Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398409.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1708.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.27
Warning! 10909 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:389 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1073 Score: 869
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 168
* * * *
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGA-C
* * ** ** * *
65 TATAAATGGATTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTATTCATGTTTCCCAAGATTA-ACATTTAA
64 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTGCTTCATGTTT-CCAAG-GTAGACATTCAA
* * * * * *
129 -TATAATCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAGTTCAACCTAA
126 TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
171 AATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGATGCTAT-AGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGA-GTGAC
* * *
235 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCGAA
64 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTC-AA
* * * * * * * * *
300 -AATTATCTGCTTTTACT-AGAAATTTATAAAAGTTCAACTTAA
126 TTATAATAT-ATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
**
342 AA-CTAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TGAGTG
1 AATC-AATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCA-GTAATAAGGCTTTCGAA-GCTATGAGTG
* * ** * * *
404 ACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATTG-ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTC
62 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA-TGAAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTC
468 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
124 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
513 AATAAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGC-ATGAGTGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCG-AAGCTATGAGTGAC
* * * * *
577 TATAAAT-GAGCTTTTCTCT-CAAATGGCTAT-CTTTTGCTTCACGTTTCCAGAGATAGATATTC
64 TATAAATAGA-CTTTTCT-TACCAAT-G-AATGCTTTTGCTTCATGTTTCCA-AGGTAGACATTC
639 AATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAA
124 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * *
684 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGGC-ATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTATGAGTGAC
* * * * *
748 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCCAGATAAACATTCAAT
64 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
813 TATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
127 TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * *
855 AATCAATTATGAGGTTATAAGATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGAC-ATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAG-CTATGAGTGAC
* * * * * *
919 TATAAATGGACTTTTCTCT-CCACT-ATATGGTTTTCACTTC-TCGTTTCCCAAGGCAAACATTC
64 TATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGA-ATGCTTTT-GCTTCAT-GTTT-CCAAGGTAGACATTC
* * ** *
981 AATTATAATATATTTCAA-CTAAAACATAAAAAATTTCAACTTAA
124 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
1025 AATCAATTATGAGATT-TCAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTC
1 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTC
1074 AAAGGCATAG
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 106, Indels: 86
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 202 0.27
171 509 0.68
172 35 0.05
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTATGAGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
ATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:966 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1095 Score: 972
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 340
* * * * * *
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA-C
* * ** * * ** *
65 TATAAATGGATTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTA-TTCATGTTTCCCAAGATTAACATTTAA
65 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGAC-TTTTACTTCATGTTTCCCCAGACAAACATTCAA
* * * ** ** * * * * *
129 -TATAATCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAA
129 TTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAA
* * * * *
193 CCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCG-ATGCTAT-AGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCT-TG
194 CTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGC-ATGA-GTGACTATAAATGAG-CTTTTCTCT-
* * * * * * ** * * * * * *
254 CCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCGAA-AATTATCTGCTTT-TACT
255 CAAATG-ATATCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTC-AATTATAATAT-ATTTCAACT
** * *
317 AGAAATTTATAAAAGTTCAACTTAA
317 A-AAAAATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
342 AA-CTAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGA
1 AATC-AATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* * ** * * ** * *
405 CTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATTGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAA
64 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCCAGACAAACATTCAA
* * *
470 TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAA
129 TTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAA
*
535 CTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGATTATAAATGAGCTTTTCTCTCAAA
194 CTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTCTCAAA
* * * * * *
600 TGGCTATCTTTTGCTTCACGTTT-CCAGAGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA
259 T-GATATCTTTTACTTCACGTTTCCCA-AGACAAACATTCAATTATAATATATTTCAACTAAAAA
663 ATGTAAAAAAAATT-AACTTAA
322 A--T-AAAAAAATTCAACTTAA
* *
684 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * *
749 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCCAGATAAACATTCAATT
66 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCCAGACAAACATTCAATT
* * *
814 ATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAGA-
131 ATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAA-AC
* *
877 TAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAAGACATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCC
195 T-ATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTCTCA
* * * *
940 ACT-ATATGGTTTTCACTTCTCGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTCAACTAAA
257 AATGATAT-CTTTT-ACTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTCAACTAAA
* *
1004 ACATAAAAAATTTCAACTTAA
320 AAATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
1025 AATCAATTATGAGATT-TCAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCAT-AGGTGG
1 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGA
1088 CTATAAAT
64 CTATAAAT
1096 GAACGTTTCT
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 102, Indels: 58
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 27 0.04
341 177 0.28
342 390 0.63
343 29 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCCAGACAAACATTCAATT
ATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAACT
ATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTCTCAAATG
ATATCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTCAACTAAAAAATAA
AAAAATTCAACTTAA
Found at i:1256 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 1020--1240 Score: 282
Period size: 122 Copynumber: 1.8 Consensus size: 122
1010 AAAATTTCAA
* * * * *
1020 CTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCATAGG
1 CTTAAAATCAATTATAAAATTTCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAGG
* * *
1085 TGGCTATAAATGAACGTTTCTTGCTAATGAGTGGCTCTCTCTTTGCATTTGTCAAGG
66 TGGCTATAAATGAACGTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTCTCTTTACATTTGTCAAGG
* ** *
1142 CTTAAAATCAATTATAAAA-TTCTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATAAAATTTC-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAG
* ** *
1206 GTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
65 GTGGCTATAAATGAACGTTTCTTGCCAATGAATGG
1241 TTTTGTTTTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 15, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
121 3 0.04
122 80 0.96
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (122 bp):
CTTAAAATCAATTATAAAATTTCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATAGG
TGGCTATAAATGAACGTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTCTCTTTACATTTGTCAAGG
Found at i:1846 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1142--4812 Score: 2564
Period size: 171 Copynumber: 21.6 Consensus size: 171
1132 TTTGTCAAGG
* * * ** * ** * *
1142 CTTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
** * * * * * *
1207 TGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTGTTTTTACAT-TTTCC-AACGCAAACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TTCTT-CATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * * *
1270 TTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * * * * *
1313 CCGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTCTTT-GAAGGCATCA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGTATGA
* ** * * * * * * * *
1377 GTGACTACAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGCAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* ** * * * * *
1442 TTTAAAAATTATCTATTTTTACAAGAAATTTAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
1485 TTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA
* ** * ** * ** ** * * *
1549 GTAACTATAGGTGGACTATTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACATTTCCCGAGGCAGAGAC
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * * * *
1614 TCAAATATTATCTATTTTTACTAGAAATGT-AAAAAATTCAC
130 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
1655 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGATATGAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * * *
1720 TGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTAAACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * ** *
1783 TTCAATTATAATATATTTTAACCGACAATATAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * ** *
1826 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAGTAAGATTTTGAAAGGCT-T-A
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGA
* * *
1889 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTTCC-AA-GTAGAC
65 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGAC
* * * *
1952 ATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATTTAAAAAAAAATTTAA
128 ATTCAATTATAATCTG-TTTTAACAAAAA-ATATAAAAAAATTCAA
** * * * * * *
1998 CTTAAACCCAATTATCAAATTATAAAACCATTTCAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA
* ** * * * * * *
2062 GTGACTATAGATGGA-TTGTTCTTTTCAATGAATAGCTTTTTCCTT-ACGTTACTTGAGGCAGAC
65 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGTAGAC
* * * * * *
2125 ATTCAAATATTATCTGTTTTTACTAGAAATGA-AAAAAAATTAAA
128 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAA
* * *
2169 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * * * * *
2234 TGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATAG-TTTTTGCTTCATGTTTTCTGAGGCAAACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * **
2297 TTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAGGTTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
2340 CTTAGAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
** * * ** * * *
2405 TGGTTATAAATGGACTGTTCTTGCTAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT
* * * *
2470 CAATTATAATCTGTTTGAATC-AAAAATGTAAAAACATTTAA
131 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
2511 CTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATGAGGC-TTCTGAATGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATGA
* * * * **
2575 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAAAGACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* ** *
2640 TCAATTATAATCTGTTTT--GAAAAGCTGTAAAAAAATTCAA
130 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * ** *
2680 CTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACTATTTAAAG-GAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA
* * * * ** *
2744 GTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCTAAGACAAACAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAC-A
* * * * *
2809 TT-AATTATAATATG-TTTAACTAAAGATGTAACAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * ** * *
2850 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * * * * * * *
2915 TGACTACAAATGAACTTTTTTTGCCAACGAATAGCTTTTTCTTTATGCTTCAC-GAGGTAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACAT
* * * * * * * *
2979 TCAATAATTATTTGTTTTTACCATAAACT-TTAAAAAATCCAA
130 TCAATTATAATCTG-TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
3021 CTTAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC-ACATAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
1 CTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGTATG
* * * * *
3084 GGTGACTATAGATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTTCC-AAGGTAGAC
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGAC
** * * * *
3148 ACACAAATATTATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
128 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
3192 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGA
* * * * * *
3256 GTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CAAATGGATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCTAAGGCAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * * *
3320 TTGAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATGTAAAGAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * *
3363 CCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCT-TG-
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGA
* * * * * * * **
3426 GACGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGATTGTCTTTTTTTTCACATTTCCTAAGGTAGACA
65 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * *
3491 ATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * **
3533 CCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * * * * * * *
3598 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT
* * * *
3663 CGAAAATTAT-CTCT-TTTTATC-ACAAAT-TTAAAAAATTCAA
131 C---AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* ** * * * * ** *
3703 CTTAAAACCAATTACCAAATTATAAAACCGTTTAAA-CCATATAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-A
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA
* * * * * * * *
3766 CGTGACTAGAGATGGACTATTCTTGCTAATAAATAGC-TTTT-TTCTATGTTT-CTCGAGGCAGA
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCT-AAGGTAGA
* ** * * * * * *
3828 CACTCAAAAATTATCTATTTTTACTAGAAATGA-AAAATAATTCAA
127 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAA
* ** * * * * *
3873 TTTAAAATCAATTACAAAATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * * * * * * * * *
3938 TGACAATAAATGAACTTTTCTCT-CCAGTGGATGGCTGTTGT-TTCATGTTTCTTGAGATAAATA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * * * *
4001 TTCAGTTGTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGA-TCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-ATTCAA
* * * * ** *
