Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_018398488.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1783.0, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 26269 ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.27 Warning! 6583 characters in sequence are not A, C, G, or T Found at i:1315 original size:170 final size:171 Alignment explanation
Indices: 1066--1439 Score: 407 Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171 1056 NNNNNAACTT * * * * * *** 1066 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAGGGCTTTTAAATAAATGGGTGAC 1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTGTAAAGAAATGAAAGAC * * * * 1131 TATAGATGGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTT-TTCTACACGTTTCCCAAGGA-AGGCATTCAA 66 TACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAA-GATAGGAATTCAA * * * 1194 TTATAGTATGTTTTAA-TAAAATATGTAAAAAAATTCAACTAA 130 TTATAATATGTTTTAACTAAAAAAAG-AAAAAAATTCAACTAA * * 1236 AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTCGT-AAGAAATGAAAGA 1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTT-GTAAAGAAATGAAAGA * ** * * * * 1300 CTACAAATAGACTTTTCTTCCTAGTGAATGGCTTCTTTTACATGTTTTCCAAGATAGGAATTCAA 65 CTACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAAGATAGGAATTCAA * * * * 1365 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAAGGAAAAAATTGAACTTA 130 TTATAATATGTTTTAACTAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTAA * * 1407 AAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATGTGAAG 1 AAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTGAAG 1440 TTAGTAATTA Statistics Matches: 167, Mismatches: 32, Indels: 9 0.80 0.15 0.04 Matches are distributed among these distances: 170 83 0.50 171 77 0.46 172 7 0.04 ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.33 Consensus pattern (171 bp): AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTGTAAAGAAATGAAAGAC TACAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATAGCTTCTTCTACACGTTTCCCAAGATAGGAATTCAAT TATAATATGTTTTAACTAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTAA Found at i:1706 original size:172 final size:170 Alignment explanation
Indices: 910--1731 Score: 520 Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170 900 TTAATTTTGG * * * * * * ** 910 GATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGGGATGACTATAAATTAACTT 1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT ** * * * * 975 TTCTTACC-AATGAATGCATT-TTCTTCATGTTTTTCAAGTTAGACATTCAATTATAGTTTGTTT 66 TTCTT-CCAAATGAATGC-TTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT ************** * 1038 TAACCAAAANNNNNNNNNNNNNNAACTT-AAATCAATTATAA 129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA * * * * * * 1079 GATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAGGGCTTTTAAATAAATGGGTGACTATAGATGGACTT 1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT * * * * * * * * 1144 TTCTTCCAAACGAATAGCTT-TTCTACACGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTATGTTTT 66 TTCTTCCAAATGAAT-GCTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT * * * 1208 AA-TAAAATATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGA 130 AACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA * * * * * * * 1249 GATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAGGGCTTCGT-AAGAAATGAAAGACTACAAATAGACT 1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-GTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACT * * * * 1313 TTTCTTCCTAGTGAATGGCTTCTT-TT-ACATGTTTTCCAAGATAGGA-ATTCAATTATAATCTG 65 TTTCTTCCAAATGAAT-GCTTCTTCTTCACAT-TTCT-CAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTG * * * * * 1375 TTTTAACTAAAAAAAG-GAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA 126 TTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA * * ** * * * * ********** 1420 GA-TAGTAAAACCATGTGAAGTTAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGATGNNNNNNNNNNGACT 1 GATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACT * * * * * ** * * 1484 TTTCTAGCC-AATGAATGTGTTTTTCTTAACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTT 65 TTTCT-TCCAAATGAATG-CTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT 1548 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGA 128 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGA * * * * 1592 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACAT 1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT * * * 1657 TTCTTGCC-AATGAATGCCTTCCTT-TTCACATCTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTTTT 66 TTCTT-CCAAATGAATG-CTT-CTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT * 1720 TTAGCCAAAAAT 128 TTAACCAAAAAT 1732 TAANNNNNNN Statistics Matches: 490, Mismatches: 140, Indels: 43 0.73 0.21 0.06 Matches are distributed among these distances: 168 6 0.01 169 111 0.23 170 95 0.19 171 143 0.29 172 124 0.25 173 11 0.02 ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.34 Consensus pattern (170 bp): GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTT TTCTTCCAAATGAATGCTTCTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA Found at i:6225 original size:169 final size:170 Alignment explanation
