Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397366.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_641.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.11, T:0.27
Warning! 8854 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:16754 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15955--16767 Score: 731
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
15945 NNNNNNNNNN
* * * *
15955 AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAATCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
16020 GGCTTTTAAAGGCATGGGTAACAATAAAT-GAGCTTTTCTAG-TCAATGCAA-GGCTTTTTTTTT
66 AGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGCT-AATG-AATGGCTTTTTTTTC
* * * *
16082 ACGTTTCTCAAGGCAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAA
127 ACGTTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * *
16126 AAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * ** * *
16191 CG-TTTTGGAAGGAATGAGTGACTACAAATGGAGTTTTCTCA-CCAACAAATGCCTTTTTCTTCA
66 AGCTTTT-GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-AGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCA
* * * * * * *
16254 CATTT-T-TAGAGACTGATATTCTATTATAGTCTATTTTAACTAA
128 CGTTTCTCAAGGGA--GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * *
16297 AAATATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA-GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-A
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
16360 AGACTTTTAAAAGAATGAGTCG-CTATAAATGGATTTTTCTTTA-CCAATGAATGGCTTTTAATT
66 AG-CTTTTGAAGGAATG-GT-GACTATAAATGGACTTTTC--TAGCTAATGAATGGCTTTT-TTT
* * * * *
16423 T-ATGTTTTTCAAGGTAGAAATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAACTAA
125 TCACGTTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAA
* * * *
16468 AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
16533 AGCTATTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTAG-TCAATGAATGACTTTTTTTTCAT
66 AGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCT-AATGAATGGCTTTTTTTTCAC
16597 GTTTCTC-AGGGAGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC-AA
129 GTTTCTCAAGGGAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAA
* * *
16639 AAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
16704 AGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAGATCGACTTTTCTTGCTTATGAATGGCATTTTCTTCAC
66 AGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCAC
16768 ATTTTTTGAT
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 95, Indels: 56
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 73 0.14
171 370 0.71
172 64 0.12
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
AGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCACGT
TTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
Found at i:16754 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 15955--16761 Score: 851
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
15945 NNNNNNNNNN
* *
15955 AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAATCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * **
16020 GGCTTTTAAAGGCATGGGTAACAATAAATGAGCTTTTCTAG-TCAATGCAA-GGCTTTTTTTTTA
66 AGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-CTTTTCTTGCT-AATG-AATGGCTTTTAATTTA
* * *
16083 CGTTTCTCAAGGCAGACATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTA
127 CGTTTCTCAAGGCAGAAATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTA
* * * * *
16148 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTGGAAGGAATGAGTGAC
192 AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGTATTGGAAGGAATGAGTGAC
* * * * * *
16213 TACAAATGGAGTTTTCTCACCAACAAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTAGAGACTGATATTCTAT
257 TACAAATAGACTTTTCTCACCAACAAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGAC-GACATTCAAT
*
16278 TATAGTCTATTTTAACTAA
321 TATAATCTATTTTAACTAA
* * * *
16297 AAATATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA-GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-A
1 AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
16360 AGACTTTTAAAAGAATGAGTCG-CTATAAATGGATTTTTCTTTACCAATGAATGGCTTTTAATTT
66 AG-CTTTTAAAGGAATG-GT-GACTATAAAT-GACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTAATTT
* * * * * *
16424 ATGTTTTTCAAGGTAGAAATTCAATTATAGCT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAACT
126 ACGTTTCTCAAGGCAGAAATCCAATTATA-ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACT
* * *
16488 TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTATT-GAAGGTATGGGT
190 TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG-TATTGGAAGGAATGAGT
* * * ** * ** *
16552 GGCTATAAATAGACTTTTCT-AGTCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCTCAGGGA-GAACAT
254 GACTACAAATAGACTTTTCTCA-CCAACAAATGACTTTTTCTTCACATTT-TCAGAGACG-ACAT
*
16615 TCAATTATAATCTGTTTTAAGC-AA
316 TCAATTATAATCTATTTTAA-CTAA
* * * *
16639 AAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
16704 AGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAGATCGACTTTTCTTGCTTATGAATGGCATTTT
66 AGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTT
16762 CTTCACATTT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 66, Indels: 35
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 56 0.15
342 250 0.66
343 68 0.18
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
AGCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTAATTTACGTT
TCTCAAGGCAGAAATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
CAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGTATTGGAAGGAATGAGTGACTACA
AATAGACTTTTCTCACCAACAAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGACGACATTCAATTATAA
TCTATTTTAACTAA
Found at i:17186 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 16806--17206 Score: 432
Period size: 162 Copynumber: 2.4 Consensus size: 162
16796 CTACTTTTAG
* * * ** * * **
16806 CCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
16871 TAAATGGCTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTGACAAAAAATG
66 TGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGCAGACATTCAATTATAATTTAGTTTAACAAAAAATG
*
16936 TGAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATAAAA
131 TAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATAAAA
** * * * *
16968 TTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
17033 TGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCATG-AGGTAGACTTTCAATTATAATTT-GTTTAACTAAAAA
66 TGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTC-TGAAGGCAGACATTCAATTATAATTTAGTTTAACAAAAAA
*
17096 TGTAAAA-ACATTGAA-CTTAAAATCAATTATACGACTATAAAA
129 TGTAAAACA-ATTCAATC-TAAAATC-A--AT-----TATAAAA
* *
17138 CCATTTAAAATGAGTAATAGGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
17203 TGAA
66 TGAA
17207 AATTTTTTTC
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 32, Indels: 16
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
162 84 0.43
163 37 0.19
164 2 0.01
165 2 0.01
170 68 0.35
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (162 bp):
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGCAGACATTCAATTATAATTTAGTTTAACAAAAAATG
TAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATAAAA
Found at i:18027 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17719--19717 Score: 1213
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
17709 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
17719 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGGTTACCAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * * * *
17784 CAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCGAAA-GCATGGTTGGCTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAA
66 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGC-TTTCTAGCCAA
*
17848 TGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
129 TGAATGGCTTTTTCTTTACA-TTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
********** *
17890 TATAATNNNNNNNNNNTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAAATTATAAAAT
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAT
* *
17955 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTACAAATGAAGCTTTCTCGCCAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATG-AGCTTTCTAGCCAAT
* * * * ** *
18020 AAATGGCTTTTTCTTTACA-TGTCCAGAGACTGACATTCTAT
