Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397373.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_509.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34992
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Warning! 2938 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:472 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 109--780 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
99 NNNNNNTTTC
* * ** * * * **
109 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAACAATGAATGCCTTTTT-TTGCATGTTTTTT
1 AAAGGCAT-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTGCACGTCTCCT
* * * * * * **
173 GAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAA-GCAAAAACATTCAAGTTAAAATCAA
64 AAGGAAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* **********
237 TTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTT
128 CTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ** *
279 CAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGTTCTTTCTT-CATGTCTCC
1 -AAAGGCAT-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTT-TTTCTTGCACGTCTCC
* *** ***
343 TCAGGTAA-ACATTTGATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAGTTTAAAAT
63 TAAGG-AAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGA-AAAAAAATTCAACCTAAAAT
* *
406 CAA-TGTTGAGATCATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
125 CAACT-ATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * *
452 GAAGGCATGCATGACTATAAAAAGACTTTTCTTATCAATAAATGGTTTTTATTGCACGTCTCCTA
1 AAAGGCATG-ATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTGCACGTCTCCTA
* * * **
517 AGGAAGACATGCAATTATAATCTGTTTTCACCAACAATGAAAAAAAATTCAACCTACTATCAACT
65 AGGAAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAACT
* * * *
582 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTC
130 ATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
623 AAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTAT--ATGTTTCT
1 AAAGGCATGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCT-TGCACGTCTCC
* * ** * * *
686 TGAGGTAA-ACA-GTCAATTATAATATACTTTAATCAAAAAA-G-CAAAACATTCAACTTAAAAT
63 TAAGG-AAGACATG-CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
747 CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGT
125 CAACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGT
781 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 87, Indels: 39
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 51 0.13
171 208 0.53
172 131 0.33
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAGGCATGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTGCACGTCTCCTAA
GGAAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAACTA
TGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
Found at i:1181 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 984--1921 Score: 528
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
974 TTCTCGAGAT
* * * * * *
984 AGACAGTCCATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
1049 GATTACAAACCAATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTC
66 GATTA-AAACC-ATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
1114 TTCTTACCAATGAATGGTTTTTGCTGCACGTTTCCCAACGT
129 TTCTTACCAATGAATGGTTTTTGCT-CATGTCTCCCAAGGC
** * * *
1155 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAA-GCAAAAACATCCAAGTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
1219 ACATGATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGG-C
65 AGAT--TAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGAC
* ** * ** * * *
1283 TTTTATTGTCAATGAATTGCTTTTTTTTCATGACTGCTAAGGC
127 TTTTCTTACCAATGAA-TGGTTTTTGCTCATGTCTCCCAAGGC
* * * * * * * *
1326 AAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTCTGG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
1390 GATCATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGATTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAAAGAATTT
66 GAT--TAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * **
1455 TTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCTCTATGTCTCCCTGGGC
129 TTCTTACCAATGAATGGTTTTTGCTC-ATGTCTCCCAAGGC
* * * * * * *
1496 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAAATTCTAC-CAACTATCAACTGT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTAT
* ***********
1559 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-GAGA
64 GAGA-T-TAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GA
* * * ***
1623 CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTACATGTTTCTTGAGGC
126 CTTTTCTTACCAATGAAT-GGTTTTTGCT-CATGTCTCCCAAGGC
* **** * *
1667 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAGGCGAAAACATTCAATTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
******** * * * * * * **
1732 GNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATATACTT
66 G--ATTAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** *
1797 TGCTTGCGAATGAATGGCTTTTT-CTGTATGTTTCCTGAGGT
129 TTCTTACCAATGAATGG-TTTTTGCT-CATGTCTCCCAAGGC
* * * * * * *
1838 AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAA-GT-AAAACATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
1901 AGATTATAAAACCTTTTAAAG
65 AGA-T-TAAAACCATTTAAAG
1922 TGAGTAATNN
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 171, Indels: 49
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.02
170 165 0.29
171 359 0.63
172 36 0.06
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATGAATGGTTTTTGCTCATGTCTCCCAAGGC
Found at i:2318 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2141--2739 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
2131 TAGATAGTCC
* *
2141 ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
* * * * **
2206 GCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGAGAATAAAT-GAACTTTTCTTATC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATC
* * *
2270 AATGAATGGTTTTTGCTACACGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
130 AATGAATGGTTTTTGCTACATGTCTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
2312 ATTATAATATGTTTTAACCAAATAA-GCAAAAACATCCAAGTTAAAAT-AAATTATGACATGAT-
1 ATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAA-TATGAGATTATA
* * * * * *
2374 AAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCTTG-GATTATTATAAATAGGCTTTTCTTG
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * *
2438 TCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGACTGCTAAGGCAAACATTTA
128 TCAATGAATGG-TTTTTGCTACATGTCTCCCAAGGCAAACATTCA
* * ** * * * *
2482 ATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTCTGAGATCATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
*
2547 ACCATTTAAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTATC
66 ACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* ** * * * *
2611 AATAAATGACTTTTGCTCCATGTCTCCCTAGACAGACATTCA
130 AATGAATGGTTTTTGCTACATGTCTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * ** * *
2653 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAAT-TAACCTACTATCAAGTATGAGATTTTAA
1 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
*
2717 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
2740 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 70, Indels: 26
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 127 0.37
171 197 0.57
172 15 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
ATGAATGGTTTTTGCTACATGTCTCCCAAGGCAAACATTCA
Found at i:3903 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3715--4326 Score: 617
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
3705 ATAGTCACAT
* * * * *
3715 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAAGCTCATAATTAATTTTAAGCTG
1 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * *
3780 AATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAAAACATGAAGAA
66 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAGAA
3845 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTC
131 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTC
* * **********
3886 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTG
1 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * *
3951 AAGTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACC-ATAAGAAACATGAAG
66 AA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGA-AAACATGAAG
* * * * * ** *
4014 CAAAAGCCATCCATAGGCACGGAAAGT-GTTTTCATTGTCACTC
129 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATTATCACTC
** * * * * * * *
4057 AAACCTTGAAAAGCCTTCTTACTCACATTAAATGGTTTTATAAAT-TTATAATTTATTTTAAGTA
1 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * *
4121 GAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAGCATGAAGA
65 GAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAGA
* *
4186 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT-GTAGTCAC-C
130 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTC
* * * * *
4227 TAT-CCTGTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGCTTTTGTAATTTCATAATTGATTTTAAGT
1 -ATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* *
4291 TGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATA
64 TGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
4327 TTTTAACATC
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 84, Indels: 22
0.77 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.04
171 322 0.93
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAGAA
AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTC
Found at i:4292 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3724--4362 Score: 831
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
3714 TATGCCTTCG
* * * *
3724 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAAGCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTT
* * * *
3789 ACATTTTTTGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
3854 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGTATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
* **********
3919 GGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAAGTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTA
196 GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATTA
**
3983 TATTTGAATGTCTACCAT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAGGCACGGAAAGTGTTTTC
260 TATTTGAACATCTACC-TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAGGCACGGAAAGTGTTTTC
4047 ATTGTCACTCAAACCTTGA
324 ATTGTCACTCAAACCTTGA
* * * * *
4066 AAAGCCTTCTTACTCACATTAAATGGTTTTATAAATTTATAATTTATTTTAAG-TAGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGCT-GAATTGTTT
* * *
4130 TATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAGCATGAAGAAAAAGCCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
*
4195 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT-GTAGTCAC-CTAT-CCTGTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGTA-TCACTC-ATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * *
4257 AAATGCTTTTGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGA
192 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGA
* **
4322 TTATATTTTAACATCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGC
257 TTATATTTGAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGC
4363 TATCGATTGT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 39, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.03
342 243 0.96
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGTATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTAT
ATTTGAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATAGGCACGGAAAGTGTTTTCAT
TGTCACTCAAACCTTGA
Found at i:6371 original size:169 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4593--7121 Score: 1017
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 172
4583 NNNNNNNNNN
** ** * * * *
4593 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCCTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
4657 ACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTT-GAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTG
65 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTA
* * * * * * *
4719 GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACGTGAAA
129 GTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AT
* ** * * * * * * *
4764 AAAAAAGCTGTTGATTGACAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
4829 -TGCACTTTAAATAGTGTTA-AAGTCCCATAACTGATTTTA-AGTTGAACTTTTTTATA-TTTTT
66 CT-CACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAA-TTTTTTA-ACATTTT
* * * * * * **
4890 TA-TTAAAATATATTCTCACTGAATGTTTACCTCGGGAAACATG-T
127 TAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * ** * * * * *
4934 AGCAAAGGCCATCCATTGCCATGAAAAGTCCT-TTCATAGTTACTCA-AGTCTTCGAAAGCCTTA
1 -GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * *
4997 TTATTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTAAATTTA-AGCT-AAATTTTT-ACATTTTT
63 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTT
* * ** * * * * * * * *
5059 TGTTGAAACGGATTATAGTTGAATGTTTGCCTCGAGAATCTTGAA
128 AGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* *** * * * ***
5104 GAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNN
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
******* * * * * ** *
5168 NNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA-AGTTTAATTTTTTTATTTTTTTTG
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAG
* * *
5232 TTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTC-TGAAAACATG-T
130 TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAT
* ** * * * * *
5274 AGAAAAAACCATTCATTTGCAGGAAAAGTCC-ATTTATAGTTA-CCACACCTTCAAAAGCCTTAC
1 -GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
5337 TACTCACTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATGTGA-AGTTCAATTTTTTTACATATTTT
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACAT-TTTT
* * * * *** * *
5401 A-TTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGGGTAACATGAA
128 AGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
*** ** * * *
5445 GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
* ********** * * *
5510 CTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTA-AGTTTAATGTTTTT-ATATTTTTTG
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAAT-TTTTTAACATTTTTAG
* * * * * * *
5573 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACATAAA
130 TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAT
* * ** * * ** ** * **
5616 GAAAAAGCTATTGATTGCCAAAAAAAGTCTATTTATAACCATTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
** *************** * *
5681 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-NNNNNNNNNNNNNNNGAATTTTTT--TA-TTTTGGT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGT
* ** * * * ** * *
5742 TAAAACATATTATCATGGACTATCTATCTTGAGAAACGTGAA
131 TAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * * * * *
5784 GCAAAAGACA-TCTATTGGA-GAGAAAAG-TTCATTTATAGTCACTCATGCCATT-GAAAGCCTT
1 GAAAAAGCCATTC-ATT-AACAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCCATACC-TTCGAAAGCCTT
* * * ********** * *
5845 ATTACTAACGTTAAATGATTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNA-TGTTGAATGTTTTT-ATATTT
62 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAAT-TTTTTAACATTT
* * * * *
5908 TTGGTTAAAATAAATTATAA-TAGAATGT-TCACCT-AGGGAAAGATGAAT
126 TTAGTTAAAACATATTATAATTA-AATGTCT-ACCTCA-AGAAACATG-AT
* ********** * *
5956 -AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTNNNNNNNNNNATGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
** * * * *
6019 ACTCGA-TTTAAATGGCATTATAATCTCATAATTGATCTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTT
65 ACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTA
********** * * * *
6082 NNNNNNNNNNATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGTAACGTGAA
129 GTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * * ** * * ** *
6126 GAAAACA-CCGTTCATTGATACGAAAAGTATATTTATAGTCACCCACATCTTTAAAAGCCTTAGT
1 GAAAA-AGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
**** * * * *
6190 ACAGGTTTTAAATGG-TTTATGATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATGTTTTAATA-TTTTCG
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAG
* * * *
6252 TTAAAACAAATTATAACTCAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAT
130 TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
*
6295 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
**********
6360 CTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGT
* * * * *
6424 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAT
131 TAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * * *
6466 GAGAAAGACATTCATTAACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
6530 CTCATTTTAAATGGTTGTATAATATCATAATTGA-TTTAAAGTAT-AATTTTTT-ACATTTTTTG
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGT-TGAATTTTTTAACATTTTTAG
* * *
6592 TTAAAACATATTAGAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA
130 TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * * ** *
6635 GAAAATA-CCATTCATTAA-AA-ACAAGGTCTATTTATAATCATCCATACCTTTAAAAGCCTTAC
1 GAAAA-AGCCATTCATTAACAAGA-AAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
*
6697 TACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTTTTAACATTTT
64 TAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAA-TTTTTTAACATTTT
* * *
6760 TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAT
127 TAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* ** *
6806 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCGCCCATGTCTTTGAAAGCCTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
* ********** * * *
6870 ACTCACTTTAAATGCTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTTA
* * ** * * * * * *
6934 -TTAGAACAGAAAATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAA
129 GTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
* * * * ***
6977 GAAAAAGCTACTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAATTTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
7041 ACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATTTATTTGA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
65 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTA
* *
7104 GTTAAAATATATTTTAAT
129 GTTAAAACATATTATAAT
7122 GGATTATCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGT
TAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAT
Found at i:6438 original size:340 final size:339
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
6082 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
6092 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGTAACGTGAAGAAAACACCGTTCATTGATACGAAAAGTATA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAA-ACCATTCATTAACAAGAAAAGTCTA
* ** * *
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65 TTTATAGTCACCCA-ATCTTTGAAAGCCTTAGTACACATTTTAAATGGTTGTATAATATCATAAT
* * * *
6221 TGATTT-TAG-ATTGAATGTTTTA-ATATTTTCGTTAAAACAAATTATAACTCAATGTCTGCCTC
129 TGATTTAAAGTA-T-AATGTTTTACAT-TTTTCGTTAAAACAAATTAGAACTAAATGTCTACCTC
* *
6283 AAGAAACATGATGAAAA-AGCCATTCATTAACAAGA-AAAGCCTATTTATATTCACCCATACCTT
191 AAGAAACATGAAGAAAATA-CCATTCATTAA-AA-ACAAAGCCTATTTATAATCACCCATACCTT
* * **********
6346 CGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
253 CAAAAGCCTTACTACAT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
*
6409 TTTAACATTTTTAGTTAAAACAT
317 TTTAACATTTTTAGTTAAAACAG
* * *
6432 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGATGAGAAAGA-CATTCATTAACAAAAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGA-AAA-ACCATTCATTAACAAGAAAAGTCT
* * * *
6496 ATTTATAGTCA-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTGTATAATATCATAA
64 ATTTATAGTCACCCAAT-CTTTGAAAGCCTTAGTACACATTTTAAATGGTTGTATAATATCATAA
* * * * *
6560 TTGATTTAAAGTATAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTAAATGTCTACCTCAG
128 TTGATTTAAAGTATAATGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAAATTAGAACTAAATGTCTACCTCAA
* * * *
6625 GAAACATGAAGAAAATACCATTCATTAAAAACAAGGTCTATTTATAATCATCCATACCTTTAAAA
193 GAAACATGAAGAAAATACCATTCATTAAAAACAAAGCCTATTTATAATCACCCATACCTTCAAAA
* *
6690 GCCTTACTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAC
258 GCCTTACTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAC
*
6755 ATTTTTGGTTAAAACAG
323 ATTTTTAGTTAAAACAG
* * *
6772 ATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAA-CCATTCATTAACAAGAAAAGTCTA
* * * * *
6837 TTTATAGTCGCCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
65 TTTATAGTCACCCA-ATCTTTGAAAGCCTTAGTACACATTTTAAATG
6884 CTTTNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAACCATTCATTAACAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCAATCTTTGAAAGCCTTAGTACACATTTTAAATGGTTGTATAATATCATAATTG
ATTTAAAGTATAATGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAAATTAGAACTAAATGTCTACCTCAAGAA
ACATGAAGAAAATACCATTCATTAAAAACAAAGCCTATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCC
TTACTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATT
TTTAGTTAAAACAG
Found at i:6768 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 6092--7116 Score: 1170
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
6082 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6092 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGTAACGTGAAGAAAACACCGTTCATTGATACGAAAAGTATA
1 ATTAGAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACACCATTCATTGATACAAAAAGTATA
* * * * *
6157 TTTATAGTCACCCACATCTTTAAAAGCCTTAGTACAGGTTTTAAATGGTTTATGATCTCATAATT
66 TTTATAATCACCCACACCTTTAAAAGCCTTACTACAGGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATT
* * *
6222 GATTTTAGATTGAATGTTTTAATATTTTCGTTAAAACAAATTATAACTCAATGTCTGCCTCAAGA
131 GATTTTAGATTGAATGTTTTAACATTTTCGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGA
*
6287 AACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTATATTCACCCATACCTTCGAAA
196 AACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
* ** *
6351 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA
260 GCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTA--------TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACA
* ** * * * * *
6416 -TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGATGAGAAAGAC-ATTC
317 TTTTTTA-TTAAAACAGAAAATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG-CTACTC
* * * *
6479 ATTAACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAAT
380 ATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACT-AGCTTTAAAT
* *
6542 GGTTGTATAATATCATAATTGATTTAAAGTAT-AA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
444 AGTTGTATAATATAATAATTGATTTAAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
* * *
6601 ATTAGAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAATACCATTCATT-A-A-AAACAAGGTC
1 ATTAGAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACACCATTCATTGATACAAA-AA-GTA
* * *
6663 TATTTATAATCATCCATACCTTTAAAAGCCTTACTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 TATTTATAATCACCCACACCTTTAAAAGCCTTACTACAGGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATA
* * * * *
6728 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
128 ATTGATTTTAGATTGAA-TGTTTTAACA-TTTTCGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCT
* * ** *
6793 TAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGTCTTT
191 CAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
**
6858 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
256 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTT--------TATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * *
6923 TATATTTTTTATTAGAACAGAAAATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTAC
313 AACATTTTTTATTAAAACAGAAAATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTAC
* * **
6988 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAATTTTATTACTAGCTTTAAA
378 TCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTAGCTTTAAA
* * * * * *
7053 TAGTTTTATAATTTAATAATTTATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAT
443 TAGTTGTATAATATAATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
7114 ATT
1 ATT
7117 TTAATGGATT
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 64, Indels: 36
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 3 0.01
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510 9 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
ATTAGAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACACCATTCATTGATACAAAAAGTATA
TTTATAATCACCCACACCTTTAAAAGCCTTACTACAGGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAGATTGAATGTTTTAACATTTTCGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGA
AACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATT
AAAACAGAAAATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATTAACAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTGTATAATA
TAATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
Found at i:12737 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 12711--12755 Score: 56
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12701 AGAAATTCTA
12711 ATTTG-GTGCAAAACAAATAATTG
1 ATTTGAGT-CAAAACAAATAATTG
*
12734 ATTTGAAGTTAAAACAAATAAT
1 ATTTG-AGTCAAAACAAATAAT
12756 ATTGAATGGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (23 bp):
ATTTGAGTCAAAACAAATAATTG
Found at i:12994 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 12801--13113 Score: 358
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
12791 CTATTCATTA
* * * * * *
12801 ACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT-GAAAGTCTTAGTACTCACTTTACATGATT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATCATT
* * *
12865 TTATAATCTCATAACTAATTTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATCACAAT
65 TTATAATCTAATAACTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATCACAAT
*
12930 TGAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
129 TGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* *
12963 ANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTGACTT
1 A----------CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTT
* * *
13028 TAAATCATTTTATAATCTAATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAG
56 TAAATCATTTTATAATCTAATAACTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* *
13093 ATTATAATTGAATATCTACCT
121 ATCACAATTGAATATCTACCT
13114 CAAGANNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 17, Indels: 13
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
171 36 0.29
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATCATTT
TATAATCTAATAACTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATCACAATTG
AATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
Found at i:13894 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12779--18385 Score: 2083
Period size: 171 Copynumber: 32.9 Consensus size: 170
12769 CTTAAGAAAT
* ** * * * *
12779 GTGAAGAAAAATCTATTCATTAACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-TGAAAGTC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA-AGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * * * * * * *
12843 TTAGTACTCACTTTACAT-GATTTTATAATCTCATAACTAATTTAAAGTTTAATTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTT--ATA
* * * *
12907 TTTTTG-TTAAAACAGATCACAATTGAATCTCTACCT-TGAGAAAC
125 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* *********** * * *
12951 ATGAAGAAAAAGANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTC-GAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * *
13015 TTATTACT-GACTTTAAATCA-TTTTATAATCTAATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAT
64 TTATTACTCG-CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTATAT
* * * * ***
13078 TTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCA--AGANNN
126 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
******* * * ** *
13122 NNNNNNNAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTCTCTTCACCCATGCATTC-GAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * *
13186 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTCATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAA-TTTTT-ATA-T
* * * *
13250 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCT-TGGAAAA-
126 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * ** * *
13293 GATCAAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAAAAAGGTCCACTTATTGTCAGTCATGCCTTCAAAAGTC
1 G-TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCC
* * * *
13358 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTC
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTATATT-
* * * * * * *
13423 TCT-ATTGAAACATATTGTAATTAAATGTCTACCTCA--AGAAAT
127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
* ** * * *
13465 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATCC-TATTGTAGTCACCTAAGCCTTC-GAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * *
13528 TTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAGTTG-TCTTTAAGTTGAAGTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT-TTGAAGTTGAAATTTTTATATT
* * ** *
13591 TTTGTTTCAAACAGATTATAATTGAATAACTACC-ATGAGAAAC
127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * * * * * *
13634 ATGAAGAAAAAGCCT-TTCCTTAGTAAGAAAAGCCCATTGATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAG-AAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCC
* * *
13698 TTATTGCTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGATT-AATATTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TTGAA-ATTTTTATATT
* * *
13762 TTTGATTAAAACAAATTACACTTGAATGTCTACCTAT-AAAAAC
127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * **
13805 GTAAAGTAAAAGCTATTCATTGGCACGAAAGGCCTATTTATAGTCACCCAAGGTTTCAGAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* *
13870 CATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA--T--T--TT-A--T--A-TT----TTTTTATATTTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTATATTTTT
* * ********** * *
13919 TATTAAAACATATTANNNNNNNNNNTCTACCT-TGAGAAAT
130 GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * * *
13959 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAATAAAAGTCCA-TTATAGTCACCTATGCTTTTAG-AGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA-GAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* * * *
14022 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGACTTT-AAGTT-AAATTTTTTAACATT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAAA-TTTTT-ATATT
* * * * *
14085 TTTCAGTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACAT-TGAGAAAC
127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* ** * * * ** * *
14128 GTAAAGAAAAAGAGATTTATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC-AAGAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* ********** * * * * *
14193 TATTACTCACNNNNNNNNNNTCTATAATCTCATAATTGATTTCCAAG-TCAATTTATTTGTATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-GAAGTTGAAATT-TTTATATTT
* * * * ** * **
14257 CTCATTGAAACTGATTGCAGTTGAATGTCTA-CGGTG-AAAAC
128 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * ** * ********** * *
14298 ATAAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* * ** * * * * * *
14363 TATTAATCACTTTAAAT-GATTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTTCATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTAT-ATTT
* * * *
14427 TTGGATT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAAAAAAT
128 TT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * ** * **
14469 GTGAAGAAAAACCCATTAATTGATAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GCAAGAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
*** * * * * *
14534 TATTACTAATTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGATGAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTATATTT
* ** * * * **
14598 TT-AGTTAAAAACGGATTATTGTTTAATGTTTA-CTAAGGGAAAC
128 TTGA-TT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * * * *
14641 ATGAAAAAAAAG-TCAATCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATTGTCACCTATACCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAGG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCC
* * * * * *
14705 TCATTGCACGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTGATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTTTTC
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA--ATTTTTAT-
* * * * * *
14768 ATATTTGGTTAAAACAGATTATACTTAAATATCTACCT-TGAGAAAC
124 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * * * * * *
14814 ATGAACAAAAGAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGCCTATTTGTAATCACCTAAGCCTTC-GAAAGC
1 GTGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGC
** * * * * *
14878 CTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTAACAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA-AATTTTT-ATAT
* * * * *
14942 TTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCA--AGAAAC
126 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
* * * * * * *
14986 ATGAAGAAAAAG-TCATTCGTTGGCAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCTAAGCCTTCAAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCC
* ********** * * *
15050 TTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAAT-TTTTATA-TT
* * * *
15115 TTTG-TTCAAAA-AGATTATAATTGAATGACTTCCTCT-AGAAAC
127 TTTGATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * * * * ** *
15157 ATGAAGAAAAAGCTATTTATTCGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTACGCCTTC-GAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * ********** * *
15221 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTATATTT
* * * * *
15286 TTTATTAAAATAGAATATGATTGAATGTCTACCT-T-AGGAAAC
128 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGA-AAAAC
* * * * * * * *
15328 ATGAAGAAAAACCT-TCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCGCCTAAGCCTTCGGAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* * ********** * *
