Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398375.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1672.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2442
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.11, T:0.29
Warning! 577 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1211 Score: 1182
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
*
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAA-TCAA-TT
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT
* **********
64 GAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGG
* * * *
129 CTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTCCTACA
130 CTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * * *
171 CGTTTCTTGAGGTATACAATCAATTATACTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTTCGACTTA
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
236 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGC
* * * *
301 TATAAATGGACTTTTCATATCAGTGAATGCTTGTTTCTTCA
131 TATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * ** *
342 TGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAATTATACTCTGTTTGT-ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTT-TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
********** *
406 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGG
* * *
471 CTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAATACTTGTTTCTTCA
130 CTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * ** *
513 TGTTTCTTAAAATAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * *
578 AANNNNNNNNNNAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTTGAAGGAATGGGTGG
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTT-AAGGAATGGGTGG
* * * *
642 TTGTAAATGGA-TTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
130 CTATAAATGAACTTTTCTTT-TCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * * ** * ** *********
684 TGTTTCTTGGGGTAGTCGTTAAATTATGGTCTGTTTNNNNNNNNNNA--TAAAAAAATTCAACTT
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTT-TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * ** ** * * * * *
747 AAAATAAATTATGAGATTTTAAAAGAATTTAAAGTGAGTAATAAGACATTTGAAGGAATGGTTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGG
* * *
812 C-AGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCATCTTTCTTCA
130 CTA-TAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * **
854 CGTTTCTTGAAGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAA-TNN
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
******** * *
918 NNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGTTGAC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGC
* * * * *
983 TGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCATCTTCCTTCA
131 TATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * * *
1024 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTAAACTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTA
1 CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
1089 AAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTTGC
66 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGC
* *
1154 TACAAATG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
131 TATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
*
1194 CGTTTCTTAAGGTAGACA
1 CGTTTCTTGAGGTAGACA
1212 TTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 190, Indels: 28
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 370 0.44
171 463 0.55
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGC
TATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCA
Found at i:905 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 116--1201 Score: 1043
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 341
106 AAGTCTTTTT
* * *
116 AAGGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTCCTACACGTTTCTTGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * *
181 GGTATACAATCAATTATACTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTTCGACTTAAAATCAATTA
66 AGTAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
246 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGA
131 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGA
* * *
311 CTTTTCATATCAGTGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAATTATACTCTGT
196 CTTTTCATATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACGTTAAATTATACTCTGT
* **********
376 TTGTATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNN
261 TTGTATCAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
* * * *
441 NAGTAATAAGCCTTTTT
325 GAGTAATAAGACATTTG
* * * * * * * *
458 AAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAATACTTGTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTTGA
* ********
523 AATAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNN
66 AGTAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * ** * *
588 NNAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTTGAAGGAATGGGTGGTTGTAAATGG
131 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTT-AAGGAATGGGTGGCTATAAATGG
* ** ** * **
652 ATTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGGGGTAGTCGTTAAATTATGGTCTG
195 ACTTTTCATATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACGTTAAATTATACTCTG
********* * *
717 TTTNNNNNNNNNNA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTTTAAAAGAATTTAAAG
260 TTT-GTATCAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
781 TGAGTAATAAGACATTTG
324 TGAGTAATAAGACATTTG
* *
799 AAGGAATGGTTGAC-AGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTTG
1 AAGGAATGGGTGACTA-TAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTTG
* * **********
863 AAGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAA-TNNNNNNNNNNT
65 AAGTAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
927 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGTTGACTGTAAATGA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAATGG
* * * * * * * ** * * *
992 ACTTTTCTTGTCAATGAATGCATCTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTAAACTTTG
195 ACTTTTCATATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACGTTAAATTATACTCTG
* * * *
1057 TTT-TAATCAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAA
260 TTTGT-ATCAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
** * * *
1121 GCAAGTAATAAGTCTTTTT
323 GTGAGTAATAAGACATTTG
* * * *
1140 AAGGAATGGGTTG-CTACAAATG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTT
1 AAGGAATGGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTT
1202 AAGGTAGACA
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 134, Indels: 20
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 146 0.24
341 236 0.39
342 217 0.36
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTTCAATGAATGCATCTTTCTTCACGTTTCTTGA
AGTAAACAATCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGA
CTTTTCATATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACGTTAAATTATACTCTGT
TTGTATCAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTG
AGTAATAAGACATTTG
Done.