Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398519.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1811.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16663
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.30
Warning! 2899 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:885 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--891 Score: 645
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
* * * **
1 TAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGGCTAGAGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGT
* ** *** * * * **
65 GACTATAAATAGACTTTTCAGGCCAATGGTTACCTTTTACTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATAAATACCTTTT-CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
** * * * *
130 AATTATAGCCTTTTTTAACCTAAAATGCA-AAAAAATTCAACT
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACT
* * * * *
172 TAAAATCAATTGTGACATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-ATGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GT
* * ** * * * *
236 GGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCA
65 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATACCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* *
301 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAACA-ATACAAAGAATTCAACT
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTACAAAGAATTCAACT
* * * * * * *
343 TAAAATCAATTTTGAGACTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGAATGGGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
********* * *
408 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATATTTCTCGAGATAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTT-CCA-ATAAATACCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * **
473 ATTAAAATCTATTTTGACCAAAGAT-TCACAAAGAATTTGA-T
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-ACAAAGAATTCAACT
* ********** * * **
514 TCAAAATAAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATGAAC
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * *
579 GACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAGTAAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCAT-GAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATAAATAC-CTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAGACATT
* ** * *
643 CAATTATAGTCTGTTTTAAATAGAAATGTA-AACA-AATTGAACT
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAA-AGAATTCAACT
** * *
686 TAAAATCTGTTATG-GCATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT
1 TAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * *
750 GGCTACAAATGGACATTTTTCTT-CATTAAATACCTGTTTCTTCATTTTTCTTGAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGAC--TTTTCTTCCAATAAATACCT-TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
*
814 CAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTACAACGAATTCAACT
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACT
* *
857 TAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAAG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
892 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 150, Indels: 48
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 57 0.10
171 311 0.57
172 170 0.31
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATACCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACT
Found at i:1649 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1615--1649 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 14
1605 GCTTTTGAAG
* *
1615 GAATGGCTGAGTAT
1 GAATGGGTGACTAT
1629 GAATGGGTGACTAT
1 GAATGGGTGACTAT
1643 GAATGGG
1 GAATGGG
1650 CTTTTCTTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.40, T:0.26
Consensus pattern (14 bp):
GAATGGGTGACTAT
Found at i:2605 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2313--8257 Score: 1094
Period size: 171 Copynumber: 34.9 Consensus size: 171
2303 TAAATGAGCT
* * * *
2313 TTTTTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACAT-TTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
1 TTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTC-TTA-ATGTT-TTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * ** *
2376 TTTAAGTAGAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAGTTATGGCATTATCAAACCATTTAAAG
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ** * *
2440 TGGGTAATAAGACTTTTAAAGGTTTGGGTGGTTACAAATAGACA
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * *
2484 TTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTGT-TTAATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTT
1 TTTTTTATCAATGAATGCCTTTT-TCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
2548 TTAATTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTT-AAATCAATTCTGAAATTATGAAACCATTTCAAA-
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAAG
* * *
2611 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAAATGGGC-
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* *
2654 TTTTCTTATCAAGGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTTCAAGATA-AGCATTCAATTATAATCTAT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTT-AATGTTTTCAAGATAGA-CATTCAATTATAATCTAT
* * * *
2717 TTTAACTAAAGAT-TAGCAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TAAAATCATTTAAA
63 TTTAACTAAAAATATA-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
2780 GTGAGTTATAAGGGTTTTGAAGATATGGATAACTATAAATGGACA
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * *
