Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398461.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1759.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3449
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 205 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1616 Score: 1673
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
* * *
1 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTAT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
*
66 CAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
66 CAATCAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * ** *
131 AATGTGAAAACGTTTATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
130 AATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
172 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTCAT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
* * * * *
237 CAATCAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGATAGACAGTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAA
66 CAATCAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
302 AATATAATAAAATTCATCCCAAAATCAATTATGAGGTTGTA
130 AATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
343 AAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCTTGGGCGACTATAAATGGGCATTTCCT-
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
* * * *
406 GCAAATGAATGAG-TTTGTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAC
65 TC-AATCAATG-GCTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
469 AAAAAATATAAAAAAATTTAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
126 CAAAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
514 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTAAGTATAAATGGGCTTTTTTTAT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
** * * * * *
579 CAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGAAAACAGTCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAA
66 CAATCAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
** * * *
644 AATATGCAAAAATTCATCCTGAAATCAATTATGAGGTTGTA
130 AATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
685 AAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
* * * * * *
750 CAATTAATGGCTTTTCTTTTACGTTTCTCAACGTAGACAGTCAATTATAATCTATTTTAATCAAA
66 CAATCAATGGCTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
815 AATAT-AAAAAATTCATGCTAAAATCAATTTTGAGATTGTA
130 AATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
** *
855 AAA-TCATTTAAAATGAGTAATAA-GTTTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* ***
918 ATCAATC-ATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGTGA
64 ATCAATCAATGGCTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
982 AAAATGTAAAAAAATTGAAT-CTAAAATTAATTATGAGATTATA
128 AAAATATAAAAAAATT-CATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
1025 TAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGGTTTTGAAGGCATGAGTGACAATAAATGGGCTTTTC-TAG
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-
* * * * * * * *
1089 TAAATGAATGACTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTATTTTAACTAA
65 TCAATCAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
1154 AAATGTAAAAAAATTCA-ACTGAAAATCAATTGTTAGATTACA
129 AAATATAAAAAAATTCATCCT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * **
1196 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGC
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
* * * * *
1261 CAATGAATGCCTTTCTCTTCAT-TTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCCGTTTTAACCAA
66 CAATCAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* *** * *
1325 AAATATAAAAAAATTTAAATTTAAATTAATTATGAGATTATA
129 AAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
1367 AAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGG-CAATAATAAATGAGCTTTTCTT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * *
1430 -GCAAATAAATGAG-TTTCTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAAAT-AATTTTAATTTGTTTTAA
64 ATC-AATCAATG-GCTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-AGTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
1492 CCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
125 CCAAAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
1538 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTAAAGGTATGAGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTAT
1 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
1603 CAATCAATGGCTTT
66 CAATCAATGGCTTT
1617 ATTGCTTTAC
Statistics
Matches: 1203, Mismatches: 205, Indels: 74
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 59 0.05
170 186 0.15
171 937 0.78
172 21 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT
CAATCAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATA
Found at i:2091 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1700--2984 Score: 1050
Period size: 170 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
1690 CATTAGTATA
* * * * * * *
1700 AAAAGTCCACTTATAGTCACGCAAGT-CTTCGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
* * * **
1764 ATCTCATAATTGCTTTTAAGTCTG-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGGCT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AACAGATTATAATTGAAT
** * * **
1828 GTCTGGCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATG-CATTCGTTTGCAAG
128 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCCATTCATAGGCAAG
* * * * * *
1871 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCGCCTGAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
*
1935 ATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGT
* *
2000 CTACCTCATGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
