Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397371.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1154.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35622
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.08, T:0.24
Warning! 12768 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1388 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 836--2407 Score: 642
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
826 NNNNNNNNNN
* * * *
836 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA-TCAAGTAATAAGGGTTCTGAAGGAATGAGA-
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGT-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG-GAT
* * * * * ** *
898 GACTATAAATTG-ATTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGCAGACATT
64 GAATATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAAATT
* **
962 CAATTATAATTTGTTCTAA-CTAAAATGGTAAAACTATTCAACTTA
127 CAATTATAATTTGTTTTAATC-AAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
1007 AAATCAATTATGATATTATAAAA--TAATTTAAAGCATGA--AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-ATTTAAAG--TGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGA
* * ********** * * * ** *
1068 -CAACTATAAATGGACTTNNNNNNNNNNTGAATACCTTTTTCTTCACAT-TTTTC-AAGGTGGAC
63 TGAA-TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTT--CATGTTTCCTGAGGCAGAA
* * * * * * *
1130 ATTTAATTGTAGTCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTA
124 ATTCAATTATAATTTGTTTTAATC-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
********** * *
1179 AAATCAATTATNNNNNNNNNNAACC-ATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGAATGGATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* *
1243 ATATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCA
66 ATATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAAATTCA
* * *
1307 ATTATAATTTGTTTTAATCAAAATATAACAAAATTCTACTTA
129 ATTATAATTTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
1349 AAATCAATTTTGAGTTTATAAGA-CTATTTAAAGTGAGTAATAACA-CTTTGGAAGAAATAGG-T
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGAAT-GGAT
* * * * * * * * ** *
1411 CACTACAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTATTT-TTCACAGTTTTC-AAGGTTGACAT
64 GAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTT-TTTCTTCA-TGTTTCCTGAGGCAGAAAT
* ** * * * *
1474 TGAATTATGGTTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTCCATTTA
126 TCAATTATAATTTGTTTTAATC-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* ********** *
1521 AAATCAATTATAAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAANNNNNNNNNNGGAATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * * * * * * *
1585 CTAT-AATGGACTTTTCTTACGAATGAATGCCTTTTCTCTCATGTTTTTCT-AGACAGATATTCA
66 ATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCT-TCATG-TTTCCTGAGGCAGAAATTCA
* ** * * * *
1648 ATTATAATCTGTTTTAGCCAACAATGTAAATATATTGAACTTC
129 ATTATAATTTGTTTTAATCAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
1691 AAATCAACTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGATTTTGTAGGAATGGGT-A
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * * *
1755 ACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGCA-AACATTC
66 A-TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAA-ATTC
** *
1819 AATGGT-ATTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTA
128 AATTATAATT-TGTTTTAATC-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
1864 AAATCAA-T-TGAGATTATAAAATCT-TGTAAAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGATTGAGA-G
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG-GATG
* * ** * * * *
1925 AATATAAATGAACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTCCCGTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
65 AATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAAATTCA
* * * **************
1990 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAANNNNNNNNNNNNNN
129 ATTATAATTTGTTTTAA-TCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*** ** * * * * *
2033 NNNTCAATTACAAGATTTTAAAACC-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAT-AAGGCA-GAAGT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT-TGAAGGAATGGA-T
* * * * * * * * * ** *
2095 GACTATCAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAATGCTTTTACTTTACGTTT-CTCAAGATAGACATT
64 GAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-AATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGCAGAAATT
* * *
2159 TAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
127 CAATTATAATTTGTTTTAA-TCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * * * *
2204 AAANNNNNNNNNNGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGA
** * * * * * * *
2268 CCATAAATGGACTTTTCATACTAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAAAATTCAA
66 ATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAAATTCAA
* ** *
2333 CTATAATTTGTTTTAA-CAAAAACTACAGAAAAATTTAACTTA
130 TTATAATTTGTTTTAATCAAAATGTA-A-AAAAATTCAACTTA
2375 AAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAG
2408 CAAGTAANNN
Statistics
Matches: 1012, Mismatches: 326, Indels: 126
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.02
170 257 0.25
171 477 0.47
172 228 0.23
173 32 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGA
ATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAAATTCAAT
TATAATTTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:1548 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 836--2018 Score: 815
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
826 NNNNNNNNNN
* * * * * *
836 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCAAGTAATAAGGGTTCTGAAGGAATGAGA-G
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG-GATG
* * * ** * ** * *
899 ACTATAAATTGATTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGCAGACATTCA
64 AATATAAA-TGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCA
* * * * * *
964 ATTATAATTTGTTCTAA-CTAAAATGGTAAA-ACTATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATA
128 ATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAT-ATAAATA-AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATA
* ** * * * * **
1027 AAA-TAATTTAAAGCATGA--AATAAGGC-TTTTAAAGGAAT-GGACAACTATAAATGGACTTNN
190 AAACCAATTTAAAG--TGAGTAATAA-GCATTTGGAAGAAATAGG-TAACTACAAATGAACTTTC
******** * * * * *
1087 NNNNNNNNTGAATACCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTGGACATTTAATTGTAGTCTATTTTAA
251 CTTGCCAATGAATACCTTTTT-TTCACAGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT-GTCTGTTTTAA
*
1152 GCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTA
314 CCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTA
********** * *
1179 AAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGAATGGATGAA
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGAA
* *
1244 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCAAT
66 TATAAAT-GACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCAAT
* * * * * *
