATGCCTTGAGAAATGTGCA-AAAAA-GCTATTCA-TGGAGAA
116 AT-TTTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAATAC-ATTCATTGTAG-A
* * * * *
23832 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNCACTT-TAAAT-GGTTTTA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAG----------C-CTTATTACTCTGTTTTA
* * * * * ** * * **
23895 TAAACTCATAATTGATTTTGAGATGATTTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAAAATAATTAAA
53 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAA
** * *
23960 TATTT-ACATCAAGAAACGTGAA-AAAAAGGTAC--TCATTGATAAA
117 T-TTTAAC-TTGAGAAACATGAAGAAAAA--TACATTCATTG-TAGA
* * * * * *
24003 AAAAGTACATTTATAGTCATCTACTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GTTTTA-AATTGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTTATAA---TCTCAT
*** * * * *
24066 AATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAA
62 AAT-T-------GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAAT-TAAA
* * * *
24131 GTCTATCTTGAGAAACATGACA-AAAAA-GCATTCATTGGTA-A
117 TTTTAACTTGAGAAACATGA-AGAAAAATACATTCATT-GTAGA
* * *
24172 GAAAGGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTA-AATTGNNNNN
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTTATAA-T------
* * * * * * * *
24235 NNNNNTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTCAA
57 ----CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAA
* ** *
24300 TGTCTGTCTTGAGAAACATGCAA-AAAAA-GCTATTCATTG-AGA
117 T-TTTAACTTGAGAAACATG-AAGAAAAATAC-ATTCATTGTAGA
******** * *
24342 AAAANNNNNNNNNNATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTAT
1 AAAA--GTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT--C------TG-TTTTAT
* * * *** * *
24407 AATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACCATAATTGAAT
54 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAAT
* * * *********
24472 TTTTACTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTNNNNNNNNNN
118 TTTAACTT-GAGAAACATGAAGAAAAATACATT-CATTGTAGA
** * *
24515 NNAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT--C------T-GTTTTATAAT
* * * * * *
24580 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTAAATTTC
57 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAATTT-
** *
24645 TGTCTTGTGAAACATGCAA-AAAAAGCTAC--TCATT-TAGAAAA
120 TAACTTGAGAAACATG-AAGAAAAA--TACATTCATTGTAG---A
* * *
24686 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTAGAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-GTT---TTA---T--AA
* * * * * *
24751 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATTT
56 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTAAATTT
* * * * *
24816 TTACTTGTAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCGTTTGCA-A
120 TAACTTG-AGAAACATGAAGAAAAATACATTC-ATTGTAGA
* *
24856 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTT-TAAAT-TGTTTTA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAG----------C-CTTATTACTCTGTTTTA
* * *
24919 TGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAA-TAG
53 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTTGCTAAAA-AGACTATAATTA-
* * * * *
24983 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAAGCATTTATTGGCA-A
115 AAT-TTTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAATA-CATTCATT-GTAGA
* ** *
25028 GAAAATTATATTTATAGTCATCCATTCCTTTAACAA-CCTTATTACTC-GTTTTA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCTGTTTTA
25081 AATTATTTTA
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 295, Indels: 369
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
159 5 0.00
160 11 0.01
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164 2 0.00
165 3 0.00
167 3 0.00
168 10 0.01
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179 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (158 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAAAGACTATAATTAAATTTTAACTTGAGAA
ACATGAAGAAAAATACATTCATTGTAGA
Found at i:23232 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 22326--25428 Score: 1825
Period size: 341 Copynumber: 9.2 Consensus size: 338
22316 NNNNNNNNNN
* * * * *
22326 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTGTAATGTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
22391 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGTTAAATTAGACTATAATTGAATTTTTACTT-
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTAACTTG
* * * *
22455 ----A---G-AG-AAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT--T--CC--T--TT-AAAA
131 AGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAA
* ********** * * *
22502 GCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATA
196 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * ** * * * * *
22567 TTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTA-CGTCGAGAAATATGAATAAAAAAGC-ATTC
261 TTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATC-TTGAGAAACATGCA-AAAAAAGCTACTC
*****
22630 ATTG-GTAAGAANNNNN
324 ATTGAG-AA-AAAAGTC
***** * * * * *
22646 NNNNNATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATC-CTAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTC-AT
* * * * * ** **
22710 AATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGC
65 AATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTT-ACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTTAA
* * * * *
22774 CTTGAAAAATGT-ATACAAAAAACCATTCTTTGAG-AAAAAAAGTCCATTTA-AGTCATCCATTC
127 CTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAA-CATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
********** * *
22836 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATT
188 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * * **
22901 TTTTTATTTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTATCTTGAAAAATGTGCAAAAAAA
253 TTTTTA-CATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
*
22966 GCTA-TCATTAAGAAGAAAAGTC
317 GCTACTCATTGAGAA-AAAAGTC
* * * *
22988 CATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
* * *
23053 ATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGACCATAATTGAATTTTAACTTA
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTAACTT-
* *
23118 GAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCGTTGGT-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTTA
130 GAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCA
********** *
23182 AAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
23247 ACATTTATGGTTAAGAA-ATACTATAATTAAATTCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTAC
258 ACATTTATAGTTAA-AATAGACTATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTAC
*
23311 TCATTTAGAAAAAAGGTC
322 TCATTGAGAAAAAA-GTC
* * * **********
23329 GATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
* * * *
23394 ATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTGCACTTTTTGCTAAACCAGACTATAATTAAAATTTT-ACT
66 ATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATT-GAATTTTAACT
* * *
23457 TGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTT
129 T-GAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTT
* ********** * *
23522 CAAAAGGCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTT
191 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
23587 TTACATTT-TTGACTAAAACAGACTATAA-TAGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGC
256 TTACATTTATAG-TTAAAATAGACTATAATTA-AATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGC
*
23650 -ATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
319 TACTCATTGAG-AA-AAAAGTC
********** * * *
23670 CNNNNNNNNNNACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATATTCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
* * * ** **
23735 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGA-A-TTTTTGATTAAACCAGACTATGATTGAATGCATGCC
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTTG-CTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTTAAC
* * * * *
23798 TTGAGAAATGTGCA-AAAAAGCTATTCA-TGGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