2825 TTTTCTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCTAGATAGACATTCAATTATAGTATGTTT
1 TTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATG-TTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * ** * **
2890 TAACTAAAAATATA-AAAAAATTTAACTTACAATCAATTATTAGTTTTTAAAACCATTTAAAGCA
65 TAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ********** * * *
2954 AGTAATAAGGCTTTCGAANNNNNNNNNNATTGTAAATGGA-T
130 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * ** ** ** * *
2995 TTTTTGTATCAATGGCTGGCTTTTGCTTCGTGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTCTT
1 TTTTT-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTT-TTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
** * * * **********
3060 TTAACCGAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGT
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
*
3124 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AGTAGGTGACTATAAATGGAC-
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * *
3166 TTTTCTTA-CTAATGTATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGATATTCAATTATAATATAT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
3230 TTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCTTTTAAGG
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
** ********** * * * *
3295 CAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * *
3338 TTTTCTT-TCAAATGAATGGC-TCTTCTACACAT-TTCTTGAGGCA-AG-TATTCAATTATACTC
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTCT-TA-ATGTT-TTCAAG-ATAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
3398 TGTTTTAA-TGGAAAATATA-AAAAAATTCAGCTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCGTTT
60 TATTTTAACT-AAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
* * * * * *
3461 AAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGAC-
124 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * ** * * * * * * * *
3508 TTTTCTTCTCAATAAATGGCTGCTTCTTCATGTTTCCCGAGACAGGCATTCAATTACAGT-TGGT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCT-AT
* ** * * * * ***********
3572 ATTAAGGAGAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAG
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ** * *
3636 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGACGACTATAAATAGACT
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * ** * * *
3680 TTTTTTACCAATGAATGCTTTTTTTCTTCACT-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCT-G
1 TTTTTTATCAATGAATGC-CTTTTTCTT-AATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
3743 TTTAAGTGAAAAATATA-AAAAAACTCAACTGAAAATCAATTATGAATTTATAAAATCATTTAAA
63 TTTAACT-AAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
** ********** * *
3807 GCAAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAGTGAAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * ** * * ** *
3851 TTTTTCAGTCAATCAATGGATTTTTCTTCATCTTACCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTTTTA-TCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTT-TTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
3916 TTAACT-AAAATGTA-AAAGAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATGATAAAACTATTTAAAGT
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
3979 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAACGG--A
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * ** * * * * * *
4020 TTTTTTTTCTAATGAATACCTTTTTCTTAATGTTCCCTAGTTAGACGTTTATTTATAATCTATTC
1 TTTTTTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * *
4085 TAAC-AAAAA-ATACAAAAATATTCATCCTAAAATCAATT-TTAAGATTATAAAACC-TTTTAAG
65 TAACTAAAAATATACAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
4146 GGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGAC-
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * * * * * * *
4189 TTTTCTTCGCAATGGATGTCTTTTTCTTCACAT-TTCTCGAGGTAAAAAGTCAATTATAATCGAT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTT-A-ATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* ********** * *
4253 TTTAACCAAAAATAT--AAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAT
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA-TTTAAA
* * * * ** * * *
4315 GCGACTAATGAGGCTTTTTGAAGGAATATGTGAATATAAATAGA-G
127 GTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * *********** *
4360 TTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTCCTT-GAGGNNNNNNNNNNATTATAATCTGT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTT--TTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * **
4424 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAACTTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAA
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * **********
4487 GCGAGTAATAAGGGTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * *
4531 TTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * **
4596 TTAACTAAAAATAT-GAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAG
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
4659 CAAGTGATAAGGTTTTTCAAGGCT-TGCGTGACTATAAATGGA-A
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * * * * * * * *
4702 CTTTCGTACCATTGGATAG-CTTTTGCTTCACGTTTT-ATAGGGTAAACATTCAATTAT-AGCTT
1 -TTTTTTATCAATGAAT-GCCTTTTTCTTAATGTTTTCA-A-GATAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
4764 TTTTCAACTAAAAATATA-AAAGCAATTCAACTTAAAA-CTAATTTTGACATTATAAAACTATTT
62 TTTT-AACTAAAAATATACAAA-AAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAAATTATAAAACCATTT
