Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397370.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1504.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35642
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.26
Warning! 10286 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:867 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5--1086 Score: 846
Period size: 170 Copynumber: 6.4 Consensus size: 168
1 TTAT
* * * * *
5 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGG-GACTATCAATGAACTTTTCTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTT-TA
* * * * * *
69 GTCAATGAATGAATTGTTT-ATCATGTTTTCCAAGGTAAAAATTCGATTATAATCCATTTTACCC
64 GTCAATGAATGACTT-TTTCTTCAAGTTTT-CAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTA-AC
* * *
133 AAAAAGGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 AAAAA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTAC
* * * * **
176 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTA
* * * * * ** * * * * * *
241 -CCCACGAATGGCTTTTTCTTTACTTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGCC
64 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-AGTTTTCAAGGTAAAAATTCAATTATAATC-TATTTTAACA
* ** * *
304 ATAAATGCAAAAAATTAAACTTAAAA-ACAATTATGAGATTTC
127 AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATA-AATTATGAGATTAC
* * * * *
346 AAAACCATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTA-TAATAAATAGATTTTTTT
1 AAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTTA
* ** * *
409 GTATCAATGAAT-AGCTTTTTTTTCAAGTTTCTTGAGGTAAAAA-TAAATTATAATATATTTTAA
64 G--TCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAAGTTT-TCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * *
472 TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTAT
125 CAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTAC
* * * * * *
517 AAAACTATTTCAAGCGAGTAACAAGACTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGACATTTCTT-
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTA
* ** * ** ** * * *
581 GTCAATTAATGTTTTTTTCTT-AATGTTTTCAAGATTGACGTTTAATTAT-ATCT-GTTTACACT
64 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCAA-GTTTTCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTA-ACA
* *
643 AAAAATGTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
127 AAAAATAT-AAAAAATT-TAACTTAAAATAAATTATGAGATTAC
* *
686 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGAG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-AG
* * * *
751 ACAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
65 TCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTT-TCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
*
816 AAATATAAAAAATTCAA-TATAAAATAAATTATGAGATTAC
129 AAATATAAAAAATTTAACT-TAAAATAAATTATGAGATTAC
* * * * ** *
856 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTTACTTTTCATG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTA-G
* * * * *** *
921 ACTATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTGTTTCAAGATAAAAATTCAATTATAGGGTATTTTACCAAA
65 TCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGT-TTTCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
* * * * * *
986 AAATGTAAAACAATTTAACTTAAATTCAGTTATTATATTAC
129 AAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTAC
* ** * * *
1027 AAAACCATTCAAAGCGTCTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGGCTACAAATGGACTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1087 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 156, Indels: 78
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 9 0.01
169 125 0.17
170 292 0.41
171 265 0.37
172 20 0.03
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTAGT
CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
ATATAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTAC
Found at i:2426 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2024--2435 Score: 418
Period size: 169 Copynumber: 2.4 Consensus size: 168
2014 NNNNNNNNNN
* * *
2024 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAACACGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACAATTTAA-AAGAGTAATA
* * * *
2089 TGACTTTCGAAGGAATGAGTGACTAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
65 AGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTAAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA
* * * *
2154 TTTCCTGAAGCAGACAATCAATTGTAATTTATTTTATCTA
130 TTTCCTG-AGCACACAATCAATTATAATCTATTTTATCCA
* **********
2194 AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAATGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACAATTTAAAA-GAGTAATA
* * * *
2259 AGGCTTT-GAATGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTAC
65 AGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTA-AAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * *
2322 ATTTCCCATG-GCACACATTTAATTATAATCTGTTTTGA-CCA
129 ATTT-CC-TGAGCACACAATCAATTATAATCTATTTT-ATCCA
* * * * *
2363 GAAATTTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTAACAAAACAATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACAATTTAAA-AGAGTAATA
2428 AGGCTTTC
65 AGGCTTTC
2436 AAAAGCATGG
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 44, Indels: 14
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 103 0.54
170 86 0.45
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACAATTTAAAAGAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTAAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT
TTCCTGAGCACACAATCAATTATAATCTATTTTATCCA
Found at i:3295 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 3002--3337 Score: 291
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
2992 AAAGCGCGTA
* * *
3002 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGAATTTTTCAT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGCCAATGAATGAATTTTTCAT
* * * * * ** *
3067 CGCGTTTTCCAAGGTAAAAATTCGATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAGGTAAAAAAATTTAACT
66 CACGTTTTCCAAGATAAAAATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAAGGCAAAAAAATCGAAAT
*
3132 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
131 TAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * *
3163 ANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCTATGAATG
1 A----------TAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGCCAATGAATG
** * * * * * * * * * *
3228 GCTTTTTCTTTACGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGCCATAAATGCAAA
56 AATTTTTCATCACGTTTTCCAAGATAAAAATTCAATTATAATC-CGTTTTAACCAAAAAGGCAAA
3292 AAAATCGAAATTAAAAACAATTATGAGATT-TCAAAA-TCATTT
120 AAAATCGAAATTAAAAACAATTATGAGATTAT-AAAACT-ATTT
3334 ATAA
1 ATAA
3338 CGAGTAATAA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 27, Indels: 26
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.03
170 4 0.03
171 127 0.94
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGCCAATGAATGAATTTTTCAT
CACGTTTTCCAAGATAAAAATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAAGGCAAAAAAATCGAAAT
TAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTT
Found at i:5667 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5346--5809 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
5336 NNCATGGCAC
* * * *
5346 ACATTTAATTATAATCTGTTTTGACTAGAAATTT-AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAG
* * * * * * * *
5410 GTAACAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT--GAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCGTT
* * ** * *
5475 TCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTA-A
128 TCTAGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCA-CATGTCT-AGATACA
* *
5517 ACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATGAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATT-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAG
* *
5581 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTGGTGACTACAAATGGAG-GT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA-GAATGGGTGACTATAAATGG-GCGT
*
5645 TTCTCGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATGTCTAGATACTA
127 TTCTAGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATGTCTAGATAC-A
** *
5688 ACATTTTATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAA---AAATAAAATATTCAACTTAAAATGAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTTAAA-AAAA-ATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* *
5749 GATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATAGAATGGGTGACTATAAATGG
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGA-AGAATGGGTGACTATAAATGG
5810 CTTTTTCTTT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 33, Indels: 24
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
167 4 0.02
168 3 0.01
169 73 0.29
170 20 0.08
171 137 0.55
172 9 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCGTTTCT
AGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATGTCTAGATACA
Found at i:6200 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 5852--7444 Score: 461
Period size: 169 Copynumber: 9.4 Consensus size: 164
5842 AATTATAGCT
* * * * * **
5852 TGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-A
* * *** * *
5917 AGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTTC
65 A---AG---TAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTC
* * *
5982 TTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATCAAAGTA
124 TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACAATCAATCAAAGTA
* * * * * * * *
6023 TGTTTTGACTAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTTAAGTCAATTATGTGATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
* *
6088 AGTAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATTGATTTTTCTTG-TCAATGAATGGT-TTTTT
66 AGTAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GTCTTTTT
* * *
6151 CTTCACGTTT-TTCGAGGCAAACAATCAATTATAA-TT
129 CTTCACATTTCTT-GAGGCAAACAATCAATCA-AAGTA
* * *
6187 TGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCCTTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-A
* * * *** * * * *
6252 AGTGAGTAATAATACTTTG-ACGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG-TCAATGAATGG
65 A---AGTAAGACT--TTTGAAGGA-AAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGT
* * * * * *
6315 CTTTTTCTTTAC-GTTCTTGTGGCACAA-ATTCAATTATAA-TC
123 CTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCA-AACAATCAATCA-AAGTA
* * * * * *
6356 TGTTTTAA-TCAAAAATATAGAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGGTTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-
* * * **
6420 AAGCAAGTAATAAAGA-TTTTGAAAGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCT-ATGAAT
64 -A--AAG---T-AAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAAT
* * * * * * * * *
6483 GATTTTTTTTTTCACGTTT-TTCAAGACAGACATTCAATTATAGCT-
121 G-TCTTTTTCTTCACATTTCTT-GAGGCAAACAATCAATCAAAG-TA
* * * * *
6528 TATTTTAGCCT-AAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTTA-AAAATCAT
1 TGTTTTA-ACTAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTT-AAAATCAATTACGAGA-TTACAAAACCAT
* ** * * *
6590 TTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTG-TCAAT
62 TTAAA--G-----TAAGACTTTTGAAGGAAA-ACG-TGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCT-AAT
* * * * * *
6652 GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGATAATCAATTCTAA-TA
117 GAATGTCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGCAAACAATCAA-TCAAAGTA
* * * * * *
6700 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-A
