Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397378.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_144.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 10087 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:9659 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9352--10802 Score: 1298
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9342 NNNNNNNNNG
* ** *
9352 TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTC-TAGCCAAT
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* * * * **********
9415 GAATAGCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTNNNNNNNNNNG
63 GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
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128 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* *
9523 TTTGAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * ** *
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65 ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-
* * * *
9653 AAAAAATTCAACTTAAACTCAACTATTAGATCAGAAAACCA
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* * * *
9694 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
** * ** ** ** * * * * *
9759 AGGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTGGGTAATCATTTTTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTA
65 ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-
* * *
9823 AAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTACGAGATTATAAAACCA
129 AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* ** * * * *
9864 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTC-TAGTCAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATG
* * * * * *
9928 AATGGCTTTTTCTTCATACTTCTT-ATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATG
64 AATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* *
9992 TAAAAACATTGAACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAAAACCA
128 TAAAAA-ATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* *
10035 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGTAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-AAT-GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAAT
* * * * * *
10098 GAAT-GACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAAC
63 GAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * *
10162 ATAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTACGAGATTACAAAACCA
127 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* * * * * * * * * *
10205 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATATATGGAATTTTC-TAGACAATA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATG
* * * **
10269 AAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAAT
64 AATAG-CTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
10332 ATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCG
127 GTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* * * *
10376 TTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TAGCCATT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAAGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAAT
* * * * * * * *
10439 TAAGAGCTTTTTCCTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTGTAACAAAAAATG
63 GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
*
10504 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAGAAAACCA
128 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* ** * *
10547 TTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* ** ** * **
10612 AT-GCCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGATAGATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 ATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
10676 CAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTAAAAAATCA
129 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
* * * *
10718 CTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* *
10783 A-GGACTTTTTCTTCACGTTT
65 ATAG-CTTTTTCTTCATGTTT
10803 CCCAAGGTAA
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 203, Indels: 66
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 286 0.27
171 733 0.70
172 21 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
TAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCA
Found at i:9983 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 9352--10858 Score: 1509
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
9342 NNNNNNNNNG
* * * *
9352 TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTC-TAGCCAAT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTA-CCAAT
* * * * * * * **********
9415 GAA-TAGCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTNNNNNNNNNN
64 GAAGGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
9479 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTGAAGTAAGTAATAAGGCT
128 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-
* * *
9544 TTTAAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATACCTTTTTCTTAATGTTT
192 TTTCAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTC
* * *
9608 TTCAAGACAGACATTTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAA-ATTCAACTTAAACT
256 TT-AAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAACATTCAACTTAAACT
* * * *
9672 CAACTATTAGATCAGAAAACCA
319 CAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
9694 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* * ** * *
9759 AGGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTGGGTAATCATTTTTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTA
66 AGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA
* *
9823 AAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
131 AAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTACGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
9887 CGAAAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATACTTCTT
195 C-AAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAAT-GTTCTT
* ** * * * *
9952 ATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAACATTGAACTTAAAAGT-AA
258 AAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTT-AAACTCAA
10016 TTATGAGATTATAAAACCA
322 TTATGAGATTATAAAACCA
* * *
10035 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGTAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAG-AATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAAT
* * * * * **
10098 GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAACA
64 GAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
10163 T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
129 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * *
10227 TCAAAGGCATGGGTGACTATATATGGAATTTTCTAGACAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT
194 TCAAA-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATG-TTCT
* * ** ** * *
10292 TAAGGCAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
257 TAAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAACTCAA
*
10357 TTATGAGATTATAAAACCG
322 TTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
10376 TTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TAGCCATT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT-GAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAAT
* * * ** * * * * * *
10439 TAA-GAGCTTTTTCCTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTGTAACAAAAAAT
64 GAAGGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
10503 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAGAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCT
128 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* *
10568 TTTAAAGGAAT-GGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT
193 TTCAAA-GAATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATG-TT
* * ** * * *
10632 TTTGAGATAGATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAA-ATTCAACTTAAACT
255 CTTAAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAACATTCAACTTAAACT
* *
10696 CAATTATGAGATTAAAAAATCA
319 CAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
10718 CTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * *
10783 AGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAATAATTATTTTTAATTTGTTTTGACCAAATATGT-
66 AGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA
10847 AAAAAATTTAAC
131 AAAAAATTTAAC
10859 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 184, Indels: 55
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 34 0.04
341 524 0.55
342 376 0.39
343 20 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
AGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
AAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTCTTAAG
GCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAACTCAATTAT
GAGATTATAAAACCA
Found at i:10331 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 9360--10809 Score: 1700
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
9350 NGTTTAAAAT
*
9360 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTAGCCAATGAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGCCAATGAATGGCTT
* * **********
9424 TTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTNNNNNNNNNNGTAAAAAAAT
65 TTTCCTCAT-CTTCT-TAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
*
9489 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTGAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAA
* *
9554 TAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGACAG
192 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGACAG
* * *
9618 ACATTTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAACTATTAGA
256 ACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGA
* * ** *
9683 TCAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
321 TTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * *** * * *
9748 CTTATCAATGAAGGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTGGGTAATCATTTTTAATTTGTTTTAA
386 CTTAACAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGAACGT-ATCAATTATAATATGTTTTAA
* *
9812 CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
450 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
9872 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTT
* * * * ** *
9936 TTTCTTCATACTTCTTATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAACAT
65 TTTCCTCAT-CTTCTTA-GGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
10001 TGAACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTA
128 TCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAG-A
* * * *
10065 ATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCA
191 ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGACA
* *** * * * * * *
10129 GACAATCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTACGAG
255 GACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAG
* * * * * * * *
10193 ATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATATATGGAATTT
320 ATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * **
10258 TC-TAGACAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACGT-TCAATTATAATATGTTT
385 TCTTA-ACAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGG--AACGTATCAATTATAATATGTTT
* * * * *
10321 TAATTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGT
447 TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
10384 GAGTAATAAGGTTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCATTTAA-GAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-GCTT
* * *
10448 TTTCCTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTGTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
65 TTTCCTCATCTTCTT--AGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
10513 TCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAGAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAA
* * ** *
