Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398370.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1667.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 5644 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:9304 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8959--9339 Score: 413
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8949 NNNNNNNNNN
* * *
8959 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGGTTCATGAGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATACCATTTTCTTCATGGTTCA-GAGGC
* * * * *
9024 AGACATTCCATTCTTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTCA
64 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTCA
* * *
9089 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTGTGAAG
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTGTAAAG
* *
9130 GAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACCATTTTCTTCATGTGTCTCA-AGGC
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACCATTTTCTTCATG-GT-TCAGAGGC
* * * *****
9194 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAANNNNN
64 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTC
***** * * *
9259 NNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTAAAG
128 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTGTAAAG
* * *
9301 GAATGGGAGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT
9340 GCTTTTTTCT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 34, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 53 0.31
171 108 0.63
172 11 0.06
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Consensus pattern (169 bp):
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACCATTTTCTTCATGGTTCAGAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTCAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTGTAAAG
Found at i:9754 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 9474--9802 Score: 290
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
9464 ATCTGATAAT
* * * ** * *
9474 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATCATTGAATTTCTTCCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATCAAATATCTACCTCAA
* * * * * *
9539 GAAATGTGAATAAAAAAGCATTTCTTGGCAGGAAAAGACCATTTATTGTCACCCA-TTCTTTCAA
66 GAAATGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAGAAAAAAACCATTTATGGTCACCCATTTCATT-AA
*
9603 AAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATA
130 AAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATA
* *
9635 NNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AAGATTATAATCAAA
1 ----------TGATTTTAAGTTG-ATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA-ACTATAATCAAA
** * **
9699 TATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAG-ATTTATTGGGA-AAAAAAATCCATTTATGGTTTC
54 TATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAGAAAAAAA-CCATTTATGGTCAC
*
9762 TCATTTCATTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTT
118 CCATTTCATTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTT
9803 GTTATCTCAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 65 0.50
172 61 0.47
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
TGATTTTAAGTTGATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATCAAATATCTACCTCAA
GAAATGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAGAAAAAAACCATTTATGGTCACCCATTTCATTAAA
AGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATA
Found at i:11851 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10788--13737 Score: 2244
Period size: 172 Copynumber: 17.2 Consensus size: 171
10778 NNNNNNNNNN
* * * * *
10788 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTATGTTCAATTCT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA---T
* * * *
10853 TTTTCTTACATTTTT-GCTTAAAACATATTATAATTGAAAGT-TAACCTCT-AGAAATGTGAAGA
63 TTTT-TTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACC-CTGAGAAACGTGAAGA
10915 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
124 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * * * *
10963 TCAAAAGCCTTACTACTTGCTCTAAATAGTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATGTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
* * * ** *
11028 TTTTACT-TTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACGATAAGAAA-GATGAAGAAAAA
65 TTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACG-TGAAGAAAAA
* * * *
11091 GGCATTCATTGACAAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATTCCT
128 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * * * * *
11135 TCAAAAGACTTATTATTCGCTTTGAATAGTTTTATTATCTCGAGATTGATTTTGAGTTCAACTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * *
11200 TTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATAGT-TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGG
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *** *
11264 GCATTCGTTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGTCACATTTTTCT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * * * *
11307 TGAAAAGCATTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTCATTTTAAATTCAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * * *
11372 TTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAATGGCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
11436 ACATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAT-CT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
11478 ATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTT
1 -TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA---
* * * * * * *
11543 TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTA-ACTCAAGAAACATGAAGAA
62 -TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-GAGAAACGTGAAGAA
* * * *
11607 AAAGTCAATCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
125 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
**
11654 TCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* ** * * *
11719 TTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATCAAATATCTACCCTGAGAAATGTGAAGAAAAA-A
