Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398426.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1726.1, whole genome shotgun sequence
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Warning! 457 characters in sequence are not A, C, G, or T
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* * * *
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65 GAAACGTGAAGAAAAAGACATTC-ATTGACA-AGAAAAGTTCATTTA-TAGTCACTCATTA-CC-
* * * * * *
466 TCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAGAT-AGTCTTATAATCTCTTAATT
125 TCAAAAGCCTTATTA-TTACTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATT
*
513 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
562 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTACCTCAAAA
GCCTTATTATTACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT
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1425 NNNNNNNNNN
* * * *
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1777 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
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* ** * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
1948 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * *
2013 TAAATGTCTACCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCACA-AAAAGTTCATTTATTG
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2119 CTTATAATATCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAA
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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127 AGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
2629 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
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2855 TAAATGTTTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
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* * *
2918 CCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
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2960 TTTATGAA-CTCAAAATTGATTTTAAAATGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAA
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** ** * * *
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* * * * * *
3129 TTTATAAACTCATAATTAAATTTTAAAG-TAAATTTTTTTACA-TTTCAGTTAAAATAGTTATAT
1 TTTATAATCTCATAATT-GATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TA-
* * * ** * *
3192 TAATTTAATGTTTACCTTG-GGAACATGAAGAAAAAACTGTTCATTTG-TA-AAAAGTTCCAATT
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* * * * * * * *
3254 ATAATCACCCATTTCTTTCAACAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAATAGT
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3304 TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
3647 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTT-AAGTTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
** * *
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* * * *
3772 AGTTACC-ATTGCCATCGAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATGGT
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* * * *
3816 TTTATGATCTCATAATTAATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTT-GACTAAAACATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATA
* * * * * ** *
3879 ATTGAGTATCTGA-CTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAAACTATTTA
64 ATTGAATGT-TTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * *
3942 TAGTCATCC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGT
126 TAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
3987 TTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGCTTGACTTTTCTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
4050 ATTGAATGTTTGCCCT-AGGGAACATGAAGAGAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTTCAATTAT
64 ATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
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127 AGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
** * *
4158 TTTGGAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACCA-ATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATA
* ** ** * * * *
4222 ATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACCCGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTTTA
64 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * **
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128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4330 TTTATAATCCCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
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* * ** * * *
4458 GTCACCGAAGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGT
128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
** ** * *
4501 TTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGCAGTATTTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAATAGATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATA
* * ** *
4565 ATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
4630 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTATATGCT
128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4673 TTTATAAT-TCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATA
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* * * * *
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*
4800 AGTCATCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGT
127 AGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGT
* * *
4844 TTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
** * * * * * *
4908 TTGAATGTTTTTC-TCAGAAAACGTAAAGAACAACCCATTCATTGGTAA-AAAAGTCCCATTTAT
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* ** * * *
4971 AGTCAGCC-AAGTTTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
127 AGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
5015 TTTGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
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* * * * * *
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* * * *
5143 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGT
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* * * * * * *
5185 TTTGTAATGTCACAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTACAACAGATTATAAC
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* ** * * * *
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66 TGAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTC-CATTTATA
* * * *
5312 GTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGT
128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
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5355 TTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * *
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66 TGAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
5484 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTT
129 TCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGT
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5527 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** *
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66 TGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
5655 GTCA-CTCAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTGT
128 GTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
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5698 TTTATATTCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTANNNN
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* * * * *
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* * * * * *
5933 ATTG-ATGTTTACCTTGAGAACCATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-ATAAAAGTAACATTTAT
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* * * * * * *
5996 AGTCGCCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTATAAATAGT
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* * *
6040 TGTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* ** * * *
6104 ATTGAATGTTTGA--TTCAGGAAATGTGAAGAAAAGGTCATTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTA
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* * * * *
6167 TAGCCA-CTCATGCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGAT
126 TAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
6212 TTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAATATATTGTAAT
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* * * * * * **
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** *
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*
6552 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