10578 TGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGATAGA
192 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGACAGA
* *
10643 TATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGAT
257 CATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGAT
* * * *
10708 TAAAAAATCACTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAA-GAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTT
322 TAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
*
10772 CTTACCAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGG
386 CTTAACAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGG
10810 TAAATAATTA
Statistics
Matches: 774, Mismatches: 142, Indels: 43
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 103 0.13
512 550 0.71
513 109 0.14
514 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTT
TTCCTCATCTTCTTAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGGG
TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGACAGACATT
CAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTAAA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAA
CAATGAAGGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGAACGTATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:12033 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11996--12035 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
11986 AAATGAGTGA
11996 CTATAAATAGACTTTTCTTGC
1 CTATAAATAGACTTTTCTTGC
*
12017 CTATGAAT-GACTCTTTCTT
1 CTATAAATAGACT-TTTCTT
12036 CACGTTTTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.24
21 13 0.76
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTGC
Found at i:14353 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14324--14363 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
14314 AAATGAGTGA
14324 CTATAAATGGACT-TTTCTTGC
1 CTATAAAT-GACTCTTTCTTGC
*
14345 CTATGAATGACTCTTTCTT
1 CTATAAATGACTCTTTCTT
14364 CACGTTTTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.24
21 13 0.76
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
CTATAAATGACTCTTTCTTGC
Found at i:16732 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16432--17545 Score: 711
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 169
16422 NNNNNCTTGG
** * * * *
16432 GAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * * * * * * *
16497 AACCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTGATGTAGAAGTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
16562 ATTTTTGGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTACCATAA
131 ATTTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTACC-TAA
** * * * *
16603 GAAATGTGAAGAAAAAAG-AATTCGTTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCGTTTAA
1 GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
** * *
16667 AAGCCTTATTACTCACTCAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
16732 CATTTTT-GATTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
130 CATTTTTAG-TTAAAAC-AATTATAATTGAATGTTTACCTAA
* **
16773 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCG
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT--
* * * * *** * *
16837 AAAGAAAAGCCAT-TTA--AAGCTTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATCTCGTAATTAT
62 ---TAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTA--AATGGTTTTATAA---TCTCATAAT-T-G--A----
* *** ** **
16898 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTA-AAAAAAATTGTTGGCCTTGG
110 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-CAATTATAATTGAA-TGTTTACC-TAA
* * * * * * **
16960 GAAACGTGAAG-AAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACTTATTCCTTTAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * * * *
17024 AGCTTTATTACACACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTG-ATTTTTTTGA
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-A
* *
17088 CATTTTT-GATT-AAACAAGCTATAATTGAATGTCTGT-CTCGAA
130 CATTTTTAG-TTAAAACAA-TTATAATTGAATGT-T-TAC-CTAA
* ** * * * * * *
17130 -AAACATTAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATCTATAGTCACCCATTTCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * * *
17194 AGACTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTAC
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
17258 ATTTTTAGTGAAAACATATTATGATTGAATGTCTACCTCTA
131 ATTTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTACCT-AA
* * * ** * *
17299 GAAACATGAGGAAAAAGCTATTCA-TCGACTGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* ** * * *
17362 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTAAATCTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT
* * *** * **
17427 ACTTTTTTAGCTAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTA-CTTT
129 ACATTTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTACCTAA
* * * * * * *
17468 GAAAAACGTAGAAAAAGCTATTCATAT-GTAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCACTCATTCCTTCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTT-T
17531 AAAAGCCTTATTACT
63 AAAAGCCTTATTACT
17546 TGCTTNNNNN
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 163, Indels: 114
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187 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAATTATAATTGAATGTTTACCTAA
Found at i:17398 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16986--17545 Score: 475
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
16976 CCTTTCATTG
* * ** * *
16986 GCAAGAAAAAT-CTATTTATAGCCACTTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACACACTTTAAATAGTT
1 GCAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
17050 TTCTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGATTTTTTTGACATTTTTGATTAAACAAGCTATAATTG
66 TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGACATTTTTGATAAAACAAGCTATAATTG
** * *
17115 AATGTCTGTCTCGAAAAACATTAAGAAAAAATCATTCATTA
131 AATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATGA
* * * * * * *
17156 GCAAGAGAAGTCC-ATCTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTTACTTTAAATGGTT
1 GCAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* *
17220 TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-ACATTTTT-AGTGAAAACATA-TTATGA
66 TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGACATTTTTGA-T-AAAACA-AGCTATAA
* * * *
17282 TTGAATGTCTACCTCTAGAAACATG-AGGAAAAAGCTATTCATCGA
128 TTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCAT-GA
* * * * *
17327 -C-TGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
1 GCAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * * * * * *
17389 TTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTAAATCTTTTTTACTTTTTTAGCTAAAACAGGCAATAAT
66 TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTGACATTTTT-GATAAAACAAGCTATAAT
* * * *
17454 TGAATGTCTACTTTGAAAAAC--GTAG-AAAAAGCTATTCAT-A
129 TGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATGA
* * *
17494 TGTAAGAAAAGTCC-ATTTAT-GATCACTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACT
1 -GCAAGAAAAGTCCTATTTATAG-TCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACT
17546 TGCTTNNNNN
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 60, Indels: 37
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.01
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGACATTTTTGATAAAACAAGCTATAATTG
AATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATGA
Found at i:18045 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17655--20961 Score: 2474
Period size: 171 Copynumber: 19.3 Consensus size: 170
17645 NNNNNNTTCA
* * * * * * * *
17655 AAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTAGACAATAAATGACTTTTTCTACATGTTTCTCT-
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TG
** * * * * *********
17719 AGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAATATTCAACTTANNNNNNNNN
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* ** * *
17784 NTGAGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAAGC--TTC
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * * *
17824 GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATAGCCTTTTCCTCATGTTTTTTG
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * *
17889 AGGTAGATATTTAATTGTAATATGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * **
17954 TATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTC
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * *
17997 AAGAAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TTC
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * *
18060 AGG-ACTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAACTCAA
64 AGGTA--GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * *
18124 TTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * * *
18168 AAGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAAAAGCTTATTCTTCATGTTT-TCT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATG-AATGCTTTTTCTTCACGTTTCT-T
* ** * * * * * * * * *
18231 AAGGCGGACAATCATTTTTAATTTTTTTTAACTAAAAATGCAAAATAATTCAACTTAAAAACAAT
63 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
18296 TACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTTG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * ** * **
18339 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTATTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTTTCTTGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * *
18404 GG-ACGAC-TCTCAAATATAATTTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAAAATCAAT
65 GGTA-GACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
18467 TATGAGATTATAAAACTATTTTATGTGAGTAATAAGGCTTTTG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* ** * * ** * ** *
18510 AAAGAATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGCGAATTCCTTTTTCTTCATATTTCTTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
18575 GGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTA
65 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * *
18640 TGAGATTACAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* ** * * * *
18681 AAGGAATGGGTGACTATAAGTAAACTTTTCTTA-CCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCCTA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * *
18745 AGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * *
18810 ACGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTC
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * * * *
18851 AAAGGCATGGTTGACTATGAATGGACTTTTCTAGACAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTCTCG
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATG-AATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * *
18916 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AAT
***
18981 T-TGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGC-TTTC
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * ** * * *
19022 AAAGGCATGGATGACTGTAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGACTTTTCCTTCACATTTCTCG
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * *
19087 AGGTAGACATTCAATTATAA-CT-TATTTGA-TCAAAAATGTGAAACAATTCAGCCTAAAATCAA
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * *
19149 TTA-GAAGATTCTAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGACTTTTTG
127 TTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTC
* * * * *
19194 AAAGAATGGGTGA-TCATAAATGAACTTTTCTTG-CATATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTT-TT
1 AAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTAGCCA-ATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * * * *
19256 CAAGTCAGATATTCAATTATTATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAA
63 GAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
** *
19321 TTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGC-TTTC
