Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398475.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1771.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15488
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 4028 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:301 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 271--433 Score: 93
Period size: 24 Copynumber: 6.3 Consensus size: 25
261 TTTGAATAGA
*
271 CGTGTAACAACTTTTTTTAACTATGA
1 CGTGTAACAACTTTTTTTAAC-ATGG
* *
297 TGTGTAACATA-TTTTTGT-ACATGG
1 CGTGTAACA-ACTTTTTTTAACATGG
321 CGTGTAACAACAGTATTTTTTTTTCAACATGG
1 CGTGTAACAAC------TTTTTTT-AACATGG
*
353 CGTGTAACAACCTTTTTTAACTATGG
1 CGTGTAACAACTTTTTTTAAC-ATGG
* ** *
379 TGTGTAACATA-TTTTGGT-ATATGG
1 CGTGTAACA-ACTTTTTTTAACATGG
** *
403 CGTGTAACATGTTTTTGT-ACATGG
1 CGTGTAACAACTTTTTTTAACATGG
427 CGTGTAA
1 CGTGTAA
434 TTTCATTAAG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 15, Indels: 28
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.01
24 41 0.38
25 6 0.06
26 36 0.33
27 2 0.02
30 6 0.06
32 17 0.16
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
CGTGTAACAACTTTTTTTAACATGG
Found at i:325 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 298--433 Score: 105
Period size: 24 Copynumber: 5.2 Consensus size: 24
288 TAACTATGAT
298 GTGTAACATATTTTTGTACATGGC
1 GTGTAACATATTTTTGTACATGGC
*
322 GTGTAACAACAGTATTTTTTTTTCAACATGGC
1 GTGT---AACA-TA--TTTTTGT--ACATGGC
*
354 GTGTAACA-ACCTTTTT-TAACTATGGT
1 GTGTAACATA--TTTTTGT-AC-ATGGC
* *
380 GTGTAACATATTTTGGTATATGGC
1 GTGTAACATATTTTTGTACATGGC
*
404 GTGTAACATGTTTTTGTACATGGC
1 GTGTAACATATTTTTGTACATGGC
428 GTGTAA
1 GTGTAA
434 TTTCATTAAG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 10, Indels: 22
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
24 35 0.38
25 8 0.09
26 14 0.15
27 11 0.12
28 2 0.02
29 4 0.04
30 6 0.07
32 11 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.21, T:0.41
Consensus pattern (24 bp):
GTGTAACATATTTTTGTACATGGC
Found at i:824 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 539--1068 Score: 557
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 171
529 NNNNNNNNCC
* * *
539 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCTTGAG
* *
604 TGACTATAAGTGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-TCTAAGATAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTC-AAGACAGACAT
* *
668 TTAATTATAATATATTTTAACCCAAAACATAAAACAA-TTCAA
130 TCAAATATAATATATTTTAACCCAAAACATAAAA-AATTTCAA
* * *
710 CTTAAAATGAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAA-GTTATGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCT-TGA
* * * *
774 GTGATTATAAATGGACTTTTC-TCTCAAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCGAGCCAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGACAGACA
* * ** *
838 TTCAAATATAATTTATTTTAACCGAAAATGTAAAAAATTTTAA
129 TTCAAATATAATATATTTTAACCCAAAACATAAAAAATTTCAA
* * * * * * * * *
881 CTTACAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATGCTTCCGAAGACATGAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * * * ** ** ** *
946 TGACTATTAATAGACTTTTCTTTTCAATAGATGGTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGGAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGACAGACATT
* * * * **
1011 CATATATAATCTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTT-AA
131 CAAATATAATATATTTTAACCCAAAACAT-AAAAAATTTCAA
1052 CTTAAAATCAATTATGA
1 CTTAAAATCAATTATGA
1069 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 48, Indels: 14
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.03
171 279 0.92
172 16 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGACAGACATT
CAAATATAATATATTTTAACCCAAAACATAAAAAATTTCAA
Found at i:3696 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3341--4581 Score: 982
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
3331 NNNNNNNNNN
* * ** ** * ** * *
3341 CATTGATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAATTTTATAACCTAATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATA
* * ** * * * *
3406 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGTCATACT-ATAATTGAATGTCTTCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA-TAATATTTGGATGTCTGCCTT
** ** *
3470 -GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTT
129 AG-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
3511 CGTTTATATTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTCATAATCTCATT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATA
* * * *
3576 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGGATGTTTGTCTT
65 ATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCTGCCTT
* * * *
3641 AGGAAATGTTAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAG-AAAGTC
129 AGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* ** *
3681 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATA
* * * * * *
3746 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCT-ACTT
65 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCTGCCTT
* * *
3810 -GAGAAATATTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAGAAGTC
129 AG-GAAAT-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
3851 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAGCTCATG
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATA
* * * * * * *
3916 ATTGATTTTATGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATT-GATTGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGGA-TGTCTGCCT
* * *
3980 T-GGAAAGTGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTT
128 TAGGAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* ** * ** * * *
4022 CACTTATAGTCAGC-CATGCCTTTTAAAGCTTTATTACTTGCTTTCAATGACTTTATAATCTCAC
1 CATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTATAATCTCAT
* * * * *
