Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397379.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1987.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33047
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 3837 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:301 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--306 Score: 375
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
* * * * *
1 AACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCAAATGCATGA
1 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTCAAAGGCATGA
* * * * * **
66 GTGAGTATAAATGAACTTCTCTCTCTAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCAAAGATTGACAT
66 GTGACTATAAATGAACTTCTCTCTCCAATGAATGGATTCTGCTTCACGTTTCCAAAGACAGACAT
131 TCAATTACAGTATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTC
131 TCAATTACAGTATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTC
* ** * *
170 AACTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGCAATAGGGCTTTCAAAGGTATG
1 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTCAAAGGCATG
* * * *
235 -GTTGACTATAAATGGACTTCTCT-TGCCAATGAATGGCTTCT-CTTCACGTTTCCCATGACAGA
65 AG-TGACTATAAATGAACTTCTCTCT-CCAATGAATGGATTCTGCTTCACGTTTCCAAAGACAGA
297 CATTCAATTA
128 CATTCAATTA
307 TAATCTGTTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 21, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 72 0.64
170 41 0.36
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTCAAAGGCATGA
GTGACTATAAATGAACTTCTCTCTCCAATGAATGGATTCTGCTTCACGTTTCCAAAGACAGACAT
TCAATTACAGTATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTC
Found at i:733 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 331--734 Score: 460
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
321 TTAAAATTAG
* * * * * *
331 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTCTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAA
1 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGA-TGACTATAAA
* * * * *
395 TGGATTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAGCAAACATTTAATTATAAG
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAAGCAAACATTCAATTACAAG
* * **
460 CTGTTTCAACTAAACGTATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAA
130 ATATTTCAACTAAACGTATAAAAAAATTGAACTTAAAAGCAA
* * * * *
502 TTATGAGTTTAGAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAA--CTAGTGGCTGACTATAA
1 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-A-TGGATGACTATAA
* * *
565 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAG-TTTTCTAAAGTAGACATTCAATTGCA
64 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTC-AAAGCAAACATTCAATTACA
* * * *
629 ATATATTTTAA-TCAAA-GATATAAAAAAATTTAATTTAAAAGCAA
128 AGATATTTCAACT-AAACG-TATAAAAAAATTGAACTTAAAAGCAA
*
673 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATA
1 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATA
735 GAGAGACTTT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 33, Indels: 16
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 7 0.04
171 180 0.94
172 3 0.02
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAAGCAAACATTCAATTACAAGA
TATTTCAACTAAACGTATAAAAAAATTGAACTTAAAAGCAA
Found at i:1392 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 806--1356 Score: 669
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
796 GCAAGAAAAG
* * * *
806 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATGAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAAT
* * * *
870 TGAATATTTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTGCCTCAA-AAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
935 CACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
129 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
977 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TATGTTTTTTACATTTTTTGTCAAAATAAATCATAAC
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAAT
* ** ** * * * *
1041 TCAATGTCTGCCTCTGGAATTGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAATGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTGCCTC-AAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * *
1106 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTT
129 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
1148 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATT
* *
1213 GAATGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAAAAAAAGCCA-TCTATTGACAGGAAAAGTCTATTTATATT
66 GAATGTCTGCC-TCAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
1277 CACCCATGCATTCGAAAGGCC-TGTTACTCGCTTTAAATGGTT
129 CACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
1319 TTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1357 TATAGCTAGT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 56, Indels: 14
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 304 0.96
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATT
GAATGTCTGCCTCAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:1417 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 806--1485 Score: 643
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
796 GCAAGAAAAG
* * * * * *
806 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATGAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAAT
* * ** * * * *
870 TGAATATTTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TGAATGTCTGCCTTGAGAATCGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * *
934 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
128 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
977 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATGTTTTTTACATTTTTTGTCAAAATAAATCATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATT
* * * * *
1042 CAATGTCTGCCTCTG-GAATTGCGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGACAACAAATGTCTATTTATAG
65 GAATGTCTGCCT-TGAGAATCGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
1105 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTT
128 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
1148 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATT
* * * * * *
1213 GAATGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAAAAAAAGCCATCTATTGACAGGAAAAGTCTATTTATATTC
65 GAATGTCTGCCTTGAGAATCGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* *
1278 ACCCATGCATTCGAAAGGCC-TGTTACTCGCTTTAAATGGTT
130 ACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *** * * * *
1319 TTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATAGCTAGTTAAAGTATATAATAGTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATT
** ** * * *
1384 GAATGTCTGTGTTGAGAATCGTGTGGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAAAGACTATTTATAGT
65 GAATGTCTGCCTTGAGAATCGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGACA-AGAAAAGTCTATTTATAGT
**** * * *
1448 CACTTGCGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
129 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 87, Indels: 18
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.01
171 399 0.97
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTG
AATGTCTGCCTTGAGAATCGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:1443 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 806--1451 Score: 777
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
796 GCAAGAAAAG
* * * *
806 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATGATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATT
* *
871 GAATATTTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 GAATATCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
936 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
131 ACCCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* *** * * *
1001 GTTTATGTTTTTTACATTTTTTGTCAAAATAAATCATAACTCAATGTCTGCCTCTGGAATTGCGA
196 GTTAATGTTTTTTACATAGCTAGTCAAAATAAATAATAACTCAATGTCTGCCTCTGGAATCGCGA
* * *
1066 AGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
261 AGAAAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGACTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
1131 GCTTGCTTTAAATAGTT
326 GCTTGCTTTAAATAGTT
* *
1148 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATAT-TTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTAAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAA
* * *
1211 TTGAATGTCTGCCTTCAA-AAACGTGAAAAAAAAGCCA-TCTATTGACAGGAAAAGTCTATTTAT
64 TTGAATATCTGCC-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
1274 ATTCACCCATGCATTCGAAAGGCC-TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
127 AGTCACCCATACATTCGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGAT
* * * * * ** * **
1338 TTTGAGTTGAAT-TTTTTTATATAGCTAGTTAAAGTATATAATAGTTGAATGTCTGTGT-TGAGA
191 TTTAAGTT-AATGTTTTTTACATAGCTAGTCAAAATAAATAATAACTCAATGTCTGCCTCTG-GA
* ** * *
1401 ATCGTGTGGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAAAGACTATTTATAGTCACT
254 ATCGCGAAGAAAAAGCCATCCATTGACA-ACAAAAGACTATTTATAGTCACT
1452 TGCGCCTTTG
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 43, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.02
342 237 0.94
343 10 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATT
GAATATCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
GTTAATGTTTTTTACATAGCTAGTCAAAATAAATAATAACTCAATGTCTGCCTCTGGAATCGCGA
AGAAAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGACTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
GCTTGCTTTAAATAGTT
Found at i:2432 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1586--2758 Score: 1071
Period size: 170 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
1576 NNNNNNNNNN
* * *
1586 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TATTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTT
* * *** * * *
1650 TCTTTACATTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCGAAAAA-GTAAAAAAATT
65 TCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATT
* * *
1714 CAACCTAAAA-AAATTAT-AGGATTATAAAACGAGTTAAAGCGA
129 CAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * *
1756 GTATTAATGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCACTAAATGACTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * *
1821 CTTTGCGT-TTCTT--AAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAAC
66 C-TT-CATATT-TTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA-AAA-
** * *
1883 A-TCAACCTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGA
126 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * *
1928 GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTTAGTGTATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * * **
1993 CTTCAT-GTTTCCTAAGGCATACATTCCATTAAAATCTATTTTAAAC-AAAACTGTTCAAAAATT
66 CTTCATATTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATATAAAAAAATT
* *
2056 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAA-TGA
129 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGA
* * *
2099 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * * *
2164 -TT-AT-GTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAATATAAAAAAACTC
66 CTTCATATTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* **
2225 AATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGA
130 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
2267 GTAATAAGGCTTTCCAAGGCGTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTG
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * *
2331 CTTCATATTTTCCAAGGCATACATTCAATTATAAACCATTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTCA
66 CTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
2396 GCTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCCA
131 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
2437 GTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAAT-AAGCGGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTT
* * * *
2500 TCTTCATA-TTTCTCAA-GAAAGACA-TCTAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATA
65 TCTTCATATTTTC-CAAGGCAA-ACATTC-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA-A
* * * * *
2562 ATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCAATCTAAAGCAA
126 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
2608 GTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTT
* * ** * * * * * * *
2672 GCTTCACA-TTTCTTGAGACAGACATTCATTTACAATATATTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAACT
65 TCTTCATATTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAT
* * *
2735 TTAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
128 TCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
2759 AAGGCTTTTG
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 149, Indels: 63
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 19 0.02
168 93 0.11
169 76 0.09
170 238 0.29
171 219 0.27
172 168 0.20
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
CTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:2890 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 2617--2904 Score: 328
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
2607 AGTAACAAGA
* *
2617 CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATT
1 CTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCACATT
*** * * * * * *
2682 TCTTGAGACAGACATTCATTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAAT
66 TCCCCAGACAGAAAATCAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAAT
*
2747 CAATTTTGAGATAAGG
131 CAATTATGAGATAAGG
* * * ****
2763 CTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAAT-GCATTACTTTTGCTTTGTGT
1 CTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGACTTTTGCTTCACAT
* * * * *
2827 TTCCCCAGACAGAAAATCAATTATAATCTGTTTTAGGAAAAAATATAAAACAA-TTCAATTTAAA
65 TTCCCCAGACAGAAAATCAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAA-AACTTCAACTTAAA
2891 ATCAATTATGAGAT
129 ATCAATTATGAGAT
2905 TATAAAACTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 24, Indels: 4
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 113 0.97
147 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (146 bp):
CTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCACATT
TCCCCAGACAGAAAATCAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATAAGG
Found at i:3077 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2757--4092 Score: 1189
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
2747 CAATTTTGAG
* * * * * ** * **
2757 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGCATTACTTTTGCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
** * * * * * *
2822 TGTGTTTCCCCAGACAGAA-AATCAATTATAATCTGTTTTAGGA-AAAAATATAAAACAATTCAA
66 CATGTTTCTCAAGACA-AACATTCAATTATAATATATTTTA--ACAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
2885 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
** * * * * *
2928 CCAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * *
2993 TATATTTCTCTAGACAAATATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAATATTCAACT
66 CATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
3058 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* ** ** * * * *
3099 ATAAGGCTTTCAAAGGAATG-GATGGTTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
* * **** * * * *
3163 TCATGTTTTTCGAGGTGGACATTCAATTATGATCTATTTTAATAAAAAAATAGAAAGAAATTCAA
65 TCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATA-AAA-AAATTCAA
* * * * *
3228 CCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
3271 ATAAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTC--ATGCTAATGGATAGCTTTTG
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTAT-C-AATGGATGGCTTTTG
* * *
3333 CTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTAAATTATAATATATTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCA
63 CTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCA
*
3398 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTA
* * * ** *
3442 AAAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAA-GAGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG-C
* * * * * *
3506 TT-ACGGTTTC-CAAGACAGACAGTCAATTATAAGATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
64 TTCA-TGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
3569 ACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
** * * * *
3613 ATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTGTAAAT-AGACATTTCTTCT-AATGAATGGC-TTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
* **
3675 TCATATTT-TCCAAGACAAACATTCAATTATAA-ACCCTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