Indices: 5639--6286 Score: 636 Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170 5629 AGAAACGTTA * * * ** * 5639 AGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT 1 AGAAAAA-ACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT * * * 5704 ACTCACTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TCTATTTTAG 65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAG * * * ** 5768 TTAAAACAGA-TTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGT 130 TTAAAACAAACTT-T-ATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGT ** * * * 5810 AGAAAACGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAT-GGC-TCCTATTTCTT-ACGAAGCCCTA 1 AGAAAA-AACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCA-AAAGCCCTA ** * * * * 5872 TTACTCGA-TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATATTT 63 TTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTT * * ** 5936 CA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGG-AAATGTGT 127 TAGTTAAAACAAACT-TTATTGAATGTCTAACTT-GGAAAATGTGT * * * * * * * 5980 AGAAAAAGCTATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCCTATT 1 AGAAAAAAC-ATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT * * * * * 6045 ACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT-TTTTA- 65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAG * * 6107 TTAAAACAAACTTTACTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGAA 130 TTAAAACAAACTTTATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTG-T * * * * * * 6149 AAAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT 1 AGAAAAA-ACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT * * 6214 ACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCTAT-TTTTA 65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ATATATTTTA 6278 GTTAAAACA 129 GTTAAAACA 6287 GATTATAATT Statistics Matches: 388, Mismatches: 70, Indels: 37 0.78 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 167 2 0.01 168 21 0.05 169 102 0.26 170 160 0.41 171 91 0.23 172 12 0.03 ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (170 bp): AGAAAAAACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTAGT TAAAACAAACTTTATTGAATGTCTAACTTGGAAAATGTGT Found at i:6324 original size:341 final size:340 Alignment explanation
Indices: 5673--6377 Score: 741 Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340 5663 AAAATTTATT * * * * * * 5673 TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG 1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG ** * * * 5738 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCTATTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAA 66 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTAGTTAAAACAAATTGTAACTGAATGTCTAACTTAGAA * * * * * * * 5803 AACATGTAGAAAACGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATGGCTCCTATTTCTTACGAAGC 131 AACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAGGCTCCTATTCCTTACAAAGC * * * * 5868 CCTATTACTCGATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATA 196 CCTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATA ** * * 5933 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAATGTGTAGAAAAAGCTATTCATT- 261 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTA * 5997 TGAAAGAAAAGTCCATC 326 GGAAA-AAAAGTCCA-C * * * * 6014 TATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCCTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG 1 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG * * 6079 A-TTTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTA-TTAAAACAAACTT-T-ACTGAATGTCTAACTTGG 66 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATA-TTTTAGTTAAAACAAA-TTGTAACTGAATGTCTAACTTAG ** * * * * 6139 AAAATGTGAAAAAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCAT-CTATTCCTT-C 129 AAAACATG-AAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTA-AGGC-TCCTATTCCTTAC * * * 6202 AAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT 191 -AAAGCCCTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT * * * * * * * 6266 TT-CCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTG-CTTGTCTT-GTGAAACATGTAGAAAAT 254 TTACATA-TTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTT-CCTTAG-GAAACATGTAGAAAAA 6328 GCCATTAATTAGGAAAAAAAGTCCAC 315 GCCATTAATTAGGAAAAAAAGTCCAC * * 6354 TAATGGTCTCCCATTCTTTCAAAA 1 T-ATAGTCACCCATTCTTTCAAAA 6378 GCCTTATTGC Statistics Matches: 299, Mismatches: 52, Indels: 26 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 338 21 0.07 339 46 0.15 340 99 0.33 341 129 0.43 342 4 0.01 ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40 Consensus pattern (340 bp): TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCCTATTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTAGTTAAAACAAATTGTAACTGAATGTCTAACTTAGAA AACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAGGCTCCTATTCCTTACAAAGC CCTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATA TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTA GGAAAAAAAGTCCAC Found at i:7464 original size:171 final size:166 Alignment explanation