** * * *
4827 AAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGAC-
124 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* *******************************************************
4874 TTTTCT-T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTT
******************************************* * * *
4936 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAAAACTATGTAAAGCGA
66 AACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGA
*** * * * *
5001 GTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAGGTGACCATAAATAGACT
131 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * *
5042 TTTTTTA-CTAGTGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTTAATTATAATCTATT
1 TTTTTTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * **************************
5106 CTAA-TCGAAAATATA-AAACGAATTCAACTT---A--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 TTAACT-AAAAATATACAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
*** * * *
5164 NNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATAGAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * * * * *
5208 TTTTCTTA-CTAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATTATAATATGT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** * * *
5272 TTTAACTAAAAATGTAGAATGAATTCAACTTAAAATTAATT-TTAAGATTATAAAACCTTTTAAA
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAA
** * ********** *
5336 ACGAGTAATAAGACTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATAGAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * *
5380 TTTTCTTGA-GAATGAATGCCTTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
1 TTTT-TT-ATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* ** ** **********
5444 TTTAACTAAAAATGTGTAAGGAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAG
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
5509 CGAGTAATAA-ACTTGTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGAAC-
128 TGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * *
5552 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT-CTCCTTTT-ATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAAT-GTTTTCA--AGATAGACATTCAATTATAATCTA
* * * **
5615 TTTTAAGCT-AAAATGTACAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAA
62 TTTTAA-CTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
********** * ** *
5679 NNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAAT-GAAA
126 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * *
5724 TTTTCTTACCAATGACTGCCTTTTTCTTAATG-TTTCTATAGGTAGATATTCAATTATAAACTCT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTC-A-AGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * * *
5788 TTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAAA
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
5853 TGACTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATACATAGAC-
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * *
5896 TTTTCTTACCAGTGAATG-CTTTTTTTTTAT-TTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATAT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTC--AAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
5959 TTTAA-TCAAAGATTTACAAAGAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAA
63 TTTAACT-AAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA-TTTAA
* * *
6023 AGTGATGTAAATAAGGCTTTT-AACGGAAATGGATGACTATAAAGTAGGAACCC
126 AGTGA-GT-AATAAGGCTTTTGAA-GG-TATGGGTGACTATAAA-T-GG-A-CA
* * * ** * *
6076 TTTTTTCTTGCCAATG-ATGCTTTTTTCTTTATGTGTTTTTGAGGTAG----TCAATTATAGTCT
1 TTTTTT-AT--CAATGAATGCCTTTTTC-TTA-ATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCT
* * * * **
6136 GTTTTAAGC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTGATGGCATTATAAAACCATTTA
61 ATTTTAA-CTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
** * * * *
6199 AAACGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC-
125 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * ** * *
6245 TTTTCTT-GCTAGTGAACGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
6309 TCTAACTAAAAATATA-AAAATATTCAACTTAAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
63 TTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
6372 GTGAGTAATATGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* ********* * * *
6416 TTTTCTT-GCNNNNNNNNNNCTTTTTCTTTACAT-TTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTC-TTA-ATGTT-TTCAAGATAGACATTCAATTATAATCT
* * * * ** * * *
6478 GTTTTAA-TGAGAAATATA-AAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTATGGCATTGTAAGACTATTTA
61 ATTTTAACT-AAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
* **********
6541 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGAC-
125 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * * * * * * *
6587 TTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * ** *
6652 TTAACTAAAAATGTA-AAACAATTTAACTTACAATCAATTATTACTTTATAAAACCATTTAAAGC
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
6716 AAGTAATATGGTTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC-
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * ** * * **
6758 TTTTCATGTGAATGGTTGGCTTTTACTTCACA-GTCCT-AA-ATGCAGACATTCAATTATAGCAT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTT-A-ATGTTTTCAAGAT--AGACATTCAATTATA--AT
* * * * *
6820 -T-TTTTAGCCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAATCCATTT
59 CTATTTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
