Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398484.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_178.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7540
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 1152 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:397 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--719 Score: 653
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
1 AAT
* *
4 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA-AATGACTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAAG-CTTTTAAA
* ** * * * * * * * * *
68 GGCTTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATACTAGTAAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
64 GGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGG
* * * * * **
133 TAGACATT-ATTTATCATATATTTT-TTCAAAGAA-GTAAAAAA
128 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-AATGT-AAAAA
* ** * *
174 AATACAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
* * * **
239 GCTTGAGTGGCTATAAATAGG-CTTTTGTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTTTTGAGG
65 GCTTGAGTGGCTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGG
** * *
303 CAAACATTCAATTCCAATCTATTTCAACCAAAAATGTAAAAC
128 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
345 AATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTTTTAA
1 AATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAAG-CTTTTAA
* * *
408 AGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA
63 AGGCT-TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCT
* * * * *
471 AGGCAGACATTTAGTTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
125 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
516 AATTCAACCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
* *
581 GCAT-AG-GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGG
65 GCTTGAGTG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-G
* ** **
644 GCATACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGCA
127 GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
687 AACTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
720 TGGATTTTTG
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 82, Indels: 39
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 119 0.27
171 313 0.70
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAGG
CTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGCAA
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
Found at i:656 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4--719 Score: 833
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
1 AAT
*
4 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAATGACTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAATGACTTTTAAAG
* * * *
69 GCTTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATACTAGTAAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGT
66 GCTTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATACTAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGC
* * ** ***
134 AGACATTATTTATCATATATTTTTTCAAAGAAGTAAAAAAAATACAGTTTAAAATCAATTATGAG
131 AGACATTAGTTATAATATATTTTACCAAAGAAGTAAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAG
*
199 ATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGGCTTT
196 ATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGGCTTT
* * * * *
264 TGTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTCCAATCTATTTCA
261 TCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTCA
*
329 ACCAAAAATGTAAAAC
326 ACAAAAAATGTAAAAC
* * *
345 AATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTAA
1 AATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA-AATGACTTTTAA
* * * * *
408 AGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA
64 AGGCT-TGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATA-CTAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCA
* * *
471 AGGCAGACATTTAGTTATAATATGTTTTAACCAAA-AATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCGA
127 AGGCAGACA-TTAGTTATAATATATTTT-ACCAAAGAA-GTAAAAAAAATACAACCTAAAATCAA
* * * * **
534 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AG-GCGACTATAA
189 TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTG-G-CTATAA
* * * *
597 AT-GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG-GGCATACATTCAATTAT
252 ATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTAC
* * *
660 AATCTATTTTAATAAAAAATGT-AAGC
315 AATCTATTTCAACAAAAAATGTAAAAC
* * *
686 AAACTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
1 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
720 TGGATTTTTG
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 47, Indels: 25
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 122 0.39
342 183 0.58
343 8 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAATGACTTTTAAAG
GCTTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATACTAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGC
AGACATTAGTTATAATATATTTTACCAAAGAAGTAAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTAAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATAGGCTTT
TCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTCA
ACAAAAAATGTAAAAC
Found at i:1523 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1211--1779 Score: 640
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
1201 NNNNNNTTCT
* * * * *
1211 TTCAAAAGCCCTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
1275 TTTTACATTGTTGGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGT
66 TTTTACATT-TTGGTT-AAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * *
1340 TATTCATTGGTAGCTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
129 CATTTATTGGTAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
1381 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * *
1446 TTTTTACACTTTTGGTTACAACATATTATAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACA-TTTTGGTTA-AACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAG
*
1511 CCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
128 CCATTTATTGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * * *
1553 TTAAAAAGCCTTATTCCTCATTGTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
1618 TTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTTTGCCTAAAAAAACATGAAGAAAAACC
66 TTTTACA-TTTTGGTT-AAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
1683 CATTTATTGGGAAGAAAAG-CCTATTTATAGCCACCGAAGCC
129 CATTTATT-GGTAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC
** * * * *
1724 TTTGAAAGCTTTATTGCTCGCTTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1780 ACTATATTTT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 49, Indels: 17
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 56 0.16
171 132 0.39
172 149 0.44
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTGGTTAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTTATTGGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
Found at i:1759 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1214--1800 Score: 642
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
1204 NNNTTCTTTC
* * * * *
1214 AAAAGCCCTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT
* * * * * **
1279 ACATTGTTGGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATT
66 ACATTTTTGGTTGAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
1344 CATT-GGTAGCTAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
131 TATTGGGAAG-AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTA
*
1384 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTT
* * * *
1449 TTACACTTTTGGTT-ACAACATATTATAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
64 TTACATTTTTGGTTGA-AACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* *
1513 ATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTA
128 ATTTATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTA
* * * * * *
1556 AAAAGCCTTATTCCTCATTGTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
* * * * * * *
1621 TACATTTTTTGTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTTTGCCTAAAAAAACATGAAGAAAAACCCAT
65 TACATTTTTGGTTGAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
1686 TTATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCGAAGCCTTT
130 TTATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTA
* * * * * **
1727 GAAAGCTTTATTGCTCGCTTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAACTATATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCG-TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTT
*
1791 TTACTTTTTT
64 TTACATTTTT
1801 TGATGAAAAT
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 56, Indels: 15
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 53 0.15
171 154 0.44
172 143 0.41
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTGAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
TATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTA
Found at i:3068 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2791--3098 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
2781 TTACAACTAA
* * ** *
2791 CTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTCATTAAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * *
2856 TAGATTATAATTGAATATCTGCCTCATGAAATATAAAGAAAAAGCCAATCACTGACAAGAA-AAG
66 CAGATAATAATTGAATATCTACCTCATGAAACATAAAGAAAAAGCCAATCACTGACAA-AAGAAG
2920 TCCATTTATAGCCGTCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACATG
130 TCCATTTATAGCCGTCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACATG
* * * *
2962 CTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTCATTAAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTCATTAAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
3027 CATATAATAATTGAATGTCTACTTCGA-GAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGATAAAAGAAG
66 CAGATAATAATTGAATATCTACCTC-ATGAAACATAAAGAAAAAGCCAATCACTGACAAAAGAAG
3091 TCCATTTA
130 TCCATTTA
3099 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 21, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 111 0.97
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTCATTAAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAGATAATAATTGAATATCTACCTCATGAAACATAAAGAAAAAGCCAATCACTGACAAAAGAAGT
CCATTTATAGCCGTCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACATG
Found at i:4047 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3834--4825 Score: 1188
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
3824 AAATACAGTT
* * ** *
3834 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * *
3899 GCTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTC
66 ACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * *
3963 AATTCTAATCTATTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * * *
4005 TAAAAAT-AATTTTGAGGTTATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * *
4069 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-AAGACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAA-ACATT
* * * *
4133 CAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* ** * * *
4176 TAAAATCGATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* *** * * *
4241 ACTATAAATGGACTTTAGC-TGCCAATGAACAACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * * *
4305 AATTTTAATCTGTTTTAACCAACAATGTAAACAAATTTAACT
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* ** * **
4347 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * *
4412 ACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAGGTAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTC
* * *
4476 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAATATTTAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
*
4518 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * **
4583 ACCATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* *
4648 ATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* *
4688 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* ** ** * ** *
4753 ACTATAAATAGG-CTTTTGTTGTGAATGAATGATTTTTTCTTCAGGTTTCTCGAGATAAACATTC
66 ACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
4817 AATTATAAT
130 AATTATAAT
4826 TGAATTTTTG
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 107, Indels: 21
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 160 0.23
171 536 0.76
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
Found at i:5750 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5459--7027 Score: 1275
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
5449 NNNNNNACTC
* * * ** *
5459 GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGTATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** * * * * ** * * *
5524 ACAGATTATAATTGACTGTCT-GTCTTAAGAAACGTGAAGGCAAAA-TAACTCATTGGTAACAAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAA-AAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * * * *
5587 ATTCTATTTGTAGCCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTTTTGCTA
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
** * *
5630 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * ** *
5695 ACAGATTATAATTCAATGTCTACCCCTGAAAATATAAAGAAAACCCCATTCATTGGCAACAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
5760 TCCATTTATAGGT-ACCCATCCCTTCAAAAGCCTTTTTACTC
131 TCCATTTATA-GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * * *
5801 GATTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* ** * ** * * * *
5865 AACAGATTATAATTGAATATCT-GTCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGTCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCT-AAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
5929 AGTCCATTTATAAAT-ACCCATGCCTTCAAAAG-CTTATAACTCA
129 AGTCCATTTAT-AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-A
* * * * *
5972 -CTTTAAATAGTTTTAT-ATCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTTGTTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* ** * *
6034 AACAGATTATAATTGAATGTCTTCTTCTAAAGACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
6099 GTTCATTAATAGTCACCCAT-CCATTCCAAAGCCTTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAAGCCTTATTACTA
* * * * * * *
6141 GCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTCTCTTGCATTTCTAGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
** * * ** * ** **
6206 ACATTTTATAATT-AAGCGTCTACCTC-AAGAAATGTATAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAAA
66 ACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCCCTAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
