Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398488.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1783.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26269
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 6583 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1315 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1066--1439 Score: 407
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
1056 NNNNNAACTT
* * * * * ***
1066 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAGGGCTTTTAAATAAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTGTAAAGAAATGAAAGAC
* * * *
1131 TATAGATGGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTT-TTCTACACGTTTCCCAAGGA-AGGCATTCAA
66 TACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAA-GATAGGAATTCAA
* * *
1194 TTATAGTATGTTTTAA-TAAAATATGTAAAAAAATTCAACTAA
130 TTATAATATGTTTTAACTAAAAAAAG-AAAAAAATTCAACTAA
* *
1236 AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTCGT-AAGAAATGAAAGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTT-GTAAAGAAATGAAAGA
* ** * * * *
1300 CTACAAATAGACTTTTCTTCCTAGTGAATGGCTTCTTTTACATGTTTTCCAAGATAGGAATTCAA
65 CTACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAAGATAGGAATTCAA
* * * *
1365 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAAGGAAAAAATTGAACTTA
130 TTATAATATGTTTTAACTAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTAA
* *
1407 AAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATGTGAAG
1 AAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTGAAG
1440 TTAGTAATTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 32, Indels: 9
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 83 0.50
171 77 0.46
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTGTAAAGAAATGAAAGAC
TACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAAGATAGGAATTCAAT
TATAATATGTTTTAACTAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTAA
Found at i:1706 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 910--1731 Score: 520
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
900 TTAATTTTGG
* * * * * * **
910 GATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGGGATGACTATAAATTAACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT
** * * * *
975 TTCTTACC-AATGAATGCATT-TTCTTCATGTTTTTCAAGTTAGACATTCAATTATAGTTTGTTT
66 TTCTT-CCAAATGAATGC-TTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
************** *
1038 TAACCAAAANNNNNNNNNNNNNNAACTT-AAATCAATTATAA
129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
1079 GATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAGGGCTTTTAAATAAATGGGTGACTATAGATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
1144 TTCTTCCAAACGAATAGCTT-TTCTACACGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTATGTTTT
66 TTCTTCCAAATGAAT-GCTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
1208 AA-TAAAATATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGA
130 AACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
1249 GATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTCGT-AAGAAATGAAAGACTACAAATAGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-GTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACT
* * * *
1313 TTTCTTCCTAGTGAATGGCTTCTT-TT-ACATGTTTTCCAAGATAGGA-ATTCAATTATAATCTG
65 TTTCTTCCAAATGAAT-GCTTCTTCTTCACAT-TTCT-CAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
1375 TTTTAACTAAAAAAAG-GAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
126 TTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * * * **********
1420 GA-TAGTAAAACCATGTGAAGTTAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGATGNNNNNNNNNNGACT
1 GATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACT
* * * * * ** * *
1484 TTTCTAGCC-AATGAATGTGTTTTTCTTAACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTT
65 TTTCT-TCCAAATGAATG-CTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
1548 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGA
128 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGA
* * * *
1592 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACAT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT
* * *
1657 TTCTTGCC-AATGAATGCCTTCCTT-TTCACATCTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTTTT
66 TTCTT-CCAAATGAATG-CTT-CTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
*
1720 TTAGCCAAAAAT
128 TTAACCAAAAAT
1732 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 140, Indels: 43
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 111 0.23
170 95 0.19
171 143 0.29
172 124 0.25
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT
TTCTTCCAAATGAATGCTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Found at i:6225 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5639--6286 Score: 636
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
5629 AGAAACGTTA
* * * ** *
5639 AGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAA-ACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
* * *
5704 ACTCACTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TCTATTTTAG
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAG
* * * **
5768 TTAAAACAGA-TTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGT
130 TTAAAACAAACTT-T-ATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGT
** * * *
5810 AGAAAACGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAT-GGC-TCCTATTTCTT-ACGAAGCCCTA
1 AGAAAA-AACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCA-AAAGCCCTA
** * * * *
5872 TTACTCGA-TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATATTT
63 TTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTT
* * **
5936 CA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGG-AAATGTGT
127 TAGTTAAAACAAACT-TTATTGAATGTCTAACTT-GGAAAATGTGT
* * * * * * *
5980 AGAAAAAGCTATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCCTATT
1 AGAAAAAAC-ATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
* * * * *
6045 ACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT-TTTTA-
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAG
* *
6107 TTAAAACAAACTTTACTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGAA
130 TTAAAACAAACTTTATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTG-T
* * * * * *
6149 AAAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAA-ACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
* *
6214 ACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCTAT-TTTTA
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ATATATTTTA
6278 GTTAAAACA
129 GTTAAAACA
6287 GATTATAATT
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 70, Indels: 37
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 21 0.05
169 102 0.26
170 160 0.41
171 91 0.23
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAAACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAGT
TAAAACAAACTTTATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGT
Found at i:6324 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5673--6377 Score: 741
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
5663 AAAATTTATT
* * * * * *
5673 TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
** * * *
5738 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCTATTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAA
66 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTAGTTAAAACAAATTGTAACTGAATGTCTAACTTAGAA
* * * * * * *
5803 AACATGTAGAAAACGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATGGCTCCTATTTCTTACGAAGC
131 AACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAGGCTCCTATTCCTTACAAAGC
* * * *
5868 CCTATTACTCGATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATA
196 CCTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATA
** * *
5933 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAATGTGTAGAAAAAGCTATTCATT-
261 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTA
*
5997 TGAAAGAAAAGTCCATC
326 GGAAA-AAAAGTCCA-C
* * * *
6014 TATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCCTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* *
6079 A-TTTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTA-TTAAAACAAACTT-T-ACTGAATGTCTAACTTGG
66 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATA-TTTTAGTTAAAACAAA-TTGTAACTGAATGTCTAACTTAG
** * * * *
6139 AAAATGTGAAAAAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCAT-CTATTCCTT-C
129 AAAACATG-AAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTA-AGGC-TCCTATTCCTTAC