* * *
6765 AGGCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA-GTGACTATAAGAA--GACATTTCTTG-TCAATCAA
65 A---AG---TAAGACTTTTGAAGGAA-AACGTGACTA-AA-AATGGACTTTTCTTGCT-AATGAA
** ** * * *
6826 TG-CTTTTTTCTTCACATTT-TCAAGATAAACATTCAATTATA-TA
120 TGTC-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACAATCAATCAAAGTA
* * ** * * * *
6869 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGGTTAGAATCAATTATGAGATTGCAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-A
* ** * * * * **
6934 AGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG-TCAATGAATAA
65 A---AGT---AAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGT
*** * ** *
6998 CTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAAATAGACTTTGAAAT-ATAA-T-
123 CTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGCAAACAAT-CAATCA-AAGTA
* * * * * * **
7039 TTTTTTAA-TAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTT-A
* * * * *
7103 AGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAAATATGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCT-ATGAATG
65 A---AG---TAAGACTTTTGAAGGAAA-ACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATG
* ** * * * * * *
7166 GCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAA-CTACAGCCTA
122 TCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACAATCAATC-AAAG--TA
** * * * * * * *
7211 TG--TTAGGTAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATT-TA
* * * * *
7274 AACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAA--TGGCTATAAATTGACTTTTCTTGCAAATGAATG
65 AA---G---TAAGACTTTTGAAGGAA--AACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
* * * * *
7337 -CATTTTTCTTCACCTTTCCTAAGGCAAA-AATTTAATTCTAA-TA
122 TC-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACAA-TCAA-TCAAAGTA
* * *
7380 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAA-TTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
7444 A
66 A
7445 ACGAGCAACA
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 214, Indels: 206
0.72 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 124 0.11
165 5 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 22 0.02
169 314 0.28
170 157 0.14
171 293 0.26
172 89 0.08
173 80 0.07
174 13 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (164 bp):
TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
AGTAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCT
TCACATTTCTTGAGGCAAACAATCAATCAAAGTA
Found at i:6777 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5852--10301 Score: 3069
Period size: 170 Copynumber: 26.3 Consensus size: 171
5842 AATTATAGCT
* * * * * * *
5852 TGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
5917 AGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATTT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGG
** * * * * * *
5981 CTTTTTCTTCATATTTCT-TGAGGTAAACATTCAATCA-AAGTA
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGACAATCAATTATAA-TC
* * * * * * * *
6023 TGTTTTGACTAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTTAAGTCAATTATGTGATTACAAAACCATTT-A
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *** * * * *
6087 A---AG---TAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATTGATTTTTCTTGTCAATGAATGGT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * *
6146 TTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGCAAACAATCAATTATAATT
131 TTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGACAATCAATTATAATC
* * * **
6187 TGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCCTTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * *
6252 AGTGAGTAATAATAC-TTTG-ACGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* ** *
6315 CTTTTTCTTTACG-TTCT-TGTGGCACA-AATTCAATTATAATC
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGACAA-TCAATTATAATC
* * * * *
6356 TGTTTTAA-TCAAAAATATAGAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGGTTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * * * *
6420 AAGCAAGTAATAAAGATTTTGAAAGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCTATGAATGA
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG-
** * * * *
6485 TTTTTTTTTTCACGTTTTTC-AAGACAGACATTCAATTAT-AGC
129 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* * * * *
6527 TTATTTTAGCCT-AAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGATT-TAAAAATCA
1 -TGTTTTA-ACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-A
* * *
6589 TTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATG
61 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
* * * *
6653 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGATAATCAATTCTAATA
125 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGACAATCAATTATAATC
* * * * *
6700 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * *
6765 AG-GCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAGA-AGACATTTCTTGTCAATCAAT-
66 AGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * *
6827 GCTTTTTTCTTCACATTT-TC-AAGATAAACATTCAATTAT-ATA
129 GC-TTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* ** * **
6869 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGGTTAGAATCAATTATGAGATTGCAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** * * * **
6934 AGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCAA-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAA
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* ** ** * *
6998 CTTTTTCTTCAAGTTTCT-TGAAATAGACTTTGAAATATAAT-
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGACAATCAATTATAATC
* * * *
7039 TTTTTTAA-TAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * ** *
7103 AGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAAATATGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCTATGAATGG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * * * * **
7167 CTTTTTCTTCATGTTT-TTTAAGGTAGACATTCAACTACAGCC
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAGACAATCAATTATAATC
* * ** * * * * * * * *
7209 TATGTTAGGTAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** * *
7274 AACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGGCTATAAATTGACTTTTCTTG-CAAATGAAT-G
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGG
* * * * *
7337 CATTTTTCTTCACCTTTC-CTAAGGCA-AAAATTTAATTCTAATA
130 C-TTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAGACAA-TCAATTATAATC
* * * * *
7380 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-AAATTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
7444 AACGAGCAACAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGAAT-GC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * *
7508 CTTTTCTTCATGGTTT-TCGATA-TATACATTCAATTAT-ATC
131 TTTTTCTTCA-CGTTTCTCTA-AGCAGACAATCAATTATAATC
* * * * * *
7548 TGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
7613 AGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AAGTAGACTTTTGTTATCAATAAATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * *
7677 TTTCTCTTCATGCTTCCCGAGGCAGACAATCAATTATAATT
131 TTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGACAATCAATTATAATC
* * * * * *
7718 TATTTTAACCACAACTGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTA
* * ** * *
7782 AAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGGTATAAGTGACTATAAACAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * *
7846 CTTTTTCTTTACGTTTC-CCATGGCAGACATTCAATTATAATC
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCTA-AGCAGACAATCAATTATAATC
* ** * * * * *
7888 T-TTTATAACTAAAAATGTTGAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGGTTACAAAACAATTTA
1 TGTTT-TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
** * * * * * * * *
7952 AATAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * * * *
8016 TTTTTTCTTTAAGTTT-TCTAAGATAAACATTCAATTATAATC
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* * * * * *
8058 TGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * *** **
8123 AAGCAAGTAATAAGACTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGAGC-TTTCTCACCAACAAAAT
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAA-TGAAT
* * * * * * *
8187 -ACTTTTTCTTCACATGTC-C-AGAG-ATTGACATTCTATTATAGTT
128 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTA-AGCA--GACAATCAATTATAATC
* * * * * *
8230 TGTTTTAAC-AAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATAATAAAACCATTTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
8294 AGCAAGTGATAATGCCTTTGATGGAATGGGTGATTATAAAT-GGCTTTT-TCTG-CTAATGAATA
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTC-AATGAATG
* * * * * * **
8356 GCTTTTTCTTTACGTTTTTCGAGGTA-AAAACTCAATTATAGCC
129 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGACAA-TCAATTATAATC
* * * * * * * *
8399 TATTTCAACCAAAAGTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAA-TCATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* ** * *
8463 AAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAAAG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* ** * *
8527 ACTTTTTCTTCACGTTTC-CTTCGACAGACATTCAATTATAATT
129 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* ** *
8570 TGTTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ** * * * *
8635 AGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAAGCATGATTATAAAT-GAACTTTTATTGCCTAT-ATATG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGA-ATG
* * * * * *
8698 GTTTTTTCTTCACATTTTTC-AAGACAAACATTCAATTATCA-C
129 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* * *
8740 TTGTTTTAGCCT-AAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAAT-AATTATGAGATT-TCAAAACCATT
1 -TGTTTTA-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATT
* *
8802 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTC-A-GAA
63 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAA
** * *
8864 CAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACAATCAATTCTAATA
127 TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAGACAATCAATTATAATC
*
8909 TAG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
1 T-GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * *
8973 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATAAAT-
65 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * *
9037 GCTTTTTTCTTCATGTTT-TC-AAGATAGACATTCAGTTAT-ATC
129 GC-TTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* * * * * * *
9079 TGTTTTAACCAAAAATACAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAA-TCATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * * *
9143 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGAGTCAATGAAAG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGAATG
* * * * *
9207 GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAATATTTAATTATAATC
129 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAGACAATCAATTATAATC
* * * * * *
9250 TGTTTTAA-TAAAAAACATAAAAAAATTTTAACTTACAATGAATTATGCGATTATAAAA-TCATC
1 TGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT
* * * * ** *
9313 TAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCTATGAAT
63 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* ** * * * * *
9378 GACTTTTTCTTCATATTT-TTTGAGATAGACATTCAATTAT-ACC
128 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAG-CAGACAATCAATTATAATC
* * * * * * * * * * * *
9421 TATTTTAGCAAAAAATGTAAAACAATTTAACCTGAATTCAATTATGATATT-TCAAAACCATTCA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTA
* * * * *
