Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398361.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1659.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10394
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.32
Warning! 1574 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:389 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 117--1573 Score: 712
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 172
107 NNNNNNNNNN
* *
117 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-CGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCAG-T
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TGCT
* * * *
180 TAAAACAGACAAGAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAATGTGGAGAAAAA-CACATTCAT-TGGAA
64 TAAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAGAAATGTAGAGAAAAAGC-CATTCATATGG-A
* **********
242 AAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTAC
127 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* * * * *
288 TCGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGCTTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTA
** ** * * * *
353 AAATAGACTACAATTGAATGCT-TGTCTCGGGAAATGTATAGAAAAAGCTATTCATATTGAAGAA
66 AAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAGAAATGTAGAGAAAAAGCCATTCATATGGAAAAA
*
417 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGTCTTATTAC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* * * *
459 TCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CATT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TT
* * * * * * *
523 AATATAGACTATAATTGAATGC-ATGCCTTAAGAAACATGTA-A-AGAAAGCCATTCAT-TGAGG
65 AAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAG-AA-ATGTAGAGAAAAAGCCATTCATATG-GA
* * ** * *
584 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AACAACCGTATTAT
127 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAA-AGTCTTATTAC
* * * **********
630 TCACTTTAAATTA-TTTTATTAATGTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNT
1 TCACTTTAAA-TAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCT
* * * * **
694 TAAAACAGACTATAATTGAATTC-CTACCAT-AAGAAATAT-GTAGAAAAAGCCATTCAT-TAAA
64 TAAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACC-TCAAGAAATGTAG-AGAAAAAGCCATTCATAT-GG
* * * *
755 AAAAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCTAAAGCCTTATTAC
126 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* * *********** *
802 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTATATTTTTAG-TT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GCTT
* * * ** *
866 AAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGAGAAACATGT--ATAAAAAGCCATTCAT-T-GAC
65 AAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAG-AA-ATGTAGAGAAAAAGCCATTCATATGGA-
* * * *
926 AAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGCCTGATTAC
127 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* ********** *
973 TCACTTTAAGAT-G-TTTATAATCTCATCATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTT
1 TCACTTTAA-ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTT
* * ** * * **********
1036 AAAACATACTATGATTGAATG-TATA-CTTAGAGAAATGT-GAAGAAAAA-CACNNNNNNNNNNA
65 AAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCA-AGAAATGTAG-AGAAAAAGC-CATTCATATGGA
* * * * * *
1097 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTGCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* * * * * *
1143 TCGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTG-TAG
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCT--
* * * *
1206 TAAAACAGACAATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACATG-A-AG-AAAAGTGCATTCAT-TGG
64 TAAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAG-AA-ATGTAGAGAAAAAG-CCATTCATATGG
* ** *
1266 CAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTGATTCCTTCAAAAGTCTTATTAC
126 -AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
** * * * * *
1314 TTGCTTGAAATTA-TTTTATAATGTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGCTT
1 TCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTT
* * * * ** * * * **
1378 CAAACAGACTATAATTAAATGCT-TGTCT-TAGAAAATGTATG-GAGAAAGCTATTCATATATAA
65 AAAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAG-AAATGTA-GAGAAAAAGCCATTCATATGGAA
* **********
1440 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTAC
128 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
* * * * *
1485 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-AAATATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTT
* *
1549 AAAAAAGACTATAATTGAATG-TCTA
65 AAAATAGACTACAATTGAATGCTCTA
1574 TATTGAGAAA
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 243, Indels: 120
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 15 0.02
170 140 0.14
171 655 0.67
172 154 0.16
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTA
AAATAGACTACAATTGAATGCTCTACCTCAAGAAATGTAGAGAAAAAGCCATTCATATGGAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
Found at i:2720 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2378--3031 Score: 487
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
2368 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2378 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTGTCTTGGGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACA
* * * * * *
2442 TATAGAAAAAGCTATTCATAT-AGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCT
65 TGTAGAAAAAGCCATTCAT-TGAGA-AAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCTT
* * * **********
2506 -TCTTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAANNNNNNNNNNGATTTT
127 GTATTACTCACTTTAAATAG-TGTTATAATCTCAAAATTGATTTT
** *
2549 AAGTTGAACATTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACAT
* * *
2614 GTA-AAGAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAACAG-TTG