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* ** * * * * * *
19364 GAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTAGTCAATTATTGACATTTTCTTCACATTT-TCC
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-T
* * * * *
19428 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
63 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
*
19493 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTC
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * ** * *
19535 GTAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCTTATCAATGACCTTTTT-TTCACGTTTTT
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGCCAATGAATG--CTTTTTCTTCACGTTTCT
* ** * * *
19599 TGAGGCAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATC-G
62 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* ** *
19663 TATATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTG
127 T-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
** * * * * * *
19708 ATA-GAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTAGCCAAT-CATGGTTTTTTTTCACATTTCTTGA
1 A-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
19771 GACATACATTCAATCAATTCTAATATGTTTTAAC-AAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
65 G--GTAGA--CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * *
19835 ACTACT-AGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTC
126 ATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * * *
19879 GAGGGCACGGGTGAGTATTAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * * * * * * * *
19944 ATGCAGACGTTCAATTATAATTTATTCTATCTGAAAATGTAAAAACAGTGAATTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * *
20009 ATGCGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTC
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* ** * * ** * * * * **
20050 GAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACAAATTCCCTTTTCTTTACATTTCTCA
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * *
20115 AGGTAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAGTT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
*
20180 ATGAGATTACATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
129 ATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * ***
20223 AAGGAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTA-CCAGTGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCCCA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * * * *
20286 AGGTAGATAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATAT-AATAAAGTCAACTTAAAATTAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* *
20350 ACGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTC
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * * * * * **
20391 GACGACATCGTTGACTATAAGTGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
1 AAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * * *
20456 AGGAAGACAATCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
********** *
20521 ATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* *
20563 AA-GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAG-TTTTTTTCTCACGTTTCTT
1 AAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCT-TCACGTTTCTT
** * ** * *
20626 GAGACAGACATTCAATTATAAT-TTTTTCTAACCGAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAA
63 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * *
20690 TTAT-ACGAATATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
127 TTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * * * ** * * ** *
20734 AA-AAGATCGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGACTTTTTCTTAATATTT-TTT
1 AAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * * * *
20797 AGGACAGGCAATT-AATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTGAAAATAAA
64 AGG-TAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* *
20861 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGC
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-C
* * * * * * * **
20906 -AGGAATAGATAACTACAAGT-AACTTTTCTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTCACGT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGT
20962 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2507, Mismatches: 542, Indels: 176
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.01
169 74 0.03
170 304 0.12
171 1603 0.64
172 451 0.18
173 42 0.02
174 19 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
Found at i:18639 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 17786--20902 Score: 2833
Period size: 513 Copynumber: 6.1 Consensus size: 511
17776 NNNNNNNNNT
** * * * *
17786 GAGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAAGC-TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * **
17850 TTTTCTAGCCAATGAATAGCCTTTTCCTCATGTTTT-TTGAGGTAGATATTTAATTGTAATATGC
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTA
*
17914 TT-TAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAA
129 TTCTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * ** * *
17978 GTAAGTAATAAGGCTTTT-CAAGAAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
193 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATTCC
* * * ** * *
18042 TTTTTCTT-A-ATGTTTTTCAGGACTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAA
257 TTTTTCTTCACAT-TTCTTGAGG-CAGACATTCAATTA-AAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
18105 AAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAA
319 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
18170 GGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAAGCTTATTCTTCATGTTTTCTAAGG
384 GGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGG
* * * * * * *
18235 CGGACAATCATTTTTAATTTTTTTTAACTAAAAATGCAAAATAATTCAACTTAAAAACAATTAC
449 CAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAC
* * *
18299 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
18364 TTTTCTATTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTTTCTTGAGG-ACGAC-TCTCAAATATAATTTG
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTA-GACAT-TCAATTATAATTTA
* * * *
18427 TTCTAACTAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTATG
129 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* *
18492 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGCGAATTCCTT
194 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATTCCTT
* * *
18557 TTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
259 TTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAAAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
18622 TTAACTTTAAATCAATTATGAGATTACAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
323 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
18687 TGGGTGACTATAAGTAAACTTTTCTTACCAATGAATAA-CTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGCAG
388 TGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA-AAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAG
*
18751 ACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAC
452 ACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTAC
* * * * *
18812 GAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTTGACTATGAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** *
18877 TTTTCTAGACAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATT
* * * * *
18942 -TGAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAA
131 CT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * * **
19005 TAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCA-TGGATGACTGTAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGAC
194 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATTCC
* * * * * * * * *
19068 TTTTCCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACTT-ATTTGATCAAAAATGTGAAACA
257 TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTA-AAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
19132 ATTCAGCCTAAAATCAATTA-GAAGATTCTAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGACTTTTTGAA
321 ATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAA
* * * * *
19196 AGAATGGGT-GATCATAAAT-GAACTTTTCTT-GCATATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTT-TC
384 GGAATGGGTGGCT-ATAAATAG-ACTTTTCTTACCA-ATGAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-
* * * * * * * *
19257 AAGTCAGATATTCAATTATTATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAAT
445 AAGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAT
19322 TAC
509 TAC
* * **
19325 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
19390 TTTTCTAGTCAATTATTGACATTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TTTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTAT
* * * * *
19454 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * * * * *
19519 GAGTAATAAGACTTTCGTAGGAA-TGGATGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCTTATC-AATGAC
195 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGG-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTTG-TCAACGAAT-TC
* * *** * *
19582 CTTTTT-TTCACGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAA
256 CTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTA-AAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * **
19646 CATTTAACTTAAAATC-GTATATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAT
320 AATTTAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-
** * * * * ** *
19710 A-GAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAAT--CATGGTTTTTTTTCA-CATTTCTTG
383 AGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TA
* * * * *
19770 AGACATACATTCAATCAATTCTAATATGTTTTAAC-AAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
446 AGGC--AGA--CAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATC
*
19834 AACTAC
506 AATTAC
* * * * * * *
19840 TAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCACGGGTGAGTATTAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
19905 TTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGCAGACGTTCAATTATAATTTATT
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATT
* * * * * * *
19970 CTATCTGAAAATGTAAAAACAGTGAATTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACTATTTAAAGTG
131 CTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* ** * *
20035 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAACAAATTCCCTT
196 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AACGAATTCCTTT
* ** * * * *
20099 TTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
260 TTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAAAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
20164 TAACTTCAAATCAGTTATGAGATTACATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAA
324 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
20229 TGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTACCAGTG-AATGAC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
388 TGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAG
* * * * * *
20292 ATAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAATAAAGTCAACTTAAAATTAATTAC
452 ACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAC
* * * * * * *
20352 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGACATCGTTGACTATAAGTGGGC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
20417 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAATCAATTATAATCTATT
66 TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATT
* * ***********
20482 -TCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNC
131 CT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * *
20546 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGT-T
195 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAAT--TCC
* * * * * *
20609 TTTTTC-TCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATTTTTTCTAACCGAAAATGTAAAAAT