1309 TATAATTTGTTTTAATCAAAATATAACA-AAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAGA-
130 TATAATCTGTTTTAATCAAAATATAA-ATAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAAC
* * **
1372 CTATTTAAAGTGAGTAATAA-CACTTTGGAAGAAATAGGTCACTACAAATGAACTTTTTTTGCCA
194 CAATTTAAAGTGAGTAATAAGCA-TTTGGAAGAAATAGGTAACTACAAATGAACTTTCCTTGCCA
* * * * *
1436 ATGAATATCTTATTTTTCACAGTTTTCAAGGTTGACATTGAATTATGGTTTGTTTTCACCAAAAA
258 ATGAATACCTT-TTTTTCACAGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT-GTCTGTTTTAACCAAAAA
*
1501 TGTAAAAAAAATTCCATTTA
321 TGTAAAAAAAATTCAATTTA
********** * *
1521 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAANNNNNNNNNNGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGAA
* * * *
1586 TAT-AATGGACTTTTCTTACGAATGAAT-GCCTTTTCTCTCATGTTTTTCT-AGACAGATATTCA
66 TATAAAT-GACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCT-TCATG-TTTCCTGAGACAGAAATTCA
** * * * *
1648 ATTATAATCTGTTTTAGCCAACAATGTAAATATATTGAACTTCAAATCAACTATGAGATTATAAA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAA-AATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
1713 ACCAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGATTTTGTAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTCCTTGCC
192 ACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGCATTTGGAAGAAATAGGTAACTACAAATGAACTTTCCTTGCC
* * ** * * *
1778 AATGAATGCTTTTTTTTTCAC-GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATGGTAT-TCTGTTTTAATCAA
257 AATGAATAC-CTTTTTTTCACAGTTT-TCAAGGTAGACATTCAAT--TATGTCTGTTTTAACCAA
* *
1841 AAATGTAAAAAAAAATCAACTTA
318 AAATGTAAAAAAAATTCAATTTA
* * * * *
1864 AAATCAA-T-TGAGATTATAAAATC-TTGTAAAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGATTGAGA-G
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT-TAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG-GATG
* ** * * ** *
1925 AATATAAATGAACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTCCCGTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
64 AATATAAATG-ACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCA
*
1990 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
128 ATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAATATAA
2019 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 164, Indels: 57
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 14 0.02
341 99 0.15
342 285 0.44
343 242 0.37
344 5 0.01
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGAA
TATAAATGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGAAATTCAATT
ATAATCTGTTTTAATCAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCA
ATTTAAAGTGAGTAATAAGCATTTGGAAGAAATAGGTAACTACAAATGAACTTTCCTTGCCAATG
AATACCTTTTTTTCACAGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
AAAAAATTCAATTTA
Found at i:14467 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 14117--14545 Score: 317
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 162
14107 NNNNNNNTAG
* * * * * *
14117 TAAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGACTA
1 TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * * * *
14181 GAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATTCTTTTAAAAGACTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCTTCTAAAAGACTAACTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
** *
14246 ANNNNNNNNNNATTTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTGA
130 A--------ACATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTGA
* * *
14287 TTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGGAAAAGGCAGTCATTGGCAAG
1 TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
14352 AAAAGTCTGTTTATAGTCATCCATTCCTTCT-AAAGCCTAACTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
66 AAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATT-CTTCTAAAAGACTAACTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* ** * *
14416 CACNNNNNNNNNNTTTTAATTTGAAT-TTGTTTACATTTTGC
130 AAC--------ATTTTTAAGTTGAATATT-TTTACATTTTGA
* * * * * * * ** *
14457 TAAAAATAGATTACAACTGAATGTTTGCTTTGAGAAATGTGAA-GAAAATGCATTCATTGGCAAG
1 TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
14521 AGAAGTCTATTTACAGTCACCCATT
66 AAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATT
14546 TCGTTAAAAT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 42, Indels: 23
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 42 0.20
170 158 0.77
171 6 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCTTCTAAAAGACTAACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
ACATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTGA
Found at i:21853 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21496--21984 Score: 413
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
21486 NNNNNNNNNN
* * * *
21496 TTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTCAAGAAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTTTATCAATGAAT
1 TTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAAT
** *
21561 ATCTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTCAACTAAAAATGTAGA
66 ATCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTCAACTAAAAATGTAGA
* * ********** *
21626 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCAT
131 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
* * *
21666 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTACCAATG
1 TTAAAGCGAGAAATAAGGCTT-TTCAAGGAATGGCTGACTATAAATAGACT-TTT-TTACCAATG
21729 AATATCTTTTTCTTAATGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTG-TTCTAAC-AAAAAT
63 AATATCTTTTTCTTAATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTC-AACTAAAAAT
*
21791 GTA-AAACTATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
126 GTAGAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
* * * * * **
21836 TTGAAGC-ATGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAC-AACTATAAATGGACTTCTATTT-TTAAT
1 TTAAAGCGA-GAAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-GGCTGACTATAAATAGACTT-T-TTTACCAAT
** * * * * * * * * * *
21898 GAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTGTAGTATGTTTTAAGC-AAAAAT
62 GAATATCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTCAA-CTAAAAAT
*
21962 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
126 GTAGAAAAATTCAACTTAAAATC
21985 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 42, Indels: 31
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
170 160 0.61
171 90 0.34
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAAT
ATCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTCAACTAAAAATGTAGA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
Found at i:23741 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23435--24182 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
23425 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
23435 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT-TT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * ** * * * *
23499 ATCCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTT-CTGGAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTCAC
66 -GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAG-GGAAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
23563 TAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
23606 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTACAAGTGAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * *
23671 GCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGAAGACATTAAATTATAATCTATTATAACCA
66 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAGGGAAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCA
** * * *
23736 AAAATGTAAAACTATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGATCA
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
23777 TAAAACCATTTAAAGC-ACGAAATAAGGCTTTTGAAAGAATG-GACAACTAGAAATGGACTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * * * * * * * *
23840 TTTCCAATTAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTGTAGTCCGTTTTAAG
64 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAGGGAAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
23905 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
129 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
23948 TAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGTCTTTTAAAGGAAT-AGGTGACTATAAAT-AGATTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * ** * ** *
24011 TTGCCAATGACTGCCTTTTCCTTCACATTTCTTAAGGCAA-A-GGTACAATTATAATCTGGTTTA
64 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGGAAGACATTA-AATTATAATCTGTTTTA
* * * *
24074 ACCAAATATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
127 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
24119 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGATCTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTC
24183 AGTAAATGAA
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 109, Indels: 25
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 436 0.96
172 15 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAGGGAAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:24170 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 23435--24172 Score: 805
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
23425 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
23435 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTC-AAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTCTT
* * ** * *
23499 ATCCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTCACT
65 ATCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAACCTGTTTTAACT
* *
23564 AAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
23629 AAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTACAAGTGAACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCA
195 AAGGTTTTTAAAGGAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCA
** * * * * ** *
23694 TGTTTCCCAGGGAAGACATTAAATTATAATCTATTATAACCAAAAATGTAAAACTATTCAACTTG
260 CATTTCCAAGGCAAGACAGTAAATTATAATCTATTATAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
*
23759 AAATCAGTTATGAGATCA
325 AAATCAATTATGAGATCA
* * ***
23777 TAAAACCATTTAAAGC-ACG-AAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGACAACTAGAAATGGACTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAAA-AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTT-TC
* * * *
23840 TT-TCCAATTAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTGTAGTCC-GTTTTA
63 TTATCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATA-ACCTGTTTTA
* *
23903 AGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
127 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
23968 GATAA-GTCTTTTAAAGGAAT-AGGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTGCCAATGACTGCCTTTT
192 AATAAGGT-TTTTAAAGGAATGA-GTGACTACAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * *
24030 CCTTCACATTTCTTAAGGCAA-A-GGTACAATTATAATCTGGTT-TAACCAAATATATAAAAAAA
254 CCTTCACATTTC-CAAGGCAAGACAGTA-AATTATAATCT-ATTATAACCAAAAATATAAAAAAA
* * *
24092 TTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
316 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
* *
24119 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAGAAAT
24173 AGATCTTTTC
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 60, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 12 0.04
342 295 0.91
343 16 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTCTTA
TCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAACCTGTTTTAACTA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGTTTTTAAAGGAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCAC
ATTTCCAAGGCAAGACAGTAAATTATAATCTATTATAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATCA
Found at i:24233 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23538--24265 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
23528 CTGGAGGTAG
* * * * * * *
23538 ACATTCAATTATAACCT-GTTTTCACTAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATACAATTATAATCTAG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
23602 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTTTGAAGGAAT-GAGTGACTACAAGT-GAAC
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGTCTTTCAAAGGAATAG-GTGACTAGAAATAG-AT
* * ** * * ** ** * *
23664 TTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGA-AG
127 TTTTCTAGCAAATGAATGCCGTTTCCTTCACATTTCTTA-AGACAA
* ** * *
23709 ACATTA-AATTATAATCTA-TTATAACCAAAAATGTAAAACTATTCAACTTGAAATCAGTTATGA
1 ACA-TACAATTATAATCTAGTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** *
23772 GATCATAAAACCATTTAAAGC-ACG-AAATAAGGCTTTTGAAA-GAAT-GGACAACTAGAAATGG
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAAA-AAGTC-TTTCAAAGGAATAGG-TGACTAGAAATAG
* * ** * * * ** * * * ** *
23833 ACTTCTCTTTCCAATTAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
125 ATTTTTCTAGCAAATGAATGCCGTTTCCTTCACATTTCTTAAGACAA
* * * ** * *
23880 ACACT-CAATTGTAGTC-CGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 ACA-TACAATTATAATCTAG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
23943 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGTCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGTCTTTCAAAGGAATAGGTGACTAGAAATAGATTT
* * * * *
24008 TTCTTGCCAATGACTGCCTTTTCCTTCACATTTCTTAAGGCAA
129 TTCTAGCAAATGAATGCCGTTTCCTTCACATTTCTTAAGACAA
** * * * *
24051 AGGTACAATTATAATCTGGTTTAACCAAATATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATACAATTATAATCTAGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
24116 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGATCTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAA-GTCTTTCAAAGGAATAGGTGACTAGAAATAGAT-TT
* * * * *
24180 TTC-AGTAAATGAATGGCCGTTTCTTTGAGA-TTCTTGAA-ACAG
129 TTCTAGCAAATGAAT-GCCGTTTCCTTCACATTTCTT-AAGACAA
* * *
24222 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
1 ACATACAATTATAATCTAGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
24266 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 97, Indels: 46
