Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397368.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1574.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 36248
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.11, T:0.28
Warning! 7622 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:731 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 438--994 Score: 663
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
428 NNNNNNNNNN
* *
438 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
* * *
503 ATGAACTTTTCTTACTAAGGAATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
66 ATGGACTTTTCTTAC-AATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
568 TCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACCTAAAATC
129 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTAACCTAAAATC
* * * * * * * *
609 AATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACCTTCGAATGTATGGTTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
* * *
674 ATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAA
66 ATGGACTTTTCTTA-CAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* *
739 TCTGTTTCAACTAAAAATGT-AAAAAATTAACCTAAAATG
129 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACCTAAAATC
* * * * * *
778 AATTATAAGATTATAAAATCA--TAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTTAAGGCATGGGTGATTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
* * * * ** *
841 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-CAGATAGATGTTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATA
* *
905 ATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATC
128 ATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAACCTAAAATC
* *
947 AATTATGAGATTATAAAACCAGTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
995 AACATGGGTA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 54, Indels: 18
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 92 0.28
168 9 0.03
169 66 0.20
170 8 0.02
171 147 0.46
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTACAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACCTAAAATC
Found at i:1052 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 731--1053 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
721 GCAAACATTC
* *
731 AATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTAACCTAAAATGAATTATAAGATTATAAAA
1 AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* * * ** * * * * * **
796 TCATAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTTAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
66 CCATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTAACTACAAACGGACTTTTCTGGCCAACA
* * * *
861 GATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCCAGATAGATGTTT
131 AATGGATATTTCTGCATGTTTTCCCAGATAGATGTTT
* * *
898 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATGT--AAAAAATTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* *
963 AACCAGTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTAACTACAGACGGACTTTTCTGGCC
64 AACCA--TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTAACTACAAACGGACTTTTCTGGCC
*
1028 AACAAATGGATATTTGTGCATGTTTT
127 AACAAATGGATATTTCTGCATGTTTT
1054 TTTTTATAAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 24, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 26 0.20
169 36 0.28
171 66 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
CCATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTAACTACAAACGGACTTTTCTGGCCAACA
AATGGATATTTCTGCATGTTTTCCCAGATAGATGTTT
Found at i:1603 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1149--3964 Score: 2138
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 171
1139 CTCTGAGCAG
* * * * * *
1149 ACATTCAATTATAAGAT-TTTTTACTAAAAATGTATAAATATTCAACTTAAAATCTATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1213 TTATAAAACCATTT------AGTAATAAGGCTGTT-GAAGACTTGGATAACTATAAATAGAC-TT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
1270 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTTC-AGAGGCAT
130 TTC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTA-AGGCAA
* * * * *
1313 ACATTC-ATTCATAATCA-GTTATATCAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAA
1 ACATTCAATT-ATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * ** *
1375 GATTATTAAACTATTTAAAGCAACCAGTAAGGCTTTCTAAGGCTTGGGCCACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
1440 TTTCTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTGCTATGACAG
129 TTTCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGCAA
* * *
1483 ACATTCAATTATAATATGGTTTAGCCAACAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1547 ATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGAATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
1612 TTCTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCTAAGGCAA
130 TTCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-CTAAGGCAA
* * * * *
1655 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
1719 ATTATAAAACCACTTAAA-CTAGGTAGTAAGGCCTTCGAAGGCATGCGTGACTATATATGGAC-T
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
1782 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-GGTTTCCCAAGGCTA
129 TTTC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-CTAAGGCAA
* ** * * * * *
1826 ACATTCAATTATAATATGATGAAACCAAACATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1891 TTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGAC-TTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
1955 ACTTGCCAATAAATGGCCTTTT-TTCATGTTTTTTTAA-GCAA
131 TC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-GTTTCTAAGGCAA
* * ** *
1996 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAAACCTTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * ** **
2060 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAATAATGAGGCCTTCGAAGGCATGTATGACTATAAAT-GAAGTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * *
2124 TTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCCTCCT-GTTTTTGAAGGCAA
130 TTC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCT-AAGGCAA
* * * * * * * **
2167 ACATTCAATTACATTTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAACCAATGGTGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * *
2232 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGATTGCATGGGTGACTATAAACGGAC-TTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
2296 TCTTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTTTAGAGGCAA
131 TC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTA-AGGCAA
* * * * * * *
2338 GCATTCAATTATAATATGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTAAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
2403 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
2467 GCATGCAAATGGATGG-TTTTTGCCTCA-CGTTTCCAAAGACAT
131 TC-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGGTTT-CTAAGGCAA
* * *
2509 AGATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
2573 TTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAGTAAGGTTTTTAAAAG-TATGGGTCACTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
2637 TTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTCTCTAAGGCAA
130 TTCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTT-TCTAAGGCAA
* * *
2679 CCATTCAATTATAAT-T-TTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAACTT-AACCTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
2741 TATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAT-AATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * *
2805 TTGCTATCAAT-AACTAGTTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGAGGCAA
129 TTTCTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGGTTTCT-AAGGCAA
** * * * *
2848 AGGTTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-AGTAAAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * *
2912 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGTACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
2976 TTGT-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTT-AT-ATTTGTCAAGATAG
129 TT-TCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCT-AAGGCAA
* * * * * * * *
3018 ATATTCAATTAGAATCTGTTTTGACCAATAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** **
3083 TTTTAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGTCTTT-AAAGG-TATAAGTGACTATAAATGGAC-T
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * *
3145 TTTCTCGCCACTAAATGGCTATTTGTTCA-CATTTCCTAA-TCTAT
129 TTTCT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-CTAAGGC-AA
* * * * * * * * *
3189 ACATTCAA-AAT-CTAT-TTTGATA--AAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAATTTAACTATAAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** ** *
3249 ATTATAAAACCATTTAATGCTAGTAGTAAGACTTTTGAAGG-AAGGTGTGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGG-GTGACTATAAATGGACTT
* * * *
3313 TTAT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTTATGTTTTCTAAGGCAA
129 TT-TCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGCAA
* * *
3356 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
3421 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTT-AAAAG-TATGACTAACTATAAATGGAC-T
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
3483 TTTCTTACCAATGCATGGCTTTCTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGA
129 TTTC-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGCA-A
* * * * * *
3528 A-ATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAGTTCTACTTAAAATCAATTTTGCA-
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AG
* * ** * * *
3591 TTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACCTTT-GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
3655 TTCTCT-TCAAT-AGATGACTTTTGCTTCAT-GTTTACTAAGGCAA
129 TT-TCTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-CTAAGGCAA
* * * * * * *
3698 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATGTTAGATAATTCAACTTAAAATCCATTACGAGT
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
3762 TTATAAAGCTATTTAAAACGAATAATAAGACTTT-GAACGCTTGGGTGGCTATAAATGAACCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-CTTT
** * *
3826 TT-TGCCAATGAATTACTTTTTCTTGACAT--TTTC-AGGGATAA
130 TTCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGGTTTCTAAGG-CAA
* * * * *
3867 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAAGAAAATTAAACTTAAAA-CTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
*
3931 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
3965 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2105, Mismatches: 448, Indels: 192
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 47 0.02
165 13 0.01
166 4 0.00
167 100 0.05
168 27 0.01
169 162 0.08
170 717 0.34
171 873 0.41
172 157 0.07
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
TCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCTAAGGCAA
Found at i:2172 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1149--3964 Score: 2081
Period size: 341 Copynumber: 8.3 Consensus size: 339
1139 CTCTGAGCAG
* * * * * * *
1149 ACATTCAATTATAAGAT-TTTTTACTAAAAATGTATAAATATTCAACTTAAAATCTATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1213 TTATAAAACCATTT------AGTAATAAGGCTGTT-GAAGACTTGGATAACTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
1271 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTACACG-TTTTC-AGAGGCATACATTC-ATTCATAATCAGTT
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTA-A-GCAAACATTCAATT-ATAATCTGTT
* * * * * * * * *
1333 ATATCAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATTAAACTATTTAAAGCA
192 TTAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
** * * * * * * * *
1397 ACCAGTAAGGCTTTCTAAGGCTTG-GGCCACTATAAATGAACTTTTTCTACCAATGAATGGCTTT
256 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGATG--ACTATAAATGAAC-TTTTCTATCAATGAATAGTTTT
* * * * * * *
1461 TTCTTCATGGTTGCTATGACAG
318 TTCCTCATGTTTCCGAAGGCAA
* * * *
1483 ACATTCAATTATAATATGGTTTAGCCAACAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1547 ATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGAATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
1612 T-TCTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTT
130 TCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
1676 TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAACTAG
193 TAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
* * * * *
1741 GTAGTAAGGCCTTCGAAGGCATGCGTGACTATATATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTT
257 GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATG-ATGACTATAAATGAACTTTTCTAT--CAATGAATAGTTTTT
* * * *
1805 TCTTCAGGTTTCCCAAGGCTA
319 TCCTCATGTTTCCGAAGGCAA
* ** * * * *
