Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398396.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1693.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19665
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.10, T:0.25
Warning! 5951 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5050 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4743--5506 Score: 806
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
4733 NNNNNNNAGC
* * *
4743 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTT
** * * * * *
4808 TACCTTCATATTTCTTAAAGTTGACATTGAATT-CTAATCTT-TTTTAACCAAAAATATACAAAG
64 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAC-AAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAG
* * * *
4871 AAGTCAAATTTTAATCAATTTTGATATTACAAAACCATTTAAAGT
127 AATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
4916 GAGTGATAAGGCTTTTGGAGGAATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCATACCAATGAA-CCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTT
* *
4980 TCTTCATGTTTCTTGAGG-ATGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGGTACAAAGAA
66 TCTTCATGTTTCTTAAGGTA-GACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAAT-GTACAAAGAA
5043 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
129 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
5086 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATGGACCTTTCTTTCTAGTGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTT
* * ** * *** *
5151 TTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACAAACAATTACAGTCCCTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AAG
65 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-
* * * * ** *
5214 TTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATAATTTAAAGC
129 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
5257 AAGGAATGAGGCTTTTGAATGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGCTTTA
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTT-
* *
5322 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-CAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAT
65 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAT
* * *
5386 TAAAATTTAAATCACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
130 TCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
5428 GAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGATTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTT
* *
5493 TGCTTCACGTTTCT
65 TTCTTCATGTTTCT
5507 CAAGCGAGAC
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 94, Indels: 28
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 159 0.33
171 212 0.44
172 86 0.18
173 18 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTT
TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT
CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
Found at i:6520 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6343--6698 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
6333 NNNNNNNNNN
* *
6343 AGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACAATAAAT-GAACATTTCTT-GCAAATGAAT
1 AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAG-AATGGATGACAATAAATAG-ACATTTCTTAGC-AATGAAT
*
6405 ACCTTTCTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAG-CATTCAATTACAACATATTCTAATCAAAAGA-GCC
63 ACCTTTCTCCTCATGTTTCCCAA-GCAAGACATTCAATTACAACATATTCTAATCAAAA-ATGCA
* * * *
6468 AAAATATTT-AAC-CTAAAATCAATTATGAGGTTACAAA-AGCATTTAA
126 AAAAAATTTGAACTC-AAAATCAATTATGAGATTA-AAAGACCATATAA
* ** *
6514 AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGAGTTTTCTTATCAATGAATACC
1 AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACAATAAATAGACATTTCTTAGCAATGAATACC
* * * * * * * * * *
6579 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAACATGTTTTACTTAAAAATGTAAAAAA
66 TTTCTCCTCATGTTTCCCAAGCAAGACATTCAATTACAACATATTCTAATCAAAAATGCAAAAAA
6644 ATTTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAGACCATATAA
131 ATTTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAGACCATATAA
*
6686 AGTGTGTAATAAG
1 AGTGAGTAATAAG
6699 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 22, Indels: 15
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 104 0.67
172 45 0.29
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (172 bp):
AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACAATAAATAGACATTTCTTAGCAATGAATACC
TTTCTCCTCATGTTTCCCAAGCAAGACATTCAATTACAACATATTCTAATCAAAAATGCAAAAAA
ATTTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAGACCATATAA
Found at i:10324 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9318--10744 Score: 880
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 172
9308 NNNNNNNNNN
* ** *
9318 AAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTTTGTTTCTCG-
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
* * * * * * * * *
9382 AGATTGATAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG--CAAAAAACTTCAACTTAAAATCAA
66 AG-CTAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAA
** * ********** *
9445 TTACG-GCATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNTA
129 TTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
* *** *** * *
9489 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGTAATGAGGCTTTTAAATGAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATG-G-ACT-TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
9554 TGAGGTTGACATTCAATTATAAT-TTTGTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATC
63 TGAAGCTAACATTCAATTACAGTCTGT-TTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATC
********** * * *
9618 AATTTTNNNNNNNNNNAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
127 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
* * * * * * ** * *
9664 AAGGAATTGGTTACGATAAATGGACTTTTCCTGCCAACGACTGTCTTTTCCATT-ATGTTTATT-
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TTCATGTTTCTTG
* * * * * ** *
9727 TAGGTAGACA-TCAATT-CTAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-CAAA-AAGTTCAGCTTAAAATC
