Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398369.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1666.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5373
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 756 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:603 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 308--1615 Score: 1139
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
298 TTAAGTTAAT
* * * * *
308 TTTTTTATTAAAATAAATTATAACTAAATATCTATC-TCGAGAAAC-TAGAAGTAAAAGAC-ATC
1 TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACAT-GAAGCAAAAG-CTATC
* *
370 CACTT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
64 CA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAA
* *
434 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
127 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * **
479 TTTGTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTTTGTCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCTATCCA
1 TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCA
* * * ** * * *
543 TTGTCAAGAAAAGTCCATTTATATTC-CATTAAGCCTTTAAAAGCCTCATTGCTAGCTTTAAATT
66 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATG
*
607 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AATTTTTTTAAAA
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTT-ACA
* * * * * * *
651 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATATTTACCTCA-AGAAATATGAAGC-AAAGCCCATCC
1 TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAG-CTATCC
*
714 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATG
* **
779 GTTTTATAATCTC--AATTTTTATTTAAGTTGAATTTTTTTGA-A
129 ATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA
* * * * * * * * *
821 TTTTTGATTAAAACATATTAT-ATTAGAACGTATACCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAATCTATCC
1 TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTA-AATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCC
* * **
884 ATTGACAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACTCTAGCCTTCGAAAG-CTTAATTGGTTGA-TTTAA
65 ATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-ATT-ACT-ACTTTAA
** * *
946 ACAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGTATTTTTTTACA
126 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
992 GTTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATG-CCAGCGTA-ATGAAACATGAAGCAAAAG-TCAT
1 -TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGA-GAAACATGAAGCAAAAGCT-AT
* *
1053 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAA
* * * * *
1118 TAATTTTATAGTCTGATTATTGATTTTAA-TTGGAGTTTTTTTACA
127 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA
** ** * * * * **
1163 TTTTTTTGTTAAAA-AAGATTATATTTCAATGTCTGCCTCA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCCTC
1 -TTTTTAATTAAAATAA-ATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATC
* * * ** * * * ** *
1226 TATTGGCTAA-AAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGACTTCAAAAGATTTATTACTCCCTTTAAA
64 CATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAA
* * * * *
1290 TGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACA
127 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
1335 -TTTTAAGTTAAAACATATTATAACTGAATATCTACCTT-GA-AAATATGAAGCAAAAGCTATCC
1 TTTTTAA-TTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCC
*
1397 -TTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATG
* *
1460 ATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
**** * * * * *
1503 TTTGCGGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTTTACCTAAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCTA
1 TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCA
* * * * *
1567 TTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
66 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
1616 CATAAATGGA
Statistics
Matches: 918, Mismatches: 172, Indels: 94
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 108 0.12
169 33 0.04
170 147 0.16
171 361 0.39
172 257 0.28
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTAATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
Found at i:762 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 309--1612 Score: 1322
Period size: 343 Copynumber: 3.8 Consensus size: 342
299 TAAGTTAATT
* * * *
309 TTTTTA-TTAAAATAAATTATAACTAAATATCTATCTCGAGAAACTA-GAAGTAAAAGACATCCA
1 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTACCTCAAGAAA-TATGAAGCAAAAGCCATCCA
* **
372 CTT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
65 -TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
436 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTAATTAAAATAAATTATA
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAATTATA
** * * *
501 ACTAAATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATA
194 ACTAAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAA-AAAAGTCTATTTATA
* * * *
566 TTCCATT-AAGCCTTTAAAAGCCTCATTGCTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
258 GT-CATTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
630 TTAAGGTTAATTTTTTTAAAA
322 TTAAGGTTAATTTTTTTAAAA
* *
651 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAATATGAAGC-AAAGCCCATCCA
1 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAG-CCATCCA
* *
715 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
65 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
** * * *
780 TTTTATAATCTC--AATTTTTATTTAAGTTGAATTTTTTTGA-ATTTTTGATTAAAACATATTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTGTGATTAAAATAAATTAT
* * * * * * * *