130 GAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTA-AGGCAAACATTCAAT
* * *
18061 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAA-CTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATGAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
18125 TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAAT-AGTTTTTTTGCCAA
65 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTCTAGCCAA
* * * * *
18188 TGAATGCCTTTTTATTTACATTTTTTAAGGTAAATATTCAAT
129 TGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
18230 TATAA-CTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA
1 TATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
18294 GT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-TAGGTATTGGTGACTATAAGTG-GACTTTTCTTGC
65 -TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-C-TTTCTAGC
* * * * * *
18356 CTATGAATGACTTTTTGTTCACGTTTT-TCAAGGTAAACATTCAAT
126 CAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * * * * * *
18401 TAT-AGCTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAGTACAAAA
1 TATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * *
18465 CCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAATTG-TTATAAAT-AGACTTTTTTTA-
65 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATG-GGTGACTATAAATGAG-C--TTTCTAG
* * * * * * *
18526 TCAATGAACGG-TATTTT-TTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATCAAT
125 CCAATGAATGGCT-TTTTCTTTACAT-TTTCT-AAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * * * ** * *
18573 TCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTACAAGATAATAAAAC
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAT
* ** * * *
18638 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGCGTAGGTGACTATAAAT-AGACATTTCTTGCCGA
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-C-TTTCTAGCCAA
* ** * *
18701 TGAAT-GCTTTTT-TCTT-CATGTTTTTCAAGATAGACAATCAAT
129 TGAATGGCTTTTTCT-TTACAT-TTTCT-AAGGCAAACATTCAAT
* * * * *
18743 TAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAA-TCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
* * * ** *
18806 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-TACAAAGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTAGTC
65 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGAG-C-TTTCTAGCC
* * * * *
18869 AATGAATAGTTTTTTCTTCA-AGTTTCTAGAGGTAAACATTCAAT
127 AATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTA-AGGCAAACATTCAAT
* * * * * * *
18913 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTTAGCCTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTAT-GAGATTATAAAA
** * * * * * *
18977 TCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGGCATTGGTAACTATAAATG-GACTTTTTAGTCA
65 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTCTAGCCA
* * * * * * * *
19040 ATAAATGACTTTTTCTTGAC-GTTTCCAGAGGTAGATATTCAAT
128 ATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTA-AGGCAAACATTCAAT
* * * ** * *
19083 TATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAA
1 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
* ** *
19147 CCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTCTG-AAGGAATTTGT-AGCTATAAATG-GACTTTCCTTG
65 TCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT-TGAAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGAG-CTTT-CTAG
** * * *
19208 CCAATGAATCACTTTTTCTTTACGTTTT-TAGAGACAAGCATTCAAT
125 CCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTA-AGGCAAACATTCAAT
* ** * *
19254 TAT-AGCATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
1 TATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAA
* ** ** * * *
19317 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTG-AAGCCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGT
63 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGC-TTTCTAGC
* ** * ** * *
19381 CAATAAATGG-TTTTTCTTTATGTTTCCCGAGACAAACATCCAAT
126 CAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
* * * *
19425 TATAACCTATTTTAA-TCGAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATGAATTATTAGATTATAAA
1 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATGAATTATGAGATTATAAA
* * * *
19488 ACCATTTAAAGCGTA-TAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAATCGA-CTTTTTTTG
64 ATCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAGC-TTTCTAG
* * * *
19550 CCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTT-TCAAGGTAAACATTCAAT
125 CCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAAT
** * * * * *
19596 TATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-
1 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAT
*
19660 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-AAAGGAATTGGT-AGCTATAAATG-GACTTTCT
66 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGAG-CTTTCT
19718 GTTAGCTCCA
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 293, Indels: 159
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 216 0.15
170 362 0.25
171 663 0.46
172 192 0.13
173 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAT
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTCTAGCCAATG
AATGGCTTTTTCTTTACATTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
Found at i:18804 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 17726--19717 Score: 1716
Period size: 512 Copynumber: 3.9 Consensus size: 503
17716 NNNTATAATC
* * * * * **
17726 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGGTTACCAAACCAATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTA
* * * *
17791 AAGAGAGTAATAAGGC-TTCGAA-AGCATGGTTGGCTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATG
64 AAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGA-CATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATG
* * * **********
17854 GCTTTTTCTTCAAGTTT-TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATNNNNNNNNNNTAAAAATGTAAA
127 ACTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
17918 AAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAA-ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTG
190 AAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * *** * * * *
17981 AAAGGAATGGGTGACTACAAAT-GAAGC-TTTCTCGCCAAT-AAATGGCTTTTTCTTTACATGTC
254 -AAGGAATGATTG-CTATAAATAG-A-CTTTTTTTATCAATGAAA-GGATTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * *
18043 -CAGAGACT-GACATTCTATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTCAAAAT
314 TC-GAG-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
18106 GAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGTGACTATA
376 AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATG-GTGACTATA
* * * *
18171 AATAG-TTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTAT-TTACAT-TTTTTAAGGTAAATATTCAATTAT
439 AATAGACTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTT-TCTT-CATGTTTTTAAGAT-AACATTCAATTAT
*
18233 AACT
500 AACA
* * * **
18237 TGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAGTATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
18302 AGCGAGTAATAAGACTTTCGTAGGTATTGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCTATGAATGAC
65 AGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGAC
* * * * * *
18367 TTTTTGTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAATA
129 TTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
18432 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAGTACAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
193 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
18497 AATGAATTGTTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAACGGTATTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGT
258 AATG-ATTGCTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAAGG-ATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
* * * * **
18562 AGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTACAA
321 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGA
* * **
18627 GATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATAGACATT
385 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGAC-TT
* * *
18692 TCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAGACAATCAATTATATC-
448 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTT-AAGATA-ACATTCAATTATAACA
*
18749 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