66 GTAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAA-AAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AGCTTG
* * * * *
2677 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCATACTTGATTTT
128 TATTACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTT
*********** * * *
2720 AAGTTGAATTTTTTTGNNNNNNNNNNTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCACAAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACAT
* * *
2785 GTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCTAAAGCCT-T
66 GTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAATT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCTTGT
*
2849 ATTACTCATTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTT
********** * *
2891 AAGTTGAATTTTTTTACANNNNNNNNNNAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACAT
* * * * *
2956 GTATAAAAAGTCATTCATTGAAAAAAAAAATCAATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCTTG-
66 GTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCTTGT
*
3020 ATTACTCGCTTT
129 ATTACTCACTTT
3032 TACTTTTTTG
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 78, Indels: 26
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.04
171 371 0.95
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAACAT
GTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCTTGTAT
TACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTT
Found at i:4450 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3989--5699 Score: 995
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 171
3979 NNNNNNNNNN
* * * *
3989 TAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAGACTATAATTCAATG-TCTA
1 TAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TG
* ** * * ** **
4052 CCTCGAGAAACATAAAGAAACAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTGGATTTATAGTCACTTATTC
64 CCTCGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
*********** *
4116 CTTCAAAAGTNNNNNNNNNNACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * * * * * *
4160 TAACTAATTTTAAGT-TAATTGTTTTACATTTTTAC-TTAAAACATACAAGAATTGAATG-TCTA
1 TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTT-CGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TG
* * * * *
4222 CTTC-AAGAA-ATGTAAAGAAAAA-CTCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAT
64 CCTCGAAAAACATGT--AGAAAAAGC-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
4284 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATGTTA
126 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * * **
4330 TTATTGATATTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCCTTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTATC
1 TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCC
* * * * * *
4395 TCGAAAAACATATAGAGAAAGCTATTCATAT-AGAGGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
66 TCGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAT-TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* ** ***********
4459 TCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTANNNNNNNNNNTCA
130 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * * * *
4501 TAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTTTTACATTTATCATAAAAATAGACTATAATTGAATGCATGC
1 TAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGC
* * * *
4565 CTCGAGAAACATTTA-AAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT
65 CTCGAAAAACATGTAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
4629 TTCAATAG-TTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATGTCA
129 TTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * *
4672 TACTT-ATTTTAAGT-TAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTT-
1 TAATTGATTTTAAGTGAAATTT-TTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTG
* * *
4734 CCAT--AAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAATTCCAGTTATAGTCACCCATT
64 CC-TCGAA-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
4797 CATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* ********** * * *
4842 AAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGCTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCC
* * * * *
4907 TTGAAAAACATGTATAAAAAGCCATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCCATTCCTT
66 TCGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
** * * *
4972 CAAAAGAGTGATTACTCGCTTTAAATTG-TTTATAATCTCA
131 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* ********** * * * *
5012 TAATTAATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATGATTGAATG-TCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGC
* * * * ** * * *
5076 TTAGAGAAACATGAAGAAAAA-CACATTTGTTG-GCAAGAAGAGTCCATTTATAGTTACCTATT-
65 CTCGAAAAACATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ** *
5138 CTTGCAAAAGCCTTAGTACTCGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
128 CTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * * * * *
5183 TAATTAATTTTAAGT-AATTTTTTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACTATAATTCAATG-TCTA
1 TAATTGATTTTAAGTGAA-ATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TG
* * * * * * * *
5246 CTTAGAGAAACGTGAATAAAAATG-CATTCATTG-GTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATT
64 CCTCGAAAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * ********** *
5309 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
* * * * * *
5354 TAATTAATTTAAAGTTG-AATTATTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTA
1 TAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTG
* * * ** *
5418 TCTC-AGGAAACATGTA-AAGAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATT
64 CCTCGA-AAAACATGTAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *******
5481 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATNNNNNNN
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
*** * * * * * *
5526 NNNTTAATTTAAAGTTG-AATTATTTTTATATTTTTCATTAAAA-AAACTATAATTGAATGCCTG