* * *
6202 AAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
191 -AAAGCCCTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * * *
6266 TT-CCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTG-CTTGTCTT-GTGAAACATGTAGAAAAT
254 TTACATA-TTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTT-CCTTAG-GAAACATGTAGAAAAA
6328 GCCATTAATTAGGAAAAAAAGTCCAC
315 GCCATTAATTAGGAAAAAAAGTCCAC
* *
6354 TAATGGTCTCCCATTCTTTCAAAA
1 T-ATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
6378 GCCTTATTGC
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 52, Indels: 26
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 21 0.07
339 46 0.15
340 99 0.33
341 129 0.43
342 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTAGTTAAAACAAATTGTAACTGAATGTCTAACTTAGAA
AACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAGGCTCCTATTCCTTACAAAGC
CCTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATA
TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTA
GGAAAAAAAGTCCAC
Found at i:7464 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 7161--7724 Score: 521
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 166
7151 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
7161 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCA-TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGAT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATATTTCAT
* * ** *
7225 TAAAATAGACTCTAATTGAATGTCCACCTTGAG-AAA-TGTAAAGAAAAATGTATTCATTGGCAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTCCTTGAGAAAAGTGT-AA-AAAAA-GCATTCATTGG-AA
**
7288 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCACCCCTTCAAAAGCTTTATT
125 GAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
* * * * * *
7331 ACTCACTTCAATTGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTACGTTCAATTTTTTTC-TATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATA-TTTCA-
**
7395 TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTAT-CTT-AGAAAATGTGTAAAAAAAGACATTCATTAGGA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TCCTTGAGAAAA-GTGTAAAAAAAG-CATTCATT-GGA
* * **
7458 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTTTAAAGCTTTATT
124 AGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCTTTATT
* * *********
7502 TCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATATTTCAT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTACATATTTCAT
7567 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGC-TATCTATTTGGAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGCAT-TC-A-TTGGAAG
* * * *
7631 AAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAATCCTTCTT
126 AAAAGTCTATTTATAGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
7673 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
7725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 62, Indels: 38
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 51 0.16
171 232 0.74
172 22 0.07
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATATTTCATT
AAAACAGACTATAATTGAATGCTTCCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAG
TCTATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
Found at i:10193 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9758--10196 Score: 482
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
9748 NNNAATAGAT
** * * * *
9758 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TGAGAAGCAAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAGA-GTCC
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-AAAAG-AAAAAGACATTTCTTAGCAAGAA-ATGTCC
*
9820 ATTTATAGTCAACCATACCTTCAAATA-TCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
63 ATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAA-AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
* * * * *
9884 ATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAT
126 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCT-AAAAACAC
** * * * *
9929 TATTGTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAATGTCAATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGACATTTCTTAGCAAGAAATGTCCATT
* * * *
9994 TATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTG
66 TATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
**
10059 ATTTTAAGTTGTA-TTTTTTACATTTTTGGCT-AAAACAC
130 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAACAC
*
10097 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAA-AAAAAGACA-TTCATTAGTAAGAAAAT-TCC
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TAAAAGAAAAAGACATTTC-TTAGCAAG-AAATGTCC
*
10159 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 ATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
10197 ACTNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 30, Indels: 19
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 81 0.35
169 9 0.04
170 27 0.12
171 109 0.47
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGACATTTCTTAGCAAGAAATGTCCATT
TATAGTCACCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAACAC
Found at i:11291 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10758--11466 Score: 585
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
10748 NNNNNNNNGA
* * * *
10758 GACTATAAATGGA-TTTTCCTTCCAAATGAAAGA-CTTTTT-TTACACGTTT-TCAAGGTAGACA
1 GACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAAAT-AAATACCTTTTTCTT-CACGTTTCTCGAGGTAAACA
* * ** *
10819 TTCAATTATATTTTGTTTTAATGAAAAA-TGTGAAAACTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
63 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAGTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *** * * * * *
10883 ACAAAACT-ATTTAAAACAAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGT
126 ATAAAA-TAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
********** * * *
10928 GACTATAAATAGACTTNNNNNNNNNNTGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCGAGGTAAACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTC
* * * * *
10993 AATTATTA-TCTGTTTTAAGTAAAACTGTGCAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAGATTAT
66 AATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAA-AGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
11057 AAAATAATTTACAGTAAGTAATAATACCTTTGAAGGAATAAGT
128 AAAATAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * *
11100 GACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTATACTTTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTC
*
11165 AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * *
11230 AACCATTGAAAGTGATTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGTGA
130 AATAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* *** * * * *
11271 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGGTTTTTCTACACGTTT-TCTAAGGCAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAAACATT
* * * * *
11335 CAATTACAGTCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
65 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
11400 AATTATTTAAAGTG-TGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
130 AATAATTTAAAGTGAT-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
11441 GACTAT-AAT-GAACTTTTCTTCCAAAT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTCCAAAT
11467 GAATGGCTTT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 98, Indels: 29
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 21 0.05
170 101 0.24
171 178 0.42
172 124 0.29
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTC
AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ATAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
Found at i:11549 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11162--11551 Score: 457
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
11152 GAGGTATACT
* * * * * *
11162 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
* * *
11227 TAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *
11292 CCAAATGAATGGGTTTTTCTACACGTTTTCTAAGGCAGACA
130 CCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGACA
* *
11333 TTCAATTACAGTCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
1 TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
** * *
11398 AAAATTATTTAAAGTG-TGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT-AAT-GAACTTTTCT
66 AAAACCATTGAAAGTGAT-TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCT
*
11460 TCCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTGAGGCA-AGCA
129 TCCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGA-CA