** * * * *
6882 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGA-T
124 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * * * *
6929 TTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCATCATGTTTCTCTAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTC
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
6994 TTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACTATTTAAAGT
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** * * *
7059 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATTGGTGATTGTAAATGGAC-
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * *
7101 TTTTCTTA-CTAATGAATGTCTTTTCCTTCATGTTTTCAAGATAGACATTAAATTATAATATGTT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
7165 TTAACTAAAGATTTAC-AAGAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
64 TTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * **
7229 AAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGCGACTATAAATAAAC-
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * *
7271 TTTTCTT-GCAAATGAATGCCTTTTTCATT-ACGTTTCTCGATG-TAGACATCCAATTATAATCT
1 TTTT-TTATC-AATGAATGCCTTTTTC-TTAATGTTT-TC-AAGATAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * **
7333 GTTTTAACCAAAATTGTA-AAAACAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
61 ATTTTAACTAAAAATATACAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
* * * *****
7396 AAGTGAGTGA-AA-------G-A---ATGAGAGACTATAAATNNNNN
125 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
***** * * * * * * * * * * *
7431 NNNNNTCTCAATGAATGGCTTTTTC-TACGTGCTTCCTGAGACAAACATTCAATTATAGTATGTT
1 TTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ATGTTTTC-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
7495 TTAA-TGAAAAATGTA-AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAG
64 TTAACT-AAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
7558 CGAGTAATAAGGC--TT--A-GTAATGAGTGACTATGAATGGAC-
128 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * ** *
7597 -TTTTTATACTAATGAATGCTTGTTTTCTTCACGTTTCTGGAGGTA-ATCATTCAATTATAATCT
1 TTTTTTAT-C-AATGAATGCCT-TTTTCTTAATGTTT-TCAAGATAGA-CATTCAATTATAATCT
* * * * **********
7660 -GTATAAGCTAAAAATGTA-AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTA
61 ATTTTAA-CTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
* * * ** *
7723 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATATGTGACTATAAATGTAC-
125 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * * *
7769 TTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTT-TT-CTCCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATG
1 TTTT-TTATCAATGAATG-CCTTTTTCTTAAT-GTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTA
** * * * * * * * * *
7832 TTTTAACCCACAATGTATAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCTTTTAAA
62 TTTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
********** * *
7897 GTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
** * * * * * *
7941 TCTTCTTGGT-AATGAATTCCTTTTCCTTCACT-TTCCTCGATG-TAGACATTCAATTATAGTCT
1 T-TT-TTTATCAATGAATGCCTTTTTCTT-AATGTT-TTC-AAGATAGACATTCAATTATAATCT
* * * * ********** * *
8003 GTTTCAACCAAAAATGTA-AAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
61 ATTTTAACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
8067 AGTGAGTAAT-AGTAC-TTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTGGAC-
126 AGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
* * * * * ** *
8111 TTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTC-TATATGTTTCCCAAGGTAGTTATTCAATTATAGTCTAT
1 TTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ATGTTT-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** **
8175 TTTAA-TAATAAATGTA-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAA
63 TTTAACTAA-AAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * *
8238 GCGCGTAATAAGGCATTTGA
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTGA
8258 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 4174, Mismatches: 1349, Indels: 502
0.69 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 4 0.00
159 108 0.03
160 3 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 11 0.00
167 212 0.05
168 185 0.04
169 124 0.03
170 622 0.15
171 1676 0.40
172 1019 0.24
173 41 0.01
174 32 0.01
175 26 0.01
176 5 0.00
177 9 0.00
178 36 0.01
179 27 0.01
180 4 0.00
181 3 0.00
182 9 0.00
183 8 0.00
184 1 0.00
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTT
AACTAAAAATATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACA
Found at i:5714 original size:344 final size:333
Alignment explanation
Indices: 5364--6251 Score: 685
Period size: 344 Copynumber: 2.6 Consensus size: 333
5354 NNNNNNNNNN
* * *
5364 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGA-GAATGAATGCCTTTTCCTTTATGTTTCTCA-AGGTAGA
1 GTGACTATAAATGA-AATTTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTCCTTAATGTTTCT-ATAGGTAGA
* * ** ** ****
5426 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGTAAGGAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNN
63 CATTCAATTATAAACTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
****** * *
5491 NNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA-CTTGTCGAAAGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTT
128 TTATGAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTT-TCGAAAGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTT
* * * *
