Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398378.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1675.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8241
ACGTcount: A:0.19, C:0.08, G:0.07, T:0.21
Warning! 3723 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5550 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5184--6816 Score: 1594
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
5174 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
5184 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTGCTAAAGCAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * *** * * * *
5249 TTGAATATTTACCTTGGGAGACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTAAGAAGAAAAGCCCATTGATA
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-C-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
5314 GCCACCTATTCTTTTAAAAGCCTT-TGTACTCGGTTTAAATGG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATAG
* * *
5356 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
5421 TTGAATGTCCACCTTAAGAAACGTGCAAAAAAAGCCAGTCATTGAGGAA-AAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-CATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATA
*
5485 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCTGCTTTAAATAG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAG
* *
5527 TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGACCATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
5591 ATTGAAAG-CTTGCCTCACGAAATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGCAAAA-TCCATTTT
65 ATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTA
* * * * *
5654 TTGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTCCTCGGTTTAAAT-G
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
** * * *
5697 ATTTTATAGGCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTCAAACAGACAAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
5761 AATTAAATTTTTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCA-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * **
5826 AGTCACCCATTCCCTCAAAAAG-TTTATTACTCACTTTAAACGG
128 AGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * ** * * * *
5869 TTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTCAAAATATTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * * *
5934 GTG-AT-TCTATGCCT-AATGAAATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
66 TTGAATGTCTA--CCTCAA-GAAACGTGTAGAAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
5996 CAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATAG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* ** * * *
6040 TTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTGTTATAACGGACTTTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * ** * * * * * * * *
6104 TCGATTGTCTACCTTGAGAAACTTGCAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATTCTTTTTTAG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
6169 TCACCCATTCTTTCGAAAGTGTTATTACTCGGTTTAAAT-G
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*** *
6209 ATTTTATTGGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGACAAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
6273 AATTGAATGTTTATCTCGAGCAACATGTAGAAAAAGCATTTGATCGAGAAGAAAAGTTCATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCA-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
6338 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
6381 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * * * *
6446 TTGAATGTTTGCCTCTAGAAATGTGAAGAAACAAGAATTCTTTGACAAGAAAAGTCTATTTACAG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
** **
6511 TCACCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTAAACGG
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
6552 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
6616 TTGAATGTCTAACTCAAGAAATGTGCAGAAAAAGTCATTGATTGAGAAGAAAAAGTTCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTATA
* * *
6681 GACACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
6723 TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATTG-ATTTTCTTACA--TTTTGATTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATA
* *
6785 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAA
6817 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1196, Mismatches: 230, Indels: 72
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 10 0.01
170 250 0.21
171 816 0.68
172 116 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
Found at i:6307 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 5193--6816 Score: 1794
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 509
5183 NTTTTATAAT
* ** * * * * *
5193 CTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTGCTAAAGCAAACTATAATTGAATATT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCT-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTT
*** * * * * * * * * * *
5258 TACCTTGGGAGACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTAAGAAGAAAAGCCCATTGATAGCCACCTAT
65 TACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCAT-TTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * * ** *
5323 TCTTTTAAAAGCCTTT-GTACTCGGTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
129 TCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
5387 AATTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCCA--CCTTAA-GAAACGTGCAA
193 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG-AT-TCTATGCC-TAATGAAATGTG-AA
* * * *
5449 -AAA-AAGCCAGTCATTGAGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
254 GAAACAAG-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
5511 TA-TCTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
317 TACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-
* * * * * * *
5575 TTTAAAACAGACCATAATTGAAAG-CTTGCCTCACGAAA-TGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAG
380 TTTAAAACAGACAATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAATTGCA-A-AAAAAGTCATTCATTGAG
* * * * *
5638 AAGCAAAATCCATTTTTT-GTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTCCTCGGTTTAAATGATTTT
442 AAGAAAAATTC-TTTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAG-GTTATTACTCGGTTTAAATGATTTT
*
5702 ATAGG
505 ATTGG
* * * *
5707 CTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTCAAACAGACAATAATTAAATTTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTT
*
5772 TATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
65 TACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
* * * * **
5837 CCCTCAAAAAG-TTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTCAAA
130 CCTTC-AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
5901 ATATTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAAGTGATTCTATGCCTAATGAAATGTGAAGAAAC
194 ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTCTATGCCTAATGAAATGTGAAGAAAC
* * *
5966 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGT
259 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
* ** *
6031 TTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTGTTATAAC
324 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAAC
* ** * * * *
6095 GGACTTTAATCGATTGTCTACCTTGAGAAACTTGCAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATT
388 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-TTGCAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAATT
*
6160 CTTTTTTAGTCACCCATTCTTTCGAAAGTGTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATTGG
452 CTTTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAG-GTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATTGG
6219 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTT
* * * *
6284 TATCTCGAGCAACATGTAGAAAAAGCATTTGATCGAGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCAT
65 TACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAT
*
6348 TCCTTCAAAAGAC-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
129 TCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
6412 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCT-CTAGAAATGTGAAGAA
193 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTCTATGCCTAAT-GAAATGTGAAGAA
* * * ** *
6476 ACAAGAATTCTTTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTC
257 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
** *
6541 GCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAA
322 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAA
* * * *
6606 CAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAATGTGCAGAAAAAGTCATTGATTGAGAAGAAAAAG
387 CAGACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAT-TGCAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAA-
* * * * * *
6671 TTCATTTATAGACACCCATTCCTTT-AAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT--
450 TTCTTTTTTAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGG-TTATTACTCGGTTTAAAT-GATTT-TATTGG
* * * ** * *
6732 CTCATAATTAATTTTAAATTG-ATTTTCTTACATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTT
*
6796 ACCTCAAGAAACATGAAGAAA
66 ACCTCAAGAAACATGTAGAAA
6817 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 144, Indels: 55
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 63 0.07
512 504 0.54
513 276 0.29
514 88 0.09
515 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTT
ACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTCTATGCCTAATGAAATGTGAAGAAACAA
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGA
CAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATTGCAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAATTCTTT
TTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATTGG
Done.