1 TAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTG
* * * * * * ** *
5589 TCTC-AGGAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTGGCCAATTC
64 CCTCGA-AAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
** *
5653 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
5697 TAA
1 TAA
5700 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1201, Mismatches: 292, Indels: 94
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 15 0.01
170 376 0.31
171 634 0.53
172 169 0.14
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCC
TCGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
Found at i:4957 original size:512 final size:501
Alignment explanation
Indices: 3989--4998 Score: 1032
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 501
3979 NNNNNNNNNN
* * ** *
3989 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAGACTATAATTCAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCATAAAATCAGACTATAATTCAATGTCTACC
** *
4054 TCGAGAAACATAAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTGGATTTATAGTCACTTATTCCTT
66 TCGAGAAACATAAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
********** *
4119 CAAAAGTNNNNNNNNNNACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAATTGTTT
131 CAAAAGTTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAATTGTTT
* * *
4184 TACATTTTTACTTAAAACATACAAGAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTAAAGAAAAACTCAT
196 TACATTTTTACTTAAAACAGACAAGAATTGAATGCCTACATCAAGAAATGT-AAGAAAAACTCAT
* * * *
4249 TCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
260 TCATTGAAAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * **
4314 TTGTTTTATAATGTTATTATTGATATTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCCTTAAAACAGACTA
325 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCCTTAAAACAGACTA
* * * * * * *
4379 CAATTGAATGCTTATCTCGAAAAACATATAGAGAAAGCTATTCATATAGAGGAAAGGTCCATTTA
390 CAATTCAATGCTTACCTCGAAAAACATATAGAAAAAGCCATTCATATAGAAGAAAAGTCAATTTA
* * * * *
4444 TAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTANNNNNNNNNNTCA
455 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTGATTACTCGCTTTAAATTA----------TCA
* *
4501 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCATAAAAAT-AGACTATAATTGAATG-CATG
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCAT-AAAATCAGACTATAATTCAATGTC-TA
*
4564 CCTCGAGAAACATTTAAAG-AA-AGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
64 CCTCGAGAAACA--TAAAGAAACAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
4626 TCTTTCAATAGTTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATGTCAT-ACTTATTTTAAGTTAAT
126 TCCTTCAAAAGTTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAA-
* ** * * *
4690 TTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTCCAT-AAGAAACATGT-AGAA
190 TTGTTTTACATTTTTACTTAAAACAGACAAGAATTGAATGCC-TACATCAAG-AA-ATGTAAGAA
* * *
4753 AAAGC-CATTCATTGAGAAAAAAATTCCAGTTATAGTCACCCATTCATTCTAAAGCCTTATTACT
252 AAA-CTCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACT
********** * **
4817 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
316 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCCTTAA
* * * * * *
4882 AACAGACTATAATTCAATGCTTGCCTTGAAAAACATGTATAAAAAGCCATTTAT-TGAGAAGAAA
381 AACAGACTACAATTCAATGCTTACCTCGAAAAACATATAGAAAAAGCCATTCATAT-AGAAGAAA
* *
4946 AGTCAATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGAGTGATTACTCGCTTTAAATT
445 AGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTGATTACTCGCTTTAAATT
4999 GTTTATAATC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 80, Indels: 22
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 17 0.04
512 368 0.90
513 13 0.03
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCATAAAATCAGACTATAATTCAATGTCTACC
TCGAGAAACATAAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
CAAAAGTTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAATTGTTT
TACATTTTTACTTAAAACAGACAAGAATTGAATGCCTACATCAAGAAATGTAAGAAAAACTCATT
CATTGAAAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCCTTAAAACAGACTAC
AATTCAATGCTTACCTCGAAAAACATATAGAAAAAGCCATTCATATAGAAGAAAAGTCAATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTGATTACTCGCTTTAAATTATCA
Found at i:5069 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4231--5699 Score: 696
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 331
4221 ACTTCAAGAA
* * * * *
4231 ATGTAAAGAAAAACTCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
1 ATGTAAAG-AAAGC-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-
* * * * * * * *
4296 CT-TATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATGTTATTATTGATATTAAGTGAAATTT-TTTTACA
63 GTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATT-ATTTTAAGT-TAATTTGTTTTACA
** * * * * * *
4359 TTTTTCCTTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTATC-TCGAAAAACAT-ATAGAGAAAGC-TATT
126 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-CATAGAGAAACATGA-AGA-AAAACACATT
* ** * * * * * **
4421 CATATAG-AGGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA
188 CAT-TGGCAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
*** * * * * * * ** * *
4485 TTANNNNNNNNNNTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCATAAAAATAGACT
252 -TA-------GTTTTATAATCTCA---AAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* *
4549 ATAATTGAATGCATGCCTCGAGAAAC
306 ATAATTCAATGCATGCCTCGAAAAAC
* * * * * *
4575 ATTTAAAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAATAGTTG
1 ATGTAAAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGTG
* * *
4640 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATGTCATACTTATTTTAAGTTAATTTGTTTTGCATTTTT
66 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTATTTTAAGTTAATTTGTTTTACATTTTT
* *
4705 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTCCATA-AGAAACATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGA
131 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCC-TACATAGAGAAACATGAAGAAAAA-CACATTCATTG-
* * *
4768 G-AAAAAAATTCCAGTTATAGTCACCCATTCATT-CTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
193 GCAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTC-TTGCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTT
4831 TTATAATCTCAAAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
257 TTATAATCTCAAAA----------GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* *
4896 CAATGCTTGCCTTGAAAAAC
312 CAATGCATGCCTCGAAAAAC
* *
4916 ATGTATAA-AAAGCCATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGAG
1 ATGTA-AAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-G
* * **********
4980 TG-ATTACTCGCTTTAAATTG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATT
64 TGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTAATTTGTTTTACATT
* * * * **
5043 TTTGGTTAAAACATACTATGATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTG
128 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTG
* * * * * ** *
5108 GCAAGAAGAGTCCATTTATAGTTACCTATTCTTGCAAAAGCCTTAGTACTCGGTTTAAATTGTTT
193 GCAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTT
* * *
5173 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAATTTTTTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACTATAATTC
258 TATAATCTC--AA--AA-GTT-A--AA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTC
* * * *
5238 AATGTC-TACTTAGAGAAAC
313 AATG-CATGCCTCGAAAAAC
* * * * *
5257 GTGAATAAA-AATG-CATTCATTG-GTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAG
1 ATG--TAAAGAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ********** *
5319 CCT-TATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTAT-TTTTA
63 -GTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATT-ATTTTAAGTT-AATT-TGTTTTA
* ** * *
5382 TATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTATC-TCAG-GAAACATGTAA-AGAAAAC-C
124 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-CAT-AGAGAAACATG-AAGA-AAAACAC
* ** * * * * *
5443 ATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATTCCTT-CAAAAGCTTTATTACTCTCTT
185 ATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATT-CTTGCAAAAGCCTTAGTACTCACTT
* * * **
5506 TAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTAAT-T-TAAAGTTGAATTATTTTTATATTTTTCATTAAAA
248 TAAATAGTTTTA------------TAATCTCAAAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
5569 -AAACTATAATTGAATGCCTGTCTC-AGGAAAC
300 CAGACTATAATTCAATGCATGCCTCGA-AAAAC
* * * * ** * *
5600 GTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTGGCCAATTCCTTCAAAAGCCT
1 ATGTAAAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-GT
** *
5665 -TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
65 GTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAA
5700 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
ATGTAAAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGTG
TATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTATTTTAAGTTAATTTGTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCA
AAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCAAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGCATGCCTCG
AAAAAC
Found at i:6378 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5885--8955 Score: 1625
Period size: 171 Copynumber: 18.0 Consensus size: 170
5875 NNNNNNNNNN
*
5885 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAC-ATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
5950 TG-TCTACC-TCGAGAAACAT-TAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTC
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** * * *
6012 ACTTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTAATA
125 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * **********
6058 ATCTCATAACTAATTTTCAA-TTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACANNNNNNNNNNGAA
1 ATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
6121 TG-TCTACCTCAAG-AA-ATGTGAAAAAAAACGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
64 TGCT-TACCTTAGGAAACATAT-AGAAAAAGC-CATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* **********
6183 ACTCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
125 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * *
6229 ATGTCATAATTGGTATTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGCTTAAAACCA-ACTACAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAA-CAGACTATAATTGAAT
** * * *
6293 GCTTGTCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCTATTCATATAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCC
65 GCTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCAT-TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * ***
6358 ATTCTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTNNN
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
******* * * *
6400 NNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-CAATAAAAAAGACTAAAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * *
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65 GCTTACCTTAGGAAACATATAGAA-AAAGCCATTCATT-AGAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
6527 CCATTCGC-TCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
127 CCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* ********** * * * *
6571 ATCTCAAAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
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66 -CTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
6700 -TTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAGA-TG-TTTATA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATTGTTTTATA
********** * * * * *
6740 ATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTTGGTTAAAACATACTATGATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
6805 TTTA-CTTAGAGAAACATGA-AGAAAAA-CTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 CTTACCTTAG-GAAACAT-ATAGAAAAAGC-CATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
