Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398394.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1691.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7433
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.12, T:0.30
Warning! 1170 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:336 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--352 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
* * *
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACCATAAATGTGCTTCTCTTCTCAACGAATAGCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGATGACCATAAATGTGCTTCTCTTCTCAACGAATAGCATT
* * *
66 TTTTGCATGTTTCTCAAGACAGACATTCATATATAATCTGTTTTAACCAAGATTTCAAAAAACAT
66 TTTTGCATGTTTCTCAAGACAGACATTCATATATAATATGTTTTAACCAAAAATTCAAAAAACAT
**********
131 TAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACAATTTAAAGC
131 TAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGC
* * * * *
172 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGATGACCATAAATG-GACTTTTCTTCTGAATGAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGATGACCATAAATGTG-CTTCTCTTCTCAACGAATAGCAT
* * *
236 TTTTTGCATGTTTTTCAAGGCA-AGCATTCA-ATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATTCAAAAAG
65 TTTTTGCATGTTTCTCAAGACAGA-CATTCATA-TATAATATGTTTTAACCAAAAATTCAAAAA-
* * *
299 A-TTTAACTTAAAATCTATTTTGGGATTATAGAACAATTTAAAGC
127 ACATTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGC
*
343 TAGTAATAAG
1 GAGTAATAAG
353 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 28, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 145 0.97
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGATGACCATAAATGTGCTTCTCTTCTCAACGAATAGCATT
TTTTGCATGTTTCTCAAGACAGACATTCATATATAATATGTTTTAACCAAAAATTCAAAAAACAT
TAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGC
Found at i:1074 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 574--1153 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
564 NNNNNNNNNN
* * * * *
574 TTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAG-CATGTTTTAA
1 TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTC-TATTTTAA
* * * *
638 CCATAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAA-AATCGATTTTAGGATTATAAAACAATTTAAAGCGAG
65 CCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAATAAT---TTTGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * * *
702 TAATAAGTCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAATATATTTTTC
125 TAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * * * *
746 TTGCT-AATGAAT-GCCTTTTGT-TTCATGTTTGTTGAGGAAAACAATAAAGTATTA-TCGATTT
1 TT-CTCAATGAATAG-CTTTT-TCTACATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTA-TAGTCTATTT
* * * * * * * *
807 AAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATTATTTAAAACGA
62 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AA-TAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
*
872 GTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAGT-GACTTTTC
124 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTC
* *
917 TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAT
1 TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* * *
982 CAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAATAATTTTGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAA
66 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
1047 GGCTTTTGAAGGAATGGGCGGCTATAAATAGACTTTTC
131 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
1085 TTTTTAATGAATGGCTTTTTCTACACGCTTTTTAAGGCAGTCA-TCTAATTA-AGTCTGTTTTAA
1 TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGCAGACATTC-AATTATAGTCTATTTTAA
1148 CCAAAA
65 CCAAAA
1154 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 62, Indels: 37
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 19 0.06
168 107 0.32
169 2 0.01
170 5 0.02
171 134 0.41
172 52 0.16
173 8 0.02
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
Found at i:3038 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2663--3250 Score: 477
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
2653 AACGAATGAG
* *** ***
2663 TTTTTCTTCATGTTTCTCTAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAANNN
1 TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATATAAAAA
******* * *
2727 NNNNNNNCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAACCGAGTAATAAGGCCTTTAAAG
65 TATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAA-
* * * * * *
2792 GAATAGGTGTCTATAAATGAACTTTTCATGCCACTGAATGCC
129 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCC
* * * * ***
2834 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTTTTGTCTATTTTATCCAAAAATGTAAANNN
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATATAAAAAT
******* * * *
2899 NNNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATCTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAAA
66 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-AAAG
*
2964 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTC
130 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCC
********** *
3005 TTNNNNNNNNNNTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAT
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATATAAAAAT
* * * *
3070 ATTTAACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGG
66 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTTTAAAG
* * *
3135 AATGAGTGATTATAAATTGACTTTTCTT-CTCAATGAATTG--
130 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAA-TGCC
* * * * *
3175 ATTTTCTAT-ACGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTGTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
1 TTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATATAAAA
* *
3238 AAATTCAACTTAA
64 ATATTTAACTTAA
3251 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 72, Indels: 15
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 61 0.18
171 268 0.79
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATATAAAAAT
ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGA
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCC
Found at i:4385 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3632--7433 Score: 2316
Period size: 171 Copynumber: 22.3 Consensus size: 170
3622 NNNNNNNNNN
** * * *
3632 TAGTCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAATAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * *
3697 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGTCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
* * * *
3762 AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTT
130 ATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * *
3803 TTGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
********** * * *
3868 TTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNTGAAGTAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* * * * * * *
3933 ATGTCTTTTACTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAGTTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * *
3974 TAGTCTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** ** **********
4039 TTTAAATTGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATGGGTGANNNNNNNNNNACTTTTCTTCTCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
* * * *
4104 ATTGCTTTTTCTAT-ATGTTACTCGAAGCA-AGCATTGAATTA
130 ATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAAGTAGA-CATTCAATTA
* * ************** *
4145 TAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNNNNNAAAATAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* *
