Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398432.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1732.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2541
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.27
Warning! 605 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1765 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1467--2541 Score: 1084
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
1457 NNNNNNNNNN
* * * * *
1467 ATTTTTGGTTAAAAC-GAACTATAATTGGATGTCTTCCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-ATTC
* * *
1531 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1595 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
* * * * ** ** *
1639 ATTTTTGCTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGCAAAGAAAAAAGCATTTA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-ATTCA
* * * **
1704 TTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAT-CTTTAAAAG-CTTCATTACTTGCTTTAAAT
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTTAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAAT
1767 GGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTAC
128 GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
* * * * *
1810 ATTTTTGGTTAAAACGGACTATAAGTGGATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAAGCATTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-ATTCA
* * * *
1875 TTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * ** * * *
1940 TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATT-CTCTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
* * * * *
1980 ATATTTTGAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGTTC
1 AT-TTTTG-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGATTC
* * * * ** * *
2044 ATTGGTAAGAGAAGTGCATTTATAG-CTACCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTATAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
2108 GATTTTATAATCTCATAATTTATTTTACGTTCAAATTTTTTTAC
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
* * * * *
2152 ATTTTTGGTTAGAACATATTATAATAGGATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGACTTTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGA--TTC
* *
2216 ATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAG-CAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * ** * *
2280 AGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAATTTGAATTATGTGTAC
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGT-TTTAC
* * * * *
2324 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAACCTCAAGAAATAT-GAGGAAAAAGGTTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGATTCA
* * * ** * *
2387 TTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTACATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
2452 TTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCATATTTTTTTTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTCA-AATTGTTTTAC
* * *
2495 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 137, Indels: 45
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 209 0.28
171 231 0.31
172 295 0.40
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAC
Found at i:2254 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1467--2541 Score: 1263
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 339
1457 NNNNNNNNNN
* * *
1467 ATTTTTGGTTAAAACGA-ACTATAATTGGATGTCTTCCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTC
1 ATTTTTGGTTAAAAC-ATACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTC
* * *
1531 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAAT
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * ** * * * *
1595 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTG-CTTAAAATAGACT
129 AGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTATTATACA-TTTTGAGTTAAAATAGATT
* ** *** * *
1659 ATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGCAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAG-GAAAGTCCATT
192 ATAATTGAATGTC-AACTCAAGAAACATGAAG-AAAAAG-GTTCATTGGCAAGAG-AAGT-CATT
* ** ** *
1723 TATAG-TCACTCAAAT-CTTTAAAAG-CTTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATA
252 TATAGCT-AC-CAATTCCTCCAAAAGCCTT-ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATA
* *
1784 ATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTAC
313 ATTTATTTTAAGTTCAAATTTTTTTAC
** * *
1810 ATTTTTGGTTAAAACGGACTATAAGTGGATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAA-AGCATTC
1 ATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGA-CATTC
* *
1874 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* *
1939 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTCTATATATTTTGAGTTAAAATAGATTAT
130 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTAT-TATACATTTTGAGTTAAAATAGATTAT
*
2004 AATTGAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAGAAGTGCATTTATAG
194 AATTGAATGTCAAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAGAAGT-CATTTATAG
* * *
2069 CTACCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTATATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTT
257 CTACCAATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTT
*
2134 ACGTTCAAATTTTTTTAC
322 AAGTTCAAATTTTTTTAC
* * * * *
2152 ATTTTTGGTTAGAACATATTATAATAGGATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACTTTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
* * *
2217 TTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGCAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
2282 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTATGTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
131 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTAT-TATACATTTTGAGTTAAAATAGATTATA
* * *
2347 ATTGAATGTTAACCTCAAGAAATATGAGGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGC
195 ATTGAATGTCAA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAGAAGTC-ATTTATAGC
* * *
2412 CACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTACATGGTTTTATAATCTCATAA-TTACTTTT
258 TACCAATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTA-TTTT
* *
2476 AAGTTCATATTTTTTTTAT
322 AAGTTCA-AATTTTTTTAC
* * * *
2495 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACA
1 ATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACA
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 80, Indels: 34
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 74 0.12
342 332 0.52
343 221 0.35
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTATACATTTTGAGTTAAAATAGATTATAA
TTGAATGTCAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAGAAGTCATTTATAGCTAC
CAATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGT
TCAAATTTTTTTAC
Found at i:2498 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1467--2541 Score: 1188
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 514
1457 NNNNNNNNNN
* * ** *
1467 ATTTTTGGTTAAAAC-GAACTATAATTGGATGTCTTCCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGG-ATTC
* * *
1531 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACACACCTTAAATG
* *
1596 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGACTAT
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAT
* * ** * * *
1661 AATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGCAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGGAAAGTCCATTTAT
194 AATAGAATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTAT
** * * *
1726 AGTCACTCAAATCTTTAAAAGCTTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATT
259 AGTCACTCAAATCTTTAAAAGCTTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGCCAAAATTAATT
* * * * * *
1791 TTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAAGTGGATGTCTACCTCAAGAAAC
324 TAAAGTTAAATTATTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAGTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* **
1856 ACAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATAACCCATTCCTTTAAAAGCCT
389 ACAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAACAACCCATTCCTCCAAAAGCCT
* * *
1921 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTCTATAT
454 TATTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTCTATAT
* * *
1982 A-TTTTGAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG-TTCA
1 ATTTTTG-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGATTCA
* * * * * * *
2045 TTGGTAAGAGAAGTGCATTTATAGCT-ACCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTATATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TGACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACACACCTTAAATG
* * * * * * *
2109 ATTTTATAATCTCATAATTTATTTTACGTTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACATATTAT
129 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAT
* **
2174 AATAGGATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAG-ACTTTCATTGGCAAGAAAACTCCATTT
194 AATAGAATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAAGCA-TTT-ATTGGCAAGAAAACTCCATTT
* * *
2237 ATAG-CAAC-CCATTCCTTTAAAAGCCTT-ATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAA
257 ATAGTC-ACTCAAAT-CTTTAAAAG-CTTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CAAAA
* * * *
2298 TTAATTTAAATTTGAATTATGTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAACCT
318 TTAATTTAAAGTTAAATTAT-TGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAGTGAATGTCT-ACCT
* ** * * * * * * *
2362 CAAGAAATA-TGAGGAAAAAG-GTTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTCC
381 CAAGAAACACAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAACAACCCATTCCTCC
* * * * *
2425 AAAAGCCTTATTACTCACCTTACATGGTTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCATATTTT
446 AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAAGTTCA-ATTCT
* *
2489 TTTTAT
509 CTATAT
* * * *
2495 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 84, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 97 0.21
513 262 0.57
514 57 0.12
515 43 0.09
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACACACCTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAA
TAGAATGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAG
TCACTCAAATCTTTAAAAGCTTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGCCAAAATTAATTTA
AAGTTAAATTATTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAGTGAATGTCTACCTCAAGAAACAC
AAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAACAACCCATTCCTCCAAAAGCCTTA
TTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTCTATAT
Done.