9485 AAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAAACTTTTCTTGTAAATGAACGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * * *
9550 CTTTTTCTTCACTTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTCTAATA
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGACAATCAATTATAATC
* * *
9592 TGTTATAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAATATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * *
9656 AAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * * *
9721 CTTTTTCTTCATGTTT-TTTGATA-CAGACATTGAATTAT-ATC
130 CTTTTTCTTCACGTTTCTCT-A-AGCAGACAATCAATTATAATC
** * *
9762 TGTTTTAACTAAAAATATAAAGTAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGA-T-T---AC-A---AA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * **
9818 ATC-ACT--T---G--TTCGAAGAAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * *
9875 TCTTTCTTCATGTTTTTCGATA-CAAACATTGAATTAT-ATC
131 TTTTTCTTCACGTTTCTCTA-AGCAGACAATCAATTATAATC
* ** * * * * * *
9915 TGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAAAACCACTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** ** * * * *
9980 AGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTAGTCAATGAATGAC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * *
10045 TTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATA
131 TTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAGACAATCAATTATAATC
* * * * * * *
10086 TGTTTTGACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATATAA
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ********** ** *
10151 AGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAANNNNNNNNNNCTTACCAATGAATGCC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * *
10216 TTTTTCTTCACATTT-TCTGAGGCAAACAATCAATTATAATT
131 TTTTTCTTCACGTTTCTCT-AAGCAGACAATCAATTATAATC
* * * * *
10257 TGTTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT
1 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
10302 ACGACTATAA
Statistics
Matches: 3374, Mismatches: 735, Indels: 340
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 122 0.04
154 1 0.00
155 1 0.00
158 3 0.00
159 1 0.00
160 1 0.00
161 4 0.00
162 3 0.00
163 2 0.00
164 125 0.04
165 8 0.00
167 3 0.00
168 137 0.04
169 599 0.18
170 1030 0.31
171 967 0.29
172 271 0.08
173 88 0.03
174 8 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
TTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGACAATCAATTATAATC
Found at i:8256 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5838--10189 Score: 2673
Period size: 341 Copynumber: 12.8 Consensus size: 337
5828 CAAAGTAAAA
** * ** * *
5838 ATTCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
5903 GTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * * *
5968 TGCTAATGAATTTCTTTTTCTTC-A-TATTTCTTGAGGTAAACATTCAATCAAAGTATGTTTTGA
130 AGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGT-TTTC-TAAGATAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAA
* * * * * * *
6031 CTAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTTAAGTCAATTATGTGATTACAAAACCATTT-AA---AG--
192 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *** * * * ** * *
6090 -TAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATTGATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTCTCATCAATGAAAGGCTTTTTCTT
* * *
6154 CACGTTTTTCGAGGCAAAC
320 CACG-TTTCCAAGGCAGAC
* ** * *
6173 AATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * ** * * *
6238 ATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAATAC-TTTG-ACGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
6301 TAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTCTTGT-GGCA-CAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTA
129 TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTT-TTCTAAG-ATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTA
* * * * * * * *
6363 ATCAAAAATATAGAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
191 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * ** * * ** *
6428 AATAAAGATTTTGAAAGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCTATGAATGATTTTTTTT
255 AATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCATCAATGAAAG-GCTTTTTC
* *
6493 TTCACGTTTTTCAAGACAGAC
318 TTCACG-TTTCCAAGGCAGAC
** * * * ** *
6514 ATTCAATTATAGCTTATTTTAGCCTAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTA-ACAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA
* * * * *
6578 TT-TAAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTTG-CTATAAATAGACTT
63 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
6641 TTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGCAGATA-A-TCAATTCTAATATATT
126 TTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT-TCTAAG-ATAAACATTCAATTAT-ATCTGTT
* * * * * * *
6704 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAG-G
188 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** ** * *
6768 CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAGA-AGACATTTCTTGTCAAT-CAATGCTT
252 -AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATAGAC-TTTCTCATCAATGAAAGGC-T
* * ** *
6831 TTTTCTTCACATTTTCAAGATAAAC
313 TTTTCTTCACGTTTCCAAGGCAGAC
* * ** *
6856 ATTCAATTAT-ATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGGTTAGAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * **
6920 GCAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCAA-AGGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * *
6984 TAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCAAG-TTTCTTGAA-ATAGACTTTGAAATATAAT-TTTTTTA
129 TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTC-T-AAGATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTA
* * * * **
7046 A-TAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGT
191 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * * *
7110 AATAAGGCTTT-TAAGGAAATATGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCTATGAATGGCTTTTTC
255 AATAAGGCTTTCGAAGG-AATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCATCAATGAAAGGCTTTTTC
* ** *
7174 TTCATGTTTTTTAAGGTAGAC
318 TTCACG-TTTCCAAGGCAGAC
* * *** * * ** ** * * * *
7195 ATTCAACTACAGCCTATGTTAGGTAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTA-ACAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
7260 ACAAAACCATTCAAAACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAATGGCTATAAATTGACTTTTC
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * ** * * * *
7324 TTGCAAATGAAT-GCATTTTTCTTCACCTTTCCTAAGGCAAAAATTTAATTCTAATATGTTTTAA
129 TAGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA
* * * * * * * *
7388 CAAAAAATATAAAAAAATT-AAATTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCA
192 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *** * *
7452 ACAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATG-AATGCCTTTTCTT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TCTCATCAATGAAAGGCTTTTTCTT
* * * *** *
7516 CATGGTTTTCGATATATAC
320 CA-CGTTTCCAAGGCAGAC
* ** * * *
7535 ATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
7599 AGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AAGTAGACTTTTGT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT-C
* * * * * * ** ** * * * *
7663 TA-TCAATAAATGGCTTTCTCTTCATGCTTCCCGAGGCAGACAATCAATTATAATTTATTTTAAC
129 TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC
* * * * * *
7727 CACAACTGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * *
7791 ATAAGGCTTT-GAAGGTATAAGTGACTATAAACAGACTTT-TCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTC-A-TCAATGAAAGGCTTTTTCT
* *
7854 TTACGTTTCCCATGGCAGAC
319 TCACGTTT-CCAAGGCAGAC
* ** ** * * *
7874 ATTCAATTATAATCTT-TTATAACTAAAAATGTTGAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGGT
1 ATTCAATTATAAT-TTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * *
7938 TACAAAACAATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTAT-AATGGGCTTTTC
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
8002 TAGCCAATGAATGGTTTTTTCTTTAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGAC
129 TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC
*
8067 CAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
193 CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * ** **
8132 ATAAGACTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGAGCTTTCTCACCAACAAAATACTTTTTCTT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTCTCATCAATGAAAGGCTTTTTCTT
* * ***
8197 CACATGTCCAGAGATTGAC
320 CACGTTTCCA-AGGCAGAC
* * * * *
8216 ATTCTATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATAA
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
8281 TAAAACCATTTTAAGCAAGTGATAATGCCTTTGATGGAATGGGTGATTATAAATGG-CTTTTTCT
66 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
* * * * * * * * * * *
8345 -GCTAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTT-TCGAGGTAAAAACTCAATTATAGCCTATTTCAAC
130 AGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCT-AAGATAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAAC
* * * * *
8408 CAAAAGTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** *
8473 TAAGGTTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATAGACTTT-TCTAGTCAATGAAAGACTTTTTCTT
257 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTC-A-TCAATGAAAGGCTTTTTCTT
** *
8537 CACGTTTCCTTCGACAGAC
320 CACGTTTCC-AAGGCAGAC
** *
8556 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
8621 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAA-AGCATGATTATAAATGAACTTTTA
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
8685 TTGCCTAT-ATATGGTTTTTTCTTCACATTTTTC-AAGACAAACATTCAATTATCA-CTTGTTTT
129 TAGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTAT-ATC-TGTTTT
* * * * *
8747 AGCCTAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATAATTATGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAG
190 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAG
* * * **
8811 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTC-A-GAACA-GCTTTT
254 TAATAAGGCTTTCGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCATCAATGAA-AGGCTTTT
*
8872 TCTTCACGTTTCTTAAGGCAGAC
316 TCTTCACGTTTC-CAAGGCAGAC
* * * *
8895 AATCAATTCTAATATAG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAAT-TTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
8959 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTT
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
9024 CTTA-TCAATAAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGATAGACATTCAGTTATATCTGTTTTA
128 C-TAGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTATATCTGTTTTA
** * * * * * *
9086 ACCAAAAATACAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGT
191 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
9151 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGAGTCAATGAAAGGCTTTTTCT
255 AATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTCA-TCAATGAAAGGCTTTTTCT
* * *
9216 TCACGTTTCTCAAGGTAAAT
319 TCACGTTTC-CAAGGCAGAC
* * * * * * *
9236 ATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTTTAACTTACAATGAATTATGCGAT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAA-ATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
9301 TATAAAA-TCATCTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATTGACTTTT
64 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
9365 CTTA-CCTATGAATGACTTTTTCTTCATA-TTTTTTGAGATAGACATTCAATTATACCTATTTTA
128 C-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTATATCTGTTTTA
* * * * * * * * * * *