65 TCATGTTTCT-CAAGACAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCA
* **
3738 GCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* *
3782 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AATGGATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
3845 TCATATTT-TCCAAGA-AAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTA
65 TCATGTTTCT-CAAGACAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
3908 ACCTAAAATTAATTATAAGGTTATAAAGCCATCTAAAGTAAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * ** * *
3952 ACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGCCTTTTGCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
** * * * * * * *
4017 CATGTTTCTTGAGAGAAACATTCATTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAGACTTTAACT
66 CATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT
4082 TAAAATCAATT
130 TAAAATCAATT
4093 TTAAGATAAG
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 173, Indels: 68
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 140 0.15
170 155 0.16
171 506 0.53
172 141 0.15
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
CATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
Found at i:3534 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2757--4092 Score: 1334
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 338
2747 CAATTTTGAG
* * * * *
2757 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGCATTA-CTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTTCT
* * ** *
2821 T--TGTGTTTCCCCAGACAGAAAATCAATTATAATCTGTTTTAGGAAAAAATATAAAACAATTCA
64 TCATG-GTTT-CCAAGACAG-ACATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCA
** * * ** * * *
2884 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTACCAAAGCTTTCGAAGGCATAA
125 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
* * * *
2949 GTGACTGTAAAT-GAACTTTTCTTAT-C-AATGGATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCTAGACAAA
190 GTGACTATAAATAG-ACTTTTC--ATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAA
* * *
3011 TATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
252 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
3076 TATAAAGCCATTTAAAGTGAGTA
317 TATAAA-ACATTTAAAGTGAGTA
* ** ** * * *
3099 ATAAGGCTTTCAAAGGAATGGATGGTTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTT
* * * *** * *
3164 CATGTTTTTCGAGGTGGACATTCAATTATGATCTATTTTAATAAAAAAATAGAAAGAAATTCAAC
65 CATGGTTTCCAAGACAGACA-TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATA-AAA-AAATTCAAC
* * * *
3229 CTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATGAGT
127 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* *
3294 GACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTA
192 GACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTC
* *
3359 AATTATAATATATTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
257 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
3424 AATCATTTAAAGTGAGTA
322 AA-CATTTAAAGTGAGTA
* * * *
3442 AAAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAA-GAGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTT-TC
* ** * *
3506 TT-ACGGTTTCCAAGACAGACAGTCAATTATAAGATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
63 TTCATGGTTTCCAAGACAGACA-TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAA
* * ** * * *
3570 CTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAG
126 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
* * * *
3635 TGACTGTAAATAGACATTTC-TTCTAATGAATGGC-TTTGCTTCATAT-TTTC-CAAGACAAACA
191 TGACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTT--TATGTTTCTCAAGACAAACA
** *
3696 TTCAATTATAA-ACCCTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
254 TTCAATTATAATA-TATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
**
3759 TATAAAACTATTTAAAGCCAGTA
317 TATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTA
** *
3782 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATAATGGATGGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTT
** * * *
3846 CATATTTTCCAAGAAAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACC
65 CATGGTTTCCAAGACAGACAT-CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAACC
* * * * ** * * *
3911 TAAAATTAATTATAAGGTTATAAAGCCATCTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG
* * * * * * ** *
3976 ACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGAGAAACATTCA
193 ACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTCA
* * * * * * *
4041 TTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAGACTTTAACTTAAAATCAATT
258 ATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
4093 TTAAGATAAG
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 148, Indels: 63
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 131 0.16
340 144 0.18
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342 167 0.20
343 274 0.34
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTC
ATGGTTTCCAAGACAGACATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
ATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATT
ATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
TTTAAAGTGAGTA
Found at i:4125 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 3954--4245 Score: 376
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
3944 AGTAAGTAAC
3954 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAG-A-TGCCTTTTGCTT
1 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GCATTG-CTTTTGCTT
* * * * *
4017 CATGTTTC-TT-GAGAGAAACATTCATTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAGACTTTAA
64 CATGTTTCTTTAGAGAGAAA-A-TCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
4080 CTTAAAATCAATTTTAAGAT
127 CTTAAAACCAATTATAAGAT
* * * **
4100 AAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATTGCTTTTTCTTTG
1 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGCATTGCTTTTGCTTCA
* * * *
4165 TGTTTCTTTAGATAGAAAATCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
66 TGTTTCTTTAGAGAGAAAATCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
4230 AAACCAATTATAAGAT
131 AAACCAATTATAAGAT
4246 TATAAAACCA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 113 0.90
147 5 0.04
148 7 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (146 bp):
AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGCATTGCTTTTGCTTCA
TGTTTCTTTAGAGAGAAAATCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAACCAATTATAAGAT
Found at i:5165 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4184--5528 Score: 835
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
4174 AGATAGAAAA
* * * * * * *
4184 TCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * ** *
4249 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATG-GATAACTATAAATGGA-TGTTTCT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAAT-GACT-TTTCT
* * * * * * * *
4312 C-GCTAT-GAATAGCTTTTTCTTTATGTTTTTCG-AGATAGACAT
128 CTCCAATAG-ATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGA-AAACAT
* * * * *** * * * *
4354 TCAAATATTATCTGTTTTTGTCAGAAATATAAAAACATTTCAACGTAAAA-CTAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTT-AACCTAAAATC-AATTATGAGATT
* * * ** * * *
4418 ATAAAACTATTTAAAGC-ATGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGTGCCG-CTATATATGAACTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATG-ACTTTT
* * * * * * ** * * *
4481 -TTTGTCAATAAATAGCGTT-TTCTTTACATTTC-CCAAGACAGACAC
126 CTCT-CCAATAGATGGC-TTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGA-AAACAT
* * * * * * * * * ** *
4526 TCAAATATTATCTATTTTTACTAGAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAACCCAATTATGCGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * * *
4591 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATACGGCCTTGAAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGGCTTTT-TGT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTCT
* * ** * * *
4655 GACAATGGATGAG-TT-T-CATTTCACATTTTTCG-AGCTAGACAT
130 -CCAATAGATG-GCTTGTGC--TTCATGTTTCTCGAAG-AAAACAT
** * *
4697 TCAATTATAATATATTTTAATTAAAGAT-TAAAAAATTTTAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
4760 TGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGAATGAGTGAGTATAAATGACCTTTTCTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-CTTTTCTC
* * * * * *
4825 TCCAATTGATGTCTTTTGCTTCATATTTCTAG-AGATAGACAT
129 TCCAATAGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGA-AAACAT
* * * * * *
4867 TCAATTATGATATATTTCAACTAAAAATATAAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAA-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
4932 TAAAACCATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTC
** * *
4997 TTTAATGGATGGATTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGAAAACAT
129 TCCAATAGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGAAAACAT
* *
5039 TCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
5104 AAAATCATTTAAAATGAGTAGTAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAGTAGACTTTTCTCT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT
* * * * *
5169 CCAACAGATGGCTTATGCTTTACGTTTCTTGGAA-AAAACAT
130 CCAATAGATGGCTTGTGCTTCATGTTTC-TCGAAGAAAACAT
* *
5210 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** * * * * *
5275 AAAACCATTTACAGCGAGTAGCAATGCTTTTTAGGGCATGAGCGGCTATGAATGGACTTTTCACT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT
* * * * *
5340 CCAATAGATGACTTGTGCCTCATGTTTCTC-AAGGCAGACGT
130 CCAATAGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTCGAA-GAAAACAT
* **********
5381 TCAATTGA-AATATATTTTAACCAAAAATCTAGAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATT-ATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
5445 TAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAATATACTTTTCTA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTC
** *
5510 TTTAATGGATGGCTTGTGC
129 TCCAATAGATGGCTTGTGC
5529 CACACAATTC
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 208, Indels: 73
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 166 0.18
171 541 0.58
172 211 0.23
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTC
CAATAGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTCGAAGAAAACAT
Found at i:7512 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6921--7689 Score: 605
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
6911 NNNNNNNNNN
* * * **
6921 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTGAAGGCATGAGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA-C
* ** * * * * ** * *
6985 CATAAATGGA-TGTTTCT-TGCCAACGTATAGCTATTT-CTTTATGTTT-TTGAGGTAGACATTC
65 TATAAATAAACT-TTTCTCT-CCAATGGATA-AT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTC
** * *
7046 AAAAATTATCTATTTT--TGCAAGAAATATAAAAAAATTTTAACTT-A
126 AATTATAATATATTTTAAT-CAA-AAATATAAAAAAA-TTTAACTTAA
* * * * * *
7091 AACCGAATTATGCGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAGTGAC
1 AATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
** * * ** * * * *
7156 TATAAATGGACTTTTCGTGT-CAGTGGATGGGTTTCGTTTCACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAA
65 TATAAATAAACTTTTC-TCTCCAATGGAT-AATTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
* * *
7220 TTATAATATATTTGAATCAAAGAT-T-AAAAAATTTCAACTCAA
128 TTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAA
* * * ** * * *
7262 AATCAAGTATGAGATTATGAAACCACTTAAAG-TGAGTAATAATACTTTCGAAGGAATGAGTGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
* * * **
7326 TATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCT-AGAGATAGACATTTGA
65 TATAAATAAACTTTTCTCTCCAATGGATAA-TTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGATAAACATTCAA
* *
7390 TTATGATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAACATTAAACTTAA
128 TTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA-ATTTAACTTAA
* * * *
7434 AATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGAGCGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * * **
7499 ATAAATAAACTTTTCTCTTCAATGGATAGATTGTGCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
66 ATAAATAAACTTTTCTCTCCAATGGATA-ATTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATT
* * *
7564 ATAATATATTTTCACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAA
130 ATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
* * * * * * *
7605 AATCAA-T-TGAGATTAGAAAATCATTTAAAGCGAGCAGTAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* *
7668 ATAAGTAGACTTTTCTCTCCAA
66 ATAAATAAACTTTTCTCTCCAA
7690 CAGATGGCTN
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 104, Indels: 45
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 71 0.15
170 128 0.27
171 96 0.20
172 167 0.35
173 10 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
ATAAATAAACTTTTCTCTCCAATGGATAATTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTA
TAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
Found at i:8090 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7805--8129 Score: 397
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
7795 NNNNACATTC
* * * * *
7805 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAGTTATGAGATCATAA
1 AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* * * *
7870 AACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTCTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTGTTACC
66 AACTATTCAAAGTGAGTAAGAAGGCTCTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTACC
* *
7935 AATGAATAGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGCAAACTTTT
130 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGCAAACTTTT
** * * *
7976 AATTATAAGT-TGTTTCAACTAAATGTACAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
1 AATTATAA-TATGTTTCAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* *
8040 AAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTGAA-ACTAGTG-GCTGACTATAAATGGACTTTCTT
65 AAACTATTCAAAGTGAGTAAGAAGGCTCTCGAAGACT--TGAG-TGACTATAAATGGACTTTCTT
* *
8102 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
127 ACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
8130 TCTAAAACAG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 9
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 34 0.26
171 93 0.72
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
AACTATTCAAAGTGAGTAAGAAGGCTCTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTACCA
ATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGCAAACTTTT
Found at i:8257 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7799--8271 Score: 483
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
7789 NNNNNNNNNN
* * *
7799 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAATAATTATGAGT
* * * * * *
7864 TCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTCTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGATTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGA-CTT
* * * * *
7928 TGTTACCAATGAATAGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAAGCAA
129 TCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAACAA
* * * ** * * *
7970 ACTTTTAATTATAAGT-TGTTTCAACTAAATGTACAAAAAAATTCAGCTT-AAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTATGA
* * *
8033 GTTTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAA-ACTAGTGGCTGACTATAAATGGAC
64 GTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-A-TGGATGACTATAAATGGAC
* * *
8096 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAAACAG
127 TTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAAACAA
* ** *
8140 ACATTCAATTGTAATAAATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAAATAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAATAATTATGAG
* ** * * *
8204 TTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAGAGGGACTTT
65 TTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTT
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TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTC
TTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAACAA
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8320 GCAAGAAAAG
* * * * * *
8330 TTATAATCTCACAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATGAT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * * * * *
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* * * * *
8629 CACCCATGCCTTCGAGAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
8671 TTATAGTCTCATAATTGATTTTGAA-TTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAAT
* * * *
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64 TGAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