***************** *
6867 NNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATA
127 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * * * *
6911 ATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATTG-GT-AAATAGACAATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ********** * *
6974 -ATCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 GCT-TACCTTAGGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
7037 TCATTCCTTAAAAAGTCTTATTTCTTGCTTCAAATTGTTTTATA
127 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * *
7081 ATGTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
*** * ** * * * *
7146 CTTTTTTTAGAAAATGTATAGAGAAAGCTATTCATATAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
66 CTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCAT-TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
********** * **
7211 NNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATA
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * * *
7252 ATGTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
******************* * * *
7317 -TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
66 CT-TACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
7381 ATTCCTTCAAACGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
** * * *
7423 ATCTCATAATTGATTTTCGGTT-GATTGTTTTACATTTTT-CTTTAAAACAGACTATAATTGATT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * *
7486 GCTTGCCTCAAGAAACATATAGAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
65 GCTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ********** *
7551 ATTCCTTCAACAGNNNNNNNNNNCGATTTAAATTGTTTTATA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* ** * *
7593 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTCTGCTTAAAACACACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * **********
7658 -TCTAGCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTTNNNNNNNNNNTCCATTTATAGTCACC
66 CT-TACCTTAGGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCA-TTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
7721 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC-CAGCTTTGAATAGTTTTAAA
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATTGTTTTATA
* * * *
7764 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
7829 -TCTACCTT-GAGAAACGTAAAGAAACAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGTCGATTTCTAGTCACT
66 CT-TACCTTAG-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ******
7892 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTNNNNNN
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
**** * * * * *
7935 NNNNCATAACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACAAGAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
7999 G-TCTACCTCAAGAAATACGA-AGAAAAA-CACATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 GCT-TACCTTAGGAAACA-TATAGAAAAAGC-CATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
8061 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT-CTTGCTTTAAATTATTTTATA
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* ********** **
8105 ATGTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCACTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * *
8170 CTTGTCTCAGGAAACATATAGAAAAAGCTATTCATATAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
66 CTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCAT-TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* **********
8235 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATA
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * *
8276 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTAT-CATGAAAATAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * *
8340 GCATGTC-TCGAGAAACATGTA-AAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 GCTTACCTTAG-GAAACATATAGAA-AAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
8403 CCATTCCCTCAATAG-TTGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
127 CCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * **
8447 ATAC-CATACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTCTGGTTAAATGAGACTATAATTGAAT
1 AT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * *
8511 GTCTT-CCACAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-AAATATTCCTTTTATAGTCAC
65 G-CTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
8574 CCATTCGTTCTAAAGTCTTATTACTCACTTTTAATAGTTTTATA
127 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* **********
8618 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** *
8683 CCTACCTT-GAGAAACATGTATAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTAATTTATAGTTACCC
66 CTTACCTTAG-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
8747 ATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATT-TTTTATA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * **
8788 ATCTCATAATTGATTTTCAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATGCTTGAAT-
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
8852 TTCTA-CTTAGAGAAACGTGA-AGAAAAA-CACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 CT-TACCTTAG-GAAACAT-ATAGAAAAAGC-CATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
8914 CCTATGCCTGCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTT
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
8956 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2145, Mismatches: 666, Indels: 176
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 101 0.05
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171 1391 0.65
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173 19 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATG
CTTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
Found at i:10103 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9273--10394 Score: 858
