Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397372.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1264.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35317
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Warning! 2977 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:322 original size:109 final size:110
Alignment explanation
Indices: 125--351 Score: 271
Period size: 109 Copynumber: 2.1 Consensus size: 110
115 TGTTTTAATG
* * ** *
125 AAAAATGTGAAAGAATTCAACTCAAAATCAAATATGAGATTACAAAACTGTTTAAAGTGATTAAT
1 AAAAATGTGAAAAAATTCAACTCAAAATCAAATACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
190 AAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAA-TGGACTTTTCTTGCC
66 AAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCC
* * * *
234 AAAAATGT-AAGAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTACGAGATTATAAAGCCATTTGAAGTGAGTA
1 AAAAATGTGAA-AAAATTCAACTC-AAAATCAAATACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
297 GTAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTC
64 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCC
344 AATAAATG
1 AA-AAATG
352 ACTTTTCTTC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 15, Indels: 6
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
108 3 0.03
109 75 0.76
110 16 0.16
111 5 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (110 bp):
AAAAATGTGAAAAAATTCAACTCAAAATCAAATACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCC
Found at i:619 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 245--972 Score: 688
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
235 AAAATGTAAG
* * * * ** * *
245 AAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAGCCATTTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * ** * *
310 A-GAAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTCTTCACAT-TTTCCAA
66 AGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCTT--CATGTTTCCAA
* * *
373 GGCAAACATTCAATCATAATCTATTTT-AACCAAAAATGGAA
129 GACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAACC-AAAATAGAA
* * *
414 AAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
479 ACA-G-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTCTTCTTCATGTTTCCA
65 A-AGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCCA
* * * *
542 GAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACCCATATAGAA
128 -AGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAACCAAAATAGAA
** **
585 AAATATTCAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * * * * **
650 AAGG-TTTGATTGACTATAAACGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCA
65 AAGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTT-CCA
*** *
714 AGGTTAACATTCTATTATAATCTATTTTAGAA--AAAATA-AA
128 AGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-AACCAAAATAGAA
* * ** *
754 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAATAATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
819 AGGCT-TGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
66 AGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTCTTCATGTTTCC-AA
* * * *
882 GATAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAA
129 GACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-CAAAA--T-AGAA
* *
926 AAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
973 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 79, Indels: 39
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 2 0.00
167 57 0.12
168 70 0.15
169 15 0.03
170 100 0.22
171 156 0.34
172 57 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
AGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCAAGA
CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAACCAAAATAGAA
Found at i:2828 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2502--6248 Score: 1417
Period size: 171 Copynumber: 22.0 Consensus size: 170
2492 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2502 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGT-AGCACTTTTCA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGA
** * *
2566 AGTAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTTCTTCACGTTTC-CTA
65 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCA--TTTCTC-A
*
2629 AGG-AAAGATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * *
2672 ATATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * **
2737 GGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCCCAATAAATGAGTTTTTTTTTGCATTTCTTGAGG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTT-CATTTCTCAAGG
* * * *
2802 TAAACATTCAAATACAAT-TTTTTTAACCAAAAATATAAAA
130 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * *
2842 AAAGTCAACCTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * *
2907 CGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAAT-AGCTTTTTTTTTAACGTTTCTCAA
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTTTTT--CATTTCTCAA
* * * * * *
2971 GGTAGACAATAAACTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAA
128 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * *
3014 CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * **
3079 GGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTGT-TATGCCAATGGATGA-CTTTTGCTTCATAATTCTCA
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCT-TGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCAT--TTCTCA
* *
3141 ATGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAA
* *
3185 GAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTT
1 -AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *** * * * * * *
3249 AAAGATTTAAGGGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-TTTTTTTCATCATGTTTCA
63 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTT-TTCA--TTTCT
* * *
3313 CAAGGTAGACATTTACTTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAA
125 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATAT-AAAA
* * ** * * *
3360 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAATTCGTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
3425 AGCTTGAGTGACAATAAATAGACTTTT-TGTGCCAAT-AGATGACAAAAATTTTTTTTCACATTT
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATG-----AGTTTTTTTT-TCATTT
* * * * * * *
3488 CTCGAGGTAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAGAAATGTTAAA
123 CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * *
3536 AAACTCATCTTGAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** *
3601 GGCATG-GTTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACATTTCCCA
66 GGCATGAG-TGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTT-TTTTCATTTCTCA
* * * * *
3663 AGGCAAACATTCAATTATAACCTATTTTAATTAAAAATACAAGA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * *
3707 AAATTC-AGTCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * * * * * *
3771 AGGGAT-AGGTGACAATAAATAAAATTTTATTGCCAATAAATG-GCTTTTTCTTCACTTTTTCAA
65 AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCA-TTTCTC-A
* * * * *
3834 AGGAAAAGATTCAATTACAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * ** * * ***
3878 AAATTTAACTTAAAATTAATTTTTCAGGTTATAAAATAATCTAAAGCAAGCGCTAAGGCTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * *
3943 AAACATGAGTGACGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-G---CTTTTTC--TT-T--A--
65 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCATTTCTCAAGG
* ********************************
3997 T--A-TTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
*****************************************************************
4035 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
****************************************************** * *
4100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAAGC
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCATTTCTCAAGGT
* * * * *
4165 AGATATTCAATTATGATATATTTTAACCAAAAATATAAAA
131 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* *** * * *
4205 ACAATT-AACGTAAAATCAATTATGAGACGGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
1 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
4269 AGGC-TTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTTCTTCATGTTTCTTA
65 AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCA--TTTCTCA
** *
4332 AGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAA
* * * *
4377 ACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATCAGGTTTTTGA
1 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * * * * *
4442 AGGC-TAGGGTGGCTACAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATAAAATG-GGTTTTTCTTCATGTTTCCC
65 AGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGAGTTTTTTTTTCA--TTTCTC
* * * * * * **
4505 TAGGCAAATATTGAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGCAAAA
126 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* ** *
4549 ACATTCAACCAAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * **
4614 GGCATG-GATGACTATAAATAGAC-TTTCGTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
66 GGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGAG-TTTTT-TTTTCATTTCTCA
* * * * * * * ** *
4676 AGGCAGACACTT-AACTATAACCTGTTCTAACAAAAAATCCAAGA
127 AGGTAAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * *
4720 AAATTAAACCTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * ** * *
4784 AGGGATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGTCAATTTATG-GCTTTTTCTTT-ATGTTTTCAA
65 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTTTTTCAT-TTCTC-A
* * * *
4847 AGGCAGACATTCAATTATATTCTATTTTACCTAAAAATATGAAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAA
* * * ** * *
4892 ACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTATTAAGG-TTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * *** * *
4956 GGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGAAAGGGTTTTTCTAAACGTTTACT-GAG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTT-TTTTCATTT-CTCAAG
* * *
5020 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA
129 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * *
5062 AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAATATGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
5127 GGCTTGAGTGA-TAATAAATGAAC-TTTCTATGCCAATGGATTG-CTTTTGCTATAT-GTTTCTC
66 GGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT-GAATGAGTTTT--TTTTTCATTTCTC
* * * * * *
5188 AAGGCT-AACATTCGATTATATTATATTTTCACCAAAAATGTAAAA
126 AAGG-TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * *
5233 ACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * *** * *
5298 GGC-TTAGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAAT-AGTTTTTTCACCACGTTTCACAG
66 GGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCA--TTTCTCAA
* * * * * *
5361 GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACATCAAAA-GTAGAA
128 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-TAAAAATATAAAA
* * * *
5404 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTCTT-AA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * **
5468 GGGAATGGAG-GACTATAAAGGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTGACATTT-TCCA
66 -GGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTT-TTTTCATTTCT-CA
* * * *
5531 AGGTAGACATAT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
127 AGGTAAACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* *
5575 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * ** * * * *
5640 GGAATG-GCTGACTCTAAATGGACTTTCCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTGACGTTCCT-GAT
66 GGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTT-TTTTCATTTCTCAAG
* ** * * * *
5702 GCAGGCATACAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAA
129 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
** * * * *
5744 ACTTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** * **
5809 GTCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATATCAATCG-ATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAA
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGAGTTTTTTTTTCA--TTTCTCAA
* * *
5871 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCA-TCAAAAA-AGTAAAA
128 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATA-TAAAA
* ** * * * ** **
5914 AAATGCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-AAAAAATCTTTCAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
5978 AGCTTTG-GTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTT-TCCTG
66 GGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCAT-TTCT-C-A
* * *
6040 AGGAAAACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGA-AAAA
127 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-ATAAAA
** * * *
6084 AAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTACGAAGCCATTTAAA-CTAAGTAATAAGG-TGTTC
1 AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCT-TTT
* * * * * * *
6146 GAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTATTGCCAATGAACGAATTTTTCTTT-ATGTTTTC
63 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCAT-TTCTC
* * * *
6209 TAAGGCAAGCATTTAATTATAATTTATTTTAACTAAAAAT
126 -AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
6249 CAATTATGGG
Statistics
Matches: 2607, Mismatches: 826, Indels: 287
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.00
158 1 0.00
162 3 0.00
163 1 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 20 0.01
169 165 0.06
170 531 0.20
171 1085 0.42
172 321 0.12
173 216 0.08
174 117 0.04
175 5 0.00
176 86 0.03
177 38 0.01
178 1 0.00
179 9 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTTCATTTCTCAAGGT
AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
Found at i:4601 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4169--6231 Score: 1620
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 168
4159 CAAAGCAGAT
* * *
4169 ATTCAATTATGATATAT-TTTAACCAAAAATATAAAAACAATT-AACGTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTAT-A-ATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * *
4232 CGGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA-GGTGACTATAAATGGGCTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
4296 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGAC
127 TCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAAC
* * * *
4340 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGT-AAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
4405 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATCAGGTTTTTGAAGGCTAGGGTGGCTACAAGTGGGCTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
4470 CTTGCAAATAAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGCAAAT
128 CTTGC-AAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAGGCAAAC
* * ** *
4514 ATTGAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATGCAAAAACATTCAACCAAAAATAAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4579 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGGATGACTATAAATAGAC-TTTCG
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * *
4642 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCAGAC
129 TTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAAC
* * * ** * *
4684 ACTT-AACTATAACCTGTTCTAACAAAAAATCCAAGAAA-ATTAAACCTAAAATCAATTATGA-A
1 A-TTCAATTATAATCTGTT-TAACCAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
4746 TTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTAAAGG-GATGGGTGACTGTAAATGGACTT
63 -TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * ** *
4810 TTGTTGTCAATTTATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCAAAGGCAGAC
126 TTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGGCAAAC
* * * * * *
4855 ATTCAATTATATTCTATTTTACCTAAAAATATGAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTAACC-AAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * ** *
4920 TATAAAATTATTTAAAGTGAGTATTAAGG-TTTTGAAGG-TATAAGTGACTATAAATGAACTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * *
4983 CTTGCTAGTGAAAGGGTTTTTCTAAACGTTTACTGAGGCAGAC
128 CTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAAC
* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * ** *
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* * * *
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*
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* * * *
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64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * **
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* * * * *