128 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAC-ATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCT
* ********** * * * *
23861 TCGAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTGAGATGATTTTT
190 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * ** *** ** * *
23926 TTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAAAATAATTAAATATTTA-CATCAAGAAACGTG-AAAAAAAGG
255 TTTACATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATC-TTGAGAAACATGCAAAAAAAGC
* *
23989 TACTCATTGATAAAAAAAGTA
319 TACTCATTGA-GAAAAAAGTC
* * * * ****
24010 CATTTATAGTCATCTACTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTNNNN
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
****** * * * * * * *
24075 NNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTATCTT
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTG-AATTTTAACTT
* * * *
24140 GAGAAACATGACA-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTTA
130 GAGAAACGTGA-AGAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCA
* * ********** * *
24204 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGNNNNNNNNNNTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
24269 ACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTGTCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATT
258 ACATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACT
****
24334 CATTGAGAAAAANNNNN
323 CATTGAGAAAAA-AGTC
***** ** *
24351 NNNNNATAGTCACTTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATA-TGATTTTATAATCTCA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCA
* * * *** * *
24414 TAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACCATAATTGAATTTTTACT
64 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTAACT
* ************
24479 TGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTNNNNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTC
129 T-GAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTC
* * *
24544 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTC
192 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * *
24609 TACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTAAATTTCTGTCTTGTGAAACATGCAAAAAAAGCTAC
257 TACATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTAC
*
24674 TCATTTAGAAAAAAAAGTC
322 TCA-TT-GAGAAAAAAGTC
* * * * *
24693 CATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTAGAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
24758 ATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATTTTTACTTG
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTAACTTG
* * *
24823 TAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCGTTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCA
131 -AGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCA
********** * * * *
24888 AAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
24953 AACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAA-TAGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGC-
258 -ACATTTATAGTTAAAATAGACTATAATTA-AATGCCTATCTTGAGAAACATG-CAAAAAAAGCT
* * * *
25016 ATTTATTG-GCAAGAAAATTA
320 ACTCATTGAG-AA-AAAAGTC
* * * * * *
25036 TATTTATAGTCATCCATTCCTTTAACAA-CCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCCCAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * ** **
25100 AATTAATCTTAAGTTAAATTTTTTTGA-ATTTCTGGTTAAACCAAATTATAATTGAATGCCTGCC
65 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTTAAC
* * * * *
25164 TTGAGAAATGTGCAA-AAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCGTTTATGGTCACCCATTCT
128 TTGAGAAACGTG-AAGAAAAAAC-ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCC
** * * * * *
25227 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTGAGATGAATTG
189 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *** * ** * *
25292 TTTTATATTTTTAATTAAAACAGA-TAATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACGTG-AAAAAAGG
254 TTTTACATTTATAGTTAAAATAGACT-ATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAG
*
25355 C-ACTCATTGACAACAAAAGTC
318 CTACTCATTGAGAA-AAAAGTC
* * *
25376 TATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTT
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT
25429 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTAACTTG
AGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTATAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCAT
TGAGAAAAAAGTC
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Alignment explanation
Indices: 22531--25910 Score: 1914
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22521 NNNNNNNNNN
* * * *
22531 AATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * **********
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* * * *
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* * * *
22702 AATC-CTAAAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
1 AATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
22764 GAATG-C-ATGCCTTGA-AAA-ATGTATACAAAAAACCATTCTTTGAGAAAAAAAGTCCATTTA-
62 GAATGTCTAT--CTTGAGAAACATGCA-A-AAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * **********
22824 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTAT
123 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* ** * * *
22873 AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATTTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** *
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* * *
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130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * * *
23044 AATCTTATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGACCATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
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**********
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* * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAA
* * *
23278 T-TCCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCATTTAGAA-AAAAGGTCGATTTATAGTCA
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* * **********
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* * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-GA
* * * *
23449 AT-TTTA-CTTGGAGAAACATG-AAGAAAAA-CACATTCATTCG-TAAGAAAAGTCTATTTATAG
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* * * **********
23509 TCATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTAT
125 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* ** *
23556 AATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAGACTATAATAGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * **********
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*
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130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * *
23726 ATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGA-ATTTTTGATTAAACCAGACTATGATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * *
23790 TG-C-ATGCCTTGAGAAATGTGC-AAAAAAGCTATTCATGGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
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** ********** * *
23852 CCCATTCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * ** * * ** *
23896 AAACTCATAATTGATTTTGAGATGATTTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAAAATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ** * * * * * * *
23961 ATTTA-CATCAAGAAACGTG-AAAAAAAGGTACTCATTGATAAAAAAAGTACATTTATAGTCATC
66 GTCTATC-TTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
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130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
********** * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
*
24131 GTCTATCTTGAGAAACATG-ACAAAAAAGC-ATTCATTG-GTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC
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* ******
24193 ACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGNNNNNN
129 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
**** * * * * *
24236 NNNNTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTCAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ********* *
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* *
24365 TATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATA-TGATTTTAT
130 CATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTAT
* * ** *
24407 AATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACCATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ************
24472 TTTTA-CTTGGAGAAACGTG-AAGAAAAATGC-ATTNNNNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCA
66 GTCTATCTT-GAGAAACATGCAA-AAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
24534 -CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * *
24577 AAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
24642 TTCTGTCTTGTGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCATTTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
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* * * * *
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130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* *
24749 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAC-TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
24812 ATTTTTA-CTTGTAGAAACGTG-AAGAAAAA-CACATTCGTTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 ATGTCTATCTTG-AGAAACATGCAA-AAAAAGC-TATTC-ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ********** *
24873 TCACCGATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATTGTTTTAT
125 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * *
24920 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATAGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * **
24985 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGC-ATTTATTG-GCAAGAAAATTATATTTATAGTCA
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* * *
25048 TCCATTCCTTTAACAA-CCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTAT
128 CCCATTCCTTTAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
25092 AATCCCAAAATTAATCTTAAGTTAAATTTTTTTGA-ATTTCTGGTTAAACCAAATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** ** * *
25156 TGCCTGCCTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCGTTTATGGTCACC
65 TGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
25221 CATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
25263 AAACTCATAATTGATTTTGAGATGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAAACAGA-TAATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA
* * * ** * * * * * * *
25327 TATTTACCTCAAGAAACGTG-AAAAAAGGC-ACTCATTGACAACAAAAGTCTATTTAGAGTCACC
65 TGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ***
25390 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTNNN
130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
******* * * ** *
25432 NNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATCAAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
25497 GTCTACCTCGAGAAACAAG-ATAAAAAA-CGTATTTATT-AGCAACAAAGGTCCATTTATAGTCA
66 GTCTATCTTGAGAAACATGCA-AAAAAAGC-TATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *********** * *
25559 TCTNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * ** * * **********
25603 AATCCCAAAATTAATTTTGAGTAAAATGTTTTTACATTTATGGTTANNNNNNNNNNTAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * * * * *********
25668 GCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAAA-ATCATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTTNNNNNNNNN
66 GTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** *
25732 NATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCCTAAATTGTTTTAA
130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * ** * * *
25774 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAACACAAACTATAATTGATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
25839 GTCTGTCTTGAGACACACGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
66 GTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
25904 ATTCCTT
131 ATTCCTT
25911 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
Found at i:26373 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26011--26378 Score: 407
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
26001 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * *
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*
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********** * **
26182 TAAGNNNNNNNNNNGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-GGTTTTTTGTA
1 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAACTTTTTT-TA
* * * *
26246 CACATTTTTCAAGGCATGCATTCAATTACAATCTGTTTCAGCCAAAAATTCAAAAAAAATT-AAC
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* * * **
26310 TTAAAATTAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTTG
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*
26353 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGGGACT
1 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT
26379 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAACTTTTTTTAC
ACATTTTTCAAGACAGGCATTCAATTACAATCTGTTTCAACAAAAAATTAAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
Found at i:27027 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26717--27756 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
26707 NNNNNNNNNN
* * **
26717 AAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATTAACTTTTCTT
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
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* *
26843 TAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTAT
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**********
26888 AAAACAATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
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*
27018 AAATGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
131 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
****************** * *
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1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
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* *
27188 AAAAGTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGATTAT
130 AAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*********** *
27231 AAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
27296 CCAACAAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGAAAATT-AATTATAGTCTGTTTTAGCCA
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
27466 CTCAATGAGTAGCTTTTTT-TGCATGTTTC-TCAAG--GCAAGCATTCAATTATAAG-CTCTTTT
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* * *
27526 AACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
27636 TCTCAATGAATGATTTTTT-TACACGTTTCTT-AAGGCAGGCATTCAATTATTA-TCTATTTTAA
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* * * *
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*
27743 AAAATAATTTAAAG
1 AAAACAATTTAAAG
27757 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 128, Indels: 47
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
170 97 0.14
171 450 0.63
172 167 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:27363 original size:343 final size:321
Alignment explanation
Indices: 26736--27409 Score: 738
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 321
26726 TAAAGCGAGT
* * *
26736 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATTAACTTTTCTTCCCAACGAATGTGTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACATTTCTTCCCAACGAATGTGTTTGTCT
* * * * ** *
26801 TCACTTTTCTCTAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAGTAAAAAGTGTAAAAAAATTCAAC
66 TCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATACTCTAGTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATCCAAC
*******
26866 TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGAT
131 TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA---GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAT
* * * * *
26931 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGATTGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAATAGAAATTC
193 GACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAATAGAAATTC
*
26996 AATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
258 AATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
27061 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGC
1 A------------------ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACATTTCTTCC
* * * * *
27126 CAACGAATGTGTTTGTCTTTACGTTTCTCCGAGTAGAAATTTAATTATACTCTGGTTTAACAAAA
48 CAACGAATGTGTTTGTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATACTCTAGTTTAACAAAA
********
27191 AGTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAG
113 AGTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA---CAATTTAAGAGTAATAAG
27256 GCTTTTGAAGGAATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGCGTTTTTCTTCACGT
175 GCTTTTGAAGGAATGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGCGTTTTTCTTCACGT
*
27321 TTCTCCAAGTAGAAAATT-AATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAA
240 TTCTCCAAATAG-AAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAA
27385 ATCAATTATGAGATTATAA
304 ATCAATTATGAGATTAT-A
27404 AATAAG
1 AATAAG
27410 TTAAAGTGAG
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 40, Indels: 46
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
325 6 0.02
342 34 0.12
343 241 0.84
344 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (321 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACATTTCTTCCCAACGAATGTGTTTGTCT
TCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATACTCTAGTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATCCAAC
TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
CATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAATAGAAATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
Found at i:27817 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 27246--27843 Score: 528
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
27236 NNNNNNNNNN
* * * ** *
27246 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGATGACCATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACAAATGCGT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGG-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATG-AT
* * * * * *
27309 TTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAG-AA-AATT-AATTAT-AGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA
63 TTTT-TTCATGTTTCT-CAAG--GCAAGCATTCAATTATAAG-CTATTTTAACAAAAAATGAAAA
* * * * *
27370 AAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAGTTAAAGT
123 AAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
* * * * *
27417 GAGTAATCAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGAGTAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-GATTT
*
27482 TTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAAGCTCTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATT
65 TTTT-CATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAAGCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATT
* * *
27547 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACATTTTAAAGT
129 CAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
* * * *
27588 GAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATTGGTGACTAGAAATAGCCTTTTTTTCTCAATGAATGATTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTT
* * * * * * * * *
27653 TTTACACGTTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAACCATAAATGTAAAAGAATTC
66 TTT-CATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAAGCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTC
* * *
27718 AACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGN
130 AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
********* * *
27758 NNNNNNNNNGGCTTTT-AAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CGATGAATGTAT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATG-AT
*
27821 TTTTTTCATGTTTCTCAATGCAA
63 TTTTTTCATGTTTCTCAAGGCAA
27844 ACANNNNNNN
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 67, Indels: 23
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 155 0.44
171 183 0.52
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTT
TTTCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAAGCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCA
ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
Found at i:28772 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 28084--29386 Score: 563
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 167
28074 CATTTAATTG
* * * * * *
28084 CATTTAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGACT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * ****
28149 ATAAAACAATTTAAAGTGTGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTNNNN
65 ATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAG-GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
****** ** **
28213 NNNNNNATGAATGAT-TTTTT-TTACACATTTCTAAAGGTA-A
129 TTACCAATGAATG-TCTTTTTCTT-C-TGTTTCT-TGGGTAGA
* * * * *
28253 GGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATGAACTTAAAATCAACTTTTG-G
1 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAG
* * ********** *
28317 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTANNNNNNNNNNTGACTATAAATAGACTTT
62 ATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** *
28382 TGTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAAA
127 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTC-TGTTTCT-TGGGTAGA
* * * * ******
28424 CATTTAATTATTA-TCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTNNNNNN
1 CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAC-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
**** ** * * * * * *
28488 NNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGACGGAATGGGTGACGATAAATGAACTTTT
63 TTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** ** *
28553 CTT-CTCAATGAATAG-CTTTTT-TTGCACATTTCTCAAGG-AAA
128 CTTAC-CAATGAAT-GTCTTTTTCTT-C-TGTTTCT-TGGGTAGA
* * * * *
28594 GCATTCAATTATAGTCTGTGTGAATCAAAAATTCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAAA
1 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
28659 TTATAAAATAATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT
63 TTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
28724 CTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCGTGTTTCCTGAGGTAGA
128 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTC-TGTTTCTTG-GGTAGA
* * *
28766 CATTCAACTATTG-CATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTC-TGTTTTAAC-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
**************** * * *
28830 TTATNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTT
63 TTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
28895 CTTACCAACGAATGTGTTTTTCTTCAAGTTTCTTTGGGTAGA
128 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTC-TGTTTC-TTGGGTAGA
* * * *********
28937 AATTCAATTATAGTATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNT-AGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGA
* **
29001 TTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGGGTGACTATAAATAAACTTTT
63 TTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*
29065 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACT-TTTCTTGGGGTAGA
128 CTTACCAATGAATGTCTTTTTCTT--CTGTTTCTT-GGGTAGA
******* * * * *
29107 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAANNNNNNNNNNTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA---CAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** * * * **********
29172 TTATAAAATCAGATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTNNNNNNNNNNTTTT
63 TTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * **
29237 CTT-CTCAATGAATGACTTTTT-TTGCACGTTTCTCAAGGTAGGA
128 CTTAC-CAATGAATGTCTTTTTCTT-C-TGTTTCT-TGGGTA-GA