4044 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA-
* * * * * *
4108 GTGGCTATAAATGGACTTTTTCTCT-CTAATGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCT-G
65 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGG-TAG
* * * * * * *
4170 ACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTTAA
126 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
4216 CTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GTTTGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
* * ** ** * *
4280 TGACTTTAATTAGGA-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGTGGCA-AGTA
66 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA-CA
* * * * *
4343 TTTAATTACAATCT-TTTTAAACAAAAAATGTATAAAAAGTCAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * ** *
4386 -TGTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG
1 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTA-TG
* * * * * *
4450 AG-GACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGGATGGTTTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGAC
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAC
* * * * *
4514 ATTCAATTATAATTTATTTTAGCTAAAAATGT-AAAAAATTCAGTA
128 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA--A
* * * * * *
4559 C--AAAATCAATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAAT--TGCTTTTAAAGGCT-TTA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGA
* * * * * * * **
4619 GTGACTATAAATAGACTTTTCATG-TACATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTCAAGGCGGAC
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGAC
* * *
4682 ATTCAATTATATTATATTTT-------AATCA-AAAAAAATTCAA
128 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAA
* * * *
4719 CTTAAAATTAATTATG-GATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGACATTCGAAGGCT-TG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATG
*
4781 AGTGACTATAAATGG-GTATTTCTTGCCAATGA
64 AGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGA
4813 TCATTTGTGA
Statistics
Matches: 2783, Mismatches: 602, Indels: 238
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 26 0.01
162 24 0.01
163 33 0.01
164 1 0.00
166 4 0.00
167 3 0.00
168 52 0.02
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170 707 0.25
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172 430 0.15
173 35 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
Found at i:1963 original size:805 final size:804
Alignment explanation
Indices: 462--1926 Score: 1873
Period size: 806 Copynumber: 1.8 Consensus size: 804
452 CCTGAGGCAG
* **
462 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATAAATTATGAGA
* * * * * * * *
527 TTATGAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGATTATAAATGAGCTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATCAGTGACTACAAATAAACTTTT
** * * * * **
592 CTCTCAAATGGCTATCTTTTGCTTCACGTTTCCAGAGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAA
131 CTCTCAAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCCAGAGACAAACATTCAAAAATAATATATTTTAA
* *
657 CAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTA
196 CAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACCATATAAAGCAAGTA
* * * * *
722 ATTAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTT
261 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTATTCTTACCAATGAATAACTTTTGCTT
** * * * *
787 TATGTTTCCCCAGATAAACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACT
326 TACATTTCCCCAGACAAACACTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
852 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAGATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTG
391 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAATG
* * * **
917 ACTATAAATGGACTTTTCTCTCCACTATATGGTTTTCACTTCTCGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
456 ACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATAGATGGTTTTCACTTCAAGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* *
982 ATTATAATATATTTCAACTAAAACATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAA
521 ATTATAATATATTTCAACGAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAA
* * *
1047 TCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCATAGGTGGCTATAAATGAACGTTTCTTGCTAA
586 TCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCATAGATGACTATAAATGAACGTTTCTTGCAAA
* *
1112 TGAGTGGCTCTCTCTTTGCATTTGTCAAGGCTTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAACCATTTAA
651 TGAATGACTCTCTCTTTGCATTTGTCAAGGC-TAAAATCAATTATAAAATTCTAAAACCATTTAA
1177 AGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGT
715 AGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGT
1242 TTTGTTTTTACATTTTCCAACGCAA
780 TTTGTTTTTACATTTTCCAACGCAA
* *
1267 ACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATAAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATAAATTATGAGA
*
1332 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTCTTT-GAAGGCATCAGTGACTACAAATAAACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTCGAAAGCATCAGTGACTACAAATAAACTTT
* ** * * ** * * * *
1396 TCT-TGCTAATGAATAGCCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTTAAAAATTATCTATTT
130 TCTCT-CAAATGAATA-CCTTTTGCTTCACGTTTCCAGAGACAAACATTCAAAAATAATATATTT
* * * * * *
1460 TTACAAGAAAT-TTAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCA
193 TAACAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACCATATAAAGCA
* * * ** * *
1524 TGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGGTGGACTATTCTTGCCAATGAATAACTTTT
257 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTATTCTTACCAATGAATAACTTTT
* * * * * * * ** * * *
1589 TCTTTACATTTCCCGAGGCAGAGACTCAAATATTATCTATTTTTACTAGAAATGT-AAAAAATTC
322 GCTTTACATTTCCCCAGACAAACACTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
1653 ACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGATATG
387 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATG
* * *
1718 AATGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTTT-GCTTCAAGTTTCCTAAGGTAAAC
452 AATGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATAGATGG-TTTTCACTTCAAGTTTCCCAAGGCAAAC
* * *
1782 ATTCAATTATAATATATTTTAACCGACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
516 ATTCAATTATAATATATTTCAA-CGAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
1847 AT-AAAA-CTATTTAAGGCGAGTAGTAAGATTTTGAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGACTTTT
580 -TCAAAATC-ATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCATAGATGACTATAAATGAACGTTT
1910 CTTGCAAATGAATGACT
643 CTTGCAAATGAATGACT
1927 TTTTTTTCAT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 103, Indels: 15
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
804 1 0.00
805 269 0.49
806 278 0.51
807 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (804 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATAAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATCAGTGACTACAAATAAACTTTT
CTCTCAAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCCAGAGACAAACATTCAAAAATAATATATTTTAA
CAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACCATATAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTATTCTTACCAATGAATAACTTTTGCTT
TACATTTCCCCAGACAAACACTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAATG
ACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATAGATGGTTTTCACTTCAAGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
ATTATAATATATTTCAACGAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAA
TCATTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTCAAAGGCATAGATGACTATAAATGAACGTTTCTTGCAAA
TGAATGACTCTCTCTTTGCATTTGTCAAGGCTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAACCATTTAAA
GTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTT
TTGTTTTTACATTTTCCAACGCAA
Found at i:3058 original size:852 final size:840
Alignment explanation
Indices: 1142--4812 Score: 2902
Period size: 852 Copynumber: 4.3 Consensus size: 840
1132 TTTGTCAAGG
* * * * *
1142 CTTAAAATCAATTATAAAATTCTAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGG
1 CTTAAAACCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
** * * * * * * * * * *
1206 GTGGTTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTGTTTTTACATTTTC-CAACGCAAAC
65 GTGACTACAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTT-TCTTT--ATGTTCACGAGGCAGAC
* * * * * * * * ** * *
1269 ATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATAAATTATGAGATT
127 ATTCAA-AATTATCTGTTTTTACTAGAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * * * *
1334 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTCTTT-GAAGGCATCAGTGACTACAAATAAACTTTTC
190 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * * * *
1398 TTGCTAATGAATAGCCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTTAAAAATTATCTATTTTTA
254 TTGCCAATGAATAG--TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAA
* * * * * * *
1463 CAAGAAATTTAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGC-ATGT
317 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA-GT
* * ** * * *
1527 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGGTGGACTATTCT-TGCCAATGAATAACTTTTTC
381 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGACTTTTTC
* * * * * * * * ** * *
1591 TTTACATTTCCCGAGGCAGAGACTCAAATATTATCTATTTTTACTAGAAATGTAAAAAATTCACC
445 TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAC
* * *
1656 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGATATGAAT
510 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CATGGAT
* *
1721 GACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGTAA-ACAT
574 GACTATAAATAGACTTTTCT-TCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAA-GAAAGACAT
* * ** *
1784 TCAATTATAATATATTTTAACCGACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
636 TCAATTATAATCTGTTTTAAAAG-C--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
1849 AAAACTATTT-AAGGCGAGT-AGTAAGATTTTGAAAGGCT-TAGATGACTATAAATGGACTTTTC
698 AAAACTATTTAAAGG-AAGTAATTAGGCTTTTG-AAGG-TATAG-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
1911 TTGCAAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTTCC-AAG-TAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTT
759 TTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACG-TTTCCTAAGACAAACAATT-AATTATAATCTG--TTT
* *
1973 ACCAAAAATTTAAAAAAAAATTTAA
820 AAC-AAAATTT---AAAAAATTCAA
* * * *
1998 CTTAAACCCAATTATCAAATTATAAAACCATTTCAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 CTTAAAACCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCTA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * *
2062 GTGACTATAGATGGA-TTGTTCTTT-TCAATGAATAGCTTTTTCCTTACGTT-ACTTGAGGCAGA
65 GTGACTACAGATGGACTT-TT-TTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTCAC--GAGGCAGA
* *
2124 CATTCAAATATTATCTGTTTTTACTAGAAATGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
126 CATTCAAA-ATTATCTGTTTTTACTAGAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* *
2189 TATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
189 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* *
2253 CTCT-CCAATGGATAGTTTTTGCTTCATGTTT-TCTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT
253 CT-TGCCAATGAATAGTTTTT-CTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTT
** *
2316 AACAAAAAATATAAAAAGGTTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
315 AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * *
2381 TGATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGTTATAAATGGACTGTTCT-TGCTAATGAATCACTTTTT
380 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGACTTTTT
* ** * *
2445 CTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAA-TCAAAAATGTAAAAACATTT
444 CTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTC
* ** * * *
2509 AACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTCTGAATGCAT
507 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGCAT
* * * * * * *
2573 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAAAGAC
570 GGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGAAAGAC
* *
2638 ATTCAATTATAATCTGTTTTGAAAAGCTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAC
634 ATTCAATTATAATCTGTTTT-AAAAGCTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
2703 AAAACTATTTAAAGGAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG
698 AAAACTATTTAAAGGAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** *
2768 CCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCTAAGACAAACAATTAATTATAATATGTTTAACTAAA
762 CCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCTAAGACAAACAATTAATTATAATCTGTTTAAC-AAA
*
2833 GATGTAACAAAATTCAA
826 -ATTTAA-AAAATTCAA
* * * * *
2850 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGAG
1 CTTAAAACCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * *
2915 TGACTACAAATGAACTTTTTTTGCCAACGAATAGCTTTTTCTTTATGCTTCACGAGGTAGACATT
66 TGACTACAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATG-TTCACGAGGCAGACATT
* * * ** *
2980 CAATAATTATTTGTTTTTACCATAAACTTTAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTAT
130 CAA-AATTATCTGTTTTTACTAGAAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATAAGATTAT
* * * * * *
3044 AAAACTATTTAAAGC-ACATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTGTTCTT
192 AAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * ** * * ** * * * * *
3108 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAGGTAGACACACAAATATTATCTGTTTTTACT
256 GCCAATGAAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACA
* *
3172 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
319 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
3237 AAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTTTGTTCA
384 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * * *
3302 TGTTTCCTAAGGCAAACATTGAATTATAATCT-GTTGTAACAAAAAATGTAAAGAAATTCAACCT
449 CGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTG-AACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTT
* * * * *
3366 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGGACGA
512 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGATGA
* * * * ** *
3431 CTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGATTGTCTTTTTTTTCACA-TTTCCTAAGGTAGACAATCA
576 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCTAAGAAAGACATTCA
** * *
3495 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAA
639 ATTATAATCTG-TTT--TAAAAGCTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
3559 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
701 ACTATTTAAAGGAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
3624 ATGAATAGCTTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATACGAA--AATTAT-CTCTTTTTATCAC
765 ATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCT-A---AGACAAAC-AATTAATTATAATCTGTTTAACA-
3686 AAATTTAAAAAATTCAA
824 AAATTTAAAAAATTCAA
* * *
3703 CTTAAAACCAATTACCAAATTATAAAACCGTTTAAACCATA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-A
