Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398501.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1796.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10182
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 2437 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3194 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2899--3918 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
2889 TGTTTTCACG
* * * *
2899 TTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTCCTACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAATCTAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT-CTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * ********** *
2963 AATCAATTATTAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
3028 ATAAAT-TAGTTTTTCCTACCAATAAATA-TCTTTTTCTTCATG
130 ATAAATGGA-CTTTTCATACCAATGAATACT-TTTTTCTTCATA
*
3070 GTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
* * * * *
3135 ATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
* *
3200 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCATA
131 TAAATGGACTTTTCATACCAATGAATACTTTTTTCTTCATA
* * * * * ** * **
3241 TTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTAA
* *********** *
3306 AATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT
* * *
3371 ATAAATGGACTTTTCATCCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACA
130 ATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATACTTTTTTCTTCATA
* * * * * *
3413 TTTCTCGAGGTAGAA-ATTTAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTA
1 TTTCTCAAGGTA-AACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
* * * ********** ** ** *
3477 AAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
* * * ** * ** *
3542 TATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGC-TTTTGATTCACA
129 TATAAATGGACTTTTCATACCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATA
* * * * * * ** * *
3585 TTCCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-AGCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC-TGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* ***********************
3649 AATCAATTTTGAGATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGAC
* * * *
3713 TATGAAGGGACTTTTCTTACCAATGAATA-TCATTTTCTTCACT-
129 TATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATACT-TTTTTCTTCA-TA
* * * * ** * *
3756 TTTCCCAAGGTCAACATTCAATTATAAACTATTCTAAGCAAAAATATCAAAAAATTCAACCTAAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
* * * * * * *
3821 AGCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTTATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
* * *
3886 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
131 TAAATGGACTTTTCATACCAATGAATACTTTTT
3919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 192, Indels: 32
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 379 0.59
172 243 0.38
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCATACCAATGAATACTTTTTTCTTCATA
Found at i:3378 original size:172 final size:162
Alignment explanation
Indices: 3158--3485 Score: 399
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
3148 TTATAAAATC
* * * * *
3158 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATG
* * *
3223 AATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAAT-TTATTTTAAC-CAAAAAT
66 AATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTT-TTTTAACTAAAAAAT
3286 GTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNT
130 GTACAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG----------T
* *
3330 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATCCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATG
* * *
3395 AATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGAAATTTAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAATG
66 AATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAATG
* *
3460 TAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
131 TACAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
3486 ATTAGTTTAC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 15, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
172 125 0.90
173 14 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATG
AATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAATG
TACAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGT
Found at i:4609 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4059--5510 Score: 1345
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
4049 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
4059 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATGTACTTTTCTTACC
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
* * * * * * * * *
4124 AATAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAATGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAA
66 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
** * * * *
4189 ACATCAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTTTAAGATTATAA
131 ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
4230 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGAAT-AGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGC
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
4294 TAATGAATACTTTTTTTTTCACAT-TTTC-CAAGG-ATGGCATTTAATTTTAATCTATTCTAACC
65 TAATGAATGCATTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * *
4356 AAAAATATAAACAAATTTAACCTAAAACCAATTATCATATTATAA
127 AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
4401 AACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCT
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
* * *
4466 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
66 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
4531 ATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAA
131 ATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
4573 AACCATTTGAATTGATTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATACATAGACTTTTCTTGCC
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
* * * * * **
4638 AATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACATATTCAATTATAAGATGTTTTAACCAAAA
66 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * *
4703 AGTGTACAAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTGTGGTTATAA
131 A-TGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
4746 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTAATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCATT-
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TTG
* * *
4809 CCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC
64 CTAATGAATG-CATTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
4872 AAAATTGTAAAAAAGTTTGAACTTAAATTCAATTTTGAGATTATAA
127 AAAAATGTAAAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