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1 ATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
5773 ATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCA
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * * *
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* * * * * * * **
5878 ATTCAATTATAATATATTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAATGCAGTTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** * ** * *
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*
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* * * *
6048 ATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
** * * * * *
6112 TACGAAGCCATTTAAACTAAGTAATAAGG-TGTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAGCTTT
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* * ** * * *
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*
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Statistics
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Found at i:4955 original size:342 final size:342
Alignment explanation
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * **
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
6538 ATTCAATTATAATATGTTTTA-ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTACCT-AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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195 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
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** * **
6860 TCACATTTCCTGTGGCAAAC
323 TCATGTTTTCTAAGGCAAAC
* * * * *
6880 ATTCAATTACAATCTATTTTAACC-AAAAATGTAAACATCATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
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* ** * * ** * * *
6944 TTATAAAATCATAAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATCGG-TAACTCTAATTGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
7008 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGCTTT
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * * *
7072 AACCAACAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAATAAG
192 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * * * *
7137 TAATAAGACTTTTGAAGACTTGAGTGACTATGAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTT
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC
* * *
7202 TTCATG-TTTCTTGAGGTAAAA
322 TTCATGTTTTC-TAAGGCAAAC
* * * * * * *
7223 ATTTAATTATAATCTATTTTA-ATCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTTTGA-AG
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTACCT-AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
* * *
7286 TTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTT
** ** * * * * ** * *
7351 AATACCTATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAG
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ***
7416 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTA
194 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * ** * *
7481 ATAAAG-TTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCATTGAATGACTTTTTCT
259 ATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCT
*
7545 TCAT-TTTTCTCAAGGAAAAC
323 TCATGTTTTCT-AAGGCAAAC
* * * * * * * * *
7565 -TAACAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTGAAAATATTTAACCTAAAATCAATTATCAGAT
1 AT-TCAATTATAATCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * *
7629 TATAAAACCATATAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTTACAATAAATGGACCTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGA-CTTT
* * * * * * *
7693 T-TTGTCAATGAATGACTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGAC-TAACAATTATAATATTTTT
128 TCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACAT-TCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * **
7756 TAATAAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATATAAAGCAA
191 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * *
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256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
* *
7886 CTTCATGTTTCCTGAGGCAAAC
321 CTTCATGTTTTCTAAGGCAAAC
* * * * * * *
7908 ACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAT-AAGACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
7972 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCATGGCTGATTACAAATGTACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
8037 TTGTCATTGAATGGCTTTCTGTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC-TGACAATTATAATCTGCTTTAA
130 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * * * *
8101 TAAAAAACGTAAACAAATT-AAGCCTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCGTATAAAGCGAGT
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* * * * *
8165 AATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAGTGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT
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* * *
8230 TCAAGTTTCCTAAGG-AAGGC
323 TCATGTTTTCTAAGGCAA-AC
* * * * * *
8250 ACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAGACAATTCAACCTAAAATCCATTATGA-AT
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* * * * *
8313 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGGAGGAAT-GAGTGACTATAATTGGACTTT
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* * * *
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* * * * * * * * * *
8442 ACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGGTTATAAAACTATTTATAGCGAAT
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** ** * * * * *
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260 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTT
* * *
8913 CACG-TTTCCAGAGG-GAAC
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** ** ** ** * **
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1 ATTCAATT---AT-AAT---CTGTTTTACCTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * ** * **
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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130 TTGTCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA-TTCAATTATAATC-TGTTTT
* * * * * **
9462 ACCAAAAAATATAAGAAAATTCAA-TCT-AAATCAATTATGAGTTTATAGAAA-TATTTAAAGCA
192 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGTG
* * * * *** *
9524 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTACAAATAGACTTTTGTTAAAAAT-AGTTGGCTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTT
* * *
9588 TTCATCATCTTTT-TAGAGACAAAC
319 TTCTTCATGTTTTCTA-AGGCAAAC
* * * *
9612 ATTCAATTATAATATGTTTTA-CTCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTACCT-AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
9676 TACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTAGAAAGTAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
9739 C-T-T-AATG-AT---TTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAA
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** *
9797 CCAAAAATGT-----AA---AA---AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAAAGAA
194 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** * * * * * * * * * * *
9851 ATGTGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATAGA-TTTTTTATGCCAGT-AGATAGCTTTTGC
259 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGA-ATGGCTTTTTC
** *
9914 TTCA-CATTTCTTAAGGTAAAC
322 TTCATGTTTTC-TAAGGCAAAC
* * * * * * *
9935 ATTCAATTATAATATATTTTA-ATAAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTACCT-AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
9999 TATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAGG-TGACTATAAATGG-GTGTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACT-TT
* * * ** * * * * *
10062 TCTTGCCATTAT-AAT-GATTTTTCATCACGTTTCACAAGACAAATATTTAATTATAATATATTT
128 TCTTGTCA--ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
10125 TAATC-AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTG
191 TAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * ** **
10189 AGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGGCTATAAAGGGACTTTTGATACCAATGAATGGCTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
* * * *
10254 TGTTCATGTTTCCTGAA-ACAAAT
320 TCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAAC
* * *
10277 ATAT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTATAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 AT-TCAATTATAATCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
10341 TATAAAATCATTTAAAGCGAG
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAG
10362 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (342 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
TGTTTTCTAAGGCAAAC
Found at i:6626 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6239--10361 Score: 3338
Period size: 171 Copynumber: 24.3 Consensus size: 171
6229 AATTTATTTT
* * * * * * * *
6239 AACTAAAAATCAATTATGGGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
6409 AACTTAAAATC-ATATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCAT
1 AACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * *
6473 GGGTGACTATGAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
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130 ATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* ** * * ** * *
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66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
*
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* * * * *
6751 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * **
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66 GGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAA
* * * * * **
6879 CATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACATCATTC
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* * ** * * ** *
6923 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATAAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATC
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * *
6988 GGTAACTCTAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGAAAAC
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* * * * *
7052 ATTCAATTATAATATGCTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTT
130 ATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *** * * *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * * *
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66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
* * * *
7224 TTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAACTATAAAAAAATTC
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* * * *
7265 AACTTAAAATCATTTTTGA-AGTTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
** * * * * * **
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* * * *
7394 ATTCAACTATAATCTGTTTT-AGCAAAAAATGTAAAAAAATTC
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* * * * * *
7436 AACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG-TTTTCAAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCAT
* ** * * * ** * *
7500 AGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCATTGAATGACTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGAAAAC
65 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAAC
* * * * * *
7565 -TAACAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATTTGAAAATATTT
130 AT-TCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * **
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
7672 AGTTACAATAAATGGACCTTTT-TTGTCAATGAATGACTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGA
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* * * * * *
7736 C-TAACAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTTT
129 CAT-TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
7779 AACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * *
7844 AGTGACTATAAATAGACTCTTATT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAAC
* * * * * *
7908 ACTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAATAAGACAATTC
130 ATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
7950 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * * * * *
8015 GCTGATTACAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTCTGTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC-
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
* * * * ** *
8079 TGACAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAACGTAAACAAATT-
131 T-TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * *
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1 AA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * *
8185 GGGTGATTATAAGTGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGG-AAG
65 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAA-
* * * * * *
8248 GCACTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAGACAATTC
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* * * * * *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * *
8356 GAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAAC
65 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAAC
* * *
8421 ATTCAATTATAATCTGTTTGAA-CTAAAAATATAAAAAAATTT
130 ATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * *
8463 AACTTAAAATCAATAATAAGGTTATAAAACTATTTATAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
8528 AGTGAC-ATAAATGGGCTTTTCATGCTATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
* * *
8592 TTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAAATGTAAAAAAATTC
131 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
8633 AACTTGAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * *
8698 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCACATTTCGTAAGGCAAACA
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131 TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * ** **
8803 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGATACA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
8868 GGTGACTATAGATGAACTTTTATTGTCGATGAATAGG-GTTTTCTTCACGTTTC-CAGAGG-GAA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGCAAA
** * ** ** ** * **
8930 C-TTTTATTGCGATGAATAGGCGTTTTCTTC--ACGT-T--TCAGA-GG
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* * * ** ** *
8972 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * ** * * * * * *
9037 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-ATCGTAAGACAGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
* * * *
9101 TTCAATCATACTATATTTTAAT-AAAAAAAGTAAAAAAATTC
131 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTC
* * * *
9142 AACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * *
9207 GGTGCCTATAAATGGGCTTCTT-GTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAAC
66 GGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAAC
* * * * *
9271 ATTTAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAACAATTC
130 ATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
9312 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTTAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * *
9377 GGTGGCTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAAC
* * * *
9442 ACTT-AATTATAACATGTTCT-ACCAAAAAATATAAGAAAATTC
130 A-TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
9484 AA-TCT-AAATCAATTATGAGTTTATAGAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGA
1 AACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * *** * * *
9546 TGGGTGACTACAAATAGACTTTTGTTAAAAAT-AGTTGGCTTTTTCATCATC-TTT-TTAGAGAC
64 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTA-AGGC
*
9608 AAACATTCAATTATAATATGTTTTACTCAAAAATATAAAAAAATTC
126 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
9654 AATTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTAGAAAGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * *
9718 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTT---AATG-AT---TTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
* * * *
9776 TTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-----AA---
131 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* ** * ** * * *
9809 AA---AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAAAGAAATGTGACTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * * *
9871 AGTGACAATAAATAGA-TTTTTTATGCCAGT-AGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAAA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAA
* * * *