** * * *
11502 TTCAATTGTAG-CTTGTTTTAGCAAAACATGTAAAAAACTTTAACTTAAAA
1 TTCAATTACAGTCTT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAA
11552 ACTTCAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 32 0.17
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Consensus pattern (170 bp):
TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
AAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTC
CAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGACA
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Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 167
12278 NNNNNNNTGC
* *
12288 TAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTTTGTTTT-A-AAAA
1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * * *****
12351 AATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTANNNNN
66 AATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAT
*****
12416 NNNNNT-AAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTT
130 GCTTTTGAAAG-AATG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTT
*** * *
12455 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCCCCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
1 T---AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-
* * * * * * *
12520 AAAACTATGCAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTTTGAGATTATAAGACAATTTAAAGTGAGTAA
62 AAAA-AATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
* *
12585 TAATGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGT
126 TAATGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATG-ACTTTTCTT-T
* * * * *
12630 TAATGAATACTTTTTTCTTCGTGTTTCTCGAGGTATATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * *
12695 AATGTAAAATAATTCAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAT
66 AATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAT
* * *
12760 GGTTTTGAAAGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCC
130 GCTTTTGAAAGAATG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-T
* ** ********** * *
12801 AAATGAATGGGTNNNNNNNNNNGTTTC-CTAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTT-A-ACA
* * * * * *
12865 AAAAATTTAAAAAATTTAACCTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAACGAGAAAT
63 AAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAAT
12929 AA
127 AA
12931 GATTTTTAAA
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 81, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
AATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATG
CTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGACTTTTCTTT
Found at i:14047 original size:202 final size:201
Alignment explanation
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Period size: 202 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
13662 AATGAGAGAC
* * *
13672 TATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACATGTTTCTCAAGACAAGTATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAAT
* * * * * * *
13737 TATAGTCTGTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAA
66 TACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACAAAA
*
13802 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT
131 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT
13867 GGTGAT
196 GGTGAT
* * ** * * **
13873 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAG-CATTCAA
* *
13937 TTACAATCTG-CTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTTTGAGATAATA
65 TTACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGT--AAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACA
** * ** *
14001 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGACTATAAAT
128 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAAT
14053 GGACTTTTCT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 27, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
200 16 0.11
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (201 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAAT
TACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACAAAA
CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT
GGTGAT
Found at i:14550 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13852--14939 Score: 1003
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 172
13842 ACTATAAATA
* * * * * ** * *
13852 GCTTTTGAAGCAATTGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT
* * * * *
13917 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGCTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTAA
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTA
* * *
13981 AAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
** *
14025 GCTTTTGAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTAC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCTCT-C
* * * *
14088 CTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTT
64 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT
***
14152 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AG
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * * *
14195 GCTATTAAAGGAATGGGAGACTATAAACGGAC-TTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTT-CTACAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCCT-C-T
* * * * *** * *
14257 -GTTT-TCCAAGG-AAAGCATTTAATTATAGTCTGTTCCGA-TAAAAAATGCAAAACAATTCAAC
63 CGTTTCT-CGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
14318 TTAAAATCAATTATGAGATTACT-AAATCATTTAAAACGAGTGATAAG
126 TTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * *
14365 GTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCTCCT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT
* * * **
14430 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATGT-AATGAATTCAA-TTCA
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTT-A
* *
14493 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAG
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * * * * * ** **
14537 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTTTTGCTAATGAATGCCTCTTTATTCAGGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT
* * * * *
14602 TTCTTGAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAAATATAAAAAAACTTCAACCT
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTT
* ** *
14666 AAAGTCAATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAATGAGTAATAAC
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
** * * ** *
14711 ATTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-G
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTC-TCG
* * * *
14775 TTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAACTGTATAAAGAATTCAACTTA
65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * ** *
14839 AAATGAATTTTGAGATTA-AAAACCATTTAATGTGTGTAATAAG
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * *
14882 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGCTTTTTC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTC
14940 TACACGTTTT
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 140, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.03
169 89 0.12
170 60 0.08
171 152 0.20
172 191 0.26
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175 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT
TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
Found at i:14746 original size:346 final size:344
Alignment explanation
Indices: 13852--14954 Score: 1142
Period size: 346 Copynumber: 3.2 Consensus size: 344
13842 ACTATAAATA
* * * * **
13852 GCTTTTGAAGCAATTGGTGATTATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACG
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGA-AATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * * * ** *
13916 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAA-CTA
65 TTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACCT-
* * * * * * **
13980 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGA
128 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGA
* *
14045 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTACCTTTCTTGAGGTAAACATTC
193 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCTCT-CCTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * *
14108 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATGTAAAAAAAATTGAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
256 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGT--AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
**
14170 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AG
319 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * * * * * *
14195 GCTATTAAAGGAATGGGAGACTATAAAC-G-GACTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATG
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAT-AACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* *** * * *
14258 TTT-TCCAAGG-AAAGCATTTAATTATAGTCTGTTCCGAT--AAAAAATGCAAAACAATTCAACT
65 TTTCT-CAAGGTAAA-CATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACC
* * * *
14319 TAAAATCAATTATGAGATTACTAAATCATTTAAAACGAGTGATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTG
127 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTG
*
14384 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCA
192 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* *
14449 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATGTAATGAATTCAA-TTCAAAATCAATTTTGAGATTATA
257 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
14513 AAACAATTTAAAATGAGTAATAAG
321 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
14537 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTTTTGCTAATGAATGCCTCTTTATTCAGGT
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
** *
14602 TTCTTGAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATATAAAAAAACTTCAACCTA
66 TTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATA-AAAAAAA-TTCAACCTA
* * **
14667 AAGTCAATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAATGAGTAATAACATTTTTAAAGGAATGGGTGAC
129 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGAC
* ** * * * *
14732 TATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGAGGTGGACATTCAA
194 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTC-TCCTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * *
14796 TTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTATAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTA-AAA
258 TTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* *
14860 ACCATTTAATGTGTGTAATAAG
323 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * * * * *
14882 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGCTTTTTCTACACGT
1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
*
14947 TTTTCAAG
66 TTCTCAAG
14955 ACATGCATTT
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 121, Indels: 42
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 153 0.25
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342 77 0.12
343 68 0.11
344 5 0.01
345 90 0.15
346 172 0.28
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (344 bp):
GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
TTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAA
ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAG
Found at i:15961 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15593--16773 Score: 536
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
15583 ACTATAAATA
* * * * * *
15593 GCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTTTTTATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
* *
15657 TTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAA
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
** * * *
15722 AAAAATATGATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATATG
130 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
* * * ** *
15763 ACTTTTGTAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTTTTGCTGTTGAATGCTTTTTTCTTCATAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
**
15828 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
********** *
15893 TCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAG
130 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
* * * * * ** * ** *
15934 GCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATTGCCTTTTCTACCTAATAAATGCCATTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
15999 TTCTC-ACTGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAGAATGTAAAAAATATTGAACTTAAA
66 TTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAA
* * * * * *
16063 ATCAATTTTTAGATAAGAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
********** * * * * * **
16105 GNNNNNNNNNNAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCCCAATGAATAGC--ATTTCTTCACA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATG
* *********************
16168 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
****** * * *
16233 NNNNNNTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
* * * *
16275 GCTTTTGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGGACTTTTC-T--TATTG-ATGATTTTTT-TTCATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGT-GAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * * *
16334 GTTCTTGAGGTAGATATGCAATTATAATCTATTTTAACTAAAACTATATAAAAATTCAACTTAAA
65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
* * * *
16399 ATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
* *********** * ** * *
16441 GCTTTTGAAAGAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTCTTGCCAACCAATGCCTTTTTCTTCATAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
16506 TTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAACTTAAAAT-TAAAAAAAATTGAACTTAAA
66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAA
* ********** * *
16570 ATCAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
* * ** * * * * *
16612 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATAGGCTTTTCTTCCAAAT-AGATAGCATTCTTT-TACA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGA-AT-GC-TTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
16675 TGTTTCCCAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGAAATATGTAAAAAAATTCAACTT
63 TGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* *
16739 AAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
16774 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 276, Indels: 44
0.69 0.27 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 100 0.14
167 7 0.01
169 2 0.00
170 159 0.22
171 364 0.51
172 74 0.10
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG
Found at i:20390 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20088--21581 Score: 1434
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
20078 NNNNNNNNNN
* * *
20088 TTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCCGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
20153 AGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGGGTTTTGGAA-GAATGTGAGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGTGAC
* ** * *
20217 TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGGTTTTTGTACAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * * * *
20259 GTTTC-CTAAGGCAGGCATTCAATTACAGTCT-TCTTTAATAAAAAATAT-GAAAAATTCAACCT
1 -TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT-TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
20321 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAATTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * *
20386 CTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTT-TTGCAT
128 CTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CAT
* * * * * *
20429 GTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAG-CTTGGTTTAGTGAAAAATATAAAAAACTTCAACTTA
1 -TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
*
20493 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * *
20558 TATAAATGGACTTTTTTTGTCAATCAATGTCTTTTT-TTGAACA-
129 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTT---CAT
* * ** * *
20601 TTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAATATTTTTTAAAAAAATTGAACT
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAA-A-AATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
20665 TAGAATGAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGTATAAGTG
62 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * *
20730 ACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATAAATCCCTTTTTCTTCACC
127 ACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-T
* * * * *
20775 TTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAATATAGAAAGAATTCAACTT
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T-AAAAAATATA-AAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
20840 AAGATCATTTTTAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGA
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * *
20905 CTGTAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTCAT
128 CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* ** * *
20948 ATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACATAA
1 -TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * *
21013 AATCAAATATCACATTATAAAACTATTTAAAACGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAAT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* ** **
21078 ATAAATAGACTTTTCTTGCTGATGAAT-ATTGTTTTC-TCAAT
130 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCT-TTTTCTTC-AT
** *
21119 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
21183 TATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
*
21248 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCAT
130 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * * * *
21289 ATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTA
1 -TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * *
21353 AAATCATTTTTGAGATAAGAAAACCATTAAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * *
21418 TATAAATGGATTTTTTTTCCCAATGAATGCCATTTTCTTCACA
129 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-T
** * * ** *
21461 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAA-ACAAAAATGCAAAATAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * *
21525 AATCAA-TATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
21582 GGTAGACATG
Statistics
Matches: 1096, Mismatches: 191, Indels: 72
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 329 0.30
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172 47 0.04
173 8 0.01
174 269 0.25
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
Found at i:21258 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 20088--21581 Score: 1493
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
20078 NNNNNNNNNN
* * *
20088 TTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCCGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
20152 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAAGGGTTTTGGAA-GAATGTGAG
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGTG
* ** * * * * *
20215 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGGTTTTTGTACATGTTTC-CTAAGGCAGGCATT
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * * * *
20278 CAATTACAGTCT-TCTTTAATAAAAAATAT-GAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATCAT
190 CAATTATAGTCTGT-TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAAT
* * * *
20341 AAAACCATTTAAATTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
254 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC
** *
20406 TAAATGAATGGCTTTTT-TTGC-AT
319 CCAATGAATGCCTTTTTCTT-CAAT
* * * * * *
20429 GTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAG-CTTGGTTT-AGTGAAAAATATAAAAAACTTCAACTT
1 -TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* *
20492 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * * * * * *
20557 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATCAATGTCTTTTT-TTGAACATTTCTCGAGGTAGATATTCA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * *
20621 ATTATTA-TCTGTTTTAACTAAATATTTTTTAAAAAAATTGAACTTAGAATGAATTTTGAGATAA
192 ATTA-TAGTCTGTTTTAAC-AAA-A-AATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAA
* * * * * *
20685 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTT
253 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * **
20750 CCCAATAAATCCCTTTTTCTTCACC
318 CCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAT
* * * * *
20775 TTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAATATAGAAAGAATTCAACTT
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAATATA-AAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
20840 AAGATCATTTTTAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGA
64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * *
20905 CTGTAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
20970 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAAATATCACATTATAAAA
193 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAA
* * * * * **
21035 CTATTTAAAACGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTGA
258 CCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAA
**
21100 TGAAT-ATTGTTTTC-TCAAT
323 TGAATGCCT-TTTTCTTCAAT
** *
21119 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
*
21183 TATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
66 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* *
21248 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATT
130 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
21313 ATAATCTGTTTAAACAAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGATAAGAAAAC
195 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAA-TATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC
* * * * * *
21377 CA-TTAAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTTTTTTCCCAA
259 CATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAA
*
21441 TGAATGCCATTTTCTTCACA-
323 TGAATGCCTTTTTCTTCA-AT
** * * ** *
21461 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAA--ACAAAAATGCAAAATAATTCAACTTA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
21524 AAATCAA-TATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
21582 GGTAGACATG
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 180, Indels: 63
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.01
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343 2 0.00
344 39 0.04
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346 5 0.01
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349 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCA
TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGA
ATGCCTTTTTCTTCAAT
Found at i:21827 original size:284 final size:284
Alignment explanation
Indices: 21329--21858 Score: 681
Period size: 284 Copynumber: 1.9 Consensus size: 284
21319 TGTTTAAACA
* *
21329 AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGATAAGAAAACCATTAAAAGTCAGTAAT
1 AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAAGAAAACCATTAAAAGTCAGTAAT
* * * * **
21394 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTTTTTTCCCAATGAATGCCATTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACCAATGCCATTTTCTTCA
* * * * *
21459 CATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAAACAAAAATGCAAAATAATTCAACTTA
131 CATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGCAAAAAAATACAACTTA
*
21524 AAATCAATATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTAGAC
196 AAATCAATATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTAGAC
21589 ATGCAATTATAGTTTATTTTAATC
261 ATGCAATTATAGTTTATTTTAATC
* * *
21613 AAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TGTAAAACCATTTAAAG-CGAGT
1 AAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAAG-AAAACCATTAAAAGTC-AGT
* * * *
21675 AATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAACCAATTCCTTTTTCT
63 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACCAATGCCATTTTCT
** * * * * * * **
21740 TCATGTTTTTTGAGATAGACATTTAATTTTAATATTTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATAC-AC
128 TCACATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGCAAAAAAATACAAC
* * * *
21804 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
193 TTAAAATCAA-TATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGA
21859 GGGAATGAGA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 35, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
283 16 0.08
284 191 0.92
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (284 bp):
AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAAGAAAACCATTAAAAGTCAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACCAATGCCATTTTCTTCA
CATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAAAATGCAAAAAAATACAACTTA
AAATCAATATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTAGAC
ATGCAATTATAGTTTATTTTAATC
Found at i:21908 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21605--22015 Score: 470
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
21595 TTATAGTTTA
*
21605 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAA--TACACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
21669 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAACCAATTCCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACCAATGCCT
* * ** * * *
21734 TTTTCTTCATGTTTTTTGAGAT-AGACATTTAATTTTAATATT
129 TTTTCTACATGTTTCTCAAGATAAGA-ATTCAATTATAATATG
* * *
21776 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATACACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATACACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** *