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.04
171 387 0.89
172 33 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ACATACAATTATAATCTAGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGTCTTTCAAAGGAATAGGTGACTAGAAATAGATTTTT
CTAGCAAATGAATGCCGTTTCCTTCACATTTCTTAAGACAA
Found at i:25329 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25033--28197 Score: 1970
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
25023 NNNNNNATAA
* * * *
25033 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTGTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATA
** ** *
25097 ATTGAATGTCTACCTTC-AGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCAATGACT-AGAAAAGTCCATTTA
65 ATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTA
*
25160 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATGG
128 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * *
25204 TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTG-GTTTTTCTTACATTTTTAGTTAGAAGAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
25268 ATTGAATGTCAATCTCAACAAACATGATGAAAAGGGCATTCATTGATAGGAAACA-TCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTAT
* * ** * * **
25332 AGTGA-TCCATGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAA
129 AGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * *
25375 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
25440 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * **
25505 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTGGCTTTAAATGG
131 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * * * * *
25546 TTTTATAATCTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTGAAAATAGATTATGA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * *
25611 TTGAATGTTTTCCTC-TGAAAACGTGTTGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCGTTTATT
66 TTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
25675 GTCAC-CTATTCGTTCAAAAGCCTAATTACT-TATTTTACATGG
130 GTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGG
** * * *
25717 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTCTACATTTTTGGTTAAAGA-AAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTATA
* * ** **
25780 ATTGAATGTCTACCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTAT
65 ATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
25845 AGTTACTCATGCCTTCAGAAGCGTTATTACTCACTTTATAA-GG
129 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA-AATGG
* * * * * * *
25888 TTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-ATGTGGTTAAAACATATTTTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
25952 TTTAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCACTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
26016 TCAC-CTATACATTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGG
131 TCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * *
26057 TTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * ** * ** * * *
26121 ATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACATGAAGTAAAGGGTATCCATTGCCATGAAAAGTCTATTTATC
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** ** * * *
26186 GTCACTGAAGCCTTTGGAAA-CCTTACTACAT-GCTTTAAATAG
130 GTCACTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTAC-TCTCTTTAAATGG
* * * *
26228 TTTTATAAACTCATAATTGAATTTGAGTTGAATTTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * ** * * *
26293 AATTAAATATATGCCTTAAGGAATGTGAAG-CAAACCCATCCATTAGCAT--G-AAAGTCCATTT
64 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * **
26354 ATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTTGCTTTAAATTA
127 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGG
* * *
26399 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATGA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
26464 TTGAATGTTTGCCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAG-CCTATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCC-ATTTAT
** * * * *
26527 AGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * * * *
26570 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTCACTTGTTTTACACTTGTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
** * * ***
26635 TTGACCGT-TAGCCTCGAG-AA-ATGTAA-AAAAAGGCATTCATT-AGTAA-AAAAGTTTGTTTA
66 TTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
26694 TTGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
128 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * * *
26738 TTTGATAACCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GCTGAAAGCATACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTAT
* * * * *
26802 AATTGAATATCTACCTTAAGAAACGTTAAGCAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* *
26866 TAGTCA-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
128 TAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * *
26910 TTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACCA-ATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATA
* * * * ** * * * *
26974 ATTGAATATTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAATGTCCATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
*
27039 GTCA-TCTATT-CTCTCAAAAGTCTCT-TTACT-TACTTTAAATGG
130 GTCACTC-ATTCCT-TCAAAAGCCT-TATTACTCT-CTTTAAATGG
* * * *
27081 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTATTTAGTCAAAACAG-----AC
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * *
27141 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCT-AGTAAAGTTCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTAT
* * **
27204 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAGTTTAAATAGG
129 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GG
* * * * * * * *
27248 -TTTACAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTCAATATTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTACAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
27312 TTGAATGTCTTCCT-AGAAAAACATGAGAAAAAAAG-TATTAATTGGTAAGAAAAGCCCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
* *************
27375 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNNN
129 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
********* * *
27418 NNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * * * **
27482 TTGAGTGTCTATTTCAAGAAACCTAAAGAGAAAGCCATTCATT--TACTGAAAAGATCCATTTNN
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-AGAAAAG-TCCATTTAT
******** * * * * * *
27545 NNNNNNNNATGCCTTCGAAATCGTTTTTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * *
27588 TTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTCTTACATTTTTTGTT-AAACTAGCTTAC
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTAT
* * * * * * * * * *
27651 AATTGTACT-TTTGCTTTAAG-AA-ATGTAAAAGAAAAGGCAGTCATTGGCAT-GGAAAA-TCTA
64 AATTG-AATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGA-AAAAGCCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCA
* * * *
27711 TTTATAGTCACAT-ATTCCTTTAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATGG
124 TTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* *************** * * *