257 TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAAAATTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
20673 ATTGAACTTAAAATCAATTAT-ACGAATATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-
321 ATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * *** * * * *
20736 AAGATCGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAAT-AAATGACTTTTTCTTAATATTTT-TTAG
385 GA-ATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
* * ** * * * * *
20799 GACAGGCAATTAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTGAAAATAAATTA
448 G-CAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
*
20864 T
511 C
* *
20865 GAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
20903 TGCAGGAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (511 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATT
CTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATTCCTTTT
TCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAAAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
GTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACAA
TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAC
Found at i:24136 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23842--27251 Score: 2720
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 171
23832 NNNNNNACAA
* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
23970 ACT-ATTTTTAACTTTAATTTTTTTGCATTTTTTGTTGAAATAG
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* *** * * * *
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* * * * **
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* * * *
24143 TGATTTTAAGTTGAA-TTTATTACA-ATTTTGATTAAAACAA
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* * **
24183 ATTATAATTGATTGTCAGCCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGACA-AGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGA-ATAGAAAAGTC
* * * * * *
24246 AACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
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* * * * *
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129 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * ** * *
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1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GAATAGAAAAGTCC
* * * * *
24418 ATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCACATA
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* * * * * *
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* * *
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1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * *
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* * *
24655 TGATTTTACGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAT
131 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * **
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1 ATT---A-TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAAAG
* * * * * ** *
24760 TCTATTTATAGCCATCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT-AGTTTTGTAATCTC
62 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* * * ** *
24824 AT-ATACGATTTTAAGTTAAATTGTTTTCCATTTTCAGCTAAAACAG
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** * * * * *
24870 GCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAAAAAAAG-TCATTCATAGGCA-AGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCAT-TGAATAGAAAAGTC
* * * * *
24933 CATTTATAGTCATCTATTCCTAT-GAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
64 CATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * * *
24997 AATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAATAT
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* *** * * * *
25041 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAATG-TCATTCATTGACTAGAAAAGTTC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGAATAGAAAAGTCC
* * * **
25105 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAA
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* * * *
25170 TTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA-TTTTTGACTAAAATAG
130 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAG
* *
25212 ATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAA-AAACGT-ATAGAAAAAGCTATTCATATGCA-AGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCAT-TGAATAGAAAAGT
** * *
25274 TTATTTAT-GATCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTAGAATCT
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* * * * * *
25337 CGTAATTGATTTTAGGCTAAATTATTTCACATTTTTTGTTAAAATAG
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* * * * * *
25384 CTTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TTAGAA-AGAAAAGCCATTTATT-AACTAGAAAAGT
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* * * * ** * * *
25446 CCACTTATAGTCATCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
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* * ** **
25511 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTGCAAATGG
128 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * ** *
25555 ATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGTCTAGAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGAATAGAAAAGTCC
* * * * * *
25619 ATTCATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * *
25684 TTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA
130 TTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * ** *
25727 ATTATAATTGATTGTCTACCT-TGGAAAACGTAAAGAAAAAG-TCATTCATTGACA-AGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGA-ATAGAAAAGT
** * * *
25789 TTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTCTTGTAATCTCA
63 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* * * *
25853 TAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
127 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * ** ** ** * *
25898 ATTTTAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTTGTTGACA-AAAAAAATCC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-ATAGAAAAGTCC
* * * * *
25962 ATTTATAATTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAAT-AGTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATA
* * * * *
26026 ATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAA
129 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * ** * *
26068 ATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAAAATGAAGAAAAACCCATTCATTGAATAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAAAGTCCA
* * * *
26133 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
26198 T-ATTTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAA
131 TGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * ** * * *
26239 ATTAAAAATGATTGTCCGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCA-AGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GAATAGAAAAGTC
* * * * * * *
26302 TATTTGTAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCAT
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* * * *
26366 AATTAAGTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * *
26410 GTTATAATTAAATGT-TCGTCCT-AAAAAACATTAAAAAAAAGGTATTCATTG-GTAAGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCT-G-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAAT-AGAAAAGT
* * * ** * *
26472 CCATTTATAGCCACCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAT
63 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
26537 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAT
128 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
** * * * * ** *
26581 ATTGCAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGAAATA-ACC
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAA-AGTCC
* * *
26645 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATA
* ** * *
26708 ATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
129 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * ** * *
26751 ATTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTTATTGTCTAAAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGAATAGAAAAGTCC
* * ** * * **
26815 ATTTACAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTGTAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * *
26880 TTGATTTTTAA-TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA
130 TTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* ** * * *
26921 ATTATAATTGATTGTCTGCCT-TGGAAAATGTGAAGAAAACATC-ATTCATTGGCA-AGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAA-AGCTATTCATT-GAATAGAAAAGT
* * * * ** * *
26983 CTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAACCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAAT-TGCA
63 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT-CA
* * * ** * *
27047 TAATTAAATTTT-AGTTCAATGTTTTTACATTTTCGGTTAGAACAA
127 TAATT-GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * *
27092 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGGC-ATTCATT-AACTACAAAAGTT
1 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCTATTCATTGAA-TAGAAAAGTC
* * ** * * *
27155 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTGGCTTTAAA-CAGTTTTATAATCTTAT
64 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT
* * * *
27219 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTT
128 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
27252 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2607, Mismatches: 534, Indels: 196
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.01
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174 96 0.04
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
Found at i:24463 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 23838--29744 Score: 3480
Period size: 341 Copynumber: 17.4 Consensus size: 341
23828 NNNNNNNNNN
* ** * * * * **
23838 ACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACAATTCATTAATTAGAAAAG
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* * * * *
23903 TCCATTTATAGTAACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCA
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
23968 TAACT-ATTTTTAACTTTAATTTTTTTGCATTTTTTGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
131 TAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
*** * * * * * * *
24032 CTTGGGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATT-GAATAGAAATGCCCATTTATAGTCACCGATACC
195 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * **
24096 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* *
24161 ATTACAATTTTGATTAAA
324 TTTACATTTTTGATTAAA
* * **
24179 ACAAATTATAATTGATTGTCAGCCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGACAAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * * * *
24243 GTCAACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
24308 ATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATATTTAGTTAAATCATATTTTAAATGAATGTTTAC
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
** * ** * * *
24373 CTCAAGAAATGTGAAGAAAACGAAATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTT
195 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
24438 TCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCACATAATTG-TTTTCAAATTCATTG
260 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAAT-
*
24501 TTTTTACATTTTCTGA-TAGA
322 TTTTTACATTTT-TGATTAAA
* * *
24521 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAG
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * * * *
24586 TCCATTAATACTCACCCATGCCCTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCG
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
24651 TAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGAATGTC
131 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATT---A-TAATTGAATGTC
