Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398349.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1648.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43666
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Warning! 13367 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1166 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 854--1176 Score: 366
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
844 AATTTAAAGC
* * *
854 GAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTCTTAATAAGCAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTTTTCTCAATAAGCAGCTTT
* * * * **********
919 TTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAGTCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATT
66 GTTTACACATTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTACAGTATGTTTTAACACATAAATATAAAAAATT
*
984 CAACTAAAAATCAATTTTGAGATATAAAACAATTTATAAT
131 CAACTAAAAATCAAATTTGAGATATAAAACAATTTATAAT
* *
1024 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACGTTTTTTCTCAATGAATG-A-CT
1 GAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTTTTCTCAAT-AA-GCAGCT
* *
1087 TTGTTTGCACATTTC-CAAAGGAAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAAC-CATAAATATAATAA
64 TTGTTTACACATTTCTC-AAGGAAGGCATTCAATTACAGTATGTTTTAACACATAAATATAA-AA
* *
1150 AATTTAACTTAAAATCAAATTTGAGAT
127 AATTCAACTAAAAATCAAATTTGAGAT
1177 TATANNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 23, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 119 0.94
171 3 0.02
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACGTTTTTTCTCAATAAGCAGCTTT
GTTTACACATTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTACAGTATGTTTTAACACATAAATATAAAAAATT
CAACTAAAAATCAAATTTGAGATATAAAACAATTTATAAT
Found at i:2062 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1873--2178 Score: 298
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
1863 NNNNNNNNNN
* * * *
1873 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACAATA-ATT-G
1 AATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGAC--TACATTCG
* * * * *
1935 ATTGT-T-TACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTAATTGGCAAGAAAATTCTATTTATAGTC
64 AATGTCTATA-TCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
1998 ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
128 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
2033 NNNNNNNNNNAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGAC
1 ----------AATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGAC
* * ** *
2098 TACATTCGAATGTCTATATCAAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCAATT
56 TACATTCGAATGTCTATATCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATT
2163 TATAGTCACTCATTCC
121 TATAGTCACTCATTCC
2179 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 17, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 28 0.25
171 27 0.24
172 55 0.48
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
AATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTACATTCGAA
TGTCTATATCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
Found at i:4713 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4355--4901 Score: 597
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
4345 NNNNNNNNNN
* *
4355 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
** * * *
4420 TTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTTAAAAACATGTAAAACAATTCATTCATTGA
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATGTAAAACAATTCATTCATTGA
* * * *
4485 GAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCATTTAAAAGCA
130 GAAAAAAAGTCCATTTACAATCACCAATTCATTCAAAACCA
* * * *
4526 TTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTGTACATTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
*
4591 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATGTAAAA-AA-TCTATTCATTGA
66 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATGTAAAACAATTC-ATTCATTGA
* * * *
4654 GAAAAAAAGTCTATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAACCC
130 GAAAAAAAGTCCATTTACAATCACCAATTCATTCAAAACCA
* * *
4695 TTATTACTCATTTTAAATTGTTTGATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
** *** * * * *
4759 TTAGCAAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTGGAGAA-ATGTGAAGAGA-AATACATTCGT
66 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATGT-AA-A-ACAATTCATTC-A
* * * * * * *
4821 TTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAATCT
126 TTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAATCAC-CAATTCATTCAAAACCA
* *
4865 TTTTTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
4902 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 49, Indels: 17
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 17 0.05
169 120 0.38
170 124 0.39
171 54 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATGTAAAACAATTCATTCATTGAG
AAAAAAAGTCCATTTACAATCACCAATTCATTCAAAACCA
Found at i:8041 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7531--8056 Score: 506
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
7521 NNNNNNNNNN
* * *
7531 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
7596 AAAGCTTTTGAATGAATGGGTAACCATAAATGGATTTTTCTTCTCAATCAATAGCTTTTTTTGCA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTT-CA
* * **
7661 TGTTTCTTAAGGCAGGCAATCAATTACTA-TCACTTTTAACC
129 TGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-C
* * * **********
7702 ACAAAT-TCAATAAAACTT-AACTTAAAATCACTTT-TGGGATTATAAAACANNNNNNNNNNAGT
1 AAAAATGT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCA-TTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
* * * * *
7764 AATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTTC
63 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-ATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTT-
* *
7828 TTCGTTTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
125 TTCATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * *
7872 TAAATATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTGCAA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