Indices: 7161--7724 Score: 521 Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 166 7151 NNNNNNNNNN * * * * * * * 7161 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCA-TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGAT 1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATATTTCAT * * ** * 7225 TAAAATAGACTCTAATTGAATGTCCACCTTGAG-AAA-TGTAAAGAAAAATGTATTCATTGGCAA 65 TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTCCTTGAGAAAAGTGT-AA-AAAAA-GCATTCATTGG-AA ** 7288 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCACCCCTTCAAAAGCTTTATT 125 GAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT * * * * * * 7331 ACTCACTTCAATTGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTACGTTCAATTTTTTTC-TATTTTTAG 1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATA-TTTCA- ** 7395 TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTAT-CTT-AGAAAATGTGTAAAAAAAGACATTCATTAGGA 64 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TCCTTGAGAAAA-GTGTAAAAAAAG-CATTCATT-GGA * * ** 7458 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTTTAAAGCTTTATT 124 AGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCTTTATT * * ********* 7502 TCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATATTTCAT 1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTACATATTTCAT 7567 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGC-TATCTATTTGGAAG 65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGCAT-TC-A-TTGGAAG * * * * 7631 AAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAATCCTTCTT 126 AAAAGTCTATTTATAGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCTTTATT 7673 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT 1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT 7725 NNNNNNNNNN Statistics Matches: 313, Mismatches: 62, Indels: 38 0.76 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 169 3 0.01 170 51 0.16 171 232 0.74 172 22 0.07 173 5 0.02 ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.40 Consensus pattern (166 bp): ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATATTTCATT AAAACAGACTATAATTGAATGCTTCCTTGAGAAAAGTGTAAAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAG TCTATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT Found at i:10193 original size:168 final size:169 Alignment explanation
Indices: 9758--10196 Score: 482 Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169 9748 NNNAATAGAT ** * * * * 9758 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TGAGAAGCAAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAGA-GTCC 1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-AAAAG-AAAAAGACATTTCTTAGCAAGAA-ATGTCC * 9820 ATTTATAGTCAACCATACCTTCAAATA-TCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA 63 ATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAA-AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA * * * * * 9884 ATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAT 126 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCT-AAAAACAC ** * * * * 9929 TATTGTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAATGTCAATT 1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGACATTTCTTAGCAAGAAATGTCCATT * * * * 9994 TATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTG 66 TATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG ** 10059 ATTTTAAGTTGTA-TTTTTTACATTTTTGGCT-AAAACAC 130 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAACAC * 10097 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAA-AAAAAGACA-TTCATTAGTAAGAAAAT-TCC 1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TAAAAGAAAAAGACATTTC-TTAGCAAG-AAATGTCC * 10159 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC 63 ATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTC 10197 ACTNNNNNNN Statistics Matches: 230, Mismatches: 30, Indels: 19 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 167 3 0.01 168 81 0.35 169 9 0.04 170 27 0.12 171 109 0.47 172 1 0.00 ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38 Consensus pattern (169 bp): TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTAAAAGAAAAAGACATTTCTTAGCAAGAAATGTCCATT TATAGTCACCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAACAC Found at i:11291 original size:171 final size:170 Alignment explanation
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Indices: 11162--11551 Score: 457 Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170 11152 GAGGTATACT * * * * * * 11162 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA 1 TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA * * * 11227 TAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTT 65 TAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT * * * * * 11292 CCAAATGAATGGGTTTTTCTACACGTTTTCTAAGGCAGACA 130 CCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGACA * * 11333 TTCAATTACAGTCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT 1 TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT ** * * 11398 AAAATTATTTAAAGTG-TGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT-AAT-GAACTTTTCT 66 AAAACCATTGAAAGTGAT-TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCT * 11460 TCCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTGAGGCA-AGCA 129 TCCAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGA-CA ** * * * 11502 TTCAATTGTAG-CTTGTTTTAGCAAAACATGTAAAAAACTTTAACTTAAAA 1 TTCAATTACAGTCTT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAA 11552 ACTTCAATTA Statistics Matches: 188, Mismatches: 26, Indels: 11 0.84 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 168 5 0.03 169 73 0.39 170 78 0.41 171 32 0.17 ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35 Consensus pattern (170 bp): TTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT AAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTC CAAATGAATGGCTTTTACAACACATTTCCTAAGGCAGACA Found at i:12798 original size:171 final size:167 Alignment explanation
