Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398464.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1761.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 848
Length: 1414
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Warning! 197 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:528 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--898 Score: 715
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
1 ACTT
* * * * *
5 GCTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTACATTTTTGGGT
1 GCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGTT
* ** * ** * *
70 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
62 AAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
*
134 AAGCCTATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTAAAAACCTTATTACTC
127 AAGCCTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
********* * * *
178 GCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATTATATTTTCAGTTAA
1 GCTTTAAATG-GTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
243 AACAGATTATAATTAAATATTTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAA
64 AACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAA
* * * * *
308 ATCC-ATTTGTACTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTT
128 AGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* *
350 GCTTTAAATGGTTTTAATATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTT-ATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
415 ATAGATAATAATTGATTGTATACCTCAAAAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
480 CCTATTTATAGTAACCCATGCCTTTACAAGCCTAATTACTC
130 CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* ********* * * *
521 ACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTACGCTGAATTATTTTACA-TTTTAGGTTAA
1 GCTTTAAAT-GGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAA
* * * * * * *
585 AACAGATTATAATTAATTGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAA
64 AACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * **********
650 G-TTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNC
129 GCCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * *
692 GCTTTTAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAAG-TAA
1 GCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
** ** *
755 AATTGATAATAATTAAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTAGG-AAGAAA
64 AACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAA
* * * * *
819 AACCTCTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTGCTC
128 AGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
**
862 GCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAA
899 AATAAATTAA
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 153, Indels: 33
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 140 0.25
171 291 0.53
172 83 0.15
173 39 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:926 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5--939 Score: 879
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 342
1 ACTT
* * *
5 GCTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTACATTTTTGGGT
1 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTT-AGT
* * ** *
70 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGAAA-AAA-AGCCATTCATTAGCAAGA
62 AAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACAT-AAAGAAAGAGCCATTCATTAGGAAGA
* **********
133 AAAGCCTATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNN
126 AAAGCCTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
* * *
197 NCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTATTATATTTTCA-GTTAAAACAGATTATAATTAAA
190 TCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTATTT-TTACATTTT-AGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
* * *
260 TATTTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAAATCCATTTGTACTCACC
253 TATCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATAGGCAAGAAAAATCCATTTATACTCACC
* *
325 CATACCTTTAAAAGCCTTATTACTT
318 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
350 GCTTTAAATGGTTTTA-ATATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGCTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAA
* * ** * *
414 AATAGATAATAATTGATTGTATACCTCAAAAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATT-GGCAAGAAA
64 AATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTAGG-AAGAAA
* * * * **********
478 AGCCTATTTATAGTAACCCATGCCTTTACAAGCCTAATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCT
128 AGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCT
* * * * *
543 CATAATTGATTTTACGCTGAATTA-TTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTCT
193 CATAATTGATTTTAAGATAAATTATTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCT
* * * * *
607 ACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT
258 ACCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGAC-ATTCATAGGCAAGAAAAATCCATTTATACTCACCCAT
* **********
670 GCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNC
321 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
692 GCTTTTAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAAGTAAA
1 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTAAA
* * *
756 ATTGATAATAATTAAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTAGGAAGAAAAA
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTAGGAAGAAAAG
* * * *
821 CCTCTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
130 CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* * * *
886 TAATTGATTTTAAAATAAATTAATTTTTA-GTTTT-GGTTAAAACAAATTAGAATT
195 TAATTGATTTTAAGATAAATT-ATTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATT
940 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 90, Indels: 34
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 162 0.33
342 184 0.38
343 99 0.20
344 4 0.01
345 36 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAA
TAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGC
CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGATAAATTATTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACC
TTAAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATAGGCAAGAAAAATCCATTTATACTCACCCATACCTT
CAAAAGCCTTATTACTC
Done.