1 CTTAAAACCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGC-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * *
3766 CGTGACTAGAGATGGACTATTCTTGCTAATAAATAGCTTTTT-TCTATGTTTCTCGAGGCAGACA
65 -GTGACTACAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATG-TTCACGAGGCAGACA
* * * * * *
3830 CTCAAAAATTATCTATTTTTACTAGAAATGAAAAATAATTCAATTTAAAATCAATTACAAAATTA
128 TTC-AAAATTATCTGTTTTTACTAGAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * *
3895 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATGAACTTTTCTC
191 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-
* * * * ** * ** *
3960 T-CCAGTGGATGGCTGTTGT-TTCATGTTTCTTGAGATAAATATTCAGTTGTAATATATTTTAAC
255 TGCCAATGAATAG-T-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAAC
* * * *
4023 CAAAAATATAAAAAAGA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGTGAGTA
318 AAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
4087 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTTCTCTCTAATGGATGA-TTTTTGC
382 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTCTCTAATGAATGACTTTTT-C
** ** * * * *
4151 TTCACGTTTCCTGAGGCTGACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTTAA
445 TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAA
* * ** *
4216 CTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTTTGGGT
509 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGAT
* * ** * *
4281 GACTTTAATTAGGA-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCTGTGGCAAG-TA
574 GACTATAAATA-GACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCT-AAGAAAGACA
* * ** * * *
4343 TTTAATTACAATCT-TTTTAAACAAAAAATGTATAAAAAGTCAA-TGTAAAATTAATTATGAGAT
635 TTCAATTATAATCTGTTTT----AAAAGCTGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
4406 TATAAAA-TCATTCAAAGCG-AGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAG-GACTATAAATGGACTT
695 TATAAAACT-ATTTAAAG-GAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTA-T-AGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * ** * * *
4468 TACTTGTCAATGGATGGTTTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGAC-ATTCAATTATAATTTATT
756 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTT-TTCACGTTTCCTAAGACAAACAATT-AATTATAATCT-GT
* *
4532 TTAGCTAAAAATGTAAAAAATTCAGTA
818 TTAAC--AAAATTTAAAAAATTCA--A
* * * * * * * *
4559 C--AAAATCAATTAT-AAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAAT--TGCTTTTAAAGGCTTTA
1 CTTAAAACCAATTATCAA-ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * ** * * * * ** * *
4619 GTGACTATAAATAGACTTTTCATG-TACATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTCAAGGCGGACA
65 GTGACTACAGATGGACTTTTTTTGCCA-ATGAATAGCTTTTTCTTTATG-TTCACGAGGCAGACA
* * *
4683 TTC--AATTATAT-TATATTT--T---AATCAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT-GGATT
128 TTCAAAATTATCTGT-T-TTTACTAGAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * * * **
4739 ATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GGTATTT
190 ATAAAACTATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT-TTT
4802 CTTGCCAATGA
253 CTTGCCAATGA
4813 TCATTTGTGA
Statistics
Matches: 2278, Mismatches: 431, Indels: 223
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
844 2 0.00
845 58 0.03
846 29 0.01
848 2 0.00
849 2 0.00
850 15 0.01
851 27 0.01
852 882 0.39
853 483 0.21
854 194 0.09
855 234 0.10
856 325 0.14
857 23 0.01
858 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (840 bp):
CTTAAAACCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
TGACTACAGATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTCACGAGGCAGACATTC
AAAATTATCTGTTTTTACTAGAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
TGAATAGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGATGACTATAAATAG
ACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGAAAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAAAAGCTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGAAG
TAATTAGGCTTTTGAAGGTATAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTT
TCACGTTTCCTAAGACAAACAATTAATTATAATCTGTTTAACAAAATTTAAAAAATTCAA
Found at i:4898 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 4735--4899 Score: 233
Period size: 88 Copynumber: 1.9 Consensus size: 88
4725 ATTAATTATG
* **
4735 GATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTAT
1 GATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAATAT
* *
4800 TTCTTGCCAATGATCATTTGTGA
66 TTCATCCCAATGATCATTTGTGA
* * * *
4823 GATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGAATT
1 GATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAATA
4887 TTTCATCCCAATG
65 TTTCATCCCAATG
4900 GATGGCTTTT
Statistics
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0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
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88 65 0.97
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (88 bp):
GATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGAATAT
TTCATCCCAATGATCATTTGTGA
Found at i:5562 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4820--6898 Score: 1619
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 171
4810 TGATCATTTG
* * * ** * *
4820 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
4885 TTTTTCATCCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTT-TCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATA
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATG
* * *
4949 TTTTAATCAAGACA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
4991 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * **
5056 CTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCA-AGTTTC-CGGAGGTTGACATTCAATTATAACCT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * **
5118 ATTTTAACC-AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGCTA
129 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
5160 TGAAATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGACATGGGTAAGTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGG
* ** *** * * * ** *
5224 ACTTTTCGTGTAAATGAATAATTTTTTCTTAATGTTTATTGAGGTAGACATTTAATTATAATATG
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATG
* * *
5289 TTTTAACCAAGAATATAAAAGAAAATTCTA-TTAAAAATCAATTG
130 TTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * * * * * **
5333 TGAGATTATAAAACCATCTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAATGGATGGGCGACTATAAATACA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* *
5398 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
* * *
5463 TTTAACCAACAATATAAAAAAATTCTA-TTAAAAATCAATTG
131 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * *
5504 TGATATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
5569 CTTTTTTTGTCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGC-CAAGGCAGATATTCAATTATAAGT-T
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TAT
* * *
5632 GTTTTAA-CAAAAACTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTA
129 GTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
5675 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTACAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * * *
5740 GTTTTCTTACCAATGAATGTCTTGTTCCTCATGTTTCTTAGGGTAAAAATTCAATTATAATCTGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
* * * *
5805 TTCAATCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTA
131 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * ** *
5846 TGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATGAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * ** ** * * * * ** *
5911 CTTTTCATCCCAATGGATCACTTTCGCTTCATGTTTTTGAAGGCAGATGTTCAATTATAATATAT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
* * * * *
5976 TTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAACTCAATTA
131 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
6017 TGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGAGCGACTATAAATAG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGG
* * * **
6081 ACTTTTC-TCCCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGGTAGACATTCAATTATAACC
65 ACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * *** *
6144 TGTTTTAA-CTAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAAAATTGGTAA
128 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * * *
6187 TAAGGTTATAAAGCCATATAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCAAAGGTATGGGTGACTGTAATTGG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
6251 ACTTTTCTTGCCTATCAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTTCT-GA-GTCAAACATTCAATTATAAT
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA--TATTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAAT
* * * *
6313 -TAG-TGTACACCGAAAATATTAAACAATTCAA-TATAAAATCAATTA
127 AT-GTTTTA-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* * * ** *
6358 TGAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGCAAATATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** * * * * *
6422 ATTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTTCTTAACATTTCTCTAAGATAGACATTCAATTATAAT-
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATA
* ** * *
6486 TAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACGTTTAACGTAAAATCAATTA
128 T-GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * ** *
6531 TCAGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTTGGACTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-GTGACTATAAATGG
** * * * * *
6595 ACTTTTGATGCGAATGGATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATATTA
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATA
*
6658 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
128 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** ** * * *
6702 CG-GATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGC-TTCCAAAGGCTTTGGTGAATGTAAATGG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGG
** * * * *** * * *
6765 GGTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTATTTGCATCTCAT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCT
65 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
6829 GTTTTAGCCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTA
129 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
6872 TGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
6899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 343, Indels: 102
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 101 0.07
170 334 0.22
171 782 0.52
172 50 0.03
173 236 0.16
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Found at i:5670 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4820--6898 Score: 1801
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 341
4810 TGATCATTTG
* * ** * *
4820 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
4885 TTTTTCATCCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
66 CTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
4950 TTTAATCAAGACA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
131 TTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * * *
5014 CAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATG-CTT
195 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTT
* * * * * *
5078 TTTCTTCA-AGTTTC-CGGAGGTTGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAATGTAAAACAA
260 TTTCTTCATA-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAA
**
5141 TTCAACCTAAAATCAGCTA
323 TTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
5160 TGAAATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGACATGGGTAAGTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGG
* ** *** * * * *
5224 ACTTTTCGTGTAAATGAATAATTTTTTCTTAATGTTTAT-TGAGGTAGACATTTAATTATAATAT
65 ACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * * *
5288 GTTTTAACCAAGAATATAAAAGAAAATTCTA-TTAAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATCT
129 ATTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** *
5352 GAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAATGG-ATGGGCGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAAT
191 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * *
5416 GGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACAATATAAA
255 GACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AATATAAA
* * *
5481 AAAATTCTA-TTAAAAATCAATTG
319 AAAATTCAACCT-AAAATCAATTA
* * * * * *
5504 TGATATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * * *
5569 CTTTTTTTGTCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGCAGATATTCAATTATAAGT-TG
66 CTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAA-TATA
* * *
5633 TTTTAA-CAAAAACTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
130 TTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
5697 GCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTACAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGTC
194 G-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGAC
* * * * * * * * * *
5761 TTGTTCCTCATGTTTCTTAGGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTTCAATCAAAAATATAAAAAT
258 TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAATATAAAAAA
* *
5826 ATTCAACTTAAAATTAATTA
322 ATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * * ** *
5846 TGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATGAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * ** ** **
5911 CTTTTCATCCCAATGGATCACTTTCGCTTCATGTTTT-TGAAGGCAGATGTTCAATTATAATATA
66 CTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * * *
5975 TTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAG
130 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
6040 TGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGAGCGACTATAAATAGACTTTTC-TCCCTAATGAATGAC
195 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGAC
* * * * *
6103 TTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAATGTAAAACA
258 TTTTTCTTCATATTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAA
* *** *
6167 ATTCAGCCTAAAATTGGTAA
322 ATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
6187 TAAGGTTATAAAGCCATATAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCAAAGGTATGGGTGACTGTAATTGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
6251 ACTTTTCTTGCCTATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGTCAAACATTCAATTATAAT-TA
65 ACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * * *
6315 GTGTACACCGAAAATATTAAACAATTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAA
130 TTTTA-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
6379 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGCAAATATAAATGGATTTTTCTTATCAATGGATGAC
193 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGAC
* * * *
6444 TTTTTTCTTAACATTTCTCTAAGATAGACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACTAAAAATATAAA
258 -TTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAC-CAAAATATAAA
** * *
6508 AACGTTTAACGTAAAATCAATTA
319 AAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* ** * ** *