4086 AATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCT-ATTAGAATAGATAATATTTGGATGTCTGCC
64 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTT-TGATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCTGCC
* * * * *
4150 TCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG-AAAGAC
127 TTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * ** * *
4192 TATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAGCCCTATTACTTGCTGTAAATAGTTTTATAAGT-TCA
1 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAA-TCTCA
* * * * ** * * * *
4255 TGATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAAAATTTTATAATTGAATGTCTACC
63 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCTGCC
** * * *
4320 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATACGAAAAGTC
127 TTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * ** * * *
4363 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATA
* * * * * *
4428 ATTGATTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACTGA-ATATATTTGAATGTTTGCC-
65 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATA-ATATTTGGATGTCTGCCT
** * * *
4491 TACGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTGATTGGTAAGAAAAGTC
128 TA-GGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * *
4534 TATTTATAGTCACTCATACCCTCGAAAGCATTGTTACTCATTTTAAAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
4582 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 863, Mismatches: 181, Indels: 53
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 35 0.04
170 415 0.48
171 402 0.47
172 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCTGCCTTAG
GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
Found at i:4199 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3341--4546 Score: 1099
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 336
3331 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
3341 CATTGATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAATTTTATAACCTAATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGACTTTATAATCTCACA
* * * * * ** * * * *
3406 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAGTCATACT-ATAATTGAATGTCTTCC
65 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCT-ATTAAAACA-AATAATATTTGGATGTCTACC
* * * * * * *
3468 TTGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAA-AGTTCGTTTATATTCACTCATGCC
128 -TCAGAAATAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGA-CT-ATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
3531 TTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTCATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAATTTT
190 TTCCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTT-ATAAGCTCATGATTGATTTTAAGTTAA-ATT
* * * * * * * ** *
3596 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGGATGTTTGTCTTAGGAAATGTTAAGAAAAAGC
253 TTTTATATTTTTGATTAAAAAATATTATAATT-GATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGC
* * *
3661 TATCCATTGGCAAG-AAAGTC
317 CATTCATT-GTAAGAAAAGTC
* * ** * * *
3681 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGACTTTATAATCTCACA
* * *
3746 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCTACTTG
65 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCTACCTC
* * * * *
3811 AGAAATATTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
130 AGAAATAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGA-AAGACTATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
*
3875 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAGCTCATGATTGATTTTATGTTAAAGTTTTTT
194 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAAGCTCATGATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
* *
3940 ATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTT-GGAAAGTGTGAAGGAAAAGCCAT
257 ATATTTTTGATTAAAAAATATTATAATTGA-TGTCTACCTTAGGAAA-TGTGAAGAAAAAGCCAT
*
4004 TCATTAGTAAGAAAAGTT
320 TCATT-GTAAGAAAAGTC
* * *
4022 CACTTATAGTCAGCCATGCCTTTTAAAGCTTTATTACTTGCTTTCAATGACTTTATAATCTCACA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGACTTTATAATCTCACA
* * * *
4087 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCTATTAGAATAGATAATATTTGGATGTCTGCCTC
65 ATTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCTACCTC
* *
4152 ATGAAAT-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAGACTATTTATAGTCACCTATGCCTTCC
130 A-GAAATAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGACTATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
** * * *
4216 AAAGCCCTATTACTTGCTGTAAATAGTTTTATAAGTTCATGATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT
194 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAAGCTCATGATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT
* * **
4281 ATATTTTTTATTAAAAAATTTTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
257 ATATTTTTGATTAAAAAATATTATAATTG-ATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
* *
4346 TATTGATACGAAAAGTC
321 CATTG-TAAGAAAAGTC
* * * * *
4363 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAATCTTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCAT
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGA-CTTTATAATCTCAC
* * * * * * * * *
4427 TATTGATTTTAAATTGAATATTT-TTACATTTT-TGATTAAAACTGAAT-ATATTTGAATGTTTG
64 AATTGATTTGAAGTTGGAT-TTTCTTATATTTTCT-ATTAAAAC-AAATAATATTTGGATGTCTA
* * * * * * *
4489 CCTACGGAAACA-TAAAGAAAAAGCTATTGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
126 CCT-CAGAAATAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAG-AAAGACTATTTATAGTCAC
4547 TCATACCCTC
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 120, Indels: 50
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 228 0.32
341 426 0.59
342 59 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
CATTTATAGTCACCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGACTTTATAATCTCACAA
TTGATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCTACCTCA
GAAATAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGACTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
AGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAAGCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAT
TTTTGATTAAAAAATATTATAATTGATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
TAAGAAAAGTC
Found at i:4581 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3346--4581 Score: 958
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 168
3336 NNNNNCATTG
* ** ** * *** * *
3346 ATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAATTTTATAACCTAATAATTGA
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * * *
3411 TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGTCATACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAAC-TAATATATTTGAATGTCTGCCTTG-GAA
* ** *
3475 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGT-TCGTTT
128 ATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTT
* * *
3516 ATATTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGG-TTTCATAATCTCATTATTG
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTT-ATAATCTCATAATTG
* * * * *
3580 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATAATATTTGGATGTTTGTCTTAG
65 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGATTAAAACTA-AT-ATATTTGAATGTCTGCCTT-G
* * * * * *
3643 GAAATGTTAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTT
125 GAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* ** *
3686 ATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGA
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
3751 TTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCT-ACTTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGATTAAAACTAAT-ATATTTGAATGTCTGCCTTG-GAA
* * *
3815 ATATTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAGAAGTCCATTT
128 ATA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* * * *
3856 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAGCTCATGATTGA
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
3921 TTTTATGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGATTGTCTACCTTGGAA
66 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACTA-A-TATATTTGAATGTCTGCCTTGGAA
* * * *
3985 AGTGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGT-TCACTT
128 A-TATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTT
** * ** * * *
4027 ATAGTCAGC-CATGCCTTTTAAAGCTTTATTACTTGCTTTCAATGACTTTATAATCTCACAATTG
1 ATAGTCA-CTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4091 ATTTGAAGTTGGATTTTCTTATATTTTCT-ATTAGAA-TAGATAATATTTGGATGTCTGCCTCAT
65 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTT-TGATTAAAACTA-AT-ATATTTGAATGTCTGCCT--T
* * * *
4154 -GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG-AAAGACTATTT
124 GGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* ** * * * *
4197 ATAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAGCCCTATTACTTGCTGTAAATAGTTTTATAAGT-TCATGATT
1 ATAGTCACTC-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA-TCTCATAATT
* * * ** * *
4260 GATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAAAATTTTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
64 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATT-AAAACTAATATATTTGAATGTCTGCCTT-GG
* * * * *
4325 AAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATACGAAAAGTCCATTT
126 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* * * * ** * * * *
4368 ATAGTCACCCATGCCTTTCAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATTATTGA
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
4433 TTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACTGAATATATTTGAATGTTTGCCTACGGAA
66 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACT-AATATATTTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * *
4498 ACATAAAGAAAAAGCTATTGATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
128 ATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * *
4539 ATAGTCACTCATACCCTCGAAAGCATTGTTACTCATTTTAAAT
1 ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
4582 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 165, Indels: 79
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 39 0.05
170 402 0.47
171 408 0.47
172 9 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACTAATATATTTGAATGTCTGCCTTGGAAATA
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
Found at i:5537 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5219--5735 Score: 500
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
5209 NNNAAATGCC
* * * *
5219 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAGGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTT-TG
1 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAA-GTTATG
* * * *
5282 AGTGACTATAAGTAGACTTTT-TTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTTCTAAGATAGAC
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT-TCAATGGATGGCTTTTACTTCACA-TTTCTAAGACAAAC
* * * *
5346 ATTTAATTATAAAATATTTTAACCCAAAATGTAAAACAATTCAA
127 ATTCAAATATAATATATTTTAACCGAAAATGTAAAA-AATTCAA
***********
5390 CTTAAAATGNNNNNNNNNNTTATAAAAACATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAAGTTATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAAGTTATGAG
* * * * * *
5455 TGATTATAAATGGACTTTTCTCTCCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTAAAGCCAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCT-AAGACAAACATT
* * *
5520 CAAATATAATTTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAATTTTAA
130 CAAATATAATATATTTTAACCGAAAATGTAAAAAA-TTCAA
* * * * ** *
5561 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