21841 GAGTAATAAGGCTTTTG-AGGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCA-AATGGATGGCT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGG-ATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTCACAACCAATGCCT
* * *
21904 TTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAAGAATTCAATTATAGTCTG
129 TTTTCTACATGTTTCTCAAGATAAGAATTCAATTATAATATG
* * * * * * *
21946 TTTTAATGAAATATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATAC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
22011 GGAGT
65 CGAGT
22016 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 32, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 131 0.65
171 66 0.33
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATACACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACCAATGCCTTT
TTCTACATGTTTCTCAAGATAAGAATTCAATTATAATATG
Found at i:21998 original size:455 final size:455
Alignment explanation
Indices: 21127--22010 Score: 1145
Period size: 455 Copynumber: 1.9 Consensus size: 455
21117 ATTTTCTCAA
* * * *
21127 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTA
1 GGTAGACATGCAATTATAGTCTACGTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
21192 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
66 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* ** *
21257 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGT
131 CTTTTCTTGACAACCAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATATGT
*
21322 TTAAACAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGATAAGAAAACCATTAAAAGT
196 TTAAACAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAGAAAACCATTAAAAGT
* ** * *
21387 CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTTTTTTCCCAATGAATGCCATT
261 CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTCTTTCCAAATGAATGCCATT
* **
21452 TTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAAACAAAAATGCAAAATAATT
326 TTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAAACAAAAATGCAAAATAATT
21517 CAACTTAAAATCAATATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG
391 CAACTTAAAATCAATATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG
* ** *
21582 GGTAGACATGCAATTATAGTTTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 GGTAGACATGCAATTATAGTCTACGTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
21646 ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGG
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** * *
21711 ACTTTTCTTGACAACCAATTCCTTTTTCTTCATGTTTTTTGA-GATAGACATTTAATTTTAATAT
130 ACTTTTCTTGACAACCAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATG-TAGACATTCAATTATAATAT
* * * * * * * *
21775 TTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAA-T-ACACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
194 GTTTAAACAAAAAAGTAAAAAAAATTGA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATAAGAAAACCATTAAA
* *
21838 AG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTT-CAAATGGATG
258 AGTC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-TTTTCTTTCCAAATGAATG
* * ** * * ** * *
21901 GCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAAGA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAATATGTAAA
321 CCATTTTCTACACATTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAGCCTATTTTAAACAAAAATGCAAA
**
21965 GA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAG
385 -ATAATTCAACTTAAAATCAA-TATGACATTATAAAACTATTTAAAG
22011 GGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 55, Indels: 16
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
453 2 0.01
454 146 0.40
455 218 0.60
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (455 bp):
GGTAGACATGCAATTATAGTCTACGTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGACAACCAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATATGT
TTAAACAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAGAAAACCATTAAAAGT
CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTCTTTCCAAATGAATGCCATT
TTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAAACAAAAATGCAAAATAATT
CAACTTAAAATCAATATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG
Found at i:23480 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 22873--25853 Score: 2473
Period size: 171 Copynumber: 17.4 Consensus size: 172
22863 NNNNTTAACT
* * * * * **
22873 AAAAATAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTCAAA-TTAGTA
1 AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTA
* * * * * *
22937 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGTATTTTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTT
** * *
23002 CA-CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
129 CATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * *
23045 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTT-AAATCACTTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
23109 AAGACTTTTGTAA-GTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGTCTTTTACTTC
66 AAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
** ** * * * * **
23173 A-CCTTTCTTGATGTAGTCATTTAATTATAATCTGTTTTAACC
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* *
23215 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * *
23279 AAGGCTTTTGAAAAAATGAGAGAATATAAATGGA-TTTATCTTCCAAATGAAAGGCTTTTTCTAC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * *
23343 ATATTTTC-CAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
130 ATATTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * *
23385 AAAAATGCAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAGAACCATTTAAACCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
23450 AAGGTTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-GATGAATGCCTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
** * *
23514 A-CCTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA
* * * * * *
23556 AAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
23621 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATTAATGAAATTTT-TTACTAATAAATGTCTTTTTTTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
* ** ** *
23685 AT-GTTTCTTGAGGTTTACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA
* * * * **
23728 AAAAATATAAAAGAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGC-ATGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAA
* * * ** * ** *
23792 TAAGAG-TTTTGGAGGAATGTGAGACTATAAACAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGGTTTTTCTA
65 TAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTT
* * * *
23856 CATGTTTCCT-AAGGTAGGCATTCAATTACAGTCT-TCTTTAATA
129 CATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT-TTTAATA
* * * * *
23899 AAAAATGTAAAAAAATT-AGCTTAAAATCAATTATCAGATCATAAAACTATTTAAAGCGTGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
23963 AATGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAAATGTCATTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTCA
* * * *
24028 TA-TTTCTCAATGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
131 TATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA
* * * * * *
24070 AAAATTTTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
24135 TAAGCCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
* ** * * * *
24200 AT-TTTTTTTGAGGTAGAAATTTAATTATAATCTATTTTAACTA
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA
* * * * * * * * * *
24243 AAAAATATAGGAAGAATTCAACTTAAGATGAATTTTAAGATTTTAAAACCATTTCAAA-TGAGTG
1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTA
* * *
24307 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-TCTTTTTTCT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTC-TTTTTCT
** *
24371 TCA-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
128 TCATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * * *
24415 AAAAATGTGAAACAAATT-AACTAAAAATTAAATATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * **
24479 TAA-GCTTTTTGAAGAAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTGATGAATG-CTTTTT-TC
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* ** **
24541 TC-TATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGCGTTAGCCA
128 TCATAT-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATA
* *
24587 AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * * *
24651 AAGGCTTTTGAAGGAATAAATGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCC-AATGAATGCCATTTTGTTC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
** * * *
24715 A-CGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * *
24756 CAAAATGCAAAAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTTTGATA-TACGAAAACCATTTAAAGTC-A