8800 CACCCATGCCTTTGAAAGGCC-TGTTACTTGCTTTAAATGATT
129 CACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
8842 TTATTATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTG
*** * * * *
8907 AATGTCAACCTT-AGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTC
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* * *
8971 A-TCTAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
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* * * ** * **
9012 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATAGTTGGTTAAAGCATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT
* * * ** * * * * * *
9077 GAATGTCTGCCTTGAGAATCATGTGGCAAAAGCCATCCGTT-GAAGAGAAAAGACTATTTATTGT
65 GAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
9141 CACTTACGACTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
9183 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAGATTTTTGGTTAAAATATATT-TCAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTTGTTAAAATATATTAT-AAT
* ** * * * * * * * * *
9247 TGAACGTCTACCTTGAGATACGTGAGGCACAAGCCATCCATTAG-AGTGAAAAGTCCATATATAG
64 TGAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * * * *
9311 CCGCTCATACCTTTGAAAGCATTACTGCTCACTTTAAATAGTT
128 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
9354 TTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAGA-TTTTTGATTAAAATATATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAAT
** * * * *** * * *
9418 TGAATGTCT-TCCCCAAGAAACATAAAGCACAAGCCATGTGTTAG-AGAGAAAAGTCTACTTATA
64 TGAATGTCTGTCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * *
9481 GTTACTTACGCCTTTGAAAGCATTACTGCTCACTTTAAATGGTT
127 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
9525 TTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAGACTTTTGGTGAAAATATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * ** * **
9590 GAATGT-T-TACCTC-GACAA-ATGTCAAGCACAATCCATCTATTGAAAAAAAAAGTTTATTTAT
65 GAATGTCTGT-CTTCAGA-AACATG--AAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
9651 AGTCA-TGCATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
126 AGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
9696 TTATATTATCATAAATGATTTTAAGTTTAATGTTTTT-CATATTTTTGGTTAAAATATATCATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACAT-TTTTT-GTTAAAATATATTATAA
* * * *
9760 TTGAATGTCTATC-TCTAGAAATATGAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAG-CTCATTTA
63 TTGAATGTCTGTCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTC-CATTTA
* * * *
9822 TAGTCACTCATTCCTACGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTT
125 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
9868 TCATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAATTTTTTA-A-TCTTTGATTAAATTATATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAAT
* *
9931 TGAATGTCTAG-C-TCAAGAAACGTGAA-ACAAAACCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTA
64 TGAATGTCT-GTCTTC-AGAAACATGAAGA-AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
9992 TAGTCATTCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCT
125 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** * * * * * * *
10038 TTATAATCGCATAATTGGGTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTATGGTAAAAACAGATAATATTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * * *** * *
10103 GCATGTTTGTC-TCAGAAAACGTAAAGAAAAAACTATTCATTAATAAGAAAAGTTCATATATAGT
65 GAATGTCTGTCTTCAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
10167 AACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTT
* * * * * ** * * * **
10209 TTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTGAAATTTTTTTATATTTCTGGCAAAAACAGATAATTTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * * *
10274 TGAATGT-T-TACCTCGAAAAACATAAAGGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAACA-TCCATTAAT
64 TGAATGTCTGT-CTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTAT
* * * * * * *
10336 AGTTACCCATGCTTTCAAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
126 AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
10381 TTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTGTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAAT
* * * * *
10445 TGCATG-CT-TATCTCTAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TGAATGTCTGTCT-TC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * **********
10508 GCCACTCATTCCTTCGNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTT
127 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
10552 TTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTA-ATATTTTTATTAAAATATATTATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * * * * *
10616 GAATATCTCTC-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTTGCACGACATGTTCATTTATAGT
65 GAATGTCTGTCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
10680 CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCG-TTTTAATAGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
10721 TTATAATCTC---ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTT-AAATCAAATTAGACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAAT-ATATTATAAT
** * * * *
10782 TGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATA-T
64 TGAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
10846 CACCCATGTCTTTGAAGGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
10888 TTATAATCTAATAATAGATTTTATGTTGAATATTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTACAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAAT
* * * * *
10952 TGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAAGCCA-CTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATAG
64 TGAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * **
11015 TCACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTT
128 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
********** * * * *
11058 TTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT
* * * *
11123 GAATGTCTGTCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
11187 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC-ATGTTAACTGGTT
129 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTT
* * * ** *
11229 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTTCTTAAAAAAGGTTATAAC
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACA-TTTTTTGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * * * *
11294 TAAATTTTTGTTTTCAGAAATATGAAGAAAAAGCCTTGCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
11359 CACCCATGCCTTCG-AAGACCTTATTACTCGCT
129 CACTCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCT
11391 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2281, Mismatches: 512, Indels: 192
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 45 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTG
AATGTCTGTCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:9414 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8493--11273 Score: 1662
Period size: 341 Copynumber: 8.2 Consensus size: 338
8483 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
8493 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAGAT
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* * * ** ** * * * * * * * *
8558 CATAACTCAATGTCCGCCTCTG-GAATTGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAGGCACAACCCATCCATTGA-ATGAAAAGTCCAT
* * * * * * ** *
8622 TTGTAGTCACCCATGCCTTCGAGAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATT
129 TTATAGTCA-TCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
8687 GATTTTGAA-TTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTCA
193 GATTTT-AAGTTAAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-A
* * * * * * * * *
8751 AAAACGTCAAGAAAAAGCTATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
256 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGA
* * **
8815 AAGGC-CTGTTACTTGCTTT
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* * * * * * * *
8834 AAATGATTTTATTATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * *
8899 TATAATTGAATGTCAACCTT-AGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAGGCACAACCCATCCATT-GAATGAAAAGTCCAT
* * * *
8963 TTATAGTCATC-TAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
129 TTATAGTCATCAT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** **
9027 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATAGTTGGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
192 TGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-A
* ** * * * * *
9092 GAATCATGTGGCAAAAGCCATCCGTTGAAGAGAAAAGACTATTTATTGTCACTTACGACTTTGAA
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*
9157 AGCATTATTACTCGCTTT
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TAGATTTTTGGTTAAAATATA
* * * *
9240 TT-TCAATTGAACGTCTACCTTGAGATACGTGAGGCACAAGCCATCCATTAGAGTGAAAAGTCCA
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* * * * * * *
9304 TATATAGCCGCTCATACCTTTGAAAGCATTACTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATT
128 TTTATAGTC-ATCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * **
9369 TGATTTTAAGTTAAAT-TTTTCTAGATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTCCCCA
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* * *** * * *
9433 AGAAACATAAAGCACAAGCCATGTGTT-AGAGAGAAAAGTCTACTTATAGTTACTTACGCCTTTG
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* *
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319 AAAGCATTATTACTCACTTT
* * * * *
9517 AAATGGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAGACTTTTGGTGAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * * * * ** **
9582 TTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAATGTCAAGCACAATCCATCTATTGAAAAAAAAAGTTTAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGCACAACCCATCCATTG-AATGAAAAGTCCAT
* * * * *
9647 TTATAGTCATGCATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTATCATAAAT
129 TTATAGTCAT-CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
9712 GATTTTAAGTTTAATGTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTATCTCTA
193 GATTTTAAGTTAAATATTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TA
* * * ** **
9777 GAAATATGAAGCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCATTCCTACGA
256 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCACGCCTTTGA
9841 AAGCATTATTACTCACTTT
320 AAGCATTATTACTCACTTT
* * * * *
9860 AAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAATTTTTTA-ATCTTTGATTAAATTATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATA
* ** ** * * **
9924 TTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAACAAAACCCATCCATTGGCACAAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGCACAACCCATCCATT-GAATGAAAAGTCCAT
* * * * *
9989 TTATAGTCATTCA-AGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCGCATAAT
129 TTATAGTCA-TCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * * * * * * *
10053 TGGGTTTAAGTTAAAT-TTGTTTACATTTATGGTAAAAACAGATAATATTTGCATGTTTGTCTCA
192 TGATTTTAAGTTAAATATT-TTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * * * * * * * * * * *
10117 GAAAACGTAAAGAAAAAACTATTCATT-AATAAGAAAAGT-TCATATATAGTAACCCATGCCTTC
256 G-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAA-GAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCACGCCTTT
* * *
10180 AAAAGCCTTATTACAT-GCTTT
318 GAAAGCATTATTAC-TCACTTT
* * * * * ** * *
10201 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTGAAATTTTTTTATATTTCTGGCAAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATAT
* ** * * * * * * * * *
10266 ATAATTTTTGAATGTTTACCTCGAAAAACATAAAGG-AAAAGCTATTCATTGGCAA-GAAACA-T
64 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAGGCACAACCCATCCATT-G-AATGAAA-AGT
* * * * * * * ** *
10328 CCATTAATAGTTACCCAT-GCTTTCAAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
125 CCATTTATAGTCA-TCATACCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
10392 TAATTGAATTTAGGTTGAAT-TTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGCATG-CTTA
188 TAATTGATTTTAAGTTAAATATT-TTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TG
* * * * * * * * **
10455 TCTCTAGAAACATAAAGAAAAATCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTC
251 CCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGC
* ********** *
10519 CTTCGNNNNNNNNNNTACTCGCTTT
314 CTTTGAAAGCATTATTACTCACTTT
* * * **
10544 AAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTA-ATATTTTTATTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGAT-TTTTGGTTAAAATATA
* * * * * ** * * * * *
10608 TTATAACTGAATATCT-CTCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTTGCACGACATGTTCA
65 TTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACGTGAGGCACAACCCATCCA-TTGAATGAAAAGTCCA
* * * * *
10672 TTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTC-GTTTTAATAGTTTTATAATCTC---A
128 TTTATAGTCA-TCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
10732 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTTATATTTTTGGTT-AAATCAAATTAGACTTGAATGTCTGTCT
191 TTGATTTTAAGTTAAATATT-TTTATATTTTTGGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * * *
10795 TGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTAGCA-AGAAAAGTCAATTTATA-TCACCCATGTCTT
254 T-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTT
* * *
10858 TGAAGGCCTTATTACTCACTCT
317 TGAAAGCATTATTACTCACTTT
* * * * * * *
10880 AAATGGTTTTATAATCTAATAATAGATTTTATGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * ** * *
10945 TTACAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGA-AAAAAAGCCA-CTCATTTGCAA-GAAAAGTCC
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGCACAACCCATC-CA-TTG-AATGAAAAGTCC
* * ** * * ******
11007 ACTTATAGTCACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNN
127 ATTTATAGTCA-TCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
**** * * * * * * *
11072 NNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGTCTTA
191 TTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-
* * * *
11137 AGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
255 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTG
* *
11201 AAAGCCTTGTTACTCA-TGTT
319 AAAGCATTATTACTCACT-TT
* * *
11221 AACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTAGATTTTT
11274 TTCTTAAAAA
Statistics
Matches: 1913, Mismatches: 452, Indels: 150
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 106 0.06
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338 4 0.00
339 2 0.00
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343 387 0.20
344 8 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATAT
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGCACAACCCATCCATTGAATGAAAAGTCCATTT
ATAGTCATCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAC
ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCAT
TATTACTCACTTT
Found at i:11938 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11761--12207 Score: 529
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
11751 CGTGTGGCAA
* * * * *
11761 AAGCCATCCAGTGAAGAGAAAATTTTATTTATAGTCACTTACGCCTTTGAATGCATTATTACTCG
1 AAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCG
* * *
11826 CTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TTTTCTAGATTTTTGGTTAAA
66 CTTTAAATGGTTATATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT-TAGATTTTTGCTTAAA
* * * *
11890 ATATATT-TCAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAACCAC
130 ATATATTAT-AATTGAATGTCTTCCCTAAGAAACATAAACCAC
* * * * * *
11932 AAGCCATCCATTGAAGTGAAAAGTTGATTTATAGCCGCTCATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCA
1 AAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCG
**********
11997 CTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAGATTTTTGCTTAAAA
66 CTTTAAATGGTTATATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAGATTTTTGCTTAAAA
* *
12062 TATATTATAATTGAATGTCTTCCCTAAGAAACGTAAAGCAC
131 TATATTATAATTGAATGTCTTCCCTAAGAAACATAAACCAC
* * * * *
12103 AAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGTATTACTACTCG
1 AAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCG
* *
12168 CTTTAAATGGTTTTCTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTA
66 CTTTAAATGGTTATATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTA
12208 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 50, Indels: 4
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 219 0.98
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCG
CTTTAAATGGTTATATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAGATTTTTGCTTAAAA
TATATTATAATTGAATGTCTTCCCTAAGAAACATAAACCAC
Found at i:14314 original size:172 final size:171
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13945 AAATCAGTTT
** * * *
13955 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAACTATAAATAGA
* * ** * *
14020 CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCTTTATGTTTCCCTAGACACACATTCAAAAATTATCTGT
66 CTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTCCTTTACATTTCCCTAGACAAACACTCAAAAATTATCTGT
* *
14085 TTTAACCAGAAATATAAACAAATTCAACTTAAAACAAATTA
131 TTTAACCAGAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAACAAATTA
* * *
14126 TGATATTATAAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAGATA
1 TGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAACTATAAATA
* * * *
14190 GACTTTT-TCTACCAATGAATAACTTTTTCTTTACATTTCCCTAGGA-AAATACTCAAATATTTT
64 GACTTTTCT-TACCAATGAATAACTTTTCCTTTACATTTCCCTA-GACAAACACTCAAAAATTAT
* * *
14253 CCT-TTTTTACTAGAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAACCAATTA
127 -CTGTTTTAACCAGAAA--TAAAAAAAAATTCAACTTAAAACAAATTA
* * *** * * *
14299 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAACTATAAATAGA
14364 CTTTTC
66 CTTTTC
14370 ATGTCGATGG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 32, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
171 10 0.05
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174 10 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAACTATAAATAGA
CTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTCCTTTACATTTCCCTAGACAAACACTCAAAAATTATCTGT
TTTAACCAGAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAACAAATTA
Found at i:14587 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13943--15102 Score: 795
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
13933 NNNNNNNNNN
* * * ** ** * *** *
13943 TAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAATG
* * * * * * * *
14008 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTCCTTTATGTTTCCCT-AGACACACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTT-CTTGAGGCAAACATT
** * * * * * * *
14071 CAAAAATTATCTGTTTTAACCAGAAATATAAACAAATTCAACT
129 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAA-AAATTTAACT
* * ** * **
14114 TAAAA-CAAATTATGATATTATAAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGG
1 TAAAATC-AATTATGAGATTAT-GAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAATACTTTCAAAGGCATAA
* * * * ** * * * * * *
14177 GTGACTATAGATAGACTTTT-TCTACCAATGAATAACTTTTTCTTTACATTTCCCT-AGGAAAAT
63 ATGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTT-CTTGAGGCAAAC
* * ** * * * * * *
14240 ACTCAAATATTTTCCT-TTTTTACTAGAAATGTAAAAAAAAATTAACT
126 ATTCAATTATAAT-ATATTTTAACAAAAAATCT--AAAAAATTTAACT
* * * * ** ** * *
14287 TAAAACCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAATG
* * * * * * * * * *
14352 ACTATAAATGGACTTTTCATGTC-GATGGATGGCTTTTGGTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTC-TCTCTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
*
14416 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCT-ACT
130 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAA-AATT-TAACT
* * * * *
14458 TAAAATCAGTTATAAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATAAATA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAATG
* * ** * * * ** **
14523 ACAATAAAT-AACCTTTTCTCTCTAATGAATATCTTTTGTTTTATGTTTCCAGAGATAAACATTC
66 ACTATAAATGGA-CTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
* **
14587 AATCATAATATATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTTAACT
130 AATTATAATATATTTTAACAAAAAAT-CTAAAAAATTTAACT
* * * * ** * * *
14629 TAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAATG
* * *
14694 ACTATAAATGGACTTTTCTCT-TCAATGGATGGATTGTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
* * *
14758 AATTACAATATATTTTCACCAAAAATCTAAAAATATTTAACT
130 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAA-ATTTAACT
14800 TAAAATCAATTATGAGATTA-GAAAACCATTTAAAGCGAGCT-ATAATACTTTCAAAGGCATAAA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATG-AAACCATTTAAAGCGAG-TAATAATACTTTCAAAGGCATAAA
* * * * *
14863 TGACTATAAGTGGACTTTTCTCTCCAA-CAGATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGGGGCAGACAT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGA-ATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACAT
*
14927 TCAATTAAAATATATTTTAA-ATAAAAATCTAGAAAAATTTAACT
128 TCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAATCTA-AAAAATTTAACT
* * * **
14971 TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCCATTTAAAGCGAGTAGTAATGCTTTCAAAGGCATGAGC
1 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAAT
* * * * * * ** *
15035 GACTATAAATGGACTTTTCACTCCAATGGATGGCTTGTGCCTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
15100 AAT
130 AAT
15103 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 154, Indels: 64
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.02
171 534 0.67
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174 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATAAATG
ACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTCA
ATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAAATTTAACT
Found at i:14702 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14266--15102 Score: 979
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
14256 TTTTTACTAG
* * * *
14266 AAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAATG-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * *
14331 AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCGATGGATGGCTTTTGGTTCAC
65 ATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-TCAATGGATGGCTTGTGCTTCAC
* * *
14396 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACA-ATTCT-ACTT
129 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAA-ATATT-TAACTT
* * *
14459 AAAATCAGTTATAAGATTATG-AAACCATTTAAAGTGAG-TAATAATACTTTCGAAGGCATAAAT
192 AAAATCAATTATAAGATTA-GAAAACCATTTAAAGCGAGCT-ATAATACTTTCAAAGGCATAAAT
* * * * * * *
14522 AACAATAAAT-AACCTTTTCTCTCTAA-TGAATATCTTTTGTTTTATGTTTCCAGAGATAAACAT
255 AACAATAAATGAA-CTTTTCTCTCCAACAG-ATAGCTTGTGCTTTACGTTTCCAGAGACAAACAT
*
14585 TCAATCATAATATATTTTAACA-AA
318 TCAATCAAAATATATTTTAA-ATAA
* * * **
14609 AAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA
1 AAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
14674 TACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGGATGGATTGTGCTTCACG
66 TGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-ATTCAATGGATGGCTTGTGCTTCACG
* * * * *
14739 TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTACAATATATTTTCACCAAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAA
130 TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAA
* * *
14804 ATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGCTATAATACTTTCAAAGGCATAAATGACTA
195 ATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGCTATAATACTTTCAAAGGCATAAATAACAA
* * * ** * * * *
14869 TAAGTGGACTTTTCTCTCCAACAGATGGCTTGTGCTTTACGTTTCTTGGGGCAGACATTCAATTA
260 TAAATGAACTTTTCTCTCCAACAGATAGCTTGTGCTTTACGTTTCCAGAGACAAACATTCAATCA
14934 AAATATATTTTAAATAA
325 AAATATATTTTAAATAA
** * * *
14951 AAATCTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAGTAA
1 AAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
15016 TGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCACTCCAATGGATGGCTTGTGCCTCATG
66 TGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TTCAATGGATGGCTTGTGCTTCACG
15081 TTT-CTCAAGGCAGACATTCAAT
130 TTTCCT-AAGGCAGACATTCAAT
15103 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 71, Indels: 21
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 399 0.97
343 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (341 bp):
AAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
TGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATTCAATGGATGGCTTGTGCTTCACGT
TTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAATATTTAACTTAAAA
TCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGCTATAATACTTTCAAAGGCATAAATAACAAT
AAATGAACTTTTCTCTCCAACAGATAGCTTGTGCTTTACGTTTCCAGAGACAAACATTCAATCAA
AATATATTTTAAATAA
Found at i:15954 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 15203--23703 Score: 5063
Period size: 342 Copynumber: 25.0 Consensus size: 340
15193 NNNNNNNNNN
* * ** *
15203 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATAGTTGGTTAAT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ** * * * * * *
15268 GTATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAGGCACAAGCCATCCATTGGAGTGAAAAC
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAG
* * * * * * * * *
15332 TCCATTTATAGCCATTCATGCCCTTAAAAGCATTAATACTCGCTGTAAATGATTTTATAATCTCA
130 TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
15397 TAATTAATTTTAAGTT-AAGTTTTTCTAGATTTTTGATTAAAATCTATTATAATTGAATGTCT-T
195 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT
* * * * * * * *
15460 CCCCAAGAAACATAAAGTACAAGCCA-TCAGTTGGAGAGAAATG-TCTATTTATAGTCACTTATG
259 -CTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TT-GAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
15523 CTTTTGAAAGTATTACTGCTC
320 CCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * * *
15544 GTTTTAAATAGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTAGATTTTTGGTGAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *
15609 ATATATTATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACATGAAGCACAATCCATCCATTGAAGAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAG
* *
15674 TTCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
130 TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
15739 TAATTGATTTTAAATTTAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTAT
195 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT
* * * * * * *
15804 CTCTAGAAATATGAAGTAAAGGACATCCATTGAAGAGAAAAGTTCATTTATACTCACTCATTCCT
259 CTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCT
*
15869 TCAAAAGCATTATTACTC
323 TCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
15887 ACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGGTTTTGAGTTGAAATTTTTTA-ATCTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *** * * *
15951 ATATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAA-AAATATGAAATGAAACCCATCCATTGTTACA-AAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-AAGAGAAA
* *
16014 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
16078 GCATAATT-AGGTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTGG-TAAAAGCAGATAATATTTGAGTGT
192 TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * **
16141 CTGTCTCAAGAAACGTAAAGAAAACGCTATTCATTGGCAAA-AAAAGTCCATAAATAG-CAACTC
255 CTATCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-ACTC
* * *
16204 ATGCCTTCAAAAGCCTCATTACAT-
317 ATGCCTTCGAAAGCATTATTAC-TC
* * * * **
16228 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTACGTTGAAATTTTTTATATTTCTGGAAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** * * * * * *
16293 ATAGATAATTTTTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGA-AA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-AAGAGAA
* * * * ** * *
16356 CA-TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
127 AAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
16420 TCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AT-TCT
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * * * *
16483 CTGTCTAGGGAAACACAAAGAAAAAG-AATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
257 ATCTCTA--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT
16547 GCCTTC---A--A--A--A---
319 GCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * *
16557 GC-----A------T-T-ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * *
16609 GTATATTGTAAATGAA-GTTTTGTCTTAAGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCTATTGGCACA-AAA
65 ATATATTATAATTGAATG-TTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAA
* * * * * * ** * *
16672 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTTGATGGCTTTATAACCT
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * * * *
16737 TATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTATT
193 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
16801 TCT-TGGAAAATATGAAGAAAAAGTCATCCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGC
258 TCTCTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATGC
* * *
16864 CTTCGAAAGCCTTATTATTG
321 CTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
16884 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
** * * * * *
16949 ACGGT-TTATAATTGAATGTATGTCTTGAA-AAATATGAAGCAAAAGCCATTCATT--AGAAGAA
65 A-TATATTATAATTGAATGTTTG-CCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAG-AGAA
* * * *
17010 AAGTCCATTTATAGTTA-TCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAAT
127 AAGTTCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** *
17073 CCCATAATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTACATTTTT-AATAAAAAATATTATAATTGAATGT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * *
17136 TTGTCT-TGAGAAACATCAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAA-AAAAG-TCTATTTATAGTCACT
255 CTATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACT
*
17197 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
316 CATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * **
17222 ACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAGTTTTATTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *** * * *
17287 ATAGATTATAATGGAATGTATACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCA-AGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAA
* * * * *
17351 GTTCATTAATAGTCACCCATGCCTTTGAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
129 GTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * * * * *
17416 TTAATTGAGCTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTA
194 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* *** * * *
17481 TCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAC-CTATGC
258 TCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATGC
* * *
17545 CTTCGAAAGTATTAATACTA
321 CTTCGAAAGCATTATTACTC
** * * * **
17565 GCTTTAACGGGTTTTATAATCTCATAAAT--TTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
17628 ATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCGAA-AAACGTAAAGAAAAAGCCAAT-CATTG-AGAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCC-ATCCATTGAAG-AGAA
*
17690 AAG-TCTATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAGTTC-ATTTATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * * *
17753 TCTCATAATTGAGCTTAGGTTGAAGTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * *** * * * * *
17817 TTTATATCAAGAAACGCAAAGAAAAAGCTATTTC-GTGACAAGAAAGGTTCATTTA-AGTTACTT
254 TCTATCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
* *
17880 ATGCCTTCGAAAGCATTAATAATC
317 ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * *
17904 GCTTTAACTAGTTTTATAAT-TCATAATT-TTTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
17967 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACATAAAG-AAAAGGCCATTCATTG-GGAAGAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGAAG-AGAAA
* * *
18030 AG-TCTATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAAT
128 AGTTC-ATTTATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * * * *
18093 CTCATAATTGAGCTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTAAATGTT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * *** * * * * *
18158 TACCTCAAAAAACGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGACAAGAAAGGTTCATTTACAGTTAC-CTAT
256 TATCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-AT
*
18222 GCCTTCGAAAGCATTAATACTC
319 GCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * ** *
18244 GCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATT-TTTTTAGGATAAATTTTTTTACTTTTTTTATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
18308 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAA-ATGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTA-AGAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAA
* ** **
18370 AAG-TCTATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAGTTC-ATTTATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *** * *
18433 ACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATAGCTGGTTAAAGTATATTATAGTTGAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * * *
18498 TCTGCCT-TGAGAATCAT-ATGGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCTATTTACAGTCAC
254 TCTATCTCT-AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * *
18560 TTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTC
315 TCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * *
18586 GCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAACTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * * **
18651 ATATATT-TCAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA-AGTGAGGCACAAGCCATCCATTGAATTGAAA
65 ATATATTAT-AATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAA
* * * * * *
18714 AG-TCTATTTATAGTCGCTCATTCCTTTGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
128 AGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
18778 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * ** * * * *
18843 -GCCCTAAGAAACGTAAAGCACAAGTCATTTGTTAGAGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTATG
257 ATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
* * *
18907 CCTTTGAAAGCATTACTGCTC
320 CCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * *
18928 GCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTGGTGAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * * *
18993 ACATATTATAATTGAATATTTACTTTGAGAAACGTGAAGCACAATCTATCCATTAAAGAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAG
* * * * * * * *
19058 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATCATCTCT
130 TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
19123 TAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAATATATTATGATTGAATGTTTATT
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC
* * * * * ** * * * *
19188 TCTGGAAGCGTAAAGCAAAAGATATTCATTGGAGAGAAAAGCTCATTTATTGGT-ACTTATGCCT
260 TCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTCATTTA-TAGTCACTCATGCCT
19252 TCGAAAGCATTATTACTC
323 TCGAAAGCATTATTACTC
* * * *
19270 ACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
19335 ATATATTATAATTGAATATCTACCT-AAGGAGACGTGAACCAAAAGCTATCCATCGACA-TGAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAA
* ** * * *
19398 AGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * ** * * *
19463 CATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTCTAG-TAAAATAGAAAATATTTGAGTAT
193 CATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
19527 CTA-C-CTAGGGAA-ATGTAAAGAAGAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATCTATAGTCAC-
255 CTATCTCTA-GAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* *
19588 CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-
316 C-ATGCCTTCGAAAGCATTATTAC-TC
* * ** * *
19614 GCTTTAATTGGTTTTATAATATCATAATTTG-TTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTATGGTTCA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** * * * * * *
19678 AACAGATAATTTTTGAATGTCTGCCT-ATGGAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTAGTA-AGAA
64 AATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAA
* * *
19741 AAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCCATGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
127 AAGTTCATTTATAG-T---CA--CTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
19806 ATAATCTCATAACTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTC
186 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * *
19871 AATGTCTGA-CT-TAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGACACG-AAAGGTCATTTATTA
250 AATGTCT-ATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGA-AAGAAAAGTTCATTTA-TA
* *
19932 -TCACTCATGGCC-TC-AATAACCTTATTACTC
310 GTCACTCAT-GCCTTCGAA-AGCATTATTACTC
* * * * *
19962 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGATATTGTTT-ATTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATT-TTTGGTTAA
* * ** ** *
20026 AATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAATGTGCAGCAAAAGCCATCCATTG--GTACGAA
64 AATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAG-A-GAA
* * ** * * *
20089 AAGTCCATTTGTAGTCACTCAAACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATN
127 AAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
********** *
20154 NNNNNNNNNCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTC
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-TATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
20218 TGTC-CTGGGAAACAT-AAAAAGAAAGTCATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCA
256 TATCTCT-AGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
* ** *
20280 AGCCTTCGAAAGGTTTATTACCC
318 TGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
** * * *******
20303 GCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTNNNNNNNNNNTTTT-GTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT---TTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
20367 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCAT-GAGAAACATGAAG-AAACAGCCATTCATT-AAGAAG
63 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAAGAAACATGAAGCAAA-AGCCATCCATTGAAG-AG
* * ** * * *
20429 AAAAGTTCATTTATAGGCAGC-CATACCTTCAAAAACCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
125 AAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * * * *
20493 ATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATG
189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
20558 TCTACCT-TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTAGCATGAAAAG-TCTATTTATAGTCAC
254 TCTATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * *
20620 TCAAT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTC
315 TC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * ** * ** *
20646 ACTTTAAAAGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAAATGAATTTTCTTACATTTTTTATTGAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
20711 ACAAATTATAATTAAATGTCT-AC-CAATGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCCA-A-A
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA-G-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG-AAGAGA
* * * * *
20772 AAAG-TCTATTTATAGTCAC-CAAAGCCTTTAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATA
126 AAAGTTC-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
20835 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAGTAGATTATAATTGAATG
189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * *
20900 TCCGTCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATTACT
254 TCTATCTCT-AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* * ** * *
20963 GAAGCCTTTAAAAACCTTATTACTC
316 CATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* ********** **
20988 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATANNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * *
21053 ACAGATTATAATTTAGTGTCTGTCT-AGGGAAC-CGTAAGGCAAAAGCTATCTATT--AGTACGA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG-AA-GCAAAAGCCATCCATTGAAG-A-GA
* * * * *
21114 AAAGTCTC-TTTATAGTCACTTAAG-C---AAAAG-CTTGTTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATA
126 AAAGT-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
21173 ATCTCATAATTGATTATAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGAG-TCAAATATATTATAATTAAAT
189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
21237 GTTTGTCT-TGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA
253 GTCTATCTCT-AGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
* *
21300 C-CTATGCCTTTCAAAAGCCTTATTACTTC
314 CTC-ATGCC-TTCGAAAGCATTATTAC-TC
* * *
21329 GCTTT-AATGGTTTTATAATCCTCCTAATTGA-TTTAAGTT---TTTTTTACAGTTTTGTTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * ** *
21389 ACAGATTATAATGGAATGTATGCCT-TGGAAAACATGAAG-AAAAGACAAGCATTGATA-AAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAA
* *
21451 AGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTTG-AAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * ** * * * * * *
21515 TTATAATTGAGCTTAGGTTGAAGTTTTTTTATAGCTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTAAAGGTT
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * *** * * * * * *
21580 TA-CATCAAGAATCGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGACAACAAAAGTTCATTTACAATTACAT-A
256 TATC-TCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-TCA
* *
21643 TGCTTTCGAAAGCATTAATACTC
318 TGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * *
21666 GCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAAATT--TTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * ** *
21729 AATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAACATAAAGAAAAAATCATTCATTGATA-AGAA
64 AATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAA
* *
21793 AAG-TCTATTTATAGTCA-TCTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAGTTC-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * *
21856 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATAGCTGGTTAAAGTATATTATAGTTGAATGT
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * ** * * * *
21921 CTACCT-TGAGAATCATGTGGCAAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACTT
255 CTATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTC
** * *
21984 ATGCCTTTAAAAGCTTTATCACTC
317 ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
22008 GCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTAGATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * **
22073 ATATATT-TCAATTGAATGTCTGCCTTGAGAATCATGTGGCAAAAGCCATCCATTTG-AGAGAAA
65 ATATATTAT-AATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGAAGAGAAA
* * * *
22136 AG-TCAATTTA-AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATC
128 AGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
22199 TCATAACTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTAGATTTTTGGTTAAAATATATT-TCAATTGAATGTC
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTAT-AATTGAATGTC
* * * * * * ** * *
22263 TACCT-TGAGAAACGTGAGGCACAAGCCA-TCTGTTGGAGTGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCA
256 TATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
* * * *
22326 TGCCTTTGCAAGCATTACTCCTC
318 TGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * *
22349 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTCTAGATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
22414 ATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGCACAAGTCATCTATT-AGAGAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAAA
* * * * ** * * * * * *
22478 GTCCACTCATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGTATTACTGCTCACTTTAGATGGTTTTCTAATCTT
129 GTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
22543 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTGT-ATGAAAATATATTATAATTGAATGTTTAC
194 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT
* * ** * * * * * *
22607 CTATAGAAACGTGAA-ATGCAATCCATCCGTTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCT
259 CTCTAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGAA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
22671 TTTGAAAGCATTACTACTC
322 TTCGAAAGCATTATTACTC
* * ** ** *
22690 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATAAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTCGTTAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * * ** * * * *
22755 TATATTATGATTGAATGTTTATCTCTAGAAACGTGAAGCAAAAGATATTCATTGGAGAAAAAAAT
66 TATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGT
* * * * * * * *
22820 TCATTTATTGTTAGCT-ATGACTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAATGGTTTCATAATCTCA
131 TCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * ** *
22884 TAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACCTTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGGGTGT-T-TG
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC
* * * * * *
22947 TCTAGAGCAATATGAAGGAAAAA-CCATCCATTGATAAAAAAAAGTTTATTTACAGTCACTTATG
260 TCTAGA--AACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTG--AAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
23011 CTTTCGAAAGCCTTGTTATTC
320 CCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * *
23032 ACTTTAGATTGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *** * * * * * *
23097 ATAAATTATAGTTGATTCTCTGTCTGGTGAAACA-CAAGGAAAAAGCAATGCATCGGCA-AGAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCAT-TGAAGAGAAA
* **
23160 AGTCCATTTATAGTCA--C---CC-----AAGCC----T--TCG----AAA--G-CCT-T-ATCT
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
23200 CAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGCG-TAAACTATATTGTAAATGAATGTCT
193 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * * * * *
23264 GTCTCAAGAAACATGAAGCCAAAGCTA-TCTATTAGCACGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAG
257 ATCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
* *
23328 CCTTCGAAAGCCTTATTACTT
320 CCTTCGAAAGCATTATTACTC
** * ** * * * * *
23349 GCTTTTGATGGCTTTATAGCCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ** *** * *
23414 ACAGATTATAATTGGATGTCTT-TTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCGTCCATT-ATA-AGAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAA
* * ** * *
23476 AGTCCATTTATAGTCACCCA-AACTTTCGAAAGCCTTAGTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 AGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** *
23540 TCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGT-TTATAATTGAATGTA
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * *
23604 TGTCT-TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACG
256 TATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
* * *
23668 TCTTCGAAAGCCTTATTACTG
320 CCTTCGAAAGCATTATTACTC
23689 GCTTTAAATGGTTTT
1 GCTTTAAATGGTTTT
23704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 6470, Mismatches: 1341, Indels: 699
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
314 2 0.00
315 81 0.01
316 179 0.03
317 135 0.02
318 71 0.01
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320 7 0.00
321 1 0.00
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342 1925 0.30
343 699 0.11
344 202 0.03
345 24 0.00
347 9 0.00
348 147 0.02
349 41 0.01
350 59 0.01
351 11 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
TATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGT
TCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT
CTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
AAAGCATTATTACTC
Found at i:16505 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15203--16563 Score: 974
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
15193 NNNNNNNNNN
** * ** * *
15203 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATAGTTGGTTAAT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * * * * * *
15268 GTATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTGA-AAACGTGAGGCACAAGCCATCCATTGG-AGTGAAAA
66 ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCA-AGAAAA
* * * * *
15331 CTCCATTTATAGCCATTCATGCCCTT-AAAAGCATTAATACTC
130 GTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * *
15373 GCTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAGTTTTTCTAGATTTTT-GATTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAG-TTA
** * * * * *
15436 AAATCTATTATAATTGAATGTCT-TCCCCA-AGAAACATAAAGTACAAGCCAT-CAGTTGG-AGA
64 AAATAGATAATAATTGAATGTCTGT--CTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCA-TTGGCA-A
* * * * ** ** * *
15497 GAAATGTCTATTTATAGTCACTTATGCTTTTGAAAGTATTACTGCTC
125 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
15544 GTTTTAAATAGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTTAGATTTTTGGTGAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * ** * * * * * *
15608 AATATATTATAATTGAATGTTTCCCTCA-AGAAACATGAAGCACAATCCATCCATT-GAAGAGAA
65 AATAGATAATAATTGAATGTCTGTCT-AGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCA-AGAA
* * **
15671 AAGTTCATTTATAGTCACGCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
15715 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * ** * * * * *
15780 AATATATCATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAATATGAAGTAAAGGAC-ATCCATT-GAAGAGAA
65 AATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGAAAAAG-CTATCCATTGGCA-AGAA
* * * *
15843 AAGTTCATTTATACTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
15887 ACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGGTTTTGAGTTGAAATTTTTTA-ATCTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * **
15951 ATATATTATAATTGAATGTCTAG-CTTGAAAAATATGAAATG--AAACCCATCCATTGTTACA-A
66 ATAGATAATAATTGAATGTCT-GTCTAGAGAAACAT-AAA-GAAAAAGCTATCCATTGGCA-AGA
* * *