9934 CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTT
129 CATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * *
9977 AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAACGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * ** *
10042 GGTGACTATAAATGG-GTGTTTCTTGCCATTAT-AAT-GATTTTTCATCACGTTTCACAAGACAA
66 GGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCA--ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAA
* * * * *
10104 ATATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTT
128 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * *
10148 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * ** * * * * * *
10213 GGTGGCTATAAAGGGACTTTTGATACCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCTGAA-ACAAAT
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGCAAAC
* * * *
10277 ATAT-AATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATTATAAAAACATTA
130 AT-TCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTC
*
10319 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
10362 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3167, Mismatches: 671, Indels: 229
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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157 2 0.00
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175 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:7706 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7677--7714 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
7667 GCATGAGTTA
7677 CAATAAATGGACCTTTTTTGT
1 CAATAAAT-GACCTTTTTTGT
*
7698 CAATGAATGA-CTTTTTT
1 CAATAAATGACCTTTTTT
7715 TTTCACGTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.44
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21 7 0.44
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
CAATAAATGACCTTTTTTGT
Found at i:7722 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 6244--10358 Score: 3418
Period size: 685 Copynumber: 6.1 Consensus size: 682
6234 ATTTTAACTA
* * * * ** * * * *
6244 AAAATCAATTATGGGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGAG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGAATGAGTG
* * * * * * *
6308 ACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTATCTTTACGTTTTTCAAGGCAAATATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCA
* * * * * *
6373 ATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAGACAAATTCAACTTAAAATC-ATATATGAGGTTATAA
130 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT-TATAAGGTTATAA
* ** * * * * * *
6436 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATGAATGGACTTCTCTTGCC
194 AACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
** *
6501 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
259 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
* * *
6566 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
324 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
* * * * *
6631 CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGATTGGTTTTTTCTTCACGTT
389 CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
** * * * * * *
6696 TCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAACTATAAAAAAGTTCAACTTAAAAT
454 TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * ** * *
6761 CAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATA
519 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * ** * *
6826 AATGAGCTTTTCTTGCCATTGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCTGTGGCAAACATTCAATTACA
584 AAT-AACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAAAC-TTCAATTATA
* * *
6891 ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACATCATTCAACTT
647 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAT-ATTCAACCT
* * * * * *
6928 AAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATAAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATCG-GTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAAT-GAGTG
* * * *
6992 ACTCTAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGAAAACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGAAAACATTC
* * *
7056 AATTATAATATGCTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAA
129 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAA
** * * *
7121 AACTATTTAAAATAAGTAATAAGACTTTTGAAGACTTGAGTGACTATGAATGGGCTTTTCTTGCC
194 AACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* * * * * *
7186 AATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAA
259 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
* * * * * *
7251 CTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTTTGA-AGTTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
324 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
** ** * *
7315 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTAATACCTATGAATGGTTTTTTCTTCATGT
388 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* ** * * *
7380 TTCTTGAGAAAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
453 TTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAA
* * * * *
7445 TCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGTTTTCAAAGGCATAGGTGACTAT
518 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *
7510 AAATATACTTTTCTTGTCATTGAAT-GACTTTTTCTTCA-TTTTTCTCAAGGAAAACTAACAATT
583 AAATA-ACTTTTCTTGTCATTGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGAAAACT-TCAATT
* * *
7573 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTGAAA-ATATTTAACCT
644 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAACATATTCAACCT
* ** * * *
7612 AAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATATAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGA
* * * * *
7677 CAATAAATGGACCTTTT-TTGTCAATGAATGACTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGAC-TAA
66 CTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACAT-T
* * * * * **
7740 CAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGAATATA
128 CAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATA
* * * * * * *
7805 AAACTATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTCTTATT-C
193 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * * *
7869 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAA-CAA
258 -CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-A
* * * * * *
7933 AAAAAATAAGACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATA
321 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * * *
7998 AAGCTTTCGAAGGCATGGCTGATTACAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTCTGTTCAT
386 AAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCAC
* * * * * ** *
8063 GTTTCTCAAGGTAAAC-TGACAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAACGTAAACAAATT-AAGCCT
451 GTTTCTTAAGGCAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-CCT
* * * * *
8126 AAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCGTATAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCGAAGGCATGGGTG
514 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * * * * *
8190 ATTATAAGTGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAGGCAC-TC
578 ACTATAAAT-AACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAA--AACTTC
8254 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGACA-ATTCAACCT
640 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-ACATATTCAACCT
* * ** * ***
8297 AAAATCCATTATGA-ATATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGGAGGAATGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTG
* * * * *
8361 ACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * * *
8425 AATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGGTTATAA
129 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAA
* *
8490 AACTATTTATAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAC-ATAAATGGGCTTTTCATGC
194 AACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * *
8553 TATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAA
258 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAA
* * * * * *
8618 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAG
323 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * * ** * *
8683 GCTTTTGAAGACATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCACAT
388 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * * *
8748 TTCGTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
453 TTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAA
* ** **
8812 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCTGAAGATACAGGTGACTA
518 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTA
* * ** * **
8876 TAGATGAACTTTTATTGTCGA-TGAATAGGGTTTTCTTCACGTTTCC-AGAGG-GAACTTTTATT
582 TAAAT-AACTTTTCTTGTC-ATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGAAAACTTCAATT
** * ** * ** *
8938 GCGATGAATAGGC-GTTTT--CT--TCACGT-TTCAGA-GGAACTT
644 ---AT-AAT---CTGTTTTAACTAAAAATGTAAACATATTCAACCT
* * * ** *
8977 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTTAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGA
* * * * * * *
9042 CTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-ATCGT-AA-GACAGACATTC
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGA-AAACATTC
* * * * * * *
9104 AATCATACTATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGGATTATA
129 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGG-TTATA
* * * * *
9168 AAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTT-AGGTGCCTATAAATGGGCTTCTT-GT
193 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTT-TTCTT
* * * * *
9231 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTACAATTTGTTTTAACCA
256 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* * * *
9296 AAAATAT-AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATA
321 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
9360 ACGCTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGTTTTTTTCTTCA
386 AAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTTCTTCA
* * * * * *
9425 CGTTTCTTGAGGCAGACACTT-AATTATAA-CATGTTCTACCAAAAAATATAAGAAAATTCAATC
450 CGTTTCTTAAGGCAAACA-TTCAATTATAATC-TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * * * *
9488 T-AAATCAATTATGAGTTTATAGAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGT
513 TAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGT
* * *** * * * * *
9551 GACTACAAATAGACTTTTGTTAAAAAT-AGTTGGCTTTTTCATCATC-TTT--TTAGAGACAAAC
577 GACTATAAATA-ACTTTTCTTGTCATTGA-ATAGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAG-GA-AAAC
* * * * **
9612 ATTCAATTATAATATGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCAATTT
637 -TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAACATATTCAACCT
* * * * * *
9659 AAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT-AGAAAGTATGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGAATGAGTG
* * * * * *
9722 ACTATAAATGGACTTTTC-T-T-AATG-AT---TTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTAA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCA
* * * * *
9780 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-----AA---AA---AAAATCAATTATGAGATCATAAA
130 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAA
* * * ** * * * * * *
9834 ACCATTTAAAGAAAGAAATGTGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAAT-AGATTTTTTATGCC
195 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCC
* * * * ** * * * *
9898 AGT-AGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAA
259 AATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAA
* * * * * *
9962 AACATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACTAATAAG
323 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * * * * * * *
10027 GCTTTCGAACGCTTAGGTGACTATAAATGG-GTGTTTCTTGCCATTAT-AAT-GATTTTTCATCA
388 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCA--ATGAATGGTTTTTTCTTCA
** * * * * * * * *
10089 CGTTTCACAAGACAAATATTTAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAACAATTTAACTT
450 CGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
* * * ** * * * * * *
10153 AAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGG
514 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
** ** ** * * * * **
10218 CTATAAAGGGACTTTTGATACCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCTGAAACAAATA-TAT-
579 CTATAAA-TAACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGAAA-ACT-TC
* * * * * *
10281 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTATAAAAACATTAAACTT
640 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACATATTCAACCT
* *
10324 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGC
10359 GAGNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (682 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAA
TTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAA
CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCT
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTC
TTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
TAACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACTTCAATTATAATCT
GTTTTAACTAAAAATGTAAACATATTCAACCT
Found at i:8970 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 8881--8976 Score: 160
Period size: 46 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
8871 GACTATAGAT
8881 GAACTTTTATTGTCGATGAATAGGGTTTTCTTCACGTTTCCAGAGG
1 GAACTTTTATTGTCGATGAATAGGGTTTTCTTCACGTTTCCAGA-G
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1 GAACTTTTATTGTCGATGAATAGG-GTTTTCTTCACGTTTCCAGAG
8971 GAACTT
1 GAACTT
8977 AAAATCAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAACTTTTATTGTCGATGAATAGGGTTTTCTTCACGTTTCCAGAG
Found at i:10976 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10661--12004 Score: 1027
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10651 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
10661 AGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGTCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGTC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* * * * ** * * * * *
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* *
10790 AATAT-AATTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
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* * * * **
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1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGG
* * * *
10897 CTTTTGCTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGTAAGAA
65 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAA-AA
* * *
10962 AATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTCAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * *
11004 AGAGAGTAATAAGGGTTTTC-AAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTCTCTT-GCTAGTGAAC
1 AGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCTTGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT
* * * * *
11066 GGGTTTTTCATCATGTCTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAA
63 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
** * * * *
11131 AGAATTCAGGTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAGCTATTTAA
128 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * ** * * ** *
11175 GGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATAGTTGACTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATGGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* * * * * * **
11240 GTTTTCTTCATGTTTTTAGATGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
11305 CTCCTACTTAAAATCAACTA-GAAATTATAAAACCATTTAA
131 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
11345 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTG-CTATAAATGAACTTTTCATATCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* * * * *
11409 GTTTGCTTCATGTTT-TCCATGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAA
* * ** * *
11472 ACAATCAACTTAAAATCAAATACAAGATGAAAAAACCATTTAA
129 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
11515 AGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCTT--GATGACTATAAAT-GAGTTTTTCTTA-CTAATGAAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGA-GACTATAAATGGA-CTTTTCTTATC-AATGAAT
*** * * * * * * * * **
11576 CAATTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTATACATTTAACTACAATCTATTTTAGTAAAAAATGTAAA
63 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * *
11641 CAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
128 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * *
11685 AGCGAGCGATATGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGA-AC-ATAAATGGACTTTTTTTTATCATTGAA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TG-G-GAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAA
* * * * * * * *
11747 TAGATTTTTCTTCTTGTTTTTCAAGGCAAACAGTCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGTAA
62 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAA
* * *
11812 AAAACTTCAACCTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
127 AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
11857 AGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* * * *
11922 TTTTTCTTTATGTTTC-CTAGG-ATAGACATTCAATTAT-AT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCA-A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
*
11983 AATTCAACCTAAAATCAATTAT
129 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
12005 AAAAGCGAGT
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
Found at i:11778 original size:511 final size:510
Alignment explanation
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Period size: 511 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
10789 AAATATAATT
** * * * * * *
10799 TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-ATTCAAAGGCTTGGGA
1 TAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GATTGAGT
* * ** * *
10863 GACTATAAATGGGCTTTTTCTTAACAATGAATTACTTTTGCTTCATATTTCTCGA-GGTAAACAT
65 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCATGG-AAACAT
* * * * * * *
10927 TCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTAT
127 TCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAATACAAGATGAA
* * *
10992 AAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTCAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTG
190 AAAACCATTCAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTCAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTA
* ** * * * * *
11057 CTAGTGAACGGGTTTTTCATCATGTCTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
255 CTAATGAACGAATTTTTCATCATGTCTCTAGAGGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAACAAA
* ** * * *
11122 AAATTTAAAAGAATTCAGGTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAGCTATTTAAGGCAAGTAATAA
320 AAATGTAAAAGAATTCACCTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAA
* * *
11187 GGCTTTTAAAGACATAGTTGACTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCATG
385 GGCTTTTAAAGACATAGTTGACTATAAATGAACTTTTGTTACCAATGAATAGAGTTTTCTTCATG
* * * ** * *
11252 TTTTTAGATGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAACTCCTACT
450 TTTTTAGAGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTCCAACC
*
11313 TAAAATCAACTA-GAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTG
1 TAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTG
* * *
11377 -CTATAAATGAACTTTTCATATCAATGAATGGCGTTTGCTTCATGTTTTCCATGGCAAACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCATGG-AAACATTCA
* *
11441 ATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACAATCAACTTAAAATCAAATACAAGATGAAAAA
130 ATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAATACAAGATGAAAAA
* * * * * * *
11506 ACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGG-CTTGATGACTATAAAT-GAGTTTTTCTTACT
193 ACCATTCAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTCAAGGAATGGATGACTATAAATGGA-CTTCTCTTACT
* * * * * * **
11569 AATGAATC-AATTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTATACATTTAACTACAATCTATTTTAGTAAAA
257 AATGAA-CGAATTTTTCATCATGTCTCTAGAGGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAACAAAA
* * * *
11633 AATGTAAACA-AATTCAACCT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCGATA
321 AATGTAAA-AGAATTC-ACCTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATA
* * ** * * * * *
11696 TGGCTTTTGAAGGTATGAG-TGAAC-ATAAATGGACTTTTTTTTATCATTGAATAGATTTTTCTT
384 AGGCTTTTAAAGACAT-AGTTG-ACTATAAATGAAC-TTTTGTTACCAATGAATAGAGTTTTCTT
* * * *
11759 CTTGTTTTTCA-AGGCAAACAGTCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAAC
446 CATGTTTTT-AGAGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTCCAAC
11823 C
510 C
* * * * * * * *
11824 TAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTG
1 TAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTG
* * * *
11889 ACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATG-TTTCC-TAGGATAGACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAT-GGA-A-ACATT
* *
11952 CAATTAT-AT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
128 CAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
12001 TTATAAAAGC
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 107, Indels: 38
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 160 0.28
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514 15 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
TAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCATGGAAACATTCAA
TTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATACAAGATGAAAAAACC
ATTCAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTCAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTACTAATG
AACGAATTTTTCATCATGTCTCTAGAGGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAACAAAAAATGT
AAAAGAATTCACCTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTT
TAAAGACATAGTTGACTATAAATGAACTTTTGTTACCAATGAATAGAGTTTTCTTCATGTTTTTA
GAGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTCCAACC
Found at i:12564 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 12222--12844 Score: 517
Period size: 169 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
12212 NNNNNNNNNN
**
12222 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCTTGCCAATGAAT-GA
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAG-ACTTTT--TTGCCAATGAATAG-
* * * * * *
12285 CTTTTTCATCATGTCTGTTC-AGACAGACACTT-AATTATAACCTGTTTTAACAAAAAAATATAA
62 CTTTTTCTTCACGT-T-TTCAAGACAGACA-TTCAATTATAATCTATTTTATCAAAAATATA-AA
* * * * * *
12348 AAAAATTCAACCTAAAATTATTTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAA
123 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * **
12395 TGAGTAATAACGCTTTTGAAGGGATAAGTGACTATCAATAGACTTTTGTTGCCAGCGAATAGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGCCAATGAATAGCTT
* * *
12460 TTTCTTCACGTCATTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTATTCAAAAATATAAAAAAAA
65 TTTCTTCACGT-TTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-TCAAAAATATAAAAAAAA
* *
12525 TTGACTTAAAATCAAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
128 TTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
********** ** *
12566 CNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AATA-ACTTTTTTTGCCAATGATTAGGC-
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGAC-TTTTTTGCCAATGAATA-GCT
* * * * * *
12628 TTTTCTTTACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCCAAAATGTAAAAAGA
64 TTTTCTTCACGTTTTC-AAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ATCAAAAATATAAAAAAA
* *
12693 TTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAG
127 ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAG
* * * * *
12735 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACAATAAATAGACTTTTTGTGCCAATGGATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TGCCAATGAATAGCTT
* * *
12800 TTACTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTT
65 TTTCTTCACGTTT-TCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTT
12845 TACNNNNNNN
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 76, Indels: 36
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.03
169 111 0.31
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAATAGCTTT
TTCTTCACGTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTATCAAAAATATAAAAAAAATTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
Found at i:13530 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13128--16530 Score: 2715
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 171
13118 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13128 ATTCAATTATAATATATTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * *
13192 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCATTCAAAGGCTTAGG-TGACTATAAATGGGCTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGAC-TTT
* * * *
13256 TCTTAAC-AATGAATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAC
128 TC-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * *
13300 ATTCAATTATAATATGTTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
13365 ATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCATGGATGACTAGAAATGGACTTCTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
13430 AGCTAGTGAACGGGTTTTTCATCATGTCTCTTGAGGTAGAC
131 AGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * * *
13471 ATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTAAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
13536 ATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCTTGACTATAAATGGACTTTTGT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
13601 TGCCAATGAATGAG-GTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGGTAAAC
131 AGCTAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGAC
** * * * * * * * *
13642 ATTTGATTATAATCTGTTTGAACCGAAAATGTAAAAAACTCCTACTTAAAATCAACTATAAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
13707 ATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TTTTAGTG-CTATAATTGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
13770 ATATC-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCATGA--CAGAT
130 -TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT--CTTGAGGTAGAC
* * * * * * **
13812 ATTCAATGATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATACGAGACA
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
13877 AAAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGC-TTGACGACTATAAAT-GAGCTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGA-CTTTTC
* **** * *
13940 TTA-CTAACGAATCAAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATAC
130 -TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * ** * ** *
13982 ATTCAATTACAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAACAAATTCAACCCAAAATCAATTCTGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
14047 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATATGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAATATAAATGGA-TTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * * *
14111 TA-TTACTGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAAAC
130 TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGAC
* * * * * * * *
14152 AGTCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTACGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
14217 GTAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCAT-GAGTGACTATAAATGGAGTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
14281 TTG-TCAATGAATGG-TATTTTCTTTC-TATTTCCTAAGATACAC
130 TAGCT-AATGAATGGCT-TTTTC-TTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * * * * * *
14323 ATTCAATTATATTCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
14388 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCGTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** * * *
14453 TGCAAATAAATAGATTTTTCTTTGTGTTTCATGAGGCAAAC
131 AGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * * *
14494 AATT-ATTTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 -ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
14558 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGG-TGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ***
14622 CCTTA-CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGTTCAAACAGAC
129 -C-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
** * * * * *
14666 ACTT-AATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGTT
1 A-TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * *
14730 TATAAAACTATTGAAAATGACTAATAACGCTTTTGAAGGGATAGG-TGACTATCAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTT
* * * * **
14794 GTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTATT-TCAAGGTAGAC
129 CTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTTGAGGTAGAC
* * ** * **
14837 ATTCAATTATAATCTATTTTATTCAAAAATATAAAATAAATTTGACTTAAAATCAAATT-TGATG
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC-AATTATGA-G
* *
14901 -TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGAC-TT
* * * * * * *
14964 TTTTTGGTCAATGATTCGG-TTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCAGAC
127 TTCTAGCT-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * *
15010 ATTCAATTATAATCTATTTTAATCC-AAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
15074 TATAAAATTC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAAGTGACAATAAATAGACTTT
65 TATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
15137 T-T-GTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGAC
128 TCTAG-CT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* ** *
15181 ATTCAATTATAATATATTTGGA-CAAAACATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
15244 TATGAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAAGGCTTACG-TGACTATAAATGGGCTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
15308 CGTA-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAATTTCCTAAGGAAAAC
129 C-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
*
15351 ATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
15416 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGTC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * *
15480 ATATC-AAT-AGATGCCTTTTTCTTCACATTTCCT-AGGGTAGAT
130 -TAGCTAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGAC
* * * * * * *
15522 ATTCAATTATAATATATTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAA-TCTAATTTAAAATTAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * **
15586 TATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCATTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAAT-GGACTTTT
* * * * *
15651 CTTAAC-AATAAATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAC
129 C-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * * *
15694 ATTCAATTGTAATATGTTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATTAATTCTGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
15759 ATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCATGGATTTCTATAAATGGACTTCTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
15824 TGCTAGTAAACTGG-TTTTT-TGTCATGTCTCTCGAGGTAGAC
131 AGCTAATGAA-TGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * *
15865 CTTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTGAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
15930 ATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGACTTTTGT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
15995 TGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGAAAAT
131 AGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGAC
* * * * * * * * *
16036 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAACTCCTACTTGAAATCAACTATAAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
16101 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TTTGAGTG-CAATAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
16164 ATATC-AATGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTC-CCATGGCAGAC
130 -TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGAC
* * * * ** *
16205 ATTCAATTATAATAT-ATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATGCGAGATG
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * * *
16269 AGAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAGAACACTATCGAAGGC-TTGACTGACTATAAATGGGCTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
** *** ** *
16333 TTCCTAATGAATCAATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATAC
130 TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * ** * * *
16375 ATTCAATTACAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTCTGAGATT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
16440 ATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATATGGCTTTTGAAAGTATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTC-
* * *
16505 TATC-ACTGAATAGCTTTTTCTTCATG
130 TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
16531 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2587, Mismatches: 550, Indels: 189
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 78 0.03
