Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397367.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1441.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 36276
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.11, T:0.30
Warning! 6789 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:408 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--529 Score: 462
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
* * * *
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCAAAA-TGACTTTAAGTT-AA-AT
* * * * * *
66 TTTTTTAAATTTGTAGTTAAAATAGATTATAGTTAAATGT-TTACCTCATA-AAACGTGAAGAAA
62 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTT-CCTCA-AGAAACATGAAGAAA
* * * *
129 AAAGCAGTCATTAGCA-AA-AAAAGTCTATTTATAGTGACCCATT-T
125 AAAGTATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CCATTCT
* * * **********
173 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCAAATTGNNNNNNNNNNAAATTT
1 -TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCTCAAAATGACTTTAAGTTAAATTT
* *
238 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAG
64 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG
303 TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATTCT
129 TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACCATTCT
* * *
344 TTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATATTTTATAATCTCATAAATGACTTTAAGTTAAATTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTATAATCTCA-AAATGACTTTAAGTTAAA-TTT
* * * * * * *
409 TTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGAGTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACTTGAAGAGAAAA
64 TTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *
473 GCT-TTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCC
128 G-TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TAC-CATTCT
515 TTCAAAAGCCTTATT
1 TTCAAAAGCCTTATT
530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 56, Indels: 28
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 16 0.06
170 122 0.43
171 104 0.36
172 4 0.01
173 40 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTATAATCTCAAAATGACTTTAAGTTAAATTTTT
TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCATTCT
Found at i:1354 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 656--1389 Score: 632
Period size: 173 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
646 NNNNNNNNNN
* * * * *
656 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTGAAAAGCT
1 CATGAAGAAAAATGCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
721 TTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCAGATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTTATAT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTCAA-TTTTTTTTATAT
* * * *
786 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACTTTGAGAAA
129 TTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** ** * *****************
829 TGTGAAGAAAAAAACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNC
1 CATGAAGAAAAATGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
894 TTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTTTACAT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTCAATTT-TTTTTATAT
**********
959 TTTTAGTTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTTAAGAAA
129 TTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* *
1002 CATGAA-AAAAA-GCATTCATTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCC-TCAAAAGC
1 CATGAAGAAAAATGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAAAAGC
********** * * *
1064 CTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTAGA
64 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTATA
* * * *
1127 TTTTTAGCTAAAACAGATTATAGTTGAAAGTCTACCTTGAGAAA
128 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* *
1171 CATAAAGAAAAATGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAAGC
1 CATGAAGAAAAATGCATTCATTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAAGC
* * * * *
1236 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAGCACAAAATTGATTTAAAGTTCAATTTTTTTTATAT
64 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTATAT
* *
1301 TTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAA
129 TTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** * *
1344 TGTGAAGAAAAATGAATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 CATGAAGAAAAATGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1390 ACCCANNNNN
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 122, Indels: 24
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 43 0.10
170 17 0.04
171 99 0.23
172 49 0.11
173 218 0.51
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CATGAAGAAAAATGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTATATTT
TTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAA
Found at i:2962 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1920--2934 Score: 733
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
1910 NNNNNNNNNN
** * ** *
1920 AATCTCATTATTGATTTTAAG-TTACA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC-GTAATTGA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
1982 ATG-CTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAAA--AATTCATTTAG-AAGAAAATTCCATTTATAG
65 ATGTC-TACCTTGAAAAATATG-A-AAAAAAATGAATTCA-TT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *** **
2043 TCTCTAATTCCCTCAAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATCATTTTAT
125 TCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
********** * * *
2090 AATCTCAAAATTGA-TTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTCTATAATTAAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
2154 TGTCTACCTT-AAGAATCATGAAGAAAAATGAATTCATTGTAAGAAAAGTGC-ATTT-T-GTCAT
66 TGTCTACCTTGAAAAAT-ATGAAAAAAAATGAATTCATTGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCA-
* *
2215 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTAT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
2258 AATCTCAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAACTG
1 AATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * **********
2322 AATGTCTATCTTGAGAAATATGAAGAAAAAA-GAATTCATTGCTAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTC
64 AATGTCTACCTTGAAAAATATGAA-AAAAAATGAATTCATTGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * *
2386 ACCATTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTAT
127 ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * *
2430 AGTCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGA
1 AATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * ** * *
2493 ATGCCTACCTTTAGAAACGTGTGAAAAAACCT--ATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 ATGTCTACC-TT-GAAAAATATGAAAAAAAATGAATTCA-TT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
2555 CTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTGTCAT
126 CAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
2601 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
2665 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT-ATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
66 TGTCTACCTTGAAAAATATGAAAAAAAATGA-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-A
********* * *
2729 CCNNNNNNNNNNAAA-CCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTAT
128 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
2772 AAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAGAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
2837 TGTCTACCTTGAAAAATGTGAAAAAAAATGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACG
66 TGTCTACCTTGAAAAATATGAAAAAAAATGAATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-
*
2902 CATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAA
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
2935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 159, Indels: 72
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.06
169 30 0.05
170 176 0.27
171 222 0.34
172 174 0.27
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAAAAATATGAAAAAAAATGAATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:3802 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1920--3861 Score: 798
Period size: 170 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
1910 NNNNNNNNNN
* * * * *
1920 AATCTCATTATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC-GTAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGA-A-CTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* *** * * * *
1983 TGCTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAAAAATTCATTT-AGAAGAAAATTCCATTTATAGTCTC
64 TGCTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATATATAGTCAC
** * * * * * ***
2047 TAATTCCCTCAAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATCATTTTAT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* ********** ** * * *
2090 AATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTCTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTT-TAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
** * * * *** * * * * *
2155 G-TCTACCTTAAGAATCATGAAGAAAAATGAATTCA-TTGTAAGAAAAGTGCAT-T-TTGTCATC
65 GCT-TGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACC
* * *
2216 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATA-GTTTTAT
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAT
* * * * * * ** * * *
2258 AATCTCAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAACTGA
1 AATCTC-ATAATTGATTTTAAATTGAA--CTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* * * *** * * **********
2323 ATG-TCTATCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGAATTCA-TTGCTAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTC
63 ATGCT-TGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTG-AAAGAAAAGTCCATATATAGTC
* * * *
2386 A-CCATTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTAT
126 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * * * * *
2430 AGTCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACA-TTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
* ** * * * * *
2495 GCCTACCTTTAGAAACGTGT-GAAAAAACCTATTTATTT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
65 GCTTGTCTTGAGAAACATGTAG-AAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATATATAGTCAC
* * * * * *
2558 TCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTGTCAT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * ** * *
2601 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-CTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
** * *** ** * * * * *
2666 G-TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
65 GCT-TGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACC
********* * ** * *
2730 CNNNNNNNNNNAAA-CCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTAT
129 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * * * * ** * *
2772 AAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAGAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA--CTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
** * *** * * * *
2837 TG-TCTACCTTGA-AAA-ATGTGAAAAAAAATGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACT-TATAGT
64 TGCT-TGTCTTGAGAAACATGT--AGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCA-TATATAGT
* * * * *********
2898 CACGCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNN
125 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* ** * * ** * ** *
2944 NATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTGTATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA---CTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
*********** * ** * * * ** *
3009 ATNNNNNNNNNNTGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTCACAAAAAAAGTTAATTTATAGTCA
63 ATGCTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATATATAGTCA
* * * ********** *
3073 CCCATTCTTTCAAAAGCCCTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTCT
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * ** * *
3117 AGTCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACAATTTTCATTAAACCAAACTTTAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * ** *
3182 CTTGTC-TCAGGAAACATGTGGAAAAAGTCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCA-ATTATAGTC-CT
66 CTTGTCTTGA-GAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATA-TATAGTCAC-
