Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398372.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1669.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3358
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.09, T:0.24
Warning! 1149 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:449 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1244 Score: 1191
Period size: 172 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
* * * *
1 CTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGAT-GTAGACATTCAA
* *
66 TTCTAG-CT-TGCTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATA
65 TTCTAGTCTAT--TTTAA-CAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
129 AAAATATTTAAAGTGTGTAATAAGGCGTTTGAAGGAATAGGTGA
127 AAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * *
173 CTTTAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTATTTATGTTTATCAAGGTACG-CATT
1 CTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCATGTTTCT-GATGTA-GACATT
* * * * * * *
237 TAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAGTGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTA
62 CAATTCTAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTA
* * * * * **
300 CAAAACCATTCAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGATTGA
125 TAAAACTATTTAAAT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
346 GTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTTTGAATGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTG-ATGTAGACATTCAA
* *
411 TCCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA-CTAATTTTGAGATTATAA
65 TTCTAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATC-AATTTTGAGATTATAA
* *
475 AAATATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
128 AACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * ** * *
518 CTATAAATGGACTTTTATTACTAATGAATG-CTCTCTTCTTTATGTTTCTCGGGGTAGACGTTCG
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCATGTTTCT-GATGTAGACATTCA
* * * * * * * * * *
582 ATTATAATATGTTTTAACTAGAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
64 ATTCTAGTCTATTTTAACAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* *
646 ACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGA
129 ACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
688 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGAT-GTAGACATTCAA
* * *
753 GTCTAGTCTATTTGAACTAAAAATGTACAAAACATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAA
65 TTCTAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * *
818 ACTATCTAAACTGAGTAATAAGGCTCTTCAAGGAATGGGTGA
129 ACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *** * *
860 CTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGGTTCCGATGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGAT-GTAGACATTCAA
* * *
925 TCCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGTTTATAAA
65 TTCTAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AA
*
990 AAC-ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
128 AACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * *
1032 CTATAAATGGACTTCTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-GATAGACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GATG-TAGACATTCA
* * * * * * **
1096 ATTATAGTCT-GTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAATT-TAACTTAAATTCAATTACG-GCATTA
64 ATTCTAGTCTATTTTAAC-AAAAATGT-ACAAAAAATTCAAATTTAAA-TCAATTTTGAG-ATTA
* * * * * *
1158 CAAAACTATTTAAAACGACTAGTAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
125 TAAAACTATTT-AAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *
1204 CTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
1245 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 173, Indels: 58
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 132 0.15
171 86 0.10
172 507 0.58
173 98 0.11
174 42 0.05
175 4 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGATGTAGACATTCAAT
TCTAGTCTATTTTAACAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
TATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
Found at i:761 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--1243 Score: 1299
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 339
* * * *
1 CTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
66 TTCTAG-CTTGCTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATAA
66 TTCTAGTCTT--TTTAA-CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATAA
* * * *
130 AAATATTTAAAGTGTGTAATAAGGCGTTT-GAAGGAATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTTTTTG
128 AAATATTTAAACTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGAC-TTTTATTG
* * * * * *
194 CCAATGAATGCCTTTTTTATTTATGTTTATCAAGGTACG-CATTTAATTGTAGTCTGTTTTAACC
191 CCAATGAATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
* * * *
258 AAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAACCATTCAAA-TCGAGTA
254 AAAAGT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAA-CATTTAAAGT-GAGTA
* * **
321 ATAAGGCTTTTAAAGGTATGATTGA
315 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
346 GTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTTTGAAT-GTAGACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CATGGTAGACATTCA
*
410 ATCCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAACT-AATTTTGAGATTATA
65 ATTCTAGTCT-TTTTAA-CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA-TAAATTTTGAGATTATA
* * *
474 AAAATATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTAC
127 AAAATATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTATTGC
* * * * * * * * * *
539 TAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTCGGGGTAGACGTTCGATTATAATATGTTTTAACTAGA
192 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* *
604 AGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGG
257 AGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGG
*
669 CTTTTGAAGCAATGGGTGA
321 CTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *
688 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
* * *
753 GTCTAGTCTATTTGAACTAAAAATGTACAAA-ACATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAA
66 TTCTAGTCT-TTTTAAC-AAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATAA
* * *
817 AACTATCTAAACTGAGTAATAAGGCTCTTC-AAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGC
128 AAATATTTAAACTGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTATTGC
** * * ** *
881 CAATGAATATTTTTTTCTTCATGGTTC-CGATGGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAACAAA
192 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AA
* * * * * *
945 AAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGTTTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATA
255 AAA-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATA
1010 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
318 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * *
1032 CTATAAATGGACTTCTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-GATAGACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCA
* * * * * * * * ** *
1096 ATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAATT-TAACTTAAATTCAATTACG-GCATTAC
65 ATTCTAGTCTTTTTAAC-AAAAATGT-ACAAAGAATTCAAATTTAAA-TAAATTTTGAG-ATTAT
* * * * * * * * *
1159 AAAACTATTTAAAAC-GACTAGTAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTT
126 AAAAATATTT-AAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTATT
1223 GCCAATGAATGCTTTTTTCTT
190 GCCAATGAATGCTTTTTTCTT
1244 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 113, Indels: 51
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.01
342 274 0.36
343 73 0.10
344 232 0.31
345 167 0.22
346 5 0.01
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAA
TTCTAGTCTTTTTAACAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATAAAAA
TATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTATTGCCAAT
GAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGA
Found at i:1128 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1--1244 Score: 1456
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 514
* * * * **
1 CTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGCTTTTTTCTCCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCA
* * * * * * *
65 ATTCTAG-CTTGCTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGATTATA
65 ATTATAGTC-TGCTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
129 AAAATATTTAAAGTG-TGTAATAAGGCGTTTGAAGGAATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTTTTT
128 AAACTATTTAAAGTGAT-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT
* * * * * * * *
193 GCCAATGAATGCCTTTTTTATTTATGTTTATCAAGGTACGCATTTAATTGTAGTCTGTTTTAACC
191 GCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTACGCATTCAAGTCTAGTCTATTTGAACC
* *
258 AAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAAT
255 AAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAAT
* * * *
323 AAGGCTTTTAAAGGTATGATTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCA
320 AAGGCTCTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCA
* **
388 TGTTTTTGAATGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATT
385 TGGTTCCGAATGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATT
* * *
453 TAAACTAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
450 TAAACTAATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
* * * * * *
518 CTATAAATGGACTTTTATTACTAATGAATG-CTCTCTTCTTTATGTTTCTCGGGGTAGACGTTCG
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCT-TTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * * *
582 ATTATAATATGTTTTAACTAGAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
65 ATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* *
646 ACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
130 ACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
711 ATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTA-GACATTCAAGTCTAGTCTATTTGAACTAAAA
195 ATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTACG-CATTCAAGTCTAGTCTATTTGAACCAAAA
* * * * *
775 ATGTACAAAACATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTA-TCTAAA-CTGAGTAAT
259 ATGTA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAACCATTC-AAATC-GAGTAAT
* * * * *
837 AAGGCTCTTCAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTTCTTC
320 AAGGCTCTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTC
901 ATGGTTCCG-ATGGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTACAAAGAATTCAA
384 ATGGTTCCGAAT-GTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAATC-AAAAATGTACAAAGAATTCAA
* *
964 ATTTAAA-TCAATTTTGAGTTTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
447 ATTTAAACT-AATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGG
1028 GTGA
511 GTGA
* * *
1032 CTATAAATGGACTTCTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * ** *
1097 TTATAGTCTG-TTTAACAAAAAATATAAAAAAAAATTTAACTTAAATTCAATTACG-GCATTACA
66 TTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATA
** * * * * *
1160 AAACTATTTAAAACGACTAGTAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGC
128 AAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
*
1225 CAATGAATGCTTTTTTCTTC
193 CAATGAATACTTTTTTCTTC
1245 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 95, Indels: 37
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 67 0.11
514 289 0.47
515 83 0.14
516 107 0.17
517 67 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
TTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
CTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATACTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTACGCATTCAAGTCTAGTCTATTTGAACCAAAAAT
GTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAATAAGGCT
CTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGGTTC
CGAATGTAGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAACT
AATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
Done.