18814 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATACAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT-AG
65 AGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGAC-ATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGA-
* * * *
18878 TTTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAA
128 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATACT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * ** *
18942 CAATTTAGCCTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGA
191 AAATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * * *
19006 AGGCATTGGTAACTATAAATGGAC--TTTTTAGTCAAT-AAATGACTTTTTCTTGACGTTTC-CA
255 AGG-AATGATTGCTATAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAAAGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTC-
* * * *
19067 GAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAAT
316 GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATAAAT
* *
19132 TATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTCTGAAGGAAT-TTGTAGCTATAAA
380 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT-TGAAGGAATGGTG-A-CTATAAA
* * * * * *
19195 TGGACTTTCCTTGCCAATGAAT-CACTTTTTCTTTACGTTTTTAGAGACAAGCATTCAATTATAG
441 TAGACTTT-CTTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCATGTTTTTA-AGATAA-CATTCAATTATAA
19259 CA
502 CA
* * * *
19261 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAAT-T-TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
19326 AAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGCCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATAAATG-
64 AAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGA
* * * * * ** * * * * *
19390 GTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGACAAACATCCAATTATAACCTATTTTAATCGAAAATGTAAAAA
128 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT-ACTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
19455 AATTCAACTAAAAATGAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTA-TAATAAGGCTTTTGAA
192 AATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * * * *
19519 GGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTTTTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGG
256 GGAATGATTG-CTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAAGGATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
* *** * *
19584 TAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATG
320 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATAAATTATG
* * *
19649 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATTGGT-AGCTATAAATGGAC
384 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAGGAA-TGGTGA-CTATAAATAGAC
19713 TTTCT
446 TTTCT
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Statistics
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TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTT
TTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATACTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
GATTGCTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAAAGGATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACA
TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAAGATAACATTCAATTATAACA
Found at i:18854 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 17723--19715 Score: 1523
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17713 NNNNNNTATA
* * * * **
17723 ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGGTTACCAAACCAAT
1 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-AT
* * * * * * * * * *
17788 TTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTCGAAAGCATGGTTGGCTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAA
64 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAAGG-TGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAA
* * * * ***********
17852 TGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATNNNNNNNNNNTAAAAATGTA
128 TGGTTTTTTTTTCACG-TTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-
* * * * * *
17916 AAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
191 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
* * * * * * * * *
17981 AAAGGAATGGGTGACTACAAATGAAGC-TTTCTCGCCAATAAATGGCTTTTTCTTTAC-ATGTCC
256 -AAGGCATTGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCC
* * *
18044 AGAGACT-GACATTCTATTAT
319 A-AGA-TAAACAATCAATTAT
* * * * * *
18064 AGTCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCAT
1 A-TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
18129 TTAAAGCAAGTAATAAGGCATTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATAG--TTTTTTTGCCAATGA
64 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAAGAAAG-GTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGA
* * * * * *
18191 ATGCCTTTTTATTT-ACATTTTTTA-AGGTAAATATTCAATTATAACT-TGTTTCAACCAAAAAT
127 ATG-GTTTTTTTTTCAC-GTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAAT
** *
18253 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
189 GT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
18318 TTCGTAGGTATTGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCTATGAATGACTTTTTGTTCACGTTTT
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* * *
18383 TCAAGGTAAACATTCAATTAT
317 CCAAGATAAACAATCAATTAT
* * * * * * *
18404 AGCTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAGTACAAAACCGT
1 ATC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** ** * **
18469 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAATTG-TTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGA
64 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAA--AGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGA
* * * * * * *
18533 ACGGTATTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATAT
127 ATGGT-TTTTTTTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
18598 AAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTACAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
191 AAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
18663 GAAGGCGTAGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCGATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTTTC
255 GAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGAC-TTTTTCTTCACGTTTTCC
*
18727 AAGATAGACAATCAATTAT
319 AAGATAAACAATCAATTAT
* *
18746 ATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
18811 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATACAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-AGAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* * * * *
18876 AGTTTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAA
129 GGTTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * * * * ** *
18941 ACAATTTAGCCTAAAATCAATTTCAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGA
193 AAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGA
* * * *
19006 AGGCATTGGTAACTATAAATGGACTTTT-TAGTCAATAAATGACTTTTTCTTGACG-TTTCCAGA
257 AGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCA-A
* * * *
19069 GGTAGATATTCAATTAT
321 GATAAACAATCAATTAT
* * * * * *
19086 AATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCAT
1 -ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * ** * **
19151 TTAAAGC-ATGTAATAAGGC-TTCTGAAGGAATTTGTAGCTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATG
64 TTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAAGAAAGGTG-A-CTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATG
** * * ** * ** *
19214 AATCACTTTTTCTTT-ACGTTTTTAGAGACAAGCATTCAATTATAGCATGTTTTAACTAAAAATG
126 AAT-GGTTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * * **
19278 TAAAAAAAAATTAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACT
190 T--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
* * * * * * *
19343 TTTGAAGCCA-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATAAATG-GTTTTTCTTTATGTTT
252 TTTGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTT
* * *
19406 CCCGAGACAAAC-ATCCAATTAT
316 TCCAAGATAAACAAT-CAATTAT
* * * * * * * *
19428 AACCTATTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATGAATTATTAGATTATAAAACCAT
1 -ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
19493 TTAAAGCGTA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTTTTTGCCTATGA
64 TTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAAG-GTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGA
* * * *** *
19557 ATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGT
127 ATGGTTTTTTTTTCACGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
19621 AAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
191 AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-
* *
19686 TAAAGGAATTGGT-AGCTATAAATGGACTTT
254 TGAAGGCATTGGTGA-CTATAAATGGACTTT
19716 CTGTTAGCTC
Statistics
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ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGG
TTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
ATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGC
ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGATAA
ACAATCAATTAT
Found at i:20128 original size:32 final size:32
Alignment explanation
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Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
20071 TAGTCGACTA
* *
20081 AGAGGCTACTACCAAAAACTAGG-TTCAGAGAT
1 AGAGCCTACTACCAAAAACT-GGATTCAGAGAC
*
20113 AGAGCCTACTGCCAAAAACTGGATTCAGAGAC
1 AGAGCCTACTACCAAAAACTGGATTCAGAGAC
20145 AGAG
1 AGAG
20149 ACGACTTAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AGAGCCTACTACCAAAAACTGGATTCAGAGAC
Found at i:27764 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 22.5 Consensus size: 171
27442 TGTTACTTGG
* * ** * *
27452 TTTAAATGG-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGCTTTATATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
** * * *
27516 AGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAGTAAAA-GTACAA-AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAATG-AGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * **
27579 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCTTTACTACTCAT
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
27622 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTT-AGACTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* **
27686 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAG-AAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** *
27750 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCGACAGCCTTATTACTCGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
27792 TCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
27857 A-AATATAATTGATTGTCTATCTTGAAAAA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
27920 TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCG-
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
27961 TTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGATTAAAA
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
28026 CATATTAGAATTGATTGTCTGCCTGGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAA-AAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** ** *
28090 CTATTTATA-AAACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * **
28131 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
28196 A-AGCTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAACAT-A-AAGAAAAAGTTATTCATAGATAAAAAAA
66 AGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAA-ATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGA-CAAGAAA
* *
28258 AGTCCATTTATAGGCACACATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
28303 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTAC-GTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** * * *
28367 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTTTTAATTGA-ATAAAAAAGC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACA-AGAAAAGT
* * ** * **
28431 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTATC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * **********
28473 TTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* ** ** * * *
28538 AGA-TATAATTGAATGTATGTCTCCAAAAA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
***********************
28601 CCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * **
28643 TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * ** * * * * * *
28708 ATATTAGAATTGATTTTCTCCACAGGAAACAT--GAAGAACAAGCCGTTTATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * *
28771 CTATTTATTGCCACCCATT-CTTTCAGAAGCTTTATTACTCGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * **
28813 TTTGAATAGTTTTGTAACCTTATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTTACATTGTTGCCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
28877 CA-AGCTAGACTTCAATGTCTACTTTGAAAAA-CATGAAGAAAAAG-CAATTCATAGGCAAGAAA
65 CAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGA-GAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAA
* * *
28939 AGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
28984 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *
29049 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTA-AAGAAAAAGTCATTCATTGACCAA-AAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATG-AGAAGAAAAAGTCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* * *
29112 TCCGTTTATAGTCACTCATAT--TTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
129 TCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
29155 TTTAAATAGTCTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
29220 A-AGCTATAATTGACTTTTTTCCTTG---AA--A-AA-AAAAAGTCAATCATTGACAAAAAAAGT
66 AGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
29277 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGTCTTATAACTTGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
29319 TTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * ** * * *
29383 AGACTATAATAGAATGTCAATCTCTG-AAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTGTCGAGAAAACT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
29447 CCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCTAAAGCATTATTACTTGC
130 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
** * * * * *
29489 TTTAAATAATTTTATAATCTCATGATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * ** * * * *
29554 AGATTATAATTGGATGTTTGCATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
29619 CATATATAGTCACCCATGT-CTTTGAAAGCCTTATTACTTGC
131 CATTTATAGTCACCCAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
29660 TTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** * * * * *
29725 A-AGCTATAATTGAATTTTTGTCATGAAAAACAT-A-AAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAAAAAA
66 AGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAA-ATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAA
* * *
29787 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTTGC
128 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
29831 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTCATTTTGAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* ** * * * * * *
29896 ATACGATAATAGAATGT-TAGACTCTGAAAAAATGA-AGAGAAACA--CATTTATTGACGAGACA
66 AGATTATAATTGAATGTCTA-CCT-TG-AAAAATGAGA-AGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * ** *
29957 ACTCCATTTGTAGTCACCCATTCTTTTTAAAA-CCTTACAACTTGC
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * ***
30002 TTTAAATGGTTTTA-CATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTTTTTACTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
30066 CAAATTATAATTGATTGTTTGCCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTTG-CAAGAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAATGAGAAGAAAAAGTC-ATTCA-TTGACAAGAAA
* * * *
30128 AGTCTACTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACCCTTATTACTCGT
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
30173 TTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGCTGAA-TTTTTTACA-TTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * ** * *
30236 ATATTTTAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAA-AAACTG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA-AG
* * * *
30299 TCCATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCAAAAGTCTTATTATTCAC
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
30342 TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTAATTCTTTTACATTTTTAGTTTAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
30407 AAATTATAATTGAATATTTACCATAGGAAACATGA-AA-AAAAAG-CTATTCATTCACTAA-AAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTACC-T-TGAAAAATGAGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGAC-AAGAAA