65 AAGCTA-ACATTCAATTAC-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATC
* * * *****
9788 AATTAT-AGCATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCNNNNNN
127 AATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGC-TTTTG
**** * * * * * ***
9835 NNNNAATGGGTGACTATTAATCGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTACCTTCGCATTTCTTG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT-TCTTCATGTTTCTTG
* * * * * ** * * *
9899 AGGTTGACATTGAATTATAACCT-TTTTAAACCAAAAAAGGACAAAGAATTCAAATTGAAATCAA
65 AAGCTAACATTCAATTACAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAA
* * *
9963 TTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
129 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
* * * *
10007 GAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATG-A-ACCTTTCTCTTCATGTTTCTTGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
* *
10070 AGTTGACATTCAATATA-A-TCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT
66 AGCTAACATTCAAT-TACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT
* * *
10133 TTTGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAAGAAGGTTTTTG
130 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
* * * * *
10176 AAGGAATGGGTTACTATAAACGAAGTTTT-TTGGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTG
* * * ** * *
10240 AGGCTAACATCCAATTACAGTCCGTTGGAACCAAAAATGTA-AAA-AAGTTCAACTTAAAATCAA
65 AAGCTAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAA
* *
10303 TTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATGAA-GCTTTTG
129 TTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-GAAGGCTTTTG
* ** *
10347 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTCTTTCTTCATGTTTC-TC
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT-TTTCTTCATGTTTCTTG
* * * *
10410 AAGCCAATCTTTCAATT-CAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATTAA
65 AAGCTAA-CATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAA
* *
10474 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTA
129 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
* * * * * * * * * * * *
10518 AAGGAACGAGTTACTATAATTGCACTTTTCTTGCTAGTGGATTCATTTTTCTTCATGTATC-TCA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
* * * * * * * * ** *
10582 AGCTGGACATTCAATTATAATATGTTTTACCCAAAAGTGTA-AAAAAATTGAGCTTAAAATCAAT
66 AGCT-AACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT
* * * * *
10646 TATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGGAATG-AGGCTTTTG
130 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-GAAGGCTTTTG
* * * *
10689 AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GCTTTATTCTTCAT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT-TTCTTCAT
10745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 251, Indels: 94
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 106 0.11
170 117 0.12
171 435 0.45
172 123 0.13
173 57 0.06
174 60 0.06
175 52 0.05
176 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
AGCTAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
Found at i:12018 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11688--13318 Score: 1385
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
11678 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
11688 TTTAACTAAAAATG-T-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAACTATTTAAA
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
11751 GCGAGGAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTTCCAATGAAT-GCT
65 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * * *
11815 TTATTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCAGTTTTT
130 TT-TTCTTCATGTTTCTCAA-GTTGACATTCAATTTAATCTGT
* *
11858 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
11923 TGAGTAACAAGGCTTTTAAAGCAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTGTTGCTAATGAATACCTT
66 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
** *
11988 TTTCTTCATGTTTCTCAAGCAAGACATTCAATTATAATATGT
131 TTTCTTCATGTTTCTCAAG-TTGACATTCAATT-TAATCTGT
* * * * ** * *
12030 TTTATCTAAAAATG-TAAAACAATTTGAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAA
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * *
12094 GTGTGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
65 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * * * *
12159 GTTTCTTCATGTTTCTTGATGTTGGCATTC-GTTCATAATCTTT
130 TTTTCTTCATGTTTC-TCAAGTTGACATTCAATT--TAATCTGT
* * * * * *
12202 TTTAACGAAAAATGTGCAAAGAATTTAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
12267 TGAGTATTAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTACCAATGAATACCTT
66 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * *
12331 TTTCTT--TGCATTTCACAAGATTGACAGTCAATTATAGTCTGT
131 TTTCTTCATG--TTTCTCAAG-TTGACATTCAATT-TAATCTGT
* * * * * * *
12373 TTGAACCAAAAAT-AT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCAATTAA
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
12435 AGTGAGAAATGAGGTTTTTGAAGTAATTGGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTGCCAATGTATAC
64 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATAC
* * * * *
12499 C-TTTTCTTCAGGTTTCTTGATGTTGACATTAAATTAGAATCTGT
128 CTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGTTGACATTCAATT-TAATCTGT
* * *
12543 TTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * **
12608 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTCTT
66 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * * * *
12673 TTT-TATTAGGTTTATTGAGGTGGACA-TCAATTTTAATCTGT
131 TTTCT-TCATGTTT-CTCAAGTTGACATTCAA-TTTAATCTGT
* * * * *
12714 TTTAACTAAAAAT-ATCAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AGCATTATAAAACCATGTAA
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
12776 AGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGGAATGGGTGAC-AAATAATCGACTTTGCTTGTCAATGAAT-
64 AGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* ** ** * * * * *
12839 GCTTTGACCTTCACATTTCTTGAGGTTGACAATGAATTATAACCT-T
127 CCTTT-TTCTTCATGTTTC-TCAAGTTGACATTCAATT-TAATCTGT