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * * *
11783 AATTTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCTCTCATTCCA
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * ** * *
11825 TCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATTATCTCGTAATTGATTTTAGGTTTAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * ** * *
11890 TTTTACATTATTAGTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAACATGAAGAAAAAAG
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * *
11955 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTGCT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
** ** * ** * * *
11997 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATTATCTCAAAAAAGGTTTTATGTTCAATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-
* * * ** *
12062 TTTTACT-TTTCTAGTTATAACAGATTATAGTTGAATGTCTACGTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG
65 TTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
** *** *
12126 GCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATTTTGCT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
12169 TCAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-
* * * ** *
12234 TTTTACT-TTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATATCTACGGTGAGAAACATGAA-AAAAAG
65 TTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
12297 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * ** ** *
12340 TCAAAAACCTTACTACTTACTTTAAATTATTTTATTATCTCAAAATTGATTTT-A--TG---TTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * * * * ** *
12399 AATGT-TTTTTACTCAAAACAGATTA-ATGTTCAATGTGTACATTGAGAAACCTGAAGAAAAAGG
66 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * *
12462 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCCT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
** * * ** * *
12504 TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTCGAATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
12569 TTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAGTTGAATGTCTA-CCTTAGGAAACGTGAACAAAAA-G
66 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGG
** * * * ** *
12632 CTATT-AAAGTGCAAAAAAAGTACATTTATACTCACTTATGCCT
130 C-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
**** * * * * *
12675 TCCGGGGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-
* * * ** * * *
12740 TTTTTATATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAA--TGCAATGTAA
64 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGA-GAAACGTG-AA-GAAA
* * * * * *
12802 AAGCCA-TCGATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTT
126 AAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*** * * * * * *
12848 TTTGAAGCCTTATTACTTTGCTTTATAAATGGTTTTATAAACTTATAATTAATTTTAATTTGAAT
1 TCAAAAGCCTTATTAC-TCGC-TT-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * *
12913 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAA--TGACA-AAAA
63 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGA-AGAAAA
* * * * * *
12975 AGTCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGTAGTCGCCAATGCCT
127 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*** * * *
13020 TTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** *
13084 TTTATATTTTTTA-TCAAAACAGATTGTAATTGAGTGT-TTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-
66 TTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
13146 GCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATGCCT
129 GC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
13190 TCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
13254 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA-ATGTTCAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * *
13318 GCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTAACCCATGCCT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
13361 TTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
13426 TTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATATTTGAATGTCTACCAT-AGGAAACGTGAACAAAAA-G
66 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGG
** * * * * *
13489 CTATT-AAAGTGAAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCT
130 C-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
**** * *
13532 TCCGGGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * ** * * * * ** *
13596 GTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATCTTTA-CTTTAGGAAAC-ACAATGTAA
64 -TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGA-GAAACGTGAA-GAAA
* * * * * * * *
13659 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTTT
126 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CT
* *
13706 TC-GAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
13738 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2250, Mismatches: 451, Indels: 150
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 38 0.02
164 89 0.04
165 3 0.00
167 5 0.00
168 37 0.02
169 40 0.02
170 115 0.05
171 627 0.28
172 804 0.36
173 194 0.09
174 54 0.02
175 208 0.09
176 35 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
Found at i:13390 original size:857 final size:847
Alignment explanation
Indices: 11413--14546 Score: 2651
Period size: 857 Copynumber: 3.6 Consensus size: 847
11403 TGAATGGCTA
* * *
11413 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-ACATTCATTGGCATGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCAAT
1 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGCCACCC-AT
* *
11476 --CTATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTAACTTT-AAGTT
63 GCCT-TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAT-ATTGA-TTTCAAGTT
* * * * * * ** *
11537 CAATTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATT-ATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACAT
124 -GA---GTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAAT-GTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGT
* * * * * * * * * * *
11601 GAAGAAAAAGTCAATCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