1826 ACATTCAATTATAATATGATGAAACCAAACATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1891 TTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGACTTTA
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
1956 CTTGCCAATAAATGGCCTTTT-TTCATGTTTTTTTAAGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAA
131 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* ** *
2020 CAAAAAGTGTAAAAACCTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAATA
196 CAAAAA-TATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
* * *
2085 ATGAGGCCTTCGAAGGCATGTATGACTATAAATGAAGTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCCT
260 ATAAGGCCTTCGAAGGCATG-ATGACTATAAATGAACTTTTC-TATCAATGAATAGTTTTTTCCT
* **
2150 CCTGTTTTTGAAGGCAA
323 CATGTTTCCGAAGGCAA
* * * * * * **
2167 ACATTCAATTACATTTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAACCAATGGTGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * *
2232 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGATTGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * *
2297 CTTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTGAA
131 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * ***
2362 CAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
196 C-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
* * * * * * * * *
2427 ACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGC-ATGCAAATGGATGGTTTTTGCC
260 ATAAGGCCTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTTTCTAT-C-AATGAATAGTTTTTTCC
* * * *
2491 TCACGTTTCCAAAGACAT
322 TCATGTTTCCGAAGGCAA
* * * *
2509 AGATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
2573 TTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAGTAAGGTTTTTAAAAG-TATGGGTCACTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
2637 TTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCTCTAAGGCAACCATTCAATTATAAT-T-TTTT
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
2699 AAACTAAAAATGTAAAAAAACTT-AACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCA
194 -AAC-AAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
* * * *
2763 AGTAATGAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAT-AAT-AGACTTTTGCTATCAAT-AACTAGTTT
256 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGA-ACTTTT-CTATCAATGAA-TAGTTT
*
2825 TTTCTTCATGTTTCTCG-AGGCAA
317 TTTCCTCATGTTTC-CGAAGGCAA
** * * ****
2848 AGGTTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGTAAAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
2913 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGTACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
2977 TGTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT-ATATTTGTC-AAG-ATAGATATTCAATTAGAATCTGTTT
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAAGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
3039 TGACCAATAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTAA
193 T-AACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
* ** * * * ** * * * * *
3104 GTAATAAGGTCTTTAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCACTAAATGGCTATTT
257 GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTTTCT-ATCAATGAATAGTTTTTT
** ** * * *
3169 GTTCACATTTCCTAA-TCTAT
320 CCTCATGTTTCCGAAGGC-AA
* * * * * * * *
3189 ACATTCAA-AAT-CTAT-TTTGATA--AAAAATGTAAAAAAATTTAA-CTCAAATTTAACTATAA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* * * * ** ** *
3248 GATTATAAAACCATTTAATGCTAGTAGTAAGACTTTTGAAGG-AAGGTGTGACTATAAATGAACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGG-GTGACTATAAATGGACT
* * * * *
3312 TTTATTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTATG-TTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTT
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
3376 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
192 TTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
** * * * * * * * * *
3441 AGTAATAAGGCCTTTAAAAGTATGACTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGCATGGCTTTC
256 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTTTC-TATCAATGAATAGTTTTT
* *
3506 TCTTCATGTTTTCTG-AGGCAGA
319 TCCTCATG-TTTCCGAAGGCA-A
* * * * * * *
3528 A-ATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAGTTCTACTTAAAATCAATTTTGCA-
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-AG
* * ** * * *
3591 TTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACCTTT-GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
3655 TTCTCT-TCAAT-AGATGACTTTTGCTTCATG-TTTACTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
129 TTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * * * * *
3717 TTTAACCAAAATGTTAGATAATTCAACTTAAAATCCATTACGAGTTTATAAAGCTATTTAAAACG
191 TTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA-G
* * * * * * * ** *
3782 -AA-TAATAA-GACTTTGAACGCTTGGGTGGCTATAAATGAACCTTTTTTGCCAATGAATTA-CT
254 TAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGAA-CTTTTCTATCAATGAA-TAGTT
* * *
3843 TTTTCTTGACAT-TTT-C-AGGGATAA
316 TTTTCCT--CATGTTTCCGAAGG-CAA
* * * * * *
3867 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAAGAAAATTAAACTTAAAA-CTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGAG
*
3931 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
3965 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 16 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA
TAAGGCCTTCGAAGGCATGATGACTATAAATGAACTTTTCTATCAATGAATAGTTTTTTCCTCAT
GTTTCCGAAGGCAA
Found at i:4387 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4079--4461 Score: 434
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
4069 AAAGCCTTGT
* * * *
4079 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTACTGAATTTTTTTATATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTACAGAATTTTTTTACATTTTTCG
* * *
4144 TTAAAACATATTACAATTGAACCTTTGCCTCGAGAAACATAAAAAAAAAGCTAATCATTGATAGC
66 TTAAAACAAATTACAATTGAACCTTTGCCTAGAGAAACATAAAAAAAAAGCCAATCATTGATAGC
* * *
4209 AAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCTTCCAAGGTCTCAT
131 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTCAC
* * * * **
4249 TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAAGTGATTTTAGGTTA-AGTTTTTTTTTACATTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT---TTACAGAATTTTTTTACATTTT
* ** * ** *
4313 TCGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAG-AACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-A
63 TCGTTAAAACAAATTACAATTGAACCTTTGCC-TAGAGAAACATAAAAAAAAAGCCAATCATTGA
* * * *
4376 GTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTAC
127 -T-AGCAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTCAC
4422 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
4462 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 31, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
170 35 0.20
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
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TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTACAGAATTTTTTTACATTTTTCG
TTAAAACAAATTACAATTGAACCTTTGCCTAGAGAAACATAAAAAAAAAGCCAATCATTGATAGC
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTCAC
Found at i:4876 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4572--4969 Score: 451
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
4562 NNNNNNNTTG
* * * * *
4572 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTACAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGG
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTAATTTTTGG
* * *
4637 TTCAAACAGATTATAATTGAATGCTTTCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAG
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* * **
4702 AAAAGTCCATTTATAGTAACCCAT-GCATTCGAAAGCCTTA
130 AAAACTCCATTTATAGTAACACATAGC-TTCGAAAGCCCCA
* * * *
4742 TTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACCATTGGTTTTAGGTTGATTGTTTTTACATTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGATT-TTTTTA-ATTTTTG
* * * * *
4807 GTTGAAACAGAATGTAATTGAAT-ATTTGCCTTTGAAAACA-GAAGGAAAAAGCTATTCATTGAT
64 GTTCAAACAGAATATAATTGAATGATTT-CCTTTGAAAACATGAA-GAAAAAGCCATGCATTGAC
** * * *
4870 AAGAAAACTTTATTTATAGTCATACATAGCTTCGAAGGCCCCA
127 AAGAAAACTCCATTTATAGTAACACATAGCTTCGAAAGCCCCA
* * *
4913 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTA
4970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 33, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTAATTTTTGGT
TCAAACAGAATATAATTGAATGATTTCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGACAAGA
AAACTCCATTTATAGTAACACATAGCTTCGAAAGCCCCA
Found at i:5332 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5020--5428 Score: 470
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 172
5010 NNNNAAAGGC
* * * *
5020 CATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** ** *
5085 AGATGGTTTTATAATCTCATATCTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATGTTTGGTTCCATCATA
66 AGATGGTTTTATAATCTCATATCTGATTTTAGATTGAATCTTTTTACATGTTTAGTTAAAAAAGA
* *
5150 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGT
131 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * * * * *
5191 TATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATGTATAGTCACTCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACAT-GGTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTT
* *
5255 TA-AGTGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAGATTGAAT-TTTTTAATATTTTTAGTTAAAA
65 TAGA-TGGTTTTATAATCTCAT-ATCTGATTTTAGATTGAATCTTTTT-ACATGTTTAGTTAAAA
* * ** *
5317 AAGATTGTCATTGAATGTTTTTCTTAGGAAAACATGAAGAAAGAGA
127 AAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * *
5363 CATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGCAAGCCTTATTACTCGTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
5427 TA
65 TA
5429 AATNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
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ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AGATGGTTTTATAATCTCATATCTGATTTTAGATTGAATCTTTTTACATGTTTAGTTAAAAAAGA
TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGA
Found at i:6944 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5939--7010 Score: 965
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 168
5929 ATCAATTGGC
* * * * * * * *
5939 TGGCCAGAAAAGTCCGTTTGTAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* *
6004 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-----TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* ** * * *** ** *
6068 TAATTAAACATCTATCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCAT
125 TAATTGAATGT-TTTCCTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * *
6113 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTGAAAGGCCTTATTACTCGCTTT--ATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * * ** *
6176 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* *** * *
6241 GAATGTTTGTCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCAT
130 GAATGTTT-TCCTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
6281 TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAACCATA-CATTCGAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGC-CTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * *
6345 TTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
6410 TTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG-AATAAGCCATTCC-T
128 TTGAATGTTTTCCTCA-AAAACGTGAAGCAA-AAGCCA-TCCAT
* * * * * **
6452 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCCTCAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * * *
6517 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTATATATTTTTAGTTAAAACATATTATAAT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
6582 TGAATATCTGT-CTCAAAAA-ATGATAGGCAAAAGCCATCCGT
129 TGAATGT-TTTCCTCAAAAACGTGA-A-GCAAAAGCCATCCAT
* ** ** *
6623 TGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTTTTATTGCTTGCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * * * *
6687 ATTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * **
6752 GAATGTATGCCTCAAGAAACGTGTGGCAAAAGCCATCCAT
130 GAATGTTTTCCTCAA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * ** * * *
6792 TGGTATGAAAACTTTATTTATATTCACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGA
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * * * *
6857 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTATGTTTTTCGTTGAAACAAATTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
6922 GAATGTTTTCCTCTAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCAG
130 GAATGTTTTCCTC-AAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * *
6962 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCGAAAGCCTTATT
7011 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 136, Indels: 52
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTTCCTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