15392 TATTACTTGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAGTTGACTTT-AAGTT-AAATTTTTTTTATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAAA-TTTTTATATTT
* * *
15455 TTGATTTAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCA--AGAAAC
128 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
* * ** * * *
15497 GTAAAGAAAAAGATATTCATTGAAAAGAAAGGCCCATTTTTAGACACCCATGCCTTC-GAAATCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * * *
15561 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTT-ATATTT
* * * *
15626 TTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT-T-AGGAAAC
128 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGA-AAAAC
* * * * * * ** *
15668 ATGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCACTTATGCCTT-TGAAAGCC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGA-AAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGCC
* * * * * * * * * *
15732 TTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA--ATTTTTATATT
* * * * *
15797 TTT-AGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCA--AAAAAC
127 TTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
* * * * ******** * * *
15840 GTAAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-TNNNNNNNNNNATCCATGCCTTCAAAAGTC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCCAT--TTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCC
* * * ** * *
15903 TTAGTACTCACTTTAAAT-GATTTTAAAATCTCGCAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTTACA
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAA---TTTTTATA
** * * * ** *
15966 TTTTTGGCTAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTA-GGGAGAC
125 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* ** * * * * * *
16011 ATGAAGAAAAAGCCT-TGAATTAGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCGCCTAAGCCTTC-GAAAGC
1 GTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGC
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGAAAAAC
* * * * * * *
16182 GTGAA-AAAAAGCCATTCCTTGGCAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* ** *
16246 TATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTT--AATTTTTATTTTAT
65 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTATATT-T
* * * * * *
16309 TTTAGTTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-GAGATAT
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* * * * * *
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* * * * *
16415 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATCATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTT
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* * * *
16480 TTTG-TTAAAAAAAATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGGAAAAC
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* * * * * * * * *
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* * * * *********
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * ********** *
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* * * * * *
16994 TG-TTAAAACATATTACAGTTGAACGTCTACCTAAG-GAAAC
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* * ** * * * * *
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* * * *
17098 CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTG-ATTTTTTTTATT
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* * * * *
17161 TTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAATA-
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* ** * * * * *
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* * *
17268 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATT
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* * * * *
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* * ** * * * * * * *
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1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* * * * * * *
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65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAAT-TTTTATA-TTT
* * * *
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65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGA--AATTTTTATATT
** ***
17674 TATT-ATTAAAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGTGCAAC
127 T-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGAAAAAC
* * ********* * * * *
17717 ATGAAGAAAAAGATATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCT
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* * * ********* * *
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65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTATATTT
* * * *
17846 TTGATTAAACCAGATTATAGTTGAATGTCTACCTAAG-GAAAC
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* * * * * ** ** *
17888 ATGAAGAAAAAGCCATTCA-TGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATGCCTT-TGAAAGCC
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* * * * * * *
17951 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATGATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACTT
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* * * * * * * ** * *
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** * * * * * ***
18059 GTGAAGAAAGCGCTATTCATTAGCATGAAAGGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTAA
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCT
* * * * *
18124 TATTACTAGCTTTAAAT-GATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAACATT
65 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTT--ATATT
* * * * *
18188 TTTGGTTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTA-CT-TTAGAAAAT
127 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGA-AAAAC
* * * * ** * * * ** *
18231 GTAAAGAAAAAGCAATTTACTGATATGAAA-ACTCTATTTATAATCACATATTCCTTC-GAAAGC
1 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGC-C-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAG-AAGC
* * * * *
18294 CTTATTACTCGCTCTAAAT-GATTTTTTAATCTCATAATTGATTT-TAGATTGAATTCTTTTACA
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TTGAAAT-TTTTATA
*
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*
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12772 AAGAAATGTG
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* *
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* * * * ** * *
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** ********** * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * *
13234 TAAATTTTTTCATATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGGAAAA-GAT
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
13360 ATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTCTC
63 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * ** **
13425 TATTGAAACATATTGTAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
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* * *
13490 AGAAAATCCTA-TTGTAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
192 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTA
* * * * * *
13553 TAATCTTATAGTTG-TCTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGTTTCAAACAGATTATAATTGA
255 TAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** * * * * * * * * *
13616 ATAACTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTCCTTAGTAAGAAAAGCCCATTGATAGTT
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** * * * *
13679 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA
382 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
13744 GATT-AATATTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTACACTTGAATGTCTACCTATAAAAACGT
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* * * * * * ** * *
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** *
13871 ATTACTTGCTTTAAATAG-TTT-T-A--T-A-A-T--TTT--A--T--ATTTTTTTATATTTTTT
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* * ********** ** *
13920 ATTAAAACATATTANNNNNNNNNNTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
128 GTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
* ** ** * * *
13985 TAAAAGTCC-A-TTATAGTCACCTATGCTTTTAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATG
193 GAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATA
* * * * * * **
14048 ATGTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTCAG-TAAAACGGATTATAATTGAAT
257 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ** ** * ** * * *
14112 GTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGAGATTTATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
321 GCCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ********** * *
14177 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTCTATAATCTCATAATTGATTTCCAAG-T
386 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTT
* * * * * ** * * *
14241 CAATTTATTTGTATTTCTCA-TTGAAACTGATTGCAGTTGAATGTCTACGGT-G-AAAACAT
450 GAATTTTTTTTTATTT-T-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTAGAAAAACGT
* * ********* *
14300 AAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTCAAAAGCCTT
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATT-TATAGTACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * ** * * * **
14364 ATTAATCACTTTAAATGATTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTT-TCATTTT
63 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTT
* * * * * * ** *** *
14428 TGGATT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAACCCATTAATTGA
126 TTG-TTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG-
** * * * * ***
14492 TAAAAAAAATCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTAATTTTAAATGA-T
189 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTA-ACCTTCGA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATT
* * * * * *
14554 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-ACGGATTATT
251 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA--GATTATA
* * ** * * * * * *
14618 GTTTAATGTTTA-CT-AAGGGAAACATGAAAAAAAAG-TCAATCATTGGCAAGAAAGGTCTATTT
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* * * * * *
14680 ATTGTCAC-CTATA-CCTTCAAAAGCCTCATTGCACGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATT
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* * * * * *
14743 GACTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTCATATTTGGTTAAAACAGATTATACTTAAATATCTACCTTG
439 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTT-AT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* *
14808 AGAAACAT
501 AAAAACGT
* * * * * * *
14816 GAACAAAAGAGCCATTCACTAGCAAGAAAAG-CCTATTTGTAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCT
1 -AAGAAAA-AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
14880 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTATATTTTTTAACATTTT
62 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-TTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * *
14945 TGGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCGTTGG
126 TTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGG
* * ******
15009 CAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNN
190 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTT
**** * * *
15074 NNNNTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTCAAAA-AGATTATAATTG
254 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAAATAGATTATAATTG
* * * * * *
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* * * * ********** *
15202 ACTTACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTAAA
382 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
15267 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGAATATGATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACAT
447 GTTGAATTTTTTT-T-TATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAAACGT
* * **
15330 GAAGAAAAA-CC-TTCCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT-CGCCTAAGCCTTCGGAAGCC
1 -AAGAAAAAGCCATT-CATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTAC-CC-ATGCCTTCAAAAGCC
** **********
15391 TTATTACTTGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAGTTGACTTT-AAGTTAAATTTTTTT-TA-T
61 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-TTGA-TTTCAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * *
15453 TTTTGATTTAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATT
124 TTTTG-TTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT
** * * * * * * *
15518 GAAAAGAAAGGCCCATTTTTAGACACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATATTT
188 GGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTA-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTT
* * ** * *
15583 TTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTATCAAAACAGATTATAATT
252 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * * *
15648 GAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTAAAGTC
317 GAATGCCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * * *
15713 ACTTATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTCATTTTAA
382 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
15778 TTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAAACGT
447 GTTGAATTTTTTTT-TA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAAACGT
* ********** * *
15842 AA-AGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTNNNNNNNNNNATCCATGCCTTCAAAAGTCTTA
1 AAGA-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
15906 GTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCGCA-ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTT
64 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT--CATATTGATTTCAAGTTAAATT-TTTTTATATTTT
* * * * * * * ** *
15970 TGGCTAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTGCCT-AGGGAGACATGAAGAAAAAGCCT-TGAATTA
126 TTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTG
* * * * **
16033 GTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCGCCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTT
189 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTT
* * * * * *
16098 TATAATCTTATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATAATAATTG
253 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
** * * * * *
16163 AATGTGTGCCTCAAAAAATGTGAA-AAAAAGCCATTCCTTGGCAAAAAAAG-CCTATTTATAGTC
318 AATGCCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCC-ATTTATAGTC
* * *
16226 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT
382 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
16291 AGTT-AATTTTTATTTTATTTTAGTTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGATATGT
446 AGTTGAATTTTT-TTTTATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAACGT
* * *
16354 AAAGAGAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGATACCCATGCCTTC-AAAGCCTTA
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
16418 TTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATCATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
64 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * ** * *
16483 GTTAAAAAAAATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCA
128 GTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCA
* * * * * *
16547 AGAAAAGTCAATTTATATTCACCTATACCTTTGAAAACCTTACTACTTGCTTTAAATATTTTTAT
192 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTA-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTAT
**********
16612 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
256 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
16677 GCCTACCTTAGGAAACATGATGAAAAAGATACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
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* * * * * **
16742 ATGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTNN
386 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
******** ** * * * * *
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* * * * *
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1 -AAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * **********
16930 AGTAGTCGCTATAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATA-TTTT
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* * * *
16994 TGTTAAAACATATTACAGTTGAACGTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGG
127 TGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGG
* * * * * **
17057 CAAAAAAAATCCTATTTATAGTCA-CTCAAGCTTTCGGAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTT
190 C-AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCT-AA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTT
* * *
17121 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-ATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
252 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
** * **
17184 GAATGTGTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCTATTCATTCACAAAAAAAG-CCTATTTATAGT