27759 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAAAGACTACAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* *
27824 TTGAGTGTCTACCTTC-AGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGA-AA-AAGACA-TCCATT
66 TTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GATAAGAA-A-AGTCCATT
* * *
27884 TCTAGT-TCTCCATTCCTTCGAAAGCCTTATT--TCATGCTTTAAATGG
126 TATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-T-CTTTAAATGG
* * ** * * *
27930 TTTTATAATCTGATAATTGATTTTCAGTTGAATAGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * *** ** * * *
27995 TTGAATGTCTGCCTTGAA-AAATATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTGTA
66 TTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ****
28059 GTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAANNNN
130 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
****** * * **
28101 NNNNNNAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTGGAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
28166 TTGAATGTCTACCTCAATAAGCATGTAGAAAA
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
28198 GTCCGTTTAT
Statistics
Matches: 2305, Mismatches: 571, Indels: 236
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 120 0.05
167 12 0.01
168 75 0.03
169 215 0.09
170 308 0.13
171 1343 0.58
172 177 0.08
173 53 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
Found at i:25654 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 25033--28921 Score: 1997
Period size: 342 Copynumber: 11.5 Consensus size: 338
25023 NNNNNNATAA
* * *
25033 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTGTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATA
** ** * *
25097 ATTGAATGTCTACCTTCA-GAAATGTGAAGAAAAAATCATTCAATGACTAGAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
25161 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*** * * **** * *
25226 TTAAGTTGGTTTTTCTTACATTTTTAGTTAGAAGAGATTATAATTGAATGTCAATCTC-AACAAA
193 TTAAGTTCAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGAAA
* * * * **
25290 CATGATGAAAAGGGCATTCATTGATAGGAAACA-TCCATTTATAGTGATCCATGCCTTTGAAAGC
257 CGTGAAGAAAA-GCCATTCATTGATA-GAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGC
* * **
25354 CTTCTTACTCGCTTTAAATAA
318 CTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
25375 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
*
25440 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
25505 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTT
130 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
25570 AGGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTGAAAATAGATTATGATTGAATGTTTTCCTCTGA-AAACG
195 AAGTTCAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGAAACG
** * * * * *
25634 TGTTGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCGTTTATTGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCTA
259 TGAAGAAA-AGCCATTCATTGAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
25699 ATTACTTATTTTACATGG
321 ATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
25717 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTCTACATTTTTGGTTAAAGA-AAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTATA
* * * * * **
25780 ATTGAATGTCTACCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTAT
64 ATTGAATGTCTA-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
25845 AGTTACTCATGCCTTCAGAAGCGTTATTACTCACTTTATAA-GGTTTCATAATCTCATAATTGAT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
25909 TTTAAGTTCAATTTTTTTACA-ATGTGGTTAAAACATATTTTAATTTAATGTCTACCTCAG-GAA
192 TTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGAA
* * * *
25972 ACGTGAAGAAAATGCCATTCACTGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACATTCAAAAGC
256 ACGTGAAGAAAA-GCCATTCATTG-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGC
* *
26036 CTTATTAGTCGCTTTAAATGG
318 CTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * *
26057 TTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * ** * * * * *
26121 ATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACATGAAGTAAAGGGTATCCATTGCCATGAAAAGTCTATTTATC
64 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
** ** * * *
26186 GTCACTGA-AGCCTTTGGAAA-CCTTACTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGA
129 GTCACCCATA-CC-TTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
26248 ATTTGAGTTGAATTTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATATATGCCT-TAA
191 TTTTAAGTTCAA--T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGA
* * * * * * * *
26312 GGAATGTGAAGCAAACCCATCCATTAGCAT-G-AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
253 GAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATT-G-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAA
* ** **
26375 AGCCTTATTATTTGCTTTAAATTA
315 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
26399 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATGA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
26464 TTGAATGTTTGCCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAG-CCTATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC-ATTTAT
* * * *
26527 AGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 AGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ** *
26591 TTAAAGTTCACTTGTTTTACACTTGTGGTTAAAACAGACTATAATTGACCGTTAGCCTC-GAGAA
192 TTTAAGTTCAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGAA
* * * * *** * * * *
26655 ATGT-AAAAAAAGGCATTCATT-AGTAAAAAAGTTTGTTTATTGTCACCCATTCTTTTAAAAGCC
256 ACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGA-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCC
26718 TTATTACTCACTTTAAATGG
319 TTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * *
26738 TTTGATAACCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GCTGAAAGCATACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTAT
* * * * **
26802 AATTGAATATCTACCTTAAGAAACGTTAAGCAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
63 AATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
26866 TAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGAT
127 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
26931 TTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATATTTGCCT-TAAGA
192 TTTAAGTT-CAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGA
* * * * * * *
26994 AATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAATGTCCATTTATAGTCATCTAT-TCTCTCAAAA
255 AACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGA-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCT-TCAAAA
* *
27058 GTCTCT-TTACTTACTTTAAATGG
316 GCCT-TATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
27081 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTATTTAGTCAAAACAG-----AC
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
27141 TTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCTAGTAAAGTTCATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
27204 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAG-TTTAAATAGG-TTTACAATCTCATAGTTAA
