Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397376.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1257.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Warning! 7147 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2760 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2432--2855 Score: 436
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 173
2422 CATTCAATTA
* * * *
2432 TAATAAACAAAGTAAAAATAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTCAAAT
1 TAATAAACAAAGTAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* ** *
2497 GAGTAATATGATTTTTTAAAGAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCAAATAAATTCATTT
66 GAGTAATAAGAGCTTTTAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAATTCATTT
* * * ** * *
2562 TTTTTCACGTTTCTTGAGGTCTATATTCAATTATAGTTTGTTT
131 TTCTTCACATTTCTTGACGTAGATATTCAATTATAGTCTATTT
* *
2605 TAATAAA-AAA-TATAAAA-AAATTCAAGTTCAAATCAAATTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAA
1 TAATAAACAAAGTA-AAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * **
2666 TGGGTAATAAG-GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATAAATGTC-
65 TGAGTAATAAGAGCTTTTAAA-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAAT-TCA
2729 TTTTTCTTCACATTTCTCT-ACGTAGATATTCAATTATAGTCTATTT
128 TTTTTCTTCACATTTCT-TGACGTAGATATTCAATTATAGTCTATTT
* * ** * * * *
2775 TAACAAATACTGTAAAAATAAGTTGAACATAAAATC-AATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
1 TAATAAACAAAGTAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAA-
*
2839 CT-AGTAATAAGA-CTTTT
64 ATGAGTAATAAGAGCTTTT
2856 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 34, Indels: 22
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
170 96 0.47
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172 29 0.14
173 32 0.16
174 1 0.00
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TAATAAACAAAGTAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
GAGTAATAAGAGCTTTTAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAATTCATTT
TTCTTCACATTTCTTGACGTAGATATTCAATTATAGTCTATTT
Found at i:5386 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5036--5410 Score: 448
Period size: 173 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
5026 NTATTGCTCG
* *
5036 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATATTCAATTTTTTATATTATTGGTTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATATTCAATTTTTTACATTATTGGTTAAAAT
* * * *
5101 AGACTATAATTGAATGTTTACGTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAATC
66 AGACTATAATTGAATATCTACGTAGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATC
* * * **********
5166 CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCNNNNNNNNNN
131 CATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCA
* *
5206 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAACTTATTTTTACATTATTTGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATATTCAA--T-TTTTTACATTATTGGTTAA
* * *
5271 AATAGACTATAATTGAATATCTACGTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGATAAGAAAA
63 AATAGACTATAATTGAATATCTACGTAGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* * *
5336 GTTCATTTACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATCCA
128 ATCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCA
*
5379 TTTTAAATGG-TTTATAATCTCA-AATTTGATTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTT
5411 GAAGTTGAAT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 28, Indels: 6
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 40 0.23
171 2 0.01
172 20 0.12
173 111 0.64
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATATTCAATTTTTTACATTATTGGTTAAAAT
AGACTATAATTGAATATCTACGTAGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATC
CATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCA
Found at i:8181 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7796--12587 Score: 3054
Period size: 171 Copynumber: 28.1 Consensus size: 171
7786 ACATTATTGG
* * *
7796 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACGTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* ** ** *
7860 GAAAAATTCATTTATAGTGTTCC-ATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
65 GAAAAGTTCATTTATAGT-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* *
7924 AATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT-TCA-TTATTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAT-ATTTTTTA
* * * * *
7966 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAGATATATTTATTGACAA
1 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * *
8031 GAAAAGTTCATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATAG-TTTATA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*
8095 ATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
130 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* ** *
8137 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTAGACCTCAAGAAACATGAAGATAAATGA-ATTCATTTG-CA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGACATTCA-TTGACA
* ** * * * *
8200 AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTGTTTTTTCAAAA-TCGTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * *
8263 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGATCAATTTTTTTTTCTTTTTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
8307 TT------G----TAATTGAATATCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATT-AGTA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGA-CA
* * * * *
8360 AGAAAAATTCATTTGTAGTC-TCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* ** *
8424 TAATCTCATAAATGATTTTGTGTTCAATTTTGTTTATA-TTATTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTATATTTTTTA
* * * * **
8468 GTTAAAACGGA-TAATAATTGAATGTTTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACA
1 -TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACA
* * * *
8532 AAAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAG-C-TATTTACCCATTTTAAATGGTTTT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * ** * **
8594 ATTATCTTAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTCTTGCAATTTTGG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * ** *
8639 TTTAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATTCATCAATAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAA
* *
8703 GAAAAG-TCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTA
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
** * * * * * *
8766 TTGTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAACAGTTTTAA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ATATTTTTTA
* * *
8811 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAA
* * * **
8875 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* * * *
8938 TAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTCTCA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * ** * ** * *
8981 TTAAAGCTGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTG-GA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGACA
* ** * * *
9044 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC-ATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* *
9108 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTT-
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * * * *
9151 TCTAGAATAAAGTATAATTGAATGTCTACGTGATGAAACGTGAA-AAAAAAACTATTCATT-AGT
1 T-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGA-C
* * * * * *
9214 AAGAAAAGTCCATTCATATTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTT
63 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* * * *
9278 ATAATCTCGTAATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * * * * *
9324 TTGAAACATATTGTAATTGAATGCCAATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-ACCATTTATTTG-GA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCA-TTGACA
* * * *
9387 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTTCTTCAAAAGCC-TA-TACTCGCCCTTTAAAT-GTTT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT--CACTTTAAATAGTTT
* * * * **
9448 TATACATTTTATAATTGA-TTTAAGTTGGAATTTTTTTACATTTTTGG
126 TATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-CAATTTTTTTATATTTTTTA
* * *
9495 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCAT-AAAAAACGTGAAAAAAAATGA-ATTCATTTG-C
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCA-TTGAC
* * * * *
9557 AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATTCCCTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATGGATTT
63 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * *
9621 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTACT-TTTTTGA