* ** * * * *
12885 TTTAAACCAAAAAAGGACAAAGGATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAATCATTTAAA
1 TTT-AACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
12950 GTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-A-ACCT
65 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * *
13013 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGAAATTCAATTATAATCTGT
130 TTTTCTTCATGTTTC-TCAAGTTGACATTCAATT-TAATCTGT
* *
13056 TTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
13121 TGTGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGAAGTTTTCTGGCCAATGAATACCTT
66 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * *
13186 TTTCTTTATGTTTCTTCAAGTAGACATCCAA-ATACAGT-TCGT
131 TTTCTTCATGTTTC-TCAAGTTGACATTCAATTTA-A-TCT-GT
* ** * *
13228 TTTAACCAAAAATG-T-AAAAAAGTTCACCTTAAAATCAACTATG-GTATTATAAAACCATTTAA
1 TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAA
*
13290 AGTGAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGTATGG
64 AGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGG
13319 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 233, Indels: 103
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 323 0.27
171 434 0.37
172 338 0.29
173 66 0.06
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
TTTCTTCATGTTTCTCAAGTTGACATTCAATTTAATCTGT
Found at i:12364 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 11688--13318 Score: 1585
Period size: 343 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
11678 NNNNNNNNNN
* * * *
11688 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAGTTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
11753 GAGGAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTTCCAATGAATGCTTTA
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TT-
** * * * * *
11818 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-CAGTTTTTTTTAACCAAAAATGTTCAAAGAAT
129 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTC-ATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAAT
* * * * *
11882 TCAAATTTAAATCACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGCAA
193 TCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
11947 TGGGTGACTATAATTGGACTTTTGTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCA-AG
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA-GTTTCACAAG-ATTG
*
12011 ACATTCAATTATAATATGT
321 ACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
12030 TTTATCTAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAG
1 TTTAACTAAAAATGTAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
12095 TGTGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATG
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-T-
* * * *
12160 TTTCTTCATGTTTCTTGATGTTGGCATTCGTTCATAATCTTTTTTAACGAAAAATGTGCAAAGAA
128 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATT-ATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAA
* * * *
12225 TTTAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTCTGAAGGA
192 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
12290 ATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTTGCA-TTTCACAAGATT
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTC-TT-CAGTTTCACAAGATT
* *
12353 GACAGTCAATTATAGTCTGT
320 GACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
12373 TTGAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCAATTAAAG
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
12437 TGAGAAATGAGGTTTTTGAAGTAATTGGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTGCCAATGTATACCT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAT-GCT
* * * * * *
12501 TTTCTTCAGGTTTCTTGATGTTGACATTAAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA
128 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATT-CATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAA
* *
12566 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
192 TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * ** * ** *
12631 ATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTCTTTTT-TATTAGGTTT-ATTGAGGT
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT-TCA-GTTTCA-CAAGAT
* *
12694 GGACA-TCAATTTTAATCTGT
319 TGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
12714 TTTAACTAAAAATATCAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AGCATTATAAAACCATGTAAAG
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
12778 CGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGGAATGGGTGAC-AAATAATCGACTTTGCTTGTCAATGAATGCT
65 TGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* ** ** * * *
12842 TTGACCTTCACATTTCTTGAGGTTGACAATGAATTATAACCTTTTTAAACCAAAAAAG-GACAAA
128 TT--TCTTCATGTTTCTTGAGGTTGAC-ATTCATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTG-CAAA
* * *
12906 GGATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGA
189 GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *** *
12971 GGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-A-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
254 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA-GTTTCACAAGA
*
13034 TTGAAATTCAATTATAATCTGT
318 TTGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
13056 TTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTAACTAAAAATGTA-AAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
13120 GTGTGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGAAGTTTTCTGGCCAATGAATACCT
64 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GC-
* * * * * * *
13185 TTTTCTTTATGTTTCTTCAAGTAGACATCCA-AATACAGT-TCGTTTTAACCAAAAATGT--AAA
127 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATTATA-A-TCT-TTTTTAACCAAAAATGTGCAAA
* ** * * * *
13246 AAAGTTCACCTTAAAATCAACTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAA-GCTTTT
189 GAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTT
*
13309 GAAGGTATGG
251 GAAGGAATGG
13319 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 193, Indels: 81
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 300 0.28
