Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398423.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1723.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6312
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 1115 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:570 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--1923 Score: 2060
Period size: 172 Copynumber: 11.2 Consensus size: 171
1 A
** * *
2 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
67 AGCGAGTATTAAACCTTTTGAGGGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATTAATAG
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
** ** * * *
131 CTTTTTTTGCACCTTTCTTGCGGCA-AGCATTTAATTATAGTA
130 CTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTC
** *
173 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
238 ATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAAG
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TAG
* * * **
303 CTTTTTTTGCACGTTTCCTAAGGCAGGTATTCAATTATAGTC
130 CTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
** * * * * * *
345 TGTTTTAAGAAAAAAAAATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACAAATGA
1 TGTTTTAA-AAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
*
410 AAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATCTCAATGAATA
65 AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCAATGAATA
** * * * *
474 GCTTTTTTTGCACATTTCTTGAGGTAAAAAATCAATTATAGTC
129 GCTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
*
517 TGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAA-AAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * *
582 AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATTG
65 AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
* * * * *
647 CTTTTTCTACATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTGTC
130 CTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
689 TATTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTT
1 TGTTTTAAAAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTT
* * * * * *
753 AAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATG-GTTGACTAAAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAAT
64 AAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT
* ** ** * * * * * *
817 GGCTTTTTTTATACCTTTCATGAGGCAGGCTTTCAATTATAGTT
128 AGCTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
861 TGCTTCAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
926 AGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GA
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-
* * * * *
990 C-TTTTTTGTATGTTTCCTAAGGCAGATAATCAATTATAGTC
130 CTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
1031 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1096 A-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAACAG
66 AGC-GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATA-
* * ** *
1160 GCTTTTTCTGCATGTTT-TCCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTA
129 GCTTTTTTTGCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * * *
1203 TGTTTGAACAAAAAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAACCATTAAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT-TA
* * * * * * * * *
1268 AACCG-GTAACAAACCTGTTGAAGAAATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATAA
65 AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
* * * * * *
1332 CTTTTTTTGTAGGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTTTAGTC
130 CTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
1374 TGTTTT-AACAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1437 AACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGC
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGC
* * ** *
1502 TTTTTCTGTATGTTT-TCGGAGGTAGACAATCAATTATAGTC
131 TTTTTTTGCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
1543 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1608 AGCGAGTAAT--GCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATCAATGGA
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGC
* * * * ** * *
1671 TTTTTCTACATATTTGTTAATATAAACATTCAATTATTGTC
131 TTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * ** *
1712 TGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAGTTAAACATAAAATTTATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1777 ACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTATGAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATAG
66 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATA-
* * *
1842 GCTTTTTTTGCTTGTTT-TCCAAGGT-GAGTATTCAATTATAGTC
129 GCTTTTTTTGCATGTTTCT-TAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTC
* * * *
1885 TATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATC
1 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
1924 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1469, Mismatches: 251, Indels: 60
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 244 0.17
170 220 0.15
171 306 0.21
172 522 0.36
173 170 0.12
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGC
TTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
Found at i:3525 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3033--4875 Score: 1554
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
3023 NNNNNNNAGG
* * * * **
3033 CTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTATTTTCTGCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCT-TTTTCTTTACGTT
* * * *
3098 TC-CTGAGGTAGAAAATT-AATTATAGTCCGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TCTC-GAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
3161 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAATCGAGTAATAAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * * *
3204 CTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAACTG-ACTTTT-TTCCTCAATGAATGGCTTTTTTTTCTAA
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTT-CTCAATGAAT-GCTTTTTCTT-TAC
* * * * * * *
3267 GTTTCTCAACGTAGGCAATT-AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAGAACAATTCAACTTA
62 GTTTCTCGAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
3331 AAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGC
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * * * *
3376 CTTTTGAAGGAATGGGTAACTCTAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT-TTTCTTTACGTT
* * *
3441 TGTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
3506 TAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGC
130 CAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * *
3547 TTTTTGAGGGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGC-TTTTTCTTTACGT
* * * * *
3611 TTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAGAAAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAAAA
64 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
3676 TCAATTATGCGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * * ** *
3718 CTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTCTCAATCAATAGCTTTTTCTACACATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTT
** * * ** * *
3783 TC-CTGATATAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-AGAAAAAAATAAAAAAGTTAAACTTAAA
65 TCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
*