9428 GCAAAAAATGTAAAACAATTTAACCTGAATTCAATTATGATATT-TCAAAACCATTCAAAGCGTG
191 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ** * *
9492 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAAACTTTTCTTGTAAATGAACGGCTTTTTC
254 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCATCAATGAAAGGCTTTTTC
* *
9557 TTCACTTTTCCTGAGGCAGAC
318 TTCACGTTTCC-AAGGCAGAC
* * * * * *
9578 ATTCAATTCTAATATGTTATAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAATATCAATTACT-AGAT
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGAT
* *
9642 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
9707 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-T-TGATACAGACATTGAATTATATCTGTTTTAA
129 TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATA-A-ACATTCAATTATATCTGTTTTAA
* * ** * * *
9770 CTAAAAATATAAAGTAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGA-T-T---A-CA---AAATC-ACT-
192 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *** *
9824 -T---G--TTCGAAGAAATGAGAGATTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATTCCTCTTTCT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTCAT--CAATGAAAGGCTTTTTCT
* * * ** *
9882 TCATGTTTTTCGATACAAAC
319 TCACG-TTTCCAAGGCAGAC
* * * ** * * *
9902 ATTGAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATA
1 ATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * ** ** * *
9966 ACAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACGTTTCT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * *
10031 AGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTGAC
130 AGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTC-TAAGATAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC
* * * * * * * * *
10095 AAAAAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAG
193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
**
10160 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
257 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
10190 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3149, Mismatches: 708, Indels: 314
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
322 6 0.00
323 132 0.04
324 95 0.03
325 7 0.00
326 2 0.00
329 2 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
332 6 0.00
333 60 0.02
334 55 0.02
335 84 0.03
336 6 0.00
337 9 0.00
338 250 0.08
339 402 0.13
340 619 0.20
341 769 0.24
342 428 0.14
343 91 0.03
344 118 0.04
345 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
ATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTCATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTT
TCCAAGGCAGAC
Found at i:8286 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 5352--10189 Score: 3332
Period size: 511 Copynumber: 9.6 Consensus size: 509
5342 GCACACATTT
* * * * * * * * * *
5352 AATTATAATCTGTTTTGACTAGAAATTTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTAACAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * *
5417 AACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTC
66 AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * *
5482 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
131 AATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAA
*
5547 TTGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
195 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * ** *** *
5611 GCTTTGGAAGGAATTGGTGACTACAAATGGAGGTTTCTCGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCACAT
258 ACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT
* * * ** * * * * *
5676 GT-CTAGATACTAACATTTTATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAAT-AAAATATTCAACTTAAAA
323 TTCCAAGATA--GACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAA
* * * * *
5739 TGAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATA-GAATGGGTGACTA
386 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATAGGTGACTA
* * *
5803 TAAAT-GGCTTTTTCT--T---T--A---C-ATTT-TTCA--------AA-GTAAAAATTC
450 TAAATAGAC-TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
* * * *
5842 AATTAT-AGCT-TGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGT
1 AATTATAATCTAT-TTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* * * * * * *
5905 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 AAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
** * * * * * * *
5970 -CTAATGAATTTCTTTTTCTTC-A-TATTTCTTGAGGTAAACATTCAATCAAAGTATGTTTTGAC
129 TC-AATGAATGACTTTTTCTTCAAGT-TTTC-TAAGATAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAAC
* * * * * *
6032 TAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTTAAGTCAATTATGTGATTACAAAACCATTT-AA---AG---
190 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*** * * * ** * *
6090 TAAGACTTTTGAAGGAAAACGTGACTAAAAATTGATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTC
254 TAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTC
* * * ** * * ** *
6155 ACGTTTTTCGAGGCAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTAAACTT
319 AC-ATTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTTAACTT
* * * ** * *
6220 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAATAC-TTTG-ACGACATGGGTG
382 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATAGGTG
* * ** *
6283 ACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACG-TTCTTGTGGCACAAATTC
446 ACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
* * * * * *
6346 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAGAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * ** *
6411 AACTATTTAAAGCA-AGTAATAAAGATTTTGAAAG-AAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTG
66 AACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * * * * * *
6474 TCTATGAATGATTTTTTTTTTCACGTTTT-TCAAGACAGACATTCAATTATAGCTTATTTTAGCC
129 TCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAAGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATATC-TGTTTTAACC
* * * *
6538 TAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAAATAATTATGAGATT-TAAAAATCATTTAAAGCGACTA
191 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * *
6602 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCT
253 ATAAGACTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * *
6666 TCACGTTTCTCTAAG-CAGATAATCAATTCTAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAA
317 TCACATTTC-C-AAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTTAA
* * * * *
6730 TTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAG-GCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
379 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * * * ** *
6794 GTGACTATAAGA-AGACATTTCTTGTCAATCAAT-GCTTTTTTCTTCACATTTTC-AAGATAAAC
443 GTGACTATAA-ATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAA
6856 ATTC
506 ATTC
* * ** * * **
6860 AATTAT-ATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGGTTAGAATCAATTATGAGATTGCAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * *
6924 AACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
66 AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
* * * * * *
6988 CAATGAATAACTTTTTCTTCAAG-TTTCTTGAA-ATAGACTTTGAAATATAAT-TTTTTTAA-TA
130 CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTC-T-AAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCA
* * **
7049 AAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATA
192 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * *
7114 AGGCTTTT-AAGGAAATATGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCTATGAATGGCTTTTTCTTCA
256 AGACTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
** ** * * * *** * * ** ** * *
7178 TGTTTTTTAAGGTAGACATTCAACTACAGCCTATGTTAGGTAAAAATGTAAAACAATTTAACCTA
320 -CATTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA-ACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTA
* * * * * * *
7243 AATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAATGG
383 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGA
* * * *
7307 CTATAAATTGACTTTTCTTG-CAAATGAAT-GCATTTTTCTTCACCTTTCCTAAGGCAAAAATTT
447 CTATAAATAGACTTTTCTAGTC-AATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
* * * * * *
7370 AATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-AAATTAATATCAATTACGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * * * * *
7434 AACCATTTAAA-ACGAGCAACAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGC
66 AACTATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
* * * * * *
7498 CAATGAATG-CCTTTTCTTCATGGTTTTC-GATATATACATTCAATTATATCTGTTTTAACTAAA
130 CAATGAATGACTTTTTCTTCA-AGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAA
* * *
7561 AATGTAAACAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
7626 ACTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AAGTAGACTTTTGTTATCAATAAATGGCTTTCTCTTCATGC
258 ACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCA--C
* * ** * * * * * *
7690 -TTCCCGAGGCAGACAATCAATTATAATTTATTTTAAC-CACAACTGTAAAAAATTTCAACTTAA
321 ATTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAAT-AAAAAAATTT-AACTTAA
* * * *
7753 AATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGGTATAAGTGAC
384 AATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * * * *
7816 TATAAACAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCATGGCAGACATTC
448 TATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
* * ** * * *
7878 AATTATAATCT-TTTATAACTAAAAATGTTGAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGGTTACA
1 AATTATAATCTATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * *
7942 AAACAATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTAGC
65 AAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
** * * *
8006 CAATGAATGGTTTTTTCTTTAAGTTTTCTAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAA
130 CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAA
* *
8071 AATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
194 AATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
8136 GACTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGAGC-TTTCTCACCAACAAAAT-ACTTTTTCTTCA
257 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTACCAA-TAAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
8199 CATGTCCAGAGATTGACATTCTATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAA
320 CATTTCCA-AGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAA
* * * * * * * * * *
8264 AATGAATTATGAGATAATAAAACCATTTTAAGCAAGTGATAATGCCTTTGATGGAATGGGTGATT
384 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* * * * * * *
8329 ATAAAT-GGCTTTTTCT-G-CTAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTT-TTCGAGGTAAAAACTC
449 ATAAATAGAC-TTTTCTAGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAAAATTC
** * * * * *
8389 AATTATAGCCTATTTCAACCAAAAGTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * *
8454 AA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAT-GACTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
66 AACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * ** * *
8517 TCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCCTTCGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
129 TCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAA
* * *
8582 AAAGGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * * * * *
8647 GACTTTTGAAAGAAAGCATGATTATAAAT-GAACTTTTATTGCCTATATATGGTTTTTTCTTCAC
257 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * * * * * *
8711 ATTTTTCAAGACAAACATTCAATTATCACTTGTTTTAGCCTAAAATATAAAAAAATTGAACTTAA
