Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398364.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1660.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 772
Length: 1287
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:632 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1284 Score: 912
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 169
* * * ** *
1 GAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTATACATTTCTTT
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTTC-TC
* * * * * *
66 AA-GCAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCATAAAATCAAT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *********
130 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNN
128 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
172 NAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCCTTTTT-TTCATATTTTT
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG--CTTTTTCTACATGTTTCT
* * * * * **
235 CGAGGTAAACATTCAATTCTAGTATGTTTTAAGCAAAAACATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
63 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CCAAAA-AT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATC
********** * *
300 AATTNNNNNNNNNNAAAACAACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT
125 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * *
345 GAAAGAATTGCTGAATATAAATGGACCATTCTTCTCAATGAATGGCTTTCTCTACATGTTTCTCG
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTTCTCA
* * * ********* *
410 AGTTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAACCAAT
65 AGGTAGA-CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
474 TATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-GGGACTTTT
128 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTT
* * * * *
516 GAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCA
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGC-TTTTTCTACATGTTTCTCA
* * * *
581 AGGTAGACATTCAACTATTA-TTTGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATGAAT
65 AGGTAGACATTCAATTA-TAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* *
645 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTCTT
128 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
687 GAAGAAATGGGTTACTATAAATAGG-CTTTTCTTCTCAATGAGTTCTTTTTCTACATGCTTCTTA
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTACATGTTTCTCA
** * * * ******
751 AAATAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTAAACTTAAAANNNNNN
65 AGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
**** * * *
816 NNNNGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTG
129 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
857 GAAGAAATGAGTGACTATAAATTGACCTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTACATGTTTCTCA
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTTCTCA
* * * * *
922 AGGTAGGCATTCAATTATAGTTTTTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
65 AGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
987 TTGAGATTATAAAACAACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
129 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * ** *
1028 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAAAATATTT-TTCTCATTGAATGCCTTTTTCTATACATTTCTT
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCTC
* * * * * * * *
1092 GAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAGAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAAT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********** *
1157 TATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
128 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * **
1199 GTAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATACGTTTTTCTTTATGTTTCTC
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC-TTTTTCTACATGTTTCTC
* *
1263 GATGTAGACATTCAATTATAGT
64 AAGGTAGACATTCAATTATAGT
1285 CTG
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 231, Indels: 58
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 139 0.16
171 566 0.66
172 33 0.04
173 111 0.13
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTACATGTTTCTCAA
GGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
Found at i:1261 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1284 Score: 918
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 341
* * ** * * *
1 GAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTATACAT-TTCTT
1 GAAGAAATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTCTCAATGAAT-CCTTTTTC--TACATCTTCTT
* ** * * * * * *
65 TAAGCAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCATAAAATCAAT
63 AAAATAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
* ** ********** *
130 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAATGGGTGGCTATAAATG
128 TATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
195 GACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCCTTTTT-TTCATATTTTTCGAGGTAAACATTCAATTCTAGT
193 GACTTTTCTTGCTCAATGAAT-ACGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * ** * **********
258 ATGTTTTAAGCAAAAACATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACAACT
257 TTGTTTTAA-CCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAACT
* * *
323 TAAAGCGAGTAATAAGACTTTT
320 TAAAGAGAGTAATAAGGCTCTT
* * * ** *** * * * *
345 GAA-AGAATTGCTGAATATAAATGGACCATTCTTCTCAATGAATGGCTTTCTCTACATGTTTCTC
1 GAAGA-AATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTCTCAATGAAT-CCTTTTTCTACAT-CTTCTT
* ** * * * ********** * *
409 GAGTTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAACCAAT
63 AAAATAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
* * * *
474 TATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-GGGACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAAT
128 TATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
538 GGACTTTTTTTG-TCAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATTA-
192 GGACTTTTCTTGCTCAATGAATACGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAG
* * * *
601 TTTGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTT
256 TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAACTT
666 AAAGAGAGTAATAAGGCTCTT
321 AAAGAGAGTAATAAGGCTCTT
* *** * *
687 GAAGAAATGGGTTACTATAAATAGGCTTTTCTTCTCAATGAGTTCTTTTTCTACATGCTTCTTAA
1 GAAGAAATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTCTCAATGAATCCTTTTTCTACAT-CTTCTTAA
* * * *******
752 AATAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTAAACTTAAAANNNNNNN
65 AATAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTA
*** * * * * *
817 NNNGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGAAATGAGTGACTATAAATTGA
130 TGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
882 CCTTTCTT-CTCAATGAATA-GTTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTTT
195 CTTTTCTTGCTCAATGAATACG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTT
* * * * *
945 TTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAACTTAAA
259 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAA
* *
1010 GTGAGTAATAAGGCTTTT
324 GAGAGTAATAAGGCTCTT
* *
1028 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAAAATATTT-TTCTCATTGAATGCCTTTTTCTATACAT-TTCT
1 GAAGAAATGGGTGACTATAAATAAAAT-TTTCTTCTCAATGAAT-CCTTTTTC--TACATCTTCT
* ** * * * *
1091 TGAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAGAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAA
62 TAAAATAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
********** * * *
1156 TTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGTAGGAATGGGTGTCTATAAAT
127 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
1221 GGACTTTTCTTGCT-AATGAATACGTTTTTCTTTATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAGT
192 GGACTTTTCTTGCTCAATGAATACGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
1285 CTG
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 196, Indels: 38
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 262 0.36
342 249 0.34
343 15 0.02
344 196 0.27
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GAAGAAATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTCTCAATGAATCCTTTTTCTACATCTTCTTAAA
ATAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCTCAATGAATACGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAGA
GAGTAATAAGGCTCTT
Done.