130 CTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
* * * *
2041 AAAAG-TCTATATATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
* ** * * * ** * *
2105 ATTTTGTAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTGCATTTTTCATTAAAACAGATCATCATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATG
* ** *** *
2170 TTTGGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAGGCCA-TCATTA--CTAAG
129 TCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGGC-AAG
* * *
2211 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTTAATGGTGTTGTAA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
* * * * * *
2275 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTGCATTTTTTGTGAAAAAAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** *
2340 CTTCCT-TGGAAAATGTGAA-TAAAAGCCATTCACT-GGCAAG
130 CTACCTCAAG-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGGCAAG
* *
2380 AAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
* ** * * *
2445 TCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * ** *
2510 TTGCCTTAAAAAATGTGAAGCAAAAGTAATCCATTA-GCATA-
130 CTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGGCA-AG
* ** ** * * *******
2551 AAAAGTTCACTTATTA-TCATGCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNN
1 AAAAGTTCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
*** * *
2615 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTGATTAAAGTAGATTATAATT-AATT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-CAGATTATAATTGAA-T
* * * * * *
2677 ATTTACCTCAAAAAATGTGAAGAGAAAAG-TATTCATTGGGACA-
128 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATAGGCA-AG
* * * * * *
2720 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTT-AGAAGCGTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
* * * * *
2784 ATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * *
2849 CTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAATCATTAATTGGCAAG
130 CTACC-TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
*** * * * * *
2890 AAAAGTTCATTTATAGTGGTCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTTA-TCGCTTTAAATGGATTTATA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
*
2954 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
2985 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 186, Indels: 73
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 17 0.02
169 254 0.28
170 381 0.43
171 237 0.27
172 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
Found at i:2668 original size:339 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1735--2984 Score: 981
Period size: 339 Copynumber: 3.7 Consensus size: 330
1725 TCTTCGAAAT
* * ** * *
1735 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTCTGATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTAATTTTAAGT-TGAATTTTTTACAT
* * * ** * * ** * * *
1800 TTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGGCTGTCTGGCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATGCATTCGTT
65 TTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAGGCAATC-AT
* * * * * * * *
1865 TGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCGCC-TGAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATAG
127 TACTAAGAAAAGTTCACTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
1928 TTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAAT
190 TGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTT-GTTAAAAAGATTATAAT
* * * *
1993 TGAATGTCTACCTCATG-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAG-TCTATATATT
252 TGAATGTCTTCCT--TGAAAATGTGAA-AAAAAGCCATTCAT-GGCAAGAAAAGTTC-ATTTATA
2056 GTCACCCATTCCTTCAAAAG
312 GTCACCCATTCCTT-AAAAG
* * * * * *
2076 CCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTG-TAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTGCA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-TCTGATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
* * * ** *
2140 TTTTTCATTAAAACAGATCATCATTGAATGTTTGGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAGGCCATCATT
64 TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAGGCAATCATT
* * * * *
2205 ACTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTTAATGGTGT
128 ACTAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGT
* * *
2270 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTGCATTTTTTGTGAAAAAAGATTATAATTG
193 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTT-TA-TTTTTGT-TAAAAAGATTATAATTG
*
2335 AATGTCTTCCTTGGAAAATGTGAATAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
254 AATGTCTTCCTT-GAAAATGTGAAAAAAAGCCATTCA-TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
*
2400 CAATTCCTTAAAAAG
317 CCATTCCTT-AAAAG
* *
2415 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACAT
* * * *
2480 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAATGTGAAGCAAAA-GTAATCCAT
65 TTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAGGCAAT-CAT
* * *
2544 TAGC-ATA-AAAAGTTCACTTATTA-TCATGCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
127 TA-CTA-AGAAAAGTTCACTTA-TAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
********** *
2606 GGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGATTAAAGTAGATTATAA
188 GGTGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTG-TTAAA-AAGATTATAA
* ** * * *
2671 TT-AAT-TATTTACCTCAAAAAATGTGAAGAGAAAAG-TATTCATTGGGACA-AAAAGTCCATTT
251 TTGAATGT-CTT-CCT-TGAAAATGTGAA-A-AAAAGCCATTCA-TGGCA-AGAAAAGTTCATTT
* *
2732 ATAGTCACCCATCCCCTTAGAAG
309 ATAGTCACCCAT-TCCTTAAAAG
* * * *
2755 CGTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT-TACAT