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATTTTTTA
* * * * * *
9666 TTAAAACATAATATAATTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * * *
9731 AAAAATGCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACT-AGCTTTAAATAATTTTAT
66 AAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTAT
* * * **
9794 AATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTTATATTATTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTTA
* ** * ** ** * **
9838 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATGTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * * * *
9903 AAAA-ATCTATTTATAATTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CATTTTAAAT-GGTTTATA
66 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * **
9965 ATCTCA-AACTTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATGTTTGG
130 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * ** * * *
10007 TTAAAACAGATTACAATTGAATGGATACCTCATG--ACATGTAGAGAAATAGGCATTCATTGACA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-A-AGAAAAAGACATTCATTGACA
* * * * * * *
10070 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * **
10135 AATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTATATTTTTTA
* * * ** *
10180 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACGTTGAA-AAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * * * * *
10244 GAAAAATCCATTTATAGTC-TCTCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACT-ATCTTTAAATAGTTCTA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
10307 TAATCTCATGATTGATTCTATGTTTAATTTTTTTTTACATTTTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTTA
* ** * * *
10352 GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGACAA
1 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * * * * * *
10417 CAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAAT-GGTTTATA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * *
10481 ATCTCA-AATTTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTA
130 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * ** * * *
10523 TTAAAACAGAGTATAGTTGAATGTAGACTTCGAGAAACATGAAAAAAAATGA-ATTCATTTG-CA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCA-TTGACA
* ** ** * * * *
10586 AGAAAAG-TCTATTTATAGTTACCTATTTTTTCAAAAATCGTATCACTCATTTTAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
10650 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-CTTTT-
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * **
10692 TT------GATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTTAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * *
10751 AAAA-ATCTATTTATAGTTCA-C-ATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
66 AAAAGTTC-ATTTATAG-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * **
10813 AATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTGTTTATATTATTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTATATTTTTTA
** * * * * * ** * *
10857 TTAAAATGGACCATAATTAAAAGCCTACATTGAGAAACATGAA-AAAAAAAGCATTTATTGACAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAA
* * * * * * * * *
10921 AAAAAGTCCATTTATAGTCA-GTCATTCTTTCAAAAGTCATATTACCCATTTTCAAT-GATTTTA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* * ** * * * **
10984 TTATCTCAAAATTGATTTTCTGTTTAATTTTTTTTACAATTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * ** *
11029 TTTAGACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAAATTCATCAATAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* ** ********** * *
11094 AAAAGTCCATTTATAGTC-TTTCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATC
66 AAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
11158 ATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAGTTTTTTTAATATTTTTAA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ATATTTTTTA
** **
11201 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAG-CATTCATTGGTAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGACATTCATTGACAA
* *********** * *
11265 GAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * * *
11329 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTCTCA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * *** ** *
11371 TTAAAACCA-ACTATAATTGAATGCCT-GCTTTGGAAA-ATGTGTAA-AAAAACCCATTTATTTG
1 TTAAAA-CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA--TG-AAGAAAAAGACATTCA-TTG
* * * * * **********
11432 -GAAGAAAATTTCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTT
61 ACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * *
11496 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-CTTTTTATATTTTTTG
126 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * * * *
11540 TTAAAATAAACTGTAATGGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-ATTATTTATT-TCGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGAC-A
* * ** *
11603 AG-AAAGGTCTATTTATAGT-ATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTAT
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
************************* *
11666 ATAATCTCATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTGA
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * *
11711 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAATGA-ATTCATTTATAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGACAA
* * * * * *
11775 GAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCATATTACTCACTTTAAATAGTTCTGT
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * *
11839 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTT-TACCTTTTTTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA--TTTTTTA
** * ** * ** ** *
11883 TTAAAACAGGTTACAATTGAATGTCTATGTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-AGGAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAA
* ** * * *
11947 GAAAA-ATCTATTTATAGTTTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTAT
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
12011 AATCTCATCATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTATA-TTATTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * ** * * * *
12053 TTTGAAATAGATTTTATTTTAATGTCTTGCTCTAGAAACATGACGAAAAAGGCATTTCTTTGA-A
1 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACA-TTCATTGACA
* *
12117 AGAAAAG-TCAATTTATAGTTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * **
12181 TAATCTCA-AATTTGATTTTAAATTCTATTTTTTTACATTTTTGG
128 TAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
** * *** * * * *
12225 TTAAAACAGTTTACAATTGAATGTCTACCTTGTGATAC--GTAGAGAAAAGGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGACATTCATTGACAA
* * ** *
12288 GAAAAATTTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAAT-GATTTTA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* * * *
12351 TAATCTTATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTAAATTTTTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * *
12394 TTAAAATAGACTATAATTGAATGACTGCCTTAAGAAACATGTA-AAAAA-ACTTATTTATTTGA-
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAC--ATTCA-TTGAC
* * ** * *
12456 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAT-GTTTT
63 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG--TT
* * * *
12519 TTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTT-GACTTTTTTATATTTTTTA
125 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
* *
12565 TTAAAATAGACTGTAATTGAATG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATG
12588 CTTGCCNNNN
Statistics
Matches: 3632, Mismatches: 799, Indels: 380
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.00
160 59 0.02
161 55 0.02
162 70 0.02
163 63 0.02
164 5 0.00
165 2 0.00
167 3 0.00
168 14 0.00
169 288 0.08
170 780 0.21
171 1105 0.30
172 905 0.25
173 267 0.07
174 5 0.00
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
Found at i:16770 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16435--16931 Score: 659
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
16425 NNNNAATTTT
* * * *
16435 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGACGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
* *
16500 TGAATGTTTACCTCAAGAAACATGTAGAAAACT-CATTTATTT-AGAAG-AAAGATCCATTTATA
66 TGAATGTTGACCTCAAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGA-AAGAAAAG-TCCATTTATA
*
16562 GTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAA-TGG
129 GTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTGG
* * * * * *
16604 TTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
* *
16669 TGAATGTCGACCTCGAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTTGACCTCAAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **
16734 CTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTTT
131 CTCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTGG
* * *
16775 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTGTGTTACATTTTTTATTAAAATAGACTGTAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
* * *
16840 TGAATGATTG-CCT-TAGAAAACGTGTAGAAAAA-CTCATTTATTTGAAA-AAAAATCCATTTAT
66 TGAATG-TTGACCTCAAG-AAACATGTAGAAAAATC-CATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTAT
*
16901 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACT
128 AGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACT
16932 TGCTTTANNN
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 35, Indels: 13
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 84 0.29
170 102 0.36
171 98 0.34
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
TGAATGTTGACCTCAAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTGG
Found at i:18183 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17630--18391 Score: 714
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
17620 TCGATGGCAT
* *
17630 GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTT-TA
* * * * * * * * *
17695 TAATCTCAGAATTTATTTTAGACTT-AATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTACAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA-TTTGTTACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGA
* *
17759 ATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTTATTGACAA
127 ATGTCTACCTCGAGAAACGTG-A-AAAAA-ATCATTTATTTACAA
* * * * *
17803 GAAAAGTCCAGTTATAGTCACAT-ATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTAACTTTATATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
17867 AATCTCA-AATTTGATTTTAAATTCAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACA-AGTTACAATTGA
65 AATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTACATTTTTGATTAAAACAGA-CTACAATTGA
* * * * * ** * **
17930 ATGTTTACTTCGTGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
127 ATGTCTACCTCGAGAAACGT-GA-AAAAAATCATTTATTTACAA
* * * * ** *
17974 GAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTCGCAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
18039 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTATATTTTTTATTAAAACAGACTACAATTGAATG-
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGT
*
18103 CTTACCTCGAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTAGAA
131 C-TACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAA-TCATTTATTTACAA
* * * * **
18144 AAAAAGTCCATTTAT-GATCTCTCAATCGTTCATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAG-TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
18208 AATCTCATAATAT-ATTTTAAGTTGAATCTTG-TACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAA
65 AATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAA
* * * * *
18271 TGTCTGCATTGGGAAACGTGTATAAAAATCCATTTATTTACAA
128 TGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAAT-CATTTATTTACAA
* * * *
18314 GAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
18379 ATCTCATAATTGA
66 ATCTCATAATTGA
18392 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 84, Indels: 43
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 258 0.53
171 162 0.33
172 6 0.01
173 49 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGT
CTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAATCATTTATTTACAA
Found at i:19863 original size:338 final size:339
Alignment explanation
Indices: 19450--20639 Score: 967
Period size: 338 Copynumber: 3.5 Consensus size: 339
19440 NNNNNNNNTT
* *
19450 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAACATTTTTTATTAAAACAGAA-AATAATTAAATGGCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTATTAAAACA-AACTATAATTAAATGGCT
* *
19514 GCCTCAGGAAACGTGTATAAAAAC-CTATTTATTTGGAAGAAAAGACCATTTATAGTCTTCCC-T
64 GCCTCAGGAAACGTGTAGAAAAACTC-ATTTATTTGAAAGAAAAGACCATTTATAGTC-TCCCAT
* * * * * *
19577 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 TCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAATTTAAATTAAA
* *
19642 TTTTTTATATTTTTCT-TTAAAATGGACTATAATTGAATACATGCCTCGGGAAACGTATAAAAAA
192 TTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGACTATAATTGAATACATGCCTCGGGAAACGTATAAAAAA
* * * * * *
19706 ACCCATTTATTTTGAA-AAATGTTCA-TTATAGTC-TCTCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
256 ACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-AATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCA
*
19768 CTTTAAATGGTTTCATAATC
320 CTTTAAATGATTTCATAATC
* *
19788 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAAT-GCTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAAACTATAATTAAATGGC-T
* * **
19852 GTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTC
64 GCCTCAGGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCCCATTC
* *
19917 CTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAATTAAATT
129 CTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAATTTAAATTAAATT
* * * * * * *
19982 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGTGAAATGTGTAGAAAAACG
194 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACATGCCTCGGGAAACGTATAAAAAAACC
* *
20047 CATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTT
259 CATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
* *
20112 AAATGATTTTATTATC
324 AAATGATTTCATAATC
* * * * * * *
20128 TCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACGTTTTTAGTTAAGACAAACTATAGTTAAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTAAATGGC
** * * ** * * * * **
20193 AACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTAACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTTA
63 TGCCTCAG-GAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGA-AAGAAAAGACCATTTATAGTCTCCCA
* * ** * * * * * * * **
20256 TTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGATTTTCTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTAA
126 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAATTTAAATTAA
* * * * * ***
20321 ATTTTTGTTA-GTAGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTC-TGCCTTAAGAAAC--ATG
191 A-TTTT-TTACAT-TTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAAT-ACATGCCTCGGGAAACGTAT-
* * * * ** * *
20382 AAGAAGAAA-GCATTCA-TTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGT-TTCTCATTCCTTCAAAAACCT
250 AA-AA-AAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-AATCCTTCAAAAGCCT
* * *
20444 TGTTACTCACTTTAAATAGCTTT-ATAATC
311 TATTACCCACTTTAAAT-GATTTCATAATC
* * * * * ** * * * *
20473 TCATAAATCATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT-TTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGGCT
* * ** * ** ** * * * * **
20538 ACCACAAAAAATGTAAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATTC
64 GCCTCAGGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCCCATTC
* *
20603 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
129 CTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
20640 TATCTCAAAA
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 129, Indels: 52
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 13 0.02
338 224 0.32
339 9 0.01
340 64 0.09
341 8 0.01
342 127 0.18
343 7 0.01
344 123 0.18
345 111 0.16
346 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGGCTGC
CTCAGGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCCCATTCCT
TCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAATTTAAATTAAATTTT
TTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACATGCCTCGGGAAACGTATAAAAAAACCCA
TTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAA
ATGATTTCATAATC
Found at i:20260 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19178--22820 Score: 1086
Period size: 170 Copynumber: 21.5 Consensus size: 170
19168 AGTTTACCTC
* * * * * *
19178 AAGAAATGGGAAGAAAAAAGTATTTCTTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTT-ATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
* ** * *
19242 AAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC-AAATATGGTTTTAAGTTCAATTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAAT-TGATTTTATGTTCAATTTT
* * * ** * *
19305 TTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGCAATTGAATGTTTACCTT
127 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * * * * *
19349 GTGACACGT-AGAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTT
1 AAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTT
* * * ********** * * * *
19412 CGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATNNNNNNNNNNTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* ** * * *