16012 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAGGCCTTATTACTC
127 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
16057 GCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAGG-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCT-GGTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
16120 AAGCAGATAATATTTGAGTGTCTGTCTCA-AGAAACGTAAAGAAAACGCTATTCATTGGCAAAAA
65 AA-TAGATAATAATTGAATGTCTGTCT-AGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAA
** *
16184 AAGTCCATAAATAG-CAACTCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACAT-
128 AAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TC
* * * * **
16228 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTACGTTGAAATTTTTTATATTTCTGGAAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
** ** * * *
16293 ATAGATAATTTTTGAATGTCTACCTCGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAACA
66 ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAA-A
* * *
16358 -TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
16399 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
16464 ACAGATTATAATTGATTCTCTGTCTAGGGAAACACAAAGAAAAAG-AATGCATTGGCAAGAAAAG
66 ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
16528 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTAT
131 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
16564 CTCAAAATTG
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 186, Indels: 78
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 273 0.28
171 531 0.55
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:16597 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 16417--16704 Score: 329
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
16407 TGGTTTTATA
* * * * * *
16417 ATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTG-A-
1 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAAATGAAG
*
16479 TTCTCTGTC-TAGGGAAACACAAAGAAAAAG-AATGC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TT-T-TGTCTTA-AGAAACACAAAGAAAAAGCAAT-CTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGT
16540 CACCCAAGCCTTCAAAAGCATT
125 CACCCAAGCCTTCAAAAGCATT
** * *
16562 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAAGTATATTGTAAATGAAGT
1 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAAATGAAGT
** * *
16627 TTTGTCTTAAGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCTATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
66 TTTGTCTTAAGAAACACAAAGAAAAAGCAATCTATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
16692 AGCCTTCGAAAGC
131 AGCCTTCAAAAGC
16705 CTTGTTACTT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 13
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 68 0.57
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147 3 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (146 bp):
ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAAATGAAGT
TTTGTCTTAAGAAACACAAAGAAAAAGCAATCTATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
AGCCTTCAAAAGCATT
Found at i:17389 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16562--23197 Score: 4279
Period size: 171 Copynumber: 38.9 Consensus size: 170
16552 CAAAAGCATT
* * * * * * *
16562 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAGTATATTGTAAATGAA-
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * * *
16625 GTTTTGTCTTAAGAAACGTAAAGTAAAAGCCA-TCTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCA
65 G-TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGG-A-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * * ** *
16688 CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTTGATGGCTTTATA
126 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
16733 ACCTTATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * * * *
16797 TATTTCTTG-GAAAATATGAAGAAAAAGTCATCCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
66 TCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
16861 AGCCTTCGAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATAGTTTTATA
130 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * **
16902 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGT-TTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TATATTATAATTGAAT
* ** * * * * * * *
16966 GTATGTCTTGAAAAATATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCA
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* *
17031 CGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATA
130 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
17071 ATCCCATAATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTA-ATAAAAAATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * *
17134 GTTTGTCTTGAGAAACATCAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACC
* * *
17197 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
17240 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAGTTTTATTTAAAATAGATTATAATGGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * *
17305 TATACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAGAAAAGTTCATTAATAGTCACCCA
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* * *
17370 TGCCTTTGAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
130 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * *
17411 ATCTCTTAATTGAGCTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** *** * * * * *
17476 GTTTATCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
* ** * * **
17541 ATGCCTTCGAAAGTATTAATACTAGCTTTAACGGGTTTTATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
17583 ATCTCATAAAT--TTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTCA-TTAAAATAGATTGTAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
17645 GTCTGCCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGCCAATCATTGAGAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCATC
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACC
*
17709 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * * * *
17752 ATCTCATAATTGAGCTTAGGTTGAAGTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** ** *** * * * * * **
17817 TTTATATCAAGAAACGCAAAGAAAAAGCTATTTC-GTGACAAGAAAGGTTCATTTA-AGTTACTT
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
17880 ATGCCTTCGAAAGCATTAATAATCGCTTTAACTAGTTTTATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
17922 AT-TCATAATT-TTTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * * *
17985 TTTGCCTCAAAAAACATAAAGAAAAGGCCATTCATTGGGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCATCC
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCC
* * *
18049 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * *
18091 ATCTCATAATTGAGCTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTAAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * *** * * * * * * *
18156 TTTACCTCAAAAAACGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGACAAGAAAGGTTCATTTACAGTTACCTA
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* * * *
18221 TGCCTTCGAAAGCATTAATACTCGCTTTAACTGGTTTTATA
130 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
18262 ATCTCATAATT-TTTTTAGGATAAATTTTTTTACTTTTTTTA-TTTAAATATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
18325 GTCTACC-TCA-AAAAATGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA
65 GTCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
* * ** **
18387 TCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATA
126 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *** * * *
18432 AACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATAGCTGGTTAAAGTATATTATAGTTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * *
18497 GTCTGCCTTGAGAATCAT-ATGGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCTATTTACAGTCAC
65 GTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
** * *
18560 TTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATA
127 CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
18604 ATCTTATAACTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTT-GATTAAAATATATT-TCAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTAT-AATTGAA
* * * * *
18667 TGTCTGCCTTGAGAAA-AGTGAGGCACAAGCCATCCATT-GAATTGAAAAG-TCTATTTATAGTC
64 TGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAA--GAAAAGTTC-ATTTATAGTC
* * * * * * *
18729 GCTCATTCCTTTGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATGGCTTTATA
125 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
18775 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTAGATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * ** * * * **
18839 GTCTGCCCTAAGAAACGTAAAGCACAAGTCATTTGTTAGAGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
* * * *
18904 ATGCCTTTGAAAGCATTACTGCTCGCTTTAAATGGTTTTCTA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
18946 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * * * ** * *
19011 TTTACTTTGAGAAACGTGAAGCACAATCTATCCATTAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
19076 TGCCTTCGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATC
130 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
19117 ATCTCTTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAATATATTATGATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * * ** * * *
19182 TTTATTTCTG-GAAGCGTAAAGCAAAAGATATTCATTGGAGAGAAAAGCTCATTTATTGGT-ACT
66 TCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTCATTTA-TAGTCACC
* * * * *
19245 TATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
19288 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * ** * * * * *
19353 TCTACC-TAAGGAGACGTGAACCAAAAGCTATCCA-TCGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
66 TCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-A-GAAAAGTTCATTTATAGTCACC
** * * *
19416 CAAACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** *
19459 ATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTCTAG-TAAAATAGAAAATATTTGA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * ** * * * * *
19523 GTATCTACCTAGGGAAATGTAAAGAAGAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATCTATAGTCAC
63 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* *
19588 CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAATTGGTTTTATA
127 CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * **
19632 ATATCATAATTTG-TTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTATGGTTCAAACAGATAATTTTTGAAT
1 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * *
19696 GTCTGCCTATG-GAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
65 GTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAG-T---
*
19760 CATGCCCATGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
124 CA--CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
19809 ATCTCATAACTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAAT
1 ATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
19874 GTCTGA-CTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATT-GACACG-AAAGGTCATTTATTA-TC
65 GTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGA-A-GAAAAGTTCATTTA-TAGTC
* * * *
19934 ACTCATGGCC--TCAATAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTA
125 ACCCAT-GCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
19980 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGATATTGTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * * * * *
20044 GTTTACCTTGAGAAATGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGGTACGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTC
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
** * *
20109 AAACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*********** * * *
20151 ATNNNNNNNNNNCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGT-TTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-TATTATAATTGAAT
* * * * * * *
20215 GTCTGTCC-TGGGAAACAT-AAAAAGAAAGTCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
65 GTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* * ** * **
20278 CAAGCCTTCGAAAGGTTTATTACCCGCTTTAAATTTTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ******** * *
20321 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTNNNNNNNNNNTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * *
20385 TGTTTACCATGAGAAACATGAAGAAACAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGGCAGC
64 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* ** * * *
20450 CATACCTTCAAAAACCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * *
20493 ATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGTATGTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAACTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
20557 GTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTAGCATGAAAAG-TCTATTTATAGTCAC
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * * * *
20620 TCAAT--CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATA
127 -CCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * * *
20664 ATCTGATAATTGATTTTAAAATGAATTTTCTTACATTTTTTA-TTGAAACAAATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
20728 GTCTACCAATGA-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCCAA-AAAAG-TCTATTTATAGTCA
65 GTCTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG-GAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
* * * * * *
20790 CCAAAGCCTTTAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATA
126 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * *
20835 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTT-GATTAAAGTAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
*** * * * * *
20899 GTCCGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATTACT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* * * *
20963 GAAGCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ********** * * * * *
21006 ATCTAATANNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTTAGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
** * * * * * * * *
21070 GTCTGTCTAGGGAACCGT-AAGGCAAAAGCTA-TCTATTAGTACGAAAAGTCTC-TTTATAGTCA
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTC-ATT-GGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
** * * * *
21132 CTTAAG-C---AAAAG-CTTGTTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATA
126 CCCATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
21173 ATCTCATAATTGATTATAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGAG-TCAAATATATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** *
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65 GTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* *
21301 CTATGCCTTTCAAAAGCCTTATTACTTCGCTTT-AATGGTTTTATA
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* * * * *
21346 ATCCTCCTAATTGA-TTTAAG-T---TTTTTTTACAGTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATGGAA
1 AT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAA
* * * ** * *
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*
21468 CCATGTCTTTG-AAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
127 CCATGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * ** * * * * * *
21512 ATCTTATAATTGAGCTTAGGTTGAAGTTTTTTTATAGCTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** * *** * * * * * * * **
21577 GTTTACATCAAGAATCGCAAAGAAAAAGCCATTTAGTGACAACAAAAGTTCATTTACAATTACAT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
* * * *
21642 ATG-CTTTCGAAAGCATTAATACTCGCTTTAACTAGTTTTATA
129 ATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
21684 ATCTCATAAATT--TTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
1 ATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * ** *
21746 TGTCTGCCTTGAAAAAACATAAAGAAAAAATCATTCATTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA
64 TGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
* * * *
21810 TCTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
126 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *** * * *
21855 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATAGCTGGTTAAAGTATATTATAGTTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * **
21920 TCTACCTTGAGAATCATGTGGCAAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACTT
66 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCC
* * * * *
21984 ATGCCTTTAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTCATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
22026 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTAGATTTTTGGTTAAAATATATT-TCAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTAT-AATTGAAT