6531 TCAGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTTGGACTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-GTGACTATAAATGG
* * * * * * *
6595 ACTTTTGATGCGAATGGATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATATTATA
65 ACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* *
6660 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG-GATTATAAAACTATTTAAAG
130 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *** ** * * * * ** * *
6724 CGACTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTTGGTGAATGTAAATGGGGTTTTCTTGCTAATGAATGACTT
195 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTT
* *** * * * *
6789 TTTATTTGCATCTCAT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACA
260 TTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATATAAAAAAA
6853 TTCAACCTAAAATCAATTA
323 TTCAACCTAAAATCAATTA
*
6872 TGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
6899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1388, Mismatches: 305, Indels: 91
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 120 0.09
341 303 0.22
342 507 0.37
343 163 0.12
344 278 0.20
345 14 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTT
TTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTC
AACCTAAAATCAATTA
Found at i:5712 original size:933 final size:930
Alignment explanation
Indices: 3891--5694 Score: 1903
Period size: 933 Copynumber: 1.9 Consensus size: 930
3881 CAATTACAAA
* * *
3891 ATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATGAACTTT
1 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACAATAAATGAACTTT
* * ** * * *
3956 TCTCTCCAGTGGATGGCTGTTGTTTCATGTTTCTTGAGATAAATATTCAGTTGTAATATATTTTA
66 TCTCTCCAATGGATGGCTGTTGCTTCATGTTTCTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTA
**
4021 ACCAAAAATATAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGTGAGT
131 ACCAAAAATATAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGCAAGT
* * * * *
4086 AATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTTCTCTCTAATGGATGATTTTTGC
196 AATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTCTCCAATGAATGATTTTTGC
* * * *
4151 TTCACGTTTCCTGAGGCTGACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTTAA
261 TTCAAGTTTCCGGAGGCTGACATTCAACTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAA
* * * * * **
4216 CTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTTTGGGT
326 CTCAAAATCAACTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCATGGGT
* * * * * ** * * * *
4281 GACTTTAATTAGGATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGTGGCAAGTATTT
391 AACTATAAATAGGATTTTCGTGCAAATGAATAACTTTTTCTTAACATTTACTGAGGCAAGCATTT
* * * *
4346 AATTACAATCTTTTTAAACAAAAAATGTATAAAAAGTCAATGTAAAATTAATTATGAGATTATAA
456 AATTACAATATTTTTAAACAAAAAATGAAAAAAAAGTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** *
4411 AATCATTCAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAGGACTATAAATGGACTTTACTTGTC
521 AACCATTCAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAGGACTATAAATACACTTTACTTGCC
* * * * * * * * *
4476 AATGGATGGTTTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAGCTAAA
586 AATGAATGGTCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * **
4541 AATGTAAAAAATTCAGTACAAAATCAATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAATTGCT
651 AATATAAAAAATTCAGTACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATCTAAAGCGAGTAAAGGCT
** * * * * * *
4606 TTTAAAGGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTACATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTT
716 TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTACACGAATGCCTTTTGCTTCATGTTTG
* * * *
4671 TCAAGGCGGACATTCAATTATATTATATTTTAATCAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGG
781 CCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG
*
4736 ATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGACATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTATT
846 ATTATAAAACCATTTACAACGACTAAT-A-ACATTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTATT
4801 TCTTGCCAATGATCATTTGTGAG
908 TCTTGCCAATGATCATTTGTGAG
* * * * * *
4824 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGAATTTT
1 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACAATAAATGAACTTT
* * *
4889 TCATC-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTT
66 TC-TCTCCAATGGATGGCTGTTGCTTCAT-GTTTCTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
4952 TAATCAAGACAATA-AAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
129 TAACCAA-A-AATATAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGC
*
5015 AAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TCCCAATGAATGCT
192 AAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTTCTCT-CCAATGAATGAT
* * * *
5077 TTTT-CTTCAAGTTTCCGGAGGTTGACATTCAATTATAACCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAACA
255 TTTTGCTTCAAGTTTCCGGAGGCTGACATTCAACTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-A
* * * **
5140 A-TTCAAC-CTAAAATCAGCTATGAAATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA
319 AGTTCAACTC-AAAATCAACTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA
* * * ** *
5203 GACATGGGTAAGTATAAAT-GGACTTTTCGTGTAAATGAATAATTTTTTCTTAATGTTTATTGAG
383 G-CATGGGTAACTATAAATAGGA-TTTTCGTGCAAATGAATAACTTTTTCTTAACATTTACTGAG
* * * * * *
5267 G-TAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAGAATAT-AAAAGAAAATTCTAT-TAAAAATCA
446 GCAAG-CATTTAATTACAATAT-TTTTAAACAA-AAAATGAAAA-AAAAGTCAATGT-AAAATCA
* * * * * *
5329 ATTGTGAGATTATAAAACCA-TCTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAATGG-A-TGGGCGACTAT
506 ATTATGAGATTATAAAACCATTC-AAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAA-GGAATTGAG-GACTAT
* *
5391 AAATACACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGATAAACATTCAATTA
568 AAATACACTTTACTTGCCAATGAATGGTCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGATAAACATTCAATTA
* * * * * *
5455 TAATATGTTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCTATTA-AAAATCAATTGTGATATTATAAAACT
633 TAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTC-AGTACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT
* * **
5519 ATCTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTTTTGT-CA
696 ATCTAAAGCGAGTA--AAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCATGTAC-
* * *
5581 ACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGCAGATATTCAATTATAAGT-TGTTTTAA-CAAAA
756 ACGAATGCCTTTTGCTTCATGTTTGCCAAGGCAGACATTCAATTAT-AGTATATTTTAATC---A
*
5644 ACTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
817 A----AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTA
5695 AAGCTAGTAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (930 bp):
ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACAATAAATGAACTTT
TCTCTCCAATGGATGGCTGTTGCTTCATGTTTCTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTAAAAGCAAGT
AATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTCTCCAATGAATGATTTTTGC
TTCAAGTTTCCGGAGGCTGACATTCAACTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAA
CTCAAAATCAACTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCATGGGT
AACTATAAATAGGATTTTCGTGCAAATGAATAACTTTTTCTTAACATTTACTGAGGCAAGCATTT
AATTACAATATTTTTAAACAAAAAATGAAAAAAAAGTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTCAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAGGACTATAAATACACTTTACTTGCC
AATGAATGGTCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
AATATAAAAAATTCAGTACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATCTAAAGCGAGTAAAGGCT
TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTACACGAATGCCTTTTGCTTCATGTTTG
CCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG
ATTATAAAACCATTTACAACGACTAATAACATTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTATTTCT
TGCCAATGATCATTTGTGAG
Found at i:5855 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 4820--6898 Score: 1858
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 505
4810 TGATCATTTG
* *
4820 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAAT-GA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATAG-
* * *
4884 ATTTTTCATCCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
65 ACTTTTCATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCATA-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATAT
* *
4948 ATTTTAATCAAGACA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
129 ATTTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * * *
5012 AGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCC-AATGAATGC
193 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCCCGAATGAATGC
* ** *
5076 TTTTTCTTCAAGTTTCCGGAGGTTGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAATGTAAAACAA
257 TTTTTCTTCAAGTTTCCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAATGTAAAACAA
** * *
5141 TTCAACCTAAAATCAGCTATGAAATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA-GA
322 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA
* * *
5205 CATGGGTAAGTATAAATGGACTTTTCGTGTA--AATGAATAAT-TTTTTCTTAATGTTTATTGAG
387 -ATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC-T-TACCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTT-TTG-G
* * * *
5267 GTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAGAATATAAAAGAAAATTCTATTAAAAATCAATT
446 GTAAACATTCAATTATAAT-TG-TTTAACCAA-AA-ATATAA-AAAATTCAATT-AAAATCAATT
*
5332 G
505 A
* * * * * * *
5333 TGAGATTATAAAACCATCTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAATGG-ATGGGCGACTATAAATAC
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGGGCAACTATAAATAG
* * * * * * *
5397 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATG
65 ACTTTTCATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
5462 TTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCT-A-TTAAAAATCAATTGTGATATTATAAAACTATCTAA
130 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-TAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** *
5525 AGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTC-AACGAATGC
193 AGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCCCGAATGAATG-
* * ** *
5589 CTTTTTCTTCATGTTTGCC-AAGGCAGATATTCAATTATAAGTTGTTTTAACAAAAACTGTAAAA
256 CTTTTTCTTCAAGTTT-CCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAA-TGTAAAA
* * * *
5653 CAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAA
319 CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA
* * * *
5718 GGAATGGGTGAGTACAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGTCTTGTTCCTCATGTTTCTTAGGG
384 GGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT-TT-GGG
* * *
5783 TAAAAATTCAATTATAATCTGTTTCAATCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTA
447 TAAACATTCAATTATAAT-TGTTT-AACCAAAAATATAAAAA-ATTCAA-TTAAAATCAATTA
* * * * * ** * *
5846 TGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATGAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGA
* * * * * ** **
5911 CTTTTCATCCCAATGGATCACTTTCGCTTCATGTTTTTGAAGGCAGATGTTCAATTATAATATAT
66 CTTTTCATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * * * *
5976 TTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGT
131 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * *
6041 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGCGACTATAAAT-AGAC-TTTTCTCCCTAATGAATGACT
196 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-ATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTCCCGAATGAATG-CT
* * * * *
6104 TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAATGTAAAACAA
258 TTTTCTTCAAGTTTCCGAA-GGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAATGTAAAACAA
* *** * * * * * ** *
6168 TTCAGCCTAAAATTGGTAATAAGGTTATAAAGCCATATAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGT
322 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA
* * * * * * * * *
6233 ATGGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCCTATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGTCAA
387 ATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTT-TGGGT-AA
* * *
6298 ACATTCAATTATAATTAGTGTACACCGAAAATATTAAACAATTCAATATAAAATCAATTA
450 ACATTCAATTATAATT-GTTTA-ACCAAAAATA-TAAAAAATTCAAT-TAAAATCAATTA
* * * * *
6358 TGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGCAAATATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGA
* * ** * * *
6423 TTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTTCTTAACATTTCTCTAAGATAGACATTCAATTATAAT-T
66 CTTTTCATCCCAATGGATGAC-TTTTGCTTCATATTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAATAT
* ** * * *
6487 AGTTTTAACTAAAAATATAAAAACGTTTAACGTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATTATTTAA
129 A-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * ** * *
6552 AGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGGACTGACTATAAATGGACTTTTGAT-GCGAATGGATG
193 AG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCCCGAATGAAT-
* * *** *
6615 GCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATATTATATTTTAACCAAAAATATAAAA
255 GCTTTTTCTTCAAGTTTCCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAA
* * * * * * ***
6680 AAATTCAACTTAAAATCAATTACG-GATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTCCAAA
319 CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA
** * * * ** * * * * * ** **
6744 GGCTTTGGTGAATGTAAATGGGGTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTATTTGCATCTCATAAGG
384 GGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTT-CTT-CATGTTTTTGGG
* * * *
6809 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTA
447 TAAACATTCAATTATAAT-TG-TTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAA-TTAAAATCAATTA
*
6872 TGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
6899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 257, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
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513 477 0.38
514 346 0.27
515 176 0.14
516 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATAGA
CTTTTCATCCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATAT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCCCGAATGAATGCTTTT
TCTTCAAGTTTCCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAATGTAAAACAATTCA
ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGG
GTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTGGGTAAACATTC
AATTATAATTGTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATTAAAATCAATTA
Found at i:8941 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8731--12713 Score: 2674
Period size: 171 Copynumber: 23.4 Consensus size: 170
8721 NNNNNNNNNG
* ** * * * *
8731 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATCTAAAACAATTTAACTTAAAGTTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** ** ** * *
8796 TTATAAAACCATTTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAACGACTATGAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
8861 -TTCTCAAATGAATGACTTTTTCTTTAGGTTTTTCAAGGTAG
130 CTTCTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* * * * * *