5554 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTCCTTTT-ATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
191 TTCTTACCAATGAAT-CCTTTTT-TTCTACTTTTCATGAGATAGACATTCAATTATAATATATTT
*
5618 TAAGCTAAA-ATGTACAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAANNN
254 TAAGC-AAAGATGTACAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTATAAAATAATTTAA---
5682 NNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATAA
315 -------AAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * *
5708 GTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGACTGCCTTTTTCTTAATGTTTCTATAGGTAGATAT
1 GTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTAATGTTTCTATAGGTAGACAT
* * * *
5773 TCAATTATAAACTCTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAAACTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
5838 TGAAACCATTTAAAATGACTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATACATAGACTTTTCTT
131 TGAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
5903 ACCAGTGAATGCTTTTTTTTTATTTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
196 ACCAATGAATCCTTTTTTTCTACTTTTCATGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAGCAA
* * *
5968 AGATTTACAAAGAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGATGTAA
261 AGATGTACAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTAT-AAA--A---T-AA-T--T-T-A
*
6033 ATAAGGCTTTT-AACGGAA-ATG
314 A-AAGGCTTTTGAA-GGAATA-A
* * * * * *
6054 GATGACTATAAAGTAGGAACCCTTTTTTCTTGCCAATG-ATGCTTTTTTCTTTATGTGTT-TTTG
1 G-TGACTATAAA-T--GAA----ATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTAATGT-TTCTAT-
** * * *
6117 AGGTAG----TCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGT
56 AGGTAGACATTCAATTATAAACTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
6177 GATG-GCATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
121 TATGAG-ATTATGAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
6241 AGACTTTTCTT
185 AGACTTTTCTT
6252 GCTAGTGAAC
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 68, Indels: 59
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
342 10 0.02
343 75 0.17
344 162 0.36
345 8 0.02
346 15 0.03
347 10 0.02
348 2 0.00
349 87 0.20
350 32 0.07
351 1 0.00
353 18 0.04
354 22 0.05
355 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
GTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTAATGTTTCTATAGGTAGACAT
TCAATTATAAACTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TGAAACCATTTAAAACGACTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
ACCAATGAATCCTTTTTTTCTACTTTTCATGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAGCAA
AGATGTACAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAAGGCTTTTGA
AGGAATAA
Found at i:6561 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5167--8257 Score: 1610
Period size: 342 Copynumber: 9.0 Consensus size: 341
5157 NNNNNNNNNN
* * *
5167 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTT-ACTAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTT
* * * * * * **
5231 TTCATCACGTTT-CTTAAGGTAGATATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAGAATGAA
65 TTCTTCACGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTA-AAACAA
* * * *** * * ******
5295 TTCAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACCTTTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTNNNNNN
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGA
**** * * * * ** *
5360 NNNNGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGAGAATGAATGCCTTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTAG
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAG
* * * * ** *
5425 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTGTAAGGAATTCAACTTAAAATCAATTATNN
258 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-G
******** *
5489 NNNNNNNNAACCATTTAAAGCG
320 GCATTATAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
5511 AGTAATAA-ACTTGTCGAAAGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
1 AGTAATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
* * ** * *
5574 TTTCTTCTCCTTT-TATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCT-AAAATGTACAAAC
64 TTTCTTCACGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CTAAAAATGTA-AAAC
* * ** ********** *
5637 AATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAG
126 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAG
** * * * * * * * **
5702 GAATAAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGACTGCCTTTTTCTTAATGTTTC-TATAGG
191 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTA-AGG
* *** * ** * * *
5766 TAGATATTCAATTATAAACTCTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTT
255 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
***
5831 GAG-ATTATGAAACCATTTAAAATG
319 G-GCATTAT-AAACCATTTAAAGCA
* * * * ** *
5855 ACTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATACATAGACTTTTCTTACCAGTGAATG-CTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * * * * * * *
5919 TTTTTA-TTTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAGATTTACAAAGAA
66 TCTTCACGTTTCCCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATGTA-AAACAA
* * * *
5982 TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGATGTAAATAAGGCTTTT-AA
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGT-AAGT-AATATGGCTTTTGAA
* * **
6046 CGGAAATGGATGACTATAAAGTAGGAACCCTTTTTTCTTGCCAATG-AT-GCTTTTTTCTTTATG
190 -GG-AATGGGTGACTATAAA-T-GG-A--C--TTTTCTTGCGAATGAATGGC-TTTTTCTTTACA