342 267 0.25
343 365 0.35
344 112 0.11
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
CTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAATTCA
AATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAGTTTCACAAGATTGACATT
CAATTATAATCTGT
Found at i:12837 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 11688--13318 Score: 1680
Period size: 513 Copynumber: 3.2 Consensus size: 506
11678 NNNNNNNNNN
* *
11688 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAGTTAT-GATATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAG-TATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
11752 CGAGGAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTTCCAATGAATGCTTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTCTTT-CAATGAATGCTTT
* * * * * * *
11817 ATTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT-CAGTTTTTTTTAACCAAAAATGTTCAAAGA
128 ATTCTTTCA--TTTCTCAAGGTTGACAATCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAAT-AT-AAAAA
* * * *
11880 ATTCAAATTTAAATCACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGC
189 ATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGC
* * * * *
11945 AATGGGTGACTATAATTGGACTTTTGTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGCA
254 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-T
* * * * * ** * *
12009 AGACATTCAATTATAATATGTTTTATCTAAAAATGTA-AAACAATTTGAACTTAGAATCAATTAT
317 TGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTA-AATCAATTTT
* * ** ** *
12073 GAGATTATAAGACCATTTAAAGTGTGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATTAATGGAC
381 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGAC
* * * * *
12138 TTTTCTTGCCAATGAATGCATGTTTCTTCATGTTTCTTGATGTTGG-CATTC-GTTCATAATCTT
446 TTTTCTTGCCAATGAATGC-T-TTTTTTTATGTTTCTTGA-GGTGGACA-TCAATT-ATAATCTG
12201 T
506 T
* * * * ** * *
12202 TTTAACGAAAAATGTGCAAAGAA-TTTAAATTTCAATCAATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAA
1 TTTAACTAAAAATGT--AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
12265 AGTGAGTATTAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTACCAATGAATACCT
63 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTT-TCAATGAAT-GCT
* * * * *
12330 TT-TTCTTTGCATTTCACAAGATTGACAGTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAA
126 TTATTCTTT-CATTTCTCAAGGTTGACAATCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * *
12394 CTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCAATTAAAGTGAGAAATGAGGTTTTTGAAG
190 -TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
12458 TAATTGGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTGCCAATGTATACC-TTTTCTTCAGGTTTCTTGATG
253 CAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATG-ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG
* *
12521 TTGACATTAAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
316 TTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* *
12586 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGAC
381 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGAC
* * * *
12651 TTTTCTTGCCAACGAATGTCTTTTTTATTAGGTTTATTGAGGTGGACATCAATTTTAATCTGT
446 TTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTT-TTATGTTTCTTGAGGTGGACATCAATTATAATCTGT
* * * *
12714 TTTAACTAAAAATATCAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGCATTATAAAACCATGTAAAGC
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGTATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
12779 GAGTAATAAGGCTTTTTAAAGGAATGGGTGAC-AAATAATCGACTTTGCTTGTCAATGAATGCTT
66 GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-AATAGACTTT-CTT-TCAATGAATGCTT
* * ** * ** *
12843 TGA-CCTTCACATTTCTTGAGGTTGACAATGAATTATAACCTTTTTAAACCAAAAA-AGGACAAA
127 T-ATTCTT-TCATTTCTCAAGGTTGACAATCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATA-TA-AAA
* * *
12906 GGATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGA
188 -AATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
12971 GGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
252 GCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGT
*
13035 TGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
317 TGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
* * *
13100 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGAAGT
382 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
13165 TTTCTGGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAAGTAGACATCCAAATACAGT-TCGT
447 TTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTT-TTTATGTTTCTTGAGGTGGACAT-CAATTATAATCT-GT
* * * * *
13228 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCACCTTAAAATCAACTATGGTATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGTATTATAAAACCATTTAAAGC
*
13293 GAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGTATGG
66 GAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGG
13319 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 159, Indels: 75
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 45 0.05
512 64 0.07
513 393 0.43
514 309 0.34
515 96 0.10
516 7 0.01
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
TTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAGTATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTTCAATGAATGCTTTATT
CTTTCATTTCTCAAGGTTGACAATCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATATAAAAAATTCAAA
TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTTGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGCTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTGGACATCAATTATAATCTGT
Found at i:19366 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19346--19392 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
19336 GTATTAAGAA
19346 GAAATATAAAA-CAAT-TT
1 GAAATATAAAATCAATCTT
19363 GAAAT-TAAAATCAATCTT
1 GAAATATAAAATCAATCTT
*
19381 GAGATTATAAAA
1 GA-AATATAAAA
19393 GCATTTAAAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.20
17 9 0.36
18 4 0.16
19 2 0.08
20 5 0.20
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
GAAATATAAAATCAATCTT
Done.