842 -ATTAGAACGTATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAATCTATCCATTGACAAAAGAAGTCTATTTA
193 AACTA-AATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAAA-AAGTCTATTTA
* * * * * * * *
906 TAGTCACTCTAGCCTTCGAAAGCTTAATTGGTTGATTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGAT
256 TAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
971 TTTAAGCTGT-ATTTTTTTACAG
321 TTTAAGGT-TAATTTTTTTAAAA
* * * * * * * *
993 TTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAAT-GCCAGCGT-AATGAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
1 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTA-CCTCAA-GAAATATGAAGCAAAAGCCATCC
* * *
1055 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
64 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
1120 ATTTTATAGTCTGATTATTGATTTTAA-TTGGAGTTTTTTTACATTTTTTTG-TTAAAA-AAGAT
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA--TTTGTGATTAAAATAA-AT
** * * * * * * * * *
1182 TATATTTCAATGTCTGCCTCA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCCTCTATTGGCTAAAAAAATTTAT
190 TATAACTAAATGTTTACCTCAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTC-AAAAAAGTCTAT
* ** * * ** ** *
1246 TTATAGTCATTCAAGACTTCAAAAGATTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATT
253 TTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* * *
1311 GATTTCAA-GTTAAATCTTTTT-ACA
318 GATTTTAAGGTT-AATTTTTTTAAAA
* * * * ** *
1335 TTTTAAGTTAAAACATATTATAACTGAATATCTACCTTGA-AAATATGAAGCAAAAGCTATCC-T
1 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT
*
1398 TG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGAT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * *
1462 TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGCGGTTAAAATAAATTATAAC
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAATTATAAC
* * * * *
1527 TAAATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGAT-AAGAAAAGTCTATATATAG
196 TAAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-TCAA-AAAAGTCTATTTATAG
1591 TCATTCAAGCCTTCAAAAGCCT
259 TCATTCAAGCCTTCAAAAGCCT
1613 TATCATAAAT
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 133, Indels: 71
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 78 0.10
340 95 0.12
341 134 0.17
342 211 0.27
343 256 0.32
344 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAATTATAAC
TAAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAAAAAGTCTATTTATAGTC
ATTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GGTTAATTTTTTTAAAA
Found at i:1281 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 376--1615 Score: 1365
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 506
366 CATCCACTTA
* * *
376 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTGATTTAAATGATTTT
* *
441 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTAATTAAAATAAATTATAACTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAAATTATAACTAA
* * * *
506 ATGTTTGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATATTC-C
130 ATGTTAG-CTAAG-AAACATGAAGCAAAAGC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
570 ATTAAGCCTTTAAAAGCCTCATTGCTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
192 -TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
635 GTTAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAATATGA
256 G-TAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * *
700 AGCAAAGCCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATT
320 AGCAAAGCCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGACTTATT
* * * * *
765 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAT-TTTTATTT-AAGTTGAATTTTTTTGA-ATTTT-T
385 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATGATTGATTTCAAGTTAAATCTTTTT-ACATTTTAA
* * * * *
826 GATTAAAACATATTAT-ATTAGAACGTATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAATCTATCCATTG
448 G-TTAAAACATATTATAACT-GAACATATACCT-AGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCC-TTG
* * * **
888 ACAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACTCTAGCCTTCGAAAG-CTTAATTGGTTGATTTAAACAAT
1 -CAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-ATT-ATTGATTTAAATGAT
* * * *
951 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGTATTTTTTTACAGTTT-TTGTTAAAATATATTATAA
62 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTGTAGTTAAAATAAATTATAA
* * ** *
1015 TTGAATGCCAGCGTAATGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAG
126 CTAAATGTTAGC-TAA-GAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
1080 TCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAATTTTATAGTCTGATTATTGATTT
188 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
1144 TAATTGG-AGTTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAA-AAGATTATATTTCAATGTCTGCCTCAAGAA
252 TAA--GGTAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAA-ATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAA
* * * ** *
1207 ACGTGAAGCAAAAGCCC-TCTATTGGCTAA-AAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGACTTCAAAA
314 ACATGAAGC-AAAGCCCATCCATTGAC-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAA
* *
1270 GATTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACA
377 GACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACA
* * * *
1335 TTTTAAGTTAAAACATATTATAACTGAATATCTACCTTGAAAATATGAAGCAAAAGCTATCCTTG
442 TTTTAAGTTAAAACATATTATAACTGAACATATACCTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCTTG
* *
1400 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTGA-TTTAAATGATTTT
* * **
1465 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGCGGTTAAAATAAATTATAACTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAAATTATAACTAA
* * * * * * *
1530 ATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCAT
130 ATG-TTAGCTAA-GAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1595 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
192 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
1616 CATAAATGGA
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 100, Indels: 50
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 169 0.28
512 20 0.03
513 347 0.58
514 57 0.09
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTGATTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAAATTATAACTAAA
TGTTAGCTAAGAAACATGAAGCAAAAGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTAAT
TTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAA
GCCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGACTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACATTTTAAGTTAAAAC
ATATTATAACTGAACATATACCTAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCTTG
Found at i:2983 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2806--4184 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
2796 NNNNNNNNNN
* ** * *
2806 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTGAGTTTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCG-ATTTT-
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTATAAAG-CTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAAT-GAATTTTC
* ** *
2869 TCACAAATTGATGGCTTTTGCTTAACGT-TTTTCAAAATAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA
64 TCACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCT-AAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
2933 -CAAAAATATAAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATAATGAGAT
128 TCAAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATAATGAGAT
* *
2974 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGAGTATAAATGAAATTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAATG-AATTTTC
** * * * * * * *
3039 TTTCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTGTCCTGAAGTAGACATTCAATTCTAATATATTTTAAT
64 TCACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * * *
3104 TAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGT
129 CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * * * * *
3145 TATCAAACCACTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTT-GAAGACTTGAGTGACTATAAAT-GAATTTT
** * * * * * * ** * * * *
3209 CTTGCTAATGAACGGCTTTT-CTTCATGT-TCCTTGAGGTAAACATTCAAATGTAATATGTTTTA
63 CTCACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCC-TAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * **********
3272 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNAATGAGAT
127 ATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * * * *
3315 TATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATATATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAAT-GAATTTTC
* * * * * * ** * *
3380 TTATC-AATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCA-A-ACATTCAGTTATAATTTATTTT
64 TCA-CAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTC-CTA-AAATAGACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * *
3442 AATCACAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
126 AATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * *** * * * * * * *
3486 TGTAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTT-N
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAATGAATTTTCT
********* * * ** * * ** * * *
3550 NNNNNNNNNATAGCTTTTGCTTCATATTTTC-AAGGTAGATATTCAGTTATAATATGTTTTGAAT
65 CACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTT-AAT
* *
3614 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGAT
129 CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
********** ** * * * **
3654 NNNNNNNNNNTTTAAAGGGAGCA-ATAAGTCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAACAAATTTT-
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTATA-AAG-CTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAATGAATTTTC
* * * * * *** * * * *
3717 TCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTAAAATATAATCTTTTTTA
64 TC-A-CAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * * *
3782 A-CAAAAAATATAAAAAAACTTCACTTAAAATTAATAATCAAAC
127 ATC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * * * *
3825 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATCGAA-AGCTTGAGTGACTATAATTAAACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGA-CTTGAGTGACTATAAATGAA-TTTT
** * * * * *** *
3889 CTTGTC-AATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGACGCTA-ACATTCAATTATAATCTATTTT
63 C-TCACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCT-AAAATAGACATTCAATTATAATATATTTT
** *
3952 AA-CAAAAA-ATAAAAAAAAATACAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
126 AATCAAAAATATAAAAAAATTTA-A-CTTAAAATCAATAATGAGAT
* *** * * * * *
3996 TATAAAA-TAGTTTAAATTGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCA-TTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAAT-GA---AT
* ** * * * * * ** *
4060 TTTTTGTC-AATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTGATATAGATGTTCTAA-TATAATATGTT
60 TTTCTCACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCTAAAATAGACATTC-AATTATAATATATT
*
4123 TTAATCAAAAAT-TAAAAAAAATTTAACTT-AAAT-AAAAATTGAGAT
124 TTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAA-TGAGAT
4168 TATAAAACCATTTAAAG
1 TATAAAACCATTTAAAG
4185 TGAGTAATAA
Statistics
Matches: 909, Mismatches: 253, Indels: 94
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 6 0.01
168 137 0.15
169 45 0.05
170 205 0.23
171 395 0.43
172 44 0.05
173 52 0.06