* * ** * * * *
22090 GTCTGCCTTGAGAATCATGTGGCAAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAAG-TCAATTTA-AGTCACT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACC
* * * *
22153 TATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
22196 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTAGATTTTTGGTTAAAATATATT-TCAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTAT-AATTGAAT
* * * * * * * * *
22260 GTCTACCTTGAGAAACGTGAGGCACAAGCCA-TCTGTTGGAGTGAAAAGTCCATTTATAGTCGCT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* * * *
22324 CATGCCTTTGCAAGCATTACTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
22367 ATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTCTAGATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * * * *
22431 GTTTACCTCGAGAAACGTAAAGCACAAGTCA-TCTATTAGAGAGAAAAGTCCACTCATAGTCACT
65 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* ** * * * * *
22495 TATGCCTTTGAAAGTATTACTGCTCACTTTAGATGGTTTTCTA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
22538 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTGTA-TGAAAATATATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * * * * *
22602 TTTACCTAT-AGAAACGTGAA-ATGCAATCCATCCGTTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
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* * * * *
22665 TATGCTTTTGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
128 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * *
22708 ATCTCGTAATAAATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTCGTTAAAATATATTATGATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * ** * * * * * *
22772 TTTATCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAAGATATTCATTGGAGAAAAAAATTCATTTATTGTTAGCT
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* * * * * *
22836 ATGACTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAATGGTTTCATA
129 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * **
22878 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACCTTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGGGTG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * * * * * * *
22943 TTTGTCTAGAGCAATATGAAGGAAAAA-CCATCCATTGATAAAAAAAAGTTTATTTACAGTCACT
66 TCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTG--GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* * * * * *
23007 TATG-CTTTCGAAAGCCTTGTTATTCACTTTAGATTGTTTTATA
128 CATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
23050 ATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAGTTGATTC
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * * * *
23115 TCTGTCTGGTGAAACA-CAAGGAAAAAGCAATGCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
66 TCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
* *
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129 ATGCCTTTGAAAGCCTTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT
GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
Found at i:23700 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23198--23852 Score: 554
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
23188 AAAGCCTTAT
* * * * * * * *
23198 CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTT-GCGT-AAACTATATTGTAAATGAATG
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* *** ** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
23499 -T-TTCGAAAGCCTTAGTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAAT
129 GTCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAAC
* *
23539 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGTTTATAATTGAATGTA
1 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTA
* * * * *
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66 TGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGT
*****
23669 CTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTNNNNN
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAAC
***** * * * ** * *
23709 NNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTA-ATAAATTAGATTATGATTGAAT-AA
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* * * * **
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* * *
23834 TGCCTTCAAAAGCCTTATT
128 CGTCTTCGAAAGCCTTATT
23853 NNNNNNNNNN
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.38
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TGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGT
CTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAAC
Found at i:25023 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
24256 TGAGATAGCC
* * * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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********** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * **********
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1 ATTCAATTATAATATATTTGAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * *
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130 GTACCAATAAATGACTTTTGCTTT-ATGTTTC-TCAAGACAAAT
* * * ********* * *
24775 ATCCAATTATAATATATTTTAATAAAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
1 ATTCAATTATAATATATTTGAACAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
24905 -TACCAATAAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGA-AAGACT
130 GTACCAATAAATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAA-A-T
* * * *
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* * * *
25010 TATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAATCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAATTTT-
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
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129 TGTACCAATAAATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAAT
* * * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTGAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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* * * * *
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130 GTACCAATAAATGA-CTTTTGCTTTA-TGTTTCTCAAGACAAAT
* * * * * * *
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25341 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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167 102 0.15
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Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATATATTTGAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG
TACCAATAAATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAAAT
Found at i:25916 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25739--26142 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
25729 NNNNNNTATT
** * *
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1 TAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGACATGAGTGACAACAAATGGAATTTTCATGCCAATGGA
* *** * *
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*
25868 AAAAGTTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTACAAAACCATA
130 AAAAATTCAACTTAAAA-CAAATTATGAGATTACAAAACCATA
* * * * * * * * *
25910 TAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAGGCCATGGGTGATAATAAATGGAATTTTCGTGTCAATGGAT
1 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACATGAGTGACAACAAATGGAATTTTCATGCCAATGGAT
* * * * * * *
25975 GGCTTTCGCTTCACGTTTCTCAAGATAAACTTTTAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTCAA
66 GGCTTTCGCTACACATTTCTCAAGATAAACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATCAA
* * * *
26040 AAAATTCAACTTAAAACAAATTATGATATTATAAAACTATT
131 AAAATTCAACTTAAAACAAATTATGAGATTACAAAACCATA
* * * * * * * *
26081 TAAAGC-ATGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCCTGCCAATG
1 TAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCGAAGACATGAGTGACAACAAATGGAATTTTCATGCCAATG
26143 ATTAGCTTTT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 42, Indels: 6
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
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TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACATGAGTGACAACAAATGGAATTTTCATGCCAATGGAT
GGCTTTCGCTACACATTTCTCAAGATAAACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATCAA
AAAATTCAACTTAAAACAAATTATGAGATTACAAAACCATA
Found at i:27602 original size:173 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
27440 AATGG-CTTTTTCTTTCTGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAAT
65 AATGGTC-TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAA
**
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1 ATTTA-AGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
27606 CCCTATGTGT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 38, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
169 9 0.05
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Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATAA
ATGGTCTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAAGT
AAAAAATTCAACTCAAAAAAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:27625 original size:173 final size:168
Alignment explanation
Indices: 27205--27673 Score: 399
Period size: 173 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
27195 NNNNNNNNNA
* * * * * * *
27205 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTACGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAAT
1 ATTT-AAGCGAGTAATAAGGCCTT-CGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCTAT
* * *
27269 GAATG-GTCTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA
64 G--TGTGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA
* *
27333 AGTAAAAAATTCTACTTAAAAAAATTATGAGATTATAAAACC
127 AGTAAAAAATTCAACTCAAAAAAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * * *
27375 AGTTGAAACGAGTATTAATGCTTTCGAAGGTATAGGTAACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCACTA
1 A-TTTAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC-T-TCCCTA
** * * * * *
27440 AATG-GCTTTTTCTTTCTGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAAT
63 TGTGTGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAA
**
27503 GTAAAAAAAACTTCAAC-CAAAGCTCAATTATGAGATTATAAAACC
128 GT--AAAAAA-TTCAACTCAAA--AAAATTATGAGATTATAAAACC
27548 ATTTACAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCTATG
1 ATTTA-AGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCTATG
* * *** * * * * *
27613 TGTGATTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCATACATTCCATTATAATCTGTTTTAAACAAAA
65 TGTG-TTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
27674 CTGTAAAAAA
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 58, Indels: 22
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 82 0.36
171 21 0.09
172 13 0.06
173 100 0.44
174 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATTTAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCTATGT
GTGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAAGTA
AAAAATTCAACTCAAAAAAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:28694 original size:317 final size:316
Alignment explanation
Indices: 28120--28754 Score: 791
Period size: 317 Copynumber: 2.0 Consensus size: 316
28110 AAAGCCAATA
* *
28120 ATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGGACGGCTTTTTCTTC
1 ATAAGGCTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGCACGGCTTTTTCTTC
* * * * * *
28185 ATGTTTCCTAAGAAAGATATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCTACCT
66 ATGTTTCCCAACAAAGATATCCAACTATAATCTATTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
* * * * * *
28250 AAAATCAGTTATAAGGTTGTAAAGCTATATAAAGCTAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGA
131 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCTAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGA
* * * *
28315 TTATAAATGGACTTTTCGTGCGAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAAACATTCAT
196 TTATAAATGAACTTTTCGTGCGAATAGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAA
* *
28380 TTACAATATATTTTAAGC-AAAAATG-T-AAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAG
261 TTACAATATATTTTAA-CTAAAAA-GCTAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
28436 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATTGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGCACGGCTTTTTCTT
** *
28501 TGTGTTTCCCCAGACAAAGA-AT-CAACTATAATCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
65 CATGTTT-CCCA-ACAAAGATATCCAACTATAATCTATTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
28564 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTGAAG-TGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAA
128 CCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCT-AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAA
* * * * *
28628 GTGATTGTAAATGAACTTTTCTTGTC-AATAGATAGCTTTTTCTTCATATTTCTCT-TGACAAAC
192 GTGATTATAAATGAACTTTTCGTG-CGAATAGATAGCTTTTGCTTCACATTTCT-TGAGACAAAC
*
28691 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAGCTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
255 ATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAAGCTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
28753 AT
1 AT
28755 TATGAAACCA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 38, Indels: 17
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
316 45 0.17
317 207 0.76
318 14 0.05
319 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (316 bp):
ATAAGGCTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGCACGGCTTTTTCTTC
ATGTTTCCCAACAAAGATATCCAACTATAATCTATTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCTAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGA
TTATAAATGAACTTTTCGTGCGAATAGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAA
TTACAATATATTTTAACTAAAAAGCTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:28728 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28438--28787 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
28428 ATTTTGAGAT
* * * * **
28438 AAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATTGCTTTTTCTTTG
1 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGCATAGCTTTTTCTTCA
* * * *
28503 TGTTTCCCCAGACAAAGAATCAACTATAATCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
66 TATTTCCCCAGACAAACAATCAACTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTA
*
28568 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTGAAGTGAGTAAC
131 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAAC
* *
28609 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGATTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATAG-ATAGCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAAT-GCATAGCTTTTTCTTC
* ** * * *
28673 ATATTTCTCTTGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-GCTAAAAAAACTCAACT
65 ATATTTCCCCAGACAAACAATCAACTATAATATATTTAAACTAAAAATG-TAAAAAAACTCAACT
* * *
28737 TAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAAC
*
28780 AATGCTTT
1 AAGGCTTT
28788 TCTCTCCAAT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 23, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 152 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGCATAGCTTTTTCTTCA
TATTTCCCCAGACAAACAATCAACTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAAC
Found at i:29082 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28784--30936 Score: 1810
Period size: 170 Copynumber: 12.7 Consensus size: 170
28774 AGTAATAATG
* ** * ** * *
28784 CTTTTCTCTCCAATGAATATCTTTTGCTCCACGTTTC-CAGAGATAAACATTCAATCATAATTTA
1 CTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * ** * *
28848 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
28913 CGAGTAGTAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * *
28955 CTTTTCTCTTCAATGGATGGATTGCGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
1 CTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
** * *
29020 TTGCACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * *
29085 GAACAGTAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAGTGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * *
29126 CTTTTCTCTCCAACAGATGGCTTGT-CTTTACGTTTCT-AGAGGCAAACATTTAATTATAATATA
1 CTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
29189 TTTTAATCATAAATCTAGAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * *
29254 CGAGTAGTAATTCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATAGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
29296 CTTTTCACTCCAATGGACGGCTTGTGCCTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTGA-AATATA
1 CTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT-ATAATATA