* * * * ***
3244 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTNNN
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
******* * *
3287 NNNNNNNTAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * *
3352 CTTGTCTTGAGAAACTTGCAGAAAAACCCATTTAATTGAAAGAAGAGTCCATATATAGTCACCCA
66 CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCA
*
3417 TTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
131 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
****************** *
3457 AATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTCATTAAAATAGACTATAATTAAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * * **
3522 CTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATCTGAAAAAAAAGTTTATATATAGTCACCCA
66 CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCA
** *
3587 TTCCTTCAAAAGTTTTACTACTCTCTTTAAAAGGTTTTAT
131 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
*
3627 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
3692 CCTGTCTTGAGAAACGTGTGGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACCCA
66 CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCA
* * *
3757 TTCCTACTAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTGT
131 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * *
3797 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTACGTTTTTCATTAAAATAGACTACAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
3862 TCAACATTGG
Statistics
Matches: 1344, Mismatches: 386, Indels: 84
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.03
169 22 0.02
170 729 0.54
171 250 0.19
172 181 0.13
173 114 0.08
174 3 0.00
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG
CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
Found at i:5937 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5650--5967 Score: 370
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
5640 AATGAGTGAT
*
5650 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATTCATTTTTCATCATGTTTCTCGAGGTAGACATTAACT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATTCATTTTTCATCATATTTCTCGAGGTAGACATTAACT
** * *
5715 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTGAACTCAAAATCAATTTTAAGATTATAAAAC
66 ATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTAAGATTACAAAAC
*
5780 CATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNNAACAATAGATGAC
131 CATTTAAAGTAAGTAATA----------AACAATAGATGAC
* * * * * *
5821 TATAAATGTACTTTTCTTGCCGATGAATGT-ATTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGATATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT-TCATTTTTCATCATATTTCTCGAGGTAGACATT-AA
* * *
5885 TTATAACCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAATTGAAC-CTAAAATCAATTTTGAGATTACAA
64 CTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTC-AAAATCAATTTTAAGATTACAA
5949 AACCATTTAAAGTAAGTAA
128 AACCATTTAAAGTAAGTAA
5968 GAAGGCTTTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 15, Indels: 5
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 53 0.41
172 76 0.59
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATTCATTTTTCATCATATTTCTCGAGGTAGACATTAACT
ATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTAAGATTACAAAAC
CATTTAAAGTAAGTAATAAACAATAGATGAC
Found at i:5993 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5620--6142 Score: 506
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
5610 NNNNNNNNNN
* *
5620 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT-TCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGA-TGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGT-ATTT
* * * * *
5684 TTCATCATGTTTCTCGAGGTAGACATT-AACTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAAT
62 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAAT
* * *
5748 TGAA-CTCAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
127 TGAACCT-AAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTA
********* * *
5791 AGTAATANNNNNNNNNNAACAATAGATGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCGATGAATGTATTTT
1 AGTAATA-AGGCTTTTGAAGAAT-GATGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTT
* * * *
5856 TCTTCATATTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAATT
63 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATT
5921 GAACCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTA
128 GAACCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTA
* * * *
5963 AGTAAGAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTAATGAATGCATTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAT-GATGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTT
* * ** *
6027 TCTTCATGTTTC-TGAAGGTACACT-TTCAATTA-AAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAACAC
63 TCTTCATGTTTCTTG-AGGTAGA-TATTCAATTATAA-TCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAA
* * * *
6088 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGA
125 ATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGT-A
6134 A-TAATAAGG
1 AGTAATAAGG
6143 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 55, Indels: 25
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 56 0.20
171 125 0.44
172 101 0.35
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGATGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCT
TCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTGAA
CCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTA
Found at i:7094 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6368--13966 Score: 4976
Period size: 171 Copynumber: 44.4 Consensus size: 172
6358 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
6368 AGTAATAAGGC-TTTGAAGCAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACAAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * ** * ** *
6432 TCTTCACGTTTCTTAAAGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAAATAATAATACAAAACAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * ********** *
6497 TAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTT-AAGCG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
6538 AGTAATAATGCTTTTGAAGGAATAGGAAACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
** * * * *
6602 TTCTTCACATTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAA--AAATATATATAAAAAAA
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAA
** * * * **
6665 TTTGACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCTTTTAAAGCA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * ** *** *
6709 AGTATTAAGACTTTCGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGAGTTTTGTTGCCAAAAAAACCCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * *
6774 TCTTCATGTTTCTTAATGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAA
66 TCTTCATGTTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAA
* * * *
6838 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATGAAACCATTTAAAGTG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
6884 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-CGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
6948 TTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * *
7013 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTT
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
7056 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTCTCTT-CTAAATAAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
* * ** *
7120 TT-TTACACGTTTCTCAAGGTA-AGCCTTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT--TAAAA
65 TTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
7181 ATTCAACTTAAAATACATTTA-GAGATAATAAAACCATTTAAAGTG
128 ATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
7226 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGAACTCTTTTTTTCAAATAAATAGG-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAT-GGCT
* * * * * ** ** * *
7289 TTTTCTACACGTATC-CTGAGGTAGGCATTTGATTATAGTCTGTTTTAA--TGAAATATATAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
7351 CATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGGG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * * * * ** *
7397 AGTAATAAAACATTT-ACAGGAATGGGTGAGTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
7461 TT-TTCATGTTTCACAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATCAAAAATGT-AAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * *
7524 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAGCATTAAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * ** ** *
7567 AGTAATAAGG-TTGTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGTC-TT
1 AGTAATAAGGCTT-TTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
7630 TT-TTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTATCCAATAATGTAAAAAAAAC
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * *
7694 TGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
7737 TGTAATAAGGCTTTTGATGAAATAGGAGACTTTAAATGGACTTTTTCTTGCCAATG-A-GGGTGT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCT-T
* * * * * ** *
7800 TTTTTTCACTTTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAA--TATAAAAA
64 TTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
7862 TTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * * *
7907 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTCTGACAATAAATGGACTTTTTTTTTTCAAATAAATGGGT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * **
7971 TTTTCTACATGTTTCTCAAGGCA-AGCATTTAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT--AAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * **
8033 AGTTCATCTTAAAATCAATTAT-ACGATTATAAAACCTTTTAAAACG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * * *
8079 AGTAGTAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATAGATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * *
8144 TCTACATGTTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTT-A--AAAAATATATAAAAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * * * **
8206 TAATTTAAAATGAATTATTAGATTATAAAACCTTTTAAAACG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
8248 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT--GAGTTACTGTAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATAGATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* ** * **
8311 TTTCTTCACGTTTCTCAAGCCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
****************** * **
8373 ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
8418 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAAGATTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATAAATAGG-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GGCT
** * * * * *
8480 TTTTCCACATGTTT-TCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAATTGT--AT
63 TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAA
* * ****
8540 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAANNNN
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
****** * * * * * * **
8588 NNNNNNAGGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATACCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * ***
8653 TCTTCATATTTCAT-GAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATACAAAAAAAAA
66 TCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AA-ATGTAAAAAAA
* *
8717 ATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * **
8762 AGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * * * *
8827 TCTTCATATTTTTTAAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTTAACCAAAAAAGTAACAAAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * *
8892 AAACTTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACCATTCAAAGTG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * **
8934 AGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATTGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT---ACTAAATGTATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
*
8996 TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * *
9060 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
9102 AGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTT
** * * * * * * * ** *
9165 TTTCCACACGTTTCT-AGAGGCAG-GATTCAAATATCGCCTGTTTCAATGAAAAA--TACAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
9226 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *** * *
9271 AGTAATATGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAAATTTTCTTATGAATTAAT-ACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * * * * *
9335 TTCATCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAGTTATAG-CATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAA
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
* * * **
9399 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
9443 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGAATATAAATGCACTTTTCTTGCTAATGAAT-TCATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT
* * * * *
9506 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
* * * * ** *
9571 TTAAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAATGATTTAAAGTA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * **
9615 AGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATCGAAGATTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATTTCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
* * * * **
9679 TTCTACATGTTTC-CTGAGGCA-AGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAA
65 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
9741 ATACAACTTAAAATCAATAATGAGATGATAATACCATTTAAAGTG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
9786 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGTA-ACTATAAATGGA-----CTTACCAATAAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * *
9845 TTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATA-TCTATTTTAACCAATAATGTAGAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * * *
9909 TGAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACTTTTAAAGCG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
9952 AGTACTAATGG-TTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTACCAATGAAT-GCTT
1 AGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGC-T
* * * ** * * * * *
10015 TTTTCTTTATGTCTCTCGACATAGATATTTAATTATAATCTG-TTTGACCAAAAAAGT-AAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
10078 ATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTGAAGTG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * ***
10123 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATTTATTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-
* * * *
10188 TT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAGACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * *
10252 TGAACTTAAAATTAATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
10295 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * *
10359 TCTTCATGTTTCTCGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTATGCTTTAACCTAAAATGT--AAAAAAT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
*
10421 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
10464 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGAATTTT-TTTCCAAATAAATGAG-TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATG-GCTT
* ** * * * * **
10527 TTTCTACACATTTC-CTAAGGCAGGCATTCAACTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
********** *
10589 ATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGTG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
10634 AGTACTAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTAATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
10699 TTTTTCAAGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATATGCTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * ** *
10763 TC-ACCTAAAACTTAATTATGAGTTTATAGCACCATTTAAAGCG
130 TCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
10806 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGATTATAAATGGACATTTT-GTGCCAAT-AGATAGCC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCT
* ** * * * *
10868 TTTGCTTCACATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCAT-TTTTAACCAAAAATGCAAAAAC
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
10932 AATTCAACTTAAAATCAATTATGTA-ATTATAAAACCATTTAAAGCG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
10978 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCAAT-GCAAGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
** * ** * * * *
11042 TT-TTACACATTTTTGGAGGCA-AGCATTCATTTATAGTCTATTTT-ACTAAAAAATGT-AAAAA
65 TTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAA
* * *
11103 CATTCAACGTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
11149 AGTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATTGAAGACTATATATAGACTTTT-TCTACCAATGAATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTT
* ** * * * *
11212 TTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAACAA-GTAAAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAA
* * * *
11276 ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
11321 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAAT--GACTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCGAGGAAT-GCAT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA--GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T
* * * * * ** * *
11383 TTCTCTCCAAGTTTCACGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAATGT-AAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
11447 ATTCCACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAATCATTTAAAGTG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
11492 AGCAATAAGGCTTTTGAAGCAAT-GAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTAAATAAAAGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTT
* * * ** * * * **
11555 TTTCTACATATCTCTTGAGGCAGGCATTCAACTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
** * * * *
11618 TTTTACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAATG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * ** *
11662 AGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGGGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * *
11727 TCTTCAGGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATCTGATTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * ** *
11791 CAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATAGCACCATTTAAAGCG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * ** * *
11833 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGATTATAAATGGACAATTGTAT--CAAT-AGATAGCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCT
* ** * * * * * *
11894 TTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTCTTAATCAAAATTGTAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
11958 TATTCAACTTAAAGTCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGTG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
12004 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTAAGACTACAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGG-TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTT
* * * * *** *
12066 TTTTTTTATACGTTTCT-AGAGGCA-AGCATTC-ATATATAGTTTGTTTTATTGAAAAATGT-TA
64 TTTCTTCAT--GTTTCTCA-AGGTAGA-CATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
12127 AAACATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
124 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * * *
12176 AGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGAGATTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* ** * * * *
12241 TCTTCACGTTTCT-TGGTGTAGACATTTC-ATTTTAATCTGTTTTAACTAAACATGTAAAAAAAA
66 TCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
** * *
12304 TAAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
12348 AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT
* * * * *
12411 TTTCTTCACGTTTCTCCAA-GCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTCAACCTAAAATGT-AAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
12474 ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAGAGCG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
12519 AGCAAGAAGGCTTTTGAATGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAAT-ATATGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGA-ATGGCTT
* * ****************************************
12582 TTTCTACATGTTTCTTAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAG------GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
********* *
12647 NNNNNNNNNAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-
123 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TG
* * * * *
12697 AGTAATAAAGCTTGTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAAT-TCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT
* * * * * *
12760 TTTCATCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
* * **
12824 -T-AAGCATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCA
129 TTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
12867 ACTACTAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
* * * * **
12931 TT-TACACGTTTCAT-GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAA
65 TTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
* *
12993 TTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
13037 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAAGAGAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * ** *
13101 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTGTTAATAAAAAATAT-AAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* ** * * **
13165 TTATTTTAAAATCAAGTT-TGATATTATAAAACCTTTTAAAACG
130 TCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * * * *
13208 AGTACTAAAACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGGCCAAGGAATGACTAT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
13272 TTCTTTA-GTTTCTCAAGCTAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * ** *
13335 TCAACTAAAAATTATTTATGAGTTTATAGCACCGTTTAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * ********** * * *
13378 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACTANNNNNNNNNNTTTCGTGCCAATGGATAGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* ** * * * *
13442 TGCTTCACATTT-TCGAAGGCAGACATTCAATTATAG-CATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAACA
65 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ********** *
13505 ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
13550 AGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTACAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
* ** * * * *
13614 TT-TTACACGTTTCTGGAGGCA-AGCATTC-ATCTATAGTTTG-TTTGACTGAAAAATGT-AAAA
65 TTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAA
* * * **********
13674 ACATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGTG
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * **
13721 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAAT-AAATCTTTGTTGCCAATGAATGTATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* ** * * * * *
13784 TTTCTTCACGTTTCTTGATGTA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAGTTAAAACA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAA-A
* * * * * *
13848 AAATTGAACTTAAAATCAATTGTCAGATTATAAAATCATTTAATGTA
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
13895 AGTAACAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
13959 TTCTTCAT
65 TTCTTCAT
13967 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5832, Mismatches: 1339, Indels: 512
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 18 0.00
166 110 0.02
167 14 0.00
168 91 0.02
169 550 0.09
170 1369 0.23
171 1609 0.28
172 1511 0.26
173 94 0.02
174 222 0.04
175 142 0.02
176 1 0.00
177 1 0.00
178 98 0.02
179 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:11142 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6368--13965 Score: 4713
Period size: 341 Copynumber: 22.2 Consensus size: 338
6358 NNNNNNNNNN
* * * *
6368 AGTAATAAGGC-TTTGAAGCAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACAAAT-GCCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAG-CTT
* * * ** * **
6430 TTTCTTCACGTTTCTTAAAGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAAATAATAATACAAAACAAA
63 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAA
* * ********** * *
6495 TTTAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTT-AAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGA
127 TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * * * *
6559 ATAGGAAACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGG-T
192 AT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTT-TTCACGTTTCT-GAGGCA
* * * ** *
6622 TGACATTCAATTATAGTCTG-TTT-CAAAAATATATATAAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTAT
253 AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAA-A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * **
6685 GAGATAATAAAACCTTTTAAAGCA
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * * *
6709 AGTATTAAGACTTTCGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGAGTTTTGTTGCCAA-AAAAACCCATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATA-GCTTT
* * * *
6773 TTCTTCATGTTTCTTAATGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAA
64 TTCTTCACGTTTCTTAA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT----AAAA
* * * *
6837 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
124 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
6902 GGAATCGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATG
189 GGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCT-GAGG
* * * * *
6967 -TAGACATTCAATTATATTATGTTTTAAC-AAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
251 CAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACTAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
7030 TTGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTT
313 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
7056 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-ACGAGACTATAAATGGACTTCTCTT-CTAAATAAATGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTT-TTTTGC-CAATAAATAGCTT
* * ** *
7119 TTT-TTACACGTTTCTCAAGGTA-AGCCTTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-TAAAA
63 TTTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
7181 ATTCAACTTAAAATACATTTA-GAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
126 ATTAAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
7245 GAATGAGAGACTATAAATGAACTCTTTTTTTCAAATAAAT-AGGTTTTTCTACACGTATCCTGAG
190 GAATG-GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTT-TTCACGT-TTCTGAG
* * ** * * * * * *
7309 GTAGGCATTTGATTATAGTCTGTTTTAATGAAATATAT-AAAACATTCAGCTTAAAATCAATTAT
250 GCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
7373 GAGACTATAAAACCATTTAAAGGG
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * * * * * * *
7397 AGTAATAAAACATTT-ACAGGAATGGGTGAGTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGCTTT
* ** * * * * *
7461 TT-TTCATGTTTCACAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATCAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
7525 GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAGCATTAAAAGTGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGGAA
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGAA
** ** * * * *
7589 TTGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGTC-TTTTTTCATGTTTCTTAAG-ATAGA
193 -TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTCTGAGGCA-AG-
* * * * * * *
7652 CATTCAATTATAATTTGTTTTA-TCCAATAATGTAAAAAAAACTGAACCTAAAATCAATTATGAG
255 CATTCAATTATAGTCTGTTTTACT-AAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
7716 ATTATAAAACCATTTAAAGCG
318 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * **
7737 TGTAATAAGGCTTTTGATGAAAT-AGGAGACTTTAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAGGGT-G-
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGAC-TTTT-TTGCCAAT-A-AATAGC
* * * * ** *
7799 TTTTT-TTCAC-TTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAATAT-AAAA
61 TTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
7861 ATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAG
125 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * ** * * *
7926 GAATGTCTGACAATAAATGGACTTTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCAAG
190 GAATG-GTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCT-GAG
* * * * * *
7991 GCAAGCATTTAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAGTTCATCTTAAAATCAATTAT
250 GCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* **
8055 -ACGATTATAAAACCTTTTAAAACG
315 GA-GATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
8079 AGTAGTAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATAGATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGCTTTT
* * * * * * *
8144 TCTACATGTTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTT-A--AAAAATATATAAAAAATT
65 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATT
* * * * * ** *
8206 TAATTTAAAATGAATTATTAGATTATAAAACCTTTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * *
8271 GAGTTACTGTAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATAGA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAG
194 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTT-TTCACGTTTCT-GAGGCAAG
* * * ******************
8335 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGAT
255 CATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* **
8399 TATAAAACTATTTAAAGCA
320 TATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
8418 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAAGATTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATAAATAGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAAATAGCTT
** * * * * * *
8481 TTTCCACATGTTT-TCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAATTGT-ATAA
63 TTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAA
* * * ********** * *
8542 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAANNNNNNNNNNAGGGCTTTTGAAA
125 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * **
8607 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATATTTCATGA-G
190 GAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTT-TTCACGTTTC-TGAGG
* * ** * *
8670 -ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATACA-AAAAAAAAATTGAACCTAAAATCA
251 CA-AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTACT-AA-AA-A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
8733 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
310 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * **
8762 AGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGCTTTT
** * * * * *
8827 TCTTCATATTTTTTAAGGTAGACATTTAATTATAGTATATTTTAACCAAAAAAGTAACAAAAATT
65 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATT
* * * * *
8892 AAACTTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAAT
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-
* * * * * * *
8957 TGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT---ACTAAATGTA-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-TAG
193 TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ACTTTTT-TTCACGTTTC-TGAGGCAAG
*
9017 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
255 -CATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
9081 ATTATGAAACTATTTAAAGCG
318 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
9102 AGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCC-AATAAATAGCTTT
** * * * * * * **
9166 TTCCACACGTTTC-TAGAGGCAG-GATTCAAATATCGCCTGTTTCAATGAAAAA--TACAAAAAA
64 TTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAA
* * * * *
9227 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAAGGA
127 TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *** * * *
9292 ATGGGTGACTGTAAATGAAATTTTCTTATGAATTAAT-ACTTTTTTCATCACGTTTCTTAAGG-T
192 AT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTT--TCACGTTTC-TGAGGCA
* * * * *
9355 AGACATTTAGTTATAG-CATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
253 AG-CATTCAATTATAGTC-TGTTTT-ACTAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* **
9418 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
314 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
9443 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGCACTTTTCTTGCTAATGAAT-TCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGC-TTT
* *
9507 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAAT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AAT
* * * ** * * *
9572 TAAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAATGATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAA
128 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * ** * *
9637 TCGAAGATTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATTTCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGCAA
193 T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTT-CTGAGGCAA
* * * * *
9701 GCACTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGAGA
254 GCATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
9766 TGATAATACCATTTAAAGTG
319 TTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
9786 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGTA-ACTATAAATGGAC----TTACCAATAAAT-GCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATAAATAG-CTTT
* * * *
9845 TTCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATA-TCTATTTTAACCAATAATGTAGAAAAAAT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAT
* * * * * * *
9909 TGAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACTTTTAAAGCGAGTACTAATGG-TTTTGAAGGA
128 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGA
* * * * * * *
9973 ATTGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTACCAATGAATG-CTTTTTTCTTTATGTCTCTCGA--C
192 A-TGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTT-TTCACGTTTCT-GAGGC
* * * * * * *
10035 ATAGATATTTAATTATAATCTGTTTGACCAAAAAA-GTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
252 A-AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
10099 TAGATTATAAAACCATTTGAAGTG
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * ***
10123 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATTTATTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGCTTT-
* ** * * *
10188 TT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAGACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * *
10252 TGAACTTAAAATTAATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
128 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
10317 TGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAG
193 T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCT-GAGGCAAG
* *
10381 CATTCAATTATAGTATGCTTTAACCT--AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
255 CATTCAATTATAGTCTG-TTTTA-CTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
10443 ATTATAAAGCCATTTAAAGTG
318 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
10464 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGAATTTTTTTCCAAATAAATGAG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTGCC-AATAAAT-AGCTTT
* * * * * * * **
10528 TTCTACACATTTCCTAAGGCAGGCATTCAACTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* ********** * * *
10592 CAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGAAAT
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
10657 AGGTGACTAATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGCTAAA
194 -GGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTTTCACGTTTCTGAGGC-AAG
* * * * * *
10722 CATTCAATTATAATATGCTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTC-ACCTAAAACTTAATTATGAG
255 CATTCAATTATAGTCTG-TTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAG
* ** *
10785 TTTATAGCACCATTTAAAGCG
318 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * *
10806 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACATTTTGTGCCAATAGATAGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATAAATAGCTTTT
* * * ** *
10871 GCTTCACATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCAT-TTTTAACCAAAAATGCAAAAACAAT
65 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AAT
* * *
10935 TCAACTTAAAATCAATTATGTA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
128 TAAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * * * *
10999 ATGCAAGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGACTTTTTTTACACATTTTTGGAGGCAA
192 ATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTT-CACGTTTCT-GAGGCAA
* * * * *
11064 GCATTCATTTATAGTCTATTTTACTAAAAAATGTAAAAACATTCAACGTAAAATCAATTTTGAGA
254 GCATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
11129 TTATAAAACCATTTAAAGTG
319 TTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
11149 AGTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATTGA-AGACTATATATAGACTTTTTCTACCAATGAATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATAAATAGCTT
* * * * *
11212 TTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAACAA-GTAAAAAAA
63 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGT-AAAAAA
* * * *
11276 ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
126 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * * * *
11341 AATGACTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCGAGGAATG-CATTTCTCTCCAAGTTTCACGAGAC
191 AATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTT-TTTTCACGTTTC-TGAGGC
* *
11405 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCT--AAAATGTAAAAAAATTCCACTTAAAATCAATTAT
252 AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-A-CTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
11468 GAGATTATCAAATCATTTAAAGTG
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
11492 AGCAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTAAATAAA-AGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAAATA-GCTT
* ** * * * * * **
11555 TTTCTACATATCTCTTGAGGCAGGCATTCAACTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAT
63 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** * * * * *
11619 TTTACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAA
128 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * * *
11684 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGGGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGCTAAA
193 T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCTGAGGC-AAG
* * * * *
11749 CATTCAATTATAATCTGATTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGT
255 CATTCAATTATAGTCTG-TTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *
11813 TTATAGCACCATTTAAAGCG
319 TTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * ** * ** * *
11833 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACAATTGTATCAATAGATAGCTTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATAAATAGCTTTTT
* * ** * * * *
11898 CTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTCTTAATCAAAATTGTAAAAAATATT
66 CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATT
* * * *
11962 CAACTTAAAGTCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * ** *
12027 -GTAAGACTACAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGTTTTTTTTTATACGTTTCTAGAGGCA
194 GGT--GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GACTTTTTTT-CACGTTTCT-GAGGCA
* * * * * * *
12090 AGCATTC-ATATATAGTTTGTTTTATTGAAAAATGTTAAAACATTCAATTTAAAATCAATTTTGA
253 AGCATTCAAT-TATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
12154 GATTATAAAACCATTTAAAGTG
317 GATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * *
12176 AGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGAGATTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAAT-GCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-CTTTTTTGCCAATAAATAG-CTTT
* * * * *
12240 TTCTTCACGTTTCTT-GGTGTAGACATTTC-ATTTTAATCTGTTTTAACTAAACATGTAAAAAAA
64 TTCTTCACGTTTCTTAAG-GTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * *
12303 ATAAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGA
126 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
12368 AATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGC
191 AATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTT-TTCACGTTTCT-GAGGC
* * * *
12432 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTCAACCT--AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT
252 AAGCATTCAATTATAGTCTGTTT-TA-CTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
12495 GAGATTATAAAACCGTTTAGAGCG
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
12519 AGCAAGAAGGCTTTTGAATGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATATATGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAAATAGCTT
* * ***************************************
12582 TTTCTACATGTTTCTTAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 TTTCTTCACGTTTCTTAAG-------GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
********* * * *
12647 NNNNNNNNNAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAAGCTTG
121 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT
* * * * **
12711 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAAT-TCTTTTTTCATCATATTTCT
185 TGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTT--TCACGTTTC-
* * * *
12775 TAAGGC-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAAAT-AAGCATAAAATC
246 TGAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATC
* **
12837 AATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCA
309 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
12867 ACTACTAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAAATAGCTTT
* * * * **
12931 TT-TACACGTTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
12995 TAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAA
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
13060 GAGAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAAC
194 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTC-TGAGGCAAGC
* * * * ** *
13125 ATTCAATTATAGTCTGTGTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTATTTTAAAATCAAGTT-TGATAT
256 ATTCAATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGAT
* **
13189 TATAAAACCTTTTAAAACG
320 TATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * ** *
13208 AGTACTAAAACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTGGCCAAGGAAT-GACTAT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTT-GCCAATAAATAG-CTTT
* * * * * * *
13272 TTCTTTA-GTTTCTCAAGCTAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * ** * **
13336 CAACTAAAAATTATTTATGAGTTTATAGCACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
129 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
********** * * * *
13401 GAGTGACTANNNNNNNNNNTTTCGTGCCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACATTT-TCGAAGGC-A
194 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT-TTTCACGTTTCT-G-AGGCAA
* *
13463 GACATTCAATTATAG-CATTTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTAT
254 G-CATTCAATTATAGTC-TGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
********** *
13526 GAGATTATAAANNNNNNNNNNGCG
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
13550 AGAAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAAGACTACAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAAATAGCTT
** * * * *
13613 TTT-TTACACGTTTCTGGAGGCA-AGCATTC-ATCTATAGTTTG-TTTGACTGAAAAATGTAAAA
63 TTTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAA
* * * * **********
13674 ACATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
124 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
13739 GGAATGAGAGACTATAAAT-AAATCTTTGTTGCCAATGAATGTA-TTTTTCTTCACGTTTCTTGA
189 GGAATG-GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATG-ACTTTTT-TTCACGTTTC-TGA
* * * * *
13802 TGTAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAA-GTTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCA
249 GGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACTAAAAAATG-T-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
13866 ATTGTCAGATTATAAAATCATTTAATGTA
310 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
13895 AGTAACAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAAATAGC-TTT
13959 TTCTTCA
64 TTCTTCA
13966 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5652, Mismatches: 1310, Indels: 586
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 4 0.00
337 259 0.05
338 135 0.02
339 307 0.05
340 699 0.12
341 1166 0.21
342 718 0.13
343 1123 0.20
344 510 0.09
345 156 0.03
346 189 0.03
347 148 0.03
348 117 0.02
349 119 0.02
350 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATAAATAGCTTTTT
CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTCTGAGGCAAGCATTCA
ATTATAGTCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTG
Found at i:15369 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15192--15753 Score: 488
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
15182 NNNNNNNNNN
** *
15192 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACCATTTAAAAG-GAGTACTAAGGTTT
1 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGTTT
* * *
15256 TTGAAGGAATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATATATTTTTCTTCACTTTTC
65 TTGAAAGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCACTTTTC
* *
15320 TCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTGAAGCAAAAATAT
129 TTGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTT-AA-CAAAAATGT
* * * * ***
15363 AAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGNNN
1 -AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTT
******* * * * * *
15428 NNNNNNNAATAGATGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCGATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTT-
65 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCAC-TTTTC
* ** *
15492 TTGAGGTAGACATTCAATTATAACCTATCTTAACCAAAAATGT
129 TTGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGT-TTAA-CAAAAATGT
* * * **********
15535 AAAAATATTTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTT
1 AAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTT
* **
15600 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATAAATGCGTTTTTCTTCA-TATTTC
65 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCACT-TTTC
* * *
15663 TTAAGGTAAACT-TTCAATTATAGTCTGTTTCAACTAAACATGT
129 TTGAGGTAGA-TATTCAATTATAGTCTGTTT-AAC-AAAAATGT
* * *
15706 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
1 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAA
15754 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 73, Indels: 22
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 43 0.14
171 69 0.22
172 187 0.61
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT
TGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCACTTTTCTT
GAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAATGT
Found at i:16847 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16303--17502 Score: 1021
Period size: 170 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
16293 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
16303 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGACTATTGTT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * ** * * ** * ** **
16367 GAATGCCTGCCTCAAGAAATGCT-TAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTTATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAATACATTCA-TTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** ** * *
16431 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCGCTTGCTTTAAACGGCT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * *
16473 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
** * * *
16537 GAATG-C-AAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAAT-CATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTACAG
66 GAATGTCTACCT-T-GAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTA-AAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
16599 TTACCTATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * *
16642 TTATAAGCTC-AAATTGATTTTAAATTCAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAGT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
16706 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAACTAAATTTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTAA-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
16771 CACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTAACTTTAAATGGTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
16813 TTATAATTTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTGGTCAAAGCAGATTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
16877 TGAATGTCTACATTGAGAGACGTAAAGAAAAA-CCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
16941 CTCCTATTCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCACTTTAAAAGTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
16983 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * *** * **
17048 TTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTATT----GGCAAGTCCATTTATAGT
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
17109 TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** ** * *
17151 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTGTAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * * * **
17215 TGAATG-CTTGCCTCAAAAAAAGTGTAGAAAAAGAAATTCATTTTGAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCA-TTAAAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * **
17279 TCTCTGATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
17322 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAAC
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAAT
* * * * * * *
17385 TGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGAAGGAAAAGTCCATTTACAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATT-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
17450 CACCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
*
17492 TTATAACCTCA
1 TTATAATCTCA
17503 GTTTAGTCCA
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 171, Indels: 56
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 55 0.07
167 3 0.00
168 92 0.11
169 69 0.08
170 332 0.40
171 199 0.24
172 75 0.09
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
Found at i:17316 original size:509 final size:506
Alignment explanation
Indices: 16411--18153 Score: 1256
Period size: 509 Copynumber: 3.5 Consensus size: 506
16401 ATTTATTTGG
* * * * * *
16411 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCGCTTGCTTTAAACGGCTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT-ACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
*
16476 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
*
16541 GCAAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAATCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCTA
130 GCAAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAATCATTCATTAG--AGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCA
* *
16606 TTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAATTGATTTTAAATTCAA
193 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAATTGATTTTAAATTCAA
* * ** * *
16671 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
258 ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAA
** * * * * *
16736 ACTAAATTTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTAA
323 AAGAAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAA
** * *
16801 CTTTAAATGGTTTTATAATTTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTGGTCAAA
388 CTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTCAATTTTTTTA-TATTTTTGGTCAAA
* * * * * *
16865 GC-AGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAGACGTAAAGAAAAA-CCATTCATCAGC
451 ACAAG-CTATAACTGAATATCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCAT-AGC
* * *
16921 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCACTTTAAAAGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
* *
16986 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATT-GGTTAAAACAGATTATAATT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA---TTTTTTACATT-TTAGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * ** * * *
17050 GAATGTCTA-TCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGT-ATTTATT-G-G-CAAGTCCATTTATAGTT
126 GAATG-CAAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAA--TCATTCATTAGAGAAAAGTCCATTTACAGTT
* * *
17110 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAA
188 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCA-AATTGATTTTAA
* * * * *
17175 GTT-ACATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTGTAATTGAATG-CTTGCCTCAAAAAAAGT
252 ATTCAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAAAAAAGT
* *** * **
17238 GTAGAAAAAGAAATTCATTTTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTCCCTCAAAAGCCTTA
316 GAAGAAAAAGAAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTA
** * *
17303 TTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTATTTTTTTTATATTTTTGG
381 TTACTAACTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTCAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * *
17368 TTAAAACAAGCTATAACTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGG
446 TCAAAACAAGCTATAACTGAATATCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCATAGC
* * * * * *
17429 AAGGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AA-GAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAAAGGTTTT
* *
17494 ATAA-C-C-TCA--G--TTT-AG-TC---------C-----------AAACAGACTATAGTTGAA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * * *
17530 TGTCTACCTA--GAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
129 TG-C-AAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAAT-CATTCATT-A-GAGAAAAGTCCATTTACAGTTA
* * * *
17593 CTCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGA
189 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAAGCTC-AAATTGATTTTAA
* * * ** * * * * * * *
17657 GTTTAATTTTTTTTACT-TTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAGACGT
252 ATTCAAATTTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAAGT
* ** ** * * * *
17721 AAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTA
316 GAAGAAAAAGAAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTA
* ** *** * * *
17786 GTACTCTCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT-TGCATTAT
381 TTACTAACTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-ATTCAATTTTTTTAT--ATTTT
* * * * * * *** * *
17850 TGGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACCTGAA-AAAAAGGAATTGAT-T
443 TGGTCAAAACA-AGCTATAACTGAATATCTA-CATTGAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCATAG
17911 C
506 C
** * * * * *
17912 ---TTAAGTCCATTTATTGTC-ACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAAAGGTTTT
* * * ** * *** * *
17973 ATAATCTCATTATTAATTTTCAGTTGTATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTAAA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
*** ** * * ** * *
18038 TGTTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGAAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGGATT-
129 TGCAAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATT-AG-AGAAAAGTCCATTTACA-G-TTA
* * * * *
18102 -CGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCAAA
189 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAA
18154 ATTGNNNNNN
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 177, Indels: 143
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
475 1 0.00
477 43 0.04
478 2 0.00
479 56 0.06
480 1 0.00
481 4 0.00
482 75 0.08
483 134 0.14
484 21 0.02
485 41 0.04
486 5 0.01
487 2 0.00
488 2 0.00
500 2 0.00
501 1 0.00
502 3 0.00
504 1 0.00
506 2 0.00
507 5 0.01
508 159 0.16
509 266 0.27
510 94 0.10
511 1 0.00
513 54 0.05
514 10 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (506 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
CAAGTATCGAGAAACATGAAGAAAAATCATTCATTAGAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAATTGATTTTAAATTCAAATT
TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAG
AAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAACTT
TAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTCAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAAG
CTATAACTGAATATCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCATAGC
Found at i:17626 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 17385--17643 Score: 344
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 141
17375 AAGCTATAAC
* * ** *
17385 TGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGAAGGAAAAGTCCATTTACAGT
1 TGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGT
** **
17450 CACCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATG-GTTTTATAACCTCAGTTTAGTCCAA
66 CACCTATTCCGTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGTG-TTTATAACCTCAGTTTAGTCCAA
17514 ACAGACTATAGT
130 ACAGACTATAGT
* * *
17526 TGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTACAG
* *
17590 TCA-CTCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTGTTTATAATCTCA
65 TCACCT-ATTCCGTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGTGTTTATAACCTCA
17644 AAATTGATTT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 14, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 4 0.04
141 96 0.95
142 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (141 bp):
TGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGT
CACCTATTCCGTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGTGTTTATAACCTCAGTTTAGTCCAAA
CAGACTATAGT
Found at i:18006 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 17512--18157 Score: 491
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 167
17502 AGTTTAGTCC
* * * * * * *
17512 AAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATTGACAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCA-AGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATTG-C-A-AA
*
17576 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTGTTTATAAT
62 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAAT
* * *
17640 CTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTCA
126 CTCATAATTGATTTT-AGTTT-ATTTTTTTTACATTATTGGTCA
* * * *
17684 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAGACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATT-GC-A-AAA
* * * * * * * *
17749 AGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCTCTTTAAAAGTTTTTATAATCT
63 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
17814 CATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTGCATTATTGGTTA
128 CATAATTGATTTTA-GTT-TATTTTTTTTACATTATTGGTCA
* ** * * **
17856 AAACATATTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACCTGAA-AAAAAGGAATTGATT-C-TTAAG
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATTGCAAAAAG
* * *
17917 TCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
65 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
17982 TTATTAATTTTCAGTTGTA--TTTTTTATATTTTTTATTA
130 TAATTGATTTT-AGTT-TATTTTTTTTACATTATTGGTCA
* * * * * * ** * ** * *
18020 AAATAGACTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGAAATTCATTGAGAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATT--GCA-AAA
* * * * * *
18085 AGTCCTTTTATAG-GATTCGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATC
63 AGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
*
18149 TCAAAATTG
127 TCATAATTG
18158 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 78, Indels: 32
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 44 0.12
165 13 0.03
166 71 0.19
167 1 0.00
169 4 0.01
170 60 0.16
171 14 0.04
172 169 0.44
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATTGCAAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAGTTTATTTTTTTTACATTATTGGTCA
Found at i:18118 original size:649 final size:644
Alignment explanation
Indices: 16920--18151 Score: 1448
Period size: 649 Copynumber: 1.9 Consensus size: 644
16910 CATTCATCAG
* * * * *
16920 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCACTTTAAAAGTTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCGTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAAGTGTTT
* *
16985 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATT
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAATT
** * * *
17050 GAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGTCCATTTATAGTTACCCA
131 GAATGTCTATCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGTCCATTTATAGTTACCCA
* *
17115 TTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAC
196 TTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAC
* * * * *
17180 ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTGTAATTGAATGCTTGCCTCAAAAAAAGTGTAGAAA
261 ATTTTTTTATATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCTCAAAAAAACTGTAAAAA
* *
17245 AAGAAATTCATTTTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCG
325 AAGAAATTCATTTT-----AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
17310 CTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
385 CTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTGATTAAAAC
* ***
17375 AAGCTATAACTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGAAGGAAAAGTC
450 AAGCTATAACTAAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAGGAAAAGTC
* * * *
17440 CATTTACAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAGT
515 CATTTACAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAACCTCAGT
17505 TTAGTCCAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATTGA
580 TTAGTCCAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATTGA
* *
17570 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCGTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAAGTGTT
* * *
17634 TATAATCTCAAAATTGATTTT-GAGTTTAA-TTTTTTTTACTTTTTTGGTCAAAACAGATTATAA
65 TATAATCTCAAAATTGATTTTAG-GTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAA
* * *