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
27267 TTTTAAGTTCAATATTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTT-CCT-AGAA
191 TTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCTGAG
* * * * * * *
27330 AAACATGAGAAAAAAAG-TATTAATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
254 AAAC--GTGAAGAAAAGCCATTCATTGAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAA
*************
27394 AGCCTTATTACNNNNNNNNNNNNN
315 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
********* * *
27418 NNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * **
27482 TTGAGTGTCTA-TTTCAAGAAACCTAAAGAGAAAGCCATTCATTTAC-TGAAAAGATCCATTTNN
65 TTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTAT
******** * * * * * *
27545 NNNNNNNNATGCCTTCGAAATCGTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATT
128 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
27610 TTAAGTT-AATTTTTCTTACATTTTTTGTT-AAACTAGCTTACAATTGTACT-TTTG-CTTTAAG
193 TTAAGTTCAA-TTTT-TTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTG-AATGTTTGCCTCTGAG
* * * * * * * * *
27671 AAATGTAAAAGAAAAGGCAGTCATTGGCATGGAAAA-TCTATTTATAGTCACATATTCCTTTAAA
254 AAACGT-GAAGAAAAGCCATTCATT-G-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAA
* * *
27735 AGCTTTATCACTCGCTTTAAATGG
315 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* ************** * * *
27759 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAAAGACTACAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* *
27824 TTGAGTGTCTACCTTCA-GAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGA-AA-AAGACA-TCCATT
65 TTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GACAAGAA-A-AGTCCATT
* * * * * *
27884 TCTAGTTC-TCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTTCAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAT
125 TATAG-TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
27947 TGATTTTCAGTTGAATAGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-TG
188 TGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTG
* ** *** * * * **
28011 AAAAATATGAAGAAAAATATATTCATTGGCA-AAAAAAGTCCACTTGTAGTCACTCATTTCTTCA
252 AGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT-G-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCA
* * ****
28075 AAAGCCTTATTACCCGCTTTAANNNN
313 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
****** * **
28101 NNNNNNAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTGGAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
28166 TTGAATGTCTACC-T------C------AATAAG-----CA-TG--TAGAAAAGTCCGTTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ********** * *
28210 TCACCCATTCCTTAAAAAGCCTAATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTT
130 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
28275 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATG-TCG-ATCTCGAGAAAC
195 AAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-GAGAAAC
* * * * *
28338 TTGAAGGAAAATG-TAGTT-ATTGGCA-AGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAG
258 GTGAA-GAAAA-GCCA-TTCATT-G-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAG
*
28400 CCTAATTACTCACTTTAAATGG
317 CCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
28422 TTTTATACA-CTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-GCTAAAAACAGACTACA
1 TTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATA
* * * * ** * *
28485 ATTAAATATCTGCCTT-GAGAAACGT-AGAGAAAAAATCATTTATTGACTAGAAAAGTCCATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** * * * *
28548 GA-CCTACCCATTCTTTTGAAAGTCATATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA
127 TAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ***************** * * *
28612 TTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTACCTC-AAGA
191 TTTTAAGTTCAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGA
* * * * * * *
28676 AACATGAAAAAAAAG-CATTTATTGACAAGGAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCGTT-AAAA
255 AACGTG-AAGAAAAGCCATTCATTGA-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCC-TTCAAAA
* * *
28739 GCCTTATTTCTTACTTTAAATAG
316 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*********** *
28762 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATANNNNNNNNNNTTAGGTTATAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * * *
28827 TTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTGAAGGAAAAGGTATACGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
28892 TCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTC
130 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
28922 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2679, Mismatches: 709, Indels: 319
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.00
320 36 0.01
321 196 0.07
322 8 0.00
323 1 0.00
324 2 0.00
327 1 0.00
328 5 0.00
333 4 0.00
335 1 0.00
336 13 0.00
337 228 0.09
338 12 0.00
339 95 0.04
340 477 0.18
341 576 0.22
342 871 0.33
343 149 0.06
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAGAAACGTG
AAGAAAAGCCATTCATTGATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGG
Found at i:26856 original size:853 final size:852
Alignment explanation
Indices: 25037--27404 Score: 2219
Period size: 853 Copynumber: 2.8 Consensus size: 852
25027 NNATAATTTT
* * * * * *
25037 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
25102 ATGTCTACCTTCAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCAATGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCAATG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
25166 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAG
129 CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * *** *
25231 TT-GGTTTTTCTTACATTTTTAGTTAGAAGAGATTATAATTGAATGTCAATCTCAACAAACATGA
193 TTAAATTTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAACAAACATGA
* * * * *
25295 TGAAAAGGGCATTCATTGATAGGAAACATCCATTTATAGTGATCCATGCCTTTGAAAGCCTTCTT
256 AGAAAAGGGCATCCATTGACAGGAAACATCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCTTCTT
* *
25360 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGT
321 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGT
* * * * * *
25425 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
386 TAAAACAGACTATAATTAAATATATACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATCCATTGACAAGA
* *
25490 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAAT
451 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * *
25555 CTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTGAAAATAGATTATGATTGAATGTT
516 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTGAAAACAGATTATGATTGAATGTT
* ** * * * **
25620 TTCCTCTGAAAACGTGTTGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCGTTTATTGTCACCTATT
581 TGCCTCTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAG
* * * * * *
25685 CGTTCAAAAGCCTAATTACTTATTTTACATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCT
646 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTCAGCT
* * * * *
25750 TTTCTACATTTTTGGTTAAAGAAAATTATAATTGAATGTCTACCCTCAAGAAACATGAAGAGAAA
711 TTTCTACACTTGTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAACGTCTACCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
25815 GCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTTACTCATGCCTTCAGAAGCGTTATTACTCACT
776 GCCAATCATTAGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
25880 TTATAAGGTTTC
841 TTATAAGGTTTC
* * * * * *
25892 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-ATGTGGTTAAAACATATTTTAATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * *
25956 ATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCACT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * * * *
26020 CTATACATTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGT
129 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ***
26085 TAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGGAACATGAA
194 TAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAACAAACATGAA
* * * * * * *
26149 GTAAAGGGTATCCATTGCCATGAAA-AGTCTATTTATCGTCA-CTGAAGCCTTTGGAAA-CCTTA
257 GAAAAGGGCATCCATTGACAGGAAACA-TCCATTTATAGTCATC-CAAGCCTTT-GAAAGCCTT-
* *
26211 C-TACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTGAGTTGAATTTCTTTTTACATT
318 CTTAC-TCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAA-TTC-TTTTACATT
* ** *
26274 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATATATGCCTTAAGG-AATGTGAAG-CAAACCCATCCATT
380 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATATATACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAACCCATCCATT
* * ** * * *
26337 -AGCATG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTA
444 GA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGA
* *
26399 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATG
507 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTCACATTTTTTGTGAAAACAGATTATG
26463 ATTGAATGTTTGCCTCATG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAG-CCTATTT
571 ATTGAATGTTTGCCTC-TGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCC-ATTT
* * ** *
26525 ATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
633 ATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
26590 TTTAAAGTTCA-CTTGTTTTACACTTGTGGTTAAA-ACAGACTATAATTGACCGT-TAGCCTCGA
697 TTTAAAGTTCAGCTT-TTCTACACTTGTGGTTAAAGA-AAACTATAATTGAACGTCTACCCTCAA
* * * * * * * *
26652 G-AA-ATGTAA-AAAAAGGCATTCATTAGTAA-AAAAGTTTGTTTATTGTCACCCATTCTTTTAA
760 GAAACATG-AAGAAAAAGCCAATCATTAGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
*
26713 AAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTG
824 AAGCCTTATTACTCACTTTATAA-GGTTTC
* * * * * *
26742 ATAACCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGCTGAAAGCATACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTG
* * *
26807 AATATCTACCTTAAGAAACGTTAAGCAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
26872 TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAG
129 -CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * **
26937 TTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACCAATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAATGTGAA
193 TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-CAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAACAAACATGAA
* * * * * ** * ** ** *
27002 GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAATGTCCATTTATAGTCAT-CTATTCTCTCAAAAGTC-TCTT
257 GAAAAGGGCATCCATTGACAGGAAACATCCATTTATAGTCATCCAAGCCT-TTGAAAGCCTTC-T
** ** * * * * *
27065 TACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTATTTAG
320 TACTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAG
* * * * * ** * * *
27130 TCAAAACAGAC-----TTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCTA
385 TTAAAACAGACTATAATTAAATATATACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATCCATTGACAA
* ** * * * * *
27189 GTAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAG-TTTAAAT-AGGTTTA
449 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT-GGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * * * **
27252 CAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTCAATAT-TCTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTG
512 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGT-TTCACATTTTTTGTGAAAACAGATTATGATTG
* * * * * * *
27315 AATGTCTT-CCT-AGAAAAACATGAGAAAAAAAG-TATTAATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAG
575 AATGT-TTGCCTCTG-AAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** *
27377 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
637 TCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTAATTAC
27405 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 230, Indels: 111
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
844 1 0.00
845 1 0.00
846 20 0.02
847 13 0.01
848 161 0.13
849 16 0.01
850 73 0.06
851 51 0.04
852 71 0.06
853 597 0.48
854 142 0.12
855 82 0.07
856 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (852 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAACAAACATGAAGAAA
AGGGCATCCATTGACAGGAAACATCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCG
CTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGACTATAATTAAATATATACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGC
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTGAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCT
CTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
AAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTCAGCTTTTCT
ACACTTGTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAACGTCTACCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAA
TCATTAGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTATA
AGGTTTC
Found at i:34161 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33400--34923 Score: 1356
Period size: 170 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
33390 NNNTATTGGC
* * * * * ** *
33400 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
** * * * * *
33465 TACGCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAACAGACTACAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
33530 TATCTGCCTTGAGAAACGT-AAAAAAAAATCATTTACTGACT
131 TGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* * * * * * * *
33571 -AGAAAAGTCCATTTAGA-CCTACCCATTCTTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
33634 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTT-AGTGAAAATAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
33698 AAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTTATTGAC-
129 AATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* * *
33740 AAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCGTT-AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
** * * * * *
33804 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAATTTTACGTCTTAGGTTATAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
33869 ATGTTTACCTTAGAAA-AGGTGAAGAAAAAAGGT-ATACGTTGGC-