Found at i:6980 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5939--7010 Score: 1086
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
5929 ATCAATTGGC
* * * * * * *
5939 TGGCCAGAAAAGTCCGTTTGTAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * * * * *
6004 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTA
64 ATTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTA
* ** * * *** * *
6068 TAATTAAACATCTATCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
125 TAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
6133 TAATCACCCATGCCTTGAAAGGCCTTATTACTCGCTTT--ATGGTTTTATAATCTCATAATTCAT
189 TAATCACCCAAGCCTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * **
6196 TTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTA-TTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCT-TGGGAA
253 TTTAAGTTGAAATTTTTATA-TTTTTAGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTT-TCTCT-AAAA
* *
6259 ACGTGAAGCAAAAGTCATTCAT
315 ACGTGAAGCAAAAGCCATTCAG
* * * * *
6281 TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAACCATACATTCGAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
*
6346 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
64 ATTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
* * *
6411 TGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAATAAGCCATTCC-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 TGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAGCCA-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * * * *
6475 TCACCCATATCCTCAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
192 TCACCCA-AGCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
6540 AAGTTAAAATTTTATATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTGTCTC-AAAAA-AT
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*
6603 GATAGGCAAAAGCCA-TCCG
319 GA-A-GCAAAAGCCATTCAG
* ** *
6622 TTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTTTTATTGCTTGCTTTAAATGG
1 -TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
6686 TATTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAA
63 TATTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
* * ** * * ** *
6750 TTGAATGTATGCCTCAAGAAACGTGTGGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAACTTTATTTATAT
128 TTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * *
6815 TCACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTT
192 TCACCCAAGCC-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
6880 AAGTTGAAATTTTTATGTTTTTCGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCCTCTAAAAACGTG
256 AAGTTGAAATTTTTATATTTTTAGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTT-CTCTAAAAACGTG
* *
6945 AAGAAAAAACCATTCAG
320 AAGCAAAAGCCATTCAG
*
6962 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAA-CCTTCAAAAGCCTTATT
7011 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 98, Indels: 52
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTAT
TAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
AATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
CCAAGCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAAATTTTTATATTTTTAGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCTCTAAAAACGTGAAGCAA
AAGCCATTCAG
Found at i:7572 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7287--9236 Score: 1758
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
7277 NNNNNNNNNN
* * *
7287 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* ** ** * ** *
7352 AATGTCTTCCTTGAGAAGTGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * **
7417 -TCCAAGTCTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAATTT
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* * *
7458 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
7523 AATGTCTACCCAGGGAACCGTGAAGAAAAAGCCGTTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
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* *
7588 GC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTT
130 -CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
7629 TATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTCAAACATATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * *
7694 AATGTCTATCTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAG-AAAGCCTGTTTATAGTCA
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** * * **
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** * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
7927 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGATT
129 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* *** * *
8034 AATGTCTGGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTA
66 AATGTCT-ACCCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * *
8099 CCCAACCCTTCAAAAACCTTATTACTTAG-TTTAAACGGTTT
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* * * * *
8140 TATAATCCCACAATT-ATTTTTAAGTTG-AGTTTTTTTTTACTTTTTTGGTAAAAACAGACTATA
1 TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAG-TTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG-TTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * **
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* * *
8614 A-TCCAAGTCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTT
129 ACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
8656 TATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * * * *
8721 AATGTCTTCCCTAAGAACCATAAAGAAAAAACCGTTCATTGACAAGAGAAGTCCA-TTATAGTCA
66 AATGTCTACCC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* *
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130 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** * * *
8826 TATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATACTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * * * *
8891 AATATCTATCTCAAGAAATGTGAGGCAAAAGGCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATTGTCA
66 AATGTCTA-CCCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
** * * * *
8955 CTCAAGCCTTTGAAAGCTTTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTT
130 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
8996 TATAATCTCGTAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTGATATTTTTGCTTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * ** * * * * * *
9060 AATGTATGCCTTGGAAACGTGCAA-CAAAAGCCATCCATCGGCATGAAAACTTTATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCCAGGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * *
9124 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGATT
130 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * *
9165 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATCATTTATATTTTTGGTTGAAACATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
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9237 GTCTCTGAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATGTCTACCCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:7973 original size:340 final size:340
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7277 NNNNNNNNNN
* * *
7287 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
* ** * ** **
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* * * * ** *
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* * ***
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* * *
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* *
7608 CTTACTCACTTTAAATGGTTT
320 ATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
* * * * * *
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66 AATGTCTGTCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
** * * * **
7758 CTCAAGCCTTTTAAAGCTTTGTTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAG
130 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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324 CTCGCTTTAAATGGTTT
** * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
* ** * *
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* * * * * * *
8099 CCCAACCCTTCAAAAACCTTATTACTTAG-TTTAAACGGTTTTATAATCCCACAATT-ATTTTTA
130 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * * * * *
8162 AGTTG-AGTTTTTTTTTACTTTTTTGGTAAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAAC
193 AGTTGAAG-TTTTTTATA--TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAT
* * * * *
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* * *
8290 TTATTACTTAG-TGTAAACGGTTT
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* * * *
8313 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTTTATTTTTTGGTGAAAACAAATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
* * ** * * * *
8377 TAAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTACAGT
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* * * * *
8442 CACTCAATCCCTTCGAAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTT
128 CACTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
8507 AAGTTGAAG-TTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGATAACAATTGAATGTTTACC-CTA-GAAAC
192 AAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAA-
* * ** * * * *
8568 TATGAAGAAAAAGCTATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCAAGTCTTCAAAAGA
254 TATG-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGC
*
8632 CTCATTACTCGCTTTAAATGGTTT
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
8656 TATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
* * * * * * *
8721 AATGTCT-TCCCTAAGAACCATAAAGAAAAAACCGTTCATTGACAAGAGAAGTCC-A-TTATAGT
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* * * * *
8783 CACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTG
128 CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
8848 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATACTTGAATATCTATCTCAAGAAATGTG
193 AGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATATG
* * * * * * *
8913 AGGCAAAAGGCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTGT
258 A-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
8977 TGCTCGCTTTAAATAGTTT
322 TACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
8996 TATAATCTCGTAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTGATATTTTTGCTTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
* * ** * * * * *
9060 AATGTATGCCTTGGAAACGTGCAA-CAAAAGCCATCCATCGGCATGAAAA-CTTTATTTATAGTC
66 AATGTCTGTCTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CTATTTATAGTC
* * *
9123 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
129 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
9188 GTTGAAATCATTTATATTTTTGGTTGAAACATATTATAATTGAATGTCT
194 GTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
9237 GTCTCTGAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (340 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTA
AATGTCTGTCTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATATGAGA
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTT
Found at i:9208 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9181--9225 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
9171 CTCATAATTG
*
9181 ATTTTAAGTTGAAATCAT-TTAT
1 ATTTTTAGTTGAAA-CATATTAT
*
9203 ATTTTTGGTTGAAACATATTAT
1 ATTTTTAGTTGAAACATATTAT
9225 A
1 A
9226 ATTGAATGTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
ATTTTTAGTTGAAACATATTAT
Found at i:10083 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9629--10460 Score: 737
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
9619 AGTTTAACCA
* * *
9629 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTCTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
9693 AATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAAAGTCAATTTAT
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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66 ATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* *
9930 GTCACCCAAGCCTTC-AGAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATG
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* * *
9971 GTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* *** * * *
10035 ATTGAATGTCTATCTCAAAAAACGTG-AGACAAAAGCCATCCGTTGGCAAG-AAAGTCTGTTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGA-AAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
10098 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTGTTGCTCGTTTTAAATA
130 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * * * * *
10140 GATTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTGATATTTTTACTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * *
10204 ATTGAATGTATACCTTGGAAAACGTGCAA-CAAAAGTCATCCATTGGCATGAAAAATTTATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTG-AAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * **
10268 ACTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATG
130 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ** ** * *
10310 GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATCATTTATGTTTGT-GATTGAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTAT
* * ** ** * ** *
10374 AATTGAATGTTTGCCTTTAAAAACAAGAAGAAAAATCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
10439 AGTTACCCAACCCTTCAAAAGC
130 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
10461 CTTANNNNNN
Statistics
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0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
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GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
Found at i:11175 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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10861 NNNNNNNAAG
* * * *
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1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * * * *
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65 ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCT
* * *
11001 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAG
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * **
11042 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCCTACCTAGGAACCGTGAAGAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAATGTGAAG-AAAAA
* * * * *
11107 ATCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGAGCCTTTAGAAGCCTTCTTACTTGCT
65 ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCT
* *
11172 TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * ** * *
11213 TTTTTTGCATTTTTGATCAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTA-TTAAGAAACATGAGGCAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC--TACCTAGGAAATGTGAAGAAAA
* * * * * * ** * * *
11277 AGCCA-TCTGTTGGCAA-AAAAGTCCAGTTATAATCACTCAAGCCTT-TGAAAGATTTGTTGCTC
64 AACCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAG-AAGCCTTATTACTT
* * *
11339 GTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * * * *
11382 TTTTTGATA-TTTTGGCTTAAAACATACTATAATTGAATGTATCCCTCGGGAAATGT-ACGGCAA
1 TTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAATGTGA-AGAAA
* * * * * * ** * *
11445 ATATCATCCATTTGCATGAAAACTTTATTTATAGTCA-CTAGAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTT
63 AAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAGAAGCCTTATTACTT
* * *
11509 GCTTTAAATCGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
*** ** * * * *
11553 ACATTTATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * *
11618 CCCATTCAATGGCAAGAAAAGTTCATTTATCA-TTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG
65 ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTT-G
* * * * * **
11682 -TTTAAACGATTTCATAATCTCACAATTGATTTGAAGTTGAGT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
11724 TTTTTTCACTTTTTTGGTGAAAACAGAATATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGGAAATGTGAAGAAAA
* * * * * * *
11789 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCATATTACTTAG
64 AACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTT-G
* * *
11854 -TTTAAACGGTTTTATAATCTAACAATT-ATTTTTAAGTTGAATA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-A
* * * * * * *
11897 TTTTTTAC-TCTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGGAAAATGTAAAGAAAA
1 TTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGG-AAATGTGAAGAAAA
* * * * * * **
11961 AACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACTCATGCCTTC-GAAAGTCTTATTACTCA
64 AACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAG-AAGCCTTATTACTTG
*
12025 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
12063 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 176, Indels: 57
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 7 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAATGTGAAGAAAAAA
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
Found at i:14071 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12729--18035 Score: 3851
Period size: 171 Copynumber: 31.0 Consensus size: 171
12719 NNNNNNTGAT
* * * *
12729 TTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCGAAGGC
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* ** * * * ** * *
12794 TTGAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TGGACGTTTCCCAAGACA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * * * ** *
12858 TACATTCATTTATAATATATTTTAAGGAAAAATAT-CAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* ** * * * * * **
12899 TTCAACTGAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * * *
12964 TTGAGTGATTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTACCTCACATTT-CT-TGACAT
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA-
* * *
13026 GGACATTCAATTATAGTATGTGTT-AATC-AAAAATGTAAAAAAA
130 -GACATTCAATTATAATCTGT-TTCAA-CAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
13069 TTCAACTCAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** ** * * *
13133 TATTGGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTTTCAATGAATGTTTTTTTTTTCATGTTTACC-AGGG
66 T-TGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGG
* * * * * *
13196 AAGACATTCAATTATAATCTATCTTCACCTAGAAAAGA-AAAGAAA
128 CAGACATTCAATTATAATCTGT-TTCAAC-AAAAAATATAAAAAAA
* * ** *
13241 TTCAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *** * * **
13305 GTTGGAAAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTT
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * *
13370 GACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCTAAAAAGTA-AAGAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTG-TTTCAAC-AAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
13413 CTCAACTGAAAATCAATTGTTAGATTATAAAACCGTTTAAA-CAAAATAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * * *
13477 GTTGGGTAACCCTAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* ** * *
13542 GACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAAAAAGTAAATAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATA-TAAA-AAAA
* * * * * * * *
13586 CTCAGCTTAAAATCAATTCTGAAAGTATAAAACCATTTAAA-CTAAATAATAAAGTTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * **
13650 GTTGGGT-AGCTCTAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGG
65 CTTGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGG
* * * *
13713 CAGACATTCAATTATAATTTATTTTCACAAAAAAAAGTAAAAAAAAA
128 CAGACATTCAATTATAATCT-GTTTCA-ACAAAAAA-TATAAAAAAA
* * *
13760 CTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCCTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * ** * *
13824 GTTGGGTAACTAGAAATAGACTTTTCTCGCCAATTAATGATTTTTTCTTCACATTTTC-ATAGGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGC
* * * ** *
13888 AAACACTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAACATAAATGAT
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
*
13931 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** ** * * * *
13996 TTAAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGT-TGCACGTTTCCCAAGGCA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* *** * *
14060 TACATTCAATTATAATAAATTTTAAGC-AAAAATAT-TAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAATATAAAAAAA
* ** * * * * * *
14101 TTCAA-TAGAAAATCAATTACAAGGTTACAAAACTATTTAAAG-AGAGTAACAAAG-TTTTCAAA
1 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTT-GAA
** *** * * * * ** * *
14163 GTTTTAATTGACTATAAACGGA-TTTTCTTGCCAA-AAGATGACTTTTGCCCCACGTTTCTTGAG
63 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG
** * * * * * *
14226 ATAGACATTCAATTAAAATATGTGTT-AGCCAAAAATGTATAAAAA
127 GCAGACATTCAATTATAATCTGT-TTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
14271 TTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTCTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
14336 TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATAGTTTTTTCTTCACAG-TTCCT-ATGCT
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCCTAAGGC-
* * * * * *
14399 AGGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACT
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAA-A
* * **
14443 TTC-ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** * * *
14506 CATGGGTGACTATAAATTGACTTGTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCAAATTTTCTAAAGTA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * *
14571 GAGATTCAATTATAATCTATTTTC-ACTAAAAAAGTAAAAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCT-GTTTCAAC-AAAAAA-T--ATAAAAAAA
* * * * *
14617 CTCAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAATCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
14681 GTTGGGTAACTAGAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTC-AGAGGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGC
* * ** *
14745 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAACATAAATGAT
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
14788 TTAAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * ** * * * *
14853 TTTAGTGGCTATAAATAAAGTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGT-TGCACGTTTGCC-AAGGC
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTT-CCTAAGGC
* * * * * *
14916 ATACAATCAATTATAATATATTTTAGC-AAAAATAT-AAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * ** **
14957 TTCAACTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAACAAACCTTTCAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * * * **
15022 TTGAGTGACTATAAACGGA-TTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTGAGATAG
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* * * *
15086 ACATTCAATTATAATATGTGTT-AACTAAACATGTAAAAAAA
131 ACATTCAATTATAATCTGT-TTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
15127 TTCACCTCAAAATGAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTATGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * *
15192 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAACGGTTTTTTCTTTA-GAGTTCCCAGGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGCA
* * * * * *
15256 GGCATTTAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAC
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * ** * *
15298 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
15363 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATAG-TTCCTAGGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAGGCA
* * * * * **
15427 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACC
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
15469 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCGAAAG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** * * *
15533 CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAATTTTCAAAGCCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* *
15598 GAGATTCAATTATAATCTGTTTTCATA-AAAAAAGTTAAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTG-TTTCA-ACAAAAAA--TATAAAAAAA
* * *
15643 CTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
15707 GTTGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTCTTCTTCAAGTATCCTAAGGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * **
15772 GACTTTCAATTATAATTTGTTTTCTCCAAAAAAGTA-AAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACAAAAAA-TATAAAAAAA
** * *
15815 CACAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
15879 GTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC-TGTCCAATAAATGGGTTTTTCTTCAGGTTT-C-AGAGG
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGG
* * * * ** *
15941 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTCATCCAAAAACA-AAATGAT
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
15984 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * * * * *
16049 TTAAGTGACTATAAA-GAAAGTTTT-TATGCCAATGGATGGCTTTTGTC-ACACATTTTCC-AAG
66 TTGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCAC-GTTTCCTAAG
* * * * *
16110 GCATACATTCAATTATAA--TGTTTTAAGAAAAAACAT-CAAAAA
127 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
** * * * * **
16152 TTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCATTTAAAG-AGAGCAACAAAGCTTTCAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
16216 CTTGAGTGACTATAAACGGAC-TTTCTTGCTAA-CAGATGGCTTTTGTC-TCACATTTCTTGAGA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCCTAAGG
* * * * * * *
16278 TAGATATTCAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAACAA
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * *
16322 TTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTG-AA-TAAGAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * ** * * * *
16385 GATTGGGTAACTATAAATAAACTTTTCATT-CCAAGGAACAGCCTTTTCATCACGGTTCCCT-GG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCCTAAG
* * * * * * *
16448 GTAGACATTGAATTATAATTTGTTTTATCCAAAAAA-GTAAAAAAC