* * * * * *
29280 -ATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTAAAAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
29344 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATG
64 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
29387 CTTTTGAAGG
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 252, Indels: 81
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 229 0.27
171 526 0.63
172 77 0.09
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATGTCTTTTTCTTCTGTTTCTTGGGTAGA
Found at i:29386 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 29369--29400 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
29359 AACGAGTAAT
29369 AATGCTTTTAAAGG
1 AATGCTTTTAAAGG
*
29383 AATGCTTTTGAAGG
1 AATGCTTTTAAAGG
29397 AATG
1 AATG
29401 GGTAACTATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (14 bp):
AATGCTTTTAAAGG
Found at i:29498 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 29309--29488 Score: 222
Period size: 97 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
29299 TAACCATAAA
* * *
29309 TATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAATGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGC
** *
29374 TTTTAAAGGAATGCTTTTGAAGGAATGGGTAAC
66 TTTTAAAGGAATGC-GATGAAGAAATGGGTAAC
* * * * *
29407 TATAAAAAAATT-AAC-TATAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATCAGG
1 TATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTTTAAAATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGG
29470 CTTTTAAAGGAATG-GATGA
65 CTTTTAAAGGAATGCGATGA
29489 CTATAAATGG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 10, Indels: 5
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
95 3 0.04
96 2 0.03
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98 12 0.17
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (97 bp):
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGC
TTTTAAAGGAATGCGATGAAGAAATGGGTAAC
Found at i:30509 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29407--32193 Score: 1298
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 171
29397 AATGGGTAAC
* * *
29407 TATAAAAAAATT-AAC-TATAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATCAGG
1 TATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * **
29470 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGAGTTTTTTTTCTGAATGAATGGTTTTTTGTACATAT
64 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTATACGT
* * *
29535 TTCTCAAGG-CAGGCATTCAATCATAGTTTGTTTTAATCATAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * *********
29578 TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGNNNNNNNNN
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * ** ** **
29643 NNTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCGACGCGTTT
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTATACGTTT
* ** * * * * ** *
29708 TTTGA-GATAAGCAATGAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
130 CTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * * * *
29749 TGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAA-ATCATATGAAGCGAGTAATAAGG
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACA--ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * ** **
29813 CTTTCGGAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-AGCTTTTTTGCACGT
64 CTTT-TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTATACGT
* * * * * **
29876 TTCCCAAAG-CAGACATTGAATTATAGTTTGTTTTAACTGTAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * *
29919 TATAAAAAAATTCAACTTGAAAGCAATTTTGGGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
********** * *
29984 TTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCA-TTTTTTCAT--G
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATG--ATTTTTTTTATACG
* * * * *
30045 TTTCTCAAGGTA-A-ACATTCAATTATTGTCTGTGTTAACTAAAAA
127 TTTCTCAAGG-ACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * * *
30089 TGTAAAAAAA-TAAACATAAAATTAATTATGAGTTTATAAA-ATTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACA--ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ********** * * **
30152 GTTTTAAAGGAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-AGCTTTTTTTGCACGT
64 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-TTTTTTTTATACGT
* * * * * * * *
30216 GTCTCAAAG-CAAGCATTCAATTGTAGTTTGTGTTAA-AAAAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
********** *
30258 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAANNNNNNNNNNGTAATAAAGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
30323 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTGAATAAATGATTTTTTTTATACGTTT
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTATACGTTT
*
30388 CT-AAGGACAGGCATTCAATTATATTCTGTTTTAACCATAAA
130 CTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * *
30429 TATTAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTTTGAGATTATAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAC-AATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** *
30494 TTTTAAAGCAATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGC-CAATGAATG-CCTTTTTTATCATGT
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTAT-ACGT
** * * * * * *
30557 TTCTTGAGG-TAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTTACAAAAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * ** **********
30600 TGTAAAAAAATTTAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNGAGCGAGTAATAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
30665 TTTTGAAA-GAATGGGAGACTATAAATAGA-TCTTTTTCACCAA-CAATTGAGTTTTTCTTCA-A
65 TTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTC-TCAATGAA-TGA-TTTTT-TTTATA
* ** * * *
30726 -GTTTCTCTAAGTA-A-AAATTTAATTATAGTCTGTTTT-AGCAAAAA
125 CGTTTCTC-AAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * **********
30770 GTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAATTTNNNNNNNNNNATAAGG
1 -TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * ** *
30835 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTCTAAATGAGAAGCTTTTTTTGCT-TG
64 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTTCTCAATGA-ATGATTTTTTTTATACG
* * * * *
30899 TTTCTCAA-GATAAGAATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAA
127 TTTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * * * **********
30943 TGTAAAAAAACTCATCTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * *
31008 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAAACTTTTTCTGC-CAACGAATGCATTTTTCTTCAT--G
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAATGAATG-ATTTTT-TTTATACG
* ** * * ** *
31069 TTTCTCCAAGTA-A-AAATTCAATTCTGGTCTGTTTT-AGGAAAAA
127 TTTCT-CAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * *
31112 CTGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTGTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAG
1 -TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * *
31177 TTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTTAATAAAT-AGCTTTTTTTGTACGT
64 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-TTTTTTTTATACGT
* * ** *
31241 TTTTCAA-GACAAGCATTCAATTATAGTC-GATTTTAATAAAAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACCATAAA
* * * * * *
31284 TTTTAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * * * ** *
31349 TTTCGAAGAAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAAT-AGCTTTTTTTGCACATT
65 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-TTTTTTTTATACGTT
* * *
31413 TCTCAA-GATAGGCATTCAATTATAGTCTGGTTTAACCAAAAA
129 TCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
********** * * * *
31455 T-TCAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATG
1 TAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
31519 CTTTTAAAGGAATGGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-CTTTTTTTTCAT--G
64 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGATTTTTTTT-ATACG
* * * ** * ** *