1 AAAAATG--TAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAG-CGA
* * * * *
24819 GTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAACGAATGTCATTT
61 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCA-AATGAATGTCTTTT
* ** * * * *
24883 TCTTCACATTTT-TTGACGTAGACATTCAATTAGAGTCCGTTTTAATC
125 TCTTCATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * *
24930 AAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** ** *
24995 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AACCAATCCCTTTTTCTAC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
** * * * **
25059 -T-TGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACC
130 ATAT-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * * * *
25101 AAAGATTTGAAAAAACTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAAGTGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** *
25166 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAAT-AGATGGCTTTTTC-T
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGA-ATGTCTTTTTCTT
* * * * * *
25229 -ATACATTTCCCAAGGCAGGCATTCAATTATGGTATGTTTTAATA
129 CATA-TTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * *
25273 AAATATGTAAAAAAATT-AAGCTTAAAATTAAATATCATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * ****
25337 TAAGGTTTTTTGAAGGAATGGGAGAATATAAATAGACGTTTCTTATTGATGAAT-TCTTTTTTCT
65 TAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTC-TTTTTCT
* ** ** * ** *
25401 TCAT-GTTTCTTGAGGTAGATGTTCAATTATAGTCCGCGTTAACA
128 TCATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * *
25445 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
25510 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATC-AACGAAAGCCATTTTCTTC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
* * *
25574 ATA-TTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-A
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * * * *
25615 AAAAATGTAAAAGAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATAAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ********** * *
25680 TAAGACTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTCATTTTCTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC
** * * *
25745 ATA-TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTT-ATCC
130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-A
* * * * * *
25787 AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
25852 AA
66 AA
25854 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (172 bp):
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AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTCA
TATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
Found at i:23794 original size:343 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 8.7 Consensus size: 340
22857 NNNNNNNNNN
* * * * *
22867 TTAACTAAAAATAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTCAAA-
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** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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** * * * * * * * *
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* * * * ** * *
23337 TTCTACATATTT-TCCAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGCAAAAAAT
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* * * * * * *
23400 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAGAACCATTTAAA-CCGAGTAATAAGGTTTTTAAAAG
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** ** * *
23679 TTTTTCATGTTTCTTGAGGTTTACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATATAAAAGAAT
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* * * ** * *
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* * ** * ** * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
23957 TGTAATAATGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACAAATAAATGTCATT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTT
* * * * * * *
24021 TTCTTCATATTTCTCAATGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATTTTTAAAAAAA
129 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAAA
* * * * * *
24086 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGC
192 TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
* ** * *
24151 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATTTTTTTTGA-GGTA
257 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-CATTTCTCATGGTA
* * *
24215 GAAATTTAATTATAATCTATT
320 GACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * *
24236 TTAACTAAAAAATATAGGAAGAATTCAACTTAAGATGAATTTTAAGATTTTAAAACCATTTCAAA
1 TTAA-T-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA
* * *
24301 -TGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-TCT
62 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTC-
* *
24364 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACA
126 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAA
* * * * * **
24429 AATT-AACTAAAAATTAAATATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTG-A
190 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGC-TTTTGAA
* * * ** * ** *
24491 AGAAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTGATGAATGCTTTTTTC-TCTATGTTTCTCAA
254 AG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTC-ACATTTCTCAT
* * **
24555 GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGCG
316 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** ** *
24580 TTAGCCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
1 TTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*** ** * * * *
24645 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAATGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTT
* * * * * *
24710 TGTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGCAAAAAAAATA
130 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG--TAAAAAA-A
* * *
24774 TTGAACTTAAAATCAATTTTGATA-TACGAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTT-AAAG
192 TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * *
24837 AAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACGAATGTCATTTTCTTCACATTT-T-TTGA
256 -AATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCATG-
* * *
24899 CGTAGACATTCAATTAGAGTCCGTT
317 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
24924 TTAATCAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
1 TTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** **
24989 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAACCAATCCCTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACT-AATGAATGTCTTT
* * ** * * * * * * *
25053 TTCTACTTGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAGATTTGAAAAAACT
129 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * *
25118 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
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** * * * *
25183 TGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAAT-AGATGGCTTTTTCTAT-ACATTTCCCAAGGCA
258 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGA-ATGCCTTTTTCT-TCACATTTCTCATGGTA
* ** *
25246 GGCATTCAATTATGGTATGTT
320 GACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
25267 TTAATAAAATATGTAAAAAAATT-AAGCTTAAAATTAAATATCATATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TTAATAAAA-ATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
25331 GAGTAATAAGGTTTTTTGAAGGAATGGGAGAATATAAAT-AGACGTTTCTTATTGATGAAT-TCT
64 GAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACTAATGAATGTC-
** ** * **
25394 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATGTTCAATTATAGTCCGCGTTAACAAAAAATGTAAAAAA
126 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
25459 ATTCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
191 ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * * * *
25524 AATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAACGAAAGCCATTTTCTTCATATTTCTCAAT-GT
256 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC-ATGGT
*
25588 AGACATTCAATTATAATCTATT
319 AGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
25610 TTAAAAAAAATGTAAAAGAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATAAGAAAACCATTTAAAGTG
1 TTAATAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ********** * * * *
25675 AGTAATAAGACTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTCATTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTT
* ** * * * * * * *
25740 TCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTATCCAAAAATATAAAACAATTT
130 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTG
* * **
25805 AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA
195 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAA
25854 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2127, Mismatches: 436, Indels: 164
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.00
340 135 0.06
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344 481 0.23
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATT
CAATTATAATCTGTT
Found at i:24641 original size:515 final size:508
Alignment explanation
Indices: 22883--25845 Score: 2612
Period size: 515 Copynumber: 5.8 Consensus size: 508
22873 AAAAATAGAA
* * * **
22883 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA-TCATTTCAAA-TTAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** *
22946 TTGAA-AGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTC
64 TTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
* * *
23010 TCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT-AAATC
128 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
* * * * * * *
23073 ACTTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGTAA-GTATGGGTGACTATA
192 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGAGTGACTATA
* * * ** * * *
23137 AATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGTCTTTTACTTCACCTTTCTTGATGTAGTCATTTAATTATA
256 AATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
23202 ATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
321 ATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * *
23266 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGAGAATATAAATGGA-TTTATCTTCCAAATGAA
386 TAAAG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTT-TCTT-CAAATG-A
** * * * * ** *
23330 AGGCTTTTTCTACATATTT-TCCAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGC
446 ATTCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * *
23393 AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAGAACCATTTAAACCGAGTAATAAGG-TTT
1 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** **
23457 TTAAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCT
65 TGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * *** * *
23522 CATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCA
129 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAATA-AAAAAATTGAACTTAAAATCA
* * * * *
23587 ATTTTGAGAATATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATTAA
193 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * * * ** *
23652 TGAAATTTT-TTACTAATAAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTTTACATTCAATTATAGT
258 TGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * **
23716 CTGTTTTAACAAAAAAATATAAAAGAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
323 CTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
23781 AAAGCATGTAATAAGAG-TTTTGGAGGAATGTGAGACTATAAA-CAGACTTTTCTTTCAAATGAA
387 AAAG-A-GTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTC-TTCAAATGAA
** * * * *
23844 TGGGTTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGTAGGCATTCAATTACAGTCT-TCTTTAATAAAAAATGT
447 T-TCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT-TTTAACAAAAAATGT
* * * * *
23907 AAAAAAATT-AGCTTAAAATCAATTATCAGATCATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAATGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
23971 TGAAGGATTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAAATGTCATTTTCTTCATATTTCTC
65 TGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * **
24036 AATGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATTTTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
130 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--AATAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
* * *
24101 ATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
193 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * * *
24166 TGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATTTTTTTTGAGGTAGAAATTTAATTATAAT
258 TGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
24231 CTATTTTAACTAAAAAATATAGGAAGAATTCAACTTAAGATGAATTTTAAGATTTTAAAACCATT
323 CTGTTTTAACTAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
24296 TCAAATGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT
386 T-AAA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-CAAATGAAT
*
24361 TCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
448 TC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * *
24423 GAAACAAATT-AACTAAAAATTAAATATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTT
1 -AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
* * *
24486 TTTGAAGAAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTGATGAATGCTTTTTTC-TCTATGTTT
63 TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTC-ATGTTT
* * ** * *
24550 CTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGCGTTAGCCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
127 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
* * * * *
24615 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAATGACTATAA
192 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * * * * * * ** *
24680 ATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTGTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAA
257 ATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* *** * * * * *
24745 TCTGTTTTAACCAAAATGCAAAAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTTTGATA-TACGAAAACCA
322 TCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCA
* * * *
24809 TTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAACG
384 TTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGAACTTTTCTTCA-AATG
* ** * ** * * * *
24873 AATGTCATTTTCTTCACATTTTTTGACGTAGACATTCAATTAGAGTCCGTTTTAATC-AAAAATA
445 AAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATG
24937 T
508 T
*
24938 AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * *
25002 TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAACCAATCCCTTTTTCTACTTGTTTC
64 TTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * ** *
25066 TTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAGATTTGAAAAAACTTGAACTTAAAATC
128 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAAT-AAAAAAATTGAACTTAAAATC
* * **
25131 AATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAA
192 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * * *** * *
25196 ATGGACTTTTCTTCCAAATAGATGGCTTTTTCTATACA--TTTCCCAAGGCAGGCATTCAATTAT
257 ATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCT-T-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
** * * * * * * * *
25259 GGTATGTTTTAA-TAAAATATGTAAAAAAATT-AAGCTTAAAATTAAATATCATATTATAAAACT
320 AATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
25322 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTGAAGGAATGGGAGAATATAAAT-AGACGTTTCTT-ATTG
383 ATTTAAA--GAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCA--A
** ** * **
25385 ATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATGTTCAATTATAGTCCGCGTTAACAAAAAA
442 ATGAATTC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
25450 TGT
506 TGT
* * * * *
25453 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
25518 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTA-TCAACGAAAGCCATTTTCTTCATATTTCT
65 TGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * *
25582 CAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA--AAAAAATGTAAAAGAAATTAAACTTAAAATT
129 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-ATAAAA-AAATTGAACTTAAAATC
* * * **********
25645 AATTTTGAGATAAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAA
192 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * * * *
25710 ATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTCATTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAG
257 ATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * * *
25775 CCTGTTTTATC-CAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATT
322 TCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
25839 TAAAGAG
386 TAAAGAG
25846 AGTAATAANN
Statistics
Matches: 1993, Mismatches: 385, Indels: 148
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 15 0.01
511 123 0.06
512 75 0.04
513 227 0.11
514 430 0.22
515 702 0.35
516 280 0.14
517 138 0.07
518 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTCCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCAAATGAATTCTTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
Done.