17697 TTGAATGTTTA-CATCAAGAGACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
129 TTGAATGTCTATC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGC-----AAGTCCATTTATA
* * *
17761 GTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCTTTAG-TACTCTCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGAT
188 GT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * **
17824 TTTAGGTT-CAATTTTTTT-TGCATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGA
251 TTTAAGTTAC-ATTTTTTTAT--ATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TCCTCAA
* * * * * **
17886 GAAACCTG-AAAAAAAGGAATTGATTCTT-AAGTCCATTTATTGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
311 AAAAACTGTAAAAAAAGAAATTCATT-TTAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCC
** ** * *
17949 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTCAGTTGTATTTTTTATATTTT
375 TTATTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTT
* * * * * *
18014 TTATTAAAA-TAGACTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGAAATTCATTGA
440 TGATTAAAACAAG-CTATAACTAAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTG-
* * * * * *
18078 GAA-GAAAAGTCCTTTTATAG-GATTCGATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTT
503 GAAGGAAAAGTCCATTTACAGTCA-CCGATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATCGTT
*
18141 TTATAATCTCA
567 TTATAACCTCA
18152 AAATTGNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 77, Indels: 39
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
648 4 0.01
649 264 0.54
650 82 0.17
653 2 0.00
654 95 0.20
655 36 0.07
656 2 0.00
657 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (644 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCGTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAAGTGTTT
ATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTATCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGTCCATTTATAGTTACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAC
ATTTTTTTATATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTCCTCAAAAAAACTGTAAAAAA
AGAAATTCATTTTAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATCATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAGCTA
TAACTAAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAGGAAAAGTCCATTTA
CAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAACCTCAGTTTAGTC
CAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATGAATTTATTGA
Found at i:19282 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19124--19458 Score: 455
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
19114 NNNNNNNNNN
*
19124 TAAAACCACTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTAGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTC-
1 TAAAACCACTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTAGAAGG-ATGACGAGACTATAAATGGACTTTTCT
*
19187 TTCAAAATAAA-AAGTTTTTCTACATG-TTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTA
65 TTC-AAATAAATAAGTTTTTCTACACGTTTTCC-AAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTA
* *
19249 AAGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTA
127 AAGAAAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGCTA
* * * * * * * *
19293 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTTTACGATATTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCACTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTAGAAGGATGACGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
19358 TCAAATAAATGAGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
66 TCAAATAAATAAGTTTTTCTACACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGA
*
19423 AAAACATAAAAAATTCCACCTAAAATCAATTATGAG
131 AAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
19459 ATTATAAANN
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 16, Indels: 9
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 58 0.40
170 79 0.54
171 6 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACCACTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTAGAAGGATGACGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
TCAAATAAATAAGTTTTTCTACACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGA
AAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGCTA
Found at i:19524 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 19124--19675 Score: 436
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
19114 NNNNNNNNNN
* *
19124 TAAAACCACTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTAGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC-T
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGT-AAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TATAAATGGACTTTTCTT
*
19188 TCAAAATAAAAAGTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGA
64 TCAAAATAAAAAGTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGA
* * *
19253 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTA
129 AAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTA
* * * * *
19293 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGG-TTTACGATATTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGAATGA-GAGA-TATAAATGGACTTTTCT
* *
19357 TTC-AAATAAATGAGTTTTTTTACACGTTTTCC-AAGGC-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
63 TTCAAAATAAA-AAGTTTTTCTACACG-TTTCCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * *
19419 ATGAAAAACATAAAAAATTCCACCTAAAATCAATTATGAGATTA
125 AAGAAAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTA
********** * *
19463 TAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGAGATAATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGAT-ATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * ** *
19528 AC-CAAT-GAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAA
64 TCAAAATAAAAAG--TTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA
** * * * * * *
19590 CCAAAAATGTAAAAATAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
126 AGAAAAA--CATAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTA
* * * *
19636 TAAAATCATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGAAT
19676 AGGTAACTAT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 68, Indels: 30
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.02
169 66 0.22
170 165 0.55
171 7 0.02
172 4 0.01
173 49 0.16
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGATATAAATGGACTTTTCTTTC
AAAATAAAAAGTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGAAA
AACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTA
Found at i:19669 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 18881--20836 Score: 673
Period size: 172 Copynumber: 11.5 Consensus size: 172
18871 CTTAATGCAA
* * * *
18881 ACATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTGT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAA-AAAATTGAACTTAAAATCAATTAT
********** * * * * * * *
18946 GAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACT-AGAAATTGA
63 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TAATAAATAGA
* * * * * *
19010 CTATTCTTGTCAATGAATG-TAATTTTCTTCACATTTCTTAGGGCAG
127 CTTTTCTTGCCAATAAATGCT-TTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * * ** * * ******
19056 ATATTTAATTACAATCTGTTTTAACCTGAAATGT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
**** * * * * * *
19120 NNNNTAAAACCACTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTAGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATGGACTT
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TAATAAATAGACTT
* * * ** * *
19184 TTCTT-CAAAATAAAAAG--TTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCA-
130 TTCTTGC-CAAT-AAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * ** * *
19225 AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAAGAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * * * * * *
19288 GGCTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGG-TTTACGATATTATAAATGGACT
65 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGATAATAAATAGACT
* * * * * * *
19352 TTTCTTTCAAATAAATGAGTTTTTT-TACACGTTT-TCCAAGGCAG
129 TTTCTTGCCAATAAATG-CTTTTTTCTTCACATTTCT-TAAGGTAG
* * ** * * ** *
19396 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAA--CATAAAAAATTCCACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
********** *
19459 ATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGAGATAATAAATAGACTTT
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATAATAAATAGACTTT
* *
19524 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
131 TCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* *
19566 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
19631 GATTATAAAATCATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-G-TAACTATATATGCA
65 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATAA-TAAATA-G-A
* * * *
19693 CTTTTCTTGCCAATAAATTCATTTTTCTTTACATTTCTTTAGGTAG
127 CTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* *********** * * * *
19739 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTNNNNNNNNNNATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTAAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
19804 ATTATAAATTGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAGGGAATCGA-AGCCT-ATAAATGGACT
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAG-ATAATAAATAGACT
* * *
19867 TTTCTT-CTCAATGAAT-TTTTTTTATAT-ACATGTTTCTTAAGGTAG
129 TTTCTTGC-CAATAAATGCTTTTTTCT-TCACA--TTTCTTAAGGTAG
* * * ** ********** *
19912 GCATTTAATTATGATCTGTTTTAA-TGAAAAT-TATAAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATAATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
19975 GATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATGGA--
65 GATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATAATAAATAGACT
* ** * *
20037 ---CTTGCGAATAAATGCTTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGATAG
129 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
********** * * * *
20077 ACATTCAATTANNNNNNNNNNTAACCAATAATGCAAAAAAAATTGAACCTAAAATAAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
20142 ATTATAAAAACTTTTAAAGCGAGTACTAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT-ATAAATAGACTT
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TAATAAATAGACTT
* * * * * * * *
20206 TTCTTGCTAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTCTCCTAATGTAA
130 TTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * ************
20249 ACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAAGT--AAAAAA---AA-TTAAACNNNNNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
********************* * * *
20308 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACT-ATAAATGGACTT
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TAATAAATAGACTT
** * * * * **
20372 TTCTTATCAATAAATTCATTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAG
130 TTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * ** * * **********
20415 ACATTCAACTATAGTCTGTTTGGACAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATNNNNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
20480 ATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAAGAAT---AGATAACTACAA-ATGTA
66 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATAA-TA-AATA-G-A
* * * *
20541 CTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG
127 CTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * * * *
20587 ACATTCAATTAGAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
20652 ATTACAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCTGAAAGAATGGGTGACT-GTAAATAGAC
66 ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGAGAGA-TAATAAATAGAC
* * * ** * *
20714 -TTTCTTGCCAATGAATGCGTTTCTCTTCATGTTT-TTATGGTAA
128 TTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* ** * * * *
20757 ACTTTCAATTATAGCCTGTTTGAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
20821 ATTACAAAACCATTTA
66 ATTATAAAATCATTTA
20837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1298, Mismatches: 417, Indels: 138
0.70 0.23 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 23 0.02
166 170 0.13
167 15 0.01
168 21 0.02
169 130 0.10
170 252 0.19
171 154 0.12
172 338 0.26
173 154 0.12
174 9 0.01
175 30 0.02
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATAATAAATAGACTTT
TCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
Found at i:26018 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25670--28461 Score: 2459