** * * * * * * * *
24716 TGTCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCA-TGATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCAATT
192 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ** * * *
24780 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCAT-ATACGATTTTAAGTTAA
257 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGA
* * *
24843 ATTGTTTTCCA-TTTTCAGCTAAA
320 ATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAA
*** * * * * *
24866 ACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAAAAAAAG-TCATTCATAGGCAAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
24930 GTCCATTTATAGTCATCTATTCCTAT-GAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
24994 CATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
129 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
*** ** * * * * * *
25059 CCTTGGGAAATGTGAAGAAAATGTCATTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCC
194 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * ** * *
25124 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTAAATTG
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
*
25189 TTTTACATTTTTGACTAAA
323 TTTTACATTTTTGATTAAA
* * *
25208 ATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAA-AAACGT-ATAGAAAAAGCTATTCATATG-CAAGAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCAT-TGACAAGAA
** * *
25270 AAGTTTATTTAT-GATCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAGAA
63 AAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * ** *
25334 TCTCGTAATTGATTTTAGGCTAAATTATTTCACATTTTTTGTTAAAATAGCTTTTAATTGAATGT
126 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * ** * * * *
25399 CTACCTCAAGAAA-TTAGAA-AGAAAAGCCATTTATTAACTAGAAAAGTCCACTTATAGTCATCT
191 CTACCTCAAGAAACAT-GAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ** * * * *
25462 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
254 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* **
25527 AATTGTTTTATATTTTTTG-TGCAA
319 AATT-TTTTACA-TTTTTGATTAAA
*** * * * * *
25551 ATGGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGTCTAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAA
* * * * * *
25615 GTCTATTCATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * *
25680 GTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTA
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
** * * * * ** *
25745 CCT-TGGAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATTC
194 CCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
25809 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTCTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT
258 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
*
25873 TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
321 TTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * ** ** ** * *
25894 ACATATTTTAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTTGTTGACAAAAAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
25959 TCCATTTATAATTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTCA
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
26024 TAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAAATTATATTTAAATGTCTGCC
131 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
26088 TCAAGAAAAATGAAGAAAAACCCATTCATT-GAATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
196 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
26152 TCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTA
260 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-
26216 TTTTACATTTTT-AGTTAAA
323 TTTTACATTTTTGA-TTAAA
* * * * * ** * * *
26235 ATAAATTAAAAATGATTGTCCGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAA
* * * * * * *
26299 GTCTATTTGTAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * ** *
26364 ATAATTAAGTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTTCGT
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TC-T
* * * ** * * *
26429 -CCT-AAAAAACATTAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTT
193 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ** * *
26492 CTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
258 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
26557 TTTTAACATTTTT-AGTTAAA
323 TTTT-ACATTTTTGA-TTAAA
* ** * * * * * *
26577 ACATATTGCAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGAAATA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAA-A
* * * *
26642 -ACCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ** * **
26705 ATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGT
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
26770 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGTCTAA-AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATACC
195 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
** * * **
26834 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTGTAATTGATTTTTAA-TTGAATT
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT
*
26898 TTTTACATTTTTGGTTAAA
323 TTTTACATTTTTGATTAAA
* * ** * * *
26917 ATAAATTATAATTGATTGTCTGCCT-TGGAAAATGTGAAGAAAACATC-ATTCATTGGCAAGAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAA-AGCTATTCATTGACAAGAAA
* * * * ** * *
26980 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAACCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAAT-T
64 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * ** * * *
27044 GCATAATTAAATTTT-AGTTCAATGTTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTT
129 -CATAATT-GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * ** * * * * *
27108 TACCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGGCATTCATTAACTACAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATG
192 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
** * * *
27173 CCTTCGGAAGCCTTATTACTGGCTTTAAA-CAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
257 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ******
27237 TATTTTCATATTTTTGNNNNNNNNN
321 T-TTTTTACATTTTTG---ATTAAA
*****************************************************************
27262 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
*********************** * * * *
27327 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATAA---TTGATT-TTAAG--TTAAAT--TTTTTTACAT-
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATA-ATC
* *** * ** * * * * ** **
27383 T--T--TT--TGTTAAAACAAACTATACTT-GATTGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGT
128 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTG--TTA--AAACAT-ATTATAATTG-
* *** ** *** * * ** * ***
27440 CAT-TCATTGGT-AAGAAA-AGTCTATTTATAGCTACCCATT-CCTTCAAAAG-CC--TTAT--T
186 AATGTC-TACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * *
27496 -ACCTAGTT---T-AAATAG---T-TT--T-G---T--A--ATCTCATACT-TGAT-TTTA----
249 CACCCA-TTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
27536 -AA-TTGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAA
312 TAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGATTAAA
** * * * * * *
27565 ACAAGCTATAGTTGAATTTTTGCCTCTAA-AAACAG-GAAGAAAAAAG-TATTTACTGGCAAGAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAAC-GTGAAG-AAAAAGCTATTCATTGACAAGAA
* * * * *
27627 AAATCTATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAAT
63 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT
* * * * * * *
27691 CT-AGTGATTGATTTTAAGGTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
127 CTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * ** *
27754 CTGCCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCA-T-GCATTAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTC
191 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
27817 ATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTT-AGT
254 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
27880 TGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAA
317 TGAA-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAA
* * * * ** **
27906 ACATATTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAG-AATGTGAAGAAAAAGAGAATTCATTGGGAAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAA
* * * * ** * * *
27970 GTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAATCAC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
28035 ATTATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATTATTGAATGTCTAT
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * *
28100 TTCGAGAAATATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGACTAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACC
195 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
*
28164 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATT
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* *
28228 TTTTTACAGTTTTGGTTAAA
322 TTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * *
28248 ATAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAATAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAA
* * * * * * **
28311 AGTCTAATTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGCAATCT
64 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * * *** *
28376 CATAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGCTAAAATAGGCTATAATTGATTGTCTA
129 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
** * ** * * * * *
28441 TTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCT
194 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
28505 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGA-TTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTCAAT
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
28568 ATTTTTACA-TTTCGGTTAGA
322 -TTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * **
28588 ACAAATTATAATTGAATGTTTACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAG
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
28653 TCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTA
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * ** *
28718 TAACT-ATTTTTAATTTGAATTTGTTTTTTCATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTTTATGTTT
131 TAATTGA-TTTTAAGTT-AAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* ** * * ** * * * * *
28782 GCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAACTAGAAATGCCCATTTATAGTCACCGATGC
193 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * **
28847 CTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAT
258 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
28911 TTATTACAATTTTGATTAAA
322 TTTTTACATTTTTGATTAAA
* ** *
28931 ACAAATTATAATTGATTGT-TAGCCT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGCCAAGAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAA
* * * * * * * *
28993 AAGTCAACTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAATTTTGTAATC
63 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *
29058 TCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTAAATCATATTTTAATTGAATGTTT
128 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
** ** * ** * *
29123 GTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAGGAAATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTC
193 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * *
29188 TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCGCATAATTGTTTTTAAATTCACT
258 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
29252 GTTTTTACATTTTCGGA-TAGA
322 -TTTTTACATTTT-TGATTAAA
* * *
29273 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAG
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
29338 TCCATTAATATTCACCCATTCCCT-AGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTC
66 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * *
29402 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTGTGC
130 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
*** * ** * * * * * * *
29467 CTTGGGTAAA-GTGAAG-AAAAGCCGCTGATTGGCTAGAAAAATCTATTTATAGCCACCAATTTC
195 CTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* ** * * * **
29530 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT-AGTTTTGTAACCTCAT-ATACGA-TTTAAGTAAAAA
259 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGT-TGAA
* **
29592 TTTTTTACATTTTGGGCTAAA
321 TTTTTTACATTTTTGATTAAA
*** * * * * *
29613 ACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATAGGCAAGAAAA
1 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAA
* ** * *
29677 GTCCATTTATAGTTACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
29742 ATA
130 ATA
29745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4252, Mismatches: 1109, Indels: 411
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
303 5 0.00
305 6 0.00
306 19 0.00
307 8 0.00
308 2 0.00
309 15 0.00
310 24 0.01
311 7 0.00
312 6 0.00
313 8 0.00
314 15 0.00
315 8 0.00
316 3 0.00
317 2 0.00
318 1 0.00
319 3 0.00
320 3 0.00
321 1 0.00
322 2 0.00
323 2 0.00
324 2 0.00
325 2 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 3 0.00
329 1 0.00
330 5 0.00
331 3 0.00
332 4 0.00
333 19 0.00
334 7 0.00
335 7 0.00
336 9 0.00
337 26 0.01
338 6 0.00
339 21 0.00
340 374 0.09
341 1357 0.32
342 1166 0.27
343 802 0.19
344 25 0.01
345 236 0.06
346 35 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TACATTTTTGATTAAA
Found at i:26397 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 23842--29741 Score: 3809
Period size: 512 Copynumber: 11.6 Consensus size: 510
23832 NNNNNNACAA
* * ****
23842 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACAATTCATTAATTAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
23907 TTTATAGTAACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAAC
66 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
23972 T-ATTTTTAACTTTAATTTTTTTGCATTTTTTGTT-GAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
131 TGA-TTTTAAGTTCAATGTTTTTACA-TTTTTGTTAGAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCT
*** * * * * * * *
24034 TGGGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGAATAGAAATGCCCATTTATAGTCACCGATACCTTC
192 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** * *
24099 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TAT
257 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT
* * * * * *
24163 TACAATTTTGATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCAGCCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAG-TCA
322 TACATTTTTG-TTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCT-A
* * * * * *
24227 TTCATTGACAAGAAAAGTCAACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAA
385 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
24292 ATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATATTTAGTTAAATCAT
450 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * *
24354 ATTTTAAATGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAACGAAATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
24419 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
24484 TG-TTTTCAAATTCATTGTTTTTACATTTTCTGATAGAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATCA
131 TGATTTT-AAGTTCAATGTTTTTACATTTT-TGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA
** * * * *
24548 AGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTAATACTCACCCATGCCCTCAA
194 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * *
24613 AAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCGTAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTA
259 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA
* * * ** *
24678 AATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGAATGTCTGTC-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAGC
324 CA-TTTTTGTTAAAACAAATTA-AA---ATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * * **
24742 CA-TGATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTT
383 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
24806 AAATAGTTTTGTAATCTCAT-A-TACGATTTTAAGTTAAATTGTTTTCCATTTTCAGCTAAAACA
448 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTA--ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACA
24869 G
510 G
** * * * * * * *
24870 GCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAAAAAAAGTC-ATTCATAGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * **
24934 ATTTATAGTCATCTATTCCTAT-GAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
24998 ATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT
129 ATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACA-TTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
** ** * * * *
25063 GGGAAATGTGAAGAAAATGTCATTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
193 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
25128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT
258 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT
* * * * *
25193 ACATTTTTGACTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGT-ATAGAAAAAGCTA
323 ACATTTTTG-TTAAAACAAATTAA-AATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGA-AGAAAAAGCTA
* *
25256 TTCATAT-GCAAGAAAAGTTTATTTAT-GATCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTT
385 TTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
25319 TAAATAGTTTTAG-AATCTCGTAATTGATTTTAGGCTAAATTATTTCACATTTTTTGTTAAAATA
447 TAAATAGTTTT-GTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACA
25383 G
510 G
* * * * * * * ** *
25384 CTTTTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT-TAGAA-AGAAAAGCCATTTATTAACTAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGT-GAAGA-AAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * **
25447 CACTTATAGTCATCTATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
64 CATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *** *
25511 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATA-TTTTTTGTGCA-AATGGATTATAATTGAACGTCTAC
128 AATTGATTTTAAGTTCAA-TGTTTT-TACATTTTTGT-TAGAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * * *
25574 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGTCTAGAAAAGTCTATTCATAGTCAACCATGCCT
190 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
25639 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATATT
255 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TA
* * * * *
25704 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGGAAAACGTAAAGAAAAAG-
319 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGC
* * *
25768 TCATTCATTGACAAGAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
383 T-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
25833 TAAATAGTCTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
447 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * ** * * *
25898 ATTTTAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTTGTTGACAAAAAAAATCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
25963 TTTATAATTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
26028 TGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTGGTTAGAACAAATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAG
131 TGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
26093 AAAAATGAAGAAAAACCCATTCATTGAATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
196 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
*
26158 GCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTATTTTAC
261 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTTTAC
* * * * * *
26222 ATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAAATGATTGTCCGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCA
325 ATTTTT-GTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCA
* * * * *
26287 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAG
389 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*
26352 TTTTGTAATCTCATAATTAAGTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAG
454 TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * ** *
26410 GTTATAATTAAATGTTCGTCCTAAAAAACAT-T-AAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTTG-CCTTAAGAA-ATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
26473 CATTTATAGCCACCCATT-TCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAT
64 CATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** *
26537 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATATTGCAATTGAATATCTACC
128 AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTT-ACATTTTT-GTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
26601 TCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGAAATA-ACCATTTATAGTCACCCATGCCT
191 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
26665 TC-GAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TAG
255 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTA-
* * * * *
26728 TTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAG
319 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAG
* * * * **
26792 -TCATTTATTGTCTAA-AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
382 CT-ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * * *
26855 TTTAAATGGTTTTGTAATCTTGTAATTGATTTTTAA-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
445 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
*
26919 AA
509 AG
* * * *
26921 ATTATAATTGATTGTCTGCCTT-GGAAAATGTGAAGAAAACATC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAATGTGAAGAAAA-AGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
26984 TATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAACCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAAT-TGCAT
64 CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAT
* * *
27048 AATTAAATTTT-AGTTCAATGTTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
128 AATT-GATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTT-TGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
27112 TCAAGAAACATGAAGTAAAAGGCATTCATTAACTACAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTT
191 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * ** **
27177 CGGAAGCCTTATTACTGGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATT
256 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATT
* *************************************************
27241 TTCATATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
321 TT-ACATTTTTG----TTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAA
******************************************** * * *
27306 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATAA---TTGATT-TTAAG
381 GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACT-CG
* * *** ** * *
27367 --TTAAAT--TTTTTTACAT-T--T--TT--TGTTAAAACAAACTATACTT-GATTGTCT-GCCT
444 CTTTAAATAGTTTTGTA-ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-T-TTTTTACATT-TTTAG--T
*
27419 CAGGAAACATG
503 TA--AAACA-G
* * * * *
27430 A--AGAA---AAAGTCATT-CATT--G----GT-AAG-AAAAG----TCTATT------TATAG-
1 ATTATAATTGAATGT--TTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTC-ATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * *
27470 -C-----TA--C-CCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACCTAGTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAT
63 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * * * *
27525 ACTTGATTTTAAATTGAAT-TTATTTACATTTTTGGTTAAAACAAGCTATAGTTGAATTTTTGCC
128 AATTGATTTTAAGTTCAATGTT-TTTACATTTTT-GTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * * * * *
27589 TCTAA-AAACAGGAAGAAAAAAG-TATTTACTGGCAAGAAAAATCTATTTATTGTCACCTATTCC
191 TC-AAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
27652 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAGTGATTGATTTTAAGGTGAATT-