174 15 0.02
175 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTATAAAGCTTTTGAAGACTTGAGTGACTATAAATGAATTTTCTC
ACAAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTGTCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGAT
Found at i:4968 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4652--5373 Score: 633
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
4642 NNNNNNNNNN
* *
4652 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAACAACTTGAGTG
1 TAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-AACTTGAAT-
* * * * *
4717 GCTATAAATGGACTCTTCTTAGT-AATGGATGGT-TTTTGCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGACAT
63 GATATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGAAT-GTCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAT
** * * *
4779 TCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
125 TCAGTTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
4823 TAAATTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGCAATGAGGCTTTCAAAGACTTGAATG
1 TAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-ACTTGAATG
** * * *
4888 ATAATAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTA
64 AT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
4953 GTTATAATTTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
128 GTTATAATTTATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
* * *
4995 TAAAATCAATAATACGATTATAAAACCA-TT--------TAA-AAGGCTATCAAAAGCTTGAGTG
1 TAAAATCAATTATA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAA-CTTGAATG
* *
5050 ACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATAGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
64 A-TATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
5114 AGTTATAATTTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
127 AGTTATAATTTATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * **
5156 TAAAATTAATTATCAAACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-AA-G
1 TAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAACTTGAATG
* * * *
5219 CA-ACTAGAGATGGACTTTTCTTATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCGT-GAGAT-GAA
64 -ATA-TA-A-ATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGTCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGTAG-A
* * ** **
5280 CATTTAGTTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAACGTTCAACT
122 CATTCAGTTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
5327 TAAAATCAATTATAGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 TAAAATCAATTATA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 58, Indels: 70
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 36 0.08
162 96 0.21
163 8 0.02
168 1 0.00
169 4 0.01
170 18 0.04
171 254 0.55
172 41 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TAAAATCAATTATAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAACTTGAATGAT
ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTT
ATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
Found at i:5315 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4695--5360 Score: 771
Period size: 333 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
4685 AGCGAGTAAT
* * * *
4695 AAGGCTTTCAACAACTTGAGTGGCTATAAATGGACTCTTCTTAGTAATGGATGGTTTTTGCTTCA
1 AAGGCTATCAACAACTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTAGTAATGAATGCTTTTTGCTTCA
* *
4760 TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
66 TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
4825 AATTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGCAATGAGGCTTTCAAAGACTTGAATGAT
131 AATTCAATTATCAAACTATAAAACAATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAATGAT
* * *
4890 AATAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAGT
196 AATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAGT
*
4955 TATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATACGATTATAAAA
261 TATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATACGATTATAAAA
5020 CCATTTAA
325 CCATTTAA
* *
5028 AAGGCTATCAA-AAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTT-GTCAATAGAATGCTTTTT-CT
1 AAGGCTATCAACAA-CTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTAGT-AAT-GAATGCTTTTTGCT
* ** * *
5090 TCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCA
63 TCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCA
* *** * * *
5153 ACTTAAAATT-AATTATCAAACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-
126 ACTT-AAATTCAATTATCAAACTATAAAACAATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTCAAAGACTTG
* * * * * *
5216 AA-GCA-ACTAGAGATGGACTTTTCTTATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCGT-GAGAT
190 AATG-ATAATA-A-ATAGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTACTTCACGTTTC-TCAAGGT
* ** *
5277 -GAACATTTAGTTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATA
250 AG-ACATTTAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATA
* *
5341 GGATTATAAAACTATTTAA
314 CGATTATAAAACCATTTAA
5360 A
1 A
5361 GTGAGTAATA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 40, Indels: 25
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.01
332 56 0.20
333 206 0.73
334 15 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
AAGGCTATCAACAACTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTAGTAATGAATGCTTTTTGCTTCA
TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
AATTCAATTATCAAACTATAAAACAATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAATGAT
AATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAGT
TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATACGATTATAAAAC
CATTTAA
Done.