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 170
25660 NNNNNNNNAG
* * * * *
25670 TTGGCAAGAGAACTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTGAATACTCACTTTAAAAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATG
* * * *** * *
25734 GTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGACAAATTTTTTTATATTTTTA-TTGAAACAGACTATA
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * **
25798 ATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCA
130 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCA
*
25840 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * **
25904 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTATTATTTAAAACAGGTTAT
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * *
25969 AATTTAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAA-AAAAAACATTCG
129 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCA
* * * * * *
26010 TCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* *
26075 CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
26140 TTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCA
131 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
*
26181 TTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATG
1 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
26245 ATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * **
26310 ATTGAAAGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAATGCATTCA
130 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAACATTCA
* * *
26352 TTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
26415 GTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTGTTCGTTAAAATAGACTATA
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* **
26479 ATTGAATG-CTTGCCTTGAGAAACAT-ATA-AAAAAACCCATTCA
130 ATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAA--CATTCA
* * * *
26521 TTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTC-GTTCTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAAT
* * *
26584 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTAACA-TTTTAGGTTAAAATAGACTA
64 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGACTA
* ** * * *
26648 TAATTGAATGCCTGTCTCGAGAAATATGAAGAAAAATGCATTCA
128 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
* * * * *
26692 TTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCAT-CCATTCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
26756 GTTTTATAATCTCACAATTGA-TTTAAGTTCAATTTGTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAATAGATTA
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* *
26819 TAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA
128 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
* * * * *
26863 TTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCTCACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * *
26928 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTCAG-TAAAATAGACTATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATA
* * * *
26992 GA-TGAATG-CTTGCATCCAA-AAACGTGTAA-AAAAAGGCCATTCA
130 -ATTGAATGTC-TACCT-CAAGAAACATG-AAGAAAAA--ACATTCA
* * * * *
27035 TTTGG--AGAAAAAATCCATTTGTAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT
1 -TTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
27098 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTC
64 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* * * * ** * *
27163 TAATTGAATGTCTGCCTTAGGGAATGTGAAGCAAAAGC-TATCTA
128 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACAT-TC-A
* * * * * * ** * **
27207 TTGGTACGAAATGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT-A
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
** * * * * * *
27271 GTACTATAAACTCATAAATAATTTTTAG-TGAATTTGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATT
66 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACT
* * * ** * * *
27334 ATAATTGGATGTTTAACTTGAGAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCC
127 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
* * * * ** * ** *
27379 TCGGCCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTTAAAAGGTTTAGTACTTGCTTTAAA-A
1 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
27442 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
65 A-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * *
27507 AATTGAGTGCCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCA
129 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAACATTCA
* * *
27550 TTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAAT-A
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* *
27614 GTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAACATTGTTCAG-TAAAACAGACTA
66 -TTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTA
* * * * *
27676 TAATTGAAGGCCTGCCTCTAGAAACATGTAA-AAAAACTCAGTT-A
128 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAA-ACA-TTCA
* * *
27720 TTTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT
* * * * * *
27783 -AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAATTTCAATATTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGA-T
64 GA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
* * *
27846 CATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAACCATTTA
127 -ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCA
** * * *
27892 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAT-CGATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *** * * *
27956 ATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTA
65 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG--TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* ** * * **
28021 TAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAA-AAAGATGAGATTTG
128 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA-A-AACATTCA
* * * * * * * *
28065 TTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCTCACTTTAAAAGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
** * ** * * * * *
28130 TTTTATTGTCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATATTTTTATATTTTTCA-TTGAAACGGACAATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATA
** * * * *
28194 ATTGAATGTCTACCTTGACAAATATGAAGAAAAAAGTATTTA
130 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCA
* * * * * * *
28236 TTGACGAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * * * * * * *
28301 TTTTATAATTTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTGTTTTGCATTATTATTTAAAACATATTATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
28366 ATTTAATGTCTACCTTGAA-AAGCATGAAGAAAAAGGCATTCG
130 ATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
* * *
28408 TCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
28462 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2162, Mismatches: 364, Indels: 190
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 2 0.00
169 116 0.05
170 492 0.23
171 767 0.35
172 573 0.27
173 202 0.09
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCA
Found at i:31087 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30798--31116 Score: 430
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
30788 NNNNNNNNGT
* * * *
30798 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATAATGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAATGAAAAA
* * * *
30863 ACCATTCATTGGAAACAAAAATCTATTTATAATCTTTTATTCCTTCACAAGCCTTATTACTAGCT
66 ACCATTCATTGGAAACAAAAATATATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT
30928 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTTACTTGAA
131 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTTACTTGAA
* * *
30968 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACAT-AT-AGAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAATGA-AA
* * *
31030 AAACCTATTTATTTGG-AAGAAAAATATATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCT
64 AAACC-ATTCA-TTGGAAACAAAAATATATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
31094 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
127 AGCTTTAAATGGTTTTACAATCT
31117 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 8
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 10 0.08
170 114 0.88
171 4 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAATGAAAAA
ACCATTCATTGGAAACAAAAATATATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT
TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTTACTTGAA
Found at i:33501 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32978--33547 Score: 618
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
32968 NNNNNAAACC
* *
32978 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GGTGACAATAAATAGG-CTTTTCTTACT-A
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT-CTAA
* * * * * *
33040 GTGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCATGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA
64 G-GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAAA
* *
33105 TGTAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAATT
127 TGTAAAAAC--ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATT
* * * *
33151 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTCTCAAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AAG
* * * * *
33215 GAATGCCTTTTT-TACACGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATA
65 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACAAAAAATG
* * **
33279 TGAAAAA-ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACC
129 T-AAAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATT
* * * *
33321 ATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGAGAT-ACTATAAATGGATTTTTGTTGCTAAG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAG
* *
33385 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAGCCAAAAAT
65 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCATG-AGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAAAT
* * *
33449 GTAAAAACATTGAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATT
128 GTAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATT
* * ** * * *
33492 ATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-CTGACTATCAATGGACATTTC
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
33548 ATGCCAATGG
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 54, Indels: 28
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 98 0.30
171 120 0.36
172 44 0.13
173 67 0.20
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAGG
AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
AAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATT
Found at i:34739 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 34435--34773 Score: 298
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 159
34425 CAACTTAAAA
* * * *
34435 TCAA-TTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAAAAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGAAACTA
1 TCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAAAACAAGGCTATTAAAGAAATGAGAAACTA
* * *
34499 CAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTCACATGTTTCTGGAGGCAAGCATTCATCTA
66 CAAATGGA-TTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTTCACA-GTTTCTGAAGGCAAGCATTAATCTA
* *
34564 TAGTCTGTTTTACTGAAAAATATAAAAACAT
129 TAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAACAT
** *
34595 TCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAACAAGGCTATTGAAGAA
1 TCAACTT----------ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAAAAACAAGGCTATTAAAGAA
*
34659 ATGA-AAGACTATAAATAGG-TTTTCTTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCAT-AAG
55 ATGAGAA-ACTACAAAT-GGATTTTC-TTCCCAATGAATGGC-TTTT-TTCACAGTTTC-TGAAG
*
34720 GC-AGACATTTAAT-TATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACAT
114 GCAAG-CA-TTAATCTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAACAT
*
34766 TGAACTTA
1 TCAACTTA
34774 AAATNNNNNN
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 15, Indels: 39
0.73 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
161 3 0.02
170 9 0.06
171 110 0.76
172 12 0.08
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
TCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAAAACAAGGCTATTAAAGAAATGAGAAACTA
CAAATGGATTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTTCACAGTTTCTGAAGGCAAGCATTAATCTATA
GTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAACAT
Done.