169 62 0.02
170 589 0.23
171 1248 0.48
172 538 0.21
173 69 0.03
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
AGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
Found at i:17158 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16631--17497 Score: 798
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 172
16621 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
16631 TTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTAAATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * * *
16696 GATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAA-ACGTACAG-AAAAGCCTAATCTTTGGCAAAAAAAG
66 GATTATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATG-A-AGAAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAAAG
16758 T-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * * *
16801 TTAAATGGTTTTAT-AACTTCA-AATTTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTCAATAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAAAC-TCATAA-TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * * *
16864 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAATG--ACGTGAAGGAAAAG-CTATTCACTGGCAACAAA
64 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAA-GAAACATGAAGAAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * **
16926 AGTCCATTGATAGTCACCTATCCCTTTC-AAAGCGTTATTAGTCATT
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
16972 TTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * *
17037 GGTTATAATT-ACGTGTCTGCCTGAACAAACATGGAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTAAGGAAAAG
66 GATTATAATTGA-ATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGTCTATTCATTGGCAA-GAAAAG
* *
17100 TCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*
17144 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * ** * * * *
17209 GATTATAAAT-AATTGTTTGCCTCATGAAACACAAAGAAAAA-TCTATTTATTTGCAAGAAACGC
66 GATTATAATTGAA-TGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * *
17272 CCATTTATAGTCACCCAAACTTTTAAAAGCCATATTACTCGCT
130 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * *
17315 TTAAATGG-TTTATAATTTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAAC
* ** * * * ** *
17378 AGAATATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACA-GAAAGAAAAAG-CCATTCATTGATAAGAAAAC
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATG-AAGAAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** * *
17441 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGTAAGCCTTGTTACTCGAT
129 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*
17485 TTAAATAGTTTTA
1 TTAAATGGTTTTA
17498 CAATCTCGTA
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 108, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.02
170 222 0.39
171 184 0.33
172 148 0.26
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGTCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:17284 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 16631--17510 Score: 837
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
16621 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
16631 TTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATATTT-TTACATTTTAAATTAAAAC
1 TTAAATGG-TTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAAT-TTTCTTATATTTTTAGTTAAAAA
* * * * * * ** *
16695 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAAC-GTACAG-AAAAGCCTAATCTTTGGCAAAAAAA
64 AGAATATAATTGAATGTCTACCTGA-ACAAACAG-AAAGAAAAAGCC-ATTCATTGATAAGAAAA
*
16757 GT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTT
126 GTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-T
* *
16820 CA-AATTTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTCAATAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
189 CATAA-TTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTCAATAAAACAGATTATAAATGAATGTCT
*** * * * **
16884 GCCTCGAATGACGTGAAGGAAAAGCTATTCACTGGCAACAAAAGTCCATTGATAGTCACCTATCC
253 GCCTCGAA-GACACAAAGAAAAAGCTATTCACTGGCAACAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAAC
* ** * *
16949 CTTTCAAAGCGTTATTAGTCATT
317 CTTTAAAAGCCATATTACTCACT
* * *
16972 TTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAACA
1 TTAAAT-GGTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAAA
** * * * * *
17037 GGTTATAATT-ACGTGTCTGCCTGAACAAACATG-GAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGGAAAAG
65 GAATATAATTGA-ATGTCTACCTGAACAAACA-GAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA-GAAAAG
17100 TCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
127 TCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * * *
17165 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAAT-AATTGTTTGC
191 TAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTCAATAAAACAGATTATAAATGAA-TGTCTGC
* * * * * * * *
17229 CTCATGAA-ACACAAAGAAAAATCTATTTATTTGCAAGAAACGCCCATTTATAGTCACCCAAACT
255 CTC--GAAGACACAAAGAAAAAGCTATTCACTGGCAACAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAACC
*
17293 TTTAAAAGCCATATTACTCGCT
318 TTTAAAAGCCATATTACTCACT
** * * *
17315 TTAAATGGTTTATAATTTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAG
1 TTAAATGGTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAAAG
* * ** *
17380 AATATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACAGAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAACTCCA
66 AATATAATTGAATGTCTACCTGAACAAACAGAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
17445 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGTAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATAGTTTTACAATCTCGTAAT
131 TTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
17510 T
195 T
17511 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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345 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTAAATGGTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAAAG
AATATAATTGAATGTCTACCTGAACAAACAGAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTCAATAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCGAA
GACACAAAGAAAAAGCTATTCACTGGCAACAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAACCTTTAAAAG
CCATATTACTCACT
Found at i:20362 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 169
19772 AGTGAACAGG
* * * * * * * * *
19782 TTTTTCATCATGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAC
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
19847 ATT-TAGCTGAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAGGCAAATAATAAGGCTTTTGAAG
66 ATTCAACCT-AAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** *
19911 G--TAAGGTTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGAG
130 GCTTGA-G-TAACTATAAATGGAGTTTTCTT-ATAATGAAT-AC
* * * * * **
19953 GTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * * ** * *
20017 ACTCCTACTTACAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
65 AATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
20082 GTTTGAGT-ACTATTAAA-GGA-CTTTCATATCAATGAA-AGGC
130 GCTTGAGTAACTA-TAAATGGAGTTTTCTTAT-AATGAATA--C
* ** * * * * *
20122 TTTTGCTTCATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
** * * * *
20187 ATTCAATTTAAAATCAAATACGAGACGAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGA
66 ATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
20252 CTTGACTAACTATAAAT-GAGATTTTCTTACTAATGAATCAA
131 CTTGAGTAACTATAAATGGAG-TTTTCTTA-TAATGAAT-AC
* * * * *
20293 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTATACATTCAATTACAATCTATTTT-AGTCAAAAATGTGAACA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
* * * *
20357 AATTCAACCCAAAATC-AATTCTGAGA-GTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATATGGCTTTTGA
65 AATTCAACCTAAAATCAAATAC-GAGATG-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
20420 AGG-TATGGGTGAA-TATAAATGGATTTTTCTTATCACTGAATAGC
128 AGGCT-TGAGT-AACTATAAATGGAGTTTTCTTAT-AATGAATA-C
* * * * *
20464 TTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCA-A-ATTGTGAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTATACA-T-TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * **
20526 AAACTTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTG-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCA
63 AAAATTCAACCTAAAATCAAATACGAGA-TGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
20590 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTTAATGAATGGC
127 AAGGCTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTT-ATAATGAAT-AC
* * * *
20635 TTTTTCTTTC-TGTTTCCTAAGATATACATTCAATTATATTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* ** * * *
20699 AATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
20764 GCTTGGGTGACCATAAATGG-GCTTTTCTTGCA-AATAAATAGA
130 GCTTGAGTAACTATAAATGGAG-TTTTCTT--ATAATGAATA-C
* * * * * * * * * *
20806 TTTTTCATT-GTGTTTCATGAGGCAAACAATT-ATTTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA
1 TTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGTATAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * ** *
20869 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAA
64 AAATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
20934 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--AT-AT---CAC
129 GGCTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTTATAATGAATAC
* * * * * * * *
20969 -GTTTC--C------C--AAGGTAGATAATAAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAGTAAGAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
** * * * * *
21022 AATAT-AATTTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGA
65 AAT-TCAACCTAAAA-TCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * **
21085 AGGATTGGGTGATTAGAAAT-GAGTTTTTCTTGCA-AATGAACGGC
128 AGGCTTGAGTAACTATAAATGGAG-TTTTCTT--ATAATGAA-TAC
* * * * * *
21129 TTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
** * * * * * * * *
21194 AATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
21259 G-TTAGGGTGACTCTAAATGG-GCTTTGCTTGTCAATAAATAGGC
130 GCTT-GAGTAACTATAAATGGAG-TTTTCTTAT-AATGAATA--C
* * * * * * *
21302 -TTTTCATCACGTTTGTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTGA-TCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
* * * ** * * * * ** *
21365 ACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTT-AAGATGAATAGCAAGGCTTGTGA
65 A-ATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGA
** *
21429 AGGCTTGAGTGAA-TATAAATGG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGAG
128 AGGCTTGAGT-AACTATAAATGGAG-TTTTCTT-ATAATGAAT-AC
** * * * * * * *
21473 TTTTTCTTCACATTTCTTTAGGTAAACATTGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAATA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * ** * * *
21538 ATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
66 ATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
21603 -TAT-AGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGAC
131 CT-TGA-GTAACTATAAATGGAGTTTTCTT-ATAATGAAT-AC
* * * * * *
21644 TTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
* * * * *
21709 AATTCAACTTAAGAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAA
65 AATTCAACCTAA-AATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-A
* * * * * ** **
21772 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGTGTTGCCAATGAATGGG
128 AGGCTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTT-ATAATGAAT-AC
* * * * * * * * **
21816 GTTTTCTTCAAGTTT-TCGAACGCAGAAATTGAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * * * *
21880 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTCGAAC
65 AATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** *
21945 GCTTGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCCTGCTAATGAATGGC
130 GCTTGAGTAACTATAAATGGAG-TTTT-CTTATAATGAAT-AC
* * * * * ** * *
21987 TTTCTCTTCATGTTTCCTGAGATAAACATAT-AATTGCAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * ** * *
22051 CATTCAACCAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
22116 GCATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTGTTGTCACTAAATGGA-
130 GCTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTTAT-AATGAAT--AC
* ** * * * * * *
22158 TTTTTCTTGACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAACAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
22223 A
66 A
22224 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1782, Mismatches: 376, Indels: 226
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
151 4 0.00
152 104 0.06
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156 3 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACCTAAAATCAAATACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
CTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTTATAATGAATAC
Found at i:20609 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 19813--22223 Score: 1931
Period size: 342 Copynumber: 7.1 Consensus size: 339
19803 GTAGACATTC
* * * * * *
19813 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTTAAAAACATTTAGCTGAAAATCAATTATGAGATAATAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
19878 AACCATTTAAGGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGG--TAAGGTTGACTATAAATGGACTTTTGTTG
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-G-TGACTATAAATGGA-TTTTCTT-
* ** * * * **
19941 CCAATGAATGAGGTTTTCTTCATGTTTTC-AGAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACCC
127 CTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * * * *
20005 AAAATGTAAAAAACTCCTACTTACAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
191 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
20070 AGGCTTTTGAAAGTTTGAGT-ACTATTAAA-GGAC-TTTCATATCAATGAA-AGGCTTTTGCTTC
256 AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATA-GCTTTTTCTTC
** * * *
20131 ATGTTTCCCATGGCAGACATTC
319 ATGTTTTTCAAGGCA-AAATTG
* * * * * ** *
20153 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAATACGAGACGAAAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
20218 AACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGACTTGACTAACTATAAATGAGATTTTCTTACT
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GATTTTCTT-CT
* * * * * * *
20283 AATGAATCAATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTATACATTCAATTACAATCTATTTT-AGTCAAA
129 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
* * * * * * *
20347 AATGTGAACAAATTCAACCCAAAATCAATTCTGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATATG
193 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
20412 GCTTTTGAAGGTATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATCACTGAATAGCTTTTTCTTCATGT
258 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
*
20477 TTTTCAAGGCAAATTGTG
323 TTTTCAAGGCAAAAT-TG
* * * * * * *
20495 AATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTGTAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
20560 AACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTT
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCTT-CT
* * * * *
20625 AATGAATGGCTTTTTCTTTC-TGTTTCCTAAGATATACATTCAATTATATTCTTTTTTAACTAAA
129 AATGAATGACTTTTTC-TTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * *
20689 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATG
193 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
20754 GCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACCATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATAAATAGATTTTTCAT--T
258 GCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCAT
*
20815 GTGTTTCATGAGGCAAACAATT-
321 GTTTTTCA--AGGC-AA-AATTG
* *
20837 ATTTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
**
20902 AACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA----CTT-T--
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTCTTCTAA
* * * * * * * *
20960 T-CAT-A--------TCACGTTTCCCAAGGTAGATAATAAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAA
131 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAA
* * ** * *
21014 AGTAAGAAAATAT-AATTTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG
195 TGTAAAAAAAT-TCAACCTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** *
21077 GCTTTTGAAGG-ATTGGGTGATTAGAAAT-GAGTTTTTCTTG-CAAATGAACGGCTTTTTCTTTA
258 GCTTTTGAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCA
* *
21139 TGTTTCTT-AAGGTAAACATTC
320 TGTTT-TTCAAGGCAAA-ATTG
* * * * *
21160 AATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTACA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