31580 TTTCTTAAGG-TAGACATTTGATTATAGTCTATTTTAGGCAAAAA
127 TTTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* **
31624 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATACAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** * *
31688 TTTTGACA-GATTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAACGAATG-TGTTTTTCTTCAT--
65 TTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGAT-TTTTT-TT-ATAC
* ** * * * *
31749 GTTTCTCCAAGTA-A-AAATTCAATTATAGTCT-ATTTGAGCAAAAA
126 GTTTCT-CAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * *********
31793 GTGTGAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGG
1 -TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *** * * * *
31858 TTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAACAAATTTTTTTTCTAAATGAGT-AGTTTTTTTTGTACGT
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* * * *
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* * * **********
31965 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTANNNNNNNNNNTAAGGC
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
32030 TTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA-TATTTTTCCTCAATGAAT--TTTTTTTTACACGT
65 TTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTTATACGT
* *
32091 TTCTCAA-TACAGGCATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCATAAA
128 TTCTCAAGGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAA
* * * * *
32134 TGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATT-TGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATA
1 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTAATA
32194 NNNNNNNNNN
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* * * * ******
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***** * * **
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** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
29810 AGGCTTTCGGAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAAT-GAATAGCTTTTT-TG
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* * * * * * * * **
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1 AACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
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* * * * *
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* *
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* *
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* *
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** *** * *
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********** * * *
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1 AACTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
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* * * ** *
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**
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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31963 AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTANNNNNNNNNNTAA
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* * * * *
32027 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA-TATTTT-TCCTCAAT-GAA-TTTTTTTTTACA
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTTCTTCTAAATAGAAGCTTTTTCTT-CA
* ** * * *
32088 CGTTTCTCAA-TACAGGCATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCATA
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* * * * *
32132 AA-TGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATT-TGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAN
1 AACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
********* * * * * *
32195 NNNNNNNNNAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTC-ACCAACA-AATGTGTTTTTATT
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTCTA--AATAGAA-G-CTTTTTCTT
** *
32257 CACATTTCTCCAAGTAGAAATTCAATTAT-GATCTGTTTTAGCAAA
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* * * ********** * *
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1 AACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
32367 GTCTTTTAAAGGAATGAGTGA-TA-ATA-AGAC-TTTTCTTGC-GAAT-GAATGTGTTTTTCTTC
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTT-CTAAATAGAA-G-CTTTTTCTTC
** * * *
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*
32470 AAGTGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
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32514 TGGACTTTTT
Statistics
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Found at i:32076 original size:510 final size:510
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *********** *
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* * ** ** * *** * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
29851 CTCAATGAATAGC-TTTTTTGCACGTTTCCCAA-AGC-AGACATTGAATTATAGTT-TGTTTTAA
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** *
29912 CTGTAAATA
502 CCATAAATG
* * * * *
29921 TAAAAAAATTCAACTTGAAAGCAATTTTGGGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
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********* * **
29986 TNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTTTCATGTTTCT
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* * * * * * *
30050 CAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTGTTA-ACTAAAAATGTAAAAAAA-TAAACATAAAATTA
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* ** * * * *********
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** * * ** * * * * ** *
30178 NGGACTTTTCTTC-TCAATGAATAGCT-TTTTT-TGCACGTGTCTCAAAGCAAGCATTCAATTGT
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* * * * * * * *
30240 AGTTTGTGTTA-AAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAN
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********* * ** *
30304 NNNNNNNNNGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTGAATAAA
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
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** * * **
30561 TGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTTA--CAAAAAATGTAAAAAAATTTAGTTTAAAATC
129 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAGGC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*********** *
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* * * * * *
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* *
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********** *
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* * * *
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510 G
* * * * **********
30945 TAAAAAAACTCATCTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACT-ATTTNNNNNNNNNNATAAGGCT
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* * * * *
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* * * * *
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127 CT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGGCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
31135 TCAATTGTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTTAAGGAATGGGTGACTAT
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* * ** * * *
31200 AAATGGATTTTTTTTC-TTAATAAATAGCT-TTTTT-TGT-ACGTTT-TTCAAG-ACAAGCATTC
254 AAATAGACTTTTTTTCACCAACAAAT-G-TGTTTTTCT-TCACGTTTCTCCAAGTA-AA-AATTC
* ** * * *
31259 AATTATAGTCGATTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTC-ATCTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
314 AATTATAGTCTATTTT-AGCAAAAAGTGTAAAAAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
31323 AAATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCT
377 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTCT
* * * * * * * * *
31388 CAATAAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGGTTTAACCAAA
442 AAATAAATAGCTTTTTTTGTACGTTTCTCAAGACAAGAATTCAATTATATTCTGTTTTAACCATA
31453 AAT-
507 AATG
********** * * * * *
31456 TCAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGCT
1 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
31521 TTTAAAGGAATGGGTAATTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAT-CTTTTTTTTCATGTTTC
65 TTTAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA-TATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTC
* ** *
31584 TTAAGGTAGACATTTGATTATAGTCTATTTTAGGCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
128 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** * *
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** ** * *
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* *
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1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
32032 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGATATTT-TTCCTCAATGAAT--TTTTTTTTACACGTTTC
66 TT-AAAGAATGGGTGACTATAAATAGATATTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTTT-CATGTTTC
*** * * ** * * *
32094 TCAATACAGGCATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAA
128 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * **********
32159 ATT-TGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGAAATGGGTGACTATAAA
193 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAA
* * * *
32223 TGGACTTTTTTTCACCAACAAATGTGTTTTTATTCACATTTCTCCAAGTAGAAATTCAATTAT-G
257 TAGACTTTTTTTCACCAACAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAG
* * *
32287 ATCTGTTTTAGCAAAAAGTGTACAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
322 -TCTATTTTAGCAAAAAGTGTA-AAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
32341 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 487, Indels: 173
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 11 0.01
509 116 0.06
510 631 0.34
511 295 0.16
512 243 0.13
513 408 0.22
514 131 0.07
515 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTAAAGAATGGGTGACTATAAATAGATATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCTCA
AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
CTTTTTTTCACCAACAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTA
TTTTAGCAAAAAGTGTAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTCTAAATAAATAGCTTT
TTTTGTACGTTTCTCAAGACAAGAATTCAATTATATTCTGTTTTAACCATAAATG
Found at i:33470 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 33292--33603 Score: 369
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
33282 NNNNNNNNNN
* *
33292 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA-CTATAACTGGACTTTT
1 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTG-AAGAATGGGTGATC-ATAAATGGACTTTT
* *
33356 CTTGCCAACGAATGCGTTTTT-TTCACGTTTCTCTG-GGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTA
64 CTTACCAACGAATGCATTTTTCTTCAC-TTTCTCTGAGGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTA
* *
33419 GCCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAANNNNNNNNNNAGAT
128 ACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAA----------AGAT
*
33462 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGATCATAAATGGACTTTTCT
1 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGATCATAAATGGACTTTTCT
* ** * * *
33527 TACTAGTGAATGCATTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACA
66 TACCAACGAATGCATTTTTCTTCACTTTCTCTGAGGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTAACA
33592 AAAAATGTAAAA
131 AAAAATGTAAAA
33604 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 13, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 47 0.37
170 79 0.63
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
TATAAAATAATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGATCATAAATGGACTTTTCT
TACCAACGAATGCATTTTTCTTCACTTTCTCTGAGGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTAACA
AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAGAT
Found at i:34159 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32803--34230 Score: 984
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
32793 NNNNNNNNNN
* * * *
32803 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTG-CTAATAAATGCCTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCTTTTTTT
* * *
32867 T-ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AA
65 TCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * ********
32930 CTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATTTANNNNNNNN
129 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
** * * *
32972 NNTAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGA-TCATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGCTTTTT
* * * ** * * *
33035 TTGCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TCAAAACAATTC
63 TTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTC
* *
33099 AACTTAAAATCT-ATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGT
127 AACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
33143 AATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTCTCTCG-CTAATAAATGTCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATG-CTTTTT-
* *
33207 TTT-ATGTTTCAT-GAGG-AAGACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
63 TTTCATGTTTC-TCGAGGTAA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
************** * *
33269 CAACTTAAANNNNNNNNNNNNNNTATAAAATAATTTAAAACGAGT
126 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * * *
33314 AATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCGTTTTTT
1 AATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTT
* * * * * *
33378 TCACGTTTCTCTG-GGTAAAAATTCAATTA-TAGTATGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATCA
65 TCATGTTTCTC-GAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
********** *
33441 ACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGT
128 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * * *
33484 AACAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGA-TCATAAATGGACTTTTCTT-ACTAGTGAATGCATTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGC-TTTTT
* * * * * * ***
33546 CTTCACT-TTTTTTGAGGTAAACATTCAATTA-TAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACANNN
63 TTTCA-TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
******* * * * *
33609 NNNNNNNAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAGGCGAGT
126 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
33654 AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATATATAGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTT
* * * * * * * *
33719 GCACG-TTCTCAATGTAAGCATTCAATTA-TAGTCTTTTTTAAATCACAAATGTAAAAAAATTCA
65 TCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
33782 AGTTAAAATCAATTTTGGGATTAT-AAACAAATTTGAAGCGAGT
128 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-AATTTAAAGCGAGT
*
33825 AATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTT
* ** ********** * *
33888 ATCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTGATTNNNNNNNNNNTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
65 -TCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * **
33953 CTTAAAATCAATTATTAGATTATAGAATAATTTAAAGTAAGT
129 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* *
33995 AATAAGGCTTTTAAAGGATTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-GAAGTGCCTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TG-CTTTTTT
* * * * *
34059 TTCTTGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAA
64 TTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
34124 CTCAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
129 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * *
34166 AATAAGGCTTTCGAAA-GAATAGGTGAAC-ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTT
1 AATAAGGCTTT-TAAAGGAATGGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTT
34229 TT
63 TT
34231 GCACATTTCT
Statistics
Matches: 975, Mismatches: 236, Indels: 94
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 89 0.09
170 350 0.36
171 502 0.51
172 31 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTTT
CATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
Found at i:35982 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35579--36856 Score: 1227