7936 TAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACAGTAAATAGGCTTTTTTTTCTCAATGAGTAGCTTTTTTTA
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACA-TAAAT-GGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTT-
* * *
8001 CCTGTTTCTCAAGGTGGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
127 CATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
8043 AAAAAATGTAAAAA
1 -AAAAATGTAAAAA
8057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 61, Indels: 31
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.04
170 64 0.23
171 188 0.68
172 16 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTCATG
TTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
Found at i:16647 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 16614--16666 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
16604 TTTTAGTTGA
16614 ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
1 ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
16640 ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
1 ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
16666 A
1 A
16667 ATACCCACCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
Found at i:17208 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16817--17208 Score: 380
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
16807 NNNNNNNNTA
* * * *
16817 GTTAAAACATACTATAATTAAATTTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGACA
* * *
16881 AGAAAATTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTAT
64 AGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTAT
* **********
16946 AATTCCAAAAGTGATTTTAAGTTAAGTTTTTNNNNNNNNNNG
129 AATTCCAAAAGTAATTTTAAGTTAAGTTTTTATACATTTATG
* * * ** * * *
16988 GTTAAAAGAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAAGGTGCAAAAAAA-GCTTTTGATTGAGA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATG-AAAAAAAGGC-ATTCATTGACA
* * *
17052 AGAAAAGTT-CATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTA
64 AGAAAA-TTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTA
** * *
17116 TAATTTTAAAATTAATTTTGAGTTGAA-TTCTTT-TACATTTATG
128 TAATTCCAAAAGTAATTTTAAGTT-AAGTT-TTTATACATTTATG
17159 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAAA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATG-AAAAAAA
17209 TTCATNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 38, Indels: 12
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 164 0.93
172 11 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
AAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAA
TTCCAAAAGTAATTTTAAGTTAAGTTTTTATACATTTATG
Found at i:19338 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18659--19569 Score: 615
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
18649 NNNNNNNNNN
* * * *
18659 CCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTATACCT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * *
18724 TTTT-TTTGAATAGACTATAATTGAATGCCTGCTTTGAGAAACATGT-AAAAAAGCTACTCATTG
66 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCTACTCATTG
* *
18787 AGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCATTCAAAAA
131 AGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *********
18827 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATNNNNNNNNNNG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** ** * * * *
18891 TTTTTAGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGTTTTCCTAAAAAAACATG-AAAAAAAGGC-ATTCA
65 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAA-GCTACTCA
* * ***********
18954 TT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATNNNNNNNNNNAAAAG
128 TTGAG-AAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
18997 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAACTTAAATTTTATTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** ** * * *
19061 TTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTTTTAAGAAATGTGCAAACAAAG-TCATTCA
65 TTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCT-ACTCA
* * **********
19125 TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAG
128 TTGAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
19168 CCTTATTACTCACTATAAATTGTTTTAT-ATCTCATAATCGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ** * * *
19232 TTCTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCCACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGCTACTGATT
66 TT-TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCTACTCATT
* * *
19297 AAGAAAAAAAGTCTATTTACATTCACCCATTCCTACAAAAG
130 GAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * **********
19338 CCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTNNNNNNNNNNACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
19403 TTTTAGTTAAAACATACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACA--TAAAGAAAAGGCCATTCA
66 TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAA-AAAA-GCTACTCA
* * * * * * *
19466 TTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAG
128 TTGAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * *
19509 CCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAAT-TCCAAAAGTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
19570 GAATNNNNNN
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 165, Indels: 39
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 54 0.10
169 8 0.01
170 283 0.51
171 210 0.38
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCTACTCATTG
AGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:22300 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21971--22337 Score: 447
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
21961 NNNNNNNNNN
*
21971 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAG
** * * * *
22036 GCTTTTGTGGGAATGGGTGACTGTAAAAAGACTTTTTTTCTTAATGAGCAGCTTTTTTACACGTT
66 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTTTTCTCAATGAGCAGCTTTTTTACACATT
** *
22101 TCTCAAGGTGGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAA
131 TCTCAAGGAAGACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * ** *