19476 TAACATTTTTTA-TTAAAACAGAAAATAATTAAATGGCTGCCTC
128 TTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * *
19519 AGGAAACGTGTA-TAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGACCATTTATAGTCT-TCCCTTCCTT
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTT
* * * * *
19582 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTT
* ** ** * *
19645 TTTATATTTTTCTTTAAAATGGACTATAATTGAAT-ACATGCCTC
127 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTT
** * * * * *
19689 GGGAAACGT-ATA-AAAAAACCCATTTATTTTG-AA-AAATGTTCA-TTATAGTCTCTCAATCTT
1 AAGAAACGTGA-AGAAAAAA-GCATTTA--TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * * *
19749 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
62 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTT
* *
19813 TTTACATTTTTCA-TTAAAACATACTATAATTGAATG-CTTGTCTT
127 TTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTT
* * ** * *
19857 AGGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
** * * * * * ** *
19922 AAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAATT-AAATTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
* *
19986 ACATTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTC
130 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTT
** * * * * * *
20027 GTGAAATGTGTAGAAAAACGCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
* * *
20091 AAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATT-TTT
* * * * * **
20156 TTACGTTTTTAGTTAAGACAAACTATAGTTAAATGTCAACCTT
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
20199 GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * *
20264 AAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGATTTTCTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATTTTTGT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT-T
* * *
20329 TAGTAGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGCCTT
129 TA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
20372 AAGAAACATGAAGAAGAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTTTCTCATTCCTTCA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * * *
20437 AAAACCTTGTTACTCACTTTAAAT-AGCTTTATAATCTCATAAA-TCATTTTAGGTTTAATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * * * * * * **
20500 TTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCAC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
20543 AAAAAATGTAAAG-AAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGT-ATTCCTT
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTT
* * *
20606 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* **** *
20671 TTAACATTTTTTGTTAAAACAGAAAC-ATGAA--GAA-AAAAGCATT
128 TT-ACATTTTTAGTTAAAACAG--ACTAT-AATTGAATGTCTGCCTT
* ** * ****** * ** * * * * *
20714 ---CATTG-GCAAG-AAAAATCTATTTA-T-ATTCCCCCATTACC-TCAAAAGCCTTATTACTCA
1 AAGAAACGTG-AAGAAAAAAGC-ATTTATTGA-AAGAAAAGT-CCATTTATAGTC-TCTCATTC-
* * * * * * *
20771 CTTTAAATGGCTTTATAATCTCA-TTGT---TGATTTTAAGTTTAATTTTTTAATATT-ATTCAT
60 CTTCAAA-AGCCTTATTA-CTCACTT-TAAATGATTTT-A---TAA--TCTCAAAATTGATT--T
* * * * * * * * ** * ** * * * *
20831 TAAAG-T-ATATTATAATTGA-ATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTTATTGAC-
114 T-ATGTTCA-ATT-T-TTTTACATTTTTA-GT-TA-AAAC-AGACTATAATTGAATGT-CTGCCT
20892 -
170 T
* ** *** * ***** * *
20892 AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAG-CC--TTAT--T-GCTCA---CTTTA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTTATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * * * ** **
20947 AATG-GTT-TTA-T-AATCTCAA--ATTTTAT--T-TTAAGTTCAAT--T-TG-TC--------T
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
* * * * * *
20991 ACATTTTTGGTTAAAAGAGATTACAATTGAATGTCTACCTC
130 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * * ** * *
21032 ATGACACAT-AGAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAG-AAAGTCCAAATATAGTCACCCATTCCTTC
1 AAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
** * * *
21095 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * * * * * *
21158 TTACATTTTTTGTTAAAACTA-ATTGTAACTGAATGCCTTCCTC
128 TTACATTTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * ***
21201 AGGAAACGTG-TGGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCNNN
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
******* * * *
21265 NNNNNNNTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGGTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCA-ATTTTT
* * * * * *
21330 TAACCTTTTTAGTTAAAACAGACTAAAATTGAATATTTGCCTC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * *
21373 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTAA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* ** *
21436 AAAGCCTTATTACTCACTTTACATGGCTTTATAATCTCATATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA-A-AATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * ********** *
21501 TTATATTATT-GCTTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTACCTT
128 TTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * *
21544 GAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTTATTGGCAAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCTTT
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTTATT-G-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
* * ********** *
21607 CAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTCAATTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * * * * * * *
21672 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACAATTGAATTTATACCTC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * * * * * *
21715 GTGACACAT-AGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTT
1 AAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * * * * * * *
21779 AAAAGCCCTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
* ** * * * *
21844 ATA-TTTTTTA-TTAAATTAGACTATAATTAAATGT-GGGCTC
129 -TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * ** * * *
21884 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC-CAATTCCTT
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTT
* * *********** * * *
21948 CAAAAGCGTTATTACTCGCCNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * ** * * * * *
22012 GTACTTTTTTCTTTAAAA-AAAATAATAATTGAATGGCTACCTC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTT
* * ** * * *
22055 AAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * * * * * *
22120 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCT-GACTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
* * *
22183 ACATTTTTTA-TTACAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCC-T
130 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * *** * * *
22223 CGGAAAACATGTAGAAAAACTTAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTC
1 AAG-AAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * * * * ** * ** *
22288 CAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCCTTTCAAATTGAA-TTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
* * *
22352 TATATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGT-TGCTCTC
129 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC-CTT
* * ** * * * * *
22394 GAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTT
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * ********** *
22459 AAAAGCCTTATTACTCGA-GTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAA-TTT
64 AAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTT
* * *
22521 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATAG-CTGCCTC
127 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTGCCTT
** * * ** * * * *
22565 GGGAAACAT-ATAGGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTCATTCTTTC
1 AAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
** * * ********** * * *
22629 AAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGACTTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
* * * * * *
22694 TATATTTTTTA-TTAAAATAAACTGTAATTGAATG-CATGGCTG
129 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTT
* * ** * *
22736 AAGAAACGTGTAGCAAAACTCAATTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
1 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
*
22801 AAAGCCCTATTACTCACTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTT
22821 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2576, Mismatches: 712, Indels: 368
0.70 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
138 2 0.00
139 9 0.00
140 19 0.01
141 5 0.00
142 2 0.00
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145 1 0.00
146 3 0.00
149 7 0.00
150 2 0.00
151 3 0.00
152 3 0.00
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157 6 0.00