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
35569 TGAGGTAAAT
* * * * * * * *
35579 ATTCAATTATTA-TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACACTCAACTCT-AAATTATTTATGAGT
1 ATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
35642 TTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
35707 -TTCTCAATGAATAGC--TTTTCTGCATATTTCTCAAGGCAGGC
129 CTTCTCAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
* * *
35748 ATTCAATTATAGTTTGGTTTAAC-AAAAAT-TCAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
35810 TTGTAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTTAAAGGAAAT-GGTGACTACAATTGGACTT
64 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTT
*
35873 TTCTTGC-CAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
127 TTCTT-CTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
* * * * *
35918 ATTCGATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* **
35983 ATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
36048 TAC-CAACGAAT-GTGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAA-CTAGAA
131 T-CTCAATGAATACT-TTTTTCTTCATGTTTCT-CAATGTAGAC
36089 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAAGTGTAAAAAAAATTCAAC-----ATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
36148 TTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTT
64 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
36212 CTTTCTAAATGAGTAGCTTTTTT-TGAACGTTTCTCAATATAAGA-
129 C-TTCTCAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGT-AGAC
* * * * * * *
36256 ATTTAACTATGGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
36321 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAAT-GGTGACTATAAATCGACTTTTCC
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-C
* * * * * * *
36385 TGCT-AACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCCCA-GTAAAA
130 TTCTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT-CAATGTAGAC
* * *
36426 ATTCAATTATGGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGGGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
36491 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTTAAGGAATGGGTGGCTATGAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
36556 TCTTAATGAATAGCTTTTTTGC-ACAT-TTT-TC-ATG-ACAAGC
131 TCTCAATGAATA-CTTTTTT-CTTCATGTTTCTCAATGTA-GA-C
* *
36596 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-TTAAAAAATT-TACTTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
36659 TATAAAACAATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
65 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * *
36724 TTCTCAGTGAATGGTTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAAG
130 TTCTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
* * * * * * * *
36766 ATTCATTTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
36831 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
36857 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 918, Mismatches: 140, Indels: 100
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 21 0.02
167 112 0.12
168 104 0.11
169 141 0.15
170 233 0.25
171 275 0.30
172 31 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC
Found at i:38287 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37607--39103 Score: 612
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
37597 NNNNNNNNNN
* * * * * **
37607 ATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGTCG
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
* ** * *
37672 CACATTTCTTAAAATAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTTAAAAAATTCAAGT
66 CACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
37737 TAAAATTAATTTTGAGATTAT-AAACAATTTAAAGCGAGTA
130 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
37777 AAAAGGCTTTTAGAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATAG-CTTTTTT
*** * * * * * * *
37840 T-CGTGTTTCTGAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGCTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCCA
64 TACACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-ATAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
37904 CTTAAAATTAATTATGA-ATTTATAAAACCATATAAAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTTTGAGA-TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** * *
37947 ATAAGGCTNNNNNNNNNNT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATAAAT-GGTTTCTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTT-TTT
* * *
38010 TACACGTTTCTC-AGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCTAAAAT-TCAAAAACAATT-
64 TACACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAT-AAATGT-AAAAA-AATTC
* * *
38072 AACTTCAAATCAATTTT-AGGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
*
38117 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATTACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT-G-TTTTTTTA
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
* * * * * * * * *
38180 CATATTTCTCAAGGCAGGTAATCAGTTATAGTTTGTTTTAATCATAAATGTAAAATAATTAAACT
66 CACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
38245 TAAAATCAATTTTGAGATTTTAAAATAATTTAAAGCGAGTA
130 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** ** * * * ** *
38286 ATANNNNNNNNNNAGGAATGGGA-GACTATAAATAGACCTTTCTTGC-CAACAAAT-GTGTTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAAT-GGATGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCTCAATGAATAG-CTTTTT
*** * ** * * *
38348 CTTTTTC-TTTCTCAAAGTAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAGCAAAAAGTGTAAAAAAATTC
63 -TTACACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATAAA-TGTAAAAAAATTC
******************************* *
38412 AACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGTGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * *
38457 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTTTTTCTAAATGAGTAGCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGAC-TTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTT
* * * ** * * * ** *
38522 GCACGTTTCTCAAGATAAAAATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCATAAATATAAAAACGTTCACC
65 ACACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
38587 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
********** * * *
38629 ATAAGGCNNNNNNNNNNATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCCTAC-CAACGAAT-GCATTTTTC
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATAGC-TTTTT-
** * ** * * * *
38691 TT-CATGTTTTTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCAGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTC
63 TTACACATTTCT-CAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-ATAAATGTAAAAAAATTC
* * **********
38754 AACTTAAAGTCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * *
38799 ATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAATAGC-TTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
* * ** * * * * * **
38863 CACGTTTTTCAAGACAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAAATTCCTC
66 CACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAATGT-AAAAAAATTCAAC
* * * *
38928 TTAAAATGAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
** ** * * * * * * *
38970 ATAAGGCTTTTGCAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGTTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
** * * * *
39035 CACATTTCTCAAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGGTTTAACCAAAAAT-TCAAAAAAATTTAAC
66 CACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAATGT-AAAAAAATTCAAC
39099 TTAAA
129 TTAAA
39104 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 313, Indels: 89
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.02
169 185 0.19
170 383 0.40
171 250 0.26
172 126 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTAAAAAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA
CACATTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
Done.