*** * *
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* * * *
6679 AGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
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* * * * * *
6723 CTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAAT
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* * * ** * * **
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* * ** *
6851 -TCATCC-ATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGT
128 GTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * ** * *
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* * * * * * **
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*
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* * * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATT-GATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGAT-TA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * *
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188 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-T-GCTTCA
* ** * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
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** * * *
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* * * ** * **
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* * * * ** *
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* *
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** * *
4158 TTTGGAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACA-TTTTTAGTTGAAACCA-ATTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA-TT-AAAACAGATTAT
* ** ** ** * *
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* * ** *
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126 AGTCACCAT-A-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * **
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189 TTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-TTCAAAA
* * * * *
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* * *
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** ** * ** *
4501 TTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGCAGTATTTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGATTATAA
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* * * * *
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* * * *
4631 TCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTATATGCTTTTATAAT-TCCATAATTGATTT
128 TCA-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTT
* * * * * *
4695 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAAC
191 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCTTCA-AAAAC
* * * * *
4759 ATGAAGTAAAAGCTATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCT
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* * *
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1 TTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATA
** * * * * *
4907 ATTGAATGTTTTTCTCAGAAAACGTAAAGAACAACCCATTCATTGGTAA-AAAAGTCCCATTTAT
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** * * * * *
4971 AGTCAGCCA-AGTTTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCTTAATTGAT
126 AGTCA-CCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
5035 TTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGACTTCAGGAA
189 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTCA-AAA
* * * * *
5099 ATATGAAG-AAAAGCCAATCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGC
252 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* *
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* * * * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
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* * * **********
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* * ***
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** * * * * * ** *
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* * *
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* * ********** *
5527 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * ** * *
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* * * *
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* * **************
5721 ATGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTANNNNNNNNNNNNNNNC-TCAAGAAACA
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* ** * * * * **
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* *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT-ATAA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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127 GTC-ACCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
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** * * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * ** *
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321 TACTCGCTTTAAATGGT
*
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** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * **
6746 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATT-AGTGTTT-ATCTCGAGAAATG
192 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCT-TC-AAAAACA
* * ** * * *
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** *
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316 CTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * **
6893 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATGGATTATAAT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
7021 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTATAGATAG-TTCATAAACTCATAATTAATTTTA
129 CA-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * **
7085 GGTTGAATTCTCTTGCATTTCTAGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTTTGCCTCAAGAAATGT
193 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCTTCAA-AAACAT
* ** * * * * * **
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* *
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* * * *
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348 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAAAACATGAAGA
AAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGT
Found at i:7346 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 7221--7401 Score: 265
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 94
7211 TTATCACTCG
* *
7221 TTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTAGTTAAAAC
* *
7286 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTACTAGC
66 AGATTACAATTGAATGTCTGCCTACTAGC
* * * *
7315 TTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTAGTTAAAA
*
7379 CATATTACAATTGAATGTCTGCC
65 CAGATTACAATTGAATGTCTGCC
7402 ATAGGAAAGG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.01
94 76 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (94 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTAGTTAAAAC
AGATTACAATTGAATGTCTGCCTACTAGC
Found at i:7621 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7314--7828 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
7304 TGCCTACTAG
* *
7314 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * * * * * *
7379 CATATTACAATTGAATGTCTGCCATAGGAAAGGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAA-AAATA
63 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAAACGTGAAGAAAAA-ACCATTCATTAGCAAGAAA-A
* *
7442 GTCCATTTAGAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTACTACTCA
126 GTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCTTTACTACTCA
* * *
7485 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTAGCTAAAA
1 CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * * * *
7550 TAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGAAGAACATGAGGAAGAACCCATTCATTAGCAAGAAGAG
63 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAA-AACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * * *
7614 CCCATTTATAGTCA-CTCAAGCTTTCAAAATCTTTATTACTCA
127 TCCATTTATAGTCACCT-ATGCTTTCAAAAGCTTTACTACTCA
* * * *
7656 CTTTAAATGGTTTTATAAACTCTTAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTCTGTTAAAA
1 CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTT-TGTTAAAA
* * *
7721 TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTAGCAAGAAAAGT
63 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * *
7786 CCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGCTACTCA
128 CCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCTTTACTACTCA
7827 CT
1 CT
7829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 51, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 267 0.94
172 11 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCTTTACTACTCA
Done.