3846 ATCAATTATGAG---AT-----TA--T-AAA--AGTAATAAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * * * * *
3876 CTTTCGAAAGAATGGGCGACTAAAAAT-AGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTATACCT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGT
* * * * **
3940 TGCTCGAGGCA-AGCTTTCAAGTATAGTCTGTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
64 TTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
4004 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGGA-TAATAAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGAGTAATAAGC
* * * * * ** *
4047 CTTTCGAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTT
* * * * *
4112 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAA
65 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
4177 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * *
4219 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTTACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT-TTTCTTTACGTT
* * * * *
4284 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAATCAAAAATG-AAAAACAATTTAACTTAAAA
65 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAA
* * * * *
4348 TTAATTATGATATTATAAAATTATTTATAGCGAGTAATAAGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
* *
4390 TTTTTG-AGTGAATGGGTGACTCTAAAT-AGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTT-TTTCAC
1 CTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTCTTT-AC
* * *
4451 GTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATG--AAAAAATTCAACTTAA
62 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ******
4514 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAA-GTG-ANNNNNNN
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTA-ATAAGC
******** * * ** **
4556 NNNNNNNNGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTACATATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTT
* ** * * * *
4621 TCTTGATATAGACAATCAATTATTA-TCTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAGTTAAACTTAAN
65 TCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
********* * * *
4684 NNNNNNNNNGAGATTATAAAA-TCATTTAAACCAAGTAATAAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAGC
* * * * * * * * * * *
4727 CTTTCGAAAGAATAGGTGACGAAAAATGGAGTTTTCTTCTTAATGAATGTTTTTTTCTATACCTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTT
* * * * *
4792 TC-CTGAGGCAGGCTTTCAATTGTAGTCTAG-TTTAA-AGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAA
65 TCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
4854 AATCAATTATGAGATTATAAAA
127 AATCAATTATGAGATTATAAAA
4876 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 253, Indels: 128
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 119 0.09
159 1 0.00
160 2 0.00
161 3 0.00
163 1 0.00
165 2 0.00
166 38 0.03
167 44 0.03
168 43 0.03
169 39 0.03
170 71 0.05
171 699 0.52
172 289 0.21
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTTACGTTT
CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGC
Found at i:4345 original size:672 final size:667
Alignment explanation
Indices: 3290--4535 Score: 1702
Period size: 672 Copynumber: 1.9 Consensus size: 667
3280 GGCAATTAAT
* * *
3290 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
1 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
3355 TATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTCTAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
66 TATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
** * ** * *
3420 GAATACTTGTTTCTTTATGTTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATG
131 GAATACTTGTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAAAAAAAATG
* * * *
3485 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTT
196 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGCCTT
* * *
3550 TTGAGGGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
261 TTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCT
* *
3615 CGAGCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAGAAAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAAAATCAA
326 CAAGCTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAAGAAAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAAAATCAA
* *
3680 TTATGCGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAG-GAACGGGTGACTATAAA
391 TTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG-AGTGAACGGGTGACTATAAA
* * *
3744 TGGACTTTACTT-CTCAATCAATAGCTTTTTCTACACATTTCCTGATA-TAAACATTCAATTATT
455 TAGACTTTACTTGC-CAATCAAT-GCTTTTTCTACACATTT-CTCA-AGTAAACATTCAATTATA
*
3807 GTCTGTTTTAAAGAAAAAAAT-AAAAAAGTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTAA
516 GTATGTTTT-AA-AAAAAAATGAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTAA
3871 TAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGACTAAAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAT
578 TAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGACTAAAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAT
3936 ACCTTGCTCGAGGCAAGCTTTCAAG
643 ACCTTGCTCGAGGCAAGCTTTCAAG
*
3961 TATAGTCTGTTTTAAGGAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
4025 CTATTTAAAGAGGA-TAATAAGGCTTTCGAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTA
65 CTATTTAAA-ACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTCTCA
* *
4089 ATGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
129 ATGAAT-ACTTGTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-AAAAA
* *
4153 AATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAATAA
192 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAACAAGTAATAA
* *
4217 GCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTTACG
256 GCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACG
* ** *
4282 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAATCAAAAATG-A-AAAACAATTTAACTTA
321 TTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAAGAAAAAATGTAGAAAAC--TTCAACTTA
* * ** * * *
4345 AAATTAATTATGATATTATAAAATTATTTATAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAGTGAATGGGTGAC
384 AAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAGTGAACGGGTGAC
* * * * * * **
4410 TCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATT
449 TATAAATAGACTTTACTTGCCAATCAATGCTTTTTCTACACATTTCTCAA-GTAAACATTCAATT
* *
4475 ATAGTATGTTTTAATAAAAAATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
513 ATAGTATGTTTTAAAAAAAAATGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
4536 CTATTTAAAG
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 64, Indels: 26
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
669 39 0.08
670 16 0.03
671 188 0.38
672 255 0.51
673 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (667 bp):
TATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
GAATACTTGTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAAAAAAAATG
TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGCCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCT
CAAGCTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAAGAAAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAGTGAACGGGTGACTATAAAT
AGACTTTACTTGCCAATCAATGCTTTTTCTACACATTTCTCAAGTAAACATTCAATTATAGTATG
TTTTAAAAAAAAATGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTAATAAGGCTT
TCGAAAGAATGGGCGACTAAAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTATACCTTGCT
CGAGGCAAGCTTTCAAG
Done.