Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398486.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1781.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.11, T:0.28
Warning! 2481 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1872 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1483--2143 Score: 553
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
1473 NNNNNNNNNN
* * * *
1483 TTCATT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTTTCTA
1 TTCATTGGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCTT-TA
* * *
1547 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGAT
64 AATAGTTTTATAATCT-TAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * **
1611 TATAATTGAATGTTTGCATCA-TGAAACATGAAGAACAACTAA
128 TATAATTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACATGAAGAAAAACCCA
* * **********
1653 TTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CTTTAA
* * * *
1718 ATAGTTTAATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAAAAAATT
65 ATAGTTTTATAATCTTA-AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* **
1783 ATAATTGCATGTTCCCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCA
129 ATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCA
* *
1824 TTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAC
1 TTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CTTTA-
* * ** * * *
1889 ACT-GTTTTGTAGCCTTAAAGTTGATTTTAAGTTTAATTTTCTTT-CATTTTTGGTTTAAACAGA
64 AATAGTTTTATAATCTTAAA-TTGATTTTAAGTTGAGTTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * *
1952 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCA
127 TTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCA
* *********** * *
1995 TTTATTGGCNNNNNNNNNNCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-AGAAGCCTTATTAC-CCTTTTC
1 TTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGA-AAGCCTTATTACTCC-TTT-
* ** * * * * *
2058 AAATGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAGGTTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
63 AAATAGTTTTATAATCTT-AAATTGATTTTAAG-TTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
2123 ATTATAATTGAATGTTTGCCT
126 ATTATAATTGAATGTTTGCCT
2144 TGAGAAANNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 83, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 100 0.25
171 239 0.61
172 52 0.13
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTTAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCA
Found at i:2910 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2686--3125 Score: 495
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
2676 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * * *
2686 TATAATCTCATAATTGAATTTAAAATGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATCATT
1 TATAATCCCAAAATTGATTTTAAGGTGAA-TGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATT
* * *
2751 AAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTATAGCC
65 GAATGTTTACCTTT-GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCC
*
2816 ACCCAAGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
129 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
2858 TGTAGTCCCATAAA-TGATTTTAAGGTGAATGGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAAT
1 TATAATCCCA-AAATTGATTTTAAGGTGAAT-GTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAAT
** * * * *
2922 TGAATGTTTACCTTCAAAAACATGAAGAAAGACGCATTCATTCTCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
64 TGAATGTTTACCTT-TGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGC
* * * **
2987 CACGCAAGCGTTCAATAGCTTTATTACTCTTTTTAAATGGTTT
128 CACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
3030 TATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTG
1 TATAATCCCAAAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTG
* *
3095 AATGTTTTCCTCATGAAACATGAAGAAAAAC
66 AATGTTTACCT-TTGAAACATGAAGAAAAAC
3126 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 42, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 61 0.28
172 158 0.71
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCCCAAAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTG
AATGTTTACCTTTGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCAC
CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:4041 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3312--4045 Score: 724
Period size: 172 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
3302 NNNNNNNNNN
* * *
3312 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACTTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * *
3377 CCATATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAGCCTTA-AAGTTTATTTTAAGTTTAAT-TTTTTTTC
66 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGCCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAT-
* * * *
3440 ATTTTCAGTTTAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGGAA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAA
* * * *
3483 AACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCTAAGCCTTCAGAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* ** * * * * *
3548 CCTTATTACCCTTTTTAAATGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAGGTTTAAATGTTTTTATA
66 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATGTTTTTATA
*
3613 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT-AAGA
130 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-A
** * * * *
3655 AACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCCAGCAAAGCCCATTTACAGTCACCAAAGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
3720 CTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTCATAGTCC-CATAAATGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTAC
66 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAG-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTTAT
**********
3784 ATTTTTAGTTANNNNNNNNNNTAATTGAATGTTTGCCTTGAAA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAA
* *
3827 AACATGAAGAGAAACCCATTCATTAGG-TAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
********** ** *
3891 GCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATA
65 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA
* * * **
3956 TTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCTTTGGGA
130 TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAA
*
3998 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
4046 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 95, Indels: 22
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 180 0.39
172 263 0.58
173 12 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAA
Found at i:4661 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4351--4669 Score: 401
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
4341 NNNNNNNNNN
* * * *
4351 GATTATAATTGAATGTATACCTTAAAAAATATGAAGAAAAACCTATTCATTTGTAAGAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTATACCCTAAAAAACATGAACAAAAACCCATTCATTTGTAAGAAAAGCCC
* * * * * * *
4416 ATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTGAATGGTTTTATAATATCATAA
66 ATTTAGAATCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAACGATTTTATAACATCAAAA
*
4481 TTTATTTTAAGTAGAATTTTTTCATATTTTCAGTTAAAACA
131 TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTCATATTTTCAGTTAAAACA
* * *
4522 GATTATAATTGAATGTTTACCCTAAGACACATGAACAAAAACCCATTCA-TTG-ACGAGAAAAGC
1 GATTATAATTGAATGTATACCCTAAAAAACATGAACAAAAACCCATTCATTTGTA--AGAAAAGC
* * * * *
4585 CCATTTAGAGTCACTCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACT-CTCTTTAAACGATTTTATAGCCTTA
64 CCATTTAGAATCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCT-TTTAAACGATTTTATAACATCA
*
4649 AAATTGATTTTAAGTTGAATT
128 AAATTGATTTTAAGTAGAATT
4670 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 5 0.04
171 118 0.95
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAATTGAATGTATACCCTAAAAAACATGAACAAAAACCCATTCATTTGTAAGAAAAGCCC
ATTTAGAATCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAACGATTTTATAACATCAAAA
TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTCATATTTTCAGTTAAAACA
Found at i:5273 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5062--6202 Score: 1069
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
5052 NNNNNNNNNN
* *
5062 GATTATAATTGATTGTTTACCTT--CAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAGCCCA
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAGCCCA
* *
5125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGATTTTATAGCCATAAAAT
66 TTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCAT-AAAT
* * *
5190 TGATTTGAAGTTTAATTTCTTTCCATTGTTTAGTTAAAACA
129 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATT-TTTAGTTAAAACA
* * * * * *
5231 GATTATAATTGAATGTATACCTTAAAAAACATGAAAAAAAACCTATTCATTTGTA-AGAAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TTG-ACAAAAAAGCC
* *
5295 CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
64 CATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CTCTTTAAATGATTTTATAA-C-CAT
* * * *
5360 -AATTTATTTTAAGTAGAATTGT-TTCATATTTTTAGTTAAAACA
125 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TCTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* *
5403 GATTATAATTGAATGTTTATCC-TGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACGAGAAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAC-AAAAAAGCC
* * * * * *
5467 CATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAACGATTTTATAGCCTTAAA
64 CATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCAT-AA
* * *
5532 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
127 ATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * ** * *
5574 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GTAAACCTTTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAA-AAAAGCC
* * * * * ***
5638 CATTTATAGTTACCTAAGTCTTGAAAAGCCTTATTACT-TACTTCAAAATGGTTTTATAATTGTA
64 CATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTT-TAAATGATTTTATAACCATA
* * *
5702 TAATTGATTTTAAGTTTAGTTTGTTTTACATTTTT-GATTAAAACA
126 -AATTGATTTTAAGTTGAATTT-CTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * * * ** * *
5747 GATTAGAAAT-AAGGATTTTCCTGGAGAAACATGAAGAAAAAACTTATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 GATTATAATTGAATG-TTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCCATTCATTGACAA-AAAAGC
* * * * * *
5811 CCATTTATATTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTGTAATCCCGT
63 CCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA--CCAT
*
5876 -AATTGATTTTAAGCTGAATGGTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACA
125 AAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTCTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * *
5920 GATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCACTCATTGGCAAGGAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAA-AAAAGCCC
*
5985 ATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACC-TCATA
65 ATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCAT-A-A
6049 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTC-TTACATTTTT-GATTAAAACA
127 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * ** *
6091 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAA-ATGTGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTAC-GAAAAG
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAACCCATTCATT-G-ACAAAAAAG
* * * *
6153 CCCATTTATAGTCACTCAATCTTTTAAAAGCCTTATTGC-CTACTTTAAAT
62 CCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT
6203 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 115, Indels: 96
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.03
170 19 0.02
171 265 0.33
172 265 0.33
173 161 0.20
174 64 0.08
175 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCATAAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACA
Found at i:5396 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5062--6202 Score: 1146
Period size: 172 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
5052 NNNNNNNNNN
* * * *
5062 GATTATAATTGATTGTTTACCTT--CAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAA-AAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* *
5124 ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGATTTTAT-AGC-CATA
65 ATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-
* * *
5186 AAATTGATTTGAAGTTTAATT-TCTTTCCATTGTTTAGTTAAAACA
128 -AATTGATTTTAAGTTGAATTGT-TTTACATT-TTTAGTTAAAACA
* * * *
5231 GATTATAATTGAATGTATACCTTAAAAAACATGAAAAAAAACCTATTCATTTGTAAGAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* *
5296 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * *
5361 ATTTATTTTAAGTAGAATTGTTTCATATTTTTAGTTAAAACA
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
5403 GATTATAATTGAATGTTTATCC-TGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACGAGAAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAAAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * * * ** * *
5467 CATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAACGATTTTATAGCCTTAAA
64 CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * *
5532 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * *
5574 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGTAAACCTTTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAAACATGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * *
5639 ATTTATAGTTACCTAAGTCTTGAAAAGCCTTATTACT-TACTTCAAAATGGTTTTATAAT-TGTA
65 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTT-TAAATGATTTTATAATCT-CA
* *
5702 TAATTGATTTTAAGTTTAGTTTGTTTTACATTTTT-GATTAAAACA
127 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * * * * * *
5747 GATTAGAAAT-AAGGATTTTCCTGGAGAAACATGAAGAAAAAACTTATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 GATTATAATTGAATG-TTTACCTTGAAAAACATGAA-AAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * * * * * *
5811 CCATTTATATTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTGTAATCCCGT
63 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* *
5876 AATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* *
5920 GATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAACCACTCATTGGCAAGGAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* *
5984 CATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATA
64 CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
*
6049 ATTGATTTTAAGTTGAACTT-TCTTACATTTTT-GATTAAAACA
129 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * ** * ** * *
6091 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTACGAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGA-AAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
6156 ATTTATAGTCA-CTCAATCTTTTAAAAGCCTTATTGC-CTACTTTAAAT
65 ATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT
6203 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 137, Indels: 64
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.03
170 15 0.02
171 260 0.32
172 270 0.34
173 172 0.21
174 61 0.08
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
Found at i:5839 original size:517 final size:514
Alignment explanation
Indices: 5062--6189 Score: 1393
Period size: 517 Copynumber: 2.2 Consensus size: 514
5052 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5062 GATTATAATTGATTGTTTACCTT-CAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGACAA-AAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
5124 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGATTTTATAGCCATAAAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAAATGATTTTATAACCATAAAA
* * * * *
5189 TTGATTTGAAGTTTAATTTCTTTCCATTGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTT
130 TTGATTTGAAGTTTAATTTCTTTACATTGTTTAGTTAAAACAGATTAGAAATGAAGGTATACCTG
* * *
5254 AAAAAACATGAAAAAAAACCTATTCATTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
195 AAAAAACATGAAAAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * *
5319 AAAGCCTTATTACTC-CTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-TAGAATTG-
260 AAAGCCTTATTACACGC--TTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGCT-GAATGGT
* * *
5381 TTTCATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCC-TGAGAAACATGAAGAAAAAT
322 TTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *
5445 CCATTCATTGACGAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCTTTATTACTCTCTT
386 CCACTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
* * * * * *
5510 TAAACGATTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
451 TAAACGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAACA
* * *
5574 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGTAAACCT-TTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
1 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * ***
5638 CATTTATAGTTAC-CTAAGTCTTGAAAAGCCTTATTACT-TACTTCAAAATGGTTTTATAATTGT
64 CATTTATAGTCACTC-AAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTT-AAAATGATTTTATAACCAT
* * * *
5701 ATAATTGATTTTAAGTTTAGTTTGTTTTACATT-TTT-GATTAAAACAGATTAGAAAT-AAGGAT
126 AAAATTGATTTGAAGTTTAATTT-CTTTACATTGTTTAG-TTAAAACAGATTAGAAATGAAGG-T
* * * * * * *
5763 TTTCCTGGAGAAACATGAAGAAAAAACTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCA
188 ATACCTGAAAAAACATGAA-AAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* *
5828 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTGTAATCCCGTAATTGATTTTAAGCTGA
252 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGCTGA
*
5893 ATGGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAA
317 ATGGTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAA
* * ** * *
5958 AAAACCACTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
382 AAAACCACTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
6023 TCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACATTTTTGATTAAA
447 TCTTTAAACGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACATTTTTGATTAAA
6088 ACA
512 ACA
* * *
6091 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTACGAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
*
6156 ATTTATAGTCACTCAA-TCTTTTAAAAGCCTTATT
65 ATTTATAGTCACTCAAGTC-TTCAAAAGCCTTATT
6190 GCCTACTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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514 27 0.05
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518 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTAAAATGATTTTATAACCATAAAAT
TGATTTGAAGTTTAATTTCTTTACATTGTTTAGTTAAAACAGATTAGAAATGAAGGTATACCTGA
AAAAACATGAAAAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTC
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCACT
CATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAC
GATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAACA
Found at i:6758 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6303--8032 Score: 1658
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