21225 AAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTAGGGTGACTCTAAATGGGCTTTGCTTG
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTGACTATAAAT-GGATTTTCTTC
* * * * * * *
21289 TCAATAAATAGGC-TTTTCATCACGTTT-GTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTGA-T
128 T-AATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * * * *
21351 CAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTT-AAGATGAAT
190 -AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGT
** * * * * *
21415 AGCAAGGCTTGTGAAGGCT-TGAGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTT
252 AATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTT
** * *
21478 CTTCACATTTCTT-TAGGTAAACATTG
315 CTTCATGTTT-TTCAAGGCAAA-ATTG
* * * * * *
21504 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
21569 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TAT-AGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATGGA-TTTTCTT-
* * *
21632 CTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAA
127 CTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * *
21697 AAATATAAAAAAAATTCAACTTAAGAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
192 AAATGT-AAAAAAATTCAACCTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * **
21761 AAGGC-TTTGAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTC
255 AAGGCTTTTG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTC
* *
21825 AAG-TTTTCGAACGCAGAAATTG
319 ATGTTTTTC-AAGGCA-AAATTG
* * ** * *
21847 AATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
21912 AACTATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTCGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCT
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGATTTT-CTTCT
* * * * ** * *
21977 AATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGATAAACATAT-AATTGCAATTTGTTTTAACTAAA
129 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * *
22041 AATGTAAAAACATTCAACCAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
193 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * **
22106 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTGTTGTCACTAAATGGATTTTTCTTGACAT
258 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
* *
22171 TTCTCAAGG-AAGACATTC
323 TTTTCAAGGCAA-A-ATTG
* * *
22189 AATTATAATCTGTTTTAACTAACAATATAAAAAAA
1 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
22224 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1663, Mismatches: 320, Indels: 174
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 9 0.01
323 159 0.10
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325 7 0.00
326 2 0.00
329 3 0.00
330 1 0.00
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333 2 0.00
334 2 0.00
335 1 0.00
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339 1 0.00
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344 150 0.09
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTCTTCTAA
TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTT
TCAAGGCAAAATTG
Found at i:21330 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21030--22223 Score: 1065
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
21020 AAAATATAAT
*
21030 TTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGATT-GG
1 TTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTAGG
* * * * * * * * *
21093 GTGATTAGAAATGAGTTTTTCTTGCAAATGAACGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACAT
64 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTT-TCAAGGTAAACAT
* * *
21158 TCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAAG
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
21202 TTAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTAGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTAGGGT
* * * * * *
21267 GACTCTAAATGGGCTTTGCTTGTCAATAAATAGGCTTTTCATCACGTTTGTCAAGGCAAACATTC
66 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGTAAACATTC
* * * * *
21332 AATTATAATCTATTTTGA-TCAAAAATGTAAAAAACATTTAAC
129 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * * ** * *
21374 TTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTT-AAGATGAATAGCAAGGCTTGTGAAGGCTT-GA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTAGG
* * * **
21437 GTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTTTAGGTAAACAT
64 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGTAAACAT
* * * *
21502 TGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAATAATTTAAC
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * *
21545 TTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATA-GG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TAGGG
* * * * * * *
21609 TAACTACAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAAAAAT
65 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC-AATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTTC-AAGGTAAACAT
* *
21673 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
** *
21717 TTAAGAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAAGG-CATG
1 TTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTTA-G
* * * * * * * *
21779 AGTGACTATAAATGGACTTGTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCAAGTTTTCGAACGCAGAA-
63 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTTTC-AAGGTA-AAC
* * ** * *
21843 ATTGAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGT-AAAAACATTCAAC
125 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * * *
21888 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTCGAACGCTT-GGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGTTAGGG
* * * * * *
21952 TGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCTAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGATAAACATA
65 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCACGTTTTC-AAGGTAAACAT-
** * * *
22017 T-AATTGCAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAAC
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
** * *
22059 CAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTA-GGG
* * * * * * * * *
22123 TGACTATAAAAGGACTTTTGTTGTCACTAAATGGATTTTTCTTGACATTTCTCAAGG-AAGACAT
65 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGTAA-ACAT
*
22187 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAACAATATAAAAAAA
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
22224 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 169, Indels: 72
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.02
171 392 0.48
172 395 0.48
173 13 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTAGGGT
GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTTCAAGGTAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
Found at i:21745 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 20989--22222 Score: 1205
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 340
20979 GTAGATAATA
* * * *
20989 AATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAGTAAGAAA-ATAT-AATTTAAAATTC-ATTATGAGATT
1 AATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAACAT-TCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATT
** * * * *
21050 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTGGGTGATTAGAAAT-GAGTTTTT
63 ATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGA-CTTTT
* * * * ** *
21113 CTTGCAAATGAACGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTGTTTTAA
126 CTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
21178 CAAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAGAGCGAGT
191 CTAAAAATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * *
21243 AATAAGGCTTTCGAAGGTTAGGGTGACT-CTAAATGGGCTTTGCTTGTCAATAAATAGGC-TTTT
254 AATAAGGCTTTCGAAGGTTA-GGTGACTAC-AAATGGGCTTTTCTTCT-AATGAAT-GGCTTTTT
* * * *
21306 CATCACGTTT-GTCAAGGCAAACATTC
315 CTTCAAGTTTCCT-AAGGTAAACATTC
* * * *
21332 AATTATAATCTATTTTGA-TCAAAAATGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAG
1 AATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
21396 AAAACCATTT-AAGATGAATAGCAAGGCTTGTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGGCTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAG-TGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
21460 GCCAATGAAT-GAGTTTTTCTTCACATTTCTTTAGGTAAACATTGAATTATAATATGTTTTAACT
129 GCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
21524 AAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
193 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
21589 AAGGCTTTTGAAGGTATAGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGACTTTTTCTTCA
257 AAGGCTTTCGAAGGT-TAGGTGACTACAAATGGGCTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCA
*
21654 AGTTTCCTAAGGTAAAAATTC
320 AGTTTCCTAAGGTAAACATTC
* * *
21675 AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAGAA-CAATTATGAGATTAT
1 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTAT
* * *
21739 AAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGTGT
65 AAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
21802 TGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCA-AGTTT-TCGAACGCAGAA-ATTGAATTATAATCTATTTTA
128 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACA-TTTCT-TAAGGTA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * *
21864 ACCCAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
190 ACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * *
21929 TATAAGGCTTTCGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCTAATGAATGGCTTTCTCT
254 AATAAGGCTTTCGAA-GGTTAGGTGACTACAAATGGGCTTTT-CTTCTAATGAATGGCTTTTTCT
* * *
21994 TCATGTTTCCTGAGATAAACATAT-
317 TCAAGTTTCCTAAGGTAAACAT-TC
** * * ** *
22018 AATTGCAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACCAAAAATCAATTATTAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
22082 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTGTTGT
66 AAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
22147 CACTAAATGGATTTTTCTTGACATTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
131 CAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
*
22211 CAATATAAAAAA
195 AAATATAAAAAA
22223 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 125, Indels: 68
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 5 0.01
342 148 0.20
343 433 0.59
344 145 0.20
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
AATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGTTAGGTGACTACAAATGGGCTTTTCTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTC
CTAAGGTAAACATTC
Found at i:25176 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 24665--26067 Score: 1134
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
24655 TAAAAGATAT
* * * *
24665 AGGCTTTCGAAGGC-TGAGTGACAATAAATGGACTCTTCTAT--CAATAAATGGCTTTTTCTTCA
1 AGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
24727 -GTTCTC-AAGGTAGACATTC-ATAATAATCTGTTTT-A-TAAAAAATGT--TAAAATTCAACTA
63 TGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
24785 AAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
127 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
24828 AGACTTTCGAAGGATTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTTCTT-A
1 AGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAA-TGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCA
* * * *
24892 TG-TTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAACAAATTCAAC
63 TGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAA-AAATTCAAC
* *
24956 TT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
125 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
25000 AGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAACAT-G-TTTTTCTTC
1 AGGCTTTTGAAGGCTTGG-TGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATG-A-ATGGCTTTTTCTTC
* *
25063 ATGTTTTCTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGGAAAAAACATTCAACT
62 ATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACT
* * *
25127 TAAAATCAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTA
126 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * * * **
25171 AGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAATTGCACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTAACTTCAT
1 AGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * *
25236 GTTTCCCAAGGCTAACATTCAATTATAATCGGTTTCAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAA
64 GTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
25301 AATC-ATATATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
129 AATCAAT-TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
25342 AGGCCTTTGAATGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTAC
1 AGGCTTTTGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-C
* * * * *
25407 AT-TTCT-TAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAATT
62 ATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACT
* *
25470 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
126 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
25514 AGGGTTTCGAAGGCTTAGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCAT
1 AGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * *
25579 GATTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTA
64 GTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
**
25643 AAATC-ATATATGAGGATATA-AAAA-TATTTAAAGTAAGTAATA
128 AAATCAAT-TATGA-GAT-TACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** * * *
25685 AGGCTTTTGAACG-TATAAGTGACTATAAGTGGACTTCACTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTA
1 AGGCTTTTGAAGGCT-T-GGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * **********
25749 CGTTTGCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTA
63 TGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
25814 AAATCAATTCT-AGGATTACAAAACCATTTAGAGCGAGTAGTA
128 AAATCAATTATGA-GATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * **********
25856 AAGCTTTCT-AAGGCTTGGCTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGNNNNNNNNNNCA
1 AGGCTTT-TGAAGGCTTGG-TGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
** * * *
25920 TGTTTTCTAAGGTGAACATTCAATTATAA-CATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAACAATCAACT
63 TGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACT
* * * *
25984 TAAAATCAATTCTCAGATTACAAAACTATTTAAAG-GTTGTACTA
126 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATA
* * * *
26028 AGGCTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAATTGGACTTTTCT
1 AGGCTTTTGAAGG-CTTGGTGACTATAAATGG-CTTTTCT
26068 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 183, Indels: 111
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 13 0.01
164 17 0.02
165 17 0.02
166 10 0.01
167 10 0.01
168 13 0.01
169 14 0.01
170 36 0.04
171 489 0.49
172 342 0.34
173 34 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
Found at i:25216 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 23915--25797 Score: 1610
Period size: 343 Copynumber: 5.5 Consensus size: 341
23905 ATGAAAAACG
* * * * *
23915 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
23980 CATGGACGACTATAAATGGACGTTTCTTGCCAATGAAA-GGGTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGAT
65 CTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGT
* * * * * * * *
24044 AGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
24109 TATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATGACTTTT-GAAGGTTTGAGTGACAATAAATAGACT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGG-ATGAGTGACTAT-AATTGACT
* * * * * * * * * * *
24173 TTT-TGGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCCAGGGAAACATTTAATTATAATATATTT
257 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
24237 TAACCAAAAATAT-AAAAGA
322 TAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
24256 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAAGATTTTGAAGA
1 ATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
24321 CTTGAGAGACTATAAATGGCCATTTT-TTGCAAAT-AAATGACTTTTTCTT-TTGTTTCCTAAGG
65 CTTG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG
* * * * *
24383 TAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTTTG
128 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
24448 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGATGAGTGACTAT-AATTGACT
* * * * * * *
24513 TTTCATGCCAAGGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGCAGACATACAATTATAATTTGT
257 TTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