317 GAATGCCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * * *
17248 CAC-CAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTT
381 CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
17312 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTCAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGT
445 AAGTTGAATTTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAACGT
* * * * *
17377 GAAGAAAAAGCCATTCGTT-G-ATATGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATACCTCCAAAAGCCT
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * ** * *
17440 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTCAAGTCGAAGTATTTTATATTTT
62 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * *
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126 TTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
* * * * ********** *
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* * * * *
17634 TAATCTCATAATTGACTTTAACTTGATTTTTTTTTATATTTATT-ATTAAAGTAGATTATAATTG
255 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* *** * * * **********
17698 AATGTCTACCTTGTGCAACATGAAGAAAAAGATATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCA
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* * * * **********
17763 C-CTATGTCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAA
383 CTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
17827 GTTGAATTTTTTTTTATTTTTGATTAAACCAGATTATAGTTGAATGTCTACCTA-AGGAAACAT
447 GTTGAATTTTTTTTTATTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAAACGT
* * * * ** **
17890 GAAGAAAAAGCCATTCA-TGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATGCCTTTGAAAGCCTTA
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
17954 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATGATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACTTTTT
64 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTT
* * * * * * ** * ** * *
18018 TCATTCAAATAGATAATAGTTAAATATCTGGCTC-TGAAA-ATGTGAAGAAAGCGCTATTCATTA
127 T-GTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATTCATTG
* * * * *** *
18081 GCATGAAAGGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGTAATATTACTAGCTTTAAATGA-T
189 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCT-AA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATT
* * * *
18144 TTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAACATTTTTGGTTAAAATAGAGTATAA
251 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
* ** * * * ** ** * *
18209 TTGAATGTCTA-CTTTAGAAA-ATGTAAAGAAAAAGCAATTTACTGATATGAAAACTCTATTTAT
315 TTGAATGCCTACCTCAAGAAATATG--AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * *
18272 AATCACAT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGAT
378 AGTCAC-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** *
18336 TTT-AGATTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAAT
442 TTTAAG-TTGAATTTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
18386 ATTTTCCTCA
Statistics
Matches: 3852, Mismatches: 1058, Indels: 359
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Found at i:16631 original size:854 final size:850
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12964 NNNNNNNNNN
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* * * * *
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* * * * **
13165 TCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
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13230 AAATT-AA-ATTTTTTCATATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGGAAA
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
13353 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
379 AAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTA
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** * * * *
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* ** * * * * * * * *
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571 ATGGTTTTATAAAATTATAATTAAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATA
** * * * ** * * * * * *
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635 ATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCCTTGGCAAAAAAAGCCTATTT
* ** * *
13673 ATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCA-CTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATT
699 ATAGTCAC-CAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
13736 GATTTGAAGATTAATATTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTACACTTGAATGTCTACCTATA-
761 GATTTTAAG-TTAATTTTTTTTTATTTTAGTTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTA-AG
* * * *
13800 A-AAACGTAAAGTAAAAGCTATTCATTGG
823 AGAAATGTAAAGAAAAAGC-AATCATTTG
* * ** * * *
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1 CAAGAAAGGTCC-ATTTATAGAT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * ******
13888 GT-T--T-T-ATAA-T--TTT-A--T--ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTANNNNNN
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**** * * * *
13940 NNNNTCTACCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAATAAAAGTCCA-TTATAGTC
129 AATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATC
* * * * * * *
14003 ACCTAT-GCTTTTAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGACTTTAA
193 ACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * ** * *
14067 GTT-AA-ATTTTTTAACATTTTTCAG-TAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACG
257 GTTGAATATTTTTTAACATTTTT-AGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAACA
** * * * * * *
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321 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATATTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCC
* ********** * * * * * **
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384 TTAGTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTT-TAAGTTAAATTGT-TTTACAT
* *** * ** ** * * * * * ** **
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447 TTTTGGCTCAAAAAGATTATAATTGAATGACTGC-CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGAAT
* * ********* * *
14318 TGGCAAGAAAAG-CCTATTNNNNNNNNNNC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
511 TAGAAAGAAAAGTCC-ATT-TATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
14381 ATTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTTCATTTTTGGATT-AAATAGATTAT
574 GTTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGG-TTAAAATAGATAAT
* ** ** *
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* ** *
14509 TAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTAATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
700 TAGTCA-CCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** ** * * *
14574 TTAAAGATGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAACGGATTATTGTTTAATGTTTA-CTAAGGG
764 TTTAAG-TTAATTTTTTTTTA-TTTTAGTTTAAAAA--GATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAG
*
14637 AAACATG-AAA-AAAAAGTCAATCATTGG
825 -AA-ATGTAAAGAAAAAG-CAATCATTTG
* * * * * * *
14664 CAAGAAAGGTCTATTTATTG-TCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTGCACGCTTTAAATGATTT
1 CAAGAAAGGTCCATTTATAGAT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * *
14728 TATAATCTGATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTCATATTTGGTTAAAACAGATTATACT
65 TATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * ** * * * * *
14793 TAAATATCTACCTT-GAGAAACATGAACAAAAGAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGCCTATTTGTA
127 TGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAA-AGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATA
* *
14857 ATCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGAT
190 ATCACCTATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
14920 TTTAAGTT--ATATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGA
252 TTTAAGTTGAATATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAA
* * *
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317 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCTAAGCCTTCAAAAG
* ** ********** * * * *
15048 CCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
382 CCTTAGTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAT
* * * ** **
15113 TTTTTGTTCAAAAAGATTATAATTGAATGACTTCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATT
447 TTTTGGCTCAAAAAGATTATAATTGAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGAATT
* * *
15178 CGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
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********** * * ** *
15243 TTATNNNNNNNNNNTTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA-ATATGAT
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** ** *
15307 TGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACC-TTCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
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15371 CGCCTAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAGTTGACTTTA
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* * * * * *
15711 TCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTCATTTT
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* * *
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319 CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATATTCA-CCTAAGCCTTCAAAAGC
*
15902 CTTAGTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACAT
383 CTTAGTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACAT
* * * * *
15967 TTTTGGCT-AAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTAGGGAGACATGAAGAAAAAGCCT-TGAA
447 TTTTGGCTCAAA-AAGATTATAATTGAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATGAA
* * * *
16030 TTAGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGCCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATG
510 TTAGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** * *
16094 GTTTTATAATCTTATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATAATA
574 GTTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAGATAATA
* * *
16159 ATTGAATGTGTGCCTCAAAAAATGTGAA-AAAAAGCCATTCCTTGGCAAAAAAAGCCTATTTATA
638 ATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCCTTGGCAAAAAAAGCCTATTTATA
* * * *
16223 GTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
702 GTCAC-CAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
16288 TTTAGTTAATTTTTATTTTATTTTAGTTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGATAT
765 TTAAGTTAATTTTT-TTTTATTTTAGTTTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAGAAAT
* *
16352 GTAAAGAGAAAGCCATCCATTTG
829 GTAAAGAAAAAGCAAT-CATTTG
* **
16375 CAAGAAAAGTCCATTTATAGATACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTT
1 CAAGAAAGGTCCATTTATAGATACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * *
16439 ATAATCTCATCATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAGTTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
16504 ATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCAC
130 ATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCAC
* * **
16569 CTATACCTTTGAAAACCTTACTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
195 CTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
********** * * * * * * * ** *
16634 TG-A-NNNNNNNNNNATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGA
259 TGAATATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAACATAA
* ** * * * * * * *
16697 TGAAAAAGATACTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAC
324 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATATTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAG
* * ** * ********** **
16761 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTCA
388 TACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * ** *
16826 TTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTTAGA-AAACATGATGAAAAAGCTATTTATTAGTTA
453 CTCAAAAAGATTATAATTGAATGACTGC-CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGAATTAG-AA
* * * * * * *
16890 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAGTAGTCGCTATAATTGGTTTTA
516 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * ********** * * * * *
16953 TAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACATATTACAGTTGAA
580 TAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAA
* * ** * * *
17017 CGTCTACC-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTCA
644 TGTCTACCTTAA-AAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCCTTGGC-AAAAAAAGCCTATTTATAGTCA
* * * *
17081 CTCAAGCTTTCGGAAGGCTTATTACTCA-CTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
706 C-CAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
17144 AGTTGA-TTTTTTTTATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTCA-AGAAATAT
768 AGTTAATTTTTTTTTA-TTTTAGTTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAGAAATGT
* **
17206 AAAGAAAAAGCTATTCATTCA
831 AAAGAAAAAGC-AATCATTTG
* * * * *
17227 CAAAAAAAG-CCTATTTATAG-T-CACCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
1 CAAGAAAGGTCC-ATTTATAGATAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GAT
* * * ** * *
17289 TTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTCAAACATATTATAAT
63 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * ** * * *
17354 TGAATGCCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGATATGAAAAGTCCATTTATAG
127 TGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAA
* *** * * *
17418 CCACGC-ATACCTCCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTT
191 TCAC-CTATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * *
17482 CAAGTCGAAGTA--TTTT-ATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAGTTAAATGTCTACCTCAAGAA
254 TAAGTTGAA-TATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAA
* ** * * * * * *
17544 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTC-AATTATACTCACTTATA-CCTTCGAAAG
318 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCTA-AGCCTTCAAAAG
* ******** * * * * ** *
17607 CCTTATTACTNNNNNNNNNNA-G-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAACTTGATTTTTTTTTA
382 CCTTAGTACT--CACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
17670 TATTTATT--ATTAAAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGCAACATGAAGAAAAAGATAT
444 CATTT-TTGGCTCAAA-AAGATTATAATTGAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
** ********** * * * * **
17733 TCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAA
507 GAATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** * ********** * ** *
17798 TGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGATTAAACCAGATTA
572 TGGTTTTATAAAATTATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATAA
* * ** * *
17863 TAGTTGAATGTCTACC-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATGG-AAAGAAAAGTCTATT
636 TAATTGAATGTCTACCTTAA-AAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCCTTGGCAAA-AAAAGCCTATT
** * * * * * * *
17925 TATAGTTTCTTATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATGATT
698 TATAGTCAC-CAAGCCTTCAG-AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * ** **
17989 AATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACTTTTTTCA-TTCAAATAGATAATAGTTAAATATCTGGCTCT
761 GATTTTAAGTTAATTTTTTTTTA---TTTT-AGTTTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAA
* ** * *
18053 GA-AAATGTGAAGAAAGCGCTATTCATTAG
822 GAGAAATGTAAAGAAAAAGC-AATCATTTG
* * * * *** *
18082 CATGAAAGGCCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCAAAAGTAATATTACTAGCTTTAAATGATTT
1 CAAGAAAGGTCCATTTATAGAT-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * * *
18146 TATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAACATTTTTGGTTAAAATAGAGTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * ** * * * ** * * *
18211 GAATGTCTACTTTAGAAAATGTAAAGAAAAAGCA-ATTTACTGATATGAAAACTCTATTTATAAT
128 GAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAAT
* * * * * * *
18275 CACATATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTT-
192 CACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * *
18339 AGATTGAAT-TCTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAAAC
256 AG-TTGAATATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAAC
18402 ATGAAAGAAA
320 AT-AAAGAAA
18412 GCCATTTATT
Statistics
Matches: 3531, Mismatches: 875, Indels: 353
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
833 43 0.01
834 214 0.06
835 203 0.06
836 97 0.03
837 69 0.02
838 5 0.00
839 3 0.00
840 1 0.00
841 1 0.00
842 1 0.00
843 4 0.00
844 4 0.00
845 2 0.00
846 4 0.00
847 1 0.00
848 4 0.00
849 1 0.00
850 2 0.00
851 29 0.01
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854 769 0.22
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857 52 0.01
858 268 0.08
859 138 0.04
860 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (850 bp):
CAAGAAAGGTCCATTTATAGATACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
ATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACC
TATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAACATAAAG
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATATTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTAC
TCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGCTC
AAAAAGATTATAATTGAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGAATTAGAAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAAT
TATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAC
CTTAAAAAATGTGAAGAAAAACCATTCCTTGGCAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAGCCTTC
AGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT
TTATTTTAGTTTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAGAAATGTAAAGAAAAAGCAATC
ATTTG
Found at i:16954 original size:682 final size:673
Alignment explanation
Indices: 14842--17486 Score: 1340
Period size: 682 Copynumber: 3.9 Consensus size: 673
14832 CACTAGCAAG
* * * * * ** *
14842 AAAAGCCTATTTGTAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GGTTTTATA
1 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTATAAATAGGTTTTATA
* * * * * * * * *
14906 ATCTCATAGTTG-ATTTTAAGTTATATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGAATTTTTAGTTA-ATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAAC
* * * * * * *
14970 GTCTTCCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCGTTGGC-AAGAAAAGCCTATTTATATTCAC
129 GTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTCAC
* * ** ********** * *
15033 CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAGTTGATTTTAAGT
193 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
* * * * * * * * *
15098 TGAATTGTTTTATATTTTTTGTTCAAAAAGATTATAATTGAATGACTTCCTCTAGAAACATGAAG
258 TG-ATT-TTTTTTATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAG
* * * ** * * *
15163 AAAAAGCTATTTATTCGA-AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTACGCCTTCGAAAGCCTTATT
321 AAAAAGATATTCATTC-ACAAAAAAAG-CCAATTTATAGTCACCAAC-TCTTCAAAAGCCTTACT
* * *********** * * * *
15226 ACTCACTTTAAAT-GGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
383 ACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAA
* * * * **
15290 TTAAAATAGAATATGATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAG-AAAA-AC-CTTCCATTGGC
448 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACAC-T-CATTGAT
* * * * ** * ** ***
15351 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGCCTA-AGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGNNN
510 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACCCATA-CCTCCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTT
******* * * * * *
15414 NNNNNNNTCATAGTTGACTTT-AAGTTAAATTTTTTTTATTTTTGATTTAAACAGATTATAATAG
573 TATGATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTACA--TTTTTCA---TTG----AAACAGATAATAATTG
* * * * * * * * *
15478 AATGTCTACCTCA-AGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATT-G-AAA
628 AATGTCTGCTTTAGA-AAACATGATGAAAAAGCTATTTATTAGTTAA
* * * * * * * * * *
15522 AGAAAGGCCCATTTTTAGACACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTTA
1 A-AAA-GCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTATAAATAGGTTTTA
* * * * *
15586 TAATCTCATAACTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTA-TCAAAACAGATTATAATTG
64 TAATCTCATAATTGAATTTTTAGTT-AATTTTTT--TATATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTG
* * * * ** * * * * * *
15649 AATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGAGAAGTCC-ATTTAAAGTC
126 AACGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTC
** * * * * * * * * * *
15713 ACTTATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTCATTTTAA
191 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
* * * * * * **
15778 TTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACGTA
256 GTTG-ATTTTTTTT--ATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATA
** ** * * *********** * *
15843 AAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTNNNNNNNNNNATCCATGC-CTTCAAAAGTCTTA
318 AAGAAAAAGATATTCATTCACAAAAAAAGCCAATTTATAGTCA-CCA-ACTCTTCAAAAGCCTTA
* * * * ** * * *
15906 GTACTCACTTTAAAT-GATTTTAAAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTT
381 CTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTT
*** * * * * * * * *
15970 TGGCTAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTAGGGAGACATGAAGAAAAAG-C-CTTGAATT-
445 TAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACAC-T-CATTG
* * * * * * * *
16032 AGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGCCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGG
508 A-TAAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACCCATA-CCTCCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * * *
16095 TTTTATAATCTTATGATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATAATA
570 TTTTATGATCTCATAATTGATTTCAAGTT-ACA--TTTTT-CA---TT-G---AAACAGATAATA
* * * * ** * **
16159 ATTGAATGTGTGCCTCA-AAAA-ATG-TGAAAAAAAGCCATTCCTTGGCAAA
624 ATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGATG--AAAAAGCTATTTATTAGTTAA
* * * *
16208 AAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTATA
1 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTATAAATAGGTTTTATA
* * * * *
16273 ATCTCATAATTG-ATTTTTAGTTAATTTTTATTTTATTTTAGTTTAAATAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGAATTTTTAGTTAATTTTT-TTATATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAACG
* * * * * *
16337 TCTACCT-A-GAGATATGTAAAGAGAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGAT-A
130 TCTACCTAAGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAG-TCA
* * * *
16398 CCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATCATTGA-TTTCAA
192 CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AA
* * **
16461 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGGAAA-ACGT
256 GTTG-ATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA--T
* * ** * * * *
16524 GAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCTATAC-CTTTGAAAA-CCT
317 AAAGAAAAAGATATTCATTCACAAAAAAAGCCAATTTATAGTCACC-A-ACTC-TTCAAAAGCCT
* * * * **********
16587 TACTACTTGCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTT
379 TACTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
** * * *
16651 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTT-AGGAAACATGATGAAAAAGATACTCATTG
444 TTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACACTCATTG
* * * * *
16715 GTAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGGTT
508 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCATACCTCCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTT
*
16779 TTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTCATTGAAACAGATAATAATT
572 TTATGATCTCATAATTGATTTCAAGT----------TACATTTTTCATTGAAACAGATAATAATT
16844 GAATGTCTGCTTTAGAAAACATGATGAAAAAGCTATTTATTAGTTAA
627 GAATGTCTGCTTTAGAAAACATGATGAAAAAGCTATTTATTAGTTAA
* *
16891 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAGTAGTCGCTAT-AATTGGTTTTA
1 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTATAAATAGGTTTTA
********** * * *
16953 TAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACATATTACAGTTGAAC
64 TAATCTCATAATTGAATTTTTAGTTAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAAC
* * *
17018 GTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTCACT
129 GTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTCACC
* * * **
17083 CAAGCTTTCGGAAGGCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
194 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
* * *
17148 GATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAATATAAAGAAA
259 GATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAA
* * * *
17213 AAGCTATTCATTCACAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
324 AAGATATTCATTCACAAAAAAAGCCAATTTATAGTCACCAACTCTTCAAAAGCCTTACTACTCGC
*
17278 TTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTCAAA
389 TTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAA
* * * * * *
17343 CATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGATATGAAAAGT
454 CAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACACTCATTGATAAGAAAAGT
* * * *
17408 CCATTTATAGCCACGCATACCTCCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAT
519 CCATTTATAGCCACCCATACCTCCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCAT
17473 AATTGATTTCAAGT
584 AATTGATTTCAAGT
17487 CGAAGTATTT
Statistics
Matches: 1520, Mismatches: 367, Indels: 154
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 8 0.01
681 34 0.02
682 764 0.50
683 336 0.22
684 288 0.19
685 74 0.05
686 7 0.00
689 1 0.00
690 5 0.00
691 1 0.00
692 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (673 bp):
AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTATAAATAGGTTTTATA
ATCTCATAATTGAATTTTTAGTTAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAACGT
CTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCCTATTTATAGTCACCCA
AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
TTTTTTTTATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAA
GATATTCATTCACAAAAAAAGCCAATTTATAGTCACCAACTCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTT
TAAATAGTTTTTATAATCTCATAAATCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACA
GATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACACTCATTGATAAGAAAAGTCC
ATTTATAGCCACCCATACCTCCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
TTGATTTCAAGTTACATTTTTCATTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGA
TGAAAAAGCTATTTATTAGTTAA
Found at i:20779 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20496--21700 Score: 863
Period size: 170 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
20486 NNNNNNNNNN
* * *
20496 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT-TA-TTTTTAGTTAAAATAGAATAAAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAAAAGATTATAATTG
* * * * * ** *
20558 AATGTTTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTACCAAGAAAAGCCTATTTAAAGTCA
64 AATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCA
* * * * *
20623 CCTAAGCCTTTGAATGCATAATTACTCACTTTAAAT-TGTTTT
129 CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-TTTT
* * ** ** * * *
20665 ATAATCTCATAGTAGATTTGAAGTTGAATTATTTTGCATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
**
20730 ATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCC-ATTTACAGTCA
65 ATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCA
* * *
20794 CCCT-TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGTTTTT
129 -CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * *
20836 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * ******
20900 AT-TCCTACCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTNNNNNN
65 ATGT-CTACCTTGA-GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTACAGT
**** *
20962 NNNNTATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
127 CACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * * *
21006 ATAAAT-ACATACTTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
1 AT-AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATT
* ** * * ** * * * * * *
21070 GAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTAATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTT
63 GAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTC
* * *
21135 ACCCATGCCTTC-AAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
128 ACCTAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTT
* * * * *
21178 ATGATCTGATAATTGATTTGAAGTCT-AATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTCTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGT-TGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * *** * *
21242 ATGTTTACCCTGAGAAAGGTGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 ATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCAC
*
21307 CAATAA--CTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGTTTTT
130 C--TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * * *
21348 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTCATTAAGAAAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * * * * *
21413 ATGTCTACC-TAAGAAAACATGAAGACAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCA
65 ATGTCTACCTTGAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCA
* ********** * *
21477 CCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
129 CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * * * *
21519 ATAATCGCATAATTGAGTTGAAGTT-AGATTTTTT-TATTTTTGATTAAAACATATTGTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
21582 ATATTTACCTTGACAAATGTGAAGAGAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCC-ATTT-CTAGTC
65 ATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTAC-AGTC
* * * * * * * *
21645 -TCTCATGCCCTCGAAAGCCTTGTTACTTGCCTTAAGTGATTTT
128 ACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
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1 ATAATCTCATAAT
21701 CGAGAAACAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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169 133 0.16
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171 275 0.34
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173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACC
TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
Found at i:20949 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20496--21700 Score: 952
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
20486 NNNNNNNNNN
* * * *
20496 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT-TA-TTTTTAGTTAAAATAGAATAAAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * ** *
20558 AATGTTTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTACCAAGAAAAG-CCTATTTAAAGTC
64 AATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTACAGTC
* * * * * * *
20622 ACCTAAGCCTTTGAATGCATAATTACTCACTTTAAAT-TGTTTT
128 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-TTTT
* * * ** ** * *
20665 ATAATCTCATAGTAGATTTGAAGTTGAATTATTTTGCATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * **
20730 ATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
65 ATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
* * *
20795 CCTTGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGTTTTT
130 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * *
20836 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *******
20900 AT-TCCTACCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTNNNNNNN
65 ATGT-CTA-CCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTC
**** * *
20963 NNNTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
128 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * * *
21006 ATAAAT-ACATACTTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
1 AT-AATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * *
21070 GAATATCTACCTCA-AGAAACGTGAAAAAAAAGATATTAATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
63 GAATGTCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGT
* *
21134 TACCCATGCCTTC-AAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
127 CACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTT
* * * * *
21178 ATGATCTGATAATTGATTTGAAGTCT-AATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTCTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGT-TAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
21242 ATGTTTACCCT-GAGAAAGGTGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 ATGTCTA-CCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA
* ** *
21306 CCAATAACTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGTTTTT
129 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * *
21348 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTCATTAAGAA-AGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAA-AACAGATTATAATTG
* * * * * *
21412 AATGTCTACCTA-AGAAAACATGAAGACAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTC
64 AATGTCTACCTAGAG-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTC
********** * *
21476 ACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
128 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* * * * * *
21519 ATAATCGCATAATTGAGTTGAAGTTAGATTTTTT-TATTTTTGATTAAAACATATTGTAATTGAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
21583 TATTTACCTTGACAAATGTGAAGAGAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTT-CTAGTCTC
66 TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC-AGTCAC
* * * * * * *
21647 TCATGCCCTCGAAAGCCTTGTTACTTGCCTTAAGTGATTTT
130 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
21688 ATAATCTCATAAT
1 ATAATCTCATAAT
21701 CGAGAAACAT
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 137 0.17
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171 291 0.35
172 124 0.15
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