254 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * * ** *
27716 TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATA--TAAAGAAAAA
319 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAA-ACGTGAAGAAAAA
* ** * * *
27779 G-TCATTCA-T-GCATTAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATACCTTCAAAAGACTTATTACTC
381 GCT-ATTCATTGGCA--AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
27841 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
443 GCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAA
*
27905 AACAT
506 AACAG
* * * * *
27910 ATTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAG-AATGTGAAGAAAAAGAGAATTCATTGGGAAGAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
27974 ATTTATAGTTACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAATCACATTA
65 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** *
28039 TTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATTATTGAATGTCTATTTCG
130 TTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTT-GTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * * *
28104 AGAAATATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAA
194 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* *
28169 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
259 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA
* * * * * * * *
28234 CAGTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATT
324 CA-TTTTTGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATT
* * * * * *
28298 CATTGGCAATAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
387 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
28363 AGTTTTGCAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGCTAAAATAG
452 AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAG
** * * ** * * * *
28423 GCTATAATTGATTGTCT-ATTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
28486 ATTTATAGTCACCGATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGATTTATAATCGT-ATA
65 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATA
* ** * * *
28550 ATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACTTCG
129 ATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
28615 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAA
194 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ** * * *
28680 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACT-ATTTTTAATTTGAATTTGTTT
259 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TT-ATT
* * * * * ** * * *
28744 TTTCATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTTTATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAAAAAAAGCT
321 TTACATTTTT-GTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCT
** * * * * * * * *
28808 ATTCATTAACTAGAAATGCCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTA
384 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * * * *
28873 AATTGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTACAATTTT-GATTAAAACAA
449 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAG
* * * * *
28935 ATTATAATTGATTGTTAGCCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGCCAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAATGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *** ** *
28998 AACTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAATTTTGTAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * **
29063 ATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTA-AATCATATTTTAATTGAATGTTTGTCT
129 ATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACAT-TTTTGTTAGAA-CAAATTATAATTGAATGTCTACCT
** * ** * * * * * *
29127 CAAGAAATGTGAAGAAAAGGAAATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTC
192 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * * * *
29192 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGTTTTTAAATTCACTGT-TT
257 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATT
* * * * * ** *
29256 TTACATTTTCGGATAGAACAAATTATAATTGAATGTCTG-CATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCT
321 TTACATTTT-TGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCT
* * * * * * *
29320 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTAATATTCACCCATTCCCT-AGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
384 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
29384 AAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAT
448 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * ** *** * * * *
29448 ATTAGAATTGATTGTGTGCCTTGGGTAAA-GTGAAG-AAAAGCCGCTGATTGGCTAGAAAAATCT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
29511 ATTTATAGCCACCAATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTGTAACCTCAT-
65 ATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *** *
29574 ATACGA-TTTAAGTAAAAAT-TTTTTACATTTTGGGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCC
129 AT-TGATTTTAAGT-TCAATGTTTTTACATTTT-TGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * * * ***
29637 TCAAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTTTTT
191 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
*
29702 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
256 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
29742 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 4171, Mismatches: 1007, Indels: 421
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
473 5 0.00
475 4 0.00
476 18 0.00
477 180 0.04
478 15 0.00
479 8 0.00
480 1 0.00
481 8 0.00
482 2 0.00
483 6 0.00
484 7 0.00
485 10 0.00
486 6 0.00
488 3 0.00
489 2 0.00
490 3 0.00
491 5 0.00
493 2 0.00
494 3 0.00
495 3 0.00
496 3 0.00
497 3 0.00
498 3 0.00
499 2 0.00
501 3 0.00
502 5 0.00
503 2 0.00
504 9 0.00
505 10 0.00
506 3 0.00
507 4 0.00
508 6 0.00
509 10 0.00
510 14 0.00
511 524 0.13
512 1345 0.32
513 753 0.18
514 655 0.16
515 118 0.03
516 371 0.09
517 37 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA
TTTTTGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
TTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
Found at i:28939 original size:683 final size:678
Alignment explanation
Indices: 27350--29744 Score: 2255
Period size: 683 Copynumber: 3.5 Consensus size: 678
27340 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
27350 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATACTTGATTGTCT
1 TCATAACTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * ** * *
27415 GCCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCCA
66 ACTTCGA-GAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAACTAA-AAAAGCCCATTTATAGTC-A-CCA
* * * * * *
27477 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTAG-TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAATTG
127 TACCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * *
27541 AATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAAGCTATAGTTGAATT-TTTGCCTCTAAAAACAG-GAAG
191 AATTTA-TTACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG-ATTGTTTACCTCGAAAAAC-GTGAAG
* * * * *
27604 AAAAAAGT-ATTTACTGGCAAGAAAAATCTATTTATTGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGTCTTATT
253 -AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATT
* * *
27667 ACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCT-AGTGATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTATATTTTTAG
316 ACTCGCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG
* * * * * * *
27730 TTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGTCATTC-AT-GCATT
379 TTAAAATAG-TTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-ACATTCGTTGGCA--
** * * *
27793 AGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
440 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** * * *
27858 AATC-TCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTTTAATTGA
504 AATCGT-ATAATTGA-TTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGA
* * * *** * *
27921 ATGTTTGCCTCAAG-AATGTGAAGAAAAAGAGAATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTA
567 ATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTAA
* * * *
27985 CCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAATC
631 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
28033 ACATTATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATTATTGAATGTCT
1 TCATAACTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
28098 ATTTCGAGAAATATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATAC
66 ACTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CATAC
28163 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * *
28228 TTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAG
194 TTATTACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAG
* * *
28293 TCATTCATTGGCAATAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTT
259 TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTT
* * *
28358 TAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGCTAAAATAG
324 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTAGTTAAAATA-
* * * * * *
28423 GCTATAATTGATTGTCTATTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCA
387 GTTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAA-CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
28487 TTTATAGTCACCGATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGATTTATAATCGTATAAT
451 TTTATAGTCACC-ATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGTATAAT
* * *
28552 TGATTTTAAGTTCAATATTTTTACA-TTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACTTCGA
515 TGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAA
* * * *
28616 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAA
580 GAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAA
*
28681 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
645 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * **
28715 TTATAACT-ATTTTTAA-TTTGAATTTGTTTTTTCATTTTTAGTT-GAAATAGATTATAATTTTA
1 TCATAACTGA-TTTTAAGTTT-AA--TGTTTTTACATTTTTAGTTAG-AATAAATTATAATTGAA
* * * * *
28777 TGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAACTAGAAATGCCCATTTATAGTCAC
61 TGTCT-ACTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * *
28841 CGATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGT
125 C-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGT
* * *
28906 TGAATTTATTACAATTTTGATTAAAACAAATTATAATTGATTG-TTAGCCTTGGAAAACGTGAAG
189 TGAATTTATTACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTA-CCTCGAAAAACGTGAAG
* * *
28970 AAAAAGTCATTCATTGCCAAGAAAAGTC-AACTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
253 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAA-TTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * * * * * *
29034 GTCGTTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTT
317 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTT
* *
29099 AAATCATA-TTTTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAGGAA-ATTCGTTGGCAAG
381 AAA--ATAGTTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAA--AACATTCGTTGGCAAG
*
29162 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
442 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
29227 TCGCATAATTGTTTTTAAATTCACTGTTTTTACATTTTCGGATAGAACAAATTATAATTGAATGT
506 TCGTATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * *
29292 CTGCATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTAATATTCACCCAT
571 TTGCATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAT
* *
29357 TCCCT-AGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTC
636 TCCTTCA-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * * * *
29400 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTGT
1 TCATAACTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * ** * ** * * *
