Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398343.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1642.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3787
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.10, T:0.23
Warning! 1286 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2967 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2670--3787 Score: 1281
Period size: 170 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
2660 GTATTTCTAT
* * * * * * * *
2670 ATTTTTGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGGTACTCA
* * *
2735 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGG
2800 TTTTA-GAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
130 TTTTATG-ATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
* * * *
2841 CTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGACAAGGTACTCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTACTCAT
* *
2906 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGT
2971 TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
131 TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
* * * *
3011 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACACGAAGAAAAGGTACTCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTACTCAT
* * * * * * * * *
3076 TAGTAGGAAAAGGCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAACCCTTGTTACTCACTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGT
* * * *
3141 TTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAG-TGGAATCTATTT-AC
131 TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGG-ATCT-TTTCAC
** * * * * * * **
3181 ATTTTTGGTTAAAA-AGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAAA-GTGAGGCAAAAGCCAAC-
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAG-AAAAG-GTACT
* * * * * * **
3243 CACTGGCACA-AAAAGTCCATCTGTAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTATTTC-CTTTA
63 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT-GCTCACTTTA
* * *
3305 AACGGTTTTAT-AAGCTAATAATT-ATTTTTAAGTT-GAGTACTTTT-AC
125 AATGGTTTTATGATG-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGGA-T-CTTTTCAC
* * * * *
3351 ATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGGTACTCA
* * * * * *
3416 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCAAATGTCTTATTGCTCATTTTAAATAG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGG
* *
3481 TTTTATGATGTCATATTTGAGTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
130 TTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
* * * * *
3522 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAGGTACTCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTACTCAT
** * *
3587 CAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGT
3652 TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
131 TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
* *
3692 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAGGTACTCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTACTCAT
* *
3757 CGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCAT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 132, Indels: 49
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.03
170 565 0.71
171 195 0.25
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGTACTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGT
TTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCAC
Found at i:3783 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2670--3787 Score: 1371
Period size: 511 Copynumber: 2.2 Consensus size: 510
2660 GTATTTCTAT
* * * * * * * *
2670 ATTTTTGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AGGAAAAGGAACTCA
* * * *
2735 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
65 TCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACGG
* * * *
2800 TTTTAGAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
130 TTTTAGAATGTAATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAA
** * *
2865 TTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGACAAGGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
195 TTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
2930 CACCCATAACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTA
260 CACCCATAACCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGAGTTTA
* * * **
2995 AGTTGGATCTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACACG
325 AGTTGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACG
* * * * *
3060 AAGAAAAGGTACTCATTAGTAGGAAAAGGCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAACCCTTGTT
390 AAGAAAAGGTACTCATCAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATT
3125 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTGGAATCTATTTAC
455 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTGGAATCTATTTAC
* * * * * *
3181 ATTTTTGGTTAAAA-AGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAAA-GTGAGGCAAAAGCCAAC-
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAGG-AAAAG-GAACT
* * * * *
3243 CA-CTGGCACA-AAAAGTCCATCTGTAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTATTTC-CTTT
63 CATC-GGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCATTATTA-CTCGCTTT
*
3304 AAACGGTTTTATAA-GCTAATAATT-ATTTTTAAGTT-GAGTACTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
124 AAACGGTTTTAGAATG-TAATAATTGA-TTTTAAGTTGGA-T-CTTTTCACATTTTTGGTTAAAA
* * *
3365 CAGAATAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
185 CAGAATAGAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCACTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
3430 CCATTTATAGTCACCCATACCCTCAAATGTCTTATTGCTCATTTTAAATAGTTTTATGATGTCAT
249 CCATTTATAGTCACCCATAACCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATGATGTCAT
* * *
3495 ATTTGAGTTTAAGTTGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCATGTCTACCT
314 AATTGAGTTTAAGTTGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
3560 CAAGAAATATGAAGAAAAGGTACTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCCTTCA
379 CAAGAAACACGAAGAAAAGGTACTCATCAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
3625 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGG-ATCT-TT
444 AAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAG-TGGAATCTATT
3688 TCAC
508 T-AC
* * * *
3692 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAGGTACTCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAGGAACTCAT
*
3757 CGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCAT
66 CGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 80, Indels: 39
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 7 0.01
510 152 0.30
511 322 0.64
512 26 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAGGAACTCAT
CGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACGGT
TTTAGAATGTAATAATTGATTTTAAGTTGGATCTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAAT
TGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATAACCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGAGTTTAA
GTTGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACGA
AGAAAAGGTACTCATCAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTGGAATCTATTTAC
Done.