22140 AATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACAATTTATTGTGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAG
** *
22204 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATCGACTTTTTTTCTCAATGA--ATGACTTTGTTTGCAC
66 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTTTTCTCAATGAGCA-G-CTTT-TTTACAC
** *
22267 ATTTC-CGAAGGAAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATA
128 ATTTCTC-AAGGAAGACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * *
22310 AATATAATAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
22338 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 25, Indels: 9
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 1 0.01
168 69 0.41
169 70 0.42
170 27 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTTTTCTCAATGAGCAGCTTTTTTACACATT
TCTCAAGGAAGACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
Found at i:27832 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 27454--27841 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
27444 CAAGAAATTC
* ** *
27454 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACCCGCTTTAAATTGTTTTATAATTCCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCATTT-AAAAGTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTCCAAA
* * * *
27519 AGTGATTTTAAGTTAAGCTTTTTTGAATTTGTGGTTAAGAGAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT
65 AGTGATTTTAAGTTAA-CTTTTTTGAATTTATGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTT
* * * *
27584 AAGAAACGTGCAAAAAAAACTTTTGATTGAGAAGAAAAGTT
129 AAGAAACATGCAAAAAAAACTTTTCATTAAGAAAAAAAGTT
* * * *
27625 CATTTATGGTCACTCATTCATTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAA-TCCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAG-TTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTCC-AA
* *
27689 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACA-AATGATAATTGAATG-TCTG
64 AAGTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTGA-ATTTATGGTTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGCT-TG
* *
27751 CCTTCAA-AAACATG-TAAAACAA-TTCATTCATTAAGAAAAAAAG-T
125 CCTT-AAGAAACATGCAAAAAAAACTT--TTCATTAAGAAAAAAAGTT
*
27795 CTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGTATTATTACTCGCTTTAA
1 C-ATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGT-TTATTACTCGCTTTAA
27842 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 25, Indels: 22
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 26 0.14
171 149 0.82
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTCCAAAA
GTGATTTTAAGTTAACTTTTTTGAATTTATGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTTAA
GAAACATGCAAAAAAAACTTTTCATTAAGAAAAAAAGTT
Found at i:29580 original size:172 final size:158
Alignment explanation
Indices: 29294--29687 Score: 344
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 158
29284 NNNNNNNNNT
*
29294 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAAGTTGAATTTTT
* * * *
29359 GTACATTTTTTTTGAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAA-GCTA
66 GTACATTTTTTTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACA--TAAAAAAAGGC-A
29423 CTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTACANNNNNNNNNNNCTTC
128 CTCATT-AGAAAAAAAAGTCTATTTACA-----------CTTC
* *
29466 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAA-TG-GTTTGAAGTTGAATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA-AAATTGAGTTTAAAGTTGAATTTT
* * ** * *
29529 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGAATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCAT
65 TGTACATTTTTT-TTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCAC
* *
29594 TCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCC
129 TCATTAGAAAAAAAAGTCTA-TT-TA--CA--C-TT-C
* * * *
29632 ATTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAA
1 ---AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAA
29688 GATAAATTTT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 23, Indels: 30
0.78 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.01
165 2 0.01
166 1 0.01
168 2 0.01
169 52 0.28
170 20 0.11
171 30 0.16
172 72 0.39
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (158 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAAGTTGAATTTTT
GTACATTTTTTTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCACTC
ATTAGAAAAAAAAGTCTATTTACACTTC
Found at i:29668 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 29294--29831 Score: 481
Period size: 169 Copynumber: 3.2 Consensus size: 166
29284 NNNNNNNNNT
29294 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAA-TGA-TTTAAAGTTGAATTTTT
* * * *
29359 GTACATTTTTT-TTGAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAA-GCT
64 TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACA--TAAAAAAAGGC-
* * **********
29422 ACTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTACANNNNNNNNNNNCTTC
126 ATTCATTGAG--AAAAAAGTCTATTTATA-GTCACCATTCCTTC
* * *
29466 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAATGGTTTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA-AAATGATTTAAAGTTGAATTTTTT
** ** *
29531 TACATTTTTTGTTAAAACAGAGAATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCATTC
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCATTC
29596 ATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCATT-
130 ATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCC-TTC
* * * * * * *
29635 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGATAAATTTTAT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAA-ATGATTTAAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * ** * *
29700 TATATTTATGGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAATGTGCAAACAAAGTCAT
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACAT--AAAAAAAGGCAT
* *
29765 TTATTGAGAAAAAATGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
128 TCATTGAGAAAAAA-GTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTC
*
29806 AAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATT
29832 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 52, Indels: 27