127 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTCA-ACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
16493 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * ** * * * *
16558 ATAGGTGACTATAAATTGATTTTTCTTATCAGTGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCAAAGGTAG
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* ** *
16622 ACATTCAATTACAATCTGTTTTCGCCAAAAAAGTA-AACAAAA
131 ACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACAAAAAA-TATAAAAAAA
* *
16664 TTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGACTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** *
16728 GTTAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* *
16793 GACATTCAATTATAATCTATTTTCATA-AAAAAAGTAAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCT-GTTTCA-ACAAAAAA-TATAAAAAAA
* * * * *
16837 CTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCGTTT-AATCTAAGTAATACGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
16901 GTTGAGTAACTCTAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTATGACA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* *
16966 GACATTCAATTATAATTTATTTTC-AC-AAAAATAGTAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCT-GTTTCAACAAAAAATA-T-AAAAAAA
* * * * * **
17009 CTCAACTTAAAAGCAATTGTTAGATTATAAAATCGCTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
17073 GTTGGATAACTATAAATAGACTTTTGTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTAGAGGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGC
* * * ** *
17137 AGACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAACATAAATGAT
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
17180 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGG
* * ** * * * * * * **
17245 -TTGAGTGAATATAAATAAAGTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGT-TGCACGTTTCCCAAACC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCCTAAGGC
* * * * *
17308 ATACATTCAATTATAATATATTTTAAGC-AAAAATAT-CAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAATATAAAAAAA
** * * * *
17350 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGCAACAAAGC-TTTGAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGG
* * * * * * * * * ***
17414 ATTGAGTGACTCTAAACGGAC-TTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCCTCACGTTTCTTAAAATA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * * * *
17478 GACAGTCAGTTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATAT-AAAAAAA
* * * * * * *
17521 TTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAAGAAGGCTTCTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *** * * * * *
17586 TTCGGTCACTATAAGCAGACTTTTCTTGCCAATCAAAT-GTTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * ** * *
17650 TACACTT-AATTATAATCTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAC
130 GACA-TTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
17692 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
17757 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATAG-TTCCTAAGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAGGCA
* * * * * * *
17821 AACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
********** * * *
17863 TTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
17927 CATGGGTGATTATAAATTGACTTTTCTTACCAATAAATGAG-TTTTTCTTCAAATTTCCCAAGGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGC
* * *
17991 AGAGATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAAAGTAAAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACAAAAAA-TATAAAAAAA
18036 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4119, Mismatches: 865, Indels: 303
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 45 0.01
168 140 0.03
169 370 0.09
170 591 0.14
171 1527 0.37
172 710 0.17
173 313 0.08
174 282 0.07
175 136 0.03
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAA
Found at i:15260 original size:856 final size:848
Alignment explanation
Indices: 12729--18033 Score: 4128
Period size: 857 Copynumber: 6.2 Consensus size: 848
12719 NNNNNNTGAT
* * * * *
12729 TTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGC-AAGTAATGAGGCTTTCGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCGAAGG
* * ** * * ** * ** * * *
12793 CTTGAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TGGACGTTTCCCAAGAC
65 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTT-TCTTCACATTTCCTAAGGC
* * * *** * * * **
12857 ATACATTCATTTATAATATATTTT-AAGGAAAAA-TATCAAAAATTCAACTGAAAATCAATTACA
129 AGACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAAAGTA-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * ** * * * * * *
12920 AGATTATAAAACTATTTAAAGC-GAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAC
193 AGATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGAAT
* * * * * * * *
12984 TTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTACCTCACA-TTTCTTGA--CATGGACATTCAATTATAGTATG
257 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTC-AGAGGCA--GACATTCAATTATAATCTG
* ** * * *
13046 TGTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCTTTTAAA
319 T-TTCAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** *
13110 GCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATTG-GTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTTTCAATGAATGT
383 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGAGT-TTTCTTGCCAATGGATG-
** * * * * * * * * *
13173 TTTTTTTTTCATGTTTACCAGGGAAGACATTCAATTATAATCTATCTTCACCTAGAAAAGA-AAA
445 GCTTTTGTTCACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGT-TTTAGC-A-AAAATATAAA
* * * * * *
13237 GAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCGA
506 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAC-GAGTAACAAAGCTTTCGA
* * * * ** * *
13302 AGGGTTG-GAAAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAA
569 AGGCTTGAG-TAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGA
* * * *
13366 GGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCTAAAAA-GTAAAGAAAACTCAACTGAAAATCAAT
633 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * ** *
13430 TGTTAGATTATAAAACCGTTTAAA-CAAAATAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACCCTAAAC
696 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAAGAAGGC-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * *
13494 GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
759 GGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
*
13559 TATTTTGATA-AAAAAAAGTAAATAAAAC
824 TATTTT-A-ACAAAAAATGT-AA-AAAAC
* * * * * *
13587 -TCAGCTTAAAATCAATT-CTGAAAGTATAAAACCATTTAAA-CTAAATAATAA-AGTTTTTGAA
1 TTCAACTTAAAATCAATTAC-GAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAATAATAAGA-CTTTCGAA
** * * * *
13648 GGGTTGGGT-AGCTCTAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTACTTTTTCTTCACGTTTCCTAA
63 GGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAA
* *
13711 GGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTCACAAAAAAAAGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
126 GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTCAC-CAAAAAAGT--AAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
* * *
13776 TTGTGAGATTATAAAACCCTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTAGAAAT
188 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAAT
* * * * * * *
13841 AGACTTTTCTCGCCAATTAATGATTTTTTCTTCACATTTTCATAGGCAAACACTCAATTATAATC
253 -GAATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATC
* ** * *
13906 TGTTTCAACAAAAAACATAAATGATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAA
317 TGTTTCAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
13971 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGC
382 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** *
14036 TTTTGTTGCACGTTTCCCAAGGCATACATTCAATTATAATAAATTTTAAGCAAAAATATTAAAAA
447 TTTTGTT-CACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AGCAAAAATATAAAAAA
* ** * * * * * *
14101 TTCAA-TAGAAAATCAATTACAAGGTTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAACAAAGTTTTCAAAGT
509 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CGAGTAACAAAGCTTTCGAAGG
* * * * * * ** * *
14165 TTTAATTGACTATAAACGGA-TTTTCTTGCCAA-AAGATGACTTTTGCCCCACGTTTCTTGAGAT
572 CTTGAGTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGT
* * * * * * *
14228 AGACATTCAATTAAAATATGTGTTAGCCAAAAATGTATAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
636 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
14293 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTCTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTT
701 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTT-TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
14358 TTCTTGCTAATAAATAGTTTTTTCTTCACAGTTCCT-ATGCTAGGCATTCAATTATAATCTATTT
765 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCTAAGGC-AGACATTCAATTATAATCTATTT
*
14422 TAACTAAAAATGTAAAAAAC
829 TAACAAAAAATGTAAAAAAC
*
14442 TTTC-ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCAAAGG
1 -TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCGAAGG
* * * * * *
14506 CATGGGTGACTATAAATTGACTTGTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCAAATTTTCTAAAGTA
65 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCA
* * * *
14571 GAGATTCAATTATAATCTATTTTCACTAAAAAAGTAAAAAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTG
130 GACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAAAGT----AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
14636 TGAGATTATAAAATCGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTAGAAATGGA
191 TGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAAT-GA
14701 ATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
255 ATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * * *
14766 TTCAACCAAAAACATAAATGATTTAAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGC
320 TTCAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
14831 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTAGTGGCTATAAATAAAGTTTTCATGCCAATGGATGGCTTT
385 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
* * *
14896 TGTTGCACGTTTGCCAAGGCATACAATCAATTATAATATATTTTAGCAAAAATATAAAAAATTCA
450 TGTT-CACGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGCAAAAATATAAAAAATTCA
* * * * *
14961 ACTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAACAAACCTTTCAAAGGCTTGA
513 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCTTGA
* ** * * * * *
15026 GTGACTATAAACGGA-TTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTGAGATAGACAT
577 GTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACAT
* * * * * * *
15090 TCAATTATAATATGTGTTAACTAAACATGTAAAAAAATTCACCTCAAAATGAATTATGAGATGAT
642 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
15155 AAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTATGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
707 AAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTT-TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * * * * *
15220 CTAATGAACGGTTTTTTCTTTAGAGTTCCCAGGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAACGAA
771 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
15285 AAATGTAAAAAAC
836 AAATGTAAAAAAC
* * * * *
15298 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
15363 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATAGTTCCTAGGGTAA
66 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAG
* * * *
15428 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAACCTTCAACTTAAAATTAATTATGAG
131 ACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAAAGTAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * *
15492 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATTGACTT
195 ATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAA-TGAATT
* * * * * *
15556 TTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAATTTTCAAAGCCAGAGATTCAATTATAATCTGTTTT
258 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTT
* * * * * *
15621 CATA-AAAAAAGTTAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAA-
322 CA-ACCAAAAA--CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
15684 CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
384 C-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * ** *
15749 TCTTCTTCAAGTATCCTAAGGAAGACTTTCAATTATAATTTGTTTTCTCCAAAAAAGTAAAAAAA
448 T-TTGTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AGC-AAAAA-TATAAAAA
** * * * * *
15814 ACACAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
508 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAC-GAGTAACAAAGCTTTCGAAG
* * * * * *
15878 GGTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC-TGTCCAATAAATGGGTTTTTCTTCAGGTTT-CAGAGG
571 GCTTGAGTAACTATAAACGGACTTTTCTTG-CCAACAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGG
* * * * * *
15941 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTCATCCAAAAA--CAAAATGATTTCAACTTAAAATCAATTAT
635 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
16004 AAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATG-AGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAA-GAA
699 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-GAAGGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-G
* * * * * *
16067 AGTTTT-TATGCCAATGGATGGCTTTTGTC-ACACATTTTCC-AAGGCATACATTCAATTATAA-
761 ACTTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTTT-TCTTCACA-GTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * ** *
16128 -TGTTTTAAGAAAAAACATCAAAAA-
823 CTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAC
* * * ** * *
16152 TTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGCAACAA-AGCTTTCAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGA-CTTTCGAAGG
* * * * * * * * * **
16216 CTTGAGTGACTATAAACGGAC-TTTCTTGCTAACAGATGGCTTTTGTC-TCACATTTCTTGAGAT
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* * * ** * * * * *
16279 AGATATTCAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGA
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* * * *
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* * * * * ** * * * *
16408 TTTCATT-CCAAGGAA-CAGCCTTTTCATCACGGTTCCCTG-GGTAGACATTGAATTATAATTTG
257 TTTC-TTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAC-ATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
16470 TTTTATCCAAAAA-AGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAA
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* * * * * ** * *
16534 GCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATTGATTTTTCTTATCAGTGAAT-GC
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* * * * * *
16597 TTTTTCTTCACGTTTTCAAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTCGCCAAAAA-AGTAAACA
447 -TTTTGTTCACG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAG-CAAAAATA-T-AA-A
* * * * *
16661 AAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAA-TAAGACTTTTGA
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* ** ** ** *
16725 AGGGTT-AGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTCCTAA
569 AGGCTTGA-GTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGA
* * * *
16789 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTCA-TAAAAAAAGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
633 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
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* * *
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* *
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* *** * ** * * *
17010 -TCAACTTAAAAGCAATTGTTAGATTATAAAATCGCTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCGAAGG
** * * * * ** * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
17200 GAGATTATAAATCCTTTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGTTGAGTGAA-TATAAATAA
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* * * * * * * ** * *
17263 AGTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGT-TGCACGTTTCCCA-AACCATACATTCAATTATAATA
255 A-TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCACATTT-TCAGAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * **
17326 TATTTTAAGCAAAAATAT-CAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAA
317 TGTTTCAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** * *
17390 AGCGAGCAACAAAGCTTT-GAAAGGATTGAGTGACTCTAAACGGA-CTTTCTTGCCAACGGATGG
382 AGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * *** * * * *
17453 CTTTTGCCTCACGTTTCTTAAAATAGACAGTCAGTTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
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* * * *
17518 AAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAAGAAGGC-TTCTGA
506 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CGAGTAACAAAGCTTTC-GA
* * * * * * *
17582 AGGCTTCG-GTCACTATAAGCAGACTTTTCTTGCCAATCAAAT-GTTTTTTCTTCATGGTTCCTA
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* * * *
17645 AGGTATACACTT-AATTATAATCTTTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAA
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* * * *
17708 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGGGTGACTATAAAT
695 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * *
17773 GGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATAGTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAAT
759 GGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* *
17837 TTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC
823 CTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAC
*********** *
17863 TTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCGAAGGC
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* * * * * *
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* *
17993 AGATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAAAGTAAAAAAA
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18034 AAANNNNNNN
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TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGTTCA
CGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATA
AACGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
GCTTTTTCTTCACAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
AAC
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** * * ** **
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* * * * ** **
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* * * ** * * *
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* * ** * * * * ** * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
23165 ATTCAATTACAATCTATTTTGACAAAAAAAGTAAAAAAAACT
130 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAG-AAAAAAAACT
*
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*
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66 GGGTAACTATAAATGGACTT
23292 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** * *
22136 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAACA-T-AAATGATTTCAACTTAAAATGAATTA
125 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTG
* ** * * * * * **
22199 TGAGATTATAAATCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATATA
189 TGAGATTATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGA
* * * * * * * * * *
22264 GTTTTCATGCCAATGG-ATGGCTTTTGTCACACAT--TTCCTAAGGCACACACTCAATTATAGTA
254 CTTTTCATGCCAA-GGAATGAC-GTTCTCA-TCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * **
22326 TGTTTTAAGC-AAAAA-TATCAAAAC-T
316 TGTTTT-ATCAAAAAAGAAAAAAAACTT
* * * * * *
22351 CAA-TTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGCAACAA-AGCTTTCAAAGGC
1 CAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGA-CTTTCAAAGGC
* ** ** * * * ** * **
22414 TTGAGTG--ACTATAAACGGA-TTTTCTTACCGA-CAGATGGCTTTGGAC-TCACGTATCTTGAG
64 AT-AG-GCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAATCTCTTT---CTTCACGTTTCTCAAG
* * * * * * *
22474 ATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAGAACTCAACTCAAAATCAATTA
124 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTG
** * * * * * * * *
22538 TGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAA-TAAGATGGCTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA
189 TGAGATTATAAAACTGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGG
* * * *
22602 ACTTTTCATGCCAAGGAATGACGTTCTCATCATGGTTCTTAGGGTAGACATTTATTTATAATCTG
253 ACTTTTCATGCCAAGGAATGACGTTCTCATCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
22667 TTTTATCCAAAAATATAAAAAACTT
318 TTTTATCAAAAAAGAAAAAAAACTT
* * *
22692 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCAT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT
* ** * * * * * *
22757 GGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAGTGAAATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACA
66 AGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAATCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
22822 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTGTGAGATT
131 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATT
* * *
22887 ATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCT
196 ATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCA
* * * *
22952 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTATCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCA-
261 TGCCAAGGAATGACGTTCTCATCATGGT-TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AT
23015 CAAAAAAAGAAAAGAAAAC-T
324 C-AAAAAAGAAAA-AAAACTT
* * * * * *
23035 CAACTTAAAATCAATTGTTAGATTATAAAACCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-G
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-AAGTAATAAGACTTTCAAAGGCA
* * * *
23098 TAAGGCAATTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATG-ATTGGCTCTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGT
65 T-AGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAAT--CTCTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
* * *
23161 AGACATTCAATTACAATCTATTTTGACAAAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTG
126 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTG
* *
23226 AGATTATAAAATTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTAGAAATGGACT
191 AGATTATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACT
23291 T
256 T
23292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 154, Indels: 74
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 8 0.01
338 10 0.01
339 176 0.24
340 63 0.08
341 111 0.15
342 143 0.19
343 94 0.13
344 143 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (342 bp):
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT
AGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAATCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATT
ATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCA
TGCCAAGGAATGACGTTCTCATCATGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCA
AAAAAGAAAAAAAACTT
Found at i:28146 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27963--30288 Score: 1837
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
27953 NNNNNNNCTC
* * *
27963 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAATCGAGGAAAAAGGC-TTCTGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGGGTG
** * * * * * *
28027 ACTATAAATGGACTTTTCACGCTAATAAATGGCTTTTTCATCACGGTTCCCATGGTAGATATTTA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
*
28092 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * *
28134 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * ** * * *
28198 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATAGTTCCTAGGGTAAACATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * *
28263 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * * * * *
28305 AAAATAAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* ** * * *
28369 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCTATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCC-CAAGGTAGACATTC
* * *
28433 AATTATAATCTGTTTT-CTCCGAAAAAGTAAAAAAAAC-ACAACTT
129 AATTATAATCTGTTTTAAT-C-AAAAA-TATAAAAAACTTCAACTT
* * * ** * * * *
28477 AAAATTAATTGTGAGAATATAAAACGTTTTAGA-CTAAGTAATAAGG-TATTTGAAGGGTTGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGGGT
* ** ** *** ** * *
28540 AACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAACAGCTTTTTCTTCAC-GTTTTTAGAGACAAAAATT
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCA-AGGTAGACATT
* * ** *
28604 CAATTATAATCTGTTTCAA-CTAAAAACATAAATGATTTCAACTT
128 CAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * *
28648 AAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
** * * * ** ** * * * *
28712 ACTATAAATAAAGTTTTCATGCCAATTG-ATGGCTTTTGCCACACATTTCCTAAGGAATACACTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * *
28776 ATTTATAGTATGTTTTAATCAAAAATA-ACAAAAA-ATCAACTC
129 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATA-AAAAACTTCAACTT
* * * * *
28818 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGGATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * ** * * * *** * *
28882 CTGTAAACGGAC-TTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTGCCTCACGTTTCTTGAGATGGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
28946 TTATAATATGTTTTAA-CTAAAATTGTAAAAAAATTCAACTC
131 TTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * * * *
28987 AAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAATCGAATAAGAAGGC-TTCTAGAGGCTTGAGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGGTG
* * * * * * * * * * * * *
29051 ACCATAAATGTACTTTTCATGCCAAGGAACGGCCTTTTCATCATGGTTCTCAGGGTATATATTTA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * **
29116 ATTATAATATGTTTT-TTCCAAAAACGTAAAAAACTTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* ** * * * *
29158 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGATGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * * *
29223 CAATAAATTGACTTTTCTTGTCAGTGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
29287 TTATAATCTGTTTTCACCAAAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTT
131 TTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATA-TAAAAAACTTCAACTT
* ** * * * * *
29330 AAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTGTTTAAA-CTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGTTGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * *
29394 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCA-TGTATCCGAAGGTAAACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGT-TCCCAAGGTAGACATTC
* ** *
29458 CATTATAATCTGTTTTCACCCAAAAAGTAAAAAAAAC-TCAACTT
129 AATTATAATCTGTTTT-AATCAAAAA-TATAAAAAACTTCAACTT
* ** * * * *
29502 AAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTGTTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * * * * *
29566 ACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGCAAACTTTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * ** *
29631 ATTATAATCTGTTTCAA-CTAAAAACATAAATGATTTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * *
29673 AAAATCAATTATGAGATTCA-AAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
** * ** * * *
29737 ACTATAAATAAAGTTTT-TATATCAATTG-ATGGCTTTTGT-TGCAC-GTTACCCAAGGCATACA
65 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAA-TGAATGGCTTTT-TCTTCACGGTT-CCCAAGGTAGACA
* *
29798 TTCAATTATAATATATTTTAAGT-AAAAATATAAAAAA-TTCAA-TT
126 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * ** * * * * * *
29842 GAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTA
1 -AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * * ** *** * *
29907 ACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCCTCACATTTCTTGAGATAGATATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
29971 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTC
130 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * *
30013 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGGAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * *
30078 CTATAAATGGACTTTT-TATGCCAAGGAACGGCTTTTTCATCACGGTTCCCATGGTAGACATTTA
66 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCA
* *
30142 ATTATAATATGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
* * * *
30184 AAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
** *
30248 ACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
30289 GATGTTTCCC
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 362, Indels: 128
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 64 0.04
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170 263 0.15
171 820 0.47
172 383 0.22
173 61 0.04
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
Found at i:28610 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 27963--30297 Score: 1941
Period size: 343 Copynumber: 6.8 Consensus size: 340
27953 NNNNNNNCTC
* * * * *
27963 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAA-TCGAGGAAAAAGGCTTCTGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
** * * * * *
28027 ACTATAAATGGACTTTTCACGCTAATAAATGGCTTTTTCATCACGGTTCCCATGGTAGATATTTA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCCCA-GGTAGACATTCA
* * * *
28092 ATTATAATCTGTTTTAAT--AAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
129 ATTATAATATGTTTT-ATCCAAAAAGTAAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
28155 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-G-ACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
192 AAA-CTTTTAAA-CGAGTAATAAGGTA-TTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
28218 GTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATAG-TTCCTAG-GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
253 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
*
28281 CAAAAATGTAAAAAACTTCAACTT
317 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
28305 AAAATAAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGGGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* ** * * *
28370 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCTATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTCAGGCAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCC-CAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
28435 TTATAATCTGTTTTCTCCGAAAAAGTAAAAAAAACACAACTTAAAATTAATTGTGAGAATATAAA
130 TTATAATATGTTTTATCC-AAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
28500 ACGTTTTAGACTAAGTAATAAGGTATTTGAAGGGTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
194 AC-TTTTAAAC-GAGTAATAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
** * * * *
28565 ATGAACAGCTTTTTCTTCACGTTT-TTAGAGACAAAAATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAA
257 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
** ** *
28629 ACATAAATGATTTCAACTT
322 ATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
28648 AAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
** * * * * * * * *
28713 CTATAAATAAAGTTTTCATGCCAATTG-ATGGCTTTTGCCA-CACATTTCCTAAGGAATACACTC
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTT-TCATCACGTTTCC-CAGGTAGACATTC
* * *
28776 ATTTATAGTATGTTTTAAT-CAAAAA-TAACAAAAAA-TCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT
128 AATTATAATATGTTTT-ATCCAAAAAGTAA-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * *
28838 AAAACATTTAAAGCGAGTAACAAAGCT-TTCAAAGGCTTGGATGACTGTAAACGGAC-TTTCTTG
191 AAAACTTTTAAA-CGAGTAA-TAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * *** * *
28901 CCAACAAATGGCTTTTGCCTCACGTTT-CTTGAGATGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
254 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
28965 AAATTGTAAAAAAATTCAACTC
319 AAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
28987 AAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAATCGAA-TAAGAAGGCTTCT-AGAGGCTTGAGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGGGT
* * * * * * * * * * * * *
29050 AACCATAAATGTACTTTTCATGCCAAGGAACGGCCTTTTCATCATGGTTCTCAGGGTATATATTT
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCCCA-GGTAGACATTC
* *
29115 AATTATAATATGTTTTTTCCAAAAACGT--AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
128 AATTATAATATGTTTTATCCAAAAA-GTAAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
29178 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA-G-ACTTTCGATGGCATGGGTGACAATAAATTGACTTTTCT
191 AAAACT-TTTAAA-CGAGTAATAAGGTA-TTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
29241 TGTCAGTGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCAC
252 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
29304 CAAAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTT
317 C--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * *
29330 AAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTGTTTAAACTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGGTTGGGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * *
29395 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTATCCGAAGGTAAACATTCCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCC-CAGGTAGACATTCAA
* * *
29460 TTATAATCTGTTTTCACCCAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAA
130 TTATAATATGTTTT-ATCCAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
29525 ACTGTTTAAACTAAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGGTTGGGTAACTAGAAATGGACTTTTCTTGCC
194 ACT-TTTAAAC-GAGTAATAAGG-TATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
29589 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAG-CAAACTTTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
256 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
** ** *
29653 AACATAAATGATTTCAACTT
321 AATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
29673 AAAATCAATTATGAGATTCA-AAATCCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
1 AAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
** * ** * * *
29736 GACTATAAATAAAGTTTT-TATATCAATTG-ATGGCTTTTGT--TGCACGTTACCCAAGGCATAC
64 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAA-TGAATGGCTTTT-TCAT-CACGTTTCCC-AGGTAGAC
* *** * * *
29797 ATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAA-TATAAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTGTGAGAT
124 ATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** * *
29860 TATAAAACTATTTAAAGGGAGCAACAAAGCT-TTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGAC-TTT
188 TATAAAACT-TTTAAA-CGAGTAA-TAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * * *
29923 CTTGCCAACGGATGGCTTTTGCCTCACATTT-CTTGAGATAGATATTCAATTATAATATGTTTTA
250 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
29987 ACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTC
315 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
30013 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGGAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * *
30077 ACTATAAATGGACTTTT-TATGCCAAGGAACGGCTTTTTCATCACGGTTCCCATGGTAGACATTT
65 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCCCA-GGTAGACATTC
*
30141 AATTATAATATGTTTTATCCAAAAATGT--AAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
128 AATTATAATATGTTTTATCCAAAAA-GTAAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
30204 AAAATCATTTAAAACGAGTAATAA-G-ACTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
191 AAAA-C-TTTTAAACGAGTAATAAGGTA-TTT-GAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
30266 TTTTCAATGAATGGTTTTTTCTTGATGTTTCC
251 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC
30298 CAGGGAAGAC
Statistics
Matches: 1572, Mismatches: 344, Indels: 153
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 12 0.01
339 189 0.12
340 265 0.17
341 234 0.15
342 193 0.12
343 508 0.32
344 113 0.07
345 56 0.04
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCCCAGGTAGACATTCAAT
TATAATATGTTTTATCCAAAAAGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TTTTAAACGAGTAATAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAATTCAACTT
Found at i:33995 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33706--35522 Score: 1458
Period size: 170 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
33696 ACATTTTTGG
* * * * * * * * *
33706 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCAT-GGGAATCGTGATGAAAAAGCCGTTCTTTGGCAT
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * *
33770 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTTTTCCTCGATTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
33835 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
33877 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAG
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * *
33942 -AAAGTCCATTTATAGTCAGTTAAGCCTTTGAAAGCTTTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
34006 TCTCGTAATTGATTTTCAGTTG-AATTTTTTATA-TATTT-
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * *
34044 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCATCCATCGGCAA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAA
* ** * ** * * *
34108 GAAAACTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTACGGAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * **
34173 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATCATTTAT-GTTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * *
34214 TTGAAAC-TAATTATAATTGAAAGTCTGCCTTCGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCA
1 TTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
34277 AGAAAAGTCCATTTATAGTTA-TCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG-TTTTAACGGTTTT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
* **
34340 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTT-TACTTTTTT-
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATA-TTTTTTA
* * * *
34384 TGTGAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
1 T-T-AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * *
34448 AAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG-TTTAAATTGTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** *
34512 ATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTAATTTTTCTA
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAT-ATTTTT-TA
* * * * *
34559 TCAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
*** * * * * * *** *
34623 GAAAAGTATGTTTAGAGTTACCCAATCCTTCAAAAGCCCTATTACTTAATTTAAACGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
34688 TTCTCACAATTGATTTTAAGTTG-ACTTTTCTT-TACTTTTTTGA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTT-TTATA-TTTTTT-A