Indices: 12288--12930 Score: 506 Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 167 12278 NNNNNNNTGC * * 12288 TAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTTTGTTTT-A-AAAA 1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA * * * * ***** 12351 AATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTANNNNN 66 AATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAT ***** 12416 NNNNNT-AAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTT 130 GCTTTTGAAAG-AATG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTT *** * * 12455 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCCCCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT 1 T---AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC- * * * * * * * 12520 AAAACTATGCAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTTTGAGATTATAAGACAATTTAAAGTGAGTAA 62 AAAA-AATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA * * 12585 TAATGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGT 126 TAATGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATG-ACTTTTCTT-T * * * * * 12630 TAATGAATACTTTTTTCTTCGTGTTTCTCGAGGTATATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA 1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA * * * 12695 AATGTAAAATAATTCAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAT 66 AATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAT * * * 12760 GGTTTTGAAAGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCC 130 GCTTTTGAAAGAATG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-T * ** ********** * * 12801 AAATGAATGGGTNNNNNNNNNNGTTTC-CTAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA 1 TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTT-A-ACA * * * * * * 12865 AAAAATTTAAAAAATTTAACCTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAACGAGAAAT 63 AAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAAT 12929 AA 127 AA 12931 GATTTTTAAA Statistics Matches: 376, Mismatches: 81, Indels: 33 0.77 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 167 1 0.00 170 59 0.16 171 122 0.32 172 99 0.26 173 81 0.22 174 12 0.03 175 2 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.35 Consensus pattern (167 bp): TAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA AATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATG CTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGACTTTTCTTT Found at i:14047 original size:202 final size:201 Alignment explanation
Indices: 13672--14052 Score: 478 Period size: 202 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201 13662 AATGAGAGAC * * * 13672 TATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACATGTTTCTCAAGACAAGTATTCAAT 1 TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAAT * * * * * * * 13737 TATAGTCTGTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAA 66 TACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACAAAA * 13802 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT 131 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT 13867 GGTGAT 196 GGTGAT * * ** * * ** 13873 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAA 1 TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAG-CATTCAA * * 13937 TTACAATCTG-CTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTTTGAGATAATA 65 TTACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGT--AAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACA ** * ** * 14001 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGACTATAAAT 128 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAAT 14053 GGACTTTTCT Statistics Matches: 150, Mismatches: 27, Indels: 5 0.82 0.15 0.03 Matches are distributed among these distances: 200 16 0.11 201 58 0.39 202 76 0.51 ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36 Consensus pattern (201 bp): TATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTCTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAAT TACAATCTGTCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATAACAAAA CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGCTTTTGAAGCAATT GGTGAT Found at i:14550 original size:172 final size:172 Alignment explanation
Indices: 13852--14939 Score: 1003 Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 172 13842 ACTATAAATA * * * * * ** * * 13852 GCTTTTGAAGCAATTGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACGT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT * * * * * 13917 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGCTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTAA 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTA * * * 13981 AAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG 129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG ** * 14025 GCTTTTGAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTAC 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCTCT-C * * * * 14088 CTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTT 64 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT *** 14152 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AG 128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG * * * * * 14195 GCTATTAAAGGAATGGGAGACTATAAACGGAC-TTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTT-CTACAT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCCT-C-T * * * * *** * * 14257 -GTTT-TCCAAGG-AAAGCATTTAATTATAGTCTGTTCCGA-TAAAAAATGCAAAACAATTCAAC 63 CGTTTCT-CGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC * * * 14318 TTAAAATCAATTATGAGATTACT-AAATCATTTAAAACGAGTGATAAG 126 TTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG * * * * 14365 GTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCTCCT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT * * * ** 14430 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATGT-AATGAATTCAA-TTCA 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTT-A * * 14493 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAG 129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG * * * * * * * ** ** 14537 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTTTTGCTAATGAATGCCTCTTTATTCAGGT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT * * * * * 14602 TTCTTGAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAAATATAAAAAAACTTCAACCT 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTT * ** * 14666 AAAGTCAATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAATGAGTAATAAC 128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG ** * * ** * 14711 ATTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-G 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTC-TCG * * * * 14775 TTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAACTGTATAAAGAATTCAACTTA 65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA * * ** * 14839 AAATGAATTTTGAGATTA-AAAACCATTTAATGTGTGTAATAAG 129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG * * * * 14882 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGCTTTTTC 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTC 14940 TACACGTTTT Statistics Matches: 744, Mismatches: 140, Indels: 64 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 168 19 0.03 169 89 0.12 170 60 0.08 171 152 0.20 172 191 0.26 173 104 0.14 174 127 0.17 175 2 0.00 ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36 Consensus pattern (172 bp): GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCGT TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG Found at i:14746 original size:346 final size:344 Alignment explanation
Indices: 13852--14954 Score: 1142 Period size: 346 Copynumber: 3.2 Consensus size: 344 13842 ACTATAAATA * * * * ** 13852 GCTTTTGAAGCAATTGGTGATTATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACG 1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGA-AATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACG * * * * ** * 13916 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAA-CTA 65 TTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACCT- * * * * * * ** 13980 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGA 128 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGA * * 14045 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTACCTTTCTTGAGGTAAACATTC 193 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCTCT-CCTTTCTTGAGGTAGACATTC * * * 14108 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATGTAAAAAAAATTGAACTT-AAATCAATTATGAGATTA 256 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGT--AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA ** 14170 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AG 319 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG * * * * * * * * * * * 14195 GCTATTAAAGGAATGGGAGACTATAAAC-G-GACTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATG 1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAT-AACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACG * *** * * * 14258 TTT-TCCAAGG-AAAGCATTTAATTATAGTCTGTTCCGAT--AAAAAATGCAAAACAATTCAACT 65 TTTCT-CAAGGTAAA-CATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACC * * * * 14319 TAAAATCAATTATGAGATTACTAAATCATTTAAAACGAGTGATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTG 127 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTG * 14384 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCA 192 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCA * * 14449 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATGTAATGAATTCAA-TTCAAAATCAATTTTGAGATTATA 257 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATA * * 14513 AAACAATTTAAAATGAGTAATAAG 321 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG * * * * 14537 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTTTTGCTAATGAATGCCTCTTTATTCAGGT 1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT ** * 14602 TTCTTGAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATATAAAAAAACTTCAACCTA 66 TTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATA-AAAAAAA-TTCAACCTA * * ** 14667 AAGTCAATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAATGAGTAATAACATTTTTAAAGGAATGGGTGAC 129 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGAC * ** * * * * 14732 TATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGAGGTGGACATTCAA 194 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTC-TCCTTTCTTGAGGTAGACATTCAA * * * * 14796 TTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTATAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTA-AAA 258 TTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA * * 14860 ACCATTTAATGTGTGTAATAAG 323 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAG * * * * * * * * * * 14882 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGCTTTTTCTACACGT 1 GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT * 14947 TTTTCAAG 66 TTCTCAAG 14955 ACATGCATTT Statistics Matches: 617, Mismatches: 121, Indels: 42 0.79 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 339 2 0.00 340 153 0.25 341 47 0.08 342 77 0.12 343 68 0.11 344 5 0.01 345 90 0.15 346 172 0.28 347 3 0.00 ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37 Consensus pattern (344 bp): GCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAACTGAAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT TTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAA ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTA TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCTCCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA TAATCTGTTTTAACTAAAACTATGTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC ATTTAAAGTGAGTAATAAG Found at i:15961 original size:171 final size:170 Alignment explanation