1 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAAGTTATGAG
* * * * **
5626 TGACTATTAATGGACTTTTCTTTTCAATAGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGGAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTC-TAAGACAAACATT
* * *
5691 CAAATATAATCTGTTTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTCAA
130 CAAATATAATATATTTTAACCGAAAATGT-AAAAAATTCAA
5732 CTTA
1 CTTA
5736 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 65, Indels: 14
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.04
171 250 0.91
172 14 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAAGTTATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTAAGACAAACATTC
AAATATAATATATTTTAACCGAAAATGTAAAAAATTCAA
Found at i:5756 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5219--5835 Score: 477
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
5209 NNNAAATGCC
* * * * * * * * *** *
5219 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTTTGAG
1 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
* * * ** *
5284 TGACTATAAGTAGACTTTT-TTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTTCT-AAGATAGACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATGGATGGCTTTTACTTCACA-TTTCTAAAGCCAAACA
* * ** ** *
5347 TTTAATTATAAAATATTTTAACCCAAAATGTAAAACAATTCAA
129 TTCAAATATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *********** * * * ** *
5390 CTTAAAATGNNNNNNNNNNTTATAAAAACATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCGAAGTTATGAG
1 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
* * * *
5455 TGATTATAAATGGACTTTTCTCTCCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTAAAGCCAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTAAAGCCAAACATT
* * *
5520 CAAATATAATTTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAATTTTAA
131 CAAATATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAA
5561 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
1 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
* * * * ** **
5626 TGACTATTAATGGACTTTTCTTTTCAATAGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGGAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTAAAGCCAAACATT
*
5691 CAAATATAATCTGTTTTAA-TCGAAAATGTAAAAAAATTCAA
131 CAAATATAATCTATTTTAACT-GAAAATGTAAAAAAATTCAA
********** * * ** * * *
5732 CTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAAAAATAATAATTTTGAA-ACCATGA
1 CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGA-CATGA
*
5796 ATGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTT
65 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTT
5836 GCTTTATGTT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 92, Indels: 8
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 341 0.97
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATACTTTCGAAGACATGAA
TGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTAAAGCCAAACATT
CAAATATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:8548 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8168--8551 Score: 392
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
8158 GTTTCATAAT
* *
8168 CTCATTATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGGATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATATTTGGATGT
* * * * ** *********
8232 TTGTCTTAGGAAATGTTAAAAAAAATCTGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNN
64 CTGCCTTAGGAAATATTAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * **
8297 NCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGCTTTATATT
129 CCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATACG
* * **
8339 CTCATAATTGATTTGAAATTGGATTTTCTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGGATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGGATGTC
* * * * *
8404 TGCCTTAGGAAATATTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCGAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATC
65 TGCCTTAGGAAATATTAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATC
* *
8469 CCTTCCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACG
130 CCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATACG
* * *
8510 CTCATGATTGATTTTATGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTATT
8552 GAAATATATT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 41, Indels: 6
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 155 0.92
172 10 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGGATGTCT
GCCTTAGGAAATATTAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCC
CTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATACG
Found at i:13282 original size:160 final size:161
Alignment explanation
Indices: 12966--13283 Score: 412
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
12956 TGCTCACTCG
* *
12966 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTAGATTTTTGGGTAAAAAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTTAGATTGTTGGGTAAAAAGAT
* * * * ** *
13031 TATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATGGGCAACAAAAGTCCATT
* *
13096 TATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCATCTT
131 TATAGTAACTCAGGCCTTCCAAAGCCATCTT
* * *
13127 AAATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT-TTATATTGTTGGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTTAGATTGTTGGGTAAAA-AGA
**
13190 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGTGAAAGCCA-TCTATGGGCAACAAAA-TACC
65 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATGGGCAACAAAAGT-CC
*
13253 ATTTAT-GATAACTCAGGCCTTCGAAAGCCAT
128 ATTTATAG-TAACTCAGGCCTTCCAAAGCCAT
13284 ATTACTCGCT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 19 0.14
160 102 0.75
161 15 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTTAGATTGTTGGGTAAAAAGAT
TATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATGGGCAACAAAAGTCCATT
TATAGTAACTCAGGCCTTCCAAAGCCATCTT
Found at i:14203 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 11976--14371 Score: 2082
Period size: 514 Copynumber: 4.7 Consensus size: 509
11966 NNNNAATTGG
* * * * * * * *
11976 ATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATATTTGGATGTTTGCCTTAGGAGATATGAAGAAA
1 ATTTT-TTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * * * *
12041 CAA-CCATTCATTGGCGAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATACCTTTCAAAGCCTTATTACTC
65 -AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTA
* * * *
12105 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTATAATTTTGGTTAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTGATTAA
* ** * * * * *
12170 AATAAATTATCGTTCAATGCCT-GCT-ACAGAAACCATGAAGAAAAAGTGATTCATTAGCT-AGA
191 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAA-CATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAAGA
* * *
12232 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTGT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
253 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCT-TCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * *
12296 TCTCATAATTGGTTTGAAGTTG-GATTTTCTTACATTGTTGGTT-AAAGATATTATATTTAAATG
317 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATG
* * * * * * *
12359 TTTGTCTCAAGAAATATAAAGCAAAAGCCATTCATCGGATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
382 TCTGCCTCAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCAT-TGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * * * * *
12424 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCGCATAATTGATTTTATGTTGA
445 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAA
* * * * *
12489 ATATTATTATATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGTCTTAGGAAATATGAAGAA
1 AT-TTTTTAGA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAA
* * *
12554 AAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACT
* * * * * * ** *
12618 AGCTCTAAATGGTTTGATAATCTTACAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTATAATGTCAATTTA
128 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAA
* ** * * * * * * * *
12683 AATACATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAA
191 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAA
* * * * * * *
12748 GCCCATTTATGGTCACTGA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCT
256 GTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
12812 CATAATTGATTTTAAG-TAAAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACATATTAT-TATTGAATGTT
320 CATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAT-TTGAATGTC
* ** * *
12875 TGCCCCAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTATG
384 TGCCTCAGGAAACATGAA-GAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * ** * *
12940 CCTTCCAAAGCCTTATTGCTCACTCGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
447 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAA
* * * * * **
13003 ATTTTGTTAGATTTTTGGGTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTT-TCCTCAAGAAATGTGAAGAA
1 ATTTT-TTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGT-CTTAGGAAACATGAAGAA
* * * * *
13066 AAAGCTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCC-----A-T-
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTA
* * *
13124 -C-TTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATATTGTTGGTTAAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * ** * * ** *
13186 TAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGTGAAAGCCA-TCTATGGGCAACAAAA-
193 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGATAAGAAAAG
* ** *
13249 TACCATTTAT-GATAACTCAGGCCTTCGAAAGCCAT-ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATC
257 T-CCATTTATAG-TCACTCATACCTTCGAAAGCC-TCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * ** * *
13312 TCATAATTGATTTGAAGCTG-GATTTTCTTATATTTTTCATTAAAACATAAAATATTTGGATGCC
319 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATGTC
* * ** * *
13376 TGTCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGGGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTAT
384 TG-CCTCAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* *** * *
13440 GCCTTTCAAAA-CCTTATTAGTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGA-TATTAAGCTG
446 GCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTA-TAAG-TT
*
13503 AT
508 AA
* * * * * *
13505 TTTTTTTATATTCTTAGTTGAAACAAATTATAATTCAATGTTTGTCTTAGAAAACATGAA-AAAA
1 ATTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAA
* * * *
13569 AACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTAGC
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGC
* *
13634 TTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATGAAAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* *** * *
13698 TATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT
193 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGT
* * * * *
13763 CTATTTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT
258 CCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * * *
13828 TCTTGATTTTAAGTTGAGTTCTTTTTTATATTTTTAATTAAAGCCTATTATATTTGAATGTCTAC
323 AATTGATTTTAAGTTGAGAT-TTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATGTCTGC
* * * *
13893 CTCAGGAAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
387 CTCAGGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
* *
13958 TCAAAAG-CTTATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTAA
450 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAA
* * * * * * * *
14017 ATTGTTTTAGATTTTTGGATAAAATAAATTAAAATTAAATGTCTG-CTTTAGGAAACATGATGCA
1 ATT-TTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTC-TTAGGAAACATGAAGAA
* * * *
14081 AAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT
* * * * ** *
14145 CGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTACAGTTAGAGTTTCTTGCATTTTTTATTAA
128 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA-AGTT-GAATTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * * * ** *
14210 AACAGCTGATAGTTTG-ATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAA
191 AATAGATTATA-ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAA
** * * * *
14274 AGTATATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGGCTCATTACCCGCTTTAAACGGTTTTATAATC
255 AGTCCATTTATAGTCACTCATACC-TTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
14338 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTTACATT
319 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATT
14372 CTCGGTTAAA
Statistics
Matches: 1527, Mismatches: 288, Indels: 137
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
500 4 0.00
501 313 0.20
502 62 0.04
503 18 0.01
504 1 0.00
506 2 0.00
507 2 0.00
509 17 0.01
510 20 0.01
511 2 0.00
512 229 0.15
513 269 0.18
514 548 0.36
515 38 0.02
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
ATTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATGTCTGCCTCA
GGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAA
Found at i:14383 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11976--14384 Score: 1889
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
11966 NNNNAATTGG
* * * * * * * *
11976 ATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATATTTGGATGTTTGCCTTAGGAGATATGAAGAAA
1 ATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * * *
12041 CAA-CCATTCATTGGCGAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATACCTTTCAAAGCCTTATTACTC
65 -AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* *
12105 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** * *
12147 ATTATTTTTATAATTTTGGTTAAAATAAATTATCGTTCAATGCCTG-CTACA-GAAACCATGAAG
1 A-T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCT-CAGGAAA-CATGAAG
** * * * * *
12210 AAAAAGTGATTCATTAGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTGTGAAAGCCTTATTAC
62 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * * *
12275 TCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGGTTTGAAGTTGG
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * *
12319 ATTTTCTTACATTGTTGGTT-AAAGATATTATATTTAAATGTTTGTCTCAAGAAATATAAAGCAA
1 ATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* *
12383 AAGCCATTCATCGG-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACT
65 AAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACT
* * *
12446 CGCTTTAAATGCTTTTATAATCGCATAATTGATTTTATGTTGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
12489 ATATTATTATATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGAT-TGTCTTAGGAAATATGAAGA
1 AT-TTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATG-TCTGCCTCAGGAAACATGAAGA
* * *
12553 AAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTAC
* * * * * *
12617 TAGCTCTAAATGGTTTGATAATCTTACAATTGATTCTAAGTTGA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *** * * * * * * * * * *
12661 ATTGTTTTATAATGTCAATTTAAATACATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAATATAAAGCAA
1 ATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * * * ** * *
12726 AAGCCATCCATTGACAATAAAAGCCCATTTATGGTCACTGAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTATTC
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTC
* * **
12790 GCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** *
12832 ATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACATATTAT-TATTGAATGTTTGCCCCAGGAAATGTGAAGGA
1 A-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAT-TTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
* * * * *
12896 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTC
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* ** *
12961 ACTCGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * **
13003 ATTTTGTTAGATTTTTGGGTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAA
1 ATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * * *
13067 AAGCTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCC-----A-T--
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCG
*
13124 C-TTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAATTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * **
13163 ATTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGTGAA
1 ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
13228 AGCCA-TCTATGGGCAACAAAA-TACCATTTAT-GATAACTCAGGCC-TTCGAAAGCCATATTAC
66 AGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAG-TCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTAC
* * * *
13289 TCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGG
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * ** * * *
13333 ATTTTCTTATATTTTTCATTAAAACATAAAATATTTGGATGCCTGTCCT-AGGAAACGTGAAGAA
1 ATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTG-CCTCAGGAAACATGAAGAA
* ** * * * * * *
13397 AAAGTCATTCATTGGGGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTTCAAAACCTTATTAGTT
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
13462 GTTTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGATATTAAGCTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * *
13504 TTTTTTTTATATTCTTAGTTGAAACAAATTATAATTCAATGTTTGTCTTAGAAAACATGAA-AAA
1 -ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * * *
13568 AAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTAG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCG
*
13633 CTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * **
13673 ATTTTTTTTACATTTTTGATGAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAA
1 A--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
