Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398425.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1726.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7517
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.10, T:0.31
Warning! 1370 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:50 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11--53 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
1 TTAATATTTT
*
11 AATAATATTTTATTCATAA
1 AATATTATTTTATTCATAA
*
30 AATATTATTTTATT-TTAA
1 AATATTATTTTATTCATAA
48 AATATT
1 AATATT
54 CCTTTTACTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.41
19 13 0.59
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
AATATTATTTTATTCATAA
Found at i:1427 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 702--2440 Score: 1608
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
692 TGATAAGAAA
* * * * * **
702 AGTCACCCATA-CCTTTGAAAACCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCCAT
1 AGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
766 TTTAAGTTGAACTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTACACTTGAATGTTTGCCTCAGGAAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA
* * *
831 CATGAAG-AAAAGCCCATTCATTTG-TAGGAAAAGCCTATTTAT
130 CATGAAGAAAAAG-CCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * *
873 TGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
938 TTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGAATATACTTGAATGTTTGCCTCT-GGA
66 TTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGA
* *
1002 AACATGAAG-AAAAGCCCATTCATTTG-GAAGAAAAGCCTATTTAT
128 AACATGAAGAAAAAG-CCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * *
1046 AGTCATCAAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
1111 TTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGATT-AAATAGATTATAGTTGAATGTGTATCTT-GGAAAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG-AAA
* * * *
1174 CGTGTAA-AAAAA-CCTATTCATTGACCAA-AAAAGTCCAATTAC
130 CATG-AAGAAAAAGCC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTAT
* ** * ** * *
1216 AGTAACCC-AGTTTCTCGAAAGTCTTATCGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-CATCATAATTGA
1 AGTCACCCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGA
* * *
1279 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAATATAATTGAATGTTTACCTTAGGAA
64 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAA
* * *
1344 ACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * *
1387 ATTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * ** * * *
1452 TTTAACTTAAATTTTTTTATATTTCTAATTAAAGTATATTATAATTGAATCTCTACCTTAGGAAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA
* * * * * * ** *
1517 CATGAAGCAAACGTCATCCATTAAC-A-TAAAGTTTCACTTAT
130 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCCATTTAT
* * **
1558 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CGTTTAAATCGTTTTGCAATCTCATAATTGA-
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
1621 TTTCAGGTGAAATGTTTTCTACATTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAA
65 TTTAAGTTG-AAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGA
** *
1685 AACATGAAGAAAAA-CCTATTCATTGGTAGGAAAAGCCCATTTAT
128 AACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
*
1729 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1794 TTAGGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTGA-AATTGAATGTTTACCTCTA-GAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTACCT-TAGGAA
** *
1857 ATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTAT
129 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
** * * *
1900 AGTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTCGAT
1 AGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1964 TTT-AGATTGAATGTTTTTACGTTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAAAGAA
65 TTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAA
* * * * *
2028 ACATGAAGAAAAACCCATTCATTTATAGGTAAAGCCCATTTAT
129 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * *
2071 AGTCATCTAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * ** *
2136 TTAGGCTGAAGTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCGA-CTTTGAGAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAA
** ** * *
2199 ATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTAT
129 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * ** * *
2242 AGTCACCCATGGCTTCAAAAAACTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * **
2307 TTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCCGA-GAAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTAGGAAA
* * *
2371 CATGAACAAAAACCCATTCATTTG-C-AGTTAAAGCCCATTTAT
130 CATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAG-AAAAGCCCATTTAT
*
2413 AGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
1 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
2441 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1273, Mismatches: 249, Indels: 92
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.01
170 217 0.17
171 765 0.60
172 120 0.09
173 152 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAC
ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
Found at i:4833 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4535--6897 Score: 1931
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 171
4525 CTTTAAACAG
* * *
4535 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC-TTGTTTGGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** * * * * *
4599 ATTGAAAGTTTGCTTTG-GAAA-ATGTGAAGGTAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTACATTTA
65 ATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTA
* * *
4662 TAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGA
128 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * ** *
4706 TTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGACT-AAACTATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATA
* * * * * * **
4770 ATTAAATATCTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCAAAAATCCATTTATA
65 ATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATA
* **
4835 GTTACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* *
4876 GTTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
4941 AATTGAATATCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATGTA
64 AATTGAATGTTTGCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTA
* ** * * * *
5005 TAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTCTATATG-
128 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * *
5048 GTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTAGTTCAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * * * * *
5112 ATTGGCTGTTTGCCCAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCACTT-AATGACAAGAAAAATTCATTTAT
65 ATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGATAAGAAAAATCCATTTAT
* * * *
5176 AGTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * * *
5219 TGTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTCAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * ** * * *
5284 TTGAATGTTTGCTTTGTTAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTTTGCCTAGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATA
* * * *
5348 GTCGCCTATGCTTTCAAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATTA
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * *
5390 TTTTCTAACCTCAAAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAAA-AAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATA
* * * * * * **
5454 ACTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATAAAGAAAAACCCATTCGTT-ACTAA-AAAAAGTTAATTT
65 ATTGAATGTTTGCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAA-TCCATTT
* * * * ** *
5516 ATAGTCACCCATTCATTCAGAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGG
127 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
*
5561 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTATTTTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTAT
* * ** * *
5625 AATTGAATGTTTACCTCAG-GAAACAAGAAGAAAAA-CTTGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTT
64 AATTGAATGTTTGCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGATAAGAAAAATCCATTT
* * * *
5688 ATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGA
127 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * ** **
5734 -TTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-CTGAATTTTTTTATTTTTTTTTATTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * ** * *
5797 AATTAAATGTTTGCTTTG-GAAAACATGAACAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAAGCCCATTT
64 AATTGAATGTTTGCCTAGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAA-TCCATTT
* * * * * *
5861 ATAGTTATCTAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
127 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * ** *
5905 GTTTT-TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGTA-CTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** ** *
5968 ATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAATACATTTTTTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTTTGCC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTAT
* * **
6032 AGTCGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAGGCTTTAAAT-A
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * * *
6074 GTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTACA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * **
6139 ATTAAATG-TTGACCTTG-GAAAACATG-AGAAAAAACCCATTCATT-ACTAA-AAAAAGTTAAT
65 ATTGAATGTTTG-CCTAGAG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAA-TCCAT
* * * * *
6199 TTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGG
125 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
*
6246 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
6311 TTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAAGCTCATTTATG
66 TTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATC-CATTTATA
* * * * * * * * *
6375 GCCGCCTATGCCTTCGAAATCTTTATTACTCGCTGTATATGG
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * * *
6417 TTTTACAATGTGATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTGATTAAAATATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
6481 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCA-CCTATTGATATGAAAATTCCATTTAT
65 ATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAATCCATTTAT
** * ** *
6544 AGTCACTGAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGA
129 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
** * * * *
6587 TTTTACCATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
6652 TTGAATGTCTGCCTTA-TGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTTTGCC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATA
* * * ** *
6716 CTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATAT-A
130 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * *
6757 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * ** * * * ** *
6822 ATTGGCTGTGTACCTTA-AGAAATGTGAAGACAAAGCCATTCAATGACAAGAAACGTACATTTAT
65 ATTGAATGTTTGCC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTAT
*
6886 AGTCACCTATGC
129 AGTCACCCATGC
6898 TTTCNNNNNN
Statistics
Matches: 1753, Mismatches: 374, Indels: 130
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 49 0.03
170 335 0.19
171 976 0.56
172 330 0.19
173 63 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:6181 original size:856 final size:853
Alignment explanation
Indices: 4535--6897 Score: 2484
Period size: 856 Copynumber: 2.8 Consensus size: 853
4525 CTTTAAACAG
* * * * *
4535 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC-TTGTTTGGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAAATTATA
* * * * * * * ** * ** * * * *
4599 ATTGAAAGTTTGCTTTGGAAAATGTGAAGGTAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTACATTTATA
65 ACTGAATGTCTACCTAGTAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAGTA-ATTTATA
* * * *
4664 GTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGATTTTACAATCTTATAATTGATTT
129 GTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
4729 TAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGACT-AAACTATATTATAATTAAATATCTGCATAGAGAAAC
194 TAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACTATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAC
* * * * * * * *
4793 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCAAAAATCCATTTATAGTTACCCAAACCTTCAAAAGCCT
258 ATGAAG-AAAAGCAATTCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCT
* * * * **
4858 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTT
322 TATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTTATTTTT
** * * * ** *
4923 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
386 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGA-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * * * * * *
4988 C-AAGAAAAGTCTATGTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTCTATATGGTTT
450 CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTT
* * *
5052 ATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTG
515 TTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
5116 GCTGTTTGCC-CAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCACTTAATGACAAGAAAAATTCATTTATAGTC
579 GCTGTTTACCTTAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCATTTAATGACAAGAAAAGTACATTTATAGTC
* * * * ** *
5180 ACCTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATCATTGATTTTAA
644 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
* * * * * * *
5245 GTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGTTAAAAGTGA
709 GTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTACAATTAAATGTTTGCCTTGTGAAAAATGA
** ** * * * * *
5310 AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCTTTCAAAAGCTCTATT
774 AGAAAAACCCATTCATTACTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCTCTATT
*
5375 ACTCGCTTTAAATTA
839 ACTCGCTTTAAATGA
* * *
5390 TTTTCTAACCTCAAAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAAA-AAATTATA