* * *
34731 TGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-CTGAG-AACTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * ** * * * * * *
34794 AGAAAAGTCAATTTACAGTCACCCAAGTTTTTAAAAGACTCATTACTCACTTTAGATGATTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * **
34859 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
34902 TTAAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACC-CTAGGAACTGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
34966 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTCTTACTTGCTTGAAATGGTTTCATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
35031 ATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * ** ** * * *
35073 TTAACACATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAATATGGGGCAAAAGCCA-TCTGTTGAC-A
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAA
* * * ** * * * *
35136 GAAAAATCCGTTTATAGTCACTCCAGCCTTTGAAAGCTTTATTGCTCGCTTTGAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
35201 ATCTCGTAATTAATTTTCAGTT-AAATTTTTGATATTTTTAA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
35242 TTAAAATATATTACAATTGAATG-CATTCCTTGGGAAACGTGGAA-CAAAAGCCATCCATTGGCA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* ** * * * * * *
35305 TA-AAAACTTTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAACGGATTTA
64 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
35369 TAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAAATCATTTATGTTTTTCA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * *
35413 TTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGA-AAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTGCCAA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * *
35477 GAAAAGTCCATTTCTAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
35523 TAGTTNNNNN
Statistics
Matches: 1317, Mismatches: 283, Indels: 92
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 54 0.04
168 73 0.06
169 79 0.06
170 344 0.26
171 337 0.26
172 281 0.21
173 146 0.11
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTA
Found at i:34706 original size:345 final size:341
Alignment explanation
Indices: 33699--35525 Score: 1474
Period size: 345 Copynumber: 5.4 Consensus size: 341
33689 NNNNNNNACA
* * * * * * * * * *
33699 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCATGGGAATCGTGATGAAAAAGCCGTTCTT
1 TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * *
33764 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTT-TTTCCTCGATTTAAATGG
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAATGG
* *
33828 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAA
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACATATTATAA
* * * * * * *
33893 TTGAATGTCTATCTCA-AGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAG-AAAGTCCATTTATA
194 TTGAATGTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
*** ** * * * ** ** *
33956 GTCAGTTAAGCCTTTGAAAGCTTTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTT
258 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
34021 TCAGTTGA-ATTTTTTA-T
323 TAAGTTGACTTTTTTTACT
* * *
34038 ATATTTT-T-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCATCC
1 -TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTC
* * ** * * * ** * *
34100 ATCGGCAAGAAAACTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTACGGAGGCCTTATTACTT-GCTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAAT
* * ** * * *
34164 GGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATCATTTATGTTTTGGTTGAAAC-TAATTAT
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTGTTAAAACAT-ATTAT
* * * *
34228 AATTGAAAGTCTGCCTTCGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTAT
192 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
34293 AGTTATCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTTAACGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
257 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
34358 TTAAGTTGAGCTTTTTTTACT
322 TTAAGTTGA-CTTTTTTTACT
* * *
34379 TTTTTTGTGAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
34444 TAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG-TTTAAATTG
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAATGG
* * * * * *
34508 TTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTAATTTTTCTATCAAAATATATTAT
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTAT-ATTTTTGT-T-AAAACATATTAT
* * *** *
34573 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTATGTTTAG
192 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
34638 AGTTACCCAATCCTTCAAAAGCCCTATTACTTAATTTAAACGGTTTTATATTCTCACAATTGATT
257 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
34703 TTAAGTTGACTTTTCTTTAC-
322 TTAAGTTGACTTTT-TTTACT
* * *
34723 TTTTTTGATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAG-AACTGTGAAGAAAAAGCCATTC
1 TTTTTTG-TGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTC
* * ** * * * * * *
34787 ATTGACAAGAAAAGTCAATTTACAGTCACCCAAGTTTTTAAAAGACTCATTACTCA-CTTTAGAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAAT
* * * *
34851 GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACATATTAT
* * * * * * *
34916 AGTTAAATGTCTACCCTAG-GAACTGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA
192 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
34980 TAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTCTTACTTGCTTGAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAAT
256 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
35045 TTTGAGTTGAATTTTTTTACA
321 TTTAAGTTGACTTTTTTTACT
* * * * ** ** *
35066 TTTTTTGTTAACACATATTATAATTGAATGTCTATCTCT-AGAAATATGGGGCAAAAGCCA-TCT
1 TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-
* * * * * ** * * * * *
35129 GTTGAC-AGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCC-AGCCTTTGAAAGCTTTATTGC-TCGCTTTGAA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAA
* * * * * * * * *
35191 TAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTCAGTTAAATTTTTGATATTTTTAATTAAAATATATTAC
128 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAACATATTAT
* * * * * * **
35256 AATTGAATG-CATTCCTTGGGAAACGTGGAA-CAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAACTTTATT
192 AATTGAATGTC-TACCTTAGAAAACGT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * *
35318 TATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAACGGATTTATAATCTCATAATTG
254 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** **
35383 AGTTTAAGTTGAAATCATTTA-T
319 ATTTTAAGTTGACTTTTTTTACT
** ** * * * * * * *
35405 GTTTTTCATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-GAAAACATAAAGAAAGAGCCATTC
1 -TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
35469 ATTGCCAAGAAAAGTCCATTT-CTAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAG
35526 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1183, Mismatches: 263, Indels: 80
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 54 0.05
338 192 0.16
339 8 0.01
340 197 0.17
341 112 0.09
342 185 0.16
343 141 0.12
344 23 0.02
345 269 0.23
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGATTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTAAAACATATTATAATT
GAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGACTTTTTTTACT
Found at i:34958 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33696--35524 Score: 1425
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 170
33686 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
33696 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCATGGGAATCGTGATGAAAAAGCCGTT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-CGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
33761 CTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTTTTCCTCGA-TTTAAA
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAA
* *
33825 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTT
129 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* ** * * * * * *
33867 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCCATC
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *** ** * * * **
33932 CGTTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAGTTAAGCCTTTGAAAGCTTTGTTGCTCGCTTTAAAT
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * *
33996 AGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTCAGTTGAA-TTTTTT
130 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* * * *
34036 ATATATTT--TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACGTGAAGA-AAAAGCCAT
* * * ** * * ** * *
34098 CCATCGGCAAGAAAACTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTACGGAGGCCTTATTACTTGCTTTAAA
64 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
* * * **
34163 TGGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATCATTT
129 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* * * * *
34205 --ATGTTTTGGTTGAAAC-TAATTATAATTGAAAGTCTGCCTTCGAAAACGTGAAGAAAAAGCCA
1 ACAT-TTTTGGTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
34267 TTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTTA
63 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* *
34332 ACGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG-AGCTTTTTTT
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG--TTTTTT
* * * * *
34376 ACTTTTTTTGTGAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
34441 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAAT
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * *
34506 TGTTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTTTT
130 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG---TTTTTT
* * * * *
34549 A-ATTTTT-CTATCAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCA
1 ACATTTTTGGT-T-AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAACGTGAAGAAAAAGCCA
*** * * * * *
34612 TTCATTGGCAAGAAAAGTATGTTTAGAGTTACCCAATCCTTCAAAAGCCCTATTACTTAATTTAA
63 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * **
34677 ACGGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTGACTTTTCTTT
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTT
* * * * *
34721 ACTTTTTTGATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-GAGAACTGTGAAGAAAAAGCCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAC-GTGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** * * * * *
34785 TCATTGACAAGAAAAGTCAATTTACAGTCACCCAAGTTTTTAAAAGACTCATTACTCACTTTAGA
64 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
* *
34850 TGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
129 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* * * * *
34892 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACCCTAGGAACTGTGAAGAAAAAACCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAC-GTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
34957 CATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTCTTACTTGCTTGAAAT
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * * *
35022 GGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTT
130 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* * * * ** ** *
35063 ACATTTTTTGTTAACACATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAATATGGGGCAAAAGCCA-T
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** * * ** *
35127 CTGTTGAC-AGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCC-AGCCTTTGAAAGCTTTATTGCTCGCTTTGA
65 C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * * * *
35190 ATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTCAGTT-AAATTTTTG
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
* ** * * * * *
35232 ATATTTTTAATTAAAATATATTACAATTGAATG-CATTCCTTGGGAAACGTGGAA-CAAAAGCCA
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGG-AACGT-GAAGAAAAAGCCA
* * ** * * * * *
35295 TCCATTGGCATA-AAAACTTTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTGTA
63 TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
* * * * **
35359 AACGGATTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAAATCATTT
127 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
** ** * * * * * * * *
35403 ATGTTTTTCATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-GAAAACATAAAGAAAGAGCCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG-GAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
35467 TCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTTACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA
64 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA
35525 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1322, Mismatches: 292, Indels: 88
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 54 0.04
168 76 0.06
169 73 0.06
170 335 0.25
171 355 0.27
172 280 0.21
173 147 0.11
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
Done.