*
24576 TTTAACAAAAAATAT-AAAAAC
320 TTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * ** *
24597 ATTTAACTTAAAATCATTAGGGGAGATTATAAAAATCAATAAAAATGTTTAAGGAGTTTAAAAGA
1 ATTCAACTTAAAATCATTA--TGAGATTAT-AAAA-CCATTTAAA-G---CA--AG--T---A-A
* * *
24662 TATAGGCTTTCGAAGGC-TGAGTGACAATAAATGGACTCTTCTAT--CAAT-AAATGGCTTTTTC
50 TA-AGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAATGGCTTTTTC
* * * *
24723 TTCA-GTTCTC-AAGGTAGACATTC-ATAATAATCTGTTTT-A-TAAAAAATGT--TAAAATTCA
112 TTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
24781 ACTAAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTCGAAGGATTA
176 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGATGA
*
24845 GGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGCAAAC
241 -GTGACTAT-AATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * *
24909 AGTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAACAA
303 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AA
*
24949 ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
25013 CTTGGCTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATGAACAT-G-TTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
65 CTTGG-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
* *
25075 GGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
127 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
25139 TCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAATTGCA
191 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGATGAGTGACTATAATTG-A
* ** * * *
25204 CTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTAACTTCATGTTTCCCAAGGCTAACATTCAATTATAATCGGT
255 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
25269 TTCAA-ATAAAAATGT-AAAAAA
320 TTTAACA-AAAAATATAAAAAAA
* * ** * * *
25290 ATTTAAGTTAAAATCATATATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAATG
1 ATTCAACTTAAAATCAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
25355 CATGGGTGCCTATAAATGGACTTCTCTTACCAATG-AATGGCTTTTTCTTTACAT-TTCT-TAAG
65 C-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTTCTAAG
* * *
25417 GTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTA
127 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
25482 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-GTTTCGAAGGCTTAGGTGACTGTAAATGG
191 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGATGA-GTGACTAT-AATTG
* * * * * * * *
25546 GCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCATGATTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCCG
254 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
*
25611 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
319 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
** * *
25634 ATT-AACTTAAAATCATATATGAGGA-TATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAC
1 ATTCAACTTAAAATCAT-TATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * * * * *
25697 G-TATAAGTGACTATAAGTGGACTTCACTTTCTAATG-AATGGCTTTTTCTTTACGTTTGCTAAG
64 GCT-T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
* *
25760 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGT
127 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
25798 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 209, Indels: 144
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 17 0.01
336 21 0.02
337 15 0.01
338 8 0.01
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355 25 0.02
356 20 0.02
357 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAACTTAAAATCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGATGAGTGACTATAATTGACTTTTC
TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAAATATAAAAAAA
Found at i:25513 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 23901--25797 Score: 1732
Period size: 514 Copynumber: 3.7 Consensus size: 508
23891 GAGCCAACAC
* * * * * * *
23901 AAAAATGAAAAAC-GATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAA
1 AAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * **
23965 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGAC-GACTATAAATGGACGTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTCTT
66 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGG-CTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACTGTTTTTCTT
* * * * * * * * *
24029 TATGTTTCCTGAGATAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATATATAAAAAA-TTTCAAC
130 CATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCAAC
* * * * * * * *
24093 TTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATGACTTTTGAAGGTTTGAGT
195 TTAAAATC-ATTATGAGATTA-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGT
* * * * * * * *
24158 GACAATAAATAGACTTT-TTGGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCC-AGGGAAACATT
258 GACAATAATTGGACTTTCTT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAAGGCAAACATT
* * * ** * * *
24221 TAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-
321 CAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
24285 AAAATCATTTAAAACAAGTAATAAAGATTTTGAAGACTTGAGAGACTATAAATGGCCATTTTTTG
386 AAAAT-ATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTGAAG-CATGGGTGACTATAAATGG-C-TTTCTTG
* * * * *
24350 CAAATAAATGACTTTTTCTTT-TGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACT
446 CCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * *
24412 GAAAATGTAAAA-AAATTCACCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * *
24476 TAAGGCTTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAGGAATACT-TTTTTCT
66 TAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ACTGTTTTTCT
* * * * * * *
24539 TCATGTTTTCTGAGGCAGACATACAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAACATTTAA
129 TCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCAA
* *
24603 CTTAAAATCATTAGGGGAGATTATAAAAATCAATAAAAATGTTTAAG-GAGTTTAAAAGATATAG
194 CTTAAAATCATTA--TGAGA-T-TAAAAA-C--T----AT-TTAAAGTGAG--T---A-ATA-AG
* ** * * *
24667 GCTTTCG-AAGGCTGAGTGACAATAAATGGACTCTTCTAT-CAATAAATGGCTTTTTCTTCA-G-
240 GCTTTTGAAAGTATGAGTGACAATAATTGGACT-TTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * * * * * *
24728 TTCTCAAGGTAGACATTC-ATAATAATCTGTTTTATA-AAAAATGT--TAAAATTCAACTAAAAA
304 TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * *
24789 TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGATTAGGTGACTAT
369 TCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-GAAGCA-TGGGTGACTAT
* * *
24854 AAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTTC-TTATGTTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTA
432 AAA-TGGC-TTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTA
*
24918 TAATCTATTTTAACA
494 TAATCTATTTTAACT
* *
24933 AAAAATCTAAAAACAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 AAAAATGT-AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
24997 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATG-AACATGTTTTTC
65 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAAAC-TGTTTTTC
* * **
25060 TTCATGTTTTCTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGGAAAAAACATTCA
128 TTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCA
* * * *
25124 ACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAAGAATGA
193 ACTTAAAATC-ATTATGAGATTA-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGA
* * * ** * *
25189 GTGACTATAATTGCACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTAACTTCATGTTTCCCAAGGCTAACAT
256 GTGACAATAATTGGACTTTCTTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACAT
* * * *
25254 TCAATTATAATCGGTTTCAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATC-ATATATGAGATTA
320 TCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTA
* *
25318 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAATGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTCTCTT
384 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGG-CTT-TCTT
* ** * * *
25383 ACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACT
445 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* *
25447 AAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
25512 TAAGGGTTTCGAAGGCTTAGG-TGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCTAATG-AA-TGGCTATTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACT-G-TTTTTC
* * * * * *
25574 TTCATGATTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-A
128 TTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCA
* * *
25638 ACTTAAAATCATATATGAGGATATAAAAA-TATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATA
193 ACTTAAAATCAT-TATGA-GAT-TAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATG
* * * * * * *
25702 AGTGACTATAAGTGGACTTCACTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTGCTAAGGCAAACA
255 AGTGACAATAATTGGACTT-TCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACA
* *
25767 TTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGT
319 TTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGT
25798 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1132, Mismatches: 186, Indels: 133
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
506 11 0.01
507 22 0.02
508 19 0.02
509 1 0.00
510 23 0.02
511 177 0.16
512 17 0.02
513 42 0.04
514 367 0.32
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516 2 0.00
517 1 0.00
519 10 0.01
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525 2 0.00
526 40 0.04
527 8 0.01
528 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAACTGTTTTTCTTC
ATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCAACT
TAAAATCATTATGAGATTAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGAC
AATAATTGGACTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAGCATGGGTGACTATAAATGGCTTTCTTGCCAATGAATG
GCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
Found at i:26016 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 23960--26063 Score: 1050
Period size: 343 Copynumber: 6.1 Consensus size: 340
23950 GTTTAAAACG
* * * * * * * *
23960 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGACGACTATAAATGGACGTT-TCTTGCCAATGAAAGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAG-TGACTATAAATGGAC-TTCACTTACCAATGAATGGCTT
** * * ** * * * * * * * * *
24023 TTTCTTTATGTTTCCTGAGATAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATATATAAAA-AAT
64 TTTCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAA
* * * * *
24087 TTCAACTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAAT-ATGACTTTTGAAG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAAG-CTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
24150 G-TTTGAGTGACAATAAATAGACTTTT-TGGCTAATGGATGACT-TTTGCTTCACGTTTCTCC-A
192 GCTTAG-GTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTT-CTTCATGATTC-CCAA
* * *** * * * *
24211 GGGAAACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCA-AT
254 GGTAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCATA-
* **
24274 TATAAGATTATAAAATCATTTAAAACA
317 TATGAGATTA-AAAAT-ATTT-AAAGT
* * * * * * ** * * * *
24301 AGTAATAAAGATTTTGAA-GACTTGAGAGACTATAAATGGCCATT-TTTTGCAAATAAATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAACGA-ATAAGTGACTATAAATGGAC-TTCACTTACCAATGAATGGCTT
** * * * * * * *
24364 TTTCTTT-TGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAA-AAA
64 TTTCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAA
* * * * * * *
24427 TTCACCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * * * * ** *
24491 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAGGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGC
194 T-TAGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TATTTCTTCATGATTCCCAAGGT
* * ** * * * * * *
24555 AGACATACAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAT-TAGGG
257 AAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCATATA--T
24619 GAGATTATAAAAATCAATAAAAATGTTTAAGGAGTTT
320 GAGA-T-T--AAA--AAT----A--TTTAA--AG--T
** * ** * * * * *
24656 AAAAGATATAGGCTTTCGAA-GGCTGAGTGACAATAAATGGAC-TC-TTCTATCAATAAATGGCT
1 AGTA-ATA-AGGCTTTTGAACGAATAAGTGACTATAAATGGACTTCACT-TACCAATGAATGGCT
* * * * * * * *
24718 TTTTC-TT-CAGTTCTCAAGGTAGACATTC-ATAATAATCTGTTT-TA-TAAAAAATGT--TA-A
63 TTTTCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACT-AAAAATGTAAAACA
* * *
24775 AATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCGAA
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTCGAA
* * * * * * *
24839 GGATTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAG
191 GGCTTAGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGG-CTATTTCTTCATGATTCCCAAG
* * ** * * *
24903 GCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAACAAATTCAACTT-AAATCA-AT
255 GTAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAA-AAATT-AACTTAAAATCATA-
* *
24966 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCA
317 TATGAGATTA-AAAA-TATTTAAAG-T
** ** ** *
24993 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGCTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATGAACAT-G-
1 AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAG-TGACTATAAATGGA-CTTCACTTACCAATG-A-ATGGC
* * * * *
25054 TTTTTC-TT-CATGTTTTCTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGGAAAA
62 TTTTTCTTTACAT-TTCT-TAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAA
* * ** * * **
25116 -AACATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTA
125 CAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCG
* ** * * ** * * * *
25180 AAAGAAT-GAGTGACTATAATTGCACTTTTTTTGCCAATGAATGGCT-TTAACTTCATGTTTCCC
189 AAGGCTTAG-GTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATT-TCTTCATGATTCCC
* * * *
25243 AAGGCT-AACATTCAATTATAATCGGTTTCAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAT
252 AAGG-TAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAT
*
25307 ATATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
316 ATATGAGA-T-TAAAAATATTTAAAG-T
* * * ** * *
25335 AGTAATAAGGCCTTTGAATGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAGTGACTATAAATGGACTTCACTTACCAATGAATGGCTTTT
* * *
25400 TCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATT
66 TCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAATT
* * * * *
25465 CAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTT
* *
25530 AGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCATGATTCCCAAGGTAAAC
196 AGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCATGATTCCCAAGGTAAAC
* * *
25595 ATTTAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCATATATGAGGAT
261 ATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCATATATGA-GAT
25660 ATAAAAATATTTAAAGT
325 -TAAAAATATTTAAAGT
* * * *
25677 AAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATAAGTGACTATAAGTGGACTTCACTTTCTAATGAATGGCTTT
1 -AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAGTGACTATAAATGGACTTCACTTACCAATGAATGGCTTT
* * *******
25742 TTCTTTACGTTTGC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGT-NNNNNNN
65 TTCTTTACATTT-CTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAA
*** * * * * *
25805 NNNAACTTAAAATCAATTCT-AGGATTACAAAACCATTTAGAGCGAGTAGTAAAGCTTTCTAAGG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
********** * * *
25869 CTT-GGCTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGNNNNNNNNNNCATGTTTTCTAAGGT
193 CTTAGG-TAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCATGATTCCCAAGGT
* * * * * *
25933 GAACATTCAATTATAA-CATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAACAATCAACTTAAAATCA-ATTC
257 AAACATTCAATTATAATC-CGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAA-AATTAACTTAAAATCATA-TA
*
25996 TCAGATTACAAAACTATTTAAAGGT
319 TGAGATTA-AAAA-TATTTAAA-GT
* * * * * *
26021 TGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAATTGGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAGTGACTATAAATGGACTT
26064 TTCTNNNNNN
Statistics
Matches: 1410, Mismatches: 265, Indels: 174
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 17 0.01
336 14 0.01
337 18 0.01
338 8 0.01
339 13 0.01
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342 264 0.19
343 500 0.35
344 18 0.01
345 4 0.00
346 2 0.00
347 5 0.00
348 1 0.00
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353 13 0.01
354 19 0.01
355 18 0.01
356 19 0.01
357 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAAGTGACTATAAATGGACTTCACTTACCAATGAATGGCTTTT
TCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTT
AGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTCTTCATGATTCCCAAGGTAAAC
ATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCATATATGAGATT
AAAAATATTTAAAGT
Found at i:26484 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26236--29853 Score: 3005
Period size: 171 Copynumber: 21.2 Consensus size: 170
26226 TCAGGTATTT
* * ** * * * **
26236 AATTATAATATATTTTAGCCAAAAATATAAAAACATTCAGCATAAAATCAATTATGAGATGGTAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
26301 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCC
65 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCC
* * * * *
26366 AATGAATCGATTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTC
130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * * * *
26407 AATTACAATTTGGTTTAGTCAAAAATATAAATAAATTTAAGC-CAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
26471 ACACTATTTAAAGCGAGCAACAAGGCTTTTGAAGGCAAT-GGTGAAC-ATAAAT-AGACTTTTCT
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGTG-ACTATAAATGAG-CTTTTCT
* * * * ** *
26533 AGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGAAAAACAATC
126 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
** * * *
26578 AATTATAATCTGTTTTAAAT-GGAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTGTA
1 AATTATAATCTGTTTT-AATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * ** *
26642 AAACTATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTAACTATAAATG-GACTTTTCTTG
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTG
** * ** *
26706 TTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTC-CTTGGACAGACACTT-
128 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-CAAACA-TTC
* * * *
26749 AATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-ATTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATA
* ** * * * * *
26813 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATAGGTGAATATGAATG-GACTTTTGTTA
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTG
* * * *
26877 CCAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTCGT-TCAAGACAGACATTC
128 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGCAAACATTC
* * ** *
26920 AATTATAATTTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAACTTTGACTTAAAATCAAATT-TGAGGTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATA
* * * *
26984 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TATGAGTGACTATATATGA-CTTTTCTTG
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
* * *
27047 CCAATGAATAGG-TTTTTCTTTACAT-TTCCTC-AGGTAGACATTC
128 CCAATGAAT-GGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* *
27090 AATTATAATCTGTTTTAATCCAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
27155 AACCGTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAAT-ACACTTTT-TGT
65 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGA-GCTTTTCT-T
* * * * * ** *
27217 ACCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCTCAAGATAGACATTC
127 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * *
27261 AATTATAATATATTTTAA-CAAAACATATAGAACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAA-ATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
27325 AAACTATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTTACTATAAATGGGTTTTTCTTAC
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGC
* ** * *
27390 CAATAAATGGCTTTCTT-TTCACATTTCAT-AAGGAAAAGATTC
129 CAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTC
* *
27432 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
27497 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACAATAAGTG-GACTTTTCTTG
65 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTG
* * * * **
27560 TCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCCCAAGAAAAACATTC
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* * *
27603 AATTACAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * **
27667 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGGAGGAATGGTTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAT
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* * * * * *
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* * * * *
27774 AATTATGATTTGTTTTAACCCAAAATGTAAAACATTCCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
27838 AA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCAT
65 AACT-ATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT
*** * * * *
27900 ATTAAT-AGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAGAAAATT-
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* * * *
27944 AATTATAATATATTTTAAT-AAAAAAGTAAGAAAATAT-AATTTAAAA-CTAATTATGAGATTAT
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAA-AAAAT-TCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTAT
** * * *
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* * *
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* * * * *
28114 AATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAACAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTACAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
28285 AATTATAATATGTTTTGACCAAAAATGTAGGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TC
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTA--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-
* * * * ** * * *
28349 AAAAGC-ATTTAAGGTGAGTAGTAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGCCTATAATAT-AACTTTTCT
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* * * *
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** * * *
28457 AAAGATAATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAGGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
28628 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
28693 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAGTG-GACTTCTCTTAC
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** ** *
28757 CAATGAATTACTTTTTCTTCATAATTCCCAAGGCAAACATTC
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * *
28799 AAGTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGAT
1 AATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-----AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ********** * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *
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* * * * *
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130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTC
* * * *
29145 AATTACAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
29210 AACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGAGTGACTATAAGTTAGCTTTTCTTGCA
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* * *
29275 AATGAATGGGTTTTT-TCTCATATGTT-T-AAGGTAAACATTC
130 AATGAATGGCTTTTTCT-TCATGT-TTCTCAAGGCAAACATTC
* * * *
29315 AATTATAATATGTTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
29380 AA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAAG-GACTTTTGTTG
65 AACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTG
* * * * * * ***
29443 TCAATAAATGGCTTTTTCTTGATATATCTCGAGGTGGACATTC
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* * * * *
29486 AATTATAATCTGTTTTAAT-AATAATATAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTCTGATATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** *
29550 AACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTATGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTTC
65 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTGC
* * * *
29614 TAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTC-CTAAGGAAAACACTT-
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACA-TTC
* * * * * *
29656 AATTATAACCTGTTCTAATAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGTTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * ** ** * * *
29721 AACTATTTAAAATGAGTAACAAACCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTCCC
65 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCC
* * ** *
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130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT
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*** * * *
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*
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* * * * * *
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**
30712 GGTAGTAA
66 AATAGTAA
**
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30738 CTATCTCTTG
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Matches are distributed among these distances:
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GCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGCCATCTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCT
AATAGTAA
Found at i:31618 original size:171 final size:170
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31023 ATAAAATACG
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** ** **
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1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAG
* ** * * *
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** * * * *
31500 CCCAATATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
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* * * * * * * *
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1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * * *
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* ** * * * * *
31675 GACATAAAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAC
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* * * * * * *
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* * * *** ** *
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* *
31843 GTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
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* * *
31887 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
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* * * * * *
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* * *
32014 GTAGACATTCAATTACAATCTAGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
32187 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTG-AAAAAA
128 GAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
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1 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* ** ** * * *
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** *
32528 CGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
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* * **
32570 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
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* * * * * * *
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* *
32697 GTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
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* * * * * *
32741 AATCAACTT-AAATC-ATATCTGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAC
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* *** * ** *
32804 GCATAAATGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGC
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* * * *
32869 AAACATACAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
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* * ** ** *
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* * *
33039 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAATATGTAAAAAA
129 -AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * ** *
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* * * *
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*** *
33212 AAACAGGAAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATGT-AAAAA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
33253 ATTCAACTAAAAATCATATATATG-G-CTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
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*** * * * * *
33316 CACATGGGTGACTACAAATTGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCC-AAG
64 GGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAG
* * * * *
33380 GCACACATTCAATCATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
128 G-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
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* * ** * *
33489 CT-TAGGTGA-TCGTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
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*
33552 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAACA
129 -AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
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* * * * * * ** *
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* *
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128 G-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
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* * * * *
33830 GAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCT-AGG
65 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGG
* * * *
33894 CAAAACATTCAATTAGAATATGTTTTAACCATAAATATAAAAAA
129 --AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
33938 ATTCAACTCAAAATC-CTATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGATG
1 ATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
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34002 GCATAGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGATTGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGTT
65 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-G
* *
34067 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAA
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* * * * *
34112 ATTGAATTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
34177 CT-TGAGTGACTATAAATAGG-TTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTCTCTTCACGTTT-CTAGAG
66 -TATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AG
* * *
34239 GTAAACATTTAATTATAA-CATGTTTT-ATCAAAATATGTAAAAAT
128 G-AAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAA
* * * * *
34283 ATTTAACCTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * * * *
34347 GCATCAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCT-AGG
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* * * *
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1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * **
34519 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGCATGGCTTTTTCTCCACATTT-CTCAAGGT
66 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGG-
* * * * * *
34583 AGACACTT-AACTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAA
129 AAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * * * *
34625 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTAAAAGTGAGTAGTAAAGTTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
34690 AATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCTATTGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
66 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-A
* * * *
34755 GACACTT-AATTGTAACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
130 AACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
34796 ATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * * * **
34860 GGATCAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAACC
65 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGG
* * * * * *
34925 AGACAATCAATTATAATTTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
34967 ATTTAACTT-AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * * *
35031 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATCAC-TTTTCTTTATATTT-TTCAA-GA
66 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGA
* * *
35093 TATACATTCAATGATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAC
130 -A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
35136 ATTCAACCTAAAATCAATCT-TCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** *
35200 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA-GA
65 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGA
*
35264 TATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC
130 -A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
35307 ATTCAAC
1 ATTCAAC
35314 CTAA
Statistics
Matches: 3345, Mismatches: 652, Indels: 226
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 45 0.01
169 143 0.04
170 795 0.24
171 1599 0.48
172 560 0.17
173 70 0.02
174 127 0.04
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Done.