* * * * *
29360 TTTTAATC-AAAATCTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
29424 TGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * ** * * *
29466 CTTTTCTCTCCAATGGATTACTTTTGCTACATGATTCTCAAGGCTGACATTCAACTACAATATAC
1 CTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
*** * * *
29531 TTTAACCAGCTATATAAAAAAATATAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
29595 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTG-GATGGCTATAAATAGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * ** * * * * *
29636 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTT-CTTTACGTTTTTTGATGTAGATATTCAATTATAATCTA
1 CTTTTCTT-CCAATGGATGG-CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * * * * *
29700 TTTTAA-CAAAAAAAGTAAGAAGATTCAAATTAAAA-AAATTATGAGTTTATAAAATCAATTAAA
64 TTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
29763 GTGAGTATTAATGCTTTCGAAGGCAT-AG-GCAATCGTAAATGAA
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-ACT-ATAAATGGA
* * ** * * ** * *
29806 CTTTTCTTGTCACTAAAAGGC-TTTGTCTTTC-CGTTTTTTGAGGTAAACATTTAATTATAATAT
1 CTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTG-C-TTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
* * * * ** *
29869 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTTCAACCTAAGCTCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
29934 AGCGAGTAATACGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * *
29978 CATTTCTTATCAATGCATGGCTTTTTG-TTCACGTTT-TCCAAGGCATGCATTCCATTATAATCT
1 CTTTTCTT-CCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
* * * * *
30041 ATTTTAAACAAAATTATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
30106 GTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACGATAAATAGA
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * * *
30149 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATGT-G
1 CTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
** * * * * *
30212 TTTAATTAAAAATGT-AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTAAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
30276 GAGTAATAAGGCTTACGAAGGTGTGGGTAACTATAAATGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * * * * *
30317 CTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTTTCAAGACATACAATCAATTATAGA-CTGT
1 CTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATA-ATATAT
* * *
30381 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
30446 CAATAATAAGGCTTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** * *
30487 CTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTT-TCCAA-G-ACACATTCAATTATAA-ACTC
1 CTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATA-TA
* * *
30548 TTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
30613 TC-AATAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGA
129 -CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
30655 CTTTTCTTACAATGGACGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAA-GAAATACA-TCTAATTATAATCT
1 CTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAA-ACATTC-AATTATAATAT
* * * *
30717 GTTTTAA-CAAAAATTATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAA
63 ATTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
30781 AGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * *
30825 CTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACATACATTCATTTACAATATAT
1 CTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
30890 TTTAAGCAAAAATGTAAAAAACTTTAATTTAAAATCAATTTTGAGAT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
30937 AAGGCTTTCG
Statistics
Matches: 1622, Mismatches: 307, Indels: 106
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 18 0.01
168 262 0.16
169 67 0.04
170 725 0.45
171 421 0.26
172 121 0.07
173 3 0.00
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
Found at i:29097 original size:312 final size:312
Alignment explanation
Indices: 28528--29099 Score: 736
Period size: 312 Copynumber: 1.8 Consensus size: 312
28518 AGAATCAACT
* * **
28528 ATAATCTATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
1 ATAATCTATTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACC
* ** * *
28593 ATCTGAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGATTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATA
66 ATCTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATA
* *** * ** * *
28658 GATAGCTTTTTCTTCATATTTCTCTTGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAGCT
131 GATAGATTGCGCTTCACATTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAAGCT
* **
28723 AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTT
196 AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAACAATAATGCTTT
28788 TCTCTCCAATGAATATCTTTTGCTCCACGTTTCCAGAGATAAACATTCAATC
261 TCTCTCCAATGAATATCTTTTGCTCCACGTTTCCAGAGATAAACATTCAATC
* * *
28840 ATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTACAAGATTATAAAAC
1 ATAATCTATTTAAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAAC
* * ** * * * *
28904 TATTTAAAACGAGTAGTAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TCAA
65 CATCTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGTCAA
* * * * *
28968 TGGATGGATTGCGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTGCACCAAAAAT
129 TAGATAGATTGCGCTTCACATTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAAG
* * *
29033 CTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-GAAAACCATTTAAAGCGAACAGTAATGC
194 CTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATG-AAACCATTTAAAGCGAACAATAATGC
29097 TTT
258 TTT
29100 CAAAGGCATA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 40, Indels: 6
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
311 1 0.00
312 206 0.95
313 10 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (312 bp):
ATAATCTATTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACC
ATCTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATA
GATAGATTGCGCTTCACATTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAAGCT
AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAACAATAATGCTTT
TCTCTCCAATGAATATCTTTTGCTCCACGTTTCCAGAGATAAACATTCAATC
Found at i:29690 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 28828--30936 Score: 1569
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 335
28818 TTCCAGAGAT
* * *
28828 AAACATTCAATCATAATTTAT-TTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTAC
1 AAACATTCAATTATAA--TATCTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
28891 AAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAGTAATGCTTTCG-AAGGTATGAGTGACTATAAATGGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGGGTGACTATAAATAGA
* * * ** * * ** * * * *
28955 CTTTTCTCTTCAATGGATGG-ATTGCGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATA
127 CTTTTCT-TCCAATGAATGGCCTT-TTCTTCACGTTTTTTAAAG-AGATATTCAATTATAATCTA
* * * * *
29019 TTTGCACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG
189 TTT-TAAC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * **
29084 CGAACAGTAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTCTCCAACAGATGGCTT
252 CGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTT
* * *
29149 GTCTTTACGTTTCT-AGAGGC
316 TTCTTCATGTTTCTCA-AGGC
* * * * * * * *
29169 AAACATTTAATTATAATATATTTTAATCATAAATCTAGAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATAT-CTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * *
29234 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAATTCTTTC-AAAGGCATGAGCGACTATAAATAGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * * * * *
29298 TTTCACTCCAATGGACGG-CTTGTGCCTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTGA-AATATAT
129 TTTC-TTCCAATGAATGGCCTT-TTCTTCACGTTTTTTAAAG-AGATATTCAATT-ATAATCTAT
* * * * * *
29361 TTTAATCAAAATCTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTG
190 TTTAA-CAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * **
29426 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATTACTTTT
254 AATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTT
* *
29491 GCTACATGATTCTCAAGGC
318 -CTTCATGTTTCTCAAGGC
** * * *** *
29510 TGACATTCAACTACAATATACTTTAACCAGCTATATAAAAAAATAT-AACCTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATAT-CTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
29574 AGATTATAAAATCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGATGGCTATAAATAGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGACT
* * *
29638 TTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTCTTTACGTTTTTTGATGTAGATATTCAATTATAATCTATTT
129 TTTCTT-CCAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTTTTAAAG-AGATATTCAATTATAATCTATTT
* * * * * * * * *
29703 TAACAAAAAAAGTAAGAAGATTCAAATTAAAA-AAATTATGAGTTTATAAAATCAATTAAAGTGA
192 TAAC-AAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * ** *
29767 GTATTAATGCTTTCGAAGGCAT-AG-GCAATCGTAAATGAACTTTTCTTGTCACTAAAAGGCTTT
255 ATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTG-ACT-ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTT
* * ** *
29830 GTCTTTC-CGTTTTTTGAGGT
317 -TC-TTCATGTTTCTCAAGGC
* * * * **
29850 AAACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTTCAACCTAAGCTCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATAT-CTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
29915 AGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * * ** *
29979 ATTTCTTATCAATGCATGGCTTTTTGTTCACG-TTTTCCAAG-GCATGCATTCCATTATAATCTA
128 TTTTCTT-CCAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTTTTAAAGAG-AT--ATTCAATTATAATCTA
* *
30042 TTTTAAACAAAATTATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
189 TTTT-AACAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
30107 TGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
252 CGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTT
*
30172 TTTTTCATGTTTCTCAAGGC
316 TTCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * * ** * * *
30192 AGACATTCAATTATAATGTGTTTAATTAAAAATGT-AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGGG
1 AAACATTCAATTATAATATCTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
30256 ATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTACG-AAGGTGTGGGTAACTATAAATGGACTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGGGTGACTATAAATAGACTT
* * * *
30320 TTCTTCCAATGAATGG-CTTTTGCTTCA--TATTTTTCAAGACATACAATCAATTATAGA-CTGT
130 TTCTTCCAATGAATGGCCTTTT-CTTCACGT-TTTTTAAAGAGAT--ATTCAATTATA-ATCTAT
* *
30381 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
190 TTTAA-C-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** *
30446 CAATAATAAGGCTTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTT
253 GAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTT
*
30511 GCTTCATATTT-TCCAA-G-
318 -CTTCATGTTTCT-CAAGGC
* * *
30528 ACACATTCAATTATAA-ACTCTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATA-TC-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
30592 AGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AATAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * ** * * *
30656 TTTTCTTACAATGGACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGAAATACATCTAATTATAATCTGTT
128 TTTTCTTCCAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTTTTAAAGAGATA-TTC-AATTATAATCTATT
* * * *
30720 TTAACAAAAATTATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGC-
191 TTAAC-AAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * *
30784 AAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTT
254 AA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTT
* ** *
30849 TGCTTCACGTTTCTTGAGAC
317 T-CTTCATGTTTCTCAAGGC
* * * * * * * * * *
30869 ATACATTCATTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAACTTTAATTTAAAATCAATTTTGA
1 AAACATTCAATTATAATAT-CTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
30934 GAT
65 GAT
30937 AAGGCTTTCG
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 273, Indels: 130
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 17 0.01
337 48 0.03
338 349 0.24
339 126 0.09
340 319 0.22
341 358 0.25
342 132 0.09
343 78 0.05
344 2 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (335 bp):
AAACATTCAATTATAATATCTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTCCAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTTTTAAAGAGATATTCAATTATAATCTATTTTAAC
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTCTTCATGT
TTCTCAAGGC
Found at i:31055 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 30791--31081 Score: 329
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
30781 AGCAAGTAAC
30791 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
1 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
30856 CGTTTCTTGAGACATACATTCATTTACAATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAACTTTAATTTA
66 CGTTTCCTGAGACAGAAATTCAATTACAATATATTTTAAGCAAAAATATAAAAAA-TTTAATTCA
*
30921 AAATCAATTTTGAGAT
130 AAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
30937 AAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GCATTGCTTTTTCTTT
1 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTC
** ** * *
31001 GTGTTTCCCT-AGACAGAGAATT-AATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTTAAT
65 ACGTTT-CCTGAGACAGA-AATTCAATTACAATATATTTTAAGC-AAAAATATAAAAAATTTAAT
*
31063 TCAAAATTAATTATGAGAT
127 TCAAAATCAATTATGAGAT
31082 TATAAAACCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
145 24 0.20
146 92 0.76
147 5 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
CGTTTCCTGAGACAGAAATTCAATTACAATATATTTTAAGCAAAAATATAAAAAATTTAATTCAA
AATCAATTATGAGAT
Found at i:31294 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 30935--31771 Score: 722
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
30925 CAATTTTGAG
* * * * * * *
30935 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATTGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTTTCCTT
* * ** * * * *
31000 TGTGTTTCCCTAGACAGAGAATTAATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTTAA-T
65 TATGTTTCTCTAGACA-ATCATCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAATTCAACT
* * **
31063 TCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTA
128 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* * *
31105 ACAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTCCTT
1 ATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTTTCCTT
* * * * *
31170 CATATTTCTCTAGACAATCATCCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAGCT
65 TATGTTTCTCTAGACAATCAT-CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACT
* * * *
31235 TAAAATGAATTATGAGATTATTAAGCCATTTAAAATGAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* ** * * * * **
31276 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGGTTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTATT
1 ATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATGGCTTTTCCTT
* *** *
31341 TATGTTTAT-TGAGGTGGA-CAATCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAA
65 TATGTTTCTCT-A-GACAATC-ATCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAA-AAATTCAA
* *
31404 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTA
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
** * * * *
31447 ATAAGTATTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATGAAT-AGACTTTTCATGCTAATGGATGACTTTTGC
1 ATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTTTTCC
* ** * * * *
31510 TTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTGAATCAAAAATATAAAACAATTCAA
63 TTTATGTTTCTCTAGACAATCA-TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAA-AATTCAA
* * *
31575 CTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* * * *
31618 A-ACAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAA-GAGACTTTTCATGCTAATGGATAGCTTTTGC
1 ATA-AGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTTTT-C
* * * ** *
31681 C-TTATGGTTCCCAAGACAGATTGTCAGTTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTC
62 CTTTATGTTTCTCTAGACA-ATCATCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTC
*
31744 AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAA
124 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
31772 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 101, Indels: 45
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 104 0.19
171 422 0.78
172 14 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTTCCTTT
ATGTTTCTCTAGACAATCATCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
Done.