4210 TTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TATTT-TTCTATATG
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTCTA-ATG
* *
4273 AATGGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTCTAAGCAGACATTCAATTA
129 AATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * *
4315 TAGTCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
************************* *
4380 TTTAAAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* * * *
4445 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * ** * * * * *
4486 TAGTCTGTTTGAAGCAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGATATTATAAAAAAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * * * *
4551 ATTAAAGGGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGCGACCCA-AAATGGACTTTGCTTCCCACTG
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATG
** * *
4615 AA-CACTTTTTCCTTCATGTTTCT-GATGTAGGCATTCAATTA
129 AATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* ********** *
4656 TAGTCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAATAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
4721 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* * * *
4786 AT-GCATTTTTCTTCATATTTATCGAGGTACACATTCAATTA
130 ATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
4827 TTA-TCCGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAACTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATA
1 -TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
** * **********
4891 ATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGNNNNNNNNNNATGGACTTTTCTTCTCAATG
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATG
* *
4956 AAT-GCATTTTTCTTCTTGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
129 AATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
4998 TTA-TCT-ATTTGACTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAATTTAATTATGATATTAGAAAAC
1 -TAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * * *
5061 CATTTCAAGTTAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGATGACTAT-AATGGACTTTT-TATGCCAA
64 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-CTAA
* *
5124 TAAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
127 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA
* ********** * *
5167 TTGTCTGTNNNNNNNNNNAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * * *
5232 TTTAAAGCAAGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGTTGACTATGAATAGACTTTTC-CCATCAACG
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-T-AATG
* ** *
5296 ATTGTG-TTTTTCTTCACATTTCTCTAAGTAGACATTCAATTA
129 AATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* ** * * * *
5338 TAGTATGTTTTAAGAAAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAAT
1 TAGTCTGTTTT-A-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
5403 AATTTAGAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGGC-AA
64 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CTAA
* * * **********
5467 TGAATGCCTTTTTCTTTATATNNNNNNNNNNAGACATTCAATTA
127 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * *
5511 TAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* **********
5576 TTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* * * *
5641 ATGTCTTTTACTTCATATTTCT-GAAGGTAAACATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA
* * * **********
5682 TAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * *
5747 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
** * * *
5812 ATGTATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * *
5853 TTGTCTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATACTATAAAACCA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
5918 TTTAAAGTGAGTAAAAACGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATGAACTTTTCTTGTCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
* *
5982 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAAGGTAGACATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA
* * ** ********** *
6023 TTGTCTGTTTTAATCATGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * *
6088 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
** * **********
6152 ATATCTTTTTTTTCATGTTNNNNNNNNNNGACATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * *
6193 TTA-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA
1 -TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* ** ** * * * *
6257 ATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACTACGAATAGACTTTTATTGTCAACG
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATG
* *
6322 AAT-G-TGTTTTCTTCATCTTTCTCTAAGTAGACATTCAATTA
129 AATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* **********
6363 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * *
6428 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTCTGAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
* ** * * *
6493 ATGGCTTTTTATAAATGTTTC-CCAAGACAAACATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTA
* * * *
6534 TAGCCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAACAATTCAACCTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAT
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
********** * * *
6598 AATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGA-TCATAAATGGACTTTTTTTCTCAA
64 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTCT-AA
* * * * *
6662 TGAATGGGTTTTTCTAT-ACGTTTCTC-AATGAAAACACTCAATTA
127 TGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA
* ** * * ********** *
6706 TAGTTTGTTTTAATGAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * * *
6771 TTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTCAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAG-
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* ** ** * *
6835 ATTGCGTTTTTCTTCACATACCTC-ATGGTAGACATTCAATTTT
130 ATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGA-AGTAGACATTCAA-TTA
* *
6878 TA-TCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
6942 CTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGTCATTTCTTCTCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGA
* * * * *
7007 ATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGAAAAATATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTA
* ** * ********** *
7048 TAGTCTTTTTTAATGAAAAATATAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAAGAA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* ********** * *
7113 TTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTCTTAATAA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TAATGA
** * ** * * *
7178 ATTACTTTTTCTACACATTTCTAGAAGCAGGCATTCAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
7219 TAGTTTGTTTTAA-CAAAAATATTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTGTGAGAGTATAAAACTA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
********** * * * * *
7283 TTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGA
* * * * * *
7348 ATGTCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGAGATTTAATTA
130 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
* *
7389 TTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
1 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Statistics
Matches: 2726, Mismatches: 829, Indels: 152
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 111 0.04
170 829 0.30
171 1496 0.55
172 156 0.06
173 130 0.05
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
Done.