184 GAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTAGAAGCCTTA
* * *
11666 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTATATTTTT
249 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA-TTTTATATTTTT
* * ** * * * * ** * *
11731 AGTTAAAAGAGATTATAATCAAATATCTACCCT-GAGAAATGTGAAGAAAAA-AAATT-TATTGG
313 AGTTAAAAAAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGT-G
** * * * ** * *
11793 CAAGAAAAA-TCCATTTATGGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTT
376 CAA-AAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTC-ACTTTAAATGGTT
* * * * * * * **
11856 TTATTATCTCGTAATTGATTTTAGGTTTAATTT-TTTTTACATTATTAGTTTA-AACAGATTATA
439 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTG-TTACAATATTTTATA
** * * * * *
11919 ATTGAATGTCTACGAT-GAGAAACATGAA-GAAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTATT
503 ATTGAATGTCTACTTTAG-GAAACA-CAATG-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATT
* * * * * ** * *
11980 TATAGTCACTCATTGC-TTCAAAAGCCTTATTAC-T-CATTTTAAATAATTTTATTATCTCAAAA
564 TCTAGTTACCCA-TGCTTTTAGAAGCCTTATTACTTGC-TTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAA
* *
12042 AAGGTTTTATGTTCAATTTGTTTTACTTTTCTAGTTATAACAGATTATAGTTGAATGTCTACGTT
627 AA--TTTTAT-TTCAATTT-TTTTA-TTTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TT
* * ** * * *
12107 GAGAAATGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATTTTG-CTT
686 AAGAAA--TGACA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTT-TAGTCCCA--ATGCCTT
*** * * * * * * *
12170 CAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTGT
745 TGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTT-GATTT-T
* * * * * * * *
12235 TTTACT-TTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATATCTA
808 TTTA-TATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGAGTGTTTT
* * * *
12275 CGGT-GAGAAACATGAA-AAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
1 C-CTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATG
* * * ** * * * * * * *
12337 CCTTCAAAAACCTTACTACTTACTTTAAATTATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAAT
64 CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGT
* * * *
12402 GTTTTTTAC--------TCAAAACAGATTAATGTTCAATGTGTACATTGAGAAACCTGAAGAAAA
128 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAATGTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
*
12459 AGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTG
192 AGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTAG-AAGCCTTATTACTTG
* * *
12523 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTCGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAA
256 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAA
*
12588 AAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAAAAAAGT
321 AAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAAAAAAGT
* * * *
12653 ACATTTATACTCACTTATGCCTTCCGGGGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
386 CCATTTATACTCACTCATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
12718 AATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTTTTATATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTAC
451 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTAC
** *
12783 TTTAGGAAATGCAATGTAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTT
516 TTTAGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTT
* * * *
12848 TTTGAAGCCTTATTACTTTGCTTTATAAATGGTTTTATAAACTTATAATTAATTTTAATTTGAAT
581 TTAGAAGCCTTATTAC-TTGCTTT-TAAATGGTTTTATAAACTCA-AA-AAATTTT-ATTTCAAT
* * *
12913 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAATGACAAAAAAGT
641 TTTTTTAT-TTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAATGACAAAAAAGT
12978 CATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGTAGTCGCCAATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTT
704 CATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTT-TAGTC-CCAATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTT
*
13043 AAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATCAAAACAGAT
767 AAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAGAT
13108 TGTAATTGAGTGTTTT
832 TGTAATTGAGTGTTTT
*
13124 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATGCC
1 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCC
* *
13189 TTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGTTT
66 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGTTT
* * *
13254 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAATGTTCAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
130 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAATGTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
*
13319 CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTAACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTT
195 CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTT
13384 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGA
260 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGA
* *
13449 TTATATTTGAATGTCTACCATAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGAAAAAAAAGTCCAT
325 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAAAAAAGTCCAT
* *
13514 TTATACTCACTCATGCCTTCCGGGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTCATAAT
390 TTATACTCACTCATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAAT
* *
13578 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATCTTTACTTT
454 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTACTTT
* *
13643 AGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTTTTC
519 AGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTTTTA
13708 GAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
584 GAAGCCTTATTACTTGCTTTTAAATGGTTTT----------------------------------
************************************************************
13772 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
615 -----ATAAACTCAAAAAATTTTATTTCAATTTTTTTATTTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTG
**********
13837 NNNNNNNNNNTAAGAAATGACAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGATAAGT-C-----A---CCAAT
675 AATGTCTACTTAAGAAATGACAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTTAGTCCCAAT
* *
13893 GCCTTTGGAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCGTATAATTGATTTTAAGTTGAT
740 GCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* *
13958 TTTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGTGTGTTTT
805 TTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGAGTGTTTT
* * * *
14001 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCC
1 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCC
* ** *
14066 TTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAATATTGATTTCAACCTGAGTTC
66 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGTTT
* * * *
14131 TTTTATATTTTTGGTT-CAACAAATTATTGTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGG
130 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAATGTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
********** *
14195 CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTTGCTCT
195 CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * * * * *
14260 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGATTTGTGTTATA-GTTTACTTACAAAAGA
260 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGA
* *
14324 TTATATTTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAAAAGTCCAT
325 TTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAAAAAAGTCCAT
* *
14389 TTATACTCACTTC-TGCCTTCCGAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCAT
390 TTATACTCAC-TCATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
14453 TGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTACTTT
454 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTACTTT
14518 AGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTG
519 AGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTG
14547 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1884, Mismatches: 295, Indels: 173
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
848 2 0.00
849 111 0.06
850 310 0.16
851 175 0.09
852 7 0.00
853 45 0.02
854 39 0.02
855 6 0.00
856 7 0.00
857 424 0.23
858 9 0.00
860 6 0.00
861 76 0.04
862 18 0.01
863 1 0.00
875 222 0.12
876 147 0.08
877 238 0.13
881 1 0.00
887 1 0.00
888 39 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (847 bp):
CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCC
TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAGTTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAATGTTCAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTA
AATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGAT
TATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAAAAAAGTCCATT
TATACTCACTCATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTACTTTAG
GAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCATGCTTTTAGA
AGCCTTATTACTTGCTTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAAAATTTTATTTCAATTTTTTTATTT
TCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAATGACAAAAAAGTCATTCATTGGCA
AGATAAGTCCATTTTAGTCCCAATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCGCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGAGTGTT
TT
Found at i:13685 original size:515 final size:511
Alignment explanation
Indices: 10788--13737 Score: 2237
Period size: 515 Copynumber: 5.7 Consensus size: 511
10778 NNNNNNNNNN
** * * *
10788 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTATGTTCAATTCT
1 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---T
* * * * ** *
10853 TTTTCTTACATTTTT-GCTTAAAACATATTATAATTGAAAGT-TAACCTCTAGA-AATGTGAAGA
63 TTTT-TTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACC-ATAGAGAAACTGAACA
* * * ** *
10915 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACT
124 AAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TGAAGCCTTATTA-T
* * * * * * * *
10980 T-GCTCTAAATAGTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTTAC-TTTTTTGGT
186 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTT-GT
* * * * * *
11043 TAGAACAGATTATAATTGAATATCTACGATAAGAAAGATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAG
250 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-TTAGGAAACA-GAAGAAAAA-GCAATTCATTGACAAG
* * * * * * * * *
11107 AAAAGACTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTA-TTCGCTTTGAATAGTTTTATT
312 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * *
11171 ATCTCGAGATTGATTTTGAGTTCAACTT-TTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
376 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAA
* * * * *
11235 TAGT-TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGGGCATTCGTTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
440 TA-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*** **
11299 ATTTTTCT
504 CCATGCCT
* * * * * * * * * *
11307 TGAAAAGCATTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTCATTTTAAATTCAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * *
11372 TTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAATGGCTACC-TCA-AGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGAGAAAC-TGAACAAAAA
* * * * * *
11435 GACATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAT--CTATCGAAAGCCTTATTACTCG
128 G-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCT-TTG-AAGCCTTATTATTCG
* * * *
11498 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTTACATTTTTGGTT
189 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * *
11563 AAAACAAATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCAA-TCTTTGGCAAGA
251 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACTTAGGAAACA-GAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGA
* * * *
11627 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAT
313 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
11692 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAA-TCAAATA