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 109 0.36
170 24 0.08
171 87 0.29
172 74 0.25
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATGATTTAAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAGGCATTCA
TTGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTC
Found at i:31563 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 31386--31823 Score: 386
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 166
31376 NNNNNNNNNN
*
31386 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTAAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTTA-ATTTATGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
31450 TGAATGCCTACCTCAGGAGACATGGAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-A
65 TGAATGCCTACCTCAAGAAACATGCA-AAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGA
*****
31513 GTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
129 -TCAC-----CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
* * * * *
31557 TTATAATC-CGAAAAGTGATTTTA-AGTTAAGTTTTTTCGAATTTGTGGTTAAAAGAGACTATAA
1 TTATAATCTC-AAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTT-TAATTTATGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
31620 TTGAATGCCTATCTTAAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATGN
64 TTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATG-
***** *
31685 NNNNNNNNNCATTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
128 ----ATCACCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
* * *
31728 TTATAATTTCAAAATTGATTTT-GAGTTGAATTTTTTTACATTTATTGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTTA-ATTTATGGTTAAAACAGACTATAAT
* * *
31792 TGAATCCCTGCCTTC-AGAAACATGTAAAAAAA
65 TGAATGCCTACC-TCAAGAAACATGCAAAAAAA
31824 TTCATTCATT
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 39, Indels: 28
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.05
171 201 0.94
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTTAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGCCTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGATC
ACCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
Found at i:35835 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35441--35852 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
35431 NNNNNNNNNN
* * * *
35441 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTAAT
1 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
35506 TTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGCTAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
66 TTTAAGTTAAATTGTTTTTAAATTTTTGTTAAAAGAGCTAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * ** *
35571 CATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCATGAAAATTCCATTTA
131 CACGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTA
********** *
35612 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
35677 TTTAAGTTAAATT-TTTTTAAATTTTTGGTTAGAAGAGACT-ATAATTGATTGTCTGCCTTAAGA
66 TTTAAGTTAAATTGTTTTTAAATTTTT-GTTAAAAGAG-CTAATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* *
35740 AACACGTAA-AAAAAGCTATTGATTGAG-AACAAAAGTCTATTTA
129 AACACG-AAGAAAAAGCTATTCATT-AGCAACAAAAGTCCATTTA
* * *
35783 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGAT
35848 TTTAA
66 TTTAA
35853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 42, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.06
171 177 0.91
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTGTTTTTAAATTTTTGTTAAAAGAGCTAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
CACGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTA
Found at i:37824 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 37643--38060 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 168
37633 NNNTGCCTGC
* * *
37643 CTTA-AGAAACGTGCAAAAAATCCTATT-GATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTC
1 CTTAGAGAAACGTG-AAAAAAT-CTATTCG-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* *
37706 ATTCAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
63 -TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATTATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
37771 GTTTTACA-TTTTTAGCTACAATAGATTATAATTAAATTTTTA
127 GTTTTACACTTTTTA-CTAAAACAGACTATAATTAAATTTCTA
* *
37813 CTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCGTTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTT
1 CTTAGAGAAACGTG-A-AAAAATCTATTCG-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TT
* * * * * *
37877 CTTCAAAATCCTTATTACTTACTTTAAATTATTTTATAATTTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATT
62 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATTATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
37942 TTTTTATACTTTTTACTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTA
127 GTTTTACACTTTTTACTAAAACAGACTATAATTAAATTTCTA
* *
37984 CTTGGAGAAACATGAAGAAAAT-TGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
1 CTTAGAGAAACGTGAA-AAAATCT--ATTCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
38048 TTTCAAAAGCCTT
63 -TTCAAAAGCCTT
38061 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 26, Indels: 19
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 16 0.08
171 175 0.83
172 19 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CTTAGAGAAACGTGAAAAAATCTATTCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATTATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
TACACTTTTTACTAAAACAGACTATAATTAAATTTCTA
Found at i:42411 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 41551--42825 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 172
41541 NNNNNNNNNN
* * * *
41551 ATTCAATTATGGTCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAGA-TTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAA-ACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGA
********** * * *
41614 TTATAAAANNNNNNNNNNCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTT
* * * * * *
41679 GTT-CTCAATCAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTCTTAAAGCAGAC
130 CTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAGAC
* * * * * * * * *