* * *
6109 TGTTTTTGAGGTAG----TCAATTATAGTCTGTTTTAA-GCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
245 T-TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATG-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
6169 AAATCAGTGATGGCATTATAAAACCATTTAAAACG
308 AAATCAATTATGGCATTAT-AAACCATTTAAAGCA
* * * * *
6204 AGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CTAGTGAACGTCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTT
* * *
6268 TTCTTCATGTTTCCCTTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAA-ATAT
65 TTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAACA-AT
* * *
6332 TCAACTTAAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGATGGA
129 TCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGA
* **********
6396 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCNNNNNNNNNNCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAG
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAG
* * * *
6461 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAGAAATATAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTATGGCA
258 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCA
* * *
6526 TTGTAAGACTATTTAAAGCG
323 TTATAA-ACCATTTAAAGCA
********** * * *
6546 AGTAATAAGGCTTTTGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
* ** * * * * * *
6611 TTTTCACGTTTATCGAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTT
66 TCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAACAATTC
* ** * * **
6676 AACTTACAATCAATTATT-ACTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGTTTTTGAAGGCTT
131 AACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAAT
* * * ** * * * * * * *
6740 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTGAATGGTTGGCTTTTACTTCACAGTCCTAAATGCAGAC
195 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGAC
* *** *
6805 ATTCAATTATAGCATT-TTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACAT
260 ATTCAATTATAG-TTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCAT
6869 TATAAATCCATTTAAAGCA
324 TATAAA-CCATTTAAAGCA
* * * * *
6888 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
* * * * *
6953 TCATCATGTTTCTCTAGCTAGACATTCAATTATAATCTG-TCTTAACTAAAAATGTACAAAGAAT
66 TCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTC-TAACTAAAAATGTA-AAACAAT
* * * *
7017 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAA
129 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * *
7082 TTGGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGTC-TTTTCCTT-CATGTT-TTCAAGATA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTCTT-AAGGTA
* * * * * * * *
7144 GACATTAAATTATAATATGTTTTAACT-AAAGATTTACAAGAATTCAACTTAAAATCCATTATGA
257 GACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-
* *
7208 G-ATTATAAAATCATTTAAAGTA
320 GCATTAT-AAACCATTTAAAGCA
* * *
7230 AGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGCGACTATAAATAAACTTTTCTTG-CAAATGAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTT
* * * * * * *
7294 TTCATT-ACGTTTCTCGATGTAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAACAA
65 TTC-TTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGT-AAAACAA
* * * *
7358 -TCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGT--G----A--G----TGAAAGA
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGA
* * ******* * * *
7410 ATGAGAGACTATAAATNNNNNNNNNNTC-T-C-AATGAATGGCTTTTTC--TACGTGCTTCCTGA
193 ATGGGTGACTATAAAT---GGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT--TTCTTAA
** * * *
7470 GACAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTA
253 GGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
7535 TGAG-ATTACAAAATCATTTAAAGCG
318 TG-GCATTA-TAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
7560 AGTAATAAGGC--TT--AGTAATGAGTGACTATGAATGGACTTTT-TAT-ACTAATGAATGCTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGTC-AATGAATGCCT-
*** *
7619 TTTTCTTCACGTTTCTGGAGGTA-ATCATTCAATTATAATCTG-TATAAGCTAAAAATGTAAAA-
63 TTTTCTTCACGTTTCCCTAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CTAAAAATGTAAAAC
* ********** ** *
7681 AACTTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
126 AA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAA
* ** * * * * *
7746 AGAATATGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTT-TTCT-CCTTTCTCAA
190 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATG-GCTTTTTCTT-TACATTTCTTAA
* * *** * * *
7809 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCCACAATGTATAAAGAATTAAACTTAAAATCAATT
253 GGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * **
7874 TTGAG-ACTATAAAACCTTTTAAAGTG
317 ATG-GCATTAT-AAACCATTTAAAGCA
********** * * * *
7900 AGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGGT-AATGAATTCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATGAATGCCTTT
* * * * *
7964 TCCTTCAC-TTTCCTCGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TCAACCAAAAATGTAAAA-AN
65 TTCTTCACGTTTCC-CTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACTAAAAATGTAAAACA-
********* * * * *
8026 NNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATA-GTAC-TTTGAAG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATG-GCTTTTGAAG
* * * * * ** **
8089 GAATGAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTT-CTAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCCCAAGG
191 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-GAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGG
** * * *
8153 TAGTTATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AATAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTAT
255 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
8217 GGGATTATAAAATAATTTAAAGCG
319 GGCATTAT-AAACCATTTAAAGCA
* *
8241 CGTAATAAGGCATTTGA
1 AGTAATAAGGCTTTTGA
8258 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 2105, Mismatches: 521, Indels: 245
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
325 3 0.00
326 44 0.02
327 72 0.03
328 3 0.00
329 29 0.01
330 94 0.04
331 2 0.00
332 2 0.00
333 2 0.00
335 2 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
338 20 0.01
339 76 0.04
340 54 0.03
341 107 0.05
342 678 0.32
343 261 0.12
344 336 0.16
345 25 0.01
346 24 0.01
347 16 0.01
348 12 0.01
349 125 0.06
350 73 0.03
351 6 0.00
352 1 0.00
353 13 0.01
354 21 0.01
355 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
TCTTCACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAACAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACA
TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTA
TAAACCATTTAAAGCA
Found at i:13177 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12977--13314 Score: 422
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
12967 AAGGCAAGTA
* *
12977 ATAAGACTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCT-TTT-TT
1 ATAAGACTTTTGAAGAAAT-GAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTGTTTCTT
* * *
13040 ACATGTTT-CCTAATG-CAAGCATTCAATTATACTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCA
65 -CATGTTTACC-AA-GACAAGCATTCAATTATACTCGGTATTAAGCAAAAAAGTAAAAAAATT-A
*
13102 -ACTTAAAAT-TATTCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCG
126 TACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCG
* * *
13146 ATAAGGCTTTTGAAGAAAT-AAGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTGTTTCT
1 ATAAGACTTTTGAAGAAATGAAGA--CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTGTTTCT
* * * * *
13210 TTATGTTTACCAAGACAGGCATTCAATTATAGTCGGTATTAAGGAAAAAAGTAGAAAAATTATAC
64 TCATGTTTACCAAGACAAGCATTCAATTATACTCGGTATTAAGCAAAAAAGTAAAAAAATTATAC
13275 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
13315 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 14, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.03
169 48 0.33
170 35 0.24
171 56 0.38
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGACTTTTGAAGAAATGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTGTTTCTTC
ATGTTTACCAAGACAAGCATTCAATTATACTCGGTATTAAGCAAAAAAGTAAAAAAATTATACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCG
Found at i:14290 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14270--14299 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
14260 TTTAACTAAA
14270 AATGTAAAA-CAATTC
1 AATGTAAAATCAATTC
14285 AATGTAAAATCAATT
1 AATGTAAAATCAATT
14300 ATGAGATTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.64
16 5 0.36
ACGTcount: A:0.53, C:0.10, G:0.07, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
AATGTAAAATCAATTC
Found at i:15261 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14770--15320 Score: 494
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
14760 GGAATTGGTG
* * * * ** *
14770 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTT-TCAAATCTAGACATTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * *
14834 AACTATAAGT-TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATA
* * *
14898 AAACCATTTAAAGCGTGTAAGAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTC
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTA
* * * * * * *
14941 AGTATAAACGGACTTTTCTTACTAGTGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGATATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
15006 ATTATACTCTATTTTAACTAAAAATATATAACAAATTTAACTTAAAATCTATTTTGAGATTATAA
66 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AACGAATTCAACTTAAAATC-AATTTGAGATTATAA
********** *
15071 AANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTA
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTA
* * * *****
15113 ATTATATATGGACTTTTCTTACTAATGAATACCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACNNNNN
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
*****
15178 NNNNNAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAACGAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAA
66 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AACGAATTCAACTTAAAATC-AATTTGAGATTATAA
* * *
15243 AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAAATGGGTG
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTA
* * *
15285 ACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAATGCCTTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTT
15321 TTATTCTCTT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 83, Indels: 7
0.77 0.22 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 72 0.25
172 217 0.74
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTA
Found at i:15323 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 15298--15348 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
15288 ATAAATGGAC
15298 TTTA-CTTGCCAATGAATGCCTT
1 TTTATCTTGCCAATGAATGCCTT
15320 TTTATTCTCTTGCCAATGAATGCCTT
1 TTTA---TCTTGCCAATGAATGCCTT
15346 TTT
1 TTT
15349 CTTAATGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.16
26 21 0.84
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
TTTATCTTGCCAATGAATGCCTT
Done.