** * * * **
30468 ACCCCATTTATAGTCATCCA-TACTTTCGAAAGCCTTATTACTCAT
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
30513 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** * * *
30578 CAGATTATAATTGAATG--TATGTGTCAAGAAA-CATGAAGAAAAA-TCATTCATTGACTAGAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAA-AAATGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
30639 AGTCTATTTATAGTCACTCATT-CTTTCGAAAGCCTTACTACCCGC
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
** ** * * ** * *
30684 TTTAAACAGTTTTATAATCTCGCAATTGATTTTAGGCTGAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * ** *
30749 AGATTATAATTAAATTTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
* *** ** *
30813 CCATTTAAATGTCTTTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTGCTCGC
130 CCATTTATA-GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
30856 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGGTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * **
30920 AGATTATAATTGAATGTCTATATCTCGAAACAT--GAAG-AAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTC--TACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
30982 TCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
31025 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTGTTGG-T-CAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *
31088 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTATGAAACAT-A-AAGAAAAAG-CAATTCATTGACTAGAAAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTACC-T-TGAAAAATGAGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
31150 GTCTATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
128 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
31194 TTTAAATGGTTTTACAATCGCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTGAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *
31259 AAATTATAATTGATTGTTTACCTTGA
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
31285 GAAACGTGAA
Statistics
Matches: 2923, Mismatches: 622, Indels: 237
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 56 0.02
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165 6 0.00
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167 1 0.00
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
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TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:28270 original size:22 final size:22
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Indices: 28227--28270 Score: 54
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28217 CTTGAAAAAC
*
28227 ATAAAGAAAAAGTTATTCATAG
1 ATAAAGAAAAAGTCATTCATAG
*
28249 ATAAA-AAAAAGTCCATTTATAG
1 ATAAAGAAAAAGT-CATTCATAG
28271 GCACACATTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
21 7 0.37
22 12 0.63
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ATAAAGAAAAAGTCATTCATAG
Found at i:28311 original size:511 final size:510
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Indices: 27451--31330 Score: 3110
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27441 TTGTTACTTG
* * * *
27451 GTTTAAATGG-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGCTTTATATTTTTTG-TTAAA
1 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTTATATTTTGATTAAA
* * * * *
27514 ACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAGTAAAAGT-ACAAAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTGAG-AAACGTGA-AGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAA
* * * * **
27578 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCTTTACTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
27643 GTAATTGATTTT-AGACTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCT
192 ATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCT
* *** *
27706 ACCTTG-AAAA-ATGAGAAG-AAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
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* * * * * * *
27768 ACCTTCGACAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
318 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA
* *
27833 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGATTGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAA
383 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAA
* * * *
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27960 GTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGATTAAA
1 GTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAA
* * * *
28025 ACATATTAGAATTGATTGTCTGCCTGGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGAC-AAAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAG
* ** ** * *
28089 TCTATTTATA-AAACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
28153 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTTCC
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTTCC
** * ** * *
28218 TTGAAAAACATAAAGAAAAAGTTATTCATAGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGGCACACATTCTT
258 TTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
* *
28283 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTT
322 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * **
28348 TTTAC-GTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTT
387 TTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * * * * * *
28412 TTTAATT-GAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTATC
452 ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC--TC
* * ********** * *
28473 -TTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAA
* * * * * * *
28537 CAGA-TATAATTGAATGTATGTCTCCAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAA-AAAAG
*********************** * *
28600 TCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCG
128 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
28665 TAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATA-TTAGAATTGATTTTC-TC
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTTC
** * * * * * * * * *
28728 C-ACAGGAAACATGAAGAACAAGCCGTTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGCCACCCATTCT
257 CTTGA-AAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* * * * * * * * *
28792 TTCAGAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTGTAACCTTATAATTGATTTT-AGCTTAAATT
321 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TTGAATT
* ** * * *
28856 TTTTTACATTGTTGCCTAAAACA-AGCTAGACTTCAATGTCTA-CTTTGAAAAACATGAAGAAAA
385 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTATC-TTGAAAAACATGAAGAAAA
* *
28919 A-GCAATTCATAGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
448 AGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
28982 GTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 G-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGA-TTAAA
* * * *
29047 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACCAAAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TGAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAA
* * * * * * * *
29111 GTCCGTTTATAGTCACTCATAT-TTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTCTTATAATGT
127 GTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
29175 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAAGCTATAATTGACTTTTT
191 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCT
* * * *
29239 TCCTTG----A-A-AAA-AAAAAGTCAATCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
255 TCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-
* * *
29297 CTTT-AAAAGTCTTATAACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAAT
319 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT
* * * * * **
29360 TTTTTTATATTTTT-AGCTAAAATAGACTATAATAGAATGTCAATCTCTG-AAAATGTGAAGAAA
384 TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCT-TGAAAAACATGAAGAAA
** * * * * * * *
29423 AAGGCATTTGTTGTCGAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCTAAAGCATTATTACTT
447 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * *
29487 GCTTTAAATAATTTTATAATCTCATGATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 G-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGA-TTAAA
* * * * * *
29552 ATAGATTATAATTGGATGTTTGCATCGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAG
* * * * * *
29617 CCCATATATAGTCACCCATGT-CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTA
128 TCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
29681 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAAT-TTTT
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTT
* * *
29744 GTCATGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
256 -CCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
** * * * * *
29809 CGTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTCATTTTGAGTTAAATT
320 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
29874 CTTTTATATTTTTGGTTAAAATATACGATAATAGAATGT-TAGACTCTGAAAAA-ATGAAGAGAA
385 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-TCT-TGAAAAACATGAAGAAAA
** * * * * * * * * ** *
29937 ACACATTTATTGACGAGACAACTCCATTTGTAGTCACCCATTCTTTTTAAAA-CCTTACAACTT
448 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
30000 GCTTTAAATGGTTTTA-CATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTTTTTACTAA
1 G-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTGATTAA
* * * * *
30064 AACAAATTATAATTGATTGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTTG-C-AAGA
63 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCA-TTGACTAA-A
* * * * * * * *
30126 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTGTAAT
124 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
30191 CTCATAATTGAATTTAAGCTGAA-TTTTTTACA-TTTTGATTAAAACATA-TTTTAATTGAATGT
189 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-AGTTATAATTGAATGT
* * ** **
30253 -TTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAAAACTGTCCATTTATAGTCACCC
253 CTT-CCTTGAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
30316 ATGCTTTCAAAAGTCTTATTATTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTT
316 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
30381 AATTCTTTTACATTTTT-AGTTTAAACAAATTATAATTGAATATTTACCAT-AGGAAACATGAA-
381 AATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGA-AAAACATGAAG
* ** ** * * * *
30443 AAAAAAGCTATTCATTCACTAA-AAAACCCCATTTATAGTCATCCATACTTTCGAAAGCCTTATT
444 AAAAAGGC-ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
30507 ACTC
507 ACTC
* * * *
30511 ATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTAA
1 -GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTGA-TTAA
* ** * * *
30576 AACAGATTATAATTGAATGTATGTGTCAAGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTGACTAGAAAA
63 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAA
* * * * * **
30640 GTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTACTACCCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * ** * * *
30705 GCAATTGATTTTAGGCTGAATTGCTTTATATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTAAATTTCT
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * ***
30768 ACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTAAATGTCTTTCAT
255 TCCT-TGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCAT
* * * * * **
30832 TCCTCCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGGT
318 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA
* *
30896 TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCTCG--AAACATGAAG-
383 TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC--TATCTTGAAAAACATGAAGA
* * * *
30957 AAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACT
445 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
31022 C
510 C
* * * * * * *
31023 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTGTTG-GT-CA
1 -GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGATTAAA
* * * *
31086 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTATGAAACATAAAGAAAAAG-CAATTCATTGACTAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACTAAAAAA
* * * * * * *
31150 GTCTATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
31215 GTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTGATTGT-TTA
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTT-
* * * * ** * * *
31279 CCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAACTGTTCATTGACGAAAAAAGTCTATTTA
256 CCTTGAAAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTA
31331 GAGCCACGTA
Statistics
Matches: 2680, Mismatches: 581, Indels: 218
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
503 5 0.00
504 5 0.00
505 322 0.12
506 73 0.03
507 6 0.00
508 2 0.00
509 155 0.06
510 343 0.13
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512 496 0.19
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514 78 0.03
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTGCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTTCCTTG
AAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:31816 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31511--32719 Score: 1088
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
31501 ATTTTAAGTT
* * * * * * *
31511 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTTGGAAACGTGAAGGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAT-GAAACATGAAGAAAA
* ** * * * *
31576 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
65 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
31641 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
130 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
31682 TTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTACCTCATGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-ATGAAACATGAAGAAAA
* * * ** * **
31747 AGCCATTCGTTGATTAGAAAAGTTCATATATAGTCAGTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CTA
65 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-A
* * **
31811 CTTTAAAT-AGTTTTACAATTTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
31853 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATCATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-ATGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * **
31918 TGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACGACTCAC
65 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
31983 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGGTTGAA
130 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAA
* * * * * * *
32024 TTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTGAATATCTACTTTGTGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTATGAAACATGAAGAAAA
* **
32089 AGCCATTCATTGACT-AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTTATTACTC
65 AGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* **
32152 ACTTTAAAT-AGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA
128 ACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
32195 TTGTTTTACATTTTTAGTTGAAAA-AAATTATAATTGATTCTTTGCCT-TGAAAAACGTAAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTATG--AAACATGAAGAA
* * * * *
32258 AAAGCCATTCATTGATGAGGAAAG-TCTTTTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
32322 CGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * *
32366 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAATACATGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAT-GAA-ACATGAAGAA
* * ** * * * * * *
32429 AATGGCATTTGTATG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTCAAAAGTCTTAGTATT
63 AAAGCCATTCAT-TGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
32493 CGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTTAAGTTGAA
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA
* * * * *
32538 TTTTTTTATATTTTT--TTAAAGCA-AGTTATAATTGATTATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCT-ATGAAACATGAAGAAA
** * * * * ** *
32600 AAGCCATTCATTGATCTGAAAAG-TCTAGTTATTGTTACTCATTCCTT-AGAAAGTTTTAATACT
64 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACT
* * *
32663 CACTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*
32706 TATTTTTACATTTT
1 TTTTTTTACATTTT
32720 CGATTAGAAT
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 162, Indels: 61
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.03
169 28 0.03
170 94 0.11
171 659 0.78
172 43 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTATGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:32142 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 31511--32778 Score: 1380
Period size: 342 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
31501 ATTTTAAGTT
* * * * * * *** * *
31511 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTTGGAAACGTGAAGGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