321 A-TTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA-ACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAA
*
8776 AAT-AATTATGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTTG-
384 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGA
* * ** * *
8838 CTATAAATAGACTTTTTTTGTC-A-GAACAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAA-TC
447 CTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA-AAAATTC
* * * *
8899 AATTCTAATATAGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * * *
8964 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTA-
66 AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAG
* * *
9028 TCAATAAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGATAGACATTCAGTTATATCTGTTTTAACCAA
129 TCAATGAATGAC-TTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAA
** * * * * * *
9091 AAATACAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
9156 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGAGTCAATGAAA-GGCTTTTTCTTCA
257 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAAT-AAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
9219 CGTTTCTCAAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTTTAACTT
320 CATTTC-CAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAA-ATAAAAAAA-TTTAACTT
* * * * * * *
9284 ACAATGAATTATGCGATTATAAAATCATCTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
382 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * ** ** * ** * *
9349 CTATAAATTGACTTTTCTTA-CCTATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTTTGAGATAGACATTC
447 CTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
* * * * * * * * * * *
9412 AATTAT-ACCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAACAATTTAACCTGAATTCAATTATGATATT-TCA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-A
* * * * * * * * * ** *
9475 AAACCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAAACTTTTCTTGT
65 AAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
* * * * * ** * * * *
9540 AAATGAACGGCTTTTTCTTC-ACTTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTCTAATATGTTATAACTAA
130 CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTT-CTAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
9604 AAATATAAAAAAATTCAATTTAATATCAATTACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
9668 AGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
256 AGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCAC
* *** * * * **
9733 GTTT-TTTGATACAGACATTGAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGTAATTTAACTTA
321 ATTTCCAAGAT--AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTTAACTTA
* * * * * *
9796 AAATCAAATATGAGA-T-T---A-CA---AAATC-ACT--T---G--TTCGAAGAAAT-GAGAGA
383 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGA
* * * ** * * * * * *
9843 TTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTCTTTCTTCATGTTTTTCGATA--CAAACATTG
447 CTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCTA-AGGCAAAAATTC
* ** * * * * *
9906 AATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * * * *
9970 AACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTC-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTAGT
66 AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
* ** * * *
10034 CAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTGACAAA
130 CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTC-TAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAA
* * * * * * *
10098 AAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAGTAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
10163 GGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
257 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
10190 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3445, Mismatches: 731, Indels: 340
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
482 1 0.00
483 76 0.02
484 34 0.01
485 57 0.02
486 3 0.00
488 2 0.00
489 23 0.01
490 178 0.05
491 1 0.00
493 6 0.00
494 278 0.08
495 7 0.00
496 5 0.00
499 1 0.00
501 2 0.00
502 3 0.00
503 2 0.00
504 112 0.03
505 44 0.01
506 38 0.01
507 12 0.00
508 149 0.04
509 579 0.17
510 352 0.10
511 662 0.19
512 325 0.09
513 420 0.12
514 67 0.02
515 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
AATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
CAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
GACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAAATTC
Found at i:9951 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 9691--9977 Score: 484
Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
9681 AATAGGTGAC
* * * * *
9691 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGATACAGACATTGAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTTTCGATACAAACATTGAAT
* * * *
9756 TATATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGTAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTACAAAATC
66 TATATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAAAACC
9821 ACTTGTTCGAAGAAATGAGAGAT
131 ACTTGTTCGAAGAAATGAGAGAT
*
9844 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTCTTTCTTCATGTTTTTCGATACAAACATTGAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTTTCGATACAAACATTGAAT
9909 TATATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAAAACC
66 TATATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAAAACC
9974 ACTT
131 ACTT
9978 AAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 10, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
153 124 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (153 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTTTCGATACAAACATTGAAT
TATATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAGCAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAACAAAACC
ACTTGTTCGAAGAAATGAGAGAT
Found at i:11540 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11262--11616 Score: 383
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 168
11252 AATAAAAAAA
* * ** * *
11262 TTAAAAAATTCAACATAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTAAGTAATAAGGCCT
1 TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGG-CT
* * * *** * **
11327 TTGATGGAATGAGTGACTATAAATGGCTTTTTTTACTAATGAATTGGTTTTTCTTTACGTTTTTC
65 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGACTTTTTCTACTAATGAATAAATTTTTCTTCACGTTTCCC
* *
11392 AAGGTAAAAATTCAATTAT-AGCTTGTTTCAACCAAAAATG
130 AAGG-AAAAATTCAATTATAATC-TGTTTCAACCAAAAAGG
* *
11432 TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTGTAAAACCATTTGAAGCAGGTAATAAGG-TT
1 TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * *
11496 TCGAAGGCATGAGTTACTATAAATAGAC-TTTTCTAGTCAATGAATAAATTTTTCTTCACGTTTC
66 T-GAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTCTACT-AATGAATAAATTTTTCTTCACGTTTC
* ** * *
11560 CCAAGGAAATATTTGATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAGG
128 CCAAGGAAAAATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAGG
*
11601 TAAAAAAATTCAACTT
1 TTAAAAAATTCAACTT
11617 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 28, Indels: 9
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 66 0.43
170 84 0.55
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTT
TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGACTTTTTCTACTAATGAATAAATTTTTCTTCACGTTTCCCA
AGGAAAAATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAGG
Found at i:13433 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 13267--13459 Score: 368
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
13257 TTCAACTATA
*
13267 GTGTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTGCAAAACCATT
1 GTGTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTTAACATAAATTCAATTATGATATTGCAAAACCATT
*
13332 CAAAGCATCTAATAAGACTTTTGAAAGAATGG
66 CAAAGCATCTAATAAGAATTTTGAAAGAATGG
13364 GTGTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTTAACATAAATTCAATTATGATATTGCAAAACCATT
1 GTGTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTTAACATAAATTCAATTATGATATTGCAAAACCATT
13429 CAAAGCATCTAATAAGAATTTTGAAAGAATG
66 CAAAGCATCTAATAAGAATTTTGAAAGAATG
13460 AGTAGCTATA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 94 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (97 bp):
GTGTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTTAACATAAATTCAATTATGATATTGCAAAACCATT
CAAAGCATCTAATAAGAATTTTGAAAGAATGG
Found at i:14523 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14163--14568 Score: 449
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
14153 NNNNNNNNNC
* * * * * ** **
14163 TAACCAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACCATGAAAAGTG
1 TAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * **
14227 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTT
65 AGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACTAAAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * *
14292 TCTTCATGTTTCCTGATGCAAACATTCAATCAAAGTATGTTT
130 TCTTCATGCTTCCTGAGGCAAACAATCAATCAAAGTATGTTT
** * * *
14334 TGGCTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCA
1 TAACTAAAAACGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * **
14399 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGACTTTT
65 AGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACTAAAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* ** *
14464 TCTTCATGCTT-CTCGAGGTAAACAATCAATTGTAA-TTTGTTT
130 TCTTCATGCTTCCT-GAGGCAAACAATCAA-TCAAAGTATGTTT
* * *
14506 TAACTAGAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
14569 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 36, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 58 0.30
172 133 0.68
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
GTAATAAGACTTTTGAAAGAATGGATGACTAAAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
CTTCATGCTTCCTGAGGCAAACAATCAATCAAAGTATGTTT
Found at i:21149 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20858--21829 Score: 725
Period size: 170 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
20848 AACGTAAAGA
* * * ** * *
20858 AAAAACCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACT
1 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACT
* * *
20922 CGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTAGTTAA
66 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTAGTTAA
* ** *
20987 AACAAATTATAATTGATTGTTTGTCTTGGGAAGCATGAAG
131 AACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCATGAAG
*
21027 AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTAC
* **
21092 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACGTTTTTAGTTA
65 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTAGTTA
*
21156 AAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCGTGAAG
130 AAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCATGAAG
*
21197 AAAAAGCTATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGTCTTATTA
* ** * * ********** **
21261 CTTACTTTAAATCATTTTGTCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNGCC
64 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTAGTT
* * * * * ** *
21326 AAAACATACTT-TGATTGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAG
129 AAAACA-AATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCATGAAG
** * * * * *
21368 AAAAAAAAATTCATTCG-CAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
1 -AAAAAGCATTCATT-GACAAGAAAA-GTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATT
** * * * ** *
21432 ACTCACTTTTAATGGTTTTATAGTCGT-ATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTT-ATATTTTTG
63 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACGTTTTTA
* * * * * *
21495 GTTATAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACGTGAAGG
126 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCATGAA-G
* * ** * * * * * * *
21541 AAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAATGCCTTACTACT
1 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACT
** ********** * * * *
21606 CACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTCACTTTTTTTGTCA
66 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCACGTTTTTAGTTA
* * *
21671 AAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAACATGAAG
130 AAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCG-G------GAAG---CATGAAG
* * * ** * * *
21722 AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTCATTA
1 AAAAAG-CATTCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTA
* * *
21787 CTTGCTTTAATTGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
64 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
21830 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 147, Indels: 46
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 190 0.30
171 174 0.28
172 159 0.25
173 9 0.01
179 3 0.00
181 6 0.01
182 15 0.02
183 63 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACT
TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTAGTTAA
AACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGGGAAGCATGAAG
Found at i:21715 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 21700--21724 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
21690 GTTTACCTTG
21700 AGAAACATGA
1 AGAAACATGA
21710 AGAAACATGA
1 AGAAACATGA
21720 AGAAA
1 AGAAA
21725 AAGTCATTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.08, G:0.20, T:0.08
Consensus pattern (10 bp):
AGAAACATGA
Found at i:23372 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22968--24432 Score: 1078
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 170
22958 TTGAAAAACA
* ** * * ** *
22968 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGATTAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTA-AACTTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCT
* * * * * * * *
23032 TATTACTTGCTTTAAGTGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACT-TCT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TTGAATTTTTTTA-TATTT
* * * ** * *
23096 TTGGTTAAAACAGA-T-GCAATTGAATGTCTGTATCAAAAAACT-
128 TTGATTAAAACATATTAG-AATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA-TG
* ** * * *
23138 TGAACAAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
1 TGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCT
* ** ** * *
23202 TATTTCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAACTGATATTCAATTGATTTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTCAATTGAATTTTTTTATATTTT
*
23267 TGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAGG
129 TGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * *
23309 TGAAGAAAAAGCCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTTGTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * *
23374 ATTACACGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGAATTT-AGGTTAAATTGTTCTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTCA-ATTGAATTTTTTTATATTTT
** * * * ** * *
23438 TGGCTAAAATAGACTATG-ATTGAATGTTTATCTAAAGAAACG
129 TGATTAAAACATATTA-GAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * *
23480 TGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAACCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCT
* * *
23544 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGTCATTTCAAGTTGAA-TTTTTTATACTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TTGAATTTTTTTATA-TTT
* * *
23608 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATG
128 TTGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * **
23650 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAGAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTT
* * * *
23715 ATTACTCGCTATAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * *
23780 -AGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTCTGGCTCAAGAAACG
130 GA-TTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * * *
23821 TAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAG-CAACTCA-TTCTTTTAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTTC-TTCAAAAGCC
* * *
23884 TTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTGA-AATCTCATAATT-ATTTTTAATTCAATTTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTCAATTGAATTTTTTTATATT
** * * * *
23947 TTTGGCTGAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATG
127 TTTGATTAAAACATA-TTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * *
23991 CGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACGC-TTTCCTTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTT-CTTCAAAAGCC
* * * *
24054 TTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACT-TT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TTGAATTTTTTTA-TATT
* * * *
24118 TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TTCTGCCTT-GGAAAATA
127 TTTGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTT-TGCCTTAAG-AAATG
* * * * *
24162 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TGCTTTCGAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCC
* * * * * * *
24225 TTATTACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTCATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAATTGAATTTTTTTATATTT
* * * * ********** **
24290 TT-AGTTGAAACA-AGCTATAATTGAATTTTTNNNNNNNNNNACA
128 TTGA-TTAAAACATA-TTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
* * * * *
24333 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCCAA-AAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAGGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCT
* * * *
24396 TATTACTTGCTTAAAATGATTTTATAATCTCACAATT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
24433 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1028, Mismatches: 219, Indels: 96
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 444 0.43
171 564 0.55
172 16 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAATTGAATTTTTTTATATTTTTG
ATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATG
Found at i:23601 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 22938--24315 Score: 1294
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 341
22928 NNNNNNNCAG
* * ** * ** *
22938 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATTAGAAAAGTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
** * * * *
23002 ATTTATAGTCAC-CTAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAGTGGCTTTGTAATCTCAT
65 ATTTATAGTCACACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAA-TGGTTTTGTAATCTCAT
* ** *
23065 AATTGATTTTAAGTTAAATT-TCTTTAC-TTCTTTGGTTAAAACAGA-TGCAATTGAATGTCTGT
129 AATTGAATTTAAGTTAAATTGT-TTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TCT
* * ** *
23127 ATC-AAA-AAACTTGAACAAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATT
191 ATCTAAAGAAACGTGAA-GAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATT
* * * ** * ** *
23189 CCTTCGAAAGCCTTATTTCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAACTGATATTCAATTGATT
255 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA-TGAT-TTCAATTGAAT
23254 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACA
318 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACA
* * *
23278 TATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTACAAGAAAAGTCT
1 -ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* ** * * *
23343 ATTTATAGCCAC-CTATTTGTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCAAA
65 ATTTATAGTCACACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCATA
* * * * * *
23407 ATTGAATTTAGGTTAAATTGTTCTACATTTTTGGCTAAAATAGACTATGATTGAATGTT-TATCT
130 ATTGAATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTATCT
* * * **
23471 AAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTC
195 AAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTC
* *
23536 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGTCATTTCAAGTTGAA-TTTTT
260 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA-TGATTTCAA-TTGAATTTTTT
23600 TATACTTTTT-ATTAAAACA
323 TATA-TTTTTGATTAAAACA
* * * *
23619 GATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAGAAGTCC
1 -ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * *
23684 ATTTATAGTCACAC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTGTAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCATA
* * * * * * * * **
23748 ATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTAGAATTGATTG-TCTGGC
130 ATTGAATTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTATC
* * * * *
23811 TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAG-CAACTCATTCTT
194 TAAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTC-ACCCATTCTT
* * * * * *
23875 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTGA-AATCTCATAATTATTTTTAATTCAATTTT
258 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-ATAATCTCATAATGA-TTTCAATTGAATTTT
** *
23939 TTTATATTTTTGGCTGAAACA
321 TTTATATTTTTGATTAAAACA
* * * * * *
23960 AGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATGCGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCAAGAAAAGT-T
1 A-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * *
24024 CATTTATAGTCACGCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTTAT
65 -ATTTATAGTCACACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCAT
* * * **
24088 AATTG-ATTTCAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TTCTGC
129 AATTGAATTT-AAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTAT
** ** * * * *
24151 CT-TGGAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCT
193 CTAAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCT
* * * * * * *
24215 TTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGTCATTGATTTTGAGTTGAATT
257 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT-AATGA-TTTCAATTGAATT
*
24279 TTTTTATATTTTT-AGTTGAAACA
319 TTTTTATATTTTTGA-TTAAAACA
*
24302 AGCTATAATTGAAT
1 A-TTATAATTGAAT
24316 TTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 148, Indels: 59
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 27 0.03
341 670 0.78
342 162 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCACACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCATAA
TTGAATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTATCTA
AAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATGATTTCAATTGAATTTTTTTAT
ATTTTTGATTAAAACA
Found at i:23908 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 22940--24301 Score: 1544
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 510
22930 NNNNNCAGAT
* * * * *
22940 TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT-TG-ATTAGAAAAGTCAA
1 TATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCA-T-GAAAAGTCAA
* ** * * * ** *
23003 TTTATAGTCACCTAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGCTTTGTAATCTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * ** * *
23068 TGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACTTCTTTGGTTAAAACAGA-TGCAATTGAATGTCTGTA--TC