4918 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTT-CA
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
* * * * * * *
4982 CAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGGTAGACATTGAACTATAAACT-TGTTTAACCAA
65 TAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAA
* * * * * * *
5046 TAACGTAAAAAAATTGAACTGAATATCAATTTTGAGATAATAA
129 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
5089 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATAGACCTTTCTTGCT
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
* * * *
5154 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTTTGTTTTAACCAAAA
66 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
*
5219 ATGTAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGACATTATAA
131 ATGTAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * ** * *
5259 AACCATTTAAAGCAAATAATAGGGCTTTTGAAGGTGTAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTG-T
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
** * * * *
5323 CAATGAATATATTTTTCTTCACAT-TTTC-CAGGGTAAACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCA
66 -AATGAATGCATTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
5386 AAAAT-AAAAAATATTCAACCTAAAACCAATTATTAGATTATAA
128 AAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
5429 AACCATTTATAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-CT
1 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
5493 TAATGAATAGC-TTTTTCT
65 TAATGAAT-GCATTTTTCT
5511 GCACATTTTC
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 186, Indels: 71
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 227 0.21
171 385 0.36
172 284 0.27
173 150 0.14
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
Found at i:8883 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8552--9843 Score: 1215
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
8542 NNNNNNNNNN
* * * * *
8552 CATTGGCAAGAAAAG-CCGATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACATTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** * * * * *
8616 TGCCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAGAACAGAAT
65 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTGTATATTTTTTA-TTAAAACAGATT
* ** * * * * * *
8680 ACAATTGTTTGTCTGCCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
128 ATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
** * * * * *
8723 CATTAACAAAAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
8788 GGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATT-AAACAGATTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
* ** *
8852 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAA-AGCATT
129 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGA-TATT
* * *
8894 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * ** * *
8959 GGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATTTTT-TGATGTTTTTGGTTAAAATAGTTTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTGT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTA
* **
9023 TAATTGAATGTTTATCTTGGGAAACGTGCAA-AAAAAGATATT
129 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATG-AAGAAAAAGATATT
* * * * *
9065 CATTGGTAAGAAAAGACCCTTCATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* ** * * *
9129 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAAAGC
65 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTGAA-TTTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGA-T
* * * * ** **
9193 TATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGAATGTGAAGCAAAAGCCAAC
127 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
* * * * ** ** * ***
9237 CATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGGTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
9302 GGTTTTGTAAACT-AATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAATTAAAACAGATTA
66 GGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTT-AGTTGAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * *** * *
9366 TAATTAAATGTTTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-AGCATT
129 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGA-TATT
* * * *
9408 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
9473 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTGAATT-TTTGTATATTTTTTA-TTAAAACAGATT
* * * *
9537 ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAATATATT
128 ATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
** * * * *
9580 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTTAAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
9645 TGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATAGA-TA
65 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
**
9709 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGATATT
129 TAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
* * * * * *
9751 TATTGGCAAGAAAA-ACTAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTCAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
9815 TGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
65 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG
9844 ATTAAATTGT
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 173, Indels: 54
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 62 0.07
171 544 0.59
172 244 0.26
173 70 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
Found at i:9369 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 8552--9866 Score: 1317
Period size: 343 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
8542 NNNNNNNNNN
* * * * *
8552 CATTGGCAAGAAAAG-CCGATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCACATTAA
1 CATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATT-CTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * * * * * *
8615 ATGCCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGAAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATT
* ** * * * * * * ** * * *
8680 ACAATTGTTTGTCTGCCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAAAAAAGTCTATTT
128 ATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTT
* * * * *
8745 ATTGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGA
192 ATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * *
8810 TTTTAGTTTGAATTCTTTGTATATTTTTTA-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
256 TTTTAGATTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
8873 AAATATGAAGAAAAAAGCATT
320 AAATATGAAG-AAAAAGCATT
* * * *
8894 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * ** *
8959 GGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAAAATAGTTTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAATTAAAATAGATTAT
* * * *
9024 AATTGAATGTTTATCTTGGGAAACGTGCAAAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGACCCTTCAT
130 AATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTG-AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTAT
9089 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
194 AGTCACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * * * *
9154 TTA-AGTTGAAGTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAAAGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGG
258 TTAGA-TTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * **
9216 GAATGTGAAGCAAAAGCCAAC
320 AAATATGAAGAAAAAG-CATT
* * ** * ** * * *
9237 CATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGGTTTAAAT
1 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
9302 GGTTTTGTAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAATTAAAACAGATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTT-TATATTTTTAATTAAAATAGATTAT
* * *** * * *
9367 AATTAAATGTTTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
130 AATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTA
* * * * *
9431 TAGTCACTCATCCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
193 TAGTCACCCAT-TCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
*
9496 TTTA-ATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGA
257 TTTAGA-TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
**
9560 AATATGAAGAAAAATATATT
321 AATATGAAGAAAAA-GCATT
* *
9580 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTTCTTTAAAAATCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-TTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
9644 ATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATAGA-T
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATT
* * * *
9708 ATAATTGAATGTTTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAA-ACTAATT
128 ATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGAC-CATT
* * * *
9772 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-ATTCAATGGCTTTATAATCTCATAATT
191 TATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTA-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* *
9836 GATTTTAGATTAAATTGTTT-TACATTTTTAG
254 GATTTTAGATTGAATTCTTTGTACATTTTTAG
9867 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 155, Indels: 52
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 22 0.03
342 232 0.29
343 433 0.55
344 95 0.12
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATA
ATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAG
TCACCCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
GATTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATAT
GAAGAAAAAGCATT
Found at i:9775 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8559--9865 Score: 1455
Period size: 514 Copynumber: 2.5 Consensus size: 509
8549 NNNCATTGGC
* * * **
8559 AAGAAAAGCCGATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGCCTTT
1 AAGAAAAGCC-ATTTATAGTCATC-CATTTCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
8623 ATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAGAACAGAATACAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAGAAAAG-ATATAATTG
** * * * * ** *
8687 TTTGTCTGCCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAA-AAAAAGTCTATTTATTGTC
127 AATGTTTG-CCTTGGGAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAA--CTATTTATAGTC
* * * *
8751 ACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAG
189 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAAACTCAAAATTAATTTTAG
* * * *
8816 TTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGA
254 TTTGAATTCTTTCTATATTTTTAATTAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGA
* *
8881 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATA
319 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATA
* * * * ** *
8946 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGT
384 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGACATTTTTAGT
* * * * * * * *
9011 TAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAACGTGCAAAAAAAGATATTCATTGGT
449 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGATATTCATTGAT
* * * * *
9072 AAGAAAAGACCCTTCATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCATCCATTTCTTT-AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * ** * *
9136 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAAGCTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT--AGAAAAGATATAATTG
** * ** ** * * *
9201 AATGTTTGCCTTGGGGAATGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCA
127 AATGTTTGCCTT-GGGAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA-ACTATTTATAGTCA
* ** * * * *
9266 CTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACT-TGGTTTAAATGGTTTTGTAAACT-AATAATTAATTTTA
190 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTCTAAACTCAA-AATTAATTTT-
* * *
9329 AG-TTGAATT-TTTCTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTAGCTCAAGAAATG
252 AGTTTGAATTCTTTCTATATTTTTAATT-AAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATA
*
9392 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTTAAAAGCCTT
316 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTT
* * *
9457 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTT
381 ATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTG-ACATTTT
* *
9522 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATATG-AAGAAAAATATATTCATTGA
445 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGCAA-AAAAAGATATTCATTGA
9586 T
509 T
*
9587 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTTAAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCATCCATTTCTTTAAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
9652 ATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATAGATATAATTGAA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAGAAAAGATATAATTGAA
* *
9717 TGTTTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAACTAATTTATAGTCACC
129 TGTTTGCCTTGGGAA-CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAACT-ATTTATAGTCACC
* * * * * * * * *
9782 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATT
192 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAAACTCAAAATTAATTTTAGTTT
* * *
9847 AAATTGTTT-TACATTTTTA
257 GAATTCTTTCTATATTTTTA
9866 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 124, Indels: 45
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 4 0.01
513 110 0.17
514 366 0.57
515 97 0.15
516 70 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
AAGAAAAGCCATTTATAGTCATCCATTTCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAGAAAAGATATAATTGAATG
TTTGCCTTGGGAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAACTATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAAACTCAAAATTAATTTTAGTTTGAAT
TCTTTCTATATTTTTAATTAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGACATTTTTAGTTAAAACA
GATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGATATTCATTGAT
Done.