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160 1 0.00
161 1 0.00
162 2 0.00
165 3 0.00
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181 10 0.00
182 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
Found at i:21021 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20691--22820 Score: 1332
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
20681 TTGTTAAAAC
* * * * **
20691 AGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAATCTATTTATATTCCCCCATTACC-T
1 AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CTTCATT-CCTT
* ** *
20753 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATTGTTGATTTTAAGTTTAATTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
** *
20818 TA-ATATTATTCATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
128 TACAT-TT-TTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* ** * *
20862 AGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCA
* * *
20926 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTC
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTT-TT
** * *
20990 TACATTTTTGGTTAAAAGAGATTACAATTGAATGTCTACCTC-
128 TACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* ** * * ** **
21032 ATGACACAT-AGAGAAAAAGGTATTCA-TTGGTAAG-AAAGTCCAAATATAGTCACCCATTCCTT
1 A-GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTT
** *
21094 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
** * * * *
21158 TTACATTTTTTGTTAAAACTA-ATTGTAACTGAATGCCTTCCTC-
127 TTACATTTTTCATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* ** * * ***
21201 AGGAAACGTGTGGAAAAATCTATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCNNN
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCATTCCTTC
******* * * * *
21265 NNNNNNNTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGGTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTT
* * * * * * *
21330 TAACCTTTTT-AGTTAAAACAGACTAAAATTGAATATTTGCCTCA
128 T-ACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
21374 AGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTAA
1 AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCATTCCTTCA
* * *
21436 AAAGCCTTATTACTCACTTTACATGGCTTTATAATCTCATATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC--ATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
* * ********** *
21501 TTATATTATTGC-TTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTACCTTG
127 TTACATT-TTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * *
21545 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTTA-TTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTT-ATTCTTTC
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CTTCATTCCTTC
* **********
21608 AAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTCAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTT
** * * * *
21673 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTACAATTGAATTTATACCTCG
128 TACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * * *
21716 TGACACAT-AGAGAAAAAGGCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTT
1 AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCATTCCTTC
* * * * * *
21779 AAAAGCCCTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * ** * * ***
21844 ATATTTTTTATTAAATTAGACTATAATTAAATGT-GGGCTCG
129 ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * **
21885 AGAAACGTGTAGAAAAA-CTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCCTTC
1 AGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-ATTCCTTC
* * *********** * *
21949 AAAAGCGTTATTACTCGCCNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * * *
22014 ACTTTTTTCTTTAAAAAAAATAATAATTGAATGGCTACCTCA
129 ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
22056 AGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCA
* * * * * *
22120 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGACTTTTTTA
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTA
* * * *
22184 CATTTTTTATTACAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCG
130 CATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * *
22225 -GAAAACATGTAGAAAAA-CTTAGTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTT
1 AG-AAACATGAAGAAAAAGC-CATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCATTCCTT
* * * * ** * * *
22287 CCAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCCTTTCAAATTGAATTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * *
22352 TATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGT-TGCTCTCG
128 TACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCG
* * * ** * ** * *
22395 AGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTTA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCA
* * ********** *
22460 AAAGCCTTATTACTCGA-GTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
** ** *
22524 ACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATAG-CTGCCTCG
129 ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCG
* * * * *
22566 GGAAACAT-ATAGGAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTCATTCTTTC
1 AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTC
** * ********** * *
22629 AAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGACTTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTT
* * * * * * **
22694 TATATTTTTTATTAAAATAAACTGTAATTGAATG-CATGGCT-G
128 TACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCG
* * * * *
22736 AAGAAACGTGTAGCAAAA-CTCAATTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
1 -AGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCATTCCTT
*
22799 CAAAAGCCCTATTACTCACTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTT
22821 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 386, Indels: 126
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 214 0.14
170 530 0.35
171 621 0.41
172 93 0.06
173 47 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAC
ATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
Found at i:22102 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 20691--22661 Score: 1680
Period size: 683 Copynumber: 2.9 Consensus size: 681
20681 TTGTTAAAAC
* * * * ** *
20691 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATATTCCCCCATTACC-TCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTTCCATT-CCTTAA
* *
20755 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT-TGTTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGCTTTATAATCTCATATATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* **
20819 AATATTATTCATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGTAT
128 AATATTATTCATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
* *
20884 TTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
193 TTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
* *
20949 TGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTCTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTA
258 TGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTCTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
* *
21014 CAATTGAATGTCTACCTCATGACACATAGAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAGTCCAAATAT
323 CAATTGAATGTATACCTCATGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGTCCAAATAT
* * *
21079 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
388 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAAT
* * * * *
21144 TTAAGTTAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTAATTGTAACTGAATGCCTTCCTCAGGAAACG
453 TTAAGTTAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACTAACTATAACTAAATG-CTGCCTCAGGAAACG
* * * **********
21209 TGTGGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCNNNNNNNNNNTT
517 TGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCGTT
* * * * *
21274 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGGTTTTTTAACCTTTT
582 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTGTAACCTTTT
* * ** *
21339 TAGTTAAAACAGACTAAAATTGAATATTTGCCTCA
647 TAGTTAAAACAAAATAAAATTGAATAGCTACCTCA
*
21374 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTAAAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTAAAA
* *
21438 AGCCTTATTACTCACTTTACATGGCTTTATAATCTCATATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT
66 AGCCTTATTACTCACTTTA-ATGGCTTTATAATCTCATAT-ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTA
********** *
21503 ATATTATTGC-TTNNNNNNNNNNATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
129 ATATTATT-CATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
* * *
21567 TTATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