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
9263 NNNNNNNNNN
* * * * *
9273 TGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-TTAATTGAAT-ACTTACCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAACAGA-TAATAATTGAATGTC-TACCTT
* * *
9336 GAGAAACGTGTAGAAAAA-GTCATTCATAT-A-GAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
63 GAGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCAT-TGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
* ********** *
9398 TTAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAAT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
9444 TGATTTTAAATTG-ATTTTTTATA-GTTTTGGTTAAAATAGACT-ATAATTTAAT-TCCTGCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGATAAAACAGA-TAATAATTGAATGT-CTACCTT
* ** * * * * *
9505 TAGAAATGTGTAGAAAAA-GCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTGCTTC
63 GAGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
9569 AAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ***
9613 TGATTTTATA-TTGGATTGTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTCGACCACA
1 TGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
9677 ATAAACGTGAGGAAAAACGCACTCATTGGCATGAAAAAT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
64 AGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
9741 AAAGCCATATTACTCGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
9784 TTATTTAAAATTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACT-ATAATTGAATG-CTTATCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGA-TAATAATTGAATGTC-TACCTT
* * * * * *
9847 GAAAAACATGTA-TAAAACGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
63 GAGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
********** *
9911 NNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
9955 TTATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAATAGATAATAATT-AATGTGTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
10019 GAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGATAAGTCTATTCATAGTCACCCGTTCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
10084 AGTCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
10125 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
10190 GAAAAATGAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCATTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
10254 GGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * * * * **
10295 TAATTTTAAGTAAAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACGGACT-ACAATTGAATGCCTGCCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ** *
10359 AGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGAAAAGAAA
64 AGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAA
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 168, Indels: 53
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 129 0.17
170 287 0.38
171 332 0.44
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG
AAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:10227 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 9415--10302 Score: 941
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
9405 NNNNNNNNNN
* * * *
9415 CGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTATAGTTTTGGTTAAA
1 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * ** *
9479 ATAGACTATAATTTAAT-TCCTGCCTTTAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAA
66 ACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTGAGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * * *
9543 GTCTATTTATAGTCA-CTCATTGCTTCAAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
130 GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCT
*
9607 CATAATTGATTTTATATTGGATTGTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTCGA
194 CATAATTGATTTTATATTGAATTGTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTCGA
* * * * * *
9672 CCACAATAAACGTGAGGAAAAACGCACTCATTGGCATGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCC
259 CCACAAGAAACATGAAGAAAAACGCACTCATTGACAAGAAAAATTCATTCATAGTCACCCATTCC
9737 TTCAAAAGCCATATTACT
324 TTCAAAAGCCATATTACT
* * * * *
9755 CGCTTTCAATTATTTTATAATCTCATAATTTATTTAAAATTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAA
1 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-AATTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * *
9820 AACATACTATAATTGAATG-CTTATCTCGA-AAAACATGTATAAAACGCCATTCATTGAGAAGAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAAA-ATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAA
**********
9883 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
* * * * * * *
9948 TCATAATTTATTTTA-AGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAATAGATAATAATT-AATGT-
193 TCATAATTGATTTTATA-TTGAATTGTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTC
*** * * * *
10010 GTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAG-ATAAGTCTATTCATAGTCACCCG
257 G-ACCACAAGAAACATGAAGAAAAACGCACTCATTGACAAGAAAAATTC-ATTCATAGTCACCCA
* *
10074 TTCCTTCAAAAGTCTTATTACT
320 TTCCTTCAAAAGCCATATTACT
* * * *
10096 TGCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAGATTTTTGATTAA
1 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAA
* * * * *
10161 AACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * * * * * **
10226 GTCCA-TTATAGTCACCCATTCATTCAAAGGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTC
130 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTC
*
10290 ATAATTAATTTTA
195 ATAATTGATTTTA
10303 AGTAAAATTT
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 94, Indels: 24
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 102 0.23
341 177 0.40
342 161 0.36
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTATATTGAATTGTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTCGACC
ACAAGAAACATGAAGAAAAACGCACTCATTGACAAGAAAAATTCATTCATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCATATTACT
Done.