* * * *
2820 TTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAA---AATCATTA
65 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAGGCAATCATT-
* * ** *** * *
2881 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGGTCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTTA-TCGCTTTAAAT
128 ACT---AAGAAAAGTTCACTTATAGT-CACCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAAT
* *
2945 GGAT-TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
188 GG-TGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
2985 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 135, Indels: 84
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 4 0.01
336 4 0.01
337 1 0.00
338 29 0.04
339 330 0.45
340 214 0.29
341 149 0.20
342 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (330 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAGGCAATCATTACT
AAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGTTGT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTCT
TCCTTGAAAATGTGAAAAAAAGCCATTCATGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
AAAAG
Found at i:2705 original size:510 final size:502
Alignment explanation
Indices: 1736--2980 Score: 1200
Period size: 510 Copynumber: 2.4 Consensus size: 502
1726 CTTCGAAATC
* * * *
1736 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTCTGATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACATT
* * ** ** ** *
1801 TTTGGTTAGAACAA-ATTATAATTGGCTGTCTGGCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATGCATTCGTT
65 TTTAG-TA-AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATT
* * * * * *
1865 TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCGCCTGAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATAGT
127 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCATTC-CTTAAAAAGCCTTATT-ATCACTTTAAATGGT
** *
1929 TTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATTATAATT
189 TTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTTTGATTAAACAGATTATAATT
** * * *
1994 GAATGTCTACCTCATGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATATATTGTC
254 GAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCAATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATATATTATC
** * **
2059 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTGTAATTCATTTTAA
319 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAA
* * * ** ****
2124 TTTGAATTTTTTTGCATTTTTCATTAAAACAGATCATCATTGAATGTTTGGCTTGGGAAATGTGA
384 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTCATTAAAACAGATCATAATTGAATATTTACCTCAAAAAATGTGA
* *
2189 AGAAAAGGCCA-TCATTACTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAG
448 AGAAAA-G-CATTCATTACGACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTT-AAAAG
* * * *
2245 TCTTATTACTCACTTTTAATGGTGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTGCAT
1 -CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACAT
* * * * *
2310 TTTTTGTGAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAATGTGAA-TAAAAGCCATTCACT
64 TTTTAGT-AAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATT
2374 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
127 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTAAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATGGTT
* *
2439 TTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
190 TTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTTTGATT-AAACAGATTATAATT
* * * * * *
2504 GAATGTTTGCCTTAAAAAATGTGAAGCAAAAGTAATCCATTA-GCATA-AAAAGT-TCACT-TAT
254 GAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCAATCCA-TAGGCA-AGAAAAGTCT-A-TATAT
** * * ********** *
2565 TATCATGCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATT
315 TATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATT
* ** *
2630 TTAAGTTGAATTTTTTT-ATTTTTGATTAAAGTAGATTATAATT-AATTATTTACCTCAAAAAAT
380 TTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATCATAATTGAA-TATTTACCTCAAAAAAT
* ** *
2693 GTGAAGAGAAAAGTATTCATTGGGACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTTAGAAG
444 GTG-A-AGAAAAGCATTCATTACGACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCCTTAAAAG
* * * *
2755 CGTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAT
1 C-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACAT
* * * * * *
2820 TTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATTAATTG
64 TTTTAGTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTG
** * * * *
2885 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGGTCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTTATCGCTTTAAATGGATT
128 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGT-CACCATTCCTTAAAAAGCCTTA-TTATCACTTTAAATGGTTT
* * *
2950 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
191 TGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATT
2981 TTTTAANNNN
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 109, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 2 0.00
508 39 0.06
509 189 0.31
510 354 0.59
511 17 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (502 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTAGTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCATTCCTTAAAAAGCCTTATTATCACTTTAAATGGTTTTGTAA
TCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTTTGATTAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCAATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATATATTATCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGATCATAATTGAATATTTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAGC
ATTCATTACGACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTAAAAG
Done.