129 TGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACTT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TCTACCTT
* * * * *
23130 AAAAAACTTGAACAAAAAAGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTC
192 AAGAAA-TTGAA-GAAAAAGCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
23194 GAAAGCCTTATTTCTTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAACTGATATTCAA-TTGATTTTT
254 GAAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTT
* * * *
23257 TTTATATTTTT-GATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAGC
317 TTTATATTTTTAG-TTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGC
* * *
23321 CATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTTGTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTT
381 CATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCAACCTATTTGTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTT
* *
23386 GAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGA-ATTTAGGTTAAATTGTTCTACATTTTTGGCT-AAA-AT
446 GAATGGTTTTGAAATCTCAAAATT-ATATTTA-ATTAAATTGTTCTACATTTTTGGCTGAAACA-
23448 AGAC
508 AG-C
* * *
23452 TATGATTGAATGTTTATC-TAAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCATGAAAAGTCAAT
1 TATAATTGAATGTTTACCTTAAA-AAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCATGAAAAGTCAAT
* *
23516 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGT
65 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * *
23581 CATTTCAAGTTGAATTTTTTATACTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCTTAA
130 GATTTCAAGTTAAATTTTTT-TACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTACCTTAA
* * *
23644 GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAGAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAA
194 GAAAT-TGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * *
23709 AGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAT
257 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * *
23774 ATTTTTAGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTCTGGCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCA
322 ATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
* *
23839 TTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGCAA-CTCATTCT-TTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTGAAA
387 TTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCAACCT-ATT-TGTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTTG-AA
* * * * * *
23901 TGGTTTTGAAATCTCATAATTATTTTTAATTCAATTTTTTTATATTTTTGGCTGAAACAAGC
449 TGGTTTTGAAATCTCAAAATTATATTTAATTAAATTGTTCTACATTTTTGGCTGAAACAAGC
* * * *
23963 TATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATGCGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCAAGAAAAGTTC-AT
1 TATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCATGAAAAG-TCAAT
* * * * *
24027 TTATAGTCACGCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAAT-AGTTTTATAATCTTATAAT
65 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT
* *
24091 TGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TTCTGCCTT-
129 TGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTACCTTA
* * * *
24154 GGAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCG
193 AG-AAAT-TGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * *
24219 AAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTCATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
255 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
24284 ATATTTTTAGTTGAAACA
320 ATATTTTTAGTTAAAACA
24302 AGCTATAATT
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 104, Indels: 52
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 184 0.26
512 518 0.72
513 11 0.02
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATAGGCATGAAAAGTCAATT
TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
ATTTCAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCTACCTTAAGA
AATTGAAGAAAAAGCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAAAAAAAGTCTATTTATAGCAACCTATTTGTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTTGAATGGTTTT
GAAATCTCAAAATTATATTTAATTAAATTGTTCTACATTTTTGGCTGAAACAAGC
Found at i:24840 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 24553--25159 Score: 546
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 166
24543 CCTGCTGCAC
* *
24553 ACATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTG-CTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
24618 TTACAAAACAATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGC-TTT
* * *
24683 CTAGTTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGATTCTTAAGGCAA
127 CTTGCTAATGAATGGATTTTTCTTCA-GATTCTTAAGGCAA
* *
24724 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATGAACTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-GCTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
24789 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAATTGGAGCTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGG-GCTTT
* * * * * * **
24854 CTTGCCAATAAAT-GACTTTTCTTCACATGTC-CAGAGACTG
127 CTTGCTAATGAATGGATTTTTCTTCAGAT-TCTTA-AGGCAA
** * * * * *
24894 ACATT-ATATTATAATCAATTTTTCAAAAAAT-TAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTGTGAGAT
1 ACATTCA-ATTATAATCTGTTTTGCTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
24957 TATAAAATCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATGGAATGAGTGACTATAAAT-AGCTTTCT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTC-
* * *
25021 TTGCTAATGAAT-GACTTTTTCTTTACG-TTTTTCAAGGTAA
128 TTGCTAATGAATGGA-TTTTTCTTCA-GATTCTT-AAGGCAA
* * *** * * *
25061 AAATTCAATTAT-AGCTTGCTTCAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTCAAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATC-TG-TTTTGCTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
25125 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
25160 CGAANNNNNN
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 68, Indels: 36
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.02
166 15 0.04
167 87 0.25
168 21 0.06
169 22 0.06
170 82 0.23
171 115 0.33
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTGCTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTCTTG
CTAATGAATGGATTTTTCTTCAGATTCTTAAGGCAA
Found at i:30234 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30192--30258 Score: 134
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
30182 CAAAAGGTAC
30192 TGCTAGAAATGCTCAAAGACAGAGCCTAT
1 TGCTAGAAATGCTCAAAGACAGAGCCTAT
30221 TGCTAGAAATGCTCAAAGACAGAGCCTAT
1 TGCTAGAAATGCTCAAAGACAGAGCCTAT
30250 TGCTAGAAA
1 TGCTAGAAA
30259 CTAAGTTCAG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 38 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (29 bp):
TGCTAGAAATGCTCAAAGACAGAGCCTAT
Found at i:30822 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 30747--30829 Score: 121
Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
30737 TTGATCCCAG
* * *
30747 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGATGAGCCTTT
1 GAAAAGCCATTGTTGAAGATTGTGGATGAGCCTGT
*
30782 GAAAAGCCATTGTTGAAGATTGTGGCTGAGCCTGT
1 GAAAAGCCATTGTTGAAGATTGTGGATGAGCCTGT
*
30817 GAAAAGTCATTGT
1 GAAAAGCCATTGT
30830 AAAAGCTTGG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 43 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
GAAAAGCCATTGTTGAAGATTGTGGATGAGCCTGT
Found at i:31425 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31119--34056 Score: 1844
Period size: 170 Copynumber: 17.2 Consensus size: 169
31109 CTTGGGACCA
* *
31119 ACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCGTC-AAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
31182 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATTG
* ** *
31247 ATTGTTTGCCTCGGGAAGCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
129 AATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
31288 ACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACGCTTTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
31353 GT-T-GTCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTCAAAACATACTTTGATT
66 -TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATT
** ** *
31416 GAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGAAAGTCATT-
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * *
31457 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTT
1 A-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
31522 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAAGCTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTTAATT
* * * * *
31587 GAATTTTTGTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATT-
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
31628 AGCAAAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAGGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTT
1 A-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
31692 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAATAGAATATAAT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAG-ATTTAAT
* ** * ** * ** *
31756 AGAATGTCAGTCTTTAGACATATGAAGAAAAAGCCATTTATTG
127 TGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * *
31799 GCGA-AAAAGCTCCATTTGTAGTTACCCATTCCTTTC-AAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAATGGT
1 ACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
31862 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
64 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATT
* ** *
31927 GAATGCTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * *
31969 ACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * *
32034 TGTAATCTTGTAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATTG
* * * * * * *
32099 ACTGTGTG-TTGCAGGAAACGTAAAGAAAAAACTATTCATTG
129 AATGTTTGCCT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * ** *
32140 ACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGT-CGTC-AAAGTATTATTACTCGCTTTAAAGGGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
32203 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAATTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATT
* * * *** * **
32268 GATTGTCTGTCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTG
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *** * * * *
32310 ATAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACGTTTTTCTTCAAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * ** * *
32375 TGTAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTCCAAACATACTTTGATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATTG
* * * **
32440 GATGTTTTCCTCAAGAAAC-TGAAGAAACAGAAATTCATT-
129 AATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** *
32479 AGCAAGAAAAGGTCCATTT-TAGT-TTCCATATCTTTGTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 A-CAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCAT-TC-----C-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * ** *
32542 AAACAGTTTTATAGTCGT-ATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTT-GTTGGAACAA
57 AAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
32605 ATTATAATTGAATGTTTACATCACGAAACGTGAAGAAAGAGGCATTCATTTG
120 ATT-TAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG
* * * * ** *
32657 -TAAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATAGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** * * * *
32721 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTCAAAACAGATAATAATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TTAATTG
* * *
32786 AATGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
