Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398463.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1760.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4589
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Warning! 165 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:676 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 367--3494 Score: 2990
Period size: 171 Copynumber: 18.3 Consensus size: 170
357 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
367 ACAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* * * * * * *
432 CTCGTTAATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTA
66 C-CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
497 TGATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
538 AAAGATTGTAATTGA-TAGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGACT-GTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
* * * *
602 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAATTGGTTTTACAA-CAT
65 G-CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-T
* * *
666 CATAATTGATTTTAGGATT-ATTTTTTTTAC-TGTTTTGGGT-AA
128 CATAATTGATTTTAGG-TTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAA
* *
708 ATAGATTATAATTGACTGGT-TGCATTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGACT-GTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
* * * * *
772 GTGCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAACCCCTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTC
65 G-CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ** *
837 ATAATTGATTTTAGGTTAAATTGCTTTATATTTTT-GATTAAA
129 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * ** * * * * * *
879 ACAGATTATAATTGATTGTTTTTCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTTACAAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
* * ** ** * * **
943 GCCCATTTATAATCACTCA-AGCCTT-TGAAGACCTTATTACTTACTTTAAAT-GACTTTACAGC
65 G-CCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT
** * * *
1005 CTCATAATTGATTTTAGCATGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTGAA
126 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
1050 ATAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAAGAAAACCCATTGATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* * * * *
1115 CTCATTTATAGTCAGCCGTACCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
66 C-CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
1180 TAGTTGATTTTAGGATGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
1222 ACAAATTATAATTAACTGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* * *
1287 CCTATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCA
66 CC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * **
1352 TAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATCTCCAG-TAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * ** * ** *
1392 ATAGATTATAATTGATTCTTTACCTCGGGAAACGTTTAGAAAAATACATTCATTTGCA-AA-AAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGA-TTG-ATAAGAAA
* * * ** * *
1455 ACCCATTTGTAGTCACCTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAAACT
64 AGCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
1519 CATAATTGA-TTTAGGATGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAA
128 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** * *
1561 ACAAACCATAATTGACTGTTTGTCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* * *
1625 CCCTTTTATAGTCGA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTC
66 -CCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
*
1689 ATATTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
129 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * ** * * * *
1731 ACAGATTATAATTAATTGTTTTCCTCGAGAAATATGAAGAAAAATCCATTCATTTG-CAAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGA-TTGATAAGAAAA
* ** * * ** * *
1795 GCCCATTTATAGTTACCCA-AGCCTTTGAAATCCTCATTACTTACTTTGAAT-GACTTTATAATC
65 G-CCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * *
1858 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTTGGTTAAA
127 TCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * ** ** * * *
1903 ACAGATTATAATTGAATGTCTACATT-AGAAAAAATGAAAAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGA-TAAGAAA
* * * * * ** *
1966 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTCGTAATAT
64 AG-CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
2031 GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGCTAAA
128 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
** * * * * *
2074 ACAGATTATAATCAACTCTCTACCTTGAGAAATGTGAATGAAAAGCCATTGATTGTTAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* ** * * * **
2139 CCCATTTATAATCACCCATACCTTTGAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAGCCTCA
66 -CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2204 AAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATGTTT-GATTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * * * * *
2245 ACAGATTATAATTGACTGTTTGCATCGTGAAATGTGAATGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* * * * * * * * *
2310 CACGTTTATAGTCAACTAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTACAACCTCA
66 C-CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
2375 TAATTGATTTTAGGATGGATTTTTGTACATTTTTAGCTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
2416 ACGGATTATAATTAACTGTCTGCCTTG-GAAAACATGAAGGACAAGCCATTGGTTGATAAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA
* * * * *
2480 GCCTACTTATTGTCACCCATATCTTCAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
65 GCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
2545 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAA
129 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * * * ** * * * *
2587 ACAGATTATAATTGATTGTTTACC-TCAGGAAATATGAA-TACAAA-CTCATTCATTTG-CAGGA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAGGA-AAAGC-CATTGA-TTGATAAGA
* * * * * * * *
2648 AATGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCCAAAGCCTTATTATTCACATTGAATAGTTTTACAA
62 AAAG-CCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
2712 CCTCATAATTGATTTTAGGATGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAC
125 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
2758 ACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAG
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
* *
2823 CCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATCTTA
66 CC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
2888 TAATTGATTTAAGGATGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
2929 CCAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGATGAGAAAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAG-AAAA
* ** * ** *
2994 CCCATTTATAGTCATTCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATATTTTTATAATCTCA
65 GCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
3059 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
3100 ATAGATTATAATTAACTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGAGTGAGAAAAAAAT
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA-
* * * * *
3165 CCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCA
65 GCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
3230 TAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
130 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
3271 ACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGGAAAAGCCCTT-AGTTGATAAAAAAA
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGA-TTGATAAGAAAA
*
3335 GCTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
65 GC-CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* *
3400 ATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
129 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* *
3442 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAAGAAAAGCCATTGAT
1 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGAT
3495 GTTGGCTCCA
Statistics
Matches: 2413, Mismatches: 472, Indels: 144
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 5 0.00
168 36 0.01
169 151 0.06
170 276 0.11
171 1631 0.68
172 312 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
Found at i:3907 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3865--3925 Score: 86
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
3855 CTAAGAGGCT
* *
3865 ACTGCTAGAAACTAGGTTCAGAGACAAAGCCC
1 ACTGCCAGAAACTAGGTTCAAAGACAAAGCCC
* *
3897 ACTGCCAGAAATTGGGTTCAAAGACAAAG
1 ACTGCCAGAAACTAGGTTCAAAGACAAAG
3926 ACGACTTAGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 25 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.21, G:0.23, T:0.16
Consensus pattern (32 bp):
ACTGCCAGAAACTAGGTTCAAAGACAAAGCCC
Done.