Found at i:22414 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 22167--22485 Score: 403
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
22157 TTAAGTTGAT
* **
22167 TTTTTTAGAATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCGAA
1 TTTTTTAGAATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* *
22232 AGCCATTCATTA-ATAGAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTGTTACT
66 AGCCATTCATTACA-AG-AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAACCTTGTTACG
** *
22294 TGCTTTAAGTGGTTTTATAACATGATAATTGACTTTATGTTCATTA
127 CACTTTAAATGGTTTTATAACATGATAATTGACTTTATGTTCATTA
* * * * *
22340 TTTTTTA-CATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAGGAAAA
1 TTTTTTAGAATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
** * * *
22404 AGTTATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCGCCCAAGCTTTTGAAAATCTTGTTACGCAC
66 AGCCATTCATTA-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAACCTTGTTACGCAC
22469 TTTAAATGGTTTTATAA
130 TTTAAATGGTTTTATAA
22486 TCTCATAGTT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
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174 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTAGAATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAACCTTGTTACGCACT
TTAAATGGTTTTATAACATGATAATTGACTTTATGTTCATTA
Found at i:22536 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 21756--22536 Score: 783
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
21746 NNNNNNNNNN
*
21756 CCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTATATTTTAA
1 CCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTAGTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGT-TATTTTAA
* * * *
21819 GCTGAATTGTTTAGCATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAAAGCAA
63 GCTGAATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGCAA
* * * *
21884 AGAGAAAGCCATTTATTAGTATGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTA
128 AGAGAAAGCCATTCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTCTA
* * ********** *
21949 ACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTAT
193 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGTTCATTATTTTTTACATTTTTGAT
* * * *
22014 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAACGTGAGGAAAAATATATTCATTGGCAAGA
258 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAATATATTCATTAGCAAGA
* * *
22079 AAAGTCCACTTATGGTTAT
323 AAAGTCCACTTATAGTCAC
* * * ********** * *
22098 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCAAGCCTTCGAAAACCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTT-ATTTTAAGC
* * * *
22163 TG-ATTTTTTTAGAATTTTT-GATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAA-CAT
65 TGAATTGTTTT-GCATTTTTAG-TTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGCA-
* *
22224 GAAGCGAAAGCCATTCATTAATA-GAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
127 -AAGAGAAAGCCATTCATTAATATG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
* * * *
22288 GTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CATGATAATTGACTTTATGTTCATTATTTTTTACATTT
190 CTAACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGACTTTA-GTTCATTATTTTTTACATTT
* *
22352 TTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGT-TATTCATTA
253 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAA-TATATTCATTA
* *
22416 GCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGC
317 GCAAGAAAAGTCC-ACTTATAGTCAC
* * * *
22441 CCAAGCTTTTGAAAATCTTGTTACG-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTCATTTTAAG
1 CCAAGCCTTCGAAAACCTTATTA-GTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTT-ATTTTAAG
*
22505 CTGAATTGTTTTCCATTTTTAGTTCAAACAAA
64 CTGAATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACAAA
22537 GCCATTCATT
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 82, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
CCAAGCCTTCGAAAACCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTATTTTAAGCT
GAATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGCAAAGA
GAAAGCCATTCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTCTAACT
TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGTTCATTATTTTTTACATTTTTGATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAATATATTCATTAGCAAGAAAA
GTCCACTTATAGTCAC
Found at i:22893 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22534--27779 Score: 3084
Period size: 171 Copynumber: 30.9 Consensus size: 170
22524 TAGTTCAAAC
* * * * * *
22534 AAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
********* * *
22599 G-TTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTT-T-TTTTT-ATTCAA
66 GCTTT-AAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * *
22657 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTTTGA-AAACGTGGACAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAAAGTGAAGAA
* * ** * * * *
22698 AAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATGGCCTCCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
** * * *
22763 GCTTTAAAAATTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGATTCAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAA
22828 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * ********** * *
22869 AGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCTTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * *
22934 GCTTTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT-TTTTTTATTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAA
* * * ** * **
22998 ACATATTATAATGGAATGTCT-TCTTTAGGAAATGTGAAGCG
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAAAGTGAAGAA
** ** * * * * *
23039 AAATATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATACTCTCCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * ** *
23104 ACTTTAAATGCTTTTATGATCTCATAAATGATTTTGAA-TCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAA
* * * * *
23168 AATA-ATTAATAATTAAATGTCTATCTTGA-AAAATATGAAGAA
129 AACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * * ** * *
23210 AAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCGTTTGAAACCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* ******* *
23275 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ANNNNNNNNNNATATTTTTTATTA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTATATTTTTGATTA
* ** *
23339 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAGGAA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
* * * * ** * ** **
23382 AAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACNN
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
******** * * * * * *
23447 NNNNNNNNTGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAAACTTTTTGTATTTTT-ATTCAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * ** **
23511 ACAAACTATAATTGAATGTCT-CTTCAAGAAAAGCAAAGGG
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * ** ** * * *
23551 AAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAGTCAATTTATAGTCACTTATATCTTCGAAAGCATTAGTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * ********* *
23615 GCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTNNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTGATTAAA
***
23680 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCCT-GA-AAAACACAAAGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * *** * ** *
23721 AAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTTGTTTATAGTCTCCCATGCCTTTTAAAGAGTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * ** *
23786 CCTTGAAATAG-TTATATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCATTTTTGGCTT-
66 GCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT-GATTA
* * * *
23849 AAACATATTATAATTTAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAAAA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * **********
23892 AAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
23957 GCTTTAAATGTTTTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * *
24022 TAAATTATATTTGAATGTCTACGT-TAGGAAATGTGAAGAA
131 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAAAGTGAAGAA
* * * * ** *
24062 AAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATGCCATCAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
********** * ** * * *
24127 GCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTCAAAATTTTTTATAGTTTTCAGTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * **
24192 ACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGTGGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * ** * * ** * * *
24233 AAAGATATTCATCGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * ** * *
24298 GCTTTAAATGTTTTTATGATCTTATAGTTGATTTTAA-TT-TTTTTTTTACATTTTTAATTAAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* *
24361 TAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACA-TGAAGAA
131 CAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
* * * * * * *
24401 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTC-TACCTTCGAAAGCCTTATTATT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * **
24465 TGTTTTAAATGGTTTTATAATATGATAACTGACTTTATA-TTGAATTTTTTCACCTTTTT-AGTT
65 TGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGA-TT
* * * * *
24528 AAAATAGTTTATATTTGAATGTTTACCTCGAGAAACA-TG-TGAA
127 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
* * * * * ***
24571 AAAGCCATTTATTGGCAATAAAAG-CCAATTTATAGTCACTCAAATCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * ** * * *
24635 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGCTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTG-TTT
65 TGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTTGATTA
* * *
24699 AAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTC-AGAAAAGTAAAGAT
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * * * *
24742 AAACCCATTCATTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
********** * *
24807 GCTTTAAATGTTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * *
24871 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCTA-AAACCA-TGGAGAA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA--AGTGAAGAA
* * * * * *
24913 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCTCTCATGCATTAGAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * ** *
24978 GCTTTAAATATTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAGCGTTTTTGATTCAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-TATTTTTGATTAAA
* * * * *
25043 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAAAG-CAACAAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAA-GAA
* * * * ** * *
25084 AAAGAGTCATTCATTGGCAACAATAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAATAC
1 AAAG-CT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
25149 TTGCATTAAATGTTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTCAA----TT-T-TTTTT-ATTAA
64 TTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAA
* * *
25207 AACACAATATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACGTGAAGCA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
** * *
25249 AAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
25314 GCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAATGGTTTTCAA-TTGAATTTTTTTACATTTTT--TTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAA
* **
25376 AACAG-TTAATAATTTAATGTCTACCTCGAGAAAAGCAAAGAA
129 AACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * * *
25418 AAACCTATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATG-CTTTCGAAAGTCTTATTACT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACT
* * ** *
25482 TGCTTTAAATG----T-TAATCTCATAATTAATTTCAAGTAAAAATTTTTT-TATTTTTTATTAA
65 TGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * ********** *
25541 AATAAATTATAATTAAATGNNNNNNNNNNGAAACGTGAAGAA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * *
25583 AAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* ********** * * **
25648 ACNNNNNNNNNNTTTATAATATCATAATTGATTTTCAGTCAAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGA-TTAA
* ** * *
25712 AACA-ATCAATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACA-TGAAGAA
129 AACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
** * * * * * * *
25754 AAATATATTTATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCTTCAATGCCTTTGAAAGTCGTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * ********** *
25819 GCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTTAATTTTTTNNNNNNNNNNTTTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * *
25884 CAGATTATAATTTAATGTCTATCTTGAAAAAAGTGAAGAA
131 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * *
25924 AAAGCCATTCATTTGC-AGAAAAAGTCCATTTGTTGTCAT-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * *
25987 TTGCTTTAAATATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGCTCA
64 TTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GATTA
* * * * *
26052 AAAAAG-TAATAGTTGAATGTCTGCCTCGAGAAACA-TAAAGAA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
* * * * * ** *
26094 AACGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATGCCTCAGAAAGTCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
26159 GCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTCAATTATTTTATATTTTTGATTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAA
* * ** *
26224 ACAGATAACAATTGAATGTCTTTCTC-AGGAAACA-AGAAGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAA-AGTGAAGAA
* * * * * * ** ** *
26265 AAAACTATTTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTTCAAAAGTATTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
26330 GATTTAAACAG-TTTTAAAATTTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAGATTTTT-AGTTA
66 GCTTTAAA-TGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGA-TTA
* * * * * * ** * *
26393 AAATAGACTATAGTTTAATTTTTGTCTAG-GAAAACATGAAGAA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * * * * **
26436 AAAGCCAATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAATG-CTTATTACT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAA-GCCTTATTACT
* * ********** * * * *
26500 CGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAA
65 TGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAA
* * **
26565 AACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAGCGTGAAGAA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
** * * * * *
26607 CGA-CTCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATACCTTTGGAAGCCTTATTTCT
1 AAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
26671 CGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTCGAATTATTTTATATTTTCTG-TTA
65 TGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTT-TGATTA
* * * * * *
26735 AAATAAATTATAATTGAATGTTTATCTTC-A-AAAACATGAGGAA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * * * * *
26778 AAAGCTATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * ********* * *
26843 GTTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTATTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * *
26908 ATAGATTACAATTGAATGTCTAACTC-AAAAAACATGAA-ACA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGA-A
* * * * * * *
26949 AAAGATATTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCTTCCATGCCTTTGAAAGCGTTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* ** * * * * * *
27014 GCTTTAAATGGTCATATAACCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTACATTTTTTG-TTTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGATTAAA
** * * * *
27078 TTAGATTAAAATTTAATGTCTACCTTGAGAAAAGCGAAGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * * * *
27119 AAAGCCATTCATTGGTAA-AAAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
27183 GCTTTAAATTTTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* *
27248 CAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACA-TGAAGAA
131 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAA-AGTGAAGAA
********** * * * * *
27288 AAANNNNNNNNNNGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGTCTTTAAAAGCATTATTACTC
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * ** *
27353 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTCAGTCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * *
27418 ATAG-TCAATAATTGAATATCTATCTTGA-AAAATGTGAAGAA
130 ACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * * * * * * *
27459 AAAGTTATTCGTTGGCAAGGAAAGTCTATTTATAGTTTTCCATACCTTTGAAAGCCGTATTACTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * ********** *
27524 GCTTGAAATGTTTTTATCA-CTTCATAATTGATATTAAGTTTAATTTTTTNNNNNNNNNNTTTAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * *
27588 ACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAAAGTTAAGAA
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * ********** * * *
27629 AAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTT
1 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
27694 GTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTATTCAA
66 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * *
27759 ACAGGTAATAATTGCATGTCT
130 ACAGATTATAATTGAATGTCT
27780 GCCATAAGAA
Statistics
Matches: 3863, Mismatches: 1067, Indels: 297
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 92 0.02
164 105 0.03
165 118 0.03
166 13 0.00
167 1 0.00
168 213 0.06
169 303 0.08
170 1017 0.26
171 1745 0.45
172 159 0.04
173 95 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAA
Found at i:23153 original size:341 final size:325
Alignment explanation
Indices: 22615--23414 Score: 716
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 325
22605 NNNNNNNNTA
* *
22615 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTCAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTAAAACATATTATAATGGAATGTCTAC
* * * * * *
22680 CTTTGAAAACGTGGACAAAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATGGCCTCCCATGCCT
66 CTTTGAAAACGTGAACAAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATGACCTCCCAAGCCT
** * * * **
22745 TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAATTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGT
131 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAACTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTCAAATTGT
* * * *
22810 TTTATATTTTTGATTCAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAAAGAG
196 TTTATATTTTTGATTAAAACA-ATTAATAATTAAATGTCTACCTCGA-AAAATATGAAGAAAAAG
* *
22873 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTT
259 ACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA----------CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTT
22938 TAAATATTTTTG
314 TAAATATTTTTG
*
22950 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTTATTAAAACATATTATAATGGAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA----ATT-TTTTTTTATTAAAACATATTATAATGGAAT
* * * * *
23015 GTCT-TCTTTAGGAAATGTGAAGC-GAAATATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTAT-ACTCT
60 GTCTACCTTT-GAAAACGTGAA-CAAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATGAC-CT
** * *
23077 CCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATGATCTCATAAATGATTTTGAA
122 CCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAACTTTTATAATCTCATAAATAATTTT-AA
* * * *
23142 -TCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAATTAATAATTAAATGTCTATCTTGAAAAATATGA
186 GTCAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAATTAATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAATATGA
* * *
23206 AGAAAAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCGTTTGAAACCCTTATT
251 AGAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA--C-CT--T-C----GAAAGCTTTATT
* *
23271 ACTTGCTTTAAATGTTTTTA
306 ACTTGCTTTAAATATTTTTG
* * * *
23291 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTANNNNNNNNNNA-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA---------AATTTTTTTTTATTAAAACATATTATAATGG
* * ** * *
23355 AATGTCTACC-TTAAGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
57 AATGTCTACCTTTGA-AAACGTGAACAAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTAT
23415 AGACACTTAT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 58, Indels: 56
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 2 0.01
335 24 0.06
336 3 0.01
337 1 0.00
340 15 0.04
341 254 0.68
342 3 0.01
343 70 0.19
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (325 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTAAAACATATTATAATGGAATGTCTAC
CTTTGAAAACGTGAACAAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATGACCTCCCAAGCCT
TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAACTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTCAAATTGT
TTTATATTTTTGATTAAAACAATTAATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAATATGAAGAAAAAGAC
ATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTG
Found at i:24794 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 22714--27572 Score: 2111
Period size: 341 Copynumber: 14.3 Consensus size: 333
22704 ATTTATTGAT
* * * * * ** ** *
22714 AAGAAAAGTCTATTTATGGCCTCCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAATTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * *
22779 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGATTCAAACAGATTATAATTGAA
66 TAAT-ACATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTA-CTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** *****
22844 TGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNN
126 TGTTTACCTCGA-AAACA-TG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
***** * * * * *
22908 NNNNNCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
187 TCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-T
* * * * * * * **
22973 TGAATTGTTTTA-TTTTTTTATTAAAACATATTATAATGGAATGTCT-TCTTTAGGAAATGTGAA
251 TGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-GAAAAGCAAA
** *** **
23036 GCGAAATATATTCATTGAT
315 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * ** ** *
23055 AAAAAAAGTCCATTTATACTCTCCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * * *
23120 TGATCTCATAAATGATTTTGAA-TCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATA-ATTAATAATTA
66 TAAT-ACATAATTGATTTT-AAGT-TAA-T-TTTT-TACTTTTTATTAAAATAGATT-ATAATTG
* * * * *
23183 AATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
124 AATGTTTACCTCG-AAAACATG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * *
23248 CT-AATGCGTTTGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
186 CTCAA-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
******** * * * *
23312 ATT-ANNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAA-C
249 ATTGA--ATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAGC
* *** *
23374 ATGAGGAAAAAGATATTCATTGGT
312 A--AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * ********** *
23398 AAGAAAAGTCCATTTATAGACACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * *
23463 TAAT-CTTATAATTGACTTTAAGTTGAAACTTTTTGTA-TTTTTATTCAAACAAACTATAATTGA
66 TAATAC--ATAATTGATTTTAAGTT--AA-TTTTT-TACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** ** * *
23526 ATGTCT-CTTCAAGAAAAGCA-AAGGGAAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAGTCAATTTATAGTCA
125 ATGTTTACCTC--GAAAA-CATGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
23588 CTTATATCTTCGAAAGCATTAGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
186 CTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-
********** * * * *
23653 TTNNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCC-TGA-AAAACACA
250 TTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTCAGAAAA-GCA
*** *
23716 AAGAAAAAGATATTCATTGGT
313 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
*** * * ** ** ** * *
23737 AAGAAAAGTTTGTTTATAGTCTCCCATGCCTTTTAAAGAGTTATTACTCCCTTGAAATAG-TTAT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTT
* *
23801 ATAACCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCATTTTTGGCTTAAACAT--ATTATAAT
65 ATAA--TACATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTAC-TTTTT--ATTAAA-ATAGATTATAAT
* * * * ** * *
23863 TTAATGTCTACCTCAAGAAAA-GTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAG
122 TGAATGTTTACCTC--GAAAACATG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAG
********** * * *
23927 TCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTAAAATCTCATAATTGATTTC
183 TCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
23992 AAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACGTT-AGGAAATG
248 AA-TTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-GAAAAG
** *** *
24055 TGAAGAAAAAGATATTAATTGGC
311 CAAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * * **********
24078 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * * *
24143 TAATCTCATAATTGATTTTTAGTCAAAATTTTTTA-TAGTTTTCAGTAAAACATATTATAATTGA
66 TAAT-ACATAATTGATTTTAAGT--TAATTTTTTACT--TTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * ** *
24207 ATGTCTACCTTAGAAAACATGTGGAAAAAGATATTCATCGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
125 ATGTTTACC-TCGAAAACATG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * *
24272 T-AATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATGATCTTATAGTTGATTTTAAT
187 TCAA-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT
* * ** * *
24336 T--TTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGAG-AAA-CATG
251 TGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTCAGAAAAGCA--
* *
24396 AAGAAAAAGCCATTCATTGGT
313 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
24417 AAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTCTACCTTCGAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * *
24482 TAATATGATAACTGACTTTATA-TTGAATTTTTTCACCTTTTTAGTTAAAATAGTTTATATTTGA
66 TAATA-CATAATTGATTTTA-AGTT-AATTTTTT-A-CTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * *
24546 ATGTTTACCTCGAGAAACATGTGAAAAAGCCATTTATTGGCAATAAAAGCCAATTTATAGTCACT
125 ATGTTTACCTCGA-AAACATGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACT
* * ** *
24611 CAAATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGCTGATTTTAAGCT
188 CAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TT
* * *
24676 GAATTGTTTTACATTTTTTGTTTAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTCAGAAAAGTAAAGA
252 GAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAGCAAAGA
* *
24741 TAAACCCATTCATTAGC
317 AAAACCCATTCATTGGC
* *
24758 ATGAAAAGTCTATTTATAGTCACGC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
*********
24822 ATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
65 AT-AATACATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTAC--TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
24887 ATGTTTACCTCTAAAACCATGGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCTC
125 ATGTTTACCTCGAAAA-CAT-GAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
** * * * * *
24952 TCATGCATTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGT
187 TCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-T
* * * * *
25017 TGAATTG-TTTAGC-GTTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAAAGCAA
251 TGAATTGTTTTA-CATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAGCAA
* **
25080 CAAAAAAGAGTCATTCATTGGC
314 -AGAAAA-ACCCATTCATTGGC
* * * * *
25102 AACAATAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAATACTTGCATTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * *
25167 TAATCACATAATTGATTTTAAGTTCAA---TTT--TTTTTATTAAAACACAATATAATTGAATGT
66 TAAT-ACATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
25227 CTACCTCGAAAAACGTGAAGCAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCTCCCAT
129 TTACCTCG-AAAACATG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
25292 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAATGGTTTTCAATTGAA
191 ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAA
* *
25357 TTTTTTTACA-TTTTT-TTAAAACAG-TTAATAATTTAATGTCTACC-TCGAGAAAAGCAAAGAA
255 TTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAAAGCAAAGAA
* *
25418 AAACCTATTCATTGAC
318 AAACCCATTCATTGGC
* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * * * *
25497 T-CT-CATAATTAATTTCAAGTAAAAATTTTTTTATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATG
66 TAATACATAATTGATTTTAAGT--TAA-TTTTTTACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
******** * * * * * *
25560 NNNNNNNNNNG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCC
128 --TTTACCTCGAAAACATG-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTC
** * * ********** * * **
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189 AAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTG
* * * ** * *
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*** *
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315 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * ** * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTA
* ******** * * *
25835 TAACCT-CATAATTGATATTAAGTTTAATTTTTTNNNNNNNNNNTTTAAACAGATTATAATTTAA
66 TAA--TACATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTT--ACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** * * *
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* * * * *
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187 T-CAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-
* * * * * * * *
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250 TTGAATTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAA-AGC
*
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312 AAAGAAAAAC-CCATTCATTGGC
** * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* *** ** ** * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * *
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312 A--AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* *
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********** * ** *
26516 NNNNNNNNNNAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
* ******** *
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* * * * * ** *
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** * * ** * *
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* * ** * * * *
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* *
27116 GAAAAAGCCATTCATTGGT
315 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
* * * *
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* * * ********** * *
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** * * * * * * * * **
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*** *
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314 AGAAAAACCCATTCATTGGC
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTT
* * *
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65 AT-AATACATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTT
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TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTGTTT
TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAGCAAAGAAAAACCCAT
TCATTGGC
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Found at i:29462 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 170
28985 NNNNNNNNTT
* * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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** *
29402 AAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
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* * **************
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************* * * * *
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* ** * * * *
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65 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATA
* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** *
30135 TGGTAAGGAATAG-CTTTTCCTTTATGTTTCTTGAGATAGACATTC
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1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
30243 AACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTAACTATATATGGACTTTTCCTAC
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* * *
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** * * * * * *
30348 AAACAACAATATGTTTTAACAAAAAATGCAGAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
1 -AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
30413 AAACAATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
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* * * * *
30477 TCAATTAATGGCTGTTT-TTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTT
129 CCAATGAATGTCT-TTTCTTCATATTTCT-CAAGGTAGACATTC
* * * * * **********
30519 AATAATAATCCGTTTGAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
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* * * ** * *
30647 CCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTA
129 CCAATGAATGT-CTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * ** *
30690 AATTATAATTTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTGCGAGATCATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*** * *
30755 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
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* * * * *
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131 AATGAATGTCT-TTTCTTCATATTTC-T-CAAGGTAGACATTC
* * * * **********
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* * * * *
30924 AACCATTTAAAGTGAA-TAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTTG
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* * * * * *
30988 -CAATAAATGGC-TTT-TTCATCACGTTCCCTGAGGTAGACATTT
129 CCAATGAATGTCTTTTCTTCAT-A-TTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * * * **********
31030 AATTATAA-CATG-CTTAATAAAAAAT-ATAAAAAATTTAACTTCAAATCAATNNNNNNNNNNTA
1 AATTATAATC-TGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * **
31092 AAACCATTTAAAGCGAA-TAAGATGGCTTTTGAAGTTATG-GTTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT
*********** * ** **
31155 GNNNNNNNNNNACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTC
128 GCCAATGAATGTC-TTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
31199 AATTATAGTCTGTTTGAACTAAAAAT-ATAAAACAATTCAACTTAAACTCAACTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * ********** *
31263 ATACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGNNNNNNNNNNTAGACTTTTCTTGC
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* * * *
31328 CAATGAATGGAT-TTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
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* * * * *
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* * ** *
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64 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTT
* * * * * *
31497 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTC-CTGAGGTAAACATTC
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* * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*** * * * * * *
31606 AAAATTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAGTGAACTTTTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
31671 CAATGAATATCTTTTTCCTCATGTTTCTCA
130 CAATGAATGTC-TTTTCTTCATATTTCTCA
31701 NNNNNNNNNN
Statistics
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173 4 0.00
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AACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGTCTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTC
Found at i:32771 original size:172 final size:172
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31894 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * *
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65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
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********** * * *
32075 AGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGC-TAGGGTGACTATAAATAGGA
1 AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATA-GA
* * * * * * * * * *
32139 -TTTTCTTGCTAATCAATAGCTTTTCCCTCATGTTTTTGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
64 TTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
32203 TTT-AACAAAAAATGAAAAATAATTCAACATAAAGA--CAATTATC
129 TTTAAAC-AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAA-ACTCAATTATG
* * * *
32246 AGATTAT-AAAACTATTTGAAGTC-AGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAAAC-ATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
********** *
32309 NNNNNNNNNNCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
64 TTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*
32374 TTTAAA-AAAAAT-ACAAAAAAATTCAACCT-AAACTCAATTATG
129 TTTAAACAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAACTCAATTATG
* * * *
32416 ATATTATAAAAACATTTAAAG-AGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGAT
1 AGATTATAAAAACATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAT
* * ** * ** *
32480 TTCTTTTTACGAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGGGATAGACATTGAATTATAATCTG
65 TT-TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTG
* *
32544 TTTTAATA-AAAAATGCAATAAAAGTTCAACTTAAAA-TCAATTATG
128 TTTTAA-ACAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAACTCAATTATG
* *
32589 AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGATT
1 AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGATT
* * * *
32654 TTTCTTACCAATGAGTTGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAAGT-T-TT
66 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTT
* *
32717 TTGAAACAAGAATTGAAAAAAAATTCAACTTAAAACT-AACTATG
130 TT-AAACAA-AAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAACTCAATTATG
* * * * * * **
32761 ATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTTGGTGACTATAAATAGGCT
1 AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGATT
* ** * * * ** * * *
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66 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTT
* *
32890 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
130 TTAAACAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAA
32923 TCNNNNNNNN
Statistics
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168 1 0.00
169 3 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
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AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGATT
TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAAACAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAACTCAATTATG
Found at i:33564 original size:171 final size:171
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33015 NNNNNNNNNN
* * *
33025 CAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TAACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTA
* * * * * * ** * **
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** * * * * * *
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* * * ** * *
33196 CAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAATGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
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* ** * * ** * *
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* ** * * *
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********** * * * *
33366 CAANNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGCCCTCGATGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
* * * * *
33431 AATAAG-CTTTTTTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTTTGAAGCAGACATTCAATTAT
66 AATAAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTAT
*
33495 AATTTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
131 AATATGTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
* * * *********
33537 CAATTGTGAGATCATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGG-TGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGGATGACTA
* * * * * * *
33600 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGCATATCTCTTTCTTCACATTTCATG-CGATAGATATTCAAT
64 TAAATAAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAG-TAGACATTCAAT
* * * * *
33663 TATAATATCTTTTA-AAAATATATAAAAAAATTCAACTTCAAAT
128 TATAATATGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
* * ** *
33706 CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
* * * * * * * * *
33771 AATGA-ACCTTTATTGTCAATGAAT-GACTTTTTCATCACGTTCCCT-AAGGTAGACATTTAATT
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* * * * * *
33833 ATAACATGCTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCACCTTCAAAT
129 ATAATATGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
* *
33876 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGTTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
* * * ** * *
33941 AAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAT
66 AATAAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTAT
* * ***
34005 AATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAC-TTANNNN
131 AATATGTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTA-AAT
****** ** * * * *
34047 NNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAGAAGGTTTTTGAAGGC-TTGAGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTAT
* * * *
34111 AAAT-AGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC--CACATGTTTCTT-AAGGTAAACATTCAA
65 AAATAAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACA--TTTCTTGAA-GTAGACATTCAA
* * *
34172 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA-TATAAAGT
127 TTATAATATG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAA-T
* * * *
34217 CAATTATCAAATTATAAAACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGGCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTA
* * * * ** * *
34280 T-AA-AAGTACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAT
64 TAAATAAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAAT
* * * * *
34343 TATTATATGTTTTACTCAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAAT
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34389 CAATTATGAGATTATAA
1 CAATTATGAGATTATAA
34406 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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172 31 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
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AATAAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTAT
AATATGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
Found at i:33895 original size:170 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
33015 NNNNNNNNNN
* * *
33025 CAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTAACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * * *** * * * **
33088 TATATGGACTTTT-TCTGTC-AATGATTCATTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGTGGACATGAAA
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** * * * * * * *
33150 CAACAATATGTTTTAACAAAAAGTGCAAAACAATTCTACTTAAAAT
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* * * ** * *
33196 CAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAATGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTAT
* * * * * ** * * * *
33260 AAATGCACTTTTCCTATC-AATTAATGG-TTGTTT-TTCATGTTTTTTGAGATAGACATTTAATA
65 AAATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTT-TTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * ** *
33322 ATAATCCGTTTGAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
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********** * * *
33366 CAANNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGCCCTCGA-TGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTAT
* * ** * ** ** *
33430 AAAT-AAGCTTTT-TTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTTTGAA-GCAGACATTCAAT
65 AAATGAA-CTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * *
33492 TATAATTTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAT
128 TATAA-CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAT
* * * *********
33537 CAATTGTGAGATCATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNG-GTGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * * ** * ** * *
33600 TAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGCATATCTCTTTCTTCACATTTCATGCGATAGATATTCAATT
64 TAAATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* *
33664 ATAA-TATCTTT--TAAAAATATATAAAAAAATTCAACTTCAAAT
129 ATAACTGT-TTTAATAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAT
* * ** *
33706 CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * *
33771 AATGAACCTTTATTGTC-AATGAATGACTTTTTCATCACGTTCCCTAAGGTAGACATTTAATTAT
66 AATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
33835 AACATG-CTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCACCTTCAAAT
131 AAC-TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAT
*
33876 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGTCATG-GTTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTAT
* * ** * * *
33940 AAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTA
65 AAATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * * ***
34004 TAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTANNNN
130 TAA-CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAT
****** ** * * * *
34047 NNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAGAAGGTTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA
* * *
34112 AAT-AGGCTTTTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCCA-CATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATT
66 AATGA-ACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTT-CATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* *
34174 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA-TATAAAGT
129 ATA-ACTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAA-T
* * * *
34217 CAATTATCAAATTATAAAACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * *
34281 AAAAGTACTTTTCTT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTA
65 AAATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
34345 TTATA-TGTTTTACTCAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAAT
130 -TA-ACTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT-AAAT
34389 CAATTATGAGATTATAA
1 CAATTATGAGATTATAA
34406 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 225, Indels: 99
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 130 0.14
170 379 0.41
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172 31 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA
AATGAACTTTTCTTGTCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT
AACTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAT
Found at i:34204 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 33705--34384 Score: 722
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
33695 CAACTTCAAA
* * *
33705 TCAA-TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 TCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTA
* *
33769 TAAATGAACCTTTATTGTCAATGAATGACTTTTTCATCACGTTCCCTAAGGTAGACATTTAATTA
66 TAAATGAACCTTTATTGTCAATGAATGACTTTTTCATCACGTTCCCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * *
33834 TAACATGCTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCACCT-TCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACT
131 TAACATGCTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA-ATAT-AAAGTCAATTATCAAATTATAAAACT
* * *
33897 ATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGTCATG-GTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
194 ATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
33960 TGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAAC-AAAAAA
257 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTT-AACTAAAAAA
34024 TGT-AAAACAAT
321 TGTAAAAACAAT
* *
34035 TCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCA-AG-AAGGTTTTTGAAGG
1 TCAACTTA----------TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA--ATAGCAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
34098 CTTGAGTAACTATAAAT-AGGCTTTTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCCA-CATGTTTCTTAAG
54 CATGAGTAACTATAAATGA-ACCTTTATTGTC-AATGAATGACTTTTT-CATCACGTTCCCTAAG
* * *
34160 GTAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAATATAAAGTCAATTA
116 GTAAACATTCAATTATA-ACATG-CTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATATAAAGTCAATTA
* *
34223 TCAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAAAGTA
179 TCAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGA
* * * * *
34288 CTTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATATGT
244 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGT
* *
34353 TTTACTCAAAAATGTAAAAACAAT
309 TTAACTAAAAAATGTAAAAACAAT
*
34377 TTAACTTA
1 TCAACTTA
34385 AAATCAATTA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 38, Indels: 36
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.01
331 3 0.01
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Consensus pattern (332 bp):
TCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTA
TAAATGAACCTTTATTGTCAATGAATGACTTTTTCATCACGTTCCCTAAGGTAAACATTCAATTA
TAACATGCTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATATAAAGTCAATTATCAAATTATAAAACTAT
TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTAACTAAAAAATGTAA
AAACAAT
Found at i:34869 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34633--34992 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
34623 AAAGGCATGG
* * * * *
34633 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTTACTTTTCTTAAGGAAAACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATCAATGGCTTTCTCCTCACGTTTCTGAAGGAAAACAT
* ** * *
34698 TCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTGAAA-TCAACTATGAAATT
66 TCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAAT-AAAAAATAATTCAACAT-AAAGACAACTATCAAATT
*
34761 ACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTAGGA
129 ACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAAGC-AGGA
* * *
34805 -TGACTATAAATAAGA-TTTTCTTGCTAATCAATGGCTTT-TGCCTCACGTTTCTGAAGGTAAAC
1 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATCAATGGCTTTCT-CCTCACGTTTCTGAAGGAAAAC
* *
34867 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACATAAAGACAATTATCAAATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACATAAAGACAACTATCAAATT
* * * * *
34932 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGA
129 ACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAAGCAGGA
*
34975 GTGACTATAAATGGACTT
1 GTGACTATAAATAGACTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 22, Indels: 13
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.09
171 143 0.89
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATCAATGGCTTTCTCCTCACGTTTCTGAAGGAAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACATAAAGACAACTATCAAATTAC
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAAGCAGGA
Done.