31576 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
66 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
* * * *
31641 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAC
* * **
31706 ATATTTTAATTGAATGTTTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGATTAGAAAAGT-
196 AGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGA-TAGAAAAGTC
* ** *
31770 TCATATATAGTCAGTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATAGTTTTACAATTTTG
260 T-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTACAATTTTG
31834 TAATTGATTTTAAGTTGAA
323 TAATTGATTTTAAGTTGAA
*
31853 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATCATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
31918 TGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACGACTCAC
66 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
31983 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
32047 CAGATTTTAATTGAATATCTACTTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGT
195 CAGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGA-TAGAAAAGT
* *
32112 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGT
259 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATTTTGT
32177 AATTGATTTTAAGTTGAA
324 AATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
32195 TTGTTTTACATTTTTAGTTGAAAA-AAATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAA-AAACGTAAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAAATTATAATTGATTGTTTACC-TCAAGAAACATGAAGAA
** * * ** * *
32258 AAAGCCATTCATTGATGAGGAAAGTCTTTTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTC
* * * *
32323 GCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTT-AGTTAA
** * * * * *
32387 AACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAATACATGAAGAAAATGGCATTTGTATG-TAAGAA
193 AACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGTGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCGT-TGAT-AGAA
* * * * * * * * * * *
32450 AAGTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTCAAAAGTCTTAGTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATT
255 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATT
*
32515 TTATAATTGATTTTTAAGTTGAA
320 TTGTAATTGA-TTTTAAGTTGAA
* * * *
32538 TTTTTTTATATTTTT--TTAAAGCAAGTTATAATTGATTATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * ** *
32601 AGCCATTCATTGATC-TGAAAAGTCTAGTTATTGTTACTCATTCCTT-AGAAAGTTTTAATACTC
66 AGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTACTACTC
* * *
32664 ACTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTT-ACA-TTTTCGATTA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTAG-TTA
* * * * ** * *
32726 GAATA-ACTTATAATTGAATCTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGACATTC
192 AAACAGA-TTTTAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
32779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 126, Indels: 42
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 87 0.11
341 99 0.13
342 548 0.70
343 42 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAC
AGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGATAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATTTTGTAA
TTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:32501 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 31511--32778 Score: 1355
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 508
31501 ATTTTAAGTT
* * *
31511 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTTGGAAACGTGAAGGAAA
1 TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTA-CTTTGGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
31576 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCA-AAAGCCTTACTACTCA
64 AGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTT-AGAAAGCCTTAATACTCA
* *
31640 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAA
128 CTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
31705 TATATTTTAATTGAATGTTTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGATTAGAAAAGT
191 TAAATTATAATTGAATCTTTACCT-ATGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGT
* * ** * **
31770 TCATATATAGTCAGTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATAGTTTTACAATTTTGT
255 TCATATATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATAGTTTTACAATCTCAT
* * * *
31835 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATCATTGATTGTTTACCT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
** * *
31900 CAAGAAACATGAAGAAAATGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATTCCTTT
385 CAAGAAACATGAAGAAAATGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
31965 AAAAGCCTTACGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGGTTGAA
450 AAAAGCCTTACGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAA
* * * *
32024 TTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTGAATATCTACTTTGTGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACTTTG-GAAACGTGAAGAAAA
* * * *
32089 AGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCAC
64 AGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTAGAAAGCCTTAATACTCAC
* **
32154 TTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTGAAAA
129 TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT-AAAA
* * * *
32219 -AAATTATAATTGATTCTTTGCCT-TGAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGGAAAG
191 TAAATTATAATTGAATCTTTACCTATG--AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAG
* * * * **
32282 -TCTTTTTATAGCCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATC
254 TTC-ATATATAGCCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAATAGTTTTACAATC
**
32344 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGGCTATAATTGAATGTC
316 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC
* ** ** * * * *
32408 TGCCT-TGGAATACATGAAGAAAATGGCATTTGTATG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTA
380 TACCTCAAGAA-ACATGAAGAAAATGGCATTCAT-TGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
32471 TTCCTTCAAAAGTCTTA-GTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTTAAGTT
443 TTCCTTCAAAAGCCTTACG-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT
32535 GAA
506 GAA
* * *** *
32538 TTTTTTTATATTTTT-TTAAAGCA-AGTTATAATTGATTATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATATTTA-CTTTGGAAACGTGAAGAAAA
* * * **
32601 AGCCATTCATTGATCT-GAAAAGTCTAGTTATTGTTACTCATTCCTTAGAAAGTTTTAATACTCA
64 AGCCATTCATTGA-CTAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTAGAAAGCCTTAATACTCA
* * * *
32665 CTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACA-TTTTCGATTAGA
128 CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * * *
32728 ATAACTTATAATTGAATCTCTACCT-TGAAAAATATGAAGAAAAAGACATTC
190 ATAAATTATAATTGAATCTTTACCTATGAAACATA--AAGAAAAAGCCATTC
32779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 103, Indels: 50
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 5 0.01
510 8 0.01
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514 31 0.05
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (508 bp):
TTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACTTTGGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTAGAAAGCCTTAATACTCACTT
TAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAAT
TATAATTGAATCTTTACCTATGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTTCATAT
ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
ACATGAAGAAAATGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTACGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:33689 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33401--37046 Score: 3039
Period size: 171 Copynumber: 21.4 Consensus size: 170
33391 NNNNNNNNNN
* * * * *
33401 AAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTGTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * **
33465 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTGATTAAAACAAGCTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* *
33530 TCTGCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
130 TCTGCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * * *
33571 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * ** *
33636 TCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAGCAAGCTATATTTGAAT-
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * *
33699 TTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATATA-
130 TCT-GCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AG
* * *
33741 AAAAGT-TCATTTATAGTAACCCATTCTTTC-AAAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTAT
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
33804 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
** * * * * **
33869 GTCAATTTTAG-GCAATGT-AATGAAAAAGACATTCATTGGCGAG
129 GTC--TGCTCGAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * **
33912 AAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
33977 TCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
34042 TTGCCTAGGGACACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACT-AG
131 CTG-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
* * * * ** * * ***
34083 AAAAGCCCATTTATAATTACTTATGCCTTTC-AAAGACTTATTACTTATTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *** *
34147 ATCTCCTAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTCGGTTAGAAA-AAATTATAATTGAGT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA-AAACAAATTATAATTGAAT
* * * * *
34211 GTCTGCCTCGAGAAATGTGAAGGAAAAGCCATTTATTGATTAG
129 GTCTG-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * *
34254 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * *
34318 ATCTCATAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAAAAAATTATAATTGAAT
65 ATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * ** * *
34382 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAGATTCATTGGCAAC
129 GTCTG-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * * * ** *
34425 AAAAGT-TGATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* ** ** * *
34489 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTCCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * *
34554 CCTGTTTC-ATGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-AG
130 TCTG-CTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
* * * * * * * *
34596 AGAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTGTAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
34661 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGCTAAAACATATTTTAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * * *
34725 TTTCCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG-AATTCATTGGCAAA
130 TCT-GCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * *
34766 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
34831 TCTCATAACTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTCAGTT-AAA-AAATTATAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATG
* ** * * *
34893 TCTGTCTTG-GAAAATATGAAAAAAAAGTCATTCATTGACT-AG
130 TCTG-CTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
* * * * * * *
34935 AAAAGCCTATTTATAGCCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTCTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * ** * *
34999 ATCTCCTAATTAATTTTAAGTTCAATATTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAAAATATAATTAAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * *
35063 TCTACGCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACT-AG
130 TCT--GCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
* * *
35105 AAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* ** * * * * *
35170 TCTCGTAATT-ATTTTTAAACTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGTAAATGATT
66 TCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * *
35234 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCTC-TTCATTGACT-AG
129 GTCT-GCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGC-CATTCATTG-GTAAG
* * * *
35278 AAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
*
35342 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAAT
** * * * *
35406 GTCTGCTTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTGACT-AG
129 GTCTGCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
* * * *
35449 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTACAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
35514 TCCCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGATTG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * ** *
35577 TATGCTTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAA
130 TCTGC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * *
35619 AAAAGTCTATTTATAG-CTACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * * *
35683 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTTGTTAAAATATATTTTAATTCAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * ** *
35748 TTTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAA-
130 TCTG-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * * *
35789 AAAATGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCATAACCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
1 AAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTAT
* * * * *
35853 AATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAAATTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * *
35918 TGTCTGTCTCGAGAAATGTGAAGAGATAGCCACTCATT-GTAAAG
128 TGTCTG-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAG
* * * * * * ** * *
35962 AAAAGTCTACTTATAGTTACCGATTCTTTTAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
36027 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGT-CTAAAACATATTTTAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * ** * *
36091 ATTTTCCTCGAGAAACAT-AAGCAAATGGAATTCATTTGCAAG
129 -GTCTGCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * * * * *
36133 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
36198 TCGT-ATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTT-C-TTTTTTCAATTAGAGCAAATTATAATTGAA
66 TC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT--ATTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * * **
36260 TATTTGCATC-ATGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-
128 TGTCTGC-TCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
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36303 AAAAATTTCATTTATGGTCATCCAATCCTTCAAAAG-CTTGACTACTCACTTTAAATAGTTTTGT
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
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36367 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTAAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * ** **
36432 GTTTGC-CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTGTTCATTGACAAG
129 GTCTGCTC-GA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
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36475 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTAGCTTTAAA-CGATTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
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36539 ATCTGATAATTAATTTTAAGCTG-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
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36603 TCTGCCATGGA-AAATGTGAAGAAAAAGCTATTCGTTGACT-AG
130 TCTG-C-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAG
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36645 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
36710 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAA-GAATTATAATTGATTG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAAATTATAATTGAATG
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36773 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAA
130 TCT-GCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
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36815 AAAAGTCTATTTCTACTCATTCATTTTTTCAAAAGACTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
36880 TCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACA-TTTTTAGTTAAAACATATTCTAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * *** * **
36944 TTTTTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATGATTTATTAATTAA-
130 -TCTGCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAG
* * * * * * *
36986 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
Statistics
Matches: 2824, Mismatches: 545, Indels: 213
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 41 0.01
169 138 0.05
170 908 0.32
171 1336 0.47
172 288 0.10
173 110 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
CTGCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
Done.