193 TTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
********** * *
21632 TGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
258 TGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTCTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
* * * **
21697 CAATTGAATTTATACCTCGTGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
323 CAATTGAATGTATACCTCATGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAG-AAAGTCCAAATA
* * * * * *
21762 TAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCCTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAA
387 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAA
* * * *
21827 TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATT-AAATTAGACTATAATTAAATG-TGGGCTC-GAGA
452 TTTAAGTT-AACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACTA-ACTATAACTAAATGCT-GCCTCAG-GA
21888 AACGTGTAGAAAAA-CTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC-CAATTCCTTCAA
513 AACGTGTAGAAAAATCT-ATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTC-ATTCCTTCAA
* ********** * *
21951 AAGCGTTATTACTCGCCNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTGT-
575 AAGCGTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTGTA
* ** *
22014 ACTTTTTTCTTTAAAA-AAAATAATAATTGAATGGCTACCTCA
640 ACCTTTTTAGTTAAAACAAAATAA-AATTGAATAGCTACCTCA
* * * * * *
22056 AGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA-TTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTAA
* * * * * *
22120 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATA-ATTGACTTTAAGCTGACTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAA-TGGCTTTATAATCTCATATATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * * **
22183 ACAT-TT-TTTATTACAA-CAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCG-GAAAACATGTAGAAAAACT
128 A-ATATTATTCATTA-AAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGA
* * * * * * * * * * *
22244 TAGTTATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCCAAACCCTTATTACTCGCTT
190 CATTTA-TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTT
* ** * * * * * **
22308 AAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTCCTTTCAAATTGAATTT-TTTATATTTTTCATTAAAACA
254 TAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTCTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * ** * *
22371 AACTATAATTGAATGT-TGCTCTCGA-GAAACGT-GTAGAAAAACCCATTTATTTGATAAGAAAA
318 AATTACAATTGAATGTATAC-CTC-ATGACACATAG-AGAAAAAGGCATTCA-TTGGTAAG-AAA
* * * * **
22433 GTCC-ATTAATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGAGTTAAATAGTTTTATAATCT
378 GTCCAAAT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
********* * * * * *
22497 CATAATTNNNNNNNNNNTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AGACAATAATTGAATAGCT
442 CATAATT-GAATTTAAGTTAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACTA-ACTATAACTAAAT-GCT
* * * * * * * * **
22560 GCCTCGGGAAACATATAGGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTCATTC
504 GCCTCAGGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTC
* * **
22625 TTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTCAAATGGTTTTAT
569 CTTCAAAAGCGTTATTACTCACCTT-AAATGGTTTTAT
22662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 228, Indels: 77
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
678 3 0.00
679 55 0.05
680 255 0.25
681 106 0.10
682 76 0.07
683 346 0.34
684 180 0.18
685 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTAAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAATGGCTTTATAATCTCATATATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAT
ATTATTCATTAAAGTATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTTA
TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTCAATTTGTCTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACAA
TTGAATGTATACCTCATGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGTCCAAATATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
AGTTAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACTAACTATAACTAAATGCTGCCTCAGGAAACGTGTA
GAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCGTTATTA
CTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTGTAACCTTTTTAGT
TAAAACAAAATAAAATTGAATAGCTACCTCA
Found at i:22612 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 21741--22661 Score: 848
Period size: 339 Copynumber: 2.7 Consensus size: 338
21731 AAGGCATTCA
* * * * * * * ** *
21741 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCCTATTTCTCGCTTTAAATGG
1 TTGG-AAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGAGTTAAATAG
* * * * ** *
21806 TTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAATTAGACTATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAAT
* * * * * * * *
21871 TAAATGT-GGGCTC-GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACA
129 TGAATGTCTGCCTCGGA-AAACATATAGAAAAACCCAGTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * *********** *
21934 GTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCCNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATT
192 ACCTCTC-ATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATT
* * *
21998 TTAAGTTGAATTTTGTACTTTTTTCTTTAAAAAAAATAATAATTGAATGGCTACCTCAAGAAACA
256 TCAAATTGAATTTTGTACTTTTTTCATTAAAAAAAATAATAATTGAATGGCTA-CTCAAGAAACA
22063 TGTAGAAAAACCCATTTAT
320 TGTAGAAAAACCCATTTAT
* * *** ** * *
22082 TTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCGCTTTAACTGGTT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCGAGTTAAATAGTT
* * ***
22147 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGACTTTTTTACATTTTTTATTACAACAGATTGTAATTG
66 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTG
* ** *
22212 AATGTCTGCCTCGGAAAACATGTAGAAAAACTTAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCT
131 AATGTCTGCCTCGGAAAACATATAGAAAAACCCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAACCT
* *
22277 CTCATTCCTTCCAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCCTTTCAAA
196 CTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAA
* * * *
22342 TTGAATTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAAACT-ATAATTGAATGTTGCT-CTCGAGAAACGTG
261 TTGAATTTTGTACT-TTTTTCATTAAAA-AAAATAATAATTGAATG--GCTACTCAAGAAACATG
22404 TAGAAAAACCCATTTAT
322 TAGAAAAACCCATTTAT
* * *
22421 TTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGAGTTAAATAG
1 TTG-GAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGAGTTAAATAG
********** *
22486 TTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAAT
* * * *
22551 TGAATAG-CTGCCTCGGGAAACATATAGGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 TGAAT-GTCTGCCTCGGAAAACATATAGAAAAACCCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * * * *
22615 CCTTTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTAT
193 CCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTAT
22662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 91, Indels: 20
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTGGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCGAGTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTG
AATGTCTGCCTCGGAAAACATATAGAAAAACCCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAACCT
CTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAA
TTGAATTTTGTACTTTTTTCATTAAAAAAAATAATAATTGAATGGCTACTCAAGAAACATGTAGA
AAAACCCATTTAT
Found at i:22773 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 21978--22815 Score: 731
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 331
21968 NNNNNNNNNN
* * * * * *
21978 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTACT-TTTTTCTTTAAAA-AAAATAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTCAAATTGAATTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAAACT-ATAAT
* * * * * * *
22041 TGAATGGCTAC-CTCAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTTCATTTATA
64 TGAAT-GATGCGCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACCCAATTATTTGAGAAGAAAAGTCCATTAATA
*** * ** * *
22104 GTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGAGTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-A---A--T
* * ***
22168 TAAGCTGACTTTTTTACATTTTTTATTACAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACAT
187 T----TGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACAT
* ** * *
22233 GTAGAAAAACTTAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCCAAACCCTTA
248 ATAGAAAAACCCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAACCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTA
22298 TTACTCGCTTAAAATGGTT
313 TTACTCGCTTAAAATGGTT
*