** * * * * *
13738 AAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACC-TTCTAAAGCCTCATTACT
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACT
* * * **
13802 AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTCTTGATTTTAAGTTGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * ** *
13845 GTTCTTTTTTATATTTTTAATTAAAGCCTATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
1 ---ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGA
* * * * *
13910 AAATGTCATTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAG-CTTATTAC
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTAC
** * * * *
13973 TTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTAA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * * *
14017 ATTGTTTTAGATTTTTGGATAAAATAAATTAAAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATGCAA
1 ATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * *
14082 AAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
65 AAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC
*
14146 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTACAGTTAGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTT-GA
* * ** ** * * **
14189 GTTTCTTGCATTTTTTATTAAAACAGCTGATAGTTTG-ATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAA
1 ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATA-TTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* *** ** * * * *
14253 AAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGGCTCATTACCCG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCG
*
14318 CTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
14359 AGTTTTTTACATTCTCGGTTAAAACA
1 A-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
14385 TACNNNNNNN
Statistics
Matches: 1770, Mismatches: 405, Indels: 126
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 21 0.01
160 97 0.05
161 15 0.01
162 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
169 52 0.03
170 427 0.24
171 692 0.39
172 358 0.20
173 103 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
Found at i:15239 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14509--15250 Score: 813
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
14499 NNNNNNAGCC
* * *
14509 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGCATTTTCTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACA-TT
* * * * * * *
14574 TTTATTAAAACAAATAATATTTGGATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATTGA
64 TTCACTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAAAAAAAGATATTCATTGA
* * * ** *
14639 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTCCAAATGATTTT
* * * *
14704 ATACTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTCAACTAAAACATATTGTAATTG
194 ATACTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCACATTTTCAACTAAAACAGAATGTAATTG
** * *
14769 AATATTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTCATAGTCA
259 AATATTTACCTTAACAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCACAGTCA
*
14834 CCCATACCTTACAAAGCC
324 CCCATACCTTACAAAGCA
* *
14852 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA-AATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * *
14916 TCAGCTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTG
65 TCA-CTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAAAAAAAGAT-ATTCATTG
* * ** *
14980 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAACTTTATTACTCGCTCCAAATGATTT
128 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTCCAAATGATTT
* * * *** *
15045 TATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTCATATTGTT-GGTTAAAATAGAATGTAAT
193 TATACTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCACATT-TTCAACTAAAACAGAATGTAAT
* * * * * *
15108 TGACTGTTTGCC-TAACAAA-ATGTTAAGCAAAA-TCCA-TCTATTGG-AGGGAAAAGTCCATTT
257 TGAATATTTACCTTAACAAACATG--AAGAAAAAGT-CATTC-ATTGGTA-AGAAAAGTCCATTC
*
15168 ACAGTCACTCATACCTT-CGAAAGCA
317 ACAGTCACCCATACCTTAC-AAAGCA
* *
15193 TTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
15251 TATATTTTTT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 55, Indels: 26
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 10 0.03
341 110 0.33
342 184 0.55
343 25 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
CACTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAAAAAAAGATATTCATTGACA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTCCAAATGATTTTAT
ACTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCACATTTTCAACTAAAACAGAATGTAATTGAA
TATTTACCTTAACAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCACAGTCACC
CATACCTTACAAAGCA
Found at i:15389 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 15132--15401 Score: 342
Period size: 142 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
15122 ACAAAATGTT
* * * *
15132 AAGCAAAATCCATCTATTGGAGGGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTAT
1 AAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTAT
* * * * * * * *
15197 TACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATGTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTC
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTC
15262 TTGACAAACATG
131 TTGACAAACATG
* * * * ** * *
15274 AAGCAAAAGCCATTTATTGGATAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTAT
* *
15339 TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAATTTAAATTTTTTAATATTTTT
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAAGTTAAATTTTTTAATATTTTT
15402 GATTAAAATA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 22, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
142 106 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (142 bp):
AAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTAAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTC
TTGACAAACATG
Done.