Indices: 15593--16773 Score: 536 Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170 15583 ACTATAAATA * * * * * * 15593 GCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTTTTTATGT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT * * 15657 TTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAA 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA ** * * * 15722 AAAAATATGATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATATG 130 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG * * * ** * 15763 ACTTTTGTAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTTTTGCTGTTGAATGCTTTTTTCTTCATAT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT ** 15828 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA ********** * 15893 TCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAG 130 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG * * * * * ** * ** * 15934 GCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATTGCCTTTTCTACCTAATAAATGCCATTTTCTTCACGT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT * * * * * * 15999 TTCTC-ACTGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAACCAGAATGTAAAAAATATTGAACTTAAA 66 TTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAA * * * * * * 16063 ATCAATTTTTAGATAAGAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG 129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG ********** * * * * * ** 16105 GNNNNNNNNNNAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTCCCAATGAATAGC--ATTTCTTCACA 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATG * ********************* 16168 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA ****** * * * 16233 NNNNNNTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG 129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG * * * * 16275 GCTTTTGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGGACTTTTC-T--TATTG-ATGATTTTTT-TTCATG 1 GCTTTTGAAGGAATGGGT-GAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATG * * * * * * * * * * 16334 GTTCTTGAGGTAGATATGCAATTATAATCTATTTTAACTAAAACTATATAAAAATTCAACTTAAA 65 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA * * * * 16399 ATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAG 129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG * *********** * ** * * 16441 GCTTTTGAAAGAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTCTTGCCAACCAATGCCTTTTTCTTCATAT 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT * * * * * * * 16506 TTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAACTTAAAAT-TAAAAAAAATTGAACTTAAA 66 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAA * ********** * * 16570 ATCAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAG 129 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG * * ** * * * * * 16612 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATAGGCTTTTCTTCCAAAT-AGATAGCATTCTTT-TACA 1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGA-AT-GC-TTTTTTCTTCA * * * * * * * * 16675 TGTTTCCCAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGAAATATGTAAAAAAATTCAACTT 63 TGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT * * 16739 AAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC 126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC 16774 NNNNNNNNNN Statistics Matches: 712, Mismatches: 276, Indels: 44 0.69 0.27 0.04 Matches are distributed among these distances: 165 1 0.00 166 100 0.14 167 7 0.01 169 2 0.00 170 159 0.22 171 364 0.51 172 74 0.10 173 5 0.01 ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.35 Consensus pattern (170 bp): GCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAG Found at i:20390 original size:170 final size:169 Alignment explanation
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Indices: 20088--21581 Score: 1493 Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342 20078 NNNNNNNNNN * * * 20088 TTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCCGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTA 1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA * * * * 20152 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATAAGGGTTTTGGAA-GAATGTGAG 65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGTG * ** * * * * * 20215 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGGTTTTTGTACATGTTTC-CTAAGGCAGGCATT 127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATT * * * * * * 20278 CAATTACAGTCT-TCTTTAATAAAAAATAT-GAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATCAT 190 CAATTATAGTCTGT-TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAAT * * * * 20341 AAAACCATTTAAATTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC 254 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC ** * 20406 TAAATGAATGGCTTTTT-TTGC-AT 319 CCAATGAATGCCTTTTTCTT-CAAT * * * * * * 20429 GTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAG-CTTGGTTT-AGTGAAAAATATAAAAAACTTCAACTT 1 -TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT * * 20492 