22317 TTATAATCTCATAATTCCTTTCAAATTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTCATTTCAAATTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
* * * *
22382 AATGTTGCTCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
66 AATGATGCGCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACCCAATTATTTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
* * *
22447 ACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGAGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNN
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGAGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT--------
* *
22512 NNTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATAG-CTGCCTCGGGAAACATAT
188 --TGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAAT-GTCTGCCTCGGAAAACATAT
* * * * * *
22576 AGGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
250 AGAAAAACCCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAACCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTATT
* *
22641 ACTTGCTTCAAATGGTT
315 ACTCGCTTAAAATGGTT
********** * * * * * * *
22658 TTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAACTGTAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTCAAATTGA-ATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATT
* * *
22723 GAATGCATG-GCT-GAAGAAACGTGTAGCAAAACTCAATTATTT-AGAAGAAAAGTCCATTTATA
65 GAATG-ATGCGCTCG-AGAAACGTGTAGAAAAACCCAATTATTTGAGAAGAAAAGTCCATTAATA
* *
22785 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTC
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTC
22816 ACTTTNNNNN
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 77, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.11, T:0.38
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TTATAATCTCATAATTCATTTCAAATTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
AATGATGCGCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACCCAATTATTTGAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGAGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTGAATTTT
TTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAAACATATAGAAAAACCCA
GTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAACCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAA
ATGGTT
Found at i:24136 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23914--24247 Score: 478
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
23904 TTTAAATGGC
* ** * *
23914 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAAC-AGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTATTAGTTAAAACAAG-TTACAA
* *
23978 TTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTA-A-AAAAATACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAG
65 TTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTAGAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAG
*
24041 TAACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTATACGGT
130 CAACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTATACGGT
*
24083 TTTATAATCTCA-AATTTAATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAGTTACAA
1 TTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTATTAGTTAAAACAAGTTACAA
* * * * *
24147 TTGAATGTCTACCTCGTGACACGTAGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTAGAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAG
* *
24212 CCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
130 CAACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTA
24248 AATAATTTTA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 16, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
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Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTATTAGTTAAAACAAGTTACAAT
TAAATGTCTACCTCGAGAAACGTAGAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGC
AACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTATACGGT
Found at i:25246 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24863--25278 Score: 415
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
24853 NNNNNNNNTG
* * * * * *
24863 CTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACTTTTTTGA
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTGG
* * * *
24928 CTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGAAAA
65 TTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAATAGAAAA
* *
24993 AAAATCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAGCATTATTA
130 AAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTATTA
* ********** *
25035 CTCACTTTAAATGATTTTATTATNNNNNNNNNNATTTTATGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
25100 TAAGACAAACTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAATCGTGAAGGAAAAA-CCATTCAAT-GACA
66 TAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACATCT-AGAAACATGAA-GAAAAAGACATTCAATAGA-A
** * * *
25162 AGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAGAAGCCTTATTA
128 A-AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTATTA
* * * **
25207 CTTATTTTAAATGGTTTTATTATCTGAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTAAACATTTTTGGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGT
25272 TAAAACA
66 TAAAACA
25279 GACACATGAA
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 50, Indels: 8
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAATAGAAAAA
AAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTATTA
Found at i:26389 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25896--27132 Score: 1159
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
25886 TTGTGAAATG
* * * *
25896 TGAAAAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
25961 ATTACCCATTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACATTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTATATTTT
* * * *
26026 TGGTTAAGAA-A-ACTATAGTTGAATGTCTATCTCAAGAAAAA
129 TGGTTAA-AACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACA
* *
26067 TGAAGAAAAAGCATTCATTGACCAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
26131 ATTACTCACTTTAAATGGTATTATTATCGT-AAAATTGATTTTATGTT-AAGTTTTTTTAACATT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT-ATATT
* *
26194 TTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACA
127 TTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACA
* * * **
26238 TGAAGAAAAATGCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGTTT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
26303 GTCACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTTATATTATT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT
* * * *
26368 GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCAT-GAGAAACA
130 GGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTC-TCAAGAAACA
* * ** * **
26409 TGAAGAAAAAGGTATTTATTCTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCCTT-AAAAGCCT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT-CCTTCAAAAGCCT
* * *
26473 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCT-AAAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TT
64 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATT
* * * *** *
26536 TTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTAT-TCTTGTGACACA
127 TTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTT-TGTCTCAAGAAACA
* *
26580 T-AGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
26644 TATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGATATAT
64 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATAT-T
* ** * *
26707 TTT-GTT-AAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTCAGGAAACGTA
127 TTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAAC--A
* * * * * * **
26751 T-AA-AAAAACCCATTTATT-TCGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCTCAATATTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
26813 TATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATTTT
64 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTT
** * * * *
26877 TCATTAAAACATACTATAATTGAATGCTTGTCTTAGGAAACG
129 TGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACA
* * * * * *
26919 TGTAGAAAAACCTATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
26984 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGGAA-TTGAA-TTTTTTATATTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTCAATTTTTTTATATTTT
* * * * **
27047 TTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTGTCTCATGAAATG
129 TGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACA
* * *
27089 TGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 TGAAGAAAAA-GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
27133 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 129, Indels: 73