129 AATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ********** ** * *
32827 ACTAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * *
32892 CGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGA
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTTAATTGA
** * * *
32957 ATGTTTGTATCGAA-AAACATGAAGAAAGAGGCATTCATTG
130 ATGTTTGCCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
32997 GCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATT-CTATCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * *
33061 TTATAATATCGTTAGTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-TAATT
* * * * * *
33126 GAATGTCTGCCTCAAAAAAGGCGAAGCAAAAGCCATTCATTT
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ******************** *
33168 ACAACAAAAGTCTATTTCTAG-CAACTCATT-C--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * ** * *
33229 TTGTAATATCATAATTGAATTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGCAAAAATAGACTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTTAATT
* * ** * * * *
33294 AAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATAG
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * ********** *
33336 GCAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGATTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
33401 TATAATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTATTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATT-TAATT
* * * **
33465 GAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGTGATTCATTG
128 GAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ********** * **
33507 ACTAGAAAAGTCTATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
33572 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATATAATTGA
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTTAATTGA
** * * *
33637 ATGTTTATCTTAA-AAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTG
130 ATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTG
* * ********** * *
33676 ACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTT
1 ACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
33740 TTATAATCTCGTAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATGAAAATATATTAAAAT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATT-TAAT
* * * * * *
33804 TGATTATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTG
127 TGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
33847 ATAAAAAAAAGTCTATTTATA-ACAACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-
1 A-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
33910 TTTAGAAATCTCATAATT-ATTTTTAAGATCAATTTTTTTACATTTTTTTGCTAAAACAAGCTGT
64 TTTA-TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAC-AGATTT
* * * * * *
33974 AATCGAATGTTTGCCTTGAA-AAATGTGAGGAAAAAGCCATTTATAG
124 AATTGAATGTTTGCC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
34020 GCAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACGCTTTCCTTCAA
1 ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
34057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2137, Mismatches: 547, Indels: 167
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 109 0.05
169 149 0.07
170 815 0.38
171 764 0.36
172 115 0.05
173 41 0.02
174 8 0.00
175 34 0.02
176 90 0.04
177 10 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTTAATTGAA
TGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
Found at i:31781 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 31123--34056 Score: 1637
Period size: 341 Copynumber: 8.6 Consensus size: 337
31113 GGACCAACAA
* * ** *
31123 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
31188 CTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTT
* * * * * * *
31253 TGCCTCGGGAAGCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACGCTTT
131 TGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT
* * * * *
31318 TCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGT-T-GTCACATAATTGATTTTAAGTTGAA
195 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
31381 TTTTTTAACATTTTTAGTCAAAACATACTTTGATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAA
259 TTTTTTTA-ATTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATG-TTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAA
*
31446 AGAAAGTCATTAGTAAG
322 AGAAATTCATTAGT-AG
* * *
31463 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
31528 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAAGCTATAATTGAATTT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * *
31593 TTGTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCAT
130 TTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
31657 TCCATCAAAGGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTCAA
194 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
31722 TTTTTTTAATTTTTTTGTTAAAATAGAATATAATAGAATGTCAGTCTTTAGACATATGAAGAAAA
259 TTTTTTTAA-TTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGT-TGTCTTAAGAAACATGAAGAAAA
** * **
31787 AGCCATTTATT-GGCG
322 AGAAATTCATTAGTAG
* * * * *
31802 AAAAAGCTCCATTTGTAGTTACCCATTCCTTTCAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAATGGTTTTAT
1 -AAAAG-TCCATTTATAGTCACCCA-TACTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
31867 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
31931 GCTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TC
128 GTTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-
* * * * * ** *
31995 CATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATTGTTTTGTAATCTTGTAATTTATTTTAAGT
191 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
32059 TAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTGTGT-TGCAGGAAACGTAAA
255 TGAATTTTTTTA-ATTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGT-TGTCT-TAAGAAACATGAA
* *
32123 GAAAAA-ACTATTCATTGACTAG
317 GAAAAAGA-AATTCATT-AGTAG
* * * ** *
32145 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GTCGTCAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACT-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
32209 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * *
32274 CTGTCTTGGGAAACGTGTAGAAAAA-ATCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACGT-
130 TTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TC
* * * * * * * * *
32337 TTTTCTTCAAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCACATAATTAATTTTAAGTTG
192 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
32402 AATTTTTTAACATTTTTAGTCCAAACATACTTTGATTGGATGTTTTCCTCAAGAAAC-TGAAGAA
257 AATTTTTTTA-ATTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGTTGT-CTTAAGAAACATGAAGAA
* *
32466 ACAGAAATTCATTAGCAAG
320 AAAGAAATTCATTAG-TAG
** * **
32485 AAAAGGTCCATTT-TAGT-TTCCATATCTTTGTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAG
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATA-------CTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * **
32548 TTTTATAGTCGT-ATAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTT-GTTGGAACAAATTATA
57 TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* * * * *
32611 ATTGAATGTTT-ACATC-ACGAAACGTGAAGAAAGAGGCATTCATTTGTAAGAAAATTCTATTTA
121 ATTGAATGTTTGTC-TCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA-TTGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * **********
32674 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGAT
183 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
32739 TTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTCAAAACAG-ATAATAATTGAATGTT-TGCTTCTAGA
248 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTAGTCAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTTGT-CTT-AAGA
** *
32802 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
309 AACATGAAGAAAAAGAAATTCATT-AGTAG
********** * * **
32832 AAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTCGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
32896 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
32960 TTTGTATCGAAAAACATGAAGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCA
129 TTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
33025 TT-CTATCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTTAGTGATATTAAGTTG
193 TTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *** *
33089 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAAGGCGAAGCA
257 AATTTTTTTA-ATTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGT-TGTCTTAAGAAACATGAAGAA
** ** *
33154 AAAGCCATTCATTTACAAC
320 AAAGAAATTCA-TTAGTAG
* * * * ******************* * *
33173 AAAAGTCTATTTCTAG-CA-AC-T-CATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATGGTTTTGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-TTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * ** * * * *
33234 ATATCATAATTGAATTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGCAAAAATAGACTATAATTAAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * * * * * * *
33299 TCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATAGGCAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCA
129 TTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCAT-TGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* ********** * * *
33364 TTCCTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGTTGA
193 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
33429 ATTTTTTTACCTATTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCTCAAGAAACATGAAGG
258 ATTTTTTTA-AT-TTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGTTGT--CTTAAGAAACATGAAGA
** *
33492 AAAAGTGATTCATTGACTAG
319 AAAAGAAATTCATT-AGTAG
* ********** * ** *
33512 AAAAGTCTATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
33577 TCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * *
33641 TTATCT-TAAAAACATGAAGAAAAA-AGTATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTC
130 TTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTG-CAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTC
********** ** * * *
33703 ANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATGTTAAGTTG
192 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * ** *
33768 AATTTTTTTATATTTTT-GATGAAAATATATTAAAATTGATTATCTACCTTAAGAAACGTGAAGA
257 AATTTTTTTA-ATTTTTAG-TCAAAACAGAATATAATTGAATGT-TGTCTTAAGAAACATGAAGA
** *
33832 AAAAGCTATTCATT-GATAAAA
319 AAAAGAAATTCATTAG-T--AG
* * * * *
33853 AAAAGTCTATTTATA-ACAACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTAGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-T
* * * * ** * *
33916 AATCTCATAATT-ATTTTTAAGATCAATTTTTTTACATTTTTTTGCTAAAACAAGCTGTAATCGA
63 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGA
* * * * * * * * *
33980 ATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAGGAAAAAGCCATTTATAGGCAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCA
126 ATGTTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCAT-TGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* *
34044 CGCTTTCCTTCAA
189 CTCATTCCTTCAA
34057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1955, Mismatches: 547, Indels: 180
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 60 0.03
339 198 0.10
340 381 0.19
341 907 0.46
342 95 0.05
343 18 0.01
344 39 0.02
345 7 0.00
346 155 0.08
347 89 0.05
348 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTT
TGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTAATTTTTAGTCAAAACAGAATATAATTGAATGTTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGAA
ATTCATTAGTAG
Done.