378 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTC-AATA
* * ** * * * * *
11756 TCTACCCTGAGAAATGTGAAGAAAAA-AAATTTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCTCTCA
442 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
11820 TTCCA
507 TGCCT
* * * * * *
11825 TCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATTATCTCGTAATTGATTTTAGGTTTAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * *
11890 TTTTACATTATTAGTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGAT-GAGAAACATGAAGAAAAAA
65 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGAGAAAC-TGAA-CAAAAA
* * ** * **
11954 GTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCATT
128 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTT-TGAAGCCTTATTATTCGCT
** * * ** * * * * * *
12018 TTAAATAATTTTATTATCTCAAAAAAGGTTTTATGTTCAATTTGTTTTAC-TTTTCTAGTTATAA
191 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT-TTGTTAAAA
* * ** *
12082 CAGATTATAGTTGAATGTCTACGTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGAAAAGAAAA
255 CAGATTATAATTGAATGTTTAC-TTAG-GAAA-CAGAAGAAAAA-GCAATTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
12145 GTCCATTTATAGTCACATTTTG-CTTCAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCT
316 GTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
12209 CAAAATTGATTTTATGTTCAATT-TGTTTTACTTTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATATC
380 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATATC
** * *
12273 TACGGTGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
444 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
12337 CCT
509 CCT
* * * ** * *
12340 TCAAAAACCTTACTACTTACTTTAAATTATTTTATTATCTCAAAATTGATTTT-A--TG---TTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * * * * * *
12399 AATGT-TTTTTACTCAAAACAGATTA-ATGTTCAATGTGTA-CATTGAGAAACCTGAAGAAAAAG
66 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCATAGAGAAA-CTGAACAAAAA-
* * * * *
12461 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT-GCT
128 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG-AAGCCTTATTA-TTCGCT
* * * * * *
12525 TTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTCGAA-TTATTTTATATTTTTTGTTAAAAA
191 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * * *
12589 AGATTATAGTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACAAAAAGCTATTAAAGTG-CAAAAAAAGT
256 AGATTATAATTGAATGTTTA-CTTAGGAAAC-AGAAGAAAAAGCAATT-CATTGACAAGAAAAGT
* * * *** *
12653 ACATTTATACTCACTTATGCCTTCCGGGGCCTTATTA-TTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
318 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * ** * *
12717 TAATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTTTTATATTTTTTGTTACAATATTTTATAATTGAATGTCTA
382 AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTA
* * * * * *
12782 -CTTTAGGAAA--TGCAATGTAAAAGCCA-TCGATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCA
446 CCTTGA-GAAACGTG-AA-GAAAAAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
12843 TGCTT
507 TGCCT
*** * * * *
12848 TTTGAAGCCTTATTACTTTGCTTTATAAATGGTTTTATAAACTTATAATTAATTTTAATTTGAAT
1 TCAAAAGCCTTATTAC-TTGC-TT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** *
12913 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTA-AGAAA-TG-ACAAAAA
63 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGAGAAACTGAAC-AAAA
* * *
12975 AGTCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGTAGTCGC-CAATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTT-
127 AGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTT-GAAGCCTTATTA-TTC
* * * *
13038 GCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTATATTTTTTATCAA
188 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * *
13101 AACAGATTGTAATTGAGTGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAA
253 AACAGATTATAATTGAATGTTTACTTAG-GAAACA-GAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAA
* * *
13166 GTTCATTTATAGCCACCTATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA-ATGTTTTATAATCT
316 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATCT
* * * * * *
13230 CAATATTGATTTCAAGTTGAGTT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA-ATGTTCAATGTT
380 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA-ATTCAATATC
* * * * *
13293 TGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTAACCCATG
444 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
13358 CCT
509 CCT
* * * *
13361 TTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
13426 TTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATATTTGAATGTCTACCATAG-GAAACGTGAACAAAAAGC
66 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGAGAAAC-TGAACAAAAAG-
** * * * * **
13490 TATT-AAAGTGAAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCCGGGGCCTTATTATTCGCTT
129 TATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TGAAGCCTTATTATTCGCTT
*
13554 TAAATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTACAA
192 TAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* ** * * * * *
13618 TATTTTATAATTGAATCTTTACTTTAGGAAACACAATGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
255 CAGATTATAATTGAATGTTTAC-TTAGGAAACAGAA-GAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * *
13683 TCATTTCTAGTTACCCATGCTTTTCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
318 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
13738 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1947, Mismatches: 383, Indels: 206
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
505 10 0.01
506 135 0.07
507 158 0.08
508 57 0.03
509 3 0.00
510 83 0.04
511 31 0.02
512 92 0.05
513 94 0.05
514 38 0.02
515 505 0.26
516 224 0.12
517 16 0.01
518 245 0.13
519 246 0.13
520 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGAGAAACTGAACAAAAAGTA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTTACTTAGGAAACAGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTACCTTGAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
Done.