29465 GCCTT-GGGTAAA-GTG-AAGAAAAGCCGCTGATTGGCTAGAAAAA-TCTATTTATAGCCACCAA
66 -ACTTCGAG-AAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAACTA-AAAAAGCCCATTTATAGTCACC-A
** * ** * * * * *
29526 TTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTGTAACCTCAT-ATACGA-TTTAAGTAA
127 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAAT-TGATTTTAAGT-T
* * * *** * * * * *
29589 AAATTTTTTAC-ATTTTGGGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGA
190 GAATTTATTACAATTTT-GGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGA
* * * * * * ** *
29653 AAAAATCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACT
254 AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT
* * *
29718 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
319 CGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATA
29745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 247, Indels: 97
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 18 0.01
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683 615 0.43
684 313 0.22
685 143 0.10
686 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
TCATAACTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATAATTGAATGTCT
ACTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCATACC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT
ATTACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGTC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGTTA
TAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGTATAATTGATTT
TAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACG
TGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:29687 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 27350--29744 Score: 1928
Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 169
27340 NNNNNNNNNN
* * * *
27350 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATACTTGATTGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * *
27415 GCCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCCAT
65 GCCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-A-CCAT
* *
27478 TCCTTCAAAAGCCTTATTACCTAG-TTTAAATAGTTTTGTAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** * * *
27521 TCATACTTGATTTTAAATTGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAAGCTATAGTTGAATTTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
27586 GCCTCTAAAAACAG-GAAGAAAAAAGT-ATTTACTGGCAAGAAAAATCTATTTATTGTCACCTAT
65 GCCTCGAGAAAC-GTGAAGAAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT
*
27649 TCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * * * *
27692 T-AGTGATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCT
1 TCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* ** * * **
27756 GCCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCA-T-GCATTAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAT
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAT
* *
27819 ACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
27862 TCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTT
1 TCATAATTGA-TTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * ** * * *
27926 TGCCTCAAG-AATGTGAAGAAAAAGAGAATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCAT
64 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT
* * ** * *
27990 TCTTTCAGAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *
28033 ACATTATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAAATTATTATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
*** ** ** * * * *
28098 ATTTCGAGAAATATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGACTAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT
28162 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
28204 TCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
28269 ACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAATAAAAGTCTAATTATAGTCATCCATTT
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
* * **
28334 CTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGCAATC
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *** *
28375 TCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGCTAAAATAGGCTATAATTGATTGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
** * * * * * *
28440 -ATTTGAAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTC
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTC
* * * * * *
28504 TTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGGATTTATAATC
129 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * *
28545 GT-ATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACA-TTTCGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTT
1 -TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * ** *** * *
28608 TACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATG
64 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT
*
28673 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * * * * **
28715 TTATAACT-ATTTTTAATTTGAATTTGTTTTTTCATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTTTATG
1 TCATAATTGA-TTTTAAGTT-AA-AT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * ** * * *
28779 TTTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCTATTCATTAACTAGAAATGCCCATTTATAGTCACCG
62 TCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-
* * * *
28843 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC
125 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
** * * * * *
28888 TTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTACAATTTTGATTAAAACAAATTATAATTGATTGT-TA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-
* * * * * *
28952 GCCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCCAAGAAAAGTCAACTTATAGTTATCCATT
65 GCCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * * *
29016 CCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAATTTTGTAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * *
29058 TCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTTAAATCATATTTTAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * *
29123 GTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAGGAA--ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAA--AATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT
* *
29186 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * * *
29229 GCATAATTGTTTTTAAATTCACTGTTTTTACATTTTCGGATAGAACAAATTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * *
29294 GCATCAAGAAACGTAAAG-AAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTAATATTCACCCATT
65 GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
* * * *
29358 CCCT-AGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTC
128 CCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
29400 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * ** ** * * * * *
29465 GCCTTGGGTAAA-GTGAAG-AAAAGCCGCTGATTGGCTAGAAAAATCTATTTATAGCCACCAATT
65 GCCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATT
* * ** * *
29528 TCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTGTAACC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * ***
29570 TCAT-ATACGA-TTTAAGTAAAAATTTTTTACATTTTGGGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTC
1 TCATAAT-TGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * *
29633 TGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATT
64 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT
** * *
29698 TTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
29740 TCATA
1 TCATA
29745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1767, Mismatches: 387, Indels: 140
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 82 0.05
170 622 0.35
171 884 0.50
172 47 0.03
173 123 0.07
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG
CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
Found at i:32471 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 32179--33568 Score: 1213
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
32169 NNNNNNNNNN
* *
32179 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTT-GAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAG-ATTTGTTT
* * * * * * *
32243 ATATTTTGGGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATTTATATCT-TGAAAAATGTAAAGAAAAAGCCA
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
32306 TTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAATTACTCATTCCTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
32350 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
* * * * * * *
32415 CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAATGT-TAGTCTCTAAAAATGTGAAGAAAAAGGCTTT
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
32479 TATTGGCGAGAGAAGTCCATTTGTAGTCACACATTCCTTTC-A
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAA
* * * *
32521 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTT-GAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTG-TTT
* * * ** * *
32585 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATGAATT-AATATCTGCCT-TGGGAAACATGAAGAAAAAGTCA
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
32648 TTCTTTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *** * * *
32692 AAGCCTTATAACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-ATTTTCAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-AAGTTAGATTTGTTT
* * * * *
32756 ATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAATGATTGTCTGCCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* ** * * * *
32820 TCTTTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGCCACCCATTCCTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
32863 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCACAATTAATTTTAAGTTA-AATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTG-TTT
* * ** * * **
32927 ACATTTTTGGCTAAAACTGGCTATAATTGACTGTTTACCT-TGAAAAACGTGAA-ACAAGTGCCA
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACGTGAAGA-AAAAGCCA
* **
32990 TTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGAATTCCTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** * * *
33034 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGCTCA-ATATT-TT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TTAGAT-TTGTT
* * * * *
33097 TACTTTTTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGC
64 TAC--ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAA-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * * ** **
33161 CATTCATTGACTTA-AAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGG
126 CATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
33207 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTGTTT-
* * * * * * * *
33272 ACATTTTTAGTTAAAACAAAATATAATTGATTGTCTGCCTC-AGGAACCGTGAAG-AAAAGCCCT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * *
33335 TCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-CTATCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAA
* * *
33378 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGA--TT---TTAG---T-TTCA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
** * * * *
33434 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTCAAAAAATGTAAAG-AAAAGCCATTC
66 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* *
33498 ATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAT-CTTCAA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAA
* *
33539 AAGCCTTATTACTCACTTTAATTGATTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
33569 GGTTGAATTT
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 186, Indels: 82
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 112 0.11
162 6 0.01
163 1 0.00
166 3 0.00
169 2 0.00
170 26 0.03
171 642 0.64
172 71 0.07
173 130 0.13
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Done.