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTG
GTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACA
Found at i:26508 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 25896--27132 Score: 1250
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 336
25886 TTGTGAAATG
* * *
25896 TGAAAAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * * *
25961 ATTACCCATTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACATTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATT-TTTTTATATTTT
* * * * *
26026 TGGTTAAGAA-AACTATAGTTGAATGTCTATCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCATTCATTGACC
129 TGGTTAA-AACAACTATAATTGAATGTCTATCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATT-TCA
* *
26090 AGAAATA-TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTA
191 AGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
26154 TTATCGTAAAATTGATTTTATGTT-AAGTTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTG
255 TAATC-TAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTG
* *
26218 AATGTTTGCCTCAAGAAACA
317 AATGTTTGTCTTAAGAAACA
* * * * **
26238 TGAAGAAAAATGCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGTTT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
26303 GTCACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTTATATTATT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTATATTTTT
* * *
26368 GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCATGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTCTCA
130 GGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTATC-TAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTTATT-TCA
* * *
26433 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCCTT-AAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA
191 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
26497 CAATCTAAAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAA
255 TAATCTAAAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAA
** *
26562 TGTTAT-TCTTGTGACACA
319 TGTT-TGTCTTAAGAAACA
*
26580 T-AGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
26644 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGATATATT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTATAT-TT
* *
26708 TT-GTT-AAACAGACTATAATTGAATG-C-ATGCCTCAGGAAACGTAT-AA-AAAAACCCATTTA
128 TTGGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTAT--CT-AAGAAAC--ATGAAGAAAAA-GCATTTA
* * **
26767 TTTCGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCTCAATATTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
186 TTTC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * **
26832 TTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTCATTAAAACATACTATAA
250 TTTTATAATCT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAA
* * *
26896 TTGAATGCTTGTCTTAGGAAACG
314 TTGAATGTTTGTCTTAAGAAACA
* * * * * **
26919 TGTAGAAAAACCTATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
26984 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTT-GGAATTGAA-TTTTTTATATTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG--TTCAATTTTTTTATATTT
* * * ** * *
27046 TTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTGTCTCATGAAATGTGTAGAAAAACCCATTTATTT
128 TTGGTTAAAAC-AACTATAATTGAATGTC-TATCT-AAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTTATTT
*
27110 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
189 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
27133 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 113, Indels: 68
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 13 0.02
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340 175 0.23
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTATATTTTTG
GTTAAAACAACTATAATTGAATGTCTATCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATTTCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGT
CTTAAGAAACA
Found at i:29452 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29263--29673 Score: 432
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
29253 NNNNNNNNNN
* *
29263 TTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATT
1 TTATTATCTCAAAATTGATTTTTAGTT-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATT
*** ** *
29328 GAAAGTCTACCTTGTGAAACGTGAAAAAACAAGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAAT
65 GAAAGTCTACCTCAAGAAAAATGAAAAAA-AAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAAT
* * * ** *
29392 CACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGTT
128 CACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATAATA
* * * * *
29434 TTATTATCTCAAAATTGATTTTTTGTTCAATTATTTTTACATTTTTGGTTAAGACAAACTATAGT
1 TTATTATCTCAAAATTGATTTTTAGTT-AA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTATAAT
* * * * * * *
29499 TGAATGTCTATCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGTATTCATTGACAAGAAATGTTCATTTATAGTC
64 TGAAAGTCTACCTCAAGAAAAATGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATC
* * *
29564 TCTCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAATA
129 ACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATAATA
* * *
29605 TTATTATCGCAAAATTGA-TTTTATGTTAA-GTTTTTTAAACATGTTTGGTTAAAATAGACTATA
1 TTATTATCTCAAAATTGATTTTTA-GTTAATG-TTTTT--ACATTTTTGGTTAAAATAAACTATA
29668 ATTGAA
62 ATTGAA
29674 TTTTCCCTTA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 38, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 6 0.03
171 132 0.67
172 53 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
TTATTATCTCAAAATTGATTTTTAGTTAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTG
AAAGTCTACCTCAAGAAAAATGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
TCATTCCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATAATA
Found at i:32939 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 32762--33070 Score: 372
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
32752 NNNNNNNNAG
* *
32762 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-AGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTC-AAATAAATGGG-TTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAAG-ATTGAGAGACTATAAATAGAC-TTTCCTTCAAAATAAATGGGCTTT
* * * * *
32824 TTCTACACGTTTTTTAAGAAAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAACATTC
64 TT-TACACGTTTTCTAAGAAAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAACGAAAAATATAAAAAATTC
*
32889 AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCAT
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCAT
32922 TNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTCAAAATAAA
1 T----------AATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTCAAAATAAA
* ** *
32987 TGGGCTTTTTTATACGTTTTCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAA
56 TGGGCTTTTTTACACGTTTTCTAAGAAAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAACGAAAAATATAA
33052 AAAATTCAACTTAAAATCA
121 AAAATTCAACTTAAAATCA
33071 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 16
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 10 0.08
170 108 0.87
171 5 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTCAAAATAAATGGGCTTTTT
TACACGTTTTCTAAGAAAAGCATTCAATTATAGTATATTTTAACGAAAAATATAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCAT
Found at i:33261 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 33085--33399 Score: 326
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
33075 NNNNNNNNNN
* ** *
33085 AAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
1 AAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTAC
* *
33150 GAATGAATGCCTTTTCTCT-ATATATCACGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
66 GAATAAATGCCTTTTCTCTCATATATCACGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
*
33214 AATGTAAAAAAATTGNNNNNNNNNNCAAATTTTAGATTATA
131 AATATAAAAAAATTG----------CAAATTTTAGATTATA
* * * * * *
33255 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAGTGACTATAAGTGGACTTTGCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTAC
* * * * * * * * * *
33320 TAATAAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAC
66 GAATAAATGCCTTTTCTCTCATATATCACGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
33385 AATATAAAAAAATTG
131 AATATAAAAAAATTG
33400 AACCTCAAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 23, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 70 0.58
171 51 0.42
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
AAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTAC
GAATAAATGCCTTTTCTCTCATATATCACGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
AATATAAAAAAATTGCAAATTTTAGATTATA
Done.