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA 64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA * * * * * * * * 20557 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATCAATGTCTTTTT-TTGAACATTTCTCGAGGTAGATATTCA 128 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATATTTCTCAAGGTAGACATTCA ** * * * * 20621 ATTATTA-TCTGTTTTAACTAAATATTTTTTAAAAAAATTGAACTTAGAATGAATTTTGAGATAA 192 ATTA-TAGTCTGTTTTAAC-AAA-A-AATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAA * * * * * * 20685 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTT 253 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT * * ** 20750 CCCAATAAATCCCTTTTTCTTCACC 318 CCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAT * * * * * 20775 TTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAATATAGAAAGAATTCAACTT 1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAATATA-AAAAAATTCAACTT * * * * * * * * 20840 AAGATCATTTTTAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGA 64 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA * * * * 20905 CTGTAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAA 128 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAA * * * * * * * * 20970 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAAATATCACATTATAAAA 193 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAA * * * * * ** 21035 CTATTTAAAACGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTGA 258 CCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAA ** 21100 TGAAT-ATTGTTTTC-TCAAT 323 TGAATGCCT-TTTTCTTCAAT ** * 21119 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCGTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA 1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA * 21183 TATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT 66 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT * * 21248 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATT 130 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT * * * * * 21313 ATAATCTGTTTAAACAAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGATAAGAAAAC 195 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAA-TATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC * * * * * * 21377 CA-TTAAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTTTTTTCCCAA 259 CATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAA * 21441 TGAATGCCATTTTCTTCACA- 323 TGAATGCCTTTTTCTTCA-AT ** * * ** * 21461 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAA--ACAAAAATGCAAAATAATTCAACTTA 1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA * * * * 21524 AAATCAA-TATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATG 65 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG 21582 GGTAGACATG Statistics Matches: 941, Mismatches: 180, Indels: 63 0.79 0.15 0.05 Matches are distributed among these distances: 340 11 0.01 341 408 0.43 342 109 0.12 343 2 0.00 344 39 0.04 345 216 0.23 346 5 0.01 347 13 0.01 348 136 0.14 349 2 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36 Consensus pattern (342 bp): TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA AATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCA TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGA ATGCCTTTTTCTTCAAT Found at i:21827 original size:284 final size:284 Alignment explanation
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TA-TTTCTCAATGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACTA 131 TATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA * * * * * * 24070 AAAATTTTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA 1 AAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA * * * * * * 24135 TAAGCCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTTC 65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC * ** * * * * 24200 AT-TTTTTTTGAGGTAGAAATTTAATTATAATCTATTTTAACTA 130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TA * * * * * * * * * * 24243 AAAAATATAGGAAGAATTCAACTTAAGATGAATTTTAAGATTTTAAAACCATTTCAAA-TGAGTG 1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTA * * * 24307 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-TCTTTTTTCT 64 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTC-TTTTTCT ** * 24371 TCA-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA 128 TCATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA * * * * * * * 24415 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AAAAATGTAAAAGAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATAAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAA 1 AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA * ********** * * 25680 TAAGACTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTCATTTTCTTC 65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTC ** * * * 25745 ATA-TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTT-ATCC 130 ATATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-A * * * * * * 25787 AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT 1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT 25852 AA 66 AA 25854 NNNNNNNNNN Statistics Matches: 2257, Mismatches: 469, Indels: 167 0.78 0.16 0.06 Matches are distributed among these distances: 169 19 0.01 170 425 0.19 171 934 0.41 172 471 0.21 173 393 0.17 174 15 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36 Consensus pattern (172 bp): AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTTCA 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