1 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAAATTATA
*
5454 ACTGAATGTCTACCTCAG-AAAACATAAAGAAAAACCCATTCGTT-ACTAAAAAAAGTTAATTTA
65 ACTGAATGTCTACCT-AGTAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGAC-AAAAAAAG-TAATTTA
* * * * * *
5517 TAGTCACCCATTCATTCAGAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
127 TAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTACAATCTCATAATTGAT
* * *
5582 TTTAAGTTGAATGTATTTTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-G
192 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACTATATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAG
* * ** * * *
5645 AAACAAGAAGAAAAACTTGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAA
254 AAACATGAAGAAAAGC-AATTCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAA
*
5710 GTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-CTGAATTTTTTTAT
318 GTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGCTGAATTTTTTTA-
* * * *
5774 TTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTTTGGAAAACATGAACAAAAAGTCATTC
381 TTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTT-GAAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * * ** *
5839 ATTGGCAAAAAAAAGCCCATTTATAGTTA-TCTAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
445 ATTGGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATA
* * * * * *
5903 TAGTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGTA-CTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTAT
509 TAGTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
** * ** ** * *
5967 AATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAATACATTTTTTGATAAGAAAAGTCCATTTA
574 AATTGGCTGTTTACCTTAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCATTTAATGACAAGAAAAGTACATTTA
* * * *
6031 TAGTCGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGAT
639 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGAT
*
6096 TTAAAGTTAAA-TGTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTACAATTAAATG-TTGACCTTG-GA
704 TTAAAGTTAAACT-TTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTACAATTAAATGTTTG-CCTTGTGA
* *
6158 AAACATG-AGAAAAAACCCATTCATTACTAAAAAAAGTTAATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAA
767 AAA-ATGAAG-AAAAACCCATTCATTACTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAA
* * *
6222 AGCTTTATTATTCGCTTTAAATGG
830 AGCTCTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * *
6246 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAA
* * * * * * ** * * *
6311 TTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATGG
66 CTGAATGTCTACCTAGTAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAG-TAATTTATAG
* * * * * * * * * *
6376 CCGCCTATGCCTTC-GAAATCTTTATTACTCGCTGTATATGGTTTTACAATGTGATAATTTATTT
130 TCACCCATGCCTTCAG-AAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTT
*
6440 TAAGTTGAATTTTTTTATCTTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
194 TAAGTTGAATTTTTTTA-CTTTTTGATTAAAACTATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAC
* * * * * *
6504 GTGAAGCAAAGCCA-CCTATTGATATGAAAATTCCATTTATAGTCA-CTGAAGCCTTTGAAAGTC
258 ATGAAGAAAAGCAATTC-ATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGTC
*
6567 TTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT-TACCATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTA-TA
321 TTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATA--ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATTT
*
6629 TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTATG-AAACATGAAGAAAAA-ACTATTC
384 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTT-TGAAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTC
*
6692 ATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAT
445 ATTGGCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAT
*
6754 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
508 ATAGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
6819 ATAATTGGCTGTGTACCTTA-AGAAATGTGAAGACAAAGCCATTCAATGACAAGAAACGTACATT
572 ATAATTGGCTGTTTACCTTAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCATTTAATGACAAGAAAAGTACATT
6883 TATAGTCACCTATGC
637 TATAGTCACCTATGC
6898 TTTCNNNNNN
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 229, Indels: 85
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
851 1 0.00
852 63 0.05
853 82 0.07
854 182 0.15
855 238 0.19
856 586 0.47
857 85 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (853 bp):
TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAA
CTGAATGTCTACCTAGTAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAGTAATTTATAGT
CACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACTTTTTGATTAAAACTATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATG
AAGAAAAGCAATTCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
ACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATTTTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTTAATC
TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGCTGTTT
ACCTTAGAGAAACGTGAAGACAAAGCCATTTAATGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAAC
TTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTACAATTAAATGTTTGCCTTGTGAAAAATGAAGAAAAA
CCCATTCATTACTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCTCTATTACTCGCT
TTAAATGA
Found at i:7419 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7109--7515 Score: 439
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
7099 GCCCATTTAT
* *
7109 AGTCACCCAATTCC-TCAAAACCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAT
1 AGTCACCC-ATTCCTTGAAAACC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
7173 TTTAACTTGTATTTTCTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAC
64 TCTAACTTGTATTTTCTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGACTTGGAAAAC
*
7238 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTAG
129 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTAG
* * * **
7279 AGTCACCCATTCCTTGAAAAACCTTACTACTTACTTTAATTGGTTTTGGAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTG-AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
7344 CTAAGTTGAATGTTT-TTTGTATTTTTGATTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTT-ACTTCAGG
65 CTAACTTGTAT-TTTCTATAT-TTTTTG-TTAAAA-CATATTATAATTGAATGTTTGACTT--GG
* * * ** * *
7406 -AAACGTTAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
124 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTAG
* * * * *
7451 AGTTACCC-TACCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGAT
1 AGTCACCCATTCC-TT-GAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
7515 T
64 T
7516 TT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 31, Indels: 18
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 56 0.29
171 21 0.11
172 109 0.56
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AGTCACCCATTCCTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTC
TAACTTGTATTTTCTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGACTTGGAAAACAT
GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTAG
Done.