6269 AGTTCATTTATAGTCACCTAGT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
129 AGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACT-A
* * * ** *
6313 -CCTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTCT-GATTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAA
* * * * * ** *
6376 TATAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCACAACAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
6440 AGTCCATTTCTAGTCATCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * **
6483 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT-CATTTTCGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
6547 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGGAAAA-ATGAGGAAAAA-CTCATTCATTTGCAAGAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTA--AAAACATAAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAA
* * * *
6609 AAGTCTACTTATAGGCACCCA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTA
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * * *
6653 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * * * *
6718 ACAAATTATAATTGAATGTCT-GCCTTGGAAAATGTGAAGAAAACA-TCATTTATTGACAAGAAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCT-AAAAACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAA
** * *
6781 AGTCCATTTATAGTCACCTGTTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCA
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-A
* * * ** * *
6825 -CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACATTGTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *** *
6889 ACAGATTAAAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGTTGTTCATTGGCAACCAAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAA
* * *
6953 A-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
*
6995 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATT
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
7028 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1124, Mismatches: 231, Indels: 86
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 91 0.08
170 239 0.21
171 772 0.69
172 18 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCTAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
Found at i:6729 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 5455--7027 Score: 1670
Period size: 512 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
5445 NNNNNNNNNN
* * *
5455 ACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGTATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT-CATTTTTGGT
* * * * * * * * * *
5520 TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGGCAAAA-TAACTCATTGGTAAC
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTCAGAAACATG-AGGAAAAACTCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
5584 AAAATTCTATTTGTAGCCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTTTTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
128 AAAAGTCTACTTATAGCCACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
** * *
5649 TCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGT
193 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATGT
** * ** * *
5714 CTACC-CCTGAAAATATAAAGAAAACCCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGGT-ACCC
258 CTACCTCAAGAAAATGT-AAGAAAACATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCT
* * *
5777 A-TCCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGA-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGT
321 AGT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** *
5840 TGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGGGAAATATGAAG
383 TGAATTGTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAG
* * * * *
5905 AAAAAGCCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAAAT-ACCCATGCCTTCAAAAGCTTATA
447 AAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTATT
* * * * * *
5967 ACTCACTTTAAATAGTTTTAT-ATCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCACATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT-TCATTTTTGG
* * * *
6030 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CTTCTA-AAGACATAAAGAAAAAGC-CATCCATTGGC
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTC-AGAA-ACATGAGGAAAAA-CTCATTCATTGGC
* ** * * * *
6092 AAGAAAAGT-T-CATTAATAGTCACCCATCCATTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTT
125 AAGAAAAGTCTAC-TT-ATAGCCACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * **
6155 TATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTCTCTTGCATTTCTAGTTAAAACATTTTATAATT-
188 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTC
* * ** *
6219 AAGCGTCTACCTCAAG-AAATGTATAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGT
253 AA-TGTCTACCTCAAGAAAATGTA-AGAAAACATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
6283 CACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTA
316 CACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
6348 ATTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAATATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATG
380 AGTTGAATTGTTTTACATTT-TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATG
* * * *
6413 AAGAAAAAGCCATTCATTCACAACAAAAGTCCATTTCTAGTCATCCATACCTTCAAAAGTCTTAT
444 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTAT
6478 T
508 T
* *
6479 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTCATTTTCGGTT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTCATTTTTGGTT
* * *
6544 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAAAATGAGGAAAAACTCATTCATTTGCAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GAAACATGAGGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
6609 AAGTCTACTTATAGGCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
130 AAGTCTACTTATAGCCACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * *
6674 TCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
195 TCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCT
* ** * *
6739 GCCT-TGGAAAATGTGAAGAAAACATCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-GT
260 ACCTCAAGAAAATGT-AAGAAAACATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAG-
* *
6802 TCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
323 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
6867 TAGTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
387 TTGTTTTACATT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAA
*** * *
6932 AGTTGTTCATTGGCAACCAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
451 AGCCATTCATTGACAA-CAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTATT
* *
6991 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
7028 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 157, Indels: 66
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 22 0.03
511 340 0.39
512 489 0.56
513 19 0.02
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTCATTTTTGGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAACATGAGGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAA
AGTCTACTTATAGCCACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTA
CCTCAAGAAAATGTAAGAAAACATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGTCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
TTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTATT
Done.