6293 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6303 TTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACGTTTTAT-GTGAAAACATATTGTAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * *
6366 TGAATATTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGC-CATTTATTGGCAAAAAAAGTCCAATTACAG
65 TGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
** ** *
6430 TCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTACTACT-TCTTTTAAATGGTT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTTAAATGGTT
* * * * * ** *
6473 TTGTAATCCCGTAATTAATTTTAAGCTGAATGTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
6538 TGAATCTTTTCCTTGAGAAACATGAAGGAAAAC-CAATTCATTAGCAAGAAAATCCCATTTATAG
65 TGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAACTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* ** * * * *
6602 TCACCCAAGTCTTCGGAAGCCTTATTACACACGTTAAATCGTT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * *
6645 TTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
6710 GAATGTTTGCCTCATGAAACAAGAAGAAAAACTAATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
66 GAATGTTTGCCTGA-GAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* *
6775 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * * ** *
6816 TAATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAGTTTGTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * ** * ***
6881 GCAA-GTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGAAAAAAAAAGTGTATTTATAGT
66 G-AATGTTTGCCTGA-GAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
** *
6945 CACCCAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACT-GTA
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-TGGTT
* ** * * * * * * *
6987 TGATAGCCTTAAAATTGATATTAAGTTTTATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
7052 TGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAG-AAAACTCATTGATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGT
65 TGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
** * * *
7116 CACTTAAGTCTTCAGAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
** * * * * * ** *
7158 TTATAGCCTTAAAATTGATTTT-GGATTTATTTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
7222 T-ATTTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGTAAGCAAAGCCCATTTATGG
65 TGA-ATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * **
7286 TCACCTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * *
7329 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGATAAAACAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* ** * * *
7394 GAATGTTAGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TCCATTTGTTTGCATGAAAAG-TCATTTATAGT
66 GAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAACT-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * * * *
7457 CACCCATGCCTTCAATAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGAT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * * * *
7499 TTGTAGTGC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTATAA
1 TTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
7563 TTGAATGTTTGCATTGAGAAACAAGAAGATAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
64 TTGAATGTTTGC-CTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* *
7628 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TGTGAAATAGTT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT-TTAAATGGTT
* * * ** **
7671 TTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAGCCAGATTATAAGC
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * ** *
7736 GAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGC
66 GAATGTTTGCCTGAG-AAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
7801 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
130 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * *
7842 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTAGAACAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* ** * * *
7907 GAATGTTTACCTTTGA-AAATGTGAAGAAAAA-TGCAGTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTAAAG
66 GAATGTTTGCC--TGAGAAACATGAAGAAAAACT-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* *
7970 TCACCAAAG-CTTCAAAACCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
8012 TTATAACCTCAAAATTGATTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTT
8033 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1289, Mismatches: 241, Indels: 60
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 207 0.16
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173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTGCCTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
Found at i:9364 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8952--9372 Score: 418
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
8942 NNNNNNNNAT
* *
8952 AAAACCCTTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAGAGGCTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAG-GGCTTTTCTT
* * *
9016 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCGAAGGTAAACATTTACTGATAATCTGGTTTAACCA
64 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTTCGAAGGTAAACATTTAATGATAATCTGGTTTAACAA
* *********** * *
9081 AAAATGTGAAAACATTCNNNNNNNNNNTAATTATGAGATTAT
129 AAAATGTAAAAACATTCAATGTAAAAACAATTATGAGACTAC
* * *********
9123 AAAACCATTT-CACTAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-AGGTGACTATNNNNNNNNNNTTCT
1 AAAACCATTTAAAAT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTAT-AAAGGGCTTTTCT
* * *
9186 TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAAACATTTAATTATATTCTGTTTTAAC
63 TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTT-TCGAAGGTAAACATTTAATGATAATCTGGTTTAAC
*
9250 AAAAAATGTAAAAACCATTCAATGTAAAAACAATTATGGGACTAC
127 AAAAAATGTAAAAA-CATTCAATGTAAAAACAATTATGAGACTAC
* *
9295 AAAACCATTTAAAATGAGTAACAGGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-GGGCTTTTCTTG
9360 CCAATGAATGGGT
65 CCAATGAATGGGT
9373 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 47, Indels: 17
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 113 0.58
172 77 0.40
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGGCTTTTCTTGC
CAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTTCGAAGGTAAACATTTAATGATAATCTGGTTTAACAAAA
AATGTAAAAACATTCAATGTAAAAACAATTATGAGACTAC
Done.