8902 ACATTCAATTATGACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTAATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
8967 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
9032 ATTGC-CTATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGGAA
130 CTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAA
* * * * * * *
9073 AGATTCAATTATAATTTGTGTAAACCAAAAATGTAAAAAAATACAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *** *
9138 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGAACAATTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * *
9203 GTTATTAATGGATAGATTTTTTTTCACGTTTCTCGAAGGTAG
130 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAA
* * * * * * *
9245 ACTTTCAATTGTAATC-AGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATCAT
1 ACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
9309 ATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAACAAGGCTTTTGAAGGT-TGGAGTGGCTATAAATAGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
9372 TTTCATGC-AAATGGATGGCTTTTGCTTCAAG-TTTCCTAAAGCAG
127 TTTC-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAA
* ** ** *
9416 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * *
9480 TACAAAACCATTTAAACCGTCTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-T-AGGTCATTGTAAATGGGCTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
* * *
9543 TCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTATTCACG-TCTCCAAAGGCAA
129 TCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAA
* * * * * *
9585 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAGCTAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
9650 TTATAGAACCATTTATGGTGAGTAATAA-GCTTTTTGAAGGAAT-AGGTGA-TAATAAATGGACT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGTATGA-GTGACT-ATAAATGGACT
* * *
9712 TTTCTTGTCAATGAATGCCGTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAA
127 TTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAA
* * * *
9756 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAATATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAC
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* ** ** * * * *
9820 ATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAAACTTTTGAGGGTATAAATGACTATAAATGGACTTG
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
9885 TCTTCCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATG-TTTCCAACGGTAA
129 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAA-GGCAA
* * * *
9927 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAGATAT-TAAAAAATTCAAGC-TAAAATTAGTTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-A-ATGTAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGA
* * * *
9990 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-CGGGTAACTATAAATGGGCT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
10054 TTT-TTTTACGAATG-ATGGCTTTTTATTCACGTTTCTT-AAGGTAA
127 TTTCTTCT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAA
* * ** *
10098 ACATTTAATTATGATCT-TTTTAAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
10162 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * *
10226 TTCATCTCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAG
128 TTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAA
* * * * *
10269 ACATTCAATTGTAATATATTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * * *
10334 TTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGCGACAATAAATGGAATTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG-ACTTT
* * * * *
10399 TTTTTTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAA
129 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAA
* * * ** * *
10441 ACATTCAATTATAATTTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * *
10506 TTATAAATCTATTTAAAGCAAGCAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
10571 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTATTCACGGTTATCGAGATAA
130 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* ** * *
10612 ACATTCAATTATAACCTA-TTTAAGTAAAAAATAGAAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAAAT-G-TAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG
10675 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * * * *
10739 TTTTCATGTAAATGGATGGGTTTGGCTTCACATTTTCCAAAGCAG
126 TTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* * * * * *
10784 ACATTCAACTATAATATATATTTTAATCAAAAATATAAACAAAATTGAACTCAAAATCAATTATG
1 ACATTCAATTAT-A-ATCTATTTTAACCAAAAATGT-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
10849 -GATTATAAAACTA-TTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCT-TG-GCTGACTATAAATGGG
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * * * **
10909 CTTTTCTTGTCGACGAATGGCTTTTTCTTTAAGTTTTT-TGGAGCAA
125 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAG-GCAA
* * * *
10955 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAGAAA-GTAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
11019 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGG---TT-ACA---A--A---ACTATAAATGGGCTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
11072 TCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCTCATTTCTT-AAGG-AA
129 TCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAA
* * ** *
11113 GACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAACATTCATGTTAAAATCTATTATGAG
1 -ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
11178 ACTATAAAACTATTTGAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * *
11243 T-TAATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATGTCTT-AAGGCAA
129 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTTTCAAGGCAA
* * *
11284 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
11349 TTATAAAACTATCTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGACGGCT-TGGGTGACTATTAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * * * *
11413 TCATCCCAATGGATGCCTTTCGCTTCACG-TTTCCTAAAGTAG
129 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAA
** * * *
11455 ACATTCAATTATAAAATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * * *
11520 TTATAAATCTATTTCAATCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAACGAGCGACTATAAAT-GAATGTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT-TT
* * * * * * * *
11584 TCCTCCCATTAAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCATGACAG
129 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* * ** *
11626 ACATTCAATTCTAA-CATGTTTTATTCAAAAATGTAAAAACATTC-AGTCTAAAAT-AAGTTATG
1 ACATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAA-TTATG
* * *
11688 AGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTTGACTATCAATGGAC
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
11751 TTTTCGTGTAAATGAATGGTTTTTTCTTGACATTTCTCGAGACAA
126 TTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* ** * * * ** * * *
11796 ATATTTTATTATAATATGTTTTAATCAACAATATAAAAGAAAATTCTACTAAAAATCAATTGTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AA-ATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * *
11861 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
11926 TTCCTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAG
128 TT-CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* * * *
11969 ACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACCAGAAATGTAATAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * *
12034 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAGTATAAATGGAGTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
12099 CTTGC-AAACGAATATCTTTTTC-CCTATGTTTCTT-AAGGCATA
130 CTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTT-TTCAAGGCA-A
* ** * * *
12141 A-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAATTATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
12205 TTACAAAA-C-TATAAA-TG-G-----A--CTTTCGAAAGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** * *
12258 TCATCCCAATCG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTGCT-AATGACAG
129 TCTTCTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAA-GGCAA
** * * ** * *
12300 AGTTTCAATTATAATATATTTAAAATAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTAAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
12365 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATTGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * * *
12430 T-TTCCCCAATAAATGACTTTTTCTTTACGTTTCCCAATGTAG
129 TCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
* * * * * * ***
12472 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTCAAATTGGTTATGA-A
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * * * *
12536 GTTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAATAAAGCTTTCAAATGCATGAATGACTATAAATAGACTTT
65 -TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
12601 TCTTGC-CTATGAATGGCTTTTTCTTTA--TATTTTCTGAGGTAA
129 TCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTTTC-AAGGCAA
* * * *
12643 ATATTCAATTATAATCT-GTTCACACCAAAAATCTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
12706 GATTATAA
63 GATTATAA
12714 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3006, Mismatches: 657, Indels: 298
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 5 0.00
159 79 0.03
160 119 0.04
161 34 0.01
162 5 0.00
163 8 0.00
164 3 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
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174 32 0.01
175 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAA
Found at i:18088 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 17792--18441 Score: 612
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 167
17782 GCTAACATGG
* * * * *
17792 ATGGCTCTTTCTTCACGTTTCTCCAAGGGAGACATTCAATTGTAATC-ACTTTTAAACAAAAATG
1 ATGGCT-TTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAAACATTCAATT-AAATCTA-TTTT-AATAAAAA--
* * *
17856 TAAAAAAAAAATTTAA-TATAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAG
59 T-ATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
17920 GCTTTTAAAGGCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTGAATGG
122 GCTTTTAAAGGCTGGAGTGAATATAAATAGACTTTTC-TATCAATGA
* * *
17967 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTGAATTAAATATATTTTAATAAAAATTATAA
1 ATGGCTTTT-CTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTAAATCTATTTTAATAAAAA-TATAA
** *
18032 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGCGTCTAATAAGGCTTTTG
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * *
18096 AAGGCTTGG-GTGATTGTAAATGGGCTTTTCTTTCCAATAA
129 AAGGC-TGGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTAT-CAATGA
* ** * * * *
18136 ATGGCTCTTTATTCGTGTTTTCTATGGCAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAGCTAAAAATGTA
1 ATGGCT-TTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAA-TTAAATCTATTTTA-ATAAAAATATA
* * * * *
18201 AAAACATTCAACCT-AAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGCCTTTT
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
18265 AAAGGAAT-GAGTGAATATAAATATACTTTTCTTATCAATGA
128 AAAGG-CTGGAGTGAATATAAATAGACTTTTC-TATCAATGA
** *
18306 ATACCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
1 ATGGC-TTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTA-AATCTATTTTAA-TAAAAATATA
* * * * * *
18371 AAAACATTCAAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
63 AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
18435 TGAAGGC
127 TAAAGGC
18442 ATGAGCAAAT
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 68, Indels: 39
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 102 0.26
170 175 0.45
171 38 0.10
172 31 0.08
173 7 0.02
174 19 0.05
175 16 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
ATGGCTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTAAATCTATTTTAATAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
GGCTGGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTATCAATGA
Found at i:21407 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20627--22945 Score: 1921
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 170
20617 CATTACATAA
* * * *
20627 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
20692 TTATAAAGCCATTTCAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
20756 TCTTACCTATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTTTCGAGGTAA
130 TCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
20798 ACATTCAATTACAATCTGTTTAAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAA-TGGAAAATCAGTTATCA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
20862 TATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGAGCGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * * *
20927 TTCATACAAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCCCAAAGTAA
129 TTCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
20970 ACATTCAACTATAATATATATTTTGATTAAAAATGTAAAAAAA--AAACTTAAAATTAAGTATG-
1 ACATTCAATTAT-A-ATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
21032 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * ** ** * *
21096 TTTCATACAAATGGATGGCTTTAACTTCACATTTC-CTAGTGCAG
128 TTTCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAG
** * * * * *
21140 ACATTCAACCATAACATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAAGTATG-
1 ACATTCAATTAT-A-ATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
21204 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
21269 TTTTTGCCAATGAATAGTTTTCTTTTCATGTTTCTCAAGTTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * ** * * *
21312 ACGTTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAACAGTTCAACTGAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
21377 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGGTAACTATAACTAGG-CTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTT
* * * *
21441 TCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCTTGTTTCACAAAGAAG
130 TCTTGCCAATGAATAG--TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * ** **
21483 ACATCCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAACGTTCATGTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * *
21548 TTATAAAACAATTTGGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAACGGACCTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
21612 TCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAA
130 TCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * * *
21654 ATATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAGATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
21719 TTATAAAACCATATAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGACGGCTTGGGTGTCTATTAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
21784 CATCCCAATGGATA-TCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGGTAG
131 CTTGCCAATGAATAGT-TTTT-CTTCATGTTTCT-CAAGGTAG
** * * * * *
21825 ACATTCAATTATAAAATATTTTGATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** *
21890 TTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
21954 TCTT-CCTAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTCCCCATGGCAG
130 TCTTGCC-AATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
21996 ACATTCAATTATAATCTGTTTAAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
22061 TTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGTCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
22125 TCTTGCCTATGAATGGCTTTTTATTCATATTT-TCTAAGGCAA
130 TCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAG
** ** *
22167 ACATTCAATTATAATCTGTTAAAAAGAAAAATGTAAAACAATTCAA-TGTAAAATGC-ATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAAT-CAATTATGA
* * * * * * * *
22230 TATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGATTGTAAATGGGCTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
*
22295 TTCTTGCCAATGAATAG----T-TT-A--TTTCTTAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
22329 ACATTCAATTATAATCT-TTTTAAATCAAAAATGTAAAACACTTCAACTTAAAATCAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
22393 ATTATAAAACCATTCAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * ** *
22458 TCGTGTAAATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAG
130 TCTTGCCAATGAAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * *
22500 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAACAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
22565 TTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAATTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * *
22630 ATTACCAATGAATACCTTTTTCTTAACATTTCTCGAGGCAG
131 CTTGCCAATGAATA-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
22671 GCATTGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22735 TTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTGT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT-T
* * *** * * * * *
22799 CCATATAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGGAAA
130 TCTTGCCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAG
* * * * * * *
22841 ACATTCAACTATAATGTATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATG-GA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22905 TCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGC
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
22946 ATGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 358, Indels: 111
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 124 0.07
163 3 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 2 0.00
169 7 0.00
170 344 0.20
171 976 0.56
172 242 0.14
173 8 0.00
174 21 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
Found at i:21763 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 20625--22948 Score: 2118
Period size: 513 Copynumber: 4.5 Consensus size: 513
20615 ACCATTACAT
* * *
20625 AAACATTCAATTATAACCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
20689 AGATTATAAAGCCATTTCAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
20753 TTTTCTTACCTATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATAG-TTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
20818 TAAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAA-TGGAAAATCAGTTATCATATTATAAAACTATTTAAAG
193 TAAACCAAAAATGT-AAAACAATTCAACT-GAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
20882 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAGAGCGACTATAAATAGACTTTTCATACAAATGGATGGCT
256 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAAT-GCT
** * * * *
20946 TTGGCTTCATGTTTCCCAAAGTAA-ACATTCAACTATAATATATATTTTGATTAAAAATGTAAAA
319 TTTTCTTCATGTTTCCCAAAG-AAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAG-TTAAAAATATAAAA
* * * *
21010 AAA--AAACTTAAAATTAAGTATG-GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-AA
381 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCAA
* * ** *
21071 AGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-A-TACAAATGGATGGCTTTAACTTCACATTTCCT
446 AGG-TATGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTAGTAC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
21133 -AGTGC
509 GAG-GC
* ** * * * * * *
21138 AGACATTCAACCATAACATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAAGTAT
1 AAACATTCAATTAT-A-ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
21203 G-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
21267 TTTTTTTGCCAATGAATAGTTTTCTTTTCATGTTTCTCAAGTTAGACGTTCAATTATAATCTGTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATAGTTTT-TTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
21332 TGAACCAAAAATGTAAAACAGTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
193 TAAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
21397 AGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGGTAACTATAACTAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
258 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATG-CTTTT
* * * * * **
21462 TCTTCTTGTTTCACAAAGAAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATATAAAAACGTTC
322 TCTTCATGTTTCCCAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAATTC
** * **
21527 ATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTGGAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGTAT
387 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCAAAGGTAT
* ** ** *
21591 GGGTGACTATAAACGGACCTTTCTAGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
452 GAGTGACTATAAATAGACCTTTCTAGTACAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGC
* * * * * * *
21652 AAATATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAGATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
21717 GATTATAAAACCATATAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGACGGCTTGGGTGTCTATTAATAGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
21782 TTCATCCCAATGGATA-TCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAAAATATT
131 TTCTTGCCAATGAATAGT-TTTT-TTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * * * *
21845 TTGATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCG
193 TAAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
21910 AGTAATAAAGG-TTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTCCTAATGAATAGTTT
258 AGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCAAATGAAT-GCTT
* ** * * * * *
21973 TTTCTTCATGTTCCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATTAAAAATGTAAAAAAAT
320 TTTCTTCATGTTTCCCAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
22038 TCAACCTAAAATCAGTTATGAGGTTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCAAAGGT
385 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCAAAGGT
* * * * * * * *
22102 ATGAGTGACTATAAATAGTCTTTTCTTG-CCTATGAATGGCTTTTTATTCATATTT-TCTAAGGC
450 ATGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTAGTACAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGC
** ** *
22165 AAACATTCAATTATAATCTGTTAAAAAGAAAAATGTAAAACAATTCAA-TGTAAAATGC-ATTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAAT-CAATTAT
* * * * * * * *
22228 GATATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGATTGTAAATGGGC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* *
22293 TTTTCTTGCCAATGAATAG-----TTT-A--TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
22350 AAATCAAAAATGTAAAACACTTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAGCGA
194 AAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
22415 GCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTAAATGAATGATTTTTT
259 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATG-CTTTTT
* *** * * **
22480 CTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
323 CTTCATGTTTCCCAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * *
22545 ACTTAAAAACAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATG
388 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCAAAGGTATG
* * * * * ** * *
22609 GGTAATTATAAAT-GAACTTT-TATTACCAATGAATACCTTTTTCTTAACATTTCTCGAGGC
453 AGTGACTATAAATAGACCTTTCTAGTA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGC
** * * * *
22669 AGGCATTGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
22733 GATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *** * * ** * * * * *
22797 GTCCATATAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGGAAAACATTCAACTATAATGTATT
131 -TTCTTGCCAATGAATAG-TTTTTTTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * *
22861 TCAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATG-GATCATAAAACCATTTAAAGCA
193 TAAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
22925 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
258 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
22949 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1459, Mismatches: 302, Indels: 102
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (513 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAA
ACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTCTT
CATGTTTCCCAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCAAAGGTATGAGT
GACTATAAATAGACCTTTCTAGTACAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGC
Found at i:25842 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 25524--26105 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
25514 AGGCAAATAT
* * * * *
25524 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
25589 AAAACCATTTGAAA-TGAGTATTATGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTGTAAATGGTCTTTTCT
65 AAAACCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCGAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
25652 TCTTAATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTTCTGAGGCA-AGCAC
127 GC-CAATGAATGACTTTTTCTGCAT-TTTTCTAAGGTAGA-CAA
* *
25695 TCAATTATAACCTATTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA-
1 TCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
25759 AAAGACCATTAAAAGTGAGTAGTAAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA
65 AAA-ACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTT-CGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
* * ** *
25824 GCCAATTAATGGCTTTTTCTTTACTTTTCTTAAGGTAGACAA
127 GCCAATGAATGACTTTTTCTGCATTTTTC-TAAGGTAGACAA
* * * * *
25866 TCAATTATAATTTATTTTCACAAAAAAAT-TTAAAAAATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTT-A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * * * *
25930 TAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTGAAATGAATAGGTGACTATAAATAGACATTTTTT
64 TAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTCG-AAGGTATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
* * *
25995 GCCAATGAATGCCTTCTTCTTCGCATTTTT-TAAGGTAGACAT
127 GCCAATGAATGACTTTTTC-T-GCATTTTTCTAAGGTAGACAA
* * * * * * *
26037 TCAAATATAATCTGTTTCAACAAGAAATATAACAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
26102 AAAA
65 AAAA
26106 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 58, Indels: 34
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 23 0.07
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173 6 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCCA
ATGAATGACTTTTTCTGCATTTTTCTAAGGTAGACAA
Found at i:28706 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 27930--28912 Score: 846
Period size: 340 Copynumber: 2.9 Consensus size: 342
27920 TGTGTCAATG
* * * * * * *
27930 AATGGCTTTTG-TTTCACGTTTCCTAAGGCAGACAATCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATG
1 AATGGCTTTTGCTTT-ACATTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * ** ** * * *
27994 TAAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTT
65 TAAAAATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAACGCTT
** * * * * * * ** **
28059 TTAAAAGAATGGCTGACCATAAATGGACTTTT-CTCGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTC
130 TCGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCTC-AATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTC
* ** * * ** * * * * * *
28123 TTAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAA-AAATATTCAAGTTAATATC
194 TTGAGGAAGACACTCAAATATAACCTATTTCAACTAAAAATATAACAAA-ATTCAAATGAAAATC
* * * * * * * ** *
28187 GATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGT-TTGAATGATTGTA
258 AATCATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCACAGGTATAG-ATGGCTATA
* *
28251 AATGGATTTTTCGT-GCCAATGG-
322 AATGGACTTTTC-TAG-CTA-GGA
*
28273 -ATTGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
1 AATGGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * **
28337 AAAAATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAA-AGAGTATTATGGCTT
66 AAAAATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTT-AAAGAGAGTAATAACGCTT
* ** * * * *
28401 TCGAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTC-
130 TCGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCTCAATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTCT
* ** * *
28465 TGAGGCAAG-CACTCAATTATAACCTATTTTGACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACCT-AAAATC
195 TGAGG-AAGACACTCAAATATAACCTATTTCAACTAAAAATATAACAAAATTCAA-ATGAAAATC
* *
28527 AATCATAAGATTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAATGCTTTCACAGGTATAGATGGCTATAA
258 AATCATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCACAGGTATAGATGGCTATAA
28592 ATGGACTTTTCTAGCTAGGA
323 ATGGACTTTTCTAGCTAGGA
* * * * * * *
28612 AATGGCTTTTTCTTTACTTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAACT
1 AATGGCTTTTGCTTTACATTTCAT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--
* * * *
28675 TTTAAAAA-ATTCAATC-TAAAATTAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAACG
63 TGTAAAAATATTC-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAACG
* * * *
28738 CTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
127 CTTTCGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCTCAATGAATGACTTTTTCTGCATGTT
* * * * * *
28803 TCTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTCAACTAGAAATATAACAATATTCAAATGAAAAT
192 TCTTGAGGAAGACACTCAAATATAACCTATTTCAACTAAAAATATAACAAAATTCAAATGAAAAT
* * * * *
28868 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGTTAGTAATAAGGCTTT
257 CAATCATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
28913 TGAAGGCTTG
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 104, Indels: 37
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 12 0.02
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341 80 0.15
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343 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AATGGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
AAAAATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAACGCTTT
CGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCTCAATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTCTT
GAGGAAGACACTCAAATATAACCTATTTCAACTAAAAATATAACAAAATTCAAATGAAAATCAAT
CATAAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCACAGGTATAGATGGCTATAAATG
GACTTTTCTAGCTAGGA
Found at i:28914 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27846--29250 Score: 973
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
27836 NNNNNNNNNN