41722 ATTCACTTATAATCTCTTTGAACAAAAAAT-TCAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTTTA-G-G
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCA-TATTATGAG
* * * * * *
41784 ATTACAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTAAAGGAAAGGGTGACTATATATGAACTTT
64 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTT
* * *
41849 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTGATGTAGAC
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAGAC
* * * **********
41893 ATTCAATTATTA-TTTGTTTTAACTAAAAATGTAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAT-TTATGAGA
1 ATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGA
* * ***********
41956 TTATAAAACAATTTAAAGCGACTACTAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTGNNNNNNNNNNTT
65 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGAC-CATAAATGGACTT
* * * *
42020 TT-TT-CTCAATGAGTAG-CTTTTTTTTACATGTTTC-TCAAGGCAGGC
128 TTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTTTT-CATGTTTCTTGAA-GTAGAC
** ** * **********
42065 ATTCAATTATAGTCCATTTTAATAAAAAATGTACAAAAA-TTCAACTT-ANNNNNNNNNNTGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTA-AAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGA
* * * * * *
42128 TTATAAAATAATGTAAAGTGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTT
* ** * * * *
42192 -TTTCTCAATGAATGAATGTTTTTACATGTTTCTT-AAGGCAGGC
130 CTTGC-CAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAA-GTAGAC
* * *
42235 TTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATTATATT-TGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGAT
**********
42299 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTC
*
42364 TTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAAAC
131 TTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAGAC
* * * * * *
42406 TTTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAAT-AAATTATGGGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGAT
* * * * *
42469 TATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAATGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTC
66 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTC
* * * * *
42534 TT-CTCAATCAACAG-C-TTTTTTGCACGTTTCTT-AAGGCAGAC
131 TTGC-CAATGAA-TGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAA-GTAGAC
* * *
42575 ATTCAATTATAGTCTCTTTTAATC-TAAAATTTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCACT-TT-TG-
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAT-AAATGT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCA-TATTATGA
* ********** *
42635 GAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACT
63 G-ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACT
* * ** *
42700 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCCTGCGGTAGCC
127 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAGAC
* ** * *
42746 ATTCAATTATAGTATGTTTTAACCCGAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA-ATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGAT
42810 TATAAAACAATTTAAA
66 TATAAAACAATTTAAA
42826 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 223, Indels: 94
0.72 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 58 0.07
170 258 0.31
171 427 0.51
172 85 0.10
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCATATTATGAGAT
TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGTAGAC
Found at i:42664 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 42123--42825 Score: 799
Period size: 340 Copynumber: 2.1 Consensus size: 336
42113 NNNNNNNNNN
* * * * * *
42123 TGAGATTATAAAATAATGTAAAGTGAGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
1 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGAC
* * * * * * *
42188 TTTTTTTCTCAATGAATGAATGTTTTTACATGTTTCTTAAGGCAGGCTTTCAATTATAGTCTGTT
66 TTTTCTTCTCAATCAAAGAATGTTTTTACACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTCTT
*
42253 TTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATTATATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
131 TTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATCATATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
*****
42318 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
196 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-----ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * *
42383 TTTTCATGTTTCTTGAAGTAAACTTTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTC
256 TGTTCATGTTTCCTGAAGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
42447 AACTTAAAATAAATTA
321 AACTTAAAATAAATTA
* *
42463 TGGGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAATGAATGGGTGACCATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGA
* *
42528 CTTTTCTTCTCAATCAACAG-CT-TTTTTGCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTC
65 CTTTTCTTCTCAATCAA-AGAATGTTTTTACACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTC
* * * *
42591 TTTTAATC-TAAAATTTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCACT-TTTG-GAATTATAAAATAATTT
129 TTTTAACCAT-AAATGT-AAAAAACTTCAACTCAAAATCA-TATTTGAG-ATTATAAAACAATTT
*****
42652 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
190 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA-----GGAATACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
** ** ***
42717 CCTTTTTGTTCATGTTTCCTGCGGTAGCCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCCGAAATGTAAAA
250 CCTTTTTGTTCATGTTTCCTGAAGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* *
42782 AAATTTAACTTAAAATCAATTA
315 AAATTCAACTTAAAATAAATTA
42804 TGAGATTATAAAACAATTTAAA
1 TGAGATTATAAAACAATTTAAA
42826 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 47, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.01
340 201 0.66
341 100 0.33
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGAC
TTTTCTTCTCAATCAAAGAATGTTTTTACACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTCTT
TTAACCATAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATCATATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTC
ATGTTTCCTGAAGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATAAATTA
Done.