Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398433.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1733.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3379
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.06, T:0.23
Warning! 1375 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1761 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1282--1928 Score: 505
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 160
1272 AGCCTTATGG
* * *
1282 CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATATTTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTT-AATTTTTTT-TATTTTTTATT
* * * * * * *
1347 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGACGAAAAAGATATCTAGTGGCTAGAA
64 AAAACATATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
1412 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *
1444 NNNNNNNNNNTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAATTAAATTTTTGTAT
1 ---------CTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AATTTAATTTTT-TTT
1508 ATTTTTTATTAAAAC-TGATTATAATTAAATGTCTAT-C-TTGAGAAACATGAAGAAATAA-ATA
54 ATTTTTTATTAAAACAT-ATTATAATTAAATGT-T-TGCATTGAGAAACATGAAGAAA-AAGATA
* **
1569 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAANNNNNNNNNN
115 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AA--------AA
*
1624 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTTATTTTTTATTAA
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTTATTTTTTATTAA
*********
1689 AACATATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGNNNNNNNNN
66 AACATATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
1754 NTCCATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAA
131 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * *
1784 GCCTTATTACTCAGTTTAAATAATTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAATTTAATTTTTTATATG
1 --C----T-CGC--TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTT-T-TA
* * * * * * *
1849 TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAGGAAACATGAAGAAAAATATATCCA
55 TTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
*
1913 TTGGTAAGAAAAGTCC
119 TTGGCAAGAAAAGTCC
1929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 59, Indels: 66
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
166 1 0.00
167 3 0.01
168 6 0.02
169 125 0.33
170 16 0.04
171 221 0.58
172 10 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTTATTTTTTATTAA
AACATATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
Found at i:1804 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1169--2152 Score: 895
Period size: 340 Copynumber: 2.9 Consensus size: 342
1159 NNNNNNNNNN
* * *
1169 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAATATATCCGTT
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATATATCCATT
1233 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATGATT
66 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATGATT
* * *
1298 TTATAACCTCATATTTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATT
131 TTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAACAAATTATAATT
* * * * *
1363 GAATGTCTGCATTGAGAAACATGACGAAAAAGATATCTAGTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTC
196 AAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCTAGAAAAGTCCATTTACAATC
********** * *
1428 ACCCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAA
261 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCGTAATTCATTTTAA
*
1493 ATTAAATTTTTGTATAT
326 ATTAAATTTTTATATAT
* * *
1510 TTTTTATTAAAACT-GATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAATAA-ATATCCA
1 TTTTTATTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AATATATCCA
* * * **********
1573 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATG
64 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGT-CATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATG
* *
1637 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTT-AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACATATTATA
128 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * **********
1700 ATTAAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGNNNNNNNNNNTCCATTTACA
193 ATTAAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCTAGAAAAGTCCATTTACA
*
1765 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATAATTTTATAATCTCGTAATTCATT
258 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAATTTTATAACCTCGTAATTCATT
* * *
1829 TTAATTTAATTTTTTATATGT
322 TTAAATTAAATTTTTATATAT
* * *
1850 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATATATCCATT
1 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATATATCCATT
********** * * * * **
1915 GGTAAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNACTCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
66 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATGATT
* * * * ********** *
1980 TTATAACCGT-ATAAGTGATTTTAATTTAAATTGTTTTATATNNNNNNNNNNAACAGATTATAAT
131 TTATAACC-TCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
* * ** * * * ***
2044 TGAATGTCTACATCAAGTAACATGAAGAAAAAGATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGT
195 TAAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCTAGAAAAGTCCATTTACAAT
* * * * * *
2109 AACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTT
260 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
2153 TTATCTCATA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 126, Indels: 23
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 253 0.50
341 64 0.13
342 183 0.36
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATATATCCATT
GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATGATT
TTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAACAAATTATAATT
AAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCTAGAAAAGTCCATTTACAATC
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCGTAATTCATTTTAA
ATTAAATTTTTATATAT
Done.