* * * * *
27846 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGGGTGTA-TATGA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG-ACTATAA
* * * * *
27910 ATGGACTTTTTGTGTCAATGAATGGCTTTTGT-TTCACGTTTCCTAAGGCAGACAATCAATTATG
65 ATGGAC-TTTTCTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATA
**
27974 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCGAAAATCA
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** * *
28017 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAAGAATGGCTGACCATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * **
28082 TGGACTTTTCTCG-CTAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAA-GCTAGACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCT-GTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC-AGACATTCAATTATA
* * * * * * * *
28145 ATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAAGTTAATATCG
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* ** * ** * *
28188 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGATTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * * * * * ** * *
28253 TGGATTTTTCGTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTTACATTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTC-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * *
28318 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCATCTTAAAATCA
130 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
28359 ATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAA-AGAGTATTATGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTGTAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * *
28423 ATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTC-TGAGGCA-AGCACTCAATTATA
65 ATGGACTTTTC-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGA-CATTCAATTATA
* * *
28486 ACCTATTTTGACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCA
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * * *
28528 ATCATAAGATTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAATGC-TTTCACAGG-TATAGATGGCTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCT-TGGGTGACTATA
* * * * *
28591 AATGGACTTTTCTAG-CTAGGAAATGGCTTTTTCTTTACT-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
64 AATGGACTTTTCT-GTCAATG-AATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
28654 TAATCTGTTTTAA-TAAAAACTTTTAAAAAATTCAA-TCTAAAATTA
126 TAATCTATTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCA
* ** * * * **
28699 GTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAACGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * * * *
28764 TAGACTTTTCCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATAAT
66 TGGACTTTT-CTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
28829 CTGTTTCAACTAGAAATATAACAATATTCAAATGAAAATCA
130 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * ** * *
28870 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGTTTGTAAT
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * * * * *
28935 TAGACTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTT-TCTAAGGCAAACAGTCAATTATGA
66 TGGACTTTTCTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAA
**************************
28998 TCTATTTTAACTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
129 TCTATTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
29041 ATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATAGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAA
* * *
29105 ATGGACTTTTCTAG-CTAATGAGTGGCTTTTTCTTCACT-TTTCTTTAGGTAGACATTCAATTAT
65 ATGGACTTTTCT-GTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * *
29168 AATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATATCAA-TCT-AAATTA
127 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACT-TAAAATCA
* * ** *
29211 GTTATTAGATTATAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAAGGC
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
29251 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 945, Mismatches: 250, Indels: 79
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 92 0.10
170 159 0.17
171 610 0.65
172 71 0.08
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATC
TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:30805 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30501--34938 Score: 2833
Period size: 171 Copynumber: 26.0 Consensus size: 169
30491 NNNNNNNNNN
* ** * ** * *
30501 AAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATCGCTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * *
30566 CCATAAATGGACTTTTCTCGCTAAT-GAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGCTAGACATTCA
66 CTATAAATGGATTTTTCT-GCCAATGGATTG-CTTTTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGACATTCA
* * * *
30630 ATTATAATATGTTTTGACAAAAAATATAAAAATATTCTAGTT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * *
30672 AATATCGATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * *
30737 TTATAAATGGATTTTTCGTCCCAATGGATTGCTTGTGCTTCACATTTCATAAGGGAAACATACAA
66 CTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
30802 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAATATATTCATCTT
129 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * *
30843 AAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTGAAA-TGAGCATTATGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * * *** * * *
30907 ACAATAAATGG-TCTTTTCTTCTCAAT-GAATGACTTTTTCTGCTTGTTTCTGAGGCA-AGCACT
65 ACTATAAATGGAT-TTTTCTGC-CAATGGATTG-CTTTTTCTTCACATTTCTAAGGTAGA-CATT
* * * * * *
30969 CAATTATAACCTATTTTGACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCT
126 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * * *
31013 AAATTCAATTATGAGATTAGAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAAGATTTCGAAGG-TATAGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
* * * * *
31077 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCCATGAATGGCTTTTTCTTTAC-TTTCTCAAGGTAGACATTCA
65 ACTATAAATGGATTTTTCT-GCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATTCA
* * * *
31141 ATTATAATCTGTTTTATTCATAAATTTTAAAAA-ATTCAA-TCT
128 ATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATATAAAAATATTCAACT-T
* * * ** * * **
31183 AAAATTAGTTATGATATTATAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * *
31248 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGCCTTCTTT-TTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
65 ACTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTG-CTT-TTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGACATT
* * * * * *
31311 CAAATATAATCTGTGTCAACTAGAAATATAACAATATTCAACTT
126 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * *
31355 ACAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTTATAAGGCATTCAAAGGCTTGGGTGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * *
31420 TTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TTCACGTTTCCTAAGGCAGACAATCA
66 CTATAAATGGA-TTTTTCTGCCAATGGATTGCTTTT-TCTTCACATTT-CTAAGGTAGACATTCA
* * * * *
31484 ATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * *
31526 AAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAAG-TATAGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
* * * * *
31590 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACTTTTCTCAAGGTAGACATTCA
65 ACTATAAATGGATTTTTCT-GCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATTCA
* * * * *
31655 ATTATAATCTGCTTTAATCAAAAATTTTAAAAA-GTTCAATTT
128 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * ** * * **
31697 AAAATTAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * *
31762 CTATAAATAGACTTTTTTTGCCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCACA-TTCTTGAGATAGACATTTA
66 CTATAAATGGA-TTTTTCTGCCAATGGATTG-CTTTTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
31825 AATATAATTTGTTTCAACCAGAAATATAATAATATTCAACTT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * *
31867 AAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * ** ** *
31932 TTAGAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATAACTTTTGT-TTCATGTTTCCTAA-GTCAAACATTC
66 CTATAAATGGA-TTTTTCTGCCAATGGATTGCTTTT-TCTTCACATTT-CTAAGGT-AGACATTC
* * *
31995 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTTC-ACTT
127 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAATA-TTCAACTT
* * * *
32038 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** * * ** * * *
32103 TTTTAAATGGACTATTCTTGTCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA-AGGATTCA
66 CTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGA-CATTCA
* * * * *
32167 ATTAGAATCTATTTTAATAAAAAATATAAATAA-ATTCATCCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AATATTCAACTT
** * * * ** *
32209 AAAATCAATTATGAGAACATAAAATCAATTAAAGAGAGTAATAAAACTTTCGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** * ** * ** *
32274 CTATAAGTGAACTTTTCTAGTCAAT-AACTAACTTTTTCTTTATGTTTCTCGACATACACATTCA
66 CTATAAATGGATTTTTCT-GCCAATGGA-TTGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATTCA
* * * * *
32338 ATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTCAACCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * ** **
32380 AAAATCAATTATGAGATTATAGAAGCATTTAAAATAAATAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * ** ** *
32445 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGACAGACATTCA
66 CTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTG-CTTTTTCTTCACATTTCTAAGG-TAGACATTCA
* * * * * *
32509 ACTATAATCCGTTTTAACTAGAAATGTAAGAATATTCAACTT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * *
32551 CAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * ** * * * ** * *
32616 TTATAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
66 CTATAAATGGA-TTTTTCTGCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAGGTAGACATTCAA
* * *
32681 TTATAATACAT-TTTT-ATAAAAAATGTAACAAA-CTTCAACTT
129 TTATAAT-C-TGTTTTAACAAAAAATATAA-AAATATTCAACTT
* *
32722 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCTAGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGGGT
* * * * ** * *
32785 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGTTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGCA-AGCAT
64 GACTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTGCTTTTT-CTTCACATTT-CTAAGGTAGA-CAT
* * * * * * *
32848 TCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAGCCT
125 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * *
32893 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** *
32958 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATTGA-TGGTTTTTGCTTCACGTTTCTAA-AAACATGCATTC
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* *
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127 AATTATAATCTG-TTTTAACAAAAAATATAAAA-ATATTCAACTT
* * * * * * ** ** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** * *
33128 CTGTAAATAGA-CTTTCTTACCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATATGGTAAACATTCA
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* * * * * * *
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128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * ** * * * **
33233 CAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCTAAAGCTTGAATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * * ** ** * * * *
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* * * *
33362 ATTATAAT-T-TTTTAAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACCT
128 ATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATATAAAAA-TATTCAACTT
* * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTG
* ** * * * ** * * *
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65 ACTATAAATGGATTTTTCT-GCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTC-TAAGGTAGACATTCA
* *
33532 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAA-ATTCAACCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAATATTCAACTT
* * * * * ** **
33574 AAAATCAATTATGAGATTATGAAAGCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGACTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * *
33639 CTATATATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATT-T
66 CTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTG-CTTTTTCTTCACA-TTTCTAAGGTAGACATTCA
* * * *
33702 ATCTATGATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAGCTT
128 AT-TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-ATATTCAACTT
*
33746 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** * *
33811 CTACAAATGGGTTTTTCTTGCCAAT-AAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAGGGTAAACATTCA
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* * ** * ** *
33875 ATTAGAATCTATTTTAGTAAGAAATGCAAAGAA-ATTCAACCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AATATTCAACTT
* * ** * **
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGC-TTGGGT
* * * * * * *
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* * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * ** * * * *
34151 CTATAAATAGG-CTTTCCTTGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACATTTA
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* ** * * * *
34215 ATTAGAATCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAACATTTAACCT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * * ** * *
34322 CTATTAACGGACTTTTCTTGTCAAT-GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAAATTCA
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* * * * *
34386 ATCATATTCTGTTTTAACCACAAATATAAGAGA-ATTCAACTT
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAA-AAATATTCAACTT
* *
34428 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
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** * * * * * * *
34493 CTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAA
66 CTATAAATGGATTTTTC-TGCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATTCAA
* * ** * ** * *
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129 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
* * * * * * ** * * *
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* * * **
34727 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTT
127 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
* * * ** **
34770 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * ** * *
34835 CTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAA
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* * * * *
34899 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
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34939 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
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CTATAAATGGATTTTTCTGCCAATGGATTGCTTTTTCTTCACATTTCTAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTT
Found at i:31607 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 30501--34933 Score: 3760
Period size: 513 Copynumber: 8.7 Consensus size: 509
30491 NNNNNNNNNN
* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGA
* * * *
31078 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCCATGAATGGCTTTTTCTTTACTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
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* * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
31402 ATTCAAAGGCTTGGGTGTTTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TTCACGT
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* * * *
31465 TTCCTAAGGCAGACAATCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCT
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* * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGA
* * *
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* * * * *
31656 TTATAATCTGCTTTAATCAAAAATTTTAAAAAGTTCAATTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAA
130 TTATAATCTG-TTTTATCAAAAATTTTAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
31721 ATATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAA
194 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * *
31786 TGAATGCCTTTTTCTTCA-CATTCTTGAGATAGACATTTAAATATAATTTGTTTCAACCAGAAAT
259 TGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAAT
* * * * *
31850 ATAATAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCT
323 ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * ** *
31915 TTTGAAGGCTTGGGTGTTTAGAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGATAACTTTTGT-TTCATGTT
388 TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTT
* * * * * *
31978 TCCTAAGTCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTC-ACTT
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* * *
32038 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-TGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TATGGGTG
* * * * * * * * * ** **
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* * * * **
32167 ATTAGAATCTATTTTAAT-AAAAAATATAAATAAATTC-ATCCTAAAATCAATTATGAGAACATA
129 ATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATTTTAAA-AAATTCAAT-CTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * * * * *
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191 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** *
32295 CAAT-AACTAACTTTTTCTTTATGTTTCTCGACATACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-
256 CAATGAA-T-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAG
* * * * * *
32358 ATAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAGCATTTAAAATAAATAATA
319 A-AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** ** * * *
32423 AGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
383 AGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
** * * * * * *
32488 GTTTCTTGGGACAGACATTCAACTATAATCCGTTTTAACTAGAAATGTAAGAATATTCAACTT
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* * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-G-TATGGGT
** * * * * * *
32614 GTTTATAAATGGACTTTTTGTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAACAT
64 GACTATAAATGGAC-TTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CTTTCTC-AAGGCAAACAT
* * * *
32677 TCAATTATAATACAT-TTTTAT-AAAAAATGTAACAAACTTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGAT
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* *
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* * * * *
32803 CTTGCCAATGAATGGTTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTCA
251 CTTGCCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
32867 ACCA-AAATTGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAA
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* * * *
32931 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATTG-ATGG-TTTTT
378 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-TGAATGGCTTTTT
** *
32994 GCTTCACGTTTCTAAAAACATG-CATTCAATTATAATCTGTTTT---TAAAATATATATAAAACA
442 -CTTCACGTTTCT-AAGGCA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTA-AAAA-A
33055 ATTCAA-CT
501 ATTCAACCT
* * * * * ** * *
33063 GAAATCAATTATAAGATTTTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGG-TTTTTAAAGGAATGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTG
* * * *
33127 ACTGTAAATAGAC-TTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTT-TCATATGGTAAACAT
65 ACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTCTCA-A-GGCAAACAT
* * * * * * * * *
33188 TCAATTATAATCTTTTTTAACTAAATATGTAAAAAAAAT-AAACTTCAAATCAATTATGATATTA
126 TCAATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATTTTAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * *
33252 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCT-AAAGCTTGAATGACTATAAACGAACTTTTTT
189 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
33316 TGCCAATGAATGACTATCTATTCATGTTT-TCCGATGCAAACATTGAATTATAAT-T-TTTTAAA
253 TGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AA
* * * *
33378 CTAAAAATGTAAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
315 CCAGAAATATAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
33443 AATATGGCTTTTGAAGGCATT-GGTGACTATAAGTGAAC-TTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTC
379 AATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * *
33506 TTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAATTCAA
443 TTCACGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
33571 CCT
507 CCT
* * * * * * * **
33574 AAAATCAATTATGAGATTATGAAAGCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGACTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGA
* * *
33639 CTATATATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-TCTAAGGCAGACATT-
66 CTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTTCTC-AAGGCAAACATTC
* * * * * * *
33701 TATCTATGATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTC-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 AAT-TATAATCTGTTTTATC-AAAAATTTTAAA-AAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * **
33765 TAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGTTTTTCTT
189 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * ***
33830 GCCAATAAATGACTTTTTCTTTATGTTTC-TCAGGGTAAACATTCAATTAGAATCTATTTTAGTA
254 GCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** * * * ** * **
33894 AGAAATGCAAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTGGTTATAAAATTATTTAAAGGGAAAAAT
317 AGAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
33959 AAGGCTTTCGACA-GCATT-GGTGGCTATTAATAGACTTTTCTTGTCCATG-ATGG-TTTTTCTT
382 AAGGCTTTCGA-AGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
34020 CACATTTTCCAA-GAACGACATTCAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATACAA
445 CAC-GTTTCTAAGGCA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAA
34083 CCT
507 CCT
*
34086 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TATGGGTG
* * * * * * *
34150 ACTATAAATAGG-CTTTCCTTGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACATTT
65 ACTATAAAT-GGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * * *
34214 AATTAGAATCTGTTTTAGT-AAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGTGATTATA
128 AATTATAATCTGTTTTA-TCAAAAATTTTAAAAA-ATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
34278 AAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGGCTATTAACGGACTTTTCTTGT
191 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
34343 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAAATTCAATCATATTCTGTTTTAACCACA
256 CAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGA
* * * *
34408 AATATAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
320 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * *
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385 GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * * * * * ** *
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* * * * * *
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1 AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTG
* * * * * * * *
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65 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTCT-C-AAGGCAAACATTC
* * * * *
34727 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 AATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATTTTAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
34792 AACCATTTAAGGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCC
192 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
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*
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Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
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AATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATATA
AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
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GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
Found at i:31648 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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30491 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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130 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * *
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323 ATGTAAA-AAATTCAACCT
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * * * * * *
30907 ACAATAAATGGTCTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTGC-TTGTTTCT-GAGGCA-AGCAC
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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319 -A-AAAATGTAAAAAATTCAACCT
* * * ** * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAAGCATGGGTG
* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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322 AATGTAAAAA-ATTCAACCT
* * * * * * *
31526 AAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAAGTATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * *
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* * * * * * *
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** * * ** *
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* ** * * ** * * * * * * *
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* * *
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324 TGTAA-AAAATTCAACCT
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* *
32185 AAAAAATATAAATAAATTCATCCT
319 -AAAAATGTAAA-AAATTCAACCT
** * * * ** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * ** * * *** *
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* * * * *
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129 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** ** * *
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194 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCC
* ** * * * *
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258 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
32531 AATGTAAGAATATTCAACTT
322 AATGTAA-AAAATTCAACCT
* * * *
32551 CAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTG
** ** * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * *
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315 AACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCT
* * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * **
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* *
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127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATATA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** ** * * * *
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189 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * * * * *
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254 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
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* * * * * * **
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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*
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322 AATGTA-AAAAATTCAACCT
* * * * * * **
33574 AAAATCAATTATGAGATTATGAAAGCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGACTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * *
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66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTTTCTCAAGGCAGACATTCA
* * * *
33702 ATCTATGATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
130 AT-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * **
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* * * * * * * *
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257 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
*
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321 -AAATGTAAA-AAATTCAACCT
* * ** * ** * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * *
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* * *
34042 CAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
34106 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTCCTT
192 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTT-TTT
* * * * *
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*
34233 AAAAAATGTAAAAACATTTAACCT
319 -AAAAATGTAAAAA-ATTCAACCT
* * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * ** * *
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66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
34578 AAATGTAAAAGCATTTAACCT
321 AAATGTAAAA-AATTCAACCT
* * * *
34599 AAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTATTGAGGCTTTCAAAAGCATGGGTG
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* * * * * * * *
34663 GCTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATTTTTC-CTACGGCAAACATTC
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* **
34727 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
129 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** ** *
34792 AACCATTTAAGGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCC
194 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCC
** * * * * *
34857 AATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
258 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
34921 ATGTAAAAAA
323 ATGTAAAAAA
34931 ATTTAACTNN
Statistics
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CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAAT
GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
TAAAAAATTCAACCT
Found at i:37198 original size:19 final size:19
Alignment explanation
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37164 ATAGCTTATG
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*
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Statistics
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TGCTTATTGAACATCTTTA
Found at i:41316 original size:20 final size:20
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41281 TTCAAGCATC
*
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*
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCTCAATCATCATCAAGA
Done.