130 ATGTCTACCTGAGAAACA--TGAAGAAAAAA--TCATTCATTGACT
* * ** * * *
33912 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
33977 TAATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAGAACAGATTGTAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
34042 TGTCTGCCCTGAGAAATATGACA-AAAAAATCATTTATTGACT
131 TGTCT-ACCTGAGAAACATGA-AGAAAAAATCATTCATTGACT
* * *
34084 AA-AAAAGTCCATTTAGAGCCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
34148 TAATCACATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTGCA-CTTTCAGTTAAAACATATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
34211 AGTGGCTACCTCGAGAAACATGAAGATAAGAGCATTCATTG-GT
129 AATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* * * ** * *
34254 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * *
34318 ATAATCTCATAAATAATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
34383 ATGTCTGCCTTGAGAATCATGAAGAAAAAAACATTCATTGACT
130 ATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* * * *
34426 -AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCT-TTTTAAATAG-TTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTT
* * *
34488 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTCTTACATTTTTAATTAGAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * ***
34552 AATGT-TAATCTTGAGAAACATGAGGAAAAGGGCATTCATTGA-T
129 AATGTCT-A-CCTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* * * * * * *
34595 AAGAAAAGCCCATTTATAGTGACTCATACATTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* *
34660 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATACTT-TAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGA-TTATAATTG
* * * *
34722 AATGACTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC-
129 AATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
* ** * * *
34765 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTAGTCT-CTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
34829 ATAATCTCATAATTAATTTGAAATAGATTTTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAACTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* *
34894 AATGTCTATCCTAAAAAACATGAAGAAAAA
129 AATGTCTA-CCTGAGAAACATGAAGAAAAA
34924 GACAGCCATT
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 209, Indels: 97
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 18 0.02
170 520 0.47
171 353 0.32
172 191 0.17
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACT
Found at i:34302 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 33394--34922 Score: 1347
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 336
33384 NNNNNNNNNT
* * * * * * * *
33394 ATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
** * * * * * * *
33459 GTTTTATACGCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAAACAGACTACA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCACTTTAG-TTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
33524 ATTGAAT-ATCTGCCTTGAGAAACGT-AAAAAAAAATCATTTACTGACT-AGAAAAGTCCATTTA
129 ATTGAATGGT-TACC-TGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTG-GTAAGAAAAGT-CATTTA
* * * * * * *
33586 GA-CCTACCCATT-CTTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
190 TAGTC-ACTC-TTAC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
33649 ATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGA
252 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* *
33714 AACATGAAG-AAAAAGCATTT
316 AACATGAAGAAAAAATCATTC
* *
33734 ATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCGTT-AAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAA
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* ** *
33797 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAATTTT-ACGTCTTAGGTTATAACAGATT
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCAC-T-TTA-GTTAAAACAGATT
* * * * * * *
33861 ATAATTGAATGTTTACCTTAGAAA-AGGTGAAGAAAAAAGGTATACGTTGGCAAGAAAAGTCTAT
126 ATAATTGAATGGTTACCTGAGAAACA--TGAAGAAAAGA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTC-AT
* * * *
33925 TTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATT
187 TTATAGTCACTC-TTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
33990 GATTTAAAGTTGAATATTTTTATATTTTT-GATTAGAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCC-CTG
251 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTC-A
* *
34053 AGAAATATGACA-AAAAAATCATTT
313 AGAAACATGA-AGAAAAAATCATTC
* * *
34077 ATTGACTAA-AAAAGTCCATTTAGAGCCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAA
1 ATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* *
34140 TAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTGCACTTTCAGTTAAAACATATT
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTT-CACTTT-AGTTAAAACAGATT
* * *
34204 ATAATTGAGTGGCTACCTCGAGAAACATGAAGATAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTT
126 ATAATTGAATGGTTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCATTT
* * * *
34269 ATAGTCACCCTTTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTAATAATCTCATAAATA
189 ATAGTCACTC-TTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
34333 ATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTGCCTTGAG
252 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *
34397 AATCATGAAGAAAAAAACATTC
315 AAACATGAAGAAAAAATCATTC
* * * * *
34419 ATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATA
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
* * * * *
34484 G-TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTTACATTTTTAATTAGAACAGATTATA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTT-TTTCA-CTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
34548 ATTGAAT-GTTAATCTTGAGAAACATGAGGAAAAGGGCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTAT
129 ATTGAATGGTT-A-CCTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCATTTAT
* * ** * * *
34612 AGTGACTCATACATTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
191 AGTCACTCTTAC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
34677 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATACTT-TAATTGAATGACTACATCAAGAAAC
255 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
*
34741 ATGAAGAAAAAGTCATTC
319 ATGAAGAAAAAATCATTC
* ** * * *
34759 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
* * * * * * *
34824 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATAGATTTTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTT-CACTTTAG-TTAAAACAGATTAT
* * *
34889 AACTGAAT-GTCTATCCTAAAAAACATGAAGAAAA
128 AATTGAATGGT-TA-CCTGAGAAACATGAAGAAAA
34923 AGACAGCCAT
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 167, Indels: 98
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 18 0.02
340 215 0.22
341 209 0.22
342 367 0.38
343 150 0.15
344 9 0.01
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCACTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGGTTACCTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCATTTATAGTCA
CTCTTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
AAAAATCATTC
Done.